本發(fā)明屬于圓環(huán)病毒檢測技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及用于檢測竹鼠圓環(huán)病毒的pcr引物及其試劑盒。

背景技術(shù)：

圓環(huán)病毒為無囊膜、二十面體對稱的動物病毒，其基因組為單股環(huán)狀dna，是目前已知最小的致病性動物病毒。圓環(huán)病毒常呈潛伏感染，易侵害動物免疫系統(tǒng)，導(dǎo)致機體免疫力下降，使動物對多種病原易感性增加，并使動物發(fā)病。

隨著我國特種動物養(yǎng)殖業(yè)的迅速發(fā)展，竹鼠養(yǎng)殖業(yè)得以不斷壯大，而目前國內(nèi)外在竹鼠圓環(huán)病毒性疾病領(lǐng)域的研究和報道還處于空白狀態(tài)，臨床上針對竹鼠圓環(huán)病毒病及由此引起的繼發(fā)性疾病的防治也處于被動甚至空白狀態(tài)。迄今，國內(nèi)外沒有任何關(guān)于該病毒的基因參考序列。本課題組根據(jù)竹鼠病毒宏基因組學(xué)結(jié)果發(fā)現(xiàn)，竹鼠圓環(huán)病毒與世界上已經(jīng)報道的圓環(huán)病毒比較，該病毒與英國從發(fā)病的狐貍體內(nèi)分離的圓環(huán)病毒同源性最高，但全基因組也只有66.4％的同源性，衣殼蛋白氨基酸的同源性只有55.0％。國際病毒分類委員會提出，圓環(huán)病毒新的種的界定標(biāo)準(zhǔn)為：全基因組同源性小于75％，衣殼蛋白氨基酸的同源性小于70％即為一種新的圓環(huán)病毒，所以目前我們分離到的竹鼠圓環(huán)病毒是一種完全沒有報道的新的圓環(huán)病毒。因此，急需一種快速檢測竹鼠圓環(huán)病毒病的方法，來對發(fā)病竹鼠進行及時診治。

技術(shù)實現(xiàn)要素：

本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是提供一種特異、敏感、快速、簡便的用于檢測竹鼠圓環(huán)病毒的pcr引物及其試劑盒。

為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明采用以下技術(shù)方案：

用于檢測竹鼠圓環(huán)病毒的pcr引物，包括引物cp1和引物cp2，它們分別具有以下堿基序列：

引物cp15′-agagggtcgaagatgaaagg-3′，

引物cp25′-aggtggggggtcccattct-3′。

用于檢測竹鼠圓環(huán)病毒的pcr試劑盒，該試劑盒含有引物cp1和引物cp2，它們分別具有以下堿基序列：

引物cp15′-agagggtcgaagatgaaagg-3′，

引物cp25′-aggtggggggtcccattct-3′。

引物cp1和引物cp2的摩爾比為1∶1。

引物cp1和引物cp2的濃度均為20μm。

該試劑盒還含有以下試劑：dna提取試劑、pcr擴增試劑、竹鼠圓環(huán)病毒陽性對照和陰性對照。

dna提取試劑為axygen體液病毒dna/rna小量試劑盒，pcr擴增試劑為2×estaqmastermix。

竹鼠圓環(huán)病毒陽性對照為竹鼠圓環(huán)病毒衣殼蛋白基因片段cdna的質(zhì)粒，陰性對照為竹鼠圓環(huán)病毒陰性的昆明小鼠血清。

針對竹鼠圓環(huán)病毒檢測和診斷的缺乏有效可靠技術(shù)的問題，發(fā)明人設(shè)計并制備了用于檢測竹鼠圓環(huán)病毒的pcr引物，包括引物cp1和引物cp2，它們分別具有序列表中seq.id.no.1和seq.id.no.2的堿基序列。據(jù)此，發(fā)明人還制備了相應(yīng)的pcr試劑盒并建立相應(yīng)的pcr檢測方法，該試劑盒含有引物cp1和引物cp2、dna提取試劑、pcr擴增試劑、竹鼠圓環(huán)病毒陽性對照和陰性對照。實驗表明，本發(fā)明具有特異、敏感、快速、簡便的特點，彌補了目前臨床上檢測該病毒的技術(shù)空缺，可作為養(yǎng)殖場、基層實驗室等場所開展快速檢測的良好方法。

附圖說明

圖1是本發(fā)明pcr檢測方法退火溫度試驗檢測結(jié)果圖，圖中：1.50℃；2.52℃；3.55℃；4.60℃；5.ddh2o；m：dl2000dna分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。

圖2是本發(fā)明pcr檢測方法特異性試驗結(jié)果圖，圖中：1.竹鼠圓環(huán)病毒；2.ddh2o；3.竹鼠內(nèi)源性反轉(zhuǎn)錄病毒；4.竹鼠細(xì)小病毒；m：dl2000dna分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。

圖3是本發(fā)明pcr檢測方法敏感性試驗結(jié)果圖，圖中：1：未稀釋的模板(78ng/μl)dna擴增結(jié)果；2～5依次為10^-1～10^-4倍比稀釋模板dna擴增結(jié)果；m：dl2000dna分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。

圖4是本發(fā)明pcr檢測方法的臨床檢測結(jié)果圖，圖中：1.陽性；2.檢測樣品；3.陰性對照；m：dl2000dna分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。

具體實施方式

實施例1引物設(shè)計

根據(jù)前期病毒宏基因組學(xué)測序結(jié)果得到的竹鼠圓環(huán)病毒基因序列(其全長序列見seq.id.no.4)的保守區(qū)域設(shè)計引物，得到一對位于衣殼蛋白基因的引物cp1和cp2(見表1)，送深圳華大基因合成，用depc處理水溶解，-20℃保存。

表1引物序列

實施例2pcr反應(yīng)體系與反應(yīng)程序的建立

1、dna模板制備

均勻剪取發(fā)病竹鼠的心、肝、脾、肺、腎等組織與抽濾除菌dmem按體積比1∶5的比例研磨制成病料懸液，分裝到1.5mlep管內(nèi)，經(jīng)3次凍融后，將病料懸液8000rpm4℃離心5min，取上清200μl，同時等量吸取陽性對照與陰性對照(見實施例6)并編號。按照axygen體液病毒dna/rna小量試劑盒提取模板dna，產(chǎn)物直接用于pcr反應(yīng)或置于-20℃保存。

2、pcr擴增反應(yīng)

按pcr反應(yīng)體系(見表2)配制反應(yīng)混合物放入takarapcr儀，pcr反應(yīng)程序：預(yù)變性：95℃5min；擴增32個循環(huán)(包括：變性：94℃30sec；退火：60℃45sec；延伸：72℃1min)；最后延伸：72℃7min。反應(yīng)結(jié)束后，取pcr產(chǎn)物5μl點樣于1％瓊脂糖凝膠加樣孔內(nèi)(含0.5μg/ml溴化乙錠)電泳進行鑒定，如電泳結(jié)果在817bp處出現(xiàn)擴增條帶，同時陰、陽性成立，即表明待檢樣品中有竹鼠圓環(huán)病毒。

表2pcr反應(yīng)液組份

實施例3pcr檢測方法退火溫度確定

用提取好的樣品dna做模板，設(shè)置不同的退火溫度，然后其他條件均設(shè)置成相同進行pcr，pcr完成后取產(chǎn)物5μl點樣于1％瓊脂糖凝膠加樣孔內(nèi)(含0.5μg/ml溴化乙錠)。電泳后的凝膠于紫外分析儀下觀察結(jié)果，以確定其最佳退火溫度，結(jié)果顯示退火溫度從50℃-60℃，pcr產(chǎn)物結(jié)果均很特異(圖1)，最終確定檢測方法的退火溫度設(shè)為60℃。

實施例4特異性實驗

用前述已建立的pcr方法，分別以竹鼠圓環(huán)病毒、竹鼠細(xì)小病毒、竹鼠內(nèi)源性反轉(zhuǎn)錄病毒、ddh2o分別為病毒核酸模板進行pcr試驗，按表2的體系配制反應(yīng)液，按照實施例2的方法進行特異性試驗。結(jié)果顯示只有竹鼠圓環(huán)病毒能進行特異性擴增，其它病毒不能擴增出目的條帶(圖2)。結(jié)果表明，本發(fā)明檢測方法具有很高的特異性。

實施例5靈敏度實驗

用蛋白質(zhì)核酸測定儀測定了模板dna濃度為78ng/μl，對模板dna進行10倍倍比稀釋然后進行pcr，32個pcr循環(huán)后，檢測該方法的敏感性，最終測定該方法的最低檢測量為78pg(圖3)。

實施例6試劑盒組裝

根據(jù)以上實施例的研究結(jié)果，組裝檢測試劑盒以方便使用。

1、引物為cp1和cp2，濃度均為20μm。

2、dna提取試劑：使用總dna純化試劑為axygen體液病毒dna/rna小量試劑盒。

3、pcr擴增試劑：普通的2×estaqmastermix(天根生物公司生產(chǎn))。

4、竹鼠圓環(huán)病毒陽性對照和陰性對照

陽性對照：將需擴增的衣殼蛋白基因的目的序列(seq.id.no.3)經(jīng)pcr擴增并克隆進pmd-18t，構(gòu)成并測序驗證100％同源，最后制備目的片段重組質(zhì)粒pmd-c1，在含氨芐青霉素的lb細(xì)菌培養(yǎng)液中進行培養(yǎng)，收獲菌液提取質(zhì)粒作為陽性對照。

陰性對照：無菌采集的竹鼠圓環(huán)病毒陰性的昆明小鼠血清。

實施例7臨床應(yīng)用

對臨床上疑似患竹鼠圓環(huán)病毒的病鼠進行解剖采樣檢測，使用前述試劑盒按照本發(fā)明的pcr檢測方法進行。結(jié)果顯示，臨床檢測樣品擴增出815bp的特異性帶，為竹鼠圓環(huán)病毒陽性(圖4)。

sequencelisting

<110>廣西壯族自治區(qū)獸醫(yī)研究所

<120>用于檢測竹鼠圓環(huán)病毒的pcr引物及其試劑盒

<130>用于檢測竹鼠圓環(huán)病毒的pcr引物及其試劑盒

<160>4

<170>patentinversion3.3

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<211>20

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<213>人工序列

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