一種文昌雞白麻表型相關(guān)分子標(biāo)記及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及品種選育技術(shù)領(lǐng)域，具體地，涉及一種文昌雞白麻表型相關(guān)分子標(biāo)記 及其應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 文昌雞群體中變異豐富毛色表型，導(dǎo)致選育具有統(tǒng)一的黃麻羽表型文昌雞純系十 分困難。選育過程中常遇到的問題是黃麻羽親本產(chǎn)生具有白麻表型(企業(yè)亦稱其為珍珠白） 的后代。常規(guī)方法是通過測交的方法剔除攜帶白麻等位基因的個(gè)體，該方法缺點(diǎn)是（1)周 期長。整個(gè)過程從雜交到根據(jù)后代表型辨別黃麻公雞的基因型需要約45天左右；（2)無法 做到100%準(zhǔn)確。因?yàn)樵摲椒ㄊ歉鶕?jù)7個(gè)后代的表型來計(jì)算黃麻公雞為某種基因型的概率， 其無法做到100%準(zhǔn)確；（3)涉及環(huán)節(jié)較多，容易出錯(cuò)。該方法設(shè)計(jì)人工授精、集蛋、標(biāo)記種 蛋、集中入孵、出孵、標(biāo)記雞苗、表型鑒別等一系列的步驟，如果其中一個(gè)步驟出錯(cuò)都會(huì)導(dǎo)致 結(jié)果的不準(zhǔn)確。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0003] 本發(fā)明的目的是為了克服現(xiàn)有技術(shù)的上述不足，提供一種文昌雞白麻表型相關(guān)分 子。該分子標(biāo)記可以輔助選擇的方法剔除攜帶白麻羽等位基因的公雞個(gè)體。
[0004] 本發(fā)明的另一個(gè)目的是提供一種利用文昌雞白麻表型相關(guān)分子標(biāo)記輔助選擇的 方法選育黃麻羽表型文昌雞純系的方法。
[0005] 為了實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明是通過以下方案予以實(shí)現(xiàn)的： 一種文昌雞白麻表型相關(guān)分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記為基因編碼區(qū)1154bp處的 G/C突變。
[0006] 不同的毛色相關(guān)基因的變異導(dǎo)致了個(gè)體不同的毛色表型。本發(fā)明通過研宄發(fā)現(xiàn) 5ZG5尤塞因編碼區(qū)1154bp處的G/C突變與白麻表型完全連鎖，上述突變導(dǎo)致了對應(yīng)編碼 蛋白385位氨基酸的Gly到Ala的變異?？赡苁窃撳e(cuò)義突變導(dǎo)致了蛋白結(jié)構(gòu)發(fā)生變化，導(dǎo) 致嗜黑素合成通路受阻，從而產(chǎn)生白麻表型。
[0007] 如上所述的文昌雞白麻表型相關(guān)分子標(biāo)記在選育黃麻羽表型文昌雞中的應(yīng)用。
[0008] -種選育黃麻羽表型文昌雞純系的方法，包括如下步驟： 51. 提取待測黃麻雞公雞的血液DNA，以黃麻雞公雞血液DNA為模板、SEQIDN0:2~3 所示引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增； 52. 將擴(kuò)增產(chǎn)物直接測序，若基因型為GC型，該個(gè)體為攜帶白麻突變的黃麻雞，若基因 型為GG型，該個(gè)體為黃麻雞純合子； 53. 通過S2的結(jié)果判斷，將攜帶白麻羽等位基因的公雞個(gè)體剔除，從而獲得黃麻羽表 型文昌雞純系。
[0009] 與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明具有如下有益效果： 本發(fā)明首次發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致文昌雞白麻表型的致因突變，通過檢測個(gè)體的上述致因突變的基 因型，我們就可以知道該黃麻個(gè)體是否攜帶白麻表型相關(guān)的基因變異。利用該發(fā)明無需進(jìn) 行測交，而且準(zhǔn)確率達(dá)100%。
[0010] 將該分子標(biāo)記應(yīng)用到黃麻羽表型文昌雞的選育過程中，使整個(gè)選育過程具有以下 優(yōu)點(diǎn)： (1)周期短，速度快：從拿到待檢個(gè)體血樣到?jīng)Q定被檢個(gè)體的選淘只需要2天時(shí)間，每 人每天至少可以完成144個(gè)體的檢測。
[0011] (2)準(zhǔn)確率100%。由于該方法是檢測與白麻表型相關(guān)的致因突變的基因型，因此 該方法可以做到100%的準(zhǔn)確。
[0012] (3)環(huán)節(jié)少，不易出錯(cuò)。整個(gè)過程只涉及采樣和基因型分型兩個(gè)步驟，因此不易出 錯(cuò)。
【附圖說明】
[0013] 圖1為覆蓋突變位點(diǎn)的擴(kuò)增序列。
[0014] 圖2為白麻表型文昌雞與非白麻表型品種目的片段測序結(jié)果示意圖；測序結(jié)果從 上到下依次是：紅色原雞（RJ)、杏花雞（XH)、清遠(yuǎn)麻雞（QM)、BW(霸王山雞)、文昌雞黃麻表 型個(gè)體(WCY)、文昌雞白麻表型個(gè)體(WCW)、固始雞（GS)。
【具體實(shí)施方式】
[0015] 下面結(jié)合說明書附圖和具體實(shí)施例對本發(fā)明作出進(jìn)一步地詳細(xì)闡述，所述實(shí)施例 只用于解釋本發(fā)明，并非用于限定本發(fā)明的范圍。下述實(shí)施例中所使用的試驗(yàn)方法如無特 殊說明，均為常規(guī)方法；所使用的材料、試劑等，如無特殊說明，為可從商業(yè)途徑得到的試劑 和材料。
[0016] 實(shí)施例1 S1.引物設(shè)計(jì) 以NCBI數(shù)據(jù)庫中雞基因CDS序列（Genbank登錄號(hào)：DQ900700. 1)為參考， 設(shè)計(jì)一對引物，該引物擴(kuò)增得到的DNA序列如SEQIDN0:1所示，全長244bp，如圖1所示， 括號(hào)內(nèi)為突變位點(diǎn)。引物由上海捷瑞生物科技有限公司合成。引物序列如下： 上游引物F:5' -CCnTTGTGAITGTTGTGGT-3' ； 下游引物R:5' -ACTGCTGAGAATGTAATACTTGIT-3'。
[0017]S2.篩選分子標(biāo)記 S21.實(shí)驗(yàn)材料：白麻羽文昌雞純系24只，黃麻文昌雞12只、黃麻羽固始雞12只、杏花 雞12只、清遠(yuǎn)麻雞12只、紅色原雞12只，霸王山雞12只。
[0018]S22.PCR擴(kuò)增 首先提取S21所述各種雞的血液DNA，DNA提取方法為：采用一次性注射器從雞翅下靜 脈中抽取約lmL血液，注入經(jīng)高壓滅菌并裝有約200yL的2%無菌EDTA抗凝劑的1. 5mL離 心管中，輕輕搖勻，記錄翅號(hào)，-20°C保存?zhèn)溆?。基因組DNA的抽提采用苯酚-氯仿抽提法 (奧斯泊F等，1998)。
[0019] 配置總體積為30yL的PCR反應(yīng)體系中，各成分如表1所示。
[0020] 表 1PCR反應(yīng)體系（30yL)
PCR反應(yīng)擴(kuò)增程序?yàn)椋?4°C變性 3min，32 次循環(huán)（94°C30s，58°C30s，72°Clmin) 72°C延伸lOmin，得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物。
[0021]S23.測序分型：回收PCR產(chǎn)物后，送測序公司測序，將各種品種雞的測序結(jié)果進(jìn)行 比對(見圖2)。圖2中所指即為目的位點(diǎn)，圖1中所示非白麻表型的紅色原雞（RJ)、杏花雞 (XH)、清遠(yuǎn)麻雞（QM)、霸王山雞（BW)、文昌雞黃麻雞（WCY)和固始雞（GS)均為CC型，文昌雞 白麻雞（WCW)為GG型。
[0022] 由圖2可以看出尤塞因編碼區(qū)1154bp處的G/C突變與白麻表型完全連鎖， 上述突變導(dǎo)致了對應(yīng)編碼蛋白385位氨基酸的Gly到Ala的變異?？赡苁窃撳e(cuò)義突變導(dǎo)致 了蛋白結(jié)構(gòu)發(fā)生變化，導(dǎo)致嗜黑素合成通路受阻，從而產(chǎn)生白麻表型。
[0023] 實(shí)施例2 分子標(biāo)記的基因型檢測及應(yīng)用：利用實(shí)施例1所述方法，統(tǒng)計(jì)各品種每個(gè)變異位點(diǎn)的 等位基因頻率，統(tǒng)計(jì)結(jié)果如表2所示。
[0024] 表2.不同表型個(gè)體目的等位基因的基因頻率
注：""中的數(shù)字為被檢個(gè)體數(shù)目 由表2可知，含有C等位基因的個(gè)體均為文昌白麻雞，具有G等位基因的個(gè)體均為非文 昌白麻雞，即所檢測的個(gè)體基因型均與羽色相符，說明檢測該位點(diǎn)的基因型能有效，能剔除 攜帶白麻羽等位基因的公雞個(gè)體。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種文昌雞白麻表型相關(guān)分子標(biāo)記，其特征在于，所述分子標(biāo)記為5ZG5M基因編 碼區(qū)1154bp處的G/C突變。2. 權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記在選育黃麻羽表型文昌雞純系中的應(yīng)用。3. -種選育黃麻羽表型文昌雞純系的方法，其特征在于，包括如下步驟：51. 提取待測黃麻雞公雞的血液DNA，以黃麻雞公雞血液DNA為模板、SEQ ID NO :2~3 所示引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增；52. 將擴(kuò)增產(chǎn)物直接測序，若基因型為GC型，該個(gè)體為攜帶白麻突變的黃麻雞，若基因 型為GG型，該個(gè)體為黃麻雞純合子；53. 通過S2的結(jié)果判斷，將攜帶白麻羽等位基因的公雞個(gè)體剔除，從而獲得黃麻羽表 型文昌雞純系。
【專利摘要】本發(fā)明屬于品種選育技術(shù)領(lǐng)域，具體公開了一種文昌雞白麻表型相關(guān)分子標(biāo)記及其應(yīng)用。所述分子標(biāo)記為SLC45A2基因編碼區(qū)1154bp處的G/C突變。本發(fā)明首次發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致文昌雞白麻表型的致因突變，通過檢測個(gè)體的上述致因突變的基因型，就可以知道該黃麻個(gè)體是否攜帶白麻表型相關(guān)的基因變異。利用該發(fā)明無需進(jìn)行測交，而且準(zhǔn)確率達(dá)100%。以該分子標(biāo)記建立的選育黃麻羽表型文昌雞純系的方法周期短、速度快、準(zhǔn)確率高。
【IPC分類】C12Q1/68, C12N15/11
【公開號(hào)】CN104962636
【申請?zhí)枴緾N201510392977
【發(fā)明人】聶慶華, 許繼國, 張細(xì)權(quán), 高鑫鳳, 陳杰
【申請人】華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
【公開日】2015年10月7日
【申請日】2015年7月7日