用于肺癌預(yù)后的生物標(biāo)志物及其用圖
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明設(shè)及肺癌預(yù)后領(lǐng)域，主要是肺癌生存概率和術(shù)后復(fù)發(fā)概率預(yù)測(cè)。更具體地， 本發(fā)明設(shè)及用于肺癌預(yù)后的生物標(biāo)志物及其用途。
【背景技術(shù)】
[0002] 根據(jù)世界最權(quán)威的醫(yī)學(xué)雜志CA:ACancerJournalforClinicians(2013 ; 63:11-30)報(bào)道，美國(guó)2013年腫瘤新發(fā)病例高達(dá)166萬(wàn)，死于腫瘤的人數(shù)為58萬(wàn)。其中肺 癌的病死率排在第一位，每年有16萬(wàn)3千人死于肺癌，每年新發(fā)生的肺癌病例亦高達(dá)24 萬(wàn)6千。按美國(guó)3.1億人口每年新發(fā)生的肺癌病例24萬(wàn)6千估算，中國(guó)13. 8億人口每年 新發(fā)生的肺癌病例數(shù)應(yīng)為109萬(wàn)5千。
[0003] 《2012中國(guó)腫瘤登記年報(bào)》表明，中國(guó)每年新發(fā)癌癥病例約312萬(wàn)，因癌癥死亡超 過200萬(wàn)。中國(guó)人患病最多的癌癥分別為肺癌、胃癌、直腸癌、肝癌、食管癌，死亡最多的癌 種亦是肺癌。過去30年間，肺癌死亡率在中國(guó)上升了 465 %，已取代肝癌成為中國(guó)首位惡性 腫瘤死亡原因。按中國(guó)13. 8億人口發(fā)病率為51. 71每十萬(wàn)人計(jì)算，中國(guó)每年新發(fā)生的肺癌 病例數(shù)為71萬(wàn)4千。此數(shù)低于109萬(wàn)5千，有可能出現(xiàn)了部分漏診，尤其在農(nóng)村地區(qū)。
[0004] 據(jù)世界衛(wèi)生組織統(tǒng)計(jì)，2008年的癌癥死亡人數(shù)高達(dá)760萬(wàn)（約占所有死亡人數(shù)的 13%)，其中肺癌（137萬(wàn)例死亡）亦排在第一位。
[0005] 肺癌可分為小細(xì)胞性肺癌和非小細(xì)胞性肺癌。非小細(xì)胞性肺癌占全部肺癌的85% W上，包括腺癌（ADC),鱗狀細(xì)胞癌（SCC)和大細(xì)胞肺癌化C)等。肺癌的發(fā)病與預(yù)后機(jī)制 復(fù)雜，設(shè)及多個(gè)基因與環(huán)境因素共同作用。其治療方案通常包括手術(shù)，加術(shù)后化療（ACT) 或放射治療（ART)。但對(duì)不同患者采取何種方式更好，術(shù)后是否加化療，醫(yī)生缺乏有效的根 據(jù)。其后果是給很多患者帶來(lái)了過度的不恰當(dāng)?shù)闹委?，既增加了很多副作用，又增加了?者不必要的額外的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)，尤其加速了部分肺癌患者的死亡?；颊咭鄬?duì)其預(yù)后毫不知情。
[0006] 非小細(xì)胞性肺癌患者的5年生存率平均不到20%。然而生存期差異很大，生存最 短的只有零個(gè)月，最長(zhǎng)的則達(dá)180個(gè)月W上。只有用現(xiàn)代基因或基因表達(dá)檢測(cè)技術(shù)才有可 能掲示其本質(zhì)。在運(yùn)個(gè)基因表達(dá)時(shí)代，預(yù)測(cè)肺癌生存期及肺癌的個(gè)性化治療都迫切需要一 種經(jīng)過廣泛驗(yàn)證且容易操作的基因表達(dá)模型。
[0007] 自2001發(fā)表第一篇有關(guān)非小細(xì)胞性肺癌的基因表達(dá)忍片（GE巧研究數(shù)據(jù) 度hattacharjee，A.etal.PNAS98,13790-13795,（2001))W來(lái)，14年來(lái)已經(jīng)有許多項(xiàng)研究 提出了預(yù)測(cè)肺癌生存期的基因表達(dá)模型。運(yùn)些基因表達(dá)模型少則一個(gè)基因，多則數(shù)百個(gè)基 因不等。絕大部分都是基于小樣本或者局限于單一研究機(jī)構(gòu)的數(shù)據(jù)，最終并不能在不同國(guó) 家不同數(shù)據(jù)中得到廣泛驗(yàn)證。而且有相當(dāng)一部分作者明明有10年W上的隨訪資料，卻只比 較5年的生存期變化，運(yùn)無(wú)疑會(huì)帶來(lái)更大的偏差。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0008] 針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)存在的缺陷，本發(fā)明人收集了全世界9個(gè)國(guó)家和地區(qū)迄今為止14年 來(lái)公開發(fā)布的17大研究總計(jì)2738例肺癌的基因表達(dá)忍片（GE巧數(shù)據(jù)，采用最先進(jìn)最科學(xué) 的分析計(jì)算方法，篩選肺癌預(yù)后相關(guān)的基因。因此，本發(fā)明的目的是提供用于對(duì)肺癌患者進(jìn) 行預(yù)后和/或治療監(jiān)控的生物標(biāo)志物，預(yù)測(cè)肺癌患者的生存率和術(shù)后復(fù)發(fā)概率，提高肺癌 患者的生存率和節(jié)約治療費(fèi)用。
[0009] 在本發(fā)明的第一方面，提供了一種用于肺癌預(yù)后的多核巧酸集，所述多核巧酸集 包括編碼W下蛋白質(zhì)的多核巧酸中的一種或多種：
[0010] Argonaute蛋白R(shí)ISC催化組分4(AG04);錯(cuò)蛋白重復(fù)結(jié)構(gòu)域11(ANK畑11);錯(cuò)蛋白 重復(fù)結(jié)構(gòu)域40(ANKRD40);適配器相關(guān)蛋白復(fù)合物1，Σ1亞基（AP1S1);共濟(jì)失調(diào)類似蛋白 I(ATXNIL);大腦表達(dá)，X連鎖蛋白-5度EX5);聯(lián)苯水解酶樣蛋白（絲氨酸水解酶）度閒〇 ; 染色體盒同源蛋白8(CBX8) ;55kDa的中屯、體蛋白（CEP55);軟骨素聚合因子（CHP巧；氯離 子通道5(CLIC5);脫抑素C(CST3);脫抑素A(脫抑蛋白A)(CSTA);組織蛋白酶B(CTSB); 組織蛋白酶D(CTSD) ;DEAH(天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-組氨酸）盒多膚37值HX37); 化aJ/Hsp40同源物亞家族C成員27值NAJC27);蓬片段極性蛋白l(DVLl);上皮膜蛋白 2(EMP2);序列相似性111家庭蛋白，成員B(FAMlllB) ;Fc受體樣蛋白（FO?L) ;Fc受體樣蛋 白A(FCRLA);甲酯膚受體l(FPRl);膠原蛋白β(1-0)半乳糖轉(zhuǎn)移酶1(化T25D1);膠原蛋白 0 (1-0)半乳糖轉(zhuǎn)移酶（GLT25D2);鳥嚷嶺核巧酸結(jié)合蛋白（G蛋白），q多膚（GNA曲；含有 糖基轉(zhuǎn)移酶樣結(jié)構(gòu)域UGTDC1) ;GTP酶，非常大的干擾素誘導(dǎo)蛋白l(GVINl);組蛋白去乙酷 化酶4化DAC4);組蛋白去乙酷化酶5化DA巧）；135/155kDa的內(nèi)著絲粒蛋白抗原（INCENP); 40kDa的肌醇多憐酸-5-憐酸酶（INPP5A);肌醇聚憐酸鹽多激酶（IPMK);肌醇四憐酸激酶 ΙαΤΡΚΙ) ;1，4,5-Ξ憐酸肌醇1型受體（ITPR1);化ηB蛋白（JUNB) ;3-酬二氨神經(jīng)銷氨 醇還原酶（邸SR);丙型肝炎病毒NS5A反式蛋白9(ΚΙΑΑ0101) ;Kru卵el樣因子8化LF8); Kelch樣家族成員6化LHL6);溶血憐脂酸受體l(LPARl);亮氨酸豐富重復(fù)化II相互作用蛋 白ULRRFIP1);有絲分裂阻滯缺陷2樣蛋白1 ;MRWL結(jié)構(gòu)域包含蛋白3(MARVELD3);賴氨 酸特異性甲基轉(zhuǎn)移酶2A(MLL);髓銷零樣蛋白l(MPZLl);肌球蛋白調(diào)節(jié)輕鏈相互作用蛋白 (MYLI巧；Myozeninl蛋白（MY0Z1);非平滑肌細(xì)胞濃縮復(fù)合體1亞單位G(NCAPG);核受體共 激活因子2(NC0A2);核受體共激活因子3(NC0A3) ;NIPA樣結(jié)構(gòu)域包含蛋白3(NPAL3);骨質(zhì) 疏松癥相關(guān)跨膜蛋白l(OSTMl);肌丙酬酸激酶（PKM2);原膠原賴氨酸，2-酬戊二酸5-雙加 氧酶2任L0D2);原膠原賴氨酸，2-酬戊二酸5-雙加氧酶3任L0D3);蛋白憐酸酶1，調(diào)節(jié)亞 基15A(PPP1R15A);蛋白憐酸酶4,催化亞基（PPP4C);刺癢同源蛋白2(果蛹）（PRICKLE2); 前列腺素還原酶UPTGR1);酪氨酸蛋白憐酸酶，非受體類型5(紋狀體-富集的HPTPN5); RalGEF與PH域和甜3結(jié)合基序蛋白2 (RALGPS2) ;RNA結(jié)合基序蛋白12B(RBM12B) ;RNA結(jié) 合基序蛋白17(RBM17) ;G蛋白的調(diào)節(jié)信號(hào)2(RGS2) ;G蛋白的調(diào)節(jié)信號(hào)lO(RGSlO) ;G蛋白 的調(diào)節(jié)信號(hào)19(RGS19) ;RIC8鳥嚷嶺核巧酸交換因子MRIC8A);受體燈NFRS巧-相互作用 絲氨酸-蘇氨酸激酶URIPK1);
[0011] 無(wú)名指蛋白166(RNF166);色素性視網(wǎng)膜炎蛋白2狂連鎖隱性）（RP2) ;RUN和FYVE 結(jié)構(gòu)域包含蛋白3 (RUFY3);林-12樣3 (線蟲）S化-1抑制子（S化1L3) ;SH2結(jié)構(gòu)域包含蛋 白1B(SH2D1B);溶質(zhì)載體家族7(氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)輕鏈，L系列），成員8(化口A8);脾病灶形成病 毒（SFFV)前病毒基因整合原癌基因1蛋白（SPI1);血影α非紅細(xì)胞1型蛋白（SPTAN1); 轉(zhuǎn)錄適配器3燈4043);1'-箱子21燈8乂21);1'齡口結(jié)構(gòu)域包含蛋白8燈齡口8);417/1?邸輸 出因子燈冊(cè)〔4);跨膜emp24蛋白運(yùn)輸結(jié)構(gòu)域包含蛋白4燈MED4) 方結(jié)合基序包含蛋白 28燈RIM28);泛素結(jié)合酶E20 0JBE20);空泡蛋白分選37同源結(jié)構(gòu)D(VPS37D);鋒指蛋白 33UZNF331)。
[0012] 在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，本發(fā)明的多核巧酸集除了包括編碼上述蛋白質(zhì)的多核巧酸 中的一種或多種之外，還包括編碼W下蛋白質(zhì)的多核巧酸：
[001引α-1微球蛋白/bikunin前體（AMB巧；巧調(diào)蛋白1 (憐酸激酶）（CALM1);脫抑素B(脫抑B) (CSTB);鳥嚷嶺核巧酸結(jié)合蛋白（G蛋白），α-抑制活性多膚3(GNAI3);生長(zhǎng)抑 制家族成員3QNG3);基質(zhì)金屬膚酶14(膜插入）（MMP14) ;PDZ結(jié)合激酶（PBK);增殖細(xì)胞 核抗原（PCNA);多喀晚通道結(jié)合蛋白3(PTBP^ ;VANGL平面細(xì)胞極性蛋白l(VANGLl)。
[0014] 在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，本發(fā)明的多核巧酸集包括編碼W下蛋白質(zhì)的多核巧酸：
[0015] 錯(cuò)蛋白重復(fù)結(jié)構(gòu)域lUANK畑11);組織蛋白酶B(CTSB);鳥嚷嶺核巧酸結(jié)合蛋白（G 蛋白），α-抑制活性多膚3 (GNAI3);肌醇S憐酸3-激酶B(ITP邸）巧型肝炎病毒NS5A反 式蛋白9(ΚΙΑΑ0101);原膠原賴氨酸，2-酬戊二酸5-雙加氧酶2任L0D2) ;VAN化平面細(xì)胞極 性蛋白1 (VANGL1)。在本發(fā)明的另一方面，提供了所述的多核巧酸集在用于制備肺癌預(yù)后檢 測(cè)試劑或試劑盒中的用途。
[0016] 在本發(fā)明的另一方面，提供了一種用于肺癌預(yù)后的蛋白質(zhì)組，所述蛋白質(zhì)組包括 W下蛋白質(zhì)的一種或多種：
[0017] Argonaute蛋白R(shí)ISC催化組分4(AG04);錯(cuò)蛋白重復(fù)結(jié)構(gòu)域11(ANK畑11);錯(cuò)蛋白 重復(fù)結(jié)構(gòu)域40(ANKRD40);適配器相關(guān)蛋白復(fù)合物1，Σ1亞基（AP1S1);共濟(jì)失調(diào)類似蛋白 I(ATXNIL);大腦表達(dá)，X連鎖蛋白-5度EX5);聯(lián)苯水解酶樣蛋白（絲氨酸水解酶）度閒〇 ; 染色體盒同源蛋白8(CBX8) ;55kDa的中屯、體蛋白（CEP55);軟骨素聚合因子（CHP巧；氯離 子通道5(CLIC5);脫抑素C(CST3);脫抑素A(脫抑蛋白A)(CSTA);組織蛋白酶B(CTSB); 組織蛋白酶D(CTSD) ;DEAH(天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-組氨酸）盒多膚37值HX37); 化aJ/Hsp40同源物亞家族C成員27值NAJC27);蓬片段極性蛋白l(DVLl);上皮膜蛋白 2(EMP2);序列相似性111家庭蛋白，成員B(FAMlllB) ;Fc受體樣蛋白（FC化）；Fc受體樣蛋 白A(FCRLA);甲酯膚受體l(FPRl);膠原蛋白β(1-0)半乳糖轉(zhuǎn)移酶1佑LT25D1);膠原蛋白 0 (1-0)半乳糖轉(zhuǎn)移酶（GLT25D2);鳥嚷嶺核巧酸結(jié)合蛋白（G蛋白），q多膚（GNA曲；含有 糖基轉(zhuǎn)移酶樣結(jié)構(gòu)域l(GTDCl) ;GTP酶，非常大的干擾素誘導(dǎo)蛋白l(GVINl) (GTPase，ve巧 largeinterferoninducible1);組蛋白去乙酷化酶4(HDAC4);組蛋白去乙酷化酶 5化DA巧）；135/155kDa的內(nèi)著絲粒蛋白抗原（INCENP) ;40kDa的肌醇多憐酸-5-憐酸酶 (INPP5A);肌醇聚憐酸鹽多激