Abcb6基因突變體及其應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及分離的編碼ABCB6的核酸、分離的多肽、篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法、篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的系統(tǒng)以及用于篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的試劑盒。其中，分離的編碼ABCB6突變體的核酸，與SEQ?ID?NO：1相比，具有選自下列的至少一種突變：c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A。通過檢測(cè)該突變體在生物樣品中是否存在，可以有效地檢測(cè)生物樣品是否易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥。
【專利說明】ABCB6基因突變體及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及ABCB6基因突變體及其應(yīng)用。具體地，本發(fā)明涉及一種分離的編碼ABCB6突變體的核酸、一種分離的多肽、一種篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法、一種篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的系統(tǒng)以及一種用于篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的試劑盒。
【背景技術(shù)】
[0002]遺傳性泛發(fā)性色素異常癥(Dyschromatosisuniversalis hereditaria, DUH)是一種以全身泛發(fā)性色素沉著斑和色素減退斑相互夾雜存在為典型特征的遺傳性皮膚病。多見于日本、中國(guó)、韓國(guó)等地區(qū)，也有報(bào)道在歐洲，非洲其他人種地區(qū)。1933年由日本學(xué)者Urabe K首次報(bào)道?；颊叨嘤屑易迨?遺傳方式未定，多為常染色體顯性遺傳(Autosomaldominant inheritance, AD,也有報(bào)道為常染色體隱性遺傳(Autosome recessiveinheritance，AR)，但出現(xiàn)于近親婚配家系中。臨床上DUH主要表現(xiàn)為全身泛發(fā)色素沉著和色素減退斑相互夾雜。色素沉著斑為淡褐色至深褐色不等，米粒至豌豆大小，圓形或不規(guī)則形狀，散在、密集或成簇分布，境界清楚，并間以同等大小的色素減退甚至色素脫失斑，皮損可融合成網(wǎng)狀。本病多幼年早發(fā)，也有報(bào)道成年才出現(xiàn)癥狀者。無明顯自覺癥狀，局部無萎縮、炎癥、苔蘚化及毛細(xì)血管擴(kuò)張，患者偶伴有其它先天性缺陷或異常，如耳聾，眼白化病，癲癇等。DUH除了伴發(fā)先天缺陷和異常外，皮損處一般無任何異常感覺，但皮損的美容問題成為很多患者求治的主要原因。但由于目前該疾病的病因不明，目前尚無有效治療方法，有建議在皮損外 露部分使用遮瑕霜以覆蓋，減少患者心理不適。
[0003]因此，目前對(duì)于遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的研究仍有待深入。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004]本發(fā)明旨在至少解決現(xiàn)有技術(shù)中存在的技術(shù)問題之一。為此，本發(fā)明的一個(gè)目的在于提出一種能夠有效篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法。
[0005]本發(fā)明是基于發(fā)明人的下列工作而完成的:發(fā)明人通過高通量外顯子組測(cè)序聯(lián)合候選基因突變驗(yàn)證的方法確定了遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的致病基因上的新突變。
[0006]根據(jù)本發(fā)明的第一方面，本發(fā)明提出了一種分離的編碼ABCB6突變體的核酸。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該核酸與SEQ ID NO:1相比，具有選自下列的至少一種突變:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，發(fā)明人確定了 ABCB6基因突變體，這些新突變體與遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的發(fā)病密切相關(guān)，從而通過檢測(cè)這些新突變體在生物樣品中是否存在，可以有效地檢測(cè)生物樣品是否易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥。
[0007]根據(jù)本發(fā)明的第二方面，本發(fā)明提出了一種分離的多肽。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該多肽與SEQ ID NO:2相比，具有選自下列的至少一種突變:p.Leu356Pro、p.Serl70Gly、p.Gly579Glu。通過檢測(cè)生物樣品中是否表達(dá)該多肽，可以有效地檢測(cè)生物樣品是否易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥。[0008]根據(jù)本發(fā)明的第三方面，本發(fā)明提出了一種篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該方法包括以下步驟:從生物樣品提取核酸樣本；確定所述核酸樣本的核酸序列；所述核酸樣本的核酸序列與SEQ ID NO:1相比，具有選自c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A的至少一種突變是所述生物樣品易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的指示。通過根據(jù)本發(fā)明實(shí)施例的篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法，可以有效地篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品。
[0009]根據(jù)本發(fā)明的第四方面，本發(fā)明提出了一種篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的系統(tǒng)。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該系統(tǒng)包括:核酸提取裝置，所述核酸提取裝置用于從所述生物樣品提取核酸樣本；核酸序列確定裝置，所述核酸序列確定裝置與所述核酸提取裝置相連，用于對(duì)所述核酸樣本進(jìn)行分析，以便確定所述核酸樣本的核酸序列；判斷裝置，所述判斷裝置與所述核酸序列確定裝置相連，以便基于所述核酸樣本的核酸序列與SEQID NO:1相比，是否具有c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A的至少一種突變，判斷所述生物樣品是否易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥。利用該系統(tǒng)，能夠有效地實(shí)施前述篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法，從而可以有效地篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品。
[0010]根據(jù)本發(fā)明的第五方面，本發(fā)明提出了一種用于篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的試劑盒。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例,該試劑盒含有:適于檢測(cè)ABCB6基因突變體的試劑，其中與SEQ ID NO:1相比，所述ABCB6基因突變體具有選自下列的至少一種突變:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A。利用根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例的試劑盒，能夠有效地篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品。
[0011]本發(fā)明的附加方面和優(yōu)點(diǎn)將在下面的描述中部分給出，部分將從下面的描述中變得明顯，或通過本發(fā)明的實(shí)踐了解到。
【專利附圖】

【附圖說明】
[0012]本發(fā)明的上述和/·或附加的方面和優(yōu)點(diǎn)從結(jié)合下面附圖對(duì)實(shí)施例的描述中將變得明顯和容易理解，其中:
[0013]圖1:顯示了根據(jù)本發(fā)明一個(gè)實(shí)施例的篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的系統(tǒng)及其組成部分的示意圖，其中，
[0014]A為根據(jù)本發(fā)明實(shí)施例的篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的系統(tǒng)的示意圖，
[0015]B為根據(jù)本發(fā)明實(shí)施例的核酸提取裝置的示意圖，
[0016]C為根據(jù)本發(fā)明實(shí)施例的核酸序列確定裝置的示意圖；
[0017]圖2:顯示了根據(jù)本發(fā)明一個(gè)實(shí)施例的DUH患者家系的家系圖譜以及該家系中先證者Vl的臨床癥狀及病理檢測(cè)圖，其中，
[0018]a為根據(jù)本發(fā)明實(shí)施例的DUH患者家系的家系圖譜，
[0019]b-g為根據(jù)本發(fā)明實(shí)施例的DUH患者家系的先證者Vl的臨床癥狀及病理檢測(cè)圖；
[0020]圖3:顯示了根據(jù)本發(fā)明一個(gè)實(shí)施的DUH患者家系中的患者及正常人，以及具有ABCB6基因突變的散發(fā)患者及家系外正常人的ABCB6基因突變位點(diǎn)的Sanger測(cè)序驗(yàn)證峰圖?！揪唧w實(shí)施方式】
[0021]下面詳細(xì)描述本發(fā)明的實(shí)施例，所述實(shí)施例的示例在附圖中示出，其中自始至終相同或類似的標(biāo)號(hào)表示相同或類似的元件或具有相同或類似功能的元件。下面通過參考附圖描述的實(shí)施例是示例性的，僅用于解釋本發(fā)明，而不能理解為對(duì)本發(fā)明的限制。
[0022]ABCB6基因突變體
[0023]根據(jù)本發(fā)明的第一方面，本發(fā)明提出了一種分離的編碼ABCB6突變體的核酸。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，與SEQ ID NO:1相比，該核酸具有選自下列的至少一種突變:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A。在本文中所使用的表達(dá)方式“編碼ABCB6突變體的核酸”，是指與編碼ABCB6突變體的基因相對(duì)應(yīng)的核酸物質(zhì)，即核酸的類型不受特別限制，可以是任何包含與ABCB6的編碼基因相對(duì)應(yīng)的脫氧核糖核苷酸和/或核糖核苷酸的聚合物，包括但不限于DNA、RNA或cDNA。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)具體示例，前面所述的編碼ABCB6突變體的核酸為DNA。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，發(fā)明人確定了 ABCB6基因的新突變體，該突變體與遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的發(fā)病密切相關(guān)，從而通過檢測(cè)該突變體在生物樣品中是否存在，可以有效地檢測(cè)生物樣品是否易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥，也可以通過檢測(cè)該突變體在生物體中是否存在，可以有效地預(yù)測(cè)生物體是否易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥。
[0024]這些編碼A BCB6突變體的核酸，是本申請(qǐng)的發(fā)明人通過高通量外顯子組測(cè)序聯(lián)合候選基因突變驗(yàn)證的方法，確定的遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的致病基因上的新突變，并且在現(xiàn)有技術(shù)中并未見到ABCB6基因上的c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A突變與遺傳性泛發(fā)性色素異常癥相關(guān)的報(bào)道。
[0025]野生型ABCB6基因的cDNA的核苷酸序列如下所示:ATGGTGACTGTGGGCAACTACTGCGAGGCCGAAGGGCCCGTGGGTCCGGCCTGGATGCAGGATGGCCTGAGTCCCTGCTTCTTCTTCACGCTCGTGCCCTCGACGCGGATGGCTCTGGGGACTCTGGCCTTGGTGCTGGCTCTTCCCTGCAGACGCCGGGAGCGGCCCGCTGGTGCTGATTCGCTGTCTTGGGGGGCCGGCCCTCGCATCTCTCCCTACGTGCTGCAGCTGCTTCTGGCCACACTTCAGGCGGCGCTGCCCCTGGCCGGCCTGGCTGGCCGGGTGGGCACTGCCCGGGGGGCCCCACTGCCAAGCTATCTACTTCTGGCCTCCGTGCTGGAGAGTCTGGCCGGCGCCTGTGGCCTGTGGCTGCTTGTCGTGGAGCGGAGCCAGGCACGGCAGCGTCTGGCAATGGGCATCTGGATCAAGTTCAGGCACAGCCCTGGTCTCCTGCTCCTCTGGACTGTGGCGTTTGCAGCTGAGAACTTGGCCCTGGTGTCTTGGAACAGCCCACAGTGGTGGTGGGCAAGGGCAGACTTGGGCCAGCAGGTTCAGTTTAGCCTGTGGGTGCTGCGGTATGTGGTCTCTGGAGGGCTGTTTGTCCTGGGTCTCTGGGCCCCTGGACTTCGTCCCCAGTCCTATACATTGCAGGTTCATGAAGAGGACCAAGATGTGGAAAGGAGCCAGGTTCGGTCAGCAGCCCAACAGTCTACCTGGCGAGATTTTGGCAGGAAGCTCCGCCTCCTGAGTGGCTACCTGTGGCCTCGAGGGAGTCCAGCTCTGCAGCTGGTGGTGCTCATCTGCCTGGGGCTCATGGGTTTGGAACGGGCACTCAATGTGTTGGTGCCTATATTCTATAGGAACATTGTGAACTTGCTGACTGAGAAGGCACCTTGGAACTCTCTGGCCTGGACTGTTACCAGTTACGTCTTCCTCAAGTTCCTCCAGGGGGGTGGCACTGGCAGTACAGGCTTCGTGAGCAACCTGCGCACCTTCCTGTGGATCCGGGTGCAGCAGTTCACGTCTCGGCGGGTGGAGCTGCTCATCTTCTCCCACCTGCACGAGCTCTCACTGCGCTGGCACCTGGGGCGCCGCACAGGGGAGGTGCTGCGGATCGCGGATCGGGGCACATCCAGTGTCACAGGGCTGCTCAGCTACCTGGTGTTCAATGTCATCCCCACGCTGGCCGACATCATCATTGGCATCATCTACTTCAGCATGTTCTTCAACGCCTGGTTTGGCCTCATTGTGTTCCTGTGCATGAGTCTTTACCTCACCCTGACCATTGTGGTCACTGAGTGGAGAACCAAGTTTCGTCGTGCTATGAACACACAGGAGAACGCTACCCGGGCACGAGCAGTGGACTCTCTGCTAAACTTCGAGACGGTGAAGTATTACAACGCCGAGAGTTACGAAGTGGAACGCTATCGAGAGGCCATCATCAAATATCAGGGTTTGGAGTGGAAGTCGAGCGCTTCACTGGTTTTACTAAATCAGACCCAGAACCTGGTGATTGGGCTCGGGCTCCTCGCCGGCTCCCTGCTTTGCGCATACTTTGTCACTGAGCAGAAGCTACAGGTTGGGGACTATGTGCTCTTTGGCACCTACATTATCCAGCTGTACATGCCCCTCAATTGGTTTGGCACCTACTACAGGATGATCCAGACCAACTTCATTGACATGGAGAACATGTTTGACTTGCTGAAAGAGGAGACAGAAGTGAAGGACCTTCCTGGAGCAGGGCCCCTTCGCTTTCAGAAGGGCCGTATTGAGTTTGAGAACGTGCACTTCAGCTATGCCGATGGGCGGGAGACTCTGCAGGACGTGTCTTTCACTGTGATGCCTGGACAGACACTTGCCCTGGTGGGCCCATCTGGGGCAGGGAAGAGCACAATTTTGCGCCTGCTGTTTCGCTTCTACGACATCAGCTCTGGCTGCATCCGAATAGATGGGCAGGACATTTCACAGGTGACCCAGGCCTCTCTCCGGTCTCACATTGGAGTTGTGCCCCAAGACACTGTCCTCTTTAATGACACCATCGCCGACAATATCCGTTACGGCCGTGTCACAGCTGGGAATGATGAGGTGGAGGCTGCTGCTCAGGCTGCAGGCATCCATGATGCCATTATGGCTTTCCCTGAAGGGTACAGGACACAGGTGGGCGAGCGGGGACTGAAGCTGAGCGGCGGGGAGAAGCAGCGCGTCGCCATTGCCCGCACCATCCTCAAGGCTCCGGGCATCATTCTGCTGGATGAGGCAACGTCAGCGCTGGATACATCTAATGAGAGGGCCATCCAGGCTTCTCTGGCCAAAGTCTGTGCCAACCGCACCACCATCGTAGTGGCACACAGGCTCTCAACTGTGGTCAATGCTGACCAGATCCTCGTCATCAAGGATGGCTGCATCGTGGAGAGGGGACGACACGAGGCTCTGTTGTCCCGAGGTGGGGTGTATGCTGACATGTGGCAGCTGCAGCAGGGACAGGAAGAAACCTCTGAAGACACTAAGCCTCAGACCATGGAACGGTGA (SEQ ID NO:1),
[0026]其編碼的的氨基酸序列如下所示:
[0027]MVTVGNYCEAEGPVGPAWMQDGLSPCFFFTLVPSTRMALGTLALVLALPCRRRERPAGADSLSWGAGPRISPYVLQLLLATLQAALPLAGLAGRVGTARGAPLPSYLLLASVLESLAGACGLWLLVVERSQARQRLAMGIWIKFRHSPGLLLLffTVAFAAENLALVSffNSPQffffffARADLGQQVQFSLWVLRYVVSGGLFVLGLWAPGLRPQSYTLQVHEEDQDVERSQVRSAAQQSTWRDFGRKLRLLSGYLWPRGSPALQLVVLICLGLMGLERALNVLVPIFYRNIVNLLTEKAPWNSLAWTVTSYVFLKFLQGGGTGSTGFVSNLRTFLWIRVQQFTSRRVELLIFSHLHELSLRWHLGRRTGEVLRIADRGTSSVTGLLSYLVFNVIPTLADIIIGIIYFSMFFNAWFGLIVFLCMSLYLTLTIVVTEWRTKFRRAMNTQENATRARAVDSLLNFETVKYYNAESYEVERYREAIIKYQGLEWKSSASLVLLNQTQNLVIGLGLLAGSLLCAYFVTEQKLQVGDYVLFGTYIIQLYMPLNWFGTYYRMIQTNFIDMENMFDLLKEETEVKDLPGAGPLRFQKGRIEFENVHFSYADGRETLQDVSFTVMPGQTLALVGPSGAGKSTILRLLFRFYDISSGCIRIDGQDISQVTQASLRSHIGVVPQDTVLFNDTIADNIRYGRVTAGNDEVEAAAQAAGIHDAIMAFPEGYRTQVGERGLKLSGGEKQRVAIARTILKAPGIILLDEATSALDTSNERAIQASLAKVCANRTTIVVAHRLSTVVNADQ`ILVIKDGCIVERGRHEALLSRGGVYADMWQLQQGQEETSEDTKPQTMER (SEQ IDNO:2),
[0028]發(fā)明人發(fā)現(xiàn)的ABCB6基因突變體與SEQ ID NO:1相比，具有c.1067T>C (exon 5)c.508A>G (exon l)c.1736G>A (exon 12)的至少一種突變，即相對(duì)于野生型ABCB6基因，本發(fā)明的ABCB6基因突變體的cDNA中第1067位的T突變?yōu)镃(位于exon 5)，第508位的A突變?yōu)镚 (位于exon I)，第1736位的G突變?yōu)锳 (位于exon 12)，由此，其所編碼的產(chǎn)物與野生型三磷酸腺苷結(jié)合盒轉(zhuǎn)運(yùn)子B亞族成員ABCB6 (SEQ ID NO:2)相比，具有p.Leu356Pro，p.Serl70Gly,p.Gly579Glu突變，即其356位氨基酸從Leu突變?yōu)镻ro，其170位氨基酸從Ser突變?yōu)镚ly，其579位氨基酸從Gly突變?yōu)镚lu。
[0029]ABCB6基因(MM: *605452)，位于2號(hào)染色體，包含19個(gè)外顯子，編碼含842個(gè)氨基酸的三磷酸腺苷結(jié)合盒轉(zhuǎn)運(yùn)子(ABC)B亞族成員ABCB6，是一種對(duì)亞鐵血紅素生物合成很重要的線粒體輸送器。而ABCB6蛋白是MDR/TAP亞族中的一個(gè)成員(ABC基因分成7個(gè)顯著的基因家族:ABC1、MDR/TAP、MRP、ALD, OABP, GCN20、White)，廣泛表達(dá)于多個(gè)組織中，尤其是心臟以及骨骼肌肉系統(tǒng)。目前，已有研究報(bào)道斑馬魚中與ABCB6同源的基因abcb6，在眼睛和中樞神經(jīng)系統(tǒng)中表達(dá)；ABCB6基因上的leu811val突變?cè)谝粋€(gè)中國(guó)家系中被報(bào)道導(dǎo)致眼球缺損；而該基因上的Ala57Thr突變也曾在3個(gè)印度小眼畸形患者中被報(bào)道，該基因可能與小眼畸形有關(guān)。但是，尚未見該基因與遺傳性泛發(fā)性色素異常癥相關(guān)的報(bào)道。
[0030]本發(fā)明的發(fā)明人首次提出ABCB6基因在表皮基層表達(dá)，并可能在皮膚色素沉著過程中起著重要作用。并且，本發(fā)明首次提出ABCB6基因是遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的致病相關(guān)基因，ABCB6 基因的 c.1067T>C (exon 5)，c.508A>G (exon 1)，c.1736G>A (exon 12)突變導(dǎo)致DUH。根據(jù)本發(fā)明的第二方面，本發(fā)明提出了一種分離的多肽。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，與SEQ ID NO:2相比，該多肽具有選自下列的至少一種突變:p.Leu356Pro、p.Serl70Gly、p.Gly579Glu突變。根據(jù)本發(fā)明的一些具體示例，該多肽是由前述分離的編碼ABCB6突變體的核酸編碼的。通過檢測(cè)生物樣品中是否表達(dá)該多肽，可以有效地檢測(cè)生物樣品是否易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥，也可以通過檢測(cè)這些多肽在生物體中是否存在，可以有效地預(yù)測(cè)生物體是否易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥。
[0031]篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法
[0032]根據(jù)本發(fā)明的第三方面，本發(fā)明提出了一種篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法可以包括以下步驟:
[0033]首先，從生物樣品提取核酸樣本。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，生物樣品的類型并不受特別限制，只要從該生物樣品中能夠提取到反映生物樣品ABCB6是否存在突變的核酸樣本即可。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，生物樣品可以為選自人體血液、皮膚、皮下組織的至少一種。由此，可以方便地進(jìn)行取樣和檢測(cè)，從而能夠進(jìn)一步提高篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的效率。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，這里所使用的術(shù)語“核酸樣本”應(yīng)做廣義理解，其可以是任何能夠反映生物樣品中ABCB6是否存在突變的樣本，例如可以是從生物樣品中直接提取的全基因組DNA，也可以是該全基因組中包含ABCB6編碼序列的一部分，可以是從生物樣品中提取的總RNA，也可以是從生物樣品中提取的mRNA。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述核酸樣本為全基因組DNA。由此，可以擴(kuò)大生物樣品的來源范圍，并且可以同時(shí)對(duì)生物樣品的多種信息進(jìn)行確定，從而能夠提高篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的效率。另外，根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，針對(duì)采用RNA作為核酸樣本，從生物樣品提取核酸樣本可以進(jìn)一步包括:從生物樣品提取RNA樣本，優(yōu)選RNA樣本為mRNA ;以及基于所得到的RNA樣本，通過反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，獲得cDNA樣本，所得到的cDNA樣本構(gòu)成核酸樣本。由此，可以進(jìn)一步提高利用RNA作為核酸樣本篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的效率。
[0034]接下來，在得到核酸樣本之后，可以對(duì)核酸樣本進(jìn)行分析，從而能夠確定所得到核酸樣本的核酸序列。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，確定所得到核酸樣本的核酸序列的方法和設(shè)備并不受特別限制。根據(jù)本發(fā)明的具體實(shí)施例，可以通過測(cè)序方法，確定核酸樣本的核酸序列。根據(jù)本發(fā)明 的實(shí)施例，可以用于進(jìn)行測(cè)序的方法和設(shè)備并不受特別限制。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，可以采用第二代測(cè)序技術(shù)，也可以采用第三代以及第四代或者更先進(jìn)的測(cè)序技術(shù)。根據(jù)本發(fā)明的具體示例，可以利用選自Hiseq2000、S0LiD、454和單分子測(cè)序裝置的至少一種對(duì)核酸序列進(jìn)行測(cè)序。由此，結(jié)合最新的測(cè)序技術(shù),針對(duì)單個(gè)位點(diǎn)可以達(dá)到較高的測(cè)序深度，檢測(cè)靈敏度和準(zhǔn)確性大大提高，因而能夠利用這些測(cè)序裝置的高通量、深度測(cè)序的特點(diǎn)，進(jìn)一步提高對(duì)核酸樣本進(jìn)行檢測(cè)分析的效率。從而，能夠提高后續(xù)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析時(shí)的精確性和準(zhǔn)確度。由此，根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，確定核酸樣本的核酸序列可以進(jìn)一步包括:首先，針對(duì)所得到的核酸樣本，構(gòu)建核酸測(cè)序文庫；以及對(duì)所得到的核酸測(cè)序文庫進(jìn)行測(cè)序，以便獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果。根據(jù)本發(fā)明的一些實(shí)施例，可以采用選自HiSeq2000、S0LiD、454和單分子測(cè)序裝置的至少一種對(duì)所得到的核酸測(cè)序文庫進(jìn)行測(cè)序。另外，根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，可以對(duì)核酸樣本進(jìn)行篩選，富集ABCB6外顯子，該篩選富集可以在構(gòu)建測(cè)序文庫之前，構(gòu)建測(cè)序文庫過程中，或者構(gòu)建測(cè)序文庫之后進(jìn)行。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，針對(duì)核酸樣本，構(gòu)建核酸測(cè)序文庫進(jìn)一步包括:利用ABCB6基因外顯子特異性引物，對(duì)核酸樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增；以及針對(duì)所得到的擴(kuò)增產(chǎn)物，構(gòu)建核酸測(cè)序文庫。由此，可以通過PCR擴(kuò)增，富集ABCB6外顯子，從而能夠進(jìn)一步提高篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的效率。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，ABCB6基因外顯子特異性引物的序列不受特別限制，根據(jù)本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施例，這些ABCB6基因外顯子特異性引物具有如下表所示的核苷酸序列，即SEQ ID NO:3-26所示的核苷酸序列。發(fā)明人驚奇地發(fā)現(xiàn)，通過采用這些引物，可以在PCR反應(yīng)體系中顯著有效地完成對(duì)ABCB6外顯子尤其是c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A突變所在的5、1、12號(hào)外顯子序列的擴(kuò)增。需要說明的是，這些SEQID NO:3-26
所示的核苷酸序列是本發(fā)明的發(fā)明人在付出了艱苦的勞動(dòng)后，意外獲得的。
【權(quán)利要求】
1.一種分離的編碼ABCB6突變體的核酸，其特征在于，與SEQ ID NO:1相比，所述核酸具有選自下列的至少一種突變:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A， 任選地，所述核酸為DNA。
2.一種分離的多肽，其特征在于，與SEQ ID NO:2相比，所述分離的多肽具有選自下列的至少一種突變:p.Leu356Pro> p.Serl70Gly> p.Gly579Glu, 任選地，所述多肽是由權(quán)利要求1所述的核酸編碼的。
3.一種篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的方法，其特征在于，包括以下步驟: 從所述生物樣品提取核酸樣本； 確定所述核酸樣本的核酸序列； 所述核酸樣本的核酸序列或其互補(bǔ)序列與SEQ ID NO:1相比，具有選自c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A的至少一種突變是所述生物樣品易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的指示， 任選地，所述生物樣品為選自人體血液、皮膚、毛發(fā)和肌肉的至少一種， 任選地，所述核酸樣本為全基因組DNA。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，從所述生物樣品提取核酸樣本進(jìn)一步包括:· 從所述生物樣品提取RNA樣本，優(yōu)選所述RNA樣本為mRNA ；以及 基于所述RNA樣本，通過反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，獲得cDNA樣本，所述cDNA樣本構(gòu)成所述核酸樣本。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，確定所述核酸樣本的核酸序列進(jìn)一步包括: 針對(duì)所述核酸樣本，構(gòu)建核酸測(cè)序文庫；以及 對(duì)所述核酸測(cè)序文庫進(jìn)行測(cè)序，以便獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果， 任選地，采用選自Hiseq2000、SOLiD,454和單分子測(cè)序裝置的至少一種對(duì)所述核酸測(cè)序文庫進(jìn)行測(cè)序， 任選地,針對(duì)所述核酸樣本,構(gòu)建核酸測(cè)序文庫進(jìn)一步包括: 利用ABCB6基因外顯子特異性引物，對(duì)所述核酸樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增；以及 針對(duì)所得到的擴(kuò)增產(chǎn)物，構(gòu)建所述核酸測(cè)序文庫， 任選地，所述ABCB6基因外顯子特異性引物具有如SEQ ID NO:3_26所示的核苷酸序列。
6.一種篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的系統(tǒng)，其特征在于，包括: 核酸提取裝置，所述核酸提取裝置用于從所述生物樣品提取核酸樣本； 核酸序列確定裝置，所述核酸序列確定裝置與所述核酸提取裝置相連，用于對(duì)所述核酸樣本進(jìn)行分析，以便確定所述核酸樣本的核酸序列； 判斷裝置，所述判斷裝置與所述核酸序列確定裝置相連，以便基于所述核酸樣本的核酸序列或其互補(bǔ)序列與SEQ ID NO:1相比，是否具有c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A的至少一種突變，判斷所述生物樣品是否易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述核酸提取裝置進(jìn)一步包括:RNA提取單元，所述RNA提取單元用于從所述生物樣品提取RNA樣本；以及反轉(zhuǎn)錄單元，所述反轉(zhuǎn)錄單元與所述RNA提取單元相連,用于對(duì)所述RNA樣本進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，以便獲得cDNA樣本，所述cDNA樣本構(gòu)成所述核酸樣本。
8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述核酸序列確定裝置進(jìn)一步包括: 文庫構(gòu)建單元，所述文庫構(gòu)建單元用于針對(duì)所述核酸樣本，構(gòu)建核酸測(cè)序文庫；以及 測(cè)序單元，所述測(cè)序單元與所述文庫構(gòu)建單元相連，用于對(duì)所述核酸測(cè)序文庫進(jìn)行測(cè)序，以便獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果， 任選地,所述文庫構(gòu)建單元進(jìn)一步包括: PCR擴(kuò)增模塊，所述PCR擴(kuò)增模塊中設(shè)置有ABCB6基因外顯子特異性引物，以便利用ABCB6基因外顯子特異性引物，對(duì)所述核酸樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增， 任選地，所述ABCB6基因外顯子特異性引物具有如SEQ ID NO:3_26所示的核苷酸序列， 任選地，所述測(cè)序單元包括選自HISEQ2000、SOLiD,454和單分子測(cè)序裝置的至少一種。
9.一種用于篩選易感遺傳性泛發(fā)性色素異常癥的生物樣品的試劑盒，其特征在于，含有: 適于檢測(cè)ABCB6基因突變體的試劑，其中與SEQ IDNO:1相比，所述ABCB6基因突變體具有選自下列的至少一種突變:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A， 任選地，所述試劑為核酸探針。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103849623SQ201210494529
【公開日】2014年6月11日 申請(qǐng)日期:2012年11月28日 優(yōu)先權(quán)日:2012年11月28日
【發(fā)明者】方明艷, 鄧云華, 張清巖, 蘇政, 楊玲, 王俊, 汪建, 楊煥明 申請(qǐng)人:天津華大基因科技有限公司, 深圳華大基因科技有限公司