一種與調(diào)控溫敏半矮生型桃節(jié)間長度緊密連鎖的snp標(biāo)記及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種與調(diào)控溫敏半矮生型桃節(jié)間長度 緊密連鎖的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 桃[Prunuspersica(L. )Batsch]為多年生落葉果樹，萌芽力強(qiáng)、生長量大。優(yōu)化 樹體結(jié)構(gòu)是解決上述問題的關(guān)鍵途徑，株高是優(yōu)化樹體結(jié)構(gòu)的重要組成部分，降低樹體高 度有助于高密栽培、提高單位面積產(chǎn)量、節(jié)約勞動力成本、提高桃樹種植的經(jīng)濟(jì)效益和果園 的經(jīng)濟(jì)壽命（Bassietal.，1994;王志強(qiáng)等，2004)。實(shí)現(xiàn)樹體有限矮化和優(yōu)化樹冠結(jié)構(gòu)有 兩種途徑，一是通過栽培手段（砧木或化學(xué)調(diào)控等）；二是通過品種的遺傳改良。由于迄今 未獲得具有理想矮化效果的桃砧木，化學(xué)調(diào)控的安全性又存在爭議，因此，培育樹體有限矮 化、樹冠結(jié)構(gòu)合理、經(jīng)濟(jì)系數(shù)高和易于管理的品種，已成為桃育種的重要目標(biāo)（Chalmerset al. 1981;Bassietal. 1994 ;王志強(qiáng)等，2004 ;牛良等，2012)。
[0003] 半矮生型是重要的生長型之一，其植株高度介于普通生長型和矮化型之間，植株 高度為普通生長型的2/3-l/2(GradZieletal. 1993)。目前，半矮生型有3種：不完全顯 性單基因控制的半矮生型（Monetetal. 1975)、單基因顯性控制的半矮生型（Gradzielet al. 1993)以及我們發(fā)現(xiàn)的依賴溫度調(diào)控節(jié)間長度的半矮生型。該性狀受一對等位基因控 制，對普通型為顯性，樹體僅為普通型的1/2-1/3,節(jié)間較短，果枝粗壯而長度適中，年修剪 量極小，是比較理想的有限矮化樹型（王志強(qiáng)等，2004)。
[0004] 近年來隨著生物技術(shù)的進(jìn)步，特別是基于二代測序的標(biāo)記技術(shù)加速了作物基因的 精細(xì)定位和分子輔助選種體系的建立（Takagi et al.2013;Abe et al.2012)。果樹進(jìn)展 較快，克隆了許多重要經(jīng)濟(jì)性狀的基因并建立了分子輔助選種體系，如蘋果紅肉顏色基因 (ChagnSet al.2〇〇7)、蘋果柱型基因（Petersen and Krost，2〇l3;0tto et al.2〇14;Bai et al. 2012)、桃黃\白肉基因的克?。ˋdami等2013)?？刂铺覙湫突虻木?xì)定位和基因克 隆進(jìn)展相對較慢，目前僅克隆了控制桃分枝角度的TAC1基因（Dardick et al.2013)，精細(xì) 定位控制其它樹型基因并獲得相關(guān)的分子標(biāo)記是建立不同樹型的分子輔助選種體系，并創(chuàng) 制新的種質(zhì)獲得理想樹型是桃產(chǎn)業(yè)中急需解決的關(guān)鍵問題之一?；诖?，本發(fā)明在獲得溫 度敏感型半矮生型桃新種質(zhì)的基礎(chǔ)上開展了目標(biāo)性狀的精細(xì)定位，并得到一個(gè)緊密連鎖的 SNP標(biāo)記，實(shí)現(xiàn)對目標(biāo)性狀進(jìn)行分子鑒定，確立目標(biāo)性狀的分子輔助選種體系。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 解決的技術(shù)問題：本發(fā)明針對以上情況，提供一種與調(diào)控溫敏半矮生型桃節(jié)間長 度緊密連鎖的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。
[0006] 技術(shù)方案：一種與調(diào)控溫敏半矮生型桃節(jié)間長度緊密連鎖的SNP標(biāo)記，所獲得 的緊密連鎖SNP標(biāo)記為SNP260k-l和SNP260k-13,分別位于桃基因組（Version1. 0) Scaffold3 的 2. 850Mb和 3. 003Mb處。
[0007] 上述SNP標(biāo)記在調(diào)控溫敏半矮生型桃節(jié)間長度中的應(yīng)用。
[0008] -種鑒定與調(diào)控溫敏半矮生型桃節(jié)間長度的引物對，如下所示：
[0009]SNP260k-l的引物對為：5-AGGGTITCATGGCGTTAAAGC-3;
[0010] 5-AAACTGAACTGCTCTTCCACGG-3；
[0011]SNP260k-13 的引物對為：5-CmTCTCCGCCGCGTTAAT-3;
[0012] 5-CCCGGGATGTGACAATTTGG-3。
[0013] 上述引物對在鑒定與調(diào)控溫敏半矮生型桃節(jié)間長度中的應(yīng)用。
[0014] 上述引物對在鑒定如上所述與調(diào)控溫敏半矮生型桃節(jié)間長度緊密連鎖的SNP標(biāo) 記中的應(yīng)用。
[0015] 含有上述引物對的試劑盒。
[0016] 有益效果：本發(fā)明采用基于SNP的第三代標(biāo)記標(biāo)記技術(shù)，結(jié)合構(gòu)建的分離雜交群 體，采用圖位克隆的方法，對調(diào)控溫敏型半矮生桃節(jié)間長度的基因進(jìn)行了精細(xì)定位，在精細(xì) 定為區(qū)域內(nèi)，開發(fā)穩(wěn)定的、共顯性和多態(tài)性的SNP標(biāo)記，以獲得與目標(biāo)性狀緊密連鎖的標(biāo) 記。由于研究的對象為基于溫度調(diào)控節(jié)間長度的半矮生型桃，可依據(jù)獲得的緊密連鎖標(biāo)記 克隆目標(biāo)性狀的基因，應(yīng)用于分子輔助選種。
【附圖說明】
[0017] 圖1溫度啟動半矮生型節(jié)間的伸長圖；
[0018] 圖2溫度對普通生長型節(jié)間伸長基本無影響圖；
[0019] 圖3普通生長型（左）和半矮生型（右）節(jié)間長度比較圖；
[0020] 圖4DNA瓊脂糖電泳圖（M為DL2000DNAmarker，1-13為部分提取DNA樣品）；
[0021] 圖5為？0?擴(kuò)增片段電泳圖〇\1為01 20000嫩11^11?^，1-9為部分？0?擴(kuò)增樣品）；
[0022] 圖6為與目標(biāo)性狀緊密連鎖的SNP標(biāo)記SNP260k_l的測序峰圖和SNP位點(diǎn)圖；
[0023] 圖7為與目標(biāo)性狀緊密連鎖的SNP標(biāo)記SNP260k-13的測序峰圖和SNP位點(diǎn)圖。
【具體實(shí)施方式】
[0024] 下面將結(jié)合本發(fā)明實(shí)施例，對本發(fā)明實(shí)施例中的技術(shù)方案進(jìn)行清楚、完整地描述， 顯然，所描述的實(shí)施例僅為本發(fā)明一部分實(shí)施例，而不是全部的實(shí)施例?；诒景l(fā)明中的實(shí) 施例，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員在沒有做出創(chuàng)造性勞動前提下所獲得的所有其他實(shí)施例，都屬 于本發(fā)明保護(hù)的范圍。其中，如無特殊說明，實(shí)施例中涉及的各種反應(yīng)試劑均可以通過商業(yè) 渠道購買得到；如無特殊說明，實(shí)施例中涉及的具體操作參見《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南第三版》。
[0025] 實(shí)施例1
[0026](一）、溫度敏感型半矮生桃表型的鑒定
[0027] (1)溫度處理及表型的確定
[0028]將雜交后代普通生長型和半矮生型各20株實(shí)生苗分別放入人工氣候室 (MLR-351H;SanyoElectric)中進(jìn)行溫度處理，在前期研究的基礎(chǔ)上，白天設(shè)置2種溫度 (23°C和30°C)，濕度為70%，光照時(shí)長llh，光照強(qiáng)度為12000LUX，采用白色熒光燈管作為 光源，暗處理溫度為17°C。采用游標(biāo)卡尺對不同溫度處理（23°C和30°C)新稍的節(jié)間長度 進(jìn)行測定，測定10個(gè)節(jié)間求平均值。
[0029] 溫度處理表明，23°C時(shí)半矮生型桃處于極短矮化狀態(tài)，30°C時(shí)溫度啟動了節(jié)間的 伸長，節(jié)間長度接近普通生長型桃。溫度啟動了半矮生型節(jié)間長度的伸長，而溫度對普通生 長型桃的節(jié)間長度幾乎沒有影響。因此，我們將依賴溫度調(diào)控該半矮生型桃節(jié)間長度的基 因定義為溫度敏感型基因（圖1、2、3)。