本發(fā)明涉及生物，尤其涉及一種用于檢測(cè)胃癌早期的標(biāo)志物、探針組合物及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、胃癌是腫瘤全球發(fā)病率位列第五、死亡率位列第四的消化系統(tǒng)腫瘤。同時(shí)早期胃癌的占比僅為20％，大多數(shù)病例在發(fā)現(xiàn)時(shí)已經(jīng)是進(jìn)展期。且胃癌的5年生存率為35.1％，晚期胃癌的5年生存率不超過(guò)10％。胃癌在男性中發(fā)病率高于女性，前者是13％，后者是7％。

2、目前常用于胃癌診斷的影像學(xué)方法有超聲，ct，mri和胃鏡等。其中對(duì)于胃癌的診斷最重要、最可靠的方法是胃鏡檢查結(jié)合組織病理活檢。該檢查在直接觀察到黏膜病變的同時(shí)，還能從病變部位取樣用于后期的組織病理活檢，對(duì)早期胃癌篩查的準(zhǔn)確率高于其他篩查方法。雖然胃鏡檢查是診斷胃癌的金標(biāo)準(zhǔn)，但其依然存在著同樣明顯的弱點(diǎn)。該方法屬侵入性檢查，檢查時(shí)帶來(lái)的疼痛等不適感導(dǎo)致人群接受度較低，難以用于胃癌的大規(guī)模普查。

3、而dna的甲基化作為重要的表觀遺傳修飾，已被證明可用于腫瘤的早期發(fā)現(xiàn)，并且具有組織特異性，可根據(jù)循環(huán)腫瘤dna(ctdna)甲基化特征追蹤到腫瘤原發(fā)部位。為了實(shí)現(xiàn)胃癌的早期診斷目標(biāo)，急需一種針對(duì)胃癌早期篩查的分子標(biāo)志物，以及特異性強(qiáng)、靈敏度高的檢測(cè)方法。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本申請(qǐng)的目的在于提供了一種用于檢測(cè)胃癌早期的標(biāo)志物、探針組合物以及應(yīng)用，可以用于胃癌早期的篩查，所述的標(biāo)志物以非侵入性的方式用于無(wú)癥狀人群的篩查，以及癌癥患者的預(yù)后檢測(cè)，降低了侵入性檢測(cè)造成的危害，并且具有更高的靈敏度和準(zhǔn)確性。

2、本申請(qǐng)具體技術(shù)方案如下：

3、1.一種用于檢測(cè)胃癌早期的標(biāo)志物，其中，所述標(biāo)志物為elavl2基因。

4、2.根據(jù)項(xiàng)1所述的標(biāo)志物，其中，所述elavl2基因的靶序列如seq?id?no：1-seq?idno：6中的任意一個(gè)所示或者所述elavl2基因的靶序列包括seq?id?no：1-seq?id?no：6中的任意一個(gè)所示的序列。

5、3.一種探針組合物，其中，所述探針組合物包含靶向項(xiàng)1或2所述標(biāo)志物甲基化的探針。

6、4.根據(jù)項(xiàng)求3所述的探針組合物，其中，所述探針組合物包含高甲基化的第一探針組合物和低甲基化的第二探針組合物，所述第一探針組合物用于與經(jīng)重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的cg高甲基化的區(qū)域雜交，所述第二探針組合物用于與經(jīng)重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的cg低甲基化的區(qū)域雜交。

7、5.根據(jù)項(xiàng)4所述的探針組合物，其中，所述第一探針組合物包括n個(gè)探針，所述n個(gè)探針與經(jīng)重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的cg高甲基化的區(qū)域的正義鏈和/或反義鏈的每個(gè)核苷酸雜交，優(yōu)選的，所述第二探針組合物包括m個(gè)探針，所述m個(gè)探針與經(jīng)重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的cg低甲基化的區(qū)域的正義鏈和/反義鏈的每個(gè)核苷酸雜交，進(jìn)一步優(yōu)選的，n和m均是1-10中的任意整數(shù)。

8、6.根據(jù)項(xiàng)5所述的探針組合物，其中，第n-1個(gè)探針和第n個(gè)探針之間有x1個(gè)核苷酸重疊，優(yōu)選的，x1為0-100中的任意整數(shù)；

9、優(yōu)選的，第m-1個(gè)探針和第m個(gè)探針之間有x2個(gè)核苷酸重疊，優(yōu)選的，x2為0-100中的任意整數(shù)；

10、進(jìn)一步優(yōu)選的，所述第一探針組合物包括如seq?id?no：7-8所示的核苷酸序列；所述第二探針組合物包括如seq?id?no：9-10所示的核苷酸序列。

11、7.用于檢測(cè)標(biāo)志物的核酸在制備用于檢測(cè)胃癌早期的試劑盒中的用途，其中，所述標(biāo)志物為elavl2基因。

12、8.根據(jù)項(xiàng)7所述的用途，其中，所述標(biāo)志物的靶序列如seq?id?no：1-seq?id?no：6中的任意一個(gè)所示或者所述elavl2基因的靶序列包括seq?id?no：1-seq?id?no：6中的任意一個(gè)所示的序列。

13、9.根據(jù)項(xiàng)7或8所述的用途，其中，所述核酸用于靶向胃癌早期的甲基化后的標(biāo)志物。

14、10.根據(jù)項(xiàng)7-9中任一項(xiàng)所述的用途，其中，所述核酸為項(xiàng)3-6中任一項(xiàng)所述的探針組合物。

15、11.根據(jù)項(xiàng)7-9中任一項(xiàng)所述的用途，其中，所述核酸包括：

16、引物，所述引物為所述elavl2基因的靶序列中的至少9個(gè)核苷酸的片段，所述片段包含至少一個(gè)cpg二核苷酸序列；

17、優(yōu)選地，所述核酸還包括：

18、探針，所述探針為在中等嚴(yán)緊或嚴(yán)緊條件下與所述elavl2基因的靶序列中的至少15個(gè)核苷酸片段雜交，所述片段包含至少一個(gè)cpg二核苷酸序列。

19、12.根據(jù)項(xiàng)7-11中任一項(xiàng)所述的用途，其中，所述核酸還包括：

20、優(yōu)先與處于非甲基化狀態(tài)的靶序列結(jié)合的阻斷劑。

21、13.一種用于胃癌早期檢測(cè)的組合物，其中，所述組合物包含用于檢測(cè)elavl2基因甲基化的核酸。

22、14.根據(jù)項(xiàng)13所述的組合物，其中，所述elavl2基因的核苷酸序列如seq?id?no：1-seq?id?no：6中的任意一個(gè)所示或者所述elavl2基因的靶序列包括seq?id?no：1-seq?idno：6中的任意一個(gè)所示的序列。

23、15.根據(jù)項(xiàng)13或14所述的組合物，其中，所述核酸包含項(xiàng)3-6中任一項(xiàng)所述的探針組合物。

24、16.根據(jù)項(xiàng)13或14所述的組合物，其中，所述核酸包括：

25、引物，所述引物為所述標(biāo)志物的靶序列中的至少9個(gè)核苷酸的片段，所述片段包含至少一個(gè)cpg二核苷酸序列。

26、17.根據(jù)項(xiàng)16所述的組合物，其中，所述核酸還包括：

27、探針，所述探針為在中等嚴(yán)緊或嚴(yán)緊條件下與所述標(biāo)志物的靶序列中的至少15個(gè)核苷酸片段雜交，所述片段包含至少一個(gè)cpg二核苷酸序列。

28、18.根據(jù)項(xiàng)13-17中任一項(xiàng)所述的組合物，所述組合物還包括將elavl2基因的靶序列的5位未甲基化胞嘧啶堿基轉(zhuǎn)化為尿嘧啶的試劑。

29、19.根據(jù)項(xiàng)13-18中任一項(xiàng)所述的組合物，其中，所述核酸還包括：

30、優(yōu)先與處于非甲基化狀態(tài)的靶序列結(jié)合的阻斷劑。

31、20.一種試劑盒，其包含用于檢測(cè)項(xiàng)1或2所述標(biāo)志物的試劑、項(xiàng)3-6所述的探針組合物或者項(xiàng)13-19中任一項(xiàng)所述的組合物。

32、21.一種芯片，其包含用于檢測(cè)項(xiàng)1或2所述標(biāo)志物的試劑、項(xiàng)3-6所述的探針組合物或者項(xiàng)13-19中任一項(xiàng)所述的組合物。

33、發(fā)明的效果

34、本申請(qǐng)的發(fā)明人利用表觀基因組和生物信息學(xué)技術(shù)，通過(guò)分析胃癌早期的全基因組甲基化數(shù)據(jù)，尋找到了一個(gè)與胃癌早期相關(guān)的甲基化基因，并確定了胃癌早期甲基化基因發(fā)生甲基化異常的靶序列，并且，通過(guò)這個(gè)甲基化基因的靶序列，能夠靈敏和特異地檢測(cè)該基因的甲基化的狀態(tài)，從而可以用于對(duì)外周血游離dna的檢測(cè)。

35、本申請(qǐng)所述的組合物以非侵入性的方式用于無(wú)癥狀人群的篩查，降低了侵入性檢測(cè)造成的危害，所述的組合物具有更高的靈敏度和準(zhǔn)確度，能夠?qū)崿F(xiàn)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)。

技術(shù)特征：

1.一種用于檢測(cè)胃癌早期的標(biāo)志物，其中，所述標(biāo)志物為elavl2基因：

2.一種探針組合物，其中，所述探針組合物包含靶向權(quán)利要求1所述標(biāo)志物甲基化的探針。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的探針組合物，所述探針組合物包含高甲基化的第一探針組合物和低甲基化的第二探針組合物，所述第一探針組合物用于與經(jīng)重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的cg高甲基化的區(qū)域雜交，所述第二探針組合物用于與經(jīng)重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的cg低甲基化的區(qū)域雜交：

4.用于檢測(cè)標(biāo)志物的核酸在制備用于檢測(cè)胃癌早期的試劑盒中的用途，其中，所述標(biāo)志物為elavl2基因；

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的用途，所述核酸包括：

6.一種用于胃癌早期檢測(cè)的組合物，其中，所述組合物包含用于檢測(cè)elavl2基因甲基化的核酸；

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的組合物，所述核酸包括：

8.根據(jù)權(quán)利要求6或7所述的組合物，所述組合物還包括將elavl2基因的靶序列的5位未甲基化胞嘧啶堿基轉(zhuǎn)化為尿嘧啶的試劑；

9.一種試劑盒，其包含用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述標(biāo)志物的試劑、權(quán)利要求2或3所述的探針組合物或者權(quán)利要求6-8中任一項(xiàng)所述的組合物。

10.一種芯片，其包含用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述標(biāo)志物的試劑、權(quán)利要求2或3所述的探針組合物或者權(quán)利要求6-8中任一項(xiàng)所述的組合物。

技術(shù)總結(jié)
本申請(qǐng)公開了一種用于檢測(cè)胃癌早期的標(biāo)志物、探針組合物及其應(yīng)用，所述標(biāo)志物為ELAVL2基因。本申請(qǐng)使用所述的標(biāo)志物，能夠靈敏和特異地檢測(cè)該基因的甲基化的狀態(tài)，從而可以用于對(duì)外周血游離DNA的檢測(cè)，并且，本申請(qǐng)所述的組合物以非侵入性的方式用于無(wú)癥狀人群的篩查，降低了侵入性檢測(cè)造成的危害，所述的組合物具有更高的靈敏度和準(zhǔn)確度，能夠?qū)崿F(xiàn)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)。

技術(shù)研發(fā)人員：李永君,李琪,連明,郗彥鳳,楊亞?wèn)|,郭媛媛,吳寧寧,魏闖,王秀秀,王翠翠,周光朋,吳振
受保護(hù)的技術(shù)使用者：博爾誠(chéng)（北京）科技有限公司
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/19