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用于環(huán)狀RNA表達(dá)的DNA序列和表達(dá)載體及其應(yīng)用的制作方法與工藝

文檔序號:11996025閱讀:455來源:國知局
用于環(huán)狀RNA表達(dá)的DNA序列和表達(dá)載體及其應(yīng)用的制作方法與工藝
本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域,尤其涉及一種用于環(huán)狀RNA表達(dá)的DNA序列和相應(yīng)的表達(dá)載體及其應(yīng)用。

背景技術(shù):
環(huán)狀RNA(ciucularRNA,circRNA)是區(qū)別于傳統(tǒng)線性RNA的RNA家族新成員,不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共價(jià)鍵形成環(huán)形結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子。研究表明環(huán)狀RNA主要通過非典型可變剪切加工產(chǎn)生,廣泛存在于各種生物細(xì)胞中,具有結(jié)構(gòu)穩(wěn)定,難以被RNA酶降解、表達(dá)豐度高、物種間保守性好,表達(dá)具有組織及時(shí)空特異性等特征。已有研究顯示環(huán)狀RNA跟神經(jīng)發(fā)育、動脈粥樣硬化、強(qiáng)直性肌營養(yǎng)不良、癌癥等疾病相關(guān)。此外,最新研究在在人唾液和血液中檢測到環(huán)狀RNA的存在,提示環(huán)狀RNA可以在血液,尿液,腹水等臨床標(biāo)本中穩(wěn)定存在,這些特點(diǎn)使得環(huán)狀RNA在新型疾病診斷與治療方法的開發(fā)應(yīng)用上具有廣闊的前景。但是目前對circRNA的功能及其調(diào)控機(jī)制知之甚少。研究發(fā)現(xiàn),circRNA可以作為“sponge”海綿吸附miRNA,阻斷miRNA對其靶基因的抑制作用;circRNA可以通過堿基互補(bǔ)配對直接調(diào)控其他RNA水平;此外,circRNA還可能具有與蛋白質(zhì)結(jié)合,調(diào)控蛋白的活性等功能。要研究circRNA的功能和調(diào)控機(jī)制一個(gè)必不可少的手段就是在細(xì)胞內(nèi)過表達(dá)感興趣的circRNA,觀察其對細(xì)胞功能的影響。那么,要提高circRNA在細(xì)胞中的表達(dá)效率進(jìn)而研究其功能和調(diào)控機(jī)制,需要高效、穩(wěn)定的過表達(dá)基因研究的工具。目前文獻(xiàn)報(bào)道circRNA過表達(dá)一般采取常見的商業(yè)化過表達(dá)載體如pcDNA3.1等,但是按照常方法將circRNA序列插入到載體中表達(dá)出來的是相應(yīng)的線性mRNA,無法有效表達(dá)出circRNA。需要采取特殊的策略,以基因組DNA為模板,擴(kuò)增circRNA序列及其上游1000bp和下游200bp的序列,然后將上游800bp序列通過反向互補(bǔ)插入到下游,這樣得到的序列才能表達(dá)circRNA。2014年Liang對一個(gè)表達(dá)豐度極高的circRNA(hsa_circ_0001727)的兩側(cè)內(nèi)含子序列進(jìn)行研究,并構(gòu)建了一個(gè)circRNA表達(dá)載體,但是該載體有局限性,僅個(gè)別circRNA用該載體能表達(dá)成功,成功率低[20]?,F(xiàn)有方法操作繁瑣,實(shí)驗(yàn)難度大,實(shí)驗(yàn)周期長,成功率低,給廣大學(xué)者研究circRNA帶來了極大的不變,限制了circRNA分子作為新型標(biāo)志物及疾病治療靶標(biāo)的研究和開發(fā)。因此有必要從circRNA的形成機(jī)制及結(jié)構(gòu)特點(diǎn)出發(fā),開發(fā)出一種簡單易行,穩(wěn)定高效的circRNA過表達(dá)DNA模序及相應(yīng)的載體。circRNA是通過RNA可變剪接產(chǎn)生的。真核生物基因的剪接為GT-AG法則,即前體RNA中參與內(nèi)含子剪接的兩個(gè)特殊位點(diǎn),即在內(nèi)含子和外顯子交界處有兩個(gè)相當(dāng)短的保守序列:5’端為GT,3’端為AG,成為GT-AG法則。典型的剪接位置一致順序組成為:5'-AGˉGUAAGU--------------YNYURAY--Y10-20--YAGˉG-3'。其中Y為U或C,N為任何核苷酸,箭頭所指為外顯子與內(nèi)含子的交界。5’端剪接位稱供體位(donorsite),3’端剪接位稱受體位(acceptorsite)。內(nèi)含子中還有另一段識別剪接邊界必不可少的序列稱為分枝點(diǎn),位于3‘-端剪接位的上游,具有特征性組成:-YNCURAY-,Y表示嘧啶(U或C),R表示嘌呤(A或G),A是剪接時(shí)參與形成分枝的特別位點(diǎn)。緊接在分枝點(diǎn)的下游有一段多嘧啶序列,也是參與剪接事件蛋白接合的位置。GT-AG保守剪接供體和受體的存在有利于提高可變剪接發(fā)生效率,大大提高RNA環(huán)化概率。Jecketal等2013年在人Hs68細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了超過25000個(gè)環(huán)狀RNA,經(jīng)生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),circRNA的一個(gè)顯著特點(diǎn)是兩側(cè)的內(nèi)含子序列較長,是常規(guī)基因的3倍以上,而這些長的內(nèi)含子中富含反向重復(fù)序列,其中最典型的就是Alu重復(fù)序列。Alu重復(fù)序列是人類基因組中一族散布的、長度大約為300bp的中等重復(fù)序列(重復(fù)頻率10~104)。分析circRNA上下游500bp序列,發(fā)現(xiàn)20%的circRNA上下游包含Alu反向重復(fù)序列,含有ALU重復(fù)序列的circRNA表達(dá)水平是對照的6倍以上,因此反向重復(fù)序列有助于提高circRNA的表達(dá)水平。文獻(xiàn)報(bào)道的circRNA過表達(dá)方法需要擴(kuò)增circRNA本身序列及其上下游序列,并將上游序列反向互補(bǔ)插入到下游,構(gòu)建方法操作繁瑣,實(shí)驗(yàn)難度大,實(shí)驗(yàn)周期長,給廣大學(xué)者研究circRNA帶來了極大的不變。2014年Liang對一個(gè)表達(dá)豐度極高的circRNA(hsa_circ_0001727)的兩側(cè)內(nèi)含子序列進(jìn)行研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn)其上下游各有50bp左右的序列對circRNA的產(chǎn)生至關(guān)重要,由此構(gòu)建了一個(gè)circRNA表達(dá)載體,但是該載體有局限性,部分circRNA用該載體能表達(dá)成功,部分則不能,成功率低。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:
本發(fā)明的目的是在于提供一種適用于circRNA表達(dá)的DNA序列及其載體,該序列普遍適用于各種circRNA的表達(dá),表達(dá)效率高效、穩(wěn)定;該序列內(nèi)部包含多個(gè)酶切位點(diǎn),滿足絕大多數(shù)circRNA的表達(dá)需求;且該序列能整合到各種類型的表達(dá)載體,能應(yīng)用于普通真核表達(dá)、慢病毒表達(dá)、腺病毒表達(dá)、逆轉(zhuǎn)錄病毒表達(dá)、原核表達(dá)等各種表達(dá)體系中;應(yīng)用含有該序列的載體表達(dá)circRNA操作簡單易行,易于推廣。本發(fā)明通過以下技術(shù)方案來實(shí)現(xiàn):一種用于環(huán)狀RNA表達(dá)DNA序列,其特征在于,核苷酸序列為SEQIDNO:1所示。序列中的:“CGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGCCCG”為上下游反向重復(fù)序列,CACTACTAACTTTCTTCTTTCCTTTCCCAG以及AGGTAAGTAACAACTCTGTG為剪接供體和受體序列,NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN為多克隆位點(diǎn)區(qū)域,N表示任意核酸,序列可以根據(jù)需要擬定。含有上述用于環(huán)狀RNA表達(dá)DNA序列,插入到真核表達(dá)載體或慢病毒載體或腺病毒載體或逆轉(zhuǎn)錄病毒載體中,形成系列circRNA專用表達(dá)載體。circRNA專用表達(dá)載體如pcDNA-circRNA載體,核苷酸序列為SEQIDNO:2所示;pcDNA-circRNA載體的多克隆位點(diǎn)區(qū)域序列為:GGTACCGAGCTCGGATCCACTAGTGGAATTCTGCAGATATCCAGCTCGAGTCTAGA,依次是KpnI、BamHI、EcoRI、EcoRV、XhoI和XbaI。circRNA專用表達(dá)載體為pLL-circRNA載體,核苷酸序列為SEQIDNO:3所示,pLL-circRNA載體的多克隆位點(diǎn)區(qū)域序列為:GCTAGCTTAATTAAGGATCCACTAGTGGAATTCTACCGGTGCAGATATCCAGCTCGAG,依次是NheI、PacI、BamHI、EcoRI、AgeI、EcoRV和XhoI。本發(fā)明具體的載體的構(gòu)建方案如下:1.circRNA過表達(dá)DNA模序設(shè)計(jì):根據(jù)circRNA的形成機(jī)制和真核生物RNA剪接的GT-AG法則,設(shè)計(jì)出適用于circRNA表達(dá)剪接供體和剪接受體序列;根據(jù)circRNA兩次內(nèi)含子序列富含反向重復(fù)序列和真核生物基因組中普遍存在ALU重復(fù)序列的特點(diǎn),設(shè)計(jì)circRNA表達(dá)普遍適用的上下游反向重復(fù)序列;根據(jù)商業(yè)化載體pcDNA3.1和pCDH-CMV-MCS-EF1-GFP-Puro的序列信息,設(shè)計(jì)合適的多克隆位點(diǎn),從而得到完整的實(shí)驗(yàn)circRNA過表達(dá)的DNA序列。并將這2個(gè)DNA序列交給核酸合成公司進(jìn)行全基因合成.2.構(gòu)建circRNA專用的表達(dá)載體:將合成的DNA序列2通過NheI和ApaI位點(diǎn)構(gòu)建入pcDNA3.1載體中,得到pcDNA-circRNA質(zhì)粒,測序確認(rèn)質(zhì)粒正確;將合成的DNA序列2通過XbaI和NotI位點(diǎn)構(gòu)建入pCDH-CMV-MCS-EF1-GFP-Puro載體中,得到pLL-circRNA質(zhì)粒,測序確認(rèn)質(zhì)粒正確。3.構(gòu)建多個(gè)circRNA過表達(dá)質(zhì)粒:從CircBase數(shù)據(jù)庫中下載hsa_circ_0001730、hsa_circ_0000268、hsa_circ_0001727、hsa_circ_0001756、hsa_circ_0000284、hsa_circ_0000711等circRNA的序列信息,設(shè)計(jì)引物從人cDNA文庫中調(diào)取這些circRNA的序列;將序列通過KpnI和XbaI位點(diǎn)插入到上述構(gòu)建好的pcDNA-circRNA質(zhì)粒中,測序確認(rèn)質(zhì)粒構(gòu)建正確。4.驗(yàn)證pcDNA-circRNA質(zhì)粒的過表達(dá)效果:將系列circRNA表達(dá)質(zhì)粒及空載體轉(zhuǎn)染293T細(xì)胞,48小時(shí)后收集細(xì)胞樣本;提取RNA,逆轉(zhuǎn)錄后QPCR觀察這些表達(dá)質(zhì)粒的表達(dá)效果。5.構(gòu)建pLL-circRNA慢病毒表達(dá)質(zhì)粒:從CircBase數(shù)據(jù)庫中下載hsa_circ_0001730circRNA的序列信息,設(shè)計(jì)引物從人cDNA文庫中調(diào)取這個(gè)circRNA的序列;將序列通過NheI和XhoI位點(diǎn)插入到上述構(gòu)建好的pLL-circRNA慢病毒質(zhì)粒中,測序確認(rèn)質(zhì)粒構(gòu)建正確。6.驗(yàn)證pLL-circRNA慢病毒系統(tǒng)的過表達(dá)效果:pLL-circRNA質(zhì)粒與PMDG、PMSV、PMOII質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染293T細(xì)胞進(jìn)行慢病毒包裝,48h和72h后收集并純化慢病毒;慢病毒感染HepG2,SMMC7721并用Puromycin進(jìn)行篩選構(gòu)建穩(wěn)定表達(dá)細(xì)胞株,收集細(xì)胞,提取RNA逆轉(zhuǎn)錄后QPCR檢測hsa_circ_0001730的表達(dá)效果。該序列以及載體能整合到各種類型的表達(dá)載體,能應(yīng)用于普通真核表達(dá)、慢病毒表達(dá)、腺病毒表達(dá)、逆轉(zhuǎn)錄病毒表達(dá)、原核表達(dá)等各種表達(dá)體系中。本申請的實(shí)驗(yàn)過程中設(shè)計(jì)了多種DNA序列,經(jīng)過可靠的實(shí)驗(yàn)結(jié)果證實(shí)本發(fā)明涉及的DNA序列及其相應(yīng)的表達(dá)載體效果最佳,操作簡便、結(jié)果穩(wěn)定、表達(dá)高效(circRNA表達(dá)水平提高百倍以上)。該序列及相應(yīng)的載體能廣泛應(yīng)用于各種circRNA的表達(dá),為研究circRNA的功能和機(jī)制提供了一個(gè)有力的研究工具,為進(jìn)一步確定circRNA分子作為新型標(biāo)志物及疾病治療靶標(biāo)的研究和開發(fā)提供理論支持。附圖說明圖1是本發(fā)明的pcDNA-circRNA質(zhì)粒整體結(jié)構(gòu)圖;圖2是本發(fā)明pcDNA-circRNA質(zhì)粒的過表達(dá)效果圖;圖3為本發(fā)明pLL-circRNA慢病毒介導(dǎo)的穩(wěn)定細(xì)胞株的過表達(dá)效果圖。具體實(shí)施方式以下結(jié)合實(shí)施例來進(jìn)一步解釋本發(fā)明,但實(shí)施例并不對本發(fā)明做任何形式的限定。本發(fā)明所涉及的技術(shù)均為分子克隆常規(guī)技術(shù)手段,其中涉及的酶、引物、試劑以及反應(yīng)條件在未作說明的情況下均可根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員的經(jīng)驗(yàn)進(jìn)行合理選擇,其中涉及試劑耗材屬于市售的普通產(chǎn)品,其中涉及的檢測手段以及儀器也均為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知并熟練掌握。下面通過實(shí)施例和試驗(yàn)例對本發(fā)明的技術(shù)方案做進(jìn)一步的說明,但不應(yīng)理解為對本發(fā)明的限制。一種用于環(huán)狀RNA表達(dá)DNA序列,其特征在于,核苷酸序列為SEQIDNO:1所示。序列中的:“CGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGCCCG”為上下游反向重復(fù)序列,CACTACTAACTTTCTTCTTTCCTTTCCCAG以及AGGTAAGTAACAACTCTGTG為剪接供體和受體序列,NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN為多克隆位點(diǎn)區(qū)域,N表示任意核酸,序列可以根據(jù)需要擬定。該序列可以插入到任何商業(yè)化表達(dá)載體(如真核表達(dá)載體、慢病毒載體、腺病毒載體、逆轉(zhuǎn)錄病毒載體)中,形成系列circRNA專用表達(dá)載體。以商業(yè)化表達(dá)載體(pcDNA3.1和pCDH-CMV-MCS-EF1-GFP-Puro)為例,我們構(gòu)建了過表達(dá)載體pcDNA-circRNA和pLL-circRNA,其中pcDNA-circRNA載體的多克隆位點(diǎn)區(qū)域序列為:GGTACCGAGCTCGGATCCACTAGTGGAATTCTGCAGATATCCAGCTCGAGTCTAGA,依次是KpnI、BamHI、EcoRI、EcoRV、XhoI和XbaI,載體結(jié)構(gòu)圖見附圖1。pLL-circRNA載體的多克隆位點(diǎn)區(qū)域序列為:GCTAGCTTAATTAAGGATCCACTAGTGGAATTCTACCGGTGCAGATATCCAGCTCGAG,依次是NheI、PacI、BamHI、EcoRI、AgeI、EcoRV和XhoI。為驗(yàn)證本發(fā)明的DNA序列及其載體對circRNA的表達(dá)效果,我們從CircBase數(shù)據(jù)庫(http://www.circbase.org/)下載了hsa_circ_0001730的線性序列信息,設(shè)計(jì)引物從人cDNA模板中調(diào)取hsa_circ_0001730的線性序列,通過KpnI和XbaI位點(diǎn)將該序列插入到了pcDNA-circRNA載體中,得到pcDNA-circRNA1730過表達(dá)質(zhì)粒。轉(zhuǎn)染293細(xì)胞后經(jīng)QPCR驗(yàn)證,跟對照空載體相比,轉(zhuǎn)染pcDNA-circRNA1730質(zhì)粒組,hsa_circ_0001730的表達(dá)水平上升300多倍。進(jìn)一步用這個(gè)載體過表達(dá)一系列的circRNA(hsa_circ_0000268、hsa_circ_0001727、hsa_circ_0001756、hsa_circ_0000284、hsa_circ_0000711等),結(jié)果顯示這些circRNA的表達(dá)水平均上調(diào)百倍以上,表明本發(fā)明能穩(wěn)定、高效的表達(dá)circRNA,操作簡單易行,具體結(jié)果見附圖2和附圖3。具體的如下具體實(shí)施例。實(shí)施例一:pcDNA-circRNA1730過表達(dá)質(zhì)粒構(gòu)建1、引物設(shè)計(jì):從CircBase數(shù)據(jù)庫下載hsa_circ_0001730環(huán)狀RNA的線性序列:>hsa_circ_0001730|NM_004444|EPHB4GTACTAAGGTCTACATCGACCCCTTCACTTATGAAGACCCTAATGAGGCTGTGAGGGAATTTGCAAAAGAGATCGATGTCTCCTACGTCAAGATTGAAGAGGTGATTGGTGCAGGTGAGTTTGGCGAGGTGTGCCGGGGGCGGCTCAAGGCCCCAGGGAAGAAGGAGAGCTGTGTGGCAATCAAGACCCTGAAGGGTGGCTACACGGAGCGGCAGCGGCGTGAGTTTCTGAGCGAGGCCTCCATCATGGGCCAGTTCGAGCACCCCAATATCATCCGCCTGGAGGGCGTGGTCACCAACAGCATGCCCGTCATGATTCTCACAGAGTTCATGGAGAACGGCGCCCTGGACTCCTTCCTGCGG用Primer5軟件進(jìn)行引物設(shè)計(jì):circRNA1730-F:5'GGGGTACCGTACTAAGGTCTACATCGACCCCTT3'circRNA1730-R:5'GCTCTAGACCGCAGGAAGGAGTCCAG3'引物序列由上海捷瑞公司進(jìn)行合成。2、PCR釣取基因:PCR反應(yīng)體系,總計(jì)50ul:2mMdNTP5ul10×KODbuffer5ulMgSO42ulDMSO2.5ul引物F(10uM)1.5ul引物R(10uM)1.5ulHumancDNA0.5ulKODplus1ulddH2O32ulPCR擴(kuò)增條件:3.PCR產(chǎn)物回收1)PCR產(chǎn)物經(jīng)電泳后,在紫外條件下,手術(shù)刀切取含目的片段的凝膠條帶至干凈1.5mlEP管中,按100mg凝膠對應(yīng)100ul溶液BD的比例向離心管中加入溶液BD。2)55℃水浴10min至凝膠完全溶化,水浴期間振蕩混合3次。3)將溶液轉(zhuǎn)移至DNA純化柱中,靜置2min,室溫12000g離心1min,棄濾液。4)向柱上加入500ul溶液PE,室溫12000g離心1min,棄濾液。5)重復(fù)上一操作一次。6)空柱12000g離心1min以徹底去除純化柱中殘留的液體。7)將柱子置于新的1.5mlEP管上,向柱中央加入30μl洗脫液,12000g離心1min以洗脫出DNA。4.PCR回收產(chǎn)物取10ul用KpnI和XbaI雙切:在1個(gè)無菌的1.5mlEP管中分別配制雙酶切體系,總計(jì)50μl:ddH2O28ul10×BSA5ul10×NEBuffer45ulPCR回收產(chǎn)物10ulKpnI酶1ulXbaI酶1ul37℃酶切2h5.酶產(chǎn)物回收(DNA凝膠回收試劑盒)1)PCR產(chǎn)物經(jīng)電泳后,在紫外條件下,手術(shù)刀切取含目的片段的凝膠條帶至干凈1.5mlEP管中,按100mg凝膠對應(yīng)100ul溶液BD的比例向離心管中加入溶液BD。2)55℃水浴10min至凝膠完全溶化,水浴期間振蕩混合3次。3)將溶液轉(zhuǎn)移至DNA純化柱中,靜置2min,室溫12000g離心1min,棄濾液。4)向柱上加入500ul溶液PE,室溫12000g離心1min,棄濾液。5)重復(fù)上一操作一次。6)空柱12000g離心1min以徹底去除純化柱中殘留的液體。7)將柱子置于新的1.5mlEP管上,向柱中央加入30μl洗脫液,12000g離心1min以洗脫出DNA。6.雙酶切pcDNA-circRNA載體;1)酶切體系如下在1個(gè)無菌的1.5mlEP管中分別配制雙酶切體系,總計(jì)50μl:ddH2O36ul10×BSA5ul10×NEBuffer45ulpcDNA-circRNA載體2ulKpnI酶1ulXbaI酶1ul37℃酶切2h7.載體酶切產(chǎn)物回收,(DNA凝膠回收試劑盒)1)向酶切管中加入100ul溶液BD;2)將溶液轉(zhuǎn)移至DNA純化柱中,靜置2min,室溫12000g離心1min,棄濾液;3)向柱上加入500ul溶液PE,室溫12000g離心1min,棄濾液;4)重復(fù)上一操作一次;5)空柱12000g離心1min以徹底去除純化柱中殘留的液體;6)將柱子置于新的1.5mlEP管上,向柱中央加入30μl洗脫液,12000g離心1min以洗脫出DNA。8.目的片段與載體連接:向0.2mlEP管中加入以下試劑(T4DNALigase酶購于NEB公司),總計(jì)20μlddH2O4ul酶切回收的PCR產(chǎn)物10ul酶切回收的pcDNA-circRNA載體3ul10×LigaseBuffer2ulT4DNALigase1ul室溫連接1h。同時(shí)做陰性對照,以水代替基因與載體連接;9.連接產(chǎn)物的轉(zhuǎn)化1)冰浴中將連接產(chǎn)物分別加入至50μlTran5α感受態(tài)細(xì)胞中。輕輕旋轉(zhuǎn)混勻,冰浴30min。2)42℃水浴熱休克90s。3)快速將管轉(zhuǎn)移至冰浴中,冰浴2min。4)分別加入500μlLB培養(yǎng)基,混勻,37℃、150g振蕩培養(yǎng)40min。5)將150ul菌液涂布于含氨芐青霉素(Amp)(100μg/ml)的LB平板表面,室溫下放置,至液體吸收。倒置平板,轉(zhuǎn)移入37℃生化培養(yǎng)箱過夜培養(yǎng)。10.菌落PCR鑒定陽性克隆;1)從平板上面各接7個(gè)菌落于20ulddH2O中混勻打散菌落;2)PCR鑒定所挑取菌落;PCR體系如下,總計(jì)20μl:ddH2O12.75ul10×TaqBuffer2ul2mMdNTP2ul引物ADAMTS5-F2(10uM)1ul引物ADAMTS5-R2(10uM)1ulTaq酶0.25ul菌液1ul同時(shí),以空載體作為模板設(shè)置一組PCR作為陰性對照。PCR條件:PCR產(chǎn)物以含溴化乙錠(EB)的1%瓊脂糖凝膠電泳分離鑒定。11.對鑒定正確的菌落溶液進(jìn)行擴(kuò)增培養(yǎng),加入含有相應(yīng)抗生素的3mlLB培養(yǎng)液中37℃過夜培養(yǎng),提取其質(zhì)粒,(高純質(zhì)粒小量提取試劑盒)1)用1.5mlEP管收集1ml菌液,12000g離心1min,去上清。2)加入250μl溶液Ⅰ/RNaseA混合液,重懸菌體。3)加入250μl溶液Ⅱ,溫和反復(fù)顛倒混勻6次,室溫放置2min。4)加入350μl溶液Ⅲ,溫和反復(fù)顛倒混勻6次。5)12000g離心10min,小心吸去上清至DNA純化柱中,靜置2min。6)12000g離心1min,棄濾液。7)加入500ul溶液PB至柱中,12000g離心1min,棄濾液。8)加入500ul溶液W至柱中,12000g離心1min,棄濾液。重復(fù)一次。9)空柱12000g離心3min。10)將柱取出置于新的1.5mlEP管中,加入50μl無菌水(60℃預(yù)熱),靜置2min,12000g離心1min,收集管底質(zhì)粒。將質(zhì)粒送測序公司測序。類似的,用同樣的方法可以構(gòu)建pLL-circRNA1730質(zhì)粒,或者其他pcDNA-circRNA表達(dá)質(zhì)粒。實(shí)施例二:pLL-circRNA1730慢病毒及其穩(wěn)定細(xì)胞系構(gòu)建1.慢病毒包裝1)轉(zhuǎn)染前24h,用胰酶消化對數(shù)生長期的293T細(xì)胞,傳代到10cm細(xì)胞培養(yǎng)皿,37℃、5%CO2培養(yǎng)箱內(nèi)培養(yǎng)。24h待細(xì)胞密度達(dá)70%~80%時(shí)即可用于轉(zhuǎn)染。細(xì)胞狀態(tài)對于病毒包裝至關(guān)重要,因此需要保證良好的細(xì)胞狀態(tài)和較少的傳代次數(shù)。2)轉(zhuǎn)染前將細(xì)胞培養(yǎng)基更換為無血清培養(yǎng)基。3)向一滅菌離心管中加入所制備的各DNA溶液(pLL-circRNA1730載體10μg,pGag/Pol載體5μg、pRev載體5μg、pVSV-G載體5μg),與相應(yīng)體積的Opti-MEM混合均勻,調(diào)整總體積為1.5ml。4)將Lipofectamine2000試劑輕柔搖勻,取60μlLipofectamine2000試劑在另一管中與1.5mlOpti-MEM混合,在室溫下溫育5分鐘。5)把稀釋后的DNA與稀釋后的Lipofectamine2000進(jìn)行混合,輕輕地顛倒混勻,不要振蕩。6)混合后,在室溫下溫育20分鐘,以便形成DNA與Lipofectamine2000稀釋液的轉(zhuǎn)染復(fù)合物。7)將DNA與Lipofectamine2000混合液轉(zhuǎn)移至293T細(xì)胞的培養(yǎng)液中,混勻,于37℃,5%CO2細(xì)胞培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。8)培養(yǎng)6小時(shí)后吸去含有轉(zhuǎn)染混和物的培養(yǎng)基,每瓶細(xì)胞中加入含10%血清的細(xì)胞培養(yǎng)基10ml,于37℃、5%CO2培養(yǎng)箱內(nèi)繼續(xù)培養(yǎng)48小時(shí)。2.病毒的收獲及濃縮1)收集轉(zhuǎn)染后48小時(shí)和72小時(shí)(轉(zhuǎn)染即可為0小時(shí)計(jì)起)的293T細(xì)胞上清液。2)于4℃,4000g離心10min,除去細(xì)胞碎片。3)以0.45μm濾器過濾上清液于50ml離心管中。4)把病毒粗提液樣品加入到過濾杯中(最多19ml),蓋上蓋子。將過濾杯插到濾過液收集管中。5)組合好后,做好平衡,放在轉(zhuǎn)頭上。6)在5000×g離心,至需要的病毒濃縮體積。通常需要的時(shí)間為10-15分鐘。7)離心結(jié)束后,過濾杯中的即為病毒濃縮液。8)將病毒濃縮液移出,分裝后保存在病毒管中,可在4℃保存一周,或-80℃長期保存。取其中一支進(jìn)行病毒生物學(xué)滴度測定。3.慢病毒感染細(xì)胞:(1).根據(jù)細(xì)胞的量將細(xì)胞在1.5ml管中離心收集然后用100-200ul的無血清培養(yǎng)液稀釋細(xì)胞沉淀,以細(xì)胞完全浸沒在培養(yǎng)基中為準(zhǔn)。(2).吸取pLL-circRNA1730病毒液加入細(xì)胞中,將1.5ml管放在37℃度培養(yǎng)箱中孵育30分鐘。另取pLL-circRNA空載體對照病毒感染做對照細(xì)胞系。(3).將管中混合溶液吸出加到培養(yǎng)皿中或孔里。(4).加入足夠量的新鮮培養(yǎng)液。(5).12小時(shí)后換液。(6).48小時(shí)后加入2ug/mlpuromycin進(jìn)行穩(wěn)定細(xì)胞株篩選。實(shí)施例三:QPCR檢測1.RNA提取1)細(xì)胞處理:6孔板每孔加入1mlTrizol,用1ml槍頭反復(fù)吹打10次,收集到EP管內(nèi);離心15分鐘,12000g,取上清。2)向上清中加入200ul氯仿,上下用力顛倒混勻半分鐘,靜置3分鐘。3)4℃,12000g離心15分鐘,此時(shí)可見裂解液分三層:上層為水相的RNA;中層為DNA,脂類等;下層為細(xì)胞殘?jiān)?,蛋白,多糖等?)取上清500ul到新的EP管內(nèi),167ul吸三次;加入等體積的異丙醇,混勻,靜置10分鐘后,4℃,12000g離心10分鐘。5)小心去掉上清,注意不要丟失RNA沉淀,加入1ml75%乙醇,上下顛倒,使沉淀塊重懸起。6)4℃,12000g離心10分鐘,小心去掉上清,盡量吸干管壁的液體,注意不要丟失RNA沉淀,若沉淀松動可再次離心。晾干約15分鐘,至管壁無液體。7)加入適量體積(20-30ul)的DEPC水溶解RNA,58℃水浴10分鐘。8)取出2ul定量,測量buffer:10mMTrisCl(pH7.8),根據(jù)定量結(jié)果進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。(1A260=40μg/ml,A260/A280=1.8~2.1)9)逆轉(zhuǎn)錄2.cDNA逆轉(zhuǎn)錄1)實(shí)驗(yàn)體系M-MLVReverseTranscriptase:RNA2μgPrimerMix1μlRNase-freewater至15μl70℃5min冰上5min5×buffer5μl2mMdNTP6.25μlM-MLV1μlRNase-freewater12.75μl25μl42℃60min3.QPCR擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)1)實(shí)驗(yàn)體系,總計(jì)20μl:GoTaq?qPCRMasterMix10μlFprimer1μlRprimer1μlcDNA模板1.5μlNuclease-FreeWater6.5μl2)反應(yīng)條件:第一步:95℃2min第二步(40個(gè)循環(huán)):95℃3秒,60℃30秒第三步60–95°C溶解曲線3)上機(jī)進(jìn)行目標(biāo)基因擴(kuò)增4.qPCR相對定量結(jié)果目標(biāo)基因的相對表達(dá)量計(jì)算公式為:2-△△Ct=2-【(△Ct)Test-(△Ct)Control】。Ct目的為目標(biāo)基因Ct值,Ct管家為管家基因Ct值。△Ct=Ct目的-Ct管家,表示各樣本目的基因相對管家基因的相對Ct值,△△Ct=(△Ct)Test-(△Ct)Control,表示處理組相對對照組進(jìn)行歸一化,2-△△Ct表示處理組相對對照組的相對表達(dá)量,表示目標(biāo)基因相對表達(dá)倍數(shù)。以上所述的實(shí)施例僅僅是對本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式進(jìn)行描述,并非對本發(fā)明的范圍進(jìn)行限定,在不脫離本發(fā)明設(shè)計(jì)精神的前提下,本領(lǐng)域普通工程技術(shù)人員對本發(fā)明的技術(shù)方案所作的各種變形和改進(jìn),均應(yīng)落入本發(fā)明權(quán)利要求書確定的保護(hù)范圍之內(nèi)。
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