1.一種基因組胞嘧啶位點表觀基因型分型方法，其特征在于，包括以下步驟：
1)對待測樣品父母本和子代樣本進行重亞硫酸鹽全基因組甲基化測序，獲得父母本和子代樣本基因組序列；
2)將所述父母本和子代樣本基因組序列與待測樣品已知的參考基因組比對，確定待測胞嘧啶位點；
3)利用SAMTOOLSV0.1.18和PICARD-TOOLSV1.96，將所述待測胞嘧啶位點的序列數(shù)據(jù)進行染色體坐標排序后進行reads去重復處理，獲得校正后的序列數(shù)據(jù)，再通過GATK2-V3.2對所述校正后的序列數(shù)據(jù)中已知胞嘧啶位點上下游5～10bp的序列進行Call SNPs，區(qū)分出子代等位基因序列；
4)將所述子代等位基因序列與父母本基因組序列比對，得到胞嘧啶表觀基因型分型結(jié)果。
2.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述參考基因組為待測樣品本物種已測序基因組或待測樣品近緣物種已測序基因組。
3.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟1)具體包括以下步驟：
1.1)用CTAB法提取待測樣品父母本和子代樣本基因組DNA；
1.2)對所述提取到的基因組DNA進行質(zhì)量、純度和濃度檢測，篩選出合格的父母本和子代樣本基因組DNA樣品；
1.3)采用重亞硫酸鹽法構建所述合格的父母本和子代樣本基因組DNA樣品測序文庫；
1.4)質(zhì)檢篩選合格基因組DNA樣品測序文庫，所述合格基因組DNA樣品測序文庫的插入片段為320～520bp，有效濃度>2nM；
1.5)對所述合格的DNA樣品測序文庫進行雙末端Hiseq測序，獲得父母本和子代樣本基因組序列。
4.根據(jù)權利要求3所述的方法，其特征在于，步驟1.3)構建父母本和子代樣本基因組DNA樣品測序文庫時加入建庫DNA起始量1/1000的陰性對照lambdaDNA。
5.根據(jù)權利要求3或4所述的方法，其特征在于，步驟1.3)構建測序文庫包括以下步驟：
隨機打斷基因組DNA至200～300bp，獲得DNA片段；
對所述DNA片段進行平末端修復后加尾巴A堿基，獲得帶尾巴A的DNA片段；
在所述帶尾巴A的DNA片段上連接測序接頭后進行Bisulfite處理；
將所述Bisulfite處理后的DNA片段進行PCR擴增，獲得基因組DNA樣品測序文庫。
6.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3)中所述染色體坐標排序為：采用picard-tools工具中的SortSam按照染色體坐標順序從小到大排序。
7.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3)中所述reads去重復處理采用picard-tools完成。
8.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3)中所述Call SNPs采用UnifiedGenotyper工具完成。
9.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3)中所述Call SNPs后還包括：對所述Call SNPs結(jié)果進行過濾；所述過濾采用GATK工具的變異位點質(zhì)量值重新校正-VQSR進行。