1.用于確定狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率的方法;所述方法包括:
2.用于確定狗的生物學(xué)年齡的方法;所述方法包括:
3.用于為狗選擇生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)的方法,所述方法包括:
4.用于確定生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)對(duì)改善狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)的功效的方法,所述方法包括:
5.用于確定生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)對(duì)改善狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率的功效的方法,所述方法包括:
6.用于開發(fā)抗衰老生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)的方法;所述方法包括;
7.用于預(yù)防或降低狗發(fā)展疾病的風(fēng)險(xiǎn)的方法;所述方法包括:
8.用于選擇適合接受抗衰老生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)的狗的方法;所述方法包括:
9.根據(jù)任一前述權(quán)利要求所述的方法,其中用于確定所述狗的所述死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率的所述方法還包括將所述dna甲基化圖譜與所述狗的所述實(shí)足年齡、品種和/或性別中的一者或多者組合。
10.根據(jù)權(quán)利要求3至9中任一項(xiàng)所述的方法,其中基于與所述狗的實(shí)足年齡相比所述狗具有增加的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或降低的健康壽命的概率的確定來(lái)選擇生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)。
11.根據(jù)權(quán)利要求3至10中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)是膳食干預(yù)。
12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法,其中所述膳食干預(yù)是熱量限制飲食、老年飲食或低蛋白飲食。
13.根據(jù)任一前述權(quán)利要求所述的方法,其中所述樣本是血液樣本。
14.根據(jù)權(quán)利要求1至3或5至8中任一項(xiàng)所述的方法,其中步驟a)還包括確定來(lái)自從所述狗獲得的樣本的dna甲基化圖譜。
15.根據(jù)任一前述權(quán)利要求所述的方法,其中所述dna甲基化圖譜包含至少一個(gè)如表3中所列的甲基化位點(diǎn)。
16.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法,其中所述dna甲基化圖譜包含至少3個(gè)、至少5個(gè)、至少10個(gè)、至少20個(gè)、至少50個(gè)、至少100個(gè)、至少150個(gè)、至少200個(gè)或如表3中所列的甲基化位點(diǎn)中的每個(gè)甲基化位點(diǎn)。
17.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法,其中所述dna甲基化圖譜包含如表4中所列的甲基化位點(diǎn)。
18.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法,其中所述dna甲基化圖譜包含如表5中所列的甲基化位點(diǎn)。
19.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法,其中所述dna甲基化圖譜包含如表6中所列的甲基化位點(diǎn)。
20.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法,其中所述dna甲基化圖譜包含如表7中所列的甲基化位點(diǎn)。
21.根據(jù)權(quán)利要求14至20中任一項(xiàng)所述的方法,其中使用包括以下步驟中的一者或多者的方法來(lái)確定dna甲基化:(a)用apobec處理樣本dna以使胞嘧啶脫氨基;(b)基于捕獲的富集;和/或(c)高通量測(cè)序。
22.根據(jù)任一前述權(quán)利要求所述的方法,其中所述dna甲基化圖譜與以下項(xiàng)的發(fā)病率或預(yù)測(cè)的發(fā)病率相關(guān)聯(lián):(i)組織;(ii)器官;或(iii)生理系統(tǒng),諸如免疫系統(tǒng)、胃腸系統(tǒng)、泌尿系統(tǒng)、肌肉系統(tǒng)、心血管系統(tǒng)和/或神經(jīng)系統(tǒng)。
23.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法,所述方法還包括對(duì)所述狗應(yīng)用適用于改善根據(jù)權(quán)利要求22所述的組織;器官;或生理系統(tǒng)的所述發(fā)病率或預(yù)測(cè)的發(fā)病率的生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)。
24.用于降低狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或增加狗的健康壽命的概率的膳食干預(yù)或治療方式,其中將所述膳食干預(yù)施用于狗,其中死亡風(fēng)險(xiǎn)通過(guò)根據(jù)權(quán)利要求1、7至10或13至23中任一項(xiàng)所述的方法確定。
25.膳食干預(yù)治療方式在降低狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或增加狗的健康壽命的概率中的用途,其中將所述膳食干預(yù)施用于狗,其中死亡風(fēng)險(xiǎn)通過(guò)根據(jù)權(quán)利要求1、7至20或13至23中任一項(xiàng)所述的方法確定。
26.計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì),所述計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包括指令,所述指令在被執(zhí)行時(shí)使一個(gè)或多個(gè)處理器執(zhí)行根據(jù)權(quán)利要求1、2、3、7至16或23中任一項(xiàng)所述的方法。
27.用于確定狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率的計(jì)算機(jī)系統(tǒng);所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)被編程為使用所述狗的dna甲基化圖譜來(lái)確定所述狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)。
28.用于為狗選擇合適的生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)的計(jì)算機(jī)系統(tǒng),所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)被編程為執(zhí)行以下步驟中的一者或多者:
29.用于確定生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)對(duì)改善狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率的功效的計(jì)算機(jī)系統(tǒng),所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)被編程為執(zhí)行以下步驟中的一者或多者:
30.用于確定狗將受益于抗衰老生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)的可能性的計(jì)算機(jī)系統(tǒng);所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)被編程為執(zhí)行以下步驟中的一者或多者:
31.計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品,所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括計(jì)算機(jī)可實(shí)施指令,所述計(jì)算機(jī)可實(shí)施指令用于使可編程計(jì)算機(jī)使用狗的dna甲基化圖譜來(lái)確定所述狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率。
32.計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品,所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括計(jì)算機(jī)可實(shí)施指令,所述計(jì)算機(jī)可實(shí)施指令用于使可編程計(jì)算機(jī)使用來(lái)自狗的dna甲基化圖譜來(lái)確定所述狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率;以及基于使用dna甲基化圖譜來(lái)確定的所述死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率來(lái)為所述狗選擇合適的生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)。
33.計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品,所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括計(jì)算機(jī)可實(shí)施指令,所述計(jì)算機(jī)可實(shí)施指令用于使可編程計(jì)算機(jī):a)使用來(lái)自在生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)之前從狗獲得的樣本以及在所述生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)之后從所述狗獲得的樣本的dna甲基化圖譜來(lái)確定所述狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率;以及b)在已經(jīng)應(yīng)用所述生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)之前和之后確定所述狗的所述死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率在從所述狗獲得的所述樣本之間是否存在變化。
34.計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品,所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括計(jì)算機(jī)可實(shí)施指令,所述計(jì)算機(jī)可實(shí)施指令用于使可編程計(jì)算機(jī):a)使用來(lái)自從狗獲得的樣本的dna甲基化圖譜來(lái)確定所述狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率;以及b)如果與狗的實(shí)足年齡相比,所述狗具有增加的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或降低的健康壽命的概率,則將所述狗標(biāo)識(shí)為可能對(duì)抗衰老生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)有反應(yīng)。
35.用于創(chuàng)建表觀遺傳時(shí)鐘以確定狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率的方法;所述方法包括:a)提供來(lái)自從所述狗獲得的樣本的dna甲基化圖譜;b)計(jì)算兩個(gè)gompertz或weibull函數(shù),(i)第一個(gè)gompertz或weibull函數(shù),其將存活率建模為所述甲基化圖譜、實(shí)足年齡和任選的品種類別和/或性別的函數(shù);和(ii)第二個(gè)gompertz或weibull函數(shù),其將存活率建模為實(shí)足年齡和任選的僅品種類別和/或性別的函數(shù);其中基于時(shí)間變量來(lái)確定所述死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率,在所述時(shí)間變量處由所述第二個(gè)gompertz或weibull函數(shù)給出的所述狗的存活概率等于由所述第一個(gè)gompertz或weibull函數(shù)給出的在它們的實(shí)足年齡處的存活概率。
36.根據(jù)權(quán)利要求27至35中任一項(xiàng)所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品;其中所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或計(jì)算機(jī)程序準(zhǔn)備并共享詳述步驟(b)的結(jié)果的報(bào)告。
37.用于確定狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率的試劑盒,所述試劑盒包括用于收集和任選地穩(wěn)定來(lái)自受試者的樣本的裝置和試劑;以及用于收集和任選地穩(wěn)定所述樣本的說(shuō)明書,并且其中所述樣本用于郵寄以用于后續(xù)dna提取,用于測(cè)量從所述樣本提取的dna中的dna甲基化,從而獲得dna甲基化圖譜。
38.用于使用狗的dna甲基化圖譜來(lái)確定所述狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率的方法;所述方法包括(a)提供來(lái)自所述狗的樣本,任選地使用根據(jù)權(quán)利要求37所述的試劑盒;(b)提供用于后續(xù)dna提取的所述樣本以用于測(cè)量從所述樣本提取的dna中的dna甲基化,從而獲得dna甲基化圖譜;(c)使用根據(jù)權(quán)利要求27所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或根據(jù)權(quán)利要求31所述的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品來(lái)確定所述狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率;其中所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)準(zhǔn)備并共享詳述步驟(c)的結(jié)果的報(bào)告。
39.用于使用來(lái)自狗的dna甲基化圖譜來(lái)確定所述狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率;以及基于使用dna甲基化圖譜來(lái)確定的所述死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率來(lái)為所述狗選擇合適的生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)的方法;所述方法包括(a)提供來(lái)自所述狗的樣本,任選地使用根據(jù)權(quán)利要求37所述的試劑盒;(b)提供用于后續(xù)dna提取的所述樣本以用于測(cè)量從所述樣本提取的dna中的dna甲基化,從而獲得dna甲基化圖譜;(c)使用根據(jù)權(quán)利要求28所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或根據(jù)權(quán)利要求32所述的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品來(lái)確定所述狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率以及為所述狗選擇合適的生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù);其中所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)準(zhǔn)備并共享詳述步驟(c)的結(jié)果的報(bào)告。
40.用于使用dna甲基化圖譜來(lái)確定生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)對(duì)改善狗的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率的功效的方法,所述方法包括:(a)提供在所述生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)之前從所述狗獲得的樣本以及在所述生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)之后從所述狗獲得的樣本,任選地使用根據(jù)權(quán)利要求37所述的試劑盒;(b)提供用于后續(xù)dna提取的所述樣本以用于測(cè)量從所述樣本提取的dna中的dna甲基化,從而獲得dna甲基化圖譜;(c)使用根據(jù)權(quán)利要求29所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或根據(jù)權(quán)利要求33所述的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品在已經(jīng)應(yīng)用所述生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)之前和之后確定所述狗的所述死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或健康壽命的概率在從所述狗獲得的所述樣本之間是否存在變化;其中所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)準(zhǔn)備并共享詳述步驟(c)的結(jié)果的報(bào)告。
41.使用dna甲基化圖譜將狗標(biāo)識(shí)為可能對(duì)抗衰老生活方式方案、膳食方案或治療干預(yù)有反應(yīng)的方法;所述方法包括:(a)提供從所述狗獲得的樣本;任選地使用根據(jù)權(quán)利要求37所述的試劑盒;(b)提供用于后續(xù)dna提取的所述樣本以用于測(cè)量從所述樣本提取的dna中的dna甲基化,從而獲得dna甲基化圖譜;(c)使用根據(jù)權(quán)利要求30所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或根據(jù)權(quán)利要求34所述的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品,如果與狗的實(shí)足年齡相比,所述狗具有增加的死亡風(fēng)險(xiǎn)和/或降低的健康壽命的概率,則將所述狗標(biāo)識(shí)為可能對(duì)抗衰老生活方式或膳食有反應(yīng);其中所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)準(zhǔn)備并共享詳述步驟(c)的結(jié)果的報(bào)告。