專利名稱：用于治療銀屑病的生物標(biāo)志物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本文提供了在銀屑病的治療之前和治療期間對從皮膚活組織檢查獲得的樣品中特異性生物標(biāo)志物的監(jiān)測。本文還提供了在治療之前和治療期間一種或多種特異性基因或蛋白質(zhì)的表達的監(jiān)測。
2.
背景技術(shù)：
銀屑病是一種以角質(zhì)形成細胞和內(nèi)皮細胞的表皮過度增殖以及炎癥細胞堆積(例如激活的T細胞)為特征的慢性自身免疫炎性皮膚病。GriffithsCE，J. Eur. Acad. Dermatol.Venereol. 2003, 17 Suppl 2:1-5; Creamer JD等人，Clin. Exp. Dermatol. 1995，20 (I) : 6-9。此外，最近有證據(jù)表明在銀屑病的發(fā)病機制中涉及自然殺傷細胞(NK)和NK T細胞，因為這些細胞產(chǎn)生干擾素-Y (IFN-Y)，而干擾素-Y已經(jīng)顯示出在銀屑病角質(zhì)形成細胞增殖中起作用。Bos JD 等人，Br. J. Dermatol. 2005，152(6) : 1098-107。臨床上，銀屑病的主要癥狀是皮膚上有灰色或者銀色鱗片狀紅斑，并且該紅斑下面發(fā)炎。對于已提出的致病途徑而言重要是細胞因子、趨化因子，以及由激活的角質(zhì)形成細胞、樹狀細胞、嗜中性粒細胞和NK T細胞產(chǎn)生的其他炎癥介質(zhì)，認為它們誘導(dǎo)角質(zhì)形成細胞增殖和淋巴細胞遷移。Creamer JD 等人，Clin. Exp. Dermatol. 1995, 20 (I) : 6-9; BosJD 等人，Br. J. Dermatol. 2005，152 (6) : 1098-107 ; Bowcock 等人，Nat. Rev.1mmuno 1.2005,5(9): 699-71。在銀屑病皮膚損傷中促炎介質(zhì)升高，其包括腫瘤壞死因子-a (TNF-a )、白細胞介素_6 (IL_6)、IL_8、IL_12、IFN-y和可誘導(dǎo)的一氧化氮合酶(iNOS)。LaDuca JR 等人，Dermatol. Clin. 2001，19 (4) : 617-35; Duan H 等人，J. Dermatol.Sc1. 2001，26(2) :119-24 ；Gottlieb 等人，J.1mmunol. 2005，175(4) : 2721-9。此外，在銀屑病損傷中觀察到抗炎細胞因子IL-10的表達水平低。Asadullah K等人,Curr. Drug TargetsInflamm. Allergy. 2004,3(2):185-92。由于除了 IL-10減少外，報道了銀屑病的發(fā)病機理還涉及至少TNF-a、IFN-Y、IL-6、IL-8和IL-12的上調(diào)，因此認為TOE4抑制劑在銀屑病的治療中可以提供治療益處。對于可對特定治療的預(yù)后和效力提供精確評價的銀屑病的可靠生物標(biāo)志物的存在需要。
3.

發(fā)明內(nèi)容
本文提供了用于預(yù)測或監(jiān)測對銀屑病治療效力的生物標(biāo)志物。在一種實施方式中，本文提供了一種通過測量在治療之前或治療期間從患者獲得的細胞中的一種或多種特定生物標(biāo)志物來預(yù)測或監(jiān)測對銀屑病治療效力的方法。在一種實施方式中，細胞是由皮膚活組織檢查獲得的。在另一種實施方式中，生物標(biāo)志物包括，但不限于 CDllc、CD3、CD56、Langerin, ICAM-U HLA-DR 和 / 或 Foxp3。在一種實施方式中，治療是給藥本文在別處提供的TOE4調(diào)節(jié)劑。在另一種實施方式中，本文提供了特定mRNAs作為預(yù)測或確定銀屑病的治療效力和治療進展的生物標(biāo)志物的用途。在一種實施方式中，可以使用角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL-23 pl9、IL-17A、IL_22、DEFB4、IL-8, MX-U IL-10, IFN-y 和 / 或 CXCL9 的mRNA水平來預(yù)測治療是否有可能在治療銀屑病中獲得成功。進一步地，在治療開始后，可以使用這些基因的表達來監(jiān)測治療的效力/進展。在一種實施方式中，所述治療是給藥本文在別處提供的H)E4調(diào)節(jié)劑。在又一種實施方式中，提供了一種監(jiān)測患者對藥物治療方案的順應(yīng)性的方法。所述方法包括獲得來自患者的生物樣品，測量該樣品中至少一種本文提供的生物標(biāo)志物的表達水平，以及確定與對照未處理的樣品中表達水平相比，患者樣品中表達水平是否增加或降低，其中表達水平增加或降低指示患者對藥物治療方案的順應(yīng)性。在又一種實施方式中，提供了一種用于預(yù)測銀屑病的有效治療可能性的試劑盒。所述試劑盒包含固體載體、接觸所述載體的核酸，其中所述核酸與本文提供的mRNA生物標(biāo)志物的至少20、50、100、200、350個或更多個堿基互補，以及用于檢測生物樣品中mRNA表達的裝置。這樣的試劑盒可以利用例如浸量尺(dipstrik)、膜、芯片、盤、測試條、過濾器、微球、載玻片、多孔板或光學(xué)纖維。試劑盒的固體載體可以是例如塑料、硅、金屬、樹脂、玻璃、膜、微粒、沉淀物、凝膠、聚合物、片材、球、多糖、毛細管、薄膜、平皿或載玻片。生物樣品可以為例如細胞培養(yǎng)物、細胞系、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞器、體液、血樣、尿樣或皮膚樣品。生物樣品可以為例如皮膚活組織檢查。4.詳細說明本文提供內(nèi)容的部分地是基于發(fā)現(xiàn)了可以利用細胞樣品中的某些分子或mRNA的存在和水平作為生物標(biāo)志物以指示治療銀屑病的有效性或進展。尤其是，這些生物標(biāo)志物能夠用于預(yù)測、評價和追蹤患者治療的有效性或監(jiān)測患者對治療方案的順應(yīng)性。4.

圖1圖示出了在每日兩次(b.1. d.)給藥20mg的⑶-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基橫酸基)乙基)-1，3-二氧代異卩引哚啉-4-基)乙酸胺之后第4周和第12周，表皮細胞(⑶11+樹突細胞KD3+T細胞KD56+NK細胞；和朗氏細胞)的變化。圖2圖不出了在應(yīng)答者和非應(yīng)答者中，每日兩次(b.1.d.)給藥20mg的
(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)_1，3- 二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺之后第12周，表皮細胞(⑶11+樹突細胞KD3+T細胞KD56+NK細胞；和朗氏細胞)的變化。圖3圖示出了在每日兩次(b.1. d.)給藥20mg的⑶-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基橫酸基)乙基)-1，3-二氧代異卩引哚啉-4-基)乙酸胺之后第4周和第12周，真皮細胞(⑶11+樹突細胞KD3+T細胞KD56+NK細胞；和朗氏細胞)的變化。圖4圖不出了在應(yīng)答者和非應(yīng)答者中，每日兩次(b.1.d.)給藥20mg的
(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)_1，3- 二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺之后第12周，真皮細胞(⑶11+樹突細胞KD3+T細胞AD56+NK細胞；和朗氏細胞)的變化。圖5圖示出了在每日兩次(b.1. d.)給藥20mg的⑶-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)_2_(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代異卩引哚啉-4-基)乙酰胺之后第4周和第12周，與銀屑病的發(fā)病機制相關(guān)基因表達促炎癥反應(yīng)基因產(chǎn)物(IL-12/23 p40 ；iN0S ；IL~22 ；IL-8 ；DEFB4 ；MX1 ;角蛋白 16 ;IL_17A ；IL-23 pl9 ;IL_10 ；IFNy ；MIG ；TNFa ;和 IL-2)的變化。圖6圖不出了在應(yīng)答者和非應(yīng)答者中，在每日兩次(b.1.d.)給藥20mg的
(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)_1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺之后第12周，與銀屑病的發(fā)病機制相關(guān)基因表達促炎癥反應(yīng)基因產(chǎn)物(IL-12/23 p40 ；iN0S ；IL~22 ;IL_8 ；DEFB4 ；MX1 ;角蛋白 16 ;IL_17A ；IL-23 pl9 ;IL_10 ；IFNy ；MIG ；TNFa ;和 IL-2)的變化。圖7圖示出了在每日兩次(b.1. d.)給藥20mg的(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基橫酸基)乙基)-1，3-二氧代異卩引哚啉-4-基)乙酸胺之后第4周銀 屑病損傷皮膚的IFNy基因表達的變化，和在每日兩次(b.1. d.)給藥20mg相同化合物之后第12周的PASI得分。圖8圖示出了在每日兩次(b.1. d.)給藥20mg的(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基橫酸基)乙基)-1，3-二氧代異卩引哚啉-4-基)乙酸胺之后第4周銀屑病損傷皮膚中Langerin染色的變化,和在每日兩次(b.1. d.)給藥20mg相同化合物之后第12周的PASI得分。4. 2 定 SI如本文使用的，且除非另有說明，術(shù)語“治療”是指當(dāng)患者患有銀屑病時發(fā)生的降低銀屑病的嚴重程度或阻止或減慢癌癥進展的作用。當(dāng)關(guān)于治療使用的術(shù)語“敏感性”和“靈敏性”是一個相對的術(shù)語，其是指治療化合物在減輕或減少待治療疾病的癥狀中的有效程度。例如，當(dāng)對于細胞或患者的治療使用的術(shù)語“增加敏感性”是指當(dāng)使用本領(lǐng)域熟知的任何方法測量時，在減輕或減少銀屑病的癥狀方面有效性增加至少5%以上。如本文使用的，且除非另有說明，術(shù)語化合物的“治療有效量”為在治療或控制銀屑病中足夠提供治療益處、或足夠延遲或最小化與銀屑病相關(guān)的一種或多種癥狀的量?；衔锏闹委熡行Я渴侵竼为毣蚺c其他治療劑組合的量，該量在治療或控制銀屑病中提供治療益處。術(shù)語“治療有效量”可以涵蓋改善整體治療、減少或避免銀屑病的癥狀或原因、或提高另外的治療劑的治療效果的量。如本文使用的“有效患者反應(yīng)”是指在患者的治療益處方面的任何提高?！坝行Щ颊吣[瘤反應(yīng)”可以為例如銀屑病的軀體癥狀(physical symptom)減少5%、10%、25%、50%或
100% o術(shù)語“可能性”泛指事件的概率增加。當(dāng)關(guān)于患者反應(yīng)的有效性使用的術(shù)語“可能性”通常是指減輕或減少銀屑病癥狀的概率增加。術(shù)語“預(yù)測”通常是指預(yù)先確定或告知。當(dāng)使用“預(yù)測”銀屑病治療的有效性時，術(shù)語“預(yù)測”可以是指在最初、開始治療之前或治療周期基本上進展之前，可以確定結(jié)果的可能性。如本文使用的術(shù)語“監(jiān)測”通常是指監(jiān)督、管理、調(diào)節(jié)、觀察、追蹤或監(jiān)視活性。例如，術(shù)語“監(jiān)測對銀屑病的治療效力”是指追蹤在治療患者或通常得自患者的細胞中的銀屑病中的有效性。類似地，當(dāng)獨立地或在臨床試驗中與患者順應(yīng)性結(jié)合使用時，術(shù)語“監(jiān)測”是指追蹤或證實患者事實上按照如處方測試的治療方案。
如本文使用的，術(shù)語“多肽”和“蛋白”在本文中可互換地使用，它們是指通過肽鍵連接的、串聯(lián)陣列(serial array)形式的三個以上氨基酸的氨基酸聚合物。術(shù)語“多肽”包括蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)片段、蛋白質(zhì)類似物、低聚肽等。如本文使用的術(shù)語多肽也可以指肽。構(gòu)成多肽的氨基酸可以是天然來源的，或者可以是合成的。多肽可以是由生物樣品純化的。術(shù)語“抗體”在本文中以其廣義使用，涵蓋全組裝抗體、保留特異性結(jié)合抗原能力的抗體片段(例如Fab、F{ah' )2、Fv及其他片段)、單鏈抗體、雙特異抗體(diabodies)、抗體嵌合體、雜交抗體、雙特異抗體(bispecificantibodies)、人源化抗體等。術(shù)語“抗體”涵蓋多克隆抗體和單克隆抗體。如本文使用的，術(shù)語“表達”是指由基因轉(zhuǎn)錄得到至少部分地與基因的兩個核酸鏈之一的區(qū)域互補的RNA核酸分子。如本文使用的術(shù)語“表述”也指由RNA分子翻譯得到蛋白質(zhì)、多肽或其部分。 “上調(diào)的”mRNA通常為在給定治療或條件下“增加”?！跋抡{(diào)的”mRNA通常指響應(yīng)給定治療或條件時mRNA的表達水平“降低”。在某些情況下，在給定治療或條件下mRNA水平可以保持不變。來自患者樣品的mRNA可以“上調(diào)”，即mRNA的水平可以相對于比較的對照mRNA水平提高例如約 5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、90%、100%、200%、300%、500%、I, 000%、5，000%或更高。另外，mRNA可以“下調(diào)”，即mRNA的水平可以相對于比較的對照mRNA水平降低例如約 99%、95%、90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%、1% 或更低。類似地，與未處理的對照相比，來自患者樣品的多肽或蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物的水平可以提高。該提高可以為比較的對照蛋白水平的約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、90%、100%、200%、300%、500%、1，000%,5, 000%或更高。另外，蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物的水平可以降低。該降低可以為例如存在水平為比較的對照蛋白水平的約99%、95%、90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%、1% 或更低。術(shù)語“TOE4調(diào)節(jié)劑”是指抑制TOE4的分子或化合物。在一種實施方式中，PDE4調(diào)節(jié)劑可以為從Celgene Corporation獲得的那些(本文在別處提供的)，其有效地抑制TNF-a生成，但對LPS誘導(dǎo)的IL-1 ^和IL-12顯示出適當(dāng)?shù)囊种谱饔?，并且甚至在高藥物濃度下也不會抑制IL-6。另外，PDE4抑制劑傾向于產(chǎn)生適當(dāng)?shù)腎L-10刺激。L. G. Corral等人，Ann. Rheum. Dis. ,58:(增刊 1) 1107-1113(1999)。如本文使用的，術(shù)語“確定”、“測量”、“評估”、“評價”和“測定”通常是指任何形式的測量，并包括測定要素(element)是否存在或不存在。這些術(shù)語包括定量測定和/或定性測定。評價可以是相對的或絕對的?！霸u價...的存在”可以包括確定存在的某物的量，以及確定其是否存在或不存在。術(shù)語“核酸”和“多核苷酸”在本文中可互換地使用，來描述由核苷酸組成的任何長度聚合物，例如脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸，或者合成產(chǎn)生的化合物，其能夠與天然存在的核酸以類似于兩個天然存在核酸的序列特異性方式雜交，例如可以參與Watson-Crick堿基配對相互作用。如本文使用的，在多核苷酸序列的語境中，術(shù)語“堿基”與“核苷酸”是同義詞，即多核苷酸的單體亞單位。術(shù)語“核苷”和“核苷酸”意味著包括不僅包含已知的嘌呤和嘧啶堿基，而且也包含已經(jīng)修飾的其他雜環(huán)堿基的那些部分。這樣的修飾包括甲基化嘌呤或嘧啶、?；堰驶蜞奏?、烷基化核糖或其他雜環(huán)。另外，術(shù)語“核苷”和“核苷酸”包括不僅包含常規(guī)核糖和脫氧核糖，而且也包含其他糖的那些部分。修飾的核苷或核苷酸也包括對糖部分的修飾，例如其中一個或多個羥基被鹵素原子或脂肪基替換，或者被官能化為醚、胺等?！邦愃莆铩笔侵妇哂形墨I中公認的結(jié)構(gòu)特征(如模擬物、衍生物)、具有類似的結(jié)構(gòu)或其他類似項的分子，包括例如引入非天然核苷酸的多核苷酸、核苷酸模擬物如2，-修飾的核苷、肽核苷酸、寡聚核苷膦酸酯、以及具有附加取代基團(如保護基或連接部分)的任何多核苷酸。術(shù)語“互補的”是指多核苷酸之間基于多核苷酸序列的特異性結(jié)合。如本文使用的，如果在嚴格條件下在雜交試驗中第一多核苷酸和第二多核苷酸彼此結(jié)合，例如在雜交試驗中它們產(chǎn)生給定或可檢測水平的信號，則它們是互補的。如果多核苷酸部分符合常規(guī)堿基配對規(guī)則，例如A與T (或U)配對，G與C配對，則該多核苷酸部分是彼此互補的，但可能存在小區(qū)域(例如不到約3個堿基)的錯配、插入或刪除序列。兩個核酸序列的“序列同一性”或“同一性”是指當(dāng)在特定比較窗上以最大一致性比對時相同的兩個序列，并且可以考慮到添加、缺失和取代。在多核苷酸的描述中以多種語法形式存在的術(shù)語“基本同一性”或“同源性”通常是指多核苷酸包括具有期望同一性的序列，例如與參照序列相比至少60%同一性、優(yōu)選至少70%序列同一性、更優(yōu)選至少80%、更優(yōu)選至少90%和甚至更優(yōu)選至少95%同一性。核苷酸序列基本上相同的另一個指征是兩個分子是否在嚴格條件下彼此雜交。如本文使用的，術(shù)語“結(jié)合”在本文中可用于指示直接或間接連接。在化學(xué)結(jié)構(gòu)的描述中，“結(jié)合”可以是指存在直接連接兩個部分或間接連接兩個部分(例如經(jīng)由連接基團或分子的任何其他插入部分)的化學(xué)鍵。化學(xué)鍵可以是共價鍵、離子鍵、配位絡(luò)合、氫鍵鍵合、范德華相互作用、或疏水性堆積、或者可以顯示出多種化學(xué)鍵的特征。在某些情況下，“結(jié)合”包括其中連接是直接的實施方式以及其中連接是間接的實施方式。術(shù)語“分離的”和“純化的”是指分離物質(zhì)(如mRNA或蛋白質(zhì))，以使得該物質(zhì)包含其存在于其中的樣品的實質(zhì)性部分，即大于通常以其天然或未分離狀態(tài)存在的物質(zhì)。通常，樣品的實質(zhì)性部分包括例如大于1%、大于2%、大于5%、大于10%、大于20%、大于50%以上、通常高達約90%-100%的樣品。例如，分離的mRNA樣品通常可以包括至少約1%的總mRNA。用于純化多核苷酸的技術(shù)是本領(lǐng)域公知的，包括例如凝膠電泳、離子交換層析、親和色譜、流式分選(flow sorting)和根據(jù)密度沉降。如本文使用的，術(shù)語“樣品”是指含有一種或多種感興趣的組分的材料或材料的混合物，膽通常不一定是液體形式。如本文使用的，“生物樣品”是指從生物學(xué)受試者獲得的樣品，包括體內(nèi)或原位獲得、得到或收集的生物學(xué)組織或液體來源的樣品。生物樣品也包括來自包含癌變前或癌細胞或組織的生物學(xué)受試者部位的樣品。這樣的樣品可以為，但不限于從哺乳動物分離的器官、組織、部分和細胞。示例性的生物樣品包括，但不限于細胞溶解產(chǎn)物、細胞培養(yǎng)物、細胞系、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞器、體液、血樣、尿樣、皮膚樣品等。優(yōu)選的生物樣品包括，但不限于全血、部分純化的血液、PBMC、組織活檢等。如本文使用的，術(shù)語“分析物”是指已知的或未知的樣品成分。如本文使用的,術(shù)語“捕獲劑”是指通過足以使試劑結(jié)合并濃縮(concentrate)來自均相混合物的mRNA或蛋白質(zhì)的相互作用來結(jié)合mRNA或蛋白質(zhì)的試劑。如本文使用的，術(shù)語“探針”是指針對特定目標(biāo)mRNA生物標(biāo)志物序列的捕獲劑。因此，探針組的每一種探針都具有相應(yīng)的目標(biāo)mRNA生物標(biāo)志物。探針/目標(biāo)mRNA雙鏈體為將探針雜交至其目標(biāo)mRNA生物標(biāo)志物形成的結(jié)果。術(shù)語“核酸”或“寡核苷酸探針”是指能夠經(jīng)一種或多種類型的化學(xué)鍵，通常經(jīng)互補堿基配對，通常經(jīng)氫鍵形成，而結(jié)合互補序列的的目標(biāo)核酸，如本文提供的mRNA生物標(biāo)志物。如本文使用的，探針可以包括天然堿基(例如A、G、C或T)或修飾的堿基(7-去氮鳥苷、肌苷等)。另外，探針中的堿基可以通過不同于磷酸二酯鍵的連接(linkage)而結(jié)合，只要該連接不會干擾雜交即可。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，根據(jù)雜交條件的嚴格性，探針可以結(jié)合缺乏與探針序列的完全互補性的目標(biāo)序列。所述探針優(yōu)選地用同位素例如發(fā)色團、發(fā)光團(lumiphores)、色原體直接標(biāo)記，或者用生物素間接標(biāo)記，該生物素隨后可以結(jié)合抗生蛋白鏈菌素復(fù)合物。通過測定存在或不存在探針，人們可以檢測感興趣的目標(biāo)mRNA生物標(biāo)志物存在或不存在。術(shù)語“嚴格的測定條件”是指以下條件對產(chǎn)生具有足夠互補性的核苷酸結(jié)合對(例如探針和目標(biāo)mRNA)而言是相容的，從而在測定中提供期望特異性水平，同時與在具有不足互補性的結(jié)合成員之間形成結(jié)合對而言一般是不相容的從而提供期望特異性。術(shù)語嚴格測定條件一般是指雜交和洗滌條件的組合。關(guān)于核酸的“標(biāo)記物”或“可檢測部分”是指如下組合當(dāng)與核酸連接時，導(dǎo)致該核酸是可通過例如光譜、光化學(xué)、生物化學(xué)、免疫化學(xué)或化學(xué)方法檢測的。示例性的標(biāo)記物包括，但不限于放射性同位素、磁性珠粒、金屬珠粒、膠體微粒、熒光染料、酶、生物素、地高辛、半抗原等。“標(biāo)記的核酸或寡核苷酸探針”通常為如下中的一種其通過連接基或化學(xué)鍵共價結(jié)合標(biāo)記物，或者通過離子鍵、范德華力、靜電引力、疏水性相互作用或氫鍵非共價結(jié)合標(biāo)記物，使得可通過檢測結(jié)合核酸或探針的標(biāo)記物的存在來檢測核酸或探針的存在。如本文使用的，術(shù)語“聚合酶鏈反應(yīng)”或“PCR”一般是指其中少量核酸、RNA和/或DNA為如例如在Mul I is的美國專利No. 4，683，195中描述的擴增的程序。通常，需要獲得來自感興趣區(qū)域末端或之外的序列信息，使得可以設(shè)計寡核苷酸引物；這些引物的序列與待擴增模板的相反鏈相同或類似。兩種引物的5'端核苷酸可以與擴增物質(zhì)的末端相符合。PCR可用于擴增特異性RNA序列，來自全部基因組DNA的DNA序列，和來自全部細胞RNA、噬菌體或質(zhì)粒序列轉(zhuǎn)錄的cDNA等。一般參見Mullis等人,Cold SpringHarbor Symp. Quant.Biol.,51:263(1987) ；Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY,1989)。當(dāng)本文中使用關(guān)于PCR方法的術(shù)語“循環(huán)數(shù)”或“CT”時，是指熒光水平通過已設(shè)定閾值水平的PCR循環(huán)數(shù)。CT測量可用于例如估算原始樣品中mRNA的水平。CT測量通常用在術(shù)語“dCT”或“CT差”評分中，此時從另一種核酸的CT減去一種核酸的CT。如本文使用的，除非另有說明，術(shù)語“光學(xué)純”是指包含化合物的一種光學(xué)異構(gòu)體且基本上不含該化合物的其他異構(gòu)體的組合物。例如，具有一個手性中心的光學(xué)純組合物將基本上不含該化合物的相對對映異構(gòu)體。具有兩個手性中心的化合物的光學(xué)純組合物將基本上不含該化合物的其他非對映異構(gòu)體。典型的光學(xué)純化合物包含大于約80%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約20%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體、更優(yōu)選地大于約90%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約10%%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體、甚至更優(yōu)選大于約95%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約5%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體、更優(yōu)選大于約97%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約3%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體、和最優(yōu)選大于約99%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約1%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體。除非另有說明，本文提供的實施方式的實施將使用分子生物學(xué)、微生物學(xué)和免疫學(xué)的常規(guī)方法，所有這些方法都在本領(lǐng)域普通技術(shù)人員的技術(shù)范圍內(nèi)。這樣的技術(shù)在文獻中充分說明。用于會診的特別合適的文本的實例包括下述Sambrook等人(1989)Molecular Cloning ；A Laboratory Manual (第 2 版 )；D. N Glover 編著(1985)DNACloning,第 I 卷和第 II 卷；M. J. Gait,編著(1984) Oligonucleotide Synthesis ；B. D. Hames& SJ. Higgins 編著(1984) Nucleic Acid Hybridization ；B. D. Hames & S. J. Higgins 編著(1984) Transcription and Translation ;R.1. Freshney編著(1986)Animal CellCulture ；Immobilized Cells and Enzymes(IRL Press,1986) ；ImmunochemicalMethods inCell and Molecular Biology(Academic Press, London) ;Scopes(1987)ProteinPurif icat ion !Principles and Practice (第 2 版；Springer Verlag, N. Y.);和 D. M. Weir和 C. C. Blackwell 編著(1986) Handbook of Experimental Immunology,第1-1V 卷。 4. 3牛物標(biāo)志物本文提供了涉及使用細胞標(biāo)記分子和mRNAs作為生物標(biāo)志物來預(yù)測或確定銀屑病的治療效力的方法?？梢允褂眉毎麡?biāo)記物或mRNA來確定治療是否有可能在疾病細胞模型中獲得成功。生物標(biāo)記物或“生物標(biāo)志物”是一種其檢測指示特定生物學(xué)狀況例如銀屑病進展的物質(zhì)。在某些實施方式中，可以分別測定生物標(biāo)志物，或者可以同時測定幾種生物標(biāo)志物。在某些實施方式中，“生物標(biāo)志物”指示可能與疾病危險或進展相關(guān)、或與疾病對給定治療的敏感性相關(guān)的核酸表達水平的變化。在某些實施方式中，生物標(biāo)志物為mRNA或cDNA。在另外的實施方式中，“生物標(biāo)志物”是指可能與治療的敏感性相關(guān)或與疾病進展相關(guān)的某些細胞標(biāo)記物的水平的變化。可以通過本領(lǐng)域已知的方法確定特性細胞標(biāo)記物的相對水平。例如，可以使用基于抗體的方法，比如免疫印跡、酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)或其他方法。4. 3.1細胞標(biāo)記物作為用于預(yù)測效力的牛物標(biāo)志物的用涂部分地基于發(fā)現(xiàn)在銀屑病治療期間觀察到某些細胞標(biāo)記物可檢測的增加或減少，可以使用這些這些細胞標(biāo)記物的水平作為用于預(yù)測可能的銀屑病治療敏感性的生物標(biāo)志物。所述細胞標(biāo)記物包括，但不限于CDllc、CD3、CD56、Langerin、ICAM-1、Foxp3和HLA-DR?？梢苑謩e監(jiān)測這些生物標(biāo)志物中的每一種，或者可以同時監(jiān)測兩種或多種所述生物標(biāo)志物。在某些實施方式中，這些生物標(biāo)志物可用于預(yù)測患者中銀屑病治療的有效性。在一種實施方式中，測量從潛在患者獲得的生物樣品中的生物標(biāo)志物水平?？蛇x地，細胞標(biāo)記物也可以用作體外測定以預(yù)測銀屑病治療成功性的生物標(biāo)志物，其包括取得來自患者的細胞樣品、在存在或不存在治療化合物的條件下對其進行培養(yǎng)、和測試細胞中生物標(biāo)志物水平的提高或降低。因此，在一種實施方式中，本文提供了一種預(yù)測患者對銀屑病的治療是否有反應(yīng)的方法，包括獲得來自患者的細胞；在存在或不存在治療化合物的條件下培養(yǎng)該細胞；測量選自⑶Ilc、⑶3、⑶56、ICAM-1、Foxp3、HLA-DR及其組合的細胞標(biāo)記物的水平；和將在存在治療化合物條件下培養(yǎng)細胞中細胞標(biāo)記物的水平與在不存在治療化合物條件下培養(yǎng)細胞中細胞標(biāo)記物的水平進行比較；其中，在存在治療化合物條件下細胞標(biāo)記物的水平降低指示對治療化合物的有效患者反應(yīng)的可能性。在一種實施方式中，僅監(jiān)測一種細胞標(biāo)記物的水平。在另一種實施方式中，同時監(jiān)測兩種或多種細胞標(biāo)記物的水平。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是利用皮膚活組織檢查獲得的。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是從患者的真皮區(qū)域獲得的。在另一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是從患者的表皮區(qū)域獲得的。在一種實施方式中，治療化合物為本文在別處提供的TOE4抑制劑。在另一種實施方式中，治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)-1，3-二氧代異吲哚啉)-4_基)乙酰胺。在另一種實施方式中，治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺?；?乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異n引哚-4-基}-酸胺。在另一種實施方式中，本文提供了一種預(yù)測患者對銀屑病的治療是否有反應(yīng)的方法，包括獲得來自患者表皮區(qū)域的細胞；在存在或不存在治療化合物的條件下培養(yǎng)該細胞；測量細胞中Langerin的水平；和將在存在治療化合物條件下培養(yǎng)的細胞中Langerin的水平與在不存在治療化合物條件下培養(yǎng)的細胞中Langerin的水平進行比較；其中，在存在治療化合物條件下Langerin的水平降低指示對治療化合物的有效患者反應(yīng)的可能性。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是利用皮膚活組織檢查獲得的。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是從患者的真皮區(qū)域獲得的。在另一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是從患者的表皮區(qū)域獲得的。在一種實施方式中，治療化合物為本文在別處提供的TOE4抑制劑。在另一種實施方式中，治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)-1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一種實施方式中，治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異n引哚-4-基}-酸胺。4. 3. 2細胞標(biāo)記物作為用于監(jiān)測效力或患者順應(yīng)件的牛物標(biāo)志物的用涂除了最初預(yù)測在銀屑病患者中治療有效性的可能性之外，可以通過監(jiān)測上述細胞標(biāo)記物的水平來跟蹤銀屑病治療的進展。因此，在某些實施方式中，提供了一種評價或監(jiān)測患者中銀屑病治療有效性的方法。從患者獲得樣品，并測量一種或多種上述生物標(biāo)志物的水平，以確定與治療開始之前的水平相比，其水平是否提高或降低。生物標(biāo)志物也可以用于追蹤和調(diào)節(jié)個體患者的治療有效性。生物標(biāo)志物可用于搜集對患者治療進行調(diào)節(jié)所需的信息，以增加或減少所需試劑的劑量。例如，可以使用生物標(biāo)志物測試接受治療化合物的患者，以觀察劑量是否有效，或者是否需要更具侵襲性的治療計劃。在一種實施方式中，本文提供了一種監(jiān)測患者對銀屑病治療反應(yīng)的方法，包括獲得來自患者的生物樣品；測量生物樣品中選自CDllc、CD3、CD56、ICAM-1、Foxp3、Langerin、HLA-DR 及其組合的細胞標(biāo)記物的水平；和向患者給藥治療化合物；此后獲得來自患者的第二生物樣品；測量第二生物樣品中選自CDllc、CD3、CD56、ICAM-1、Foxp3、Langerin、HLA-DR 及其組合的細胞標(biāo)記物的水平；和比較從第一和第二生物樣品獲得的細胞標(biāo)記物的水平；其中，第二生物樣品中細胞標(biāo)記物的水平降低指示有效反應(yīng)?；颊咄ㄟ^任何期望的方式比如例如皮膚活組織檢查提供細胞樣品。當(dāng)需要跟蹤治療有效性時，可以按照例如每天、每周一次、每一個月兩次、一個月一次、每兩個月一次、每個季度一次、或每年一次采集樣品。在一種實施方式中，在治療之后4周進行一次測試，并且在治療之后12周進行一次測試。通過跟蹤這些生物標(biāo)志物的水平，可以隨時監(jiān)測治療有效性。在一種實施方式中，僅監(jiān)測一種細胞標(biāo)記物的水平。在另一種實施方式中，同時監(jiān)測兩種或多種細胞標(biāo)記物的水平。在一種實施方式中，監(jiān)測從真皮區(qū)域獲得的⑶Ilc的水平，并且與第一生物樣品中⑶Ilc的水平相比，該降低為約30%、35%、40%或45%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測從表皮區(qū)域獲得的CDllc的水平，并且與第一生物樣品中CDllc的水平相比，該降低為約60%, 65%, 70% 或 75% 或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測從真皮區(qū)域獲得的⑶3的水平，并且與第一生物樣品中⑶3的水平相比，該降低為約15%、20%、25%或30%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測從表皮區(qū)域獲得的⑶3的水平，并且與第一生物樣品中⑶3的水平相比，該降低為約25%、30%、35%或40%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測從真皮區(qū)域獲得的⑶56的水平，并且與第一生物樣品中⑶56的水平相比，該降低為約15%、20%、25%或30%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測從表皮區(qū)域獲得的⑶56的水平，并且與第一生物樣品中⑶56的水平相比，該降低為約60%、65%、70%或75%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測從真皮區(qū)域獲得的Langerin的水平，并且與第一生物樣品中Langerin的水平相比，該降低為約40%、45%、50%或55%或更多。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是使用皮膚活組織檢查獲得的。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是從患者的真皮區(qū)域獲得的。在另一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是從患者的表皮區(qū)域獲得的。在一種實施方式中，治療化合物為本文在別處提供的TOE4抑制劑。在另一種實施方式中，治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)-1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一種實施方式中，治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺?；?乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異n引哚-4-基}-酸胺。在另一種實施方式中，本文提供了一種監(jiān)測患者對銀屑病治療反應(yīng)的方法，包括獲得來自患者表皮區(qū)域的生物樣品；測量生物樣品中Langerin的水平；向患者給藥治療化合物；此后獲得來自患者表皮區(qū)域的第二生物樣品；測量第二生物樣品中Langerin的水平；和比較從第一和第二生物樣品獲得的Langerin的水平；其中，第二生物樣品中Langerin的水平降低指示有效反應(yīng)。在一種實施方式中，與第一生物樣品中Langerin的水平相比,Langerin的水平降低量為 5%、10%、15% 或 20%o此外，患者通過任何期望的方式比如例如皮膚活組織檢查提供細胞樣品。當(dāng)需要跟蹤治療有效性時，可以按照例如每天、每周一次、每一個月兩次、一個月一次、每兩個月一次、每個季度一次、或每年一次采集樣品。在一種實施方式中，在治療之后4周進行一次測試，并且在治療之后12周進行一次測試。通過跟蹤這些生物標(biāo)志物的水平，可以隨時監(jiān)測治療有效性。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是使用皮膚活組織檢查獲得的。在一種實施方式中，治療化合物為本文在別處提供的TOE4抑制劑。在另一種實施方式中，治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)-1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一種實施方式中，治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異n引哚-4-基}-酸胺。在其他實施方式中，這些生物標(biāo)志物還可以用于追蹤或進行人研究試驗的質(zhì)量控制，或者利用提供證實患者正在接受特定藥物治療的方式來監(jiān)測患者對藥物方案的順應(yīng)性。這些生物標(biāo)志物可以用于結(jié)合例如患者治療的控制、臨床試驗和基于細胞的研究。在一種實施方式中，這些生物標(biāo)志物可用于在個體治療方案期間或者臨床試驗期間追蹤患者順應(yīng)性。例如，可以在臨床試驗期間以設(shè)定的間隔跟蹤生物標(biāo)志物的水平，以確保納入試驗的患者按照指示服用藥物。也可以利用程序來跟蹤個體患者的治療。例如，當(dāng)測量特定生物標(biāo)志物的水平時，與未處理的對照相比，生物標(biāo)志物水平的改變指示至少部分患者對藥物治療方案有順應(yīng)性。生物標(biāo)志物的水平改變量與陽性對照的改變量類似地指示對治療方案的完全順應(yīng)性的可能性。因此，在某些實施方式中，提供了一種用于評價患者對藥物治療方案的順應(yīng)性的方法。生物樣品為從患者獲得的，測量生物標(biāo)志物的水平，并且與對照未處理樣品的生物標(biāo)志物的水平相比較。與未處理的對照樣品的生物標(biāo)志物水平相比，生物標(biāo)志物的水平改變指示對方案有順應(yīng)性。在一種實施方式中，本文提供了一種用于監(jiān)測患者對銀屑病的藥物治療方案的順應(yīng)性的方法，包括獲得來自所述患者的生物樣品；測量生物樣品中選自CD 11 c、CD3、CD56、I CAM-1、Foxp3、Langer in、HLA-DR 及其組合的細胞標(biāo)記物的水平；和確定與對照未處理的樣品中表達水平相比，患者樣品中表達水平是否降低；其中，表達降低指示患者對所述藥物治療方案有順應(yīng)性?；颊咄ㄟ^任何期望的方式比如例如皮膚活組織檢查提供細胞樣品。當(dāng)需要跟蹤治療有效性時，可以按照例如每天、每周一次、每一個月兩次、一個月一次、每兩個月一次、每個季度一次、或每年一次采集樣品。通過跟蹤這些生物標(biāo)志物的水平，可以隨時監(jiān)測患者的順應(yīng)性。在一種實施方式中，其中僅監(jiān)測一種細胞標(biāo)記物的水平。在另一種實施方式中，同時監(jiān)測兩種或多種細胞標(biāo)記物的水平。在一種實施方式中，監(jiān)測從真皮區(qū)域獲得的⑶Ilc的水平，并且與第一生物樣品中⑶Ilc的水平相比，該降低為約30%、35%、40%或45%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測從表皮區(qū)域獲得的CDllc的水平，并且與第一生物樣品中CDllc的水平相比，該降低為約60%, 65%, 70% 或 75% 或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測從真皮區(qū)域獲得的⑶3的水平，并且與第一生物樣品中⑶3的水平相比，該降低為約15%、20%、25%或30%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測從表皮區(qū)域獲得的⑶3的水平，并且與第一生物樣品中⑶3的水平相比，該降低為約25%、30%、35%或40%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測從真皮區(qū)域獲得的⑶56的水平，并且與第一生物樣品中⑶56的水平相比，該降低為約15%、20%、25%或30%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測從表皮區(qū)域獲得的⑶56的水平，并且與第一生物樣品中⑶56的水平相比，該降低為約60%、65%、70%或75%以或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測從真皮區(qū)域獲得的Langerin的水平，并且與第一生物樣品中Langerin的水平相比，該降低為約40%、45%、50%或55%或更多。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是利用皮膚活組織檢查獲得的。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是從患者的真皮區(qū)域獲得的。在另一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是從患者的表皮區(qū)域獲得的。在一種實施方式中，治療化合物為本文在別處提供的TOE4抑制劑。在另一種實施方式中，治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)-1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一種實施方式中，治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異n引哚-4-基}-酸胺。在另一種實施方式中，本文提供一種用于監(jiān)測患者對銀屑病的藥物治療方案的順應(yīng)性的方法，包括獲得來自所述患者表皮區(qū)域的生物樣品；
測量生物樣品中Langerin的水平；和確定與對照未處理的樣品中表達水平相比，患者樣品中表達水平是否降低；其中，表達降低指示患者對所述藥物治療方案有順應(yīng)性。在一種實施方式中，與第一生物樣品中Langerin的水平相比,Langerin的水平降低量為 5%、10%、15% 或 20%o此外，患者通過任何期望的方式比如例如皮膚活組織檢查提供細胞樣品。當(dāng)需要跟蹤治療有效性時，可以按照例如每天、每周一次、每一個月兩次、一個月一次、每兩個月一次、每個季度一次、或每年一次采集樣品。在一種實施方式中，在治療之后4周進行一次測試，并且在治療之后12周進行一次測試。通過跟蹤這些生物標(biāo)志物的水平，可以隨時監(jiān)測治療有效性。在一種實施方式中，來自患者的樣品細胞是使用皮膚活組織檢查獲得的。在一種實施方式中，治療化合物為本文在別處提供的TOE4抑制劑。在另一種實施方式中，治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)-1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一種實施方式中，治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺?；?乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異吲哚-4-基}-酰胺。4. 3. 3 mRNAs作為用于預(yù)測效力的生物標(biāo)志物的用途部分地基于發(fā)現(xiàn)在銀屑病治療期間觀察到某些mRNA可檢測的減少，可以使用這些這些mRNAs的水平作為用于預(yù)測可能的銀屑病治療敏感性的生物標(biāo)志物。mRNAs包括，但不限于角蛋白 16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL-23 pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10,IFN-y和/或CXCL9的mRNA?？梢苑謩e監(jiān)測這些生物標(biāo)志物中的每一種，或者可以同時監(jiān)測兩種或多種生物標(biāo)志物。在某些實施方式中，這些生物標(biāo)志物可用于預(yù)測患者中銀屑病治療的有效性。在一種實施方式中，測量從潛在患者得到的生物樣品中的生物標(biāo)志物水平?？蛇x地，細胞標(biāo)記物也可以用作體外測定以預(yù)測銀屑病治療成功性的生物標(biāo)志物，包括取得來自患者的細胞樣品、在存在或不存在治療化合物的條件下對其進行培養(yǎng)、和測試細胞中生物標(biāo)志物水平的提高或降低。因此，在一種實施方式中，本文提供了一種預(yù)測患者對銀屑病的治療是否有反應(yīng)的方法，包括獲得來自患者的細胞；在存在或不存在治療化合物的條件下培養(yǎng)該細胞；測量選自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL-23 pl9、IL-17A、IL_22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10、IFN- y CXCL9 的 mRNA 及其組合的 mRNA 的水平；和將在存在治療化合物條件下培養(yǎng)的細胞中的mRNA水平與在不存在治療化合物條件下培養(yǎng)的細胞中的mRNA水平進行比較；其中，在存在治療化合物條件下mRNA的水平降低指示對治療化合物的有效患者反應(yīng)的可能性。在一種實施方式中，其中僅監(jiān)測一種mRNA的水平。在另一種實施方式中，同時監(jiān)測兩種或多種mRNA的水平。在一種實施方式中，治療化合物為本文在別處提供的TOE4抑制劑。在另一種實施方式中，治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)-1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一種實施方式中，治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺?；?乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異吲哚-4-基}-酰胺。4. 3. 4 mRNAs作為用于監(jiān)測效力或患者順應(yīng)性的生物標(biāo)志物的用途除了最初預(yù)測在銀屑病患者中治療有效性的可能性之外，可以通過監(jiān)測上述mRNAs的水平來跟蹤銀屑病治療的進展。因此，在某些實施方式中，提供一種評價或監(jiān)測患者中銀屑病治療有效性的方法。從患者獲得樣品，并測量一種或多種上述mRNA的水平，以確定與治療開始之前的水平相比，其水平是否提高或降低。生物標(biāo)志物也可以用于追蹤和調(diào)節(jié)個體患者的治療有效性。生物標(biāo)志物可用于搜集對患者治療進行調(diào)節(jié)所需的信息，以增加或減少所需試劑的劑量。例如，可以使用生物標(biāo)志物測試接受治療化合物的患者，以觀察劑量是否有效，或者是否需要更具侵襲性的治療計劃。在一種實施方式中，本文提供了一種監(jiān)測患者對銀屑病治療反應(yīng)的方法，包括獲得來自患者的生物樣品；測量生物樣品中選自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL-23 pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10, IFN- y CXCL9 的 mRNA 及其組合的 mRNA 的水平；向患者給藥治療化合物；此后獲得來自患者的第二生物樣品；測量第二生物樣品中選自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL_23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8, MX-U IL-10, IFN- y CXCL9 的 mRNA 及其組合的 mRNA 的水平；和比較獲自第一和第二生物樣品的mRNA的水平；其中，第二生物樣品中mRNA的水平降低指示有效反應(yīng)?；颊咄ㄟ^任何期望的方式比如例如皮膚活組織檢查提供細胞樣品。當(dāng)需要跟蹤治療有效性時，可以按照例如每天、每周一次、每一個月兩次、一個月一次、每兩個月一次、每個季度一次、或每年一次采集樣品。在一種實施方式中，在治療之后4周進行一次測試，并且在治療之后12周進行一次測試。通過跟蹤這些生物標(biāo)志物的水平，可以隨時監(jiān)測治療有效性。在一種實施方式中,其中僅監(jiān)測一種mRNA的水平。在另一種實施方式中，同時監(jiān)測兩種或多種mRNA的水平。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-12/IL-13 p40 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-12/IL-13 p40 mRNA的水平相比，該降低為約80%、85%、90%或95%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測iNOS mRNA的水平，并且與第一生物樣品中iNOS mRNA的水平相比，該降低為約50%、55%、60%或65%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-22 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-22 mRNA的水平相比，該降低為約65%、70%、75%或80%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測IL-8 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL_8 mRNA的水平相比，該降低為約65%、70%、75%或80%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測DEFB4 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中DEFB4 mRNA的水平相比，該降低為約45%、50%、55%或60%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測MX-1 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中MX_1 mRNA的水平相比，該降低為約40%、45%、50%或55%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測角蛋白16 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中角蛋白16mRNA的水平相比，該降低為約50%、55%、60%或65%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-17A mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-17AmRNA的水平相比，該降低為約60%、65%、70%或75%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-23 pl9 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-23pl9 mRNA的水平相比，該降低為約40%、45%、50%或55%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-10 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-10 mRNA的水平相比，該降低為約40%、45%、50%或55%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IFN-YmRNA的水平，并且與第一生物樣品中IFN- YmRNA的水平相比，該降低為約30%、35%、40%或45%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測CXCL9 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中CXCL9 mRNA的水平相比，該降低為約20%、25%、30%或35%或更多。在一種實施方式中，治療化合物為本文在別處提供的TOE4抑制劑。在另一種實施方式中，治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一種實施方式中，治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺?；?乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異n引哚-4-基}-酸胺。在其他實施方式中，這些生物標(biāo)志物還可以用于追蹤或進行人研究試驗的質(zhì)量控制，或者利用提供證實患者正在接受特定藥物治療的方式來監(jiān)測患者對藥物方案的順應(yīng)性。這些生物標(biāo)志物可以用于結(jié)合例如患者治療的控制、臨床試驗和基于細胞的研究。在一種實施方式中，這些生物標(biāo)志物可用于追蹤在個體治療方案期間或者臨床試驗期間患者順應(yīng)性。例如，可以在臨床試驗期間以設(shè)定的間隔跟蹤生物標(biāo)志物的水平，以確保納入試驗的患者按照指示服用藥物。也可以使用程序跟蹤個體患者的治療。例如，當(dāng)測量特定生物標(biāo)志物的水平時，與未處理的對照相比生物標(biāo)志物的水平改變指示至少部分患者對藥物治療方案有順應(yīng)性。生物標(biāo)志物的水平改變量與陽性對照的改變量類似指示對治療方案的完全順應(yīng)性的可能性。因此，在某些實施方式中，提供一種用于評價患者對藥物治療方案的順應(yīng)性的方法。生物樣品為從患者獲得的，測量生物標(biāo)志物的水平，并且與對照未處理樣品的生物標(biāo)志物的水平相比較。與未處理的對照樣品的生物標(biāo)志物水平相比，生物標(biāo)志物的水平改變指示對方案有順應(yīng)性。在一種實施方式中，本文提供一種用于監(jiān)測患者對銀屑病的藥物治療方案的順應(yīng)性的方法，包括獲得來自所述患者的生物樣品；測量第二生物樣品中選自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23 p40、IL_23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8, MX-U IL-10, IFN- y CXCL9 的 mRNA 及其組合的 mRNA 的水平；和確定與對照未處理的樣品中表達水平相比，患者樣品中表達水平是否降低；
其中，表達降低指示患者對所述藥物治療方案有順應(yīng)性?；颊咄ㄟ^任何期望的方式例如皮膚活組織檢查提供細胞樣品。當(dāng)需要跟蹤治療有效性時，可以按照例如每天、每周一次、每一個月兩次、一個月一次、每兩個月一次、每個季度一次、或每年一次采集樣品。通過跟蹤這些生物標(biāo)志物的水平，可以隨時監(jiān)測患者的順應(yīng)性。在一種實施方式中，其中僅監(jiān)測一種細胞標(biāo)記物的水平。在另一種實施方式中，同時監(jiān)測兩種或多種細胞標(biāo)記物的水平。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-12/IL-13 p40 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-12/IL-13 p40 mRNA的水平相比，該降低為約80%、85%、90%或95%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測iNOS mRNA的水平，并且與第一生物樣品中iNOS mRNA的水平相比，該降低為約50%、55%、60%或65%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-22 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-22 mRNA的水平相比，該降低為約65%、70%、75%或80%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測IL-8 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL_8 mRNA的水平相比，該降低為約65%、70%、75%或80%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測DEFB4 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中DEFB4 mRNA的水平相比，該降低為約45%、50%、55%或60%或更多。在另一種實施方式中，監(jiān)測MX-1 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中MX_1 mRNA的水平相比，該降低為約40%、45%、50%或55%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測角蛋白16 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中角蛋白16mRNA的水平相比，該降低為約50%、55%、60%或65%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-17A mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-17AmRNA的水平相比，該降低為約60%、65%、70%或75%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-23 pl9 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-23pl9 mRNA的水平相比，該降低為約40%、45%、50%或55%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IL-10 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中IL-10 mRNA的水平相比，該降低為約40%、45%、50%或55%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測IFNimRNA的水平，并且與第一生物樣品中IFNimRNA的水平相比，該降低為約30%、35%、40%或45%或更多。在一種實施方式中，監(jiān)測CXCL9 mRNA的水平，并且與第一生物樣品中CXCL9 mRNA的水平相比，該降低為約20%、25%、30%或35%或更多。在一種實施方式中，治療化合物為本文在別處提供的TOE4抑制劑。在另一種實施方式中，治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基)-1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。在另一種實施方式中，治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(IS)-1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲烷磺?；?乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異吲哚-4-基}-酰胺。4. 4 PDE4 調(diào)節(jié)劑在某些實施方式中，本文提供的生物標(biāo)志物可用于預(yù)測或監(jiān)測TOE4調(diào)節(jié)劑治療銀屑病的效力。本文提供的TOE4調(diào)節(jié)劑包括外消旋的、立體異構(gòu)純的和立體異構(gòu)富集的PDE4調(diào)節(jié)劑，具有選擇性細胞因子抑制活性的立體異構(gòu)的和對映異構(gòu)體純的化合物，及其可藥用鹽、溶劑化物、水合物、立體異構(gòu)體、包合物和前藥。本文提供的某些化合物為已知的CelgeneCorporation, NJ 的 F1DEA 調(diào)節(jié)劑。除非另有說明，如本文使用的術(shù)語“PDE 4調(diào)節(jié)劑”涵蓋小分子藥物，例如不是肽、蛋白質(zhì)、核苷酸、低聚糖或其他大分子的小有機分子。優(yōu)選的化合物抑制TNF-a生成。化合物也可以對LPS誘導(dǎo)的ILlP和IL12具有適度的抑制作用。更優(yōu)選地，本文提供的化合物為高效I3DE 4抑制劑。PDE 4調(diào)節(jié)劑的具體實例包括，但不限于在美國專利號5，605, 914和5，463，063中公開的環(huán)狀亞胺；美國專利號 5，728，844,5, 728，845,5, 968，945,6, 180，644 和 6，518，281中的環(huán)烷基酰胺和環(huán)烷基腈；美國專利號5，801, 195,5, 736，570,6, 046, 221和6，284，780中的芳基酰胺(例如實施方式為N-苯甲酰基-3-氨基-3-(3'，4' - 二甲氧基苯基)_丙酰胺)；在美國專利號5，703, 098中公開的酰亞胺/酰胺醚和醇(例如3-苯二甲酰亞氨基-3-(3' ,4/ - 二甲氧基苯基)_丙-1-醇);在美國專利號5，658，940中公開的琥珀酰亞胺和馬來酰亞胺(例如3-(3'，4'，5' ’6,-四氫鄰苯二甲酰亞胺基)-3-(3”，4”_ 二甲氧基苯基)丙酸甲酯)；在美國專利號6，214，857和WO 99/06041中公開的亞氨基和酰氨基取代的鏈燒異輕]3虧酸(alkanohydroxamic acids);在美國專利號6，011, 050和6，020, 358中公開的取代的苯乙基砜；在美國專利公開號2004/0204448中公開的氟烷氧基-取代的I, 3- 二氫異吲哚基化合物；在美國專利號6，429，221中公開的取代的二酰亞胺(例如2-苯二甲酰亞氨基-3-(3'，4' - 二甲氧基苯基)丙烷);在美國專利號6，326，388中公開的取代的1，3，4-噁二唑(例如，2-[1- (3-環(huán)戊氧基-4-甲氧基苯基)-2- (1，3，4-噁二唑-2-基)乙基]-5-甲基異吲哚啉-1, 3- 二酮)；在美國專利號5，929，117,6, 130，226,6, 262，101和6，479，554中公開的取代的苯乙烯的氰基和羧基衍生物(例如，3，3-雙-(3，4- 二甲氧基苯基)丙烯腈);在WO 01/34606和美國專利No. 6，667，316中公開的2-位被a-(3，4-二取代的苯基)烷基取代和在4-和/或5-位被含氮基團的異吲哚啉-1-酮和異吲哚啉-1，3- 二酮，例如環(huán)丙基-N-{2-[l-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基]-3-氧代異吲哚啉-4-基}甲酰胺、環(huán)丙基-N-{2_[1 (S)-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基]-3-氧代異吲哚啉-4-基}甲酰胺、和環(huán)丙基-N-{2-[l-(R)-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺酰基)乙基]-3-氧代異吲哚啉-4-基}甲酰胺；和在WO01/45702和美國專利號6，699，899中公開的亞氨基和酰氨基取代的酰基異羥肟酸(例如，(3-(1，3-二氧代異吲哚啉-2-基)-3-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)丙?；被?丙酸酯。其他的TOE4調(diào)節(jié)劑包括在美國專利公開號2005/0014727中公開的二苯基乙烯化合物，將其全文并入本文作為參考。其他的TOE4調(diào)節(jié)劑包括在美國專利公開號2006/0025457和2006/0084815中公開的異吲哚啉化合物。其他具體的I3DE 4調(diào)節(jié)劑包括2_[1_(3_乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲基磺?；一鵠-4-乙酰氨基異吲哚啉-1，3- 二酮及其立體異構(gòu)體。(+)-2-[1-(3_乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-甲基磺?；一鵠-4-乙?；被愡胚徇?1，3- 二酮公開在WO 03/080049中。將每個本文提及的專利和專利申請的全文并入本文作為參考。其他的TOE 4調(diào)節(jié)劑屬于合成化合物家族，其典型實施方式包括3-(1，3_ 二氧代苯并_[f]異吲哚-2-基)-3-(3-環(huán)戊氧基-4-甲氧基苯基)丙酰胺和3-(1，3- 二氧代-4-氮雜異吲哚-2-基)-3- (3，4- 二甲氧基苯基)-丙酰胺。本文提供的各種TOE4調(diào)節(jié)劑包含一個或多個手性中心，并且可以作為對映異構(gòu)體的外消旋混合物或非對映異構(gòu)體的混合物存在。本文的方法和組合物涵蓋使用這樣的化合物的純立體異構(gòu)體形式，以及使用那些形式的混合物。例如，可以在本文提供的方法和組合物中使用包括等量或不等量的特定TOE4調(diào)節(jié)劑的對映異構(gòu)體的 混合物。這些異構(gòu)體可以不對稱地合成或利用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)比如手性柱或手性拆分試劑進行拆分。參見，例如 Jacques, J.等人，Enantiomers, Racemates and Resolutions (ffiley-1nterscience,New York, 1981) ；ffilen, S. H.等人，Tetrahedron 33 : 2725 (1977) ;E1 iel，E. L.，Stereochemistry of Carbon Compounds(McGraw-Hill, NY,1962);和 Wilen, S. H. , Tablesof Resolving Agents and Optical Resolutions p. 268 (E. L. Eliel,Ed. ,Univ. of NotreDame Press, Notre Dame,IN, 1972)。如本文使用的，且除非另有說明，術(shù)語“光學(xué)純”是指包含化合物的一種光學(xué)異構(gòu)體且基本上不含該化合物的其他異構(gòu)體的組合物。例如，具有一個手性中心的化合物的光學(xué)純的組合物基本上不含該化合物的相反對映異構(gòu)體。具有兩個手性中心的化合物的光學(xué)純的組合物基本上不含該化合物的其他非對映異構(gòu)體。典型的光學(xué)純化合物包含大于約80%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約20%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體、大于約90%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約10%%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體、大于約95%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約5%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體、大于約97%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約3%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體、或大于約99%重量的化合物的一種對映異構(gòu)體和少于約1%重量的該化合物的其他對映異構(gòu)體。某些特定的PDE4調(diào)節(jié)劑屬于在美國專利號5，698，579,5, 877，200,6, 075, 041和6，200，987和WO 95/01348中公開的一類非多肽環(huán)酰胺，將其分別并入本文作為參考。代表性的環(huán)酰胺包括下式的化合物
O
Ilo
r,C\Il 12
N-CH-(CnH2n)-C-R12
八R7
H H其中n的值為1、2或3;R5為未取代的鄰-亞苯基或被I至4個各自獨立地選自下述的取代基取代的
鄰-亞苯基硝基、氰基、三氟甲基、乙氧羰基、甲氧羰基、丙氧羰基、乙?；被柞；?、乙酰氧基、羧基、羥基、氨基、烷基氨基、二烷基氨基、酰氨基、I至10個碳原子的烷基、I至10個碳原子的烷基和鹵素；R7為(i)苯基或被一個或多個各自獨立地選自下述的取代基取代的苯基硝基、氰基、三氟甲基、乙氧羰基、甲氧羰基、丙氧羰基、乙酰基、氨基甲?；?、乙酰氧基、羧基、羥基、氨基、I至10個碳原子的烷基、I至10個碳原子的烷氧基和鹵素；(ii)未取代的芐基或被I至3個選自下述的取代基取代的芐基硝基、氰基、三氟甲基、乙氧羰基、甲氧羰基、丙氧羰基、乙酰基、氨基甲酰基、乙酰氧基、羧基、羥基、氨基、I至10個碳原子的烷基、I至10個碳原子的燒氧基和齒素，(iii)蔡基，和(iv)節(jié)氧基；R12為-0H、I至12個碳原子的烷氧基，或
權(quán)利要求
1.一種預(yù)測患者是否對銀屑病的治療有反應(yīng)的方法，包括 獲得來自患者的細胞； 在存在或不存在治療化合物的條件下培養(yǎng)所述細胞； 測量選自⑶11C、⑶3、⑶56、ICAM-1、Foxp3、HLA-DR及其組合的細胞標(biāo)記物的水平；和將在存在治療化合物的條件下培養(yǎng)的細胞中所述細胞標(biāo)記物的水平與在不存在治療化合物的條件下培養(yǎng)的細胞中所述細胞標(biāo)記物的水平進行比較； 其中，在存在治療化合物條件下所述細胞標(biāo)記物的水平降低指示對所述治療化合物的有效患者反應(yīng)的可能性。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，僅監(jiān)測一種細胞標(biāo)記物的水平。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，同時監(jiān)測兩種或更多種細胞標(biāo)記物的水平。
4.一種預(yù)測患者是否對銀屑病的治療有反應(yīng)的方法，包括 獲得來自患者表皮區(qū)域的細胞； 在存在或不存在治療化合物的條件下培養(yǎng)所述細胞； 測量所述細胞中Langerin的水平；和 將在存在治療化合物的條件下培養(yǎng)的細胞中Langerin的水平與在不存在治療化合物的條件下培養(yǎng)的細胞中Langerin的水平進行比較； 其中，在存在治療化合物條件下Langerin的水平降低指示對所述治療化合物的有效患者反應(yīng)的可能性。
5.根據(jù)權(quán)利要求1或4所述的方法，其中，所述治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)_1，3- 二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。
6.根據(jù)權(quán)利要求1或4所述的方法，其中，所述治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異吲哚-4-基}-酰胺。
7.—種監(jiān)測患者對銀屑病治療的有反應(yīng)的方法，包括 獲得來自患者的生物樣品； 測量所述生物樣品中選自 CDl lc、CD3、CD56、ICAM-1、Foxp3、Langerin, HLA-DR 及其組合的細胞標(biāo)記物的水平； 向患者給藥治療化合物； 此后獲得來自患者的第二生物樣品； 測量所述第二生物樣品中相同細胞標(biāo)記物的水平；和 比較獲自第一和第二生物樣品的細胞標(biāo)記物的水平； 其中，所述第二生物樣品中所述細胞標(biāo)記物的水平降低指示出有效反應(yīng)。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中，監(jiān)測獲自真皮區(qū)域的CDllc水平，并且與所述第一生物樣品中的⑶Ilc水平相比，所述降低為約30%、35%、40%或45%或更多。
9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中，監(jiān)測獲自表皮區(qū)域的CDllc水平，并且與所述第一生物樣品中的⑶Ilc水平相比，所述降低為約60%、65%、70%或75%或更多。
10.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中，監(jiān)測獲自真皮區(qū)域的CD3水平，并且與所述第一生物樣品中的⑶3水平相比，所述降低為約15%、20%、25%或30%或更多。
11.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中，監(jiān)測獲自表皮區(qū)域的CD3水平，并且與所述第一生物樣品中的⑶3水平相比，所述降低為約25%、30%、35%或40%或更多。
12.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中，監(jiān)測獲自真皮區(qū)域的CD56水平，并且與所述第一生物樣品中的⑶56水平相比，所述降低為約15%、20%、25%或30%或更多。
13.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中，監(jiān)測獲自表皮區(qū)域的CD56水平，并且與所述第一生物樣品中的⑶56水平相比，所述降低為約60%、65%、70%或75%或更多。
14.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中，監(jiān)測獲自真皮區(qū)域的Langerin水平，并且與所述第一生物樣品中的Langerin水平相比，所述降低為約40%、45%、50%或55%或更多。
15.一種預(yù)測患者對銀屑病的治療是否有響應(yīng)的方法，包括 獲得來自患者表皮區(qū)域的細胞； 在存在或不存在治療化合物的條件下培養(yǎng)所述細胞； 測量所述細胞中的Langerin水平；和 將在存在治療化合物條件下培養(yǎng)的細胞中的Langerin水平與在不存在治療化合物條件下培養(yǎng)的細胞中的Langerin水平進行比較； 其中，在存在治療化合物條件下Langerin的水平降低指示對所述治療化合物的有效患者反應(yīng)的可能性。
16.根據(jù)權(quán)利要求7或15所述的方法，其中，所述治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)_1，3- 二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。
17.根據(jù)權(quán)利要求7或15所述的方法，其中，所述治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺?；?乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異吲哚-4-基}-酰胺。
18.一種預(yù)測患者對銀屑病的治療是否有反應(yīng)的方法，包括 獲得來自患者的細胞； 在存在或不存在治療化合物的條件下培養(yǎng)所述細胞； 測量選自角蛋白 16、iNOS、IL-12/IL-23p40、IL_23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10、IFN- y、CXCL9 的 mRNA 及其組合的 mRNA 的水平；和 將在存在治療化合物條件下培養(yǎng)的細胞中的mRNA水平與在不存在治療化合物條件下培養(yǎng)的細胞中的mRNA水平進行比較； 其中，在存在治療化合物條件下mRNA的水平降低指示對所述治療化合物的有效患者反應(yīng)的可能性。
19.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中，僅監(jiān)測一種mRNA的水平。
20.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中，同時監(jiān)測兩種或更多種mRNA的水平。
21.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中，所述治療化合物為(S)-N-(2-(1-(3-乙氧基-4-甲氧基苯基)-2-(甲基磺?；?乙基)_1，3-二氧代異吲哚啉-4-基)乙酰胺。
22.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中，所述治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺酰基-乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異吲哚-4-基}-酰胺。
23.—種監(jiān)測患者對銀屑病治療的反應(yīng)的方法，包括 獲得來自患者的生物樣品； 測量所述生物樣品中選自角蛋白 16、iN0S、IL-12/IL-23p40、IL-23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10, IFN- y、CXCL9 的 mRNA 及其組合的 mRNA 的水平； 向所述患者給藥治療化合物； 此后獲得來自所述患者的第二生物樣品； 測量所述第二生物樣品中選自角蛋白16、iNOS、IL-12/IL-23p40、IL_23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8, MX-U IL-10, IFN- y、CXCL9 的 mRNA 及其組合的 mRNA 的水平；和比較來自第一和第二生物樣品的mRNA的水平； 其中，所述第二生物樣品中mRNA的水平降低指示有效反應(yīng)。
24.一種監(jiān)測患者對銀屑病的藥物治療方案的順應(yīng)性的方法，包括 獲得來自所述患者的生物樣品； 測量所述生物樣品中選自角蛋白 16、iN0S、IL-12/IL-23p40、IL-23pl9、IL-17A、IL-22、DEFB4、IL-8、MX-1、IL-10, IFN- y、CXCL9 的 mRNA 及其組合的 mRNA 的水平；和確定與對照未處理樣品中的表達水平相比，患者樣品中的表達水平是否降低； 其中，表達降低指示患者對所述藥物治療方案有順應(yīng)性。
25.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測IL-12/IL-13p40mRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的IL-12/IL-13p40mRNA水平相比，所述降低為約80%、85%、90%或95%或更多。
26.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測iNOSmRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的iNOS mRNA水平相比，所述降低為約50%、55%、60%或65%或更多。
27.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測IL-22mRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的IL-22mRNA水平相比，所述降低為約65%、70%、75%或80%或更多。
28.根據(jù)權(quán)利要求23或24的方法，其中，監(jiān)測IL-SmRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的IL-8mRNA水平相比，所述降低為約65%、70%、75%或80%或更多。
29.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測DEFB4mRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的DEFB4mRNA水平相比，所述降低為約45%、50%、55%或60%或更多。
30.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測MX-1mRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的MX-1mRNA水平相比，所述降低為約40%、45%、50%或55%或更多。
31.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測角蛋白16mRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的角蛋白16mRNA水平相比，所述降低為約50%、55%、60%或65%或更多。
32.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測IL-17AmRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的IL-17A mRNA水平相比，所述降低為約60%、65%、70%或75%或更多。
33.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測IL-23pl9mRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的IL-23pl9mRNA水平相比，所述降低為約40%、45%、50%或55%或更多。
34.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測IL-1OmRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的IL-1OmRNA水平相比，所述降低為約40%、45%、50%或55%或更多。
35.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測IFN-y mRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的IFN-YmRNA水平相比，所述降低為約30%、35%、40%或45%或更多。
36.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，監(jiān)測CXCL9mRNA的水平，并且與所述第一生物樣品中的CXCL9mRNA水平相比，所述降低為約20%、25%、30%或35%或更多。
37.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，所述治療化合物為(S)-N-{2-[l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺?；?乙基]-1，3-二氧代-2，3-二氫-1H-異吲哚-4-基}-乙酰胺。
38.根據(jù)權(quán)利要求23或24所述的方法，其中，所述治療化合物為環(huán)丙烷羧酸{2-[(lS)-l-(3-乙氧基-4-甲氧基-苯基)-2-甲烷磺?；?乙基]-3-氧代-2，3-二氫-1H-異吲哚-4-基}-酰胺。
全文摘要
本發(fā)明提供了用于預(yù)測或監(jiān)測對銀屑病治療效力的生物標(biāo)志物。還提供了某些細胞標(biāo)記物和mRNA水平作為預(yù)測銀屑病治療是否可能成功的生物標(biāo)志物的用途。進一步地，這些基因或細胞標(biāo)記物的表達可用于監(jiān)測接受治療的銀屑病患者中治療有效性的進展和患者順應(yīng)性。
文檔編號G01N33/50GK103026229SQ201180029695
公開日2013年4月3日 申請日期2011年6月15日 優(yōu)先權(quán)日2010年6月15日
發(fā)明者彼得·H·謝弗, 勇·林, 唐納·薩瑟蘭 申請人:細胞基因公司