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多重y-str分析的制作方法_2

文檔序號(hào):8435391閱讀:來源:國(guó)知局
施例中,檢測(cè)步驟不檢測(cè)熒光。在實(shí)施 例中,當(dāng)檢測(cè)步驟不檢測(cè)熒光時(shí),檢測(cè)步驟可以包括離子半導(dǎo)體檢測(cè)、焦磷酸鹽釋放檢測(cè)或 質(zhì)譜檢測(cè)。在所述方法的各種實(shí)施例中,擴(kuò)增引物集可以進(jìn)一步包括用于擴(kuò)增至少5個(gè)附 加Y-STR標(biāo)志物的引物,其中所述引物可以被配置成用于提供至少5個(gè)附加Y-STR標(biāo)志物 的具有大于約220個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大小的每個(gè)擴(kuò)增子集。在所述方法的各種實(shí)施例中, 當(dāng)擴(kuò)增引物集擴(kuò)增超過11個(gè)Y-STR標(biāo)志物時(shí),那么所述引物集可以被配置成用于提供超過 11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的具有小于約410個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大小的所有擴(kuò)增子集。在所述方法 的各種實(shí)施例中,當(dāng)擴(kuò)增引物集擴(kuò)增超過11個(gè)Y-STR標(biāo)志物時(shí),那么所述引物集可以被配 置成用于提供超過11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的具有小于約420個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大小的所有擴(kuò) 增子集。在所述方法的一些實(shí)施例中,擴(kuò)增引物集可以包括25個(gè)Y-STR標(biāo)志物。在一些實(shí) 施例中,擴(kuò)增引物集可以用至少5種熒光染料中的一種標(biāo)記。在一些其它實(shí)施例中,至少11 個(gè)Y-STR標(biāo)志物的每個(gè)擴(kuò)增子集可以用至少5種熒光染料中的一種標(biāo)記。在所述方法的各 種實(shí)施例中,用于標(biāo)記引物和/或擴(kuò)增子的至少5種熒光染料可以被配置成在光譜上截然 不同的。用于所述方法中的擴(kuò)增引物集可以進(jìn)一步包括至少一個(gè)包括迀移率調(diào)節(jié)劑的擴(kuò)增 引物。在所述方法的一些實(shí)施例中,至少一個(gè)擴(kuò)增子集可以包括迀移率調(diào)節(jié)劑。在所述方 法的各種實(shí)施例中,擴(kuò)增至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的擴(kuò)增引物集可以擴(kuò)增DYS576、DYS389I、 DYS460、DYS458、DYS19、DYS456、DYS390、DYS570、DYS437、DYS393 和 DYS439。在其它實(shí)施 例中,擴(kuò)增至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的擴(kuò)增引物集可以擴(kuò)增至少5個(gè)作為快速突變基因座的 Y-STR標(biāo)志物。在一些實(shí)施例中,至少5個(gè)快速突變Y-STR標(biāo)志物可以包括DYF387Slab、 DYS449、DYS570、DYS576和DYS627。在其它實(shí)施例中,至少5個(gè)快速突變Y-STR標(biāo)志物可以 進(jìn)一步包括DYS518。在所述方法的一些實(shí)施例中,用于擴(kuò)增至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的引物 集可以是用于擴(kuò)增以下各者的引物集:DYF387Slab、DYS19、DYS385ab、DYS389I、DYS389II、 DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS460、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS449、DYS456、 DYS458、DYS481、DYS518、DYS533、DYS570、DYS576、DYS627、DYS635 和 Y-GATA-H4。在其 它實(shí)施例中,用于擴(kuò)增至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的引物集可以是用于擴(kuò)增以下各者的引物 集:DYF387Slab、DYS19、DYS385ab、DYS389I、DYS389II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、 DYS460、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS449、DYS456、DYS458、DYS481、DYS533、DYS570、 DYS576、DYS627、DYS635、DYS643和Y-GATA-H4。在一些實(shí)施例中,所述方法包括用于擴(kuò)增 27個(gè)Y-STR標(biāo)志物的等位基因的擴(kuò)增引物集。
[0012] 在又另一個(gè)方面,本發(fā)明提供一種擴(kuò)增引物集,包括用于擴(kuò)增至少22個(gè)Y-STR標(biāo) 志物的引物,其中所述Y-STR標(biāo)志物中的至少5個(gè)是快速突變基因座。在一些實(shí)施例中,所 述至少 5 個(gè)快速突變 Y-STR 標(biāo)志物包括 DYF387Slab、DYS449、DYS570、DYS576 和 DYS627。 在一些實(shí)施例中,所述至少5個(gè)快速突變Y-STR標(biāo)志物包括DYS518。在不同實(shí)施例中,被配 置成用于擴(kuò)增至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的擴(kuò)增引物集可以進(jìn)一步被配置成用于提供至少11 個(gè)Y-STR標(biāo)志物的具有小于約220個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大小的每個(gè)擴(kuò)增子集。在其它實(shí)施例 中,用于擴(kuò)增至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的擴(kuò)增引物集可以被配置成用于提供至少22個(gè)Y-STR 標(biāo)志物的各自具有小于約410個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大小的擴(kuò)增子集。在其它實(shí)施例中,用于 擴(kuò)增至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的擴(kuò)增引物集可以被配置成用于提供至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物 的各自具有小于約420個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大小的擴(kuò)增子集。在一些實(shí)施例中,擴(kuò)增子堿基 對(duì)大小的檢測(cè)可以通過熒光檢測(cè)來執(zhí)行。在一些實(shí)施例中,擴(kuò)增子堿基對(duì)大小的檢測(cè)可以 通過依賴于迀移率的分析技術(shù)執(zhí)行。依賴于迀移率的分析技術(shù)可以是毛細(xì)管電泳。在一些 其它實(shí)施例中,擴(kuò)增子堿基對(duì)大小的檢測(cè)可以通過測(cè)序技術(shù)執(zhí)行,不使用熒光染料標(biāo)記的 檢測(cè)。擴(kuò)增引物集可以包括25個(gè)Y-STR標(biāo)志物。在一些實(shí)施例中,擴(kuò)增引物集用至少5種 熒光染料中的一種標(biāo)記。在一些實(shí)施例中,至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的每個(gè)擴(kuò)增子集用至少 5種熒光染料中的一種標(biāo)記。用于標(biāo)記引物和/或擴(kuò)增子的至少5種熒光染料可以被配置 成在光譜上截然不同的。擴(kuò)增引物集可以進(jìn)一步包括至少一個(gè)包括迀移率調(diào)節(jié)劑的擴(kuò)增引 物。用于擴(kuò)增至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的擴(kuò)增引物集可以被配置成用于提供Y-STR標(biāo)志物 的至少一個(gè)擴(kuò)增子集,其中所述至少一個(gè)擴(kuò)增子集包括迀移率調(diào)節(jié)劑。在一些實(shí)施例中,至 少 22 個(gè) Y-STR 標(biāo)志物可以包括 DYF387Slab、DYS19、DYS385ab、DYS389I、DYS389II、DYS390、 DYS391、DYS392、DYS393、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS449、DYS456、DYS458、DYS570、 DYS576、DYS627、DYS635和Y-GATA-H4。在其它實(shí)施例中,至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物可以包 括 DYF387Slab、DYS19、DYS385ab、DYS389I、DYS389II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、 DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS449、DYS456、DYS458、DYS518、DYS570、DYS576、DYS627、 DYS635和Y-GATA-H4??梢蕴峁┮环N用于共擴(kuò)增至少一個(gè)DNA樣品的基因座集的試劑盒, 包括用于擴(kuò)增至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的擴(kuò)增引物集,其中所述Y-STR標(biāo)志物中的至少5個(gè) 是快速突變基因座;以及任選地,大小標(biāo)準(zhǔn)。在一些實(shí)施例中,所述大小標(biāo)準(zhǔn)是等位基因分 型標(biāo)準(zhǔn)物。
[0013] 在又另一個(gè)方面,提供一種用于擴(kuò)增人類男性的Y-STR標(biāo)志物的等位基因的方 法,包括以下步驟:使可以含有人類男性的DNA樣品的樣品與包括用于擴(kuò)增至少22個(gè) Y-STR標(biāo)志物的等位基因的引物的擴(kuò)增引物集接觸,其中所述Y-STR標(biāo)志物中的至少5個(gè) 是快速突變基因座;并且擴(kuò)增所述樣品,由此形成至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的多個(gè)擴(kuò)增子集。 在所述方法的一些實(shí)施例中,提供至少23個(gè)Y-STR標(biāo)志物的等位基因的擴(kuò)增引物集,其中 所述Y-STR標(biāo)志物中的至少5個(gè)是快速突變基因座。在又其它實(shí)施例中,提供27個(gè)Y-STR 標(biāo)志物的等位基因的擴(kuò)增引物集,其中所述Y-STR標(biāo)志物中的至少5個(gè)是快速突變基因座。 在一些實(shí)施例中,所述27個(gè)Y-STR標(biāo)志物包括2個(gè)具有有助于Y-STR標(biāo)志物的總數(shù)的雙重 拷貝標(biāo)志物的Y-STR標(biāo)志物。在一些實(shí)施例中,至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物中的至少11個(gè)的 每個(gè)擴(kuò)增子集具有小于約220個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大小。在其它實(shí)施例中,至少23個(gè)Y-STR 標(biāo)志物中的至少11個(gè)的每個(gè)擴(kuò)增子集具有小于約220個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大小。在又其它 實(shí)施例中,27個(gè)Y-STR標(biāo)志物中的至少11個(gè)的每個(gè)擴(kuò)增子集具有小于約220個(gè)堿基對(duì)的堿 基對(duì)大小。在所述方法的各種實(shí)施例中,提供包括用于擴(kuò)增至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的等位 基因的引物的擴(kuò)增引物集,其中所述Y-STR標(biāo)志物中的至少6個(gè)是快速突變基因座。在所 述方法的各種實(shí)施例中,提供包括用于擴(kuò)增至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的等位基因的引物的擴(kuò) 增引物集,其中所述Y-STR標(biāo)志物中的至少7個(gè)是快速突變基因座。所述方法可以進(jìn)一步 包括以下步驟:檢測(cè)每個(gè)擴(kuò)增子集,借此鑒別至少22個(gè)Y-STR標(biāo)志物的等位基因。在一些 實(shí)施例中,鑒別至少23個(gè)Y-STR標(biāo)志物的等位基因。在又其它實(shí)施例中,鑒別27個(gè)Y-STR 標(biāo)志物的等位基因。在一些實(shí)施例中,檢測(cè)步驟是熒光檢測(cè)步驟。在一些實(shí)施例中,檢測(cè) 步驟通過使用依賴于迀移率的分析分離多個(gè)擴(kuò)增子集來執(zhí)行,其中多個(gè)擴(kuò)增子集經(jīng)熒光標(biāo) 記。在其它實(shí)施例中,檢測(cè)步驟不檢測(cè)熒光。在實(shí)施例中,當(dāng)檢測(cè)步驟不檢測(cè)熒光時(shí),檢測(cè) 步驟可以包括離子半導(dǎo)體檢測(cè)、焦磷酸鹽釋放檢測(cè)或質(zhì)譜檢測(cè)。在一些實(shí)施例中,含有具有 小于約220個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大小的擴(kuò)增子的至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物是DYS576、DYS389I、 DYS460、DYS458、DYS19、DYS456、DYS390、DYS570、DYS437、DYS393 和 DYS439。在一些實(shí)施例 中,至少5個(gè)快速突變Y-STR標(biāo)志物選自由以下組成的群組:DYF387Slab、DYS449、DYS518、 DYS570、DYS576和DYS627。在其它實(shí)施例中,至少5個(gè)快速突變Y-STR標(biāo)志物是6個(gè)快速 突變Y-STR標(biāo)志物。
[0014]另一方面,提供一種男性個(gè)體鑒別的方法,包括以下步驟:使含有人類男性核酸 的樣品與包括用于擴(kuò)增至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的等位基因的引物的擴(kuò)增引物集接觸;并 且擴(kuò)增所述樣品,由此形成至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的多個(gè)擴(kuò)增子集,其中每個(gè)擴(kuò)增子集 具有小于約220個(gè)堿基對(duì)的堿基對(duì)大??;并且檢測(cè)每個(gè)擴(kuò)增子集,借此鑒別男性個(gè)體的等 位基因。在所述方法的各種實(shí)施例中,擴(kuò)增至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的擴(kuò)增引物集可以擴(kuò) 增 DYS576、DYS389I、DYS460、DYS458、DYS19、DYS456、DYS390、DYS570、DYS437、DYS393 和 DYS439。在其它實(shí)施例中,擴(kuò)增至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的步驟可以包括擴(kuò)增至少5個(gè)作為 快速突變基因座的Y-STR標(biāo)志物。在一些實(shí)施例中,至少5個(gè)快速突變Y-STR標(biāo)志物可以 包括DYF387Slab、DYS449、DYS570、DYS576和DYS627。在其它實(shí)施例中,至少5個(gè)快速突 變Y-STR標(biāo)志物可以進(jìn)一步包括DYS518。在所述方法的一些實(shí)施例中,用于擴(kuò)增至少11個(gè) Y-STR標(biāo)志物的引物集可以是用于擴(kuò)增以下各者的引物集:DYF387Slab、DYS19、DYS385ab、 DYS389I、DYS389II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS460、DYS437、DYS438、DYS439、 DYS448、DYS449、DYS456、DYS458、DYS481、DYS518、DYS533、DYS570、DYS576、DYS627、DYS635 和Y-GATA-H4。在其它實(shí)施例中,用于擴(kuò)增至少11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的引物集可以是用于擴(kuò) 增以下各者的引物集:DYF387Slab、DYS19、DYS385ab、DYS389I、DYS389II、DYS390、DYS391、 DYS392、DYS393、DYS460、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS449、DYS456、DYS458、DYS481、 DYS533、DYS570、DYS576、DYS627、DYS635、DYS643 和 Y-GATA-H4。在一些實(shí)施例中,所述方 法包括用于擴(kuò)增超過11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的等位基因的擴(kuò)增引物集。在其它實(shí)施例中,超過 11個(gè)Y-STR標(biāo)志物的多個(gè)擴(kuò)增子集,其中所述多個(gè)擴(kuò)增子集具有小于約410個(gè)堿基對(duì)的堿 基對(duì)大小。在一些實(shí)施例中,檢測(cè)步驟是熒光檢測(cè)步驟。在一些實(shí)施例中,所述方法進(jìn)一步 包括以下步驟:比較針對(duì)第一男性個(gè)體所鑒別的等位基因與針對(duì)第二男性個(gè)體所鑒別的等 位基因,借此使第一男性個(gè)體與第二男性個(gè)體可區(qū)分。在一些實(shí)施例中,第一男性個(gè)體具有 與第二男性個(gè)體類似的父系遺傳譜系。
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