浸潤性和預(yù)后的乳腺癌生物標(biāo)志物標(biāo)簽發(fā)明人：CarloM.Croce,StefanoVolinia相關(guān)申請的交叉參考本申請要求2012年1月20日提交的美國臨時申請?zhí)?1/588,790的利益，為了所有目的，將所述美國臨時申請的完整公開內(nèi)容通過引用明確地并入本文。關(guān)于聯(lián)邦政府資助的研究的聲明本發(fā)明是在國立衛(wèi)生研究院授予的基金號U01-CA152758和U01-CA154200下由政府資助進行的。政府具有本發(fā)明的某些權(quán)利。技術(shù)領(lǐng)域本發(fā)明總地來說涉及分子生物學(xué)領(lǐng)域。更具體地，其涉及癌癥相關(guān)技術(shù)。本發(fā)明的某些方面包括在乳腺癌的診斷、治療和預(yù)后中的應(yīng)用。發(fā)明背景乳腺癌(BC)是復(fù)雜疾病，特征在于遺傳改變的異質(zhì)性，并且受幾個環(huán)境因子影響。原位導(dǎo)管癌(DCIS)是反映惡性細(xì)胞在乳腺導(dǎo)管內(nèi)的增殖(而無穿過基膜的浸潤)的異質(zhì)性的病變?nèi)后w。約80％的所有乳腺癌為浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)，這是最常見的BC類型。具有不同分子亞型(管腔A/B、HER2+和基底樣)的乳腺腫瘤具有明顯不同的mRNA特征譜。直至1980年，DCIS很少被診斷，并且代表<1％的BC。隨著乳房x線攝影術(shù)的使用增加，DCIS成為最快速增加的BC的亞組，在美國占據(jù)15％–25％的新診斷的BC病例。MicroRNA(miRNA)是一類具有調(diào)節(jié)功能的保守非編碼RNA，其在癌癥中發(fā)揮重要作用。miRNA的微陣列分析近年來已產(chǎn)生許多新的知識。仍然存在對關(guān)于miRNA的功能和活性的信息以及可用于它們的表征和分析的方法及組合物的需要。然而，全基因組mRNA表達(dá)研究不能鑒定進展期特異性基因。發(fā)明概述在第一廣泛方面，本文中描述了顯示增加的不良預(yù)后乳腺癌的風(fēng)險的乳腺癌標(biāo)簽。標(biāo)簽包括來自人受試者的組織的測試樣品中miRNA/mRNA標(biāo)簽的水平變化的測定。在一個實施方案中，miRNA/mRNA標(biāo)簽由miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；和mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1組成。測試樣品的miRNA和mRNA基因產(chǎn)物的水平相對于無癌癥組織的對照樣品的對應(yīng)miRNA和mRNA基因產(chǎn)物水平的變化表明人受試者具有不良的BC的存活預(yù)后。在另一個方面，本文中提供了確定人受試者是否具有不良的乳腺癌(BC)存活預(yù)后的方法。方法通常包括測量來自人受試者的組織的測試樣品的miRNA/mRNA標(biāo)簽的水平，其中所述miRNA/mRNA標(biāo)簽由miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1組成。方法通常還包括測定受試者的存活預(yù)后；其中測試樣品的miRNA和mRNA基因產(chǎn)物水平相對于無癌組織的對照樣品的對應(yīng)miRNA和mRNA基因產(chǎn)物水平的變化表明人受試者具有不良的BC存活預(yù)后。在另一個方面，本文中提供了診斷人受試者是否具有與不良預(yù)后相關(guān)的BC或處于發(fā)生所述BC的風(fēng)險中的方法，其包括：(1)從獲自人受試者的組織的測試樣品逆轉(zhuǎn)錄RNA以提供一組靶寡脫氧核苷酸；(2)將所述靶寡脫氧核苷酸與包含miRNA-特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交以提供所述測試樣品的雜交特征譜，其中所述微陣列包含針對miRNA/mRNA標(biāo)簽的mRNA-特異性探針寡核苷酸，所述標(biāo)簽由如下基因產(chǎn)物組成：miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1；(3)將測試樣品雜交特征譜與從無轉(zhuǎn)移組織的對照樣品產(chǎn)生的雜交特征譜相比較，和，(4)基于miRNA/mRNA基因產(chǎn)物標(biāo)簽的變化，診斷人受試者是否患有與不良預(yù)后相關(guān)的BC或處于發(fā)生所述BC的風(fēng)險中。在某些實施方案中，測定患有浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)乳腺癌(BC)的受試者的存活預(yù)后的步驟。在某些實施方案中，測定受試者的存活預(yù)后的步驟預(yù)測總體存活期(OS)。在某些實施方案中，相對于對照樣品，miRNA和mRNA的標(biāo)簽組與特異于這樣的miRNA和mRNA的探針雜交，表明人患者的不良存活的預(yù)后。在另一個方面，本文中提供了用于確定具有乳腺癌(BC)的人受試者是否具有不良存活結(jié)果的方法，其包括：測定獲自人受試者的乳腺細(xì)胞的核酸樣品以測定所述核酸樣品的miRNA/mRNA標(biāo)簽的表達(dá)水平，所述miRNA/mRNA標(biāo)簽由miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1組成；以及確定所述人受試者具有不良存活結(jié)果，如果與對照核酸樣品相比較，核酸樣品的miRNA/mRNA標(biāo)簽的表達(dá)水平存在變化的話。在另一個方面，本文中提供了用于測試結(jié)腸癌相關(guān)疾病的DNA芯片，在所述芯片上探針已被固定來測定miRNA/mRNA標(biāo)簽，所述標(biāo)簽由miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1組成。在另一個方面，本文中提供了包含至少一種結(jié)合至少一種miRNA/mRNA標(biāo)簽的標(biāo)志物的捕獲試劑的制品，所述miRNA/mRNA標(biāo)簽由miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1組成。在另一個方面，本文中提供了用于篩查乳腺癌的試劑盒，其中所述試劑盒包括：miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1的至少一個標(biāo)志物的一種或多種試劑。在某些實施方案中，使用包含與至少一種標(biāo)志物特異性結(jié)合的抗體或抗體片段的試劑檢測標(biāo)志物的存在。在某些實施方案中，試劑被標(biāo)記、放射性標(biāo)記或生物素標(biāo)記，和/或其中抗體或抗體片段被放射性標(biāo)記、生色團標(biāo)記、熒光團標(biāo)記或酶標(biāo)記。在某些實施方案中，試劑包括抗體、所述試劑連接于或可連接于的探針以及固定的金屬螯合劑的一種或多種。在另一個方面，本文中提供了用于預(yù)測受試者的乳腺癌相關(guān)疾病的存在的微陣列，其包含針對miRNA/mRNA標(biāo)簽的抗體，所述標(biāo)簽由miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1組成。在某些實施方案中，標(biāo)志物的表達(dá)水平通過檢測轉(zhuǎn)錄的多核苷酸或其部分的存在來評估，其中轉(zhuǎn)錄的多核苷酸包含標(biāo)志物的編碼區(qū)。在某些實施方案中，樣品為乳腺癌相關(guān)體液或組織。在某些實施方案中，樣品包含獲自所述患者的細(xì)胞。在某些實施方案中，至少miRNA/mRNA標(biāo)簽包括其分離的變體或生物活性片段或功能等同物或與其結(jié)合的抗體。在某些實施方案中，乳腺癌相關(guān)疾病是浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)。在某些實施方案中，樣品包含隨時間采集的從患者獲得的細(xì)胞。在某些實施方案中，所述方法還包括基于診斷設(shè)計治療方案。在某些實施方案中，方法還包括基于診斷施以治療。在某些實施方案中，標(biāo)準(zhǔn)miRNA和/或mRNA表達(dá)水平來自代表性的個體庫，并且為受試者的對照組織的miRNA和miRNA水平的平均、中位或其它統(tǒng)計學(xué)處理的或另外地概括的或合計的代表性miRNA和/或mRNA表達(dá)水平。在另一個方面，本文中提供了計算機可讀介質(zhì)，其包含具有多個數(shù)字編碼的參照特征譜的數(shù)據(jù)庫，其中至少第一參照特征譜代表來自一個或多個顯示乳腺癌相關(guān)疾病反應(yīng)的指征的受試者的一個或多個樣品的至少miRNA/mRNA標(biāo)簽的水平，所述miRNA/mRNA標(biāo)簽由miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1組成。在某些實施方案中，計算機可讀介質(zhì)包括至少第二參照特征譜，所述第二參照特征譜代表來自一個或多個顯示乳腺癌相關(guān)疾病反應(yīng)的指征的受試者或具有乳腺癌相關(guān)疾病的受試者的一個或多個樣品的至少一種另外的miRNA或mRNA的水平。在另一個方面，本文中提供了用于確定受試者是否具有乳腺癌相關(guān)疾病，是否易患所述疾病，或是否具有所述疾病的不良存活預(yù)后的計算機系統(tǒng)，其包括權(quán)利要求17的數(shù)據(jù)庫和包含計算機可執(zhí)行代碼的服務(wù)器，所述計算機可執(zhí)行代碼用于使計算機接受受試者的特征譜，從數(shù)據(jù)庫鑒定在診斷上與受試者特征譜相關(guān)的匹配參照特征譜，以及產(chǎn)生表明所述受試者是否具有乳腺癌相關(guān)疾病或是否易患所述疾病的指征。在另一個方面，本文中提供了用于評價受試者的乳腺癌相關(guān)疾病的存在、不存在、性質(zhì)或程度的計算機輔助法，其包括：(1)提供包括用于分類來自獲自所述受試者的樣品的數(shù)據(jù)的模型或算法的計算機，其中所述分類包括分析至少一種miRNA/mRNA標(biāo)簽的存在、不存在或量的數(shù)據(jù)，并且其中miRNA/mRNA標(biāo)簽由miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1組成；(2)輸入來自獲自所述受試者的生物樣品的數(shù)據(jù)；和，(3)將所述生物樣品分類以表明乳腺癌相關(guān)疾病的存在、不存在、性質(zhì)或程度。在另一個方面，本文中提供了用于預(yù)測乳腺癌患者的預(yù)后的方法，其包括：檢測來自患有乳腺癌的受試者的生物測試樣品的一組標(biāo)簽的測試表達(dá)水平；將風(fēng)險評分賦予所述測試表達(dá)水平；并且當(dāng)測試表達(dá)水平被賦予高風(fēng)險評分時，預(yù)測不良預(yù)后；以及當(dāng)測試表達(dá)水平被賦予低風(fēng)險評分時，預(yù)測良好預(yù)后，其中所述標(biāo)簽包括由miRNA基因產(chǎn)物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因產(chǎn)物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1組成的miRNA/mRNA標(biāo)簽。在某些實施方案中，預(yù)后是總體癌癥存活。在某些實施方案中，測試表達(dá)水平通過微陣列來測定。在某些實施方案中，測試表達(dá)水平通過RT-PCR來測定。在某些實施方案中，miRNA/mRNA標(biāo)簽包括乳腺細(xì)胞相對于乳腺癌細(xì)胞的miRNA和mRNA的表達(dá)的統(tǒng)計上顯著的變化。在另一個方面，在本文中提供了用于檢測受試者的乳腺浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)的標(biāo)志物，包括miR-210基因產(chǎn)物。在另一個方面，在本文中提供了用于檢測受試者的乳腺浸潤性導(dǎo)管癌的方法，包括檢測相較于測試樣品的miR-210基因產(chǎn)物的增加。在另一個方面，在本文中提供了用于區(qū)分浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)與原位導(dǎo)管癌(DCIS)的microRNA標(biāo)簽，包括：i)IDC中l(wèi)et-7d、miR-181a、miR-210和miR-221的至少之一的上調(diào)；和ii)IDC中miR-10b、miR-126、miR-143、miR-218和miR-335-5p的至少之一的下調(diào)。在另一個方面，本文中提供了用于患有乳腺癌的受試者的總體存活期預(yù)后和轉(zhuǎn)移時間預(yù)后的microRNA標(biāo)簽，包括：miR-210、miR-21、miR-106b*、miR-197和/或let-7i。在另一個方面，本文中提供了用于檢測患有乳腺癌的受試者的從DCIS至IDC的轉(zhuǎn)化的microRNA標(biāo)志物，包括miR-210基因產(chǎn)物。在另一個廣泛的方面，本文中提供了用于區(qū)分浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)與原位導(dǎo)管癌(DCIS)的microRNA標(biāo)簽，包括在原位下調(diào)的let-7d、miR-210和miR-221以及在浸潤轉(zhuǎn)化中上調(diào)的let-7d、miR-210和miR-221的至少一種。在另一個方面，本文中提供了乳腺癌的總體存活期和轉(zhuǎn)移時間的microRNA標(biāo)簽，包括：miR-210、miR-21、miR-106b*、miR-197和let-7i。在另一個方面，本文中提供了浸潤轉(zhuǎn)化的標(biāo)志物，包括具有與miR-210逆相關(guān)的特征譜的蛋白質(zhì)編碼基因，其中BRCA1、FANCD、FANCF、PARP1、E-鈣粘蛋白、Rb1的一個或多個在原位癌中被激活和在浸潤性癌中被下調(diào)。在另一個方面，本文中提供了原位導(dǎo)管癌的標(biāo)志物，包括至少一個差別剪接同種型，例如不存在激酶結(jié)構(gòu)域的截短EGFR，其中這樣的標(biāo)志物僅在原位導(dǎo)管癌中過表達(dá)。在另一個方面，本文中提供了用于基于miR-210表達(dá)的增加將患者鑒定為具有與乳腺浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)相關(guān)的標(biāo)志物的方法，其包括：a)分析來自懷疑具有IDC的患者的乳腺癌樣品中miR-210的表達(dá)；和b)將所述患者鑒定為：i)如果檢測到來自所述患者的樣品相較于非癌性乳腺樣品的miR-210表達(dá)的增加，則具有與IDC癌相關(guān)的標(biāo)志物或ii)如果未檢測到所述增加，則不具與IDC癌相關(guān)的標(biāo)志物。在某些實施方案中，方法還包括分析相較于非癌性乳腺樣品，測試樣品的let-7d、miR-221和miR-181a的一個或多個的增加；和/或miR-10b、miR-126、miR-143、miR-218和miR-335-5p的一個或多個的增加。在另一個方面，本文中提供了用于診斷受試者是否具有乳腺導(dǎo)管浸潤性癌(IDC)的方法，其包括：測量來自所述受試者的測試樣品的至少一種miR-210基因產(chǎn)物的水平，其中所述測試樣品的至少miR-210基因產(chǎn)物的水平相較于對照樣品的對應(yīng)miR基因產(chǎn)物的水平的升高表明所述受試者具有IDC。在另一個方面，本文中提供了本文中提供了測試受試者的乳腺癌的浸潤性的方法，其包括：a)測定來自具有乳腺癌的受試者的樣品的至少一種標(biāo)志物的表達(dá)水平；所述至少一種標(biāo)志物包括至少一種miR-210基因產(chǎn)物；b)將步驟(a)中測定的表達(dá)水平與來自健康受試者的樣品的標(biāo)志物的對照表達(dá)水平相比較；和c)當(dāng)步驟(b)中比較的結(jié)果表明所述測試受試者中至少一種標(biāo)志物的表達(dá)水平高于對照中的所述表達(dá)水平時，則判斷所述受試者具有乳腺浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)的診斷。在某些實施方案中，樣品包含乳腺組織。在某些實施方案中，在體外進行所述方法步驟。在另一個方面，本文中提供了診斷受試者是否具有乳腺浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)的方法，其包括：a)從獲自所述受試者的測試樣品逆轉(zhuǎn)錄RNA，以提供一組靶寡脫氧核苷酸，其中所述受試者具有乳腺IDC；b)使所述靶寡脫氧核苷酸與包含miR-210特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交，以提供所述測試樣品的雜交特征譜；和c)將所述測試樣品的雜交特征譜與從對照樣品產(chǎn)生的雜交特征譜相比較，其中miR-210的信號的增強表明所述受試者具有IDC。在某些實施方案中，方法還包括其中步驟c)包括將測試樣品的雜交特征譜與和非癌性樣品相關(guān)的miR水平的數(shù)據(jù)庫、統(tǒng)計資料或表相比較。在某些實施方案中，方法還包括其中將至少一種另外的miR包括在微陣列中。在某些實施方案中，方法還包括其中通過檢測轉(zhuǎn)錄的多核苷酸或其部分的存在來評估m(xù)iR-210基因產(chǎn)物的表達(dá)水平，其中所述轉(zhuǎn)錄的多核苷酸包含miR-210基因產(chǎn)物的編碼區(qū)。在某些實施方案中，方法還包括其中所述樣品包含隨時間采集的獲自患者的細(xì)胞。在某些實施方案中，方法還包括其中至少一種miR-210基因產(chǎn)物包括其分離變體或生物活性片段。在另一個廣泛的方面，本文中提供了包含本文中描述的標(biāo)志物的試劑盒。在某些實施方案中，方法還包括試劑盒，所述試劑盒還包含關(guān)于篩查從具有乳腺癌或懷疑具有乳腺癌的受試者采集的樣品的說明書。在另一個方面，本文中提供了診斷受試者的乳腺浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)的方法，其包括：a)鑒定相較于對照的相對miR-210表達(dá)；和b)診斷所述受試者為：i)如果所述受試者相較于對照具有增加的miR-210表達(dá)，則具有IDC；或，ii)如果所述受試者相較于對照不具有增加的miR-210表達(dá)，則不具有IDC。在某些實施方案中，方法還包括鑒定let-7d和miR-221的至少一種相較于對照的相對表達(dá)。在某些實施方案中，方法還包括其中相較于對照減少的let-7d和/或miR-221表達(dá)確認(rèn)浸潤性乳腺癌的診斷。在某些實施方案中，方法還包括基于診斷設(shè)計治療方案。在某些實施方案中，方法還包括基于診斷施以治療。在某些實施方案中，方法還包括如果IDC被診斷，則施用抗血管生成治療。在某些實施方案中，方法還包括基于診斷測定預(yù)后。在另一個方面，本文中提供了診斷受試者的乳腺浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)的方法，其包括：a)鑒定相較于對照的相對miR-210表達(dá)，和鑒定相較于對照的let-7d表達(dá)以及鑒定相較于對照的miR-221表達(dá)；和b)診斷所述受試者為：i)如果所述受試者相較于對照具有增加的miR-210表達(dá)，相較于對照具有增加的let-7d表達(dá)，以及相較于對照具有增加的miR-221，則具有IDC，或ii)如果所述受試者相較于對照不具有增加的miR-210表達(dá)，相較于對照不具有增加的let-7d表達(dá)以及相較于對照不具有增加的miR-221表達(dá)，則不具有IDC。在另一個方面，本文中提供了用于治療具有乳腺浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)的人受試者的方法，其包括：給具有IDC的人受試者施用抑制人ER+和/或HER2+表達(dá)或活性的試劑，其中所述試劑包括通過RNA干擾起作用的寡核苷酸，并且其中所述寡核苷酸包括至少miR-210基因產(chǎn)物。在另一個方面，本文中提供了用于測定乳腺癌進展的可能性的方法，其包括：a)測定包含來自具有乳腺癌的受試者的乳腺癌細(xì)胞的樣品的hsa-miR-210的表達(dá)水平，和b)將表達(dá)水平與對照組織中的標(biāo)準(zhǔn)miRNA表達(dá)水平相比較，其中具有乳腺癌的受試者的hsa-miR-210的更高表達(dá)與更高的進展風(fēng)險相關(guān)。在某些實施方案中，方法還包括其中對照組織包括來自具有乳腺癌的代表性個體或具有乳腺癌的個體庫的組織，其中所述乳腺癌還未進展。在某些實施方案中，方法還包括其中對照樣品包括相對于步驟a)的測定表達(dá)水平的時間在更早的時間點從所述受試者采集的組織。在某些實施方案中，方法還包括其中標(biāo)準(zhǔn)miRNA表達(dá)水平來自代表性的個體庫，并且為受試者的對照組織的miRNA水平的平均、中位或其它統(tǒng)計學(xué)處理的或另外地概括的或合計的代表性miRNA表達(dá)水平。在某些實施方案中，方法還包括其中還測量相對于對照組織的表達(dá)水平let-7d和/或miR-221的一個或多個的表達(dá)水平，并且其中l(wèi)et-7d和/或miR-221的一個或多個的升高的表達(dá)水平與更高的進展風(fēng)險相關(guān)。在某些實施方案中，方法還包括其中還測量相對于對照組織的表達(dá)水平miR-10b、miR-126、miR-143、miR-218和miR-335-5p的一個或多個的表達(dá)水平，并且其中miR-10b、miR-126、miR-143、miR-218和miR-335-5p的一個或多個的降低的表達(dá)水平與更高的進展風(fēng)險相關(guān)。在檢查下列附圖和詳述后，本發(fā)明的其它系統(tǒng)、方法、特性和有利方面對于本領(lǐng)域技術(shù)人員將是明顯的或?qū)⒆兊妹黠@。所有這樣的另外的系統(tǒng)、方法、特性和有利方面意欲包括在本說明書內(nèi)，在本發(fā)明的范圍內(nèi)，以及受所附權(quán)利要求保護。附圖概述專利或申請文件可包括一個或多個以彩色制作的附圖和/或一張或多張照片。具有彩色附圖和/或照片的本專利或?qū)＠暾埞_案的拷貝可在要求和支付必要費用后由專利局提供。圖1.在4個IDC臨床亞組(ER+/HER2-、HER2+/ER-、ER+/HER2+和三陰性)中以及DCIS和正常乳腺中下調(diào)的miRNA。乳腺癌細(xì)胞系為(BT474、HCC38、MCF7、MDA-MB134、ZR-751)。顯示每一個種類中的每一種miRNA的平均表達(dá)。表達(dá)為以每一種miRNA為中心的平均值。圖2.3個粗體顯示的miRNA是具有逆向表達(dá)的miRNA，如通過顏色指示的(紅色，上調(diào)；綠色，下調(diào))。66個miRNA在第一轉(zhuǎn)化(正常乳腺至DCIS)中被下調(diào)(僅列出最顯著的miRNA)。9個miRNA在浸潤轉(zhuǎn)化(DCIS至IDC)中被下調(diào)，并且被列出。該第二標(biāo)簽被鑒定為浸潤性微標(biāo)簽。參與浸潤轉(zhuǎn)化的miRNA在第一癌轉(zhuǎn)化中都未被以相同趨勢差異調(diào)節(jié)。圖3A-3B.浸潤性導(dǎo)管癌患者的miR-210在轉(zhuǎn)移時間(圖3B)和總體存活期(圖3A)上的卡普蘭邁耶曲線。該數(shù)據(jù)顯示miR-210為唯一的與預(yù)后相關(guān)并且存在于浸潤性微標(biāo)簽中的miRNA。圖3C-3K.針對轉(zhuǎn)移時間的IDC的預(yù)后標(biāo)簽中的其它miRNA的卡普蘭邁耶曲線(對數(shù)秩檢驗,p<0.05)。圖3L-3S.針對總體存活期的IDC的預(yù)后標(biāo)簽中的其它miRNA的卡普蘭邁耶曲線(對數(shù)秩檢驗,p<0.05)。圖4.每一個BC亞型和正常乳腺的成熟miR-210、其初級RNA(pri-mir-210)和HIF1A的表達(dá)。不同組間該RNA的平均值在每一個組內(nèi)計算，并報告為總體百分比。圖5.與乳腺癌途徑相關(guān)的并與miR-210反相關(guān)的基因。乳腺癌是鑒定的唯一顯著的疾病(25個基因；富集p<0.001)。沿著DCIS/IDC進展軸以與miR-210相對的形式調(diào)節(jié)的乳腺癌基因包括RB1,BRCA1,FANCD,FANCF,PP2CA,PARP1,NLK,CDH1和EHMT1。在BC中與miR-210反相關(guān)的途徑為：細(xì)胞凋亡中的半胱天冬酶級聯(lián)、HER2受體再循環(huán)、TNFR1信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、FAS信號轉(zhuǎn)導(dǎo)(CD95)以及癌易感性中的BRCA1、BRCA2和ATR。途徑中的一些基因具有其剪接同種型的差異調(diào)節(jié)。例如，EGFR的經(jīng)典同種型在正常乳腺中表達(dá)，在DCIS中被下調(diào)。不存在酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域的更短的EGFR變體(uc003tqi.2)在DCIS中特異性過表達(dá)。圖6.某些乳腺癌基因與miR-210反相關(guān)并且顯示沿著乳腺癌進展途徑的逆向表達(dá)。圖7.復(fù)雜度50(即可用于從測序運行產(chǎn)生代表性miRNA特征譜的最小復(fù)雜度)的測定。復(fù)雜度50對應(yīng)于運行的復(fù)雜度，其具有miRNA種類的代表50數(shù)目。代表被定義為處于特定計數(shù)閾值或高于特定計數(shù)閾值的不同mRNA種類的數(shù)目。代表50為代表Max(在數(shù)據(jù)集的單個運行中鑒定的miRNA種類的最大數(shù)目)的一半。復(fù)雜度是運行(或被測序的樣品)中的miRNA讀數(shù)的總數(shù)目。散布圖顯示在運行之間在數(shù)據(jù)集內(nèi)遞增的復(fù)雜度處的最大代表。不同的計數(shù)閾值用于定義miRNA種類的存在：紫色十字>＝20個讀數(shù)，藍(lán)色方塊>＝10個計數(shù)，紅色方塊>＝5個讀數(shù)，綠色三角形>＝3，藍(lán)綠色星號>＝1。復(fù)雜度(X軸)是以千為單位的讀數(shù)(K個讀數(shù))。圖8.DCIS相對正常乳腺樣品的聚類樹。圖9.(表1)。在原位導(dǎo)管癌(DCIS)與正常乳腺的比較中66個差異表達(dá)的miRNA的表達(dá)水平(誤檢率<0.05)。圖10.(表2)。在IDC相對DCIS的比較中差異表達(dá)的6個miRNA。在該比較中僅考慮HER2+/EP-樣品(誤檢率<0.05)。圖11.(表3)。當(dāng)與原位導(dǎo)管癌(DCIS)相比較時，9個miRNA在浸潤性導(dǎo)管癌(IDS)中差異表達(dá)。將所有可獲得的IDC樣品包括在分析中，無論亞型如何(誤檢率<0.05)。圖12.(表4)。當(dāng)與ER-IDC比較時，10個miRNA在ER+IDC中差異表達(dá)(誤檢率<0.05)。圖13.(表5)。miR-342是當(dāng)與所有其它IDC相比較時在HER2+/ER-IDC中差異表達(dá)的唯一miRNA(誤檢率<0.05)。圖14.(表6)。當(dāng)與其它IDC亞型相比較時，在HER2+/ER-IDC中差異表達(dá)的miRNA全部被下調(diào)(誤檢率<0.05)。圖15.(表7)。當(dāng)與其它IDC亞型比較時，在TNBCIDC中差異表達(dá)的miRNA(誤檢率<0.05)。圖16.(表8)。在IDC的分子亞型中差異表達(dá)的miRNA(誤檢率<0.05)。圖17.(表9)。IDC中與轉(zhuǎn)移時間相關(guān)的miRNA。圖18.(表10)。IDC中與總體存活期相關(guān)的miRNA。圖19.(表11)。使用DAVID數(shù)據(jù)庫進行的正常/DCIS和DCIS/IDC轉(zhuǎn)化中與miR-210反相關(guān)的基因的功能分析。來自遺傳關(guān)聯(lián)DB的25個基因與乳腺癌相關(guān)(富集P值＝1.4E-3)。乳腺癌為唯一的與這些基因相關(guān)的疾病。圖20.(表12)。具有原發(fā)性浸潤性導(dǎo)管癌的患者的TCGA隊列。圖21.(表13)。4個BC隊列的RNA標(biāo)簽的預(yù)后值。圖22.用于導(dǎo)出和驗證橫跨不同亞類的乳腺癌的共同預(yù)后mRNA和miRNA(34-基因集)的策略。將mRNA和miRNA整合在IDC(TCGA隊列,n＝466)的單個RNA特征譜中。在下列臨床和分子種類的不同亞組內(nèi)進行存活分析：疾病分期、淋巴結(jié)受累(N期)、手術(shù)切緣、絕經(jīng)前或絕經(jīng)后、內(nèi)部亞型(intrinsicsubtype)、體細(xì)胞突變(TP53、PIK3CA途徑、TP53/PIK3CA雙突變體、GATA3和其余不太頻繁改變的基因)。種類中的亞類代表不相關(guān)的患者組，從而使得能夠直接驗證該種類的預(yù)后RNA。計算TCGA隊列的每一個獨立亞類的RNA的危害比(HR)和卡普蘭-邁耶曲線。選擇在至少兩個亞類中具有顯著的HR和對數(shù)秩檢驗(p<0·05)的RNA。編碼基因的選擇所需的另外標(biāo)準(zhǔn)是DNA甲基化與OS的關(guān)聯(lián)性以及COSMIC數(shù)據(jù)庫中的體細(xì)胞突變的存在。將7個獨立的驗證隊列(總共n＝2104個患者)用于再評估在TCGA隊列上產(chǎn)生的預(yù)后34-基因集。圖23.在不同臨床和分子亞類的浸潤性導(dǎo)管癌(TCGA隊列)中與OS相關(guān)的mRNA和miRNA。矩陣使得TCGAIDC隊列的34個預(yù)后編碼基因和miRNA(按照圖22中的方法并在圖28中被列出)的顯著危害比(HR)可視化。在log2標(biāo)尺上顯示具有顯著的單變量Cox回歸(p<0·05)的mRNA或miRNA的HR，不考慮對數(shù)秩檢驗。紅色方塊表示HR>1，藍(lán)色方塊表示HR<1。顯示了至少基因或miRNA對于其是重要的種類。圖24A-24B.IDC(TCGA隊列)的預(yù)后34-基因集的卡普蘭-邁耶和ROC曲線：圖24A.使用預(yù)后34-基因集從TCGA隊列(n＝466)獲得的IDC風(fēng)險組的交叉驗證的卡普蘭-邁耶曲線。風(fēng)險組之間的對數(shù)秩檢驗統(tǒng)計數(shù)值的排列p值基于1000個排列(p<0·001)。圖24B.ROC曲線具有0·71的曲線下面積(AUC)(p<0·001)。使用1000個排列計算檢驗無效假設(shè)(AUC＝0·5)的排列p值。圖25A-25B.UK驗證隊列的預(yù)后34-基因集的卡普蘭-邁耶和ROC曲線：圖25A.使用預(yù)后34-基因集從驗證隊列(n＝207)獲得的乳腺癌風(fēng)險組的交叉驗證的卡普蘭-邁耶曲線。風(fēng)險組之間的對數(shù)秩檢驗統(tǒng)計數(shù)值的排列p值基于1000個排列(p＝0·001)。圖25B.ROC曲線具有0.69的AUC(p<0·001)。使用1000個排列計算檢驗無效假設(shè)(AUC＝0·5)的排列p值。圖26.顯示PIK3CA的mRNA表達(dá)與CpGDNA甲基化之間的負(fù)相關(guān)性(FDR<0.001)的表。圖27.顯示IDC中與總體存活期相關(guān)的DNA甲基化CpG位點(P值<0.05)的表。圖28.顯示與臨床結(jié)果相關(guān)并且在獨立的IDC亞類間得到驗證的二十四個(24)mRNA和十個(1)miRNA的表。編碼基因受DNA甲基化/OS分析以及體細(xì)胞突變的存在的進一步限制。方括號標(biāo)明用于驗證的獨立IDC亞類。MargNeg＝邊緣陰性。HormRec+意指ER+和/或PR+腫瘤。突變率：在外顯子組中<25個突變?yōu)榈停?5<＝中等<＝50，高>50。突變：PI3K(PIK3CA、AKT1、PTEN、PIK3R1)，TP53PIK3CA為雙突變體。noMajorMut＝除PI3K、TP53、MAPK和GATA3外的突變。圖29.顯示TCGA隊列(n＝466)的結(jié)果的整合的RNA線性風(fēng)險預(yù)測的表。圖30.浸潤性導(dǎo)管癌的局部淋巴結(jié)受累(N)的卡普蘭一邁耶存活評價(總體對數(shù)秩檢驗,P值＝0.005)。圖31.浸潤性導(dǎo)管癌的遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移(M)的卡普蘭一邁耶存活評估(總體對數(shù)秩檢驗,P值＝0.026)。圖32.浸潤性導(dǎo)管癌的內(nèi)部亞型的卡普蘭一邁耶存活評價(總體對數(shù)秩檢驗,P值＝0.042)。圖33.浸潤性導(dǎo)管癌的AJCC疾病分期的卡普蘭一邁耶存活評價(總體對數(shù)秩檢驗,P值＝0.002)。圖34.浸潤性導(dǎo)管癌的T期的卡普蘭一邁耶存活評價(總體對數(shù)秩檢驗,P值<0.001)。圖35.浸潤性導(dǎo)管癌的雌激素受體(ER)狀態(tài)的卡普蘭一邁耶存活評價(Breslow檢驗,P值＝0.016)。圖36.浸潤性導(dǎo)管癌的三陰性(TNBC)狀態(tài)的卡普蘭一邁耶存活評價(Breslow檢驗,P值＝0.041)。圖37.浸潤性導(dǎo)管癌的TP53體細(xì)胞突變狀態(tài)的卡普蘭一邁耶存活評價(對數(shù)秩檢驗，非顯著的)。圖38.浸潤性導(dǎo)管癌的PIK3CA途徑體細(xì)胞突變狀態(tài)的卡普蘭一邁耶存活評價(對數(shù)秩檢驗，非顯著的)。詳述在整個本公開內(nèi)容中，通過標(biāo)識引用參考各種出版物、專利和公開的專利說明書。將這些出版物、專利和公開的專利說明書的公開內(nèi)容通過引用并入本公開內(nèi)容以更全面地描述本發(fā)明所屬領(lǐng)域的技術(shù)水平。定義和一般討論如本文中可互換使用的，“miR基因產(chǎn)物”、"microRNA"、"miR"或“miRNA”是指來自miR基因的未加工的或加工的RNA轉(zhuǎn)錄物。由于miR基因產(chǎn)物不被翻譯成蛋白質(zhì)，因此術(shù)語“miR基因產(chǎn)物”不包括蛋白質(zhì)。未加工的miR基因轉(zhuǎn)錄物也稱為“miR前體”，并且通常包含在長度上約70-100個核苷酸的RNA轉(zhuǎn)錄物?？赏ㄟ^使用RNA酶(例如Dicer、Argonaut、RNA酶III(例如，大腸桿菌(E.coli)RNA酶III))消化來將miR前體加工成具有活性的19-25個核苷酸的RNA分子。該具有活性的19-25個核苷酸的RNA分子也稱為“加工的"miR基因轉(zhuǎn)錄物或"成熟的"miRNA。具有活性的19-25個核苷酸的RNA分子可通過天然加工途徑(例如，使用完整細(xì)胞或細(xì)胞裂解物)或通過合成加工途徑(例如，使用分離的加工酶，例如分離的Dicer、Argonaut或RNA酶III)來從miR前體獲得。應(yīng)理解，具有活性的19-25個核苷酸的RNA分子還可通過生物或化學(xué)合成直接產(chǎn)生而不必從miR前體加工而來。當(dāng)在本文中通過名稱提及microRNA時，除非另有所指，否則名稱對應(yīng)于前體和成熟形式。DNA脫氧核糖核酸mRNA信使RNAmeDNADNA甲基化miRmicroRNAPCR聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)pre-miRNA前體microRNAqRT-PCR定量逆轉(zhuǎn)錄酶聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)RNA核糖核酸應(yīng)理解，本文中的描述僅為示例性和解釋性的，無意限定本教導(dǎo)的范圍。在本申請中，除非明確地另有所指，否則單數(shù)的使用包括復(fù)數(shù)。除非另外指出，否則根據(jù)常規(guī)用法使用技術(shù)術(shù)語。分子生物學(xué)中一般術(shù)語的定義可見于BenjaminLewin,GenesV,由OxfordUniversityPress出版,1994(ISBN0-19-854287-9)；Kendrew等人(編輯),TheEncyclopediaofMolecularBiology,由BlackwellScienceLtd.出版,1994(ISBN0-632-02182-9)；和RobertA.Meyers(編輯),MolecularBiologyandBiotechnology：aComprehensiveDeskReference,由VCHPublishers,Inc.出版,1995(ISBN1-56081-569-8)。為了幫助綜述本公開內(nèi)容的各種實施方案，提供特定術(shù)語的下列解釋：輔助治療：與主要治療組合使用以改善主要治療的作用的治療。臨床結(jié)果：是指在疾病或障礙的治療后或在治療不存在的情況下患者的健康狀態(tài)。臨床結(jié)果包括但不限于直至死亡的時間長度的增加、直至死亡的時間長度的減少、存活機會的增加、死亡風(fēng)險的增加、存活、無疾病存活、慢性疾病、轉(zhuǎn)移、晚期或侵襲性疾病、疾病復(fù)發(fā)、死亡以及有利的或不良的對治療的反應(yīng)。存活的減少：如本文中所用，“存活的減少”是指患者死亡前時間長度的減少，或患者死亡風(fēng)險的增加。檢測表達(dá)的水平：例如，“檢測miR或miRNA表達(dá)的水平”是指定量存在于樣品中的miR或miRNA的量。檢測特定miR或任何microRNA的表達(dá)可使用本領(lǐng)域已知的或本文中描述的任何方法，例如通過qRT-PCR來實現(xiàn)。檢測miR的表達(dá)包括檢測與miRNA表達(dá)相關(guān)的miRNA的成熟形式或前體形式的表達(dá)。通常地，miRNA檢測法包括序列特異性檢測(例如通過RT-PCR)?？墒褂们绑w和成熟miR核酸序列設(shè)計miR特異性引物和探針，所述核酸序列在本領(lǐng)域是已知的。DNA甲基化是生物化學(xué)過程，其包括甲基至胞嘧啶嘧啶環(huán)的5位置或腺嘌呤嘌呤環(huán)的編號為6的氮的添加。DNA甲基化穩(wěn)定地改變細(xì)胞的基因表達(dá)模式，并且為基因轉(zhuǎn)錄的重要調(diào)節(jié)器。異常DNA甲基化模式與大量人惡性腫瘤相關(guān)并且以兩種不同的形式被發(fā)現(xiàn)：相較于正常組織的超甲基化和低甲基化。超甲基化通常在啟動子區(qū)域的CpG島上發(fā)生，并且與基因失活相關(guān)?？傮w的低甲基化也牽涉癌癥的發(fā)生和進展。信使RNA(mRNA)是將遺傳信息從DNA傳遞至核糖體的RNA分子的大家族，其中它們指定基因表達(dá)的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的氨基酸序列。在RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄mRNA后，mRNA被翻譯成氨基酸的聚合物即蛋白質(zhì)。MicroRNA(miRNA)：調(diào)節(jié)基因表達(dá)的單鏈RNA分子。MicroRNA在長度上通常為約22個核苷酸。MicroRNA從被稱為pri-miRNA的初級轉(zhuǎn)錄物加工成被稱為前體(pre)-miRNA的短莖環(huán)結(jié)構(gòu)，最終加工成為功能性成熟microRNA。成熟microRNA分子與一個或多個信使RNA分子部分互補，它們的主要功能是下調(diào)基因表達(dá)。MicroRNA通過RNAi途徑調(diào)節(jié)基因表達(dá)。miR表達(dá)：如本文中所用，“低miR表達(dá)”和“高miR表達(dá)”是指樣品中發(fā)現(xiàn)的miRNA的水平的相對術(shù)語。在一些實施方案中，通過比較一組對照樣品和測試樣品中的miRNA水平來測定低和高miR表達(dá)。隨后基于樣品中一種或多種miR的表達(dá)是高于(高)還是低于(低)平均或中位miR表達(dá)水平來將低和高表達(dá)賦予每一個樣品。對于單個樣品，可通過將樣品與已知具有正常、高或低表達(dá)的對照或參照樣品相比較，或通過與標(biāo)準(zhǔn)值相比較來確定高或低miR表達(dá)。低和高miR表達(dá)可包括miRNA的前體或成熟形式或兩者的表達(dá)。患者：如本文中所用，術(shù)語“患者”包括人和非人動物。進行治療的優(yōu)選患者為人?！盎颊摺焙汀笆茉囌摺痹诒疚闹锌苫Q使用。藥學(xué)可接受的媒介物：可用于本公開內(nèi)容的藥學(xué)上可接受的載體(媒介物)是常規(guī)的。Remington’sPharmaceuticalSciences,E.W.Martin著,MackPublishingCo.,Easton,PA,第15版(1975)描述了適合用于一種或多種治療性化合物、分子或試劑的藥物遞送的組合物和制劑。一般而言，載體的性質(zhì)將取決于使用的具體施用方式。例如，胃腸外制劑通常包含可注射液作為媒介物，所述可注射液包含藥學(xué)上和生理上可接受的液體例如水、生理鹽水、平衡鹽溶液、含水葡萄糖、甘油等。對于固體組合物(例如，粉劑、丸劑、片劑或膠囊形式)，常規(guī)無毒固體載體可包括例如藥物級甘露醇、乳糖、淀粉或硬脂酸鎂。除了生物學(xué)中性載體以外，待施用的藥物組合物可包含少量無毒輔助物質(zhì)，例如濕潤劑或乳化劑、防腐劑和pH緩沖劑等，例如醋酸鈉或脫水山梨醇單月桂酸酯。預(yù)防、治療或緩解疾?。骸邦A(yù)防”疾病是指抑制疾病的完全發(fā)生。“治療”是指在疾病已開始發(fā)生后緩解疾病或病理病況的體征或癥狀的治療性干預(yù)?！熬徑狻笔侵讣膊〉捏w征或癥狀的數(shù)目或嚴(yán)重度的減少。不良預(yù)后：通常是指存活的減少，或換句話說，死亡風(fēng)險的增加或直至死亡的時間的減少。不良預(yù)后還可指疾病的嚴(yán)重度的增加，例如癌癥至其它組織和/或器官的擴散(轉(zhuǎn)移)的增加。篩查：如本文中所用，“篩查”是指用于評價和鑒定影響這樣的疾病的候選劑的方法?？墒褂帽绢I(lǐng)域已知的和本文中描述的許多技術(shù)的任一技術(shù)，例如利用微陣列分析或利用qRT-PCR定量microRNA的表達(dá)。小分子：通常具有低于約1000道爾頓，或在一些實施方案中低于約500道爾頓的分子量的分子，其中分子能夠以某一可測量的程度調(diào)節(jié)靶分子的活性。治療：包括診斷和治療的一般術(shù)語。治療劑：當(dāng)給受試者正確地施用時能夠誘導(dǎo)期望的治療或預(yù)防效果的化合物、小分子或其它組合物，例如反義化合物、抗體、蛋白酶抑制劑、激素、趨化劑或細(xì)胞因子。如本文中所用，“候選劑”或“測試化合物”是被選擇用于篩選以確定其是否可用作治療劑的化合物?！皽赜卑ㄓ糜谠噭┡c細(xì)胞或組織相互作用的充足量的時間?！敖佑|”包括將以固體或以液體形式存在的試劑與細(xì)胞或組織一起溫育。利用試劑“治療”細(xì)胞或組織包括將試劑與細(xì)胞或組織接觸或一起溫育。治療有效量：足以在用試劑治療的受試者或細(xì)胞中實現(xiàn)期望的效應(yīng)的特定藥物或治療劑的量。試劑的有效量將取決于幾個因素，包括但不限于接受治療的受試者或細(xì)胞，治療性組合物的施用方式。在本方法的一些實施方案中，對照的使用是期望的。在這一方面，對照可以是獲自相同患者的非癌性組織樣品，或獲自健康受試者例如健康組織供體的組織樣品。在另一個實例中，對照是從歷史值計算的標(biāo)準(zhǔn)。在一個實施方案中，對照是乳腺癌的癌性組織樣品。對照可來源于具有已知的發(fā)育不良、已知的癌癥類型、已知的突變狀態(tài)和/或已知的腫瘤分期的組織。在一個實施方案中，對照是來源于浸潤性導(dǎo)管癌的歷史平均值。在另一個實施方案中，對照是來源于原位導(dǎo)管癌的歷史平均值。在一個實施方案中，對照來自處于更早時間點的患者的腫瘤樣品；當(dāng)評價乳腺癌的進展或緩解時，該實施方案可以是特別有用的。可按照本領(lǐng)域已知的任何方法獲得腫瘤樣品和非癌性組織樣品。例如，腫瘤和非癌性樣品可獲自已經(jīng)歷切除術(shù)的癌癥患者，或可使用皮下針頭通過抽取，通過顯微解剖，或通過激光捕獲來獲得它們。對照(非癌性)樣品可以例如獲自尸體供體或健康供體。獲自受試者的樣品的miR基因產(chǎn)物的水平相較于對照樣品的對應(yīng)miR基因產(chǎn)物的水平的改變(例如，升高或降低)表示受試者中存在癌癥相關(guān)疾病。在一個實施方案中，測試樣品的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平高于對照樣品的對應(yīng)miR基因產(chǎn)物的水平(即，miR基因產(chǎn)物的表達(dá)被"上調(diào)")。如本文中所用，當(dāng)來自受試者的細(xì)胞或組織樣品的miR基因產(chǎn)物的量高于對照細(xì)胞或組織樣品的相同基因產(chǎn)物的量時，miR基因產(chǎn)物的表達(dá)被“上調(diào)”。在另一個實施方案中，測試樣品的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平低于對照樣品的對應(yīng)miR基因產(chǎn)物的水平(即，miR基因產(chǎn)物的表達(dá)被"下調(diào)")。如本文中所用，當(dāng)來自受試者的細(xì)胞或組織樣品的miR基因產(chǎn)生的miR基因產(chǎn)物的量低于對照細(xì)胞或組織樣品中從相同基因產(chǎn)生的量時，miR基因的表達(dá)被“下調(diào)”?？蓽y定相對于一種或多種RNA表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)的對照和正常樣品的相對miR基因表達(dá)。標(biāo)準(zhǔn)可包括例如零miR基因表達(dá)水平、標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系的miR基因表達(dá)水平、受試者的未受影響的組織的miR基因表達(dá)水平，或先前獲得的正常人對照群體的平均miR基因表達(dá)水平。樣品的miR基因產(chǎn)物的水平可使用適合用于檢測生物樣品的RNA表達(dá)水平的任何技術(shù)來測量。用于測定生物樣品(例如，細(xì)胞、組織)的RNA表達(dá)水平的適當(dāng)?shù)募夹g(shù)(例如，Northern印跡分析、RT-PCR、原位雜交)對于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說是公知的。在具體實施方案中，使用Northern印跡分析檢測至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。例如，可通過在核酸提取緩沖液存在的情況下勻漿，隨后通過離心從細(xì)胞純化總的細(xì)胞RNA。沉淀核酸，通過用DNA酶處理和沉淀除去DNA。隨后按照標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)在瓊脂糖凝膠上通過凝膠電泳分離RNA分子，將所述RNA分子轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素濾膜。隨后通過加熱將RNA固定在濾膜上。使用適當(dāng)?shù)貥?biāo)記的與所述RNA互補的DNA或RNA探針檢測和定量特定RNA。參見，例如，MolecularCloning：ALaboratoryManual,J.Sambrook等人，編輯，第2版,ColdSpringHarborLaboratoryPress,1989,第7章，將其完整公開內(nèi)容通過引用并入本文。在一些實施方案中，篩選包括將候選劑/測試化合物與細(xì)胞接觸。細(xì)胞可以是獲自患者的原代細(xì)胞，或細(xì)胞可以是永生化或轉(zhuǎn)化細(xì)胞。候選劑/測試化合物可以是任何類型的試劑，例如蛋白質(zhì)、肽、小分子、抗體或核酸。在一些實施方案中，候選劑是細(xì)胞因子。在一些實施方案中，候選劑是小分子。篩選包括高通量篩選和篩選單個或小組的候選劑。MicroRNA檢測在本文中的一些方法中，期望鑒定存在于樣品中的miRNA。前體microRNA(pre-miRNA)和成熟miRNA的序列是可以例如通過miRBase數(shù)據(jù)庫(可通過SangerInstitute(參見Griffiths-Jones等人,NucleicAcidsRes.36:D154-D158,2008；Griffiths-Jones等人,NucleicAcidsRes.34:D140-D144,2006；和Griffiths-Jones,NucleicAcidsRes.32:D109-D111,2004)在線獲得的)公共獲得的。本文中提供了本文公開的優(yōu)選家族成員的前體和成熟形式的序列。RNA表達(dá)的檢測和定量可通過本領(lǐng)域公知的許多方法的任一種來實現(xiàn)。通過使用RNA家族成員的已知序列，適當(dāng)時可設(shè)計用于下文中描述的檢測法的特定探針和引物。在一些情況下，RNA檢測法需要從樣品例如細(xì)胞或組織樣品分離核酸?？墒褂帽绢I(lǐng)域已知的任何適當(dāng)技術(shù)分離核酸，包括RNA，特別地miRNA。例如，基于酚的提取是用于RNA分離的常用方法?；诜拥脑噭┌糜诩?xì)胞和組織破裂以及RNA與污染物的隨后分離的變性劑和RNA酶抑制劑的組合?；诜拥姆蛛x法可回收在10-200個核苷酸范圍內(nèi)的RNA種類(例如，前體和成熟miRNA，5S和5.8S核糖體RNA(rRNA)以及U1小核RNA(snRNA))。此外，提取法例如使用TRIZOLTM或TRIREAGENTTM的提取法將純化所有RNA(大的和小的)，并且是用于從包含miRNA和小干擾RNA(siRNA)的生物樣品分離總RNA的高效方法。在一些實施方案中，微陣列的使用是期望的。微陣列是核酸、蛋白質(zhì)、小分子、細(xì)胞或其它物質(zhì)的微觀有序陣列，其使得能夠平行分析復(fù)雜的生物化學(xué)樣品。DNA微陣列具有不同的被稱為捕獲探針的核酸探針，其被化學(xué)地連接于固體基底，這可以是微芯片、載玻片或微球體尺寸的珠粒。微陣列可用于例如同時測量大量信使RNA(mRNA)和/或miRNA的表達(dá)水平?？墒褂枚喾N技術(shù)，包括用細(xì)針尖打印至載玻片上，使用預(yù)制掩膜進行的光刻法，使用動態(tài)微鏡裝置進行的光刻法，噴墨打印或在微電極陣列上進行的電化學(xué)，來制造微陣列。miRNA的微陣列分析，例如(盡管這些方法可以以改進形式用于任何RNA分析)可按照本領(lǐng)域中已知的任何方法來實現(xiàn)。在一個實例中，從細(xì)胞或組織樣品提取RNA，使用變性聚丙烯酰胺凝膠電泳從總RNA尺寸選擇小RNA(18-26個核苷酸RNA)。將寡核苷酸接頭連接于小RNA的5'和3'末端，將所得的連接產(chǎn)物用作RT-PCR反應(yīng)(使用10個循環(huán)的擴增)的模板。有義鏈PCR引物具有連接于其5'末端的熒光基團，從而熒光標(biāo)記PCR產(chǎn)物的有義鏈。將PCR產(chǎn)物變性，隨后與微陣列雜交。與陣列上的對應(yīng)miRNA捕獲探針序列互補的被稱為靶核酸的PCR產(chǎn)物將通過堿基配對與其上附著有捕獲探針的點雜交。當(dāng)使用微陣列激光掃描儀激發(fā)時，所述點將發(fā)熒光。隨后使用許多陽性和陰性對照以及陣列數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化法，根據(jù)特定miRNA的拷貝數(shù)評價每一個點的熒光強度，這將導(dǎo)致特定miRNA的表達(dá)水平的評估。在替代方法中，將從細(xì)胞或組織樣品提取的包含小RNA級分(包括miRNA)的總RNA直接使用而不進行小RNA的尺寸選擇，使用T4RNA連接酶和任一熒光標(biāo)記的短的RNA接頭標(biāo)記3'末端。通過在30℃溫育2小時，隨后在80℃對T4RNA連接酶熱滅活5分鐘來標(biāo)記RNA樣品。與陣列上對應(yīng)的miRNA捕獲探針序列互補的熒光基團標(biāo)記的miRNA將通過堿基配對與其上附著有捕獲探針的點雜交。如上所述進行微陣列掃描和數(shù)據(jù)處理。存在幾種類型的可使用的微陣列，包括點樣的寡核苷酸微陣列、預(yù)制的寡核苷酸微陣列以及點樣的長寡核苷酸陣列。在點樣的寡核苷酸微陣列中，捕獲探針為與miRNA序列互補的寡核苷酸。該類型的陣列通常與來自待比較的兩個樣品(例如非癌性組織和癌性或樣品組織)的經(jīng)尺寸選擇的小RNA的擴增PCR產(chǎn)物雜交，所述PCR產(chǎn)物標(biāo)記有兩種不同的熒光基團?；蛘撸瑥膬蓚€樣品提取包含小RNA級分(包括miRNA)的總RNA，將其直接使用而不進行小RNA的尺寸選擇，使用T4RNA連接酶和標(biāo)記有兩個不同的熒光基團的短的RNA接頭標(biāo)記3'末端。可將樣品混合，使樣品與一個單個微陣列雜交，隨后掃描所述微陣列，從而使得能夠在一個測定中將上調(diào)和下調(diào)的miRNA基因可視化。在預(yù)制寡核苷酸微陣列或單通道微陣列中，探針被設(shè)計來匹配已知的或預(yù)測的miRNA的序列。存在覆蓋完整基因組的商購可得的設(shè)計(例如，來自Affymetrix或Agilent)。這些微陣列提供基因表達(dá)的絕對值的評估，從而兩個條件的比較需要使用兩個單獨的微陣列。點樣的長寡核苷酸陣列由50至70聚體的寡核苷酸捕獲探針組成，通過噴墨或機器打印產(chǎn)生。短的寡核苷酸陣列由20-25聚體的寡核苷酸探針組成，通過光刻合成(Affymetrix)或通過機器打印產(chǎn)生。在一些實施方案中，期望使用定量RT-PCR。定量RT-PCR(qRT-PCR)是用于快速測量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的產(chǎn)物的量的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的改進形式。qRT-PCR通常用于確定遺傳序列例如miR是否存在于樣品中，以及如果其存在，則測定樣品中的拷貝數(shù)?？蓽y定核酸分子包括miRNA的表達(dá)的PCR的任何方法落在本公開內(nèi)容的范圍內(nèi)。存在幾種本領(lǐng)域內(nèi)已知的qRT-PCR法的變型，下面描述其中的3種。用于定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的方法包括但不限于通過瓊脂糖凝膠電泳、SYBR綠(雙鏈DNA染料)的使用以及熒光報道探針的使用?？蓪崟r分析后兩者。對于瓊脂糖凝膠電泳，利用已知濃度的靶DNA的相似尺寸部分進行擴增來制備未知樣品和已知樣品。使兩個反應(yīng)在相同條件(優(yōu)選使用相同引物，或至少具有相似退火溫度的引物)下運行相同的時間長度。瓊脂糖凝膠電泳用于將反應(yīng)的產(chǎn)物與它們的原始DNA和多余引物分離。測量已知和未知樣品的相對量以測定未知樣品的量。SYBR綠染料的使用比瓊脂糖凝膠法更精確，并且可實時產(chǎn)生結(jié)果。DNA結(jié)合染料結(jié)合所有新合成的雙鏈DNA，測量熒光強度的增強，從而使得初始濃度能夠被測定。然而，SYBR綠會標(biāo)記所有雙鏈DNA，包括任何預(yù)料之外的PCR產(chǎn)物以及引物二聚體，從而導(dǎo)致潛在的復(fù)雜化和假象。如通常一樣，通過添加熒光雙鏈DNA染料來準(zhǔn)備反應(yīng)。運行反應(yīng)，監(jiān)控?zé)晒獾乃?染料僅當(dāng)結(jié)合于雙鏈DNA時才發(fā)熒光)。參照標(biāo)準(zhǔn)樣品或標(biāo)準(zhǔn)曲線，可測定PCR中雙鏈DNA的濃度。熒光報道探針方法使用基于序列特異性核酸的探針，以便僅定量探針序列，而非所有雙鏈DNA。這通常利用具有保持在相鄰位置上的熒光報道分子和淬滅劑的基于DNA的探針(所謂的雙標(biāo)記探針)來進行。報道分子對淬滅劑的緊密靠近阻止其發(fā)熒光；只有當(dāng)探針被分解時才可檢測到熒光。該過程依賴于使用的聚合酶的5'至3'外切核酸酶活性。通過添加雙標(biāo)記探針來準(zhǔn)備實時定量PCR反應(yīng)。在雙鏈DNA模板變性后，探針能夠結(jié)合模板DNA的目標(biāo)區(qū)域中的其互補序列。當(dāng)將PCR反應(yīng)混合物加熱以激活聚合酶時，聚合酶開始合成引發(fā)的單鏈模板DNA的互補鏈。隨著聚合繼續(xù)進行，其到達(dá)結(jié)合于互補序列的探針，所述探針隨后因聚合酶的5'-3'外切核酸酶活性而被水解，從而將熒光報道分子與淬滅分子分離。這導(dǎo)致可被檢測的熒光的增強。在實時PCR反應(yīng)的熱循環(huán)過程中，監(jiān)控?zé)晒?如在每一個PCR循環(huán)中從水解的雙標(biāo)記探針釋放的)的增強，這允許精確地測定DNA的最終量以及從而初始量。在一些實施方案中，期望使用原位雜交。原位雜交(ISH)將核酸雜交的技術(shù)應(yīng)用和延伸至單細(xì)胞水平，并且與細(xì)胞化學(xué)、免疫細(xì)胞化學(xué)和免疫組織化學(xué)的技術(shù)組合，允許形態(tài)學(xué)的維持以及待維持和鑒定的細(xì)胞標(biāo)志物的鑒定，以及允許序列至群體例如組織和血液樣品內(nèi)的特定細(xì)胞的定位。ISH是使用互補核酸來將一個或多個特定核酸序列定位在組織的部分或切片(原位)中，或如果組織足夠小，定位在整個組織中(全標(biāo)本包埋ISH)的雜交類型。RNAISH可用于測定組織的表達(dá)模式，例如miRNA的表達(dá)。處理樣品細(xì)胞或組織以增加它們的通透性來允許探針例如miRNA特異性探針進入細(xì)胞。將探針添加至已處理的細(xì)胞，使其在適當(dāng)?shù)臏囟入s交，洗掉過量探針。用放射性、熒光或抗原性標(biāo)志標(biāo)記互補探針，以便探針在組織中的位置和量可使用放射自顯影、熒光顯微鏡檢查或免疫測定來進行測定。樣品可以是本文中描述的任何樣品，例如非癌性或癌性組織樣品。由于特定miR的序列是已知的，因此可相應(yīng)地設(shè)計miR特異性探針，以便探針特異性結(jié)合特定miR基因產(chǎn)物。還可使用特異于mRNA的探針。為了檢測RNA，可在原位PCR之前將細(xì)胞內(nèi)逆轉(zhuǎn)錄步驟用于從RNA模板產(chǎn)生互補DNA。這使得能夠檢測低拷貝RNA序列。細(xì)胞內(nèi)PCR產(chǎn)物的檢測通常通過技術(shù)例如間接原位PCR(利用PCR產(chǎn)物特異性探針，通過ISH進行的)，或直接原位PCR(通過直接檢測標(biāo)記核苷酸(例如地高辛-11-dUTP、熒光素-dUTP、3H-CTP或生物素-16-dUTP)而無需ISH進行的，所述標(biāo)記核苷酸在熱循環(huán)過程中被摻入PCR產(chǎn)物)來實現(xiàn)。一般討論雌激素受體(ER)陽性和ER陰性乳腺癌在分子方面是不同的疾病。兩個關(guān)鍵分子標(biāo)簽：PR和人表皮生長因子受體2型(HER2)現(xiàn)被認(rèn)為在分類和治療的描述中是非常重要的?！叭幮浴比橄侔?TNBC)(不存在ER、孕酮受體(PR)和HER2表達(dá))是對目前的靶向療法不起反應(yīng)的侵襲性惡性腫瘤。原位導(dǎo)管癌(DCIS)是反映乳腺導(dǎo)管內(nèi)惡性細(xì)胞的增殖(無穿過基膜的浸潤)的異質(zhì)性的病變?nèi)后w。約80％的所有乳腺癌為浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)，這是最常見的BC類型。具有不同分子亞型(管腔A/B型、HER2+和基底樣)的乳腺腫瘤具有顯著不同的mRNA特征譜。乳腺腫瘤形成的一個假說假定從上皮增殖過度至DCIS和隨后至浸潤性癌(IDC)的逐步轉(zhuǎn)化。該進展模型獲得臨床和流行病學(xué)數(shù)據(jù)以及分子克隆性研究的強有力支持。直至1980，DCIS很少被診斷并且代表<1％的BC。隨著乳房x線攝影術(shù)的使用增加，DCIS成為最快速增加的BC的亞組，在美國占據(jù)15％–25％的新診斷的BC病例。在正常-至-DCIS轉(zhuǎn)化過程中發(fā)生了顯著變化，但令人驚訝地，具有相同組織學(xué)亞型的原位和浸潤性乳腺癌通常共有相同的遺傳和表觀遺傳改變以及表達(dá)模式。相反地，不同亞型(管腔、HER2+和基底樣)的乳腺腫瘤的mRNA特征譜顯著不同。已在DCIS和IDC中分析了許多腫瘤抑制基因和癌基因(包括TP53、PTEN、PIK3CA、ERBB2、MYC)的表達(dá)和突變狀態(tài)，并且已發(fā)現(xiàn)了根據(jù)腫瘤亞型而非組織學(xué)分期的差異。例如，相較于管腔腫瘤，TP53的突變在基底樣和HER2+亞型中更頻繁；在基底樣病例中，PIK3CA極少突變，但PTEN經(jīng)常丟失，ERBB2的擴增對于HER2+亞型是特異性的。還在DCIS中分析了幾個基于它們的生物功能而選擇的候選基因的表達(dá)。本文中顯示了針對正常乳腺至原位導(dǎo)管癌的轉(zhuǎn)化建立的microRNA特征譜在原位導(dǎo)管癌至浸潤性導(dǎo)管癌的轉(zhuǎn)化中大多得到保持。此外，已顯示9-microRNA標(biāo)簽可用于區(qū)分浸潤性癌與原位癌。具體地，已顯示let-7d、miR-210和-221在原位癌中被下調(diào)，在浸潤轉(zhuǎn)化中被上調(diào)，從而表征了沿著癌癥進展途徑的逆向表達(dá)。還描述了總體存活期和轉(zhuǎn)移時間的microRNA標(biāo)簽。5個非編碼基因與這兩種預(yù)后標(biāo)簽相關(guān)：miR-210、miR-21、miR-106b*、miR-197和let-7i；miR-210是唯一一個也參與浸潤轉(zhuǎn)化的基因。為了查明在浸潤轉(zhuǎn)化中受影響的至關(guān)重要的細(xì)胞功能，鑒定了具有與miR-210反相關(guān)的特征譜的蛋白質(zhì)編碼基因：BRCA1、FANCD、FANCF、PARP1、E-鈣粘蛋白、Rb1，所述基因在原位癌中全部被激活，并且在浸潤性癌中被下調(diào)。此外，本文中描述了具有特殊特征的差異剪接同種型，例如不存在激酶結(jié)構(gòu)域并且僅在原位導(dǎo)管癌中過表達(dá)的截短的EGFR。研究來自深度測序的MicroRNA數(shù)據(jù)以發(fā)現(xiàn)對于乳腺癌提供豐富信息的miRNA特征譜，包括正常乳腺、原位導(dǎo)管癌和浸潤性導(dǎo)管癌。如本文中描述的本發(fā)明的實施方案大大地擴展了在BC進展中應(yīng)用miRNA，進行診斷，預(yù)測進展，評估存活時間以及預(yù)測轉(zhuǎn)移的知識和方法。本文中描述了參與正常乳腺/DCIS和DCIS/IDC轉(zhuǎn)化的miR-210和其它關(guān)鍵miRNA的作用。本文中還描述了在組織學(xué)和分子BC類型中被差異調(diào)節(jié)的microRNA。這是特別有用的，并且具有特別的臨床相關(guān)性，因為現(xiàn)在其鑒定了與轉(zhuǎn)移時間和總體存活期相關(guān)的microRNA。除miR-21外，所有在預(yù)后標(biāo)簽中被鑒定的非編碼基因與不良結(jié)果相關(guān)。miR-21的表達(dá)(在DCIS中大量增加)在IDC中得到維持或甚至更低。如本文中的實施例中指出的，在平衡后的數(shù)據(jù)集中，通過多變量Cox回歸和通過單變量分析，miR-423-3p在總體存活期中仍然是顯著的。與預(yù)后相關(guān)的miRNA的數(shù)目得到擴充，miR-210得到確認(rèn)。在本文中的實施例中，miR-126和-335是在DCIS/IDC轉(zhuǎn)化中被下調(diào)的5個miRNA中的2個miRNA。然而，它們與轉(zhuǎn)移時間或總體存活期無關(guān)。另一個在DCIS/IDC轉(zhuǎn)化中被下調(diào)的miRNA為miR-10b；然而，miR-10b與轉(zhuǎn)移沒有關(guān)聯(lián)性。通過使用本文中描述的浸潤性microRNA標(biāo)簽，進行進一步的分析來鑒定與BC進展相關(guān)的基因和功能。在浸潤性標(biāo)簽的9個miRNA中，miR-210是唯一一個與預(yù)后相關(guān)并且顯示逆向表達(dá)的miRNA。因此，本發(fā)明人隨后測定在BC進展中與miR-210相對地表現(xiàn)的蛋白質(zhì)編碼基因。對于這些基因，本發(fā)明人鑒定了失調(diào)途徑，這從而，對應(yīng)于一小組至關(guān)重要的乳腺癌基因。這些在DCIS中被激活并且在IDC中被下調(diào)的基因包括BRCA1、RB1、FANCD、FANCF、PP2CA、EGFR、PARP1、NLK、CDH1和EHMT1(圖5和圖6)。因此，在一個廣泛的方面，本文中描述了特異于浸潤性的9個miRNA微標(biāo)簽和與IDC患者的轉(zhuǎn)移時間和總體存活期相關(guān)的5個miRNA。在具體方面，本文中描述了如下發(fā)現(xiàn)：miR-210在BC進展中被調(diào)節(jié)并且也是兩個預(yù)后標(biāo)簽的組分。在另一個具體方面，本文中描述了一組以與miR-210相對的方式表達(dá)的高度顯著的BC基因。在下列實施例中進一步定義本發(fā)明，其中除非另有所指，否則所有部分和百分比是按重量計的，并且度數(shù)為攝氏度。應(yīng)當(dāng)理解這些實施例，盡管顯示了本發(fā)明的優(yōu)選實施方案，但僅以舉例說明的方式給出。根據(jù)上文的討論和這些實施例，本領(lǐng)域技術(shù)人員可確定本發(fā)明的基本特征，并且在不背離其精神和范圍的情況下，可對本發(fā)明進行各種變化和修改來使其適應(yīng)各種用途和條件。本說明書中提及的所有出版物包括專利和非專利文獻明確地通過引用并入本文。除非這樣指出，否則下列實施例意欲舉例說明本發(fā)明的某些優(yōu)選實施方案，并且不應(yīng)當(dāng)被解釋為限制權(quán)利要求中定義的本發(fā)明的范圍。本發(fā)明的價值從而可通過參考本文中的實施例來顯示。實施例實施例1材料和方法通過使用復(fù)雜度50測定了乳腺miRNA特征譜的最佳代表的98,000個讀數(shù)的最小運行復(fù)雜度。計算作為以代表50為中心的最近鄰的中位復(fù)雜度的復(fù)雜度50(圖7)。因此，本研究中僅包括那些具有大于復(fù)雜度50的復(fù)雜度的運行(185個樣品中保留107個樣品)。使用RPKM(MortazaviA,WilliamsBA,McCueK,SchaefferL,&WoldB(2008)MappingandquantifyingmammaliantranscriptomesbyRNA-Seq.NatMethods5(7):621-628)的改進法進行不同運行的標(biāo)準(zhǔn)化。一些短的RNA序列的原始數(shù)據(jù)獲自Farazi等人(2011)MicroRNASequenceandExpressionAnalysisinBreastTumorsbyDeepSequencing,”CancerRes.71(13):4443-4453。由于不同miRNA種類的長度幾乎恒定，因此標(biāo)準(zhǔn)化不包括miRNA長度，這因此只計算為每百萬讀數(shù)(RPM)。表達(dá)數(shù)據(jù)始于200RPM，并且不包括對于其少于20％的表達(dá)值在任一方向上與miRNA中值具有小于1.5倍的變化的miRNA。最終的表達(dá)矩陣包含107個樣品中的159個miRNA的測量。雙樣本T檢驗用于雙類型比較(即，IDC對DCIS)?；?000個隨機排列計算多變量排列檢驗。誤檢率用于評估多個檢驗誤差。錯誤發(fā)現(xiàn)率評估的置信水平為80％，允許的假陽性基因的最大比例為5％。本發(fā)明人通過使用Cox比例危險度模型發(fā)現(xiàn)了其表達(dá)與轉(zhuǎn)移時間和總體存活期顯著相關(guān)的miRNA。進行其中次數(shù)和檢查指標(biāo)在樣品間被隨機變換的排列檢驗。基于10000個隨機排列計算顯著基因的排列p-值。計算miRNA表達(dá)水平的2倍變化的危害比。對于每一個基于Cox回歸顯著的miRNA，繪制卡普蘭-邁耶存活曲線，其中按中位表達(dá)將患者分成兩組，利用對數(shù)秩檢驗評估曲線之間的差異。人正常乳腺、DCIS和IDC的全轉(zhuǎn)錄組特征譜來源于Affymetrix人基因組U133Plus2.0陣列。42個正常乳腺、17個DCIS、51個ER+/HER2-IDC、17個HER2+/ER-IDC、17個HER2+/ER+IDC和33個三陰性IDC樣品(25,29)。CEL文件或RMA數(shù)據(jù)獲自GEO數(shù)據(jù)庫(GSE3893、GSE2109、GSE21422和GSE21444)。將RMA與分位數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化一起使用。將注釋、可視化和集成發(fā)現(xiàn)表達(dá)分析系統(tǒng)瀏覽器的數(shù)據(jù)庫(DAVIDEASE)用于基因本體論、疾病相關(guān)和Biocarta途徑分析。miRNA定義原位導(dǎo)管癌至浸潤性導(dǎo)管癌的轉(zhuǎn)化發(fā)現(xiàn)了浸潤性導(dǎo)管癌(IDC)、原位導(dǎo)管癌(DCIS)和正常乳腺的miRNA特征譜。通過使用無偏方法來進行測序運行的復(fù)雜度選擇，獲得了可靠的具有豐富信息的乳腺癌的miRNA特征譜本文中描述了測定對于產(chǎn)生人所有組成成分的代表性miRNA特征譜是必需的讀數(shù)的最小數(shù)目的方法(圖7)。對于該BC數(shù)據(jù)集，最小所需復(fù)雜度具有98,000個讀數(shù)。通過應(yīng)用該閾值，排除78個(43％)低復(fù)雜度乳腺癌運行，保留107個(57％)以進行進一步的統(tǒng)計分析。通過使用該平衡后的數(shù)據(jù)集，產(chǎn)生了代表高、中和低豐度miRNA種類的表達(dá)矩陣。66個miRNA在DCIS中相較于正常乳腺被差異調(diào)節(jié)(圖9-表1和圖1)。為了鑒定特別地在腫瘤浸潤中被改變的miRNA，比較DCIS與IDC樣品。9個miRNA在DCIS至IDC轉(zhuǎn)化中被差異調(diào)節(jié)(圖10-表2和圖11-表3)。該差異調(diào)節(jié)在本文中一般被稱為“浸潤性微標(biāo)簽”，其中：miR-210、let-7d、miR-181a和miR-221被激活，然而miR-10b、miR-126、miR-218、miR-335-5p和miR-143被抑制(圖1)。在這9個miRNA當(dāng)中，let-7d、miR-210和miR-221是表達(dá)變化最強烈的那些miRNA，相對于正常情況，首先在DCIS中被下調(diào)，隨后在IDC中被上調(diào)。參與DCIS/IDC轉(zhuǎn)化的miRNA都未以相似的趨勢參與早期的正常/DCIS轉(zhuǎn)化。無miRNA與腫瘤分級相關(guān)。分析表達(dá)，并鑒定在IDC亞型中差異表達(dá)的miRNA，如圖12-表4、圖13-表5、圖14-表6和圖15-表7中顯示的。實例為：miR-190在ER+/HER2-IDC中過表達(dá)；三陰性IDC的特征在于Myc調(diào)節(jié)的miR17/92oncomir簇、miR-200c和miR-128的激活；miR-200c與miR-148a和miR-96一起是在ER+/HER2+雙陽性BC中表達(dá)抑制最強的miRNA中的miRNA。4個IDC臨床亞組(ER+/HER2-、HER2+/ER-、ER+/HER2+和三陰性)中的失調(diào)的miRNA與DCIS和正常乳腺中的那些顯著的miRNA一起示于圖2。分析包括乳腺癌細(xì)胞系。還檢查了BC分子亞型的已檢查的miRNA特征譜。管腔B型和基底型是通過miRNA最佳表征的亞型。miR-190和miR-425與管腔B型相關(guān)。miR-452、miR-224、miR-155、miR-9和miR-17/92簇與基底型相關(guān)(圖16-表8)。存在于腫瘤中，但不存在于正常乳腺中以及不存在于BC細(xì)胞系中的miRNA可能是污染性細(xì)胞類型的結(jié)果；miR-142和miR-223是兩種這樣的miRNA(圖2)。應(yīng)指出，miR-142和miR-223，與miR-342(相同表達(dá)簇中的另一種miRNA)一樣，都高度特異于造血系統(tǒng)(圖2)。該非乳腺基因簇中的其它造血miRNA包括miR-29和miR-26。實施例2乳腺癌的轉(zhuǎn)移時間和總體存活期的預(yù)后miRNA標(biāo)簽使用兩個臨床參數(shù)：轉(zhuǎn)移時間和總體存活期，來發(fā)現(xiàn)miRNA與預(yù)后之間的關(guān)聯(lián)性。鑒定了在正常/DCIS、DCIS/IDC轉(zhuǎn)化和不同IDC亞型中差異表達(dá)的miRNA(圖2)。miR-127-3p、miR-210、miR-185、miR-143*和let-7b是與轉(zhuǎn)移時間顯著相關(guān)的miRNA中的miRNA，如通過單變量和多變量分析測定的(圖17-表9)。miR-210、miR-21、miR-221和miR-652是與總體存活期相關(guān)的那些miRNA之中的miRNA(圖18-表10)，miR-210、miR-21、miR-106b*、miR-197和let-7i對于兩個預(yù)后標(biāo)簽都相關(guān)。在這5個共同的miRNA當(dāng)中，miR-210是唯一一個存在于浸潤性微標(biāo)簽中的miRNA。轉(zhuǎn)移時間中miR-210的卡普蘭邁耶曲線示于圖3B中，IDC患者的總體存活期示于圖3A中。IDC中與轉(zhuǎn)移時間相關(guān)的miRNA的卡普蘭邁耶曲線示于圖3C-3J中，其中圖3C顯示miR-127；圖3D顯示miR-185；圖3E顯示miR-145*；圖3F顯示let-7b；圖3G顯示miR-197；圖3H顯示miR-106*；圖3I顯示miR-21；以及圖3J顯示let-7i。IDC中與總體存活期相關(guān)的miRNA的卡普蘭邁耶曲線示于圖3K-3S中，其中圖3K顯示miR-21；圖3L顯示miR-221；圖3M顯示miR-652；圖3N顯示miR-106b*；圖3O顯示miR-28-3p；圖3P顯示miR-197；圖3Q顯示let-7i；圖3R顯示miR-423-3p；以及圖3S顯示miR-278。實施例3miR-210和HIF1A在乳腺癌進展中偶聯(lián)由于miR-210可通過缺氧誘導(dǎo)并調(diào)節(jié)參與腫瘤引發(fā)的基因，因此使用Affymetrix微陣列數(shù)據(jù)分析了乳腺癌進展中的HIF1A和miR-210的初級RNA(pri-mir-210)。數(shù)據(jù)顯示了HIF1A與pri-mir-210RNA之間的良好相關(guān)性(p<0.001)。比較了每一個BC亞型的成熟miR-210、pri-mir-210和HIF1A的相對量(圖4)。對于每一個BC亞型和正常乳腺，將成熟miR-210的表達(dá)與pri-mir-210和HIF1ARNA的表達(dá)并排顯示。RNA測量顯示為每一個RNA在組內(nèi)的總體百分比。HIF1A、pri-mir-210和成熟miR-210的水平在HER2+/ER-腫瘤中總是最高的，然而在正常乳腺中HIF1A和pri-mir-210的水平是最低的。HIF1A的水平據(jù)信指示缺氧，而正常乳腺組織中HIF1A的低水平則與常氧一致。HIF1AmRNA在DCIS中被強烈地誘導(dǎo)，其中缺氧從而可能發(fā)生。由缺氧敏感型啟動子驅(qū)動的pri-mir-210轉(zhuǎn)錄在DCIS中被相應(yīng)地激活。HIF1A/pri-mir-210比在不同IDC亞組間得到保持。唯一例外是成熟miR-210和pri-mir-210RNA在DCIS中的偶聯(lián)。DCIS表達(dá)高水平的HIF1A和pri-mir-210，這表明缺氧，但在系列中顯著最低的成熟miR-210水平顯示強烈的嚴(yán)格下調(diào)壓力。實施例4有限的一組乳腺癌基因定義原位和浸潤轉(zhuǎn)化鑒于本文中描述的結(jié)果和miR-210在浸潤和預(yù)后中的獨特作用，進一步研究了BC中受其表達(dá)控制的蛋白質(zhì)和功能。檢查來自42個正常乳腺、17個DCIS和118個IDC樣品(51個ER+/HER2-、17個HER2+/ER-、17個HER2+/ER+和33個TNBC)的Affymetrix特征譜的全轉(zhuǎn)錄組。搜索可相容地為miR-210的直接或間接靶的基因，即具有與miR-210的行為相對抗的行為、在DCIS中被上調(diào)并在IDC中被下調(diào)的那些基因。DCIS病例具有4524個上調(diào)的探針組(來自8930個，F(xiàn)DR<0.05)；其中，1761個探針組(對應(yīng)于1353個基因)在IDC中被下調(diào)，從而代表miR-210靶或其下游作用。乳腺癌是與這些基因(25個基因；富集p<0.001；圖19-表11)顯著相關(guān)的唯一疾病。以與miR-210相對的方式調(diào)節(jié)的乳腺癌基因，沿著DCIS/IDC進展軸，包括RB1、BRCA1、FANCD、FANCF、PP2CA、PARP1、NLK、E-鈣粘蛋白(CDH1)和EHMT1(圖5和圖6)。BC中與miR-210反相關(guān)的基因調(diào)節(jié)的途徑為：細(xì)胞凋亡中的半胱天冬酶級聯(lián)、HER2受體再循環(huán)、TNFR1信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、FAS信號轉(zhuǎn)導(dǎo)(CD95)以及癌癥易感性中的BRCA1、BRCA2和ATR。根據(jù)它們的剪接同種型，這些基因中的一些基因也受到差異調(diào)節(jié)。EGFR的經(jīng)典同種型在正常乳腺中表達(dá)，并且在DCIS中被下調(diào)。有趣地，不存在全酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域的截短的EGFR變體(uc003tqi.2)不在正常乳腺或IDC中表達(dá)，但在DCIS中特異性過表達(dá)。其它基因的顯示腫瘤亞型差異表達(dá)的剪接變體為nibrin和ErbB3。實施例5TCGAIDC隊列中的患者特征和整合特征譜在來自未經(jīng)預(yù)治療的女性患者的466個原發(fā)性IDC(TCGAIDC隊列)中研究整合的miRNA/mRNA腫瘤特征譜(19262個mRNA和581個miRNA)。研究僅包括具有完全表征(mRNA和miRNA特征譜)的腫瘤和具有至少一個月的總體存活期(OS)的患者。由TCGA協(xié)會表征的這些患者的擴展的人口統(tǒng)計數(shù)據(jù)提供于圖20中。原始的RNA、DNA甲基化(meDNA)、體細(xì)胞突變和臨床的數(shù)據(jù)獲自TCGA數(shù)據(jù)門戶。為了建立整合的mRNA/miRNA表達(dá)特征譜，將mRNA標(biāo)準(zhǔn)化為RPKM，將miRNA標(biāo)準(zhǔn)化為總的比對的miRNA讀數(shù)的每百萬讀數(shù)。將每一個基因的log2標(biāo)準(zhǔn)化讀數(shù)的方差與所有方差的中位數(shù)相比較。將比中位基因更可變的基因保留在整合特征譜中(p<0·05)。在使用該差異強度濾過器后，7735個mRNA和247個miRNA存在于整合RNA特征譜中。使用Infinium450K平臺對來自相同IDC隊列的296名患者進行DNA甲基化(meDNA)的研究。M值，即甲基化探針相對其對應(yīng)的未甲基化的探針的強度的log2比率，用于測量CpG甲基化。癌癥的體細(xì)胞突變目錄數(shù)據(jù)庫(CatalogueOfSomaticMutationsInCancerdatabase)(第60版)用于鑒定已知在癌癥中具有功能性體細(xì)胞突變的基因。用高度相關(guān)的卵巢癌數(shù)據(jù)集來擴增乳腺癌數(shù)據(jù)集以評估大的腫瘤樣本大小。鑒定了具有至少兩個已驗證的導(dǎo)致一級蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)改變的體細(xì)胞突變的基因。存活分析IDC腫瘤和患者的臨床協(xié)變量概述于圖20中。為了計算卡譜蘭邁耶分布，將具有基因過表達(dá)的組分配至具有大于中位表達(dá)的表達(dá)的樣品。除當(dāng)明確地提及外，否則使用對數(shù)秩檢驗法(Mantel-Cox)進行存活分布的等效性檢驗。計算每一個獨立亞類中的RNA的危害比(HR)和卡普蘭-邁耶曲線。選擇在至少兩個亞類中(在相同的臨床或分子種類中)具有顯著的HR和對數(shù)秩檢驗(p<0·05)的RNA。選擇編碼基因所需的其它標(biāo)準(zhǔn)是DNA甲基化與OS的關(guān)聯(lián)性和COSMIC數(shù)據(jù)庫中的體細(xì)胞突變的存在。使用單變量Cox回歸進行DNA甲基化與OS之間的關(guān)聯(lián)(圖26.-圖27)。將多數(shù)決定原則投票程序應(yīng)用于每一個預(yù)后基因的CpG位點的所有顯著危害比(FDR<0·001)；例如，具有小于1的最顯著的CpGHR的基因的DNA甲基化會被定義為與結(jié)果負(fù)相關(guān)，或反之亦然。對于多變量分析，將Cox比例危險度模型應(yīng)用于已在單變量水平上顯示統(tǒng)計顯著性(p<0·05)的所有協(xié)變量。將Wald檢驗用于向后逐步選擇程序以鑒定具有顯著的獨立預(yù)測值的基因或協(xié)變量以及評價危害比(HR)和95％的置信區(qū)間(CI)。所有報告的p值是雙側(cè)的。使用SPSS(21版)或R/BioConductor(2.10版)進行所有分析。風(fēng)險預(yù)測因子和ROC曲線的定義使用監(jiān)督主成分分析法計算線性RNA風(fēng)險預(yù)測因子的基因權(quán)重。使用十倍交叉驗證產(chǎn)生經(jīng)預(yù)測具有低或高風(fēng)險(中位切分(mediancut))的病例的卡普蘭-邁耶存活曲線。類似地構(gòu)建合并協(xié)變量例如N期、疾病分期、內(nèi)部亞型、年齡、ER狀態(tài)、PR狀態(tài)、TP53突變和PIK3CA突變的多變量模型。通過對存活數(shù)據(jù)的隨機排列重復(fù)方法1000次來測定交叉驗證的卡普蘭-邁耶曲線和對數(shù)秩統(tǒng)計數(shù)據(jù)的統(tǒng)計顯著性。對于RNA模型，p值檢驗無效假說(表達(dá)數(shù)據(jù)與存活之間無關(guān)聯(lián))。對于組合的RNA和臨床協(xié)變量模型，p值解釋當(dāng)與協(xié)變量相比較時基因的表達(dá)數(shù)據(jù)是否顯著地增加風(fēng)險預(yù)測。通過比較各自ROC曲線的AUC來評估模型預(yù)測結(jié)果的能力。使用R中的survivalROC包進行受者作用特征特征(ROC)曲線的曲線下面積(AUC)的分析，從而允許利用截尾數(shù)據(jù)進行時間依賴性ROC曲線評估。由于在所有存活分析中較少的事件在60個月后發(fā)生(參見卡普蘭-邁耶曲線)，因此比較模型在該時間點和該時間點附近預(yù)測結(jié)果的能力。ROC曲線將真陽性針相對假陽性預(yù)測作圖，從而更高的AUC表示更高的模型表現(xiàn)(AUC＝0·5表示隨機表現(xiàn))。RNA風(fēng)險評分和分組(上文中定義的風(fēng)險-高或-低)基于線性風(fēng)險預(yù)測因子中的權(quán)重。用于34-基因預(yù)后標(biāo)簽的驗證的獨立隊列為了驗證從TCGAIDC隊列獲得的預(yù)后標(biāo)簽，使用具有完整的10年隨訪的原發(fā)性乳腺癌患者(總共2104個患者)的7個回顧性系列。在UK隊列(n＝207)中，74％的患者具有IDC，而其余乳腺癌主要是小葉的(12％)或混合的(7％)。UK隊列針對無遠(yuǎn)端復(fù)發(fā)存活(distantrelapse-freesurvival)(DRFS)的臨床終點是遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移檢測或死亡，或無任何這樣的事件的最后評估的日期(終檢值)。使用IlluminamiRNAv.1微珠芯片測量miRNA(GSE22216)的表達(dá)，使用IlluminaHumanRefSeq-8微珠芯片測量mRNA(GSE22219)的表達(dá)。該測定測量了24332個mRNA和488個miRNA。將分位數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化用于兩個陣列，以及用于整合的特征譜。在另外6個Affymetrix乳腺癌特征譜上進行mRNA預(yù)后成分的驗證。Wang隊列由180個淋巴結(jié)陰性無復(fù)發(fā)患者和106個發(fā)生遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移的淋巴結(jié)陰性患者(GSE2034,n＝286)組成。將Hatzis隊列用于研究新輔助療法紫杉烷-蒽環(huán)霉素化學(xué)療法后的反應(yīng)和存活(GSE25066,n＝508)。將Kao隊列用于通過327個乳腺癌樣品的基因表達(dá)特征譜鑒定乳腺癌的分子亞型和測定不同乳腺癌亞型的分子和臨床特征(GSE20685,n＝327)。將Bos隊列用于研究腦轉(zhuǎn)移(成人中一種最可怕的癌癥并發(fā)癥且是最常見的顱內(nèi)惡性腫瘤)(GSE12276,n＝195)。從德國患者收集TNBC隊列以表征三陰性乳腺癌(GSE31519,n＝383)。TRANSBIG隊列由比利時患者組成，用于驗證用于預(yù)測淋巴結(jié)陰性患者的遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移的76-基因預(yù)后標(biāo)簽(GSE7390,n＝198)。DRFS是所有驗證隊列的臨床終點，除其中使用OS的Kao和TRANSBIG外。還將7個驗證隊列用于34-基因整合標(biāo)簽與其它預(yù)后BC標(biāo)簽的比較。與共同風(fēng)險基因相關(guān)的生物過程為了研究與單個基因甚至microRNA相關(guān)的細(xì)胞功能，對與該基因具有陽性或陰性斯皮爾曼等級相關(guān)(FDR<0.001)的mRNA進行GO分析。將Cytoscape中的BiNGO插件用于檢索相關(guān)GO注釋，將它們通過GO等級向上傳送。將其中取樣在無置換存在的情況下發(fā)生的超幾何檢驗用于以P-值的形式評估存活基因集中基因本體(GO)術(shù)語的富集。使用Benjamini和Hochberg法校正GOP-值。檢查與共同風(fēng)險基因相關(guān)的被激活的或抑制的生物過程。除脂質(zhì)修飾和磷酸肌醇磷酸化(PIK3CA、SMG1和CPT1)外，當(dāng)風(fēng)險預(yù)測因子中的所有編碼基因被一起考慮時，不存在功能性富集。該發(fā)現(xiàn)與影響?yīng)毩⑼緩降娘L(fēng)險基因一致。通過對mRNA進行GO分析研究每一個單個基因(無論是mRNA還是miRNA)，所述基因與所述mRNA在其在整合RNA特征譜中相關(guān)。參與有絲分裂細(xì)胞周期和細(xì)胞核分裂的基因與miR-484正相關(guān)。miR-328與M期和DNA修復(fù)的基因相關(guān)，miR-874與參與細(xì)胞附著的基因相關(guān)。miR-484與形態(tài)發(fā)生和血管生成，以及表皮的發(fā)育和半橋粒的裝配中的基因負(fù)相關(guān)，所述半橋粒將上皮細(xì)胞錨定于細(xì)胞外基質(zhì)組分例如基片。CPT1A與參與乳房初發(fā)育(出生后乳腺發(fā)育的開始(通常在青春期開始時發(fā)生))的乳腺分枝以及RalGTP酶調(diào)節(jié)相關(guān)。C2CD2與參與性腺中胚層的發(fā)育和苗勒氏管的退化的基因，包括NME1和NME2(抗轉(zhuǎn)移NM23家族的成員)的抑制相關(guān)。PIK3CA的表達(dá)與蛋白質(zhì)磷酸化和轉(zhuǎn)錄起始的活化以及與線粒體ATP合成偶聯(lián)的質(zhì)子運輸?shù)囊种葡嚓P(guān)。結(jié)果TCGAIDC隊列的整合分子特征譜和臨床參數(shù)研究了TCGAIDC隊列中466個原發(fā)性IDC的整合miRNA/mRNA腫瘤特征譜(7735個mRNA和247個miRNA)(圖20)。miR-210與原位導(dǎo)管癌(DCIS)至IDC的轉(zhuǎn)化和與不良預(yù)后相關(guān)，并且是在具有遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移的原發(fā)性腫瘤中上調(diào)最多的miRNA(p＝0·02)。在研究DNA甲基化和RNA表達(dá)的預(yù)后值之前，進行單變量存活檢驗來評估TCGAIDC隊列中臨床參數(shù)與結(jié)果之間的關(guān)系。N期、M期、疾病分期、T期和內(nèi)部亞型(圖30-圖34)與OS顯著相關(guān)。ER陽性患者顯示更加有利的結(jié)果，具有三陰性乳腺癌的患者顯示更差的預(yù)后(圖35-圖36)。絕經(jīng)狀態(tài)和年齡與OS無關(guān)。盡管IDC中的體細(xì)胞突變與特定內(nèi)部亞型相關(guān)(TP53與基底樣和HER2-富集相關(guān)，而PIK3CA與管腔A型相關(guān))，但它們與OS無關(guān)(圖37-圖38)。該評估的結(jié)果顯示TCGAIDC隊列的存活數(shù)據(jù)，盡管包含大部分截尾數(shù)據(jù)，仍然富含信息，并且適合用于進一步分子研究。TCGAIDC隊列中OS與miRNA/mRNA/meDNA的關(guān)聯(lián)性隨后詳細(xì)地研究了TCGAIDC隊列中OS與miRNA、mRNA和DNA甲基化特征譜的關(guān)聯(lián)性。目的是鑒定一組共同的基因，如果存在的話，所述基因在不同的臨床或分子亞型間一致地驅(qū)動疾病的結(jié)果。策略和基本原理圖示于圖22中。在下列獨立種類的每一個中使用整合mRNA/miRNA特征譜進行OS的單變量存活分析：疾病分期、淋巴結(jié)受累、手術(shù)切緣、絕經(jīng)前或后、內(nèi)部亞型、體細(xì)胞突變(TP53、PIK3CA途徑、TP53/PIK3CA雙突變體、GATA3、MAPK和其余不太頻繁改變的基因)。具有不同臨床或分子特征的患者亞類代表了每一類中的不相關(guān)的組。只有當(dāng)在來自相同種類的至少兩個獨立亞類中顯著時，才選擇mRNA或miRNA。由于DNA甲基化是轉(zhuǎn)錄控制中的關(guān)鍵機制，因此將編碼基因的DNA甲基化用作與OS關(guān)聯(lián)的另外標(biāo)準(zhǔn)。通過使用PIK3CA預(yù)后基因作為模型，第一焦點是CpG甲基化與mRNA表達(dá)之間的關(guān)系。與PIK3CA表達(dá)相關(guān)的甲基化CpG位點全都位于其第一外顯子周圍的2·2Kb區(qū)域(具有組蛋白H3中賴氨酸27的強乙?；娃D(zhuǎn)錄因子的高密度結(jié)合的區(qū)域)中(圖26)。該區(qū)域中的大部分(6個中的5個)顯著CpG位點具有預(yù)期的DNA甲基化與PIK3CA表達(dá)之間的負(fù)相關(guān)性?；谠摪l(fā)現(xiàn)，將多數(shù)決定原則用于確定基因的甲基化與OS之間的關(guān)聯(lián)性的類型。當(dāng)基因的大多數(shù)顯著甲基化位點(圖27)具有低于1的HR時，將基因的甲基化與結(jié)果之間的相互關(guān)系定義為“負(fù)”。該方法允許發(fā)現(xiàn)這樣的基因：具有不良結(jié)果與RNA過表達(dá)和DNA低甲基化的成對關(guān)聯(lián)性，或反之亦然。DNA甲基化檢驗不用于miRNA，因為這些極小基因中測定的CpG位點數(shù)目有限。然而大多數(shù)miRNA通過了甲基化檢驗(數(shù)據(jù)未顯示)。作為精煉風(fēng)險基因-集的最終步驟，僅保留在癌癥中具有已知的蛋白質(zhì)突變的mRNA(根據(jù)癌癥的體細(xì)胞突變目錄)。使用的如圖22中所示的嚴(yán)格的多步驟選擇導(dǎo)致以下發(fā)現(xiàn)：i)與IDC患者間的臨床結(jié)果相關(guān)、不限定于特定腫瘤亞類的共同RNA的鑒定，ii)預(yù)后基因在非重疊患者亞類中的驗證，iii)DNA甲基化用作確認(rèn)RNA表達(dá)的獨立分子參數(shù)的用途，和iv)具有真正的癌癥活性的預(yù)后基因的鑒定(圖28)。預(yù)后矩陣(圖23)使得滿足提出的標(biāo)準(zhǔn)的24個mRNA和10個miRNA的所有顯著危害比可視化(p<0·05)。矩陣中的基因在本文中稱為“預(yù)后34-基因集”。一些已知的BC基因(例如，NME3(NM23家族的同種型))僅在單個亞類內(nèi)與結(jié)果相關(guān)，從而不滿足選擇要求。本質(zhì)上，所有選擇的mRNA和miRNA具有大于1的危害比，從而它們的過表達(dá)與不良結(jié)果相關(guān)。DAAM1(被認(rèn)為用作用于Wnt誘導(dǎo)的松散(Dvl)-Rho復(fù)合物的裝配的支架蛋白)是具有最高的與淋巴結(jié)受累的相關(guān)性的預(yù)后基因(斯皮爾曼相關(guān)性檢驗,p<0·001,FDR＝0·001)。TCGAIDC隊列的整合IDC風(fēng)險預(yù)測因子將預(yù)后34-基因集用于開發(fā)兩個多變量模型和預(yù)測具有IDC的患者的OS：a)“RNA模型”，僅使用mRNA和miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)，僅由基因組成；和，b)“組合模型”，該模型另外地包括分子和臨床協(xié)變量。使用監(jiān)督主成分分析法構(gòu)建存活高和低風(fēng)險組。隨后發(fā)現(xiàn)IDC中OS的線性風(fēng)險預(yù)測因子(圖29和圖24A)。進行受者作用特征(ROC)的曲線下面積(AUC)的分析，從而允許利用截尾數(shù)據(jù)進行時間依賴性ROC曲線評估(圖24B)。整合IDC風(fēng)險預(yù)測因子的AUC在60個月的OS時為0·71(p<0·001)。為了評價整合RNA預(yù)測因子的獨立預(yù)后值，開發(fā)組合模型，其還包括淋巴結(jié)受累(N期)、疾病分期、T期、分子亞型、診斷時的年齡、TP53突變狀態(tài)、PIK3CA途徑突變狀態(tài)、ER狀態(tài)和PR狀態(tài)。最終的組合模型包括線性風(fēng)險預(yù)測因子和N期作為僅剩的臨床或分子協(xié)變量。組合模型的ROC曲線具有顯著的AUC，但不大于RNA模型的AUC。因此，IDC風(fēng)險預(yù)測因子中RNA水平具有獨立的預(yù)后值，然而其它臨床和分子協(xié)變量，除N期外，不具有獨立的預(yù)后值。獨立BC隊列中34-基因預(yù)后標(biāo)簽的驗證對3個獨立BC隊列進行34-基因預(yù)后標(biāo)簽的驗證。首先使用的是207個乳腺癌患者的UK隊列。此處再評估m(xù)iRNA/mRNA預(yù)后基因集對無遠(yuǎn)端復(fù)發(fā)存活(DRFS)的預(yù)測。在UK隊列中測量9個miRNA和11個mRNA(少于34個預(yù)后基因的2/3)。然而，預(yù)后標(biāo)簽的KM曲線(p＝0·013)和ROC曲線(AUC＝0·65,p＝0·001)都是顯著的(圖25a-25B)。由于沒有針對大隊列的其它可獲得的mRNA和miRNA組合的表達(dá)數(shù)據(jù)，因此還評價了關(guān)于Hatzis(n＝508)、Kao(n＝327)、TNBC(n＝383)、Bos(n＝195)、Wang(n＝286)和TRANSBIG(n＝198)隊列的預(yù)后標(biāo)簽的mRNA組分。預(yù)后標(biāo)簽可預(yù)測通過Affymetrix特征譜表征的這些BC隊列(圖21)。34-基因標(biāo)簽與其它預(yù)后BC標(biāo)簽的比較將34-基因整合標(biāo)簽的預(yù)后值與BC的風(fēng)險分層的5個不同標(biāo)簽：21-基因、用作基因組學(xué)等級指數(shù)的97-基因、70-基因、76-基因和10-miRNA標(biāo)簽的預(yù)后值相比較。將6個預(yù)后標(biāo)簽的每一個標(biāo)簽用于8個不同的BC隊列(總共2570個患者)(圖21)。計算每一個標(biāo)簽/隊列組合的ROC曲線的AUC，從而產(chǎn)生預(yù)后值的矩陣(圖21)。10-miRNA標(biāo)簽在UK數(shù)據(jù)集中預(yù)測在所述數(shù)據(jù)集中測定的DRFS(AUC＝0·75,p<0·001)，而在TCGA隊列中不顯著。在TNBC隊列中，所有測試的標(biāo)簽是成功的，具有相似的表現(xiàn)(p<0·001)。21-基因標(biāo)簽在所有隊列中的表現(xiàn)非常好，除明顯地TCGAIDC隊列外，在所述TCGAIDC隊列中21-基因標(biāo)簽不顯著(AUC＝0·58,p＝0·12)。在Bos隊列中，僅整合34-基因、21-基因和70-基因標(biāo)簽具有良好的預(yù)后值。34-基因(p<0·001)和97-基因(盡管具有臨界p＝0·053)標(biāo)簽是僅有的兩個在大的異質(zhì)TCGAIDC隊列中具有顯著預(yù)后值的標(biāo)簽。實施例5的討論IDC的特征在于不同的分子亞型，其影響與臨床結(jié)果相關(guān)的細(xì)胞途徑。本發(fā)明人在本文中確定了共同機制是否在IDC分子和臨床種類間與總體存活期(OS)相關(guān)。microRNA(miRNA)是負(fù)責(zé)癌癥的細(xì)胞過程的調(diào)節(jié)劑，其由進而受DNA甲基化調(diào)節(jié)的mRNA編碼。由于這些多重關(guān)系，因此使用mRNA/miRNA表達(dá)和DNA甲基化的全基因組數(shù)據(jù)對466個患者的乳腺癌大隊列進行綜合存活分析。發(fā)現(xiàn)的34-基因預(yù)后標(biāo)簽在總共2104個另外患者的7個乳腺癌隊列中得到成功地驗證。34-基因標(biāo)簽由于這些隊列不是初治的，因此鑒定的RNA可不僅具有預(yù)后性還可預(yù)測對治療的反應(yīng)。然而，患者接受不同治療，從而RNA是獨立于治療的。此外，miRNA和mRNA特征譜的整合增強了風(fēng)險預(yù)后因子的預(yù)后強度。并且，DNA甲基化用作確認(rèn)mRNA表達(dá)與OS之間的關(guān)聯(lián)性的標(biāo)準(zhǔn)。被發(fā)現(xiàn)的生物標(biāo)志物在總共2500多個患者的8個不同的異質(zhì)乳腺癌隊列間是一致的。值得注意地，34個預(yù)后基因的大多數(shù)先前在BC中未被描述過。在預(yù)后標(biāo)簽的少數(shù)已知的癌基因當(dāng)中，PIK3CA是最顯著的一個。PIK3CA是癌基因成癮的實例，同樣地當(dāng)其未被突變時亦為癌基因成癮的實例，從而為治療的主要靶點。相反地，TP53(BC中的另一個頻繁突變的癌基因)不顯示這樣的關(guān)聯(lián)性。最后，TP53或PIK3CA的基因型未將預(yù)后值添加至基于RNA的風(fēng)險預(yù)測因子。當(dāng)將標(biāo)志物用于一組不依賴于產(chǎn)生關(guān)聯(lián)性的數(shù)據(jù)時，標(biāo)志物的有效性得到增強。預(yù)后34-基因集經(jīng)證明是這樣的有效標(biāo)志物，因為其在所有研究的隊列中具有預(yù)后性。實施例6用于癌癥相關(guān)疾病的診斷、分期、預(yù)后、監(jiān)控和治療的方法、試劑和試劑盒應(yīng)理解，本文中的所有實例在它們的范圍上將被認(rèn)為是非限定性的。在下列小節(jié)中將進一步詳細(xì)地描述各個方面。.診斷方法在一個實施方案中，提供了評估患者是否具有癌癥相關(guān)疾病或具有比正常更高的發(fā)生癌癥相關(guān)疾病的風(fēng)險的診斷方法，其包括步驟：將患者樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平與對照例如來自無癌癥相關(guān)疾病的患者的樣品的標(biāo)志物的正常表達(dá)水平相比較。患者樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平相較于正常水平的顯著改變表明患者患有癌癥相關(guān)疾病或具有比正常更高的發(fā)生癌癥相關(guān)疾病的風(fēng)險。在某些實施方案中，這樣選擇標(biāo)志物，以便所述方法的陽性預(yù)測值為至少約10％，在某些非限定性實施方案中，為約25％、約50％或約90％。同樣地，優(yōu)選地用于所述方法的是在至少約20％，在某些非限定性實施方案中約50％或約75％的細(xì)胞中相較于正常細(xì)胞差異表達(dá)至少2倍的標(biāo)志物。在評估患者是否患有癌癥相關(guān)疾病的一個診斷方法(例如，新的檢測("篩查")、復(fù)發(fā)的檢測、反射測定)中，方法包括將a)患者樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平，與b)對照的非癌相關(guān)疾病樣品的標(biāo)志物的正常表達(dá)水平相比較。患者樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平相較于正常水平的顯著改變表明患者患有癌癥相關(guān)疾病。還提供了用于評估用于抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的療法的效力的診斷方法。這樣的方法包括將a)在給患者提供至少部分療法之前獲自患者的第一樣品的標(biāo)志物的表達(dá)，與b)在提供部分療法之后獲自患者的第二樣品的標(biāo)志物的表達(dá)相比較。第二樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平相較于第一樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平的顯著改變表明療法對于抑制患者的癌癥相關(guān)疾病是有效的。應(yīng)理解，在這些方法中，"療法"可以是用于治療癌癥相關(guān)疾病的任何療法，包括但不限于藥物組合物、基因療法和生物療法例如抗體和趨化因子的施用。因此，本文中描述的方法可用于在治療之前、期間和之后評價患者，例如評價疾病狀態(tài)的減輕。在某些方面，診斷方法涉及使用化學(xué)或生物試劑的療法。這些方法包括將a)獲自患者并且在化學(xué)或生物試劑存在的情況下維持的第一樣品的標(biāo)志物的表達(dá)，與b)獲自患者并且在試劑不存在的情況下維持的的第二樣品的標(biāo)志物的表達(dá)相比較。第二樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平相對于第一樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平的顯著改變表明所述試劑對于抑制患者的癌癥相關(guān)疾病是有效的。在一個實施方案中，第一和第二樣品可以是獲自患者的單個樣品的部分或獲自患者的混合樣品的部分。用于評價預(yù)后的方法還提供了用于評價患者的癌癥相關(guān)疾病的進展的監(jiān)控方法，所述方法包括：a)在第一時間點檢測患者樣品的標(biāo)志物的表達(dá)；b)在隨后的時間點上重復(fù)步驟a)；和c)將在步驟a)和b)中檢測的表達(dá)水平相比較，由此監(jiān)控患者的癌癥相關(guān)疾病的進展。在隨后的時間點上樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平相較于在第一時間點上樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平的顯著改變表明癌癥相關(guān)疾病已經(jīng)進展，然而表達(dá)水平在相反方向上的顯著改變表明癌癥相關(guān)疾病已消退。還提供了用于確定癌癥相關(guān)疾病是否已惡化或可能在將來惡化的診斷方法，所述方法包括將a)患者樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平，與b)對照樣品的標(biāo)志物的正常表達(dá)水平相比較。患者樣品的表達(dá)水平相較于正常水平的顯著改變表明癌癥相關(guān)疾病已惡化或可能在將來惡化。用于評估抑制性、治療性和/或有害性組合物的方法還提供了用于選擇用于抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的組合物的測試方法。該方法包括步驟：a)獲得包含患者的細(xì)胞的樣品；b)分別地在多種測試組合物存在的情況下維持樣品的等分；c)比較每一個等分的標(biāo)志物的表達(dá)；和d)選擇測試組合物的一個，其相較于在其它測試組合物存在的情況下標(biāo)志物的表達(dá)水平，顯著地改變包含該測試組合物的等分的標(biāo)志物的表達(dá)水平。另外地提供了評估化合物在引發(fā)癌癥相關(guān)疾病上的有害潛能的測試方法。該方法包括步驟：a)在所述化合物存在和不存在的情況下維持分開的細(xì)胞等分；和b)比較每一個等分的標(biāo)志物的表達(dá)。在化合物存在的情況下維持的等分的標(biāo)志物的表達(dá)水平相對于在所述化合物不存在的情況下維持的等分的標(biāo)志物的表達(dá)水平的顯著改變表明所述化合物具有這樣的有害潛能。此外，還提供了抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的方法。該方法包括步驟：a)獲得包含患者的細(xì)胞的樣品；b)在多種組合物存在的情況下單獨地維持樣品的等分；c)比較每一個等分的標(biāo)志物的表達(dá)；和d)給患者施用至少一種組合物，所述組合物，相對于在其它組合物存在的情況下標(biāo)志物的表達(dá)水平，顯著地改變包含該組合物的等分的標(biāo)志物的表達(dá)水平?？梢岳缤ㄟ^檢測如下物質(zhì)在樣品中的存在來評估樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平：對應(yīng)標(biāo)志物蛋白或所述蛋白的片段(例如，通過使用試劑，例如抗體、抗體衍生物、抗體片段或單鏈抗體，所述試劑特異性結(jié)合所述蛋白或蛋白片段)、對應(yīng)標(biāo)志物核酸(例如，核苷酸轉(zhuǎn)錄物或其互補序列)，或所述核酸的片段(例如，通過將獲自樣品的轉(zhuǎn)錄的多核苷酸與已將一個或多個具有固定于其的所述核酸序列的整體或區(qū)段或其互補序列的核酸的基底接觸)、通過對應(yīng)標(biāo)志物蛋白直接(即，催化的)或間接產(chǎn)生的代謝物。可使用至少一種(1)或多種(例如，2、3、5或10或更多種)癌癥相關(guān)疾病標(biāo)志物進行上述方法的任何方法。在這樣的方法中，將多種標(biāo)志物(其至少一種為標(biāo)志物)的每一種在樣品中的表達(dá)水平與在獲自未患有癌癥相關(guān)疾病的對照人的相同類型的樣品中多種標(biāo)志物的每一種的正常表達(dá)水平相比較。一種或多種標(biāo)志物或其某一組合在樣品中的表達(dá)水平相對于該標(biāo)志物的對應(yīng)正?；?qū)φ账降娘@著改變(即，如使用單個標(biāo)志物的上述方法中指定的升高或降低)表明患者患有癌癥相關(guān)疾病。對于所有上述方法，這樣選擇標(biāo)志物，以便所述方法的陽性預(yù)測值為至少約10％。候選試劑的實例候選試劑可以是本領(lǐng)域已知的藥理試劑或可以是先前未知具有任何藥理活性的試劑。試劑可以是天然產(chǎn)生的或?qū)嶒炇抑性O(shè)計的。它們可從微生物、動物或植物分離而來，或可重組地產(chǎn)生，或通過任何適當(dāng)?shù)幕瘜W(xué)方法合成。它們可以是小分子、核酸、蛋白質(zhì)、肽或擬肽。在某些實施方案中，候選試劑是具有超過50并且小于約2,500道爾頓的分子量的小的有機化合物。候選試劑包含與蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)性相互作用所必需的官能團。候選試劑還可見于生物分子中，包括但不限于肽、糖、脂肪酸、類固醇、嘌呤、嘧啶、衍生物、結(jié)構(gòu)類似物或其組合。候選試劑獲自許多來源，包括合成或天然化合物的文庫。例如，存在許多可用于多種有機化合物和生物分子的隨機和定向合成(包括隨機化寡核苷酸和寡肽的表達(dá))的方法。或者，以細(xì)菌、真菌、植物和動物提取物的形式存在的天然化合物的文庫是可獲得的或容易產(chǎn)生的。此外，天然或合成產(chǎn)生的文庫和化合物可通過常規(guī)化學(xué)、物理和生物化學(xué)方法來容易地修飾，并且可用于產(chǎn)生組合文庫。在某些實施方案中，可使用組合文庫方法領(lǐng)域中的許多方法的任何方法獲得候選試劑，所述方法包括但不限于：生物文庫、可空間上尋址的平行固相或液相文庫、需要去卷積的合成文庫法、“一珠一化合物”文庫法以及使用親和層析選擇的合成文庫法。在某些其它實施方案中，可將某些藥物試劑經(jīng)歷直接或隨機化學(xué)修飾，例如?；?、烷化、酯化、酰胺化等以產(chǎn)生結(jié)構(gòu)類似物。用于鑒定用于治療癌癥相關(guān)疾病的治療性試劑的相同方法也可用于驗證從體外研究產(chǎn)生的前導(dǎo)化合物/試劑。候選試劑可以是上調(diào)或下調(diào)一個或多個癌癥相關(guān)疾病反應(yīng)途徑的試劑。在某些實施方案中，候選試劑可以是影響這樣的途徑的拮抗劑。用于治療癌癥相關(guān)疾病的方法本文中提供了用于治療、抑制、減輕或逆轉(zhuǎn)癌癥相關(guān)疾病反應(yīng)的方法。在本文中描述的方法中，給有此需要的個體例如但不限于這樣的并發(fā)癥在其中還不明顯的癌癥相關(guān)疾病患者和已具有至少一個癌癥相關(guān)疾病反應(yīng)的那些患者，施用干擾信號轉(zhuǎn)導(dǎo)級聯(lián)的試劑。在前一種情況下，這樣的治療用于預(yù)防這樣的癌癥相關(guān)疾病反應(yīng)的發(fā)生和/或減輕它們發(fā)生所達(dá)到的程度。在后一種情況下，這樣的治療用于減輕這樣的癌癥相關(guān)疾病反應(yīng)發(fā)生所達(dá)到的程度，阻止它們的進一步發(fā)展或逆轉(zhuǎn)癌癥相關(guān)疾病反應(yīng)。在某些實施方案中，干擾癌癥相關(guān)疾病反應(yīng)級聯(lián)的試劑可以是特異于這樣的反應(yīng)的抗體。標(biāo)志物的表達(dá)和/或檢測可以以許多方式抑制/增強標(biāo)志物的表達(dá)，包括以非限定性實例為例，可給癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞提供反義寡核苷酸以抑制/增強標(biāo)志物的轉(zhuǎn)錄、翻譯或兩者?；蛘?，可給細(xì)胞提供多核苷酸以產(chǎn)生可抑制/增強蛋白質(zhì)的功能或活性的細(xì)胞內(nèi)抗體，所述多核苷酸編碼特異性結(jié)合標(biāo)志物蛋白的抗體、抗體衍生物或抗體片段，并且可操作地與適當(dāng)?shù)倪m當(dāng)啟動子/調(diào)控區(qū)連接。還可通過用特異性結(jié)合標(biāo)志物蛋白的抗體、抗體衍生物或抗體片段處理癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞來抑制/增強標(biāo)志物的表達(dá)和/或功能。通過使用本文中描述的方法，可篩選多種分子，特別地包括足夠小以便其能夠穿過細(xì)胞膜的分子，以鑒定抑制/增強標(biāo)志物的表達(dá)或抑制標(biāo)志物蛋白的功能的分子?？山o患者施用所鑒定的化合物以抑制患者的癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞。任何標(biāo)志物或標(biāo)志物的組合，以及與所述標(biāo)志物組合的任何特定標(biāo)志物可用于本文中描述的組合物、試劑盒和方法。一般而言，期望使用這樣的標(biāo)志物，對于所述標(biāo)志物，癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞的所述標(biāo)志物的表達(dá)水平與正常細(xì)胞的相同標(biāo)志物的表達(dá)水平之間的差異盡可能大。盡管該差異可小至用于評估標(biāo)志物的表達(dá)的方法的檢測限，但仍期望差異至少大于評估方法的標(biāo)準(zhǔn)誤差，在某些實施方案中，差異為正常組織的相同標(biāo)志物的表達(dá)水平的至少0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、100、500、1000倍或更大。已認(rèn)識到，某些標(biāo)志物蛋白被分泌至細(xì)胞周圍的細(xì)胞外空間。歸因于可在癌癥相關(guān)體液樣品中檢測到這樣的標(biāo)志物蛋白的事實，這些標(biāo)志物用于組合物、試劑盒和方法的某些實施方案，所述體液樣品可比組織活檢樣品更容易地從人患者收集。此外，用于檢測標(biāo)志物蛋白的體內(nèi)技術(shù)包括將針對所述蛋白的標(biāo)記抗體引入受試者。例如，可用放射性標(biāo)記物標(biāo)記抗體，所述標(biāo)記物在受試者中的存在和位置可利用標(biāo)準(zhǔn)成像技術(shù)來檢測。為了確定任何特定標(biāo)志物蛋白是否是分泌性蛋白質(zhì)，在例如哺乳動物細(xì)胞例如人細(xì)胞系中表達(dá)標(biāo)志物蛋白，收集細(xì)胞外液，隨后評估所述蛋白在細(xì)胞外液中的存在或不存在(例如使用與所述蛋白特異性結(jié)合的標(biāo)記抗體)。應(yīng)當(dāng)理解，包含細(xì)胞的患者樣品可用于本文中描述的方法。在這些實施方案中，標(biāo)志物的水平可通過評估樣品中標(biāo)志物的量(例如，絕對量或濃度)來進行評估。當(dāng)然，可將細(xì)胞樣品經(jīng)歷多種收集后制備和貯存技術(shù)(例如，核酸和/或蛋白質(zhì)提取、固定、貯存、冷凍、超濾、濃縮、蒸發(fā)、離心等)，隨后評估樣品中標(biāo)志物的量。組合物、試劑盒和方法可用于檢測標(biāo)志物蛋白的表達(dá)，所述標(biāo)志物蛋白具有至少一個在表達(dá)其的細(xì)胞的表面上展示的部分。例如，免疫學(xué)方法可用于檢測全細(xì)胞上的這樣的蛋白，或基于計算機的序列分析法可用于預(yù)測至少一個細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域(即，包括分泌的蛋白和具有至少一個細(xì)胞表面結(jié)構(gòu)域的蛋白)的存在?？蓹z測具有至少一個在表達(dá)其的細(xì)胞的表面上展示的部分的標(biāo)志物蛋白的表達(dá)而不必裂解細(xì)胞(例如，使用與所述蛋白的細(xì)胞表面結(jié)構(gòu)域特異性結(jié)合的標(biāo)記抗體)?？赏ㄟ^許多用于檢測轉(zhuǎn)錄的核酸或蛋白質(zhì)的表達(dá)的方法中的任何方法評估標(biāo)志物的表達(dá)。這樣的方法的非限定性實例包括用于檢測分泌的蛋白、細(xì)胞表面蛋白、細(xì)胞質(zhì)蛋白或細(xì)胞核蛋白的免疫學(xué)方法、蛋白質(zhì)純化法、蛋白質(zhì)功能或活性測定法、核酸雜交法、核酸逆轉(zhuǎn)錄法和核酸擴增法。在具體實施方案中，標(biāo)志物的表達(dá)通過使用抗體(例如，放射性標(biāo)記的、生色團標(biāo)記的、熒光基團標(biāo)記的或酶標(biāo)記的抗體)、抗體衍生物(例如，綴合有底物或蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)-配體對的配體的抗體)或抗體片段(例如，單鏈抗體、分離的抗體高變結(jié)構(gòu)域等)來評估，所述抗體、抗體衍生物或抗體片段與標(biāo)志物蛋白或其片段，包括已經(jīng)歷全部或部分其正常翻譯后修飾的標(biāo)志物蛋白特異性結(jié)合。在另一個具體實施方案中，標(biāo)志物的表達(dá)通過從患者樣品的細(xì)胞制備mRNA/cDNA(即，轉(zhuǎn)錄的多核苷酸)，和通過將所述mRNA/cDNA與作為標(biāo)志物核酸的互補序列或其片段的參照多核苷酸雜交來進行評估?？扇芜x地使用多種聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)法中的任何方法擴增cDNA，隨后與參照多核苷酸雜交；優(yōu)選地，不擴增其。同樣地可使用評估標(biāo)志物的表達(dá)水平的定量PCR檢測一個或多個標(biāo)志物的表達(dá)。或者，可將許多檢測標(biāo)志物的突變或變體(例如，單核苷酸多態(tài)性、缺失等)的方法中的任何方法用于檢測標(biāo)志物在患者中的存在。在相關(guān)實施方案中，將獲自樣品的轉(zhuǎn)錄的多核苷酸的混合物與已將與標(biāo)志物核酸的至少部分(例如，至少7、10、15、20、25、30、40、50、100、500或更多個核苷酸殘基)互補或同源的多核苷酸固定于其的基底接觸。如果互補或同源的多核苷酸可在基底上被差異地檢測到(例如，可使用不同的發(fā)色團或熒光基團檢測的，或固定于不同的選擇的位置)，則可使用單個基底(例如，固定在選擇的位置上的多核苷酸的"基因芯片"微陣列)同時評估多個標(biāo)志物的表達(dá)水平。當(dāng)使用包括一個核酸與另一個核酸的雜交的評估標(biāo)志物表達(dá)的方法時，期望在嚴(yán)格雜交條件下進行雜交。生物標(biāo)志物測定在某些實施方案中，可使用質(zhì)譜法或表面等離子體共振術(shù)進行生物標(biāo)志物測定。在不同的實施方案中，鑒定具有抗癌癥相關(guān)疾病的活性的試劑的方法可包括a)提供包含一個或多個標(biāo)志物或其衍生物的細(xì)胞的樣品；b)從細(xì)胞制備提取物；c)將提取物與包含標(biāo)志物結(jié)合位點的標(biāo)記核酸探針混合；和，d)測定在測試試劑存在或不存在的情況下標(biāo)志物與核酸探針之間的復(fù)合物的形成。測定步驟可包括將提取物/核酸探針混合物經(jīng)歷電泳遷移位移測定。在某些實施方案中，測定步驟包括選自酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)、基于熒光的測定和超高通量測量，例如表面等離子體共振(SPR)或熒光相關(guān)光譜(FCS)測定的測定。在這樣的實施方案中，SPR傳感器對于生物分子相互作用的直接實時觀察是有用的，因為SPR對金屬電介質(zhì)表面上的微小折射率變化非常敏感。SPR是對在約200nm的SPR傳感器/樣品界面內(nèi)的105至10-6折射率(RI)單位的變化敏感的表面技術(shù)。因此，SPR光譜學(xué)可用于監(jiān)控沉積在傳感層上的有機薄膜的生長。因為組合物、試劑盒和方法依賴于一個或多個標(biāo)志物的表達(dá)水平的差異的檢測，因此期望標(biāo)志物的表達(dá)水平顯著高于用于評估正常細(xì)胞和癌癥影響細(xì)胞的至少之一中的表達(dá)的方法的最小檢測限。應(yīng)理解，通過使用一種或多種標(biāo)志物對另外的患者樣品進行常規(guī)篩查，將認(rèn)識到在不同類型(包括特定的癌癥相關(guān)疾病)的細(xì)胞中某些標(biāo)志物是表達(dá)不足或過表達(dá)的。此外，當(dāng)評估更大數(shù)量的患者樣品的標(biāo)志物的表達(dá)和關(guān)聯(lián)從其獲得所述樣品的個體患者的結(jié)果時，還可確認(rèn)某些標(biāo)志物的改變的表達(dá)與癌癥相關(guān)疾病強烈相關(guān)，以及其它標(biāo)志物的改變的表達(dá)與其它疾病強烈相關(guān)。因此組合物、試劑盒和方法可用于表征患者的癌癥相關(guān)疾病的分期、等級、組織學(xué)類型和性質(zhì)中的一項或多項。當(dāng)組合物、試劑盒和方法用于表征患者的癌癥相關(guān)疾病的分期、等級、組織學(xué)類型和性質(zhì)中的一項或多項時，期望這樣選擇標(biāo)志物或一組標(biāo)志物，以便在至少約20％，在某些實施方案中，至少約40％、60％或80％以及大體上全部的患有對應(yīng)分期、等級、組織學(xué)類型或性質(zhì)的癌癥相關(guān)疾病的患者中獲得陽性結(jié)果?？梢赃@樣選擇標(biāo)志物或一組標(biāo)志物，以便對于一般群體獲得大于約10％的陽性預(yù)測值(在非限定性實例中，偶聯(lián)有大于80％的測定特異性)。當(dāng)多個標(biāo)志物用于組合物、試劑盒和方法時，可在單個反應(yīng)混合物(即對于每一個標(biāo)志物，使用試劑，例如不同的熒光探針)中或在對應(yīng)于一個或多個標(biāo)志物的個體反應(yīng)混合物中，將患者樣品的每一個標(biāo)志物的表達(dá)水平與相同類型的非癌樣品的多個標(biāo)志物的每一個的正常表達(dá)水平相比較。在一個實施方案中，樣品中多個標(biāo)志物的超過一個標(biāo)志物的表達(dá)水平相對于對應(yīng)正常水平的顯著改變表明患者患有癌癥相關(guān)疾病。當(dāng)使用多個標(biāo)志物時，可使用2,3,4,5,8,10,12,15,20,30或50或更多個單獨的標(biāo)志物；在某些實施方案中，可能期望使用更少的標(biāo)志物。為了使組合物、試劑盒和方法的靈敏度最大化(即，因可歸因于患者樣品中非組織和/或液體來源的細(xì)胞的干擾)，期望本文中使用的標(biāo)志物是具有受限制的組織分布，例如通常不在非組織細(xì)胞中表達(dá)的標(biāo)志物。應(yīng)認(rèn)識到，組合物、試劑盒和方法對于具有增加的發(fā)生癌癥相關(guān)疾病的風(fēng)險的患者和他們的醫(yī)學(xué)顧問特別有用。被認(rèn)為具有增加的發(fā)生癌癥相關(guān)疾病的風(fēng)險的患者包括例如具有癌癥相關(guān)疾病家族史的患者。可以以多種方式評估正常人細(xì)胞的標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一個實施方案中，通過評估一部分表現(xiàn)正常的細(xì)胞的標(biāo)志物的表達(dá)水平，隨后通過將該正常表達(dá)水平與一部分懷疑為不正常的細(xì)胞中的表達(dá)水平相比較來評估該正常表達(dá)水平?；蛘撸吞貏e地當(dāng)其它信息由于本文中描述的方法的常規(guī)表現(xiàn)而變得可獲得時，可使用標(biāo)志物的正常表達(dá)的群體平均值。在其它實施方案中，可通過評估獲自未患癌癥的患者的患者樣品、在患者的癌癥相關(guān)疾病的懷疑發(fā)作前獲自患者的患者樣品和歸檔的患者樣品等的標(biāo)志物的表達(dá)，測定標(biāo)志物的“正常”表達(dá)水平。本文中還提供了用于評估癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞在樣品(例如，歸檔組織樣品或獲自患者的樣品)中的存在的組合物、試劑盒和方法。這些組合物、試劑盒和方法上文描述的組合物、試劑盒和方法大體上相同，除了在必要時，將組合物、試劑盒和方法進行改造以與除患者樣品外的樣品一起使用。例如，當(dāng)待使用的樣品是石蠟包埋的歸檔的人組織樣品時，可能必須調(diào)整用于評估樣品的標(biāo)志物表達(dá)水平的組合物中、試劑盒中或方法中的化合物的比率。產(chǎn)生抗體的方法本文中還提供了制備分離的雜交瘤的方法，所述雜交瘤產(chǎn)生用于評估患者是否患有癌癥相關(guān)疾病的抗體。在該方法中，合成或分離(例如，通過從其中表達(dá)其的細(xì)胞純化或通過在體內(nèi)或體外轉(zhuǎn)錄和翻譯編碼蛋白質(zhì)或肽的核酸)包含標(biāo)志物蛋白的整體或部分的蛋白質(zhì)或肽。使用所述蛋白質(zhì)或肽免疫脊椎動物，例如哺乳動物例如小鼠、大鼠、兔或綿羊?？扇芜x地(和優(yōu)選地)利用蛋白質(zhì)或肽至少另外地免疫一次脊椎動物，以便脊椎動物顯示強勁的對所述蛋白質(zhì)或肽的免疫反應(yīng)。使用多種方法中的任何方法從免疫的脊椎動物分離脾細(xì)胞并將其與永生化細(xì)胞系融合以形成雜交瘤。隨后使用標(biāo)準(zhǔn)方法篩選以該方式形成的雜交瘤，以鑒定一個或多個產(chǎn)生特異性結(jié)合標(biāo)志物蛋白或其片段的抗體的雜交瘤。在本文中還提供了通過該方法制備的雜交瘤和使用這樣的雜交瘤制備的抗體。評估效力的方法本文中還提供了評估測試化合物抑制癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞的效力的方法。如本文中所述，標(biāo)志物的表達(dá)水平中的差異與細(xì)胞的異常狀態(tài)相關(guān)。盡管已認(rèn)可某些標(biāo)志物的表達(dá)水平的變化可能由細(xì)胞的異常狀態(tài)引起，但同樣地已認(rèn)識到其它標(biāo)志物的表達(dá)水平的變化誘發(fā)、維持和促進這些細(xì)胞的異常狀態(tài)。因此，抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的化合物將使一個或多個標(biāo)志物的表達(dá)水平變化至更接近該標(biāo)志物的正常表達(dá)水平(即，標(biāo)志物在正常細(xì)胞中的表達(dá)水平)的水平。該方法從而包括將在測試化合物存在的情況下維持的第一細(xì)胞樣品的標(biāo)志物的表達(dá)與在測試化合物不存在的情況下維持的第二細(xì)胞樣品的標(biāo)志物的表達(dá)相比較。在測試化合物存在的情況下標(biāo)志物的顯著改變的表達(dá)表明所述測試化合物抑制癌癥相關(guān)疾病。細(xì)胞樣品可以例如是獲自患者的正常細(xì)胞的單個樣品的等分、獲自患者的正常細(xì)胞的混合樣品、正常細(xì)胞系的細(xì)胞、獲自患者的癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞的單個樣品的等分、獲自患者的癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞的混合樣品、癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞系的細(xì)胞等。在一個實施方案中，樣品是獲自患者的癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞，測試多種據(jù)信對于抑制各種癌癥相關(guān)疾病是有效的化合物，以鑒定可能最佳抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的化合物。該方法同樣地可用于評估療法用于抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的效力。在該方法中，評估一對樣品(一個經(jīng)歷療法，另一個未經(jīng)歷所述療法)的一個或多個標(biāo)志物的表達(dá)水平。與評估測試化合物的效力的方法一樣，如果療法誘導(dǎo)顯著改變的標(biāo)志物表達(dá)水平，則療法對于抑制癌癥相關(guān)疾病是有效的。如上所述，如果來自選擇的患者的樣品用于該方法，則可在體外評估替代療法，以選擇最可能有效地抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的療法。用于評估有害潛能的方法如本文中所述，人細(xì)胞的異常狀態(tài)與標(biāo)志物表達(dá)水平的變化相關(guān)。還提供了用于評估測試化合物的有害潛能的方法。該方法包括在測試化合物存在和不存在的情況下維持人細(xì)胞的單獨的等分。比較每一個等分的標(biāo)志物的表達(dá)。在測試化合物存在的情況下維持的等分(相對于在測試化合物不存在的情況下維持的等分)的標(biāo)志物的顯著改變的表達(dá)水平表明測試化合物具有有害潛能?？赏ㄟ^比較相關(guān)標(biāo)志物的表達(dá)水平的增強或抑制的程度，通過比較其表達(dá)水平被增強或抑制的標(biāo)志物的數(shù)目，或通過比較上述兩者來評估不同測試化合物的相對有害潛能。分離的蛋白質(zhì)和抗體一個方面涉及分離的標(biāo)志物蛋白及其生物活性部分，以及適合用作產(chǎn)生針對標(biāo)志物蛋白或其片段的抗體的免疫原的多肽片段。在一個實施方案中，可使用標(biāo)準(zhǔn)蛋白質(zhì)純化技術(shù)，通過適當(dāng)?shù)募兓桨笍募?xì)胞或組織來源分離天然標(biāo)志物蛋白。在另一個實施方案中，通過重組DNA技術(shù)產(chǎn)生包含標(biāo)志物蛋白的整體或部分的蛋白質(zhì)或肽。作為重組表達(dá)的另外選擇，可使用標(biāo)準(zhǔn)肽合成技術(shù)來化學(xué)地合成這樣的蛋白質(zhì)或肽。"分離的"或"純化的"蛋白質(zhì)或其生物活性部分大體上不含來自所述蛋白質(zhì)所源自的細(xì)胞或組織來源的細(xì)胞材料或其它污染性蛋白質(zhì)，或當(dāng)化學(xué)合成時，大體上不含化學(xué)前體或其它化學(xué)藥品。短語"大體上不含細(xì)胞材料"包括其中蛋白質(zhì)與從其分離或重組地產(chǎn)生所述蛋白質(zhì)的細(xì)胞的細(xì)胞組分分離的蛋白質(zhì)的制劑。因此，大體上不含細(xì)胞材料的蛋白質(zhì)包括具有少于約30％、20％、10％或5％(按干重計)的異源蛋白質(zhì)(在本文中也稱為"污染性蛋白質(zhì)")的蛋白質(zhì)制劑。當(dāng)重組地產(chǎn)生蛋白質(zhì)或其生物活性部分時，其也優(yōu)選地大體上不含培養(yǎng)基，即，培養(yǎng)基代表低于約20％、10％或5％的蛋白質(zhì)制劑的體積。當(dāng)通過化學(xué)合成產(chǎn)生蛋白質(zhì)時，其優(yōu)選大體上不含化學(xué)前體或其它化學(xué)藥品，即，其與參與蛋白質(zhì)合成的化學(xué)前體或其它化學(xué)藥品分離。因此這樣的蛋白質(zhì)制劑具有低于約30％、20％、10％、5％(按干重計)的化學(xué)前體或除目標(biāo)多肽外的化合物。標(biāo)志物蛋白的生物活性部分包括包含與標(biāo)志物蛋白的氨基酸序列充分一致或來源于標(biāo)志物蛋白的氨基酸序列的氨基酸序列的多肽，其包括比全長蛋白質(zhì)更少的氨基酸，并且顯示對應(yīng)全長蛋白質(zhì)的至少一個活性。通常地，生物活性部分包含具有對應(yīng)的全長蛋白質(zhì)的至少一個活性的結(jié)構(gòu)域或基序。標(biāo)志物蛋白的生物活性部分可以是例如在長度上為10、25、50、100或更多個氨基酸的多肽。此外，可通過重組技術(shù)制備其中標(biāo)志物蛋白的其它區(qū)域缺失的其它生物活性部分，并評價其的標(biāo)志物蛋白的天然形式的一個或多個功能活性。在某些實施方案中，有用的蛋白質(zhì)與這些序列之一具有大體上的同一性(例如，至少約40％，在某些實施方案中，50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％)，并且保持對應(yīng)的天然存在的標(biāo)志物蛋白的功能活性，但因天然等位基因變異或誘變而在氨基酸序列上相異。此外，標(biāo)志物蛋白的區(qū)段的文庫可用于產(chǎn)生用于篩選和隨后選擇變體標(biāo)志物蛋白或其區(qū)段的變化多樣的多肽群體。預(yù)測醫(yī)學(xué)本文中還提供了動物模型和標(biāo)志物在預(yù)測醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中的用途，其中診斷測定、預(yù)后測定、藥物基因組學(xué)和監(jiān)控臨床試驗用于預(yù)后(預(yù)測)目的，從而預(yù)防性地治療個體。因此，本文中還提供了用于測定一個或多個標(biāo)志物蛋白或核酸的表達(dá)水平，以確定個體是否處于發(fā)生癌癥相關(guān)疾病的風(fēng)險中的診斷測定。這樣的測定可用于預(yù)后或預(yù)測目的，從而在癌癥相關(guān)疾病發(fā)作之前預(yù)防性治療個體。在另一個方面，方法用于至少相同個體的定期篩查以判斷該個體是否已暴露于改變他/她的表達(dá)模式的化學(xué)藥品或毒素。另一個方面涉及在臨床試驗中監(jiān)控試劑(例如，被施用來抑制癌癥相關(guān)疾病或治療或預(yù)防任何其它障礙的藥物或其它化合物)對標(biāo)志物的表達(dá)或活性的影響(例如，以理解這樣的治療可具有的任何全身性作用)。藥物基因組學(xué)標(biāo)志物還用作藥物基因組學(xué)標(biāo)志物。如本文中所用，"藥物基因組學(xué)標(biāo)志物"是其表達(dá)水平與患者的特定臨床藥物反應(yīng)或易感性相關(guān)的客觀生物化學(xué)標(biāo)志物。藥物基因組學(xué)標(biāo)志物表達(dá)的存在或量與預(yù)測的患者(更具體地患者的腫瘤)對利用特定藥物或特定種類的藥物的療法的反應(yīng)相關(guān)。通過評估一個或多個藥物基因組學(xué)標(biāo)志物在患者中的表達(dá)的存在或量，可選擇最適合于患者，或經(jīng)預(yù)測具有更大程度的成功的藥物療法。監(jiān)控臨床試驗監(jiān)控試劑(例如，藥物化合物)對標(biāo)志物的表達(dá)水平的影響不僅可用于基礎(chǔ)藥物篩選，而且還可用于臨床試驗。例如，可在接受癥狀相關(guān)疾病的治療的受試者的臨床試驗中監(jiān)控試劑影響標(biāo)志物表達(dá)的效力。在一個非限定性實施方案中，本發(fā)明提供了用于監(jiān)控利用試劑(例如，激動劑、拮抗劑、擬肽、蛋白質(zhì)、肽、核酸、小分子或其它藥物候選者)對受試者的治療的效力的方法，所述方法包括步驟：(i)在施用試劑之前從受試者獲得施用前樣品；(ii)檢測施用前樣品的一個或多個選擇的標(biāo)志物的表達(dá)水平；(iii)從受試者獲得一個或多個施用后樣品；(iv)檢測施用后樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平；(v)將施用前樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平與施用后樣品的標(biāo)志物的表達(dá)水平相比較；和(vi)相應(yīng)地改變試劑至受試者的施用。例如，在治療過程中標(biāo)志物基因的增加的表達(dá)可表示無效劑量和增加劑量的需要。相反地，標(biāo)志物基因的減少的表達(dá)可表明有效治療，從而無需改變劑量。電子裝置可讀介質(zhì)、系統(tǒng)、陣列和使用其的方法如本文中所用，"電子裝置可讀介質(zhì)"是指用于存儲、保持或包含可通過電子裝置直接讀取和訪問的數(shù)據(jù)或信息的任何適當(dāng)介質(zhì)。這樣的介質(zhì)可包括但不限于：磁存儲器，例如軟盤、硬盤存儲介質(zhì)和磁帶；光存儲器例如光盤；電子存儲介質(zhì)例如RAM、ROM、EPROM、EEPROM等；和一般硬盤和這些種類的嵌合體例如磁性/光學(xué)存儲介質(zhì)。介質(zhì)被改造或構(gòu)造來將本文中描述的標(biāo)志物記錄在其上。如本文中所用，術(shù)語"電子裝置"意欲包括任何適當(dāng)?shù)挠嬎慊蛱幚硌b置，或被構(gòu)造或改造來存儲數(shù)據(jù)或信息的其它裝置。適合與本發(fā)明的實施方案一起使用的電子裝置的實例包括獨立計算裝置；網(wǎng)絡(luò)，包括局域網(wǎng)(LAN)、廣域網(wǎng)(WAN)因特網(wǎng)、企業(yè)內(nèi)部網(wǎng)和外聯(lián)網(wǎng)；電子器械例如個人數(shù)字助理(PDA)、手機、頁面管理程序等；以及局部和分布式處理系統(tǒng)。如本文中所用，"記錄"是指在電子裝置可讀介質(zhì)上存儲或編碼信息的過程。本領(lǐng)域技術(shù)人員可容易地采用任何用于在介質(zhì)上記錄信息的方法來產(chǎn)生包含本文中描述的標(biāo)志物的材料。多種軟件程序和格式可用于在電子裝置可讀介質(zhì)上存儲本發(fā)明的實施方案的標(biāo)志物信息。許多數(shù)據(jù)處理器結(jié)構(gòu)化格式(例如，文本文件或數(shù)據(jù)庫)可用以獲得或產(chǎn)生在其上記錄標(biāo)志物的介質(zhì)。通過以可讀形式提供標(biāo)志物，可常規(guī)地為了許多目的來存取標(biāo)志物序列信息。例如，本領(lǐng)域技術(shù)人員可使用以可讀形式存在的核苷酸或氨基酸序列來比較靶序列或靶結(jié)構(gòu)基序與存儲在數(shù)據(jù)存儲裝置內(nèi)的序列信息。搜索工具用于鑒定匹配特定靶序列或靶基序的序列的片段或區(qū)域。因此，本文中還提供了用于保存進行用于確定受試者是否具有癌癥相關(guān)疾病或?qū)Π┌Y相關(guān)疾病易感的方法的指令的介質(zhì)，其中所述方法包括步驟：測定標(biāo)志物的存在或不存在，基于標(biāo)志物的存在或不存在，確定受試者是否具有癌癥相關(guān)疾病或?qū)Π┌Y相關(guān)疾病易感，和/或推薦用于癌癥相關(guān)疾病或癌前相關(guān)疾病病況的特定治療?？深A(yù)見的是不同的實體可進行涉及的方法的步驟，并且一個或多個用于電子通信的裝置可用于存儲和傳輸數(shù)據(jù)?？深A(yù)見的是會在實體之間傳達(dá)原始數(shù)據(jù)、處理的數(shù)據(jù)、診斷和/或預(yù)后，所述實體可包括：初級護理醫(yī)師、患者、專家、保險供應(yīng)商、基金會、醫(yī)院、數(shù)據(jù)庫、顧問、治療學(xué)家、藥劑師和政府的一個或多個。本文中還提供了電子系統(tǒng)和/或方法(在網(wǎng)絡(luò)中)，其用于確定受試者是否具有癌癥相關(guān)疾病或?qū)εc標(biāo)志物相關(guān)的癌癥相關(guān)疾病易感，其中所述方法包括步驟：測定標(biāo)志物的存在或不存在，基于標(biāo)志物的存在或不存在，確定受試者是否具有癌癥相關(guān)疾病或?qū)Π┌Y相關(guān)疾病易感，和/或推薦用于癌癥相關(guān)疾病或癌前相關(guān)疾病病況的特定治療。方法還可包括接受與受試者相關(guān)的表型信息和/或從網(wǎng)絡(luò)獲取與受試者相關(guān)的表型信息的步驟。本文中還提供了網(wǎng)絡(luò)，用于確定受試者是否具有癌癥相關(guān)疾病或?qū)εc標(biāo)志物相關(guān)的癌癥相關(guān)疾病易感的方法，所述方法包括步驟：接受與標(biāo)志物相關(guān)的信息，接受與受試者相關(guān)的表型信息，從網(wǎng)絡(luò)獲取對應(yīng)于標(biāo)志物和/或癌癥相關(guān)疾病的信息，以及基于表型信息、標(biāo)志物和獲得的信息的一項或多項，確定受試者是否具有癌癥相關(guān)疾病或?qū)Π┌Y相關(guān)疾病易感。方法還可包括推薦用于癌癥相關(guān)疾病或癌前相關(guān)疾病病況的特定治療的步驟。本文中還提供了用于確定受試者是否具有癌癥相關(guān)疾病或?qū)Π┌Y相關(guān)疾病易感的商業(yè)方法，所述方法包括步驟：接受與標(biāo)志物相關(guān)的信息，接受與受試者相關(guān)的表型信息，從網(wǎng)絡(luò)獲取對應(yīng)于標(biāo)志物和/或癌癥相關(guān)疾病的信息，以及基于表型信息、標(biāo)志物和獲得的信息的一項或多項，確定受試者是否具有癌癥相關(guān)疾病或?qū)Π┌Y相關(guān)疾病易感。方法還可包括推薦用于癌癥相關(guān)疾病或癌前相關(guān)疾病病況的特定治療的步驟。陣列本文中還提供了可用于在陣列中測定一個或多個基因的表達(dá)的陣列。在一個實施方案中，陣列可用于測定組織的基因表達(dá)以在陣列中確定基因的組織特異性。這樣，可同時測定多至約7000個或更多個基因的表達(dá)。這允許產(chǎn)生顯示一系列在一個或多個組織中特異性表達(dá)的基因的特征譜。除了這樣的定性測定外，本文中提供了基因表達(dá)的定量。因此，不僅組織特異性，而且一系列基因在組織中的表達(dá)水平都是可確定的。因此，可基于它們本身的組織表達(dá)和在該組織中的表達(dá)水平將基因分類。這在例如確定兩個組織之間或多個組織間的基因表達(dá)的關(guān)系中是有用的。因此，可擾亂一個組織，隨后可測定對第二組織的基因表達(dá)的作用。在該上下文中，可測定一個細(xì)胞類型響應(yīng)生物學(xué)刺激對另一個細(xì)胞類型的作用。這樣的測定例如對于在基因表達(dá)的水平上了解細(xì)胞間相互作用的效應(yīng)是有用的。如果試劑被治療性施用來治療一個細(xì)胞類型但對另一個細(xì)胞類型具有不期望的作用，那么方法提供了確定不期望的作用的分子基礎(chǔ)的測定，從而提供了共施用中和試劑或另外地治療不期望的作用的可能性。類似地，即使在單個細(xì)胞類型內(nèi)，可在分子水平上測定不期望的生物作用。因此，可確定和抵消試劑對除靶基因外的基因的表達(dá)的作用。在另一個實施方案中，陣列可用于監(jiān)控在陣列內(nèi)一個或多個基因的表達(dá)的時間過程。這可在如本文中公開的不同生物學(xué)背景(例如癌癥相關(guān)疾病的發(fā)生、癌癥相關(guān)疾病的進展，以及過程，例如與癌癥相關(guān)疾病相關(guān)的細(xì)胞轉(zhuǎn)化)中發(fā)生。陣列還可用于確定基因的表達(dá)或其它基因的表達(dá)在相同細(xì)胞或不同細(xì)胞中的作用。如果不能調(diào)節(jié)最終或下游靶標(biāo)，這為治療干預(yù)提供了例如替代分子靶標(biāo)的選擇。陣列還用于確定一個或多個基因在正常和異常細(xì)胞中的差異表達(dá)模式。這提供了一系列可用作用于診斷或治療干預(yù)的分子靶的基因。替代標(biāo)志物標(biāo)志物可用作一個或多個障礙或疾病狀態(tài)或?qū)е掳┌Y相關(guān)疾病狀態(tài)的病況的替代標(biāo)志物。如本文中所用，"替代標(biāo)志物"是與疾病或障礙的不存在或存在，或與疾病或障礙的進展相關(guān)的客觀生物化學(xué)標(biāo)志物。這樣的標(biāo)志物的存在或量不依賴于疾病。因此，這些標(biāo)志物可用于表明特定的治療過程在緩解疾病狀態(tài)或障礙中是否有效。當(dāng)疾病狀態(tài)或障礙的存在或程度難以通過標(biāo)準(zhǔn)方法來評估時，或當(dāng)期望在潛在危險臨床終點到來之前評估疾病進展時，替代標(biāo)志物特別有用。藥效標(biāo)志物標(biāo)志物也用作藥效標(biāo)志物。如本文中所用，"藥效標(biāo)志物"是與藥物效應(yīng)特異性相關(guān)的客觀生物化學(xué)標(biāo)志物。藥效標(biāo)志物的存在或量與對其施用藥物的疾病狀態(tài)或障礙無關(guān)；因此，標(biāo)志物的存在或量表明藥物在受試者中的存在或活性。例如，藥效標(biāo)志物可表明藥物在生物組織中的濃度，因為標(biāo)志物在該組織中的表達(dá)或轉(zhuǎn)錄或不表達(dá)或不轉(zhuǎn)錄與藥物水平相關(guān)。這樣，可通過藥效標(biāo)志物監(jiān)控藥物的分布或吸收。類似地，藥效標(biāo)志物的存在或量可與藥物的代謝產(chǎn)物的存在或量相關(guān)，這樣標(biāo)志物的存在或量顯示藥物在體內(nèi)的相對分解率。藥效標(biāo)志物在增加藥物效應(yīng)的檢測靈敏度中特別有用，特別地當(dāng)以低劑量施用藥物時。由于甚至少量的藥物可足以激活多輪標(biāo)志物轉(zhuǎn)錄或表達(dá)，因此擴增的標(biāo)志物可以是大量存在的，從而比藥物本身更容易檢測。同樣地，標(biāo)志物因標(biāo)志物本身的性質(zhì)而可被更容易地檢測到；例如，通過使用本文中描述的方法，可將抗體用于蛋白質(zhì)標(biāo)志物的基于免疫的檢測系統(tǒng)，或可將標(biāo)志物特異性放射性標(biāo)記探針用于檢測mRNA標(biāo)志物。此外，藥效標(biāo)志物的使用可提供在可能的直接觀察的范圍外的因藥物治療而引起的風(fēng)險的基于機制的預(yù)測。測試方案測試癌癥相關(guān)疾病的方法包括例如隨時間測量受試者的生物樣品的每一個標(biāo)志物基因的表達(dá)水平，和將該水平與對照生物樣品的所述標(biāo)志物基因的表達(dá)水平相比較。當(dāng)標(biāo)志物基因是本文中描述的基因之一并且表達(dá)水平差異表達(dá)(例如，比對照中的水平更高或更低)時，受試者被判斷為患有癌癥相關(guān)疾病。當(dāng)標(biāo)志物基因的表達(dá)水平落在容許范圍內(nèi)時，受試者不可能患有癌癥相關(guān)疾病。可通過測量標(biāo)志物基因在對照中的表達(dá)水平來預(yù)定對照的標(biāo)準(zhǔn)值，以比較表達(dá)水平。例如，可基于上述標(biāo)志物基因在對照中的表達(dá)水平來確定標(biāo)準(zhǔn)值。例如，在某些實施方案中，容許范圍采用為標(biāo)準(zhǔn)值±2S.D.。一旦確定標(biāo)準(zhǔn)值，就可通過僅測量受試者的生物樣品中的表達(dá)水平，將該值與測定的對照的標(biāo)準(zhǔn)值相比較來進行測試法。標(biāo)志物基因的表達(dá)水平包括標(biāo)志物基因至mRNA的轉(zhuǎn)錄和至蛋白質(zhì)的翻譯。因此，基于對應(yīng)于標(biāo)志物基因的mRNA的表達(dá)強度或由標(biāo)志物基因編碼的蛋白質(zhì)的表達(dá)水平的比較來進行測試癌癥相關(guān)疾病的一個方法。探針可按照各種基因分析法在癌癥相關(guān)疾病的測試中測量標(biāo)志物基因的表達(dá)水平。具體地，可使用例如使用與這些基因雜交的核酸作為探針的雜交技術(shù)，或使用與標(biāo)志物基因雜交的DNA作為引物的基因擴增技術(shù)。用于測試的探針或引物可基于標(biāo)志物基因的核苷酸序列來進行設(shè)計。本文中描述了各自標(biāo)志物基因的核苷酸序列的標(biāo)識號。此外，應(yīng)理解，高等動物的基因通常伴隨高頻率的多態(tài)性。還存在許多在剪接過程中產(chǎn)生包含相互不同的氨基酸序列的同種型的分子。具有與標(biāo)志物基因的活性相似的活性的任何與癌癥相關(guān)疾病相關(guān)的基因被包括在標(biāo)志物基因中，即使其因多態(tài)性或為同種型而具有核苷酸序列差異。還應(yīng)理解，標(biāo)志物基因可包括除人外的其它物種的同源物。因此，除非另外指定，否則表述"標(biāo)志物基因"是指對于物種是獨特的標(biāo)志物基因的同源物或已被引入個體的外來標(biāo)志物基因。同樣地，應(yīng)理解，"標(biāo)志物基因的同源物"是指來源于除人外的物種的基因，其可在嚴(yán)格條件下作為探針與人標(biāo)志物基因雜交。這樣的嚴(yán)格條件對于可通過實驗或憑經(jīng)驗選擇適當(dāng)?shù)臈l件來產(chǎn)生等同的嚴(yán)格度的本領(lǐng)域技術(shù)人員來說是已知的?？蓪瑯?biāo)志物基因的核苷酸序列或與標(biāo)志物基因的核苷酸序列的互補鏈互補并且具有至少15個核苷酸的核苷酸序列的多核苷酸用作引物或探針。因此，"互補鏈"意指雙鏈DNA的相對于另一條鏈的并且由A:T(對于RNA，U)和G:C堿基對組成的一條鏈。此外，"互補"不僅意指與至少15個連續(xù)核苷酸的區(qū)域完全互補的那些序列，而且還指在某些情況下具有至少40％，在某些情況下50％，在某些情況下60％，在某些情況下70％，至少80％、90％和95％或更高的核苷酸序列同源性的那些序列。核苷酸序列之間的同源性程度可通過算法BLAST等來測定。這樣的多核苷酸用作探針來檢測標(biāo)志物基因，或用作引物來擴增標(biāo)志物基因。當(dāng)用作引物時，多核苷酸通常包含15bp至100bp，在某些實施方案中15bp至35bp的核苷酸。當(dāng)用作探針時，DNA包含標(biāo)志物基因(或其互補鏈)的完整核苷酸序列，或具有至少15bp核苷酸的其部分序列。當(dāng)用作引物時，3'區(qū)域必須與標(biāo)志物基因互補，然而5'區(qū)域可連接于限制性內(nèi)切酶識別序列或標(biāo)記。"多核苷酸"可以是DNA或RNA。這些多核苷酸可以是合成的或天然存在的。并且，通常標(biāo)記用作用于雜交的探針的DNA。本領(lǐng)域技術(shù)人員容易地理解這樣的標(biāo)記方法。在本文中，術(shù)語"寡核苷酸"意指具有相對低的聚合程度的多核苷酸。寡核苷酸包括在多核苷酸中。癌癥相關(guān)疾病的檢測可使用例如Northern雜交、斑點印跡雜交或DNA微陣列技術(shù)，進行使用雜交技術(shù)的癌癥相關(guān)疾病的檢測。此外，可使用基因擴增技術(shù)例如RT-PCR法。通過在RT-PCR的基因擴增步驟中使用PCR擴增監(jiān)控法，可獲得標(biāo)志物基因表達(dá)的更加定量的分析。在PCR基因擴增監(jiān)控法中，將檢測靶(DNA或RNA的逆轉(zhuǎn)錄物)與用熒光染料和吸收熒光的淬滅劑標(biāo)記的探針雜交。當(dāng)PCR進行并且Taq聚合酶以其5'-3'外切核酸酶活性降解探針時，熒光染料與淬滅劑彼此分離，從而檢測到熒光。實時檢測熒光。通過同時測量其中靶的拷貝數(shù)是已知的標(biāo)準(zhǔn)樣品，可能通過其中PCR擴增是線性的循環(huán)數(shù)測定受試者樣品中的靶的拷貝數(shù)。并且，本領(lǐng)域技術(shù)人員會認(rèn)識到可使用任何適當(dāng)?shù)姆椒ㄟM行PCR擴增監(jiān)控法。還可通過檢測由標(biāo)志物基因編碼的蛋白質(zhì)來進行癌癥相關(guān)疾病的檢測的方法。在下文中，由標(biāo)志物基因編碼的蛋白質(zhì)被描述為"標(biāo)志物蛋白"。對于這樣的檢測方法，例如可使用結(jié)合每一種標(biāo)志物蛋白的抗體來應(yīng)用Western印跡法、免疫沉淀法和ELISA法。用于檢測的結(jié)合標(biāo)志物蛋白的抗體可通過任何適當(dāng)?shù)募夹g(shù)來產(chǎn)生。并且，為了檢測標(biāo)志物蛋白，可適當(dāng)?shù)貥?biāo)記這樣的抗體。或者，可標(biāo)記特異性結(jié)合抗體的物質(zhì)例如蛋白A或蛋白G而非標(biāo)記抗體來間接檢測標(biāo)志物蛋白。更具體地，這樣的檢測法可包括ELISA法?？梢岳缤ㄟ^將標(biāo)志物基因或其部分插入表達(dá)載體，將所述構(gòu)建體引入適當(dāng)?shù)乃拗骷?xì)胞以產(chǎn)生轉(zhuǎn)化體，培養(yǎng)所述轉(zhuǎn)化體以表達(dá)重組蛋白，從培養(yǎng)物或培養(yǎng)上清液純化表達(dá)的重組蛋白來獲得用作抗原的蛋白質(zhì)或其部分肽?；蛘?，由基因編碼的氨基酸序列或包含由全長cDNA編碼的氨基酸序列的部分的寡肽被化學(xué)地合成來用作免疫原。此外，可不僅使用標(biāo)志物基因在生物樣品中的表達(dá)水平作為指標(biāo)，而且還可使用標(biāo)志物蛋白在生物樣品中的活性作為指標(biāo)來進行癌癥相關(guān)疾病的檢驗。標(biāo)志物蛋白的活性意指蛋白質(zhì)所固有的生物活性?？捎酶鞣N方法測量每一種蛋白質(zhì)的活性。即使患者在常規(guī)測試中未被診斷為患有癌癥相關(guān)疾病(盡管癥狀暗示著這些疾病)，這樣的患者是否患有癌癥相關(guān)疾病可通過按照本文中描述的方法進行測試來容易地確定。更具體地，在某些實施方案中，當(dāng)標(biāo)志物基因是本文中描述的基因之一時，其癥狀暗示著至少對癌癥相關(guān)疾病的易感性的患者的標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的升高或降低表明癥狀主要因癌癥相關(guān)疾病引起。此外，測試用于確定癌癥相關(guān)疾病在患者中是否正在改善。換句話說，本文中描述的方法可用于判斷癌癥相關(guān)疾病的治療的治療性作用。此外，當(dāng)標(biāo)志物基因是本文中描述的基因之一，已被診斷為患有癌癥相關(guān)疾病的患者的標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的升高或降低意味著疾病已進展較多。癌癥相關(guān)疾病的嚴(yán)重度和/或?qū)ζ涞囊赘行赃€可基于表達(dá)水平的差異來測定。例如，當(dāng)標(biāo)志物基因是本文中描述的基因之一時，標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的升高程度與癌癥相關(guān)疾病的存在和/或嚴(yán)重度相關(guān)。標(biāo)志物表達(dá)的控制此外，標(biāo)志物基因本身的表達(dá)可通過將突變引入基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)來進行控制。本領(lǐng)域技術(shù)人員理解這樣的氨基酸置換。并且，被突變的氨基酸的數(shù)目不受特別限制，只要活性得以維持。通常地，其在50個氨基酸以內(nèi)，在某些非限定性實施方案中，在30個氨基酸以內(nèi)，在10個氨基酸以內(nèi)，或在3個氨基酸以內(nèi)。突變的位點可以是任何位點，只要活性得以維持。篩選方法在另一個方面，本文中提供了用于治療癌癥相關(guān)疾病的治療劑的候選化合物的篩選方法。從本文中描述的基因中選擇一個或多個標(biāo)志物基因。癌癥相關(guān)疾病的治療劑可通過選擇能夠升高或降低標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的化合物來獲得。應(yīng)當(dāng)理解，表述"升高基因的表達(dá)水平的化合物"是指促進基因轉(zhuǎn)錄、基因翻譯或蛋白質(zhì)活性的表達(dá)的步驟的任一步驟的化合物。在另一方面，表述"降低基因的表達(dá)水平的化合物"，如本文中所用，是指抑制這些步驟的任一步驟的化合物。在具體的方面，可在體內(nèi)或體外進行篩選癌癥相關(guān)疾病的治療劑的方法?？梢岳缤ㄟ^如下步驟進行該篩選方法：(1)給動物受試者施用候選化合物；(2)測量動物受試者的生物樣品的標(biāo)志物基因的表達(dá)水平；或(3)選擇相較于未與候選化合物接觸的對照中的標(biāo)志物基因的表達(dá)水平升高或降低標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的化合物。在另一個方面，本文中提供了評估治療劑的候選化合物對標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的效力的方法，所述方法通過將動物受試者與候選化合物接觸，監(jiān)控化合物對來源于動物受試者的生物樣品的標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的作用來進行?？墒褂门c上述檢測方法中使用的技術(shù)相同的技術(shù)監(jiān)控來源于動物受試者的生物樣品的標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的變化。此外，基于評估，可通過篩選來選擇藥物試劑的候選化合物。試劑盒可將本文中描述的任何組合物包含在試劑盒中。在非限定性實例中，將用于分離miRNA,標(biāo)記miRNA和/或使用陣列評價miRNA群體的試劑包含在試劑盒中。試劑盒還可包括用于產(chǎn)生或合成miRNA探針的試劑。試劑盒從而在適當(dāng)?shù)娜萜餮b置中包含用于標(biāo)記miRNA(通過摻入標(biāo)記核苷酸或隨后被標(biāo)記的未標(biāo)記的核苷酸)的酶。其還可包括一種或多種緩沖液(例如反應(yīng)緩沖液、標(biāo)記緩沖液、洗滌緩沖液或雜交緩沖液)、用于制備miRNA探針的化合物和用于分miRNA的組分。其它試劑盒可包括用于制備包含與miRNA互補的寡核苷酸的核酸陣列的組分，從而可包括例如固體支持物。對于任何試劑盒實施方案，包括陣列，可存在這樣的核酸分子，所述核酸分子包含與本文中描述的序列的任何序列的全部或部分同一或互補的序列。試劑盒的組分可被包裝在含水介質(zhì)中或以凍干的形式進行包裝。試劑盒的容器裝置通常包括至少一個小瓶、試管、燒瓶、瓶子、注射器或其它容器裝置，可將組分置于，優(yōu)選地，適當(dāng)?shù)氐确种了鋈萜餮b置中。當(dāng)試劑盒中存在超過一種組分(可將標(biāo)記試劑和標(biāo)記包裝在一起)時，試劑盒通常還可包含可將其它組分單獨地置于其中的第二、第三或其它另外的容器。然而，可將組分的不同組合包含在小瓶中。本發(fā)明的試劑盒通常還可包括用于包含核酸的裝置，以及密封包裝的任何其它試劑容器，以便商業(yè)銷售。這樣的容器可包括注射或吹塑塑料容器，期望的小瓶被保留在所述容器中。當(dāng)以一種或多種液體溶液提供試劑盒的組分時，液體溶液是含水溶液，無菌含水溶液是一種優(yōu)選溶液?？砂谠噭┖兄械钠渌芤菏菂⑴c從混合樣品分離和/或富集miRNA的那些溶液。然而，可以以干粉形式提供試劑盒的組分。當(dāng)以干粉形式提供試劑和/或組分時，可通過添加適當(dāng)?shù)娜軇﹣碇亟ǚ蹌？深A(yù)見的是還可在另一種容器裝置中提供溶劑。試劑盒還可包括有利于標(biāo)記miRNA分離的組分。其還可包括保存或維持miRNA或保護其免受降解的組分。組分可以不含RNA酶或經(jīng)保護免受RNA酶降解。同樣地，試劑盒通?？稍谶m當(dāng)?shù)难b置中針對每一種單獨的試劑或溶液包括不同的容器。試劑盒還可包括使用試劑盒組分以及使用未包含在試劑盒中的任何其它試劑的說明書。說明書可包括可被執(zhí)行的變更?？梢灶A(yù)見的是這樣的試劑是本發(fā)明的試劑盒的實施方案。此外，試劑盒不限于上文中鑒定的特定項，其可包括用于miRNA的操作或表征的任何試劑。還可預(yù)見的是在miRNA陣列的背景中論述的任何實施方案可更廣泛地用于本發(fā)明的篩選或表征方法或試劑盒。換句話說，可在miRNA圖譜表征的背景中更廣泛地實踐描述特定陣列的內(nèi)含物的任何實施方案，而不必牽涉陣列本身。還可預(yù)見的是任何試劑盒、陣列或其它檢測技術(shù)或工具，或任何方法可牽涉這些miRNA的任何miRNA的圖譜表征。同樣地，還可預(yù)見的是可利用或不利用本發(fā)明的方法中的陣列形式實現(xiàn)在miRNA陣列的背景中論述的任何實施方案；換句話說，可按照本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何技術(shù)，在本發(fā)明的任何方法中篩選或評價miRNA陣列中的任何miRNA。陣列形式不是待進行的篩選和診斷方法所必需的。使用miRNA陣列進行治療性、預(yù)后性或診斷性應(yīng)用的試劑盒和這樣的用途被論及。試劑盒可包括miRNA陣列，以及關(guān)于在陣列上的miRNA的標(biāo)準(zhǔn)或標(biāo)準(zhǔn)化miRNA特征譜的信息。并且，在某些實施方案中，可將對照RNA或DNA包含在試劑盒中。對照RNA可以是可用作用于標(biāo)記和/或陣列分析的陽性對照的miRNA。在另一個方面，提供了各種診斷和測試試劑盒。在一個實施方案中，試劑盒用于評估患者是否患有癌癥相關(guān)疾病。試劑盒包含用于評估標(biāo)志物的表達(dá)的試劑。在另一個實施方案中，試劑盒用于評估化學(xué)或生物制劑用于抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的適合性。這樣的試劑盒包含用于評估標(biāo)志物的表達(dá)的試劑，并且還可包含一種或多種這樣的試劑。在其它實施方案中，試劑盒用于評估癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞的存在或治療癌癥相關(guān)疾病。這樣的試劑盒包含可特異性結(jié)合標(biāo)志物蛋白或所述蛋白的片段的抗體、抗體衍生物或抗體片段。這樣的試劑盒還可包含多種抗體、抗體衍生物或抗體片段，其中多種這樣的抗體試劑特異性結(jié)合標(biāo)志物蛋白或所述蛋白的片段。在另外的實施方案中，試劑盒用于評估癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞的存在，其中試劑盒包括與標(biāo)志物核酸或所述核酸的片段特異性結(jié)合的核酸探針。試劑盒還可包括多種探針，其中每一種探針與標(biāo)志物核酸或所述核酸的片段特異性結(jié)合。本文中描述的組合物、試劑盒和方法可除其它以外具有下列用途：1)評估患者是否患有癌癥相關(guān)疾??；2)評估人患者的癌癥相關(guān)疾病的分期；3)評估患者的癌癥相關(guān)疾病的分級；4)評估患者的癌癥相關(guān)疾病的性質(zhì)；5)評估患者發(fā)生癥相關(guān)疾病的潛能；6)評估患者的與癌癥相關(guān)疾病相關(guān)的細(xì)胞的組織學(xué)類型；7)制備抗體、抗體片段或抗體衍生物，所述抗體、抗體片段或抗體衍生物用于治療癌癥相關(guān)疾病和/或評估患者是否患有癌癥相關(guān)疾??；8)評估癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞的存在；9)評估一種或多種測試化合物抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的效力；10)評估用于抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的療法的效力；11)監(jiān)控患者的癌癥相關(guān)疾病的進展；12)選擇用于抑制患者的癌癥相關(guān)疾病的組合物或療法；13)治療患有癌癥相關(guān)疾病的患者；14)抑制患者的癌癥相關(guān)疾病；15)評估測試化合物的有害潛能；和16)預(yù)防處于發(fā)生癌癥相關(guān)疾病的風(fēng)險中的患者的癌癥相關(guān)疾病的發(fā)作。試劑盒用于評估癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞的存在(例如在樣品例如患者樣品中)。試劑盒包含多種試劑，其每一種能夠與標(biāo)志物核酸或蛋白特異性結(jié)合。用于與標(biāo)志物蛋白結(jié)合的適當(dāng)試劑包括抗體、抗體衍生物、抗體片段等。用于與標(biāo)志物核酸(例如基因組DNA、MRNA、剪接的MRNA、cDNA等)結(jié)合的適當(dāng)試劑包括互補核酸。例如，核酸試劑可包括固定于基底的寡核苷酸(標(biāo)記的或非標(biāo)記的)、未與基底結(jié)合的標(biāo)記寡核苷酸、成對的PCR引物、分子信標(biāo)探針等。試劑盒可任選地包含用于進行本文中描述的方法的其它組分。例如，試劑盒可包含適合用于使互補核酸退火或適合用于抗體與其特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)結(jié)合的液體(例如SSC緩沖液)、一個或多個樣品室、描述方法的進行的說明材料、正常細(xì)胞的樣品、癌癥相關(guān)疾病細(xì)胞的樣品等。本教導(dǎo)的方法和試劑盒已在本文中進行了廣泛和屬類上的描述。每一個落在一般性公開內(nèi)容中的更窄的種類和亞屬歸類也形成本教導(dǎo)的部分。這包括本教導(dǎo)的一般描述，以及從屬類除去任何主題的條件或否定限制是，無論刪除的材料是否在本文中明確地引用。動物模型非人動物模型可被產(chǎn)生來用于評估至少一種癌癥相關(guān)疾病。方法包括將動物暴露于至少一種據(jù)信引發(fā)目標(biāo)癌癥的化學(xué)藥品的重復(fù)劑量。在某些方面，方法還包括收集一個或多個選擇的動物樣品；和將收集的樣品與一個或多個潛在的癌癥引發(fā)或發(fā)生的標(biāo)志相比較。產(chǎn)生動物模型的方法包括：在無特定化學(xué)藥品的環(huán)境中培養(yǎng)動物和用至少一種據(jù)信引發(fā)癌癥的化學(xué)藥品使動物致敏。在某些實施方案中，通過多次相繼的暴露使動物的至少一部分致敏。用于篩選試劑的抗至少一種癌癥相關(guān)疾病的功效的方法通常包括：給測試動物施用至少一種試劑，確定試劑減輕還是加重癌癥相關(guān)疾病的一個或多個癥狀；使一個或多個癥狀的減輕與試劑抗癌癥相關(guān)疾病的功效相互關(guān)聯(lián)；或使一個或多個癥狀的減輕的不存在與試劑的無效相互關(guān)聯(lián)。動物模型用于評估一個或多個代謝途徑，所述代謝途徑促成至少一種癌癥相關(guān)疾病的引發(fā)、進展、嚴(yán)重度、病理學(xué)、侵襲性、等級、活性、失能、死亡率、發(fā)病率、疾病子分類或其它基礎(chǔ)致病或病理學(xué)特性的至少一項的。分析可以是層次聚類、標(biāo)簽網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建(signaturenetworkconstruction)、質(zhì)譜蛋白質(zhì)組學(xué)分析、表面等離子體共振、線性統(tǒng)計建模、偏最小二乘判別分析和多元線性回歸分析的一個或多個。可通過檢查一個或多個標(biāo)志物或其功能等同物的表達(dá)水平來評估動物模型的至少一種癌癥相關(guān)疾病。動物模型可用于篩選用于治療或預(yù)防癌癥相關(guān)疾病的治療劑。因此，方法用于鑒定用于治療或預(yù)防癌癥相關(guān)疾病的治療劑。方法包括給通過本文中描述的方法產(chǎn)生的動物模型施用候選試劑，評估動物模型相較于未曾對其施用候選試劑的對照動物模型的至少一個癌癥相關(guān)疾病反應(yīng)。如果至少一個癌癥相關(guān)疾病反應(yīng)在癥狀上得到減輕或作發(fā)上延遲，則候選試劑是用于治療或預(yù)防癌癥相關(guān)疾病的試劑。用于癌癥相關(guān)疾病的動物模型可包括其中一個或多個標(biāo)志物基因或功能上等同于標(biāo)志物基因的基因的表達(dá)水平在動物模型中已升高的動物。如本文中所用，"功能上等同的基因"通常是編碼具有與由標(biāo)志物基因編碼的蛋白質(zhì)的已知活性相似的活性的蛋白質(zhì)的基因。功能上等同的基因的代表性實例包括受試動物的標(biāo)志物基因的對應(yīng)物，其對于動物是內(nèi)源的。癌癥相關(guān)疾病的動物模型用于檢測因癌癥相關(guān)疾病而引起的生理變化。在某些實施方案中，動物模型用于顯示標(biāo)志物基因的其它功能和評價其靶為標(biāo)志物基因的藥物。在一個實施方案中，癌癥相關(guān)疾病的動物模型可通過控制對應(yīng)基因的表達(dá)水平或施用對應(yīng)基因來產(chǎn)生。方法可包括通過控制選自本文中描述的基因的基因的表達(dá)水平來產(chǎn)生癌癥相關(guān)疾病的動物模型。在另一個實施方案中，方法可包括通過施用由本文中描述的基因編碼的蛋白質(zhì)，或施用抗所述蛋白質(zhì)的抗體來產(chǎn)生癌癥相關(guān)疾病的動物模型。還應(yīng)理解，在某些其它實施方案中，可過表達(dá)標(biāo)志物，以便隨后可使用適當(dāng)?shù)姆椒y量標(biāo)志物。在另一個實施方案中，可通過引入選自這樣的組的基因的基因，或通過施用由這樣的基因編碼的蛋白質(zhì)來產(chǎn)生癌癥相關(guān)疾病的動物模型。在另一個實施方案中，癌癥相關(guān)疾病可通過抑制選自這樣的組的基因的基因的表達(dá)或由這樣的基因編碼的蛋白質(zhì)的活性來誘導(dǎo)。反義核酸、核酶或RNAi可用于抑制表達(dá)。蛋白質(zhì)的活性可通過施用抑制所述活性的物質(zhì)例如抗體來有效地控制。動物模型用于闡明癌癥相關(guān)疾病背后的機制，以及還用于測試通過篩選獲得的化合物的安全性。例如，當(dāng)動物模型發(fā)生癌癥相關(guān)疾病的癥狀時，或當(dāng)牽涉特定癌癥相關(guān)疾病的測量的值在動物中改變時，篩選系統(tǒng)可被構(gòu)建來探查具有減輕疾病的活性的化合物。如本文中所用，表述"表達(dá)水平的升高"是指下列方面的任一方面：其中作為外來基因引入的標(biāo)志物基因被人工表達(dá)；其中對于受試動物是內(nèi)源的標(biāo)志物基因的轉(zhuǎn)錄和其至蛋白質(zhì)的翻譯增加；或其中作為翻譯產(chǎn)物的蛋白質(zhì)的水解被抑制。如本文中所用，表述"表達(dá)水平的降低"是指其中受試動物的標(biāo)志物基因的轉(zhuǎn)錄及其至蛋白質(zhì)的翻譯被抑制的狀態(tài)，或其中作為翻譯產(chǎn)物的蛋白質(zhì)的水解被增強的狀態(tài)?；虻谋磉_(dá)水平可以例如通過DNA芯片上的信號強度的差異來測定。此外，翻譯產(chǎn)物-蛋白質(zhì)的活性可通過與正常狀態(tài)中的蛋白質(zhì)的活性相比較來測定。也在預(yù)期的范圍內(nèi)的是動物模型可包括轉(zhuǎn)基因動物，包括例如其中已人工地引入并表達(dá)標(biāo)志物基因的動物；標(biāo)志物基因敲除動物；和其中已引入另一個基因來替代標(biāo)志物基因的基因敲入小鼠。已向其中引入了標(biāo)志物基因的反義核酸、核酶、具有RNAi效應(yīng)的多核苷酸或用作誘餌核酸的DNA等的轉(zhuǎn)基因動物可用作轉(zhuǎn)基因動物。這樣的轉(zhuǎn)基因動物還包括例如其中標(biāo)志物蛋白的活性已通過將突變引入基因的編碼區(qū)而得以增強或被抑制，或氨基酸序列經(jīng)修飾變得抗水解或?qū)λ庖赘械膭游?。氨基酸序列中的突變包括置換、缺失、插入和添加。鑒于本發(fā)明人的發(fā)明的原理可應(yīng)用于其的許多可能的實施方案，應(yīng)當(dāng)認(rèn)識到舉例說明的實施方案僅是本發(fā)明的優(yōu)選實施例，并且不應(yīng)被認(rèn)為是對本發(fā)明的范圍的限制。相反地，本發(fā)明的范圍由下列權(quán)利要求來界定。本發(fā)明人從而要求在這些權(quán)利要求的范圍和精神內(nèi)的所有事物作為本發(fā)明人的發(fā)明。本文中用于舉例說明本發(fā)明或提供關(guān)于本發(fā)明的實踐的其它細(xì)節(jié)的出版物和其它材料通過引用并入本文，并且為方便起見提供于下列參考書目中。本文中引用的任何文獻的引用無意作為上述任何內(nèi)容是相關(guān)的現(xiàn)有技術(shù)的承認(rèn)。關(guān)于日期的所有聲明或關(guān)于這些文獻的內(nèi)容的代表性基于本申請人可獲得的信息，并且不構(gòu)成關(guān)于日期或這些文獻的內(nèi)容的正確性的任何承認(rèn)。