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與高血壓和/或心血管疾病發(fā)病風(fēng)險相關(guān)的多個單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)及相關(guān)應(yīng)用_4

文檔序號:9283218閱讀:來源:國知局
)、第 4 組 15. 545 ~16. 654 (G4)和第 5 組 16. 655 ~22. 125 (G5)。與遺傳風(fēng)險評 分最低的1組相比,計算其他各組發(fā)病風(fēng)險的高低。隨著遺傳風(fēng)險評分分值的增加,收縮壓 和舒張壓水平也顯著增加。(見表4)。遺傳風(fēng)險評分分值從低到高的各組高血壓累計發(fā)病 率分別為29. 4%、31. 6%、32. 4%、36. 2%和36. 8%。在模型中加入性別、年齡、體重指數(shù), 吸煙、飲酒狀況,脈搏、收縮壓和舒張壓,與遺傳風(fēng)險評分最低的分組個體相比,處在第二、 三、四和第五個五分位法分組個體發(fā)生高血壓風(fēng)險分別增加15%,21%,30%,和40% (趨 勢檢驗P= 3. 82X10 5)。遺傳風(fēng)險評分從低到高各組心血管疾病累計發(fā)病率分別為3. 1 %、 3. 5%、3. 7%、4. 2%和4. 4%。在模型中加入性別、年齡、體重指數(shù),吸煙、飲酒狀況、糖尿病、 總膽固醇、高密度脂蛋白膽固醇、心血管病家族史、收縮壓和服用降壓藥情況,與遺傳風(fēng)險 評分最低的分組個體相比,處在第二、三、四和第五個五分位法分組個體發(fā)生心血管疾病事 件發(fā)生風(fēng)險分別增加11 %、15%、32%、和26% (趨勢檢驗P= 4. 57XlO3)。上述研究結(jié) 果顯示遺傳風(fēng)險評分是血壓升高、高血壓以及心血管疾病事件發(fā)生的獨(dú)立危險因素。本發(fā) 明的遺傳風(fēng)險評分可以用于預(yù)測血壓升高、高血壓以及心血管疾病事件發(fā)生。
[0094] 表4.遺傳風(fēng)險評分與血壓升高、高血壓以及心血管事件發(fā)生危險
[0095]
[0096] 高血壓校正性別、年齡、體重指數(shù),吸煙、飲酒狀況,脈搏、收縮壓和舒張壓。
[0097] 心血管病事件發(fā)生校正性別、年齡、體重指數(shù),吸煙、飲酒狀況、糖尿病、總膽固醇、 高密度脂蛋白膽固醇、心血管病家族史、收縮壓和服用降壓藥。
[0098] 遺傳風(fēng)險評分在高血壓和心血管事件發(fā)生風(fēng)險預(yù)測模型的作用評估:
[0099] 在傳統(tǒng)危險因素的模型中,加入遺傳風(fēng)險評分GRS,能提高對高血壓和心血管事件 發(fā)生風(fēng)險的預(yù)測能力,C-指數(shù)變化為0. 2%,P值都均〈0. 05 (表5)。
[0100] 表5.傳統(tǒng)危險因素加入遺傳風(fēng)險評分后的預(yù)測模型評估
[0101]
[0102] 四、建立高血壓和心血管疾病的發(fā)病風(fēng)險預(yù)測模型
[0103] 高血壓預(yù)測模型中包括基因型信息(遺傳風(fēng)險評分分組)和傳統(tǒng)危險因素包括年 齡、性別、體重指數(shù)、吸煙、飲酒、脈搏、收縮壓和舒張壓,相關(guān)效應(yīng)見表6。心血管疾病發(fā)病風(fēng) 險預(yù)測模型中包括基因型信息(遺傳風(fēng)險評分分組)和傳統(tǒng)危險因素包括性別、年齡、體重 指數(shù),吸煙、飲酒狀況、糖尿病、總膽固醇、高密度脂蛋白膽固醇、心血管疾病家族史、收縮壓 和服用降壓藥情況,各個變量的效應(yīng)見表7。綜合上述遺傳和環(huán)境因素建立高血壓和心血管 疾病發(fā)病風(fēng)險預(yù)測模型:
[0104] 高血壓發(fā)病風(fēng)險預(yù)測模型
[0105] 高血壓發(fā)病風(fēng)險=lAl+exp(-Z))。Z=-14. 808+0. 142XG2+0. 193XG3+0. 265 XG4+0. 339XG5+0. 165X性別 +0? 034X年齡 +0? 063X體重指數(shù) +(-0? 013)X是否吸煙 +0. 159X是否飲酒+0.OlX脈搏+0. 061X收縮壓+0. 04X舒張壓。
[0106] 心血管疾病發(fā)病風(fēng)險預(yù)測模型:
[0107] 心血管疾病發(fā)病風(fēng)險=lAl+exp(-Z))。Z= -8. 558+0. 126XG2+0. 159XG3+0. 29 7XG4+0. 256XG5+(-0. 273)X性別 +0? 056X年齡 +0? 035X體重指數(shù) +0? 19X是否吸煙 + (-0. 475)X是否飲酒+0. 358X有無糖尿病+0. 006X總膽固醇+(-0. 028)X高密度脂蛋 白膽固醇+0.643X是否有心血管疾病家族史+0.015X收縮壓+0.309X是否服用降壓藥。
[0108] 表6.高血壓發(fā)生風(fēng)險預(yù)測模型變量
[0111] 表7.心血管病事件發(fā)生風(fēng)險預(yù)測模型變量
[0112]
[0113] 將遺傳風(fēng)險評分分組和環(huán)境因素暴露信息放入風(fēng)險預(yù)測模型計算出每名研究對 象的高血壓和心血管疾病的發(fā)病風(fēng)險。采用作受試者工作特征曲線(ROC)和模型擬合曲線 (Calibration)評估高血壓和心血管疾病發(fā)生風(fēng)險預(yù)測模型。根據(jù)ROC曲線下面積評價該 預(yù)測方法的價值。如圖10所示,高血壓和心血管疾病發(fā)生的ROC下面積為分別為0. 776和 0. 813,表明該模型預(yù)測性能良好,可以很好的識別高危人群。模型擬合曲線顯示高血壓和 心血管事件發(fā)生風(fēng)險的預(yù)測值和觀察值無顯著差異,P值分別為0. 882和0. 24,模型擬合良 好,見圖11。
[0114] 實施例二、待測個體高血壓和心血管疾病發(fā)病風(fēng)險評估實例
[0115] 根據(jù)模型計算獲得該研究對象高血壓和心血管疾病事件發(fā)生的風(fēng)險,判斷該研究 對象是否為高危人群。完成個體化健康指導(dǎo)報告,報告高血壓和心血管疾病事件發(fā)生風(fēng)險 的高低。個體化健康指導(dǎo)報告是在基因型結(jié)果的基礎(chǔ)上,結(jié)合生活方式危險因素評估研究 對象高血壓和心血管疾病事件發(fā)生的風(fēng)險,并制定出針對研究對象的個體化健康行動方 案。
[0116] 根據(jù)實施例一中所檢測的檢測的26262名個體22個多態(tài)性位點(diǎn)(rs880315、 rsl7030613、rsl0745332、rsl6849225、rs820430、rs9815354、rs9810888、rsl902859、 rs6825911、rsl3143871、rsll73766、rsl799945、rs9266359、rs2021783、rs4409766、 rs4757391、rsl7249754、rsll066280、rsl991391、rs35444、rsll067763 和rsl887320)情 況,平均6. 9年的隨訪觀察結(jié)果,制定血壓相關(guān)位點(diǎn)危險等位基因遺傳效應(yīng)速查圖表(圖 12)以及遺傳風(fēng)險評分速查圖表(圖13)。遺傳風(fēng)險評分最低組到最高組,高血壓和心血管 疾病發(fā)病風(fēng)險逐漸升高,存在明顯的劑量效應(yīng)關(guān)系。
[0117] 待測個體王某,中國漢族人,男性,73歲,利用本發(fā)明的用于評估待測個體高血壓 和/或心血管疾病發(fā)病風(fēng)險的檢測裝置評估其患高血壓和/或心血管疾病發(fā)病風(fēng)險高低, 所述的用于評估待測個體高血壓和/或心血管疾病發(fā)病風(fēng)險的檢測裝置包括檢測單元、數(shù) 據(jù)分析單元、評估單元,主要按照如下步驟進(jìn)行:
[0118] ( -)采集空腹血并收集性別、年齡、血壓水平、血脂水平、身高、體重、吸煙、飲酒 和疾病史等相關(guān)信息,填入下表(表8)。
[0119] 表8待測個體信息登記表
[0120]
[0121] (二)分離待測個體抗凝血中DNA,利用檢測單元檢測22個位點(diǎn)的基因型,該實施 例中,檢測單元主要包括iPLEXSequenomMassARRAY分型系統(tǒng),具體操作參照說明書的記 載進(jìn)行。
[0122] 經(jīng)檢測,王某的22個位點(diǎn)的基因型分別為:rs880315為CC;rsl7030613為AC; rsl0745332 為AG;rsl6849225 為CC;rs820430 為AG;rs9815354 為AG;rs9810888 為IT; rsl902859 為CT;rs6825911 為CC;rsl3143871 為CC;rsll73766 為CC;rsl799945 為CC; rs9266359 為CC;rs2021783 為CC;rs4409766 為IT;rs4757391 為IT;rsl7249754 為GA; rsll066280 為AT;rsl991391 為GG;rs35444 為AA;rsll067763 為AG;rsl887320 為AG;其 風(fēng)險等位基因的數(shù)目分別為:2、1、1、2、1、1、0、1、2、0、2、0、2、2、2、0、1、1、2、2、1 和 1。
[0123] (三)對檢測結(jié)果進(jìn)行分析處理:
[0124] (1)利用數(shù)據(jù)分析單元對檢測結(jié)果進(jìn)行分析處理,其中包括圖12所示血壓相關(guān) 位點(diǎn)危險等位基因遺傳效應(yīng)速查表將所述22個單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)的檢測結(jié)果對照該圖 表,查找出各位點(diǎn)相應(yīng)的危險等位基因遺傳貢獻(xiàn),相加,得到遺傳風(fēng)險評分,具體如下:
[0125] 遺傳風(fēng)險評分=EPiXNi,其中Pi指第i個SNP的收縮壓和舒張壓效應(yīng)值的平 均值,
[0126] Ni指研究對象所攜帶第i個SNP的危險等位基因數(shù)目。
[0127] 王某高血壓發(fā)病遺傳風(fēng)險評分為15. 505,查閱圖13,處于遺傳風(fēng)險評分第3組。
[0128] (2)利用高血壓發(fā)病預(yù)測模型,計算高血壓發(fā)病風(fēng)險:
[0129] 高血壓發(fā)病風(fēng)險=lAl+exp(-Z))。Z=-14. 808+0. 142XG2+0. 193XG3+0. 265 XG4+0. 339XG5+0. 165X性別 +0? 034X年齡 +0? 063X體重指數(shù) +(-0? 013)X是否吸煙 +0. 159X是否飲酒+0.OlX脈搏+0. 061X收縮壓+0. 04X舒張壓。具體為:
[0130]Z= -14. 808+0. 142X0+0. 193X1+0. 265X0+0. 339X0+0. 165X1+0. 034X73+0. 0 63X28+(-0. 013)X0+0. 159X0+0. 01X70+0. 061X135+0. 04X80 = 1. 931〇
[0131] 高血壓發(fā)病風(fēng)險=I/(1+exp(-Z)) = 0? 87。
[0132] 王某高血壓發(fā)病風(fēng)險為0.87,即87%。
[0133] (3)利用心血管疾病發(fā)病風(fēng)險預(yù)測模型,計算心血管疾病發(fā)病風(fēng)險:
[0134]心血管疾病發(fā)病風(fēng)險=lAl+exp(-Z))。Z= -8. 558+0. 126XG2+0. 159XG3+0. 29 7XG4+0. 256XG5+(-0. 273)X性別 +0? 056X年齡 +0? 035X體重指數(shù) +0? 19X是否吸煙 + (-0. 475)X是否飲酒+0. 358X有無糖尿病+0. 006X總膽固醇+(-0. 028)X高密度脂蛋 白膽固醇+0.643X是否有心血管疾病家族史+0.015X收縮壓+0.309X是否服用降壓藥。 具體為:
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