與dll-4結合的抗原結合蛋白的制作方法
【技術領域】
[0001] 本公開提供了涉及或源自抗DLL-4抗體的組合物及方法。更具體地來說，本公開 提供了與DLL-4結合的人抗體、能夠結合DLL-4的所述抗體片段及衍生物、包含所述片段的 DLL-4結合性多肽。進一步而言，本公開提供了抗體的片段、衍生物及多肽以及使用所述抗 體、所述抗體片段及其衍生物和多肽的方法，包括治療或診斷患有DLL-4相關疾病或癥狀 的對象。
【背景技術】
[0002] 許多生物過程，例如分化、增殖和體內平衡，都要求細胞間通訊。真核細胞廣泛采 用的一種系統(tǒng)為Notch信號通路。該通路（尤其是Notch受體）對功能性腫瘤血管生成也 至關重要。因此，抑制Notch受體功能、阻斷Notch受體和/或阻斷Notch信號通路，都是 潛在的抗癌組合物和療法策略。已證實，Notch受體的小分子抑制劑有毒性，因為它可以抑 制全身野生型（正常）Notch受體的組織表達。因此，應當考慮用Notch信號通路的不同分 子來作為用于治療的潛在目標。
[0003] 對應于Notch受體的一種脈管系統(tǒng)配體是Delta 4或Delta-like 4(DLL-4)。 DLL-4主要在脈管系統(tǒng)中表達，對脈管發(fā)育至關重要（Yan et al.，Clin. Cancer Res. ,13(24): 7243-7246 (2007) ;Shutter et al.，Genes Dev. ,14(11) : 1313-1318 (2000); Gale et al. ,Proc. Natl.Acad. Sci.USA, 101(45) :15949-15954(200 4)； Krebs et al.，Genes Dev.，14 (11):1343-1352 (2000))。DLL-4 雜合子的 小鼠在胚胎期即由于脈管發(fā)育的重大缺陷而致死（Gale et al.，Proc. Nat 1.Acad. Sci.USA, 10 1 (45) : 15949-15954 (2004) ；Duarte et al.,Genes Dev. ,18 (20): 2474-2478 (2004) ;Krebs et al.，Genes Dev. ,18 (20): 2469-2473 (2004))。 VEGF 可以誘導 DLL-4 的表達（Liu et al.，Mol. Cell. Biol. ,23(1): 14-25 (2003); Lobov et al.，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104 (9) : 3219-3224 (2007))。總的來說，DLL-4 可以對VEGF信號進行負調節(jié)，部分是通過抑制DLL-4并誘導VEGFR1 (Harrington et al. , Microvasc. Res. , 75 (2) : 144-154 (2008) ；Suchting et al. , Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104 (9) : 3225-3230 (2007))。DLL-4和VEGF之間的精密協(xié)調對功能性血管生成而言是 必不可少的。
[0004] DLL-4除了其生理性作用之外，在腫瘤血管中也受到正調節(jié)（6&16 6丨31.，？1'〇(：. Natl. Acad. Sci. USA, 101 (45):15949-15954(2004) ；Mailhos et al. ,Differentiati on,69(2-3):135-144(2001) ；Patel et al. , Cancer Res.,65 (19):8690-8697(2005)； Patel et al. , Clin. Cancer Res. , 12(16):4836-4844(2006) ；Noguera-Troise et al. ，Nature, 444 (7122) : 1032-1037 (2006))。DLL-4阻斷可能抑制多種模型中的原發(fā)瘤生長 (Noguera-Troise et al.,Nature, 444(7122):1032-1037(2006) ；Ridgway et al. , Nat ure, 444(7122) : 1083-1087(2006) ；Scehnet et al. , Blood, 109 (11) : 4753-4760 (2007) 〇 DLL-4抑制甚至能夠有效對抗那些在抗VEGF療法中顯示出抗性的腫瘤。DLL-4和VEGF的 組合抑制提供了一種增強的抗腫瘤活性。有趣的是，與降低腫瘤血管形成的VEGF抑制不 同，DLL-4阻斷使得腫瘤脈管密度增加，而其中的血管異常，無法支持有效的血液運輸，由此 實際上該血管是無功能的。由此，DLL4提供了一種癌癥治療的潛在目標。
[0005] Notch受體及其配體之間的相互作用代表著一種不僅對細胞命運決定很重要，且 對造血和胸腺發(fā)育中的譜系決定調節(jié)也很重要的進化保守性通路（Artavanis-Tsakonas et al. 1999, Science 284:770-776 ；Skokos et al. 2007 ；J. Exp. Med. 204:1525-1531 ；and Amsen et al. 2004, Cell 117:515-526)。最新數(shù)據表明，DLL-4-Notchl 抑制會完全阻斷 T 細胞發(fā)育，伴隨著B細胞表觀異常，以及樹突細胞（DC)擴展（可能是由胸腺中的Pro-T細 胞向 DC 命運轉換而引起的）（Hozumi et al. 2008, J. Exp. Med. 205(11) :2507-2513 ;Koch et al.2008, J. Exp. Med. 205(11) :2515-2523 ；and Feyerabend et al.2009,Immunity 30:1-13)。因此，越來越多的證據表明，Notch信號對造血祖細胞的細胞命運決策的 決定至關重要。此外，還發(fā)現(xiàn)了 DCs對調節(jié)性T細胞（TMg)體內平衡的體內反饋控制 (Darrasse-Jeze et al. 2009, J. Exp. Med. 206 (9) : 1853-1862)。但是，Notch信號在控制 Dcs 的起源和發(fā)育中以及TMg體內平衡的作用仍然未知。這個問題具有臨床重要性，因為鑒別 誘導Ljr張的新方法，可以用于自體免疫性疾病和紊亂的治療方法。
[0006] 其他的 DLL 拮抗劑及其用途已在 W0 2007/143689、W0 2007/070671、W0 2008/076379、W02008/042236和W0/2008/019144中公開。因此，本領域中需要能夠以 DLL-4-Notch通路為靶向目標，由此抑制或甚至預防腫瘤血管生成和生長的藥劑。

【發(fā)明內容】

[0007] 本公開提供一種與DLL-4表位結合且結合親和性至少為1(T6M的IgG類全人抗 體，其重鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組合至少95%相同：SEQ ID NO. 1、SEQ ID N0.3、SEQ ID N0.5、SEQ ID N0.7、SEQ ID N0.9、SEQ ID N0.11、SEQ ID N0.13、SEQ ID NO. 15、SEQ ID NO. 17、SEQ ID NO. 19、SEQ ID NO. 21、SEQ ID NO. 23、SEQ ID NO. 25、SEQ ID NO. 27、SEQ ID NO. 29、SEQ ID NO. 31、SEQ ID NO. 33、SEQ ID NO. 35、SEQ ID NO. 37、 SEQ ID NO. 39;其輕鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組合至少95%相同：SEQ ID N0.2、SEQ ID N0.4、SEQ ID N0.6、SEQ ID N0.8、SEQ ID NO. 10、SEQ ID NO. 12、SEQ ID NO. 14、SEQ ID NO. 16、SEQ ID NO. 18、SEQ ID N0.20、SEQ ID N0.22、SEQ ID N0.24、SEQ ID N0.26、SEQ ID N0.28、SEQ ID N0.30、SEQ ID N0.32、SEQ ID N0.34、SEQ ID N0.36、SEQ ID NO. 38、SEQ ID NO. 40 ;優(yōu)選地，該全人抗體具有重鏈和輕鏈，其中該抗體的重鏈/輕鏈可變 域序列選自下列序列及其組合：SEQ ID NO. 1/SEQ ID N0. 2(本文稱為C3)、SEQ ID N0. 3/ 5￡〇10勵.4(本文稱為05)、5￡〇10勵.5/5￡〇10勵.6(本文稱為(：10)、5￡〇10勵.7/5￡〇 ID NO. 8 (本文稱為 G6)、SEQ ID NO. 9/SEQ ID NO. 10 (本文稱為 FI 1)、SEQ ID NO. 11/SEQ ID NO. 12(本文稱為 D2)、SEQ ID NO. 13/SEQ ID NO. 14(本文稱為 E10)、SEQ ID NO. 15/SEQ ID NO. 16 (本文稱為 F12)、SEQ ID NO. 17/SEQID NO. 18 (本文稱為 E5)、SEQ ID NO. 19/SEQ ID NO. 20 (本文稱為 H2)、SEQ ID NO. 21/SEQ ID NO. 22 (本文稱為 Al)、SEQ ID NO. 23/SEQ 10勵.24(本文稱為六2)、5￡〇10勵.25/5￡〇10勵.26(本文稱為六11)、5￡〇10勵.27/5￡〇 ID N0.28(本文稱為 C12)、SEQ ID N0.29/SEQ ID N0.30(本文稱為 D9)、SEQ ID N0.31/SEQ ID NO. 32 (本文稱為 E3)、SEQ ID NO. 33/SEQ ID NO. 34 (本文稱為 E6)、SEQ ID NO. 35/SEQ ID NO. 36 (本文稱為 FI)、SEQ ID NO. 37/SEQ ID NO. 38 (本文稱為 F6)、SEQ ID NO. 39/SEQ ID NO. 40(本文稱為 F10)。
[0008] 本公開提供一個全人抗體Fab片段，其具有來自重鏈的可變域和來自輕鏈的可變 域，其中，重鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組合至少95%相同：SEQ ID N0. 1、 SEQ ID NO. 3,SEQ ID NO. 5,SEQ ID NO. 7,SEQ ID NO. 9,SEQ ID NO. 1USEQ ID NO. 13,SEQ ID NO. 15,SEQ ID NO. 17,SEQ ID NO. 19,SEQ ID NO. 2USEQ ID NO. 23,SEQ ID NO. 25,SEQ ID NO. 27、SEQ ID NO. 29、SEQ ID NO. 31、SEQ ID NO. 33、SEQ ID NO. 35、SEQ ID NO. 37、 SEQ ID NO. 39 ;且其輕鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組合至少95%相同：SEQ ID NO. 2、SEQ ID NO. 4、SEQ ID NO. 6、SEQ ID NO. 8、SEQ ID NO. 10、SEQ ID NO. 12、SEQ ID NO. 14,SEQ ID NO. 16,SEQ ID NO. 18,SEQ ID NO. 20,SEQ ID NO. 22,SEQ ID NO. 24,SEQ ID NO. 26,SEQ ID NO. 28,SEQ ID NO. 30,SEQ ID NO. 32,SEQ ID NO. 34,SEQ ID NO. 36,SEQ ID NO. 38、SEQ ID NO. 40;優(yōu)選地，該全人抗體Fab片段具有重鏈可變域和輕鏈可變域，其中該 抗體的重鏈/輕鏈可變域序列選自下列序列及其組合：SEQ ID NO. 1/SEQ ID NO. 2、SEQ ID NO. 3/SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5/SEQ ID NO. 6, SEQ ID NO. 7/SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 9/ SEQ ID NO. 10,SEQ ID NO. 11/SEQ ID NO. 12,SEQ ID NO. 13/SEQ ID NO. 14,SEQ ID NO. 15/ SEQ ID NO. 16,SEQ ID NO. 17/SEQ ID NO. 18,SEQ ID NO. 19/SEQ ID NO. 20,SEQ ID NO. 21/ SEQ ID NO. 22,SEQ ID NO. 23/SEQ ID NO. 24,SEQ ID NO. 25/SEQ ID NO. 26,SEQ ID NO. 27/ SEQ ID NO. 28,SEQ ID NO. 29/SEQ ID NO. 30,SEQ ID NO. 31/SEQ ID NO. 32,SEQ ID NO. 33/ SEQ ID NO. 34,SEQ ID NO. 35/SEQ ID NO. 36,SEQ ID NO. 37/SEQ ID NO. 38,SEQ ID NO. 39/ SEQ ID NO. 40。
[0009] 本公開提供一個單鏈人抗體，其具有來自重鏈的可變域、來自輕鏈的可變域、連接 重鏈和輕鏈可變域的連接肽，其中，重鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組合至 少 95%相同：SEQ ID NO. 1、SEQ ID NO. 3、SEQ ID NO. 5、SEQ ID NO. 7、SEQ ID NO. 9、SEQ ID NO. 11、SEQ ID NO. 13、SEQ ID NO. 15、SEQ ID NO. 17、SEQ ID NO. 19、SEQ ID NO. 21、SEQ ID NO. 23、SEQ ID NO. 25、SEQ ID NO. 27、SEQ ID NO. 29、SEQ ID NO. 31、SEQ ID NO. 33、 SEQ ID NO. 35、SEQ ID NO. 37、SEQ ID NO. 39,其輕鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列 及其組合至少95%相同：5￡〇10勵.2、5￡〇10勵.4、5￡〇10勵.6、5￡〇10勵.8、5￡〇10 NO. 10,SEQ ID NO. 12,SEQ ID NO. 14,SEQ ID NO. 16,SEQ ID NO. 18,SEQ ID NO. 20,SEQ ID NO. 22,SEQ ID NO. 24,SEQ ID NO. 26,SEQ ID NO. 28,SEQ ID NO. 30,SEQ ID NO. 32,SEQ ID NO. 34、SEQ ID NO. 36、SEQ ID NO. 38、SEQ ID NO. 40 ;優(yōu)選地，該全人單鏈抗體具有重鏈可 變域和輕鏈可變域，其中該抗單鏈全人抗體的重鏈/輕鏈可變域序列選自下列序列及其組 合：SEQ ID NO. 1/SEQ ID N0.2、SEQ ID N0.3/SEQ ID N0.4、SEQ ID N0.5/SEQ ID N0.6、SEQ ID NO. 7/SEQ ID NO. 8,SEQ ID NO. 9/SEQ ID NO. 10,SEQ ID NO. 11/SEQ ID NO. 12,SEQ ID NO. 13/SEQ ID NO. 14、SEQ ID NO. 15/SEQ ID NO. 16、SEQ ID NO. 17/SEQ ID NO. 18、SEQ ID NO. 19/SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 21/SEQ ID NO. 22、SEQ ID NO. 23/SEQ ID NO. 24、SEQ ID NO. 25/SEQ ID NO. 26,SEQ ID NO. 27/SEQ ID NO. 28,SEQ ID NO. 29/SEQ ID NO. 30,SEQ ID NO. 31/SEQ ID NO. 32、SEQ ID NO. 33/SEQ ID NO. 34、SEQ ID NO. 35/SEQ ID NO. 36、SEQ ID NO. 37/SEQ ID NO. 38, SEQ ID NO. 39/SEQ ID NO. 40 〇
[0010] 本公開進一步提供一種廣譜治療哺乳動物癌癥的方法，包括以抗DLL-4多肽的 有效劑量給藥，其中所述抗DLL-4多肽選自：一種與DLL-4表位結合且結合親和度為至少 10_6M的IgG類全人抗體、具有重鏈可變域和輕鏈可變域的Fab全人抗體片段、具有來自重 鏈的可變域和來自輕鏈的可變域以及連接所述輕鏈和重鏈可變域的連接肽的單鏈人抗體， 及其組合；
[0011] 其中，所述全人抗體的重鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組合至少 95%相同：SEQ ID N0. 1、SEQ ID N0. 3、SEQ ID N0. 5、SEQ ID N0. 7、SEQ ID N0. 9、SEQ ID NO. 1USEQ ID NO. 13.SEQ ID NO. 15.SEQ ID NO. 17.SEQ ID NO. 19.SEQ ID NO. 2USEQ ID NO. 23.SEQ ID NO. 25.SEQ ID NO. 27.SEQ ID NO. 29.SEQ ID NO. 3USEQ ID NO. 33.SEQ ID NO. 35、SEQ ID NO. 37、SEQ ID NO. 39;且其輕鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組 合至少 95%相同：SEQ ID N0.2、SEQ ID N0.4、SEQ ID N0.6、SEQ ID N0.8、SEQ ID N0. 10、 SEQ ID NO. 12、SEQ ID NO. 14、SEQ ID NO. 16、SEQ ID NO. 18、SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 22、 SEQ ID N0.24、SEQ ID N0.26、SEQ ID N0.28、SEQ ID N0.30、SEQ ID N0.32、SEQ ID N0.34、 SEQ ID NO. 36,SEQ ID NO. 38,SEQ ID NO. 40 ；
[0012] 其中，所述全人抗體Fab片段的重鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組 合至少95%相同：5￡〇10勵.1、5￡〇10勵.3、5￡〇10勵.5、5￡〇10勵.7、5￡〇10勵.9、 SEQ ID NO. 1USEQ ID NO. 13,SEQ ID NO. 15,SEQ ID NO. 17,SEQ ID NO. 19,SEQ ID NO. 2U SEQ ID NO. 23、SEQ ID NO. 25、SEQ ID NO. 27、SEQ ID NO. 29、SEQ ID NO. 31、SEQ ID NO. 33、 SEQ ID NO. 35、SEQ ID NO. 37、SEQ ID NO. 39;且其輕鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序 列及其組合至少95%相同：SEQ ID N0.2、SEQ ID N0.4、SEQ ID N0.6、SEQ ID N0.8、SEQ ID NO. 10、SEQ ID NO. 12、SEQ ID NO. 14、SEQ ID NO. 16、SEQ ID NO. 18、SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 22,SEQ ID NO. 24,SEQ ID NO. 26,SEQ ID NO. 28,SEQ ID NO. 30,SEQ ID NO. 32,SEQ ID NO. 34、SEQ ID NO. 36、SEQ ID NO. 38、SEQ ID NO. 40 ;以及
[0013] 其中，所述單鏈人抗體的重鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組合至少 95%相同：SEQ ID N0. 1、SEQ ID N0. 3、SEQ ID N0. 5、SEQ ID N0. 7、SEQ ID N0. 9、SEQ ID NO. 11、SEQ ID NO. 13、SEQ ID NO. 15、SEQ ID NO. 17、SEQ ID NO. 19、SEQ ID NO. 21、SEQ ID NO. 23、SEQ ID NO. 25、SEQ ID NO. 27、SEQ ID NO. 29、SEQ ID NO. 31、SEQ ID NO. 33、SEQ ID NO. 35、SEQ ID NO. 37、SEQ ID NO. 39;且其輕鏈可變域序列與選自下列的氨基酸序列及其組 合至少 95%相同：SEQ ID N0.2、SEQ ID N0.4、SEQ ID N0.6、SEQ ID N0.8、SEQ ID NO. 10、 SEQ ID NO. 12、SEQ ID NO. 14、SEQ ID NO. 16、SEQ ID NO. 18、SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 22、 SEQ ID NO. 24,SEQ ID NO. 26,SEQ ID NO. 28,SEQ ID NO. 30,SEQ ID NO. 32,SEQ ID NO. 34, SEQ ID NO. 36,SEQ ID NO. 38,SEQ ID NO. 40〇
[0014] 優(yōu)選地，所述全人抗體具有重鏈和輕鏈，其中所述抗體的重鏈/輕鏈可變域序列 選自以下序列及其組合：SEQ ID NO. 1/SEQ ID NO. 2(本文稱為C3)、SEQ ID NO. 3/SEQ ID 勵.4(本文稱為05)、5￡〇10勵.5/5￡〇10勵.6(本文稱為(：10)、5￡〇10勵.7/5￡〇10 NO. 8 (本文稱為 G6)、SEQ ID NO. 9/SEQ ID NO. 10 (本文稱為 FI 1)、SEQ ID NO. 11/SEQ ID NO. 12(本文稱為 D2)、SEQ ID NO. 13/SEQ ID NO. 14(本文稱為 E10)、SEQ ID NO. 15/SEQ ID NO. 16(本文稱為 F12)、SEQ ID NO. 17/SEQ ID NO. 18(本文稱為 E5)、SEQ ID NO. 19/SEQ ID NO. 20 (本文稱為 H2)、SEQ ID NO. 21/SEQ ID NO. 22 (本文稱為 Al)、SEQ ID NO. 23/SEQ ID 勵.24(本文稱為六2)、5￡〇10勵.25/5￡〇10冊.26(本文稱為六11)、5￡〇10勵.27/5￡〇10 勵.28(本文稱為(：12)、5￡〇10勵.29/5￡〇10勵.30(本文稱為09)、5￡〇10勵.31/5￡〇10 NO. 32 (本文稱為 E3)、SEQ ID NO. 33/SEQ ID NO. 34 (本文稱為 E6)、SEQ ID NO. 35/SEQ ID NO. 36 (本文稱為 FI)、SEQ ID NO. 37/SEQ ID NO. 38 (本文稱為 F6)、SEQ ID NO. 39/SEQ ID NO. 40 (本文稱為F10);優(yōu)選地，所述全人抗體Fab片段具有重鏈可變域和輕鏈可變域，其中 所述抗體的重鏈/輕鏈可變域序列選自下列序列及其組合：SEQ ID NO. 1/SEQ ID NO. 2(本 文稱為 C3)、SEQ ID N0.3/SEQ ID N0.4(本文稱為 C5)、SEQ ID N0.5/SEQ ID N0.6(本文稱 為(：10)、5￡〇10勵.7/5￡〇10勵.8(本文稱為66)、5￡〇10勵.9/5￡〇10勵.10(本文稱為 FI 1)、SEQ ID NO. 11/SEQ ID NO. 12 (本文稱為 D2)、SEQ ID NO. 13/SEQ ID NO. 14 (本文稱為 E10)、SEQ ID NO. 15/SEQ ID NO. 16(本文稱為 F12)、SEQ ID NO. 17/SEQ ID NO. 18(本文稱為 E5)、SEQ ID N0.19/SEQ ID N0.20(本文稱為 H2)、SEQ ID N0.21/SEQ ID N0.22(本文稱為 A1)、SEQ ID N0.23/SEQ ID N0.24(本文稱為 A2)、SEQ ID N0.25/SEQ ID N0.26(本文稱為 All)、SEQ ID NO. 27/SEQ ID NO. 28(本文稱為 C12)、SEQ ID NO. 29/SEQ ID NO. 30(本文稱 為 D9)、SEQ ID N0.31/SEQ ID N0.32(本文稱為 E3)、SEQ ID N0.33/SEQ ID N0.34(本文稱 為 E6)、SEQ ID NO. 35/SEQ ID NO. 36 (本文稱為 FI)、SEQ ID NO. 37/SEQ ID NO. 38 (本文稱 為F6)、SEQ ID NO. 39/SEQ ID NO. 40 (本文稱為F10);優(yōu)選地，所述全人單鏈抗體具有重鏈 可變域和輕鏈可變域，其中所述單鏈全人抗體的重鏈/輕鏈可變域序列選自下列序列及其 組合：SEQ ID NO. 1/SEQ ID N0.2、SEQ ID N0.3/SEQ ID N0.4、SEQ ID N0.5/SEQ ID N0.6、 SEQ ID NO. 7/SEQ ID NO. 8,SEQ ID NO. 9/SEQ ID NO. 10,SEQ ID NO. 11/SEQ ID NO. 12,SEQ ID NO. 13/SEQ ID NO. 14、SEQ ID NO. 15/SEQ ID NO. 16、SEQ ID NO. 17/SEQ ID NO. 18、SEQ ID NO. 19/SEQ ID NO. 20,SEQ ID NO. 21/SEQ ID NO. 22,SEQ ID NO. 23/SEQ ID NO. 24,SEQ ID NO. 25/SEQ ID NO. 26,SEQ ID NO. 27/SEQ ID NO. 28,SEQ ID NO. 29/SEQ ID NO. 30,SEQ ID NO. 31/SEQ ID NO. 32、SEQ ID NO. 33/SEQ ID NO. 34、SEQ ID NO. 35/SEQ ID NO. 36、SEQ ID NO. 37/SEQ ID NO. 38,SEQ ID N