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人類x染色體20個短串聯(lián)重復序列復合擴增體系及應用_3

文檔序號:8959603閱讀:來源:國知局
中擴增, 再根據(jù)復合擴增的電泳結(jié)果來調(diào)整各自的濃度,使各引物對的擴增效率(反應在電泳結(jié)果 的峰高上)基本一致為準。最終確定的20對引物序列和濃度比例(引物濃度值是在PCR 擴增體系中的引物濃度)見表3。針對上述20個基因位點設計特異性引物,其擴增產(chǎn)物的 長度范圍為85-450bp之間。本發(fā)明的檢測組分中標準物采用Orange橙色物標記,能夠明 確地標記區(qū)分出檢測樣本各個基因座位點的大小。
[0080] 表3 20對引物序列和濃度比例表
CN 105177125 A 說明書 8/12 頁
[0083] 本發(fā)明所涉及到的DNA樣品可來源于人的血液、血痕、精液、精斑、唾液、體液、毛 發(fā)、肌肉、組織、指甲等。所述DNA樣品可用試劑盒法、酚氯仿抽提法、Chelex-IOO法、磁珠 法進行DNA提取處理。
[0084] 本發(fā)明的擴增產(chǎn)物可用ABI系列的遺傳分析儀進行檢測。檢測結(jié)果可以在 Genemapper等數(shù)據(jù)分析軟件上分析,得到相應的STR分型圖譜及數(shù)據(jù)。
[0085] 實施例2對某一個樣本的基因分型檢測
[0086] 1.血液樣本的采集(血液樣本由志愿者捐贈)
[0087] 2. DNA 提取
[0088] 米用 Chelex-100 法提取基因組 DNA(參考《Forensic DNA Protocol》· Humana Press, 1998)取0. 5-5 μ 1的抗凝全血或(l-3mm)*(2-5mm)的血斑至于500 μ 1離心管中,振 蕩混勻Chelex溶液使Chelex充分懸浮,每管加入195 μ I Chelex-100 (5 % )溶液和5 μ 1 蛋白酶K (20mg/ml)振蕩混勻,56攝氏度保溫兩小時或者過夜后,取出振蕩2分鐘,沸水中加 熱10分鐘后13000rpm離心5分鐘,小心移取150 μ 1上清至新離心管中。
[0089] 3.反應體系
[0090] 將各反應試劑(緩沖液、引物混合物、基因組DNA等)振蕩混合后按以下方式配成 PCR反應混合液,擴增體系總體積為25 μ 1,包括引物混合物(5*Primer mix) 5 μ 1,其中引 物濃度見實施例1,酶反應緩沖液(2. 5*Buffer D) 10 μ 1、基因組DNA2 μ 1 (提取模板DNA,直 擴檢材等),(ΜΗ208 μ1。
[0091] 本發(fā)明所涉及的復合擴增體系中使用的酶反應緩沖液(2. 5*Buffer D)具有特殊 的配方(表4),是一種熱啟動酶(MR Taq II )與PCR反應緩沖液預混液,并且其在_20°C的 保存環(huán)境中不會結(jié)冰,具有防凍的功能。
[0097] 表5 :本發(fā)明復合擴增體系的擴增程序
[0098] 5.毛細管電泳檢測
[0099] 將0range500內(nèi)標和甲酰胺按比例2. 5:100混合,取12. 5 μ 1混合物加入到96孔 板,再加入擴增產(chǎn)物樣品或者是等位基因標準物1 μ 1,混合靜置數(shù)分鐘,95°C變性3min,立 即冰浴3min,離心后放入ABI3500測序儀上,準備檢測。
[0100] 6.數(shù)據(jù)分析
[0101] 導入原始數(shù)據(jù),在主頁面的File菜單選擇Add sample to project,找到樣品文 件,選中文件夾,點擊add to list,點擊add,樣品文件即顯示在Project窗口;選擇分析 參數(shù)。定義analysis method、panel、size standard。瀏覽樣本電泳的原始數(shù)據(jù),選中某 樣本的文件名,在"sample"菜單下選擇"Raw data"。移動追蹤線,使光標停在引物峰右側(cè) (第一個橙色的內(nèi)標峰前),以此時窗口左下角X軸上顯示的數(shù)值作為analysis method分 析參數(shù)中的起始點;點擊綠色分析按鈕,出現(xiàn)save project對話框,命名后保存,軟件即開 始處理數(shù)據(jù),分析完成后左下角顯示analysis completed。采用GeneMapperRID_X軟件分 析得到的數(shù)據(jù)并生成圖譜。
[0102] 實施例3針對酶反應緩沖液(2. 5*Buffer D)的優(yōu)化實驗
[0103] KCl在酶反應緩沖液的濃度梯度為:0. 075M、0. 1M、0. 125M三個濃度梯度。MgCl2在酶反應緩沖液的濃度梯度為5mM、2mM三個濃度梯度。Brij58在酶反應緩沖液的 濃度梯度為:〇. 〇〇lmM、〇. 0015mM、0. 002mM三個濃度梯度。DTT在酶反應緩沖液的濃度梯度 為:0. 015M、0. 02M、0. 025M三個濃度梯度。Betaine在酶反應緩沖液的濃度梯度為:0. 05M、 0.說、0.151三個濃度梯度。0130在酶反應緩沖液的濃度梯度為:0.3%、0.4%、0.5%三個 濃度梯度。MR Taq II在酶反應緩沖液的濃度梯度為:0. 15U、0. 25U、0. 35U三個濃度梯度。 針對上述酶反應緩沖液的組分設計不同濃度的正交實驗進行復合擴增,根據(jù)實驗的結(jié)果確 定復合擴增體系的最優(yōu)組合。附圖1列舉了其中Brij58的濃度比較結(jié)果。附圖2列舉了 其中DMSO的濃度比較結(jié)果。附圖3. 1和3. 2列舉了本發(fā)明所給出的最優(yōu)化組分(即實施 例2中的組分比例)擴增效果圖。附圖1-7的所有附圖均為GeneMappePlD-X軟件分析得 到的數(shù)據(jù)圖譜。
[0104] 實施例4 :針對物種特異性的檢測實驗,選取了不同物種的DNA模板(酚氯仿抽 提),看本發(fā)明的復合擴增體系是否有物種特異性的優(yōu)勢。選取了豬、牛、羊、小鼠、雞、鴨、魚 及人類基因組DNA作為檢測對象,結(jié)果本發(fā)明涉及的復合擴增體系可以高效的擴增出人類 基因組DNA的X-STR分型,其他物種均沒有擴增產(chǎn)物。圖4. 1和4. 2列舉了本發(fā)明所涉及 的物種特異性的檢測實驗結(jié)果。
[0105] 實施例5 :利用本發(fā)明的復合擴增體系檢測不同檢材。本發(fā)明所涉及到的DNA樣品 可來源于人的血液、血痕、精液、精斑、唾液、體液、毛發(fā)、肌肉、組織、指甲等。所述DNA樣品 可用試劑盒法、酸氣仿抽提法、Chelex-IOO法、磁珠法進彳丁 DNA提取處理。附圖5. 1和5. 2 列舉了其中幾種檢材的擴增效果圖譜。證明利用各種檢材均能實現(xiàn)有效擴增,檢測快速準 確,適用范圍廣。
[0106] 實施例6 :利用本發(fā)明的復合擴增體系鑒定一起XX性反轉(zhuǎn)綜合征病例。
[0107] 該起病例的樣本為一對父子的血濾紙樣本,兒子的第二性征表現(xiàn)為男性,但是利 用Y微缺失試劑盒檢測時沒有結(jié)果。在進行X-STR位點檢測時發(fā)現(xiàn)該案例的兒子的Amel位 點的分型為XX,基因型為女性,X染色體上某些STR位點有2個等位基因(表6),該案例中 兒子的等位基因與父親的等位基因可以高度匹配。其父親為正常男性個體,具有1條X染 色體和1條Y染色體。所以該案例中兒子從其父親處繼承了一條X染色體,是一個典型的 性反轉(zhuǎn)綜合征案例(圖6. 1和6. 2)。
[0108] 表6 :XX性反轉(zhuǎn)綜合征病例父親與兒子的X-STR分型
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[0110] 實施例7 :同父異母姐妹親權關系鑒定。
[0111] 本案例中有2對母女,主張這兩對母女中的女兒是同父異母的姐妹,其假設的同 一父親已經(jīng)不在世,故只可以使用X-STR位點進行檢測。檢測結(jié)果(表7和圖7. 1-7. 4) 基本可以確定這兩對母女中的女兒的父親基因分型相同,所以不排除是同父異母的姐妹關 系。
[0112] 表7 :同父異母姐妹親權關系鑒定基因分型
[0113] CN 105177125 A 說明書 12/12 頁
[0114] 上述實施例僅是本發(fā)明的優(yōu)選實施方式,應當指出:對于本技術領域的普通技術 人員來說,在不脫離本發(fā)明原理的前提下,還可以做出若干改進和等同替換,這些對本發(fā)明 權要求進行改進和等同替換后的技術方案,均落入本發(fā)明的保護范圍。
【主權項】
1.人類X染色體短串聯(lián)重復序列復合擴增體系,其特征在于,該復合擴增體系包括 19 對引物,可同時擴增 19 個STR位點:DXS6795、DXS6803、DXS6807、DXS9907、DXS7423、 GATA172D05、DXS101、DXS9902、DXS7133、DXS6810、GATA31E08、DXS6800、DXS981、DXS10162、 DXS6809、GATA165B12、DXS10079、DXS10135、HPRTB; 所述擴增DXS679
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