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抗神經(jīng)元和腦腫瘤等幾種腫瘤的新型免疫療法的制作方法

文檔序號:11645979閱讀:11433來源:國知局
本申請是申請?zhí)枮?00980139419.2的中國專利申請(申請日:2009年9月28日,發(fā)明名稱:抗神經(jīng)元和腦腫瘤等幾種腫瘤的新型免疫療法)的分案申請。本發(fā)明涉及用于免疫治療方法的肽、核酸和細胞。特別是,本發(fā)明涉及癌癥的免疫療法。本發(fā)明進一步涉及腫瘤相關細胞毒性t輔助細胞(ctl)肽表位,為單獨或與其他腫瘤相關肽(刺激抗腫瘤免疫反應疫苗復合物的活性藥物成分)聯(lián)合。本發(fā)明涉及30種肽序列及其變體,它們源自可用于引發(fā)抗腫瘤免疫反應的疫苗組合物中的人腫瘤hlai類和ii類分子。發(fā)明背景神經(jīng)膠質瘤是源自神經(jīng)系統(tǒng)膠質細胞的腦腫瘤。神經(jīng)膠質細胞(glialcell),通常稱為神經(jīng)膠質(neuroglia)或簡單地稱為膠質(glia),是提供支持和營養(yǎng)、保持動態(tài)平衡、形成髓鞘和參與神經(jīng)系統(tǒng)信號傳輸?shù)姆巧窠?jīng)元細胞。神經(jīng)膠質瘤的兩個最重要的亞群為星形細胞瘤和少突膠質細胞瘤,根據(jù)其來源的正常膠質細胞類型(分別為星形膠質細胞和少突膠質細胞)而得名。多形性膠質母細胞瘤(以下簡稱膠質母細胞瘤)屬于星形細胞瘤的亞群,是成人中最常見的惡性腦腫瘤,約占所有惡性腦腫瘤的40%,約占膠質瘤的50%。它對中樞神經(jīng)系統(tǒng)有很強的侵襲性,是所有膠質瘤中惡性水平最高(iv級)的腫瘤。由于神經(jīng)影像學、顯微外科學、各種治療方案(如替莫唑胺或放射)的進步,在該疾病的治療方法上已經(jīng)取得了穩(wěn)步發(fā)展,雖然如此,膠質母細胞瘤仍無法治愈。該類型的腦腫瘤致死率非常高:自首次確診后的預期平均存活時間為9至12個月。在1986年到1990年的觀察期,5年存活率為8.0%。截至目前,侵入性治療,包括腫瘤全切除,治療后五年存活率仍然不足10%。因此,醫(yī)學上強烈需要其它有效治療方法。膠質母細胞瘤的腫瘤細胞是腦腫瘤中分化最低的腫瘤細胞,所以,腫瘤細胞很可能遷移和增殖,并且具有高度的侵襲性,從而導致預后非常差。由于膠質母細胞瘤在大腦中呈快速、侵襲性及浸潤性生長,因此會導致死亡。浸潤性生長模式導致這些腫瘤具有不可切除的特性。同時,膠質母細胞瘤對放療、化療也具有相對的抗性,因此,治療后復發(fā)率高。此外,在手術切除和放療后,腫瘤細胞的免疫反應對徹底消除腫瘤細胞無效。膠質母細胞瘤分為原發(fā)性膠質母細胞瘤(新腫瘤)和繼發(fā)性膠質母細胞瘤,這取決于在未分化星形膠質細胞或膠質前體細胞的惡性轉化期間基因機制上的差異。繼發(fā)性膠質母細胞瘤發(fā)生在年齡最大為45歲的較年輕的人群中。平均在4到5年期間,繼發(fā)性膠質母細胞瘤從低級別的星形細胞瘤發(fā)展為未分化的星形細胞瘤。相比之下,原發(fā)性膠質母細胞瘤主要發(fā)生在較年長的人群中,平均年齡為55歲。一般來說,原發(fā)性膠質母細胞瘤作為暴發(fā)性膠質母細胞瘤而發(fā)生,特點是在3個月內就可從無任何臨床或病理異常狀態(tài)進展為膠質母細胞瘤(pathologyandgeneticsofthenervoussystems.29-39(iarcpress,lyon,france,2000))。膠質母細胞瘤沿有髓神經(jīng)遷移并在中樞神經(jīng)系統(tǒng)中廣泛擴散。在大多數(shù)情況下,手術治療持續(xù)療效有限。惡性膠質瘤細胞通過產生免疫抑制物、削弱t細胞的增殖以及免疫刺激因子il-2的產生,從而逃逸宿主免疫系統(tǒng)的偵測。顱內腫瘤可發(fā)生于cns的任何結構或細胞類型,包括腦、腦膜、腦垂體、頭骨、甚至殘留的胚胎組織。在美國,原發(fā)性腦腫瘤的總體年發(fā)病率是每10萬人中有14例。最常見的原發(fā)性腦腫瘤為腦膜瘤,占所有原發(fā)性腦腫瘤的27%,以及膠質母細胞瘤,占所有原發(fā)性腦腫瘤的23%(而成人中,膠質母細胞瘤占惡性腦瘤的40%)。這些腫瘤中,很多都具有侵襲性,并且級別高。原發(fā)性腦腫瘤是兒童中最常見的實體瘤,在兒童中,是僅次于白血病的第二位最常見癌癥死亡原因。如今,對膠質母細胞瘤患者有效治療方法的探究工作仍在進行。已有研究對抗這些腫瘤細胞的免疫療法或通過征募免疫系統(tǒng)的治療方法。首先,在膠質母細胞瘤患者的免疫治療方法中,northwestbiotherapeutics使用“dcvaxbrain”獲得了令人鼓舞的成果,“dcvaxbrain”是一種基于細胞的免疫接種方法,使用源自患者的樹突狀細胞載以自體腫瘤細胞裂解物,并通過celldex(使用來自egfrviii的肽)誘導抗原特異性ctl反應,與使用標準治療方法時的中位生存時間比較,這種方法延長了中位生存時間(heimbergeretal.,2006)。結直腸癌根據(jù)美國癌癥協(xié)會的報道,在美國,結直腸癌(crc)是排在第三位的最常見癌癥,受罪的新患者每年超過175,000名。在美國、日本、法國、德國、意大利、西班牙和英國,每年有超過480,000例患者罹患該疾病。它是發(fā)達國家癌癥死亡的最常見原因之一。結直腸癌患者的1年和5年相對存活率分別為84%和64%。確診5年后存活率繼續(xù)下降,10年時下降至57%。如果結直腸癌在早期未擴散階段被發(fā)現(xiàn),則5年存活率為90%;但是只有39%的結直腸癌患者會在此階段得到確診,主要原因是篩查率低。當癌細胞已發(fā)生區(qū)域擴散而累及鄰近器官或淋巴結后,5年存活率下降至68%。有遠處轉移的患者5年存活率僅為10%。研究表明,結直腸癌的發(fā)病是遺傳和環(huán)境因素之間相互作用的結果。在大多數(shù)病例中,結直腸腫瘤似乎由腺瘤息肉演變而來;但是這個演變過程可能需要很多年。結直腸癌的主要風險因素是年齡,90%的病例在50歲之后診斷患有此病。根據(jù)美國癌癥協(xié)會的報道,結直腸癌的其它風險因素包括飲酒、飲食中脂肪和/或紅色肉類含量高、水果和蔬菜的攝取量不足。結直腸癌的發(fā)病率繼續(xù)上升,特別是日本等地區(qū),這些地區(qū)接受西化飲食,攝入過多的脂肪和肉類而纖維攝入量減少,這些因素可能是罪魁禍首。但是發(fā)病率的上升速度不如以前快,這可能是由于進行了更多的篩查和息肉切除從而防止了息肉發(fā)展成為癌癥。像大多數(shù)實體腫瘤的治療,一線治療為手術治療,然而,手術受益者仍僅限于早期患者,而很大一部分患者在確診時已是晚期?;诜蜞奏さ幕煼桨甘峭砥诮Y直腸癌的標準治療。這些治療方案的大多數(shù)為所謂的folfox方案(輸注5-fu/亞葉酸+奧沙利鉑)和folfiri(伊立替康、亞葉酸,團注和連續(xù)輸注5-fu)方案。第三代細胞毒素類藥物的引入,如伊立替康和奧沙利鉑,增加了顯著改善療效的希望,但預后仍較差,轉移癌的存活率一般仍只有大約20個月,因此,治療該疾病的需求仍遠未滿足。最近出現(xiàn)了新一代藥物,即靶向分子藥物,如(貝伐單抗)和(西妥昔單抗),而且大約有40種針對不同階段結直腸癌的化合物處于后期臨床開發(fā)階段。這些化合物中的幾種相結合可增加未來潛在治療選擇的數(shù)量。絕大部分藥物都處于2期階段,在結直腸癌的臨床研究中,與針對其它靶標相比,這些化合物更經(jīng)常地針對表皮生長因子受體(egfr),這是由于在約80%的結直腸癌患者中,egrf表達都上調。對ii期患者采用化療結合最近批準的單克隆抗體(mab)(西妥昔單抗+伊立替康或folfox4;貝伐單抗單藥或與folfox4聯(lián)合)的臨床試驗目前正在進行。經(jīng)過三至四年的觀察,預計這些試驗會得出有統(tǒng)計學意義的結果。目前腫瘤科所用的單克隆抗體(mab)一般都很可能不會干擾積極免疫治療。事實上,有臨床前(gabrilovich1999)和臨床證據(jù)表明,用貝伐單抗消耗vegf可導致dc介導的t細胞激活的積極結果(osadat,chongg,tansikr,hongt,spectorn,kumarr,hurwitzhi,devi,nixonab,lyerlyhk,clayt,morsema.theeffectofanti-vegftherapyonimmaturemyeloidcellanddendriticcellsincancerpatients.cancerimmunolimmunother.2008jan10.)。前列腺癌和其它腫瘤據(jù)估計,2007年有27050人死于前列腺癌,它是男性癌癥死亡的首要原因。雖然自20世紀90年代初以來,其死亡率在白人和非裔美國男性中一直下降,但是,非裔美國男性的死亡率仍然比白人男性高兩倍以上。前列腺癌是男性中最常見的癌癥。非裔美國男性的發(fā)病率顯著高于白人男性,其原因不明。在過去20年里,前列腺癌的發(fā)病率發(fā)生了很大的變化:在1988-1992年期間迅速上升、1992-1995年期間急劇下降、自1995年以來略有增加。這些趨勢在很大程度上反映了采用前列腺特異抗原(psa)血液檢查進行前列腺癌篩查的增加。過去10年中發(fā)病率增加趨緩最有可能是由于在65歲以上的男性中普遍開展psa篩查。在65歲以上的男性中,前列腺癌的發(fā)病率趨于穩(wěn)定。在白人男性中,發(fā)病率于1992年達到高峰(每100000人男性中有237.6人),而在非裔美國男性中,于1993年達到高峰(每100000人男性中有342.8人)。前列腺癌的治療包括觀察等待、手術、放射治療、高強度聚焦超聲(hifu)、化療、冷凍手術、激素治療、或一些組合療法。哪種方案最佳取決于疾病的階段、gleason評分和psa水平。其它重要因素是男性的年齡、一般健康狀況、以及對潛在治療及其可能副作用的感覺。由于所有的治療均可能有一定的副作用,如:勃起功能障礙和尿失禁,因此治療討論往往注重于治療目標與生活方式改變風險之間的平衡。如果癌癥已擴散出前列腺,治療選擇會發(fā)生明顯的變化,因此,大多數(shù)治療前列腺癌的醫(yī)生使用各種諾模圖來預測擴散概率。觀察等待、hifu、放射治療、冷凍手術和外科手術一般在癌癥仍然局限在前列腺內的男性中進行。激素療法和化療常常在疾病已經(jīng)擴散出前列腺的患者中進行。但是,也有特例:對于一些晚期腫瘤,可使用放射治療,對于一些早期腫瘤,可使用激素治療。如果初始的治療失敗并且癌癥進展,也可使用冷凍療法、激素療法、化療。在因臨床懷疑器官有限生長而接受前列腺癌根治術的前列腺癌患者中,很多人的手術準備確診性病理檢驗顯示,局部擴展性腫瘤擴展超出器官的邊界。這些患者有早期局部復發(fā)的高風險,就生化復發(fā)而言,由于psa水平不斷增高,通??梢詸z測。在這種情況下的治療性選擇包括外部放療和激素治療;然而,這些治療方法的價值,特別是延長患者的長期存活率方面,不能認為已經(jīng)得到證實。此外,可能的治療相關并發(fā)癥,如尿道狹窄的發(fā)展(放療)、性欲喪失和陽痿、骨質疏松方面的骨骼中鈣鹽降低的風險、以及病理性骨折風險明顯增加(激素消融),也必須予以考慮。在所有前列腺癌中,有90%以上在發(fā)現(xiàn)時處于局部性和區(qū)域性階段;腫瘤在此階段確診的患者5年相對存活率接近100%。在過去25年中,所有階段腫瘤組合在一起的5年存活率從69%上升至接近90%。根據(jù)最新的數(shù)據(jù),10年相對存活率為93%,15年相對存活率為77%。存活率,特別是5年存活率的巨大提升,部分歸因于早期診斷和治療的改進。但是,在腫瘤擴散至其它組織和器官后,患者的存活率顯著下降。肺癌2007年美國預計新發(fā)病例為21萬例,約占確診癌癥病例的15%。男性發(fā)病率顯著下降,從1984年的每10萬人102例高點,下降到2003年的78.5例。在女性中,這一發(fā)病率在一段長期的增長之后正趨向于平穩(wěn)。為了治療之目的,臨床上肺癌分為小細胞肺癌(13%)和非小細胞肺癌(87%)。在男性和女性中,癌癥相關死亡的大多數(shù)均為肺癌。據(jù)估計,2007年有16.039萬人死亡,約占所有癌癥死亡人數(shù)的29%。自1987年以來,每年死于肺癌的女性多于乳腺癌患者。從1991年至2003年,男性的死亡率持續(xù)下降,每年約下降1.9%。女性肺癌死亡率在連續(xù)增長幾十年后正趨于平穩(wěn)。肺癌死亡率的這些趨勢反映了過去30年吸煙率的下降。治療選擇根據(jù)癌癥的類型(小細胞和非小細胞肺癌)和階段進行確定,包括手術、放療、化療、靶向生物治療,如貝伐單抗和埃羅替尼對于局部癌,通常選擇外科手術治療。最近的研究表明,手術隨后化療可提高早期非小細胞肺癌的存活率。由于該疾病在發(fā)現(xiàn)時通常已經(jīng)擴散,因此,常常使用放射和化療,有時與手術聯(lián)合使用。單一化療或放化療結合是治療小細胞肺癌的通常選擇;采用這一方案,有很大比例的患者獲得緩解,在一些病例中,緩解為持久緩解。肺癌的1年相對存活率在1975-1979年期間為37%,至2002年,略上升至42%,這主要是由于手術技術的改進和組合療法的使用。然而,所有階段的肺癌組合在一起,5年存活率僅為16%。對于疾病在檢出時仍為局部性的病例,存活率為49%;但是僅有16%的肺癌在此早期得到確診。因此,對于膠質母細胞瘤、前列腺腫瘤、乳腺癌、食管癌、結直腸癌、透明細胞腎細胞癌、肺癌、中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、卵巢癌、黑色素瘤、胰腺癌、鱗狀細胞癌、白血病和髓母細胞瘤以及表現(xiàn)出過度表達生存素和/或本發(fā)明其它蛋白的其它腫瘤仍然需要有效且安全的新治療方案,從而在不使用化療藥物或其它可能導致嚴重副作用的藥物的情況下,增強患者的安康。發(fā)明摘要本發(fā)明的第一方面,本發(fā)明涉及一種肽,包含選自seqidno.1至seqidno.30的組之中的一個序列、或該序列的一種與seqidno.1至seqidno.30具有至少85%同源性的變體、或該序列的一種誘導t細胞與所述變異肽發(fā)生交叉反應的變體;其中所述肽不是人類生存素的全長多肽。優(yōu)選地,所述肽選自一種具有一個特異性hla亞型如hla-a*02或hla-dr的肽。本發(fā)明的第二個方面,本發(fā)明涉及一種核酸,編碼根據(jù)本發(fā)明的一種肽或一種能表達所述核酸的表達載體。本發(fā)明的第三方面,本發(fā)明涉及一種宿主細胞,包括根據(jù)本發(fā)明的核酸或表達載體,其中所述宿主細胞優(yōu)選為抗原提呈細胞,特別是樹突狀細胞或抗原提呈細胞。本發(fā)明的第四方面,本發(fā)明涉及一種體外制造激活的細胞毒性t淋巴細胞(ctl)的方法,包括將ctl與載有抗原的人i或ii類mhc分子進行體外接觸,該等分子在合適的抗原提呈細胞表面或人工構造的模擬抗原提呈細胞表面上表達一段足夠的時間從而可以按抗原特異性方式激活所述的ctl,其中所述的抗原為根據(jù)本發(fā)明的肽。本發(fā)明的第五方面,本發(fā)明涉及使用根據(jù)本發(fā)明的一種肽、根據(jù)本發(fā)明的核酸或表達載體、根據(jù)本發(fā)明的細胞或根據(jù)本發(fā)明制造的一種激活的細胞毒性t淋巴細胞,用以治療癌癥或用以制造抗癌藥物,其中所述的藥物優(yōu)選為一種疫苗。優(yōu)選地,所述的癌癥系選自星形細胞瘤、毛細胞型星形細胞瘤、胚胎發(fā)育不良性神經(jīng)上皮瘤、少突膠質細胞瘤、室管膜瘤、多形性膠質母細胞瘤、混合型膠質瘤、少突星形細胞瘤、髓母細胞瘤、視網(wǎng)膜母細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、生殖細胞瘤、畸胎瘤、神經(jīng)節(jié)細胞膠質瘤、神經(jīng)節(jié)細胞瘤、中央神經(jīng)節(jié)細胞瘤、原始神經(jīng)外胚層腫瘤(pnet,如髓母細胞瘤、髓上皮瘤、神經(jīng)母細胞瘤、視網(wǎng)膜母細胞瘤、管膜母細胞瘤)、松果體實質腫瘤(如松果體細胞瘤、成松果體細胞瘤)、室管膜細胞瘤、脈絡叢腫瘤、來源不明的神經(jīng)上皮腫瘤(如大腦膠質瘤病、星形母細胞瘤)、膠質母細胞瘤、前列腺腫瘤、乳腺癌、食道癌、結腸癌、結直腸癌、腎細胞癌、透明細胞腎細胞癌、肺癌、中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、卵巢癌、黑色素瘤、胰腺癌、鱗狀細胞癌、白血病和髓母細胞瘤以及過度表達生存素和/或本發(fā)明的其它蛋白的其它腫瘤或癌癥。本發(fā)明的第六方面,本發(fā)明涉及一種藥盒,包括:(a)一個容器,含有根據(jù)本發(fā)明的一種肽、根據(jù)本發(fā)明的核酸或表達載體、根據(jù)本發(fā)明的一種細胞或根據(jù)本發(fā)明的一種激活的細胞毒性t淋巴細胞的溶液或凍干形式的藥物組合物;(b)可選的第二個容器,含有凍干粉劑型的稀釋劑或重組溶液;(c)可選的至少一種選自由根據(jù)seqid1至30的肽構成的組的肽,以及(d)可選的使用溶液和/或重組和/或使用凍干粉劑型的說明書。在一項優(yōu)選實施方案中,肽選自seqidno1至seqid24的組。本發(fā)明的第七方面,本發(fā)明涉及生產特異性結合至與hla限制性抗原絡合的i或ii類人主要組織相容性復合體(mhc)的一種重組抗體的方法,該方法包括:用可溶形式的與所述的hla限制性抗原絡合的(mhc)i或ii類分子對包含表達所述的主要組織相容性說復合體(mhc)i或ii類的基因工程非人哺乳動物進行免疫;將mrna分子與產生所述的非人哺乳動物細胞的抗體分離;產生一個噬菌體顯示庫,顯示由所述的mrna分子編碼的蛋白分子;以及將至少一個噬菌體與所述的噬菌體顯示庫分離,所述的至少一個噬菌體顯示所述的抗體可特異性地結合至與hla限制性抗原絡合的所述人主要組織相容性說復合體(mhc)i或ii類。本發(fā)明的第八方面,本發(fā)明涉及一種抗體,其特異性結合至與一種hla限制性抗原絡合的i或ii類人主要組織相容性說復合體(mhc),其中該抗體優(yōu)選為多克隆抗體、單克隆抗體和/或嵌合抗體。發(fā)明摘要附圖簡要說明圖1展示了esi液相色譜質譜從膠質母細胞瘤樣本gb1006中確定了以mhcii類限制性方式存在的腫瘤相關肽(tumap)igf2bp3-001。圖2描述了在膠質母細胞瘤樣本中高度過度表達的本發(fā)明目標基因的mrna表達譜。這些基因在正常組織不表達或表達很低,而在膠質母細胞瘤樣本中大大增加?;蛐酒治龇y定的幾種正常組織和個體多形性膠質母細胞瘤(gbm)樣本中顯示有mrna相對表達。數(shù)值與正常腎臟中的表達水平相關(數(shù)值常任意設定為1.0)。正常組織中的表達值從現(xiàn)有商業(yè)mrna庫獲得。根據(jù)分析軟件,括號內的字母表示“檢測提示”?!皺z測提示”指明樣本中是否明確有轉錄物檢測出或是否不能觀察到明顯的檢測值??捎谩皃”(有)、″a″(無)或″m″(少量檢出)表示。圖3顯示了健康供體外周血中csp-001和nlgn4x-001特異性cd8+淋巴細胞微球促進增殖的四聚體技術分析結果。與抗cd28+高密度腫瘤抗原a*0201/csp-001(左板)或抗cd28+高密度腫瘤抗原a*0201/nlgn4x-001(右板)耦合的微球每周對每孔中1x106cd8+濃縮pbmc進行了刺激。經(jīng)過三次體外刺激,所有的細胞用抗體cd8fitc+熒光標記的四聚體a*0201/csp-001和a*0201/nlgn4x-001進行染色。細胞在cd8+淋巴細胞上得到門控;數(shù)字代表cd8+淋巴細胞指定象限內的細胞百分比。圖4顯示了hla-a*0201等位基因編碼的本發(fā)明hla-i類肽對mhc分子的親和性。本發(fā)明的ima950hlai類tumap和對照肽hbv-001(強力結合劑)的解離常數(shù)(kd)用基于elisa的mhc重折疊檢測法測得。發(fā)明的詳細說明除非另有說明,否則本文使用的所有術語具有以下給定的定義。本文所用“肽”這一術語,系指一系列氨基酸殘基,通常以α-氨基酸與相鄰氨基酸的羰基團之間的肽鍵相互連接。這些肽的長度通常為9個氨基酸,但至短可為8個氨基酸長度,至長可為16或10、11、12、13、14或15個氨基酸長度。本文所用“寡肽”這一術語,系指一系列氨基酸殘基,通常以α-氨基酸與相鄰氨基酸的羰基團之間的肽鍵相互連接。寡肽的長度對于本發(fā)明來說并不十分關鍵,只要在寡肽中保持正確的表位即可。通常,寡肽長度約小于30個氨基酸殘基,約長于14個氨基酸。術語“多肽”系指一系列氨基酸殘基,通常通過α-氨基酸與相鄰氨基酸的羰基團之間的肽鍵相互連接。多肽的長度對于本發(fā)明來說并不十分關鍵,只要保持正確的表位即可。與術語肽或寡肽相對,“多肽”這一術語是指包含多于約30個氨基酸殘基的分子。肽、寡肽、蛋白質或編碼此類分子的核苷酸如果能誘導免疫反應,則具有“免疫原性”(因此是本發(fā)明中的一種“免疫原”)。在本發(fā)明的情況下,免疫原性的更具體定義是誘導t細胞反應的能力。因此,“免疫原”是一種能夠誘導免疫反應的分子,并且在本發(fā)明的情況下,是一種能誘導t細胞反應的分子。t細胞“表位”要求的是一種結合至mhci或ii類受體上的短肽,從而形成一種三元復合體(mhci類α鏈、β-2-微球蛋白和肽),其可由載有以相應親和力結合至mhc/肽復合體的匹配t細胞受體的一種t細胞進行識別。結合至mhci類分子的肽的典型長度為8-14個氨基酸,最典型為9個氨基酸長度。與mhc-ii類分子結合的t細胞表位通常長度為12-30個氨基酸。對于表位結合至mhcii類分子的情況,同一個肽與相應的t細胞表位可共享一個共同的核心節(jié)段,但是由于核心序列的氨基末端上游和核心序列的羧基端下游的側翼序列分別具有不同的長度,因而總體長度不同。mhcii類受體具有更開放的構造,結合至mhcii類受體上的肽相應地不完全埋于mhcii類分子的肽結合槽裂結構中,這是因為它們位于mhci類分子的肽結合槽裂之中。出人意料的是,對于根據(jù)seqidno:1的肽,情況并非如此,因為肽長度的微小差異會導致活性的極度降低(見下文)。在人類中,有三種編碼mhci類分子的不同基因位點(人mhc分子也是指定的人白細胞抗原(hla)):hla-a、hla-b和hla-c。hla-a*01、hla-a*02和hla-a*11是可從這些基因位點表達的不同mhci類等位基因的例子。mhcii類基因的人基因組有三種不同基因位點:hla-dr、hla-dq和hla-dp。mhcii類受體是異源二聚體,包含一個α鏈和一個β鏈,兩者均通過跨膜區(qū)在細胞膜中錨定。hla-drb1*04和hla-drb1*07是兩種不同的mhcii類β等位基因的例子,它們已知在這些位點被編碼。ii類等位基因具有很高的多態(tài)性,例如,已經(jīng)描述的有數(shù)百種不同的hla-drb1等位基因。因此,為了治療和診斷目的,與數(shù)種不同的hlaii類受體以合適的親和力結合的肽是非常理想的。與數(shù)種不同的hlaii類分子結合的肽被稱為混雜結合劑。本文提到的dna序列既包括單鏈dna也包括雙鏈dna。因此,除非本文另有所指,否則具體的序列是該序列的單鏈dna、該序列與其互補序列的雙工(雙鏈dna)以及該序列的互補序列。術語“編碼區(qū)”系指在自然基因組環(huán)境中自然或正常編碼基因表達產物的那一基因部分,即,體內編碼該基因的天然表達產物的區(qū)域。編碼區(qū)可來自正?;?、突變基因或異?;?,甚至還可以來自dna序列,完全可在實驗室中使用本領域熟知的dna合成方法合成。術語“核苷酸序列”系指脫氧核苷酸的雜聚物。編碼特定肽、寡肽或多肽的核苷酸序列可為天然核苷酸序列,也可為合成核苷酸序列。一般來說,編碼肽、多肽以及本發(fā)明蛋白的dna片段由cdna片段和短寡核苷酸銜接物,或一系列寡核苷酸組成,以提供一種合成基因,該基因能夠在包含源自微生物或病毒操縱子的調節(jié)元素的重組轉錄單元中被表達。術語“表達產物”系指多肽或蛋白,它是基因序列和任何核酸序列的翻譯產物,這些序列編碼遺傳密碼退化所造成的同等物,從而編碼同樣的氨基酸。術語“片段”當指的是一種編碼序列時,表示包含非完整編碼區(qū)的dna的一部分,其表達產物與完整編碼區(qū)表達產物基本上具有相同的生物學功能或活性。術語“dna片段”系指一種dna聚合物,以單獨的片段形式或一種較大dna結構的組分形式存在,它們至少從分離過一次的dna中以基本純凈的形式獲得,即,未污染內源性材料并且其數(shù)量或濃度使得能使用標準生化方法(如,使用克隆載體)識別、處理和回收片段及其組分核苷酸序列準。此等片段以開放閱讀框架(未被內部非翻譯序列打斷)或內含子(通常提呈于真核基因中)的形式存在。非翻譯dna序列可能存在于開放閱讀框架的下游,在那里其不會干預編碼區(qū)的操縱或表達。術語“引物”表示一種短核酸序列,可配有一個dna鏈,并在dna聚合酶開始合成脫氧核糖核酸鏈的地方含有一個游離的3′oh端。術語“啟動子”表示參與rna聚合酶的結合從而啟動轉錄的dna區(qū)域。“開放閱讀框架(orf)”這一術語是指編碼無終密碼子的氨基酸的一系列三聯(lián)體,并且是一種(潛在地)可翻譯成蛋白質的序列。術語“分離”表示一種物質從其原來的環(huán)境(例如,如果是天然發(fā)生的則是天然環(huán)境)中被移走。例如,活體動物中的天然核苷酸或多肽不是分離的,但是,從天然系統(tǒng)中一些或所有共存物質中分離出來的核苷酸或多肽是分離的。此類多核苷酸可能是載體的一部分和/或此類多核苷酸和多肽可能是一種組合物的一部分,并且由于該載體或組合物不是其天然環(huán)境的一部分,因此它仍然是分離的。本發(fā)明中披露的多核苷酸和重組或免疫原性多肽也可能以“純化”的形式存在。術語“純化”并非要求絕對的純度;它只是一個相對的定義,可以包括高度純化或部分純化的制劑,相關領域技術人員能理解這些術語。例如,各個從已用傳統(tǒng)方法純化為具有電泳同質性的cdna庫中分離出的各種克隆物。明確考慮到將起始材料或天然物質純化至少一個數(shù)量級,優(yōu)選為兩或三個數(shù)量級,更優(yōu)選為四或五個數(shù)量級。此外,明確考慮到所述多肽的純度優(yōu)選為99.999%,或至少為99.99%或99.9%;甚而適宜為以重量計99%或更高。根據(jù)本發(fā)明披露的核酸和多肽表達產物,以及包含此類核酸和/或多肽的表達載體可能以“濃縮的形式”存在。本文中所使用的術語“濃縮”系指材料的濃度至少是其自然濃度的大約2、5、10、100或1000倍,有優(yōu)勢的是按體重計0.01%,優(yōu)選為按體重計至少約0.1%。也明確考慮到,按重量計約為0.5%、1%、5%、10%和20%的濃縮制劑。序列、構型、載體、克隆物以及包含本發(fā)明的其它材料可有優(yōu)勢地以濃縮或分離的形式存在。術語“活性片段”是指產生免疫反應的片段(即具有免疫原性活性),不論是單獨或可選地與合適的佐劑一起給予一種動物,比如哺乳動物,例如兔子或小鼠,也包括人;這種免疫反應采用的形式是在接受動物(如:人)體內刺激t細胞反應?;蛘?,“活性片段”也可用于誘導體外t細胞反應。本文中所使用的術語“部分”、“節(jié)段”、“片段”,如果與多肽相關,指的是殘基的連續(xù)序列(如:氨基酸殘基),其序列是構成較大序列的一部分。例如,如果一個多肽以任一種肽鏈內切肽酶(如胰蛋白酶或糜蛋白酶)進行處理,則該處理獲得的寡肽會代表起始多肽的部分、節(jié)段或片段。這表示,任何此類片段必定包含與seqidno:1至30序列基本相同(如果不是完全相同)的一個節(jié)段、片段或部分作為其氨基酸序列的一部分,其對應于seqidno:1至30的天然蛋白或“親本”蛋白。當與多核苷酸相關地使用時,這些術語系指用任何共同核酸內切酶處理所述多核苷酸產生的產物。根據(jù)本發(fā)明,術語“百分比同一度”或“百分比同一”,如果指的是序列,則表示在擬對比序列(“對比序列”)與所述序列或權利要求的序列(“參考序列”)排隊比對后,把一種序列與所述序列或權利要求的序列進行比較。然后根據(jù)下列公式計算等同度百分比:等同度百分比=100[i-(c/r)]其中c是參考序列與被對比序列之間對準長度上參考序列與被對比序列之間的差異數(shù)量,其中(i)參考序列中每個堿基或氨基酸序列在被對比序列中沒有對應的對準堿基或氨基酸;(ii)參考序列中每個空隙,以及(iii)參考序列中每個對準堿基或氨基酸與被比對比序列中對準堿基或氨基酸不同,即構成一個差異;并且r是參考序列與被對比序列對準長度上在參考序列中產生任何空隙也計算為一個堿基或氨基酸的參考序列中的堿基或氨基酸數(shù)目。如果“被對比序列”和“參考序列”之間存在的一個對準按上述計算的等同度百分比大致等于或大于指定的最低等同度百分比,則被對比序列與參考序列具有指定的最低等同度百分比,雖然可能存在按本文上述計算的等同度百分比低于指定等同度百分比的對準。如果無另有說明,那么本文公開的原始肽可以通過在肽鏈內的不同(可能為選擇性)位點上取代一個或多個殘基而被修飾。此取代可能是保守性的,例如,其中一個氨基酸被具有類似結構和特點的另一個氨基酸所取代,比如其中一個疏水性氨基酸被另一個疏水性氨基酸取代。更保守的取代是具有相同或類似的大小和化學性質的氨基酸間的取代,例如,亮氨酸被異亮氨酸取代。在天然同源蛋白質家族序列變異的研究中,某些氨基酸的取代往往比其他氨基酸更具有耐受性,這些氨基酸往往表現(xiàn)出與原氨基酸的大小、電荷、極性和疏水性之間的相似性相關,這是確定“保守取代”的基礎。在本文中,保守取代定義為在以下五種基團之一的內部進行交換:基團1-小脂肪族、非極性或略具極性的殘基(ala,ser,thr,pro,gly);基團2-極性、帶負電荷的殘基及其酰胺(asp,asn,glu,gln);基團3-極性、帶正電荷的殘基(his,arg,lys);基團4-大脂肪族非極性殘基(met,leu,ile,val,cys)以及基團5-大芳香殘基(phe,tyr,trp)。較不保守的取代可能涉及一個氨基酸被另一個具有類似特點但在大小上有所不同的氨基酸所取代,如:丙氨酸被異亮氨酸殘基取代。高度不保守的取代可能涉及一個酸性氨基酸被另一個具有極性或甚至具有堿性性質的氨基酸所取代。然而,這種“激進的”取代不能認為是無效的而不予考慮,因為化學作用是不完全可預測的,激進的取代可能會帶來其簡單化學原理中無法預見的偶然效果。當然,這種取代可能涉及普通l-氨基酸之外的其它結構。因此,d-氨基酸可能被本發(fā)明的抗原肽中常見的l-氨基酸取代,也仍在本公開的范圍之內。此外,具有非標準r基團的氨基酸(即,除了天然蛋白的20個常見氨基酸之外的r基團)也可以用于取代之目的,以生產根據(jù)本發(fā)明的免疫原和免疫原性多肽。如果在一個以上位置上的取代發(fā)現(xiàn)導致肽的抗原活性基本上等于或大于以下定義值,則對這些取代的組合進行測試,以確定組合的取代是否產生對肽抗原性的疊加或協(xié)同效應。肽內被同時取代的位置最多不能超過4個。術語“t細胞反應”是指由一種肽在體外或體內誘導的效應子功能的特異性擴散和激活。對于mhci類限制性ctl,效應子功能可能為溶解肽脈沖的、肽前體脈沖的或天然肽提呈的靶細胞、分泌細胞因子,優(yōu)選為肽誘導的干擾素γ、tnf-α或il-2,分泌效應分子、優(yōu)選為肽或脫顆粒作用誘導的顆粒酶或穿孔素。對于mhcii類限制輔助性t細胞效應子功能可能為肽誘導的細胞因子分泌,優(yōu)選為,ifn-γ、tnf-α、il-4、il5、il-10或il-2或肽誘導的脫顆粒作用。ctl和輔助性t細胞的可能效應子功能不僅限于此列表所述功能。優(yōu)選情況是,當seqidno:1至30任何序列的肽特異性ctl相比于取代肽受到檢測時,如果取代肽在相對于背景肽溶解度增加達到最大值的一半,則該肽濃度不超過約1mm,優(yōu)選為不超過約1μm,更優(yōu)選為不超過約1nm,再而更優(yōu)選為不超過約100pm,最優(yōu)選為不超過約10pm。也優(yōu)選為,取代肽被一個以上的ctl識別,最少為2個,更優(yōu)選為3個。因此,本發(fā)明所述的表位可能與天然腫瘤相關表位或腫瘤特異性表位相同,也可能包括來自參考肽的不超過4個殘基的不同肽,只要它們有基本相同的抗原活性即可。是否能刺激免疫反應取決于是否存在被宿主免疫系統(tǒng)視為異物的抗原。發(fā)現(xiàn)腫瘤相關抗原的存在增加了運用宿主免疫系統(tǒng)促進免疫反應的可能性,該免疫反應具有對表達于腫瘤細胞表面的靶向抗原的特異性并且通過該作用機制能夠誘導腫瘤消退、生長停止或生長放緩。對于癌癥免疫療法,目前正在探索各種利用免疫系統(tǒng)的體液和細胞免疫作用的機制。細胞免疫反應的特定元素能特異性地識別和破壞腫瘤細胞。從腫瘤浸潤細胞群或外周血中分離出的細胞毒性t細胞(ctl)表明,這些細胞在癌癥的天然免疫防御中發(fā)揮了重要作用(cheeveretal.,1993;zeh,iiietal.,1999)。根據(jù)對415份來自結直腸癌患者的樣本的分析結果,galon等人證明了腫瘤組織中免疫細胞的類型、密度和位置實際上是比廣泛采用的腫瘤tnm分期更好的患者存活率預測因子(galonetal.,2006)。mhci類分子提呈主要為內源性的蛋白、drips和較大肽裂解生成的肽。mhcii類分子主要發(fā)現(xiàn)于專業(yè)抗原提呈細胞(apc)上,并且主要提呈在內吞作用過程中由apc占據(jù)并且隨后被加工的外源性或跨膜蛋白的肽(cresswell,1994)。肽和mhci類分子的復合物由負載相應tcr(t細胞受體)的cd8陽性細胞毒性t淋巴細胞進行識別,肽和mhcii類分子的復合物由負載相應tcr的cd4陽性輔助t細胞進行識別。本領域已熟知tcr、肽和mhc由此按1∶1∶1的化學計算量而存在。cd4陽性輔助t細胞在誘導和維持cd8陽性細胞毒性t細胞的有效反應中發(fā)揮重要作用(wangandlivingstone,2003;sunandbevan,2003;shedlockandshen,2003)。最初,ctl在淋巴結中的啟動和擴展由cd4+t細胞支持(schoenbergeretal.,1998)。因此,一個機制可能引導幼稚cd8+細胞至功能性cd4+t細胞所在的地方-apc相互作用(castellinoetal.,2006)。最后,功能性cd8+記憶細胞的產生在大多數(shù)情況下依賴于cd4+t細胞的協(xié)助(sunandbevan,2003;janssenetal.,2003)。由于這些原因,腫瘤相關抗原(taa)衍生的cd4陽性t細胞表位的識別對開發(fā)能引發(fā)抗腫瘤免疫反應的藥物產品可能非常重要(kobayashietal.,2002;qinetal.,2003;gnjaticetal.,2003)。在腫瘤部位,t輔助細胞維持著對ctl友好的細胞因子環(huán)境(qinandblankenstein,2000;mortaraetal.,2006)并吸引效應細胞,如ctl、nk細胞、巨噬細胞、粒細胞(marzoetal.,2000;hwangetal.,2007)。在沒有炎癥的情況下,mhcii類分子的表達主要局限于免疫系統(tǒng)細胞,尤其是專業(yè)抗原提呈細胞(apc),例如,單核細胞、單核細胞源性細胞、巨噬細胞、樹突狀細胞。出人意料的是,在癌癥患者的腫瘤細胞中發(fā)現(xiàn)有mhcii類分子的表達(dengjeletal.,2006)。哺乳動物(如小鼠)模型顯示,即使沒有細胞毒性t淋巴細胞(ctl)效應細胞(如,cd8陽性t淋巴細胞),cd4陽性t細胞也能通過分泌干擾素-γ(ifnγ)抑制血管生成從而抑制腫瘤的出現(xiàn)(qinandblankenstein,2000)。另外,有人提出以細胞毒性cd4+t細胞通過淋巴毒素和顆粒酶b直接殺死腫瘤細胞(pennaetal.,1992;littauaetal.,1992)。此外,研究還顯示,由于cd4陽性t細胞可從由hlaii類分子提呈的腫瘤相關抗原中識別出肽,因此能夠通過誘導抗體(ab)反應而阻止腫瘤進展(kennedyetal.,2003)。與結合至hlai類分子的腫瘤相關肽相反,迄今只有少量的腫瘤相關抗原(taa)的ii類配體獲得描述。由于hlaii類分子的組成性表達通常僅限于免疫系統(tǒng)的細胞(machetal.,1996),因此,直接從原發(fā)腫瘤中分離ii類肽被認為是不可能的事。然而,dengjel等人最近成功地在腫瘤中直接識別了多個mhcii類表位(wo2007/028574,ep1760088b1;(dengjeletal.,2006)。腫瘤特異性細胞毒性t淋巴細胞所識別的抗原,即它們的表位,可以是源自所有蛋白類型的分子,如酶、受體、轉錄因子等,它們在相應腫瘤的細胞中被表達,并且與同源未變的細胞相比,其表達上調。腫瘤相關抗原(taa)的目前分類主要包括以下幾組(novellinoetal.,2005):1.癌-睪丸抗原:t細胞能夠識別的最先確認的taa(vanderbruggenetal.,1991)屬于這一類抗原,由于其成員表達于組織學相異的人腫瘤中、正常組織中、僅在睪丸的精母細胞/精原細胞中、偶爾在胎盤中,因此,它最初被稱為癌-睪丸(ct)抗原。由于睪丸細胞不表達hlai類和ii類分子,所以,在正常組織中,這些抗原不能被t細胞識別,因此在免疫學上可考慮為具有腫瘤特異性。ct抗原大家熟知的例子是mage家族成員或ny-eso-1。2.分化抗原:腫瘤和正常組織(腫瘤源自該組織)都含有taa,大多數(shù)taa發(fā)現(xiàn)于黑色素瘤和正常黑色素細胞中。許多此類黑色素細胞譜系相關蛋白參與黑色素的生物合成,因此這些蛋白不具有腫瘤特異性,但是仍然被廣泛用于癌癥的免疫治療。例子包括,但不僅限于,黑色素瘤的酪氨酸酶和melan-a/mart-1或前列腺癌的psa。3.過度表達的taa:在組織學相異的腫瘤中以及許多正常組織中都檢測到了基因編碼被廣泛表達的taa,一般表達水平較低。有可能許多由正常組織加工和潛在提呈的表位低于t細胞識別的閾值水平,而它們在腫瘤細胞中的過度表達能夠通過打破先前確立的耐受性而引發(fā)抗癌反應。這類taa的典型例子為her-2/neu、生存素、端粒酶或wt1。4.腫瘤特異性抗原:這些獨特的taa產生于正?;?如β-catenin、cdk4等)的突變。這些分子變化中有一些與致瘤性轉化和/或進展相關。腫瘤特異性抗原一般可在不對正常組織帶來自體免疫反應風險的情況下誘導很強的免疫反應。另一方面,這些taa在多數(shù)情況下只與其上確認了有taa的確切腫瘤相關,并且通常在許多個體腫瘤之間并不都共享taa。5.由異常翻譯后修飾產生的taa:此類taa可能由腫瘤中既不具有特異性也不過度表達的蛋白產生,但仍然通過主要對腫瘤具有活性的翻譯后加工而具有腫瘤相關性。此類taa產生于變糖基化模式的改變,導致腫瘤產生針對muc1的新型表位或在降解過程中導致諸如蛋白拼接的事件,這可能具有也可能不具有腫瘤特異性(hanadaetal.,2004;vigneronetal.,2004)。6.腫瘤病毒蛋白:這些tta是病毒蛋白,可在致癌過程中發(fā)揮關鍵作用,并且由于它們是外源蛋白(非人源蛋白),所以能夠激發(fā)t細胞反應。這類蛋白的例子有人乳頭狀瘤16型病毒蛋白、e6和e7,它們在宮頸癌中表達。蛋白要被細胞毒性t淋巴細胞識別為具有腫瘤特異性抗原或相關性抗原并用于治療,必須具備特殊的條件。該抗原應主要由腫瘤細胞表達,而不由正常健康組織表達,或表達數(shù)量相對較少。更為適宜的情況是,該相應抗原不僅出現(xiàn)于一種腫瘤中,而且濃度(即每個細胞的相應肽拷貝數(shù)目)高。腫瘤特異性抗原和腫瘤相關抗原往往是源自直接參與因細胞周期控制或凋亡抑制中的一項功能而發(fā)生的正常細胞向腫瘤細胞轉化的蛋白。另外,這些直接導致轉化事件的蛋白的下游靶標也可能會被上調,因此可能與腫瘤間接相關。這些間接腫瘤相關抗原也可能是預防接種方法的靶標(singh-jasujaetal.,2004)。在這兩種情況中,至關重要的是,都要存在抗原氨基酸序列的表位,所以這種來自腫瘤相關抗原的肽(“免疫原性肽”)可導致體外或體內t細胞反應?;旧希魏文芘cmhc分子結合的肽都可能充當一個t細胞表位。誘導體外或體內t細胞反應的前提是存在具有相應tcr的t細胞并且不存在對該特定表位的免疫耐受性。因此,taa是開發(fā)腫瘤疫苗的起點。識別和表征taa的方法基于對患者或健康受試者ctl的使用情況,或基于腫瘤與正常組織肽之間差別轉錄特性或差別表達模式的產生(lemmeletal.,2004;weinschenketal.,2002)。然而,對腫瘤組織或人腫瘤細胞株中過度表達或選擇性表達的基因的識別并不提供在免疫療法中使用這些基因所轉錄抗原的準確信息。這是因為,有著相應tcr的t細胞必須要存在而且對這個特定表位的免疫耐受性必須不存在或為最低水平,因此,這些抗原的表位只有一部分適合這種應用。因此,只選擇那些蛋白過度表達或選擇性表達的肽,并且這些肽是與可找到對抗性功能性t細胞的mhc分子結合在一起被提呈,這一點非常重要。這種功能性t細胞被定義為在以特異性抗原刺激后能夠克隆地擴展并能夠執(zhí)行效應子功能(“效應子t細胞”)的t細胞。輔助t細胞在編排抗腫瘤免疫的ctl效應子功能中發(fā)揮著重要作用。觸發(fā)th1細胞反應的輔助t細胞表位支持cd8陽性殺傷t細胞的效應子功能,其中包括直接作用于腫瘤細胞的細胞毒性功能(該類腫瘤細胞表面顯示有腫瘤相關肽/mhc復合物)。這樣,腫瘤相關t輔助細胞表位單獨使用或與其它腫瘤相關肽結合使用可作為刺激抗腫瘤免疫反應的疫苗化合物的活性藥物成分。由于cd8依賴型和cd4依賴型這兩種反應共同并協(xié)同地促進抗腫瘤作用,因此,確定和表征由cd8+ctl(配體:mhci類分子+肽表位)或cd4陽性t輔助細胞(配體:mhcii類分子)識別的腫瘤相關抗原對開發(fā)腫瘤疫苗非常重要??紤]到治療癌癥相關的嚴重副作用和費用,迫切需要更好的預后和診斷方法。因此,有必要確定代表癌癥生物標志物的其它因子,尤其是膠質母細胞瘤。此外,有必要確定可用于治療癌癥的因子,尤其是膠質母細胞瘤。此外,還沒有確立的治療設計,可用于根治性前列腺切除術后生化性復發(fā)的前列腺患者,復發(fā)通常是由原發(fā)部位殘留的腫瘤出現(xiàn)局部晚期腫瘤生長所致。需要會降低發(fā)病率且療效與現(xiàn)有治療方法相當?shù)男滦椭委煼椒?。本發(fā)明提出了有利于治療膠質母細胞瘤、前列腺癌以及其它過度表達生存素和/或csp的腫瘤的肽和/或本發(fā)明的其它肽。這些肽由質譜分析法部分直接顯示,由hla分子在人原發(fā)性膠質母細胞瘤樣本上自然提呈(請參見實施例1和圖1),或在seqid26的情況下,根據(jù)syfpeithi預測算法(rammenseeetal.,1995)預測為與hla-dr等位基因hla-drb1*01、drb1*03、drb1*04、drb1*11和drb1*15結合的混雜結合劑?;谠摂?shù)據(jù)和這些常出現(xiàn)的drb1等位基因的出現(xiàn)頻率,我們可以假設,92%的a*02陽性的白種人表達至少一種與根據(jù)seqidno:26的肽結合的drb1等位基因。衍生seqidno:26至30序列的源基因-生存素-顯示,其與正常細胞相比,在膠質母細胞瘤、前列腺腫瘤、乳腺癌、食管癌、結直腸癌、透明細胞腎細胞癌、肺癌、中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、卵巢癌、黑色素瘤(tammetal.1998)、胰腺癌、鱗狀細胞癌、白血病和髓母細胞瘤中呈高度過度表達(請參見實施例2和圖2),這表明該肽與腫瘤關聯(lián)程度高,即這些肽在腫瘤組織上被強勁提呈,但不在正常組織上被提呈。wo2004/067023介紹了腫瘤相關抗原生存素衍生的mhci類限制肽,這些肽能與hlai類分子高親和性結合。hla結合肽能夠被免疫系統(tǒng)識別,特別是t淋巴細胞/t細胞。t細胞可破壞提呈被識別的hla/肽復合物(如:提呈衍生肽的膠質母細胞瘤腫瘤細胞)的細胞。由生存素衍生肽激活的輔助t細胞能抑制腫瘤血管形成,能吸引免疫系統(tǒng)的效應子細胞并促進ctl的啟動、增殖和持續(xù)的cd8+t細胞反應。本發(fā)明的所有肽已被證明具有刺激t細胞反應的能力(參見實施例3和圖3)。因此,該等肽可用于在患者中產生免疫反應,從而能夠毀滅腫瘤細胞?;颊叩拿庖叻磻軌蛲ㄟ^直接給予患者所述肽或前體物質(如,加長肽、蛋白或編碼這些肽的核酸),較理想是與加強免疫原性的制劑相結合,而進行誘導。源自該治療性疫苗的免疫反應預期能夠高度特異性地對抗腫瘤細胞,因為本發(fā)明的目標肽在正常組織上提呈的復制數(shù)目較少,防止患者發(fā)生對抗正常細胞的不良自體免疫反應的風險。藥品組合物包括游離形式或以一種藥用鹽形式存在的肽。此處使用的“藥用鹽”系指所公開的肽的一種衍生物,其中該肽由制酸或藥劑的堿鹽進行改性。例如,酸性鹽采用自由基(通常其中藥物的中性形式具有一種中性-nh2基團)通過與合適酸發(fā)生反應而制得。適合制備酸鹽的酸包括有機酸,如:乙酸、丙酸、羥基酸、丙酮酸、草酸、蘋果酸、丙二酸、丁二酸、馬來酸、富馬酸、酒石酸、檸檬酸、苯甲酸酸、肉桂酸、扁桃酸、甲磺酸、甲磺酸、苯磺酸、水楊酸等等、以及無機酸,如:鹽酸、氫溴酸、硫酸、硝酸和磷酸等。相反,可在一種肽上提呈的酸性基團的堿鹽制劑使用藥用堿基進行制備,如氫氧化鈉、氫氧化鉀、氫氧化銨、氫氧化鈣、三甲胺等等。在特別優(yōu)選的實施例中,藥物組合物包括乙酸(醋酸鹽)或鹽酸(氯化物)形式的肽。本發(fā)明的肽除了用于治療癌癥,也可用于診斷。由于肽由膠質母細胞瘤產生,并且已確定這些肽在正常組織中不存在,因此這些肽可用于診斷癌癥是否存在。組織切片上存在權利要求的肽可有助于病理師診斷癌癥。用抗體、質譜或其它本領域內已知的方法檢測某些肽可使病理師判斷該組織為惡性的、炎癥還是一般病變。肽基團的存在使得能對病變組織進行分類或子分類。對病變標本中肽的檢測使得能對免疫系統(tǒng)治療方法的利益進行判斷,特別是如果t淋巴細胞已知或預計與作用機制有關。mhc表達的缺失是一種機制,充分說明了哪些受感染的惡性細胞逃避了免疫監(jiān)視。因此,肽的存在表明所分析的細胞并沒有利用這種機制。肽可用于分析淋巴細胞對肽的反應(如t細胞反應),或抗體對肽或mhc分子絡合的肽發(fā)生的反應。這些淋巴細胞反應可以作為預后指標,決定是否采取進一步的治療。這些反應也可以用作免疫療法中的替代指標,旨在以不同方式誘導淋巴細胞反應,如接種蛋白疫苗、核酸、自體材料、淋巴細胞過繼轉移?;蛑委熤校馨图毎麑﹄陌l(fā)生的反應可以在副作用的評估中考慮。淋巴細胞反應監(jiān)測也可能成為移植療法隨訪檢查中的一種有價值的工具,如,用于檢測移植物抗宿主和宿主抗移植物疾病。肽可用于生成和開發(fā)出抗mhc/肽復合物的特異性抗體。這些抗體可用于治療,將毒素或放射性物質靶向病變組織。這些抗體的另一用途是為了成像之目的(如pet)將放射性核素靶向病變組織。這可有助于檢測小轉移灶或確定病變組織的大小和準確位置。此外,可用這些tumap在活檢樣本的基礎上驗證病理師對癌癥的診斷。表1顯示了根據(jù)本發(fā)明的肽、它們各自的seqidno、各個肽所結合的hla等位基因,以及產生這些肽的源蛋白。需要特別關注的一個事實是,根據(jù)seqid:1所述的肽與hla-dr以及hla-a*02結合,從而引發(fā)兩種不同的反應。表1:本發(fā)明中的肽硫酸軟骨素蛋白多糖4(cspg4)cspg4(硫酸軟骨素蛋白多糖)是初生周細胞上的一種完整膜硫酸軟骨素蛋白多糖,具有新生血管形成作用(ozerdem,2006)。在胚胎發(fā)育中,cspg4蛋白多糖在未成熟毛細血管上表達,但該表達隨著血管成熟而消失。它被稱為細胞表面黑色素瘤早期發(fā)展的標志物,刺激腫瘤細胞增殖、遷移和侵襲。cspg4在90%以上的人類黑色素瘤病變中呈強烈表達。雖然嚴格來說,cspg4并不具有腫瘤特異性,但是在黑色素瘤患者和健康人群中的腫瘤反應性cd4+t細胞反應可識別表達黑色素瘤細胞并缺乏自體免疫的hla-dr11上的c5pg4693-709(erfurtetal.,2007)。cspg4的表達增強了整合素介導的細胞擴散、fak(焦點粘附激酶)磷酸化、以及erk1/2(細胞外信號調節(jié)激酶)的激活(yangetal.,2004)。此外,體外實驗數(shù)據(jù)積累了cspg4在腫瘤血管生成中發(fā)揮重要作用的證據(jù)。因此,cspg4陽性腫瘤已經(jīng)被發(fā)現(xiàn)血管新生率和血管量顯著增加,并且cspg4顯示可吸收血管增生抑制素,從而抑制血管內皮細胞的增殖與血管新生。不成熟的血管還包含cspg4陽性周細胞,這表明在血管發(fā)育過程中可通過阻滯血管抑制素的抑制作用而在此細胞群中發(fā)揮調節(jié)血管內皮細胞增殖的作用(chekenyaetal.,2002b)。除了激活的周細胞,cspg4的表達也在一些正常組織中得到描述,如:內皮細胞、軟骨細胞、平滑肌細胞、表皮內的某些基底角質形成細胞、以及毛囊內的細胞(campolietal.,2004)。在血管生成和對cns疾病反應過程中,高度能動cspg4細胞迅速發(fā)生形態(tài)學變化,并被招募至發(fā)生血管生長和修復的地方。cspg4在腫瘤細胞和惡性腦腫瘤血管上的周細胞中均呈過度表達(chekenyaandpilkington,2002)。通過將cspg4陽性人腦膠質瘤細胞中的細胞植入免疫缺陷的裸鼠大腦后,其顯示,這些腫瘤與對照組相比具有較高的微血管密度,這意味著cspg4的表達對源自宿主的腫瘤脈管系統(tǒng)的功能和結構均有調節(jié)作用(brekkeetal.,2006)。在將gbm活檢球狀體植入裸鼠的異種移植實驗中,cspg4被確定為主要與周細胞的血管和腫瘤脈管系統(tǒng)的基膜成分相關,并且其表達也與細胞高度增殖區(qū)域相關(chekenyaetal.,2002a)。此外,cspg4的表達與神經(jīng)膠質瘤植入模型中的腫瘤發(fā)展相對應(wiranowskaetal.,2006)。腫瘤及其間質之間的交叉應答維持著惡性進展,其中激活的間質細胞通過形成新生血管、細胞外基質成分以及刺激性生長因子而為增殖和侵襲性腫瘤細胞提供營養(yǎng)。在這種情況下,cspg4透過細胞黏附、遷移、增殖和血管形態(tài)的改變而發(fā)揮著主要的瘤間質活化作用(chekenyaandimmervoll,2007)。在人腦膠質瘤中,cspg4的表達不同,與低級別膠質瘤相比,在高級別膠質瘤中的表達較高(chekenyaetal.,1999)。cspg4的高表達與α3β1整合素活化/pi3k信號及其下游靶標加強介導的多藥耐藥相關,從而促進了細胞的存活期(chekenyaetal.,2008)。過去在以下器官/組織和癌癥中發(fā)現(xiàn)有csp-001:腦:-膠質母細胞瘤;-繼發(fā)性膠質母細胞瘤(由星形細胞瘤衍生)結腸:-腺癌(不包括粘液型),原發(fā)性直腸:-腺癌,轉移胃:-腺癌(不包括印戒細胞型),原發(fā)性腎:-腎細胞癌,細胞系;-腎細胞癌,透明細胞型,轉移,所有繼發(fā)部位-腎細胞癌,透明細胞型,原發(fā)性;-腎細胞癌,原發(fā)性肺:-腺癌,原發(fā)性;-腺癌,原發(fā)性;-原發(fā)癌;-小細胞癌,原發(fā)性;-鱗狀細胞癌,原發(fā)性;胰腺:-腺癌,原發(fā)性;-胰島細胞瘤,惡性,轉移前列腺:-腺癌,原發(fā)性皮膚:-轉移性惡性黑色素瘤,淋巴結轉移因此,特別優(yōu)選含有一種根據(jù)seqidno:1的肽的藥物組合物來治療腦:-膠質母細胞瘤;-繼發(fā)性膠質母細胞瘤(由星形細胞瘤衍生)結腸:-腺癌(不包括粘液型),原發(fā)性直腸:-腺癌,轉移胃:-腺癌(不包括印戒細胞型),原發(fā)性腎:-腎細胞癌,細胞系;-腎細胞癌,透明細胞型,轉移,所有繼發(fā)部位;腎細胞癌,透明細胞型,原發(fā)性;-腎細胞癌,原發(fā)性肺:-腺癌,原發(fā)性;i期-腺癌,原發(fā)性;-原發(fā)癌;-小細胞癌,原發(fā)性;-鱗狀細胞癌,原發(fā)性;胰腺:-腺癌,原發(fā)性;-胰島細胞瘤,惡性,轉移前列腺:-腺癌,原發(fā)性皮膚:-轉移性惡性黑色素瘤,淋巴結轉移?;o酶a合成酶類脂素家族成員1(acsbg1)該基因編碼的蛋白質具有長鏈?;o酶a合成酶的活性。它被認為在大腦激活特長鏈脂肪酸代謝和髓鞘生成中發(fā)揮著核心作用。通過硫酯化而激活脂肪酸至乙酰輔酶a是此類分子的大多數(shù)反應的先決條件。文獻中尚沒有關于癌癥特異性功能或過度表達的描述。acsbg1在大腦、腎上腺、睪丸、卵巢中的表達模式以及其功能表明了該蛋白在x-連鎖腎上腺腦白質失養(yǎng)癥(xald)中的生化病理作用。xald是一種嚴重的、往往致命的神經(jīng)退行性疾病,特點為血漿和組織中飽和長鏈脂肪酸水平上升(asheueretal.,2005;peietal.,2003)。短蛋白聚糖(bcan)短蛋白聚糖是一種細胞外基質蛋白,從出生到8歲整個期間呈高度表達,到20歲時下調至低水平,該水平在成人正常皮質中維持。gpi異構體在整個發(fā)育期間均一直處于低水平(garyetal.,2000)。惡性膠質瘤對周圍正常大腦中具有很強的侵襲性,這可能由組織或腫瘤特異性細胞外蛋白介導。因此,細胞外基質可部分調節(jié)組織對細胞運動的放任。因而,膠質瘤修飾中樞神經(jīng)系統(tǒng)的ecm的能力可能介導了這些細胞的侵襲性。其中一個在膠質瘤中有很強上調作用的ecm分子是bcan,這是一種腦特異性硫酸軟骨素蛋白多糖。在發(fā)育過程中膠質細胞活動增加時以及腦組織損傷后,bcan的表達也上調。在膠質瘤中,可檢測到其表達上升超過正常水平的7倍(garyetal.,2000;garyetal.,1998)。bcan除了在膠質瘤中上調,全長蛋白質的水解過程也可能導致侵襲(garyetal.,1998;nuttetal.,2001)。研究顯示,adamts家族的金屬蛋白酶對bcan的蛋白水解處理是膠質瘤中介導促侵襲作用性的必然步驟。bcan的“不可裂解”形式的突變體無法增強膠質瘤細胞體外侵襲性以及腫瘤的體內進展(viapianoetal.,2008)。bcan的mrna在正常成人皮質中或以任何非膠質瘤的腫瘤中檢測不出,因此,bcan被認為是膠質瘤中一個獨特而有選擇性的標志物(jaworskietal.,1996)。此外,蛋白質分析顯示了在膠質瘤中,不僅全長bcan的表達增加,而且還存在其它獨特的異構體。因此,b/bδg是bcanmrna的一種全長產物,引起核心蛋白的糖基化不完全或降低。b/bδg在正常成人大腦中不存在,但在高級別膠質瘤樣本存在(viapianoetal.,2005)。bcan被描述為在一種膠質母細胞瘤源性干細胞樣腫瘤細胞中選擇性過度表達(guntheretal.,2008)。這種干細胞樣細胞顯示在體內具有最高多能性和致瘤性。幾丁質酶3樣1(軟骨糖蛋白39)(chi3l1)chi3l1是“哺乳動物幾丁質酶樣蛋白”的一員,由幾類實體瘤表達和分泌。它由腫瘤細胞和腫瘤相關巨噬細胞產生,對參與組織重塑過程的細胞顯示出生長因子活性,并可能在癌癥細胞增殖、分化、生存、侵襲、轉移、血管生成、以及腫瘤周圍細胞外基質的炎癥和重塑中發(fā)揮著作用(johansenetal.,2006;johansenetal.,2007;ringsholtetal.,2007)。此外,chi3l1還是類風濕關節(jié)炎的一種候選自身抗原。來自健康人的cd4t細胞系直接針對表達chi3l1的cd25、糖皮質激素誘導的腫瘤壞死因子受體和foxp3分子,并可抑制抗原特異性t細胞反應。50%的類風濕關節(jié)炎患者有反應說明了其對促炎癥t輔助1顯型的極化作用,并且抑制抗原特異性回憶反應較弱(vanbilsenetal.,2004)。chi3l1由抑瘤素m上調,抑瘤素m已知可在神經(jīng)系統(tǒng)中被誘導為細胞應激的結果,在大部分人腦腫瘤中表達,并活化jak/stat信號通路(kronaetal.,2007)。在膠質母細胞瘤中,chi3l1的表達也與p-mapk、p-mtor和p-p70s6k的表達相關(pelloskietal.,2006)。在幾項基因表達研究中,與正常腦組織相比,chi3l1被證明在膠質母細胞瘤中高度表達,上升超過正常腦組織中的3至62倍(saidietal.,2007;kroesetal.,2007;shostaketal.,2003;tanwaretal.,2002)。免疫組織化學研究顯示,細胞核正常運作的所有細胞均可在其細胞質中表達chi3l1,但chi3l1表達強度依賴于細胞活性情況。因此,已知具有高度代謝活性的細胞往往顯示出非常強的細胞質染色(ringsholtetal.,2007)。此外,免疫組織化學還可顯示,膠質母細胞瘤與多間變性少突膠質細胞瘤相比,明顯表達更多的chi3l1(nuttetal.,2005)。對膠質瘤樣本的chl3l1蛋白水平進行的western印跡法分析顯示,65%的gbm中該水平有大幅升高,但在低級別膠質瘤(ii和iii級)或正常腦組織中該水平檢測不出(tanwaretal.,2002),與毛細胞型星形細胞瘤相比,該蛋白不擴散,并且腫瘤可通過手術治愈,只有膠質母細胞瘤表達chi3l1(colinetal.,2006)。血清chi3l1水平在各種惡性腫瘤中上升,并與較差的生存率相關。血清chi3l1水平發(fā)現(xiàn)在轉移癌患者中表達最高,并且無復發(fā)間隔最短、總生存期最短。具體來說,在膠質母細胞瘤患者的血清中,chi3l1表達升高(kimetal.,2007;johansenetal.,2007;johansenetal.,2006;junkeretal.,2005;tanwaretal.,2002)。腫瘤處于活躍期的gbm患者與影像學未證實有疾病的患者相比,chi3l1水平明顯較高。此外,在gbm中,chi3l1水平與生存期成明顯負相關(hormigoetal.,2006;pelloskietal.,2005)。此外,在乳腺癌中也可觀察到chi3l1表達升高,并與腫瘤增大、腫瘤分化差和無病生存較差相關(kimetal.,2007;coskunetal.,2007)。此外,在53%的頭頸部鱗狀細胞癌中,也檢測到chi3l1血清水平升高。血清chi3l1水平高的患者的生存期短于血清chi3l1水平正常的患者(33vs.84個月)(roslindetal.,2008)。前列腺癌患者的血清chi3l1水平顯著高于良性前列腺增生患者或健康人(kucuretal.,2008)。含cap-gly域連接蛋白2(clip2)clip2編碼的蛋白屬于細胞質連接蛋白家族,已經(jīng)被提出可介導特定膜細胞器官與微管之間的相互作用。clip2被發(fā)現(xiàn)與微管和稱為樹突狀板層小體的細胞器官相關(來自ncbi網(wǎng)頁的一般信息)。clip2聚集至酪氨酸化微管的末端,但不在脫酪氨酸化微管的末端聚集。微管蛋白酪氨酸連接酶(ttl)是在微管蛋白酪氨酸化周期內將c-末端酪氨酸殘基增加物催化為α-微管蛋白的一種酶,它參與腫瘤進展,并在神經(jīng)組織中發(fā)揮重要作用(perisetal.,2006)。在30例原發(fā)性膠質母細胞瘤患者的一項研究中,來自患者冷凍切片的基因組dna用genosensorarray300檢測后,表現(xiàn)了全基因組的基因擴增、基因刪除和染色體資料的特點。被經(jīng)常擴增的基因包括=clip2(63.3%)、egfr(53.3%)、il6(53.3%)、abcb1(mdr1)(36.7%)和pdgfra(26.7%)(suzukietal.,2004)。溶質載體有機陰離子轉運蛋白家族,成員1c1(slco1c1)slco1c1在血腦屏障處呈選擇性表達(chuetal.,2008).slco1c1具有基質選擇性偏好,并可能在大腦和睪丸的甲狀腺激素處置中起到重要作用(pizzagallietal.,2002)。slco1c1用免疫熒光并不能明確檢測到。slco1a2和slco2b1在形成血腦屏障和血腫瘤屏障的內皮細胞腔膜中可由免疫熒光顯微鏡檢測到,但在神經(jīng)膠質瘤細胞中檢測不到(brongeretal.,2005)。小肌營養(yǎng)蛋白,α(dtna)α-小肌營養(yǎng)蛋白主要被描述為骨骼肌肉細胞中一種抗肌萎縮蛋白-糖蛋白復合物的細胞質組成部分。dtna異構體在細胞和組織中位置不同;在上皮細胞基側膜中,小肌營養(yǎng)蛋白介導與細胞外基質、外周和跨膜蛋白和絲狀肌動蛋白細胞骨架的接觸。除了構造作用,dtna還被認為在細胞信號傳導和細胞分化起著重要作用,并在它們重組時與緊密連接相關(sjoetal.,2005)。dtna可能參與突觸的形成和穩(wěn)定性以及煙堿型乙酰膽堿受體的聚集。表皮生長因子受體(紅白血病病毒(v-erb-b)致癌基因同源物,禽類)(egfr)最近引人注目的領域是表皮生長因子受體(egfr),因為它的異常是膠質母細胞瘤中一種最常見的分子異常之一。特別是egfrviii(表皮生長因子受體突變體iii)是膠質母細胞瘤中常表達的egfr的一種致癌性、組成性活性突變形式(zawrockiandbiernat,2005)。egfr參與激活許多調節(jié)祖細胞顯型的途徑。活化egfr酪氨酸激酶活性增強了神經(jīng)干細胞遷移、增殖和生存。由于egfr信號通路也已知在膠質母細胞瘤中發(fā)揮作用,因此,可得出這樣的結論:膠質母細胞瘤源自癌癥干細胞并且egfr的信號通常在這些前體細胞中發(fā)生改變(yuso-sacidoetal.,2006)。原發(fā)性膠質母細胞瘤新發(fā)于老年患者中,往往過度表達egfr。egfr過度表達與血管生成、水腫和侵襲增加相關(aghietal.,2005)。此外,egfr擴增膠質母細胞瘤可以耐放射(barkeretal.,2001),在治療后更快復發(fā)(schlegeletal.,1994)。gbm是在egfr過度激活時與腫瘤生長和患者生存期相關的唯一的一種非上皮細胞人類腫瘤,并且egfr的激活促進gbm體外浸潤(penaretal.,1997)。egfr是erbb的原癌基因。由于egfr過度表達增加活性配體:受體復合物的形成,所以可增加細胞生長?;驍U增是egf受體在gbm腫瘤中形成過度表達的機制(thompsonandgill,1985)。7號染色體上的egfr基因已知經(jīng)常在高級別膠質瘤中增加拷貝數(shù)(okadaetal.,2007)。短小干擾rna對egfr的刪除可消除膠質瘤細胞腫瘤的致瘤性(huangetal.,2007)。在40-70%的gbm中檢測到egfr過度表達,而毛細胞型、低級別或間變性星形細胞瘤總是為egfr陰性(agostietal.,1992;schwechheimeretal.,1995;eppenbergerandmueller,1994;huncharekandkupelnick,2000;liuetal.,2006a)。血清中高水平egfr提示生存期下降(quarantaetal.,2007)。此外,研究結果表明,高級別星形細胞瘤生存時間長的患者呈egfrviii陰性(liangetal.,2008)。notch-1基因上調egfr表達,并與egfr的水平呈相關性,而且notch-1mrna可發(fā)現(xiàn)于高級別人腦膠質瘤中(purowetal.,2008)。egfr本身參與c-jun氨基末端激酶(jnk)的組成性活化,這有助于有些腫瘤(包括膠質瘤)的細胞增殖、存活和腫瘤發(fā)生(lietal.,2008a)。雖然只有一小部分膠質瘤細胞表達egfrviii,但是大部分這些細胞均表現(xiàn)出轉化表型。研究結果表明,egfrvlii在生長緩慢的膠質瘤細胞中的表達刺激微泡相關的脂筏形成,而微泡包含的egfrviii可釋放到細胞周圍,并可與缺乏egfrviii的癌癥細胞的血漿膜結合,從而導致致癌活性轉移(al-nedawietal.,2008)。脂肪酸結合蛋白7,腦(fabp7)脂肪酸結合蛋白(fabp)為細胞質14-15kda蛋白,應該參與脂肪酸(fa)吸收、傳輸和定位。fabp蛋白可調節(jié)脂肪酸的濃度,并以這種方式影響各種酶、膜、離子通道、受體的功能,以及基因表達、細胞生長與分化。九類fabp基因可發(fā)現(xiàn)有特定的組織分布。雖然30-70%的氨基酸序列同源,但是它們具有類似的三級β-蛤結構,脂肪酸在此結合。神經(jīng)組織含有四種fabp,并且具有獨特的時空分布(veerkampandzimmerman,2001)。fabp7在大腦和視網(wǎng)膜發(fā)育中呈高度表達,并在成人中樞神經(jīng)系統(tǒng)中明顯下降(godboutetal.,1998)。根據(jù)體外實驗結果表明,fabp7是正在發(fā)育的大腦建立放射狀膠質系統(tǒng)所需的(mitaetal.,2007)。在正常大腦中,fabp7蛋白不易檢測到,但在幾種gbm細胞核和細胞質中顯示有中度到強度的表達。fabp7轉染的細胞與對照細胞相比,顯示了5倍以上的遷移程度。因此,fabp7過度表達特別是在膠質母細胞瘤中表達所導致的整體生存期較短可能是腫瘤細胞向周圍腦實質的遷移和侵襲增加所致(liangetal.,2005)。fabp7核遷移特別與egfr擴增以及更具侵襲性的腫瘤相關(kaloshietal.,2007)。因此,細胞核fabp7可能由egfr激活誘導促進gbm腫瘤細胞的遷移(liangetal.,2006)。fabp7表達也被證明為腎細胞癌的一個標志物。fabp7表達只能發(fā)現(xiàn)于癌癥組織,但在非癌性腎臟樣本中檢測不到(teratanietal.,2007)。fabp7在腎細胞癌中的表達比在正常腎臟組織中高出20倍(domotoetal.,2007;buchneretal.,2007)。研究還表明,fabp7常表達于黑色素瘤中,可能參與細胞增殖和侵襲(gotoetal.,2006)。膠質纖維酸性蛋白(gfap)gfap編碼成熟星形膠質細胞的一種主要中間絲蛋白。它用作一種標志物,以在發(fā)育過程中將星形膠質細胞與其它膠質細胞區(qū)分開來。這種基因的突變導致亞歷山大病,這是中樞神經(jīng)系統(tǒng)中星形膠質細胞的一種罕見疾病。另外一種轉錄物的變體已經(jīng)做過描述,但其全長序列尚未確定。gfap水平在自閉癥患者大腦中已報告有增加,而在嚴重抑郁癥患者的大腦中降低。出現(xiàn)新發(fā)腫瘤10年后接受全腦放射的靈長類動物的大腦曾進行了分析。腫瘤前體細胞證明了細胞的異型度和發(fā)生了有絲分裂,并且腫瘤相關標志物gfap、egfr和p53為陰性(lubenskyetal.,2006)。在星形細胞腫瘤中,gfap陽性細胞數(shù)量和染色強度與惡性程度成正比。3例少突膠質細胞瘤患者均對gfap表現(xiàn)出陰性反應(reyazetal.,2005)。從免疫組織學上來看,純少突膠質細胞瘤中gfap為陰性(mokhtarietal.,2005)。高級別膠質瘤患者的血清gfap水平與腫瘤體積表現(xiàn)出線性相關性(brommelandetal.,2007)。即使在gb患者中,腫瘤體積、腫瘤壞死體積、gfap陽性細胞壞死量與血清gfap水平也可檢測出明顯相關性(jungetal.,2007)。在以組蛋白去乙酰酶抑制劑4苯基丁酸鹽治療膠質母細胞瘤細胞系后,發(fā)現(xiàn)到非磷酸化gfap濃度上升,而磷酸化異構體仍保持完好(asklundetal.,2004)。在得到tgf-α治療的膠質母細胞瘤細胞系中,gfap基因轉錄、mrna水平和特定蛋白質的合成下降了約50%(zhouandskalli,2000)。從技術上講,gfap啟動子經(jīng)常在小鼠模型用作誘導所需蛋白表達的工具,特別是在神經(jīng)系統(tǒng)中。郎格罕氏胰島被表達gfap的島周雪旺氏細胞(psc)包裹。胰腺神經(jīng)系統(tǒng)組織分子的自身免疫性靶向作用似乎是自然1型糖尿病早期組成部分(wineretal.,2003)。immatics公司或來自大量組織的基因表達外部數(shù)據(jù)并未反映這種胰腺表達。在發(fā)表資料中,gfap-001作為一種表位,其所針對的1型糖尿病患者及其抗體與糖尿病自身抗原產生對抗反應(糖尿病風險增加)的非糖尿病親戚和健康供體相比,均表現(xiàn)出顆粒酶b-分泌ctl的反應性增強(體外elispot法)(standiferetal.,2006)。令人關注的是,自身免疫性疾病,尤其是糖尿病的出現(xiàn)與膠質瘤風險之間似乎呈負相關(aronsonandaronson,1965;schlehoferetal.,1999;brenneretal.,2002;schwartzbaumetal.,2003;schwartzbaumetal.,2005)。g蛋白-偶聯(lián)受體56(gpr56)gpr56是一種非典型g蛋白偶聯(lián)受體(gpcr),通常具有較大的n-末端胞外區(qū),其中包含一個長絲氨酸/蘇氨酸富集區(qū),形成一個粘液素狀莖,由于這一特性,gpr56被認為在細胞-細胞,或細胞-基質相互作用中發(fā)揮著作用。再加上mrna高水平表達及廣泛分布,表明該受體可能在細胞-細胞相互作用過程中發(fā)揮作用(liuetal.,1999)。gpr56屬于分泌素家族中的gpcr,其在神經(jīng)元祖細胞發(fā)育過程中發(fā)揮作用,并且與人類大腦的發(fā)育畸形相關。gpr56較高表達與幾種癌癥組織的細胞轉化顯型呈相關性(與其正常配對物比較),這意味著可能有致癌作用。rna干擾介導的gpr56沉默導致誘導細胞凋亡,并通過失巢凋亡的增加而導致癌癥細胞錨定依賴性生長減少。gpr56沉默還也減少細胞粘附到細胞外基質(keetal.,2007)。gpr56上調已使用功能性基因組在多形性膠質母細胞瘤中得到證實。免疫組織化學研究證實在大部分膠質母細胞瘤/星形細胞腫瘤樣本中有gpr56表達,并且在正常成人大腦中檢測不到表達水平(shashidharetal.,2005)。在胰腺癌細胞中,gpr56mrna表達水平高,而gpr56蛋白在這些細胞中的水平要么可忽略不計、要么檢測不到,這表明,gpr56蛋白表達在人胰腺癌細胞中被抑制(huangetal.,2008)。早先關于轉移癌的研究顯示,gpr56在人黑色素瘤細胞系的高度轉移性變體中明顯下調,這提示gpr56的過度表達抑制了腫瘤生長和轉移。這種生長抑制被認為由gpr56與組織谷氨酰胺轉胺酶(tg2)之間的相互作用介導,其中tg2是一種廣泛分布的組織和基質組成部分,提示抑制腫瘤本身的發(fā)展(xuetal.,2006;xuandhynes,2007)。gpr56的另一抑制影響報告為針對神經(jīng)祖細胞(npc)的遷移。gpr56在npc中高度表達,可能通過galpha(12/13)和rho信號通路調節(jié)npc運動,著表明gpr56在中樞神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)展中起著重要作用(iguchietal.,2008)。谷氨酸受體,離子型,ampa4(gria4)α-氨基-3-羥基-5-甲基-4-異唑丙酸(ampa)型谷氨酸受體(ampar)在中樞神經(jīng)系統(tǒng)的興奮性突觸中介導快速神經(jīng)傳遞,并由取自一組4種蛋白(即glur1至glur4(gria4))的亞基組成。gria4亞基在人腦膠質瘤細胞中廣泛表達,以ca2+-滲透型ampar發(fā)揮作用。轉換至ca2+-非滲透型受體抑制細胞運動,并誘導細胞凋亡,而ca2+-滲透型ampa受體的過度表達促進了腫瘤細胞的遷移和增殖。因此,ca2+-滲透型ampa受體似乎在膠質母細胞瘤生長中起到了關鍵作用(ishiuchietal.,2002)。胰島素樣生長因子2mrna結合蛋白3(igf2bp3)igf2bp3是胰島素樣生長因子-iimrna結合蛋白家族中的一員,涉及mrna定位、轉換及翻譯控制。編碼的蛋白包含數(shù)個kh域,這些域在rna結合中起著重要作用,并已知參與rna合成和代謝。其主要在胚胎發(fā)育期間和某些腫瘤中表達。因此,igf2bp3被認為是一種癌胚蛋白(liaoetal.,2005)。關于igf2bp3在膠質母細胞瘤中表達的具體資料尚未發(fā)現(xiàn),但igf2bp3被描述為在其它數(shù)種惡性腫瘤中過度表達。因此,在經(jīng)分析的716份透明腎細胞癌標本中,30%有igf2bp3表達。在本研究中,其表達與原發(fā)腫瘤的高分期和高級別以及其他不良特性(包括凝固性腫瘤壞死和肉瘤分化)相關。此外,igf2bp3陽性表達與遠處轉移風險增加5-10倍以及腎細胞癌死亡風險增加42%-50%相關,這表明,igf2bp3表達表現(xiàn)為腎透明細胞癌侵襲性行為的獨立預測因子(hoffmannetal.,2008;jiangetal.,2006;jiangetal.,2008)。與良性痣相比,igf2bp3在惡性黑色素瘤中也可檢測到,但即使存在發(fā)育不良的特點,也不確定有此蛋白表達(pryoretal.,2008)。在子宮內膜癌中,子宮內膜的腫瘤病灶中的igf2bp3表達與ii型子宮內膜癌和侵襲性組織學顯型密切相關(zhengetal.,2008)。在所有20名食道鱗狀細胞癌患者中,有40%患者的til、區(qū)域淋巴結淋巴細胞和外周血淋巴細胞中可觀察到來自igf2bp3的hla-a*2402限制表位肽的特異性t細胞誘導(mizukamietal.,2008)。igf2bp3在胰腺癌中也呈高度表達。在2項研究中,>90%的胰腺腫瘤組織樣本在免疫染色后顯示igf2bp3表達,而非腫瘤胰腺組織的igf2bp3為陰性。此外,與非腫瘤組織樣本相比,igf2bp3mrna在胰腺癌中過度表達,并且此表達逐漸增加了腫瘤的分期(yantissetal.,2005;yantissetal.,2008)。igf2bp3表達在高級別尿道上皮腫瘤中也發(fā)現(xiàn)有顯著上升,而在良性尿道上皮或低級別尿道上皮腫瘤中一般沒有表達。此外,igf2bp3陽性腫瘤患者的無進展生存率和無疾病生存率比igf2bp3陰性腫瘤患者低得多?;加袦\表侵襲性尿路上皮癌的igf2bp3陽性患者在初步診斷時也持續(xù)發(fā)生轉移,而在igf2bp3陰性患者中沒有發(fā)現(xiàn)轉移。此外,從這些研究數(shù)據(jù)表明,igf2bp3可能參與乳突狀和扁平型的尿路上皮腫瘤病灶從低級別向高級別發(fā)展(lietal.,2008b;sitnikovaetal.,2008)。伴皮層下囊腫的巨腦型腦白質病1(mlc1)伴皮層下囊腫的巨腦型腦白質病(mlc)是一種兒童常染色體隱性腦白質疾病。mlc由mlc1基因突變引起(iliabooretal.,2006)。據(jù)發(fā)明人所知,文獻中目前沒有關于mlc1與腦腫瘤相關的報道。一篇論文研究了小鼠大腦中mlc1的細胞內和區(qū)域分布情況(schmittetal.,2003)。在產前和圍產期,發(fā)現(xiàn)mlc1在多潛能神經(jīng)前體細胞中呈最高表達。mlc1mrna僅在成年小鼠大腦的膠質細胞中檢測到。與正在發(fā)育和成熟的星形膠質細胞相反,少突膠質細胞缺乏mlc1的表達。巢蛋白(nes)在發(fā)育過程中,受孕后11周時,在所有部分的中樞神經(jīng)系統(tǒng)室層的神經(jīng)上皮細胞中均有中間纖維巢蛋白廣泛表達,而巢蛋白免疫反應在妊娠第二和第三期減少(takanoandbecker,1997;lendahletal.,1990;zimmermanetal.,1994;tohyamaetal.,1992)。巢蛋白從增殖性室層遷移期間或之后,其在有絲分裂后的神經(jīng)元內表達大量下調(arnoldandtroianowski,1996)。對非腫瘤性成人腦組織的巢蛋白染色結果顯示,只有極少數(shù)血管內皮細胞有很弱的染色(dahlstrandetal.,1992)。巢蛋白可在致瘤性轉化過程中再次表達(veselskaetal.,2006)。在膠質瘤組織中,巢蛋白免疫反應只發(fā)生于腫瘤細胞中,并且隨著膠質瘤的惡性分級增加變?yōu)槟z質母細胞瘤,巢蛋白的產生量也增加。膠質母細胞瘤(惡性度iv級)表達最常出現(xiàn)的巢蛋白陽性細胞,一般情況下,也具有最高水平的巢蛋白染色。巢蛋白表達可在來源于神經(jīng)外胚層的不同類型原發(fā)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤細胞中檢測到,但在在轉移性腫瘤細胞中檢測不到,腫瘤細胞(dahlstrandetal.,1992;tohyamaetal.,1992)。巢蛋白幾乎不表達于間變性星形細胞瘤中,不定地表達于間變性星形細胞瘤中,不規(guī)則地強烈表達于膠質母細胞瘤中,其以互補方式多樣化分布,且含有gfap和波形蛋白(schifferetal.,2006)。臨床上,巢蛋白陰性中樞神經(jīng)系統(tǒng)生殖細胞腫瘤并不擴散,而所有表現(xiàn)出擴散的腫瘤也強烈表達巢蛋白(sakuradaetal.,2007)。強烈表達巢蛋白的腫瘤細胞往往靠近血管(dahlstrandetal.,1992),(kuriharaetal.,2000;sugawaraetal.,2002;florenesetal.,1994;strojniketal.,2007),而通過活化內皮細胞的巢蛋白表達提示為血管生成的一種標志(teranishietal.,2007;mademaeta1.,2007;amohetal.,2005;mokryetal.,2004)。gbm包括具有干細胞全部預期功能特征(包括腫瘤生成能力)的轉化前體細胞。這些細胞可在連續(xù)移植后形成gbm,因此可確認為腫瘤神經(jīng)干細胞(gallietal.,2004)。這些細胞屬于人腦腫瘤cd133+細胞亞群,并共同表達nsc標志巢蛋白,但不表達分化的神經(jīng)系標志物(singhetal.,2004b;singhetal.,2003;singhetal.,2004a;maoetal.,2007)。腦腫瘤中存在cd133+/巢蛋白+群表明,正常的神經(jīng)干細胞可能是膠質瘤細胞的源細胞(shirasetal.,2007)。由于notch信號在腦腫瘤活性和干細胞中傳導活躍,表明巢蛋白啟動子在培養(yǎng)過程中通過notch活性被激活(shihandholland,2006)。用巢蛋白sirna雙工轉染大鼠星形細胞瘤c6細胞系后顯示,巢蛋白sirna對培養(yǎng)的星形細胞瘤細胞生長以劑量依賴性方式產生有效的抑制(weietal.,2008)。在前列腺癌(guetal.,2007;gippetal.,2007)、胰腺癌(carriereetal.,2007)以及黑色素瘤(kleinetal.,2007)的癌干細胞中均報告有巢蛋白表達。此外,巢蛋白還表達于以下腫瘤中:gist(tsujimuraetal.,2001;sarlomo-rikalaetal.,2002)、黑色素瘤(florenesetal.,1994;brychtovaetal.,2007)、結直腸癌(teranishietal.,2007)和胰腺腫瘤(ohikeetal.,2007;kleebergeretal.,2007)。巢蛋白還可在各種正常組織中發(fā)現(xiàn):巢蛋白已報告表達于正常成熟人體腎臟小球的足細胞中。在正常情況下,巢蛋白表達于發(fā)育早期的幾類腎小球細胞中,并且在成熟的腎小球中只限表達于足細胞中(ishizakietal.,2006),這表明,巢蛋白對足細胞功能的某方面非常關鍵。成人腎小球在表達波形蛋白且具有足細胞形態(tài)的細胞中顯示出免疫反應性(bertellietal.,2007)。巢蛋白可能通過與波形蛋白的相互作用以加強在腎小球過濾過程中承受高拉伸應力的足細胞的機械強度(perryetal.,2007)。因此,在人的腎臟中,從形成腎小球的前幾個步驟開始,巢蛋白就在足細胞、系膜和內皮細胞內表達。此表達僅限于成熟腎小球的足細胞,在成人腎臟的其它結構內檢測(suetal.,2007)。免疫組織化學顯示,在正常人體腎上腺皮質中巢蛋白呈常量表達。表達巢蛋白的細胞普遍位于網(wǎng)狀帶組織,而腎上腺癌顯示巢免疫反應細胞數(shù)為可變量(totietal.,2005)。在正常胃腸道的cajal間質細胞(icc)也報告有巢蛋白表達。因此,胃竇的大多數(shù)肌肉內icc和小腸的所有腸肌層icc均具有免疫反應性,有些腸肌層icc和結腸環(huán)肌組織中的大部分icc也是如此(vanderwindenetal.,2002)。在胰腺的胰島和外分泌部分,也可發(fā)現(xiàn)巢蛋白免疫反應細胞。在較胰管部位,巢蛋白陽性細胞表現(xiàn)為胰管上皮細胞周圍結締組織中分散的小毛細血管。因此,在人胰腺中,巢蛋白由血管內皮細胞表達(kleinetal.,2003)。在胰島中,可發(fā)現(xiàn)表達巢蛋白的胰島祖細胞。據(jù)推測,這些巢蛋白陽性胰島祖細胞是位于胰島內的一群不同的細胞并可能參與胰島分泌細胞再生(zulewskietal.,2001)。在成人正常肝臟中,可分離出一群波形蛋白和巢蛋白陽性的人肝臟干細胞(herreraetal.,2006)。在細胞培養(yǎng)實驗中,針對細胞骨架和基質組成的免疫染色分析結果顯示,胎兒肺和成人骨髓衍生的細胞在中間纖維中表達波形蛋白和巢蛋白(sabatinietal.,2005)。在新出恒牙中,巢蛋白發(fā)現(xiàn)于功能性成牙本質細胞。其表達下調,并且在老恒牙中巢蛋白缺失,但是如果齲齒和牙齒受損后表達又上調(aboutetal.,2000)。在成熟表達巢蛋白的成人干細胞也可發(fā)現(xiàn)于成熟垂體前葉的導管外圍部位,并利用基因誘導性預定命運圖證實,它們用于生成腦垂體的所有六種末端分化的內分泌細胞的亞群。這些干細胞在器官形成中不發(fā)揮重要作用,在產后擴張并開始產生分化后代細胞,它們定殖于最初完全由來自胚胎前體的分化細胞組成的器官(gleibermanetal.,2008)。細胞核受體亞族2,e組,成員1(nr2e1)nr2e1(tlx)是神經(jīng)干細胞增殖必需的一種轉錄因子,并通過招募組蛋白去乙酰酶(hdac)至其下游靶基因抑制其轉錄而進行自我更新,從而調節(jié)神經(jīng)干細胞增殖。招募hdac導致轉錄性抑制tlx靶基因、周期蛋白依賴性激酶抑制因子p21(cip1/waf1)(p21)和腫瘤抑制基因pten(sunetal.,2007)。歧異同源盒基因的tlx/hox11亞族參與胚胎發(fā)育的各個方面,對于tlx1/hox11和tlx3/hox11l2,明顯具有人類t細胞急性淋巴細胞性白血病癌基因的特點(dixonetal.,2007)。nr2e1構成視網(wǎng)膜組織的基本發(fā)育計劃的基礎,并且在較長的視網(wǎng)膜形成過程中控制適量視網(wǎng)膜后代細胞的和膠質細胞的產生(miyawakietal.,2004)。關于膠質母細胞瘤的信息,尚沒有發(fā)現(xiàn)。神經(jīng)細胞粘附分子(nrcam)人類nrcam(神經(jīng)膠質相關細胞粘附分子)在多形性膠質母細胞瘤組織(gmt)中與正常腦組織(nbt)相比呈過度表達。nrcam被描述為與錨定蛋白產生相互作用的單次i型跨膜蛋白。反義hnrcam導致原生hnrcam表達的降低,細胞形態(tài)的改變、細胞增殖率的下降以及細胞周期的延長。此外,這些細胞中反義hnrcam過度表達造成了軟瓊脂定殖區(qū)數(shù)量大量減少以及通過體外細胞外基質(ecm)凝膠的侵襲。與只有載體轉染的細胞相比,向裸鼠皮下注射過度表達膠質母瘤細胞的反義hnrcam導致對腫瘤形成的徹底抑制。表達質粒的反義hnrcam瘤內接種也可使裸鼠體內腫瘤生長緩慢(sehgaletal.,1999)?;蛱禺愋詒t-pcr分析結果提示,與正常腦組織相比,hnrcam在高級別星形細胞瘤、膠質瘤和膠質母細胞瘤組織中呈過度表達(sehgaletal.,1998)。nrcam是免疫球蛋白樣細胞粘附分子家族中的一種細胞-細胞粘附分子,已知在神經(jīng)元過快生長和引導中發(fā)揮功能,最近被確定為人黑色素瘤和結腸癌細胞和組織中β-連接素信號傳導的靶基因。逆轉錄介導的nrcam轉導入成纖維細胞誘導了細胞運動性和致瘤性(conacci-sorrelletal.,2005)。由β-連接素或斑珠主蛋白誘導的nrcam轉錄在黑素瘤和結腸癌發(fā)生中發(fā)揮著作用,這可能是通過促進細胞生長和運動而達成(conacci-sorrelletal.,2002)。β-連接素信號傳導中的其它靶標也上調-如myc基因(liuetal.,2008)。nrcam在人乳頭狀甲狀腺癌中在mrna和蛋白質水平上均呈過度表達,無論腫瘤處于何種期別(gorkaetal.,2007)。nrcammrna在腫瘤中過度表達與高增殖指數(shù)以及室管膜瘤預后較差(zangenetal.,2007)相關。平足蛋白(pdpn)pdpn是一種粘液樣i型整合膜糖蛋白,在人組織中呈多樣化分布。它參與腫瘤細胞遷移、侵襲、轉移及惡性進展,并參與血小板聚集。clec-2是首個得到確認的平足蛋白的病理生理受體(katoetal.,2008)。115種膠質母細胞瘤使用免疫組化方法以抗pdpn抗體行了研究。47%的膠質母細胞瘤在細胞表面表達了pdpn,特別是壞死區(qū)周圍已經(jīng)正在增殖的血管內皮細胞。此外,pdpnmrna和蛋白在膠質母細胞瘤中的表達明顯高于間變性星形細胞瘤,這表明pdpn的表達可能與星形細胞瘤的惡性程度相關(mishimaetal.,2006)。另一項分析還顯示,pdpn在82.9%(29/35)的膠質母細胞瘤中表達(shibaharaetal.,2006)。在一項調查pdpn表達和膠質母細胞瘤細胞株的血小板聚集活性的研究中,ln319高度表達pdpn并誘導血小板聚集。nz-1是一種高反應性抗pdpn抗體,通過ln319壓制血小板聚集,這表明,pdpn是誘導血小板聚集的主要原因(katoetal.,2006)。膠質母細胞瘤中的pdpn基因表達水平明顯高于非腫瘤性白質,這由免疫組化得到證實(scridelietal.,2008)。pdpn由淋巴細胞表達,而不是由培養(yǎng)和腫瘤相關淋巴管形成過程中的血管內皮細胞表達。雖然pdpn主要在正常人表皮中缺失,但是其在28例鱗狀細胞癌的22例中強烈表達,這表明pdpn在腫瘤進展中發(fā)揮作用(schachtetal.,2005)。pdpn在許多侵襲性人類癌中上調。在經(jīng)過培養(yǎng)的人乳腺癌細胞、胰腺β細胞癌形成小鼠模型、以及人癌癥活檢組織中對pdpn的研究表明,pdpn可促進體內外腫瘤細胞侵襲。pdpn通過絲狀偽足形成經(jīng)下調較小rho家族gtp酶的活性而誘導細胞集體遷移??傊?,pdpn在無上皮間質轉化時誘導腫瘤瘤細胞侵襲的替代途徑(wickietal.,2006),pdpn表達水平在大多數(shù)結直腸腫瘤患者中增強(katoetal.,2003),tgf-β被認為是腫瘤細胞中的pdpn生理性調節(jié)劑(suzukietal.,2008),pdpn表達于來自食道、肺、肝、結腸和乳腺癌以及淋巴管內皮細胞的癌細胞(konoetal.,2007)。細胞粘合素c(健生蛋白)(tnc)細胞外基質糖蛋白在膠質母細胞瘤中表達,但不在正常腦大腦中表達,并且其與膠質母細胞-增殖性內皮基底膜相關,在1983年的研究已顯示,tnc可能是膠質瘤的一種有用的標志物(bourdonetal.,1983)。在腫瘤進展過程中,腫瘤組織ecm重組并且提供了更利于腫瘤進展的環(huán)境,其中血管生成是關鍵的一步(carnemollaetal.,1999)。tnc在具有高增殖指數(shù)的腫瘤血管中過度表達,這表明,tnc參與瘤血管生成(kimetal.,2000)。在腫瘤中,缺氧可誘導tnc表達(laletal.,2001)。tgf-β1介導tnc的誘導,從而形成了高級別膠質瘤侵襲健康實質的(hauetal.,2006)。此外,tnc過度表達是胃泌素特異性激活細胞粘合素-c基因啟動子的后果,已知可顯著調節(jié)人膠質母細胞瘤細胞的遷移(kucharczaketal.,2001)。tnc下調原肌球蛋白-1,從而破壞肌動蛋白應力纖維的穩(wěn)定性。另外,它還導致wnt抑制劑dickkopf1的下調。由于原肌球蛋白-1表達下降以及wnt信號增強與轉化和腫瘤發(fā)生有密切聯(lián)系,因此,tnc特異性調節(jié)這些信號通路以增加膠質瘤細胞的增殖(ruizetal.,2004)。在膠質母細胞瘤組織中發(fā)現(xiàn)到腫瘤供血血管附近有tnc周圍血管染色,但在whoii級和iii級膠質瘤中tnc周圍血管染色并不常見,這表明tnc染色強度與腫瘤分級相關并且最強的染色表明預后不良(herold-mendeetal.,2002;zukieletal.,2006)。在結締組織周圍腫瘤中觀察到了最高程度的tnc表達(chiquet-ehrismannandtucker,2004)。tnc還使室下區(qū)(svz)內產生干細胞巢,協(xié)調生長因子信號以加快神經(jīng)干細胞的發(fā)育。tnc對于神經(jīng)干細胞中egfr及時表達很重要,并增強fgf2的信號。tnc對svz內的細胞主要作用為調節(jié)發(fā)育進程(garcionetal.,2004)。tnc是人nsc定向遷移的最強誘導劑(趨觸性)。因此,腫瘤產生的ecm為nsc定向至傳播腫瘤細胞提供了不受約束的環(huán)境(ziuetal.,2006)。tnc的途徑也在乳腺腫瘤的生長和轉移中發(fā)揮著重要作用。因此,tnc信號傳導在mda-mb-435細胞中阻塞或停止導致了細胞遷移收到重大影響以及錨定依賴性細胞增殖。接受克隆mda-mb-435細胞注射且tnc表達下降的小鼠表現(xiàn)出原發(fā)腫瘤生長的明顯下降,以及原發(fā)腫瘤手術切除后腫瘤復發(fā)減少、并且肺轉移發(fā)生率下降(calvoetal.,2008)。生存素(birc5)在胎兒組織和各種人癌癥組織中,birc5(生存素)-細胞凋亡抑制蛋白(iap)家族中的一員-表達升高,在成熟的正常分化組織中,尤其當其增殖指數(shù)低時,表達大大降低。生存素似乎具有同時調節(jié)細胞增殖和凋亡的能力。雖然生存素通常位于細胞胞質區(qū)內并與癌癥預后較差有關,但是,也層有報告預示著有利預后(o′driscolletal.,2003)的核局部化。幾種機制已經(jīng)描述了生存素的調控和通過生存素的調控。生存素似乎與分子伴侶hsp60有關。在體內與相應的正常組織相比,hsp60大量表達于人原發(fā)腫瘤中。小的干擾性rna對hsp60的急性消融擾亂了生存素的線粒體庫,誘導線粒體功能障礙,并激活了半胱天冬酶依賴的細胞凋亡(ghoshetal.,2008)。此外,對ras的抑制在細胞凋亡后導致生存素釋放“剎車”,并激活了線粒體凋亡通路。特別是在膠質母細胞瘤中,靶向生存素的ras抑制劑可消除抗細胞凋亡作用(blumetal.,2006)。膠質瘤中nf-κb過度活躍似乎與生存素(一種nf-κb靶基因)超高表達之間具有相關性。因此,nf-κb激活的抗凋亡基因在腫瘤樣本中呈超高表達。特別是在膠質母細胞瘤中,可檢測到非常高水平的生存素表達(angilerietal.,2008)。這表明,生存素在腦膠質瘤中的過度表達可能在惡性增殖、抗凋亡和血管生成中起著重要作用(zhenetal.,2005;liuetal.,2006b)。有人已經(jīng)進行數(shù)次分析研究了生存素的表達及其對膠質母細胞瘤患者生存的影響。總之,與罹患生存素陰性腫瘤的患者相比,生存素的表達,尤其是在星形細胞瘤細胞核和細胞質中的同時表達,與惡性程度(在膠質母細胞瘤中生存素表達最高)和較短的總存活時間顯著相關(kajiwaraetal.,2003;saitoetal.,2007;uematsuetal.,2005;mellaietal.,2008;grundaetal.,2006;xieetal.,2006;sasakietal.,2002;chakravartietal.,2002)。對于其它腫瘤,也報告過生存素過度表達。在乳腺癌中,生存素表達與較高級別和較短的無病存活率相關(yamashitaetal.,2007;al-joudietal.,2007;spanetal.,2004)。在食管癌細胞系中,生存素的啟動子活性被證明高于正常組織的28.5倍(satoetal.,2006)。在結直腸癌中,生存素表達也與病理分級和淋巴結轉移相關(tanetal.,2005)。對透明細胞腎細胞癌的侵襲性被證明與生存素的表達有關。此外,生存素的表達與特定癌癥存活率呈反相關(kosarietal.,2005)。生存素的表達在所有角化細胞腫瘤和高增殖細胞病灶中均可檢測到,但在正常皮膚中檢測不到(bowenetal.,2004)。在胰腺癌細胞株中,檢測的細胞株58%有生存素擴增(mahlamakietal.,2002)。在鱗狀細胞癌中,生存素的表達可以幫助確定更具侵襲性和浸潤性臨床表型的病例(loetal.,2001)。由于生存素是很有希望成為癌癥治療的一個靶標,因此,使用生存素衍生肽的研究表明,生存素通過引發(fā)cd8+t細胞介導的反應而在腫瘤患者中具有免疫原性。此外,生存素特異性地刺激了取自相同患者的外周血淋巴細胞中的cd4+t細胞的反應性(casatietal.,2003;piescheetal.,2007)。生存素(svn、birc)在眾多癌癥中呈過度表達。因此,在一般情況下,生存素的過度表達被認為與較短的總體生存期和更高的惡性級別相關。本發(fā)明進一步涉及可用作膠質母細胞瘤預后的特殊標志物蛋白。此外,本發(fā)明還涉及這些供癌癥治療使用的新靶標。正如本文所述,與正常腦組織和其它重要組織(如肝臟、腎臟、心臟)相比,膠質母細胞瘤高度過度表達gfap、fabp7、dtna、nr2e1、slco1c1、chi3l1、acsbg1、igf2bp3、nlgn4x、mlc1、nrcam、bcan、egfr、pdpn、nes、以及clip2。蛋白質grp56、cspg4、nrcam、tnc、birc5、clip2、nes、pdpn、egfr、bcan、gria4顯示在腫瘤發(fā)生中發(fā)揮重要作用,因為它們參與惡性轉化、細胞生長、增殖、血管生成或侵襲入正常組織。蛋白質nes、tnc、birc5、egfr與膠質母細胞瘤中的癌干細胞或干細胞巢相關。癌癥干細胞是一種腫瘤細胞亞群,具有腫瘤持續(xù)生長所需的自我更新潛能。這些細胞存在于專門的和高度組織的結構中,即所謂的癌癥干細胞巢,它們是維持干細胞自我更新潛能所必需的。腫瘤中蛋白birc5、nrcam、igf2bp3過度表達顯示與疾病期別較晚期以及患者預后較差相關。bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn顯示在神經(jīng)系統(tǒng)中腫瘤生長所需的組織重組中發(fā)揮重要作用。因此,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn可用作區(qū)分膠質母細胞瘤與其它形式腫瘤的標志物。因此,本發(fā)明提出了識別動物的方法,優(yōu)選為可能有膠質母細胞瘤的人類。在一實施方案中,該可能性確定為80%至100%。一個此種方法包括測定來自受試動物腫瘤樣本中的蛋白bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn中至少一種蛋白的水平。在一實施方案中,樣本通過根治性手術獲得。在另一實施方案中,樣本通過針刺活檢獲得。當bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn測定的水平相對于同一標本的良性上皮細胞中的測定水平上調20%或以上時,則該受試動物被確定為可能有膠質母細胞瘤。包含bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn的基團的不同蛋白屬上調的越多,受試動物越有可能被確定為具有膠質母細胞瘤。在一實施方案中,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn水平在原位測定。在另一實施方案中,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn水平在體外測定。還是在另一實施方案中,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn水平在體內測定。在一優(yōu)選實施方案中,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn水平采用激光捕獲顯微鏡結合western印跡法測定。在一特別實施方案中,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn水平以bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn的特定抗體測定。在另一實施方案中,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn水平以含引物的pcr方法測定,其中引物為編碼bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn的mrna的特定引物。還是在另一實施方案中,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn水平以含引物的核苷酸探針測定,其中探針為編碼bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn的mrna的特定探針。在一實施方案中,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn水平使用northern印跡法測定。在另一實施方案中,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn水平使用核糖核酸酶保護法測定。在其它實施方案中,如酶聯(lián)免疫吸附法(elisa)、放射性免疫測定(ria)以及western印跡法等免疫學測試可能用于檢測體液樣本(如血液、血清、痰液、尿液或腹腔液)中的bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn多肽。檢體、組織樣本和細胞樣本(如卵巢、淋巴結、卵巢表面上皮細胞碎屑、肺檢體,肝檢體、以及任何含有細胞的液體樣本(如腹腔液、痰液和胸腔積液)均可通過分解和/或溶解組織或細胞樣本以及使用免疫法(如:elisa、ria或western印跡法)檢測多肽而進行測試。此類細胞或組織樣本也可使用基于核酸的方法分析,例如,反轉錄聚合酶鏈反應(rt-pcr)擴增、northern雜交、或槽或點印跡法。為了可看到腫瘤細胞在組織樣本中的分布,可能分別使用保存樣本組織結構的診斷測試(例如,免疫組織化學染色、rna原位雜交或原位rt-pcr技術)來檢測膠質母細胞瘤標志物多肽或mrna。對于腫瘤的體內定位,可能使用影像學檢查,如磁共振成像(mri),向受試者導入一種與bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn多肽(尤其是局限于細胞表面的多肽)特異性結合的抗體,其中所述抗體共價結合或以其他方式耦合到順磁示蹤劑(或其他合適的可檢測基元,這取決于所使用的影像技術);另外,未標記的腫瘤標志物特異性抗體的位置可使用與可檢測到的基元耦合的二抗檢測。另外,本發(fā)明進一步提出了組成bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和/或pdpn多肽、及其片段(包括功能性、蛋白裂解性和抗原性片段)的嵌合/融合蛋白/肽。雜合分子的融合伙伴或片段提供了刺激cd4+t細胞的適當表位。cd4+刺激表位為本領域所熟知、并包括破傷風類毒素中確定的表位。在進一步優(yōu)選的實施方案中,所述肽為融合蛋白,尤其包含hla-dr抗原相關不變鏈(ii)的n端氨基酸。在一實施方案中,本發(fā)明的肽為一蛋白片段和另一多肽部分(如果人體多肽部分含有一個多個發(fā)明的氨基酸序列)的一種截短型人蛋白或融合蛋白。本發(fā)明還包括bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn多肽的抗體,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn多肽組成的嵌合/融合蛋白的抗體,以及bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn多肽片段(包括蛋白裂解性和抗原性片段)的抗體和組成這些片段的嵌合/融合蛋白/肽的抗體。此外,針對癌癥、特別是針對膠質母細胞瘤預后的這些抗體的使用方法也是本發(fā)明的一部分。本發(fā)明的抗體可為多克隆抗體、單克隆抗體和/或嵌合抗體。產生本發(fā)明單克隆抗體的永生細胞株也是本發(fā)明的一部分。本領域的普通技術人會明白,在某些情況下,作為腫瘤標志物基因的bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn較高表達提示患有膠質母細胞瘤的受試者預后較差。例如,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn較高水平的表達可能提示腫瘤體積相對較大、腫瘤負荷較高(例如,更多轉移)、或者腫瘤表性惡性程度相對較高。包含bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn的基團的不同蛋白其過度表達越高,患者的預后越差。本發(fā)明的診斷和預后方法涉及使用已知的方法,例如:基于抗體的方法,以檢測bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn多肽,以及核酸雜交和/或基于擴增的方法來檢測bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和/或pdpn的mrna。此外,由于腫瘤細胞快速破壞往往導致自身抗體產生,本發(fā)明的膠質母細胞瘤腫瘤標志物可用于血清學檢測(例如,受試者血清的elisa測試),以檢測受試者中抗bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn的自身抗體。bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn多肽特異性抗體的水平比對照樣本至少約高3倍(優(yōu)選為至少5倍或7倍,最優(yōu)選為至少10倍或20倍),該水平提示有膠質母細胞瘤。細胞表面局部、細胞內、和分泌的bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn多肽都可能用于活組織切片分析,例如,組織或細胞樣本(包括諸如從腹腔液中獲得的液體樣品)以確定含有膠質母細胞瘤細胞的組織或細胞檢體。檢體可作為完整的組織或整個細胞樣本進行分析,組織或細胞樣本也可能按特定類型診斷測試所需被分解和/或溶解。例如,檢體或樣本可能對bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn多肽或mrna水平進行整個組織或整個細胞分析,方法為原位法、免疫組織化學法、原位雜交mrna法或原位rt-pcr。技術人員知道如何處理組織或細胞進行多肽或mrna水平進行分析,使用方法為免疫方法(如elisa、免疫印跡或等效方法),或使用基于核酸的分析方法(如rt-pcr、northern雜交或槽或斑點印跡法)分析mrna水平。測量bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn表達水平的藥盒。本發(fā)明提出了檢測作為受試者膠質母細胞瘤標志物基因的bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn表達水平所用的藥盒。一種檢測膠質母細胞瘤標志物多肽的藥盒優(yōu)選包含一種特異性結合選定的膠質母細胞瘤標志物多肽的抗體。一種檢測膠質母細胞瘤標志物mrna的藥盒最好包含可特異性與bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpnmrna雜交的一個或多個核酸(例如,一個或多寡核苷酸引物或探針、dna探針、rna探針、或產生rna的探針模板)。特別地,基于抗體的藥盒可用于檢測是否存在、和/或測量被抗體或其免疫反應性片段特異性結合的bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和/或pdpn的水平。該藥盒可包含與抗原反應的抗體以及檢測含抗原的抗體的反應。該藥盒可為elisa試劑盒,可包含對照(例如,指定量的特定膠質母細胞瘤標志物多肽)、一抗和二抗(適當時)、任何其它上文所述必需的試劑,如:可檢測基元、酶底物和顯色劑。另外,診斷藥盒可為一般由本文所述的成分和試劑組成的試劑盒?;诤怂岬乃幒锌捎糜谕ㄟ^檢測和/或測量樣本中(如組織或細胞檢體)中的bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn的mrna,而檢測和/或測量出bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn的表達水平。例如,檢測bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn表達升高的rt-pcr藥盒優(yōu)選為包含足夠的寡核苷酸引物以將膠質母細胞瘤mrna反轉錄為cdna以及對膠質母細胞瘤標志物cdna進行pcr擴增,還優(yōu)選為包含對照pcr模板分子和引物以對量化進行適當?shù)年幮院完栃詫φ找约皟炔繉φ?。本領域的普通技術人會明白如何選擇合適的引物以進行反轉錄和pcr反應,以及合適的對照反應。該指導可發(fā)現(xiàn)于,例如,f.ausubel等所著的《currentprotocolsinmolecularbiology》,newyork,n.y.,1997。rt-pcr的許多突變體為本領域熟知。將免疫毒素靶向性地傳遞至bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn可以用作治療靶,以治療或預防膠質母細胞。例如:一種特異性結合細胞表面局限性bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn多肽的抗體分子可與放射性同位素或其它有毒化合物共價結合。給予受試者抗體共軛物以便該抗體與其同源膠質母細胞瘤多肽的結合導致治療性化合物向膠質母細胞瘤細胞靶向傳遞,從而治療卵巢癌。治療成分可以是毒素、放射性同位素、藥物、化學物質或蛋白質(參見,例如,beraetal.″pharmacokineticsandantitumoractivityofabivalentdisulfide-stabilizedfvimmunotoxinwithimprovedantigenbindingtoerbb2″cancerres.59:4018-4022(1999))。例如,該抗體可鏈接或共價結合至一種細菌毒素(如:白喉毒素、綠膿桿菌外毒素a、霍亂毒素)或植物毒素(如蓖麻毒素),以將毒素靶向傳遞至表達bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn的細胞。這種免疫毒素可被傳遞至細胞,并且一旦與細胞表面局限性膠質母細胞瘤標志物多肽結合,共軛至膠質母細胞瘤標志物特異性抗體的毒素將被傳遞至該細胞。本發(fā)明的另一個方面涉及一種抗體,其特異性結合至與hla限制性抗原絡合的i或ii類人主要組織相容性復合體(mhc)(以下也稱為“復合物特異性抗體”)。此外,本發(fā)明的另一個方面涉及產生特異性結合至與hla限制性抗原絡合的i或ii類人主要組織相容性復合體(mhc)的所述抗體的方法,該方法包括:用可溶形式的與hla限制性抗原絡合的(mhc)i或ii類分子對包含表達所述的主要組織相容性說復合體(mhc)i或ii類的基因工程非人哺乳動物進行免疫;將mrna分子與產生所述非人哺乳動物細胞的抗體分離;產生一個噬菌體顯示庫,顯示由所述mrna分子編碼的蛋白分子;以及將至少一個噬菌體與所述噬菌體顯示庫分離,所述的至少一個噬菌體顯示所述抗體可特異性地結合至與hla限制性抗原絡合的所述人主要組織相容性說復合體(mhc)i或ii類。產生這種抗體和單鏈i類主要組織相容性復合物的相應方法,以及產生這些抗體的其它工具在wo03/068201、wo2004/084798、wo01/72768、wo03/070752以及cohencj,denkbergg,leva,epelm,reitery.recombinantantibodieswithmhc-restricted,peptide-specific,t-cellreceptor-likespecificity:newtoolstostudyantigenpresentationandtcr-peptide-mhcinteractions.jmolrecognit.2003sep-oct;16(5):324-32.;denkbergg,leva,eisenbachl,benhari,reitery.selectivetargetingofmelanomaandapcsusingarecombinantantibodywithtcr-likespecificitydirectedtowardamelanomadifferentiationantigen.jimmunol.2003sep1;171(5):2197-207;以及cohencj,sarigo,yamanoy,tomaruu,jacobsons,reitery.directphenotypicanalysisofhumanmhcclassiantigenpresentation:visualization,quantitation,andinsitudetectionofhumanviralepitopesusingpeptide-specific,mhc-restrictedhumanrecombinantantibodies.jimmunol.2003apr15;170(8):4349-61中進行了披露,為了本發(fā)明之目的,所有參考文獻通過引用被完整地并入本文。優(yōu)選地,該抗體與復合體的結合親和力低于20納摩爾,優(yōu)選為低于10納摩爾,這在本發(fā)明情況下被視為具有“特異性”。本文中術語“抗體”意義廣泛,既包括多克隆也包括單克隆抗體。除了完整的免疫球蛋白分子,“抗體”這一術語還包括這些免疫球蛋白分子和人源化免疫球蛋白分子的片段或聚合物,只要它們表現(xiàn)出本文所述的任何期望屬性(例如,以上所述的作為復合體特異性抗體、將毒素傳遞給癌癥(優(yōu)選為膠質母細胞瘤)標志物基因表達水平增加的癌癥細胞和/或抑制生存素等癌癥標志物多肽的活性)。此外,對于任何含有特定配體(例如:與細胞表面局限性蛋白結合的配體)的任何bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn多肽,該配體均可取代抗體以將毒性化合物靶向作用于膠質母細胞瘤細胞,如上文所述。只要有可能,本發(fā)明的抗體可從商業(yè)來源購買。本發(fā)明的抗體也可能使用已知的方法制得。技術人員會了解全長膠質母細胞瘤標志物多肽或其片段可用于制備本發(fā)明的抗體。用于產生本發(fā)明抗體的多肽可部分或全部地由天然源經(jīng)純化而得,也可利用重組dna技術生產。例如,編碼bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn多肽的cdna或其中一個片段,可在原核細胞中(如:細菌)或真核細胞(如:酵母、昆蟲或哺乳動物細胞)中表達,之后,可純化重組蛋白,并用于產生一種特異性結合用于產生該抗體的膠質母細胞瘤標志物多肽的單克隆或多克隆抗體制劑。本領域的技術人員將會知道,兩種或兩種以上不同集合的單克隆抗體或多克隆抗體能最大限度地增加獲得一種含預期用途所需的特異性和親和力(例如,elisa法、免疫組織化學、體內成像、免疫毒素療法)的抗體的可能性。根據(jù)抗體的用途,用已知的方法對其可取活性進行測試(例如,elisa法、免疫組織化學、免疫治療等;要獲取產生和測試抗體的進一步指導,請參閱,例如,harlowandlane,antibodies:alaboratorymanual,coldspringharborlaboratorypress,coldspringharbor,n.y.,1988)。例如,該抗體可用elisa法、免疫印跡法、免疫組織化學染色福爾馬林固定的膠質母細胞瘤或冰凍的組織切片進行檢測。在初次體外表征后,用于治療或體內診斷用途的抗體根據(jù)已知的臨床測試方法進行檢測。此處使用的術語“單克隆抗體”系指從大量同質抗體中獲得的一種抗體,即,由相同的抗體組成的抗體群,但可能少量提呈的自然突變除外。本文所述的單克隆抗體具體包括“嵌合”抗體,其中一部分重鏈和/或輕鏈與從特定物種中獲得的抗體或屬于特定抗體類型和分類型抗體的相應序列相同(同質),同時,剩余鏈與從其它物種中獲得的抗體或屬于特定抗體類型和子類型抗體的相應序列以及這些抗體的片段相同(同質),只要他們表現(xiàn)出預期的拮抗活性(美國4816567號專利)。本發(fā)明的單克隆抗體可能使用雜交瘤方法制得。在雜交瘤方法中,老鼠或其它適當?shù)乃拗鲃游铮ǔS妹庖咧苿┮砸l(fā)產生或能產生將特異性結合至免疫制劑的抗體?;蛘?,淋巴細胞可在體外進行免疫。單克隆抗體也可由dna重組方法制得,如:美國4816567號專利所述。編碼本發(fā)明單克隆抗體的dna可很容易地使用傳統(tǒng)程序進行分離和測序(例如:通過使用能與編碼鼠抗體重鏈和輕鏈的基因特異性結合的寡核苷酸探針)。體外方法也適用于制備單價抗體??贵w消化以產生抗體的片段,尤其是fab片段,可以通過使用本領域已知的常規(guī)技術完成。例如,可以通過使用木瓜蛋白酶完成消化。木瓜蛋白酶消化的例子在1994年12月22日公布的wo94/29348和美國4342566號專利中有描述??贵w的木瓜蛋白酶消化通常產生兩種相同的抗原結合性片段,稱為fab片段(每個片段都有一個抗原結合點)和殘余fe片段。胃蛋白酶處理產生一個片段,它有兩個抗原結合位點,并仍具有交聯(lián)抗原的能力。抗體片段,不論其是否附著于其它序列,均可包括特定區(qū)域或特定氨基酸殘基的插入、刪除、替換、或其它選擇性修飾,但前提是,片段的活性與非修飾的抗體或抗體片段相比沒有顯著的改變或損害。這些修飾可提供一些額外的屬性,如:刪除/添加可與二硫鍵結合的氨基酸,以增加其生物壽命、改變其分泌特性等。在任何情況下,抗體片段必須擁有生物活性的特性,如:結合活性、調節(jié)結合域的結合力等??贵w的功能性或活性區(qū)域可通過蛋白特定區(qū)域的基因突變、隨后表達和測試所表達的多肽進行確定。這些方法為本行業(yè)技術人員所熟知,可包括編碼抗體片段的核酸的特定位點基因突變。本發(fā)明的抗體可進一步包括人源化抗體或人抗體。非人(如:鼠)抗體的人源化形式為嵌合抗體免疫球蛋白、免疫球蛋白鏈或其片段(如:fv、fab、fab′或抗體的其它抗原結合序列),其中包含從非人免疫球蛋白中獲得的最小序列。人源化抗體包括人免疫球蛋白(受體抗體),其中來自受體互補決定區(qū)(cdr)的殘基被來自非人物種(供體抗體)(如具有與其特異性、親和力和能力的小鼠、大鼠或兔子)cdr的殘基取代。在某些情況下,人類免疫球蛋白的fv框架(fr)殘基被相應的非人殘基取代。人源化抗體可能還包括既非受體抗體、也非輸入cdr或框架序列中發(fā)現(xiàn)的殘基。一般來說,人源化抗體將包括幾乎所有的至少一個、通常為二個可變域,其中,全部或幾乎全部的cdr區(qū)域均對應于非人免疫球蛋白的區(qū)域并且全部或幾乎全部的fr區(qū)域均為人免疫球蛋白相同序列的區(qū)域。理想情況是,人源化抗體還將包括至少免疫球蛋白恒定區(qū)(fc)的一部分,通常是人免疫球蛋白的恒定區(qū)的一部分。人源化非人抗體的方法為本行業(yè)所熟知。一般來說,人源化抗體具有一個或多個從非人源頭引入的氨基酸殘基。這些非人氨基酸殘基往往被稱為“輸入”殘基,通常從“輸入”可變域中獲得。人源化基本上可以通過將嚙齒動物cdr或cdr序列取代為相應的人抗體序列而完成。因此,這種“人源化”抗體為嵌合抗體(美國4816567號專利),其中大大少于完整的人可變域被來自于非人物種的相應序列取代。在實踐中,人源化抗體通常為人抗體,其中有些cdr殘基以及可能的一些fr殘基被來自嚙齒動物抗體中的類似位點的殘基取代??墒褂妹庖吆笤趦仍葱悦庖咔虻鞍桩a生缺失時能產生完整人抗體的轉基因動物(如:小鼠)。例如,它被描述為,嵌合和種系突變小鼠中的抗體重鏈連接區(qū)域基因的純合性缺失導致內源性抗體生成的完全抑制。在此種系變種小鼠中人種系免疫球蛋白基因陣列的轉移在抗原挑戰(zhàn)后將導致人抗體的生成。人抗體也可在噬菌體展示庫中產生。本發(fā)明的抗體優(yōu)選為通過藥用載體的形式給予受試者。通常,在制劑中使用適量的藥用鹽,以使制劑等滲。藥用載體的例子包括生理鹽水、林格氏液和葡萄糖溶液。溶液的ph值優(yōu)選為約5至8,更優(yōu)選為約7至7.5。此外,載體還包括緩釋制劑,如:含有抗體的固體疏水性聚合物半透性基質,其中基質為有形物品形式,如:薄膜、脂質體或微粒。本行業(yè)的技術人員熟知,某些載體可能為更優(yōu)選,取決于例如,抗體的給藥途徑和濃度。該抗體可通過注射(如:靜脈內、腹腔內、皮下、肌肉內)或通過輸注等其它方法給予受試者、患者或細胞,確保其以有效的形式傳輸?shù)窖褐小_@些抗體也可以通過瘤內或瘤周途徑給予,從而發(fā)揮局部和全身的治療作用。局部或靜脈注射為優(yōu)選。抗體給藥的有效劑量和時間表可根據(jù)經(jīng)驗確定,并且作出此類決定屬本行業(yè)的技術范圍內。本行業(yè)的技術人員會明白,必須給予的抗體劑量根據(jù)以下因素會有所不同,例如:接受抗體的受試者、給藥途徑、使用的抗體以及其它正在使用的藥物的特定類型。antibodiesinhumandiagnosisandtherapy,haberetal,eds.ravenpress,newyork(1977)pp.365-389.單獨使用的抗體的通常日劑量可能為約1μg/kg至最多100mg/kg體重或更多,這取決于上述因素。給予抗體治療膠質母細胞瘤后,治療抗體的療效可通過技術人員熟知的不同方法評估。例如:接受治療的受試者膠質母細胞瘤的大小、數(shù)量和/或分布可使用標準腫瘤成像技術進行監(jiān)測。因治療而給予的抗體與不給予抗體時的病程相比,可阻止腫瘤生長、導致腫瘤縮小、和/或阻止新腫瘤的發(fā)展,這樣的抗體是一種有效治療膠質母細胞瘤的抗體。由于本發(fā)明的膠質母細胞瘤腫瘤標志物bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn在膠質母細胞瘤細胞中呈高度表達而在正常細胞中呈極低表達,因此,防治膠質母細胞瘤的任何治療性策略均可能結合抑制bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn表達或多肽活性。反義治療的原理是基于這樣的假設:基因表達的序列特異性抑制(通過轉錄或翻譯)可能是通過基因組dna或mrna與互補反義種類之間的雜交而實現(xiàn)。這種雜交核酸雙工的形成干擾目標腫瘤抗原編碼基因組dna的轉錄,或目標腫瘤抗原mrna的加工/運輸/翻譯和/或穩(wěn)定性。反義核酸可用各種方法傳遞。例如,反義寡核苷酸或反義rna可以讓腫瘤細胞吸收的方式直接給予(例如,通過靜脈注射)受試者。另外,編碼反義rna(或rna片段)的病毒或質粒載體可導入體內細胞。還可通過有義序列誘發(fā)反義效果;然而,表型變化的程度大不相同。通過有效的反義治療誘導的表型變化可根據(jù),例如,靶mrna水平、靶蛋白水平、和/或靶蛋白活性水平的變化進行評估。在一個具體的實施例中,可通過直接向受試者給予反義膠質母細胞瘤標志物rna而實現(xiàn)反義基因治療抑制膠質母細胞瘤標志物的功能。腫瘤標志物反義rna可通過任何標準技術制造和分離,但最容易的制造方法是在控制高效啟動子(例如,t7啟動子)的情況下使用腫瘤標志物反義cdna經(jīng)體外轉錄制得。腫瘤標志物反義rna給到細胞可通過下文所述的核酸直接給藥方法中的任何一種進行。使用基因治療方法抑制bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和/或pdpn的可選策略涉及抗-bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn抗體或抗-bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn抗體一部分的細胞內表達。例如,編碼特異性結合至bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn多肽和抑制其生物活性的單克隆抗體的基因(或基因片段)其特異性(例如:組織特異性或腫瘤特異性)基因調節(jié)序列在核酸表達載體內被置于轉錄控制之下。然后,載體給予受試者,以便被膠質母細胞瘤細胞或其它細胞吸收,之后,這些細胞分泌抗-bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn抗體而且阻滯bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn多肽的生物活性。優(yōu)選情況是,bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn出現(xiàn)于膠質母細胞瘤細胞的細胞外表面。在上述的方法中,其中包括將外源性dna給入受試者的細胞并被其吸收(即,基因轉導或轉染),本發(fā)明的核酸可為裸露dna形式或核酸可位于載體中將核酸傳遞至細胞以抑制膠質母細胞瘤標志物蛋白的表達。該載體可以是一種市售的制劑,如腺病毒載體(量子生物技術公司,laval,quebec,canada)。核酸或載體可通過多種機制傳遞至細胞中。例如,可使用市售的脂質體,如:lipofectin、lipofectamine(gibco-25brl公司,gaithersburg,md.)、superfect(qiagen公,hilden,germany)和transfectam(promegabiotec公司,madison,wis.)以及根據(jù)本領域標準程序開發(fā)的其它脂質體,通過這些脂質體傳遞。此外,本發(fā)明的核酸或載體可通過體內電穿孔傳遞,該技術可從genetronics公司(sandiego,calif.)獲得,以及通過sonoporation機器(imarx制藥公司,tucson,ariz.)的方式傳遞。例如,載體可通過病毒系統(tǒng)(如可包裹重組逆轉錄病毒基因組的逆轉錄病毒載體系統(tǒng))傳遞。重組逆轉錄病毒可用于感染,從而傳遞至抑制bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn表達的受感染細胞反義核酸。當然,將改變的核酸準確地導入至哺乳動物細胞細胞內并不限于使用逆轉錄病毒載體。對于這以程序有廣泛的其它技術可供使用,包括使用腺病毒載體、腺相關病毒(aav)載體、慢病毒載體、假型逆轉錄病毒載體。也可使用物理轉導技術,如脂質體傳遞和受體介導的及其它內吞作用機制。本發(fā)明可與這些技術或其它常用基因轉移方法中的任何方法配合使用。該抗體也可用于體內診斷實驗。一般來說,抗體用放射性核素標記(如:111in、99tc、14c、131i、3h、32p或35s),從而可免疫閃爍掃描法使腫瘤局限化。在一實施方案中,其中的抗體或片段與兩個或兩個以上bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn靶標的細胞外域結合,并且親和力值(kd)低于1x10μm。診斷用抗體可通過各種影像學方法使用適合檢測的探針進行標記。探針檢測方法包括但不限于,熒光、光、共聚焦和電鏡方法;磁共振成像和光譜學技術;透視、電腦斷層掃描和正電子發(fā)射斷層掃描。合適的探針包括但不限于,熒光素、羅丹明、曙紅及其它熒光團、放射性同位素、黃金、釓和其它稀土、順磁鐵、氟-18和其它正電子發(fā)射放射性核素。此外,探針可能是雙功能或多功能的,并且用一種以上的上述方法可進行檢測。這些抗體可用所述的探針直接或間接進行標記??贵w探針的連接,包括探針的共價連接、將探針融合入抗體、以及螯合化合物的共價連接從而結合探針、以及其它本行業(yè)熟知的方法。對于免疫組織化學方法,疾病組織樣本可能是新鮮或冷凍或可能包埋于石蠟中以及用福爾馬林等防腐劑固定。固定或包埋的切片包括與標記一抗和二抗接觸的樣本,其中該抗體用于原位或體外檢測bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam或pdpn蛋白的表達。本發(fā)明的另一優(yōu)選方面,提出了一種肽,包含選自seqidno.:1至seqidno.:30的組的一個序列、或該序列的一種與seqidno.:1至seqidno.:30具有85%同源性的變體、或該序列的一種會誘導與所述的肽發(fā)生t細胞交叉反應的變體。在一優(yōu)選實施方案中,該肽選自一組肽,肽包含一個選自seqidno.:1至seqidno.:24的組的序列、或該序列的一種與seqidno.:1至seqidno.:24具有85%同源性的變體、或該序列的一種會誘導與所述的肽發(fā)生t細胞交叉反應的變體。本發(fā)明所述的肽具有與主要組織相容性復合體(mhc)i或ii類分子結合的能力。在本發(fā)明中,術語“同源性”系指兩個氨基酸序列之間的同一度,如肽或多肽序列。前文所述的“同源”是通過將理想條件下調整的兩個序列與待比較序列進行比對后確定的。此處,待比較序列可能在兩個序列的最佳對準中有增加或刪除(例如,空隙等)。此類序列同源性可通過使用clustalw等算法創(chuàng)建一個對準而進行計算(nucleicacidres.,22(22):46734680(1994).也可用使用一般序列分析軟件,更具體地說,是vectornti、genetyx或由公共數(shù)據(jù)庫提供的分析工具。本領域技術人員能評估特定肽變體誘導的t細胞是否可與該肽本身發(fā)生交叉反應(fongetal.,2001);(zarembaetal.,1997;colombettietal.,2006;appayetal.,2006)。發(fā)明人用給定氨基酸序列的“變體”表示,一個或多個氨基酸殘基等的側鏈通過被另一個天然氨基酸殘基的側鏈或其它側鏈取代而發(fā)生改變,這樣,這種肽仍然能夠以含有給定氨基酸序列seqidno:1至30的肽大致同樣的方式與hla分子結合。例如,一種肽可能被修飾以便至少維持(如沒有提高)其能與hla-a*02或-dr等合適mhc分子的結合槽相互作用和結合,以及至少維持(如沒有提高)其與激活ctl的tcr結合的能力。隨后,這些ctl可與細胞和殺傷細胞發(fā)生交叉反應,這些細胞表達多肽(其中包含本發(fā)明中定義的同源肽的天然氨基酸序列)。正如科學文獻(rammenseeetal.,1997)和數(shù)據(jù)庫(rammenseeetal.,1999)中所述,hla-a結合肽的某些位點通常為錨定殘基,可形成一種與hla結合槽的結合模序相稱的核心序列,其定義由構成結合槽的多肽鏈的極性、電物理、疏水性和空間特性確定。因此,本領域技術人員能夠通過保持已知的錨殘基來修飾seqidno:1至30提出的氨基酸序列,并且能確定這些變體是否保持與mhci或ii類分子結合的能力。本發(fā)明的變體保持與激活ctl的tcr結合的能力,隨后,這些ctl可與表達一種包含本發(fā)明定義的同源肽的天然氨基酸序列的多肽的細胞發(fā)生交叉反應并殺死該等細胞。這些基本不與t細胞受體互動的氨基酸殘基可通過取代另一個幾乎不影響t細胞反應并不妨礙與相關mhc結合的氨基酸而得到修飾。因此,除了特定限制性條件外,本發(fā)明的肽可能為任何包括給定氨基酸序列或部分或其變體的肽(發(fā)明人所用的這個術語包括寡肽或多肽)。表2:根據(jù)seqidno:1至25的肽的變體和基序提呈mhcii類的肽更為大家熟知,這些肽由含有一個“核心序列”,該序列含有一種與某種hla特異性模序相配的氨基酸序列,視情況還含有不干擾肽核心序列功能的n端和/或c端延伸段(即,它們被視為與肽和所有或部分能識別其天然配對物的t細胞克隆物之間的相互作用無關)。n端和/或c端可分別延伸1至10個氨基酸的長度。這些肽可直接用于加載mhcii類分子或其序列可克隆入下文所述載體。由于這些肽構成細胞內加工較大肽的最終產物,因此,也可使用較長的肽。本發(fā)明的肽的大小不限,但通常它們的分子量可能小于100000,優(yōu)選為小于50000,更優(yōu)選為小于10000,通常約為5000。對于氨基酸殘基數(shù)目,本發(fā)明中的肽可能少于1,000個殘基,優(yōu)選為少于500個殘基,更優(yōu)選為少于100個殘基,最優(yōu)選為30至8個殘基。因此,本發(fā)明還提出了肽或其變體,其中所述的肽或變體的總長度為8至100個、優(yōu)選為8至30個、最優(yōu)選為8至16個(即8、9、10、11、12、13、14、15或16個)氨基酸。較長的肽也可能合適,表2中所述的9-mer或10-mer肽優(yōu)選為mhci類肽,而12-mer至15-mer肽優(yōu)選為mhcii類肽。對于mhcii類限制性肽,mhc分子可能提呈具有相同核心序列的幾種不同的肽。由于于識別t(輔助)細胞的相互作用由9至11個氨基酸的核心序列界定,因此幾種長度變體可能由相同的t(輔助)細胞克隆物識別。因此,核心結合序列的幾個不同長度變體可能用于mhcii類分子的直接加載而不需要在n端或c端進行進一步的加工和修飾。相應地,誘導t細胞與本發(fā)明中的肽發(fā)生交叉反應的天然或人工變體往往為長度可變的變體。如果長度約為12個氨基酸殘基的肽直接與mhcii類分子結合,那么,側翼有核心hla結合區(qū)、且不會對該肽與mhcii類分子的結合槽特異性結合能力或該肽提呈至t(輔助)細胞的能力產生重大影響的殘基則為優(yōu)選。但是,正如上所述,應了解,可使用較大的肽(例如,核苷酸進行編碼時),因為這些較大的肽可被適當?shù)目乖岢始毎殖善?。然而,已?jīng)表明在相同情況下,與具有相同核心序列的參考肽相比,核心序列側翼區(qū)能影響該肽與mhcii類分子的結合或兩個方向上二聚mhc肽復合體與tcr的相互作用。該肽內的分子內三級結構(如環(huán)形成)通常會降低對mhc或tcr的親和力。肽結合槽旁有部分mhc或tcr的側翼區(qū)之間的相互作用可穩(wěn)定這種相互作用。親和性的這些變化能夠對誘導t(輔助)細胞反應的mhcii類肽的電位產生巨大影響。mhci類表位(通常長度為8至10個氨基酸)也可能由肽從較長的肽或包含實際表位的蛋白中加工而產生。兩側有實際表位的殘基優(yōu)選為在加工過程中幾乎不影響暴露實際表位所需蛋白裂解的殘基。因此,優(yōu)選的情況是,這些肽含有一個核心序列,其選自由seqidno1至seqidno30構成的組并且c端和/或n端上有1至10個氨基酸的延伸,更優(yōu)選的情況是,這些側翼氨基酸的總數(shù)為1至12個,更優(yōu)選為1至10個,更優(yōu)選為1至8個,更優(yōu)選為1至6個,更優(yōu)選為1至4個,甚而更優(yōu)選為1至2個,其中側翼氨基酸可在c端和n端以任意比例分布(例如所有側翼氨基酸可以被添加至一個末端,或氨基酸可均等地或以任何其它比例加入兩種末端),但前提是,該肽仍然能根據(jù)seqidno1至seqidno30任何一個序列的所述肽的同樣方式與hla分子結合。側翼氨基酸也可降低體內肽降解速度,以使提供給ctl的肽實際量高于無側翼氨基酸的肽,從而當作一種前體藥。因此,本發(fā)明還提出了mhci類表位的肽和變體,其中所述肽或抗體的總長度為8至100個、優(yōu)選為8至30個、最優(yōu)選為8至16個(即8、9、10、11、12、13、14、15或16個)氨基酸。當然,本發(fā)明的肽或變體能與人主要組織相容性復合體(mhc)i或ii類分子結合。肽或變體與mhc復合物的結合可用本領域內的已知方法進行測試,例如,文獻中所述的檢測不同mhcii類等位基因的方法(例如,(vogtetal.,1994;malchereketal.,1994;manicietal.,1999;hammeretal.,1995;tompkinsetal.,1993;boytonetal.,1998))。在本發(fā)明的一個特別優(yōu)選實施例中,肽系由或基本系由根據(jù)seqidno:1至seqidno:30的氨基酸序列構成?!盎居?..構成”系指本發(fā)明的肽,除了根據(jù)seqidno.1至seqidno.30中的任一序列或其變體之外,還含有位于其它n端和/或c端伸展段的氨基酸,而它們不一定能形成作為mhc分子表位的肽。但這些伸展段對有效將本發(fā)明中的肽引進細胞具有重要作用。在本發(fā)明的一實施例中,肽為融合蛋白,含來自ncbi、genbank登錄號x00497的hla-dr抗原相關不變鏈(p33,以下稱為“ii”鏈)的80個n端氨基酸等(strubin,m.etal1984)。此外,該肽或變體可進一步修飾以提高穩(wěn)定性和/或與mhc分子結合,從而引發(fā)更強的免疫反應。肽序列的該類優(yōu)化方法是本領域內所熟知的,包括,例如,反式肽鍵和非肽鍵的引入。在反式肽鍵氨基酸中,肽(-co-nh-)并未連接其殘基,但是其肽鍵是反向的。這種逆向反向模擬肽(retro-inversopeptidomimetics)可通過本領域已知的方法制備,例如:meziere等在《免疫學雜志》((1997)j.immunol.159,3230-3237)中所述的方法,以引用的方式并入本文。這種方法涉及制備包含骨架(而并非側鏈)改變的模擬肽。meziere等人(1997年)的研究顯示,這些模擬肽有利于mhc的結合和輔助性t細胞的反應。以nh-co鍵替代co-nh肽鍵的逆向反向肽大大地提高了抗水解性能。非肽鍵為-ch2-nh、-ch2s-、-ch2ch2-、-ch=ch-、-coch2-、-ch(oh)ch2-和-ch2so-等。美國4897445號專利提出了多肽鏈中非肽鍵(-ch2-nh)的非固相合成法,該方法涉及按標準程序合成的多肽以及通過氨基醛和一種含nacnbh3的氨基酸相互作用而合成的非肽鍵。含上述序列的肽可與其氨基和/或羧基末端的其它化學基團進行合成,從而提高肽的穩(wěn)定性、生物利用度、和/或親和力等。例如,芐氧羰基、丹酰基等疏水基團或叔丁氧羰基團可加入肽的氨基末端。同樣,乙?;?-芴甲氧羰基可能位于肽的氨基末端。此外,疏水基團、叔丁氧羰基團或氨基團都可能被加入肽的羧基末端。另外,本發(fā)明中的所有肽都可能經(jīng)合成而改變其空間構型。例如,可能使用這些肽的一個或多個氨基酸殘基的右旋體,通常不是其左旋體。更進一步地,本發(fā)明中肽的至少一個氨基酸殘基可被熟知的一個非天然氨基酸殘基取代。諸如此類的改變可能有助于增加本發(fā)明肽的穩(wěn)定性、生物利用度和/或結合作用。同樣,本發(fā)明中的肽或變體可在合成肽之前或之后通過特異氨基酸的反應而進行化學修飾。此類修飾的實施例為本領域所熟知,例如,在r.lundblad所著的《chemicalreagentsforproteinmodification》(3rded.crcpress,2005)中有概述,以參考文獻的方式并入本文。雖然氨基酸的化學修飾方法無限制,但其包括(但不限于)通過以下方法修飾:?;?、脒基化、賴氨酸吡哆基化、還原烷基化、以2,4,6-三硝基苯磺酸(tnbs)三硝基苯基化氨基團、通過將半胱氨酸過甲酸氧化為磺基丙氨酸而對羧基團和巰基進行氨基修飾、形成易變衍生物、與其它巰基化合物形成混合二硫化合物、與馬來酰亞胺反應,與碘乙酸或碘乙酰胺羧甲基化、在堿性ph值下與氰酸鹽甲氨?;T谶@方面,技術人員參考了《currentprotocolsinproteinscience》(eds.coliganetal.(johnwiley&sonsny1995-2000))中第15章所述的在蛋白質化學修飾相關的廣泛方法。當?shù)鞍着c戊二醛、聚乙二醇二丙烯酸酯和甲醛的交聯(lián)用于配制水凝膠時,治療性蛋白和含聚乙二醇的肽的成功修飾往往可延長循環(huán)半衰期。針對免疫治療的變態(tài)反應原化學修飾往往通過氰酸鉀的氨基甲?;瘜崿F(xiàn)。一種肽或變體,其中肽被修飾或含非肽鍵,優(yōu)選為本發(fā)明的實施例。一般來說,肽和變體(至少含氨基酸殘基之間的肽聯(lián)接)可使用lu等人(1981年)以及此處列出的參考文獻所披露的固相肽合成fmoc-聚酰胺模式進行合成。芴甲氧羰基(fmoc)團對n-氨基提供臨時保護。使用n,n-二甲基甲酰胺中的20%二甲基哌啶中對這種堿高度敏感的保護基團進行重復分裂。由于它們的丁基醚(在絲氨酸蘇氨酸和酪氨酸的情況下)、丁基酯(在谷氨酸和天門冬氨酸的情況下)、叔丁氧羰基衍生物(在賴氨酸和組氨酸的情況下)、三苯甲基衍生物(在半胱氨酸的情況下)及4-甲氧基-2,3,6-三甲基苯磺?;苌?在精氨酸的情況下),側鏈功能可能會受到保護。只要谷氨酰胺和天冬酰胺為c-末端殘基,側鏈氨基功能保護所使用的是由4,4′-二甲氧基二苯基團。固相支撐基于聚二甲基丙烯酰胺聚合物,其由三個單體二甲基丙烯酰胺(骨架單體)、雙丙烯酰乙烯二胺(交聯(lián)劑)和n-丙烯酰肌胺酸甲酯(功能劑)構成。使用的肽-樹脂聯(lián)劑為酸敏感的4-羥甲基苯氧乙酸衍生物。所有的氨基酸衍生物均作為其預制對稱酸酐衍生物加入,但是天冬酰胺和谷氨酰胺除外,它們使用被逆轉的n,n-二環(huán)已基碳二亞胺/1-羥基苯并三唑介導的耦合程序而加入。所有的耦合和脫保護反應用茚三酮、硝基苯磺酸或isotin測試程序監(jiān)測。合成完成后,用濃度為95%含50%清道夫混合物的三氟醋酸,從伴隨去除側鏈保護基團的樹脂支承物中裂解肽。常用的清道夫混合物包括乙二硫醇、苯酚、苯甲醚和水,準確的選擇依據(jù)合成肽的氨基酸組成。此外,固相和液相方法結合使用對肽進行合成是可能的(例如,請參閱bruckdorfer等人(2004)所用的方法以及本文引用的參考文獻)。三氟乙酸用真空中蒸發(fā)、隨后用承載粗肽的二乙基乙醚滴定進行去除。用簡單萃取程序(水相凍干后,該程序制得不含清道夫混合物的肽)清除任何存在的清道夫混合物。肽合成試劑一般可從calbiochem-novabiochem(英國)公司(ng72qj,英國)獲得。純化可通過以下技術的任何一種或組合方法進行,如:再結晶法、體積排阻色譜法、離子交換色譜法、疏水作用色譜法以及(通常)反相高效液相色譜法(如使用乙腈/水梯度分離)。肽分析可使用以下方法進行:薄層色譜法、電泳法、特別是,毛細管電泳法、固相萃取法(cspe)、反相高效液相色譜法、酸水解后的氨基酸分析、快原子轟擊(fab)質譜分析法以及maldi、esi-q-tof質譜分析法。另一方面,本發(fā)明提出了一種編碼本發(fā)明中肽或肽變體的核酸(如多聚核苷酸)。多聚核苷酸可能為,例如,dna、cdna、pna、cna、rna或其組合物,它們可為單鏈和/或雙鏈、或多聚核苷酸的原生或穩(wěn)定形式(如:具有硫代磷酸骨架的多聚核苷酸),并且只要它編碼肽,就可能包含也可能不包含內含子。當然,多聚核苷酸只能編碼加入天然肽鍵并含有天然氨基酸殘基的肽。另一個方面,本發(fā)明提出了一種可根據(jù)本發(fā)明表達多肽的表達載體。對于連接多核苷酸,已經(jīng)開發(fā)出多種方法,尤其是針對dna,可通過向載體補充可連接性末端等方法進行連接。例如,可向dna片段加入補充性均聚物軌道,之后dna片段被插入到載體dna。然后,通過補充性均聚物尾巴的氫鍵結合,將載體和dna片段結合,從而形成重組dna分子。含有一個或多個酶切位點的合成接頭為dna片段與載體連接提供了另一種方法。含各種限制性核酸內切酶的合成接頭可通過多種渠道購得,其中包括從國際生物技術公司(internationalbiotechnologiesinc,newhaven,cn,美國)購得。編碼本發(fā)明多肽的dna理想修飾方法是使用saiki等人(1988年)所采用的聚合酶鏈反應方法。此方法可用于將dna引入合適的載體(例如,通過設計合適的酶切位點),也可用于本領域已知的其它有用方法修飾dna。如果使用病毒載體,痘病毒載體或腺病毒載體為優(yōu)選。之后,dna(或在逆轉錄病毒載體情況下,rna)可能表達于合適的宿主,從而制成含本發(fā)明肽或變體的多肽。因此,可根據(jù)已知技術使用編碼本發(fā)明肽或變體的dna,用本文所述方法適當修飾后,構建表達載體,然后表達載體用于轉化合適宿主細胞,從而表達和產生本發(fā)明中的多肽。這些方法包括下列美國專利中披露的方法:4,440,859、4,530,901、4,582,800、4,677,063、4,678,751、4,704,362、4,710,463、4,757,006、4,766,075和4,810,648。編碼含本發(fā)明化合物多肽的dna(或在逆轉錄病毒載體情況下,rna)可能被加入到其它多種dna序列,從而引入到合適的宿主中。同伴dna將取決于宿主的性質、dna引入宿主的方式、以及是否需要保持為游離體還是要相互結合。一般來說,dna可以適當?shù)姆较蚝驼_的表達閱讀框架附著到一種表達載體(如質粒)中。如有必要,該dna可能與所需宿主所識別的相應轉錄和翻譯調節(jié)控制核苷酸序列連接,盡管表達載體中一般存在此類控制功能。然后,該載體通過標準方法被引入宿主。一般來說,并不是所有的宿主都會被載體轉化。因此,有必要選擇轉化過的宿主細胞。選擇方法包括用任何必要的控制元素向表達載體插入一個dna序列,該序列對轉化細胞中的可選擇性屬性(如抗生素耐藥性)進行編碼。另外,有這種選擇屬性的基因可在另外一個載體上,該載體用來協(xié)同轉化所需的宿主細胞。然后,本發(fā)明中的重組dna所轉化的宿主細胞在本文中所述本領域技術人員熟悉的合適條件下培養(yǎng)足夠長的時間,從而表達之后可回收的肽。有許多已知的表達系統(tǒng),包括細菌(如大腸桿菌和枯草芽孢桿菌)、酵母(如酵母菌)、絲狀真菌(如曲霉菌)、植物細胞、動物細胞及昆蟲細胞。該系統(tǒng)可優(yōu)選為哺乳動物細胞,如來自atcc細胞生物學庫(cellbiologycollection)中的cho細胞。典型的哺乳動物細胞組成型表達載體質粒包括cmv或含一個合適的多聚a尾巴的sv40啟動子以及抗性標志物(如新霉素)。一個實例為從pharmacia公司(piscataway,新澤西,美國)獲得的psvl。一種可誘導型哺乳動物表達載體的例子是pmsg,也可以從pharmacia公司獲得。有用的酵母質粒載體是prs403-406和prs413-416,一般可從stratagenecloningsystems公司(lajolla,ca92037,美國)獲得。質粒prs403、prs404、prs405和prs406是酵母整合型質粒(yip),并插入了酵母可選擇性標記物his3、trp1、leu2和ura3。prs413-416質粒為酵母著絲粒質粒(ycp)?;赾mv啟動子的載體(如,來自于sigma-aldrich公司)提供了瞬時或穩(wěn)定的表達、胞漿表達或分泌,以及flag、3xflag、c-myc或matn不同組合物中的n端或c端標記。這些融合蛋白可用于檢測、純化及分析重組蛋白。雙標融合為檢測提供了靈活性。強勁的人巨細胞病毒(cmv)啟動子調控區(qū)使得cos細胞中的組成蛋白表達水平高達1mg/l。對于較弱的細胞株,蛋白水平一般低于0.1mg/l。sv40復制原點的存在將導致dna在sv40復制容納性cos細胞中高水平復制。例如,cmv載體可包含細菌細胞中的pmb1(pbr322的衍生物)復制原點、細菌中進行氨芐青霉素抗性選育的β-內酰胺酶基因、hghpolya和f1的原點。含前胰島素原引導(ppt)序列的載體可使用抗flag抗體、樹脂和板引導flag融合蛋白分泌到進行純化的培養(yǎng)基中。其它與各種宿主細胞一起應用的載體和表達系統(tǒng)是本領域熟知眾所周知的。本發(fā)明還涉及一種宿主細胞,其以本發(fā)明的多核苷酸載體構建轉化而來。宿主細胞可為原核細胞,也可為真核細胞。在有些情況下,細菌細胞為優(yōu)選原核宿主細胞,典型為大腸桿菌株,例如,大腸桿菌菌株dh5(從bethesdaresearchlaboratories公司(bethesda,md,美國)獲得)和rr1(從美國菌種保藏中心(atcc,rockville,md,美國),atcc編號31343獲得)。首選的真核宿主細胞包括酵母、昆蟲和哺乳動物細胞,優(yōu)選為脊椎動物細胞,如:小鼠、大鼠、猴子或人成纖維細胞和結腸癌細胞株中的細胞。酵母宿主細胞包括yph499、yph500和yph501,一般可從stratagenecloningsystems公司(lajolla,ca92037,美國)獲得。首選哺乳動物宿主細胞包括中國倉鼠卵巢(cho)細胞為atcc中的ccl61細胞、nih瑞士小鼠胚胎細胞nih/3t3為atcc中的crl1658細胞、猴腎源性cos-1細胞為atcc中的crl1650細胞以及人胚胎腎細胞的293號細胞。首選昆蟲細胞為sf9細胞,可用桿狀病毒表達載體轉染。有關針對表達選擇合適宿主細胞的概要,可從教科書(paulinabalbsandargelialorence“methodsinmolecularbiologyrecombinantgeneexpression.reviewsandprotocols”,partone,secondedition,isbn978-1-58829-262-9)和本領域技術人員知道的其它文獻中查到。含本發(fā)明dna結構的適當宿主細胞的轉化可使用大家熟知的方法完成,通常取決于使用載體的類型。對于原核宿主細胞的轉化,可參閱,如:cohen等人(1972)在proc.natl.acad.sci.usa1972,69,2110中以及sambrook等人(1989)所著《molecularcloning,alaboratorymanual》coldspringharborlaboratory,coldspringharbor,ny中使用的方法。酵母細胞的轉化在sherman等人(1986)在methodsinyeastgenetics,alaboratorymanual,coldspringharbor,ny中有描述。beggs,beggs(1978)nature275,104-109中所述方法也很有用。對于脊椎動物細胞,轉染這些細胞的試劑等,例如,磷酸鈣和deae-葡聚糖或脂質體配方,可從stratagenecloningsystems公司或lifetechnologies公司(gaithersburg,md20877,美國)獲得。電穿孔也可用于轉化和/或轉染細胞,是本領域用于轉化酵母細胞、細菌細胞、昆蟲細胞和脊椎動物細胞大家熟知的方法。被成功轉化的細胞(即含本發(fā)明dna結構的細胞)可用大家熟知的方法(如pcr)進行識別。另外,上清液中存在的蛋白可使用抗體進行檢測。應了解,本發(fā)明中的某些宿主細胞用于制備本發(fā)明中的肽,例如細菌細胞、酵母細胞和昆蟲細胞。但是,其它宿主細胞可能對某些治療方法有用。例如,抗原提呈細胞(如樹突狀細胞)可用于表達本發(fā)明中的肽,使他們可以加載入相應的mhc分子中。因此,本發(fā)明提出了含本發(fā)明中核酸或表達載體的一種宿主細胞。在一個優(yōu)選實施方案中,宿主細胞為抗原提呈細胞,尤其是樹突狀細胞或抗原提呈細胞。目前,載有含前列腺酸性磷酸酶(pap)的重組融合蛋白正在針對用于治療前列腺癌(sipuleucel-t)進行研究(smallejetal2006;rinietal2006)。另一方面,本發(fā)明提出了一種配制一種肽及其變體的方法,該方法包括培養(yǎng)宿主細胞和從宿主細胞或其培養(yǎng)基中分離肽。在另一個實施方案中,本發(fā)明中的肽、核酸或表達載體用于藥物中。例如,肽或其變體可制備為靜脈(i.v.)注射劑、皮下(s.c.)注射劑、皮內(i.d.)注射劑、腹腔(i.p.)注射劑、肌肉(i.m.)注射劑。肽注射的優(yōu)選方法包括s.c.、i.d.、i.p.、i.m.和i.v.注射。dna注射的優(yōu)選方法為i.d.、i.m.、s.c.、i.p.和i.v.注射。例如,給予50μg至1.5mg,優(yōu)選為125μg至500μg的肽或dna,這取決于具體的肽或dna。上述劑量范圍在以前的試驗中成功使用(brunsvigetal2006;staehleretal2007)。本發(fā)明的另一方面包括一種體外制備激活的t細胞的方法,該方法包括將t細胞與載有抗原的人i或ii類mhc分子進行體外連接,這些分子在合適的抗原提呈細胞表面表達足夠的一段時間從而以抗原特異性方式激活t細胞,其中所述抗原為根據(jù)本發(fā)明所述的一種肽。優(yōu)選情況是足夠量的抗原與抗原提呈細胞一同使用。當mhc-ii類表位用作一種抗原時,t細胞為cd4陽性輔助細胞,優(yōu)選為th1型。mhcii類分子可表達于任何合適細胞的表面。優(yōu)選為不自然表達mhcii類分子的細胞(在這種情況下,轉染細胞表達此類分子)?;蛘?,如果該細胞自然表達mhcii類分子,則優(yōu)選情況是該細胞在抗原加工或抗原提呈途徑中有缺陷。這樣,表達mhc-ii類分子的細胞有可能在激活t細胞之前就完全載入選定肽抗原??乖岢始毎?或刺激因子細胞)通常在其表面有一個mhcii類分子,優(yōu)選為其本身基本上不能以選定抗原加載所述mhcii類分子。mhcii類分子可很容易在體外載入選定抗原。優(yōu)選情況是,哺乳動物細胞的tap肽轉運載體缺乏或水平下降或功能降低。缺乏tap肽轉運載體的適合細胞包括t2、rma-s和果蠅細胞。tap表示轉運載體相關的抗原加工。人體肽載入的缺陷細胞株t2從屬美國菌種保藏中心(atcc,12301parklawndrive,rockville,maryland20852,美國)目錄號crl1992;果蠅細胞株schneider2號株從屬atcc目錄crl19863;小鼠rma-s細胞株karre等人在1985年描述過。優(yōu)選情況是,宿主細胞在轉染前基本上不表達mhci類分子。刺激因子細胞還優(yōu)選為表達對t細胞共刺激信號起到重要作用的分子,如,b7.1、b7.2、icam-1和lfa3中的任一種分子。大量mhcii類分子和共刺激分子的核酸序列可從genbank和embl數(shù)據(jù)庫中公開獲得。同樣,當mhci類表位用作一種抗原時,t細胞為cd8陽性ctl。如果抗原提呈細胞受到轉染而表達這種表位,則優(yōu)選的細胞包括一個表達載體,該載體有能力表達含seqidno:1至seqidno:30的肽或其變體氨基酸序列??墒褂闷渌恍┓椒▉眢w外生成ctl。例如,可使用peoples等人(1995)描述的方法和kawakami等人(1992)使用自體腫瘤浸潤性淋巴細胞生成ctl的方法。plebanski等人在(1995)使用自體外周血淋巴細胞(plb)制得ctl。jochmus等人(1997)描述了用肽或多肽脈沖處理樹突狀細胞或通過與重組病毒感染而制成自體ctl。hill等人(1995)和jerome等人(1993)使用b細胞制成自體ctl。此外,用肽或多肽脈沖處理或用重組病毒感染的巨噬細胞可用于配制自體ctl。walter等人在2003年描述了通過使用人工抗原提呈細胞(aapc)體外啟動t細胞,這也是生成作用于所選肽的t細胞的一種合適方法。在這項研究中,根據(jù)生物素:鏈霉素生物化學方法通過將預制的mhc:肽復合物耦合到聚苯乙烯顆粒(微球)而生成aapc。該系統(tǒng)實現(xiàn)了對aapc上的mhc密度進行精確調節(jié),這使得可以在血液樣本中選擇地引發(fā)高或低親合力的高效抗原特異性t細胞反應。除了mhc:肽復合物外,aapc還應攜運含共刺激活性的其它蛋白,如耦合至表面的抗-cd28抗體。此外,此類基于aapc的系統(tǒng)往往需要加入適當?shù)目扇苄砸蜃?,例如,諸如白細胞介素-12的細胞因子。也可用同種異體細胞制得t細胞,在wo97/26328中詳細描述了一種方法。例如,除了果蠅細胞和t2細胞,也可用其它細胞來提呈肽,如cho細胞、桿狀病毒感染的昆蟲細胞、細菌、酵母、牛痘感染的靶細胞。此外,也可使用植物病毒(例如,參閱porta等人(1994)描述了將豇豆花葉病毒開發(fā)為一種提呈外來肽的高產系統(tǒng)。被激活的t細胞直接針對本發(fā)明中的肽,有助于治療。因此,本發(fā)明的另一方面提出了用本發(fā)明前述方法制得的激活t細胞。按上述方法制成的激活t細胞將會有選擇性地識別異常表達含seqidno:1至30中提出的氨基酸序列。優(yōu)選情況是,t細胞通過與其含hla/肽復合物的tcr相互作用(如,結合)而識別該細胞。t細胞是殺傷患者靶細胞方法中有用的細胞,其靶細胞異常表達含本發(fā)明中氨基酸序列的多肽。此類患者給予有效量的激活t細胞。給予患者的t細胞可能源自該患者,并按上述方法激活(即,它們?yōu)樽泽wt細胞)?;蛘?,t細胞不是源自該患者,而是來自另一個人。當然,優(yōu)選情況是該供體為健康人。發(fā)明人使用健康人摂系指一個人一般狀況良好,優(yōu)選為免疫系統(tǒng)合格,更優(yōu)選為無任何可很容易測試或檢測到的疾病。根據(jù)本發(fā)明,cd4陽性t細胞的體內靶細胞可為腫瘤細胞(有時表達mhc-ii類抗原)和/或腫瘤周圍的基質細胞(腫瘤細胞)(有時也表達mhc-ii類抗原;(dengjeletal.,2006))。本發(fā)明所述的t細胞可用作治療性組合物中的活性成分。因此,本發(fā)明也提出了一種殺傷患者靶細胞的方法,其中患者的靶細胞異常表達含本發(fā)明中氨基酸序列的多肽,該方法包括給予患者上述有效量的t細胞。發(fā)明人所用的“異常表達”的意思還包括,與正常表達水平相比,多肽過度表達,或該基因在源自腫瘤的組織中未表達,但是在該腫瘤中卻表達?!斑^度表達”系指多肽水平至少為正常組織中的1.2倍;優(yōu)選為至少為正常組織中的2倍,更優(yōu)選為至少5或10倍。t細胞可用本領域已知的方法制得(如,上述方法)。t細胞繼轉移方案為本領域所熟知的方案并可在以下參考文獻中找到,例如:(rosenbergetal.,1987;rosenbergetal.,1988;dudleyetal.,2002;yeeetal.,2002;dudleyetal.,2005);綜述(gattinonietal.,2006)和(morganetal.,2006)。本發(fā)明的任一分子(即肽、核酸、表達載體、細胞,激活ctl、t細胞受體或編碼核酸)都有益于治療疾病,其特點在于細胞逃避免疫反應的打擊。因此,本發(fā)明的任一分子都可用作藥劑或用于制造藥劑。這種分子可單獨使用也可與本發(fā)明中的其它分子或已知分子聯(lián)合使用。本發(fā)明中所述的藥劑優(yōu)選為一種疫苗。該疫苗可直接給到患者的受影響器官,也可i.d.、i.m.、s.c.、i.p.和i.v.注射方式全身給藥,或體外應用到來自患者或其細胞株的細胞(隨后再將這些細胞注入到患者中),或體外用于從來自患者的免疫細胞的一個細胞亞群(然后再將細胞重新給予患者)。如果核酸體外注入細胞,可能有益于細胞轉染,以共同表達免疫刺激細胞因子(如白細胞介素-2)。肽可完全單獨給藥,也可與免疫刺激佐劑相結合(見下文)、或與免疫刺激細胞因子聯(lián)合使用、或以適當?shù)妮斔拖到y(tǒng)給藥(例如脂質體)。該肽也可共軛形成一種合適的載體(如鑰孔蟲戚血藍蛋白(klh)或甘露)到合適的載體(參閱wo95/18145及l(fā)ongenecker等人(1993))。該肽也可進行標記、或可能是一種融合蛋白或是雜合分子。本發(fā)明中給出肽序列的肽預期會刺激cd4或cd8t細胞。但是,在有cd4t輔助細胞提供幫助時,對cd8ctl的刺激更為有效。因此,對于刺激cd8ctl的mhci類表位,一種雜合分子的融合伙伴或片段提供了刺激cd4陽性t細胞的適當表位。cd4-和cd8刺激表位為本領域所熟知、并包括本發(fā)明中確定的表位。一方面,疫苗包括至少含有seqidno:1或20中提出的一種肽以及至少另外一種肽,優(yōu)選為2至50個、更優(yōu)選為2至25個、再優(yōu)選為2至15個、最優(yōu)選為2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13個肽。肽可能從一個或多個特定taa中衍生,并且可能與mhci類和/或ii類分子結合。多聚核苷酸可為基本純化形式,也可包被于載體或輸送系統(tǒng)。核酸可能為dna、cdna、pna、cna、rna,也可能為其組合物。這種核酸的設計和引入方法為本領域所熟知。例如,下列文獻中有其概述:pascolos.2006;stanr.2006或amahdavi2006。多核苷酸疫苗很容易制備,但這些載體誘導免疫反應的作用模式尚未徹底了解。合適的載體和輸送系統(tǒng)包括病毒dna和/或rna,如基于腺病毒、牛痘病毒、逆轉錄病毒、皰疹病毒、腺相關病毒或含一種以上病毒元素的混合病毒的系統(tǒng)。非病毒輸送系統(tǒng)包括陽離子脂質體和陽離子聚合物,是dna輸送所屬領域內熟知的系統(tǒng)。也可使用物理輸送系統(tǒng),如通過“基因槍”。肽或核酸編碼的肽可以是一種融合蛋白,例如,含刺激t細胞進行上述cdr的表位。本發(fā)明的藥劑也可能包括一種或多種佐劑。佐劑是那些非特異性地增強或加強免疫反應的物質(例如,通過ctl和輔助t(th)細胞介導的對一種抗原的免疫應答,因此被視為對本發(fā)明的藥劑有用。適合的佐劑包括(但不僅限于)1018iss、鋁鹽、amplivax、as15、bcg、cp-870,893、cpg7909、cyaa、dslim、鞭毛蛋白或鞭毛蛋白衍生的tlr5配體、flt3配體、gm-csf、ic30、ic31、咪喹莫特(aldara)、resimiquimod、imufactimp321、白細胞介素il-2、il-13、il-21、干擾素α或β或其聚乙二醇衍生物、ispatch、iss、iscomatrix、iscoms、juvimmune、lipovac、malp2、mf59、單磷酰脂a、montanideims1312、montanideisa206、montanideisa50v、montanideisa-51、水包油和油包水乳狀液、ok-432、om-174、om-197-mp-ec、ontak、ospa、載體系統(tǒng)、plg和做旋糖苷微粒、resiquimod、srl172、病毒顆粒和其它病毒樣顆粒、yf-17d、vegftrap、r848、β-葡聚糖、pam3cys、源自皂角苷、分支桿菌提取物和細菌細胞壁合成模擬物的aquila公司的qs21刺激子,以及其它專有佐劑,如:ribi′sdetox。優(yōu)選佐劑如:弗氏佐劑或gm-csf。前人對一些樹突狀細胞特異性免疫佐劑(如mf59)及其制備方法進行了描述(dupuismetal1998;allison1998)。也可使用細胞因子。一些細胞因子直接影響樹突狀細胞向淋巴組織遷移(如,tnf-α),加速樹突狀細胞成熟為t淋巴細胞的有效抗原提呈細胞(如,gm-csf、il-1和il-4)(美國5849589號專利,特別以其完整引用形式并入本文),并充當免疫佐劑(如il-12、il-15、il-23、il-7、ifn-α、ifn-β)(gabrilovichetal1996)。據(jù)報告,cpg免疫刺激寡核苷酸可提高佐劑在疫苗中的作用。如果沒有理論的約束,cpg寡核苷酸可通過toll樣受體(tlr)(主要為tlr9)激活先天(非適應性)免疫系統(tǒng)從而起作用。cpg引發(fā)的tlr9活化作用提高了對各種抗原的抗原特異性體液和細胞反應,這些抗原包括肽或蛋白抗原、活病毒或被殺死的病毒、樹突狀細胞疫苗、自體細胞疫苗以及預防性和治療性疫苗中的多糖結合物。更重要的是,它會增強樹突狀細胞的成熟和分化,導致th1細胞的活化增強以及細胞毒性t淋巴細胞(ctl)生成加強,甚至cd4t細胞幫助的缺失。甚至有疫苗佐劑的存在也能維持tlr9活化作用誘發(fā)的th1偏移,這些佐劑如:正常促進th2偏移的明礬或弗氏不完全佐劑(ifa)。cpg寡核苷酸與以下其它佐劑或配方一起制備或聯(lián)合給藥時,表現(xiàn)出更強的佐劑活性,如微粒、納米粒子、脂肪乳或類似制劑,當抗原相對較弱時,這些對誘發(fā)強反應尤為必要。他們還能加速免疫反應,使抗原劑量減少約兩個數(shù)量級,在有些實驗中,對不含cpg的全劑量疫苗也能產生類似的抗體反應(kriegetal2006)。美國6406705b1號專利對cpg寡核苷酸、非核酸佐劑和抗原結合使用促使抗原特異性免疫反應進行了描述。一種cpgtlr9拮抗劑為mologen公司(德國柏林)的dslim(雙干環(huán)免疫調節(jié)劑),這是本發(fā)明藥物組合物的優(yōu)選成分。也可使用其它如tlr結合分子,如:rna結合tlr7、tlr8和/或tlr9。其它有用的佐劑例子包括(但不限于)化學修飾性cpg(如cpr、idera)、dsrna模擬物,如,poly(i:c)和ampligen、非cpg細菌性dna或rna以及免疫活性小分子和抗體,如:環(huán)磷酰胺、舒尼替單抗、貝伐單抗、西樂葆、ncx-4016、西地那非、他達拉非、伐地那非、索拉非尼、替莫唑胺、temsirolimus、xl-999、cp-547632、帕唑帕尼、vegftrap、zd2171、azd2171、抗-ctla4和sc58175,這些藥物都可能有治療作用和/或充當佐劑。技術人員無需過度進行不當實驗就很容易確定本發(fā)明中有用的佐劑和添加劑的數(shù)量和濃度。優(yōu)選佐劑為dslim、干擾素-α、干擾素-β、cpg7909、ic31、咪喹莫特、resimiquimod、peviter、rna、他達拉非,替莫唑胺和juvimmune。優(yōu)選佐劑為dslim、bcg、ok432、咪喹莫特、resimiquimod、gmcsf、干擾素-α、peviter和juvimmune或其組合物。本發(fā)明藥物組合物的一個優(yōu)選實施方案中,佐劑從含集落刺激因子制劑中選擇,如粒細胞巨噬細胞集落刺激因子(gm-csf,沙格司亭)、咪喹莫特、resiquimod和干擾素-α。在本發(fā)明藥物組合物的一個更優(yōu)選實施方案中,佐劑為咪喹莫特或resimiquimod。在本發(fā)明藥物組合物的一個再優(yōu)選實施方案中,佐劑為gm-csf和咪喹莫特的組合物。此組合藥物為非腸道注射使用,如皮下、皮內、肌肉注射,也可口服。為此,肽和其他選擇性分子在藥用載體中分解或懸浮,優(yōu)選為水載體。此外,組合物可包含輔料,如:緩沖劑、結合劑、沖擊劑、稀釋劑、香料、潤滑劑等。這些肽也可與免疫刺激物質合用,如:細胞因子??捎糜诖祟惤M合物的更多輔料可在從a.kibbe所著的handbookofpharmaceuticalexcipients(第3版,2000年,美國醫(yī)藥協(xié)會和制藥出版社)等書中獲知。此組合藥物可用于阻止、預防和/或治療腺瘤或癌性疾病。本發(fā)明提供了一種用于治療癌癥、特別是神經(jīng)膠質瘤和腦癌、乳腺癌、前列腺癌、食道癌、胃癌、結直腸癌、腎癌、胰腺癌、皮膚鱗狀細胞癌和角化細胞腫瘤、白血病、肺癌、卵巢癌和黑色素瘤的藥劑。本發(fā)明的一個藥盒藥盒包括:(a)一個容器,包含上述溶液或凍干粉形式的藥物組合物;(b)可選的第二個容器,其含有凍干粉劑型的稀釋劑或重組溶液;和(d)可選項,(i)使用溶液或(ii)重組和/或使用凍干粉劑型的說明書。該藥盒可進一步包括一個或多個(iii)緩沖劑,(iv)稀釋劑,(v)過濾液,(vi)針,或(v)注射器。容器優(yōu)選為瓶子、西林瓶、注射器或試管;也可為多用途容器。藥物組合優(yōu)選為凍干粉劑。本發(fā)明中的藥盒優(yōu)選包含一種置于合適容器中的凍干制劑以及重組和/或使用說明。適當?shù)娜萜靼?,例如瓶子、西林?如雙室瓶)、注射器(如雙室注射器)和試管。該容器可能由多種材料制成,如玻璃或塑料。優(yōu)選情況是,藥盒和/或容器上有說明,表明重組和/或使用的指示。例如,標簽可能表明凍干劑型將重組為上述肽濃度。該標簽可進一步表明制劑用于皮下注射。存放制劑的容器可使用多用途西林瓶,使得可重復給予(例如,2-6次)重組劑型。該藥盒可進一步包括裝有合適稀釋劑(如碳酸氫鈉溶液)的第二個容器。稀釋液和凍干制劑混合后,重組制劑中的肽終濃度優(yōu)選為至少0.15mg/ml/肽(=75μmg),不超過3mg/ml/肽(=1500μtmg)。該藥盒還可包括商業(yè)和用戶角度來說可取的其它材料,包括其它緩沖劑、稀釋劑,過濾液、針頭、注射器和帶有使用說明書的包裝插頁。本發(fā)明中的藥盒可能有一個單獨的容器,其中包含本發(fā)明所述的藥物組合物制劑,該制劑可有其它成分(例如,其它化合物或及其藥物組合物),也可無其它成分,或者每種成分都有其不同容器。優(yōu)選情況是,本發(fā)明的藥盒包括與本發(fā)明的一種制劑,包裝后與第二種化合物(如佐劑(例如gm-csf)、化療藥物、天然產品、激素或拮抗劑、抗血管生成劑或抑制劑、凋亡誘導劑或螯合劑)或其藥物組合物聯(lián)合使用。該藥盒的成分可進行預絡合或每種成分在給予患者之前可放置于單獨的不同容器。該藥盒的成分可以是一種或多種溶液,優(yōu)選為水溶液,更優(yōu)選為無菌水溶液。該藥盒的成分也可為固體形式,加入合適的溶劑后轉換為液體,最好放置于另一個不同的容器中。治療藥盒的容器可能為西林瓶、試管、燒瓶、瓶子、注射器、或任何其它盛裝固體或液體的工具。通常,當成分不只一種時,藥盒將包含第二個西林瓶或其它容器,使之可以單獨定量。該藥盒還可能包含另一個裝載藥用液體的容器。優(yōu)選情況是,治療藥盒將包含一個設備(如,一個或多個針頭、注射器、滴眼器、吸液管等),使得可注射本發(fā)明的藥物(本藥盒的組合物)。本發(fā)明的藥物配方適合以任何可接受的途徑進行肽給藥,如口服(腸道)、鼻內、眼內、皮下、皮內、肌內,靜脈或經(jīng)皮給藥。優(yōu)選為皮下給藥,最優(yōu)選為皮內給藥,也可通過輸液泵給藥。由于源自bca、clip2、dtna、nlgnax、nr2e1、nrcam和pdpn的本發(fā)明中的肽從膠質母細胞瘤分離而得,因此,本發(fā)明的藥劑優(yōu)選用于治療膠質母細胞瘤。下列描述優(yōu)選方案的實施例和圖表將對本發(fā)明進行說明(但是不僅限于此)。為了本發(fā)明之目的,所有參考文獻均以完整引用的形式并入本文。圖1:證實igf2bp3-001提呈于原發(fā)性腫瘤樣本gb6010的代表性質譜。nanoesi-lcms在從gbm樣本gb6010中洗脫所得的肽庫上進行。質量色譜m/z536.3238±0.001da、z=2顯示肽在保留時間49.89分鐘時達到峰值。b)質量色譜中在48.76分鐘時檢測到峰值顯示,信號在ms譜中為m/z536.3239。c)nanoesi-lcms實驗中指定保留時間時所記錄的選定前體的碰撞誘導衰變質譜為m/z536.3239,證實了gb6010腫瘤樣本中存在igf2bp3-001。d)合成igf2bp3-001參考肽的破碎模式進行了記錄,并且與c所示的自然tumap破碎模式以驗證序列。figure2a顯示了選定蛋白的mrna在正常組織和19份膠質母細胞瘤樣本中的表達譜。.figure2b顯示了選定蛋白的mrna在正常組織和19份膠質母細胞瘤樣本中的表達譜.圖3顯示了ima950i類tumap的典型體外免疫原性圖4顯示了本發(fā)明的hla-i類肽與a*02的代表性結合親和力seqidno1至seqidno24顯示了根據(jù)本發(fā)明的優(yōu)選腫瘤相關肽的序列。實施例所有肽fteltlgef(hla-a1,polypeptidelaboratories公司,德國沃爾芬比特爾)、lmlgeflkl(hla-a2;clinalfa公司,瑞士sissach)和epdlaqcfy(hla-b35;polypeptidelaboratories公司)獲得了藥用質量。實施例1:細胞表面提呈的腫瘤相關肽的識別組織樣本患者腫瘤組織由cantonaluniversitairede(醫(yī)學腫瘤學(腫瘤免疫學)實驗室)和neurochirurgische-klinikheidelberg(molekularbiologischeslabor)提供。所有患者在手術前都獲得了書面知情同意。手術后立即用液態(tài)氮對組織進行冷休克處理,在分離tumap前儲存于下。從組織樣本中分離hla肽根據(jù)方案(falk,k.etal1991;seeger,f.h.etal.t1999)略加修改,使用hla-a*02特異性抗體bb7.2或hla-a、-b、-c特異性抗體w6/32、cnbr活化的瓊脂糖凝膠、酸處理和超濾方法以固體組織的免疫沉淀法獲得了冷休克組織樣本的hla肽庫。方法:獲得的hla肽庫根據(jù)其疏水性用反相色譜(acquityuplcsystem,waters)分離,洗脫肽用裝有電噴霧源的ltq-orbitrap雜交質譜(thermoelectron)進行了分析。肽庫被直接載入填充有1.7μmc18反相材料(waters)的分析用熔煉石英微毛細管柱(75μm內徑x250mm),應用流速為400nl每分鐘。隨后,使用來自流速為300nl每分鐘、濃度為10%至33%溶劑b中的兩步180分鐘二元梯度法對肽進行分離。梯度由溶劑a(含0.1%甲酸的水)和溶劑b(含0.1%甲酸的乙腈)。金鍍膜玻璃毛細管(picotip,newobjective)用于引入到微電噴霧源。使用前5(top5)策略在數(shù)據(jù)依賴模式下操作ltq-orbitrap質譜儀。簡言之,首先以高精確質量完全掃描在orbitrap開始一個掃描周期(r=30,000),之后用先前選定離子的動態(tài)排除技術在orbitrap中對5種含量最為豐富的前體離子進行ms/ms掃描(r=7500)。串聯(lián)質譜以sequest和另一種手動控制器進行解讀。生成的自然肽破碎模式與合成序列相同參考肽的破碎模式進行比較后,確保了被識別的肽序列。圖1顯示了從腫瘤組織中獲得的mhci類相關肽igf2bp3-001的一個典型譜及其在uplc系統(tǒng)中的洗脫譜。實施例2:編碼本發(fā)明肽的基因的表達譜并不是所有確定為由mhc分子提呈于腫瘤細胞表面的肽都適合用于免疫治療,這是因為這些肽大部分都由許多類型細胞表達的正常細胞蛋白衍生而來。這些肽只有很少一部分具有腫瘤相關性,并可能能夠誘導對其來源腫瘤識別有高特異性的t細胞。為了確定這些肽并最大限度地降低這些肽接種所誘導的自身免疫風險,發(fā)明人主要采用從過度表達于腫瘤細胞上(與大多數(shù)正常組織相比)的蛋白中所獲得的肽。理想的肽來源于對該腫瘤獨一無二且不出現(xiàn)于其它組織中的蛋白中。為了確定具有與理想基因相似表達譜的基因所產生的肽,確定的肽被分別分配到蛋白和基因中,從中獲得基因并生成這些基因的表達譜。rna來源與制備手術切除組織標本由兩個不同的臨床中心(參見實施例1)在獲得每名患者的書面知情同意后提供。手術后立即在液態(tài)氮中速凍腫瘤組織標本,之后在液態(tài)氮中用杵臼勻漿。使用trizol(invitrogen公司,karlsruhe,德國),再接著用rneasy(qiagen公司,hilden,德國)進行清理,從這些樣本中制備總rna;這兩種方法都按制造商的方案進行應用。健康人體組織中的總rna從商業(yè)途徑獲得(ambion公司,huntingdon,英國;clontech公司,海德堡,德國;stratagene公司,阿姆斯特丹,荷蘭;biochain公司,hayward,ca,美國)?;旌蠑?shù)個人(2至123個人)的rna,從而使每個人的rna得到等加權。白細胞從4個健康志愿者的血液樣本中分離獲得。所有rna樣本的質量和數(shù)量都在agilent2100bioanalyzer分析儀(agilent公司,waldbronn,德國)上使用rna6000picolabchipkit試劑盒(agilent公司)進行評估。微陣列實驗所有腫瘤和正常組織的rna樣本都使用affymetrixhumangenome(hg)u133a或hg-u133plus2.0affymetrix寡核苷酸芯片(affymetrix公司,santaclara,ca,美國)進行基因表達分析。所有步驟都根據(jù)affymetrix手冊進行。簡言之,如手冊中所述,使用superscriptrtii(invitrogen公司)以及oligo-dt-t7引物(mwgbiotech公司,ebersberg,德國)從5-8μgrna中合成雙鏈cdna。用bioarrayhighyieldrnatranscriptlabellingkit(enzodiagnostics公司,farmingdale,ny,美國)進行u133a測定或用genechipivtlabellingkit(affymetrix公司)進行u133plus2.0測定,之后用鏈霉親和素-藻紅蛋白和生物素化抗鏈霉素蛋白抗體(molecularprobes公司,leiden,荷蘭)進行破碎、雜交和染色,這樣完成體外轉錄。用agilent2500agenearrayscanner(u133a)或affymetrixgene-chipscanner3000(u133plus2.0)對圖像進行掃描,用gcos軟件(affymetrix公司)在所有參數(shù)默認設置情況下對數(shù)據(jù)進行分析。為了實現(xiàn)標準化,使用了affymetrix公司提供的100種管家基因(housekeepinggene)。相對表達值用軟件給定的signallogratio進行計算,正常腎組織樣本的值任意設置為1.0。本發(fā)明的源基因在本發(fā)明的膠質母細胞瘤中高度過度表達的表達譜如圖2所示。實施例3:ima950mhc-i類提呈肽的體外免疫原性為了獲知關于本發(fā)明的tumap免疫原性方面的信息,我們使用了walter,s、herrgen,l、schoor,o、jung,g、wernet,d、buhring,hj、rammensee,hg和stevanovic,s等人2003年在cuttingedge:predeterminedavidityofhumancd8tcellsexpandedoncalibratedmhc/anti-cd28-coatedmicrospheres,j.immunol.,171,4974-4978一文中所述的被廣為接受的體外刺激平臺進行了研究。用這種方法,本發(fā)明13種種hla-a*0201限制肽顯示出高度免疫原性(在多于50%以上的受測供體中,可檢測到tumap特異性ctl),這表明這些肽為人cd8+前體t細胞的t細胞表位(見表3)。cd8+t細胞體外啟動為了用載有肽-mhc復合物(pmhc)和抗cd28抗體的人工抗原提呈細胞(aapc)進行體外刺激,我們首先運用標準密度梯度分離介質(德國科爾貝paa公司)從新鮮hla-a*02+血沉棕黃層中分離出pbmc(外周血單核細胞)。血沉棕黃層從或katharinenhospitalstuttgart的血庫獲得。分離出的pbmc在t細胞培養(yǎng)基(tcm)中培養(yǎng)過夜,在體外填裝,包括rpmi-glutamax(invitrogen公司,卡爾斯魯厄,德國)并補充10%熱滅活人ab血清(paa公司,科爾貝,德國),100u/ml青霉素/100μg/ml鏈霉素(cambrex公司,韋爾維耶,比利時),1mm丙酮酸鈉(ccpro公司,neustadt,德國)和20μg/ml慶大霉素(cambrex公司)。cd8+淋巴細胞根據(jù)制造商的說明使用cd8+macs陽性選擇藥盒(miltenyi公司,bergischgladbach,德國)進行分離。獲得的cd8+t細胞培養(yǎng),直到tcm補充了2.5ng/ml的il-7(promocell公司,海德堡,德國)和10u/ml的il-2(chiron公司,慕尼黑,德國)后才使用。pmhc/抗-cd28涂層珠的生成、t細胞的刺激和讀出方法如前所述(walteretal.,2003)并作微小改動。簡言之,缺乏跨膜域和在重鏈羧基端中生物素化的生物素化重組hla-a*0201分子用以下所述方法制成((altmanetal.,1996))。純化的共刺激小鼠igg2a抗人cd28抗體9.3(jungetal.,1987)使用制造商(perbio公司,波恩,德國)推薦的n-羥基琥珀酰亞胺生物素進行化學生物素化處理。所用珠為5.60μm的大鏈霉抗生物素蛋白包裹的多聚苯乙烯顆粒(bangslabooratories,伊利諾伊州/美國)。作為陽性和陰性對照的pmhc分別為a*0201/mla-001(從melan-a/mart-1中修飾制得的肽elagigiltv)和a*0201/ddx5-001(從ddx5中獲得的yllpaivhi)或a*0201/hbv-001(flpsdffpsv)。在有600ng生物素抗cd28+200ng相關生物素pmhc(高密度珠)或2ng相關+200ng不相關(pmhc庫)mhc(低密度珠)存在時,以800.000珠/200μl涂覆96孔板。在37℃下,在含5ng/mlil-12(promocell)的200μltcm中共培養(yǎng)1x106cd8+t細胞與2x105的清洗涂層珠3至4天,從而在96孔板中啟動刺激。之后,一半培養(yǎng)基與補充80u/mlil-2的新鮮tcm進行交換,并且在37℃下持續(xù)培養(yǎng)3至4天。這種刺激周期總共進行3次。最后,在四色流式細胞儀(bd公司)上用熒光mhc四聚體(如(altmanetal.,1996))+抗體cd8-fitc克隆sk1(bd公司,海德堡,德國)進行四聚體分析。肽特異性細胞以占總cd8+t細胞的百分比形式進行計算。四聚體分析結果用fcsexpress軟件(denovosoftware公司)進行評估。特定四聚體+cd8+淋巴細胞的體外填裝用適當?shù)拈T控技術以及與陰性對照刺激組比較而進行檢測。如果健康供體中的至少一個可評價的體外刺激孔在體外刺激后發(fā)現(xiàn)含有特異性cd8+t細胞株(即該孔包含至少1%特定四聚體+cd8+細胞,并且特定四聚體+的百分比至少為陰性對照刺激中位數(shù)的10倍),則檢測給定抗原的免疫原性。ima950肽的體外免疫原性對于受到測試的hla-i類肽,可通過肽特異性t細胞株的生成證明其體外免疫原性。tumap特異性四聚體對本發(fā)明的兩種肽染色后流式細胞儀檢測的典型結果如圖3所示。本發(fā)明的13種肽的結果匯總于表3。表3:本發(fā)明的高度免疫原性hlai類肽的體外免疫原性除了來自健康獻血者的這些結果外,肽bca-002、ch13l1-001和nlgn4x-001還在少數(shù)膠質母細胞瘤患者中進行了測試。與健康供體相比,所有的肽均被證實具有相似程度的免疫原性,這證實,在相關目標人群中存在疫苗所需的前體t細胞。實施例4:將本發(fā)明中的hla-i類限制肽與hla-a*0201結合目的和摘要本分析的目的是評價hla-i類肽對hla-a*0201等位基因編碼的mhc分子的親和力,因為這是肽作用模式作為癌癥免疫療法一部分的一項重要參數(shù)。對于本發(fā)明所有受測的hla-i類限制肽0都對hla-a*0201具有中度至高度的親和力,其解離常數(shù)在陽性對照肽hbv-001(一種已知來自乙肝病毒核心抗原的a*02強結合劑)的范圍內。這些結果確認了所有受測的本發(fā)明的hla-i類肽均具有很強的結合親和力。測試原理穩(wěn)定hla/肽復合物包括三種分子:hla重鏈、β-2微球蛋白(b2m)和肽類配體。變性重組hla-a*0201重鏈分子的活性便可進行保存,使之功能與“空載hla-a*”相當。被稀釋為包含b2m和相應肽的水緩沖液后,這些分子以完全肽依賴方式迅速有效地折疊。這些可用的分子用于基于elisa的檢測方法中,來衡量肽和hla-i類分子相互作用間的親和力(sylvester-hvid等,2002)。純化的重組hla-a*0201分子與b2m、不同等級劑量的肽一起培養(yǎng)。從頭折疊hla/肽復合物的量用定量elisa法測定。解離常數(shù)(kd值)使用從校準hla/肽復合物稀釋液中記錄的標準曲線進行計算。結果結果如圖4所示。較低的kd值反映了對hla-a*0201具有較高的親和力。所有得到測試的本發(fā)明的肽都對hla-a*0201都具有相似的較強親和力,kd大致與陽性對照肽hbv-001(a*02的一種已知強力結合劑)相當。因而,本發(fā)明中所有的i類tumap均對mhc分子a*02具有較強的親和力。引用文獻列表abouti,laurent-maquind,lendahlu,mitsiadista(2000).nestinexpressioninembryonicandadulthumanteethundernormalandpathologicalconditions.amjpathol.157,287-295.aghim,gavianip,hensonjw,batchelortt,louisdn,barkerfg(2005).magneticresonanceimagingcharacteristicspredictepidermalgrowthfactorreceptoramplificationstatusinglioblastoma.clincancerres.11,8600-8605.agostirm,leutholdm,gullickwj,yasargilmg,wiestlerod(1992).expressionoftheepidermalgrowthfactorreceptorinastrocytictumoursisspecificallyassociatedwithglioblastomamultiforme.virchowsarch.apathol.anat.histopathol.420,321-325.al-joudifs,iskandarza,imranak(2007).survivinexpressioncorrelateswithunfavourableprognosesininvasiveductalcarcinomaofthebreast.medjmalaysia62,6-8.al-nedawik,meehanb,micallefj,lhotakv,mayl,guhaa,rakj(2008).intercellulartransferoftheoncogenicreceptoregfrviiibymicrovesiclesderivedfromtumourcells.nat.cellbiol.altmanjd,mosspa,goulderpj,barouchdh,heyzer-williamsmg,bellji,mcmichaelaj,davismm(1996).phenotypicanalysisofantigen-specifictlymphocytes.science274,94-96.amohy,yangm,lil,reynosoj,bouvetm,moossaar,katsuokak,hoffmanrm(2005).nestin-linkedgreenfluorescentproteintransgenicnudemouseforimaginghumantumorangiogenesis.cancerres.65,5352-5357.angileriff,aguennouzm,contia,latd,cardalis,crupir,tomaselloc,germanoa,vitag,tomasellof(2008).nuclearfactor-kappabactivationanddifferentialexpressionofsurvivinandbcl-2inhumangrade2-4astrocytomas.cancer.appayv,speiserde,rufern,reynards,barbeyc,cerottinijc,leyvrazs,pinillac,romerop(2006).decreasedspecificcd8+tcellcross-reactivityofantigenrecognitionfollowingvaccinationwithmelan-apeptide.eur.jimmunol.36,1805-1814.arnoldse,trojanowskijq(1996).humanfetalhippocampaldevelopment:ii.theneuronalcytoskeleton.jcompneurol.367,293-307.aronsonsm,aronsonbe(1965).centralnervoussystemindiabetesmellitus:loweredfrequencyofcertainintracranialneoplasms.arch.neurol.12,390-398.asheuerm,biechei,laurendeaui,mosera,hainqueb,vidaudm,aubourgp(2005).decreasedexpressionofabcd4andbg1genesearlyinthepathogenesisofx-linkedadrenoleukodystrophy.hum.mol.genct.14,1293-1303.asklundt,appelskogib,ammerpohlo,ekstromtj,almqvistpm(2004).histonedeacetylaseinhibitor4-phenylbutyratemodulatesglialfibrillaryacidicproteinandconnexin43expression,andenhancesgap-junctioncommunication,inhumanglioblastomacells.eur.jcancer40,1073-1081.barkerfg,simmonsml,changsm,pradosmd,larsonda,sneedpk,warawm,bergerms,chenp,israelma,aldapekd(2001).egfroverexpressionandradiationresponseinglioblastomamultiforme.int.jradiat.oncolbiol.phys.51,410-418.bertellie,regolim,fonzil,occhinir,mannuccis,erminil,totip(2007).nestinexpressioninadultanddevelopinghumankidney.jhistochem.cytochem.55,411-421.blumr,jacob-hirschj,rechavig,kloogy(2006).suppressionofsurvivinexpressioninglioblastomacellsbytherasinh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