1.一種柑橘潰瘍病菌hfq基因無標記缺失突變體的篩選方法,其特征在于,包括如下步驟:
(1)提取柑橘潰瘍病菌基因組DNA;
(2)缺失hfq基因的重組自殺質(zhì)粒載體的構(gòu)建:
A、分別擴增柑橘潰瘍病菌hfq基因上、下游側(cè)翼序列:以柑橘潰瘍病菌基因組DNA為模板,以引物Hfq-up-F、Hfq-up-R擴增柑橘潰瘍病菌hfq基因上游側(cè)翼序列,以引物Hfq-down-F、Hfq-down-R擴增柑橘潰瘍病菌hfq基因下游側(cè)翼序列;所述引物Hfq-up-F、Hfq-up-R、Hfq-down-F、Hfq-down-R的序列為:
Hfq-up-F:TGGGATCCCGCGTGTTGAAGGTGGTATT,
Hfq-up-R:TGGGTACCCGAAAAATCCTCTTCATTATTGT,
Hfq-down-F:TGGGTACCCGGAGTAGTGCGTGTTTGATC,
Hfq-down-R:GCTCTAGAAAGCCTCTGCACCGGTCAACA;
B、分別回收步驟A得到的柑橘潰瘍病菌hfq基因上、下游側(cè)翼序列PCR擴增產(chǎn)物片段;
C、將步驟B的回收產(chǎn)物分別與載體pEASY-T1vector連接,得到上游T-載體連接產(chǎn)物和下游T-載體連接產(chǎn)物;
D、將步驟C得到的上游/下游T-載體連接產(chǎn)物分別轉(zhuǎn)化大腸桿菌;
E、提取步驟D中的陽性克隆的質(zhì)粒,分別得到上游T-載體重組質(zhì)粒和下游T-載體重組質(zhì)粒;
F、用BamHI和KpnI雙酶切上游T-載體重組質(zhì)粒,用KpnI和XbaI雙酶切下游T-載體重組質(zhì)粒,用BamHI和XbaI雙酶切質(zhì)粒pK18mobSacB;
G、將步驟F得到的上/下游T-載體重組質(zhì)粒與質(zhì)粒pK18mobSacB酶切后產(chǎn)物進行連接,將連接液轉(zhuǎn)化入DH5α大腸桿菌感受態(tài),保存經(jīng)篩選獲得的陽性克隆即缺失hfq基因的重組自殺質(zhì)粒載體;
(3)將步驟G構(gòu)建好的缺失hfq基因的重組自殺質(zhì)粒載體轉(zhuǎn)化柑橘潰瘍病菌感受態(tài)細胞,挑取轉(zhuǎn)化后經(jīng)Kan+無糖NA篩選的單菌落;
(4)將步驟(3)挑取的單菌落用蔗糖培養(yǎng)基篩選,即得突變體。
2.如權(quán)利要求1所述的柑橘潰瘍病菌hfq基因無標記缺失突變體的篩選方法,其特征在于,所述步驟A中分別擴增柑橘潰瘍病菌hfq基因上、下游側(cè)翼序列,擴增上、下游側(cè)翼序列的PCR反應體系為:2×Taq PCR Mix 10μL、10mM的上下游引物各0.5μL、濃度為100~200ng/μL的柑橘潰瘍病菌基因組DNA 0.5μL、加ddH2O補足至20μL;
擴增上游側(cè)翼序列的PCR反應程序為:95℃預變性5min;95℃變性15s,58℃退火15s,72℃延伸30s,32個循環(huán);72℃10min;
擴增下游側(cè)翼序列的PCR反應程序為:95℃預變性5min;95℃變性15s,58℃退火15s,72℃延伸40s,32個循環(huán);72℃10min。
3.一種用蔗糖培養(yǎng)基篩選柑橘潰瘍病菌hfq基因無標記缺失突變體的方法,其特征在于,包括如下步驟:
(1)挑取權(quán)利要求1的步驟(3)中缺失hfq基因的重組自殺質(zhì)粒載體轉(zhuǎn)化柑橘潰瘍病菌感受態(tài)細胞后經(jīng)Kan+無糖NA篩選的單菌落,接到無蔗糖的NB培養(yǎng)基中培養(yǎng)過夜;
(2)將步驟(1)擴繁的菌液轉(zhuǎn)接到新的無糖NB培養(yǎng)基中,連續(xù)培養(yǎng)4-5代;
(3)將步驟(2)獲得的菌液,稀釋后涂布到Kan+無糖NA的篩選培養(yǎng)基上,28~30℃,放置24~36h;
(4)將步驟(3)獲得的單菌落一一劃線到含有5~10%的蔗糖的NA培養(yǎng)基,28~30℃,培養(yǎng)68~72h;
(5)將步驟(4)獲得的菌落,再一一劃線到對應的Kan+無糖NA和5~10%蔗糖NA板上,放置24~36h;
(6)將步驟(5)中抗性平板上不能生長而在無抗性平板上能生長的菌落,進行初步驗證突變;
(7)將步驟(6)獲得的疑似突變體菌落,挑到NB培養(yǎng)基中培養(yǎng),連續(xù)傳代,將能穩(wěn)定遺傳的菌落進行驗證,得到柑橘潰瘍病菌hfq基因無標記缺失突變體。
4.如權(quán)利要求3所述的用蔗糖培養(yǎng)基篩選柑橘潰瘍病菌hfq基因無標記缺失突變體的方法,其特征在于,所述步驟(6)中驗證突變的方法為PCR驗證:提取突變體的基因組DNA,用檢測突變的引物Hfq-F/Hfq-R驗證缺失片段的大小是否與目的基因hfq的大小一致,所述引物Hfq-F/Hfq-R的序列為:Hfq-F:GCTTCAGGCGTGTAACATCC,Hfq-R:GCGAACTCCTCCAACACATC。
5.如權(quán)利要求3所述的用蔗糖培養(yǎng)基篩選柑橘潰瘍病菌hfq基因無標記缺失突變體的方法,其特征在于,所述步驟(6)中驗證突變的方法為測序驗證或者Southern blot驗證。