本發(fā)明屬于生物，具體涉及雞z染色體上與抗雞白痢狀相關(guān)的snp位點(diǎn)及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、在全球化的背景下，畜禽養(yǎng)殖業(yè)面臨著前所未有的挑戰(zhàn)與機(jī)遇近年來，隨著生物技術(shù)、信息技術(shù)的飛速發(fā)展，雞種業(yè)正經(jīng)歷著從傳統(tǒng)養(yǎng)殖模式向智能化、精準(zhǔn)化養(yǎng)殖的深刻轉(zhuǎn)變。在這一進(jìn)程中，遺傳改良與疾病防控成為了雞種業(yè)發(fā)展的兩大核心議題。一方面，通過遺傳改良提高雞種的生產(chǎn)性能、適應(yīng)性和抗病力，滿足市場(chǎng)對(duì)優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)雞種的需求；另一方面，疾病防控，尤其是對(duì)具有高度傳染性和致病性的疾病如雞白痢的防控，直接關(guān)系到雞種業(yè)的可持續(xù)發(fā)展與生物安全。

2、雞白痢沙門氏菌病是在19世紀(jì)末期被人們所發(fā)現(xiàn)的，由雞白痢沙門氏菌感染引起的一種急性、敗血性傳染病，多種家禽(如雞、鴨、火雞、野雞、鵪鶉等)均可感染，但主要在雞和火雞中流行，尤其是雞最易感，因其高致病率和死亡率，至今仍是影響禽養(yǎng)殖業(yè)的重要疾病之一。

3、疾病的流行，使得雞群中出現(xiàn)抗雞白痢遲緩、生產(chǎn)性能下降、死亡率增加等問題，直接導(dǎo)致養(yǎng)殖成本上升，經(jīng)濟(jì)效益受損。更為關(guān)鍵的是，雞白痢的持續(xù)存在嚴(yán)重阻礙了靜原雞的遺傳改良計(jì)劃。遺傳改良旨在通過選育提高雞種的生產(chǎn)性能、健康狀況和適應(yīng)性，而雞白痢的感染，尤其是慢性感染，往往導(dǎo)致雞群遺傳潛力無法充分展現(xiàn)，影響了選育工作的準(zhǔn)確性和效率。

4、此外，雞白痢的傳染性還威脅到雞種業(yè)的生物安全，一旦疾病在雞群中爆發(fā)，不僅當(dāng)前雞群受創(chuàng)，還可能影響到未來雞種的健康和性能，對(duì)整個(gè)行業(yè)造成長(zhǎng)期負(fù)面影響，也對(duì)靜原雞產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展造成了極大地困擾。因此，對(duì)靜原雞群體中的多態(tài)性位點(diǎn)和抗雞白痢性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，篩選出對(duì)靜原雞抗雞白痢性狀有影響的位點(diǎn)，為地方雞種特別是靜原雞分子育種，品種改良提供基礎(chǔ)具有重要意義。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)存在的問題，本發(fā)明提供通過重測(cè)序和gwas分析策略鑒別到了顯著影響雞抗雞白痢狀的snp，將其用于分子標(biāo)記輔助選擇和基因組選擇中，選擇對(duì)抗雞白痢性狀有利的基因型進(jìn)行留種，從而逐代提高抗病相關(guān)等位基因的基因頻率，則能加快種雞育種改良的進(jìn)程，為地方雞養(yǎng)殖帶來巨大經(jīng)濟(jì)效益。

2、首要目的在于確定影響抗雞白痢狀的snp分子標(biāo)記。所述分子標(biāo)記位于雞基因組參考序列z染色體(nc_006127.5)上。

3、所述的分子標(biāo)記的snp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)于雞grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上包括snp1～snp8任一個(gè)分子標(biāo)記。

4、所述snp1對(duì)應(yīng)于雞基因組grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上第27712775位c>g突變，其核苷酸序列如seq?id?no.1所示；

5、所述snp2對(duì)應(yīng)于雞基因組grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上第27712923位a>g突變的分子標(biāo)記,其核苷酸序列如seq?id?no.2所示；

6、所述snp3對(duì)應(yīng)于雞基因組grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上第27718418位c>t突變的分子標(biāo)記,其核苷酸序列如seq?id?no.3所示；

7、所述snp4對(duì)應(yīng)于雞基因組grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上第27718468位g>t突變的分子標(biāo)記,其核苷酸序列如seq?id?no.4所示；

8、所述snp5對(duì)應(yīng)于雞基因組grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上第27718765位t>a突變的分子標(biāo)記,其核苷酸序列如seq?id?no.5所示；

9、所述snp6對(duì)應(yīng)于雞基因組grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上第27718769位t>a突變的分子標(biāo)記,其核苷酸序列如seq?id?no.6所示；

10、所述snp7對(duì)應(yīng)于雞基因組grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上第27718793位c>t突變的分子標(biāo)記,其核苷酸序列如seq?id?no.7所示；

11、所述snp8對(duì)應(yīng)于雞基因組grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上第27718912位g>a突變的分子標(biāo)記,其核苷酸序列如seq?id?no.8所示。

12、所述snp標(biāo)記的序列具體如下表所示

13、

14、

15、

16、本發(fā)明的另一目的在于提供上述的分子標(biāo)記在篩選抗雞白痢性狀的雞個(gè)體中的應(yīng)用。具體為，檢測(cè)雞z染色體(nc_006127.5)前述snp分子標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，根據(jù)檢測(cè)結(jié)果淘汰非抗性個(gè)體，以逐代提高相應(yīng)位點(diǎn)的抗雞白痢性狀相關(guān)的基因型頻率。

17、可選的，淘汰snp1～snp8的基因型分別為gg、gg、tt、tt、aa、aa、tt或aa的個(gè)體。

18、優(yōu)選的，保留snp1～snp8的基因型分別為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc或gg的個(gè)體。

19、在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，保留snp1～snp8的基因型分別同時(shí)為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc和gg的個(gè)體作為種雞。

20、本發(fā)明的另一目的在于提供一種檢測(cè)上述分子標(biāo)記的試劑或試劑盒在鑒定或輔助鑒定靜原雞對(duì)雞白痢抗性強(qiáng)弱中的應(yīng)用。具體為，利用上述試劑或試劑盒檢測(cè)雞z染色體(nc_006127.5)上如權(quán)利要求1所述snp分子標(biāo)記的基因型，如snp1～snp8的基因型分別為gg、gg、tt、tt、aa、aa、tt或aa的個(gè)體為易感病個(gè)體，如snp1～snp8的基因型分別為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc或gg的個(gè)體為抗病個(gè)體。

21、在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，snp1～snp8的基因型分別同時(shí)為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc和gg的個(gè)體為抗病個(gè)體。

22、本發(fā)明的另一目的在于提供一種檢測(cè)上述分子標(biāo)記的試劑或試劑盒在雞基因組選擇育種中的應(yīng)用。具體為，利用上述試劑或試劑盒檢測(cè)雞z染色體(nc_006127.5)上前述snp分子標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，根據(jù)檢測(cè)結(jié)果淘汰非抗性個(gè)體，以逐代提高相應(yīng)位點(diǎn)的抗雞白痢性狀相關(guān)的基因型頻率。

23、可選的，淘汰snp1～snp8的基因型分別為gg、gg、tt、tt、aa、aa、tt或aa的個(gè)體。

24、優(yōu)選的，保留snp1～snp8的基因型分別為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc或gg的個(gè)體。

25、在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，保留snp1～snp8的基因型分別同時(shí)為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc和gg的個(gè)體作為種雞。

26、本發(fā)明的另一目的在于提供一種雞的遺傳改良的方法，所述方法包括：檢測(cè)種雞資源群體中的種雞的上述的影響雞優(yōu)良抗雞白痢狀的分子標(biāo)記位點(diǎn)的的基因型，根據(jù)檢測(cè)結(jié)果淘汰非抗性個(gè)體，以逐代提高相應(yīng)位點(diǎn)的抗雞白痢性狀相關(guān)的基因型頻率。所述雞群體包括靜原雞及其合成系。

27、可選的，淘汰snp1～snp8的基因型分別為gg、gg、tt、tt、aa、aa、tt或aa的個(gè)體。

28、優(yōu)選的，保留snp1～snp8的基因型分別為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc或gg的個(gè)體。

29、在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，保留snp1～snp8的基因型分別同時(shí)為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc和gg的個(gè)體作為種雞。

30、具體包括以下步驟：

31、(1)提取待測(cè)雞的基因組dna；

32、(2)對(duì)待測(cè)雞的基因型進(jìn)行檢測(cè)；

33、(3)基于檢測(cè)結(jié)果，確定所述待測(cè)雞在雞參考基因組grcg6a基因組z染色體(nc_006127.5)上前述snp分子標(biāo)記位點(diǎn)的基因型。

34、(4)根據(jù)步驟3)檢測(cè)的基因型做出相應(yīng)的選擇，以逐代提高相應(yīng)位點(diǎn)的抗雞白痢性狀相關(guān)的基因型頻率，從而提高后代雞的抗雞白痢性狀。。

35、可選的，淘汰snp1～snp8的基因型分別為gg、gg、tt、tt、aa、aa、tt或aa的個(gè)體。

36、優(yōu)選的，保留snp1～snp8的基因型分別為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc或gg的個(gè)體。

37、在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，保留snp1～snp8的基因型分別同時(shí)為cc、aa、cc、gg、tt、tt、cc和gg的個(gè)體作為種雞。

38、本發(fā)明相對(duì)于現(xiàn)有技術(shù)具有如下的優(yōu)點(diǎn)及效果：

39、第一，確定了新的影響雞抗雞白痢性狀的分子標(biāo)記。

40、第二，確定了這些分子標(biāo)記之間具有較強(qiáng)連鎖關(guān)系。

41、第二，本發(fā)明確定的snp分子標(biāo)記應(yīng)用于種雞抗雞白痢性狀的遺傳改良中，可提高后代對(duì)雞白痢的抗病能力，進(jìn)而增加養(yǎng)殖企業(yè)市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)力。