一個集合及其使用方法

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專利名稱：一個集合及其使用方法
一個集合及其使用方法交叉引用本申請要求提交于2011年6月8日序列號為61/494，452的美國臨時申請以及提交于2010年11月19日序列號為61/415,367的美國臨時申請的利益，這兩個申請均通過引用以其全文結(jié)合于此。序列表本申請包含一個序列表，該序列表已以ASCII格式通過EFS-Web提交，并在此通過引用以其全文結(jié)合于此。所述ASCII副本生成于2011年2月15日，被命名為MS130US.txt，且大小為229，568字節(jié)。
背景技術(shù)：
藥學發(fā)展的進展，尤其是在治療性抗體領(lǐng)域，正飛快地使很多疾病的治療成為可能和/或改善很多疾病的治療。通過達到新的靶標空間以及提供新的作用機制，這些進展正日益改善著甚至具有最嚴重且最具挑戰(zhàn)性的疾病的患者的生活質(zhì)量。通常對衛(wèi)生保健系統(tǒng)來講、以及特別地對患者來講的一個挑戰(zhàn)為，這些藥學進展使成為可能的新藥的費用也正在迅速地增長。這些高昂的費用歸因于藥品研發(fā)所需的投資，特別是抗體類，目前其每一市場化產(chǎn)品超過十億美元。高的失敗風險以及非常長的研發(fā)時間線使得這些投資不可避免。從一個潛在的治療性抗體的鑒別時間到該抗體投放市場使患者受益可能耗費15年以上。每個階段的研發(fā)，從鑒別、臨床前、臨床、至投放市場，均充滿挑戰(zhàn)與風險。制藥公司正不斷地努力通過縮短時間線以及降低失敗風險來降低研發(fā)費用，以使得最有效的藥物能夠盡快到患者的手中。下面的披露提供了一個有價值的進展，該進展允許治療任何疾病的最佳治療性抗體更快地被鑒別。治療性性抗體候選物，為將其投放市場，必須滿足一些研發(fā)標準，如長期穩(wěn)定性、低聚集傾向、以及高表達產(chǎn)率。所披露的進展從一開始便增加了鑒別一個能夠滿足所有硬性研發(fā)標準的抗體的幾率和速度。所得抗體的生產(chǎn)將不那么昂貴，并在眾多疾病的治療中有效且安全。一個公知的鑒別治療性抗體的方法為通過采用噬菌體展示技術(shù)。噬菌體展示利用生長在細菌中的類病毒顆粒展示抗體。該技術(shù)的一個益處為，所用的庫是巨大的，具有達IXio11抗體，這些抗體能夠被迅速地測試其與和任何疾病相關(guān)的任何靶標的結(jié)合。參見，例如，Knappik等，2000年，《基于由三核苷酸隨機化的模塊化保守框架和CDR全合成人組合抗體庫(HuCAL)》，分子生物學雜志11 ;296 (1):57-86 (Knappik etal., (2000)，〃Fully synthetic human combinatorial antibody libraries (HuCAL) basedon modular consensus frameworks and CDRs randomized with trinucleotides, ^J.Mol.Biol.11; 296 (I):57-86)；以及美國專利號6，3300, 0064 ;這些均通過引用以其全文結(jié)合于此。對如此大的數(shù)量進行操作的益處為，針對一個靶標的篩選的輸出可導(dǎo)致上百個與治療靶標結(jié)合的抗體，所有這些抗體均可能為與治療相關(guān)的。但一個問題是，通常只有其中的很少數(shù)抗體是可研發(fā)的，即能夠滿足為進入市場所需的所有硬性標準。為使一個新的噬菌體展示集合縮短鑒別時間線并降低固有風險，該集合應(yīng)該包含具有選擇和臨床研發(fā)所需特性的、并將導(dǎo)致患者的安全有效的治療的抗體。這些特性包括:I)高噬菌體展示率，從而使集合中的每個抗體都能夠針對感興趣的靶標進行測試；2)Fab以及IgGl形式均具有高的表達水平，以便能夠有效地再生所需量的抗體或片段；3) Fab和IgGl形式均具有高的熱穩(wěn)定性，以確保投遞給患者的分子的結(jié)構(gòu)及功能的完整性；4) Fab和IgGl形式在血清內(nèi)均具有高的穩(wěn)定性，從而使抗體表現(xiàn)出延長的半衰期和持久的活性；5)Fab和IgGl形式均具有高的、如通過尺寸排阻層析(SEC)中判定的單體含量(％單體)，因為這表示低的聚集特性；6) IgGl形式具有高的等電點(pi) ;7)在暴露于酸之前以及之后，F(xiàn)ab和IgGl形式具有高的熱穩(wěn)定性；8)在暴露于酸之前以及之后，F(xiàn)ab或IgGl形式具有低的濁度；9)在暴露于酸之前以及之后的穩(wěn)定的分子半徑和多分散性％ ;10)低免疫原性風險，從而提高安全性，和/或11)高的多樣性，從而使一個集合能夠用于鑒別針對任何治療靶標的很多抗體。一種在本質(zhì)上模仿了人體免疫系統(tǒng)的集合應(yīng)該是非常有價值的或甚至最佳的解決方案。該人體免疫系統(tǒng)包括種系基因編碼的抗體。在某種程度上抗體包括一個可變重鏈和多個可變輕鏈。有近50個可變重鏈種系基因和近50個可變輕鏈種系基因，組合提供近2500個不同的可變重鏈和輕鏈對的組合。被認為的是，所有這2500個組合在人類中均被生產(chǎn)。然而被發(fā)現(xiàn)的是，某些可變重鏈、可變輕鏈、和/或可變重鏈與輕鏈的組合(對)以比其他更高的水平存在。被假設(shè)的是，一定存在一些原因使得一些比另一些存在更多，且如果是這樣，這些以高水平存在的種系基因可能具有有利的功能特性。因此，提供具有有利功能特性的抗體的集合的一個方法為，生成包括存在于人類免疫組庫中的大量的可變重鏈、可變輕鏈、和/或可變重鏈和可變輕鏈對的一個集合。此外，因為顯然的原因，人類中存在的種系基因序列被認為是具有低免疫原性的，因此在重組抗體中能夠模仿這些序列以降低免疫原性的風險。已經(jīng)采取了多種方法用于評估人類免疫組庫中盛行的可變重鏈和輕鏈種系基因配對。參見de Wildt等人，《對重鏈和輕鏈配對的分析表明受體編輯塑造人類免疫組庫》，分子生物學雜志 22 ;285(3):895-901，1999年 I 月(de Wildt et al.,Analysis of heavy andlight chain pairings indicates that receptor editing shapes the human antibodyrepertoire, J Mol Biol.22; 285 (3): 895-901 (Januaryl999))，該文通過引用以其全文結(jié)合于此。Wildt等人從人類供體中采集血液樣本、分選經(jīng)歷了體細胞超突變的IgG+B細胞、進行了 cDNA的PCR擴增、對每一 cDNA進行了測序、并將每一序列與已知的人類可變結(jié)構(gòu)域種系基因比對。Wildt等人觀察到，只有少數(shù)種系基因在免疫組庫中占據(jù)主導(dǎo)地位，并且頻繁出現(xiàn)的重鏈和輕鏈基因片段通常是配對的。也已經(jīng)進行了試圖維持個體B細胞的重鏈和輕鏈可變結(jié)構(gòu)域配對的嘗試。例如，可變結(jié)構(gòu)域“同源對”的庫已被披露。參見Meijer等人，《保留自然的重鏈和輕鏈配對的人類抗體組庫的分離》，分子生物學雜志358 (3):764-72，2006年5月5 (Meijeret al.，Isolation of human antibody repertoires with preservation of thenatural heavy and light chain pairing, J Mol Biol.，358 (3):764-72(May52006))和W02005042774，這些均通過引用以其全文結(jié)合于此。從一個被免疫的宿主的個體B細胞已經(jīng)生成了根據(jù)Meijer等人描述的技術(shù)的庫。通常通過FACS分選B細胞，以選擇代表體細胞超突變細胞的⑶38hiB細胞，通過PCR擴增其cDNA，且其抗體基因產(chǎn)物被插入Fab載體以供選擇。這種同源對的庫并非沒有它們的局限性。例如，提供B細胞的宿主典型地為被免疫的，并且所分選的B細胞群已被超突變，因此所得的庫為偏向一種特殊免疫原的。此外，已試圖利用占優(yōu)勢的可變重鏈或可變輕鏈生成集合。例如，在Shi等人，《從合成的被噬菌體展示的Fab庫中從頭選擇高親和性抗體作為pIX融合蛋白》，分子生物學雜志 397(2):385-96，2010年 3 月 26 日(Shi et al.，"DeNovo Selection of High-AffinityAntibodies from Synthetic Fab Libraries Displayed on Phage as pIX FusionProteins; J Mol Biol.，397 (2): 385-96 (March26, 2010))和對應(yīng)的專利申請 W02009085462和W02006014498，這些均通過引用以其全文結(jié)合于此。在那里，可變重鏈或可變輕鏈種系蛋白序列根據(jù)它們在人類免疫組庫中的利用頻率合并入庫。此外，也試圖將一種特異性的種系對合并入一個集合。例如，通過引用以其全文結(jié)合于此的W01999020749描述了一個集合，其成員包括具有由人類種系重鏈基因片段DP-47(IGHV3-23)編碼的一個超變環(huán)的正則結(jié)構(gòu)的重鏈、和/或由該種系基因編碼的框架區(qū)、和/或具有由人類種系輕鏈基因片段02/012 (IGKV1-39/1D-39)編碼的一個超變環(huán)的正則結(jié)構(gòu)的輕鏈、和/或由該種系基因編碼的框架區(qū)。因此，對于抗體或其片段的集合有很高的需求，該集合合并了人類免疫組庫中存在的、具有與研發(fā)相關(guān)的有利的生物物理學特性的可變重鏈和可變輕鏈基因?qū)?，并與此同時不包括存在于自然界但不具備這種生物物理學特性的基因?qū)Α１景l(fā)明能夠滿足這些需求以及其他需求。概述本發(fā)明針對有效鑒別任何抗原的可研發(fā)的、對病人安全有效的抗體或抗體片段的問題，提供一種有價值的解決方法。在最一般意義上，發(fā)明人的最初的想法是，以基本方式模擬人體免疫系統(tǒng)的抗體集合可能是有益的。在某種層面上，發(fā)明人決定通過把來自人體免疫組庫的最佳種系基因序列或其一部分納入到抗體中來模擬人體免疫系統(tǒng)。就這一點而論，在一些實施例中，集合中的抗體包含一部分，例如，其序列為種系序列的框架區(qū)。采用種系序列應(yīng)該能顯著降低用于治療病人的重組抗體的免疫原性風險。另外，發(fā)明人根據(jù)他們的假設(shè)工作，該假設(shè)為人體免疫組庫中豐富的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)芸赡芫哂辛己玫纳镂锢韺W特性，其能導(dǎo)致更有效率的臨床研發(fā)并能提高產(chǎn)生的抗體在病人中的安全性和療效。作為背景，每個B細胞編碼一種抗體，每個抗體包含一可變重鏈和可變輕鏈。為了確定抗體的來源，即可變重鏈和可變輕鏈是由哪個種系基因所編碼的，可以將該抗體的可變重鏈和可變輕鏈中的每一個與種系序列進行比對。因此，對每個抗體來說，可變重鏈和可變輕鏈包含一個種系基因或種系蛋白對，例如，與VK1-5 配對的 VH3-23。為了證明占優(yōu)勢的種系基因?qū)芸赡芫哂辛己玫纳镂锢韺W特性這個假設(shè)，第一步是鑒別人體免疫組庫中占優(yōu)勢的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)Α＿@是通過廣泛搜索可用的公開文獻和從人體宿主中進行B細胞取樣來完成的。下一步，對這些數(shù)據(jù)進行聚池和分析，根據(jù)人體免疫組庫中存在的可變重鏈和可變輕鏈種系對的普遍性對它們進行排列。根據(jù)此數(shù)據(jù)，很顯然，在人體免疫組庫中，某些可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)^其他的而言出現(xiàn)地更頻繁。下一步，必須確定需要對哪些種系蛋白對進行與研發(fā)相關(guān)的功能特性的測試，這是因為人體免疫組庫中有約2500個種系蛋白對，而對每一對進行測試并非優(yōu)選。一種方法是，測試人體免疫組庫中那些出現(xiàn)地最占優(yōu)勢的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對，例如，見表6。例如，可以選擇最高的四百對進行測試，或者選擇以某一閾值數(shù)目或高于某一閾值數(shù)目出現(xiàn)的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)?。這種方法將會需要對很大數(shù)量的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對序列進行合成和測試；因此，這樣一種方法可能不是很有效率。作為一種可替代方法，發(fā)明人選擇可變重鏈和可變輕鏈種系對的一個子集，這個子集代表，精確地再現(xiàn)，或者涵蓋人體免疫組庫中的占優(yōu)勢的種系對的大多數(shù)。這種方法部分地基于這一觀察:少數(shù)可變重鏈，可變K輕鏈和可變λ輕鏈種系基因(未配對的)在人體免疫組庫中是占主導(dǎo)地位的。Wildt等人在895-896描述了這一現(xiàn)象。Wildt等人還聲明，頻繁出現(xiàn)的重鏈和輕鏈基因片段常常是配對的，并發(fā)現(xiàn)所采樣的配對中的半數(shù)只與五個種系對相對應(yīng)。因此，可以將少數(shù)占優(yōu)勢的重鏈和輕鏈種系基因(未配對的)組合起來以產(chǎn)生代表人體免疫組庫的一組重鏈和輕鏈對。這種方法通過以下方式進行。分析能表明鍵聯(lián)VH/VL對的數(shù)據(jù)(例如，見表6)和能鑒別未鍵聯(lián)VH或VL鏈的存在的數(shù)據(jù)(例如，見實例3和表5)，從而確定人體免疫組庫中占優(yōu)勢的可變重鏈，可變K輕鏈和可變λ輕鏈種系基因(未配對的)。下一步，對占優(yōu)勢可變重鏈，可變K輕鏈和可變λ輕鏈種系蛋白序列(未配對的)進行評價，以確定它們的與研發(fā)相關(guān)的生物物理學特性，見實例4。采用計算機模擬，對可變重鏈，可變K輕鏈和可變λ輕鏈種系蛋白序列的以下特性進行評價:(i)CDR長度，(ii)等電點(Pl)(優(yōu)選等電點為7.5或以上，因為這應(yīng)該會提供在中性或微酸性配制緩沖液中的穩(wěn)定性)，(iii)用于潛在翻譯后修飾位點(PTM’ s)的潛在位點(特別是，N-鍵聯(lián)糖基化位點(NxS或NxT)或者化學修飾，比如Asp酶切(經(jīng)常位于DP或DQ))，(iv)Asp異構(gòu)化(DS，DG), (V)脫酰胺化(NS，NG)，其可以發(fā)生于體內(nèi)(血清中)或在配制緩沖液中儲存時，可以導(dǎo)致抗原結(jié)合的損失，(vi)CDR中蛋氨酸的存在(當暴露于溶劑時,可能會易于氧化)，(vii)未配對半胱氨酸的存在(會與任何其他的未配對半胱氨酸形成二硫鍵，因而導(dǎo)致蛋白交聯(lián)和/或更低表達水平)，(viii)與種系的偏差，(ix)可能的T細胞表位的存在，和(X)理論上的聚集傾向性。下一步，將計算機模擬中具有良好生物物理學特性的可變重鏈，可變K輕鏈和可變λ輕鏈種系蛋白序列組合起來，形成可變重鏈和可變輕鏈對。如表5和圖2-3所示，通常選擇前20個VH，前8個VA和前12個Vk進行合成，組合及隨后的功能分析。對這些種系基因序列進行合成并且然后進行組合，以產(chǎn)生400個種系蛋白對(20VHX20VL)，這些種系蛋白對代表，精確的說，再現(xiàn)，或者涵蓋人體免疫組庫中的占優(yōu)勢的蛋白對的大多數(shù)，如表6所示。這是通過合成這些可變重鏈和輕鏈種系基因，將它們組合成對，將這些對表達為蛋白(種系蛋白對)，并測試每一對以鑒別它們的生物物理學特性而完成的。對以下特性進行測試:(i)Fab形式的噬菌體上相對展示率，(ii)Fab形式的相對表達水平，例如，在大腸桿菌中；(iii)Fab形式的熱穩(wěn)定性；(iv)Fab形式的在牛或鼠血清中的穩(wěn)定性；(v) IgGl形式的相對表達水平；和(Vi)IgGl形式的在牛血清中的穩(wěn)定性。對400個種系蛋白對的展示、表達、熱和血清穩(wěn)定性的測試起著初步篩選的作用，以排除那些雖然自然存在，卻不具有被認為有利于治療學研發(fā)的生物物理學特性的種系蛋白對。目標是選擇一個種系蛋白對亞組，其具有良好的可研發(fā)特性，同時在集合內(nèi)保持高水平的多樣性，使得該集合可以用于鑒別針對任何抗原的可研發(fā)的候選抗體。表12給出 60個粗體并帶下劃線的種系蛋白對，其達到本發(fā)明的一個實施例的閾值。表12之前公開于 TO2010/136598 (MorphoSys AG)，其要求 61/182，350，和 61/299，401 的權(quán)益，它們?nèi)勘徽w引為參考。從被測試的400個種系蛋白對(結(jié)果如表12中所示)中，選擇95個進行進一步的測試。在被選擇進行進一步測試的95個種系蛋白對中，一些被選定是因為它們達到了之前的標準，對它們進行進一步測試是希望的。其他的被選定以便可以進行重新評價，盡管未達到確定的閾值。對圖16-24中所示的95個種系蛋白對進行合成，表達，純化，然后以Fab和IgGl形式測試以下的指標a)純化的Fab表達，以mg/L表示，b)純化的Fab的單體含量(％單體)，c)純化的Fab熱穩(wěn)定性,d)純化的IgGl表達，以mg/L表示,e)純化的IgGl的單體含量(％單體)，f)純化的IgGl熱穩(wěn)定性，g) IgGl等電點和h) IgGl酸暴露應(yīng)力測試，包括差式掃描熒光分析法(DSF)，吸收，動態(tài)光散射和顆粒染色。在一個實施例中，以下種系蛋白對(54)被鑒別為具有與可研發(fā)性相關(guān)的優(yōu)越功能活性(圖 16-24 中所示的數(shù)據(jù)):VH1-18(SEQ ID NO: 204)/VK1-39 (SEQ IDNO:236);VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-46(SEQID N0:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ;VH1-46(SEQ ID NO: 205)/VL3-21(SEQ IDNO:257);VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQ ID NO:234);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK1-39(SEQ IDNO:236);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQID N0:208)/VK1-05(SEQ ID NO: 230);VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VK1-39(SEQ IDNO:236);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-51(SEQ ID NO: 252);VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL2-23(SEQ IDNO:255);VH3-15(SEQ ID· NO:209)/VK1-05 (SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-16(SEQ ID NO:234) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-15(SEQID N0:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VL2-14(SEQ IDNO:254);VH3-21 (SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-21(SEQ ID N0:210)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-23(SEQID N0:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-23(SEQ ID N0:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256);VH3-30(SEQ ID NO:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH3-53(SEQID N0:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH3-53(SEQ ID NO: 213)/VL2-11(SEQ IDNO:253);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VIQ-05(SEQ ID NO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK3-20(SEQ IDNO:239);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VL卜51(SEQ ID NO:252);VH5-51(SEQ ID N0:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQID N0:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ;VH6-1(SEQ ID NO: 216)/VK1-09(SEQ IDNO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20 (SEQ ID NO:239)和 VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)。特別地，在本實施例中，這些種系蛋白對(54)都具有達到或超過每個標準的下述閾值的值:a)純化的Fab表達產(chǎn)率(如實例9.1.1中所描述)至少2.5mg/L ；b)純化的IgGl表達產(chǎn)率(如實例9.2.1中所描述)至少30.0mg/L ；c)純化的Fab的熱穩(wěn)定性(如實例9.1.2中所描述)至少70° C ；d)純化的IgGl的熱穩(wěn)定性(如實例9.2.2中所描述)至少73° C ；e)純化的Fab的單體含量(如實例9.1.3中所描述)至少98% ;和f)純化的IgGl的單體含量(如實例9.2.3中所描述)至少99%。因此，包含任意數(shù)量的這些可變重鏈和可變輕鏈對的集合可以用于鑒別針對任何抗原的可研發(fā)抗體或其片段。與W02010/136598中的表32相比，表32僅給出了 54對中的21對為具有某些不同功能特性。本披露的實施例包括由上述具有與可研發(fā)性相關(guān)的優(yōu)越功能活性的種系蛋白對的子集(54個中的36個)構(gòu)成的集合。在一個實施例中，集合包括合成的抗體或其功能性片段，其中，這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中，這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20 (SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-23(SEQID N0:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQID NO:213)/VL2-ll(SEQ ID NO:253) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK1-05(SEQ IDNO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH5-51(SEQID N0:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH5-51 (SEQ ID NO:215)/VL卜40 (SEQ IDNO:250);VH5-51 (SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO: 232) ; VH6-1 (SEQ ID NO: 216) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239)和 VH6-1 (SEQ IDN0:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在本實施例中，子集(36)種系蛋白對是基于應(yīng)力測試數(shù)據(jù)從54個種系蛋白對中選出的。對該應(yīng)力測試數(shù)據(jù)的鑒別所采用的是實例9.2.6(a-d)中所描述的方法，圖19-24、實例9.2.6 (a-d)中所示的數(shù)據(jù)，圖19-54以及實例9.2.7中所示的數(shù)據(jù)，圖55-60所示的得分。該應(yīng)力測試對95個種系蛋白對以IgGl形式進行評價，以確定它們對酸暴露和玻璃珠攪拌的承受能力?？贵w對酸暴露的承受能力是一個越來越重要的因子，因為在進行化學、制造和控制(CMC)的下游處理(DSP)時，病毒滅活是一個常規(guī)的?？贵w或抗體片段對剪切力的耐受能力是有用的判斷標準，因為在處理過程中過濾步驟是無法避免的，并且通過注射針頭或塑料管給藥時剪切力也會產(chǎn)生。一個實施例中的上述子集集合，(36)種系蛋白對被選定，因為相對于那54對中的其他對，它們表現(xiàn)出更強的對酸和攪拌應(yīng)力的耐受能力，因而具有與可研發(fā)性相關(guān)的額外的優(yōu)越功能特性。在本實施例中被選定的這36個種系蛋白對，具有達到或超過每個標準的以下閾值的值:a)純化的Fab表達產(chǎn)率(如實例9.1.1中所描述)至少2.5mg/L ；b)純化的IgGl表達產(chǎn)率(如實例9.2.1中所描述)至少30.0mg/L ；c)純化的Fab的熱穩(wěn)定性(如實例9.1.2中所描述)至少70° C ；d)純化的IgGl的熱穩(wěn)定性(如實例9.2.2中所描述)至少73° C ；e)純化的Fab的單體含量(如實例9.1.3中所描述)至少98% ；f)純化的IgGl的單體含量(如實例9.2.3中所描述)至少99%，以及g)應(yīng)力測試累計得分(如實例9.2.7中所描述)至少1225。與W02010/136598中的表32相比，表32僅給出了 36對中的14對為具有某些不同功能特性。另外，W02010/136598并沒有公開這36對的特定組合。在另一個實施例中，每個標準的閾值選擇如下:a)純化的Fab表達產(chǎn)率(如實例9.1.1中所描述)至少2.5mg/L ；b)純化的IgGl表達產(chǎn)率(如實例9.2.1中所描述)至少30.0mg/L ；c)純化的Fab的熱穩(wěn)定性(如實例9.1.2中所描述)至少70。C ；d)純化的IgGl的熱穩(wěn)定性(如實例9.2.2中所描述)至少73° C ；e)純化的Fab的單體含量(如實例9.1.3中所描述)至少 99% ；f)純化的IgGl的單體含量(如實例9.2.3中所描述)至少99% ；g)純化的IgGl的等電點(如實例9.2.4中所描述)至少8.3 ；以及h)應(yīng)力測試累計得分(如實例9.2.7中所描述)至少1225。在本實施例中，一個集合包括(33對):VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQID NO:208)/VL卜47 (SEQ ID NO:251);VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO: 233);VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-23(SEQID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH3-53(SEQ ID NO: 213)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK3-20(SEQ IDNO:239);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39 (SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQID N0:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。與W02010/136598中的表32相比，表32僅給出了 33對中的14對為具有某些不同功能特性。另外，W02010/136598并未公開這33對的特定組合。在另一個實施例中，為了增加多樣性，多個對被加入到一個集合中，即使這些對本身并未達到所有的每個標準內(nèi)的閾值。在一個實施例中，一個集合進一步包括:VH3-23(SEQID N0:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255);和 VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1 (SEQ ID NO:256) 在本實施例中，集合包括(36 對):VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-27(SEQ ID NO: 235);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-47(SEQ ID NO: 251);VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL2-23 (SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VKl-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-23(SEQID N0:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23 (SEQ ID NO:255);VH3-23(SEQ ID N0:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQID N0:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK1-05(SEQ IDNO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQ ID N0:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH5-51(SEQID N0:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH5-51(SEQ ID NO: 215)/VL卜40(SEQ IDNO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL卜51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQ ID N0:216)/VK1-09 (SEQ ID NO: 232) ; VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO: 239)和 VH6-1 (SEQ IDN0:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。這樣的集合克服了現(xiàn)有技術(shù)的很多問題。例如，B細胞來源的集合包括不具有良好生物物理學特性的VH/VL對，因為在這樣一個集合中出現(xiàn)的VH和VL配對與B細胞樣本中出現(xiàn)的配對是相同的。如果采集的B細胞樣本足夠大，大概50個VH和50個VL類的配對組合(2500)中的每一個都將出現(xiàn)。在本披露中，對VH和VL對的廣泛測試表明很多自然存在的VH和VL種系基因?qū)?種系蛋白對)并不具有會使其在臨床中具有可研發(fā)性的特性。因此，這樣的B細胞庫包括許多很可能不可研發(fā)的VH和VL對。所以，生成包括具有有利功能特性的VH和VL對的、多樣性大的庫是希望的，然而，對B細胞集合方法來說，這是不可能的。例如，本披露的一個方面是抗體或功能性片段的集合，該集合包括具有增強可研發(fā)性的有利特性的可變重鏈和輕鏈種系蛋白對，但不包括不具有這些特性的可變重鏈和輕鏈種系基因?qū)Γ词顾鼈冊谌梭w免疫組庫中占優(yōu)勢地表達。通過這種方式，該集合被設(shè)計為(從那2500對)排除了那些自然存在的不具有有利功能特性的可變重鏈和輕鏈組合或?qū)?。例如，如?中所示，VH4-34在人體免疫組庫中頻繁出現(xiàn)，但是同樣眾所周知的是，這條重鏈種系基因來源的抗體對B細胞是有毒性的，因此，這條基因來源的抗體可以從集合設(shè)計中排除。見Bhat等人，VH4-34 (VH4.21)基因編碼的單克隆抗體誘導(dǎo)的人B淋巴細胞的快速細胞毒性，臨床與實驗免疫學，105 (I):183-90 (1996年七月)(Bhat et al.，Rapidcytotoxicity of human B lymphocytes induced by VH4-34(VH4.21)gene-encodedmonoclonal antibodies, Clin Exp Immunol.，105 (I):183-90(Julyl996))。

圖1顯示了如實例I中詳細地描述被選擇用于結(jié)合到phoA和ompA大腸桿菌(E.coli)信號序列的C末端中的限制位點，并且包括了 CDR3周圍的限制位點和其各自的取向。此圖在呈現(xiàn)大腸桿菌信號序列的同時，還代表了如也在實例I中詳細地描述被選擇用于結(jié)合到用于在IgGl表達中使用的人類重鏈和K鏈前導(dǎo)序列的C末端限制位點。圖2顯示了如實例4中詳細地描述被選擇用于合成、組合以及功能表征的20個VH種系基因。該圖還顯示了對每一種系基因的計算機模擬分析的結(jié)果，其中Pl代表了等電點，PTM是互補性決定區(qū)中的潛在的翻譯后修飾位點，如在此所述，NxS/T是N-鍵聯(lián)的糖基化位點，并且⑶R中的M et是蛋氨酸。圖3顯示了如實例4中詳細地描述被選擇用于合成、組合以及功能表征的8種V λ和12種V K種系基因。該圖還顯示了對每一種系基因的計算機模擬分析的結(jié)果，其中pi代表了等電點，PTM是互補性決定區(qū)中的潛在的翻譯后修飾位點，如在此所述，NxS/T是N-鍵聯(lián)的糖基化位點，并且⑶R中的Met是蛋氨酸。此處，VL意指V λ。圖4顯示了來自實例2.1和實例2.2的聚池的數(shù)據(jù)的VH/V κ對。數(shù)字條目代表了聚池的數(shù)據(jù)中來自經(jīng)鑒別的單獨的B細胞的每一 VH/Vk種系基因?qū)Φ臄?shù)目。Y軸顯示了聚池的數(shù)據(jù)中就表達頻率來說從上(最盛行的)VH3-23到下(較不盛行的)VH3-20分等級的VH種系基因。X軸顯示了聚池的數(shù)據(jù)中就表達頻率來說從左(最盛行的)IGKV3-20到右(較不盛行的)IGKV1D-17分等級的Vk種系基因。數(shù)目1358是被取樣的B細胞的數(shù)目。圖5顯示了來自實例2.1和實例2.2的聚池的數(shù)據(jù)的VH/V λ對。數(shù)字條目代表了聚池的數(shù)據(jù)中來自經(jīng)鑒別的一種單獨的B細胞的每一 VH/VX種系基因?qū)Φ臄?shù)目。Y軸顯示了聚池的數(shù)據(jù)中就表達頻率來說從上(最盛行的)VH3-23到下(較不盛行的)VH3-20分等級的VH種系基因。X軸顯示了聚池的數(shù)據(jù)中就表達頻率來說從左(最盛行的)IGLV2-14到右(較不盛行的)161^4-60分等級的￥入種系基因。數(shù)目779是被取樣的B細胞的數(shù)目。圖6A-C顯示了如以下文獻中所描述由VH種系基因(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID N063-118)編碼的氨基酸序列:湯姆林森(Tomlinson)等人，(1992)，“人類種系Vh序列的組庫展現(xiàn)約五十組具有不同超變環(huán)的Vh片段(The Repertoire of HumanGermline Vh Sequences Reveals about Fifty Groups of Vh Segments with DifferentHypervariable Loop)”分子生物學雜志(J.Mol.Biol.)227, 776-798 ;松田(Matsuda)等人(1998), “人類免疫球蛋白重鏈可變區(qū)基因座的全核苷酸序列(The complete nucleotidesequence of the human immunoglobulin heavy chain variable region locus)，，實驗醫(yī)學雜志(J Exp Med) 188(11):2151-62 ;以及樂弗蘭克 MP (LeFranc MP) (2001) “人類免疫球蛋白重(IGH)基因的命名法(Nomenclature of the human immunoglobulin heavy(IGH)genes)” 臨床免疫遺傳學實驗(Exp Clin Immunogenet.) 18(2): 100-16。圖7A-C顯示了如以下文獻中所描述由Vk種系基因(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID N0119-164)編碼的氨基酸序列:沙寶(SCliaWe)和扎周(Zachau) (1993)，“人類免疫球蛋白 κ 基因座的可變基因(The variable genes of the human immunoglobulinkappa locus)”,霍佩賽勒生物化學(Biol.Chem Hoppe Seyler).374(11): 1001-22 ;布倫辛-庫帕斯(Brensing-Kuppers)等人(1997)，“酵母人工染色體(YAC)上的人類免疫球蛋白 κ 基因座(The human immunoglobulin kappa locus on yeast artificialchromosomes (YACs))，，基因(Gene).191 (2): 173-81 ；川崎(Kawasaki)等人(2001), “V κ基因的人類免疫球蛋白κ基因座和種系組庫的進化動力學(Evolutionary dynamics ofthe human immunoglobulin kappa locus and the germline repertoire of the Vkappagenes)” 歐洲免疫學雜志(Eur JImmunol) 31 (4): 1017-28 ;以及樂弗蘭克 MP(2001) “人類免疫球蛋白 K (IGK)基因的命名法(Nomenclature of the human immunoglobulinkappa (IGK) genes)” 臨床免疫遺傳學實驗，18，161-174。圖8A-B顯示了如以下文獻中所描述由V λ種系基因(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID Ν0165-202)編碼的氨基酸序列:川崎等人，(1997) “人類免疫球蛋白λ基因座的一種兆喊基的序列分析(One-Megabase Sequence Analysis of the Human immunoglobulinlambda Gene Locus)，，基因組研究(Geno me Research) 7 (3): 250-61 ;弗利帕特(Frippiat)等人，(1995) “染色體22qll.2上的人類免疫球蛋白λ輕鏈基因座的組織(Organizationof the human immunoglobulin lambda light-chain locus on chromosome22qll.2)，，人類分子遺傳學(Hum.Mol.Genet.),4, 983-991 ;以及樂弗蘭克MP (2001)“人類免疫球蛋白λ(IGL)基因的命名法(Nomenclature of the human immunoglobulin lambda(IGL) genes)，，臨床免疫遺傳學實驗.18:242-254。圖9顯示了 pJPdlFab三順反子卩遼菌體展示載體。圖10顯示了 pJPxlFab表達載體。圖11 顯示了 pMxll (pMORPHXll) Fab 表達載體。圖12顯示了 pM0RPH30Fab展示載體。圖13顯示了 pJP_h_IgGlf可變重鏈IgGl表達載體。圖14顯示了 pJP_h_Ig_K可變κ輕鏈IgG表達載體。圖15顯示了 pJP_h_Ig_X 2可變λ輕鏈IgG表達載體。
圖16有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯示了所測試的種系蛋白對編號1-32的純化的Fab表達產(chǎn)率，以mg/L (培養(yǎng)物)為單位；純化的Fab單體含量(單體％);純化的Fab熱穩(wěn)定性，以。C為單位；純化的IgGl表達產(chǎn)率，以mg/L (細胞培養(yǎng)物)為單位；純化的IgGl單體含量(單體％);純化的IgGl熱穩(wěn)定性，以。C為單位(所示的過渡是可變結(jié)構(gòu)域的過渡，F(xiàn)e結(jié)構(gòu)域的過渡未圖示)；以及IgGl等電點。使用實例9.1.1-9.1.3和9.2.1-9.2.4中所述的方法確定數(shù)據(jù)。此處，VL意指V λ。圖17有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯示了所測試的種系蛋白對編號33-64的純化的Fab表達產(chǎn)率，以mg/L (培養(yǎng)物)為單位；純化的Fab單體含量(單體％);純化的Fab熱穩(wěn)定性，以。C為單位；純化的IgGl表達產(chǎn)率，以mg/L (細胞培養(yǎng)物)為單位；純化的IgGl單體含量(單體％);純化的IgGl熱穩(wěn)定性，以。C為單位(所示的過渡是可變結(jié)構(gòu)域的過渡，F(xiàn)e結(jié)構(gòu)域的過渡未圖示)；以及IgGl等電點。使用實例9.1.1-9.1.3和9.2.1-9.2.4中所述的方法確定數(shù)據(jù)。此處，VL意指V λ。圖18有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯示了所測試的種系蛋白對編號65-95的純化的Fab表達產(chǎn)率，以mg (純化的Fab)/L (培養(yǎng)物)為單位；純化的Fab單體含量(單體％);純化的Fab熱穩(wěn)定性，以° C為單位；純化的IgGl表達產(chǎn)率，以mg (純化的IgGl) /L (細胞培養(yǎng)物)為單位；純化的IgGl單體含量(單體％);純化的IgGl熱穩(wěn)定性，以。C為單位(所示的過渡是可變結(jié)構(gòu)域的過渡，F(xiàn)e結(jié)構(gòu)域的過渡未圖示)；以及IgGl等電點。使用實例9.1.1-9.1.3和9.2.1-9.2.4中所述的方法確定數(shù)據(jù)。此處，VL意指V λ。圖19 有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯不了如實例9.2.5(a)中所描述如使用差示掃描熒光測定法所確定的在酸暴露之前與之后的熱穩(wěn)定性，以° C為單位(表觀Tm)(給出的表觀Tm對應(yīng)于可變結(jié)構(gòu)域的去折疊，F(xiàn)e結(jié)構(gòu)域的去折疊中點未圖示)；如實例9.2.5(b)中所描述在酸暴露之前與期間以及中和之后基于紫外吸收的濁度的相對變化。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號1-32的。此處，VL意指νλ。圖20有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯示了如實例9.2.5(c)中所描述在酸暴露之前與之后的顆粒半徑(nm)和在酸暴露之前與之后的多分散性；如實例9.2.5(d)中所描述在酸之前與之后的顆粒染色；以及如實例9.2.7中所描述的累計得分。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號1-32的。此處，VL意指νλ。圖21有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯示了如實例9.2.5(a)中所描述如使用差示掃描熒光測定法所確定的在酸暴露之前與之后的熱穩(wěn)定性，以° C為單位(表觀Tm)(給出的表觀Tm對應(yīng)于可變結(jié)構(gòu)域的去折疊，F(xiàn)e結(jié)構(gòu)域的去折疊中點未圖示)；如實例9.2.5(b)中所描述在酸暴露之前與期間以及中和之后基于紫外吸收的濁度的相對變化。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號33-64的。此處，VL意指νλ。圖22有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯示了如實例9.2.5(c)中所描述在酸暴露之前與之后的顆粒半徑(nm)和在酸暴露之前與之后的多分散性；如實例9.2.5(d)中所描述在酸之前與之后的顆粒染色；以及如實例9.2.7中所描述的累計得分。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號33-64的。此處，VL意指νλ。圖23有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯不了如實例9.2.5(a)中所描述如使用差示掃描熒光測定法所確定的在酸暴露之前與之后的熱穩(wěn)定性，以° C為單位(表觀Tm)(給出的表觀Tm對應(yīng)于可變結(jié)構(gòu)域的去折疊，F(xiàn)e結(jié)構(gòu)域的去折疊中點未圖示)；如實例9.2.5(b)中所描述在酸暴露之前與期間以及中和之后基于紫外吸收的濁度的相對變化。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號65-95的。此處，VL意指νλ。圖24有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯示了如實例9.2.5(c)中所描述在酸暴露之前與之后的顆粒半徑(nm)和在酸暴露之前與之后的多分散性；如實例9.2.5(d)中所描述在酸之前與之后的顆粒染色；以及如實例9.2.7中所描述的累計得分。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號65-95的。此處，VL意指νλ。圖25顯示了某些可變重鏈的框架I和HCDRl區(qū)的VH種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0204-216)和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ IDN0217-229)。這些氨基酸序列是如在此定義的種系蛋白序列。已經(jīng)由基因技術(shù)公司(GeneArt)對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。所示的種系基因與圖6中所示的那些相同，但僅包括了被選擇用于該集合的實施例的VH種系基因。圖26顯示了某些可變重鏈的框架2和HCDR2區(qū)的VH種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0204-216 (接上的))和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0217-229 (接上的))。這些氨基酸序列是如在此定義的種系蛋白序列。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。所示的種系基因與圖6中所示的那些相同，但僅包括了被選擇用于該集合的實施例的VH種系基因。圖27顯示了某些可變重鏈的框架3區(qū)的VH種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID Ν0204-216 (接上的·))和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0217-229 (接上的))。這些氨基酸序列是如在此定義的種系蛋白序列。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。所示的種系基因與圖6中所示的那些相同，但僅包括了被選擇用于該集合的實施例的VH種系基因。圖28顯示了某些可變輕鏈的框架I和IXDRl區(qū)的V κ種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0230-239)和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0240-249)。這些氨基酸序列是如在此定義的種系蛋白序列。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。所示的種系基因與圖7中所示的那些相同，但僅包括了被選擇用于該集合的實施例的Vk種系基因。圖29顯示了某些可變輕鏈的框架2和IXDR2區(qū)的V κ種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0230-239 (接上的))和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0240-249(接上的))。這些氨基酸序列是如在此定義的種系蛋白序列。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。所示的種系基因與圖7中所示的那些相同，但僅包括了被選擇用于該集合的實施例的Vk種系基因。圖30顯示了某些可變輕鏈的框架3區(qū)的Vk種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID Ν0230-239 (接上的))和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0240-249 (接上的))。這些氨基酸序列是如在此定義的種系蛋白序列。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。所示的種系基因與圖7中所示的那些相同，但僅包括了被選擇用于該集合的實施例的Vk種系基因。圖31顯示了某些可變輕鏈的框架I和IXDRl區(qū)的V λ種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0250-257)和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0258-265)。這些氨基酸序列是如在此定義的種系蛋白序列。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。所示的種系基因與圖8中所示的那些相同，但僅包括了被選擇用于該集合的實施例的V λ種系基因。此處，VL意指νλ。圖32顯示了某些可變輕鏈的框架2和IXDR2區(qū)的V λ種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0250-257(接上的))和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0258_265(接上的))。這些氨基酸序列是如在此定義的種系蛋白序列。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。所示的種系基因與圖8中所示的那些相同，但僅包括了被選擇用于該集合的實施例的νλ種系基因。此處，VL意指νλ。圖33顯示了某些可變輕鏈的框架3區(qū)的V λ種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID Ν0250-257 (接上的))和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0258-265 (接上的))。這些氨基酸序列是如在此定義的種系蛋白序列。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。所示的種系基因與圖8中所示的那些相同，但僅包括了被選擇用于該集合的實施例的νλ種系基因。此處，VL意指νλ。圖34顯示了某些可變重鏈的框架I和HCDRl區(qū)的VH種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0266-278)和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0279-291)。已經(jīng)在HCDRl內(nèi)修飾氨基酸序列以去除潛在的翻譯后修飾位點(ΡΤΜ)。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。已經(jīng)在HCDRl中被修飾的氨基酸是加下劃線的，并且編碼每一位置的相應(yīng)DNA是粗體并且加下劃線的。圖35顯示了某些可變重鏈的框架2和HCDR2區(qū)的VH種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0266-278 (接上的))和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0279-291(接上的))。已經(jīng)在HCDR2內(nèi)修飾氨基酸序列以去除潛在的翻譯后修飾位點(ΡΤΜ)。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。已經(jīng)在HCDR2中被修飾的氨基酸是加下劃線的，并且編碼每一位置的相應(yīng)DNA是粗體并且加下劃線的。圖36顯示了某些可變重鏈的框架3區(qū)的VH種系蛋白(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ IDΝ0266-278 (接上的))和DNA序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID Ν0279-291 (接上的))。這些氨基酸序列是種系的，因為在這些框架區(qū)內(nèi)未去除潛在的翻譯后修飾位點。已經(jīng)由基因技術(shù)公司對DNA序列進行密碼子優(yōu)化用于避免罕見人類密碼子的大腸桿菌表達。VH1-69*01和VH3-23還可以在位置94處具有核苷酸CGT。圖37顯示了如實例11中所描述從子集合VH3-23/VK1-39和VH3-23/VL3-1鑒別的對Dkk3具有特異性的代表性抗體或抗體片段。該圖顯示了每一抗體或片段從中得以鑒別的子集合、抗原、⑶R-H3和⑶R-L3的長度、Fab熱穩(wěn)定性和親和力、IgGlp1、表達產(chǎn)率(mg/U、熱穩(wěn)定性以及通過SEC確定的單體含量(單體％)。此處，VL意指V λ。圖38顯示了如實例11中所描述從子集合VH3-23/VK1-39和VH3-23/VL3-1鑒別的對ErbB4/Her4_Fc具有特異性的代表性抗體或抗體片段。該圖顯示了每一抗體或片段從中得以鑒別的子集合、抗原、⑶R-H3和⑶R-L3的長度、Fab熱穩(wěn)定性和親和力、IgGlp1、表達產(chǎn)率(mg/L)、熱穩(wěn)定性以及通過SEC確定的單體含量(單體％)。此處，VL意指νλ。

圖39顯示了如實例9.1.2中所描述如通過差示掃描熒光測定法(DSF)確定的所選擇的Fab的表觀溫度熔點。每一點代表了一種獨特的Fab。正方形指示了如實例9中所描述的對照Fab。條線指示了中值。該對照代表了實例9中被測試功能特性的抗體，該抗體包括各自的種系蛋白對的種系FR區(qū)和⑶Rl和⑶R2以及來自埃沃特(Ewert)等人的⑶R3。在實例11中產(chǎn)生所選擇的Fab，并且它們僅在CDR3方面與對照抗體在序列上不同。此處閉合聚簇顯示該集合的輸出(意指針對DKK3或ErbB4/Her4_Fc抗原選擇的抗體或片段)維持了該集合設(shè)計的成員的優(yōu)越功能特性。圖40顯示了對本發(fā)明的集合的FR4區(qū)進行編碼的氨基酸序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID N0293、295、297以及301)和密碼子優(yōu)化的核酸序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID N0292、294、296、298、299、300、302 以及 303)。圖41A和B顯示了對本發(fā)明的集合的IgGlf重鏈恒定結(jié)構(gòu)域進行編碼的氨基酸序列(SEQ ID NO: 305)和密碼子優(yōu)化的核酸序列(SEQ ID NO: 304)。已經(jīng)對所示的核酸序列進行了密碼子優(yōu)化。圖42顯示了對本發(fā)明的集合的Fab重鏈恒定結(jié)構(gòu)域進行編碼的氨基酸序列(SEQID NO:307)和密碼子優(yōu)化的核酸序列(SEQ ID N0:306)。圖43顯示了對本發(fā)明的集合的IgGlf和Fab κ輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域進行編碼的氨基酸序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID N0309和311)和密碼子優(yōu)化的核酸序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID N0308和310)。已經(jīng)對所示的核酸序列進行了密碼子優(yōu)化。圖44顯示了對本發(fā)明的集合的IgGlf和FabX輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域進行編碼的氨基酸序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID N0313和315)和密碼子優(yōu)化的核酸序列(按照出現(xiàn)順序分別是SEQ ID N0312和314)。圖45顯示了如實例9.2.4中所描述的所選擇的IgG的等電點(pi)值。每一點代表了一種獨特的IgG。正方形指示了如實例9中所描述的對照IgG。條線指示了中值。該對照代表了實例9中被測試功能特性的抗體，該抗體包括各自的種系蛋白對的種系FR區(qū)和⑶Rl和⑶R2以及來自埃沃特等人的⑶R3。在實例11中產(chǎn)生所選擇的IgG，并且它們僅在CDR3方面與對照抗體在序列上不同。此處閉合聚簇顯示該集合的輸出(意指針對DKK3或ErbB4/Her4_Fc抗原選擇的抗體或片段)維持了該集合設(shè)計的成員的優(yōu)越功能特性。圖46顯示了如實例9.2.2中所描述如通過差示掃描熒光測定法(DSF)確定的所選擇的IgG的表觀去折疊中點。每一點代表了一種獨特的IgG。正方形指示了如實例9中所描述的對照IgG。條線指示了中值。該對照代表了實例9中被測試功能特性的抗體，該抗體包括各自的種系蛋白對的種系FR區(qū)和CDRl和CDR2以及來自埃沃特等人的CDR3。在實例11中產(chǎn)生所選擇的IgG，并且它們僅在CDR3方面與對照抗體在序列上不同。此處閉合聚簇顯示該集合的輸出(意指針對DKK3或ErbB4/Her4_Fc抗原選擇的抗體或片段)維持了該集合設(shè)計的成員的優(yōu)越功能特性。圖47顯示了如實例9.2.1中所描述如通過紫外分光光度法確定的所選擇的IgG的表達產(chǎn)率。每一點代表了一種獨特的IgG。正方形指示了如實例9中所描述的對照IgG。條線指示了中值。該對照代表了實例9中被測試功能特性的抗體，該抗體包括各自的種系蛋白對的種系FR區(qū)和CDRl和CDR2以及來自埃沃特等人的CDR3。在實例11中產(chǎn)生所選擇的IgG，并且它們僅在CDR3方面與對照抗體在序列上不同。此處閉合聚簇顯示該集合的輸出(意指針對DKK3或ErbB4/Her4_Fc抗原選擇的抗體或片段)維持了該集合設(shè)計的成員的優(yōu)越功能特性。
圖48顯示了如實例9.2.3中所描述如通過尺寸排阻色譜法(SEC)確定的所選擇的IgG的單體含量。每一點代表了一種獨特的IgG。正方形指示了如實例9中所描述的對照IgG。條線指示了中值。該對照代表了實例9中被測試功能特性的抗體，該抗體包括各自的種系蛋白對的種系FR區(qū)和CDRl和CDR2以及來自埃沃特等人的CDR3。在實例11中產(chǎn)生所選擇的IgG，并且它們僅在CDR3方面與對照抗體在序列上不同。此處閉合聚簇顯示該集合的輸出(意指針對DKK3或ErbB4/Her4_Fc抗原選擇的抗體或片段)維持了該集合設(shè)計的成員的優(yōu)越功能特性。此處，VL意指V λ。圖49有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯不了如實例9.2.6(a)中所描述在用玻璃珠攪拌之前與期間基于紫外吸收的濁度的相對變化。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號1-32的。此處，VL意指νλ。圖50有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯示了如實例9.2.6(b)中所描述如使用差示掃描熒光測定法確定的用玻璃珠攪拌之后的熱穩(wěn)定性，以° C為單位(表觀Tm)(給出的表觀Tm對應(yīng)于可變結(jié)構(gòu)域的去折疊，F(xiàn)e結(jié)構(gòu)域的去折疊中點未圖示);顯示了如實例9.2.6(c)中所描述在用玻璃珠攪拌之后的顆粒半徑(nm)、在用玻璃珠攪拌之后的多分散性；以及如實例9.2.6(d)中所描述在用玻璃珠攪拌之前與之后的顆粒染色。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號1-32的。此處，VL意指νλ。圖51有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對的，此圖顯示了如實例9.2.6(a)中所描述在應(yīng)力測試之前與期間的基于紫外吸收的濁度的相對變化。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號33-64的。此處，VL意指νλ。圖52有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯示了如實例9.2.6(b)中所描述如使用差示掃描熒光測定法確定的用玻璃珠攪拌之后的熱穩(wěn)定性，以° C為單位(表觀Tm)(給出的表觀Tm對應(yīng)于可變結(jié)構(gòu)域的去折疊，F(xiàn)e結(jié)構(gòu)域的去折疊中點未圖示);顯示了如實例9 .2.6(c)中所描述在用玻璃珠攪拌之后的顆粒半徑(nm)、在用玻璃珠攪拌之后的多分散性；以及如實例9.2.6(d)中所描述在用玻璃珠攪拌之前與之后的顆粒染色。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號33-64的。此處，VL意指νλ。圖53有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對，此圖顯不了如實例9.2.6(a)中所描述在應(yīng)力測試之前與期間的基于紫外吸收的濁度的相對變化。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號65-95的。此處，VL意指νλ。圖54有關(guān)如實例9中所描述進一步測試的95個種系蛋白對,此圖顯不了如實例9.2.6(b)中所描述如使用差示掃描熒光測定法確定的用玻璃珠攪拌之后的熱穩(wěn)定性，以° C為單位(表觀Tm)(給出的表觀Tm對應(yīng)于可變結(jié)構(gòu)域的去折疊，F(xiàn)e結(jié)構(gòu)域的去折疊中點未圖示);顯示了如實例9.2.6(c)中所描述在用玻璃珠攪拌之后的顆粒半徑(nm)、在用玻璃珠攪拌之后的多分散性；以及如實例9.2.6(d)中所描述在用玻璃珠攪拌之前與之后的顆粒染色。所示的數(shù)據(jù)是所測試的種系蛋白對編號65-95的。此處，VL意指νλ。圖55如實例9.2.7中所描述，對于實例9.2.5-9.2.6中進行的每一應(yīng)力測試實驗鑒別準確值，并且對于每一準確值提供一個相應(yīng)得分。此圖顯示了針對在實例9.2.5中完成的實驗(酸測試)對每一值給出的得分，無論是0、25、75或100。所示的得分是所測試的種系蛋白對編號1-32的。此處，VL意指νλ。圖56如實例9.2.7中所描述，對于實例9.2.5-9.2.6中進行的每一應(yīng)力測試實驗鑒別準確值，并且對于每一準確值提供一個相應(yīng)得分。此圖顯示了針對在實例9.2.6中完成的實驗(用玻璃珠攪拌)對每一值給出的得分，無論是0、25、75或100。另外，此圖顯示了累計得分，它是通過將來自實例9.2.5-9.2.6中進行的測試的得分加到一起來計算。所示的得分是所測試的種系蛋白對編號1-32的。此處，VL意指V λ。圖57如實例9.2.7中所描述，對于實例9.2.5-9.2.6中進行的每一應(yīng)力測試實驗鑒別準確值，并且對于每一準確值提供一個相應(yīng)得分。此圖顯示了針對在實例9.2.5中完成的實驗(酸測試)對每一值給出的得分，無論是0、25、75或100。所示的得分是所測試的種系蛋白對編號33-64的。此處，VL意指νλ。圖58如實例9.2.7中所描述，對于實例9.2.5-9.2.6中進行的每一應(yīng)力測試實驗鑒別準確值，并且對于每一準確值提供一個相應(yīng)得分。此圖顯示了針對在實例9.2.6中完成的實驗(用玻璃珠攪拌)對每一值給出的得分，無論是0、25、75或100。另外，此圖顯示了累計得分，它是通過將來自實例9.2.5-9.2.6中進行的測試的得分加到一起來計算。所示的得分是所測試的種系蛋白對編號33-64的。此處，VL意指V λ。圖59如實例9 .2.7中所描述，對于實例9.2.5-9.2.6中進行的每一應(yīng)力測試實驗鑒別準確值，并且對于每一準確值提供一個相應(yīng)得分。此圖顯示了針對在實例9.2.5中完成的實驗(酸測試)對每一值給出的得分，無論是0、25、75或100。所示的得分是所測試的種系蛋白對編號65-95的。此處，VL意指νλ。圖60如實例9.2.7中所描述，對于實例9.2.5-9.2.6中進行的每一應(yīng)力測試實驗鑒別準確值，并且對于每一準確值提供一個相應(yīng)得分。此圖顯示了針對在實例9.2.6中完成的實驗(用玻璃珠攪拌)對每一值給出的得分，無論是0、25、75或100。另外，此圖顯示了累計得分，它是通過將來自實例9.2.5-9.2.6中進行的測試的得分加到一起來計算。所示的得分是所測試的種系蛋白對編號65-95的。此處，VL意指V λ。圖61A-D在噬菌體上展示本發(fā)明的實施例的種系蛋白對并且針對Frizzled-4Fc、GFP或erbB4/Her4_Fc融合物進行選擇。此圖顯示了所使用的子集合、所選擇針對的抗原、所篩選的克隆的數(shù)目、ELISA陽性命中以及獨特抗體的數(shù)目。此處，VL意指V λ。圖62A-C顯示了如實例11中所描述來自針對rhErbB4/Her4_Fc融合物、rhFZD-4Fc融合物以及eGFP選擇的子集合的IgG。該圖顯示了每一抗體從中得以鑒別的子集合、抗原、⑶R-H3和⑶R-L3的長度、IgGlp1、IgGl表達產(chǎn)率(mg/L)、IgGl熱穩(wěn)定性以及通過SEC確定的單體含量(單體％)。此處，VL意指V λ。詳細說明定義為了促進對本發(fā)明的理解，提供了以下定義和說明。如在此所使用，“數(shù)據(jù)庫或可讀媒體”是指用于存儲序列數(shù)據(jù)和因此任何信息集合的任何格式，如一份數(shù)據(jù)庫文件、一個查找表、一個Excel電子表格等。在某些實施例中，數(shù)據(jù)庫以電子形式存儲，如一個計算機可讀存儲裝置。這包括如以下的媒體:一個服務(wù)器、客戶端、硬盤、⑶、DVD、個人數(shù)字助理(如掌上計算機(Palm Pilot))、磁帶、壓縮磁盤、計算機的內(nèi)部ROM (只讀存儲器)或因特網(wǎng)或萬維網(wǎng)。用于存儲一臺計算機可進入的文件的其他媒體將對本領(lǐng)域普通技術(shù)人員顯而易見。“計算機模擬”是指在一臺計算機上執(zhí)行的操作、分析或設(shè)計，但還可以同樣在紙上或精神上執(zhí)行。如在此所使用，術(shù)語“抗體”包括完全抗體。一種抗體可以是多克隆、親和力純化的多克隆、單克隆、人類、鼠類或嚙齒類、嵌合、駱駝或人源化抗體。一種抗體可以屬于任何抗體類別，如 IgG、IgGU IgG2、IgG3、IgG4、IgA (包括人類子類 IgAl 和 IgA2)、IgD、IgE 或IgM。一種“抗體”是包括通過二硫鍵互連的至少兩條重(H)鏈和兩條輕(L)鏈的一種蛋白。如在此所使用，術(shù)語抗體“片段”或“功能性片段”包括任何抗原結(jié)合片段，如Fab、F{ah' )2、Fab'、Fv、scFv,包括一個Fe部分的單鏈,納米抗體以及其他抗體,如具有除可變框架區(qū)以外的骨架的結(jié)構(gòu)。術(shù)語“功能性片段”包括但不限于保留了結(jié)合到一種所關(guān)注的抗原的能力的任何抗體部分。如在此所使用，術(shù)語“親和力”是指在抗原位點處抗體與抗原之間的相互作用的強度。在每一個抗原位點內(nèi)，抗體的可變區(qū)在眾多位點處經(jīng)由非共價力與抗原相互作用；相互作用越大，親和力越強。如在此所使用，對于一種抗體或其功能性片段(如一種IgG抗體)，術(shù)語“高親和力”是指對于一種靶標抗原具有KT8M或更小、IO-9M或更小、或ΙΟ,Μ或更小、或IO-11M或更小、或KT12M或更小的KD的一種抗體。然而，對于其他抗體同種型，“高親和力”結(jié)合可以不同。例如，對于一種IgM同種型，“高親和力”結(jié)合是指具有IO-7M或更小、或1(Γ8Μ或更小的KD的一種抗體。如在此所使用，術(shù)語“K締合(Kassoc)”或“Ka”旨在是指一種具體抗體-抗原相互作用的締合速率常數(shù)；而如在此所使用，術(shù)語“K解離(Kdis)”或“Kd”旨在是指一種具體抗體-抗原相互作用的解離速率常數(shù)。如在此所使用，術(shù)語“KD”旨在是指平衡解離常數(shù)，它由Kd比Ka的比率(即Kd/Ka)獲得并且以摩爾濃度(M)的形式表示?？贵w的KD值可以使用在本領(lǐng)域中良好建立的方法來確定。用于確定一種抗體的KD的一種方法是通過使用表面等離子共振或使用一種生物傳感器系統(tǒng)(如Biacore 系統(tǒng))。術(shù)語“嵌合抗體”是一種抗體分子，其中(a)恒定區(qū)或其一部分被改變、替換或交換以使得抗原結(jié)合位點(可變區(qū))鍵聯(lián)到具有一種不同或改變的類別、效應(yīng)子功能和/或種類的一個恒定區(qū)。術(shù)語“同種型”是指由重鏈恒定區(qū)基因提供的抗體類別(例如IgM;IgE;IgG，如IgGlIgG2或IgG4)。同種型還包括這些類別之一的被修飾的形式，其中已進行修飾以改變Fe功能，例如提高或減少效應(yīng)子功能或與Fe受體的結(jié)合。術(shù)語“種系”意指從親代傳到后代的編碼抗體或其功能性片段的核酸序列。術(shù)語“種系蛋白序列”或“種系氨基酸序列”意指a)由一個種系基因編碼的抗體或其功能性片段的可變區(qū)的氨基酸序列；b)由一個被修飾的核酸序列編碼的氨基酸序列，該被修飾的核酸序列編碼與由一個種系基因編碼的抗體或其功能性片段的可變區(qū)具有相同的氨基酸序列的抗體或其功能性片段的可變區(qū)，其中該核酸序列通過例如密碼子優(yōu)化、加入所希望的限制位點、優(yōu)化的GC含量、去除不希望的mRNA剪接位點或去除mRNA不穩(wěn)定性基序來修飾；或(3)由一個種系基因編碼的氨基酸序列，但如為了去除不希望的半胱氨酸或引入所希望的限制位點(例如Bbsl)、或起因于合成、擴增或克隆的錯誤而在該氨基酸序列中有微量突變。“種系蛋白序列”或“種系氨基酸序列”的實例顯示在圖6-8和25-33中。另外，“種系蛋白序列”或“種系氨基酸序列”包括如實例5中制備的構(gòu)建體，它們包括:a)對于VH來說:前導(dǎo)序列(如表I中所示，結(jié)合了一個NheI RE位點的被修飾的phoA);種系FR1、CDR1、FR2、CDR2以及FR3 (如圖1中所示，結(jié)合了一個BssHIIRE位點(GCGCGC))；如埃沃特S.(Ewert S.)等人，分子生物學雜志(J.Mol.Biol.)(2003)325，531-553 中使用的 4D5 抗體的 CDR-H3 (WGGDGFYAMDY) (SEQ ID NO:1);以及JH4FR4 (如圖1中所示，結(jié)合了一個XhoI RE位點(CTCGAG))；b)對于V κ來說:前導(dǎo)序列(如表2中所示，結(jié)合了該NdeI RE位點的ompA);種系FR1、CDR1、FR2、CDR2以及FR3 (如圖1中所示，結(jié)合了一個BbsI RE位點(GAAGAC));根據(jù)埃沃特S.等人，分子生物學雜志(J.Mol.Biol.) (2003)325，531-553的κ樣CDR-L3(QQHYTTPPT) (SEQ ID NO:2);以及 JklFR4 (如圖1 中所示，結(jié)合了一個 KpnI/Acc65I RE 位點(GGTACC));以及c)對于V λ來說:前導(dǎo)序列(如表2中所示，結(jié)合了該NdeI RE位點的ompA);種系FR1、CDR1、FR2、CDR2以及FR3 (如圖1中所示，結(jié)合了一個BbsI RE位點(GAAGAC));根據(jù)埃沃特S.等人，分子生物學雜志(J.Mol.Biol.) (2003)325,531-553的λ樣CDR-L3(QSYDSSLSGVV) (SEQ ID NO: 3);以及 JI2/3FR4 (如圖1 中所示結(jié)合了一個 KpnI/Acc65I RE位點(GGTACC))。由這些種系基因編碼的抗體的“種系蛋白序列”或“種系氨基酸序列”披露于以下出版物中，對于VH來說:湯姆林森(Tomlinson)等人，(1992)，“人類種系Vh序列的組庫展現(xiàn)約五十組具有不同超變環(huán)的Vh片段”(〃The Repertoire of Human Germline VhSequences Reveals about Fifty Groups of Vh Segments withDifferent HypervariableLoop")分子生物學雜志(J.Mol.Biol.) 227，776-798 ;松田(Matsuda)等人(1998)，“人類免疫球蛋白重鏈可變區(qū)基因座的全核苷酸序列”("The complete nucleotide sequence ofthe human immunoglobulin heavy chain variable region locus〃)實驗醫(yī)學雜志(J ExpMed)188(ll):2151-62 ;以及樂弗蘭克MP (LeFranc MP) (2001) “人類免疫球蛋白重(IGH)基因的命名法.，，( "Nomenclature of the human immunoglobulin heavy (IGH) genes.〃)臨床免疫遺傳學實驗(Exp Clin Immunogenet.)18(2): 100-16 ;對于￥入來說:川崎(Kawasaki)等人，(1997) “人類免疫球蛋白λ基因座的一種兆堿基的序列分析”("One-MegabaseSequence Analysis of the Human immunoglobulin lambda Gene Locus〃)基因組石開究(Genome Research) 7 (3): 250-61 ;弗利帕特(Frippiat)等人，(1995) “染色體 22qll.2 上的人類免疫球蛋白λ輕鏈基因座的組織”("Organization of the human immunoglobulinlambda light-chain locus on chromosome22qll.2〃)人類分子遺傳學(Hum.Mol.Genet.)，4，983-991 ;以及樂弗蘭克MP(2001) “人類免疫球蛋白入(IGL)基因的命名法”("Nomenclature of the human immunoglobulin lambda(IGL) genes.)臨床免疫遺傳學實驗(Exp Clin Immunogenet.) 18:242-254 ;以及對于 V κ 來說:沙寶和扎周(Schable andZachau) (1993), “人類免疫球蛋白κ基因座的可變基因” ("The variable genes of thehuman immunoglobulin kappa locus〃)霍佩賽勒生物化學(Biol.Chem Hoppe Seyler.)374(11): 1001-22 ;布倫辛-庫帕斯(Brensing-Kuppers)等人(1997), “酵母人工染色體(YAC)上的人類免疫球蛋白 κ 基因座”(〃The human immunoglobulin kappa locuson yeast artificial chromosomes (YACs)")，基因(Gene.) 191 (2): 173-81 ;川崎等人(2001), "Vk基因的人類免疫球蛋白κ基因座和種系組庫的進化動力學”("Evolutionarydynamics of the human immunoglobulin kappa locus and the ge rmline repertoireof the Vkappa genes")歐洲免疫學雜志(Eur J Immunol) 31 (4): 1017-28 ;以及樂弗蘭3 MP(2001) “人類免疫球蛋白 κ (IGK)基因的命名法” ("Nomenclature of the humanimmunoglobulin kappa(IGK) genes")臨床免疫遺傳學實驗(Exp Clin Immunogenet.)18，161-174，所述文獻的全部內(nèi)容都通過引用結(jié)合在此。在說明書的部分(例如圖5)中，本申請內(nèi)所使用的可變結(jié)構(gòu)域種系基因的命名法是如前一段落中引用的樂弗蘭克等人的出版物中所描述的頂GT。關(guān)于命名法，“VH”和“IGHV”意指重鏈可變結(jié)構(gòu)域，其中基因的編號是MGT ;“VL”、“VX ”以及“IGLV”意指λ輕鏈可變結(jié)構(gòu)域，其中基因的編號是頂GT ;并且“Vk ”、“VK”以及“IGKV”意指κ輕鏈可變結(jié)構(gòu)域，其中基因的編號是頂GT。可替代地，“VL”可以用來指可變輕鏈，包括Vk和νλ。術(shù)語“種系基因序列”意指a)編碼一種抗體或其功能性片段的可變區(qū)的一個種系基因的核酸序列；或b)編碼一種抗體或其功能性片段的可變區(qū)的一種被修飾的核酸序列，該抗體或其功能性片段具有與由一個種系基因編碼的抗體的可變區(qū)相同的氨基酸序列，其中該核酸序列通過例如密碼子優(yōu)化、加入所希望的限制位點、優(yōu)化的GC含量、去除不希望的剪接位點或去除mRNA不穩(wěn)定性基序來修飾。術(shù)語“種系基因?qū)Α币庵妇幋a一種抗體或其功能性片段的可變重鏈和可變輕鏈的核酸序列對和其相應(yīng)種系基因。例如，一個種系基因?qū)梢允荲H3-23/VK 1-5，其中由VH3-23/V κ 1-5編碼的抗體包括由種系基因VH3-23編碼的可變重鏈或其一部分和由種系基因Vk 1-5編碼的可變輕鏈或其部分。術(shù)語“種系蛋白對”意指一種抗體或其功能性片段，其中可變重鏈或其部分和可變輕鏈或其部分a)各自由一個特異性種系基因編碼；或b)各自由一種被修飾的核酸序列編碼，該被修飾的核酸序列編碼具有與由該特異性種系基因編碼的抗體的可變區(qū)相同的氨基酸序列的抗體或其功能性片段的可變區(qū)，其中該核酸序列通過例如密碼子優(yōu)化、加入所希望的限制位點、優(yōu)化的GC含量、去除不希望的mRNA剪接位點或去除mRNA不穩(wěn)定性基序來修飾；或(3)各自包括由一個種系基因編碼的一種氨基酸序列，但如為了去除一種不希望的半胱氨酸或引入所希望的限制位點(例如BbsI)或起因于合成、擴增或克隆的錯誤而在氨基酸序列中具有點突變。例如，一個種系蛋白對可以是由VH3-23/VK 1-5編碼的抗體或功能性片段，其中該抗體包括由種系基因VH3-23編碼的可變重鏈或其一部分和由種系基因Vk 1-5編碼的可變輕鏈或其部分。一個“種系蛋白對”包括如實例5中制備的構(gòu)建體，它們包括:a)對于VH來說:前導(dǎo)序列(如表I中所示，結(jié)合了一個NheI RE位點的被修飾的phoA);種系FR1、CDR1、FR2、CDR2以及FR3 (如圖1中所示，結(jié)合了一個BssHII RE位點(GCGCGC));如埃沃特S.等人，分子生物學雜志(2003)325，531-553中使用的4D5抗體的CDR-H3 (WGGDGFYAMDY) (SEQ ID NO:1);以及 JH4FR4 (如圖1 中所示，結(jié)合了一個 XhoI RE位點(CTCGAG))；b)對于Vk來說:前導(dǎo)序列(如表2中所示,結(jié)合了該NdeI RE位點的ompA);種系FRU CDRU FR2、CDR2以及FR3 (如圖1中所示，結(jié)合了一個BbsI RE位點(GAAGAC));根據(jù)埃沃特S.等人，分子生物學雜志(2003)325，531-553的κ樣CDR-L3 (QQHYTTPPT) (SEQID N0:2);W&JklFR4 (如圖1 中所示，結(jié)合了一個 KpnI/Acc65I RE 位點(GGTACC));以及c)對于V λ來說:前導(dǎo)序列(如表2中所不,結(jié)合了該NdeI RE位點的ompA);種系FRl、CDRl、FR2、CDR2以及FR3 (如圖1中所示，結(jié)合了一個BbsI RE位點(GAAGAC));根據(jù)埃沃特 S.等人，分子生物學雜志(2003)325，531-553 的 λ 樣 CDR-L3 (QSYDSSLSGVV) (SEQID NO:3);以及 JI2/3FR4 (如圖1 中所示結(jié)合了一個 KpnI/Acc65I RE 位點(GGTACC))。術(shù)語“可變重鏈和可變輕鏈對”或“VH/VL對”意指一個可變重鏈與一個可變輕鏈的組合。一種抗體和功能性片段(例如一個Fab)包括與一個可變輕鏈結(jié)合的至少一個可變重鏈，這形成了抗原結(jié)合區(qū)。一個可變重鏈和可變輕鏈對的實例是該抗體或功能性片段或其部分，該抗體或功能性片段或其部分包括來自VH3-23/VK 1-5或由種系基因VH3-23/Vk 1-5編碼的種系氨基酸序列，其中該抗體包含可變重鏈或其一部分，該可變重鏈或其一部分包括來自VH3-23或由種系基因VH3-23編碼的種系氨基酸序列以及包含可變輕鏈或其部分，該可變輕鏈或其部分包括來自Vk 1-5或由種系基因Vk 1_5編碼的種系氨基酸序列。術(shù)語“基本上全部”意指至少90%。例如，基本上全部的這些抗體或功能性片段包含可變重鏈與可變輕鏈框架區(qū)，這些可變重鏈與可變輕鏈框架區(qū)包括具有某些特性的一個種系蛋白對的種系氨基酸序列，這意指至少90%的這些抗體或片段包含可變重鏈與可變輕鏈框架區(qū)，這些可變重鏈與可變輕鏈框架區(qū)包括具有這樣的特性的一個種系蛋白對的種系氨基酸序列?？勺冎劓湹腏H4、可變κ輕鏈的J κ I以及可變λ輕鏈區(qū)的J λ 2/3的序列描述于以下出版物中:斯佳維納(Scaviner)等人，(1999)，“人類免疫球蛋白重、κ以及λ可變和連接區(qū)的蛋白呈現(xiàn)(Protein displays of the human immunoglobulin heavy, kappa andlambda variable and join ing regions)”臨床免疫遺傳學實驗 16 (4): 234-40 ;對于 JH 來說:雷弗克(Ravetch)等人，(1981)，“人類免疫球蛋白μ基因座的結(jié)構(gòu):胚胎和重排的J和D基因的表征(Structure of the human immunoglobulin mu locus:characterization ofembryonic and rearranged J and Dgenes)，，細胞(Cell )27 (3pt2): 5S3-9I ;對于 JK 來說:希爾特(Hieter)等人(1982)，“人類免疫球蛋白κ J區(qū)基因的進化(Evolution of humanimmunoglobulin kappa J region genes)”.生物化學雜志(J Biol Chem)257 (3): 1516-22 ;對于幾來說:川崎等人，(1997) “人類免疫球蛋白λ基因座的一種兆堿基的序列分析”基因組研究7(3):250-61，所述文獻的全部內(nèi)容都通過引用結(jié)合在此。JH4氨基酸序列是(YFDYffGQGTLVTVSS) (SEQ ID NO:4) J κ I 氨基酸序列是(WTFGQGTKVEIK) (SEQ ID N0:5)；并且 J λ 2/3 氨基酸序列是(VVFGGGTKLTVL) (SEQ ID Ν0:6)。術(shù)語“可變結(jié)構(gòu)域/區(qū)/ (VH或VL)”意指包括實質(zhì)上由任何VL (包括Vk和VA)、VH、JL (包括J κ和JA )以及JH核酸編碼的一個或多個Ig結(jié)構(gòu)域的一種免疫球蛋白區(qū)，這些核酸分別構(gòu)成輕鏈(包括κ和λ)和重鏈免疫球蛋白遺傳基因座。一個輕或重鏈可變區(qū)(VL和VH)由通過稱為“互補性決定區(qū)”或“⑶R”的三個超變區(qū)穿插的“框架”或“FR”區(qū)構(gòu)成?？蚣軈^(qū)和⑶R的范圍已使用至少以下和圖25-36中使用的規(guī)定來定義:參見卡巴特(Kabat)，1991，免疫學雜志(J.1mmunol.)，147，915-920 ;科西亞&萊斯克(Chothia & Lesk), 1987，分子生物學雜志 196:901-917 ;科西亞等人，1989，自然(Nature)342:877-883 ;艾爾-垃茲卡尼(ΑΙ-Lazikani )等人，1997，分子生物學雜志273:927-948);還參見 http://www.bioc.uzh.ch/antibody/Numbering/NumFrame.html (它不出了抗體氨基酸的熟知編號規(guī)定和這些CDR與框架區(qū)的位置)。術(shù)語“框架區(qū)”意指充當抗原結(jié)合環(huán)的一個骨架的可變結(jié)構(gòu)域的一部分。這些框架區(qū)的實例包括可變重或可變輕鏈的FR1、FR2、FR3以及FR4。術(shù)語“互補性決定區(qū)”或“CDR”意指一種抗體的抗原結(jié)合環(huán)?？贵wFv片段的兩個可變結(jié)構(gòu)域中的每一個含有三個⑶R。這些互補性決定區(qū)包括可變重或可變輕鏈的⑶R1、CDR2 以及 CDR3。術(shù)語“人類免疫組庫”意指從來自人類的免疫系統(tǒng)的B細胞分離的核酸的一個組庫。一個組庫可以是個體或群體的組庫，并且可以來自原始B細胞和/或經(jīng)歷了抗原的B細胞。本發(fā)明能夠確定一名單一個體的免疫組庫，其條件是獲得足夠的B細胞。優(yōu)選地，免疫組庫從多名個體獲得以避免樣本偏差。一個人類免疫組庫的實例描述于實例2-3中。一種“抗原”和“免疫原”被定義為被一種抗體特異性結(jié)合的任何分子。術(shù)語“對于一種抗原/免疫原具特異性”意指一種抗體與一種相應(yīng)分子之間的特異性締合。特異性可以通過實例11中所描述的方法(如ELISA和/或Biacore)來確定?！阿荝多樣化”或“多樣化的⑶R”是通過改變一個⑶R內(nèi)的氨基酸組成來獲得。一個多樣化的CDR可以發(fā)現(xiàn)于具有一個或多個相同框架區(qū)(例如種系框架區(qū))的抗體或片段的集合中，其中這些抗體或片段具有包括不同氨基酸序列的CDR3。多樣化的CDR可以通過本領(lǐng)域的技術(shù)人員已知的任何方法實現(xiàn)，包括由以下所描述的方法:W09708320，美國專利第6，300，064號，其全部內(nèi)容通過引用結(jié)合；W02008053275, US12/158, 181，其全部內(nèi)容通過引用結(jié)合；W007056441，US60/806，602，其全部內(nèi)容通過引用結(jié)合；W02009036379，US60/993, 785，其全部內(nèi)容通過引用結(jié)合；TO2009114815，12/922，153，其全部內(nèi)容通過引用結(jié)合；W0020617071、US12/762，051，其全部內(nèi)容通過引用結(jié)合。CDR—般已知是免疫原結(jié)合區(qū)，因此具有包括代表了⑶R (尤其⑶R3)內(nèi)一個大多樣性的成員的集合，這增加了一個集合將包括對于任何免疫原具有特異性和最佳特性的抗體或其片段的可能性。術(shù)語“變體”意指具有與另一抗體或片段不同的一種氨基酸序列的一種抗體或片段。術(shù)語“變體”包括在框架區(qū)的序列方面基本上相同、但在一個CDR區(qū)(例如CDR3)中具有不同氨基酸序列的抗體或片段。一個可變重鏈和可變輕鏈對的變體在框架區(qū)內(nèi)具有基本上相同的氨基酸序列，但在CDR3區(qū)內(nèi)具有不同氨基酸序列。術(shù)語“合成”或“合成的”意指基因合成，其中核酸序列被合成為物理性DNA，包括聚核苷酸。標準DNA合成包括單一核苷酸合成，其中產(chǎn)生單鏈寡核苷酸并且然后使用一個PCR樣組件將重疊寡核苷酸連接。如斯隆寧公司(Sloning)(德國普赫海姆(Puchheim, Germany))> 基因技術(shù)(Geneart)(德國雷根斯堡(Regensburg, Germany))、DNA2.0 (美國加利福尼亞州門洛帕克(Menlo Park, CA USA)),Entelechon (德國雷根斯堡)以及金斯瑞(Genscript)(美國新澤西州皮斯卡塔威(Piscataway, NJ USA))的公司提供了基因合成技術(shù)。斯隆寧公司例如利用了一組預(yù)先制造的雙鏈三聯(lián)核苷酸。術(shù)語“合成的”描述了在人體外通過合成或合成的例如DNA制造的一種分子。術(shù)語“合成的”還描述了由一種合成的DNA分子翻譯的一種蛋白，例如抗體或片段。術(shù)語“集合”或“庫”意指至少兩個成員。術(shù)語“成員”包括但不限于編碼抗體或其片段的核酸、或抗體或其片段本身。術(shù)語“核酸”在此與術(shù)語“聚核苷酸”或“DNA”可互換地使用并且是指呈單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸和其聚合物。該術(shù)語涵蓋了含有已知核苷酸類似物或被修飾的主鏈殘基或鍵聯(lián)的核酸，它們是合成的、天然存在的以及非天然存在的，具有與參考核酸類似的結(jié)合特性。此類類似物的實例包括但不限于硫代磷酸酯、氨基磷酸酯、膦酸甲酯、手性膦酸甲酯、2-0-甲基核糖核苷酸以及肽-核酸(PNAs)。除非另有指示，否則一種具體核酸序列還隱含地涵蓋了其保守地修飾的變體(例如簡并密碼子取代)和互補序列以及明確地指示的序列。確切地說，如下詳述，簡并密碼子取代可以通過產(chǎn)生其中一個或多個被選擇的(或所有)密碼子的第三位置被混合的堿基和/或脫氧肌苷殘基取代的序列來實現(xiàn)(巴策爾(Batzer)等人，核酸研究(Nucleic AcidRes.)19:5081, 1991 ;大冢(Ohtsuka)等人，生物化學雜志 260:2605-2608，1985 ;以及羅塞利尼(Rossolini)等人，分子與細胞探測(Mol.Cell.Probes) 8:91-98，1994)。如在此所使用，術(shù)語“密碼子優(yōu)化的”或“密碼子優(yōu)化”意指已改變一個核苷酸序列以使得它包括在特定生產(chǎn)系統(tǒng)(例如細胞或有機體)中是優(yōu)選的密碼子。將優(yōu)化的核苷酸序列工程化以保持原先由起始核苷酸序列編碼的氨基酸序列。另外，可以將核苷酸序列設(shè)計成完全或盡可能地無抑制基序、mRNA剪接位點、mRNA不穩(wěn)定性基序以及不希望的限制位點。還可以對GC含量、所希望的限制位點以及其他參數(shù)進行優(yōu)化?？梢詫⑿蛄袃?yōu)化用于在不同宿主(包括細菌或真核細胞，確切地說是哺乳動物細胞)中表達。由優(yōu)化的核苷酸序列編碼的氨基酸序列也可以稱為優(yōu)化的。術(shù)語“氨基酸”是指天然存在和合成的氨基酸，以及以與天然存在的氨基酸類似的一種方式起作用的氨基酸類似物和氨基酸模擬物。天然存在的氨基酸是由遺傳密碼編碼的氨基酸，以及后來被修飾的那些氨基酸，例如羥基脯氨酸、Y -羧基谷氨酸以及O-磷酸絲氨酸。氨基酸類似物是指具有與一種天然存在的氨基酸相同的基本化學結(jié)構(gòu)(即一個與氫、羧基、氨基以及R基團結(jié)合的α碳)的化合物，例如高絲氨酸、正亮氨酸、蛋氨酸亞砜、蛋氨酸甲基锍。此類類似物具有被修飾的R基團(例如正亮氨酸)或被修飾的肽主鏈，但保持與一種天然存在的氨基酸相同的基本化學結(jié)構(gòu)。氨基酸模擬物是指具有與氨基酸的一般化學結(jié)構(gòu)不同的一種結(jié)構(gòu)但以與天然存在的氨基酸類似的方式起作用的化合物。術(shù)語“多肽”和“蛋白”在此可互換地用以指氨基酸殘基的一種聚合物。術(shù)語“相同的”在兩個或更多個核酸或多肽序列的情形下是指相同的兩個或更多個序列或子序列。術(shù)語“載體”是指一種聚核苷酸分子，能夠輸送與其鍵聯(lián)的另一種聚核苷酸。優(yōu)選的載體是能夠?qū)λ鼈兯I聯(lián)的核酸進行自主復(fù)制和/或表達的載體。能夠引導(dǎo)可操作地與其鍵聯(lián)的核酸的表達的載體在此被稱為“表達載體”。一種類型的載體是一種“質(zhì)粒”，它是指另外的DNA片段可以連接到其中的一種環(huán)狀雙鏈DNA環(huán)。另一種類型的載體是一種病毒載體，其中另外的DNA片段可以連接到該病毒基因組中。某些載體能夠在它們被引入到其中的一個宿主細胞中自主復(fù)制(例如具有細菌復(fù)制起點的細菌載體和哺乳動物載體)。其他載體可以在被引入到宿主細胞中后整合到該宿主細胞的基因組中，并且從而與宿主基因組一起復(fù)制。此外，某些載體能夠引導(dǎo)它們可操作地鍵聯(lián)的基因的表達。此類載體在此被稱為“重組表達載體”(或簡單地說是“表達載體”)。一般來說，用于重組DNA技術(shù)中的表達載體通常呈質(zhì)粒形式。載體可以與原核或真核細胞相容。在本說明書中，“質(zhì)?！焙汀拜d體”可以可互換地使用，這是由于質(zhì)粒是最常用的載體形式。然而，本發(fā)明旨在包括提供等效功能的此類其他形式的表達載體，如病毒載體(例如復(fù)制缺陷反轉(zhuǎn)錄病毒、腺病毒以及腺伴隨病毒)。
載體典型地包括原核復(fù)制子，該原核復(fù)制子可以包括能夠引導(dǎo)一個細菌宿主細胞(如用其轉(zhuǎn)化的大腸桿菌(Escherichia coli))中VH-和/或VL-編碼同系物的表達(轉(zhuǎn)錄和翻譯)的原核啟動子。另外，載體包括用于哺乳動物細胞中的IgG表達載體，例如參見圖13-15。一種啟動子是由準許RNA聚合酶結(jié)合和轉(zhuǎn)錄發(fā)生的DNA序列形成的一種表達控制元件。典型地在含有便利性限制位點的質(zhì)粒載體中提供與細菌宿主相容的啟動子序列以便插入一個DNA片段。此類載體質(zhì)粒的實例包括可商購的pUC8、pUC9、pBR322和pBR329、pPL以及 PKK223。一種“展示載體”包括了具有引導(dǎo)重組DNA分子在一個用其轉(zhuǎn)化的宿主細胞(如一個細菌宿主細胞)中染色體外地復(fù)制和維持的能力的一種DNA序列。此類DNA序列在本領(lǐng)域中被熟知。展示載體可以例如是源自fd、M13或fl絲狀噬菌體類別的噬菌體載體或噬菌粒載體。此類載體能夠促進一種蛋白(包括例如一種結(jié)合蛋白或其片段)在一個絲狀噬菌體的表面上的展示。適合于在噬菌體、核糖體、DNA、細菌細胞或真核細胞(例如酵母或哺乳動物細胞)上展示的展示載體也在本領(lǐng)域中被已知，例如像病毒載體或編碼嵌合蛋白的載體一般。術(shù)語“重組宿主細胞”(或簡單地說是“宿主細胞”)是指重組表達載體已引入到其中的一種細胞。應(yīng)了解，此類術(shù)語旨在不僅指具體主體細胞，而且指這種細胞的后代。因為某些修飾可以在后代中由于突變或環(huán)境影響而發(fā)生，所以這種后代可能在事實上與親代細胞不同，但是仍然包括在如在此使用的術(shù)語“宿主細胞”的范圍內(nèi)。典型的宿主細胞是原核的(如細菌，包括但不限于大腸桿菌)或真核的(包括酵母、哺乳動物細胞以及更多種)。細菌細胞是優(yōu)選的原核宿主細胞并且典型地是大腸桿菌(E.coli)株，如例如從馬里蘭州貝塞斯達的貝塞斯達研究實驗室公司(Bethesda Research Laboratories, Inc., Bethesda, Md)可獲得的大腸桿菌株DH5。優(yōu)選的真核宿主細胞包括酵母和哺乳動物細胞，包括鼠類和嚙齒動物、優(yōu)選地是脊椎動物細胞，如來自小鼠、大鼠、猴或人類細胞系的細胞，例如HKBll細胞、PERC.6細胞或CHO細胞?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員所已知的多種轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染方法來將載體引入宿主細胞中，包括磷酸鈣沉淀、電穿孔、顯微注射、脂質(zhì)體融合、RBC血影融合、原生質(zhì)體融合、病毒感染等。單克隆全長抗體、Fab片段、Fv片段以及scFv片段的制造是熟知的。通過典型地取決于所使用的載體和細胞的類型的方法來用一種重組DNA分子對適當細胞宿主進行轉(zhuǎn)化。關(guān)于原核宿主細胞的轉(zhuǎn)化，參見例如柯亨(Cohen)等人，美國國家科學院院刊(Proceedings National Academy of Science, USA),第 69 卷，第2110頁(1972);和馬尼亞迪斯(Maniatis)等人，分子克隆實驗指南(MolecularCloning, a Laboratory Manual),冷泉港實驗室(Cold spring HarborLaboratory),冷泉港(Cold Spring Harbor),紐約(N.Y.) (1982)。關(guān)于用含有rDNA的反轉(zhuǎn)錄病毒載體對脊椎動物細胞進行轉(zhuǎn)化，參見例如佐爾格(Sorge)等人，分子細胞生物學(Mol.Cell.Biol.) ,4:1730-1737(1984);格雷安(Graham)等人，病毒學(Virol.)，52:456 (1973);以及威格勒(Wigler)等人，美國國家科學院院刊，第76卷，第1373-1376頁(1979)。eGFP (增強型綠色熒光蛋白)具有以下氨基酸序列:MSGSHHHHHHGTMVSKGEELFTGVVPILVELD⑶VNGHKFSVSGEGEGDAT YGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPE GYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKi7E⑶TLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEY NYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPI⑶GPVLL.pdnhylstqsaLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKSI。帶下劃線的并且呈斜體的氨基酸表示Hi s標簽，并且僅帶下劃線的氨基酸表示添加一種限制酶識別序列。抗體或其片段的集合本發(fā)明實現(xiàn)了抗體或其功能性片段以及編碼這樣的抗體或片段的核酸的集合，這些集合能夠用于針對任意靶標的治療性抗體的鑒別，其中這些抗體或片段在臨床上是可研發(fā)的，對病人安全有效。作為背景，發(fā)明人假設(shè)人體免疫組庫中那些豐富的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)?比如VH3-23/VK1-5)很可能具有良好的生物物理學特性，這些特性將會導(dǎo)致更有效的研發(fā)，并會提高所產(chǎn) 生的抗體在病人中的安全性和療效。這樣的良好生物物理學特性可以包括:a)Fab形式的高相對展示率；b)高相對Fab表達產(chǎn)率；c)Fab和IgG形式的溫度穩(wěn)定性；d)Fab和IgG形式的牛/鼠血清穩(wěn)定性；e)高IgGl表達產(chǎn)率；e)Fab和IgG形式的SEC單體含量(％單體);和/或f)高IgGl等電點(pi)。每個B細胞編碼一種抗體，每種抗體包括一可變重鏈和可變輕鏈。為了確定抗體的來源，即可變重鏈和可變輕鏈來源于哪個種系基因，可以將該抗體的可變重鏈和可變輕鏈中的每一個與種系基因序列(或種系蛋白序列)進行比對。因此，對每個抗體可以這樣說，該可變重鏈和可變輕鏈包括一個種系基因?qū)Γ蛘叻N系蛋白對，例如，與VK1-5配對的VH3-23。為了證明人體免疫組庫中那些豐富的種系蛋白對很可能具有良好的生物物理學特性這個假設(shè)，第一步是對人體免疫組庫中存在的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)?種系蛋白對)進行鑒別。在一些方面，數(shù)據(jù)是通過可用的公開文獻或數(shù)據(jù)庫以及對B細胞采樣而獲得的。對以下論文進行詳細鑒別和分析:Wardemann H.等人(2003)《科學》(Science)301，1374-1377和任何輔助表格；Yurasov S.等人(2005)《實驗醫(yī)學雜志》(J.Exp.Med.)201，703-712和任何輔助表格；Tsuiji Μ.等人(2006)《實驗醫(yī)學雜志》(J.Exp.Med.)203，393-401和任何輔助表格；Yurasov S.等人(2006)《實驗醫(yī)學雜志》(J.Exp.Med.)203，2255-2262 和任何輔助表格，Tiller T.等人(2007)《免疫》(Immunity) 26, 205-213和任何輔助表格，以及Mietzner B.等人(2008)《美國科學院院報》(PNAS)105，9727-9732和任何輔助表格，這些論文全部被整體引為參考。此外，可以采用Ig-Blast對NCBI這樣的數(shù)據(jù)庫進行搜索。截至2005年，該數(shù)據(jù)庫包含至少25，000個FASTA格式的重排人抗體序列。在22，500個條目之中，13，235個代表VH序列，I, 506個代表V κ , 2, 259個代表V λ。通常，在相關(guān)的可用公開文獻和數(shù)據(jù)庫中，隨后采用以下方法:從人體供體中分離B細胞，對這些B細胞分類，以確定它們的發(fā)育或分化階段，對代表編碼來自于每個B細胞的抗體的DNA的cDNA進行生成并擴增，對這些cDNA進行測序，將編碼可變重鏈和可變輕鏈的cDNA與已知的種系基因序列進行比對，并且確定來自于每個B細胞的種系基因?qū)?。在一些實施例中，該?shù)據(jù)是通過對人B細胞的采樣和分離而獲得的，這包括與文獻中所使用的方法相類似的方法。在這些方面，生成合成的抗體或其功能性片段的集合的方法包括獲取包含人體免疫組庫中存在的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)Φ臄?shù)據(jù)這一步驟；其中，該獲取步驟進一步包括這些步驟:aa)從樣品中分離人B細胞；ab)從B細胞生成cDNA ；ac) PCR擴增由B細胞得到的cDNA ；ad)對PCR產(chǎn)物進行測序；以及ae)鑒別這些PCR產(chǎn)物中的種系基因。兩個數(shù)據(jù)集都提供了人體免疫組庫中所存在的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)?。使用抗體序列數(shù)據(jù)，本領(lǐng)域內(nèi)的普通技術(shù)人員能夠鑒別每個VH、Vk和νλ可變結(jié)構(gòu)域的種系家族和/或基因。采用這種方法，本領(lǐng)域內(nèi)的普通技術(shù)人員能夠很容易地確定每個VH和VL種系家族和/或基因，和/或每個VH和VL結(jié)構(gòu)域?qū)Φ姆N系家族和/或基因的顯著性。對由文獻和B細胞獲得的原始數(shù)據(jù)進行聚池和分析，對人體免疫組庫中存在的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)?，按照每一對的?shù)量進行排列。根據(jù)此數(shù)據(jù)，很顯然，在人體免疫組庫中，某些可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)^其他的而言出現(xiàn)地更頻繁。這些占優(yōu)勢的種系對被期待具有優(yōu)越的生物物理學特性。下一步，必須確定將要對哪些種系蛋白對進行與可研發(fā)性相關(guān)的功能特性的測試，這是因為人體免疫組庫中有約2500對。一種方法將會對人體免疫組庫中出現(xiàn)地最占優(yōu)勢的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對進行測試，例如見表6。例如，可以選擇前四百對進行測試，或者選擇以超過某一閾值數(shù)目出現(xiàn)的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對。然而，這種方法將會需要對很大數(shù)量的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對序列進行合成與測試，因此，這樣一種方法將不會很有效率。作為一種可替代方法，發(fā)明人選擇可變重鏈和可變輕鏈種系對的一個子集，其中這個子集代表，精確地再現(xiàn)，或者涵蓋人體免疫組庫中的占優(yōu)勢的種系對的大多數(shù)。這種方法部分地基于這一觀察:少數(shù)可變重鏈，可變κ輕鏈和可變λ輕鏈種系基因在人體免疫組庫中是占主導(dǎo)地位的。Wildt等人在895-896描述了這一現(xiàn)象。Wildt等人還聲明，頻繁表達的的重鏈和輕鏈基因片段常常是配對的，并觀察到所采樣的配對中的半數(shù)只與五個種系對相對應(yīng)。因此，可以將少數(shù)占優(yōu)勢的重鏈和輕鏈種系基因(未配對的)組合起來以產(chǎn)生一組代表人體免疫組庫的對。因此，對原始數(shù)據(jù)進行分析，以確定人體免疫組庫中占優(yōu)勢的可變重鏈，可變K輕鏈和可變λ輕鏈(未配對的)種系基因。然后對占優(yōu)勢的可變重鏈，可變κ輕鏈和可變λ輕鏈種系蛋白序列進行評價，以確定它們的與研發(fā)相關(guān)的生物物理學特性。通過計算機模擬，對可變重鏈，可變κ輕鏈和可變λ輕鏈種系蛋白序列的下列特性進行評價:CDR長度，等電點(Pl )，優(yōu)選等電點為7.5或以上，因為這應(yīng)該會提供在ρΗ5.5至ρΗ7的標準配制緩沖液中的穩(wěn)定性，用于互補性決定區(qū)中的潛在翻譯后修飾位點(PTM’ s)的位點(特別是，N-鍵聯(lián)糖基化位點(NxS或NxT)或化學修飾，比如Asp酶切(常常在DP)，Asp異構(gòu)化(DS，DG)，脫酰胺化(NS，NG)，它們可以發(fā)生在體內(nèi)(血清中)或在配制緩沖液中儲存時，并能導(dǎo)致抗體結(jié)合的損失)，CDR中蛋氨酸的存在(當暴露于溶劑時，可以被氧化)，未配對半胱氨酸的存在(將會與任何其他未配對半胱氨酸形成二硫鍵，因此導(dǎo)致蛋白交聯(lián)和/或更低表達水平)，與種系的偏差，潛在的T細胞表位的存在，以及理論上的聚集傾向性。如表5和圖2與3中所示，通常選擇前20個VH，前8個VX和前12個Vk進行合成，組合及隨后的功能分析。對種系基因序列進行合成并且然后進行組合，以形成400個種系蛋白對，這些種系蛋白對代表在免疫組庫中所發(fā)現(xiàn)的種系基因?qū)?，其中每個可變區(qū)都具有如在計算機模擬中所鑒別的良好生物物理學特性。對這400個VH/VL種系蛋白對的以下特性進行測試:a)Fab形式的相對展示，在噬菌體產(chǎn)生和噬菌體ELISA之后得到；b)相對Fab表達產(chǎn)率，在大腸桿菌中產(chǎn)生Fab，大腸桿菌細胞裂解和所產(chǎn)生的Fab的ELISA檢測之后得到；c)Fab熱穩(wěn)定性，在大腸桿菌中產(chǎn)生Fab，大腸桿菌細胞裂解和提高溫度孵育后的未變性Fab的ELISA檢測之后得到；d)大腸桿菌溶菌產(chǎn)物中Fab的牛/鼠血清穩(wěn)定性，通過對在牛/鼠血清中孵育之后的未變性Fab進行ELISA檢測得到；e)相對人IgGl表達產(chǎn)率水平，在哺乳動物細胞中產(chǎn)生IgGl和細胞培養(yǎng)上清液中分泌的IgGl的ELISA檢測之后得到；以及f)人IgGl牛血清穩(wěn)定性，通過對在牛/鼠血清中孵育之后的未變性Fab進行ELISA檢測得到。從所測試的這400個種系蛋白對(結(jié)果如表12所示)中，選擇95對進行進一步的測試。在合成，表達和純化之后，以Fab和IgGl的形式，對圖16-24中所不的95個種系蛋白對的以下指標進行測試:a)純化的Fab的表達產(chǎn)率，以mg/L表示；b)純化的Fab的單體含量(％單體);c)純化的Fab的熱穩(wěn)定性；d)純化的IgGl的表達產(chǎn)率，以mg/L表示；e)純化的IgGl的單體含量(％單體)；f)純化的IgGl的熱穩(wěn)定性；g) IgGl等電點；以及h) IgGl酸暴露應(yīng)力測試，包括差式掃描熒光分析法(DSF)，吸收，動態(tài)光散射和顆粒染色。結(jié)果如圖16-24中所示。在一個實施例中，設(shè)定以下閾值:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ；ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；iii)由SEC所確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少98% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；v) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；以及vii)由SEC所確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99%。因此，在一個實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段包括包含一個種系蛋白對的種系蛋白序列的可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)，其中所述種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ;ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；iii)由SEC所確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少98% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；V) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；vi)由SEC所確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99%。在另外的實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段中的基本上全部的，或至少50%，或至少60%，或至少70%，或至少80%，或至少90%，或至少95%，或每一個，包括包含一個種系蛋白對的種系蛋白序列的可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)，其中所述種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ;ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；iii)由SEC所確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少98% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；V) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；vi)由SEC所確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99%。
在另外的實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段由或基本上由包含一個種系蛋白對的種系蛋白序列的可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)組成，其中所述種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L;ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；iii)由SEC所確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少98% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；V) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；vii)由SEC所確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99%。在某些實施例中，i)Fab形式的表達產(chǎn)率是由紫外分光光度法所確定的，采用消光系數(shù)1.538mL/mg，并在280nm測量吸光度。在某些實施例中，ii)Fab形式的熱穩(wěn)定性是由差示掃描熒光測定法所確定的，采用PBS緩沖液。在某些實施例中，iii) Fab形式·的單體含量(％單體)是由尺寸排阻色譜法所確定的，采用Superdex75HR10/30 柱和 ρΗ7.4 的 Gibco D-PBS 緩沖液。在某些實施例中，iV) IgGl形式的表達產(chǎn)率是由紫外分光光度法所確定的，采用消光系數(shù)1.369mL/mg，并在280nm測量吸光度。在某些實施例中，V) IgGl形式的熱穩(wěn)定性是由差示掃描熒光測定法所確定的，采用PBS緩沖液。在某些實施例中，vi) IgGl形式的單體含量(％單體)是由尺寸排阻色譜法所確定的，采用TosohTSK-Gel G3000Sffxl 柱和 ρΗ7.4 的 Gibco D-PBS 緩沖液。紫外分光光度法可以采用Nanadrop系統(tǒng)(peqlab公司，埃朗根,德國)進行。差式掃描突光分析法可以采用iCycler iQ5熱循環(huán)儀(伯樂公司(Biorad)進行。差式掃描突光分析法可以采用ρΗ7.4的Gibco D-PBS (英杰公司(Invitrogen),佩斯利(Paisley),美國)進行。尺寸排阻色譜法可以采用AKTA純化系統(tǒng)(GE醫(yī)療公司(GE Healthcare))進行。采用如上所述的方法，以下種系蛋白對(54)達到或超過了以下閾值:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ；ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；iii)由SEC所確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少98% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；v) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；以及vi)由SEC所確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99%，因此，它們具有與可研發(fā)性相關(guān)的優(yōu)越功能活性，(數(shù)據(jù)如圖16-24所示):VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQID NO:238);VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-46(SEQID N0:205)/VL3-21 (SEQ ID NO: 257) ; VH卜69*01 (SEQ ID NO: 206)/VL卜51 (SEQ IDNO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQ ID NO:234);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-11(SEQID N0:208)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQID N0:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-05(SEQ IDNO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06 (SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-16(SEQ ID NO:234);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-27(SEQ ID NO: 235);VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK3-11(SEQ IDNO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-15(SEQID N0:209)/VL2-14(SEQ ID NO: 254);VH3-21(SEQ ID NO: 210)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-21 (SEQ ID NO:210)/VK1-27 (SEQ ID NO:235);VH3-21(SEQ ID N0:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH3-23(SEQID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VL2-23(SEQ IDNO: 255);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256);VH3-30 (SEQ ID NO:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQID NO:213)/VL2-ll(SEQ ID NO:253) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK1-05(SEQ IDNO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-74(SEQID N0:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)VL1-51(SEQ IDNO:252);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL卜40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQID N0:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232) ;VH6-1(SEQ ID NO: 216)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和 VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。因此，包含任意數(shù)量的這些種系蛋白對的集合可以用于鑒別針對任意抗原的可研發(fā)的抗體或其片段。在一個方面，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括特定可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，例如，VH1-18/VK1-39。這意味著，該集合包括抗體或片段，其中這些抗體或片段的框架區(qū)包含VH1-18/VK1-39的種系蛋白序列，其中這些可變重鏈框架區(qū)包括VH1-18的種系蛋白序列并且這些可變輕鏈框架區(qū)包括VK1-39的種系蛋白序列。將大量的種系蛋白對作為構(gòu)建體(如實例5和實例9中所描述)，對它們的與研發(fā)相關(guān)的功能特性進行測試。一些被測試的構(gòu)建體表現(xiàn)出與可研發(fā)性相關(guān)的優(yōu)越功能特性。關(guān)于這些被測試的功能特性，發(fā)明人認為，輸入(用于選擇的針對一種抗原的抗體集合)與輸出(從該集合中鑒別出的對該抗原具有特異性的抗體)之間具有較高的相關(guān)性。因此，本發(fā)明的集合包括這樣的抗體或片段，這些抗體或片段在某種程度上包括與那些被測試的構(gòu)建體相同的氨基酸序列，例如框架區(qū)和/或互補性決定區(qū)。因為在一個方面這些集合包括被測試的構(gòu)建體的氨基酸序列或編碼它們的核酸，所以可以認為這些集合包括具有與被測試的構(gòu)建體相同的與可研發(fā)性相關(guān)的優(yōu)越功能特性的抗體或片段。因此，可以預(yù)計，隨后從這些集合中針對一種抗原的選出的抗體或片段也將具有相同的與可研發(fā)性相關(guān)的優(yōu)越功能特性。這個假設(shè)被實例11中所描述的實驗和數(shù)據(jù)所支持，見圖37-39，45-48，和62。在一些實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括從兩個或更多個，三個或更多個，四個或更多個，五個或更多個，六個或更多個，七個或更多個，八個或更多個，九個或更多個，十個或更多個，i^一個或更多個，十二個或更多個，十三個或更多個，十四個或更多個，十五個或更多個，十六個或更多個，十七個或更多個，十八個或更多個，十九個或更多個，二十個或更多個，二 i^一個或更多個，二十二個或更多個，二十三個或更多個，二十四個或更多個，二十五個或更多個，二十六個或更多個，二十七個或更多個，二十八個或更多個，二十九個或更多個，三十個或更多個，個或更多個，三十二個或更多個，三十三個或更多個，三十四個或更多個，三十五個或更多個，三十六個或更多個，三十七個或更多個，三十八個或更多個，三十九個或更多個，四十個或更多個，四十一個或更多個，四十二個或更多個，四十三個或更多個，四十四個或更多個，四十五個或更多個，四十六個或更多個，四十七個或更多個，四十八個或更多·個，四十九個或更多個，五十個或更多個，五十一個或更多個，五十二個或更多個，五十三個或更多個，或五十四個下述可變重鏈和可變輕鏈對中選出的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO: 204)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236) ; VH1-18 (SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQID N0:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH1-46(SEQ ID NO: 205)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL3-21(SEQ ID NO:257);VH1-69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-16(SEQ ID NO: 234);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQID N0:207)/VL1-51(SEQ ID NO: 252);VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VK1-05(SEQ IDNO:230);VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VK1-39 (SEQ ID NO:236);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-16(SEQ IDNO:234);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27 (SEQ ID NO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-15(SEQID N0:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL2-14(SEQ ID NO:254);VH3-21(SEQ ID N0:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-21(SEQID N0:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ;VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VK1-39(SEQ IDNO:236);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23 (SEQ ID NO:255);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256);VH3-30(SEQID N0:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ;VH3-53 (SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20 (SEQ ID NO:239);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQID NO: 215)/VL卜40(SEQ ID NO: 250);VH5-51(SEQ ID NO: 215)/VL卜51(SEQ IDNO:252);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238) ; VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO:239)和 VH6-1 (SEQ IDN0:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在一個實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段中，基本上全部，或至少50%，或至少60%，或至少70%，或至少80%，或至少90%，或至少95%，或每一個，包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括從以下可變重鏈和可變輕鏈對中選出的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO: 204)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236) ; VH1-18 (SEQID N0:204)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH1-18(SEQ ID NO: 204)/VK3-20(SEQ IDNO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL3-21(SEQ ID NO:257);VH1-69*01 (SEQID NO: 206)/VL卜51(SEQ ID NO: 252);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQ ID NO:234);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH3-07(SEQID N0:207)/VK3-15(SEQ ID NO: 238);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VL1-47(SEQ IDNO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51 (SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH3-11(SEQID N0:208)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-40(SEQ IDNO:250);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12 (SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-16(SEQ ID NO:234);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-15(SEQID N0:209)/VK3-11(SEQ ID NO: 237);VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VL卜40(SEQ IDNO:250);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL2-14(SEQ ID NO:254);VH3-21(SEQID N0:210)/VK1-12(SEQ ID NO: 233);VH3-21(SEQ ID NO: 210)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-23(SEQID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ;VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VL3-1(SEQ IDNO:256);VH3-30(SEQ ID NO:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ;VH3-74 (SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH3-74(SEQID N0:214)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ;VH5-51(SEQ ID NO: 215)/VK1-39(SEQ IDNO:236);VH5-51 (SEQ ID NO:215)/VL1-40 (SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ IDNO:216)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。一個實施例包括一個包含合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸的集合，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，或者包括由或基本上由以下可變重鏈和可變輕鏈對組成的的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQID NO:238);VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-46(SEQID N0:205)/VL3-21 (SEQ ID NO: 257) ; VH卜69*01 (SEQ ID NO: 206)/VL卜51 (SEQ IDNO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQ ID NO:234);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-11(SEQID N0:208)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-11 (SEQ I D NO:208)/VL卜40 (SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQID N0:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-05(SEQ IDNO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-16(SEQ ID NO:234);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK3-11(SEQ IDNO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40 (SEQ ID NO:250);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-15(SEQID N0:209)/VL2-14(SEQ ID NO: 254);VH3-21(SEQ ID NO: 210)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-21(SEQ ID N0:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH3-23(SEQID N0:211)/VK3-15(SEQ ID NO: 238);VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VL2-23(SEQ IDNO: 255);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256);VH3-30 (SEQ ID N0:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQID N0:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK1-05(SEQ IDNO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-74(SEQID N0:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VL卜51(SEQ IDNO:252);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQID N0:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232) ;VH6-1(SEQ ID NO: 216)/VK3-15(SEQ IDNO:<238);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和 VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在包括這54對或其子集的實施例中，可以選擇另外的對加入到該集合中，其中每一個加入的種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L,該Fab形式的表達產(chǎn)率由紫外分光光度法所確定，采用消光系數(shù)1.538mL/mg，在280nm測量吸光度，ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性，該Fab形式的熱穩(wěn)定性由差示掃描熒光測定法所確定，采用PBS緩沖液，iii) Fab形式的單體含量(％單體)至少98%，該Fab形式的單體含量由尺寸排阻色譜法所確定，采用Superdex75HR10/30柱和pH7.4的Gibco D-PBS緩沖液，iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L，該IgGl形式的表達產(chǎn)率由紫外分光光度法所確定，采用消光系數(shù)1.369mL/mg，在280nm測量吸光度，V) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性，該IgGl形式的熱穩(wěn)定性由差示掃描熒光測定法所確定，采用PBS緩沖液，以及vi) IgGl形式的單體含量(％單體)至少99%，該IgGl形式的單體含量由尺寸排阻色譜法所確定，采用Tosoh TSK-Gel G3000Sffxl柱和pH7.4的Gibco D-PBS緩沖液。紫外分光光度法可以采用Nanadrop系統(tǒng)(peqlab公司，埃朗根,德國)進行。差示掃描熒光測定法可以采用iCycler iQ5熱循環(huán)儀(伯樂公司)進行。差示掃描熒光測定法可以采用PH7.4的Gibco D-PBS (英杰公司，佩斯利，美國)進行。尺寸排阻色譜法可以采用Akta純化系統(tǒng)(ge醫(yī)療公司)進行。本披露的實施例包括具有與可研發(fā)性相關(guān)的優(yōu)越功能特性的上述種系蛋白對
(54)的子集。在一個實施例中，基于所鑒別的應(yīng)力測試數(shù)據(jù)的比較選擇種系蛋白對的一個子集(54個中的36個)，鑒別采用的是實例9.2.6 (a-d)中所描述的方法，圖19-24、實例
9.2.6 (a-d)中所示的數(shù)據(jù)，圖49-54以及實例9.2.7中所示的數(shù)據(jù)，圖55-60中所示的得分。這些應(yīng)力測試方法對95個種系蛋白對以IgGl形式進行評價，以確定它們對酸暴露和玻璃珠攪拌的承受能力。在一個實施例中的這36個種系蛋白對被選定，因為它們表現(xiàn)出對酸和攪拌應(yīng)力的強耐受性，因而它們具有與可研發(fā)性相關(guān)的另外的優(yōu)越功能特性。在一個實施例中所選擇的這36個種系蛋白對，達到了該54對的所有閾值功能活性，而且，在應(yīng)力測試累計得分中，達到了或超過了 1225 (如實例9.2.7中所描述)，該得分根據(jù)以下特征對這些種系蛋白對進行評價 :酸暴露前后在320nm的吸收，酸暴露前后的半徑和多分散性％，酸暴露前后的顆粒染色，玻璃珠攪拌前后在320nm的吸收，玻璃珠攪拌后的半徑和多分散性％，以及玻璃珠攪拌后的顆粒染色。在本實施例中所選擇的這36個種系蛋白對，具有達到或超過每個標準的以下閾值的值:a)純化的Fab的表達產(chǎn)率(如實例9.1.1中所描述)至少2.5mg/L ；b)純化的IgGl的表達產(chǎn)率(如實例9.2.1中所描述)至少30.0mg/L ；c)純化的Fab的熱穩(wěn)定性(如實例9.1.2中所描述)至少70° C ；d)純化的IgGl的熱穩(wěn)定性(如實例9.2.2中所描述)至少73° C ；e)純化的Fab的單體含量(如實例9.1.3中所描述)至少98% ；f)純化的IgGl的單體含量(如實例9.2.3中所描述)至少99%，以及g)應(yīng)力測試累計得分(如實例9.2.7中所描述)至少1225。因此，在一個實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239) ; VH1-46 (SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-69*01 (SEQID NO: 206)/VL卜51(SEQ ID NO: 252);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQID N0:207)/VL1-51(SE Q ID NO:252) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-40(SEQ IDNO:250);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12 (SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQID NO:209)/VL卜51 (SEQ ID NO:252) ;VH3-21(SEQ ID NO: 210)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VIQ-39(SEQ ID NO:236);VH3-23(SEQ ID N0:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-23(SEQID N0:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256) ;VH3-53(SEQ ID NO: 213)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11 (SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK3-20(SEQ IDNO:239);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQID N0:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在包括這36對或其子集的實施例中，可以選擇另外的對加入到該集合中，其中所加入的每個種系蛋白對都包括以下特性:i) Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/l，該Fab形式的表達產(chǎn)率由紫外分光光度法所確定，采用消光系數(shù)1.538mL/mg，在280nm測量吸光度，ii) Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性，該Fab形式的熱穩(wěn)定性由差示掃描熒光測定法所確定，采用PBS緩沖液，
iii) Fab形式的單體含量(％單體)至少98%，該Fab形式的單體含量由尺寸排阻色譜法所確定，采用Superdex75HR10/30柱和pH7.4的Gibco D-PBS緩沖液，iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/l，該IgGl形式的表達產(chǎn)率由紫外分光光度法所確定，采用消光系數(shù)1.369mL/mg，在280nm測量吸光度，V) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性，該IgGl形式的熱穩(wěn)定性由差示掃描熒光測定法所確定，采用PBS緩沖液，以及vi) IgGl形式的單體含量(％單體)至少99%，該IgGl形式的單體含量由尺寸排阻色譜法所確定，采用Tosoh TSK-Gel G3000Sffxl柱和pH7.4的Gibco D-PBS緩沖液。紫外分光光度法可以采用Nanadrop系統(tǒng)(peqlab公司，埃朗根,德國)進行。差示掃描熒光測定法可以采用iCycler iQ5熱循環(huán)儀(伯樂公司)進行。差示掃描熒光測定法可以采用PH7.4的Gibco D-PBS (英杰公司，佩斯利，美國)進行。尺寸排阻色譜法可以采用Akia純化系統(tǒng)(ge醫(yī)療公司)進行。在實施例中，一個集合具有合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段中，基本上全部，或至少50%，或至少60%，或至少70%，或至少80%，或至少90%，或至少95%，或每一個，包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括選自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239) ; VH1-46 (SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-69*01 (SEQID NO: 206)/VL卜51(SEQ ID NO: 252);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQID N0:207)/VL1-51(SE Q ID NO:252) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-40(SEQ IDNO:250);VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL卜47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQID NO: 209)/VL卜51(SEQ ID NO:252) ;VH3-21(SEQ ID NO: 210)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39 (SEQ ID NO:236);VH3-23(SEQ ID N0:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-23(SEQID N0:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256) ;VH3-53(SEQ ID NO: 213)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-1I(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK3-20(SEQ IDNO:239);VH5-51 (SEQ ID NO:215)/VIQ-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQ ID N0:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQID N0:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在其他實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括選自以下可變重鏈和可變輕鏈對中的兩個或更多個，三個或更多個，四個或更多個，五個或更多個，六個或更多個，七個或更多個，八個或更多個，九個或更多個，十個或更多個，i^一個或更多個，十二個或更多個，十三個或更多個，十四個或更多個，十五個或更多個，十六個或更多個，十七個或更多個，十八個或更多個，十九個或更多個，二十個或更多個，二 i^一個或更多個，二十二個或更多個，二十三個或更多個，二十四個或更多個，二十五個或更多個，二十六個或更多個，二十七個或更多個，二十八個或更多個，二十九個或更多個，三十個或更多個，個或更多個，三十二個或更多個，三十三個或更多個，三十四個或更多個，三十五個或更多個，或三十六個的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239) ; VH1-46 (SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VHl-69*01 (SEQID NO: 206)/VL卜51(SEQ ID NO: 252);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQID NO: 207)/VL卜51(SEQ ID NO: 252);VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-40(SEQ IDNO:250);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL卜47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQID NO: 209)/VL卜51(SEQ ID NO:252) ;VH3-21(SEQ ID NO: 210)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-23(SEQID NO:211)/VL3-l(SEQ ID NO:256) ;VH3-53(SEQ ID NO: 213)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-1I(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-12(SEQ ID NO: 233);VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK3-20(SEQ IDNO:239);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQID N0:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在一個實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，或者包括由或基本上由以下可變重鏈和可變輕鏈對組成的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-23(SEQID N0:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23 (SEQ ID NO:255);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQID NO:213)/VL2-ll(SEQ ID NO:253) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK1-05(SEQ IDNO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH5-51(SEQID N0:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ;VH5-51(SEQ ID NO: 215)/VL卜40(SEQ IDNO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL卜51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09 (SEQ ID NO: 232) ;VH6-1(SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO:239)和 VH6-1 (SEQ IDN0:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在另一個實施例中，對每個標準選擇如下閾值:a)純化的Fab表達產(chǎn)率(如實例9.1.1中所描述)至少2.5mg/L ；b)純化的IgGl表達產(chǎn)率(如實例9.2.1中所描述)至少30.0mg/L ；c)純化的Fab的熱穩(wěn)定性(如實例9.1.2中所描述)至少70。C ；d)純化的IgGl的熱穩(wěn)定性(如實例9.2.2中所描述)至少73° C ；e)純化的Fab的單體含量(如實例9.1.3中所描述)至少99% ；f)純化的IgGl的單體含量(如實例9.2.3中所描述)至少99% ；g)純化的IgGl的等電點( 如實例9.2.4中所描述)至少8.3 ;以及h)應(yīng)力測試累計得分(如實例9.2.7中所描述)至少1225。因此，在一個實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段包括包含一個種系蛋白對的種系蛋白序列的可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)，其中所述種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L;ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；iii)由SEC所確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少99% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；V) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；vi)由SEC所確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99% ；以及vii) IgGl形式的等電點至少8.3。在某些實施例中，i)Fab形式的表達產(chǎn)率由紫外分光光度法所確定，采用消光系數(shù)1.538mL/mg，在280nm測量吸光度。在某些實施例中，
ii)Fab形式的熱穩(wěn)定性由差示掃描熒光測定法所確定，采用PBS緩沖液。在某些實施例中，iii) Fab形式的單體含量(％單體)是由尺寸排阻色譜法所確定的，采用Superdex75HR10/30 柱和 ρΗ7.4 的 Gibco D-PBS 緩沖液。在某些實施例中，iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率由紫外分光光度法所確定，采用消光系數(shù)1.369mL/mg,在280nm測量吸光度。在某些實施例中，V) IgGl形式的熱穩(wěn)定性由差示掃描熒光測定法所確定，采用PBS緩沖液。在某些實施例中，vi) IgGl形式的單體含量(％單體)由尺寸排阻色譜法所確定，采用Tosoh TSK-GelG3000Sffxl 柱和 ρΗ7.4 的 Gibco D-PBS 緩沖液。紫外分光光度法可以采用Nanadrop系統(tǒng)(peqlab公司，埃朗根,德國)進行。差示掃描熒光測定法可以采用iCycler iQ5熱循環(huán)儀(伯樂公司)進行。差示掃描熒光測定法可以采用PH7.4的Gibco D-PBS (英杰公司，佩斯利，美國)進行。尺寸排阻色譜法可以采用ΛΚΤΛ純化系統(tǒng)(GE醫(yī)療公司)進行。在另外的實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段中，基本上全部，或至少50%，或至少60%，或至少70%，或至少80%，或至少90%，或至少95%，或每一個，包括包含一個種系蛋白對的種系蛋白序列的可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)，其中所述種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ;ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；iii)由SEC所確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少99% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；V) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；vi)由SEC所確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99% ；以及vii) IgGl形式的等電點至少8.3。在另外的實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段由或基本上由包括一個種系蛋白對的種系蛋白序列的可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)組成，其中所述種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ;ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；iii)由SEC所確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少99% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；V) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性；vi)由SEC所確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99% ；以及vii) IgGl形式的等電點至少8.3。以下種系蛋白對(33)達到或超過了以下閾值:a)純化的Fab表達產(chǎn)率(如實例9.1.1中所描述)至少2.5mg/L ；b)純化的IgGl表達產(chǎn)率(如實例9.2.1中所描述)至少30.0mg/L ；c)純化的Fab的熱穩(wěn)定性(如實例9.1.2中所描述)至少70° C ；d)純化的IgGl的熱穩(wěn)定性(如實例9.2.2中所描述)至少73° C ；e)純化的Fab的單體含量(如實例9.1.3中所描述)至少99% ；f)純化的IgGl的單體含量(如實例9.2.3中所描述)至少99% ；g)純化的IgGl的等電點(如實例9.2.4中所描述)至少8.3;以及h)應(yīng)力測試累計得分(如實例9.2.7中所描述)至少1225，因此，它們具有與可研發(fā)性相關(guān)的優(yōu)越功能活性:VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11 (SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-23(SEQID N0:211)/VK3-15(SEQ ID NO: 238);VH3-53(SEQ ID NO: 213)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQ ID N0:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-12(SEQ ID NO: 233);VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK3-20(SEQ IDNO:239);VH5-51 (SEQ ID NO:215)/VK1-39 (SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQ ID N0:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQID N0:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。因此，在一個實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239) ; VH1-46 (SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-69*01 (SEQID NO: 206)/VL卜51(SEQ ID NO: 252);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQID NO: 207)/VL卜51(SEQ ID NO: 252);VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-40(SEQ IDNO:250);VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQID NO: 209)/VL卜51(SEQ ID NO:252) ;VH3-21(SEQ ID NO: 210)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12 (SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQID NO: 215)/VL卜40(SEQ ID NO:250) ;VH5-51(SEQ ID NO: 215)/VL卜51(SEQ IDNO:252);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和 VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在包括這33對或其子集的實施例中，可以選擇另外的對加入到該集合中，其中所加入的每一個種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L,該Fab形式的表達產(chǎn)率由紫外分光光度法所確定，采用消光系數(shù)1.538mL/mg，在280nm測量吸光度，ii)Fab形式在70° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性，該Fab形式的熱穩(wěn)定性由差示掃描熒光測定法所確定，采用PBS緩沖液，iii) Fab形式的單體含量(％單體)至少99%，該Fab形式的單體含量由尺寸排阻色譜法所確定，采用Superdex75HR10/30柱和pH7.4的Gibco D-PBS緩沖液，iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L，該IgGl形式的表達產(chǎn)率由紫外分光光度法所確定，采用消光系數(shù)1.369mL/mg，在280nm測量吸光度，V) IgGl形式在73° C或更高溫度為熱穩(wěn)定性，該IgGl形式的熱穩(wěn)定性由差示掃描熒光測定法所確定，采用PBS緩沖液，以及vi) IgGl形式的單體含量(％單體)至少99%，該IgGl形式的單體含量由尺寸排阻色譜法所確定，采用Tosoh TSK-Gel G3000Sffxl柱和pH7.4的Gibco D-PBS緩沖液。紫外分光光度法可以采用Nanadrop系統(tǒng)(peqlab公司，埃朗根,德國)進行。差示掃描熒光測定法可以采用iCycler iQ5熱循環(huán)儀(伯樂公司)進行。差示掃描熒光測定法可以采用PH7.4的Gibco D-PBS (英杰公司，佩斯利，美國)進行。尺寸排阻色譜法可以采用ΛΚΤΛ純化系統(tǒng)(GE醫(yī)療公司)進行。在包括這33對或其子集的實施例中，可以選擇另外的對加入到該集合中，其中所加入的每一個種系蛋白對進一步包括以下特性:vii) IgGl形式的等電點至少8.3。在另一個實施例中，為了提高多樣性，多個對被加入到一個集合中，即使這些對本身并未達到所有的每個標準內(nèi)的閾值。在一個實施例中，33個種系蛋白對的集合進一步包括:VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39 (SEQ ID NO:236) ; VH3-23 (SEQ ID N0:211)/VL2-23 (SEQ ID NO:255);和 VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VL3-1 (SEQ ID NO:256) 在本實施例中，該集合包括(36 對):VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239) ; VH1-46 (SEQID N0:205)/VK3-15(SEQ ID NO: 238);VH1-46(SEQ ID NO: 205)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQID N0:207)/VK3-15(SEQ ID NO: 238);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VL1-47(SEQ IDNO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-51(SEQ ID NO: 252);VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL2-23(SEQ IDNO:255);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05 (SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK3-11(SEQ IDNO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL卜51(SEQ ID NO:252);VH3-21(SEQ ID N0:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH3-23(SEQID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VL2-23(SEQ IDNO: 255);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256);VH3-53 (SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39 (SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQID NO:215)/VL卜40(SEQ ID NO:250) ;VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL卜51 (SEQ IDNO:252);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和 VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在實施例中，包含任意數(shù)量的這些種系蛋白對或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸的集合可以用于鑒別針對任意抗原的可研發(fā)的抗體或其片段。在一些實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括種系蛋白序列，這些種系蛋白序列選自兩個或更多個，三個或更多個，四個或更多個，五個或更多個，六個或更多個，七個或更多個，八個或更多個，九個或更多個，十個或更多個，i^一個或更多個，十二個或更多個，十三個或更多個，十四個或更多個，十五個或更多個，十六個或更多個，十七個或更多個，十八個或更多個，十九個或更多個，二十個或更多個，二 i^一個或更多個，二十二個或更多個，二十三個或更多個，二十四個或更多個，二十五個或更多個，二十六個或更多個，二十七個或更多個，二十八個或更多個，二十九個或更多個，三十個或更多個，個或更多個，三十二個或更多個，三十三個或更多個可變重鏈和可變輕鏈對，這些可變重鏈和可變輕鏈對選自下組，該組由以下各項組成:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239) ; VH1-46 (SEQID N0:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH1-46(SEQ ID NO: 205)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQID N0:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VL1-47(SEQ IDNO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL卜51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL2-23(SEQ IDNO:255);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05 (SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK3-11(SEQ IDNO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL卜51(SEQ ID NO:252);VH3-21(SEQ ID N0:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH3-53(SEQ ID NO: 213)/VL2-11(SEQ IDNO:253);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05 (SEQ ID NO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQID N0:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ;VH5-51(SEQ ID NO: 215)/VK1-39(SEQ IDNO:236);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ IDN0:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和 VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。在一個實施例中，一個集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中這些抗體或功能性片段中，基本上全部，或至少50%，或至少60%，或至少70%，或至少80%，或至少90%，或至少95%，或每一個，包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括選自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239) ; VH1-46 (SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51 (SEQ ID NO:252);VH1-69*01 (SEQID NO: 206)/VL卜51(SEQ ID NO: 252);VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQID N0:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-40(SEQ IDNO:250);VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL卜47 (SEQ ID NO:251);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQID NO: 209)/VL卜51(SEQ ID NO:252) ;VH3-21(SEQ ID NO: 210)/VK1-12(SEQ IDNO:233);VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15 (SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQ ID N0:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-05(SEQ ID NO: 230);VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK1-06(SEQ IDNO:231);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-74(SEQ ID N0:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQID NO: 215)/VL卜40(SEQ ID NO: 250);VH5-51(SEQ ID NO: 215)/VL卜51(SEQ IDNO:252);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID N0:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和 VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。一個實施例包括一個合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸的集合，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，或者包括由或基本上由以下可變重鏈和可變輕鏈對組成的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH1-69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ;VH3-07(SEQ ID NO: 207)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251);VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ;VH3-11(SEQ ID NO: 208)/VL1-51(SEQ IDNO:252);VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-15(SEQ ID NO: 209)/VK1-27(SEQ IDNO:235);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237);VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233);VH3-23(SEQID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ;VH3-53(SEQ ID NO: 213)/VK3-15(SEQ IDNO:238);VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-1I(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231);VH3-74(SEQID N0:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ;VH3-74(SEQ ID NO: 214)/VK3-20(SEQ IDNO:239);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250);VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252);VH6-1(SEQID N0:216)/VK1 -09(SEQ ID NO:232);VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)和VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。本發(fā)明的另一個方面是集合可用于鑒別針對任意免疫原的抗體或其功能性片段的能力。因此在一些實施例中，這些集合包括可變重鏈框架區(qū)和可變輕鏈框架區(qū)，這些可變重鏈框架區(qū)和可變輕鏈框架區(qū)包含至少兩個不同種系蛋白對；至少三個不同種系蛋白對；至少四個不同種系蛋白對；至少五個不同種系蛋白對；至少六個不同種系蛋白對；至少七個不同種系蛋白對；至少八個不同種系蛋白對；至少九個不同種系蛋白對；至少十個不同種系蛋白對；至少十一個不同種系蛋白對；至少十二個不同種系蛋白對；至少十三個不同種系蛋白對；至少十四個不同種系蛋白對；至少十五個不同種系蛋白對；至少十六個不同種系蛋白對；至少十七個不同種系蛋白對；至少十八個不同種系蛋白對；至少十九個不同種系蛋白對；至少二十個不同種系蛋白對；至少21個不同種系蛋白對；至少22個不同種系蛋白對；至少23個不同種系蛋白對；至少24個不同種系蛋白對；至少25個不同種系蛋白對；至少26個不同種系蛋白對；至少27個不同種系蛋白對；至少28個不同種系蛋白對；至少29個不同種系蛋白對；至少30個不同種系蛋白對；至少31個不同種系蛋白對；至少32個不同種系蛋白對；至少33個不同種系蛋白對；至少34個不同種系蛋白對；至少35個不同種系蛋白對；至少36個不同種系蛋白對；至少37個不同種系蛋白對；至少38個不同種系蛋白對；至少39個不冋種系蛋白對；至少40個不冋種系蛋白對；至少41個不冋種系蛋白對；至少42個不同種系蛋白對；至少43個不同種系蛋白對；至少44個不同種系蛋白對；至少45個不同種系蛋白對；至少46個不同種系蛋白對；至少47個不同種系蛋白對；至少48個不同種系蛋白對；至少49個不同種系蛋白對；至少50個不同種系蛋白對；至少51個不同種系蛋白對；至少52個不同種系蛋白對；至少53個不同種系蛋白對；至少54個不同種系蛋白對的種系蛋白序列。因為在人體中的較低的潛在免疫原性是治療性抗體的一個目標，在一個方面，這些集合包括包含種系蛋白序列或編碼它們的核酸的框架區(qū)。另外，為了維持低免疫原性風險，可以采用包括種系蛋白序列的互補性決定區(qū)。在一個實施例中，這些集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包含來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中這些可變重鏈和可變輕鏈的互補性決定區(qū)的氨基酸和核酸序列在圖25-33中描述。更特別地，在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括CDRl區(qū)，這些CDRl區(qū)包含來自各自的可變重鏈和/或可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中這些可變重鏈和可變輕鏈的CDRl區(qū)的氨基酸和核酸序列在圖25，28，和31以及對應(yīng)的SEQ ID NO:204-265中描述在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括HCDRl區(qū)，這些CDRl區(qū)包含來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中這些可變重鏈和可變輕鏈的HCDRl區(qū)的氨基酸和核酸序列在圖25以及對應(yīng)的SEQ ID NO =204-229中描述。在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括LCDRl區(qū)，這些LCDRl區(qū)包含來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中這些可變重鏈和可變輕鏈的IXDRl區(qū)的氨基酸和核酸序列在圖28和31以及對應(yīng)的SEQID NO:230-265中描述。在另一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括CDR2區(qū)，這些CDR2區(qū)包含來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中這些可變重鏈和可變輕鏈的CDR2區(qū)的氨基酸和核酸序列在圖26，29和32以及對應(yīng)的SEQ IDNO =204-265中描述。在另一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括HCDR2區(qū)，這些HCDR2區(qū)包含來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中這些可變重鏈和可變輕鏈的HCDR2區(qū)的氨基酸和核酸序列在圖26以及對應(yīng)的SEQ ID NO =204-229中描述。在另一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括LCDR2區(qū)，這些LCDR2區(qū)·包含來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中這些可變重鏈和可變輕鏈的IXDR2區(qū)的氨基酸和核酸序列在圖29和32以及對應(yīng)的SEQ IDNO =230-265 中描述。本披露的一個方面包括對種系互補性決定區(qū)進行修飾，以消除潛在的翻譯后修飾位點(PTM)。經(jīng)修飾以消除PTM的可變重鏈互補性決定區(qū)的實例在圖34-36中給出。在一個方面，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個或多個具有氨基酸修飾的互補性決定區(qū)，這些氨基酸修飾消除了潛在的翻譯后修飾位點。在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包含來自各自的可變重鏈的、在圖34-36中所描述的互補性決定區(qū)序列或編碼它們的核酸序列。在另一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括HCDRl區(qū)，這些HCDRl區(qū)包含來自各自的可變重鏈的、在圖34-36中所描述的HCDRl或編碼其的核酸。低PTM HCDRl的氨基酸序列被描述于SEQ ID NO:266-278。低PTM HCDRl的核酸序列被描述于SEQ ID NO:279-291。在另一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括HCDR2區(qū)，這些HCDR2區(qū)包含來自各自的可變重鏈的、在圖34-36中所描述的HCDR2區(qū)或編碼它們的核酸。低PTM HCDR2的氨基酸序列被描述于SEQ ID NO:266_278。低PTM HCDR2的核酸序列被描述于 SEQ ID NO =279-291 ο本披露的一個方面包括在這些集合中使用種系FR4序列。在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包含選自下組的FR4區(qū)，該組由以下各項組成:JH4 (SEQ ID NO: 293), Jk I (SEQID NO:297)、和JA 2/3 (SEQ ID N0:301)o在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個種系JH4FR4區(qū)，該JH4FR4區(qū)的氨基酸或核酸序列在圖40中描述。該JH4FR4氨基酸序列在(SEQID NO:293)和(SEQ ID NO:295)中描述。該 JH4FR4核酸序列在(SEQ ID NO:292)和(SEQ IDNO:294)中描述。在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個種系Jk 1FR4區(qū)，該Jk 1FR4區(qū)的氨基酸或核酸序列在圖40中描述。該J K 1FR4氨基酸序列在(SEQ ID NO: 297)中描述。該 J K 1FR4 核酸序列在(SEQ ID NO: 296), (SEQ ID NO: 298)和(SEQ ID NO: 299)中描述。在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個種系J λ 2/3FR4區(qū)，該J λ 2/3FR4區(qū)的氨基酸或核酸序列在圖40中描述。該J λ 2/3FR4氨基酸序列在(SEQ ID Ν0:301)中描述。該J λ 2/3FR4 核酸序列在(SEQ ID NO: 300), (SEQ ID NO: 302)和(SEQ ID NO: 303)中描述。
在一個方面，為了增強對針對任意抗原的抗體或其片段進行鑒別的能力，集合包括一個多樣化CDR3區(qū)。在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個多樣化HCDR3區(qū)。在一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個多樣化LCDR3區(qū)。在另一個方面，為了增強對針對任意抗原的抗體或其片段進行鑒別的能力，集合包括至少IXlO4個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXlO5個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXIO6個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXIO7個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXIO8個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXIO9個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IX101°個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXIO11個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸。在一個實施例中，這些集合包括抗體或合成的編碼這樣的抗體的核酸，這些抗體選自由人IgGl，IgG2，IgG3，IgG4，IgA, IgE, IgM和IgD組成的組。在一個實施例中，這些集合包括抗體片段或合成的編碼這樣的片段的核酸，這些片段選自由Fab，F(xiàn) (ab’)2，F(xiàn)ab’，F(xiàn)v和scFv組成的組。在實施例中，這些集合的抗體的IgG重鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖41A-B中所示的氨基酸序列(SEQ ID N0:305)。在其他實施例中，編碼該集合的抗體的IgG重鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖41A-B中所示的核酸序列(SEQ ID NO: 304)。在實施例中，這些這些集合的抗體片段的Fab重鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖42中所示的氨基酸序列(SEQ ID NO: 307)。在其他實施例中，編碼該集合的抗體的Fab重鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖42中所示的核酸序列(SEQ IDNO: 306)。在實施例中，這些集合的抗體或抗體片段的IgG (SEQ ID NO: 309)和/或Fab(SEQID N0:311)kappa輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖43中所示的氨基酸序列。在其他實施例中，編碼這些集合的抗體或抗體片段的IgG (SEQ ID NO: 308)和/或Fab (SEQ ID NO: 310) kappa輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖43中所示的核酸序列。在實施例中，這些集合的抗體或抗體片段的IgG(SEQ ID NO: 313)和/或Fab (SEQ ID NO: 315) lambda輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖44中所示的氨基酸序列。在其他實施例中，編碼這些集合的抗體或抗體片段的IgG(SEQ IDNO: 312)和/或Fab (SEQ ID NO: 314) lambda輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖44中所示的核酸序列。一個方面包括一個載體，該載體包括在此所描述的核酸的集合。在一個實施例中，該載體包括一個展示載體。在一個實施例中，該載體包括一個噬菌粒載體，酵母展示或哺乳動物展示載體。一個方面是重組宿主細胞，該重組宿主細胞包括在此描述的核酸，或一個在此描述的載體。在一個實施例中，該重組宿主是原核的或真核的。在實施例中，該重組宿主細胞是大腸桿菌，哺乳動物細胞或酵母。

制造方法一個方面包括在此描述的生產(chǎn)這些集合的方法。一個方面包括生產(chǎn)一個集合的一個方法，該集合是合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸的集合，該方法包括a)鑒別人類免疫組庫中存在的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)?；b)測試步驟a)中鑒別的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對的以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L;ii)Fab形式在70° C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；iii)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少98% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少為30mg/L的；V) IgGl形式在73° C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；以及vii)如通過SEC確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99% ；c)產(chǎn)生一個集合，其中基本上全部的、或至少50%、或至少60%、或至少70%、或至少80%、或至少90%、或至少95%、或其中的各個、或這些抗體或其功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括滿足步驟b)的特性的種系蛋白對的種系蛋白序列。在該方法的某些實施例中，i)Fab形式的表達產(chǎn)率是通過紫外分光光度法采用1.538mL/mg的消光系數(shù)和在280nm測量吸收度而確定的。在某些實施例中，
ii)Fab形式的熱穩(wěn)定性是由差示掃描熒光測定法所確定的，采用PBS緩沖液。在某些實施例中，iii) Fab形式的單體含量(％單體)是由尺寸排阻色譜法所確定的，采用Superdex75HR10/30 柱和 ρΗ7.4 的 Gibco D-PBS 緩沖液。在某些實施例中，iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率是通過紫外分光光度法采用1.369mL/mg的消光系數(shù)和在280nm測量吸收度而確定的。在某些實施例中V) IgGl形式的熱穩(wěn)定性是由差示掃描熒光測定法所確定的，采用PBS緩沖液。在某些實施例中，vi) IgGl形式的單體含量(％單體)是由尺寸排阻色譜法所確定的，采用TosohTSK-Gel G3000Sffxl 柱和 ρΗ7.4 的 Gibco D-PBS 緩沖液?？刹捎肗anadrop系統(tǒng)(peqlab公司，埃朗根，德國)進行紫外分光光度測定?？刹捎胕Cycler iQ5熱循環(huán)儀(伯樂公司)進行差示掃描熒光測定法。可采用pH7.4的GibcoD-PBS (英杰公司，佩斯利，美國)進行差示掃描熒光測定法?？刹捎肁KTA純化系統(tǒng)(GE醫(yī)療公司)進行尺寸排阻色譜分析。在一個實施例中，步驟a)進一步包含步驟aa)從一個樣品中分離人類B細胞；ab)從這些B細胞中生成cDNA ；ac)對從這些B細胞中分離的cDNA進行PCR擴增； ad)對這些PCR產(chǎn)物進行測序；ae)鑒別每個PCR產(chǎn)物的種系基因。從每個B細胞中分離編碼抗體及其片段的DNA、并擴增，例如在一個PCR反應(yīng)中對重鏈和輕鏈進行物理上的分離。DNA優(yōu)選為已測序的。該已測序的DNA可以是用B細胞的mRNA生成的cDNA。從真核細胞(如B細胞)中提取mRNA是一個公知的技術(shù)程序。存在大量的報告，且商業(yè)的試劑盒是可獲得的。例如PolyATtract (R)的mRNA分離系統(tǒng)(美國、威斯康辛州、麥迪遜(Madison)、普洛麥格公司(Promega))或各種RNeasy和Oligotex DirectmRNA試劑盒(這兩種均來自德國、希爾頓(Hilden)、Qiagen公司)。這些技術(shù)中的很多利用了真核mRNA的polyA尾巴，例如通過寡聚脫氧胸苷(dT)基質(zhì)(如寡聚脫氧胸苷纖維素(dT))的未和提純。按照傳統(tǒng)的PCR，能夠通過逆轉(zhuǎn)錄利用特異性引物從分離的mRNA選擇性地擴增cDNA。特異性引物被用于擴增可變重鏈區(qū)和可變輕鏈結(jié)構(gòu)域的核酸。參見，癌癥調(diào)查，1997,30:21-44 (Cancer Surv.1997;30:21-44);臨床病理學雜志，1994,47:493-6 (J Clin.Pathol.1994;47:493-6);臨床病理學雜志，1990，43:888-90 (J.Clin.Pathol.1990;43:888-90)；或分子病理學，2002 年 4 月，55 (2):98-101 (Mol.Pathol.2002April;55(2): 98-101)。將編碼一個B細胞的可變以及輕鏈結(jié)構(gòu)域的DNA—同保留，以鑒別可變結(jié)構(gòu)域重鏈及輕鏈類型配對。分離編碼個體B細胞中的可變結(jié)構(gòu)域配對的核酸的技術(shù)為現(xiàn)有技術(shù)中所公知的。參見實例如W001/92291 ；W092/15678 ；W093/03151 ；W02005/042774 ；Mullinax RL 等人，1992，生物技術(shù) 12:6864_868(Mullinax RL et al., 1992Biotechniquesl2:6864-868);Chapal，N.等人，1997，生物技術(shù) 23，518_524(Chapal, N.etal.1997Biotechniques23, 518-524，)；Embleton MJ等人，1992，核算研究20:15,3831-3837(Embleton MJ et al., 1992Nucleic Acids Res.20:15, 3831-3837) ；Coronella, J.A.等，2000，核算研究 28:20，E85 (Coronella, J.A.et al.2000Nucleic Acids Res.28:20, E85)；Thirion S 等，1996,歐洲癌癥預(yù)防雜志 5:6, 507-511 (Thirion S et al., 1996EuropeanJournal of Cancer Prevention5:6507_511);以及 Wang, X 等，2000,免疫法雜志 20,217-225 (Wang, X et al.2000J.1mmunol.Methods20, 217-225)。優(yōu)選地，對每個B細胞的DNA進行測序。存在能夠?qū)φ麄€基因組進行測序的各種公司，例如螺旋生物科學公司(Helicos Biosciences Corporation)(美國、麥迪遜州、坎布里奇(Cambridge))。利用其單分子測序技術(shù)(Single Molecule Sequencing technology),螺旋生物科學公司(Helicos)能夠以高的速度和效率直接對DNA或RNA的單個分子進行測序。其他能夠進行類似的序列工作的公司包括Illumina公司(美國、加利福尼亞州、圣地亞哥，Solexa系統(tǒng))和羅氏公司(Roche)(瑞士、巴塞爾,454系統(tǒng))。測序前無需克隆步驟。在另一個方面中,本披露使鑒別存在于人類免疫組庫中的重鏈和輕鏈可變結(jié)構(gòu)域?qū)Φ姆N系家族的方法成為可能。利用本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知的方法能夠?qū)⑺械目贵w或其片段追溯到它們的種系家族中。通過分析編碼一個抗體或其片段的核酸的序列，VH和VL的種系家族均能夠通過本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知的方法確定。例如，Wildt等人(1999)從3位患者中提取了 B細胞，并鑒別了 365個VH和VL類型配對。用從每個B細胞中得到的RNA用于cDNA的合成，并對編碼VH和VL區(qū)的cDNA進行PCR擴增和測序。如Wildt的圖1所示，某些VH和VL類比其他配對更頻繁，例如，VH3-8與Vk 3-1、Vk 3-19、νκ4-1、νλ2-3、或 νλ 1-2，以及 VH3-9 與 Vk 3-1, Vk 3-3 或 V λ 1-5。在一個實施例中，步驟b)進一步包括以下步驟ba)合成編碼抗體或其功能性片段的DNA，這些抗體或其功能性片段包括代表人類免疫組庫中存在的對的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對；bb)表達ba)中合成的種系蛋白對；以及be)測試bb)中的種系蛋白對的各特性。在該方法的一個方面中，編碼本發(fā)明中的抗體或其片段的集合的核酸被合成并表達為可被用于針對一個抗原選擇的集合。在這個實施例中，該方法包括步驟C)，其中步驟c)包括步驟ca)合成編碼這些抗體或其功能性片段的核酸；cb)將這些核酸克隆到一個載體中；cc)表達這些抗體或其功能性片段。在該方法的另一個實施例中，這些抗體或其功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括來自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、VH1-46 (SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH1_46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252),VH1-69*01 (SEQID N0:206)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQID N0:238)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-07 (SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH3-11 (SEQID N0:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL1-51 (SEQ ID NO:252)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQID N0:230)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231)、VH3-15 (SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VK3-11(SEQ ID NO: 237)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQID NO:236)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH3-23 (SEQ ID NO:211)/VL2-23 (SEQ ID NO: 255)、VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VL3-1 (SEQ ID NO: 256)、VH3-53 (SEQID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH3-53 (SEQ ID NO: 213)/VL2-11 (SEQ ID NO: 253)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQID NO:231)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、VH5-51 (SEQ ID NO: 215)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH5-51 (SEQID N0:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250)、VH5-51 (SEQ ID NO:215) VL1-51 (SEQ ID NO:252)、VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232)、VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ IDN0:239)JPVH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51 (SEQ ID NO:252)。在該方法的另一個實施例中，這些抗體或其功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括種系蛋白序列，這些種系蛋白序列包括兩個或更多個、三個或更多個、四個或更多個、五個或更多個、六個或更多個、七個或更多個、八個或更多個、九個或更多個、十個或更多個、11個或更多個、12個或更多個、13個或更多個、14個或更多個、15個或多個、16個或更多個、17個或更多個、18個或更多個、19個或更多個、20個或更多個、21個或更多個、22個或更多個、23個或更多個、24個或更多個、25個或更多個、26個或更多個、27個或更多個、28個或更多個、29個或更多個、30個或更多個、31個或更多個、32個或更多個、33個或更多個、34個或更多個、35個或更多個、或36個或更多個、37個或更多個、38個或更多個、39個或更多個、40個或更多個、41個或更多個、或42個或更多個、或43個或更多個、或44個或更多個、或45個或更多個、或46個或更多個、或47個或更多個、或48個或更多個、或49個或更多個、或50個或更多個、或51個或更多個、或52個或更多個、或53個或更多個、或54個選自下組的可變重鏈和可變輕鏈對，該組由以下各項組成:VH1-18(SEQ ID NO: 204)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH1-18 (SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH1-18 (SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、VH1-46 (SEQID N0:205)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH1-46 (SEQ ID NO: 205)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)、VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL3-21(SEQ ID NO:257)、VH1_69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51 (SEQID N0:252)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQ ID NO: 234)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-07 (SEQID N0:207)/VK1-39(SEQ ID NO: 236)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VK3-15 (SEQ ID NO:238),VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQID N0:252)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-05(SEQ ID NO:230)、VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238)、VH3-11 (SEQID N0:208)/VL1-40(SEQ ID NO: 250)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VL1-47 (SEQ ID NO: 251)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQID N0:255)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230)、VH3-15 (SEQ ID NO:209)/VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VK1-16(SEQ ID NO: 234)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40(SEQID N0:250)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-15 (SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VL2-14 (SEQ ID NO: 254)、VH3-21 (SEQID N0:210)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-21 (SEQ ID NO: 210)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQID NO:236)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH3-23 (SEQ ID NO:211)/VL2-23 (SEQ ID NO: 255)、VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VL3-1 (SEQ ID NO: 256)、VH3-30 (SEQID N0:212)/VK3-20(SEQ ID NO: 239)、VH3-53 (SEQ ID NO: 213)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238)、VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253);VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQID N0:230)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-74 (SEQID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、VH3-74(SEQ ID NO:214) VL1-51 (SEQ ID NO:252),VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236)、VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQID NO:250), VH5-51(SEQ ID NO:215) VL1-51 (SEQ ID NO:252)、VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232)、VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH6-1(SEQ IDN0:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、和 VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VL1-51 (SEQ ID NO:252)。在該方法的另外的實施例中，基本上全部的、或至少50%、或至少60%、或至少70%、或至少80%、或至少90%、或至少95%、或其中的各個、或這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)，這些框架區(qū)包括一個種系蛋白對的種系蛋白序列，其中所述種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L;ii)Fab形式在70° C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；iii)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少99% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；V) IgGl形式在73° C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；vii)如通過SEC確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99% ；以及viii) IgGl形式的等電點至少8.3。在該方法的這個實施例中，這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括來自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、VH1-46 (SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH1_46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH1_69*01 (SEQID N0:206)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQID N0:238)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-07 (SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH3-11 (SEQID N0:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL1-51 (SEQ ID NO:252)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQID N0:230)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VK3-11(SEQ ID NO: 237)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQID NO:238)、VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH3-53 (SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO: 253)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214)/VK1-05 (SEQ ID NO: 230)、VH3-74 (SEQID NO: 214) /VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQID NO:236), VH5-51(SEQ ID NO: 215)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH5-51 (SEQ ID NO: 215)VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232)、VH6-1 (SEQ IDN0:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、和 VH6-1 (SEQ ID NO:216) VL1-51 (SEQ ID NO:252)。在該方法的另一個實施例中，這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)進一步包括來自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列:VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH3-23 (SEQ IDN0:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255)、和 VH3-23 (SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256)。該方法的本實施例中，該集合包括(36對):VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO:239),VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH1_46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ IDN0:252), VH1-69*01(SEQ ID NO: 206)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)、VH3-07 (SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-07 (SEQID N0:207)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VL1-47 (SEQ ID NO: 251)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQID N0:250)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VL2-23 (SEQ ID NO: 255)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO: 230)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQID N0:235)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237)、VH3-15 (SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-21 (SEQ ID NO: 210)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-23 (SEQID N0:211)/VK1-39(SEQ I D NO: 236)、VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQID N0:256)、VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH3-53 (SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO: 253)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214)/VK1-05 (SEQ ID NO: 230)、VH3-74 (SEQID NO: 214) /VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQID NO:236), VH5-51(SEQ ID NO: 215)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH5-51 (SEQ ID NO: 215)VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232)、VH6-1 (SEQ IDN0:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、和 VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VL1-51 (SEQ ID NO:252)。使用方法一個方面包括使用本文中描述的集合鑒別對一種抗原具有特異性的抗體或片段的方法。
該披露的一個方面包括鑒別對一種抗原具有特異性的一種抗體或抗體片段的方法，包括:(a)將該抗原與抗體或其片段的一個集合接觸，其中，基本上全部的、或至少50%、或至少60%、或至少70%、或至少80%、或至少90%、或至少95%、或其中的各個、或該集合的這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括種系蛋白對的種系蛋白序列，這些種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L;ii)Fab形式在70° C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；iii)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少98% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L的；V) IgGl形式在73° C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；vii)如通過SEC確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少99% ；以及(b)選擇一種或多種與所述抗原結(jié)合的抗體或抗體片段。在某些實施例中，i)Fab形式的表達產(chǎn)率是由紫外分光光度法所確定的，采用消光系數(shù)1.538mL/mg，并在280nm測量吸光度。在某些實施例中，ii)Fab形式的熱穩(wěn)定性是由差示掃描熒光測定法所確定的，采用PBS緩沖液。在某些實施例中，iii) Fab形式的單體含量(％單體)是由尺寸排阻色譜法所確定的，采用Superdex75HR10/30 柱和 ρΗ7.4 的 Gibco D-PBS 緩沖液。在某些實施例中，iV) IgGl形式的表達產(chǎn)率是由紫外分光光度法所確定的，采用消光系數(shù)1.369mL/mg，并在280nm測量吸光度。在某些實施例中，V) IgGl形式的熱穩(wěn)定性是由差示掃描熒光測定法所確定的，采用PBS緩沖液。在某些實施例中，vi) IgGl形式的單體含量(％單體)是由尺寸排阻色譜法所確定的，采用TosohTSK-Gel G3000Sffxl 柱和 ρΗ7.4 的 Gibco D-PBS 緩沖液?？刹捎肗anadrop系統(tǒng)(peqlab公司，埃朗根,德國)進行紫外分光光度測定可采用iCycler iQ5熱循環(huán)儀(伯樂公司)進行差示掃描熒光測定法?？刹捎胮H7.4的Gibco D-PBS(英杰公司，佩斯利，美國)進行差示掃描熒光測定法?？刹捎肁KTA純化系統(tǒng)(GE醫(yī)療公司)進行尺寸排阻色譜分析。在該方法的一個實施例中，這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括來自以下各項的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、VH1-46 (SEQ IDN0:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH3_07(SEQ ID NO:207)/VK1-12 (SEQID N0:233)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235)、VH3-07 (SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VL1-47 (SEQ ID NO: 251)、VH3-07 (SEQID N0:207)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQID NO:252)、VH3-ll(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255)、VH3-15 (SEQ ID NO:209)/VK1-05 (SEQ ID NO: 230)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQID NO:252)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233)、VH3-23 (SEQ ID NO:211)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238)、VH3-23 (SEQID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO: 255)、VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VL3-1 (SEQ ID NO: 256)、VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQID NO:253)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-74 (SEQID NO: 214) /VK3-20(SEQ ID NO: 239)、VH5-51 (SEQ ID NO: 215)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250)、VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQID NO:252), VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09 (SEQ ID NO:232)、VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、和 VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)。在該方法的一個實施例中，這些抗體或其功能性片段包括兩個或更多個、三個或更多個、四個或更多個、五個或更多個、六個或更多個、七個或更多個、八個或更多個、九個或更多個、十個或更多個、11個或更多個、12個或更多個、13個或更多個、14個或更多個、15個或多個、16個或更多個、17個或更多個、18個或更多個、19個或更多個、20個或更多個、21個或更多個、22個或更多個、23個或更多個、24個或更多個、25個或更多個、26個或更多個、27個或更多個、28個或更多個、29個或更多個、30個或更多個、31個或更多個、32個或更多個、33個或更多個、34個或更多個、35個或更多個、或36個或更多個、37個或更多個、38個或更多個、3 9個或更多個、40個或更多個、41個或更多個、或42個或更多個、或43個或更多個、或44個或更多個、或45個或更多個、或46個或更多個、或47個或更多個、或48個或更多個、或49個或更多個、或50個或更多個、或51個或更多個、或52個或更多個、或53個或更多個、或54個選自下組的可變重鏈和可變輕鏈對，該組由選自以下各項的可變重鏈和可變輕鏈對組成:VH1-18(SEQ ID NO: 204)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH1-18 (SEQID NO:204) /VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH1-18 (SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO:239),VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH1_46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ IDNO:252), VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL3-21 (SEQ ID NO:257)、VH1_69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-07 (SEQID N0:207)/VK1-16(SEQ ID NO: 234)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-39(SEQ ID NO:236)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQID N0:238)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-07 (SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VK1-05 (SEQ ID NO: 230)、VH3-11 (SEQID N0:208)/VK1-39(SEQ ID NO: 236)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQID N0:251)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VL2-23 (SEQ ID NO: 255)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-05 (SEQ ID NO: 230)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VK1-06(SEQ ID NO: 231)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-16(SEQ ID NO:234)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQID NO:235)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237)、VH3-15 (SEQ ID NO:209)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VL1-47 (SEQ ID NO: 251)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VL2-14 (SEQ ID NO: 254)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-27(SEQID NO:235)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253)、VH3-23 (SEQ ID NO:211)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238)、VH3-23 (SEQID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO: 255)、VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VL3-1 (SEQ ID NO: 256)、VH3-30(SEQ ID NO:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQID NO:238)、VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05 (SEQ ID NO: 230)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214) /VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-74 (SEQID NO: 214) /VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VL1-51(SEQID NO:252)、VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236)、VH5-51 (SEQ ID NO:215)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH5-51 (SEQ ID NO: 215)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)、VH6-1 (SEQID N0:216)/VK1-09(SEQ ID NO: 232)、VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK3-15 (SEQ ID NO:238),VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、和 VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VL1-51 (SEQID NO:252)。在該方法的實施例中，基本上全部的、或至少50%、或至少60%、或至少70%、或至少80%、或至少90%、或至少95%、或其中的各個、或這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)，這些框架區(qū)包括一個種系蛋白對的種系蛋白序列，其中所述種系蛋白對包括以下特性:i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L;ii)Fab形式在70° C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；iii)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(％單體)至少為99% ；iv) IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ；V) IgGl形式在73° C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；vii)如通過SEC確定的IgGl形式的單體含量(％單體)至少為99% ;以及viii) IgGl形式的等電點至少8.3。在該方法的這個實施例中，這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括來自以下各項的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、VH1-46 (SEQ IDN0:205)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VHl-69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH3_07(SEQ ID NO:207)/VK1-12 (SEQID N0:233)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235)、VH3-07 (SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VL1-47 (SEQ ID NO: 251)、VH3-07 (SEQID N0:207)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH3-11(SEQ ID NO :208)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQID N0:252)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05 (SEQ ID NO: 230)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQID NO:252)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233)、VH3-23 (SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH3-53 (SEQ ID NO: 213)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238)、VH3-53 (SEQID NO:213)/VL2-ll(SEQ ID NO: 253)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214)/VK1-05 (SEQ ID NO: 230)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQID NO:233)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、VH5-51 (SEQ ID NO:215)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH5-51 (SEQ ID NO: 215)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH5-51 (SEQID N0:215)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK1-09 (SEQ ID NO:232),VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、和 VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VL1-51 (SEQID NO:252)。在該方法的另一個實施例中，這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括進一步選自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列:VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VK1-39 (SEQ IDNO:236), VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VL2-23 (SEQ ID NO: 255)、和 VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VL3-1 (SEQ ID NO: 256)。在本實施例中，一個集合包括(36 對):VH1_18 (SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:23 9),VH1-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238),VH1-46(SEQ IDN0:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH1_69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQID N0:235)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH3-07 (SEQ ID NO:207)/VL1-47 (SEQ ID NO: 251)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)、VH3-11 (SEQID N0:208)/VL1-40(SEQ ID NO: 250)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VL1-47 (SEQ ID NO: 251)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQID N0:255)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230)、VH3-15 (SEQ ID NO:209)/VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VK1-27(SEQ ID NO: 235)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK3-11 (SEQ ID NO: 237)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQID N0:233)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236)、VH3-23 (SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VL2-23 (SEQ ID NO: 255)、VH3-23 (SEQID N0:211)/VL3-1(SEQ ID NO: 256)、VH3-53 (SEQ ID NO: 213)/VK3-15 (SEQ ID NO:238),VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQID N0:230)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、VH5-51 (SEQID N0:215)/VK1-39(SEQ ID NO: 236)、VH5-51 (SEQ ID NO: 215)/VL1-40 (SEQ ID NO: 250)、VH5-51(SEQ ID NO:215)VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ IDNO:232), VH6-1(SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、和 VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。方法的方面
在此披露的方法的另外的方面中，這些集合包括合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖25-33中描述了這些可變重鏈和可變輕鏈的互補性決定區(qū)的氨基酸序列。更確切地說，在該方法的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這些抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括CDRl區(qū)，這些CDRl區(qū)包括來自各自的可變重鏈和/或可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖25、28、和31以及對應(yīng)的SEQ IDNO:204-265中描述了這些可變重鏈和可變輕鏈的⑶Rl區(qū)的氨基酸和核酸序列。在該方法的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括HCDRl區(qū)，這些HCDRl區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖25以及對應(yīng)的SEQ ID NO:204-229中描述了這些可變重鏈和可變輕鏈的HCDRl區(qū)的氨基酸和核酸序列。在該方法的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括LCDRl區(qū)，這些LCDRl區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖28和31以及對應(yīng)的SEQ ID NO:230-265中描述了這些可變重鏈和可變輕鏈的LCDRl區(qū)的氨基酸和核酸序列。在該方法的一個另外的實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括CDR2區(qū)，這些CDR2區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖26、29和32以及對應(yīng)的SEQ ID NO:204-265中描述了這些可變重鏈和可變輕鏈的⑶R2區(qū)的氨基酸和核酸序列。在該方法的一個另外的實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片·段的核酸，這些抗體或功能性片段包括HCDR2區(qū)，這些HCDR2區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖26以及對應(yīng)的SEQ IDNO: 204-229中描述了這些可變重鏈和可變輕鏈的HCDR2區(qū)的氨基酸和核酸序列。在該方法的一個另外的實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括LCDR2區(qū)，這些LCDR2區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖29和32以及對應(yīng)的SEQ ID NO:230-265中描述了這些可變重鏈和可變輕鏈的LCDR2區(qū)的氨基酸和核酸序列。在本發(fā)明的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括去除潛在的翻譯后修飾位點的氨基酸修飾。在本發(fā)明的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括來自各自的可變重鏈的圖34-36中描述的互補性決定區(qū)序列或編碼它們的核酸序列。在該方法的另一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括HCDRl區(qū)，這些HCDRl區(qū)包括來自各自的可變重鏈的圖34-36中描述的HCDRl或編碼其的核酸。SEQ ID NO:266-278中描述了這些低PTM HCDRl的氨基酸序列。SEQ ID NO: 279-291中描述了這些低PTM HCDRl的核酸序列。在本發(fā)明的另一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或編碼這樣的抗體或功能性片段的合成核酸，這些抗體或功能性片段包括HCDR2區(qū)，這些HCDR2區(qū)包括來自各自的可變重鏈的圖34-36中描述的這些HCDR2區(qū)或編碼其的核酸。SEQ ID NO: 266-278中描述了這些低PTM HCDR2的氨基酸序列。SEQ ID NO:279-291中描述了這些低PTMHCDR2的核酸序列。在該方法的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，這些抗體或功能性片段包括選自下組的一個FR4區(qū)，該組由以下各項組成 JH4 (SEQ ID NO: 293), Jk I (SEQ ID NO: 297)、和 J λ 2/3 (SEQ ID NO: 301)。在該方法的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的包含一個種系JH4FR4區(qū)的抗體或功能性片段的核酸，圖40中描述了該種系JH4FR4的氨基酸或核酸序列。(SEQ ID NO:293)和(SEQ ID NO:295)中描述了 JH4FR4 的氨基酸序列。(SEQ IDΝ0:292)和(SEQ ID NO:294)中描述了 JH4FR4的核酸序列。在該方法的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的包含一個種系Jk 1FR4區(qū)的抗體或功能性片段，圖40中描述了該Jk 1FR4區(qū)的氨基酸或核酸序列。(SEQ ID NO: 297)中描述了該Jk 1FR4 的氨基酸序列。(SEQ ID NO: 296), (SEQ ID NO: 298)、和(SEQ ID NO: 299)中描述了該J K 1FR4的核酸序列。在該方法的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的包含一個種系J λ 2/3FR4區(qū)的抗體或功能性片段的核酸，圖40中描述了該種系JX 2/3FR4區(qū)的氨基酸或核酸序列。(SEQ ID NO: 301)中描述了該J λ 2/3FR4的氨基酸序列。(SEQ ID NO: 300), (SEQ ID NO: 302)、和(SEQ ID NO: 303)中描述了該 J λ 2/3FR4的核酸序列。在一個方面中，為了增強鑒別針對任何抗原的抗體或其片段的能力，集合包括多樣化的CDR3區(qū)。在該方法的一個實施例中，一個集合包括抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的包含一個多樣化的HCDR3區(qū)的抗體或功能性片段的核酸。在另一個方面中，為了增強鑒別針對任何抗原的抗體或其片段的能力，本方法的集合包括至少IXIO4個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXIO5個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXlO6個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXIO7個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXIO8個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IXIO9個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，至少IX101°個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，或至少IXIO11個抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸。在該方法一個實施例中，這些集合包括抗體或合成的編碼這樣的抗體的核酸，這些抗體選自下組，該組由人IgGU lgG2、lgG3、lgG4、IgA、IgE、IgMjP IgD組成。在該方法的一個實施例中，這些集合包括抗體片段或合成的編碼這樣的片段的核酸，這些片段選自下組，該組由 Fab、F(ab' )2、Fab'、Fv、和 scFv 組成。在該方法的一個實施例中，這些集合的抗體的I gG重鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖41A-B(SEQ ID NO:35)中所示的氨基酸序列。在該方法的其他實施例中，這些編碼該集合的抗體的IgG重鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖41A-B(SEQ ID NO:304)中所示的核酸序列。在實施例中，這些集合的抗體片段的Fab重鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖42 (SEQ ID NO: 307)中所示的氨基酸序列。在該方法的其他實施例中，這些編碼該集合的抗體的Fab重鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖42(SEQ ID NO:306)中所示的核酸序列。在該方法的實施例中，這些集合的抗體或抗體片段的IgG (SEQ ID NO: 309)和/或Fab (SEQ ID NO: 311) kappa輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖43中所示的氨基酸序列。在該方法的其他實施例中，編碼這些集合的抗體或抗體片段的IgG(SEQ ID NO:308)和/或Fab (SEQ ID NO: 310) kappa輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖43中所示的核酸序列。在該方法的實施例中，這些集合的抗體或抗體片段的IgG(SEQID NO:313)和/或Fab(SEQ ID NO:315) lambda輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖44中所示的氨基酸序列。在該方法的其他實施例中，編碼這些集合的抗體或抗體片段的IgG(SEQ ID NO:312)和/或Fab(SEQ ID NO:314) lambda輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖44中所示的核酸序列。發(fā)明的抗體

在另一個方面中，該披露提供了一種合成的抗體或其功能性片段或一種合成的編碼這樣的抗體或功能性片段的核酸，其中該抗體或功能性片段包括一個可變重鏈和可變輕鏈對，其中該可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括選自以下的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列:VH1-18(SEQ ID NO: 204)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH1-18 (SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH1-18 (SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO: 239)、VH1-46 (SEQID N0:205)/VK3-15(SEQ ID NO: 238)、VH1-46 (SEQ ID NO: 205)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)、VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL3-21(SEQ ID NO:257)、VH1_69*01 (SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQID N0:252)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQ ID NO: 234)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-07 (SEQID N0:207)/VK1-39(SEQ ID NO: 236)、VH3-07 (SEQ ID NO: 207)/VK3-15 (SEQ ID NO:238),VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQID N0:252)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-05(SEQ ID NO:230)、VH3-11 (SEQ ID NO:208)/VK1-39 (SEQ ID NO: 236)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238)、VH3-11 (SEQID N0:208)/VL1-40(SEQ ID NO: 250)、VH3-11 (SEQ ID NO: 208)/VL1-47 (SEQ ID NO: 251)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252)、VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQID N0:255)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230)、VH3-15 (SEQ ID NO:209)/VK1-06 (SEQ ID NO: 231)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-12 (SEQ ID NO: 233)、VH3-15 (SEQID N0:209)/VK1-16(SEQ ID NO: 234)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40(SEQID N0:250)、VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251)、VH3-15 (SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO: 252)、VH3-15 (SEQ ID NO: 209)/VL2-14 (SEQ ID NO: 254)、VH3-21 (SEQID N0:210)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-21 (SEQ ID NO: 210)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-21(SEQ ID NO:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQID N0:236)、VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH3-23 (SEQ ID NO:211)/VL2-23 (SEQ ID NO: 255)、VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VL3-1 (SEQ ID NO: 256)、VH3-30 (SEQID N0:212)/VK3-20(SEQ ID NO: 239)、VH3-53 (SEQ ID NO: 213)/VK3-15 (SEQ ID NO: 238)、VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQID N0:230)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO: 233)、VH3-74 (SEQ ID NO: 214)/VK1-27 (SEQ ID NO: 235)、VH3-74 (SEQID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、VH3-74(SEQ ID NO:214)/VL1-51 (SEQ ID NO:252)、VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236)、VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQID NO:250), VH5-51(SEQ ID NO:215) VL1-51 (SEQ ID NO:252)、VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232)、VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VK3-15(SEQ ID NO:238)、VH6-1(SEQ IDN0:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239)、和 VH6-1 (SEQ ID NO:216)/VL1-51 (SEQ ID NO:252)。在一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖25-33中描述了該可變重鏈和可變輕鏈的互補性決定區(qū)的氨基酸序列。更確切地說，在一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個CDRl區(qū)，該CDRl區(qū)包括來自各自的可變重鏈和/或可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖25、28、和31以及對應(yīng)的SEQID N0:204-265中描述了這些可變重鏈和可變輕鏈的⑶Rl區(qū)的氨基酸序列。在一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個HCDRl區(qū)，該HCDRl區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖25以及對應(yīng)的SEQ ID N0:204-229中描述了該可變重鏈和可變輕鏈的HCDRl區(qū)的氨基酸序列。在一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼該抗體或其功能性片段的核酸包括一個LCDRl區(qū)，該LCDRl區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖28和31以及對應(yīng)的SEQ ID NO:230-265中描述了該可變重鏈和可變輕鏈的LCDRl區(qū)的氨基酸序列。在一個另外的實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個CDR2區(qū)，該CDR2區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖26、29、和32以及對應(yīng)的SEQ ID NO:204-265中描述了該可變重鏈和可變輕鏈的CDR2區(qū)的氨基酸序列。在一個另外的實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個HCDR2區(qū)，該HCDR2區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖26以及對應(yīng)的SEQ ID N0:204-229中描述了該可變重鏈和可變輕鏈的HCDR2區(qū)的氨基酸序列。在一個另外的實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個LCDR2區(qū)，該LCDR2區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列，其中圖29和32以及對應(yīng)的SEQ ID NO:230-265中描述了該可變重鏈和可變輕鏈的IXDR2區(qū)的氨基酸序列。本披露的一個方面包括對種系互補性決定區(qū)進行修飾以去除潛在的翻譯后修飾位點(PTM)。圖34-36中示出了修飾以去除PTM的可變重鏈互補性決定區(qū)的實例。在一個方面中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括去除潛在的翻譯后修飾位點的氨基酸修飾。在一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括來自各自的可變重鏈的圖34-36中描述的互補性決定區(qū)序列或編碼它們的核酸序列。在另一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個HCDRl區(qū)，該HCDRl區(qū)包括來自各自的可變重鏈的圖34-36中描述的HCDRl或編碼其的核酸。SEQ ID NO:266-278中描述了這些低PTM HCDRl的氨基酸序列。SEQ IDN0:279-291中描述了這些低PTM HCDRl的核酸序列。在另一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個HCDR2區(qū)，該HCDR2區(qū)包括來自各自的可變重鏈的圖34-36中描述的HCDR2區(qū)或編碼它的核酸。SEQ IDNO:266-278中描述了這些低PTM HCDR2的氨基酸序列。SEQ ID NO: 279-291中描述了這些低PTM HCDR2的核酸序列。本披露的一個方面包括利用種系FR4序列。在一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個選自下組的FR4區(qū)，該組由以下各項組成:JH4 (SEQ ID NO: 293), Jk I (SEQ ID NO: 297)、和 J λ 2/3 (SEQ IDΝ0:301)。在一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個種系JH4FR4區(qū)，圖40中描述了該種系JH4FR4區(qū)的氨基酸或核酸序列。(SEQ ID NO:293)和(SEQ ID NO:295)中描述了該 JH4FR4 的氨基酸序列。(SEQ IDΝ0:292)和(SEQ ID NO:294)中描述了該JH4FR4的核酸序列。在一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個種系Jk 1FR4區(qū)，圖40中描述了該種系Jk 1FR4區(qū)的氨基酸或核酸序列。(SEQ ID NO:297)中描述了該Jk 1FR4 的氨基酸序列。(SEQ ID NO: 296), (SEQ ID NO: 298)、和(SEQ ID NO: 299)中描述了該Jk 1FR4的核酸序列。在一個實施例中，該合成的抗體或其功能性片段或合成的編碼這樣的抗體或其功能性片段的核酸包括一個種系JX 2/3FR4區(qū)，圖40中描述了該JX 2/3FR4區(qū)的氨基酸或核酸序列。(SEQ ID Ν0:301)中描述了 J λ 2/3FR4的氨基酸序列。(SEQ IDNO: 300), (SEQ ID NO: 302) M (SEQ ID NO: 303)中描述了 J 入 2/3FR4 的核酸序列。在一個實施例中，該合成的抗體或合成的編碼這樣的抗體的核酸選自下組，該組由人IgGU lgG2、lgG3、lgG4、IgA、IgE、IgMjP IgD組成。在一個實施例中，該合成的抗體片段或合成的編碼這樣的抗體片段的核酸選自下組，該組由Fab、F(ab' )2、Fab'、Fv、和scFv組成。在實施例中，該抗體的IgG重鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖41A_B(SEQ ID N0:305)中所示的氨基酸序列。在其他實施例中，編碼該抗體的IgG重鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖41A-B(SEQ ID NO:304)中所示的核酸序列。在實施例中，這些抗體片段的Fab重鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖42(SEQ ID NO:307)中所示的氨基酸序列。在其他實施例中，編碼該抗體片段的Fab重鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖42 (SEQ ID NO: 306)中所示的核酸序列。在實施例中，這些抗體或抗體片段的IgG (SEQ ID NO: 309)和/或Fab (SEQ ID NO: 311) kappa輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖43中所示的氨基酸序列。在其他實施例中，編碼這些抗體或抗體片段的IgG(SEQID NO:308)和/或Fab(SEQ ID NO: 310) kappa輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖43中所示的核酸序列。在實施例中，這些抗體或抗體片段的IgG (SEQ ID NO: 313)和/或Fab (SEQID N0:315) lambda輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域包括圖44中所示的氨基酸序列。在其他實施例中，編碼這些抗體或抗體片段的IgG(SEQ ID N0:312)和/或Fab (SEQ ID NO:314) lambda輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域的核酸包括圖44中所示的核酸序列。實例實例1:在原核信號序列和人類前導(dǎo)序列的C末端處產(chǎn)生限制位點，從而提供完全種系FRl IX在一個方面，本披露描述了包括框架區(qū)的抗體或其片段的集合，這些框架區(qū)包含種系蛋白序列，確切地說是FR1。預(yù)期具有種系序列應(yīng)降低抗體當在人類中給予時的免疫原性風險。然而，必須使用相容限制位點以便實現(xiàn)對編碼抗體集合的核酸向展示和/或表達載體的標準克隆，以使得可以針對免疫原對這些抗體進行篩選。在過去，克隆所采用的限制位點通常位于這些框架區(qū)內(nèi)，因此修飾遠離種系的核酸和/或氨基酸序列。為了確保本披露的抗體中的每一種的至少框架I (FRl)區(qū)維持一個種系蛋白序列，在FRl內(nèi)不應(yīng)存在會導(dǎo)致與種系氨基酸序列的偏差的任何限制位點。因此，本披露的一個方面是在原核信號序列和人類前導(dǎo)序列的C末端內(nèi)、確切地說是三個C末端殘基內(nèi)結(jié)合一個相同或至少相容的限制位點。另外，包括一個相同或相容限制位點的原核信號序列和人類前導(dǎo)序列必須是功能性的，并且允許抗體或其片段在原核和哺乳動物表達系統(tǒng)兩者中的良好展示和表達產(chǎn)率。圖1顯示了所選擇的限制位點和它們的相應(yīng)位置。選擇NheI (VLA)限制位點用于結(jié)合到原核重鏈信號序列(PhoA)中。野生型phoA信號序列和NheI (VLA) phoA信號序列的核酸和氨基酸序列顯示在表I中。表1:野生型大腸桿菌phoA信號序列(從位置-3到-1的C末端氨基酸序列是TKA，不具有限制位點):MKQSTIALALLPLLFTPVTKAATGAAACAGAGCACCATTGCCCTGGCCCTGCTGCCGCTGCTGTTTACCCCAGTGACCAAA
GCC(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID N08和7)PhoA野生型C末端TKAACC AAA GCC具有C末端VLA和NheI限制位點(=GCTAGC)的被修飾的大腸桿菌phoA信號序列:MKQSTIALALLPLLFTPVVLAATGAAACAGAGCACCATTGCCCTGGCCCTGCTGCCGCTGCTGTTTACCCCAGTGGTGCTAGCC(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID NOlO和9)選擇NdeI (AYA)限制位點用于結(jié)合到原核κ和λ信號序列(ompA)中。野生型ompA信號序列和被修飾的NdeI (AYA) ompA信號序列的核酸和氨基酸序列顯示在表2中。表2:野生型大腸桿菌ompA信號序列(從位置_3到-1的C末端氨基酸序列是AQA，不具有限制位點):MKKTAIAIAVALAGFATVAQAATGAAAAAAACCGCCATTGCCATTGCCGTGGCCCTGGCAGGCTTTGCCACCGTGGCGCAGGCC(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID N012和11)OmpA野生型C末端AQA
GCG CAG GCC具有C末端AYA和NdeI限制位點(=CATATG)的被修飾的大腸桿菌ompA信號序列:MKKTAIAIAVALAGFATVAYAATGAAAAAAACCGCCATTGCCATTGCCGTGGCCCTGGCAGGCTTTGCCACCGTGGCATATGCC可替代地，該DNA序列包括:ATGAAAAAAACCGCCATTGCCATTGCCGTGGCCCTGGCAGGCTTTGCCACCGTGGCATATGCG(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID N014、13和15)為了允許容易從大腸桿菌表達的Fab轉(zhuǎn)換到哺乳動物表達的IgG形式，產(chǎn)生IgG輕鏈(人類κ前導(dǎo)序列)和IgG重鏈(人類重鏈前導(dǎo)序列)的人類前導(dǎo)序列以含有與ompA(NdeI (AYA))和phoA (NheI (VLA))信號序列的C末端相同的限制位點。野生型和被修飾的人類重鏈前導(dǎo)序列和人類κ前導(dǎo)序列顯示在表3中。轟I
重鏈前導(dǎo)序列A)野生型人類重鏈前導(dǎo)序列(從位置-3到-1的C末端氨基酸序列是VLS，不具有限制位點):MKHLffFFLLLVAAPRffVLSATGAAACACCTGTGGTTCTTCCTCCTGCTGGTGGCAGCTCCCAGATGGGTCCTGTCC(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID N017和16)野生型重鏈前導(dǎo)序列C末端VLSGTC CTG TCCB)具有C末端VLA和NheI限制位點(=GCTAGC)的被修飾的人類重鏈前導(dǎo)序列:MKHLffFFLLLVAAPRffVLAATGAAGCACCTGTGGTTCTTTCTGCTGCTGGTGGCCGCTCCCCGGTGGGTGCTAGCC(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID N019和18)C)野生型人類κ前導(dǎo)序列(從位置-3到-1的C末端氨基酸序列是AYG，不具有限制位點):MVLQTQVFISLLLffISGAYGATGGTGTTGCAGACCCAGGTCTTCATTTCTCTGTTGCTCTGGATCTCTGGTGCCTACGGG(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID N021和20)
κ前導(dǎo)序列C末端AYGGCC TAC GGGD)具有C末端AYA和NdeI限制位點(=CATATG)的被修飾的人類κ前導(dǎo)序列:MVLQTQVFISLLLffISGAYAATGGTGCTCCAGACCCAGGTGTTCATCAGCCTGCTGCTGTGGATCAGCGGCGCATATGCG(按照出現(xiàn)順序分別是SEQID Ν023和22)所選擇的被修飾的原核信號序列和人類前導(dǎo)序列(a)根據(jù)所使用的載體系統(tǒng)導(dǎo)致Fab和IgG蛋白的高產(chǎn)率；(b)提供了在原核與哺乳動物系統(tǒng)之間的轉(zhuǎn)換抗體形式、載體以及表達系統(tǒng)的完全相容性；并且(c)位于信號/前導(dǎo)序列中，從而維持FRl的完全種系序列。實例2:鑒別人類組庫中最豐富的VH/VL對在其最一般意義上，諸位發(fā)明人從以下想法開始:以基本方法模仿人類免疫系統(tǒng)的一個抗體集合可以是有利的。諸位發(fā)明人從其以下假設(shè)入手:在人類免疫組庫中豐富地表達的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)赡芫哂杏欣镂锢韺W特性，該特性將導(dǎo)致更有效臨床研發(fā)并且增加所得抗體在患者中的安全性和療效。為了證明這一假設(shè)，第一步驟是鑒別人類免疫組庫中占優(yōu)勢地表達的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)?。實?.1:確定VH/VL對種系基因的使用情況為了鑒別來自人類免疫組庫的主要表達的VH/VL種系基因?qū)?，對可公開獲得的數(shù)據(jù)進行分析并且對人類B細胞進行取樣。作為一個第一步驟，對可公開獲得的數(shù)據(jù)進行審閱以鑒別對從人類B細胞分離的VH/VL種系基因?qū)M行描述的文章。如所提到的，許多可公開獲得的數(shù)據(jù)庫提供了抗體序列，然而，許多僅提供了可變結(jié)構(gòu)域VH或VL的序列，但很少提供VH/VL種系基因?qū)Φ逆I聯(lián)。鑒別了以下文章并且進行詳細分析:沃德曼H.(Wardemann H.)等人(2003)科學(Science)301, 1374-1377和任何輔助表格；尤拉索夫S.(Yurasov S.)等人(2005)實驗醫(yī)學雜志201，703-712和任何輔助表格;曄道M.(TsuijiM.)等人(2006)實驗醫(yī)學雜志203，393-401和任何輔助表格；尤拉索夫S.等人(2006)實驗醫(yī)學雜志203，2255-2262和任何輔助表格；蒂勒T.(Tiller T.)等人(2007)免疫學(Immunity) 26，205-213和任何輔助表格；以及米茨納B.(Mietzner B.)等人(2008)PNAS105，9727-9732和任何輔助表格，所有所述文獻的全部內(nèi)容都通過引用結(jié)合。如下文所描述，從人類B細胞的一個樣品鑒別另外的VH/VL對數(shù)據(jù)。實例2.2:確定來自人類樣品的VH/VL對基因的使用情況為了獲得另外的VH/VL種系基因?qū)Φ氖褂们闆r血數(shù)據(jù)，從一個人類宿主分離PBMC。將這些PBMC分類，使用PCR將B細胞的cDNA擴增，對來自B細胞的DNA進行測序，并且然后用IgBLAST (NCBI)對序列進行序列比對以鑒別來自每一 B細胞的VH/VL種系基因?qū)?。對來自靜脈血的人類PBMC和來自骨髓的單核細胞進行分離并且分類的一般方法描述于蒂勒等人，免疫學方法雜志(J Immunol Methods)，2008年I月I日；329(1-2):112-24中，其全部內(nèi)容通過引用結(jié)合。分離這些PBMC，并且然后根據(jù)所關(guān)注的表型的細胞表面標記進行單一分類。然后將單一分類的成熟原始(mn)B細胞和抗體分泌細胞(asc)的Ig基因轉(zhuǎn)錄本PCR擴增以便確定VH/VL種系基因?qū)?。對B細胞的cDNA進行PCR擴增的一般方法和適用于其的引物也描述于蒂勒等人2008 (上文引用文獻)中。所使用的具體引物顯示在表4中。表4 (桉照,屮,現(xiàn)順序分別是SEQ ID N024-60):對于μ或Y重鏈PCR來說:
5.L-VH 1: ACAG GTGCCCACTCCC AGGtGC AG24
r L-VH 3 AAGGTGTCCAGTGlGARGTaCAG23
5' L-VH 4i6 CCCAG ATGG6ICCTG1CCCAGGIGCAG27
r L-￥H S CAAGCi AGTCTGTTCGCi 處 GGTGCAG24.VCmCHI s μ〗 GGO轟毳TTGTCACAGG羼GACG焱21.Γ CgCIIl 'γ> GGAA6GTGT6CAC0C€eCTeGTC23
5； AgeT viil CTGC AACCG G TGT AC ATTCCC AG GTG C AG CTGG TGC AG38
S.Age! ￥M1/§ C TGCA森CCOOTGT森C毳TTCCG轟CIGITGC義GCTGGTGC毳Ci3B
r Agei ￥M3 CTGCAACCGGTGT 爲 CATTCTCi A G1Ti2C 森 <3C1TG<3TC3G 森 O38
5' Agei VM3-23 CTOCAACGGGTGTAC義TTCTG轟GGTGCAGCTCiTTGG森G36
St Agei VM4 CTGCAACC6GTG1ACATTCCCAGOTOCAGCTGCACiG AG38
r Agei VH 4-34 ClG CA ACCGGTGTACATTCCC AGG TGC AG Cl AC AS C AGTG40
3* SaM JH 1/2/4/S TGCGAA6TCGACGCTGAeGA0 ACOGTGACCAG32
3* SbII JH 3 TGCO 焱 AGTCGACGCTG A 轟 GAG 義 CGGTG ACCATTG34
3' SaM JH 6 TGCG AAGTCG ACGCTG AGGAGACdGTG ACCGTG33
ar. GTTCGOGG AAGTAGTCCTTGAC22對于κ輕鏈PCR來說:
Li' . _
sS7UTm ‘ ATGAGGSTCCC￥GCTCAOCTGCTGG25
5.L-Vk 3 CTCTTCCTCCTGCTACTCTGGCTCCCAG26
5' L-Vk 4 ATTTCTCTGTTGCTCTGGATCTCTG2S
3'Ck S43 GTTTCTCGTAGTCTGCTTtGCTCA24
L.' ZWR_
5* Pan Vk AT0ACeCAOW€TCC^8YCWCCCTO24
3 Ck494 GTGCTGTCC1TGCTGTCCTGC722
；..t；..( ..:..- n
SvL-VIl.GGTCCTGGGCCCAGTCTGTGCTG23
S' L-Vi 2 GGlCCIGGQCCCAGfC1GCCCTG23
L0478J 5* L-Vl 3 GCTCTGTGACCTCCTATGAGCTG23
5* L-Vl 4/S CGTCTCTCTCSCAGCYtCTGCTG23
5' L-Vl 6 GTTCT1GGGCCAATTTTATGCTG23
S' t ￥l I GGTCC義燊TTCYC矗GGCTGfSG了G23
S* L^l 8 GAGTGdATTCTCASACTGteGlG23
3* C|C毳CCAGTGTGGCCTTGTTGGCTTO
{ s-.-fs-τ,_
rlfleTvTl cTecTAcceeTTcciaeoccoAatcTOTGCTaACKCAsas
5 Agel Vl 2 CTGCTACCGOTTCCTCCQCCCAGTCTOCCCTGACTCAQ38
S-Afei Vt 3 CTGCT轟CC@GT*r€TGT@ACCirCCnr毳TG森GCT0屬CWTC義G33
S1AflSi Vt 4-S CIGCIACCaGTTCTCTCTCSCAGCYTGTQCTGACICA3T
S.燊丨 Vt S CTGCTACCSaTTCtTaGGCC^AtTTTATOCta^CTCAe38
S Agel Vl 7,8 CTGCTACCGGltCCAATtCVCAGRCtGTGGTGACVCAG38
$' KhQi C丨 CTCCTC義CTCG森 0VGGGA轟CAGAGT029合成單一分類的成熟原始(mn) B細胞和抗體分泌細胞(asc)的cDNA。進行巢式PCR，其中將人類IgH、Igk以及IgL V基因轉(zhuǎn)錄本獨立地PCR擴增。用IgBLAST (NCBI)對測序結(jié)果進行比對以鑒別各自的VH、VK以及VL種系基因。實例2.3人類免疫組庫中所鑒別的VH/VL種系基因?qū)?br> 將如實例2.1中所描述從可公開獲得的文獻所鑒別的VH/VL種系基因?qū)?shù)據(jù)與如實例2.2中所描述從一個人類樣品所鑒別的數(shù)據(jù)聚池。對所聚池的數(shù)據(jù)進行分析，并且顯示為表6中的一個評級，即人類免疫組庫中所鑒別的VH/VL種系基因?qū)Φ陌俜直?比例(％)的評級。實例3:確定VH和VL種系基因的使用情況對表6的審閱顯示了，與種系基因的總數(shù)目相比，少量VH/VL對在人類免疫組庫中是占主導(dǎo)地位的。威爾特(Wildt)等人在895-896描述了這一現(xiàn)象。威爾特等人還描述了，頻繁地表達的重和輕鏈基因片段通常是配對的，并且觀測到，所取樣的配對中的一半對應(yīng)于僅五個VH/VL種系基因?qū)?。另外，對所聚池的?shù)據(jù)和另外的參考文獻進行評估以鑒別在人類免疫組庫中獨立地表達(不作為對)的VH、Vk以及VA種系基因。包括了未配對的VH和/或VL種系基因表達的另外的參考文獻是布里辛舍科H P.(Brezinschek H P.)等人(1997)臨床研究雜志(J.Clin.1nvest.) 99，2488 ;德梅松 C.(Demaison C.)等人(1995)免疫遺傳學(Immunogenetics) 42，342 ;以及福斯特 S.J.(Foster S.J.)等人(1997)臨床研究雜志99，1614，所述參考文獻的全部內(nèi) 容都通過引用結(jié)合。將來自實例2.1和2.2和另外的參考文獻的數(shù)據(jù)聚池并且進行分等級以確定人類免疫組庫中最占優(yōu)勢地表達的VH、Vk以及V λ種系基因。評級顯不在表5中。在對顯示人類免疫組庫中非鍵聯(lián)的VH、V λ以及V κ種系基因占有率的表5與顯示人類免疫組庫內(nèi)鍵聯(lián)的VH/VL對種系基因占有率的表6進行比較時，顯而易知，當獨立于鍵聯(lián)或配對進行評估時高度呈現(xiàn)的許多VH、V λ以及V κ種系基因也在VH/VL配對中高度呈現(xiàn)。這一觀測結(jié)果由圖4-5中所示的圖證實，這些圖顯示了人類免疫組庫的VH/VL種系基因?qū)Α＿@些圖顯示了從所聚池的數(shù)據(jù)鑒別的每一 VH/VL種系基因?qū)Φ膶嶋H數(shù)目，繪制在一個矩陣上，其中Y軸包括了這些VH種系基因的評級，并且X軸包括了這些VL種系基因的評級。實例4:詵擇這@ VH/VL種系某閔配對用于講一步評估其牛物物理學特件作為一個下一步驟，必須確定哪些種系蛋白對要進行測試，這是由于在人類免疫組庫中存在約2500對，并且諸位發(fā)明人目的是鑒別哪些種系蛋白對包括將有助于選擇和研發(fā)的有利生物物理學特性。一種方法將是測試人類免疫組庫中最占優(yōu)勢地存在的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對，例如參見表6?？梢岳邕x擇前四百對用于測試，或選擇超過某一閾值數(shù)目存在的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對。這種方法將會需要對很大數(shù)量的可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對序列進行合成與測試，因此，這樣一種方法將不會很有效率。作為一種可替代方法，諸位發(fā)明人選擇可變重鏈和可變輕鏈種系對的一個子集，其中這個子集代表，精確地再現(xiàn)，或者涵蓋人體免疫組庫中的占優(yōu)勢的種系對的大多數(shù)。這種方法部分地基于以上觀察:少數(shù)可變重鏈，可變κ輕鏈和可變λ輕鏈種系基因(未配對的)在人體免疫組庫中是占主導(dǎo)地位的。因此，可以將少數(shù)占優(yōu)勢的重鏈和輕鏈種系基因(未配對的)組合起來以產(chǎn)生一組代表人體免疫組庫的對。這種方法按以下方式進行。在實例3中，確定可變重鏈、可變κ輕鏈以及可變λ輕鏈種系基因表達。作為一個下一步驟，完成對占優(yōu)勢的VH、V λ以及Vk種系基因的一個計算機模擬分析，其中至少評估以下因素=CDR長度；等電點(pi)(優(yōu)選的等電點是7.5或更高，因為這應(yīng)該會提供在一種標準PH5.5到pH7配制品緩沖液中的穩(wěn)定性)；潛在的翻譯后修飾位點(PTM' s)(確切地說，N-鍵聯(lián)的糖基化位點(NxS或NxT)或化學修飾，比如Asp酶切(常常在DP )，Asp異構(gòu)化(DS，DG)，脫酰胺化(NS，NG)，它們可以發(fā)生在體內(nèi)(血清中)或在配制緩沖液中儲存時，并能導(dǎo)致抗體結(jié)合的損失)；CDR中蛋氨酸的存在(當暴露于溶劑時可以被氧化)；未配對的半胱氨酸的存在(將與任何其他未配對的半胱氨酸形成二硫鍵，因此導(dǎo)致蛋白交聯(lián)和/或更低表達產(chǎn)率)；與種系的偏差；潛在的T-細胞表位的存在；以及理論上的聚集傾向性。從計算機模擬分析選擇的數(shù)據(jù)顯示在圖2-3中?；趯ψ钫純?yōu)勢的VH、V λ以及V Κ種系基因的計算機模擬分析，選擇這些基因的一個子集用于合成、組合以及后續(xù)功能測試。這一子集顯示在圖2-3中。當比較表5與圖2-3時，顯而易見的是，并未選擇所有的最占優(yōu)勢的VH、VX以及Vk種系基因用于進一步測試。在表5中所示的最占優(yōu)勢的VH種系基因中，沒有選擇IGHV4-34、IGHV4-59以及IGHV3-9。取而代之，參見圖2-3，選擇了 IGHV3-74、IGHV3-73以及IGHV6-1。一共選擇了 20個VH種系基因。在表5中所示的最占優(yōu)勢的Vk種系基因中，沒有選擇IGKV4-l、IGKV2-28/2D-28、IGKV1-33/1D-33以及IGKV1-8。一共選擇了 12個Vk種系基因。在表5中所示的最占優(yōu)勢的V λ種系基因中，沒有選擇IGLV1-44。一共選擇了 8個VA種系基因。
表5顯示了來自人類免疫組庫的VH、Vk以及νλ種系基因的使用情況的評級，并且對被選擇用于進一步功能測試的種系基因進行了加粗和加下劃線。表5VHVKVA.
η = 2463η=1656η=780
權(quán)利要求
1.合成的抗體或其片段的一個集合，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列VH1-18(SEQ ID NO :204) /VK3-20 (SEQ ID NO :239) ；VHl-46 (SEQ IDN0:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252)；VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-07(SEQ ID N0:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-07(SEQ ID NO:207/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-07(SEQID N0:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251)；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQID NO:250) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQID NO:235) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-23(SEQID N0:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238)；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQID NO:256) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-74(SEQID NO:214)/VKI-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233)；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39 (SEQID NO:236) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232) ；VH6-1(SEQ IDN0:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239);以及 VH6_1(SEQ ID NO: 216)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)。
2.根據(jù)權(quán)利要求I所述的集合，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)，這些可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)包括一個種系蛋白對的種系蛋白序列，其中所述種系蛋白對包括以下特性 i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ； ii)Fab形式在70°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性； iii)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(單體％)至少98%； iv)IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ； V) IgGl形式在73°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；以及 vii)如通過SEC確定的IgGl形式的單體含量(單體％)至少99%。
3.合成的抗體或其功能性片段的一個集合，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括選自以下可變重鏈和可變輕鏈對中的二十個或更多個的種系蛋白序列VH1-18 (SEQ ID NO: 204)/VK1-39 (SEQ IDNO:236) ；VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VHl-46(SEQID N0:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VL3-21(SEQ ID NO:257)；VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL卜51(SEQ ID NO:252) ；VH3-07(SEQ ID N0:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQ ID NO:234) ；VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-39(SEQ ID NO:236)；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQID NO:251) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-11(SEQID N0:208)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250)；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51 (SEQID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-16(SEQ ID NO:234)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQID NO:237) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VL2-14(SEQ ID NO:254) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233)；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VL2-11 (SEQID NO:253) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-23(SEQID NO:211)/VL3-l(SEQ ID NO:256) ；VH3-30(SEQ ID NO:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239)；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11 (SEQID NO:253) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-74(SEQID NO:214)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239)；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQID NO:236) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232) ；VH6-1(SEQ IDNO:216)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO:239);以及VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的合成的抗體或其功能性片段的集合，其中這些抗體或其功能性片段包括選自以下各項的三十個或更多個可變重鏈和可變輕鏈對VH1-18(SEQ IDN0:204)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQ ID NO:238)；VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQID NO:238) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VL3-21 (SEQ ID NO:257) ；VHl-69*01(SEQ ID NO:206)/VL卜51(SEQ ID NO:252)；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQID NO:234) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-07(SEQID N0:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252)；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-39(SEQID NO:236) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQID NO:231) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-16(SEQ ID NO:234) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40(SEQ ID NO:250)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51 (SEQID NO:252) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL2-14(SEQ ID NO:254) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-21(SEQID N0:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236)；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQID NO:255) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256) ；VH3-30(SEQ ID NO:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQID NO:213)/VL2-ll(SEQ ID NO:253) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230)；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VKI-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12 (SEQID NO:233) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH5-51(SEQID N0:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250)；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQID NO:232) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20 (SEQ ID NO:239);以及 VH6_1(SEQ ID NO: 216)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)。
5.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)，這些可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)包括一個種系蛋白對的種系蛋白序列，其中所述種系蛋白對包括以下特性 i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ； ii)Fab形式在70°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性； iii)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(單體％)至少98%； iv)IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ； V) IgGl形式在73°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；以及 vii)如通過SEC確定的IgGl形式的單體含量(單體％)至少99%。
6.合成的抗體或其功能性片段的一個集合，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO:239) ；VHl-46 (SEQ IDN0:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252)；VH卜69*01(SEQ ID NO:206)/VL卜51(SEQ ID NO:252) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-07(SEQID N0:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251)；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQID NO:250) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQID NO:235) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-23(SEQID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238)；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05 (SEQID NO:230) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VKI-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VH5-51(SEQID N0:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250)；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ IDNO:232) ；VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO:239);以及 VH6_1(SEQ ID NO: 216)/VL1-51(SEQ ID NO :252)。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的集合，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)，這些可變重鏈和可變輕鏈框架區(qū)包括一個種系蛋白對的種系蛋白序列，其中所述種系蛋白對包括以下特性 i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ； ii)Fab形式在70°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性； iii)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(單體％)至少99%； iv)IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ； V) IgGl形式在73°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性； vi)如通過SEC確定的IgGl形式的單體含量(單體％)至少99%；以及 vii)IgGl形式的等電點至少8. 3。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的集合，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括進一步選自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VK1-39 (SEQID NO:236) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255)；以及 VH3-23(SEQ IDNO:211)/VL3-l(SEQ ID NO:256)。
9.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列。
10.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括⑶Rl區(qū)，這些⑶Rl區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列。
11.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括⑶R2區(qū)，這些⑶R2區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列。
12.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括去除潛在的翻譯后修飾位點的氨基酸修飾。
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括一個或多個重鏈互補性決定區(qū)，該一個或多個重鏈互補性決定區(qū)包括來自SEQ ID NO:266-278中所描繪的各自的可變重鏈的互補性決定區(qū)序列。
14.根據(jù)權(quán)利要求13所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括HCDRl區(qū)，這些HCDRl區(qū)來自SEQ ID NO :266-278中所描繪的各自的HCDRl區(qū)。
15.根據(jù)權(quán)利要求13或14所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括HCDR2區(qū)，這些HCDR2區(qū)來自SEQ ID NO :266-278中所描繪的各自的HCDR2區(qū)。
16.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括一個FR4區(qū)，該FR4區(qū)選自下組，該組由以下各項組成JH4(SEQ ID NO :293), Jk I (SEQ IDNO:297)以及 J λ 2/3 (SEQ ID NO: 301)。
17.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括一個多樣化的HCDR3區(qū)。
18.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中所述抗體或其功能性片段包括一個多樣化的IXDR3區(qū)。
19.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中該集合包括至少IXlO4個抗體或其功能性片段。
20.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中所述抗體選自下組，該組由以下各項組成:人類 IgGl、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgM 以及 IgD。
21.根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的集合，其中所述抗體的所述功能性片段選自下組，該組由以下各項組成Fab、F (ab') 2、Fab’、Fv以及scFv。
22.核酸的一個集合，這些核酸對根據(jù)以上權(quán)利要求中任何一項所述的抗體或其功能性片段的一個集合進行編碼。
23.—種載體，該載體包括根據(jù)權(quán)利要求22所述的核酸的集合。
24.一種重組宿主細胞，該重組宿主細胞包括根據(jù)權(quán)利要求22所述的核酸或根據(jù)權(quán)利要求23所述的載體。
25.—種產(chǎn)生合成的抗體或其功能性片段的集合的方法，該方法包括 a)鑒別人類免疫組庫中存在的可變重鏈和可變輕鏈種系基因?qū)Γ? b)測試步驟a)中鑒別的這些可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對的以下特性 i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ； ii)Fab形式在70°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性； iii)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(單體％)至少98%； iv)IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ； V) IgGl形式在73°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；以及 vii)如通過SEC確定的IgGl形式的單體含量(單體％)至少99% ；以及 c)產(chǎn)生一個集合，其中這些抗體或其功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括滿足步驟b)的這些特性的種系蛋白對的種系蛋白序列。
26.根據(jù)權(quán)利要求25所述的方法，其中步驟a)進一步包括以下步驟 aa)從一個樣品分離人類B細胞； ab)從這些B細胞產(chǎn)生cDNA； ac)對來自這些B細胞的這些cDNA進行PCR擴增；ad)對PCR產(chǎn)物進行測序；以及 ae)鑒別每一PCR產(chǎn)物的種系基因。
27.根據(jù)權(quán)利要求25或26所述的方法，其中步驟b)進一步包括以下步驟 ba)合成對抗體或其功能性片段進行編碼的DNA，這些抗體或其功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對，這些可變重鏈和可變輕鏈種系蛋白對代表了該人類免疫組庫中存在的這些對； bb)表達ba)中合成的這些種系蛋白對；以及 be)測試bb)的這些種系蛋白對的這些性質(zhì)中的每一種。
28.根據(jù)權(quán)利要求25到27中任何一項的方法，其中該步驟c)包括以下步驟 ca)合成對這些抗體或其功能性片段進行編碼的核酸； cb)將這些核酸克隆到一種載體中； cc)表達這些抗體或其功能性片段。
29.根據(jù)權(quán)利要求25到28中任何一項所述的方法，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列VH1-18(SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ ID NO:239) ；VHl-46 (SEQID N0:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252)；VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-07(SEQ ID N0:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-07(SEQID N0:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251)；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQID NO:250) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27 (SEQID NO:235) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-23(SEQID N0:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238)；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQID NO:256) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-74(SEQID NO:214)/VKI-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233)；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQID NO:236) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232) ；VH6-1(SEQ IDN0:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239);以及 VH6_1(SEQ ID NO: 216)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)。
30.根據(jù)權(quán)利要求25到28中任何一項所述的方法，其中這些抗體或功能性片段包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括種系蛋白序列，其中這些抗體或其功能性片段包括選自以下各項的二十個或更多個可變重鏈和可變輕鏈對VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQID NO:238) ；VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VHl-46(SEQID N0:205)/VL3-21(SEQ ID NO:257) ;VH1_69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ IDNO:252) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQ ID NO:234) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-07(SEQID N0:207)/VKl-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238)；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51 (SEQID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251)；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQID NO:255) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-16(SEQ ID NO:234) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40(SEQID NO:250) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL2-14(SEQ ID NO:254) ；VH3-21(SEQID N0:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-27(SEQ ID NO:235)；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQID NO:236) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23 (SEQ ID NO:255) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256) ；VH3-30(SEQID N0:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238)；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQID NO:230) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VKI-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-74(SEQID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VL1-51(SEQ ID NO:252)；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQID NO:250) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH6-1(SEQ IDN0:216)/VK3-20(SEQ ID NO:239);以及 VH6_1(SEQ ID NO: 216)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)。
31.根據(jù)權(quán)利要求25到30中任何一項所述的方法，其中步驟b)進一步包括以下特性 i)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(單體％)至少99%;和 ii)IgGl形式的等電點至少8. 3。
32.根據(jù)權(quán)利要求25到31中任何一項所述的方法，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括選自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列VH1-18 (SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VHl-46(SEQID NO:205)/VL卜51(SEQ ID NO:252) ；VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL卜51(SEQ IDNO:252) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-07(SEQID N0:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252)；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQID NO:251) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQID NO:237) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253)；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQID NO:231) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH5-51(SEQID N0:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252)；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK3-20(SEQ IDNO:239);以及 VH6-1(SEQ ID NO: 216)/VL1-51 (SEQ ID NO: 252)。
33.根據(jù)權(quán)利要求25到32中任何一項所述的方法，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)進一步包括選自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列VH3-23(SEQ IDN0:211)/VK1-39(SEQ ID NO: 236) ；VH3-23 (SEQ ID NO: 211)/VL2-23 (SEQ ID NO:255);以及VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256)。
34.根據(jù)權(quán)利要求25到33中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列。
35.根據(jù)權(quán)利要求25到34中任何一項所述的方法，其中這些抗體或功能性片段進一步包括⑶Rl區(qū)，這些⑶Rl區(qū)包括這些各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列。
36.根據(jù)權(quán)利要求25到35中任何一項所述的方法，其中這些抗體或功能性片段進一步包括⑶R2區(qū)，這些⑶R2區(qū)包括這些各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列。
37.根據(jù)權(quán)利要求25到36中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括去除潛在的翻譯后修飾位點的氨基酸修飾。
38.根據(jù)權(quán)利要求25到37中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括來自在SEQ ID NO:266-278中所描繪的各自的可變重鏈的互補性決定區(qū)序列。
39.根據(jù)權(quán)利要求25到38中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括HCDRl區(qū)，這些HCDRl區(qū)來自在SEQ ID NO :266-278中所描繪的各自的HCDRl區(qū)。
40.根據(jù)權(quán)利要求25到39中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括HCDR2區(qū)，這些HCDR2區(qū)來自在SEQ ID NO: 266-278中所描繪的各自的HCDR2區(qū)。
41.根據(jù)權(quán)利要求25到40中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括一個FR4區(qū)，該FR4區(qū)選自下組，該組由以下各項組成JH4(SEQ ID NO :293), Jk I (SEQ IDNO:297)以及 J λ 2/3 (SEQ ID NO: 301)。
42.根據(jù)權(quán)利要求25到41中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括一個多樣化的HCDR3區(qū)。
43.根據(jù)權(quán)利要求25到42中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括一個多樣化的IXDR3區(qū)。
44.根據(jù)權(quán)利要求25到43中任何一項所述的方法，其中該集合包括至少IX IO4個抗體或其功能性片段。
45.根據(jù)權(quán)利要求25到44中任何一項所述的方法，其中所述抗體選自下組，該組由以下各項組成=IgGU IgG2、IgG3、IgG4、IgD 以及 IgM0
46.根據(jù)權(quán)利要求25到45中任何一項所述的方法，其中所述抗體的所述功能性片段選自下組，該組由以下各項組成:Fab、F(ab’)2、Fab’、Fv以及ScFv0
47.一種鑒別對抗原具有特異性的抗體或抗體片段的方法，該方法包括: (a)使該抗原與抗體或其功能性片段的一個集合接觸，其中該集合的這些抗體或功能性片段的至少90%包括可變重鏈和可變輕鏈對，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括具有以下特性的種系蛋白對的種系蛋白序列: i)Fab形式的表達產(chǎn)率至少2.5mg/L ； ii)Fab形式在70°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性； iii)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(單體％)至少98%； iv)IgGl形式的表達產(chǎn)率至少30mg/L ； V) IgGl形式在73°C或更高溫度的熱穩(wěn)定性；以及 vii)如通過SEC確定的IgGl形式的單體含量(單體％)至少99% ;和 (b)選擇與所述抗原結(jié)合的一種或多種抗體或抗體片段。
48.根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括來自以下各項的種系蛋白序列:
49.根據(jù)權(quán)利要求47或48所述的方法，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括來自以下各項的種系蛋白序列VH1-18(SEQ ID NO: 204)/VK1-39 (SEQ ID NO :236)；VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH1-18(SEQ ID NO:204)/VK3-20(SEQID NO:239) ；VHl-46(SEQ ID NO: 205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VHl-46(SEQ IDN0:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH1-46(SEQ ID NO:205)/VL3-21(SEQ ID NO:257)；VH1-69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-07(SEQ ID N0:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-16(SEQ ID NO:234) ；VH3-07(SEQID N0:207)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-39(SEQ ID NO:236)；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQID NO:251) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-11(SEQID N0:208)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250)；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51 (SEQID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-16(SEQ ID NO:234)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQID NO:237) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VL2-14(SEQ ID NO:254) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12(SEQ ID NO:233)；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VL2-11 (SEQID NO:253) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255) ；VH3-23(SEQID NO:211)/VL3-l(SEQ ID NO:256) ；VH3-30(SEQ ID NO:212)/VK3-20(SEQ ID NO:239)；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQID NO:253) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-74(SEQID NO:214)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQ ID NO:239)；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQID NO:236) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH6-1(SEQ ID NO:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232) ；VH6-1(SEQ IDNO:216)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO:239);以及VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。
50.根據(jù)權(quán)利要求47到49中任何一項所述的方法，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括進一步包括以下特性的種系蛋白對的種系蛋白序列i)如通過SEC確定的Fab形式的單體含量(單體％)至少99%;和 ii)IgGl形式的等電點至少8. 3。
51.根據(jù)權(quán)利要求50所述的方法，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)包括選自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列VH1-18 (SEQ ID NO:204) /VK3-20 (SEQ IDNO:239) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VHl-46(SEQ ID NO:205)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ;VH1_69*01(SEQ ID NO:206)/VL1-51 (SEQ ID NO:252)；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK1-27(SEQID NO:235) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-47(SEQ ID NO:251) ；VH3-07(SEQ ID NO:207)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQID N0:208)/VL1-40(SEQ ID NO:250) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-47(SEQ ID NO:251)；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-11(SEQ ID NO:208)/VL2-23(SEQID NO:255) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-06(SEQ ID NO:231) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-15(SEQID N0:209)/VK1-27(SEQ ID NO:235) ；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VK3-11(SEQ ID NO:237)；VH3-15(SEQ ID NO:209)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH3-21(SEQ ID NO:210)/VK1-12 (SEQID NO:233) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VK3-15(SEQ ID NO:238) ；VH3-53(SEQ ID NO:213)/VL2-11(SEQ ID NO:253) ；VH3-74(SEQID NO:214)/VK1-05(SEQ ID NO:230) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-06(SEQ ID NO:231)；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK1-12(SEQ ID NO:233) ；VH3-74(SEQ ID NO:214)/VK3-20(SEQID NO:239) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VLI-40(SEQ ID NO:250) ；VH5-51(SEQ ID NO:215)/VL1-51(SEQ ID NO:252) ；VH6-1(SEQ IDN0:216)/VK1-09(SEQ ID NO:232) ；VH6-1 (SEQ ID NO: 216)/VK3-20 (SEQ ID NO:239);以及VH6-1(SEQ ID NO:216)/VL1-51(SEQ ID NO:252)。
52.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)進一步包括選自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列VH3-23(SEQ ID NO: 211)/VK1-39 (SEQID NO:236) ；VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL2-23(SEQ ID NO:255)；以及 VH3-23(SEQ IDNO:211)/VL3-l(SEQ ID NO:256)。
53.根據(jù)權(quán)利要求47到52中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括來自各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列。
54.根據(jù)權(quán)利要求47到53中任何一項所述的方法，其中這些抗體或功能性片段進一步包括⑶Rl區(qū)，這些⑶Rl區(qū)包括這些各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列。
55.根據(jù)權(quán)利要求47到54中任何一項所述的方法，其中這些抗體或功能性片段進一步包括⑶R2區(qū)，這些⑶R2區(qū)包括這些各自的可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列。
56.根據(jù)權(quán)利要求47到55中任何一項所述的方法，其中這些可變重鏈和可變輕鏈對的框架區(qū)進一步包括選自以下可變重鏈和可變輕鏈對的種系蛋白序列VH3-23(SEQ IDN0:211)/VK1-39(SEQ ID NO:236) ；VH3-23 (SEQ ID NO:211)/VL2_23(SEQ ID NO:255);以及VH3-23(SEQ ID NO:211)/VL3-1(SEQ ID NO:256)。
57.根據(jù)權(quán)利要求47到56中任何一項所述的方法，其中所表達的所述抗體或其功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括去除潛在的翻譯后修飾位點的氨基酸修飾。
58.根據(jù)權(quán)利要求47到57中任何一項所述的方法，其中所表達的所述抗體或其功能性片段包括一個或多個互補性決定區(qū)，該一個或多個互補性決定區(qū)包括來自在SEQ IDNO: 266-278中所描繪的各自的可變重鏈的互補性決定區(qū)序列。
59.根據(jù)權(quán)利要求47到58中任何一項所述的方法，其中所表達的所述抗體或其功能性片段包括HCDRl區(qū)，這些HCDRl區(qū)來自在SEQ ID NO: 266-278中所描繪的各自的HCDRl區(qū)。
60.根據(jù)權(quán)利要求47到59中任何一項所述的方法，其中所表達的所述抗體或其功能性片段包括HCDR2區(qū)，這些HCDR2區(qū)來自在SEQ ID NO: 266-278中所描繪的各自的HCDR2區(qū)。
61.根據(jù)權(quán)利要求47到60中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括一個多樣化的HCDR3區(qū)。
62.根據(jù)權(quán)利要求47到61中任何一項所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段包括一個多樣化的IXDR3區(qū)。
63.根據(jù)權(quán)利要求47到62中任何一項所述的方法，其中該集合包括至少IX IO4個抗體或其功能性片段。
64.根據(jù)權(quán)利要求47到63中任何一項所述的方法，其中所述抗體選自下組，該組由以下各項組成=IgGU IgG2、IgG3、IgG4、IgD 以及 IgM0
65.根據(jù)權(quán)利要求47到64中任何一項所述的方法，其中所述抗體的所述功能性片段選自下組，該組由以下各項組成Fab、F(ab’)2、Fab’、Fv以及scFv
全文摘要
本披露實現(xiàn)了可變重鏈和可變輕鏈對的集合，這些可變重鏈和可變輕鏈對部分地包括針對與可研發(fā)性相關(guān)的功能特性進行預(yù)選擇的種系蛋白序列，其中這些集合可以用來使用例如噬菌體展示針對任何抗原進行選。
文檔編號C07K16/00GK103237809SQ201180055462
公開日2013年8月7日申請日期2011年11月18日優(yōu)先權(quán)日2010年11月19日
發(fā)明者斯特法妮·尤林格, 托馬斯·蒂勒, 英格里德·舒斯特, 伊溫妮·斯塔克申請人:莫佛塞斯公司

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該技術(shù)已申請專利。僅供學習研究，如用于商業(yè)用途，請聯(lián)系技術(shù)所有人。
技術(shù)研發(fā)人員：斯特法妮·尤林格;托馬斯·蒂勒;英格里德·舒斯特;伊溫妮·斯塔克
技術(shù)所有人：莫佛塞斯公司
我是此專利的發(fā)明人

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