專利名稱：：大豆事件mon89788和檢測它的方法第l/23頁大豆事件MON89788和4僉測它的方法發(fā)明背景本申請要求2005年5月27日提交的美國臨時(shí)申請NO.60/685,584的優(yōu)先權(quán)，通過引用將其完整公開內(nèi)容合并在此。1.發(fā)明領(lǐng)域本發(fā)明涉及新的和獨(dú)特的轉(zhuǎn)基因大豆轉(zhuǎn)化事件，稱為MON89788,由此衍生的大豆品種，以及其植物部分、種子和產(chǎn)物。本發(fā)明還涉及用存在的分析。2.相關(guān)領(lǐng)域的說明大豆(Gcmemw)是世界的許多區(qū)域中的重要作物。已經(jīng)將生物技術(shù)方法應(yīng)用于大豆用于改善產(chǎn)品的農(nóng)業(yè)性狀和品質(zhì)。大豆生產(chǎn)中的一種這樣的重要農(nóng)學(xué)性狀是除草劑耐受性，特別是對草甘膦除草劑的耐受性。除草劑耐受性大豆事件將是對于管理雜草有用的性狀。N-磷酰甲基甘氨酸，也稱為草甘膦，是一種在廣譜的植物品種上具有活性的公知的除草劑。草甘膦是Roundup⑧(MonsantoCo.,St.Loms,MO)的活性成分，是在環(huán)境中具有理想的短半衰期的安全的除草劑。當(dāng)施用到植物表面時(shí)，草甘膦在植物中全身性地移動。由于其對莽草酸途徑的抑制，草甘膦是植物毒性的，莽草酸途徑提供了用于合成芳香族氨基酸的前體。草甘膦抑制在植物中發(fā)現(xiàn)的5-烯醇丙酮-3-磷酸莽草酸合酶(EPSPS)。草甘膦耐受性可以通過EPSPS變體的表達(dá)來實(shí)現(xiàn)，所述EPSPS變體具有對草甘膦的更低親和性，并因而在存在草甘膦的情況下保持了它們的催化活性(美國專利NO.5,633,435;5,094,945;4,535,060和6，040,497)。在植物組織中降解草甘膦的酶(美國專利No.5,463,175)也能夠賦予對草甘膦的細(xì)胞耐受性。這些基因被用于耐受草甘膦的轉(zhuǎn)基因作物的生產(chǎn)，因而容許以作物損害的最小牽涉將草甘膦用于有效的雜草控制。例如，草甘膦耐受性已經(jīng)被遺傳工程化到玉米(美國專利No.5,554,798)、小麥(美國專利6,689，880)、棉花(美國專利6,740,488)、大豆(WO9200377)和canola(美國專利申請20040018518)中。關(guān)于草甘膦耐受性的轉(zhuǎn)基因以及關(guān)于對其他除草劑耐受性的轉(zhuǎn)基因，例如Z(3r基因(Tokia/.，1992;Thompson"a/.,1987;phosphinothricin專爭乙酰酶(DeBlock1987),關(guān)于對glufosmate除草劑的耐受性)作為可選擇標(biāo)記物或可計(jì)分標(biāo)記物也是有用的，并且可以提供有用的表型，用于選擇與其他農(nóng)業(yè)上有用性狀聯(lián)系的植物。已知在植物中外源基因表達(dá)受到它們的染色體位置的影響，也許是由于染色質(zhì)結(jié)構(gòu)(例如，異染色質(zhì))或轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)元件(例如，增強(qiáng)子)靠近整合位點(diǎn)的鄰近(Weismg"a/.,1988)。為此，常常必須篩選大量的事件來鑒定以導(dǎo)入的目標(biāo)基因的最優(yōu)表達(dá)為特征的事件。例如，已經(jīng)在植物和其他有機(jī)體中觀察到在事件之中可能存在著在導(dǎo)入的基因的表達(dá)水平上的廣泛變動。在表達(dá)的空間或時(shí)間模式上也可能存在差異，例如，在各種植物組織中轉(zhuǎn)基因的相對表達(dá)的差異，其可能不相應(yīng)于根據(jù)導(dǎo)入的基因構(gòu)建體中存在的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)元件所預(yù)期的模式。為此，普遍的是生產(chǎn)數(shù)百到數(shù)千個(gè)不同的事件并從這些事件中篩選出具有用于商業(yè)目的的期望的轉(zhuǎn)基因表達(dá)水平和模式的單一事件。具有期望的轉(zhuǎn)基因表達(dá)水平或模式的事件對于利用常規(guī)育種方法通過有性異型雜交將轉(zhuǎn)基因滲入到其他的遺傳背景中是有用的。這種雜交的子代維持了原始轉(zhuǎn)化體的轉(zhuǎn)基因表達(dá)特征。這種策略被用于在許多品種中確?？煽康幕虮磉_(dá)，這些品種很好的適應(yīng)了當(dāng)?shù)氐纳L條件。能夠檢測特定事件的存在以確定有性雜交的子代是否包含目標(biāo)轉(zhuǎn)基因?qū)⑹怯幸娴摹４送?，檢測特定事件的方法對于遵守需要上市前批準(zhǔn)和對來源于重組農(nóng)作物的食物的標(biāo)記，比方說，是^艮有幫助的。通過任何公知的多核酸;險(xiǎn)測方法例如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)或利用多核酸探針的DNA雜交，有可能檢測轉(zhuǎn)基因的存在。這些檢測方法通常集中于經(jīng)常使用的遺傳元件，例如啟動子、終止子、標(biāo)記基因等等。結(jié)果，除非鄰近于插入的轉(zhuǎn)基因DNA的染色體DNA("側(cè)翼DNA")的序列是已知的，這種方法對于辨別不同的事件，特別是那些利用相同的DNA構(gòu)建體產(chǎn)生的事件可能是沒有用的。已經(jīng)討論了事件特異性的PCR分析，例如，Wmdels等(1999)，他們利用跨越了插入轉(zhuǎn)基因和側(cè)翼DNA之間的交界的引物集，特別是一個(gè)包括來自插入物的序列的引物以及包括來自側(cè)翼DNA的序列的第二引物，通過PCR鑒別了草甘膦耐受的大豆事件40-3-2。轉(zhuǎn)基因物事件特異性DNA^全測方法也已經(jīng)在美國專利NO.6,893，826;6,825,400;6,740,488;6,733,974和6,689,880;6,900,014和6,818,807中描述,通過完全引用將它們合并在此。本發(fā)明涉及草甘膦耐受性大豆事件MON89788(也稱為MON19788或GM一A19788),并涉及這些大豆植物中含有的DNA分子，其在來自MON89788的植物和其子代以及植物組織的檢測方法中是有用的。發(fā)明概述本發(fā)明提供了稱為MON89788(也稱為MON19788)的大豆轉(zhuǎn)基因事件和其子代，具有以登記號No.PTA-6708在美國典型培養(yǎng)物保藏所(ATCC)保藏的代表性的種子。本發(fā)明的另一個(gè)方面是大豆事件MON89788的才直物和種子的植物細(xì)l包或可再生部分。本發(fā)明并且包4舌大豆事件MON89788的植物部分，其包括但不限于細(xì)胞、花粉、胚珠、花、芽、根、葉和來自MON89788的產(chǎn)物，例如大豆餅、粉和油。本發(fā)明的一個(gè)方面提供了組合物和方法，用于檢測來自大豆事件MON89788植物或種子，或來自植物部分或種子的產(chǎn)物的DNA轉(zhuǎn)基因/基因組連接區(qū)的存在。提供了DNA分子，其包含選自由SEQIDNO:1和SEQIDNO:2、以及其互補(bǔ)物構(gòu)成的組的至少一個(gè)轉(zhuǎn)基因/基因組連接DNA分子，其中連接分子跨越插入位點(diǎn)和基因組DNA,所述插入位點(diǎn)包含插入到大豆細(xì)胞基因組中的異源DNA,所述基因組DNA來自大豆細(xì)胞、側(cè)翼于插入位點(diǎn)大豆事件MON89788。在本發(fā)明的一個(gè)方面，這種連"t妻序列可以定義為分別包含SEQIDNO:9的核苷酸1093-1113或5396-5416。在本發(fā)明的其他方面，接點(diǎn)可以定義為包括例如側(cè)翼基因組和轉(zhuǎn)基因的其他部分，并可以定義為包含由SEQIDNO:9的1073-1113、1043-1113、1093-1133、1093-1163、1043-1163、5376-5416、5346-5416、5396-5436、5396-5416、5396-5466或5346-5466所給出的一個(gè)或多個(gè)序列。這些序列以及包含這些序列的植物和種子因而形成了本發(fā)明的一個(gè)方面。提供了新的DNA分子，其是來自大豆事件MON89788的DNA轉(zhuǎn)基因/基因組區(qū)域SEQIDNO:3或其互補(bǔ)物。在其基因組中包含SEQIDNO:3的大豆植物和種子是本發(fā)明的一個(gè)方面。SEQIDNO:3進(jìn)一步包含完整的SEQIDNO:1。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了DNA分子，其是DNA轉(zhuǎn)基因/基因組區(qū)域SEQIDNO:4或其互補(bǔ)物，其中這個(gè)DNA分子在大豆事件MON89788中是新的。在其基因組中包含SEQIDNO:4的大豆植物和種子是本發(fā)明的一個(gè)方面。SEQIDNO:4進(jìn)一步包含完整的SEQIDNO:2。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了兩個(gè)核酸分子用于DNA檢測方法中，其中第一核酸分子包含SEQIDNO:3的DNA分子的轉(zhuǎn)基因區(qū)域的任何部分的至少ll個(gè)或更多個(gè)連續(xù)多核苷酸，第二核酸是SEQIDNO:3的5'側(cè)翼大豆基因組DNA區(qū)域的任何部分的類似長度的分子，其中這些核酸分子在一起使用時(shí)在產(chǎn)生擴(kuò)增子的DNA擴(kuò)增方法中作為引物是有用的。在DNA擴(kuò)增方法中使用這些引物產(chǎn)生的擴(kuò)增子對于大豆事件MON89788DNA是診斷性的。通過所描述的引物產(chǎn)生的擴(kuò)增子是本發(fā)明的一個(gè)方面，所述引物同源于或互補(bǔ)于包含SEQIDNO:l的SEQIDNO:3的一部分。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了兩個(gè)核酸分子用于DNA檢測方法中，其中第一核酸分子包含SEQIDNO:4的DNA分子的轉(zhuǎn)基因區(qū)域的任何部分的至少ll個(gè)或更多個(gè)連續(xù)多核苷酸，第二核酸是SEQIDN0:4的3'側(cè)翼大豆基因組DNA的任何部分的類似長度，其中這些核酸分子在一起使用時(shí)在產(chǎn)生擴(kuò)增子的DNA擴(kuò)增方法中作為引物是有用的。在DNA擴(kuò)增方法中使用這些引物產(chǎn)生的擴(kuò)增子對于大豆事件MON89788DNA是診斷性的。通過所描述的引物產(chǎn)生的擴(kuò)增子是本發(fā)明的一個(gè)方面，所述引物同源于或互補(bǔ)于包含SEQIDNO:2的SEQIDNO:4的一部分。來自SEQIDNO:3或SEQIDNO:4，或SEQIDNO:9或其互補(bǔ)物的任何核酸引物對是本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，所述引物對當(dāng)用于DNA擴(kuò)增反應(yīng)時(shí)產(chǎn)生對大豆事件MON89788衍生的組織為診斷性的擴(kuò)增子，例如分別包含SEQIDNO:l或SEQIDNO:2,或SEQIDNO:9的任何部分的擴(kuò)增子。在特定的實(shí)施方式中，所述引物對可以由引物A(SEQIDNO:5)和引物D(SEQIDNO:8)組成。本發(fā)明的另一個(gè)方面是大豆植物、或種子、或來自包含事件MON89788的植物或種子的產(chǎn)物，其中當(dāng)從所述大豆植物、或種子、或產(chǎn)物分離時(shí)，所述基因組DNA在包含SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的DNA擴(kuò)增方法中產(chǎn)生擴(kuò)增子。本發(fā)明的另一個(gè)方面是大豆植物、或種子、或來自包含事件MON89788的植物或種子的產(chǎn)物，其中當(dāng)從所述大豆植物、或種子、或產(chǎn)物分離時(shí)，所述基因組DNA在DNA擴(kuò)增方法中擴(kuò)增子，其中DNA引物分子SEQIDNO:5和SEQIDNO:6凈皮用于所述DNA擴(kuò)增方法中。本發(fā)明的又一個(gè)方面是包含MON89788的大豆植物、種子、產(chǎn)物或來自所述植物或種子的商品，其中當(dāng)基因組DNA從所述大豆植物、或種子、或產(chǎn)物分離時(shí)，在DNA擴(kuò)增方法中產(chǎn)生擴(kuò)增子，其中DNA引物分子SEQIDNO:7和SEQIDNO:8用于所述DNA擴(kuò)增方法中。所述產(chǎn)物或商品可以包含，無限制地，食物或飼料產(chǎn)品，其包含或來源于包含事件MON89788的大豆植物的一種或多種以下產(chǎn)物卵磷脂、脂肪酸、甘油、固醇、食用油、脫脂大豆片、包括脫脂的和烘烤的大豆粉的大豆粉、豆?jié){凝塊、豆腐、大豆^n大豆蛋白濃縮物、分離的大豆蛋白、水解植物蛋白、組織化大豆蛋白和大豆蛋白纖維。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了檢測樣品中特異地相應(yīng)于大豆事件MON89788DNA的DNA存在的方法。這種方法包括(a)使包含DNA的樣品與DNA引物對接觸；(b)進(jìn)行核酸擴(kuò)增反應(yīng)，從而產(chǎn)生擴(kuò)增子；和(c)沖全測所述擴(kuò)增子，其中所述擴(kuò)增子包含SEQIDNO:1或SEQIDNO:2。包含DNA引物分子的試劑盒是本發(fā)明的進(jìn)一步的方面，所述DNA引物當(dāng)用于DNA擴(kuò)增方法時(shí)產(chǎn)生包含SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的擴(kuò)增子。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了檢測樣品中特異地相應(yīng)于大豆事件MON89788DNA的DNA存在的方法。這種方法包括(a)使包含DNA的樣品與探針接觸，所述探針在嚴(yán)格雜交條件下與來自大豆事件MON89788的基因組DNA雜交并且在嚴(yán)才各雜交條件下不與對照大豆才直物DNA雜交；(b)將所述樣品和探針置于嚴(yán)緊雜交條件下；和(c)檢測探針對大豆事件MON89788DNA的雜交，其中所述探針包含SEQIDNO:l或SEQIDNO:2。所述樣品可以包括包含大豆事件MON89788的子代種子、植物或植物部分，或來自包含MON89788的植物的任何以下的產(chǎn)物卵磷脂、脂肪酸、甘油、固醇、食用油、脫脂大豆片、包括脫脂的和烘烤的大豆粉的大豆粉、豆?jié){凝塊、豆腐、大豆粉、大豆蛋白濃縮物、分離的大豆蛋白、水解植物蛋白、組織化大豆蛋白和大豆蛋白纖維。包含DNA探針的試劑盒是本發(fā)明的進(jìn)一步的方面，所述探針包含同源于或互補(bǔ)于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的DNA分子。包含DNA分子的試劑盒也是本發(fā)明的一方面，所述DNA分子包含SEQIDNO:18、SEQIDNO:19或SEQIDNO:20,或它們的互補(bǔ)物。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了產(chǎn)生耐受草甘膦施用的大豆植物的方法，包括步驟使包含事件MON89788的第一親本草甘膦耐受性大豆植物與缺乏草甘膦耐受性的第二親本大豆植物有性雜交，從而產(chǎn)生多個(gè)子代植物；和(b)選擇耐受草甘膦施用的子代植物。育種方法可以另外包括步驟使包含大豆事件MON89788的親本植林與對草甘膦也是耐受性的第二親本大豆植物雜交，以及通過與每個(gè)親本中發(fā)現(xiàn)的草甘膦耐受性表型遺傳性聯(lián)系的分子標(biāo)記DNA來選擇草甘膦耐受性子代。本發(fā)明的另一個(gè)方面是在包含MON89788的大豆植物的田地中控制雜草的方法，其中所述方法包括使用包含事件MON89788的大豆種子種植田地，所述代表性的種子作為ATCC登記號NO.PTA-6708保藏，容許所述種子萌芽，以及使用有效劑量的草甘膦處理所述植物來控制所述田地中的雜草生長。本發(fā)明的上述及其他方面將根據(jù)以下的詳細(xì)說明和附隨的附圖變得更為顯而易見。附圖的簡要說明附圖1.在包含事件MON89788的大豆植物的基因組中轉(zhuǎn)基因插入物的結(jié)構(gòu)。附圖2A-2B.來自大豆的商品產(chǎn)物的加工。詳細(xì)i兌明本發(fā)明涉及提供了草甘膦耐受性的稱為MON89788的新的大豆轉(zhuǎn)化事件，以及所述植物部分和種子和從植物、植物部分、種子產(chǎn)生的產(chǎn)物，以及包含所述事件的產(chǎn)物。本發(fā)明提供了在包含MON89788的大豆細(xì)胞的基因組中是新的的DNA分子，以及可以用于各種DNA檢測方法以鑒定樣品中的MON89788DNA的DNA分子。本發(fā)明提供了在含有MON89788的植物的田地中控制雜草的方法，通過使用草甘膦除草劑處理包含植物的所述田地中的雜草，所述才直物包含事件MON89788。提供以下定義和方法來更好地定義本發(fā)明和指導(dǎo)本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員實(shí)施本發(fā)明。除非另作說明，根據(jù)本領(lǐng)域普通技術(shù)人員的常規(guī)的用法來理解術(shù)語。分子生物學(xué)中的常見術(shù)語的定義也可以在Riegerefa/.(1991)和Lewm(1994)中找到。4吏用如37CFR§1.822中闡述的DNA石威基命名法。如在此使用的，術(shù)語"大豆"是指G/少cz"ewax,并且包括可以與大豆培育的所有植物品種。如在此使用的，術(shù)語"包含"是指"包括但不限于"。"草甘膦"是指N-膦酰甲基甘氨酸和它的鹽，是Roundup⑧除草劑(MonsantoCo.)的活性成分。用"草甘膦除草劑"處理是指4吏用Roundup、RoundupUltra、RoundupPro、除草劑或含有草甘騰的任何其他除草劑制劑處理。草甘膦的商業(yè)制劑的實(shí)例包括，無限制地，由MonsantoCompany作為ROUNDUP、ROUNDUPULTRA、ROUNDUPULTRAMAX、ROUNDUPCT、ROUNDUPEXTRA、ROUNDUPBIACTIVE、ROUNDUPBIOFORCE、RODEO、POLARIS、SPARK⑧和ACCORD⑧除草劑出售的那些，所有這些都含有草甘膦作為其異丙胺鹽；ROUNDUPWEATHERMAX(草甘膦鉀鹽)，由MonsantoCompany作為ROUNDUPDRY和RIVAL⑧除草劑出售的那些，其含有草甘膦作為其餒鹽；由MonsantoCompany作為ROUNDUPGEOFORCE出售的那些，其含有草甘膦作為其鈉鹽；以及由SyngentaCropProtection作為TOUCHDOWN除草劑出售的，其含有草甘膦作為其三曱基磺酸鹽。使用任何這些草甘膦除草劑制劑處理包含了包含事件MON89788的草甘膦耐受性大豆植物的田地將控制所述田地中的雜草生長，并且不影響包含MON89788的大豆^i物的生長或產(chǎn)量。通過用異源DNA,即，包括目標(biāo)轉(zhuǎn)基因的核酸構(gòu)建體對植物細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)化，由轉(zhuǎn)基因插入到植物基因組中產(chǎn)生的植物群體的再生，和選擇以對特定基因組位置的插入為特征的特定的植物，來產(chǎn)生轉(zhuǎn)基因"事件"。術(shù)語"事件"指包括異源DNA的原始轉(zhuǎn)化體和該轉(zhuǎn)化體的子代。術(shù)語"事件"還指通過在轉(zhuǎn)化體和另一個(gè)包括異源轉(zhuǎn)基因DNA和側(cè)翼基因組DNA的品種之間進(jìn)行有性的異型雜交生產(chǎn)的子代。術(shù)語"事件"還指來自原始轉(zhuǎn)化體的、包含插入的DNA和緊密鄰近于插入的DNA的側(cè)翼基因組序列的DNA,期待著將其轉(zhuǎn)移到子代中，該子代做為包括插入的DNA的一個(gè)親本系(例如，原始轉(zhuǎn)化體和自交的子代)與不含有插入的DNA的親本系進(jìn)行有性雜交的結(jié)果，接受了包括目標(biāo)轉(zhuǎn)基因的插入的DNA。通過首先使第一親本大豆植物與第二親本大豆植物有性雜交，從而產(chǎn)生多個(gè)第一子代植物；然后選擇對草甘膦除草劑的施用是耐受性的子代植物，可以培育草甘膦耐受性大豆植物，所述第一親本大豆植物由從包含MON89788的轉(zhuǎn)基因草甘膦耐受性大豆植物生長出的大豆植物、或作為表達(dá)草甘膦耐受性表型的這種植物的雜交的子代的大豆植物組成，所述第二親本植物缺乏對草甘膦的耐受性。這些步驟可以進(jìn)一步包括使草甘膦耐受性子代植物與第二親本大豆植物或第三親本大豆植物回交，然后通過草甘膦施用或通過與性狀相關(guān)的分子標(biāo)記物的鑒定來選擇子代，從而產(chǎn)生耐受草甘膦除草劑施用的大豆植物?？梢允褂梅肿訕?biāo)記物，其包含事件MON89788中轉(zhuǎn)基因的插入的5'和3'位點(diǎn)鑒定出的接點(diǎn)DNA分子。還應(yīng)理解的是，兩種不同的轉(zhuǎn)基因植物也可以被配對來產(chǎn)生含有兩個(gè)獨(dú)立地隔離的、外源轉(zhuǎn)基因的后代。如早先描述的對親本植物進(jìn)行回交和用非轉(zhuǎn)基因植物進(jìn)行異型雜交也是預(yù)期的，無性繁殖也是同樣的。通常用于不同性狀和作物的其他育種方法的描述可以在幾份參考文件之一中找到，例如，F(xiàn)ehr,(1987)。"探針，，是分離的核酸，在上面附有常規(guī)的可檢測的標(biāo)記或報(bào)告分子，例如，放射性同位素、配體、化學(xué)發(fā)光劑或酶。這種探針與目標(biāo)核酸的鏈互補(bǔ)，就本發(fā)明來說，與來自包含事件MON89788的大豆植物的基因組DNA鏈互補(bǔ)，不論該基因組DNA是來自大豆植物或種子還是來自包括來自該事件的DNA的植物或種子的樣品或提取物。根據(jù)本發(fā)明的探針不僅包括脫氧核糖核酸或核糖核酸，還包括特異性地與目標(biāo)DNA序列結(jié)合并可用于檢測該目標(biāo)DNA序列的存在的聚酰胺及其他探針材料。"I物，，是分離的多核酸，其通過核酸雜交與互補(bǔ)的目標(biāo)多核酸鏈退火來形成在引物和目標(biāo)多核酸鏈之間的雜交體，然后通過聚合酶，例如DNA聚合酶沿目標(biāo)多核酸鏈延伸。本發(fā)明的引物對涉及它們用于目標(biāo)多核酸分子的擴(kuò)增的用途，例如，通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)或其他常規(guī)的核酸擴(kuò)增方法。探針和引物的長度一般是ll個(gè)多核苷酸或更多，優(yōu)選的是18個(gè)多核苷酸或更多、更優(yōu)選的24個(gè)多核苷酸或30個(gè)多核苷酸或更多。這種探針和引物在高度嚴(yán)格雜交條件下與目標(biāo)分子特異性地雜交。優(yōu)選的，根據(jù)本發(fā)明的探針和引物具有與目標(biāo)分子的完全的序列同一性，然而不同于目標(biāo)序列并且保持了在高度嚴(yán)格條件下與目標(biāo)序列雜交的能力的探針可以通過常規(guī)方法設(shè)計(jì)。例如，在Sambrook"a/.(1989);Ausubel"a/.(1992);和InmsWa/.(1990)中描述了制備和使用探針和引物的方法。PCR引物對(引物集)可以來自已知序列，例如，通過使用為此目的設(shè)計(jì)的計(jì)算機(jī)程序，例如Primer(Version0.5,1991,WhiteheadInstituteforBiomedicalResearch,Cambridge,MA)?；谠诖斯_的側(cè)翼基因組DNA和插入物序列的引物和探針(SEQIDNO:l-4和9)可以用于通過常身見方法確-〖人，如有必要，用于糾正所公開的序列，例如，通過從包含MON89788的種子保藏物分離相應(yīng)DNA分子，并確定該分子的核酸序列。其他的相關(guān)DNA分子可以從包含MON89788的細(xì)胞的基因組分離，所述DNA分子包含轉(zhuǎn)基因插入物和基因組側(cè)翼區(qū)域，這些分子的片段可以用作引物或探針。本發(fā)明的核酸探針和引物在嚴(yán)才各條件下與目標(biāo)DNA序列雜交?？墒褂萌魏纬Ｒ?guī)的核酸雜交或擴(kuò)增方法可以用于鑒定樣品中來自MON89788事件的DNA的存在。核酸分子或其片段能夠在某些情況下與其他核酸分子特異性雜交。如此處使用的，如果兩個(gè)核酸分子能形成反平行的雙鏈核酸結(jié)構(gòu)并且有足夠長度以在高嚴(yán)格條件下維持這種結(jié)構(gòu)，則稱為兩個(gè)核酸分子能相互特異性地雜交。如果核酸分子顯示出完全的互補(bǔ)性，則稱核酸分子是另一個(gè)核酸分子的"互補(bǔ)物"。如此處使用的，當(dāng)一個(gè)分子的每一個(gè)核普酸與另一個(gè)分子的核苷酸互補(bǔ)時(shí)，稱為分子顯示出"完全的互補(bǔ)性"。如果分子的相互雜交具有足夠的穩(wěn)定性以允許它們在至少常規(guī)的"低嚴(yán)格"條件下保持相互的退火，稱兩個(gè)分子是"最低度互補(bǔ)的"。類似地，如果分子的相互雜交具有足夠的穩(wěn)定性以允許它們在常規(guī)的"高嚴(yán)格"條件下保持相互的退火，稱所述分子是"互補(bǔ)的"。Sambrook"a/.，1989,andbyHaymes"(1985)描述了常規(guī)的嚴(yán)才各條件。因而從完全互補(bǔ)性的偏離是可允許的，只要這種偏離不完全地排除了分子形成雙鏈結(jié)構(gòu)的能力。為了使核酸分子作為引物或探針，僅需在序列中充分的互補(bǔ)，以使得在所采用的特定溶劑和鹽濃度下能形成穩(wěn)定的雙鏈結(jié)構(gòu)。如此處使用的，基本上同源的序列是在高度嚴(yán)格條件下同與其相比較的核酸序列的互補(bǔ)物特異性的雜交的核酸序列。促進(jìn)DNA雜交的適合的嚴(yán)格條件，例如，6.0x氯化鈉/檸檬酸鈉(SSC)約45。C,之后是在50。C用2.0xSSC洗滌，對本領(lǐng)域的沖支術(shù)人員是公知的，或可在Cw/reW尸ratoco/sM/ecw/ar所o/ogy,JohnWiley&Sons,N.Y.(1989),6.3.1-6.3.6中找到。例如，洗滌步驟中的鹽濃度可以選自低度嚴(yán)格的約2.0xSSC、50。C到高度嚴(yán)格的約0.2xSSC、5CTC。此外，洗滌步驟中的溫度可以從低度嚴(yán)格條件的室溫下約22°C,升高到高度嚴(yán)格條件的約65°C。溫度和鹽度可以都變化，或者溫度或鹽濃度保持不變而另一個(gè)變量發(fā)生改變。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，本發(fā)明的核酸將在中度嚴(yán)格條件下，例如在約2.0xSSC和約65。C下特異性地雜交SEQIDNO:l-4中所列核酸分子、和其9個(gè)互補(bǔ)物或兩者的片段的一個(gè)或多個(gè)。在特別優(yōu)選的實(shí)施方式中，本發(fā)明的核酸將在高度嚴(yán)格條件下雜交SEQIDNO:l-4所列核酸分子、和其9個(gè)互補(bǔ)物或兩者的片段的一個(gè)或多個(gè)。在本發(fā)明的一個(gè)方面中，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記物核酸分子包含如SEQIDNO:1或SEQIDNO:2所列的核酸序列，或其互補(bǔ)物或兩者的片段。在本發(fā)明的另一個(gè)方面中，本發(fā)明的優(yōu)選的標(biāo)記物核酸分子與SEQIDNO:1或SEQIDNO:2中所列核酸序列或其互補(bǔ)物或兩者的片段享有80%到100%或90%到100%的序列同一性。包含SEQIDNO:l或SEQIDNO:2,或其互補(bǔ)物物來鑒定遺傳雜交的子代，類似于在Cregan""/.(1997)中對于單一序列重復(fù)DNA標(biāo)記物分析所描述的方法，通過完全引用將它的所有合并在法進(jìn)行檢測，這些可包括但不局域于，熒光標(biāo)簽、放射性標(biāo)簽、基于抗體的標(biāo)簽和化學(xué)發(fā)光標(biāo)簽。關(guān)于使用特定的擴(kuò)增引物對進(jìn)行目標(biāo)核酸序列的擴(kuò)增(例如，通過PCR),"嚴(yán)格條件"是允許引物對僅與目標(biāo)核酸序列雜交的條件，具有相應(yīng)的野生型序列(或其互補(bǔ)物)的引物將與所述目標(biāo)核酸序列結(jié)合，優(yōu)選的在DNA熱擴(kuò)增反應(yīng)中產(chǎn)生獨(dú)特的擴(kuò)增產(chǎn)物，擴(kuò)增子。術(shù)語"特異于(目標(biāo)序列)"是指探針或引物在嚴(yán)格雜交條件下僅與包含目標(biāo)序列的樣品中的目標(biāo)序列雜交。如在此使用的，"擴(kuò)增的DNA"或"擴(kuò)增子"是指作為核酸模板的部分的目標(biāo)核酸序列的核酸擴(kuò)增的產(chǎn)物。例如，為了確定產(chǎn)自有性雜交的大豆植物是否含有轉(zhuǎn)基因事件MON89788,或采集自田地的大豆樣品是否包含MON89788，或大豆提取物，例如粗粉、粉或油是否包含MON89788。從大豆植物組織樣品或提取物提取的DNA可以經(jīng)歷使用引物對的核酸擴(kuò)增方法，所述引物對包括來源于鄰近插入的異源轉(zhuǎn)基因DNA的插入位點(diǎn)的基因組區(qū)域的引物，和來源于插入的異源轉(zhuǎn)基因DNA的第二引物，來產(chǎn)生對于事件DNA的存在是診斷性的擴(kuò)增子。擴(kuò)增子具有一定長度并具有序列，所述序列對所述事件也是診斷性的。擴(kuò)增子的長度可根據(jù)引物對加上一個(gè)核苷酸堿基對、或加上約五十個(gè)核苷酸堿基對，或加上約兩百五十個(gè)核普酸堿基對，或加上約三百五十個(gè)核香酸堿基對或更多的組合長度而變化。做為選擇，引物對可以來源于插入的DNA的兩側(cè)的側(cè)翼基因組序列，以產(chǎn)生包括整個(gè)插入核苷酸序列的擴(kuò)增子。來自植物基因組序列的引物對的成員可以被定位在距插入的轉(zhuǎn)基因DNA分子一定距離上，該距離可以從一個(gè)核苷酸堿基對到約兩萬核苷酸堿基對間變化。術(shù)語"擴(kuò)增子"的使用要特別排除可在DNA熱擴(kuò)增反應(yīng)中形成的引物二聚物?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域已知的各種核酸擴(kuò)增反應(yīng)方法的任一種，包括聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)來實(shí)現(xiàn)核酸擴(kuò)增。各種擴(kuò)增方法是本領(lǐng)域已知的，特別地，在美國專利NO.4,683,195和4,683,202中，以及在Inms"(1990)中描述了。PCR擴(kuò)增方法已經(jīng)發(fā)展到可擴(kuò)增多達(dá)22kb的基因組DNA和多達(dá)42kb的噬菌體DNA(Cheng等，"a/.,1994)。這些方法以及本領(lǐng)域的其他DNA擴(kuò)增方法可以用于本發(fā)明的實(shí)踐中。來自大豆事件MON89788的異源DNA插入物的序列或側(cè)翼序列可以通過利用來自此處提供的序列的？I物從事件基因組中擴(kuò)增這種分子，然后對PCR擴(kuò)增子或?qū)Ψ蛛x的克隆轉(zhuǎn)基因/基因組DNA進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)的DNA測序，來證實(shí)，如果有必要，來糾正。可以提供多種技術(shù)來檢測這些方法生產(chǎn)的擴(kuò)增子。一個(gè)這種方法是GeneticBitAnanlysis(Nikiforov,Wa/.,1994),其中i殳計(jì)一DNA寡核普酸，其覆蓋鄰近的側(cè)翼基因組DNA序列和插入的DNA轉(zhuǎn)基因序列。將寡聚核苦酸固定在微孔平板的孔中。在對目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行PCR之后(使用在插入的序列中的一個(gè)引物，和在鄰近側(cè)翼基因組序列中的一個(gè)引物)，單鏈PCR產(chǎn)物可與固定的寡聚核苷酸雜交并充當(dāng)模板，用于利用DNA聚合酶和特異于期待的下一個(gè)堿基的標(biāo)記的ddNTP進(jìn)行單堿基延伸反應(yīng)。讀出過程可以是基于熒光的或基于ELISA的。信號指示了由于成功的擴(kuò)增、雜交和單堿基延伸導(dǎo)致的插入物/側(cè)翼基因組序列的存在。另一種方法是Wmge(2000)描述的Pyrosequencmg技術(shù)。在這個(gè)方法中設(shè)計(jì)一寡核苷酸，其覆蓋鄰近的基因組DNA和插入物DNA接點(diǎn)。使寡核苷酸與來自目標(biāo)區(qū)域的單鏈PCR產(chǎn)物(一個(gè)引物在插入的序列中，一個(gè)在側(cè)翼基因組序列中)雜交，在存在DNA聚合酶、ATP、硫酸化酶、熒光素酶、三磷酸腺苷雙磷酸酶、腺苷酸5，磷酸和螢光素的情況下孵育。分別地添加DNTPs,測量產(chǎn)生光信號的摻入。光信號指示了由于成功的擴(kuò)增、雜交和單堿基或多堿基延伸導(dǎo)致的轉(zhuǎn)基因插入物/側(cè)翼序列的存在。Chen等(1999)描述的熒光偏振是可以用于檢測本發(fā)明的擴(kuò)增子的一種方法。使用這種方法設(shè)計(jì)一寡核苷酸，其覆蓋基因組側(cè)翼的和插入的DNA接點(diǎn)。使寡核苷酸與來自目標(biāo)區(qū)域的單鏈PCR產(chǎn)物(一個(gè)引物在插入的DNA序列中，一個(gè)在側(cè)翼基因組DNA序列中)雜交，在存在DNA聚合酶和焚光標(biāo)記的ddNTP的情況下孵育。單堿基延伸導(dǎo)致ddNTP的摻入。利用熒光計(jì)測量偏振的變化可以測量摻入。偏振的變化指示了由于成功的擴(kuò)增、雜交和單堿基延伸導(dǎo)致的轉(zhuǎn)基因插入物/側(cè)翼基因組序列的存在。Taqman(PEAppliedBiosystems,FosterCity,CA)^U笛述為一種對DNA序列的存在進(jìn)行才企測和定量的方法，可以4艮據(jù)廠家提供的說明完全理解。簡要地，設(shè)計(jì)一寡核苷酸探針，其覆蓋基因組側(cè)翼的和插入的DNA接點(diǎn)。在存在熱穩(wěn)定聚合酶和dNTP的情況下，F(xiàn)RET探針和PCR引物(一個(gè)引物在插入的DNA序列中以及一個(gè)在側(cè)翼基因組序列中)進(jìn)行循環(huán)。FRET探針的雜交引起FRET探針上熒光部分從淬滅部分裂解和釋放。熒光信號指示了由于成功的擴(kuò)增和雜交產(chǎn)生的側(cè)翼基因組/轉(zhuǎn)基因插入物序列的存在。在如Tyangi""/.(1996)中描述的，MolecularBeacons已經(jīng)被描述用于序列檢測中。簡要地，設(shè)計(jì)一FRET寡核苷酸探針，其覆蓋側(cè)翼基因組和插入物DNA接點(diǎn)。該FRET探針的獨(dú)特的結(jié)構(gòu)造成其含有二級結(jié)構(gòu)，該二級結(jié)構(gòu)使焚光和淬滅部分保持鄰近。在存在熱穩(wěn)定聚合酶和dNTP的情況下，F(xiàn)RET探針和PCR引物(一個(gè)引物在插入的DNA序列中以及一個(gè)在側(cè)翼基因組序列中)進(jìn)行循環(huán)。在成功的PCR擴(kuò)增之后，F(xiàn)RET探針對目標(biāo)序列的雜交引起探針二級結(jié)構(gòu)的消除和焚光部分與淬滅部分的空間分隔。產(chǎn)生熒光信號。熒光信號指示了由于成功的擴(kuò)增和雜交產(chǎn)生的側(cè)翼基因組/轉(zhuǎn)基因插入物序列的存在。其他描述的方法，例如microflmdics(美國專利公開2006068398，美國專利NO.6,544,734)提供了分離和擴(kuò)增DNA樣品的方法和設(shè)備。光染津+用于4全測和測定特定的DNA分子(WO/05017181)。包含用于才企測DNA分子的電子傳感器或結(jié)合特定DNA分子的納珠并因而可被檢測的納試管(nanotube)設(shè)備(WO/06024023)對于檢測本發(fā)明的DNA分子是有用的。可以使用在此公開的組合物和DNA檢測領(lǐng)域描述的或已知的方法來開發(fā)DNA檢測試劑盒。所述試劑盒對于樣品中大豆事件DNA的鑒定是有用的，可以用于培育含DNA的大豆植物的方法。所述試劑盒可以含有DNA引物或探針，其同源于或互補(bǔ)于SEQIDNO:l-4和9，或含有同源于或互補(bǔ)于DNA的轉(zhuǎn)基因遺傳元件中所含DNA的DNA引物或探針，這些DNA序列可以用于DNA擴(kuò)增反應(yīng)，或作為DNA雜交方法中的探針。在大豆基因組中含有的以及在附圖1中說明的轉(zhuǎn)基因遺傳元件的DNA結(jié)構(gòu)包含側(cè)翼于轉(zhuǎn)基因插入物的大豆A3244基因組的5'基因組區(qū)域，包含來自JgTO6a"er/ww^we/a"eraf才艮癌土i裏桿菌)的右側(cè)邊界區(qū)域(RB)的一部分的插入物，嵌合的啟動子FMV/Tsfl和相關(guān)的連接元件(美國專利6,660,911;也稱為FMV/ElFla)可操作連接到Arabid叩sisEPSPS葉綠體轉(zhuǎn)運(yùn)肽編碼序歹'j(在此稱為CTP2或TS-A伍PSPSCTP2,美國專利5,633,435,可操作連接到草甘膦抗性EPSPS(在此稱為CP4EPSPS或aroA:CP4，分離自Jgro/)(2"e〃'WOT/^we/acwra菌才朱CP4，以及浮iJ務(wù)改用于增強(qiáng)植物細(xì)胞中的表達(dá)的編碼序列，美國專利5,633,435),可操作連接到來自豌豆核酮糖l，5-二磷酸羧化酶(在此稱為E93'或T-Ps.RbcS:E9，Coruzzida/.,(1984),來自jg尸06a"e〃'w附/^附e/acz'e/iy的左4則邊界(LB)區(qū)域的一部分，以及側(cè)翼于轉(zhuǎn)基因插入物的大豆A3244基因組的3'基因組區(qū)域。在DNA擴(kuò)增方法中作為引物有用的DNA分子可以來源于大豆事件MON89788中含有的轉(zhuǎn)基因插入物的遺傳元件的序列。這些《f物分子可以用作引物集的部分，所述引物集也包括來源于側(cè)翼于轉(zhuǎn)基因插入物的大豆基因組的DNA引物分子。通過土壤桿菌介導(dǎo)的方法，例如美國專利6,384,301和7,002,058(通過完全引用合并在此)中描述的方法，通過轉(zhuǎn)化大豆系A(chǔ)3244(美國專利5，659,114)產(chǎn)生了大豆事件MON89788。本發(fā)明的發(fā)明人發(fā)現(xiàn)，在基因組中包含MON89788T型基因組區(qū)域(T型是轉(zhuǎn)基因與植物基因組的相關(guān)單體型區(qū)域的組合)的大豆抹系，相對于包含早先的40-3-2T型基因組區(qū)域的林系具有改善的產(chǎn)量。在包括從美國多個(gè)區(qū)域采集的產(chǎn)量數(shù)據(jù)的重復(fù)田間試驗(yàn)中展現(xiàn)了這一點(diǎn)(美國專利申請60/685584)。以下實(shí)施例一皮包括進(jìn)來以i兌明本發(fā)明的某些優(yōu)選實(shí)施方式的實(shí)例。本領(lǐng)域的技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，在根據(jù)當(dāng)前方法的實(shí)施例中公開的技術(shù)，發(fā)明人發(fā)現(xiàn)在本發(fā)明的實(shí)踐中運(yùn)作良好，因此可以認(rèn)為構(gòu)成了其實(shí)踐的優(yōu)選沖莫式的實(shí)施例。然而，本領(lǐng)域的技術(shù)人員根據(jù)當(dāng)前公開的內(nèi)容應(yīng)當(dāng)理解，可以在公開的具體方案中進(jìn)行許多變化，在不背離本發(fā)明的精神和范圍的情況下仍獲得相似的或類似的結(jié)果。實(shí)施例實(shí)施例1對于MON89788基因組DNA為診斷性的擴(kuò)增子的產(chǎn)生來自轉(zhuǎn)基因大豆事件MON89788的DNA從包含大豆種子、營養(yǎng)組織或粗粉的組織提取。使用Qiagen'sDNeasyPlantMimprep試劑盒根據(jù)廠家的說明(QmgenCorp.Valencia,CA)從組織分離DNA。產(chǎn)生PCR產(chǎn)物，其包含在包含MON89788的才直物基因組中側(cè)翼于TDNA(包含轉(zhuǎn)基因的轉(zhuǎn)化DNA)插入物的5'末端的基因組DNA的一部分。這個(gè)DNA產(chǎn)物包含SEQIDNO:3?？梢赃M(jìn)行PCR,使用被設(shè)計(jì)以與側(cè)翼于轉(zhuǎn)基因插入物的5'末端的基因組DNA序列雜交的一個(gè)引物(DNA引物A，SEQIDNO:5,參見附圖l),和與之配對的位于轉(zhuǎn)基因啟動子區(qū)域的第二引物(DNA引物B,SEQIDNO:)(美國專利6,660，911，SEQIDNO:28,通過引用合并在此，在SEQIDNO:9中)。從轉(zhuǎn)基因插入物的3'末端產(chǎn)生PCR產(chǎn)物，其包含側(cè)翼于包含MON89788的植物基因組中T-DNA插入物的3'末端的基因組DNA的一部分。這個(gè)DNA產(chǎn)物包含SEQIDNO:4。可以進(jìn)行PCR,使用被設(shè)計(jì)以與側(cè)翼于每個(gè)事件的插入物的3'末端的基因組DNA序列雜交的引物(DNA引物D,SEQIDNO:8)，和與之配對的位于插入物的3'末端的T-Ps.RbcS:E93'轉(zhuǎn)錄終止序列中的第二引物(DNA引物C,SEQIDNO:7)。PCR模板包括50ng基因組DNA。利用來自非轉(zhuǎn)基因大豆品種的50ng基因組DNA作為陰性對照。每個(gè)PCR反應(yīng)含有用fREDAccuTaqLADNAPolymeraseMix(Sigma-Aldrich,StLouis,MO)的5(illOx緩沖液，200pM每種dNTP(Sigma-Aldrich),0.4pM每種引物，和2.5單位JumpStartREDTaqDNA聚合酶(Sigma-Aldrich),50pl總體積反應(yīng)。在以下循環(huán)條件下進(jìn)行PCR反應(yīng)94°C3分鐘(min)l個(gè)循環(huán)；94。C30秒(s)、58°C30s、72°C30s或lmin32或35個(gè)循環(huán)；72。C10minl個(gè)循環(huán)。DNA事件引物對被用于產(chǎn)生對MON89788基因組DNA為診斷性的擴(kuò)增子。這些事件引物對包括但不限于，引物A和B(SEQIDNO:5和6),和事件引物對C和D(SEQIDNO:7和8),用于所描述的DNA擴(kuò)增方法中。除了這些引物對之外，可以使用來自SEQIDNO:3或SEQIDNO:4、或其互補(bǔ)物的任何引物對，當(dāng)用于DNA擴(kuò)增反應(yīng)時(shí)分別產(chǎn)生包含對于大豆MON89788事件衍生的組織為診斷性的SEQIDNO:1或SEQID事件引物對產(chǎn)生MON89788的i貪斷性擴(kuò)增子。用于產(chǎn)生對MON89788為診斷性的擴(kuò)增子的這些方法的任何修改處于本領(lǐng)域技術(shù)人員的能力之內(nèi)。當(dāng)在DNA擴(kuò)增方法中測試時(shí)產(chǎn)生對大豆事件MON89788為診斷性的擴(kuò)增子的、推定含有包含MON89788的大豆植物或種子DNA的提取物，或來自包含MON89788的植物的產(chǎn)物，可以,皮用作擴(kuò)增的沖莫板，來確定是否存在MON89788。通過使用來自SEQIDNO:3或SEQIDNO:4的至少一個(gè)引物來產(chǎn)生擴(kuò)增子，所述引物當(dāng)用于PCR方法中時(shí)產(chǎn)生事件MON89788的診斷性擴(kuò)增子。例如，使用表2中示出的StratageneRobocycler、MJEngine、Perkin-Elmer9700或EppendorfMastercyclerGradient熱《盾5不4義，或通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法和設(shè)備，來進(jìn)行MON89788擴(kuò)增子的產(chǎn)生。表1.用于大豆MON897885'轉(zhuǎn)基因插入物/基因組連接區(qū)的鑒定的PCR步驟和反應(yīng)混合物條件。<table>tableseeoriginaldocumentpage20</column></row><table>輕輕地混合，和如果必要(熱循環(huán)儀上沒有保溫帽)，在每個(gè)反應(yīng)上添加1-2滴礦物油。使用以下循環(huán)參數(shù)(表2)在StratageneRobocycler(Stratagene,LaJolla,CA)、MJEngine(MJR-Biorad,Hercules,CA)、Perkm-Elmer9700(PerkinElmer,Boston,MA)或EppendorfMastercyclerGradient(Eppendorf,Hamburg,Germany)熱循環(huán)儀上進(jìn)行PCR。MJEngine或EppendorfMastercyclerGradient熱循J不4義應(yīng)當(dāng)在i十算的才莫式下運(yùn)行。將斜坡速度設(shè)定在最大值運(yùn)行Perkm-Elmer9700熱循環(huán)儀。表2.熱循環(huán)儀條件<table>tableseeoriginaldocumentpage21</column></row><table>實(shí)施例2轉(zhuǎn)基因/基因組區(qū)域的序列測定和Southern分析PCR產(chǎn)物的DNA測序提供了可以用于設(shè)計(jì)其他DNA分子的DNA，所述其他DNA分子作為引物和探針用于包含MON89788的大豆植物或種子的鑒定。代表5'和3'轉(zhuǎn)基因/基因組序列的預(yù)期大小的PCR產(chǎn)物通過在2.0。/。瓊脂糖凝膠上通過電泳分離PCR產(chǎn)物來分離。分離出包括5'和3'DNA區(qū)域的PCR產(chǎn)物，所述5'和3'DNA區(qū)域跨越了插入到大豆基因組中的轉(zhuǎn)基因之間的插入物接點(diǎn)。MON89788的5'和3'PCR產(chǎn)物通過瓊脂糖凝膠電泳來純化，隨后使用QIAquickGel提取試劑盒(目錄#_28704,QiagenInc.,Valencia,CA)從瓊脂糖基質(zhì)分離。然后對純化的PCR產(chǎn)物測序(例如，ABIPrismTM377，PEBiosystems，F(xiàn)osterCity,CA)并分析(例如，DNASTAR序列分析軟件，DNASTARInc.,Madison，WI)。DNA序列被確定為代表了如附圖1中說明的事件MON89788的轉(zhuǎn)基因/基因組區(qū)城的核苷酸堿基對片段，并鑒定為SEQIDNO:9。SEQIDNO:9中含有的基因組和轉(zhuǎn)基因元件在表3中描述。5'和3'側(cè)翼區(qū)域被包括在SEQIDNO:9中，在SEQIDNO:21和22中給出。接點(diǎn)序列是相對短的多核苷酸分子，其是新的DNA序列，當(dāng)在多核酸檢測分析中檢測到時(shí)對于MON89788DNA是診斷性的。SEQIDNO:1和SEQIDNO:2中的接點(diǎn)序列為MON89788中轉(zhuǎn)基因片段的插入位點(diǎn)和大豆基因組DNA的每一側(cè)的10個(gè)多核苷酸。更長或更短的多核苷酸接點(diǎn)序列可以從SEQIDNO:3或SEQIDNO:4中選擇。接點(diǎn)分子(5'連接區(qū)SEQIDNO:1,和3'連接區(qū)SEQIDNO:2)作為DNA探針或作為DNA31物分子在DNA檢測方法中是有用的。對于事件MON89788開發(fā)了在Taqman方法(RocheMolecularSystems,Inc.,Pleasanton，CA)中使用的、用于檢測事件特異性DNA分子的引物和探針。引物分子一皮稱為SQ2824(SEQIDNO:10)、SQ2826(SEQIDNO:11)、SQ1141(SEQIDNO:12)、SQ1142(SEQIDNO:13)、SQ5543(SEQIDNO:14)，探針分子被稱為PB871-6FAM(SEQIDNO:15)、PB2191-VIC(SEQIDNO:16)和PB57-VIC(SEQIDNO:17)。所述引物和探針根據(jù)廠家說明書在Taqman⑧方法中使用，如粗粉的大豆組織作為這種方法的DNA來源是有用的。用于從大豆粗粉產(chǎn)生擴(kuò)增子的其他引物包括SEQIDNO:18-20。表3.在包含MON89788的大豆的基因組中含有的轉(zhuǎn)基因/基因組DNA片段(SEQIDNO:9)的基因組和遺傳元件注釋。_<table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage24</column></row><table>Southern印跡分析來自包含MON89788的植物的基因組DNA和對照大豆基因組DNA(各15昭)在包括15)il相應(yīng)廠家的緩沖液(NEB,Beverly,MA)的150pi總體積中用各種限制性內(nèi)切酶(140U)消化。限制性內(nèi)切酶，例如Bglll、BamHl、Ncol、Hindi1l和Bcll,被用于MON89788的Southern分析。在合適的溫度下進(jìn)4亍核酸內(nèi)切酶消化至少6小時(shí)。在孵育之后，用3M醋酸鈉和2.5倍體積乙醇沉淀DNA。隨后，用70。/。洗滌DNA，干燥，重懸浮在40filTBE中。加載緩沖液(0.2x)添加到樣品中，然后在30伏在瓊脂糖凝膠(0.8%)上進(jìn)行電泳16-18小時(shí)。凝膠用溴化乙錠染色，然后用脫噤呤溶液(0.125NHCL)處理10min,用變性溶液(0.5M氪氧化鈉，1.5M氯化鈉)處理30分鐘，最后用中和溶液(0.5MTnzma堿，1.5M氯化鈉)處理30分鐘。將DNA轉(zhuǎn)移到Hybond-N膜上(AmershamPharmaciaBiotech,Buckingamshire,England)使用Turboblotter(SchleicherandSchuell,Dassel，Germany)4-6小時(shí)，然后使用紫外光固定在膜上。膜在45°C與20mlDIGEasyHyb溶液(RocheMolecularBiochemicals,Indianapolis,IN;cat.#1603558)預(yù)雜交2-4小時(shí)。使用RadprimeDNA標(biāo)記試劑盒(I腿trogen,Carlsbad,CA;cat.#18428-011)制造與SEQIDNO:1、或SEQIDNO:2、或SEQIDNO:3、或SEQIDNO:4、或其部分同源或互補(bǔ)的放射性DNA探針(32PdCTP)。使用SEPHADEXG-50柱(Invitrogen)除去未結(jié)合的核苷酸。將預(yù)雜交溶液替換為IOml預(yù)暖的DIGEasyHyb溶液，所述溶液含有變性的探針達(dá)l百萬計(jì)數(shù)每ml的終濃度。在45。C進(jìn)行印跡雜交16-18小時(shí)。在45。C用低嚴(yán)格溶液(5xSSC,O.lxSDS)洗滌印跡，然后在65。C用更高嚴(yán)格溶液(O.lxSSC,0.1%SDS)重復(fù)洗滌。將印跡暴光于熒光屏(AmershamBiosciences,Piscataway,NJ)〉2小時(shí),使用DataStorm860機(jī)(AmershamBiosciences)讀取曝光。這些例示的方法和條件可以由檢測樣品中DNA的本領(lǐng)域技術(shù)人員修改。實(shí)施例3雜草控制在包含MON89788的大豆田地中控制雜草生長。田地種植上包含MON89788的大豆種子，容許種子萌芽成為植抹，用含有草甘膦的除草劑制劑處理植物的田地。約0.25lbae/A(草甘膦酸數(shù)量磅數(shù)/英畝)到3或更高lbae/A處理速率的有效劑量的草甘膦制劑施用到田地中。以控制田地中雜草所需的、生長季節(jié)期間的一次或多次處理的頻率，施用的速率在約0.75lbae/A到1.5lbae/A的范圍。從處理的植物收獲來自包含MON89788的植物的種子。MonsantoCompanyLLC的保藏物、以上公開的和在權(quán)利要求中敘述的代表事件MON89788的大豆種子已經(jīng)根據(jù)布達(dá)佩斯條約保藏在美國典型培養(yǎng)物j呆藏所(ATCC),10801UniversityBoulevard,Manassas,Va.20110。包含事件MON89788(也稱為MON19788或GK^A19788)的保藏物的ATCC登記號是PTA-6708,2005年5月11日保藏。該保藏物將在保藏所維持30年、或在最后一次請求后5年、或在本專利的有效期內(nèi)，哪一個(gè)時(shí)間更長，根據(jù)需要就在該時(shí)期內(nèi)進(jìn)行替換。已經(jīng)說明和描述了本發(fā)明的原理，對本領(lǐng)域的技術(shù)人員顯而易見的是，可以在安排和細(xì)節(jié)上對本發(fā)明進(jìn)行修改而不背離這種原理。我們要求所有的修改都處于附加的權(quán)利要求的精神和范圍內(nèi)。在本說明書中引用的所有出版物和公開的專利文件在此通過引用來合并，其程度與特定的或單獨(dú)的指示通過引用來合并每個(gè)單獨(dú)的出版物或?qū)＠暾埾嗤?。參考文獻(xiàn)以下參考文件通過引用特別地合并在此，達(dá)到提供示范性程序或?qū)υ诖岁U述的那些補(bǔ)充的其他細(xì)節(jié)的程度。美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國專利美國申請美國公開美國公開4,535,0604,683,1954,683,2025,094,9455,463,1755,554,7985,633,4355,633,4355,659,1146,040，4976,384,3016,544,7346,660,9116,660,9116，689,8806,689，8806,733,9746,740,4886,740，4886，818,8076,825,4006,893,8266,900,0147,002,05860/685584200400185182006068398Ausubel""/.,Cwre"http://VotocoAvA/o/ecw/"r5z'o/ogy，John,Wiley&Sons,Inc,NewYork，1992.Chen"a/.，G，廳L,9:492-498，1999.ChengWa/.,尸roc.Ato/.」c^/.Sc.91:5695-5699,1994.ComzziEMBOJ.,3:1671-1679,1984.Cregan"a/.,In:Z)tV/4附a-A:e/Vc^oco化"，/zca〃o/"W，朋Joverw.e體,Wiley-LissNY,173-185,1997.DeBlock"a/.，五MS(9丄,6:2513-2522,1987.Fehr,In:Sree^/z."gA/e/72c^iy/orCw//iv"rZ)gve/o/7wez,"Wilcox(Ed.),Amer.Soc.ofAgronomy,MadisonWI,1987.Haymes"a/.，In:7Vwc/dc/^"tfeWow,a/rac"ca/a，raac/2,IRLPress,Washington,DC,1985.Innis,a/.,In:尸CT/VofocoAs1.jMef/zcxis1J///z'caho",AcademicPress,Inc.SanDiego,1990.Lewin,In:GewesI7,OxfordUniversityPress,NY,1994.Nikiforov,"a/.油c/ezc22:4167-4175,1994.PCTAppln.WO9200377PCTAppln.WO/05017181Rieger""/.,In:G/os"犯,少o/CAxw/ca/朋(i5thEd.,Sprmger畫Veriag:NY,1991.Sambrooke/1a/"In:Mo/ecw/arc/omwgz"/W0rator3;wawwa/'2ndEd.,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor，NY,1989.Thompsonwa/.,EMBO/.6:2519-2523,1987.Toki"a/.,尸/朋/P/zywo/.,100:1503-1507，1992.Tyangi"a/.，淑廳6她c/.,14:303-308，1996.WeismgWfl/.,^4肌細(xì).G騰/.，22:421-477,1988.Wmdels"a/"A板Fac.丄朋勘w而，64Z5b:459-462,1999.Wingem,/朋ov.尸/zar羅.Ted,00:18-24,2000.權(quán)利要求1.一種核酸序列，包含SEQIDNO1或SEQIDNO2的序列。2.包含事件MON89788的大豆植物或其部分，其中包含事件MON89788的代表性大豆種子已經(jīng)以ATCC登記號PTA-6708保藏。3.權(quán)利要求2的植物的種子，其中所述種子包含事件MON89788。4.從權(quán)利要求3的種子產(chǎn)生的大豆商品產(chǎn)品。5.權(quán)利要求5的大豆商品產(chǎn)品，進(jìn)一步限定為粗粉、粉、壓片或油。6.權(quán)利要求2的大豆植物部分，限定為細(xì)胞、花粉、胚珠、花、芽、根或葉。7.權(quán)利要求2的大豆植物，進(jìn)一步限定為包含所述事件MON89788的大豆植物的任何世代的子代植物。8.權(quán)利要求2的大豆植物，其中所述植物的基因組包含選自由SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:21和SEQIDNO:22構(gòu)成的組的至少一種DNA分子。9.權(quán)利要求2的大豆植物，其中當(dāng)在DNA擴(kuò)增方法中測試時(shí)所述植物的基因組產(chǎn)生對事件MON89788為診斷性的擴(kuò)增子，所述擴(kuò)增子包含SEQIDNO:l或SEQIDNO:2。10.權(quán)利要求3的種子，其中當(dāng)在DNA擴(kuò)增方法中測試時(shí)所述種子的DNA產(chǎn)生對事件MON89788為診斷性的擴(kuò)增子，所述擴(kuò)增子包含SEQIDNO:l或SEQIDNO:2。11.權(quán)利要求5的粗粉、粉、壓片或油，進(jìn)一步限定為包含核酸，所述核酸當(dāng)在DNA擴(kuò)增方法中測試時(shí)產(chǎn)生對事件MON89788為i貪斷性的擴(kuò)增子，所述擴(kuò)增子包含SEQIDNO:l或SEQIDNO:2。12.—種DNA多核苦酸引物分子，其包含SEQIDNO:3或其互補(bǔ)物的至少11個(gè)連續(xù)核苷酸，其在DNA擴(kuò)增方法中對于產(chǎn)生對事件MON89788為診斷性的擴(kuò)增子是有用的。13.—種分離的DNA多核苷酸引物分子，其包含SEQIDNO:4或其互補(bǔ)物的至少11個(gè)連續(xù)核苷酸，其在DNA擴(kuò)增方法中對于產(chǎn)生對事件MON89788為診斷性的擴(kuò)增子是有用的。14.一種特異于事件MON89788的DNA檢測試劑盒，其至少包含核酸，所述核酸包含與SEQIDNO:3或SEQIDNO:4同源或互補(bǔ)的11個(gè)或更多個(gè)連續(xù)核苷酸。15.—種產(chǎn)生對草甘膦除草劑耐受的大豆植物的方法，包括向所述植物的基因組中引入事件MON89788。16.權(quán)利要求15的方法，限定為包含步驟(a)雜交包含事件MON89788的第一大豆植物與缺乏事件MON89788的第二大豆植物來產(chǎn)生子代植物；和(b)至少選擇包含所述事件MON89788并對草甘膦耐受的第一子代植物。17.權(quán)利要求16的方法，進(jìn)一步包括自交所述第一子代植物來產(chǎn)生第二代子代植物，并選擇至少對于所述事件MON89788是純合的第一植物。18.—種4企測樣品中與大豆事件MON89788相應(yīng)的DNA的存在的方法，所述方法包括(a)用引物集接觸包含大豆DNA的樣品，所述引物集當(dāng)在使用來自大豆事件MON89788的基因組DNA的核酸擴(kuò)增反應(yīng)中使用時(shí)，產(chǎn)生對大豆事件MON89788為診斷性的擴(kuò)增子；和(b)進(jìn)行核酸擴(kuò)增反應(yīng)，從而產(chǎn)生診斷性擴(kuò)增子；和(c)檢測所述診斷性擴(kuò)增子。19.一種片全測樣品中與事件MON89788相應(yīng)的核酸的存在的方法，所述方法包括(a)獲得大豆DNA的樣品；和(b)分析所述樣品中來自事件MON89788的DNA序列的存在。20.權(quán)利要求19的方法，其中分析所述DNA樣品包括檢測SEQIDNO:1、SEQIDNO:2或其互補(bǔ)物的至少一種的核酸序列的存在。21.—種大豆植物，其包含草甘膦耐受性性狀，所述性狀與包含SEQIDNO:1或SEQIDNO:2的核酸分子是遺傳連鎖的。22.—種產(chǎn)生大豆商品產(chǎn)品的方法，包括(a)獲得權(quán)利要求2的大豆植物或其部分；和(b)從所述大豆植物或其部分產(chǎn)生大豆商品產(chǎn)品。23.權(quán)利要求22的方法，其中所述商品產(chǎn)品被限定為粗粉、粉、壓片、蛋白分離物或油。24.—種在包含了包含事件MON89788的大豆植物的田地中控制雜草生長的方法，所述方法包括用有效控制雜草生長的數(shù)量的草甘膦處理所述田地，其中所述大豆植物展現(xiàn)對草甘膦的耐受性。25.權(quán)利要求24的方法，其中處理所述田地在V1到R4生長期進(jìn)行。全文摘要本發(fā)明提供了包含轉(zhuǎn)化事件MON89788的大豆植物和種子，以及這些事件獨(dú)特的DNA分子。本發(fā)明還提供了檢測樣品中這些DNA分子的存在的方法。文檔編號A01H5/10GK101252831SQ200680027513公開日2008年8月27日申請日期2006年5月26日優(yōu)先權(quán)日2005年5月27日發(fā)明者E·迪金森,J·賴恩哈特,M·馬爾文,N·泰勒申請人:孟山都技術(shù)有限公司