用于卵巢癌的生物標志物組、診斷方法和測試試劑盒的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了用于預測卵巢癌的存在、亞型和分期的方法，以及用于評估癌癥治療的治療效力和確定對象是否潛在地正在發(fā)生癌癥的方法。本發(fā)明還提供了相關(guān)的測試試劑盒、計算機和分析系統(tǒng)以及軟件和診斷模型。
【專利說明】用于卵巢癌的生物標志物組、診斷方法和測試試劑盒
[0001]相關(guān)申請
[0002]本申請要求在2011年2月24日提交的美國臨時申請序列號61/463，870的利益，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。
[0003]政府支持的聲明
[0004]本申請的主題包括得到美國國家癌癥研究所名為“Improvement of a PromisingMAP for Ovarian Cancer，，的 SBIR Award N0.HHSN261200800045C 支持的工作。
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0005]本發(fā)明提供了用于預測和診斷卵巢癌特別是上皮性卵巢癌的方法，并且還提供了相關(guān)的分析試劑、診斷模型、測試試劑盒和臨床報告。
【背景技術(shù)】
[0006]美國癌癥學會估計，美國在2007年卵巢癌侵襲了 22，430名女性并且奪去了15，280名女性的性命。然而，卵巢癌并不是單一疾病，實際上有多于30種類型和亞型的卵巢惡性腫瘤，每一種具有其自己的病理學和臨床行為。因此，大多數(shù)專家根據(jù)形成它們的細胞種類將卵巢癌分為主要的三類:由沿著或覆蓋卵巢的細胞產(chǎn)生的上皮性腫瘤；來源于卵巢中將會形成卵子的細胞的生殖細胞腫瘤；和由將卵巢結(jié)合在一起并產(chǎn)生雌性激素的結(jié)締組織細胞(connective cell)開始的性索-間質(zhì)(sex cord-stromal)細胞腫瘤。
[0007]常見的上皮性腫瘤開始于卵巢的表面上皮并且在美國占全部卵巢癌的約90%(以下的百分比反映出美國這些癌癥的流行性)。它們進一步劃分為多種亞型——包括漿液性腫瘤、子宮內(nèi)膜樣腫瘤、粘液性腫瘤和透明細胞腫瘤一可進一步再細分為良性或惡性腫瘤。漿液性腫瘤是卵巢癌最普遍的形式。它們占據(jù)常見上皮性腫瘤的40%。這些漿液性腫瘤有約50%是惡性的,33%是良性的，17%是交界性腫瘤(borderline malignancy)。漿液性腫瘤最經(jīng)常在40至60歲的女性中發(fā)生。
[0008]子宮內(nèi)膜樣腫瘤占常見上皮性腫瘤的約20%。在約20%的個體中，這些癌癥與子宮內(nèi)膜癌(子宮內(nèi)層的癌癥)有關(guān)。在5%的病例中，它們還與子宮內(nèi)膜異位(盆腔中子宮內(nèi)膜(子宮內(nèi)層組織)的異?，F(xiàn)象)有關(guān)。這些腫瘤的大多數(shù)(約80% )是惡性的，并且其余部分(約20%)通常是交界性腫瘤。子宮內(nèi)膜樣腫瘤主要在50至70歲的女性中發(fā)生。
[0009]透明細胞腫瘤占常見上皮性腫瘤的約6%。幾乎所有的這些腫瘤都是惡性的。所有透明細胞腫瘤中大約一半與子宮內(nèi)膜異位有關(guān)?；纪该骷毎[瘤的大多數(shù)患者在40至80歲。
[0010]粘液性腫瘤構(gòu)成所有常見上皮性腫瘤的約1%。這些腫瘤的大多數(shù)(約80% )是良性的，15%是交界性腫瘤，僅5%是惡性的。粘液性腫瘤最經(jīng)常在30至50歲的女性中出現(xiàn)。
[0011]迄今為止，卵巢癌是最致死的婦科癌癥，占所有婦科癌癥死亡的多于55%。但是，卵巢癌也是其中最好治療的一如果其在早期被發(fā)現(xiàn)的話。當卵巢癌在早期被發(fā)現(xiàn)并進行適當治療時，5年存活率為93%。參見例如Luce等,“Early Diagnosis Key to EpithelialOvarian Cancer Detection,，，The Nurse Practitioner, 2003 年 12 月第 41 頁。關(guān)于卵巢癌的大量背景信息可在互聯(lián)網(wǎng)上容易地得到，例如由美國癌癥學會提供的癌癥參考信息的“Overview:Ovarian Cancer，，和 NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology TMOvarian Cancer V.1.2007。
[0012]卵巢癌診斷目前的現(xiàn)實是大多數(shù)病例(所有卵巢癌病例的81% )未在最早期被發(fā)現(xiàn)。這是因為早期卵巢癌的診斷非常困難。其癥狀在此時可能還未出現(xiàn)或者注意不到?；蛘撸Y狀(例如胃氣脹(bloating)、消化不良、腹瀉、便秘等)可能是模糊的并且與許多常見的不嚴重病癥有關(guān)。最重要地，沒有用于早期檢測的有效測試。用于早期并準確檢測卵巢癌的有效工具是關(guān)鍵的未被滿足的醫(yī)學需要。
[0013]婦科腫瘤學領(lǐng)域中迫切需要的是最小侵入性的(優(yōu)選基于血清的)用于評估和預測卵巢癌存在的臨床測試，其基于有力的生物標志物集合和從大且多樣的樣品集合鑒定的樣品特征，以及在卵巢癌多個分期高度準確地預測、診斷和監(jiān)測卵巢癌的方法和相關(guān)計算機系統(tǒng)及軟件工具。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0014]本發(fā)明一般性地涉及癌癥生物標志物，并且特別地涉及與卵巢癌相關(guān)的生物標志物。本發(fā)明提供了通過測量某些生物標志物來預測、評價診斷和監(jiān)測癌癥特別是卵巢癌的方法，并且還提供了評價與卵巢癌有關(guān)的生物標志物表達水平的試劑集合或陣列。優(yōu)選的生物標志物集合提供了對象中卵巢癌的可檢測分子標識。本發(fā)明提供了用于卵巢癌的預測性或診斷性測試，特別是用于上皮性卵巢癌，并且更特別地用于早期卵巢癌(即I期、II期或I期和II期一起)。
[0015]在一個方面中，本公開內(nèi)容一般性地涉及預測對象卵巢癌狀態(tài)的方法，其包括以下步驟:在得自于對象的生物流·體樣品中測量CA-125和HE4的水平并且測量選自下列的一種或更多種生物標志物的水平:IL_2受體a (IL-2Ra )、a -1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL-40、細胞纖連蛋白(cFib)、絲氨酸蛋白酶8 (prostasin)、金屬蛋白酶組織抑制劑Ι(--ΜΡ-Ι)、IL-8、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B (VEGF-B)、基質(zhì)金屬蛋白酶7 (MMP-7)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (L0X-1)、神經(jīng)氈蛋白1、TNFR2和MPIF-1 ;以及使測量結(jié)果與卵巢癌狀態(tài)相關(guān)聯(lián)。
[0016]在另一個方面中，本公開內(nèi)容涉及試劑盒，其包含一組各自與CA-125和HE4以及選自下列的一種或更多種生物標志物選擇性結(jié)合的親和試劑:白細胞介素-2受體a (IL-2受體α)、α-1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL-40、細胞纖連蛋白(cFib)、癌抗原72-4 (CA-72-4)、絲氨酸蛋白酶8 (prostasin)、金屬蛋白酶組織抑制劑I (TIMP-1)、IL-8、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (L0X-1)、神經(jīng)氈蛋白1、TNFR2和MPIF-1 ;以及一組各自包含CA-125和HE4以及選自下列的一種或更多生物標志物的容器:白細胞介素-2受體a (IL-2受體α )、α-1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、ΥΚΙ-40、細胞纖連蛋白(cFib)、癌抗原72-4 (CA-72-4)、絲氨酸蛋白酶8 (prostasin)、金屬蛋白酶組織抑制劑10?ΜΡ-1)、IL-8、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (LOX-1)、神經(jīng)氈蛋白 1、TNFR2 和 MPIF-10
[0017]在又一個方面中，本發(fā)明涉及一組純化肽，其包含CA-125和HE4以及選自下列的一種或更多生物標志物:白細胞介素-2受體a (IL-2受體α )、α -1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL-40、細胞纖連蛋白(cFib)、癌抗原72-4 (CA-72-4)、絲氨酸蛋白酶8 (prostasin)、金屬蛋白酶組織抑制劑I (--ΜΡ-1)、IL-8、基質(zhì)金屬蛋白酶7 (MMP-7)、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (L0X-1)、神經(jīng)氈蛋白1、TNFR2和MPIF-1。
[0018]在本文所述公開內(nèi)容的以上方面或任何其他方面之任一方面的多個實施方案中，所述方法包括測量癌抗原72-4(CA-72-4)的水平。在另一個實施方案中，卵巢癌狀態(tài)是存在卵巢癌。在另一些實施方案中，卵巢癌是I期卵巢癌。在又一個實施方案中，卵巢癌是II期卵巢癌。在再一些實施方案中，卵巢癌是III期卵巢癌。在另一個實施方案中，卵巢癌是IV期卵巢癌。在另一些實施方案中，卵巢癌是1、I1、III或IV期卵巢癌。在又一些實施方案中，所述方法還包括基于所述狀態(tài)來安排對象的治療。在另一個實施方案中，安排對象的治療選自進行更多的測試、進行外科手術(shù)和不采取進一步的行動。在另一個實施方案中，所述方法包括在進行對象安排后測量得自于對象的生物流體樣品中CA-125和HE4的水平并且測量選自下列的一種或更多種生物標志物的水平:白細胞介素-2受體a (IL-2受體α)、α-1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL_40、細胞纖連蛋白(cFib)、癌抗原72-4 (CA-72-4)、絲氨酸蛋白酶8 (prostasin)、金屬蛋白酶組織抑制劑I (--ΜΡ-1)、IL-8、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2 (IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (L0X-1)、神經(jīng)氈蛋白1、TNFR2和MPIF-1 ;使測量結(jié)果與卵巢癌狀態(tài)相關(guān)聯(lián)；以及確定對象安排是否導致卵巢癌狀態(tài)改變。在另一些實施方案中，測量選自檢測生物標志物是否存在，對生物標志物的量進行定量和對生物標志物的類型進行定性。在某些實施方案中，所述生物標志物通過免疫測定來測量。在另一些實施方案中，所述關(guān)聯(lián)通過軟件分類算法來進行。在又一個實施方案中，樣品選自血液、血清和血漿。在一些實施方案中，所述親`和試劑是抗體。在另一個實施方案中，所述試劑盒還包含使用親和試劑來測量對象樣品中生物標志物水平的書面說明。在又一個實施方案中，所述試劑盒包含使用試劑盒以確定對象卵巢癌狀態(tài)的書面說明。在某些實施方案中，一種或更多種所述肽具有可檢測標記。
[0019]在本發(fā)明的一個優(yōu)選實施方案中，提供了一種預測對象卵巢癌狀態(tài)的方法，其包括以下步驟:確定來自所述對象的生物流體樣品中CA-125和HE4的濃度和所述對象的年齡(統(tǒng)稱為“生物標志物”)；以及評價所述生物標志物，其中與未患卵巢癌的對照組患者相t匕，生物標志物的水平或評價的改變預示了對象患有卵巢癌。在一個更優(yōu)選的實施方案中，前述方法還包括評價絕經(jīng)后或非絕經(jīng)后對象的對象絕經(jīng)狀態(tài)，以及來自所述對象的生物流體樣品中CA15-3和CA72-4的濃度。
[0020]在本發(fā)明的另一些實施方案中，多種另外的生物標志物與前述生物標志物一起被評價。這些生物標志物包括:血管內(nèi)皮生長因子(VEGF)、白細胞介素2受體a (IL-2受體α)、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、觸珠蛋白、鐵蛋白(FRTN)、絲氨酸蛋白酶8 (prostasin)、白細胞介素8(IL_8)、乳腺絲抑蛋白(Maspin)、骨橋蛋白、血清淀粉樣P組分(SAP)、血小板源生長因子BB (PDGF-BB)和B細胞激活因子(BAFF)。任選地，還評價了某些另外的生物標志物:鈣防衛(wèi)蛋白、血管性血友病因子(vWF)、α-1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、白細胞介素6(IL-6)、瘦素(I印tin)、甲狀腺素運載蛋白(TTR)、癌胚抗原(CEA)、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白I(IGFBP-1)和甲狀腺素結(jié)合球蛋白(TBG)。
[0021]在一些優(yōu)選實施方案中，所述評價通過選自以下的方法進行:邏輯斯蒂(logistic)回歸、查找表、決策樹、支持向量機、聚類分析、鄰域分析、遺傳算法、貝葉斯和非貝葉斯方法等。另外，所述樣品優(yōu)選地選自提取自患者的流體和組織，包括血液、血清、血漿、淋巴、腦脊液、腹水、尿和組織活檢。 [0022]在另一些優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明的方法還包括提供卵巢癌預測的書面報告或電子報告的步驟，并且任選地，所述報告包括關(guān)于對象中卵巢癌存在與否或其可能性或者對象卵巢癌的等級化風險(任選地通過癌癥分期)的預測。
[0023]另一些優(yōu)選實施方案提供了這樣的方法，其中a)當所述方法的靈敏度高于約95%時，其靈敏度和特異性總和大于約150%;或b)當所述方法的特異性高于約95%時，其靈敏度和特異性總和大于約170% ;以及c)通過分析包含至少約50個癌癥樣品和150個良性樣品的樣品集合來支持靈敏度和特異性的前述總和。
[0024]提供試劑集合、測試試劑盒以及多分析物(multianalyte)和ELISA組和試劑盒來完成前述方法。
[0025]用于本發(fā)明方法的另一些生物標志物包括以下物質(zhì)，其可確定為以上所附權(quán)利要求I至4所述方法中一種或更多種另外的標志物:前列腺酸性磷酸酶(PAP)、表皮生長因子受體(EGFR)、組織蛋白酶D、YKL-40、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、血管內(nèi)皮生長因子D (VEGF-D)、金屬蛋白酶組織抑制劑I (--ΜΡ-1)、間皮素(MSLN)、分揀蛋白、細胞纖連蛋白(cFib)、護骨蛋白(OPG)、EN-RAGE, CD40抗原(CD40)、凝集素樣氧化LDL受體I (L0X-1)、神經(jīng)租蛋白1、胎球蛋白A、抵抗素、基質(zhì)金屬蛋白酶2(MMP-2)、過氧化物氧還蛋白4 (Prx-1V)、磷酸絲氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶(PSAT)、α-l-微球蛋白(AlMiciO)、肝素結(jié)合EGF樣生長因子(HB-EGF)、肝細胞生長因子(HGF)、三葉因子3(TFF3)、補體因子H、叢生蛋白(CLU)、醛糖還原酶、巨噬細胞遷移抑制因子(MIF)、雙調(diào)蛋白(AR)、巨噬細胞炎癥蛋白Ια (MIP_1 a )、FASLG受體(FAS)、血管內(nèi)皮生長因子受體I (VEGFR-1)、基質(zhì)金屬蛋白酶I (MMP-1)、單核細胞趨化蛋白2 (MCP-2)和血管內(nèi)皮生長因子B (VEGF-B)。
[0026]在本發(fā)明的又一些實施方案中，確定并評價了以下生物標志物中的任三種或更多種:HE4、CA-125、IL-2 受體 a、AAT、CRP、YKL-40、纖連蛋白和 CA-72-4?
[0027]在本發(fā)明的另一些實施方案中，確定并評價了以下生物標志物(任選地包括HE4)的水平，在一些情況下確定年齡:CA-125、CA72-4、VEGF-B、乳腺絲抑蛋白、VEGF-D和YKL-40 ;CA-125、CA72-4、VEGF-B、乳腺絲抑蛋白、VEGF-D、YKL-40、0SP、年齡和 CRP ;CA_125、CA72-4、VEGF-B、乳腺絲抑蛋白和 OSP ;CA_125、CA72-4、VEGF-B、乳腺絲抑蛋白、YKL-40 和年齡；CA-125、乳腺絲抑蛋白和年齡；CA-125、CA72-4、VEGF-B、乳腺絲抑蛋白、OSP和年齡；CA-125、VEGF-B 和年齡。
[0028]在本發(fā)明的又一些實施方案中，確定并評價了以下生物標志物(任選地包括HE4)的水平:HE4、癌抗原 125(CA-125)、癌抗原 72-4 (CA-72-4)、癌抗原 15-3 (CA-15-3)、年齡、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、白細胞介素-2受體a (IL_2受體α)；ΗΕ4、癌抗原125 (CA-125)和YKL-40任選地還包括年齡；HE4、癌抗原72_4 (CA-72-4)、癌抗原15-3(CA-15-3)、年齡、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)和白細胞介素_2受體a (IL-2 受體 a) ;CA-125、CA-72_4、絲氨酸蛋白酶 8 (prostasin)、CA_15_3、年齡、IL-2 受體a、IL-8，任選地還包括 ΗΕ4 ;以及 CA-125、CA-72-4、絲氨酸蛋白酶 8(prostasin)、CA-15-3、年齡、IL-2受體α、IL-8、FRTN.VEGF、骨橋蛋白、乳腺絲抑蛋白和觸珠蛋白，任選地還包括年齡。
[0029]更具體地，預測性測試以及相關(guān)方法和產(chǎn)品還提供了關(guān)于卵巢癌進展分期(即:1期、II期、III期和IV期以及無法容易地分類為III期或IV期的反映出相對晚期腫瘤的晚期)的有用臨床信息。總之，本發(fā)明還涉及生物流體(優(yōu)選血清和血漿)中某些標志物組的相對表達水平與對象卵巢癌狀態(tài)之間新發(fā)現(xiàn)的相關(guān)性。
[0030]在一個實施方案中，本發(fā)明提供了試劑集合以測量取自于患者的流體樣品(例如血液、血清、血漿、淋巴、腦脊液、腹水或尿)中生物標志物組或集合的表達水平。在另一個實施方案中，所述試劑是包含評價這些生物標志物組表達水平的試劑的多分析物組測定。
[0031]在本發(fā)明的一些實施方案中，對象的樣品由組織樣品(例如組織活檢)或由原代細胞培養(yǎng)物或培養(yǎng)流體制備。在另一個實施方案中，生物標志物的表達在多肽水平上確定。相關(guān)的實施方案將免疫測定、酶聯(lián)免疫吸附測定和多重免疫測定用于該目的。
[0032]優(yōu)選的生物標志物組選自以下分子及其可測量片段的集合:(a)肌紅蛋白、CRP (C反應蛋白)、FGF堿性蛋白和CA19-9 ； (b)丙型肝炎NS4、核糖體P抗體和CRP ； (c)CA19_9、TGFa、EN-RAGE、EGF和 HSP90a 抗體、(d)EN_RAGE、EGF、CA125、纖維蛋白原、載脂蛋白 CII1、EGF、霍亂毒素和CA19-9 ； (e)蛋白酶3(cANCA)抗體、纖維蛋白原、CA125、EGF、CD40、TSH、瘦素、CA 19-9和淋巴細胞趨化 因子；(f)CA125、EGFR、CRP、IL-18、載脂蛋白CII1、肌腱蛋白C和載脂蛋白Al ;(g)CA125、β 2微球蛋白、CRP、鐵蛋白、--ΜΡ-1、肌酸激酶MB和IL-8 ；(h) CA125、EGFR、IL-10、觸珠蛋白、CRP、胰島素、--ΜΡ-1、鐵蛋白、a 2巨球蛋白、瘦素、IL-8、CTGF、EN-RAGE、淋巴細胞趨化因子、TNF-a、IGF_1、TNF RH、血管性血友病因子和MDC ; (i)CA-125、CRP、EGF-R、CA-19-9, Apo-Al、Apo-CII1、IL-6、IL-18、ΜΙΡ-la、肌腱蛋白 C 和肌紅蛋白；(j)CA-125、CRP、EGF-R、CA-19-9, Apo-AU Apo-CIII, IL-6, ΜΙΡ-la、肌腱蛋白 C 和肌紅蛋白；和(k)表1I和表1II中所示生物標志物組中的任意種。
[0033]在另一個實施方案中，測量這些生物標志物的試劑可測量在生化過程上游或下游發(fā)現(xiàn)的其他分子物質(zhì)，或者測量這些生物標志物和分子物質(zhì)的片段。在一些情況下，相同試劑可準確地測量生物標志物及其片段。
[0034]本發(fā)明的另一個實施方案涉及測量生物標志物及相關(guān)分子和片段的結(jié)合分子(或結(jié)合試劑)?？紤]的結(jié)合分子包括抗體(單克隆抗體和多克隆抗體)、適配體等。
[0035]另一些實施方案包括這樣的結(jié)合試劑，其以測試試劑盒形式提供，任選地與進行生物標志物評價以預測對象中卵巢癌可能性的書面說明一起。
[0036]在其另一些實施方案中，本發(fā)明提供了基于檢測或測量來自對象的試樣或生物樣品中前述生物標志物的水平來預測對象中卵巢癌可能性的方法。如本說明書所述，與未患卵巢癌的對照組患者相比，這些生物標志物表達水平(特別是其相對表達水平)的改變是患者中卵巢癌的預示。[0037]在其另一些方面中，預測的卵巢癌類型是漿液性腫瘤、子宮內(nèi)膜樣腫瘤、粘液性腫瘤和透明細胞腫瘤。并且，預測卵巢癌包括預測疾病的具體分期，例如I期(IA、IB或IC)、II期、III期和IV期腫瘤。
[0038]在又一些實施方案中，本發(fā)明涉及為醫(yī)師建立生物標志物相對水平的報告和通過郵寄、傳真、郵箱等傳輸這樣的報告。在一個實施方案中，通過互聯(lián)網(wǎng)傳輸包含生物標志物評價的報告的數(shù)據(jù)流。在另一個實施方案中，所述報告包括關(guān)于對象中卵巢癌存在與否或?qū)ο舐殉舶┑牡燃壔L險(任選地通過癌癥的亞型或分期)的預測。
[0039]根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，出于診斷目的將生物標志物表達水平的前述評價與其他診斷程序進行組合，所述其他診斷程序例如胃腸道評價、胸部X射線、HE4測試、CA-125測試、全血計數(shù)、超聲或腹部/盆腔計算機化斷層成像、血液化學特征譜分析(bloodchemistry profile)和肝功能測試。
[0040]本發(fā)明的又一些實施方案涉及評價提取自具有卵巢癌癥狀或具有卵巢癌高風險的對象的樣品。另一些實施方案涉及無卵巢癌癥狀的對象。具有癥狀的對象具有以下現(xiàn)象的一種或更多種:盆腔腫塊、腹水、腹部膨脹、一般性腹部不適和/或疼痛(氣體、消化不良、壓力、腫脹、胃氣脹、腹部絞痛)、惡心、腹瀉、便秘或尿頻、食欲不振、甚至少食后的飽腹感、原因不明的體重增加或減輕和陰道異常出 血?？蓪⑸飿酥疚锏乃脚c這些癥狀的發(fā)現(xiàn)進行組合用于診斷卵巢癌。
[0041]本發(fā)明的一些實施方案對于確定卵巢癌存在是高度準確的。“高度準確的”意指靈敏度和特異性各自準確度為至少約85%或更高，更優(yōu)選至少約90%或92%以及最優(yōu)選至少約95%或97%。本發(fā)明的一些實施方案還包括這樣的方法，其靈敏度為至少約85%、90%或95%并且特異性為至少約55%、65%、75%、85%或90%或更高。另一些實施方案包括這樣的方法，其特異性為至少約85%、90%或95%并且靈敏度為至少約55%、65%、75%、85%或90%或更高。
[0042]與具有卵巢癌癥狀但是未患卵巢癌的對照組患者相比，本發(fā)明的一些實施方案確定了針對具有卵巢癌癥狀并且患有卵巢癌的對象群體的相關(guān)靈敏度和特異性。在另一個實施方案中，與卵巢癌風險增加但是未患卵巢癌的對照組患者相比，確定了針對卵巢癌風險增加并且患有卵巢癌的對象群體靈敏度和特異性。并且在另一個實施方案中，與無卵巢癌癥狀但是未患卵巢癌的對照組患者相比，確定了針對無卵巢癌癥狀并且患有卵巢癌的對象群體的靈敏度和特異性。
[0043]在另一些方面中，通過采用統(tǒng)計方法評價了生物標志物的水平，例如知識發(fā)現(xiàn)引擎(kde?)、回歸分析、判別分析、分類樹分析、隨機森林、ProteoiTicQiicst ?、支持向量機、One R、kNN和啟發(fā)式樸素貝葉斯分析(heuristic naive Bayes analysis)、神經(jīng)網(wǎng)絡及其變體。
[0044]在另一個實施方案中，提供了基于生物標志物表達水平的預測或診斷模型。所述模型可以是軟件代碼、計算機可讀格式的形式或書面說明的形式，用于評價生物標志物的相對表達。
[0045]在更廣泛的診斷背景下，患者的醫(yī)師可利用生物標志物評價的報告，來對給定患者患卵巢癌的風險進行相對更全面的評估。在進行這種評估時，醫(yī)師將考慮患者的臨床表現(xiàn)，包括癥狀例如可疑的盆腔腫塊和/或腹水、腹部膨脹和在沒有另一種明顯的惡性腫瘤來源的情況下的其他癥狀。有癥狀患者的一般實驗室檢查目前包括GI評價(如果臨床有指示的話)、胸部X射線、CA-125測試、CBC、超聲或腹部/盆腔CT(如果臨床有指示的話)、化學特征譜分析以及LFT，并且可包括連同遺傳標志物測試(例如BRCA-1和BRCA-2) —起的家族史評價。(一般地參見 NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology? forOvarian Cancer, V.1.2007.)
[0046]本發(fā)明提供了新的且重要的額外信息來源，其協(xié)助醫(yī)師對患者患卵巢癌的風險進行分級并計劃接下來待采取的診斷步驟。本發(fā)明類似地還可用于評估無癥狀高風險患者中的卵巢癌風險，以及對于一般群體用作篩查工具。考慮本發(fā)明的方法可被臨床醫(yī)師用作其它預測性和診斷性指示劑的全面評估的一部分。
[0047]本發(fā)明還提供了評估現(xiàn)有化學治療劑和候選化學治療劑以及其他類型癌癥治療的治療效力的方法。如本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解的，在治療之前的患者中取得和在治療后再次取得或任選地在治療期間的進展階段中取得的試樣中，如上所述確定了生物標志物組的相對表達水平或生物標志物特征譜。相對于非癌癥表達水平特征譜(或相對于更接近于非癌癥的表達特征譜)或相對于穩(wěn)定無變化的相對生物標志物表達水平特征譜，這些生物標志物相對表達的改變被解釋為治療有效。本領(lǐng)域技術(shù)人員將容易地理解，這種表達水平特征譜可對于癌癥或癌前病癥、惡性腫瘤前病癥具有診斷意義或者可簡單地得到這樣的診斷特征譜，原因是生物標志物的相對比較之以往更像與癌癥相關(guān)特征譜。
[0048]在另一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種用于確定患者是否潛在地正在發(fā)生癌癥的方法。在隨時間取自患者的試樣中確定生物標志物表達的相對水平，從而將指向癌癥特征譜的生物標志物表達特征譜改變解釋為朝發(fā)生癌癥進展。
[0049]患者分析一完成就可將樣品的生物標志物表達水平以電子形式儲存并在將來取回以進行這種比較。
[0050]本發(fā)明還提供了為卵巢癌提供高度準確測試的方法、軟件產(chǎn)品、計算機系統(tǒng)和網(wǎng)絡以及相關(guān)儀器。
[0051]本說明書所述標志物的組合提供了用于在卵巢癌進展不同分期中預測卵巢癌存在或檢測卵巢癌的敏感、特異且準確的方法。所述樣品的評價也可與患者的惡性腫瘤前或臨床前病癥的存在具有相關(guān)性。因此，考慮所公開方法可用于預測或檢測樣品中卵巢癌的存在，提取自患者的樣品中卵巢癌的不存在，卵巢癌的階段，卵巢癌的等級，卵巢癌的良性或惡性，卵巢癌的轉(zhuǎn)移可能性，與卵巢癌有關(guān)的贅生物的組織學類型，癌癥的無痛性或攻擊性，以及與預防、診斷、表征和治療患者卵巢癌有關(guān)的卵巢癌的其他特征。
[0052]還考慮所公開方法還可用于評估一種或更多種測試劑抑制卵巢癌的效力，評估卵巢癌療法的效力，監(jiān)測卵巢癌的進展，選擇抑制卵巢癌的藥劑或療法，監(jiān)測受卵巢癌折磨的患者的治療，監(jiān)測患者中卵巢癌的抑制，以及通過評價暴露后測試動物的生物標志物來評估測試化合物的致癌潛力。
【專利附圖】

【附圖說明】
[0053]圖1是示出研究對象的人口統(tǒng)計學資料的表格。
[0054]圖2是示出在研究中測定的生物標志物的表格。
[0055]圖3是示出前20種標志物之受試者工作特征(ROC)曲線分析的曲線下面積(AUC)值的表格。
[0056]圖4是列出曲線下面積(AUC)值在統(tǒng)計學上大于0.5而鑒定的信息性生物標志物的列表。
[0057]圖5是示出對于曲線下面積值大于0.800的9種最有信息性之生物標志物的受試者工作特征曲線的一組圖。
[0058]圖6是示出對于曲線下面積值大于0.800的9種最有信息性之生物標志物，按照國際婦產(chǎn)科聯(lián)合會(FIGO)卵巢癌分期的血清水平分布的一組圖。
[0059]圖7是示出對于曲線下面積值大于0.800的9種最有信息性之生物標志物，按照卵巢癌分期亞型的血清水平分布的一組圖。
[0060]圖8是曲線下面積值大于0.600的生物標志物的相關(guān)性矩陣。
[0061]圖9是列出聚類A至D中標志物身份的表格。
[0062]圖10是示出聚類A中標志物的相關(guān)性數(shù)據(jù)的表格。
[0063]圖11是示出聚類B中標志物的相關(guān)性數(shù)據(jù)的表格。
[0064]圖12是示出聚類C中標志物的相關(guān)性數(shù)據(jù)的表格。
[0065]圖13是示出聚類D中標志物的相關(guān)性數(shù)據(jù)的表格。
[0066]圖14是示出使用九種最有信息性之標志物和OVAl生物標志物的邏輯斯蒂回歸模型的重要特異性閾值時靈敏度的表格。
[0067]圖15是示出使用九種最有信息性之標志物和OVAl生物標志物的邏輯斯蒂回歸模型的重要靈敏度閾值時特異性的表格。
[0068]圖16是示出按絕經(jīng)狀態(tài)分類的前20種標志物之受試者工作特征(ROC)曲線分析的曲線下面積(AUC)值的表格。
[0069]定義
[0070]除非另有定義，否則本文使用的所有技術(shù)和科學術(shù)語與本發(fā)明所屬領(lǐng)域技術(shù)人員普遍理解的意思相同。以下參考文獻為本領(lǐng)域技術(shù)人員提供了用于本發(fā)明的多個術(shù)語的一般定義:Singleton 等，Dictionary of Microbiology and Molecular Biology (第 2版.1994) ；The Cambridge Dictionary of Science and Technology (Walker 編，1988)；The Glossary of Genetics,第 5 版.，R.Rieger 等(編)，Springer Verlag (1991)和 Hale
&Marham,The Harper Collins Dictionary of Biology (1991)。除非另有說明，否則以下術(shù)語具有屬于它們的意思。
[0071]“生物標志物組”指本文所述生物標志物組中的一種。優(yōu)選的生物標志物組包含CA-125和HE4以及選自下列的一種或更多種生物標志物:白細胞介素_2受體a (IL-2受體α)、α-1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL_40、細胞纖連蛋白(cFib)、癌抗原72-4、絲氨酸蛋白酶8 (prostasin)、金屬蛋白酶組織抑制劑I (TIMP-1)、IL-8、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2 (IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (L0X-1)、神經(jīng)氈蛋白1、TNFR2和MPIF-1。
[0072]“洗脫液”或“洗滌液”指用于影響或改變分析物對親和試劑之吸附性和/或從試劑中移除未結(jié)合物質(zhì)的試劑，通常是溶液。洗脫液的洗脫特征可取決于例如pH、離子強度、疏水性、離液(chaotropism)程度、洗滌劑強度和溫度。
[0073]“分析物”指樣品中期望檢測的任意組分。該術(shù)語可指樣品中的單個組分或多個組分。
[0074]“分子結(jié)合伴侶”和“特異性結(jié)合伴侶”指表現(xiàn)出特異性結(jié)合的分子對，通常是生物分子對。分子結(jié)合伴侶包括但不限于，受體與配體、抗體與抗原、生物素與親和素以及生物素與鏈霉親和素。
[0075]“監(jiān)測”指記錄連續(xù)變化參數(shù)的改變。
[0076]本發(fā)明上下文中的“標志物”指與取自對照對象(例如具有陰性診斷或不可檢出癌癥的個體、正常或健康對象)的對應樣品相比，在取自患有人癌癥之患者的樣品中差異存在的多肽(具有特別的表觀分子量)。術(shù)語“生物標志物”與術(shù)語“標志物”可互換使用。
[0077]術(shù)語“測量”意指這樣的方法，其包括檢測樣品中標志物存在與否、對樣品中標志物的量進行定量和/或?qū)ι飿酥疚锏念愋瓦M行定性。測量可通過本領(lǐng)域已知方法和本文進一步描述的那些方法(包括但不限于SELDI和免疫測定)來完成。任何合適的方法可用于檢測和測量本文所述標志物的一種或更多種。這些方法包括但不限于質(zhì)譜分析(例如，激光解吸/離子化質(zhì)譜分析)、熒光(例如，夾心法免疫測定)、表面等離子體共振、橢圓光度法和原子力顯微鏡。
[0078]短語“差異存在”指與對照對象相比取自患人癌癥之患者的樣品中存在的標志物的量和/或頻率有差異。而且，標志物可以是多肽，與對照對象的樣品相比其在人癌癥患者的樣品中檢測為較高頻率或較低頻率。標志物可以在量、頻率或兩者上差異存在。
[0079]如果一個樣品中多肽的量與另一個樣品中多肽的量具有統(tǒng)計學顯著差異，則多肽在兩個樣品之間差異存在。例如，如果多肽存在與多肽在另一種樣品中存在相比多出至少約120%、至少約130%、至少約150%、至少約180%、至少約200%、至少約300%、至少約500%、至少約700%、至少約900%或至少約1000%，或者如果在一個樣品中可檢測并且在另一個中檢測不到，則多肽在兩個樣品之間差異存在。
[0080]作為替代地或另外，如果卵巢癌患者樣品中檢測到多肽的頻率統(tǒng)計學上顯著地高于或低于對照樣品，則多肽在兩個樣品集合之間差異存在。例如，如果在一個樣品集合中觀察到的頻率與另一個樣品集合相比高或低至少約120%、至少約130%、至少約150%、至少約180 %、至少約200 %、至少約300 %、至少約500 %、至少約700 %、至少約900 %或至少約1000%，則多肽在兩個樣品集合之間差異存在。
[0081]“診斷”意指鑒定病癥(即，卵巢癌)的存在或性質(zhì)。診斷方法在其靈敏度和特異性上有不同。診斷測定的“靈敏度”是測試為陽性的患病個體的百分比(“真陽性”的百分比)。測定沒有檢測到的患病個體是“假陰性”。未患病并且在測定中測試為陰性的對象稱為“真陰性”。診斷測定的“特異性”是I減去假陽性率，其中“假陽性”率定義為測試為陽性的沒有患病的那些的比例。當一種具體的診斷方法沒有提供病癥的決定性診斷時，如果所述方法提供了有助于診斷的陽性指示則它也是合格的。
[0082]標志物的“測試量”指測試樣品中存在的標志物的量。測試量可以是絕對量(例如，μ g/ml)或相對量(例如，信號的相對強度)。
[0083]標志物的“診斷量”指與卵巢癌診斷相一致的對象樣品中標志物的量。診斷量可以是絕對量(例如，μ g/ml)或相對量(例如，信號的相對強度)。
[0084]標志物的“對照量”可以是與標志物測試量相比的任意量或量范圍。例如，標志物的對照量可以是未患卵巢癌的個體中標志物的量。對照量可以是絕對量(例如，μ g/ml)或相對量(例如，信號的相對強度)。
[0085]“抗體”指基本上由一個免疫球蛋白基因或多個免疫球蛋白基因或其片段編碼的多肽配體，其特異性結(jié)合并識別表位(例如，抗原)。已知的免疫球蛋白基因包括K和λ輕鏈恒定區(qū)基因，α、Y、δ、ε和μ重鏈恒定區(qū)基因，以及多種免疫球蛋白可變區(qū)基因?？贵w例如作為完整免疫球蛋白或作為通過多種肽酶消化所產(chǎn)生的已被很好表征的多個片段存在。這包括，例如Fab’和F(ab)’2片段。本文使用的術(shù)語“抗體”還包括通過使用重組DNA方法修飾整個抗體或從頭合成的那些抗體所產(chǎn)生的抗體片段。它還包括多克隆抗體、單克隆抗體、嵌合抗體、人源化抗體或單鏈抗體。抗體的“Fe”部分指包含一個或更多個重鏈恒定區(qū)結(jié)構(gòu)域(CHp CH2和CH3)但不包含重鏈可變區(qū)的免疫球蛋白重鏈部分。
[0086]本文使用的術(shù)語“樣品”意指可與患者特異性相關(guān)并且由其可確定、計算或推測關(guān)于患者的具體信息的材料。樣品可以由來自患者的生物材料的全部或一部分構(gòu)成。樣品也可以是以允許在提供關(guān)于患者之信息的樣品上進行測試的方式接觸患者的材料。樣品還可以是接觸不是患者材料的另一種材料但是允許之后測試第一材料以確定關(guān)于患者之信息的材料。樣品可接觸除患者之外的生物材料來源，前提是無論如何本領(lǐng)域技術(shù)人員都可由樣品確定關(guān)于患者的信息。還應理解，不是樣品的外來材料或信息可用于最終使患者與樣品相關(guān)聯(lián)。對于一個非限制性實例，雙盲測試需要圖表或數(shù)據(jù)庫以使樣品與患者匹配。
[0087]本文使用的術(shù)語“體液”意指得自于患者并且稠度基本上是流體的材料，但是可以具有與其相關(guān)的固體或顆粒物質(zhì)。體液還可包含不是來自患者的材料或部分。例如，體液可用水稀釋，或可包含防腐劑，例如EDTA。體液的非限制性實例血液、血清、漿膜液、血漿、淋巴、尿、腦脊液、唾液、分泌組織和器官的粘膜分泌物、陰道分泌物、乳汁、眼淚和腹水(例如與非實體瘤相關(guān)的那些)。另外的實例包括胸膜、心包、腹膜、腹部和其他體腔等的流體。生物流體可還包括與對象或生物來源(例如，細胞和器官培養(yǎng)基，包括細胞或器官條件培養(yǎng)基)相接觸的液體溶液、灌洗液(lavage fluid)等。
[0088]“安排對象治療”指臨床醫(yī)師或醫(yī)師在確定卵巢癌狀態(tài)后的行為。例如，如果本發(fā)明方法的結(jié)果不確定或者有必須確定狀態(tài)的原因，則醫(yī)師可進行更多的測試?；蛘撸绻麪顟B(tài)表明外科手術(shù)是適當?shù)?，則醫(yī)師可安排患者進行外科手術(shù)。同樣地，如果狀態(tài)是負面的(例如晚期卵巢癌)或如果狀態(tài)是急性的，則可批準沒有進一步的行動。此外，如果結(jié)果示出治療是成功的，則不需要進一步的安排。
[0089]術(shù)語“分期”或“癌癥分期”旨在意指基于患者中癌的大小、侵襲性、進展、轉(zhuǎn)移等的卵巢癌的分類。卵巢癌的分期是明確定義的。I期指其中癌仍局限在卵巢(或兩個卵巢)中的卵巢癌。具體地，IA期癌癥在一個卵巢中形成，并且腫瘤限制在卵巢內(nèi)側(cè)。在卵巢外表面上沒有癌。實驗室檢查來自腹部和盆腔的洗滌液沒有發(fā)現(xiàn)任何癌細胞。IB期癌癥已在兩個卵巢中形成而在其外表面上沒有任何腫瘤。實驗室檢查來自腹部和盆腔的洗滌液沒有發(fā)現(xiàn)任何癌細胞。IC期癌癥存在于一個或兩個卵巢中，并且存在以下現(xiàn)象之一或更多個:至少一個卵巢外表面上存在癌；在囊性腫瘤(充滿流體的腫瘤)的情況下，囊(腫瘤的外壁)已破裂(爆炸)；或?qū)嶒炇覚z查在來自腹部的流體或洗滌液中發(fā)現(xiàn)癌細胞。
[0090]II期癌癥在一個或兩個卵巢中并且涉及了盆腔中的其他器官(例如子宮、輸卵管、膀胱、乙狀結(jié)腸或直腸)。具體地，IIA期癌癥已擴散至或?qū)嶋H上已入侵子宮或輸卵管或兩者。實驗室檢查來自腹部的流體沒有發(fā)現(xiàn)任何癌細胞。IIB期癌癥已擴散至其他附近的盆腔器官，例如膀胱、乙狀結(jié)腸或直腸。實驗檢查來自腹部的流體沒有發(fā)現(xiàn)任何癌細胞。IIC期癌癥已擴散至如IIA和IIB期的盆腔器官，并且實驗室檢查來自腹部的洗滌液發(fā)現(xiàn)了癌細胞的證據(jù)。[0091]III期癌癥涉及I個或兩個卵巢，并且存在以下現(xiàn)象的一種或兩種:⑴癌癥已擴散到盆腔之外到達腹部襯里；(2)癌癥已擴散至淋巴結(jié)。如果在分期手術(shù)中，外科醫(yī)師可看見涉及一個卵巢或兩個卵巢的癌癥，但是在腹部沒有明顯看到癌(可在不使用顯微鏡的情況下看見)并且癌癥沒有擴散至淋巴結(jié)，則癌癥是IIIA期。然而，當在顯微鏡下進行活檢檢查時，在上腹部的襯里中發(fā)現(xiàn)了癌癥的微小沉積。IIIB期癌癥在一個或兩個卵巢中，并且在腹部存在癌癥的沉積物，其大到足以被外科醫(yī)師看見，但是橫向小于2cm(約3/4英寸)。癌癥未擴散至淋巴結(jié)。對于IIIC期的癌癥，癌癥在一個或兩個卵巢中，并且存在以下現(xiàn)象的一個或兩個:癌癥已擴散至淋巴結(jié)和/或在腹部看見橫向大于2cm (約3/4英寸)的癌癥沉積物。
[0092]IV期癌癥是卵巢癌的最晚期。癌癥在一個或兩個卵巢中。已發(fā)生了遠距離轉(zhuǎn)移(癌癥擴散至肝臟、肺、或位于腹膜腔外的其他器官內(nèi))。在胸膜液(來自肺周圍的腔)中發(fā)現(xiàn)卵巢癌細胞也是IV期疾病的證據(jù)。
[0093]本文使用的術(shù)語“復發(fā)性卵巢癌”旨在意指在治療完成后疾病恢復原狀(復發(fā))。
[0094]生物標志物
[0095]“CA-125’’意指與NCBI登錄號NP_078966.2或AAL65133具有至少85%序列同一性的多肽生物標志物或其片段。CA-125的示例性序列是:
[0096]I mlkpsglpgs ssptrslmtg srstkatpem dsgltgatls pktstgaivv tehtlpftsp
[0097]61 dktlasptss vvgrttqslg vmssalpest srgmthseqr tspslspqvn gtpsrnypat
[0098]121 smvsglsspr trtsstegnf tkeastytlt vettsgpvte kytvptetst tegdstetpw
[0099]181 dtryipvkit spmktfadst askenapvsm tpaettvtds htpgrtnpsf gtlyssfIdl
[0100]241 spkgtpnsrg etslelilst tgypfsspep gsaghsrist saplsssasv ldnkisetsi
[0101]301 fsgqsltspl spgvpearas tmpnsaipfs mtlsnaetsa ervrstissl gtpsistkqt
[0102]361 aetiltfhaf aetmdipsth iaktlasewl gspgtlggts tsaltttsps ttlvseetnt
[0103]421 hhstsgkete gtlntsmtpl etsapgeese mtatlvptlg fttldskirs psqvssshpt
[0104]481 relrttgsts grqssstaah gssdilratt sstskasswt sestaqqfse pqhtqwvets
[0105]541 psmkterppa stsvaapitt svpsvvsgft tlktsstkgi wleetsadtl igestagptt
[0106]601 hqfavptgis mtggsstrgs qgtthlltra tassetsadl tlatngvpvs vspavsktaa
[0107]661 gssppggtkp sytmvssvip etsslqssaf regtslgltp lntrhpfssp epdsaghtki
[0108]721 stsipllssa svledkvsat stfshhkats sittgtpeis tktkpssavl ssmtlsnaat
[0109]781 spervrnats plthpspsge etagsvltls tsaettdspn ihptgtltse ssespstlsl
[0110]841 psvsgvkttf ssstpsthlf tsgeeteets npsvsqpets vsrvrttlas tsvptpvfpt
[0111]901 mdtwptrsaq fssshlvsel ratsstsvtn stgsalpkis hltgtatmsq tnrdtfndsa
[0112]961 apqsttwpet sprfktglps atttvstsat slsatvmvsk ftspatssme atsirepstt
[0113]1021 ilttettngp gsmavastni pigkgyiteg rldtshlpig ttassetsmd ftmakesvsm
[0114]1081 svspsqsmda agsstpgrts qfvdtfsddv yhltsreiti prdgtssalt pqmtathpps
[0115]1141 pdpgsarstw lgilssspss ptpkvtmsst fstqrvttsm imdtvetsrw nmpnlpstts
【權(quán)利要求】
1.一種預測對象的卵巢癌狀態(tài)的方法，其包括步驟: 在得自于所述對象的生物流體樣品中測量CA-125和HE4的水平并且測量選自下列的一種或更多種生物標志物的水平:IL_2受體a (IL-2Ra )、a -1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL-40、細胞纖連蛋白(cFib)、絲氨酸蛋白酶8、金屬蛋白酶組織抑制劑I (TIMP-1), IL-8、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (LOX-1)、神經(jīng)氈蛋白 UTNFR2 和 MPIF-1 ;以及 使所述測量與卵巢癌狀態(tài)相關(guān)聯(lián)。
2.權(quán)利要求1的方法，其還包括測量癌抗原72-4(CA-72-4)的水平。
3.權(quán)利要求1的方法，其中所述卵巢癌狀態(tài)是存在卵巢癌。
4.權(quán)利要求1的方法,其還包括: 基于所述狀態(tài)安排對象治療。
5.權(quán)利要求4的方法，其中安排對象治療選自進行更多的測試、進行外科手術(shù)和不采取進一步的行動。
6.權(quán)利要求4的方法，其還包括: 在進行對象安排后在得自于所述對象的生物流體樣品中測量CA-125和HE4的水平并且測量選自下列的一種或更多種生物標志物的水平:白細胞介素-2受體a (IL-2受體a)> a-1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL-40、細胞纖連蛋白(cFib)、癌抗原72-4(CA-72-4)、絲氨酸蛋白酶8、金屬蛋白酶組織抑制劑Ι(--ΜΡ-Ι)、IL-8、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2 (IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (L0X-1)、神經(jīng)氈蛋白1、TNFR2和MPIF-1 ； 使所述測量與卵巢癌狀態(tài)相關(guān)聯(lián)；以及 確定對象安排是否導致卵巢癌狀態(tài)改變。
7.權(quán)利要求1的方法，其中測量選自:檢測所述生物標志物的存在與否、對生物標志物的量進行定量和對生物標志物的類型進行定性。
8.權(quán)利要求1至7中任一項的方法，其中所述生物標志物通過免疫測定進行測量。
9.權(quán)利要求1至7中任一項的方法，其中所述關(guān)聯(lián)通過軟件分類算法進行。
10.權(quán)利要求1至7中任一項的方法，其中所述樣品選自血液、血清和血漿。
11.試劑盒，其包含: a)一組親和試劑，所述親和試劑各自與CA-125和HE4以及選自下列的一種或更多種生物標志物選擇性結(jié)合:白細胞介素-2受體a (IL-2受體α )、α -1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL-40、細胞纖連蛋白(cFib)、癌抗原72-4(CA-72-4)、絲氨酸蛋白酶8、金屬蛋白酶組織抑制劑10?ΜΡ-1)、IL-8、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (L0X-1)、神經(jīng)氈蛋白1、TNFR2和MPIF-1 ;以及 b)一組容器，所述容器各自包含CA-125和HE4以及選自下列的一種或更多種生物標志物:白細胞介素-2受體a (IL-2受體α )、α -1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL-40、細胞纖連蛋白(cFib)、癌抗原72-4(CA-72-4)、絲氨酸蛋白酶8、金屬蛋白酶組織抑制劑Ι(--ΜΡ-Ι)、IL-8、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (LOX-1)、神經(jīng)氈蛋白 1、TNFR2 和 MPIF-1。
12.權(quán)利要求11的試劑盒，其中所述親和試劑是抗體。
13.權(quán)利要求11的試劑盒，其還包含使用所述親和試劑來測量來自對象的樣品中所述生物標志物水平的書面說明。
14.權(quán)利要求11的試劑盒，其還包含使用所述試劑盒來確定對象卵巢癌狀態(tài)的書面說明。
15.一組純化肽，其包含CA-125和HE4以及選自下列的一種或更多種生物標志物:白細胞介素-2受體a (IL-2受體α )、α -1-抗胰蛋白酶(AAT)、C反應蛋白(CRP)、YKL-40、細胞纖連蛋白(cFib)、癌抗原72-4 (CA-72-4)、絲氨酸蛋白酶8、金屬蛋白酶組織抑制劑I (TIMP-1), IL-8、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子B(VEGF-B)、鈣防衛(wèi)蛋白、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(IGFBP-2)、凝集素樣氧化LDL受體I (L0X-1)、神經(jīng)氈蛋白 UTNFR2 和 MPIF-1。
16.權(quán)利要求15的肽，其中所述肽的一種或更多種包含可檢測標記。
【文檔編號】G01N33/532GK103582815SQ201280010293
【公開日】2014年2月12日 申請日期:2012年2月14日 優(yōu)先權(quán)日:2011年2月24日
【發(fā)明者】格雷格·P·貝爾滕肖, 平·F·葉, 帕塔·塞莎亞 申請人:佛米利昂公司