[0050]S100A2基因：正向引物如沈Q ID NO. 49所示，反向引物如沈Q ID NO. 50所示； [005。沈RPINB3基因：正向引物如沈Q ID NO. 51所示，反向引物如沈Q ID NO. 52所示；
[0052]SPINKl基因：正向引物如沈Q ID NO. 53所示，反向引物如沈Q ID NO. 54所示；
[0053]SPRRlB基因：正向引物如沈Q ID NO. 55所示，反向引物如沈Q ID NO. 56所示；
[0054]TFPI2基因：正向引物如沈Q ID NO. 57所示，反向引物如沈Q ID NO. 58所示；
[00巧]TRIM29基因：正向引物如沈Q ID NO. 59所示，反向引物如沈Q ID NO. 60所示。
[0056] 上述試劑盒的使用方法包括W下步驟：
[0057](1)將包含腫瘤組織的生物學(xué)樣品與生物標(biāo)志物接觸；
[0058](2)測定所述標(biāo)志物在該生物學(xué)樣品中的表達(dá)水平；
[0059](3)檢測生物學(xué)樣品中基因的表達(dá)模式，并將其與肺癌基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比 對(duì)。
[0060] 所述試劑盒檢測的表達(dá)可W通過實(shí)時(shí)定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（RT-PCR)，或者 基因忍片，或者高通量測序技術(shù)。
[0061] 所述試劑盒檢測的表達(dá)水平是mRNA表達(dá)水平。
[0062] 僅作為本發(fā)明上述補(bǔ)助的例子，針對(duì)石蠟包埋腫瘤組織，利用實(shí)時(shí)定量逆轉(zhuǎn)錄聚 合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（RT-PCR)，區(qū)分肺癌亞型的方法，包含W下步驟：
[0063] (1)獲取腫瘤組織的石蠟包埋組織；
[0064] (2) W實(shí)時(shí)定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)檢測該樣品中30個(gè)基因的表達(dá)；
[0065] (3)檢測該樣品中30個(gè)基因的表達(dá)模式，并將其與肺癌基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比 對(duì)，區(qū)分肺癌亞型。
[0066] 在本發(fā)明的另一方面，提供所述的試劑盒在制備判斷肺癌亞型的制劑中的用途。
[0067] 在本發(fā)明的另一方面，提供一組用于肺癌分子分型的基因在制備用于判斷肺癌亞 型的基因忍片中的應(yīng)用，所述基因忍片包括固相載體和探針，所述探針與待測13個(gè)基因 序列和/或其互補(bǔ)序列進(jìn)行雜交，待測13個(gè)基因?yàn)椋篊OMP基因、FXYD3基因、GABRP基因、 HLA-DQAl基因、MMPlO基因、NMU基因、NTS基因、RPS4Y1基因、沈RPINB4基因、沈RPINB5基 因、SPRR2A基因、SPRR3基因、UPKlB基因；所述探針分別是沈QIDNo. 61~沈QIDNo. 73 所示序列。
[0068] 在本發(fā)明的另一方面，提供一組用于肺癌分子分型的基因在制備用于判斷肺癌亞 型的基因忍片中的應(yīng)用，所述基因忍片包括固相載體和探針，所述探針與上述待測30個(gè)基 因序列和/或其互補(bǔ)序列進(jìn)行雜交，所述探針分別是SEQIDNo. 61~SEQIDNo. 90所示 序列。
[0069] 本發(fā)明通過檢測30個(gè)與肺癌亞型相關(guān)的基因，構(gòu)建統(tǒng)計(jì)分析模型用于區(qū)分肺腺 癌和肺鱗癌，從而幫助醫(yī)生進(jìn)行用藥指導(dǎo)，實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)醫(yī)療，W提高肺癌患者的生存率，改善 患者生存狀況。經(jīng)試驗(yàn)驗(yàn)證，本發(fā)明試劑盒能準(zhǔn)確區(qū)分肺腺癌和肺鱗癌，其適用范圍廣、準(zhǔn) 確率高，有助于實(shí)現(xiàn)個(gè)性化用藥，對(duì)患者進(jìn)行精準(zhǔn)治療具有重要的臨床意義。
【附圖說明】
[0070] 圖1是本發(fā)明實(shí)施例5中30基因肺癌診斷的判別結(jié)果示意圖。
【具體實(shí)施方式】
[0071]W下實(shí)施例僅用于說明本發(fā)明，而不用于限制本發(fā)明的范圍。實(shí)施例中未注明 具體條件的實(shí)驗(yàn)方法，按照制造試劑盒生產(chǎn)公司所建議的條件或按照常規(guī)實(shí)驗(yàn)條件，例 如Sambrook等人，分子克?。簩?shí)驗(yàn)室手冊(cè)（NewYork:ColdSpringHarborL油oratory Press, 1989)中所述的條件。除非另行定義，文中所使用的所有專業(yè)與科學(xué)用語與本領(lǐng)域熟 練人員所熟悉的意義相同。此外，任何與所記載內(nèi)容相似或均等的方法及材料皆可應(yīng)用于 本發(fā)明中。文中所述的較佳實(shí)施方法與材料僅作示范之用。
[0072] 實(shí)施例1.
[0073] 訓(xùn)練集樣本收集及化理：
[0074] 本發(fā)明分析了大樣本量的肺癌患者臨床數(shù)據(jù)及其生物學(xué)樣品數(shù)據(jù)，其中包括391 例肺腺、237例肺鱗癌，總計(jì)628例患者的相關(guān)臨床資料和基因表達(dá)數(shù)據(jù)，構(gòu)建肺癌基因表 達(dá)譜數(shù)據(jù)庫。
[00巧]13個(gè)特?fù)疋缁e的篩洗:
[0076] 根據(jù)基因表達(dá)豐度的測量值，發(fā)明人采用統(tǒng)計(jì)分析方法T檢驗(yàn)從2萬多個(gè)基因中 篩選出13個(gè)與腫瘤原發(fā)部位密切相關(guān)的基因。運(yùn)些基因在肺癌亞型中存在差異性表達(dá)，具 有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，見表1。
[0077] 表1:13基因集合
[0078]
陽07引 13基閑統(tǒng)計(jì)分析橫巧的構(gòu)律:
[0080] 基于13個(gè)特異基因在628例肺癌樣本中的表達(dá)模式，發(fā)明人采用支持向量機(jī)(SuppcxrtVectorMachines)算法，建立統(tǒng)計(jì)分析模型用于判別肺癌亞型。對(duì)于每一例待 測樣品，模型計(jì)算該樣品的基因表達(dá)模式與數(shù)據(jù)庫中腺癌和鱗癌樣品的相似度分?jǐn)?shù)，并根 據(jù)相似度分?jǐn)?shù)最大原則判別該樣品的亞型類別。自1992年發(fā)明W來，支持向量機(jī)算法已被 廣泛地應(yīng)用于解決各類模式識(shí)別問題，包括金融數(shù)據(jù)分析、語音識(shí)別和生物數(shù)據(jù)分析。本領(lǐng) 域的技術(shù)人員可通過開源免費(fèi)的分析軟件，例如：R、Rapi血iner和WEKA使用支持向量機(jī) 算法。不僅僅局限于支持向量機(jī)算法，其他公知的數(shù)據(jù)挖掘方法都可采用，例如加權(quán)投票 (Wei曲tedVoting)、K-最鄰近值化-nearestNei曲bors)、隨機(jī)森林（Random!^rest),相 關(guān)性系數(shù)（CorrelationCoefficients)等。
[00引]實(shí)施例2.
[0082] 輪證集測試:
[0083] 本實(shí)施例中，發(fā)明人分析了包含1130例肺癌的高通量測序數(shù)據(jù)，其中有肺腺癌 576,肺鱗癌554例。通過13基因統(tǒng)計(jì)分析模型對(duì)每個(gè)樣品進(jìn)行亞型的判別，并與臨床病 理診斷結(jié)果相比較，準(zhǔn)確率為82. 7%。W肺腺癌為參照，預(yù)測的敏感度為93.0%，特異度為 72.0%，見表 2。
[0084] 表2 :13基因模型在1130例驗(yàn)證集中的判別結(jié)果
[0085]
[008引實(shí)施例3.
[0087] 30個(gè)特?fù)疋缁e的篩洗:
[0088] 發(fā)明人將T檢驗(yàn)的篩選標(biāo)準(zhǔn)放寬至P值小于0. 01，進(jìn)一步得到額外的17個(gè)基因。 運(yùn)些基因在肺腺癌和肺鱗癌中存在差異性表達(dá)，差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。將17個(gè)基因與實(shí)施 例1中的13個(gè)基因合并，組成30基因集合，見表3。
[008引表3:17基因集合
[0090]

陽09。30基閑統(tǒng)計(jì)分析橫巧的構(gòu)律:
[0092]基于30個(gè)特異基因在628例肺癌樣本中的表達(dá)模式，發(fā)明人采用支持向量機(jī)算 法，建立統(tǒng)計(jì)分析模型用于判別肺癌亞型。對(duì)于每一例待測樣品，模型計(jì)算該樣品的基因表 達(dá)模式與數(shù)據(jù)庫中腺癌和鱗癌樣品的相似度分?jǐn)?shù)，并根據(jù)相似度分?jǐn)?shù)最大原則判別該樣品 的亞型類別。
[009引實(shí)施例4.
[0094] 輪證集測試:
[0095] 本實(shí)施例中，發(fā)明人分析了包含1130例肺癌的高通量測序數(shù)據(jù)，其中腺癌576例， 鱗癌554例。通過30基因統(tǒng)計(jì)分析模型對(duì)每個(gè)樣品進(jìn)行亞型的判別，并與臨床病理診斷結(jié) 果相比較，準(zhǔn)確率為91. 5%。W肺腺癌為參照，預(yù)測的敏感度為95. 1 %，特異度為87. 7%， 見表4。
[009引表4 :30基因模型在1130例驗(yàn)證集中的判別結(jié)果
[0097]
[009引 實(shí)施例5.
[0099] 本實(shí)施例中，收集手術(shù)切除后的肺癌組織的石蠟包埋樣品，該生物學(xué)樣品經(jīng)病理 診斷確認(rèn)為肺癌，且已知為肺腺癌。實(shí)驗(yàn)人員用手工刮片的方式從福爾馬林固定石蠟包埋 的組織塊上肺癌細(xì)胞富集區(qū)收集并提取總RNA;用面ase處理W確保完全去除基因組DNA 的污染；經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄后獲得cDNA，進(jìn)行30個(gè)基因的實(shí)時(shí)定量PCR。實(shí)時(shí)定量PCR反應(yīng)在ABI 公司的7500型儀器上應(yīng)用化qman?技術(shù)完成。PCR反應(yīng)結(jié)束后，根據(jù)該樣品30個(gè)基因的 表達(dá)模式，統(tǒng)計(jì)分析模型計(jì)算該樣品與肺癌亞型的相似度分?jǐn)?shù)。
[0100] 設(shè)計(jì)30個(gè)基因的PCR引物組分別如下：
[010。 COMP基因：正向引物如沈QIDNO.I所示，反向引物如沈QIDNO. 2所示；
[0102] FXYD3基因：正向引物如沈QIDNO. 3所示，反向引物如沈QIDNO. 4所示；
[010引 GABRP基因：正向引物如沈QIDNO. 5所示，反向引物如沈QIDNO. 6所示；
[0104] HLA-DQAl基因：正向引物如沈QIDNO. 7所示，反向引物如沈QIDNO. 8所示；
[010引 MMPlO基因：正向引物如沈QIDNO. 9所示，反向引物如沈QIDNO. 10所示；
[010引 NMU基因：正向引物如SEQIDNO. 11所示，反向引物如SEQIDNO. 12所示；
[0107] NTS基因：正向引物如沈QIDNO. 13所示，反向引物如沈QIDNO. 14所示；
[0108] RPS4Y1基因：正向引物如沈QIDNO. 15所示，反向引物如沈QIDNO. 16所示；
[0109] 沈RPINB4基因：正向引物如沈QIDNO. 17所示，反向引物如沈QIDNO. 18所示；
[0110] 沈RPINB5基因：正向引物如沈QIDNO. 19所示，反向引物如沈QIDNO. 20所示；
[01川 SPRR2A基因：正向引物如沈QIDNO. 21所示，反向引物如沈QIDNO. 22所示；
[0112] SPRR3基因：正向引物如沈QIDNO. 23所示，反向引物如沈QIDNO. 24所示；
[0113] UPKlB基因：正向引物如沈QIDNO. 25所示，反向引物如沈QIDNO. 26所示。
[0114] 化CA2基因：正向引物如沈QIDNO. 27所示，反向引物如沈QIDNO. 28所示；
[0115] DSG3基因：正向引物如沈QIDNO. 29所示，反向引物如沈QIDNO. 30所示；
[0116] FGB基因：正向引物如沈QIDNO. 31所示，反向引物如沈QIDNO. 32所示；
[0117] HSD17B2基因：正向引物如沈QIDNO. 3