技術(shù)特征：

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明提供一種有參考DNA序列壓縮方法和系統(tǒng)，所述方法包括：重復(fù)圖案的匹配步驟，利用輸入的參考序列生成反向的全文子序列索引結(jié)構(gòu)，對輸入的待壓縮序列進行最長匹配子序列搜索，將匹配信息用于壓縮編碼步驟，并將未匹配的符號用于非重復(fù)符號的預(yù)測編碼步驟；壓縮編碼步驟，將匹配序列的長度、位置信息進行壓縮編碼，并將編碼信息用于解壓縮；非重復(fù)符號的預(yù)測編碼步驟，接收所述重復(fù)圖案的匹配步驟的未匹配的符號，利用混合上下文模型進行符號出現(xiàn)概率預(yù)測及編碼。本發(fā)明充分結(jié)合索引數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)高效查找和混合上下文模型對單個字符高效壓縮的特點，在可接受的壓縮耗時內(nèi)，比其他有參考DNA序列方法取得更高的壓縮率，具備良好的實用性。

技術(shù)研發(fā)人員：熊紅凱;范雯敬
受保護的技術(shù)使用者：上海交通大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：2017.04.01
技術(shù)公布日：2017.08.18