Cox1基因作為豬妊娠期長短性狀的遺傳標(biāo)記的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明屬于分子標(biāo)記制備【技術(shù)領(lǐng)域】，具體涉及一種與豬妊娠期長短性狀相關(guān)的SNP遺傳標(biāo)記的制備與關(guān)聯(lián)分析。從豬COX1基因中克隆獲得一種作為遺傳標(biāo)記應(yīng)用的豬妊娠期長短性狀相關(guān)的基因片段，其核苷酸序列如圖4所示，在圖4所示序列的452bp處有一個(gè)等位基因突變（堿基替換），該突變導(dǎo)致Bg?II-RFLP多態(tài)性。本發(fā)明還公開了制備豬妊娠期長短性狀遺傳標(biāo)記的方法及其在豬妊娠期長短性狀多態(tài)性檢測中的應(yīng)用。本發(fā)明的標(biāo)記可應(yīng)用于豬的標(biāo)記輔助選擇上。
【專利說明】C0X1基因作為豬妊娠期長短性狀的遺傳標(biāo)記
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于豬相關(guān)遺傳標(biāo)記(分子標(biāo)記)制備【技術(shù)領(lǐng)域】，具體涉及一種與豬妊娠期長短性狀相關(guān)遺傳標(biāo)記。
【背景技術(shù)】
[0002]繁殖性狀是豬的重要經(jīng)濟(jì)性狀之一，是我國地方豬優(yōu)良品種最具特色和國際競爭力的經(jīng)濟(jì)性狀。提高豬繁殖率可降低養(yǎng)豬生產(chǎn)成本，提高生產(chǎn)經(jīng)濟(jì)效益，促進(jìn)我國養(yǎng)豬業(yè)持續(xù)發(fā)展。
[0003]妊娠期是指從配種受孕至分娩這段時(shí)間，是母豬的一個(gè)重要繁殖性狀，與其它繁殖性狀特別是初生重、產(chǎn)仔數(shù)關(guān)系密切。母豬的妊娠期為108~120天，平均114天，不同個(gè)體間差異較大。一般來說，青年母豬的妊娠期比經(jīng)產(chǎn)母豬短；產(chǎn)仔數(shù)少的比產(chǎn)仔數(shù)多的妊娠期長。妊娠期短，則可以縮短母豬的繁殖周期，提高其生產(chǎn)能力。列為國家級(jí)重點(diǎn)保護(hù)目錄的清平豬妊娠期短，平均為111.43±0.07天，初產(chǎn)母豬110.69天，經(jīng)產(chǎn)母豬為111.06-111.51天，與一般豬種妊娠期總體均值的差異極顯著。
[0004]對(duì)豬妊娠期的研究主要涉及其影響因素、與其它繁殖性狀的關(guān)系、QTL定位等方面，相關(guān)遺傳分子基礎(chǔ)報(bào)道較少。母豬妊娠期的長短主要受品種遺傳的影響，中等遺傳力(0.47)，與總產(chǎn)仔數(shù)、活產(chǎn)仔數(shù)等存在一定程度的相關(guān)。如能篩選到一種早期的遺傳分子標(biāo)記，應(yīng)用后則能在提高產(chǎn)仔數(shù)的同時(shí)亦能縮短妊娠期，提高經(jīng)濟(jì)效益。Wilkie等(1999)利用梅山豬X大約克夏豬資源家系，采用119個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)18條常染色體進(jìn)行基因組掃描，發(fā)現(xiàn)9號(hào)染色體上1 35cM處存在控制豬妊娠期的QTL，位于微衛(wèi)星標(biāo)記SW174和SW1651之間，并估計(jì)該QTL加性效應(yīng)為1.52±0.44d，顯性效應(yīng)為-2.34±0.75d，均達(dá)到了極顯著水平；同時(shí)發(fā)現(xiàn)在15號(hào)染色體和I號(hào)染色體上也分別存在控制妊娠期的QTL，分別位于96和166cM處，并估計(jì)加性效應(yīng)分別為1.86±0.54d和1.18±0.55d(Wilkie etal.A genomic scan of porcine reproductive traits reveals possible quantitativetrait loci (QTLs) for number of corpora lutea.Mamm Genome，1999，10 (6):573-578.)。動(dòng)物分娩意味著妊娠的終止，分娩的啟動(dòng)直接決定妊娠期的長短，而分娩的啟動(dòng)受多種因素的影響，內(nèi)分泌激素(如前列腺素、促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素)起關(guān)鍵作用。在前列腺素(prostaglandin, PG)的合成過程中，環(huán)氧合酶(cyclooxygenase,C0X)發(fā)揮著關(guān)鍵的作用。COX又稱前列腺素H合成酶(prostaglandin H synthase,PGHS)或前列腺素內(nèi)過氧化物合成酶(prostaglandin endoperoxidesynthase, PTGS)，介導(dǎo)由花生四烯酸(arachidonicacid, AA)合成PG的起始步驟(Crofford L.C0X-1and C0X—2 tissue expression:1mplications and predictions.The Journal ofrheumatology, 1997, 49:15-19)。COX通過催化合成PG影響卵泡發(fā)育、排卵、胚胎著床、子宮內(nèi)膜蛻膜化、黃體形成、退化以及分娩等雌性哺乳動(dòng)物生殖的多個(gè)環(huán)節(jié)。
[0005]綜合考慮基因定位彳目息和該基因所表達(dá)蛋白在機(jī)體內(nèi)的生理生化功能，COXl基因成為我們的候選基因。COXl是一種組成型酶，人的COXl基因位于染色體9q32-q33.3上，由11個(gè)外顯子和10個(gè)內(nèi)含子組成，其mRNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為2.7kb。具有一段26個(gè)氨基酸長的信號(hào)膚，剪切后的COXl具有576個(gè)氨基酸殘基，分子量約為65500D。小鼠、人和綿羊的COXl氨基酸序列相似性為90%，最大差異在于信號(hào)膚和緊接C末端內(nèi)質(zhì)網(wǎng)停靠信號(hào)的12個(gè)氨基酸殘基。豬的COXl基因也由11個(gè)外顯子和10個(gè)內(nèi)含子組成。COXl在大多數(shù)組織中微量恒定表達(dá)，產(chǎn)生具有生理作用的前列腺素，參與維持機(jī)體正常的生理功能，如保護(hù)胃粘膜，維持腎臟血流等(Jarving, et al.0n the evolutionary originof cyclooxygenase(COX)isozymes: characterization of marine invertebrate COXgenes points to independent duplication events in vertebrate and invertebratelineages.2004, J Biol Chem, 279(14):13624-13633)。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006]本發(fā)明的目的在于獲得一個(gè)與豬妊娠期長短性狀相關(guān)的遺傳標(biāo)記，通過克隆豬COXl基因的特異DNA片段，并經(jīng)關(guān)聯(lián)分析，得到一個(gè)用于豬妊娠期長短性狀檢測的遺傳標(biāo)記，該標(biāo)記屬于一種新的標(biāo)記，可以應(yīng)用于豬的標(biāo)記輔助選擇的關(guān)聯(lián)分析中。
[0007]本發(fā)明通過下列技術(shù)方案實(shí)現(xiàn):
[0008] 申請人:通過篩選，得到一個(gè)用于檢測豬妊娠期長短性狀的遺傳標(biāo)記，該標(biāo)記的核苷酸序列如下所示:
[0009]
【權(quán)利要求】
1.一個(gè)與豬妊娠期長短性狀相關(guān)的遺傳標(biāo)記，其核苷酸序列如下所示:
2.一種擴(kuò)增如權(quán)利要求1所述的遺傳標(biāo)記的引物對(duì)，其DNA序列如下所示: 正向引物:GTGCCAGCACCAGGGTAT， 反向引物:ATGCGTCAGCAGGAAGTG。
3.一種制備與豬妊娠期長短性狀性狀相關(guān)的遺傳標(biāo)記的方法，其特征在于下列步驟: 從豬血液中提取基因組DNA，根據(jù)豬COXl基因序列設(shè)計(jì)引物對(duì)，該引物對(duì)的DNA序列如序列表SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示，用SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的引物對(duì)在豬基因組DNA中進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR產(chǎn)物純化、克隆測序，獲得如權(quán)利要求1所示的核苷酸序列。
4.權(quán)利要求1所述的遺傳標(biāo)記在豬妊娠期長短性狀檢測中的應(yīng)用。
5.權(quán)利要求2所述的引物對(duì)在豬妊娠期長短性狀檢測中的應(yīng)用。
【文檔編號(hào)】C12N15/11GK103789310SQ201410052408
【公開日】2014年5月14日 申請日期:2014年2月15日 優(yōu)先權(quán)日:2014年2月15日
【發(fā)明者】柴進(jìn), 蔣思文, 彭建, 劉高雯, 鄭嶸, 彭永東, 王丹 申請人:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)