31)及 ACGTTGGATGTGAAATG TGGGCCCAAGACG(SEQ ID No. 32)； 引物組 17 :ACGTTGGATGCGATTTCGATCGGGATGTTG(SEQ ID No.33)及 ACGTTGGATGCAATCAC GATCCCCTCAATC(SEQ ID No. 34)； 引物組 18 :ACGTTGGATGAGGCAAAGGAAAATCGACCG(SEQ ID No.35)及 ACGTTGGATGTTGACAA ACTGAAACACCGC(SEQ ID No. 36)； 引物組 19 :ACGTTGGATGACAACCGGCCGCAGCGTTT(SEQ ID No.37)及 ACGTTGGATGAAGAACAC CGAAAGTGGCTG(SEQ ID No. 38)； 引物組 20 :ACGTTGGATGTGCATTGGCCACTAAAGCTC (SEQ ID No. 39)及 ACGTTGGATGTCGATGA CTATCTGCGGATG(SEQ ID No. 40)； 引物組 21 :ACGTTGGATGACCCATTTGCCGAACGTGTC(SEQ ID No.41)及 ACGTTGGATGTGCTTGG CGACTTTGTGCAG(SEQ ID No. 42)； 引物組 22 :ACGTTGGATGAGCGTGAAGAAGACGACGA (SEQ ID No. 43)及 ACGTTGGATGGTCTGTTG TCATTACGGGAG(SEQ ID No. 44)； 引物組 23 :ACGTTGGATGACATCAGGTGATGGTCATGC (SEQ ID No. 45)及 ACGTTGGATGCGAAGGG AACAATGGATGTG(SEQ ID No. 46)； 引物組 24 :ACGTTGGATGTATGCCAACCGATTTGCCTG (SEQ ID No. 47)及 ACGTTGGATGACATATT GTCCACCGCGTAG(SEQ ID No.48);及 引物組 25 :ACGTTGGATGTCTTGGCAGCGGCATGGAC (SEQ ID No. 49)及 ACGTTGGATGCCGAATTT CCAGTCTCACAG(SEQ ID No. 50)〇2. 權利要求1之引物組，其系用于聚合酶鏈反應，以擴增含有結核分枝桿菌之單核苷 酸多態(tài)性（SNP)之DNA片段。3. 用于基因型鑒定結核分枝桿菌之延伸引物，選自下列引物之一： GACCTGTCCTACGAACCGGTGATGG (SEQ ID No. 51), CGTTGCCCACGTTGTTGGCG(SEQ ID No. 52)、 CACCGGCCAACGTCTCGGGCATG(SEQ ID No. 53)、 CCCCCGACCGGCCGTTCTTCG(SEQ ID No. 54)、 TTCAACGGCGGCATCAT(SEQ ID No. 55), GCCGAAACAAGATTTGC(SEQ ID No. 56)、 CCTTCTGCGTCTCCAAT(SEQ ID No. 57)、 GATATGGGGCCGCGGAT(SEQ ID No. 58)、 ACCGTAAACGGGCCTAACCCTCC(SEQ ID No. 59)、 TTGGGGCTGGGAACTGGG(SEQ ID No. 60)、 ATTCACGTGAAAACCCTCG(SEQ ID No.61)、、 AGCTCAGCGCGCGGCTGGTGT (SEQ ID No. 62)、 CAAAATACGGCGATCATCATGGG(SEQ ID No. 63)、 CCACCAGTACTTGCCGC(SEQ ID No. 64)、 ATCGGGGTGACGATGAG(SEQ ID No. 65)、 GCCGAGGAGCCCGCGTAACCGT(SEQ ID No. 66)、 TGTTGATCGGCCCGAGGC(SEQ ID No. 67)、 GCGGGCGTGGAACGCTGGTC(SEQ ID No. 68)、 AGCGTTTCCAGGTCACCGCA(SEQ ID No. 69)、 CCAGAGCGCAACAACAA(SEQ ID No. 70)、 CACGCTGGCATCAAGTTC(SEQ ID No. 71)^ GAAGACGACGAGGACGACTGGG(SEQ ID No. 72)、 GACGATTCCGGGCATGCG(SEQ ID No. 73)、 TGCCTGCCTGGTATGAC (SEQ ID No. 74)以及 GGCATGGACGGGATCGG(SEQ ID No. 75)〇4. 權利要求3之延伸引物，其系用于聚合酶鏈反應，以擴增具有結核分枝桿菌之單核 苷酸多態(tài)性（SNP)的DNA片段，所述SNP作為所述DNA的末端核苷酸。5. 結核分枝桿菌之單核苷酸多態(tài)性標記之組合，所述標記選自SEQ ID No. 76之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 77 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 78 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 79 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 80 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 81 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 82 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 83 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 84 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 85 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 86 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 87 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 88 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 89 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 90 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 91 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 92 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 93 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 94 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 95 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 96 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 97 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 98 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 99 之位置 301 之〃T〃以及 SEQ ID No. 100 之位置 301 之〃C〃。6. -種基因型鑒定結核分枝桿菌之方法，包括：取得樣品；使用選自引物組1至25 (SEQ ID No. 1至50)之一種或多種引物組進行擴增，并獲得至少一種第一 DNA片段；使用所得第 一 DNA片段作為模板，并使用選自SEQ ID No. 51至75之一種或多種延伸引物進行擴增，并 獲得至少一種第二DNA片段；以及，使用質(zhì)譜檢測該第二DNA片段。7. 權利要求6之方法，進一步包括：以選自結核分枝桿菌之單核苷酸多態(tài)性標記之組 合的單核苷酸多態(tài)性標記為基礎，分析該質(zhì)譜數(shù)據(jù)，所述結核分枝桿菌之單核苷酸多態(tài)性 標記選自 SEQ ID No. 76 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 77 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 78 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 79 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 80 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 81 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 82 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 83 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 84 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 85 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 86 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 87 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 88 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 89 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 90 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 91 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 92 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 93 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 94 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 95 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 96 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 97 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 98 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 99 之位置 301 之〃T〃以及SEQ ID No. 100之位置301之〃C〃。8. 權利要求6之方法，其中，該質(zhì)譜系基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜 (MALDI-TOF MS)。9. 權利要求6之方法，其中，該樣品系細菌培養(yǎng)物、鼻涕、痰、唾液、血液、組織或器官切 片和/或活檢物。10. -種用于基因型鑒定結核分枝桿菌之試劑盒，包含選自引物組1至25(SEQ ID No. 1至50)之至少一種引物組，及選自SEQ ID No. 51至75之至少一種延伸引物。11. 權利要求10之試劑盒，其進一步包含以單核苷酸多態(tài)性標記為基礎之結核分枝桿 菌基因型之數(shù)據(jù)庫。12.權利要求11之試劑盒，其中，該單核苷酸多態(tài)性標記選自結核分枝桿菌之單核苷 酸多態(tài)性（SNP)標記之組合，所述結核分枝桿菌之單核苷酸多態(tài)性標記可以選自SEQ ID No. 76 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 77 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 78 之位置 301 之 〃A〃、SEQ ID No. 79 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 80 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 81 之 位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 82 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 83 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 84 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 85 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 86 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 87 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 88 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 89 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 90 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 91 之位置 301 之〃G〃、SEQ ID No. 92 之位置 301 之〃A〃、SEQ ID No. 93 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 94 之位置 301 之〃C〃、SEQ ID No. 95 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 96 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 97 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 98 之位置 301 之〃T〃、SEQ ID No. 99 之位置 301 之〃T〃、以 及 SEQ ID No. 100 之位置 301 之〃C〃。
【專利摘要】本申請?zhí)峁┯糜诨蛐丸b定結核分枝桿菌(M.tuberculosis)之引物組，其選自引物組1至25(SEQ ID No.1至50)；亦提供用于基因型鑒定結核分枝桿菌之延伸引物，其選自SEQ ID No.51至75之一。本申請?zhí)峁┙Y核分枝桿菌之單核苷酸多態(tài)性標記之組合。本申請進一步提供用于基因型鑒定結核分枝桿菌之方法及試劑盒。
【IPC分類】C12Q1/68
【公開號】CN104995314
【申請?zhí)枴緾N201380061501
【發(fā)明人】蔡世峰, 林建興, 杜鴻運
【申請人】財團法人國家衛(wèi)生研究院
【公開日】2015年10月21日
【申請日】2013年11月26日
【公告號】US20140162260, WO2014082055A2, WO2014082055A3