一種黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的snp分子標(biāo)記的制作方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于黃麻的育種技術(shù)領(lǐng)域，涉及一種黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子
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【背景技術(shù)】
[0002]單核苷酸多態(tài)性(SNP，Single Nucleotide Polymorphisms)是指在基因組上單個(gè)核苷酸的變異形成的遺傳標(biāo)記，包括轉(zhuǎn)換、顛換、缺失/插入等。其數(shù)量多，多態(tài)性豐富。從理論上來看，每一個(gè)SNP位點(diǎn)都可以有4種不同的變異形式。SNP在CG序列上出現(xiàn)較為頻繁，多是C轉(zhuǎn)換為T，這是因?yàn)槭荂G序列中的胞嘧啶(C)常被甲基化，而后自發(fā)地脫氨成為胸腺嘧啶(T)。SNP是第三代遺傳標(biāo)志，作物許多重要農(nóng)藝性狀差異都可能與SNP有關(guān)。SNP被廣泛應(yīng)用于遺傳圖譜構(gòu)建、基因定位、品種鑒定等領(lǐng)域。如在DNA水平上篩查和檢測(cè)與奶山羊泌乳性狀密切相關(guān)的分子遺傳標(biāo)記的專利申請(qǐng)“奶山羊SCD基因的單核苷酸多態(tài)性及其檢測(cè)方法”(公開號(hào)CN101705290A)。
[0003]黃麻(CorcAazm1 5Α?.)是繼棉花之后最重要的天然纖維作物之一。目前，黃麻{Corchorus spp)廣泛在亞熱帶和熱帶地區(qū)種植，主要分布在印度、孟加拉國、中國、烏茲別克斯坦、尼泊爾、越南、緬甸、津巴布韋、泰國與埃及等。由于黃麻韌皮部纖維具有可生物降解，可再生和天然纖維的特點(diǎn)，被稱為黃金纖維。
[0004]眾所周知，病蟲害會(huì)大大降低了黃麻的產(chǎn)量與纖維品質(zhì)。而炭疽病是影響黃麻生產(chǎn)的主要病害之一。炭疽菌在全國均有發(fā)生，尤其在溫暖濕潤的地區(qū)。炭疽菌可以危害到黃麻莖桿等，進(jìn)而直接影響到黃麻的產(chǎn)量與品質(zhì)，成為國內(nèi)外黃麻生產(chǎn)和利用上的一大瓶頸。
[0005]目前，國內(nèi)外黃麻SNP分子標(biāo)記的研究仍十分有限，僅少數(shù)實(shí)驗(yàn)室開始了有關(guān)工作，如Biswas等進(jìn)行黃麻SNP分子標(biāo)記開發(fā)及其遺傳連鎖圖譜構(gòu)建(Biswas等，2015，Molecular Breeding, 35 (5): 1-10) 0鑒于黃麻SNP分子標(biāo)記數(shù)目多，還有大量的未被發(fā)現(xiàn)，且開展黃麻炭疽病SNP標(biāo)記對(duì)于黃麻纖維產(chǎn)量和品質(zhì)的改良具有重要的應(yīng)用價(jià)值。因此，開展黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子標(biāo)記的研究，對(duì)于開發(fā)具有我國知識(shí)產(chǎn)權(quán)的SNP標(biāo)記顯得十分迫切和必要。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006]本發(fā)明的目的在于提供了黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子標(biāo)記及其核苷酸序列，為黃麻炭疽病抗性育種提供了新的分子標(biāo)記。
[0007]本發(fā)明實(shí)現(xiàn)的技術(shù)方案:
本發(fā)明通過黃麻重組自交系群體基因組DNA的提取，BfaI與MseI酶切，產(chǎn)物純化測(cè)序、SNP篩查分析確定基因型，根據(jù)測(cè)序檢測(cè)到的基因型利用EXCEL軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，MapQTL 5.0軟件用于基因型與炭疽病抗性表型的顯著性差異分析，得到26個(gè)SNP分子標(biāo)記。所述黃麻 SNP 分子標(biāo)記編號(hào)為 Markerl0514，Markerl5132，Markerl5713，Marker23360，Markerl9857, Markerl3539, Markerl9482, Markerl6051, Marker27006, Markerl7579,Marker35896, Markerl9650, Marker35678, Marker27385, Marker28811, Marker32863,Marker23852, Marker25102, Marker33314, Marker28047, Marker35589, Marker32497,Marker27955, Marker26827，Marker30248，Marker32758，各編號(hào)所對(duì)應(yīng)的黃麻 SNP 分子標(biāo)記及其核苷酸序列為SEQ ID N0.1-26所示。
[0008]黃麻炭疽病抗性QTL qAR.AlO區(qū)段的26個(gè)SNP標(biāo)記序列如下所示。
[0009]Markerl0514:GGTCATATAAACGGTCAATCTCTATGAAATTCTCGCGTTGCATAATCGATTTGGGTCAATTCAGTCCAAAAT
[A/G]TTTTGGATTATTTACATMarker15132:
ACCAATACATTCTTGTATATATACTAAA[T/C]AGTATTTGAAACATCTATTATCCTTTCCTTTCACATAAATGTTGTAATAAATTCTATCCCCMarkerl5713:
ACCCAAATCAACCTTACACCTGAGTTGTTAGCTCAACTGGTAGGTGGGTATATAGAAATTTATTCTGATTGTAATGAGATTTCACAC[A/G]AAMarker23360:
ATTCGAAGTCAAATTGACTAAAACACCAAATAATGAAAACTTTCTCTCGAATAATAAGT[C/T]GAGCTGAATTTGAGTTTCATTATACTCAACMarkerl9857:
CCTGATAATAGGAAAATGAGAAAAAAATGTTTTTCTTAT[A/-]GATGTTATGGAGCTTTCTATAATTCTTTTATCTGCTATTCAAGTGATAGTMarkerl3539:
AAAAAAACTCCAAATTATGCAGGTCTCTGCCAGTGGAATGTGCT[-/T]ACTTACAGGCTTTTTGGTATAAGATGATATATTGTTTTCCACAGAMarkerl9482:
AAAGATTCTAGATGCTTATGTTTGCCTTGTGGTCCTCATTTCTCAAACACAATTTTTTTCA[T/C]ATAGACTTTTGCTTGTTCTCACTCTGTGMarkerl6051:
GGTTGCGT[A/T]TGGTTTCGTGGTATGTAGTGGGAAAGTGTGGTAAGTCCTAGGAAAGTGTTACTTTTTTTTCACTTGTATTTCTCTTGTATTMarker27006:
TTCATTTTCCCCCAAACGCCAGACTTCTCTCCCTTTACTTTC[A/G]AATCGAGTTAGGGTTTCGAAATAATTTGGGGGTTTTGATTTCTGGGTMarkerI7579:
TCAGTATATATTTTTTGTTTTTGGTAAGTATGACTAATGGACATTA[C/G]GTAGAGTTGCCGAAACCCAAAATATCTACCTCCATTTTATTGTMarker35896:
TGTAGATAAATACATAACCCAATTAGTACCAAATTTAGC[C/T]GGTATTTATTGGTATTTTGGGATGCTTATGGTGTGGATTGTTTGTTTATTMarkerl9650:TGCACGTTATCT[G/T]GTACTTCTAGTTATTGGCTCTCTCTTGTTTGTCTATGTTTACAAACACGTGAAATTTTTATTTTTTTTTTATTTCATMarker35678:
AAATTGATATGATATTTTATGTATGTTGAGTAGGGATGGCAATC[C/-]CGGATTTAGAATGGATATCCGCTCCGTATCCGCTAAGAAATTCGTMarker27385:
GAAAATTTTGAAATGAATTGTCAATTTCATTTGGTTCCCATATA[T/C]ACGTTTCTTGATCTAATCTATGGAGAGATTCATTCAGTAAGTACAMarker28811:
TTTGTTTTCATTGAGAAAATAGGTATCGAGAAAGTTTCTCAA[TTG/GAC]TAACTAGAAATTATAATAGGTTGAAAAAAATATTCATCATTTGCGMarker32863:
ATAGTTTGGTCCAGTTATTGCCTTGATCATTATCATTCATCACCCTAAAAAACACCATTTACACATATTGC[T/A]ATCCCATTTAGTAGATCAMarker23852:
TTTGGT