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Scml4基因序列及表達(dá)改變檢測(cè)及其在冠心病預(yù)測(cè)中的應(yīng)用_2

文檔序號(hào):8333969閱讀:來(lái)源:國(guó)知局
br>[0037] 第三方面,本發(fā)明提供了上述分離的核酸分子的任意組合。
[0038] 在本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方案中,所述組合至少包含SEQIDN0:1,以及任選的SEQID NO: 2-29的一或多個(gè)序列。在本發(fā)明的另一優(yōu)選的實(shí)施方案中,任何上文提到的分離的核酸 分子的組合還可以與額外的SNP組合,優(yōu)選冠心病易感性的其他合適的SNP組合。
[0039] 在本發(fā)明的實(shí)施方案中,任意單一SNP可以用作冠心病易感性的生物標(biāo)志物,優(yōu) 選任何可能的兩個(gè)或更多個(gè)本發(fā)明的SNP的組合,尤其優(yōu)選rs9486729和其他一或多個(gè)SNP 的組合。
[0040] 第四方面,本發(fā)明提供了用于檢測(cè)、篩查或預(yù)測(cè)漢族人群冠心病易感性的組合物, 所述組合物包含如上文定義的一個(gè)或多個(gè)SNP位點(diǎn)的核酸親和配體。
[0041] 在本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方案中,上文提到的核酸親和配體可以是特異于上文定義的 一個(gè)或多個(gè)SNP位點(diǎn)的寡核苷酸,或者是特異于上文定義的一個(gè)或多個(gè)SNP位點(diǎn)的探針。在 本發(fā)明的另一優(yōu)選的實(shí)施方案中,上文提到的親和配體可以是具有與如上文定義的SNP位 點(diǎn)的核苷酸互補(bǔ)的序列的寡核苷酸。
[0042] 第五方面,本發(fā)明提供了用于檢測(cè)、篩查或預(yù)測(cè)漢族人群冠心病易感性的試劑盒, 其包含特異于上文定義的一個(gè)或多個(gè)SNP位點(diǎn)的寡核苷酸,或者特異于上文定義的一個(gè)或 多個(gè)SNP位點(diǎn)的探針。在本發(fā)明的另一優(yōu)選的實(shí)施方案中,所述寡核苷酸具有與如上文定 義的SNP位點(diǎn)的核苷酸互補(bǔ)的序列。
[0043] 第六方面,本發(fā)明提供了包含如上文定義的一個(gè)或多個(gè)SNP位點(diǎn)的核酸親和配體 在制備用于檢測(cè)、篩查或預(yù)測(cè)漢族人群冠心病易感性的組合物中的應(yīng)用。
[0044] 第七方面,本發(fā)明提供了一種檢測(cè)、篩查或預(yù)測(cè)對(duì)象的冠心病易感性的方法,包括 以下步驟:
[0045] (1)從對(duì)象樣品分離核酸;
[0046] (2)確定在如上文定義的一個(gè)或多個(gè)SNP位點(diǎn)處存在的核苷酸序列,其中如上文 定義的危險(xiǎn)等位基因的存在指示有更大的可能性患冠心病。
[0047] 第八方面,本發(fā)明提供了用于檢測(cè)、篩查或預(yù)測(cè)漢族人群冠心病易感性的組合物, 所述組合物包含特異于SCML4基因的核酸親和配體。
[0048] 第九方面,本發(fā)明提供了用于檢測(cè)、篩查或預(yù)測(cè)漢族人群冠心病易感性的試劑盒, 其包含特異于SCML4基因的核酸親和配體,以及任選地輔助成分,所述輔助成分包括:PCR緩沖液、dNTP、聚合酶、離子如二價(jià)陽(yáng)離子或一價(jià)陽(yáng)離子、雜交溶液。
[0049] 第十方面,本發(fā)明提供了SCML4基因的核酸親和配體在制備用于檢測(cè)、篩查或預(yù) 測(cè)漢族人群冠心病易感性的組合物中的應(yīng)用。
[0050] 本發(fā)明帶來(lái)的有益效果是:
[0051] 本發(fā)明發(fā)現(xiàn)了與冠心病易感性關(guān)聯(lián)的位于SCML4基因啟動(dòng)子區(qū)上的SNP位點(diǎn) rs9486729、位于rs9486729上下游的與rs9486729連鎖的一系列SNP位點(diǎn),通過(guò)檢測(cè)漢族 人群待測(cè)樣品基因組的上述各位點(diǎn)的單核苷酸多態(tài)性可以對(duì)未出現(xiàn)冠心病早期臨床癥狀 的人群,尤其是具有傳統(tǒng)危險(xiǎn)因素的冠心病高危人群進(jìn)行無(wú)創(chuàng)快速簡(jiǎn)便的篩查,早期發(fā)現(xiàn) 冠心病易感對(duì)象,并采取相應(yīng)的保健措施,降低冠心病與心肌梗死的發(fā)病率。本發(fā)明為研發(fā) 針對(duì)性的冠心病基因治療提供了新的進(jìn)一步的科學(xué)依據(jù),為發(fā)現(xiàn)新的冠心病分子機(jī)制、發(fā) 展新的藥物靶點(diǎn)以及冠心病的個(gè)性化治療提供了新線索。
【附圖說(shuō)明】
[0052] 圖1為冠心病樣品進(jìn)行昂飛人類全基因組(AffymetrixGenome-wideHuman)SNP 5.0芯片實(shí)驗(yàn)片段化后電泳圖;
[0053] 圖2為全基因組關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖;
[0054] 圖3為rs9486729上下游共500kb區(qū)域的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果示意圖;
[0055] 圖4為SCML4基因細(xì)胞表達(dá)譜分析示意圖;
[0056] 圖5為SCML4基因表達(dá)水平與rs9486729位點(diǎn)分型相關(guān)分析結(jié)果示意圖;
[0057] 圖6a為敲低SCML4后,白介素-6 (IL6)的基因表達(dá)示意圖;
[0058] 圖6b為敲低SCML4后,E選擇素(SELE)的基因表達(dá)示意圖;
[0059] 圖6c為敲低SCML4后,細(xì)胞間黏附分子(ICAM)的基因表達(dá)示意圖;
[0060] 圖6d為敲低SCML4后,內(nèi)皮細(xì)胞(HUVEC)粘附人單核細(xì)胞(THP-1)數(shù)量示意圖;
[0061] 圖7為敲低SCML4后,HUVEC抗凋亡能力降低示意圖。
【具體實(shí)施方式】
[0062] 本發(fā)明并不限于本文所述的具體方法、方案、試劑等,因?yàn)檫@些可以變化。本文所 用的術(shù)語(yǔ)僅用于描述具體實(shí)施方案的目的而不是為了限制本發(fā)明的范圍。除非另有定義, 本文所用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)均具有與本領(lǐng)域技術(shù)人員通常理解的相同的含義。
[0063] 在詳細(xì)描述本發(fā)明的示例性實(shí)施方案之前,對(duì)理解本發(fā)明很重要的術(shù)語(yǔ)給出定 義。
[0064] 如本文所用,術(shù)語(yǔ)"分離的核酸分子"指核酸實(shí)體,例如DNA、RNA等,其中所述實(shí) 體基本上不含其他生物分子,例如核酸、蛋白、脂質(zhì)、糖或其他物質(zhì),如細(xì)胞碎片或生長(zhǎng)培養(yǎng) 基。一般來(lái)說(shuō),術(shù)語(yǔ)"分離"并不意味著完全不存在這類物質(zhì),或者不存在水、緩沖液或鹽, 除非它們以實(shí)質(zhì)上干擾本發(fā)明的方法的量存在。
[0065] 上文提到的SEQIDN0:1-29各自包含一段51個(gè)核苷酸,并且表示上述SNP位點(diǎn) 的等位基因序列及其上游和下游的25個(gè)核苷酸背景序列。
[0066] 本文提到的SEQIDNO: 1定義SNP位點(diǎn)rs9486729的序列,其位于6號(hào)染色體 SCML4基因的啟動(dòng)子區(qū)上,其中單核苷酸n為G的攜帶者患冠心病的風(fēng)險(xiǎn)高于等位基因A。
[0067] 本文提到的SEQID勵(lì):2-29定義與冠心病易感性關(guān)聯(lián)的位于5即位點(diǎn)^9486729 上下游共500kb區(qū)域中的與rs9486729連鎖的一系列SNP位點(diǎn)。
[0068] 在本發(fā)明的具體實(shí)施方案中,核酸分子不限于SEQIDN0:1-29的序列,其可以包 含SEQIDN0:1-29的序列、基本上由SEQIDN0:1-29的序列組成、或者由SEQIDN0:1-29 的序列組成。例如,如本文所定義,所述序列可以包含SEQIDN0:l-29的3'和/或5'背景 中的相鄰區(qū)域,例如從其所在的基因組位置開(kāi)始3'和/或5'方向的一段額外的約50、100、 200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、3000、4000、5000、6000、7000、10000 或更多個(gè)核苷酸。
[0069] 在本發(fā)明的其他實(shí)施方案中,核酸分子可以包含SEQIDN0:1-29的片段,基本上 由SEQIDN0:1-29的片段組成,或者由SEQIDN0:1-29的片段組成,所述SEQIDN0:1-29 的片段至少必須包含位于SEQIDNO: 1-29的位置26處的多態(tài)位點(diǎn)。例如,本發(fā)明涉及約 50、40、30、20或10個(gè)或更少個(gè)核苷酸長(zhǎng)度或者其間的任何值的序列,其必須至少包含位于 SEQIDN0:1-29的位置26處的多態(tài)位點(diǎn)。所述片段可以朝向5'或3'方向或者雙向5'和 3'方向延伸所示長(zhǎng)度。優(yōu)選長(zhǎng)度為50個(gè)核苷酸及更少的片段,多態(tài)位點(diǎn)位于序列的中心。
[0070] 本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠根據(jù)上文的rs_命名,從適合的數(shù)據(jù)庫(kù)和相關(guān)的信息系統(tǒng)如 單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù)(dbSNP)(其援引加入本文)中確定其確切的位置、核苷酸序列。[0071] 在本發(fā)明的其他實(shí)施方案中,涉及一個(gè)或多個(gè),例如一組上文提到的多態(tài)的改變 的序列,構(gòu)成冠心病易感性的生物標(biāo)志物。如本文所用,術(shù)語(yǔ)"冠心病易感性的生物標(biāo)志物" 指所提到的SNP與冠心病易感性之間具有關(guān)聯(lián)性。
[0072] 在其他優(yōu)選實(shí)施方案中,一或多個(gè)或全部上述SNP序列可以構(gòu)成生物標(biāo)志物。優(yōu) 選地,單一SNP可以用作如上文定義的冠心病易感性的生物標(biāo)志物。還優(yōu)選任何可能的兩 個(gè)或更多個(gè)本發(fā)明的SNP的組合。尤其優(yōu)選rs9486729和其他一或多個(gè)SNP的組合。
[0073] 在另一優(yōu)選實(shí)施方案中,本發(fā)明涉及分離的核酸的組合,其中所述組合至少包含 SEQIDN0:1,以及任選的SEQIDN0:2-29的一或多個(gè)序列。
[0074] 在本發(fā)明的具體實(shí)施方案中,任何上文提到的SNP的組合或組合還可以與額外的 SNP組合,優(yōu)選本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的冠心病易感性的其他合適的SNP。
[0075] 如本文所用,術(shù)語(yǔ)"確定在SNP位點(diǎn)的核苷酸序列"指任何合適的方法或技術(shù),其 檢測(cè)位于包含SEQIDN0:1-29的任一個(gè)或者任何組合的位置26處的核苷酸的性質(zhì)。這種 方法可以主要是測(cè)序技術(shù)或者基于互補(bǔ)核酸結(jié)合的技術(shù)。
[0076] 在本發(fā)明的另一優(yōu)選實(shí)施方案中,所述確定核苷酸序列可以通過(guò)等位基因特異性 寡核苷酸(AS0)-斑點(diǎn)印跡分析、引物延伸測(cè)定、
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