專(zhuān)利名稱(chēng)：一種基因芯片點(diǎn)樣液及其應(yīng)用的制作方法
專(zhuān)利說(shuō)明一種基因芯片點(diǎn)樣液及其應(yīng)用 本發(fā)明提供了一種基因芯片制作所需的點(diǎn)樣液及其使用方法?；蛐酒夹g(shù)的自二十世紀(jì)九十年代發(fā)展以來(lái)，已經(jīng)在生命科學(xué)得到廣泛的應(yīng)用。隨著人類(lèi)基因組計(jì)劃的完成，功能基因組學(xué)研究成為研究重點(diǎn)。芯片技術(shù)的提高為規(guī)模化研究人類(lèi)等物種所有基因的表達(dá)或改變情況提供了適合的高通量手段。研究整個(gè)基因組疾病關(guān)聯(lián)情況或轉(zhuǎn)錄組表達(dá)水平改表也是為揭示生命奧妙的系統(tǒng)生物學(xué)提供了完整的高信息量數(shù)據(jù)，芯片分析方法恰是必需的高通量技術(shù)手段。
芯片制作過(guò)程中往往以玻片、硅片或塑料等固體表面來(lái)固定寡核苷酸或DNA片段等探針。這種固定材質(zhì)稱(chēng)作片基(substrate)，DNA片段或寡核苷酸在片基上的結(jié)合分為物理吸附和共價(jià)結(jié)合(或化學(xué)偶聯(lián))兩種方法。根據(jù)片基的特點(diǎn)往往進(jìn)行一些表面的改性(化學(xué)修飾)處理，如在玻片表面進(jìn)行硅烷化、多聚賴(lài)氨酸、醛基化修飾等處理。但沒(méi)有一種處理方法可適合于各種點(diǎn)樣條件，總有諸多問(wèn)題成本高、載體活化表面穩(wěn)定性差、核酸固定效率不高、背景信號(hào)增加、操作流程復(fù)雜等問(wèn)題。本申請(qǐng)涉及一種新型點(diǎn)樣液的制備，該點(diǎn)樣液可將DNA或寡核苷酸溶解后共價(jià)結(jié)合到玻璃等片基表面，穩(wěn)定均一，不需預(yù)先對(duì)片基的處理修飾，簡(jiǎn)化點(diǎn)樣步驟，得到高質(zhì)量的芯片。本發(fā)明目的在于提供一種新型核酸探針點(diǎn)樣液。用該點(diǎn)樣液溶解核酸等探針可將其穩(wěn)定均一地固定于玻璃等片基表面，主要是以共價(jià)結(jié)合的方式固定各類(lèi)型或長(zhǎng)度的DNA分子。
本發(fā)明的點(diǎn)樣液包括50-70％二甲基亞砜、1-3％吡咯烷酮類(lèi)、1-3％縮水甘油酯類(lèi)、1-3％氨基硅烷類(lèi)、2-10％甲醇和溶劑。
本發(fā)明的技術(shù)效果
(1)首先不需要對(duì)于基因芯片片基進(jìn)行特殊處理，可以直接應(yīng)用點(diǎn)樣液進(jìn)行點(diǎn)樣；(2)探針不需要進(jìn)行修飾，直接加入點(diǎn)樣液使用；(3)點(diǎn)樣片襯底可為普通玻片、硅片、塑料、石英、陶瓷或金屬等材質(zhì)；(4)點(diǎn)樣后矩陣排列整齊，不會(huì)出現(xiàn)點(diǎn)(spot)偏位現(xiàn)象。大小形態(tài)均一為圓形，結(jié)合穩(wěn)定，核酸不易被后續(xù)試驗(yàn)步驟洗脫；(5)片基表面活化和核酸交聯(lián)同時(shí)進(jìn)行。無(wú)使用苯、丙酮、二氯乙烷等溶塑料溶劑，生產(chǎn)過(guò)程毒性低；(6)成本低廉，有機(jī)溶劑價(jià)格成本低，生產(chǎn)一張芯片成本為5～10元，而進(jìn)口玻片為100元左右一張片基，包括探針則更昂貴。
(7)探針可采用寡聚核苷酸、cDNA、RNA、PCR產(chǎn)物、質(zhì)粒或BAC、YAC產(chǎn)物。組成寡核苷酸、cDNA、PCR產(chǎn)物等的堿基為經(jīng)過(guò)氨基等基團(tuán)修飾的核苷酸。實(shí)施例一(1)將芯片的襯底(片基)浸于0.5-1摩爾濃度的堿液中1～5小時(shí)，浸泡過(guò)程中放在搖床上震動(dòng)，用滅菌水清洗干凈后放入0.1～1摩爾濃度的酸液中浸泡8小時(shí)以上，再用滅菌水清洗干凈。
(2)配制cDNA水溶液，或寡聚核苷酸水溶液；(3)制備點(diǎn)樣液由50％二甲基亞砜(DMSO)，1％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、1％甲基丙烯酸縮水甘油酯(SAP)、1％氨丙基三甲氧基硅烷、2％甲醇，其余成分為水；(4)轉(zhuǎn)上述核酸溶液到384孔板或96孔板中，加入等量基因芯片點(diǎn)樣液，并用移液器或震蕩混合儀充分混勻后，即可用于基因芯片點(diǎn)樣。
(5)帶DNA樣品的點(diǎn)樣板使用完畢可置于-20℃環(huán)境中保存。
實(shí)施例二制備點(diǎn)樣液由70％二甲基亞砜(DMSO)，1％N-甲基吡咯烷酮、3％甲基丙烯酸縮水甘油酯(SAP)、3％氨丙基三甲氧基硅烷、10％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例三
制備點(diǎn)樣液由60％二甲基亞砜(DMSO)，3％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、2％甲基丙烯酸縮水甘油酯(SAP)、2％氨丙基三乙氧基硅烷、6％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例四制備點(diǎn)樣液由50％二甲基亞砜(DMSO)，1％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、1％甲基丙烯酸縮水甘油酯(SAP)、3％乙烯基三乙氧基硅烷、2％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例五制備點(diǎn)樣液由70％二甲基亞砜(DMSO)，3％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、3％甲基丙烯酸縮水甘油酯(SAP)、1％巰丙基三乙氧基硅烷、10％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例六制備點(diǎn)樣液由60％二甲基亞砜(DMSO)，3％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、3％甲基丙烯酸縮水甘油酯(SAP)、2％甲基丙烯酰氧基丙基三甲氧基硅烷、8％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例七制備點(diǎn)樣液由50％二甲基亞砜(DMSO)，3％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、3％甲基丙烯酸縮水甘油酯(SAP)、1％乙烯基甲基二甲氧基硅烷、6％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例八制備點(diǎn)樣液由70％二甲基亞砜(DMSO)，3％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、1％甲基丙烯酸縮水甘油酯(SAP)、3％辛基三甲氧基硅烷、4％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例九制備點(diǎn)樣液由60％二甲基亞砜(DMSO)，2％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、2％鄰苯二甲酸二縮水甘油酯、2％氨丙基三甲氧基硅烷、2％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例十
制備點(diǎn)樣液由50％二甲基亞砜(DMSO)，3％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、1％異氰尿酸三縮水甘油酯、3％氨丙基三甲氧基硅烷、10％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例十一制備點(diǎn)樣液由70％二甲基亞砜(DMSO)，2％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、3％三聚氰胺三縮水甘油酯、3％氨丙基三甲氧基硅烷、8％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例十二制備點(diǎn)樣液由60％二甲基亞砜(DMSO)，3％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、1％丁酸縮水甘油酯、2％氨丙基三甲氧基硅烷、8％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例十三制備點(diǎn)樣液由50％二甲基亞砜(DMSO)，1％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、2％乙酸縮水甘油酯、3％氨丙基三甲氧基硅烷、6％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例十四制備點(diǎn)樣液由50％二甲基亞砜(DMSO)，3％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、2％對(duì)甲苯磺酸縮水甘油酯、1％氨丙基三甲氧基硅烷、4％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
實(shí)施例十五制備點(diǎn)樣液由70％二甲基亞砜(DMSO)，1％聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、2％羥基異丁酸縮水甘油酯、3％氨丙基三甲氧基硅烷、4％甲醇，其余成分為水。
其余步驟同實(shí)施例一。
權(quán)利要求
1.一種基因芯片點(diǎn)樣液，它包括50-70％二甲基亞砜、1-3％吡咯烷酮類(lèi)、1-3％縮水甘油酯類(lèi)、1-3％氨基硅烷類(lèi)、2-10％甲醇和溶劑。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述點(diǎn)樣液，其特征在于所述溶劑為水。
3.權(quán)利要求1所述點(diǎn)樣液的應(yīng)用，包括(1)將芯片的襯底浸于0.5-1摩爾濃度的堿液中1-5小時(shí)，浸泡過(guò)程中震動(dòng)，用滅菌水清洗干凈后放入0.1-1摩爾濃度的酸液中浸泡8小時(shí)以上，再用滅菌水清洗干凈；(2)配制cDNA水溶液，或寡聚核苷酸水溶液；(3)轉(zhuǎn)上述核酸溶液到384孔板或96孔板中，加入等量基因芯片點(diǎn)樣液，并用移液器充分混合后，即可用于基因芯片點(diǎn)樣；(4)帶DNA樣品的點(diǎn)樣板使用完畢可置于-20℃環(huán)境中保存。
全文摘要
本發(fā)明提供了一種新型基因芯片制作所需的點(diǎn)樣液，可高效溶解核酸等探針在普通或烷基化等修飾片基上進(jìn)行點(diǎn)樣。該點(diǎn)樣液中含有二甲基亞砜(DMSO)、聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、氨丙基三甲氧基硅烷等成分，可高效溶解各類(lèi)修飾或未經(jīng)修飾的核苷酸樣品，將核酸探針共價(jià)穩(wěn)定地固定于各類(lèi)片基表面，所形成微陣列中的點(diǎn)形態(tài)均一齊整，不易被后續(xù)各芯片處理步驟洗脫，雜交掃描后信噪比高。用本發(fā)明點(diǎn)樣液制作的核酸芯片具有穩(wěn)定性好、操作方便、固定效率高、成本低的特點(diǎn)。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK1940557SQ200610122489
公開(kāi)日2007年4月4日 申請(qǐng)日期2006年9月28日 優(yōu)先權(quán)日2006年9月28日
發(fā)明者吳一龍, 張緒超, 郭愛(ài)林, 陳世良, 林嘉穎 申請(qǐng)人:廣東省人民醫(yī)院