用于治療、診斷和監(jiān)控狼瘡的方法相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用本申請(qǐng)要求于2009年10月7日提交的美國臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/278,510的優(yōu)先權(quán)，其通過引用全文整合到本文中。序列表本申請(qǐng)含有通過EFS-Web按ASCII格式提交的序列表，通過引用全部整合到本文中。所述ASCII拷貝創(chuàng)建于2010年9月20日，名為P4325R1W.txt，大小為57,896字節(jié)。領(lǐng)域提供了鑒別、診斷、預(yù)測(cè)和評(píng)估出現(xiàn)狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)的方法，以及治療狼瘡的方法。還提供了用于鑒別有效的狼瘡治療劑和預(yù)測(cè)對(duì)狼瘡治療劑的響應(yīng)性的方法。背景狼瘡是自身免疫疾病，據(jù)估計(jì)其幾乎影響一百萬美國人，主要是年齡在20-40歲之間的女性。狼瘡涉及攻擊結(jié)締組織的抗體。狼瘡的主要形式是系統(tǒng)性狼瘡(系統(tǒng)性紅斑狼瘡；SLE)。SLE是具有強(qiáng)遺傳及環(huán)境成分的慢性自身免疫疾病(見例如HochbergMC，Dubois’LupusErythematosus.第5版.，WallaceDJ，HahnBH，編輯Baltimore：Williams和Wilkins(1997)；WakelandEK等，Immunity2001；15(3)：397-408；NathSK等，Curr.Opin.Immunol.2004；16(6)：794-800；D’Cruz等，Lancet(2007)，369：587-596)。已知多種其他形式的狼瘡，包括但不限于皮膚紅斑狼瘡(CLE)、狼瘡性腎炎和新生兒期狼瘡。隨著它從攻擊皮膚和關(guān)節(jié)進(jìn)展至攻擊內(nèi)臟，包括肺、心臟和腎(主要關(guān)注腎病)，未治療的狼瘡可以是致死的，從而使得早期和準(zhǔn)確診斷狼瘡和/或評(píng)估罹患狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)尤其關(guān)鍵。狼瘡主要表現(xiàn)為一系列發(fā)作(flare-up)，具有少量疾病現(xiàn)象或無疾病現(xiàn)象的間隔期。通過尿中蛋白尿的量測(cè)量的腎損傷是與SLE中的致病性相關(guān)的最尖銳的損傷區(qū)域之一，并解釋了該疾病的至少50％的死亡率和發(fā)病率。在臨床上，SLE是表征為高親和力自身抗體(autoAb)的異質(zhì)性障礙(heterogeneousdisorder)。自身抗體在SLE的發(fā)病機(jī)理中發(fā)揮重要作用，且該疾病多樣的臨床現(xiàn)象是由包含抗體的免疫復(fù)合物在血管中沉積導(dǎo)致腎、腦和皮膚中的炎癥引起的。自身抗體還具有促進(jìn)溶血性貧血和血小板減少的直接致病作用。SLE與抗核抗體、循環(huán)免疫復(fù)合物的產(chǎn)生和補(bǔ)體系統(tǒng)的激活相關(guān)。SLE在20至60歲之間的婦女中具有約1/700的發(fā)病率。SLE可以影響任意器官系統(tǒng)，并可以引起嚴(yán)重的組織損傷。SLE中存在大量具有不同特異性的自身抗體。SLE患者通常產(chǎn)生具有抗DNA、抗Ro和抗血小板特異性，且能夠起始該疾病的臨床特征，如腎小球腎炎、關(guān)節(jié)炎、漿膜炎、新生兒完全性心臟傳導(dǎo)阻滯和血液學(xué)異常的自身抗體。這些自身抗體還可能與中樞神經(jīng)系統(tǒng)障礙相關(guān)。Arbuckle等描述了自身抗體在SLE的臨床發(fā)作前的出現(xiàn)(Arbuckle等N.Engl.J.Med.349(16)：1526-1533(2003))。狼瘡(包括SLE)不容易確診，導(dǎo)致醫(yī)生采取多因子征兆和基于癥狀的分類方法(Gill等人，AmericanFamilyPhysician68(11)：2179-2186(2003))。復(fù)雜的自身免疫病(例如狼瘡)的臨床管理中一個(gè)最大的難題是在患者中準(zhǔn)確的早期鑒別疾病。近年來，已實(shí)施了許多品系和候選基因的研究，鑒別了對(duì)SLE易感性有作用的遺傳因子。攜帶II類HLA等位基因DRB1＊0301和DRB1＊1501的單元型明顯與疾病和核自身抗原的抗體存在相關(guān)。參見例如，GoldbergMA等人，ArthritisRheum.19(2)：129-32(1976)；GrahamRR等人，AmJHumGenet.71(3)：543-53(2002)；和GrahamRR等人，EurJHumGenet.15(8)：823-30(2007)。最近，發(fā)現(xiàn)了作為SLE的顯著風(fēng)險(xiǎn)因子的干擾素調(diào)控因子5(IRF5)和轉(zhuǎn)錄的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)子和激活子4(STAT)的變體。參見例如，SigurdssonS等人，AmJHumGenet.76(3)：528-37(2005)；GrahamRR等人，NatGenet.38(5)：550-55(2006)；GrahamRR等人，ProcNatlAcadSciUSA104(16)：6758-63(2007)；和RemmersEF等人，NEnglJMed.357(10)：977-86(2007)。鑒別IRF5和STAT4作為SLE風(fēng)險(xiǎn)基因?yàn)檫@樣的概念提供了支持，即，在某些情況下，I型干擾素(IFN)通路在SLE疾病的致病性中扮演了重要的角色。I型IFN存在于SLE病例的血清中，IFN的生產(chǎn)與包含Ab和核酸的免疫復(fù)合物的存在相關(guān)(綜述在Ronnblom等人，JExpMed194：F59(2001)中；還參見BaechlerEC等人，CurrOpinImmunol.16(6)：801-07(2004)；BanchereauJ等人，Immunity25(3)：383-92(2006)；Miyagi等人，JExpMed204(10)：2383-96(2007))。大部分的SLE病例都在血細(xì)胞中表現(xiàn)出顯著的I型IFN基因表達(dá)“簽名”(Baechler等人，ProcNatlAcadSciUSA100：2610(2003)；Bennett等人，JExpMed197：711(2003))，并具有升高的IFN誘導(dǎo)型細(xì)胞因子和趨化因子的血清水平(Bauer等人，PLoSMed3：e491(2006))。含有天然DNA和RNA的免疫復(fù)合物刺激樹枝狀細(xì)胞和B細(xì)胞表達(dá)的toll-樣受體(TLR)7和9，產(chǎn)生I型干擾素，后者進(jìn)一步刺激免疫復(fù)合物形成(綜述在Marshak-Rothstein等人，AnnuRevImmunol25，419(2007)中)。此外，已實(shí)施了多項(xiàng)研究，鑒別用于診斷和預(yù)兆目的的可靠的生物標(biāo)記物。然而，尚未鑒別出任何臨床確認(rèn)的診斷標(biāo)記物(例如，生物標(biāo)記物)，使醫(yī)生或其他人能夠準(zhǔn)確的定義SLE的病理生理學(xué)方面、臨床活性、對(duì)治療的響應(yīng)或出現(xiàn)疾病的風(fēng)險(xiǎn)，盡管已鑒別了多個(gè)被認(rèn)為對(duì)SLE易感性有貢獻(xiàn)的候選基因和等位基因(變體)。例如，已報(bào)道了至少13個(gè)普通的等位基因?qū)W洲血統(tǒng)個(gè)體的SLE風(fēng)險(xiǎn)有作用(Kyogoku等人，AmJHumGenet75(3)：504-7(2004)；Sigurdsson等人，AmJHumGenet76(3)：528-37(2005)；Graham等人，NatGenet38(5)：550-55(2006)；Graham等人，ProcNatlAcadSciUSA104(16)：6758-63(2007)；Remmers等人，NEnglJMed357(10)：977-86(2007)；CunninghameGraham等人，NatGenet40(1)：83-89(2008)；Harley等人，NatGenet40(2)：204-10(2008)；Hom等人，NEnglJMed358(9)：900-9(2008)；Kozyrev等人，NatGenet40(2)：211-6(2008)；Nath等人，NatGenet40(2)：152-4(2008)；Sawalha等人，PLoSONE3(3)：e1727(2008))。推斷為因果關(guān)系的等位基因已知有HLA-DR3、HLA-DR2、FCGR2A、PTPN22、ITGAM和BANK1(Kyogoku等人，AmJHumGenet75(3)：504-7(2004)；Kozyrev等人，NatGenet40(2)：211-6(2008)；Nath等人，NatGenet40(2)：152-4(2008))，而IRF5、TNFSF4和BLK的風(fēng)險(xiǎn)單元型可能通過影響mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)水平而對(duì)SLE起作用(Sigurdsson等人，AmJHumGenet76(3)：528-37(2005)；Graham等人，NatGenet38(5)：550-55(2006)；Graham等人，ProcNatlAcadSciUSA104(16)：6758-63(2007)；CunninghameGraham等人，NatGenet40(1)：83-89(2008)；Hom等人，NEnglJMed358(9)：900-9(2008))。STAT4、KIAA1542、IRAK1、PXK和其他基因(例如BLK)的因果等位基因尚未確定(Remmers等人，NEnglJMed357(10)：977-86(2007)；Harley等人，NatGenet40(2)：204-10(2008)；Hom等人，NEnglJMed358(9)：900-9(2008)；Sawalha等人，PLoSONE3(3)：e1727(2008))。這些以及其它與狼瘡相關(guān)的遺傳變異還描述在國際專利申請(qǐng)?zhí)朠CT/US2008/064430(國際公開號(hào)WO2008/144761)中。雖然這些遺傳變異對(duì)SLE風(fēng)險(xiǎn)和迄今為止描述過的疾病的各個(gè)方面有重要貢獻(xiàn)，但仍然需要確定關(guān)于遺傳變異對(duì)例如SLE的顯著臨床異質(zhì)性的作用的更多信息。因此，擁有其他基于分子的診斷方法是非常有利的，所述診斷方法可用于客觀的鑒別患者中疾病的存在和/或分類疾病、定義狼瘡的病理生理學(xué)方面、臨床活性、對(duì)治療的響應(yīng)、預(yù)后，和/或出現(xiàn)狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)。此外，具有與疾病的各種臨床的和/或病理生理學(xué)的和/或其他生物學(xué)指示物相關(guān)的基于分子的診斷標(biāo)記物是有利的。因而，對(duì)鑒別與狼瘡以及其他自身免疫病相關(guān)的新型風(fēng)險(xiǎn)基因座和多態(tài)性存在持續(xù)的需求。此類相關(guān)性極大的有利于鑒別患者中狼瘡的存在或確定出現(xiàn)疾病的易感性。此類相關(guān)性還有利于鑒別狼瘡的病理生理學(xué)方面、臨床活性、對(duì)治療的響應(yīng)，或預(yù)后。此外，與此類相關(guān)性相關(guān)的統(tǒng)計(jì)學(xué)和生物學(xué)顯著性和可重復(fù)的信息可用作鑒別特定患者亞群的工作中的組成部分，所述患者亞群預(yù)期將顯著的受益于特定治療劑的治療，例如在此類特定的狼瘡患者亞群中治療受益的治療劑或在臨床研究中表現(xiàn)出治療受益的治療劑。本文描述的發(fā)明滿足了上述要求，并提供了其他益處。本文引用的所有參考文獻(xiàn)，包括專利申請(qǐng)和出版物，出于任何目的都通過引用全文整合到本文中。概述本文提供的方法至少部分的基于這一點(diǎn)發(fā)現(xiàn)，即一組與SLE相關(guān)并造成疾病風(fēng)險(xiǎn)的新型基因座(SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座)。此外，提供了與這些SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座相關(guān)的一組等位基因。還包括了在與增加SLE風(fēng)險(xiǎn)的生物學(xué)效應(yīng)相關(guān)的BLK基因座內(nèi)的因果等位基因。此外，提供了與其他自身免疫病和增加的SLE風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)基因座。在一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中鑒別狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中BLK基因座中的變異發(fā)生在與單核苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，其中對(duì)象懷疑患有狼瘡。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)包括進(jìn)行選自引物延伸測(cè)定；等位基因特異性引物延伸測(cè)定；等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定；等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定；5’核酸酶測(cè)定；應(yīng)用分子信標(biāo)的測(cè)定；和寡核苷酸連接測(cè)定中的方法。在另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中鑒別狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表4所述的至少一個(gè)基因座的SNP的位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且其中對(duì)象懷疑患有狼瘡。在某些實(shí)施方案中，在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座、或至少13個(gè)基因座、或26個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)基因座的變異包括表4所述的SNP。在某些實(shí)施方案中，檢測(cè)到在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在(其中，在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表4所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在(其中BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP的位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶)組合。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)包括進(jìn)行選自引物延伸測(cè)定；等位基因特異性引物延伸測(cè)定；等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定；等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定；5’核酸酶測(cè)定；應(yīng)用分子信標(biāo)的測(cè)定；和寡核苷酸連接測(cè)定中的方法。在仍然另一個(gè)實(shí)施方案中，提供了在對(duì)象中鑒別狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表6所述的至少一個(gè)基因座的SNP的位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且其中對(duì)象懷疑患有狼瘡。在某些實(shí)施方案中，在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或五個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)基因座中的變異包括表6所述的SNP。在某些實(shí)施方案中，檢測(cè)到在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在(其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表6所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在(其中BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP的位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶)組合。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)包括進(jìn)行選自引物延伸測(cè)定；等位基因特異性引物延伸測(cè)定；等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定；等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定；5’核酸酶測(cè)定；應(yīng)用分子信標(biāo)的測(cè)定；和寡核苷酸連接測(cè)定中的方法。在仍然另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中鑒別狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在和表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異的存在，其中在每個(gè)基因座中的變異分別發(fā)生在與表4和表6所述的各基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且其中對(duì)象懷疑患有狼瘡。在某些實(shí)施方案中，在至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少7個(gè)基因座或至少10個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，表4所述的至少一個(gè)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10，而表6所述的至少一個(gè)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在一個(gè)實(shí)施方案中，表4所述的至少一個(gè)基因座中的變異和表6所述的至少一個(gè)基因座中的變異分別包括表4和表6所述的SNP。在某些實(shí)施方案中，檢測(cè)到表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在(其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表4所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)，和表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在(其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表6所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)，與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在組合(其中，BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶)。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)包括進(jìn)行選自引物延伸測(cè)定；等位基因特異性引物延伸測(cè)定；等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定；等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定；5’核酸酶測(cè)定；應(yīng)用分子信標(biāo)的測(cè)定；和寡核苷酸連接測(cè)定中的方法。在一個(gè)方面，提供了預(yù)測(cè)患狼瘡的對(duì)象對(duì)狼瘡治療劑的響應(yīng)性的方法，方法包括確定對(duì)象是否在SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中包括變異，其中SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的82號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，其中BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異存在表示對(duì)象對(duì)治療劑的響應(yīng)性。在另一個(gè)方面，提供了預(yù)測(cè)患狼瘡的對(duì)象對(duì)狼瘡治療劑的響應(yīng)性的方法，方法包括確定對(duì)象是否在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中包括變異，其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表4所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中在至少一個(gè)基因座中變異存在表示對(duì)象對(duì)治療劑的響應(yīng)性。在某些實(shí)施方案中，對(duì)象在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座、或至少13個(gè)基因座、或26個(gè)基因座中包括變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)基因座中的變異包括表4所述的SNP。在某些實(shí)施方案中，方法包括確定對(duì)象是否包括在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異(其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表4所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)，與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異(其中BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶)組合，其中表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和BLK基因座中變異的存在表示對(duì)象對(duì)治療劑的響應(yīng)性。在仍然另一個(gè)方面，提供了預(yù)測(cè)患狼瘡的對(duì)象對(duì)狼瘡治療劑的響應(yīng)性的方法，方法包括確定對(duì)象是否在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中包括變異，其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表6所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中在至少一個(gè)基因座中變異的存在表示對(duì)象對(duì)治療劑的響應(yīng)性。在某些實(shí)施方案中，對(duì)象在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座或五個(gè)基因座中包括變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)基因座中的變異包括表6所述的SNP。在某些實(shí)施方案中，方法包括確定對(duì)象是否包括在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異(其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表6所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)，與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異(其中BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶)組合，其中表6所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和BLK基因座中變異的存在表示對(duì)象對(duì)治療劑的響應(yīng)性。在其他方面，提供了預(yù)測(cè)患狼瘡的對(duì)象對(duì)狼瘡治療劑的響應(yīng)性的方法，方法包括確定對(duì)象是否在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中包括變異(其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表4所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)，以及在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中包括變異(其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表6所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)，其中在表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和在表6所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在表示對(duì)象對(duì)治療劑的響應(yīng)性。在某些實(shí)施方案中，對(duì)象在至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少7個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座中包括變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，表4所述的至少一個(gè)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10，表6所述的至少一個(gè)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在一個(gè)實(shí)施方案中，表4所述的至少一個(gè)基因座中的變異和表6所述的至少一個(gè)基因座中的變異分別包括表4和表6所述的SNP。在某些實(shí)施方案中，方法包括確定對(duì)象是否包括在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異(其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表4所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)，和在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異(其中在至少一個(gè)基因座中的變異發(fā)生在與表6所述的至少一個(gè)基因座的SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上)，以及BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異(其中BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶)組合，其中表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和表6所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在以及BLK基因座中變異的存在表示對(duì)象對(duì)治療劑的響應(yīng)性。在仍然另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中診斷或預(yù)測(cè)狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，并且BLK基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在仍然另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中診斷或預(yù)測(cè)狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了包含表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異的核酸；在至少一個(gè)基因座中的變異包括表4所述SNP或位于與表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上；并且在至少一個(gè)基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座、或至少13個(gè)基因座、或26個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10。在某些實(shí)施方案中，方法包括檢測(cè)在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，以及與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在組合，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了包含表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和BLK基因座中的變異的核酸，在表4所述的至少一個(gè)基因座中的變異包括表4所述SNP或位于與表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，并且在表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和在BLK基因座中變異的存在是對(duì)象中狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在仍然另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中診斷或預(yù)測(cè)狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了包含表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異的核酸；在至少一個(gè)基因座中的變異包括表6所述SNP或位于與表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上；并且在至少一個(gè)基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或五個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在某些實(shí)施方案中，方法包括檢測(cè)在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，以及與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在組合，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了包含表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和BLK基因座中的變異的核酸，在表6所述的至少一個(gè)基因座中的變異包括表6所述SNP或位于與表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，并且在表6所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和在BLK基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在仍然另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中診斷或預(yù)測(cè)狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在和在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了：包含表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異的核酸；在至少一個(gè)基因座中的變異分別包括表4和表6所述SNP或位于與表4和表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上；以及在表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和在表6所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，在至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少七個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10，表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在某些實(shí)施方案中，方法包括檢測(cè)在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，和在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，以及與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在組合，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了：包含表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和BLK基因座中的變異的核酸，在表4所述的至少一個(gè)基因座中的變異包括表4所述SNP或位于與表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且在表6所述的至少一個(gè)基因座中的變異包括表6所述SNP或位于與表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且在BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，并且在表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和在表6所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在，和在BLK基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中幫助診斷或預(yù)測(cè)狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，并且BLK基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在仍然另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中幫助診斷或預(yù)測(cè)狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了包含表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異的核酸；在至少一個(gè)基因座中的變異包括表4所述SNP或位于與表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上；并且在至少一個(gè)基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座、或至少13個(gè)基因座、或26個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10。在某些實(shí)施方案中，方法包括檢測(cè)在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，以及與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在組合，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了包含表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和BLK基因座中的變異的核酸，在表4所述的至少一個(gè)基因座中的變異包括表4所述SNP或位于與表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，并且在表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和在BLK基因座中變異的存在是對(duì)象中狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在仍然另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中幫助診斷或預(yù)測(cè)狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了包含表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異的核酸；在至少一個(gè)基因座中的變異包括表6所述SNP或位于與表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上；并且在至少一個(gè)基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或五個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在某些實(shí)施方案中，方法包括檢測(cè)在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，以及與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在組合，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了包含表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和BLK基因座中的變異的核酸，在表6所述的至少一個(gè)基因座中的變異包括表6所述SNP或位于與表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，并且在表6所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和在BLK基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在仍然另一個(gè)方面，提供了在對(duì)象中幫助診斷或預(yù)測(cè)狼瘡的方法，方法包括在源自對(duì)象的生物學(xué)樣品中檢測(cè)在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在和在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了：包含表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異的核酸；在至少一個(gè)基因座中的變異分別包括表4和表6所述SNP或位于與表4和表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上；以及在表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和在表6所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，在至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少七個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10，表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在某些實(shí)施方案中，方法包括檢測(cè)在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，和在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在，以及與BLKSLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中變異的存在組合，其中：生物學(xué)樣品已知或懷疑包括了：包含表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異和BLK基因座中的變異的核酸，在表4所述的至少一個(gè)基因座中的變異包括表4所述SNP或位于與表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且在表6所述的至少一個(gè)基因座中的變異包括表6所述SNP或位于與表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，并且在BLK基因座中的變異發(fā)生在與SNP位置對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，并且在表4所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在和在表6所述的至少一個(gè)基因座中變異的存在，和在BLK基因座中變異的存在是對(duì)象的狼瘡的診斷或預(yù)測(cè)。在一個(gè)方面，提供了治療對(duì)象的狼瘡病癥的方法，其中，已知遺傳變異存在于與SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，而SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶，方法包括向?qū)ο笫┯糜行е委煵“Y的治療劑。在另一個(gè)方面，提供了治療對(duì)象的狼瘡病癥的方法，已知所述對(duì)象中的遺傳變異在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的與表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上存在，方法包括向?qū)ο笫┯弥委煵“Y有效的治療劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10。在另一個(gè)方面，提供了治療對(duì)象的狼瘡病癥的方法，已知所述對(duì)象中的遺傳變異在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的與表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上存在，方法包括向?qū)ο笫┯弥委煵“Y有效的治療劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在另一個(gè)方面，提供了治療有狼瘡病癥的對(duì)象的方法，方法包括向?qū)ο笫┯迷趯?duì)象中治療病癥有效的治療劑，所述對(duì)象在與SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上具有遺傳變異，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，而SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶。在另一個(gè)方面，提供了治療有狼瘡病癥的對(duì)象的方法，方法包括向?qū)ο笫┯迷趯?duì)象中治療病癥有效的治療劑，所述對(duì)象在表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的與表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上具有遺傳變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10。在另一個(gè)方面，提供了治療有狼瘡病癥的對(duì)象的方法，方法包括向?qū)ο笫┯迷趯?duì)象中治療病癥有效的治療劑，所述對(duì)象在表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的與表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上具有遺傳變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在仍然另一個(gè)方面，提供了治療有狼瘡病癥的對(duì)象的方法，方法包括向?qū)ο笫┯迷谥辽僖粋€(gè)臨床研究中表現(xiàn)出有效治療所述病癥的治療劑，其中所述研究中所述治療劑被施用給至少5個(gè)人類對(duì)象，所述對(duì)象各自在與SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上具有遺傳變異，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，而SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶。在仍然另一個(gè)方面，提供了治療有狼瘡病癥的對(duì)象的方法，方法包括向?qū)ο笫┯迷谥辽僖粋€(gè)臨床研究中表現(xiàn)出有效治療所述病癥的治療劑，其中所述研究中所述治療劑被施用給至少5個(gè)人類對(duì)象，所述對(duì)象各自在與表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上具有遺傳變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10。在仍然另一個(gè)方面，提供了治療有狼瘡病癥的對(duì)象的方法，方法包括向?qū)ο笫┯迷谥辽僖粋€(gè)臨床研究中表現(xiàn)出有效治療所述病癥的治療劑，其中所述研究中所述治療劑被施用給至少5個(gè)人類對(duì)象，所述對(duì)象各自在與表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置上具有遺傳變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在另一個(gè)方面，提供了包括制備狼瘡治療劑的方法，包括包裝治療劑與向?qū)ο笫┯弥委焺┑恼f明書，所述對(duì)象患有或被認(rèn)為患有狼瘡，且在與SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的SNP對(duì)應(yīng)的位置具有遺傳變異，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶。在仍然另一個(gè)方面，提供了包括制備狼瘡治療劑的方法，包括包裝治療劑與向?qū)ο笫┯弥委焺┑恼f明書，所述對(duì)象患有或被認(rèn)為患有狼瘡，且在與表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的表4所述SNP對(duì)應(yīng)的位置具有遺傳變異。在仍然另一個(gè)方面，提供了包括制備狼瘡治療劑的方法，包括包裝治療劑與向?qū)ο笫┯弥委焺┑恼f明書，所述對(duì)象患有或被認(rèn)為患有狼瘡，且在與表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的表6所述SNP對(duì)應(yīng)的位置具有遺傳變異。在一個(gè)方面，提供了選擇用于用狼瘡治療劑治療的患有狼瘡的患者的方法，方法包括檢測(cè)在與SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置遺傳變異的存在，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，且SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)包括進(jìn)行選自引物延伸測(cè)定；等位基因特異性引物延伸測(cè)定；等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定；等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定；5’核酸酶測(cè)定；應(yīng)用分子信標(biāo)的測(cè)定；和寡核苷酸連接測(cè)定的方法。在其他方面，提供了選擇用于用狼瘡治療劑治療的患有狼瘡的患者的方法，方法包括檢測(cè)在與表4所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的表4所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置處遺傳變異的存在。在某些實(shí)施方案中，在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或至少五個(gè)基因座、或至少十個(gè)基因座、或至少13個(gè)基因座、或26個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10。在一個(gè)實(shí)施方案中，在至少一個(gè)基因座的變異包括表4所述的SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)包括進(jìn)行選自引物延伸測(cè)定；等位基因特異性引物延伸測(cè)定；等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定；等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定；5’核酸酶測(cè)定；應(yīng)用分子信標(biāo)的測(cè)定；和寡核苷酸連接測(cè)定的方法。在其他方面，提供了選擇用于用狼瘡治療劑治療的患有狼瘡的患者的方法，方法包括檢測(cè)在與表6所述的至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的表6所述SNP對(duì)應(yīng)的核苷酸位置處遺傳變異的存在。在某些實(shí)施方案中，在至少兩個(gè)基因座、或至少三個(gè)基因座、或至少四個(gè)基因座、或五個(gè)基因座中檢測(cè)到變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在一個(gè)實(shí)施方案中，在至少一個(gè)基因座的變異包括表6所述的SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)包括進(jìn)行選自引物延伸測(cè)定；等位基因特異性引物延伸測(cè)定；等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定；等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定；5’核酸酶測(cè)定；應(yīng)用分子信標(biāo)的測(cè)定；和寡核苷酸連接測(cè)定的方法。在另一個(gè)方面，提供了評(píng)估對(duì)象是否處于出現(xiàn)狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)的方法，方法包括在從對(duì)象獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)指示了出現(xiàn)狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)的遺傳標(biāo)簽(geneticsignature)的存在，其中所述遺傳標(biāo)簽包括一組至少三個(gè)SNP，每個(gè)SNP發(fā)生于表4和/或表6所述的SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中。在某些實(shí)施方案中，遺傳標(biāo)簽包括一組至少4個(gè)SNP、或至少5個(gè)SNP、或至少7個(gè)SNP、或至少10個(gè)SNP。在一些實(shí)施方案中，SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1、IL10、IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在某些實(shí)施方案中，遺傳標(biāo)簽還包括SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的SNP，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，且SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶。在另一個(gè)方面，提供了診斷對(duì)象中的狼瘡的方法，方法包括在從所述對(duì)象獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)指示狼瘡的遺傳標(biāo)簽的存在，其中所述遺傳標(biāo)簽包括一組至少三個(gè)SNP，每個(gè)SNP發(fā)生于表4和/或表6所述的SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中。在某些實(shí)施方案中，遺傳標(biāo)簽包括一組至少4個(gè)SNP、或至少5個(gè)SNP、或至少7個(gè)SNP、或至少10個(gè)SNP、或至少15個(gè)SNP、或至少20個(gè)SNP、或至少30個(gè)SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座選自TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1、IL10、IFIH1、CFB、CLEC16A、IL12B和SH2B3。在某些實(shí)施方案中，遺傳標(biāo)簽還包括SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的SNP，其中SNP是rs922483(SEQIDNO：13)，且SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座是BLK，其中變異是在人的8號(hào)染色體的染色體11389322位的胸腺嘧啶。附圖簡介圖1顯示了某些SNP的靶向復(fù)制研究的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)概況，以鑒別實(shí)施例1所述的其他SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座。圖2顯示了SLE中的新的全基因組的顯著關(guān)聯(lián)，和鑒別實(shí)施例1所述的TNIP1(A)、PRDM1(B)、JAZF1(C)、UHRF1BP1(D)和IL10(E)內(nèi)的新風(fēng)險(xiǎn)基因座。(F)實(shí)施例1中所述情況和對(duì)照重復(fù)樣品的獨(dú)立SNP的P值直方圖；虛線表示零分布下的預(yù)期結(jié)果密度。圖3顯示了在實(shí)施例1所述的原始GWAS中，通過P值分層的meta-分析(meta-analysis)中達(dá)到候選(P＜1x10-5)和驗(yàn)證(P＜5x10-8)狀態(tài)的變體百分比。圖4顯示了在實(shí)施例2所述的BLK啟動(dòng)子區(qū)中的連鎖不平衡塊(linkagedisequilibriumblock；顯示為r2)。圖4公開了′C＞T-rs922483′為SEQIDNO：13。圖5顯示了如實(shí)施例2所述，具有各種單元型的BLK啟動(dòng)子區(qū)的熒光素酶報(bào)告基因表達(dá)測(cè)定的結(jié)果。(A)在BJAB細(xì)胞中，SNPrs922483C＞T(SEQIDNO：13)；(B)在Daudi細(xì)胞中，SNPrs922483C＞T(SEQIDNO：13)；(C)在BJAB細(xì)胞中，SNPrs1382568A＞C/G＞C；(D)在Daudi細(xì)胞中，SNPrs1382568A＞C/G＞C；(E)在BJAB細(xì)胞中，SNPrs4840568G＞A；(F)在Daudi細(xì)胞中，SNPrs4840568G＞A；所顯示的數(shù)據(jù)表示三次重復(fù)測(cè)定的平均值+/-平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差；點(diǎn)條顯示了標(biāo)在圖左側(cè)的單元型的結(jié)果；陰影線的條：風(fēng)險(xiǎn)單元型22-ACT；空條：無風(fēng)險(xiǎn)單元型22-GAC；＊p＜0.05，＊＊p＜0.01，＊＊＊p＜0.001，ns＝無顯著性(t檢驗(yàn))。圖5A-F公開了‘22(GT)重復(fù)’為SEQIDNO：15。圖5C-F還公開了‘rs922483C＞T’為SEQIDNO：13。圖6顯示了如實(shí)施例2所述，具有18(GT)重復(fù)(SEQIDNO：14)或22(GT)重復(fù)(SEQIDNO：15)和在Daudi細(xì)胞中的SNPrs1382568A＞C/G＞C的BLK啟動(dòng)子區(qū)的熒光素酶報(bào)告基因表達(dá)測(cè)定的結(jié)果。所顯示的數(shù)據(jù)表示兩次重復(fù)測(cè)定的平均值+/-平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差；ns＝無顯著性(t檢驗(yàn))。圖6公開了‘18(GT)重復(fù)’為SEQIDNO：14、‘22(GT)重復(fù)’為SEQIDNO：15，和“rs922483C＞T”為SEQIDNO：13。圖7顯示了SNP，rs922483(SEQIDNO：13)的序列，以及如實(shí)施例2所述BLK基因座的因果等位基因的SNP中的位置。因果等位基因的位置用粗體括號(hào)顯示；C/T變異用粗體表示。發(fā)明詳述除非另有指明，本發(fā)明的實(shí)施將利用本領(lǐng)域技術(shù)內(nèi)的常規(guī)分子生物學(xué)(包括重組技術(shù))、微生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、生物化學(xué)和免疫學(xué)技術(shù)。諸如“MolecularCloning：ALaboratoryManual”，第二版(Sambrook等，1989)；“OligonucleotideSynthesis”(M.J.Grait編輯，1984)；“AnimalCellCulture”(R.I.Freshney編輯，1987)；“MethodsinEnzymology”(AcademicPress，Inc.)；“CurrentProtocolsinMolecularBiology”(F.M.Ausubel等編輯，1987和定期更新)；“PCR：ThePolymeraseChainReaction”，(Mullis等編輯，1994)的文獻(xiàn)中充分解釋了這類技術(shù)。此外，可以用本領(lǐng)域已知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)產(chǎn)生用于本發(fā)明的引物、寡核苷酸和多核苷酸。除非另作定義，本文所使用的技術(shù)和科學(xué)術(shù)語具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域的普通技術(shù)人員的通常理解相同的意義。例如，Singleton等，DictionaryofMicrobiologyandMolecularBiology第二版，J.Wiley&Sons(NewYork，N.Y.1994)和March，AdvancedOrganicChemistryReactions，MechanismsandStructure第四版，JohnWiley&Sons(NewYork，N.Y.1992)為本領(lǐng)域技術(shù)人員提供了用于本申請(qǐng)中的許多術(shù)語的一般指導(dǎo)。定義出于解釋本說明書的目的，應(yīng)用下列定義，恰當(dāng)時(shí)，以單數(shù)形式使用的術(shù)語也包括復(fù)數(shù)形式，反之亦然。如本說明書和所附權(quán)利要求中使用的，除非上下文另外明確指出，單數(shù)形式(“a”、“an”和“the”)包括復(fù)數(shù)形式。因而，例如，“蛋白質(zhì)”的稱謂包括復(fù)數(shù)蛋白質(zhì)；“細(xì)胞”的稱謂包括細(xì)胞的混合物，等等。在下文所述定義與通過引用整合到本文中的任何文件中的定義沖突的情況下，下文所述的定義適用。本文使用的“狼瘡”或“狼瘡病癥”是一般涉及攻擊結(jié)締組織的抗體的自身免疫疾病或障礙。狼瘡的主要形式是系統(tǒng)性狼瘡，系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)，其包括皮膚SLE和亞急性皮膚SLE，以及其他類型的狼瘡(包括腎炎、腎外、腦炎、兒科、非腎、盤狀和脫毛)。本文互換使用的術(shù)語“多核苷酸”或“核酸”指任意長度的核苷酸聚合物，且包括DNA和RNA。該核苷酸可以是脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修飾核苷酸或堿基和/或它們的類似物，或可以通過DNA或RNA聚合酶摻入聚合物中的任意底物。多核苷酸可以包含修飾核苷酸，如甲基化核苷酸和它們的類似物。若存在，對(duì)核苷酸結(jié)構(gòu)的修飾可以在組裝聚合物之前或之后進(jìn)行。核苷酸序列可以由非核苷酸成分中斷?？梢栽诰酆献饔弥笕缤ㄟ^與標(biāo)記成分綴合來進(jìn)一步修飾多核苷酸。其他類型的修飾包括，例如“帽”；用類似物取代一個(gè)或多個(gè)天然存在的核苷酸；核苷酸間修飾，例如具有不帶電荷的鍵(例如甲基膦酸酯、磷酸三酯、磷酰胺、氨基甲酸酯(cabamate)等)和具有帶電荷的鍵(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的那些、包含懸垂部分例如蛋白質(zhì)(例如核酸酶、毒素、抗體、信號(hào)肽、聚-L-賴氨酸等)的那些、具有嵌入劑(例如吖啶、補(bǔ)骨脂素等)的那些、含有螯合劑(例如金屬、放射性金屬、硼、氧化金屬等)的那些、含有烷化劑(alkylator)的那些、具有修飾鍵(例如α異頭核酸等)的那些、以及未修飾形式的多核苷酸。此外，通常存在于糖類中的任意羥基可以例如通過磷酸酯基、磷酸基來取代，通過標(biāo)準(zhǔn)保護(hù)基來保護(hù)，或活化以制備與其他核苷酸的其他鍵，或可以與固相支持體綴合?？梢粤姿峄蛴冒坊?至20個(gè)碳原子的有機(jī)帽化基團(tuán)部分取代5’和3’端的OH。還可以將其他羥基衍生為標(biāo)準(zhǔn)保護(hù)基團(tuán)。多核苷酸還可以包含一般為本領(lǐng)域已知的類似物形式的核糖或脫氧核糖糖類，其包括例如2’-O-甲基-2’-O-烯丙基，2’-氟-或2’-疊氮基-核糖，碳環(huán)糖類似物，α-異頭糖類，差向異構(gòu)糖類如阿拉伯糖、木糖或來蘇糖，吡喃糖類，呋喃糖類，景天庚酮糖，無環(huán)類似物和無堿基核苷類似物如甲基核苷?？梢酝ㄟ^其他連接基團(tuán)來取代一個(gè)或多個(gè)磷酸二酯鍵。這些其他連接基團(tuán)包括但不限于其中通過P(O)S(“硫代酯(thioate)”)、P(S)S(“二硫代酯(dithioate)”)、(O)NR2(“酰胺化物”)、P(O)P、P(O)OR’、CO或CH2(“formacetal”)取代磷酸的實(shí)施方案，其中R或R’獨(dú)立地是H或任選地包含醚(--O--)鍵的取代或非取代烷基(1-20C)、芳基、鏈烯基、環(huán)烷基、環(huán)烯基或araldyl。無需多核苷酸中的所有鍵都相同。前述適用于本文提到的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。本文所用的“寡核苷酸”指長度至少為約7個(gè)核苷酸且長度少于約250個(gè)核苷酸的短的單鏈多核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。術(shù)語“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上文對(duì)多核苷酸的描述同等地和完全地適用于寡核苷酸。術(shù)語“引物”指單鏈多核苷酸，其能夠與核酸雜交，且一般通過提供自由3’-OH基團(tuán)來允許互補(bǔ)核酸的聚合作用。術(shù)語“遺傳變異”或“核苷酸變異”指核苷酸序列中相對(duì)于參考序列(例如常見和/或野生型序列和/或主要等位基因的序列)的改變(例如一個(gè)或多個(gè)核苷酸的插入、缺失、倒位或取代，如單核苷酸多態(tài)性(SNP))。除非另有指明，該術(shù)語還包括該核苷酸序列的互補(bǔ)序列中對(duì)應(yīng)的改變。在一個(gè)實(shí)施方案中，遺傳變異是體細(xì)胞多態(tài)性。在一個(gè)實(shí)施方案中，遺傳變異是種系多態(tài)性?！皢魏塑账岫鄳B(tài)性”或“SNP”指DNA中的單個(gè)堿基位置，在該位置上，不同的等位基因或其他核苷酸存在于群體中。SNP位置之前和之后通常具有高度保守的等位基因序列(例如在群體的少于1/100或1/1000的成員中不同的序列)。就每個(gè)SNP位置上的等位基因而言，個(gè)體可以是純合的或雜合的。術(shù)語“氨基酸變異”指氨基酸序列中相對(duì)于參考序列的改變(例如一個(gè)或多個(gè)氨基酸的插入、取代或缺失，如內(nèi)部缺失或N端或C端截短)。術(shù)語“變異”指核苷酸變異或氨基酸變異。術(shù)語“對(duì)應(yīng)于SNP位置的核苷酸位置上的遺傳變異”、“對(duì)應(yīng)于SNP位置的核苷酸位置上的核苷酸變異”及其語法變通形式指多核苷酸序列中相對(duì)對(duì)應(yīng)的DNA位置上的遺傳變異，該位置在基因組中由該SNP占據(jù)。除非另作指明，該術(shù)語還包括該核苷酸序列的互補(bǔ)序列中對(duì)應(yīng)的變異。術(shù)語“陣列”或“微陣列”指可雜交的陣列元件，優(yōu)選多核苷酸探針(例如寡核苷酸)在底材上的有序排列。該底材可以是固體底材，如載玻片，或半固體底材，如硝酸纖維素膜。術(shù)語“擴(kuò)增”指產(chǎn)生參考核酸序列或其互補(bǔ)序列的一個(gè)或多個(gè)拷貝的方法。擴(kuò)增可以是線形擴(kuò)增或指數(shù)式擴(kuò)增(例如PCR)?！翱截悺辈⒎且馕吨鄬?duì)于模板序列的完美的序列互補(bǔ)性或同一性。例如，拷貝可以包含核苷酸類似物，如脫氧肌苷、有意的序列改變(如通過包含可與模板雜交但不完全互補(bǔ)的序列的引物引入的序列改變)和/或擴(kuò)增過程中出現(xiàn)的序列錯(cuò)誤。術(shù)語“等位基因特異的寡核苷酸”指與包含核苷酸變異(一般是取代)的靶核酸區(qū)域雜交的寡核苷酸?！暗任换蛱禺惖碾s交”指在使等位基因特異的寡核苷酸與其靶核酸雜交時(shí)，該等位基因特異的寡核苷酸中的核苷酸特異性地與該核苷酸變異堿基配對(duì)。能夠?qū)μ囟ê塑账嶙儺愡M(jìn)行等位基因特異的雜交的等位基因特異的寡核苷酸稱為對(duì)該變異“特異的”。術(shù)語“等位基因特異的引物”指等位基因特異的寡核苷酸，其是引物。術(shù)語“引物延伸測(cè)定”指這樣的測(cè)定，其中將核苷酸加入核酸中，產(chǎn)生直接或間接檢測(cè)的更長的核酸或“延伸產(chǎn)物”?？梢约尤牒塑账醽硌由煸摵怂岬?’或3’末端。術(shù)語“等位基因特異的核苷酸摻入測(cè)定”指這樣的引物延伸測(cè)定，其中使引物(a)在處于核苷酸變異3’或5’的區(qū)域與靶核酸雜交，并(b)通過聚合酶延伸，從而將與該核苷酸變異互補(bǔ)的核苷酸摻入延伸產(chǎn)物中。術(shù)語“等位基因特異的引物延伸測(cè)定”指這樣的引物延伸測(cè)定，其中使等位基因特異的引物與靶核酸雜交并延伸。術(shù)語“等位基因特異的寡核苷酸雜交測(cè)定”指這樣的測(cè)定，其中(a)使等位基因特異的寡核苷酸與靶核酸雜交，并(b)直接或間接檢測(cè)雜交。術(shù)語“5’核酸酶測(cè)定”指這樣的測(cè)定，其中等位基因特異的寡核苷酸與靶核酸的雜交允許雜交探針的核酸降解切割(nucleolyticcleavage)，產(chǎn)生可檢測(cè)的信號(hào)。術(shù)語“應(yīng)用分子信標(biāo)的測(cè)定”指這樣的測(cè)定，其中等位基因特異的寡核苷酸與靶核酸的雜交產(chǎn)生檢測(cè)信號(hào)水平，其高于由自由寡核苷酸發(fā)射的檢測(cè)信號(hào)水平。術(shù)語“寡核苷酸連接測(cè)定”指這樣的測(cè)定，其中使等位基因特異的寡核苷酸和第二寡核苷酸彼此相鄰地在靶核酸上雜交和連接在一起(直接地或通過間插核苷酸間接地)，并直接或間接檢測(cè)該連接產(chǎn)物。術(shù)語“靶序列”、“靶核酸”或“靶核酸序列”一般指疑似或已知其中包含核苷酸變異的目的多核苷酸序列，包括通過擴(kuò)增產(chǎn)生的這種靶核酸的拷貝。術(shù)語“檢測(cè)”包括任意檢測(cè)手段，包括直接和間接檢測(cè)。術(shù)語“SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座”和“確認(rèn)的SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座”指任一表4和表6中標(biāo)出的基因座和BLK基因座。術(shù)語“SLE風(fēng)險(xiǎn)等位基因”和“確認(rèn)的SLE風(fēng)險(xiǎn)等位基因”指存在于SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的變異。這類變異包括但不限于單核苷酸多態(tài)性、插入和缺失。表4和表6中顯示了某些示例性SLE風(fēng)險(xiǎn)等位基因。如本文所使用，具有出現(xiàn)狼瘡的“風(fēng)險(xiǎn)”的對(duì)象可以具有或不具有可檢測(cè)的疾病或疾病癥狀，且在本文所述的治療方法之前可以已顯示或尚未顯示可檢測(cè)的疾病或疾病癥狀。“處于風(fēng)險(xiǎn)”表示對(duì)象具有一個(gè)或多個(gè)風(fēng)險(xiǎn)因子，如本文所述和本領(lǐng)域已知，風(fēng)險(xiǎn)因子是與狼瘡的患有相關(guān)的可測(cè)量的參數(shù)。有一個(gè)或多個(gè)這些風(fēng)險(xiǎn)因子的對(duì)象比無一個(gè)或多個(gè)這些風(fēng)險(xiǎn)因子的對(duì)象具有更高的出現(xiàn)狼瘡的概率。本文用術(shù)語“診斷”來指分子或病理狀態(tài)、疾病或病癥的鑒定和分類。例如，“診斷”可以指狼瘡病癥的特定類型，例如SLE的鑒定?！霸\斷”還可以指狼瘡的特定亞型的分類，例如通過所涉及的組織/器官(狼瘡性腎炎)，通過分子特征(例如表征為特定基因或核酸區(qū)域中的遺傳變異的患者亞群)。本文用術(shù)語“幫助診斷”來指幫助進(jìn)行關(guān)于狼瘡的特定類型的癥狀或病癥的存在或性質(zhì)的臨床測(cè)定的方法。例如，幫助診斷狼瘡的方法可以包括測(cè)量來自個(gè)體的生物學(xué)樣品中缺乏一個(gè)或多個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座或SLE風(fēng)險(xiǎn)等位基因的存在。本文用術(shù)語“預(yù)測(cè)(prognosis)”來指可歸因于自身免疫障礙的疾病癥狀，包括例如自身免疫疾病如狼瘡的復(fù)發(fā)、突發(fā)(flaring)和藥物抗性的可能性的預(yù)測(cè)。本文用術(shù)語“預(yù)測(cè)(prediction)”來指患者將有利地或不利地對(duì)藥物或藥物組反應(yīng)的可能性。如本文所使用，“治療”指嘗試改變所治療的個(gè)體或細(xì)胞的天然過程的臨床干預(yù)，并可以在臨床病理過程之前或期間進(jìn)行。希望的治療效應(yīng)包括預(yù)防疾病或其病癥或癥狀的發(fā)生或復(fù)發(fā)、減輕該疾病的病癥或癥狀、減少該疾病的任何直接或間接的病理結(jié)果、降低疾病進(jìn)行速率、改善或緩和疾病狀態(tài)和達(dá)到緩解或改善的預(yù)測(cè)。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明的方法和組合物用于延遲出現(xiàn)疾病或障礙的嘗試中?！坝行Я俊敝笇?duì)達(dá)到希望的治療或預(yù)防結(jié)果有效的量(所需的劑量和時(shí)間)。治療劑的“治療有效量”可以根據(jù)諸如個(gè)體的疾病狀態(tài)、年齡、性別和體重，及抗體在個(gè)體中引起希望的反應(yīng)的能力的因素而不同。治療有效量還是這樣的量，其中治療上的有益作用勝于治療劑的任何毒性或有害作用?！邦A(yù)防有效量”指對(duì)達(dá)到希望的預(yù)防結(jié)果有效的量(所需的劑量和時(shí)間)。由于在疾病之前或疾病的早期階段在對(duì)象中使用預(yù)防劑量，預(yù)防有效量通常但并非必然低于治療有效量?！皞€(gè)體”、“對(duì)象”或“患者”是脊椎動(dòng)物。在某些實(shí)施方案中，該脊椎動(dòng)物是哺乳動(dòng)物。哺乳動(dòng)物包括但不限于靈長類(包括人和非人靈長類)和嚙齒類動(dòng)物(例如小鼠和大鼠)。在某些實(shí)施方案中，哺乳動(dòng)物是人。如本文所使用，“患者亞群”及其語法變通形式指表征為具有一種或多種獨(dú)特的可測(cè)量和/或可鑒定的特征的患者亞群，該特征將該患者亞群從其所屬的更廣的疾病分類中的其他患者區(qū)分開來。這類特征包括疾病亞類(例如SLE、狼瘡性腎炎)、性別、生活方式、健康史、所涉及的器官/組織、治療史等?！皩?duì)照對(duì)象”指尚未診斷為患有狼瘡或狼瘡病癥，且不患有與狼瘡或狼瘡病癥相關(guān)的任何病征或癥狀的健康對(duì)象。本文所用的術(shù)語“樣品”指獲自或源自目的對(duì)象的組合物，其包含待例如根據(jù)物理、生化、化學(xué)和/或生理學(xué)特征表征和/或鑒定的細(xì)胞和/或其他分子實(shí)體。例如，短語“生物學(xué)樣品”或“疾病樣品”及其變通形式指獲自預(yù)期或已知其包含待表征的細(xì)胞和/或分子實(shí)體的目的對(duì)象的任意樣品?！敖M織或細(xì)胞樣品”意指一批獲自對(duì)象或患者組織的類似的細(xì)胞。該組織或細(xì)胞樣品的來源可以是實(shí)體組織，如來自新鮮的、冷凍的和/或保藏的器官或組織樣品或活組織檢查或吸出物(aspirate)；血液或任意血液組分；體液，如腦脊液、羊膜液、腹膜液或組織液；來自該對(duì)象的妊娠或發(fā)育中的任意時(shí)間的細(xì)胞。組織樣品還可以是原代或培養(yǎng)的細(xì)胞或細(xì)胞系?？蛇x地，組織或細(xì)胞樣品獲自疾病組織/器官。組織樣品可以包含并非在自然界中天然與組織混合的化合物，如防腐劑、抗凝劑、緩沖劑、固定劑、養(yǎng)分、抗生素等。本文所用的“參考樣品”、“參考細(xì)胞”、“參考組織”、“對(duì)照樣品”、“對(duì)照細(xì)胞”或“對(duì)照組織”指獲自已知或認(rèn)為未患有正用本發(fā)明的方法或組合物鑒定的疾病或病癥的來源的細(xì)胞或組織。在一個(gè)實(shí)施方案中，參考樣品、參考細(xì)胞、參考組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞或?qū)φ战M織獲自正用本發(fā)明的組合物或方法在其中鑒定疾病或病癥的同一對(duì)象或患者的身體健康部分。在一個(gè)實(shí)施方案中，參考樣品、參考細(xì)胞、參考組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞或?qū)φ战M織獲自個(gè)體的身體健康部分，該個(gè)體不是正用本發(fā)明的組合物或方法在其中鑒定疾病或病癥的對(duì)象或患者。為了本文的目的，組織樣品的“切片”意指單部分或單塊組織樣品，例如從組織樣品切下的組織或細(xì)胞的薄片。若理解了本發(fā)明包括在形態(tài)學(xué)水平和分子水平二者上分析或就蛋白質(zhì)和核酸二者分析組織樣品的同一切片的方法，則理解了可以取得組織樣品的多個(gè)切片并按照本發(fā)明進(jìn)行分析?！跋嚓P(guān)”或“相關(guān)的”意指以任意方式將第一分析或流程的表現(xiàn)和/或結(jié)果與第二分析或流程的表現(xiàn)和/或結(jié)果相比較。例如，可以將第一分析或流程的結(jié)果用于進(jìn)行第二流程，和/或可以用第一分析或流程的結(jié)果來確定是否應(yīng)進(jìn)行第二分析或流程。就基因表達(dá)分析或流程的實(shí)施方案而言，可以用基因表達(dá)分析或流程的結(jié)果來確定是否應(yīng)進(jìn)行具體的治療方案。在本文中使用時(shí)，詞“標(biāo)記”指直接或間接與諸如核酸探針或抗體的試劑綴合或融合，并便于其與之綴合或融合的試劑的檢測(cè)的化合物或組合物。標(biāo)記本身可以是可檢測(cè)的(例如放射性同位素標(biāo)記或熒光標(biāo)記)，或者在酶標(biāo)記的情況下，其可以催化可檢測(cè)的底物化合物或組合物的化學(xué)改變?！八巹笔侵委熂膊?、障礙和/或病癥的活性藥物。在一個(gè)實(shí)施方案中，該疾病、障礙和/或病癥是狼瘡或其癥狀或副作用。在按照本發(fā)明使用時(shí)，術(shù)語對(duì)特定治療劑或治療選擇的“提高的抗性”意指對(duì)標(biāo)準(zhǔn)劑量的藥物或?qū)?biāo)準(zhǔn)治療流程的降低的反應(yīng)。在按照本發(fā)明使用時(shí)，術(shù)語對(duì)特定治療劑或治療選擇的“降低的敏感性”意指對(duì)標(biāo)準(zhǔn)劑量的治療劑或?qū)?biāo)準(zhǔn)治療流程的降低的反應(yīng)，其中可以通過提高治療劑劑量或治療強(qiáng)度來補(bǔ)償(至少部分補(bǔ)償)降低的反應(yīng)?？梢杂蔑@示對(duì)患者的益處的任意終點(diǎn)來評(píng)估對(duì)象的“預(yù)測(cè)反應(yīng)”及其變通形式，所述終點(diǎn)非限制性地包括(1)疾病進(jìn)展的某種程度的抑制，包括減慢和完全停止；(2)疾病發(fā)作次數(shù)和/或癥狀的減少；(3)病灶大小的減?。?4)疾病細(xì)胞浸潤入相鄰的周圍器官和/或組織的抑制(即降低、減慢或完全停止)；(5)疾病擴(kuò)散的抑制(即降低、減慢或完全停止)；(6)自身免疫應(yīng)答的減少，其可以但并非必然導(dǎo)致疾病病灶的消退或脫離；(7)與該障礙相關(guān)的一種或多種癥狀某種程度的減輕；(8)治療后顯示無疾病的長度的增加；和/或(9)治療后在給定時(shí)間點(diǎn)的降低的死亡率。本文所用的“狼瘡治療劑”、“對(duì)治療狼瘡有效的治療劑”及其語法變通形式指在以有效量提供時(shí)，已知、臨床上顯示或臨床醫(yī)生預(yù)期在患有狼瘡的對(duì)象中提供治療益處的活性劑(agent)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該短語包括作為臨床上接受的活性劑由廠家銷售，或以其他方式由有執(zhí)照的臨床醫(yī)生使用的任意活性劑，預(yù)期在以有效量提供時(shí)，其將在患有狼瘡的對(duì)象中提供治療效應(yīng)。在一個(gè)實(shí)施方案中，狼瘡治療劑包括非類固醇抗炎藥(NSAID)，其包括乙酰水楊酸(例如阿司匹林)、布洛芬(Motrin)、萘普生(Naprosyn)、吲哚美辛(Indocin)、萘丁美酮(Relafen)、托美丁(Tolectin)，及包括在治療上等同的活性成分及其制劑的任意其他實(shí)施方案。在一個(gè)實(shí)施方案中，狼瘡治療劑包括對(duì)乙酰氨基酚(例如Tylenol)、皮質(zhì)類固醇或抗瘧劑3(例如氯喹、羥基氯喹)。在一個(gè)實(shí)施方案中，狼瘡治療劑包括免疫調(diào)節(jié)藥物(例如硫唑嘌呤、環(huán)磷酰胺、氨甲喋呤、環(huán)孢菌素)。在一個(gè)實(shí)施方案中，狼瘡治療劑是抗B細(xì)胞劑(例如抗CD20(例如利妥昔單抗)、抗CD22)、抗細(xì)胞因子劑(例如抗腫瘤壞死因子α、抗白細(xì)胞介素-1-受體(例如阿那白滯素(anakinra))、抗白細(xì)胞介素10、抗白細(xì)胞介素6受體、抗干擾素α、抗B淋巴細(xì)胞刺激物)、共刺激抑制劑(例如抗CD154、CTLA4-Ig(例如abatacept))、B細(xì)胞能量調(diào)節(jié)劑(例如LJP394(例如阿貝莫司(abetimus)))。在一個(gè)實(shí)施方案中，狼瘡治療劑包括激素治療(例如DHEA)和抗激素療法(例如抗促乳素劑溴麥角環(huán)肽)。在一個(gè)實(shí)施方案中，狼瘡治療劑是提供免疫吸附的活性劑、是抗補(bǔ)體因子(例如抗C5a)、T細(xì)胞接種、用T細(xì)胞受體ζ鏈轉(zhuǎn)染細(xì)胞或肽療法(例如靶向抗DNA獨(dú)特型的edratide)。本文所用的具有“銷售批準(zhǔn)”或已“批準(zhǔn)作為治療劑”的治療劑或這些短語的語法變通形式指由相關(guān)政府實(shí)體(例如聯(lián)邦、州或地方管理機(jī)構(gòu)、部門、辦公室)批準(zhǔn)、許可、注冊(cè)或授權(quán)由和/或通過和/或代表商業(yè)實(shí)體(例如盈利實(shí)體)銷售用于治療特定障礙(例如狼瘡)或患者亞群(例如患有狼瘡性腎炎的患者，特定種族、性別、生活方式、疾病風(fēng)險(xiǎn)譜的患者等)的活性劑(例如藥物制劑、藥劑的形式)。相關(guān)政府實(shí)體包括例如美國食品及藥品管理局(FDA)、歐洲藥品管理局(EMEA)及其等同機(jī)構(gòu)?！翱贵w”(Ab)和“免疫球蛋白”(Ig)指具有相似結(jié)構(gòu)特征的糖蛋白?？贵w顯示對(duì)具體抗原的結(jié)合特異性，而免疫球蛋白包括抗體和一般缺乏抗原特異性的其他抗體樣分子二者。后一類型的多肽例如由淋巴系統(tǒng)按低水平和由骨髓瘤按提高的水平產(chǎn)生。術(shù)語“抗體”和“免疫球蛋白”在最廣泛的意義中可互換使用，并包含單克隆抗體(例如全長或完整的單克隆抗體)、多克隆抗體、單價(jià)抗體、多價(jià)抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體，只要它們顯示希望的生物活性)，且還可以包括某些抗體片段(如本文更詳細(xì)地描述)?？贵w可以是嵌合抗體、人抗體、人源化抗體和/或親和力成熟抗體。本文將術(shù)語“全長抗體”、“完整抗體”和“全抗體”可互換地使用來指處于其基本上完整的形式的抗體，而不是下文所定義的抗體片段。該術(shù)語尤其指具有包含F(xiàn)c區(qū)的重鏈的抗體?！翱贵w片段”包含完整抗體的部分，尤其是包含其抗原結(jié)合區(qū)?？贵w片段的實(shí)例包括Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段；雙抗體；線性抗體；單鏈抗體分子；和從抗體片段形成的多特異性抗體。木瓜蛋白酶消化抗體產(chǎn)生兩個(gè)相同的抗原結(jié)合片段(稱為“Fab”片段，每個(gè)片段具有單個(gè)抗原結(jié)合部位)和剩余的“Fc”片段(其名稱反映了它易于結(jié)晶的能力)。胃蛋白酶處理產(chǎn)生具有兩個(gè)抗原結(jié)合部位且仍然能夠交聯(lián)抗原的F(ab’)2片段。“Fv”是包含完整抗原結(jié)合部位的最小抗體片段。在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈Fv種類由緊密非共價(jià)結(jié)合的一個(gè)重鏈可變結(jié)構(gòu)域和一個(gè)輕鏈可變結(jié)構(gòu)域的二聚體組成。Fv的6個(gè)CDR共同賦予抗體抗原結(jié)合特異性。但是，甚至單個(gè)可變結(jié)構(gòu)域(或僅包含3個(gè)對(duì)抗原特異的CDR的半個(gè)Fv)也具有識(shí)別和結(jié)合抗原的能力，雖然以低于整個(gè)結(jié)合部位的親和力。Fab片段包含重鏈可變結(jié)構(gòu)域和輕鏈可變結(jié)構(gòu)域，且還包含輕鏈的恒定結(jié)構(gòu)域和重鏈的第一恒定結(jié)構(gòu)域(CH1)。Fab’片段與Fab片段不同在于在包含一個(gè)或多個(gè)來自抗體鉸鏈區(qū)的半胱氨酸的重鏈CH1結(jié)構(gòu)域的C端加入了幾個(gè)殘基。Fab’-SH是本文對(duì)其中恒定結(jié)構(gòu)域的半胱氨酸殘基具有自由巰基的Fab’的命名。最初作為其間具有鉸合部半胱氨酸的Fab’片段對(duì)產(chǎn)生F(ab’)2。還已知抗體片段的其他化學(xué)偶聯(lián)。本文所用的術(shù)語“單克隆抗體”指獲自基本上同質(zhì)的抗體群體的抗體，即除了可以以較少的量存在的可能的突變，例如天然存在的突變外，包含單種抗體的群體是同一的。因此，修飾詞“單克隆”表示該抗體不是分離的抗體的混合物的性狀。在某些實(shí)施方案中，這種單克隆抗體通常包括含有結(jié)合靶標(biāo)的多肽序列的抗體，其中該結(jié)合靶標(biāo)的多肽序列是通過包括從多個(gè)多肽序列選擇單個(gè)結(jié)合靶標(biāo)的多肽序列的方法獲得的。例如，該選擇方法可以是從多個(gè)克隆，如雜交瘤克隆、噬菌體克隆或重組DNA克隆的庫選擇唯一的克隆。應(yīng)理解，可以進(jìn)一步改變所選擇的結(jié)合靶標(biāo)的序列，例如以改善對(duì)該靶標(biāo)的親和力、以人源化該結(jié)合靶標(biāo)的序列、以改善其在細(xì)胞培養(yǎng)物中的產(chǎn)生、以降低其在體內(nèi)的免疫原性、以產(chǎn)生多特異性抗體等，且包含該改變的結(jié)合靶標(biāo)的序列的抗體也是本發(fā)明的單克隆抗體。與通常包含針對(duì)不同決定簇(表位)的不同抗體的多克隆抗體制劑不同，單克隆抗體制劑的每個(gè)單克隆抗體針對(duì)抗原上的單個(gè)決定簇。除了其特異性外，單克隆抗體制劑的優(yōu)勢(shì)在于它們一般未受其他免疫球蛋白污染。修飾詞“單克隆”表示該抗體獲自基本上同質(zhì)的抗體群體的性狀，而不解釋為需要通過任意特定的方法產(chǎn)生該抗體。例如，可以通過多種技術(shù)產(chǎn)生待按照本發(fā)明使用的單克隆抗體，例如雜交瘤法(例如Kohler等，Nature，256：495(1975)；Harlow等，Antibodies：ALaboratoryManual，(ColdSpringHarborLaboratoryPress，第二版1998)；Hammerling等，在MonoclonalAntibodiesandT-CellHybridomas563-681(Elsevier，N.Y.，1981)中)、重組DNA法(見例如美國專利號(hào)4,816,567)、噬菌體展示技術(shù)(見例如Clackson等，Nature，352：624-628(1991)；Marks等，J.Mol.Biol.222：581-597(1992))；Sidhu等，J.Mol.Biol.338(2)：299-310(2004)；Lee等，J.Mol.Biol.340(5)：1073-1093(2004)；Fellouse，Proc.Natl.Acad.Sci.USA101(34)：12467-12472(2004)；和Lee等，J.Immunol.Methods284(1-2)：119-132(2004))和用于在具有編碼人免疫球蛋白序列的部分或全部人免疫球蛋白基因座或基因的動(dòng)物中產(chǎn)生人或人樣抗體的技術(shù)(見例如WO98/24893；WO96/34096；WO96/33735；WO91/10741；Jakobovits等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90：2551(1993)；Jakobovits等，Nature362：255-258(1993)；Bruggemann等，YearinImmunol.7：33(1993)；美國專利號(hào)5,545,807、5,545,806、5,569,825、5,625,126、5,633,425、5,661,016；Marks等，Bio.Technology10：779-783(1992)；Lonberg等，Nature368：856-859(1994)；Morrison，Nature368：812-813(1994)；Fishwild等，NatureBiotechnol.14：845-859(1996)；Neuberger，NatureBiotechnol.14：826(1996)；及Lonberg和Huszar，Intern.Rev.Immunol.13：65-93(1995))。本文的單克隆抗體特異性地包括“嵌合”抗體，其中部分重鏈和/或輕鏈與源自特定物種或隸屬于特定抗體種類或亞類的抗體中對(duì)應(yīng)的序列相同或同源，而鏈的其余部分與源自另一物種或隸屬于另一抗體種類或亞類的抗體中對(duì)應(yīng)的序列相同或同源，以及這類抗體的片段，只要它們顯示希望的生物活性(美國專利號(hào)4,816,567；和Morrison等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA81：6855-9855(1984))?！叭嗽椿毙问降姆侨?例如鼠)抗體是包含源自非人免疫球蛋白的最小序列的嵌合抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，人源化抗體是這樣的人免疫球蛋白(受體抗體)，其中通過來自非人物種(供體抗體)如小鼠、大鼠、兔或非人靈長類的具有希望的特異性、親和力和/或容量的高變區(qū)的殘基取代來自該受體高變區(qū)的殘基。在一些情況下，通過對(duì)應(yīng)的非人殘基取代該人免疫球蛋白的構(gòu)架區(qū)(FR)殘基。此外，人源化抗體可以包含不見于該受體抗體或供體抗體中的殘基?？梢赃M(jìn)行這些修飾來進(jìn)一步精制抗體性能。一般而言，人源化抗體將包含至少1個(gè)，且通常2個(gè)可變結(jié)構(gòu)域的基本上全部，其中全部或基本上全部高變環(huán)對(duì)應(yīng)于非人免疫球蛋白的高變環(huán)，而全部或基本上全部FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗體還將可選地包含至少部分免疫球蛋白恒定區(qū)(Fc)，通常是人免疫球蛋白恒定區(qū)。進(jìn)一步的詳情見Jones等，Nature321：522-525(1986)；Riechmann等，Nature332：323-329(1998)；和Presta，Curr.Op.Struct.Biol.2：593-596(1992)。還見以下綜述文章和其中引用的參考文獻(xiàn)：Vaswani和Hamilton，Ann.Allergy，Asthma&Immunol.1：105-115(1998)；Harris，Biochem.Soc.Transactions23：1035-1038(1995)；Hurle和Gross，Curr.Op.Biotech.5：428-433(1994)。“人抗體”是包含對(duì)應(yīng)于由人產(chǎn)生和/或已用本文所公開的用于產(chǎn)生人抗體的技術(shù)中的任一種產(chǎn)生的抗體的氨基酸序列的氨基酸序列的抗體。這類技術(shù)包括篩選人衍生的組合文庫，如噬菌體展示文庫(見例如Marks等，J.Mol.Biol.，222：581-597(1991)和Hoogenboom等，Nucl.AcidsRes.，19：4133-4137(1991))；用人骨髓瘤和小鼠-人雜骨髓瘤(heteromyeloma)細(xì)胞系來產(chǎn)生人單克隆抗體(見例如KozborJ.Immunol.，133：3001(1984)；Brodeur等，MonoclonalAntibodyProductionTechniquesandApplications，55-93頁(MarcelDekker，Inc.，NewYork，1987)；和Boerner等，J.Immunol.，147：86(1991))；和在能夠在無內(nèi)源性免疫球蛋白產(chǎn)生的情況下產(chǎn)生人抗體的所有組成成分的轉(zhuǎn)基因動(dòng)物(例如小鼠)中產(chǎn)生單克隆抗體(見例如Jakobovits等，Proc.Natl.Acad.SciUSA，90：2551(1993)；Jakobovits等，Nature，362：255(1993)；Bruggermann等，YearinImmunol.，7：33(1993))。人抗體的此定義特異性排除了包含來自非人動(dòng)物的抗原結(jié)合殘基的人源化抗體。“親和力成熟的”抗體是與不具有這些改變的親本抗體相比，在其一個(gè)或多個(gè)CDR中具有導(dǎo)致該抗體對(duì)抗原的親和力改善的一個(gè)或多個(gè)改變的抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，親和力成熟的抗體對(duì)靶抗原具有納摩爾或甚至皮摩爾親和力。通過本領(lǐng)域已知的方法產(chǎn)生親和力成熟的抗體。Marks等，Bio/Technology10：779-783(1992)描述了通過VH和VL結(jié)構(gòu)域改組的親和力成熟。Barbas等ProcNat.Acad.Sci.USA91：3809-3813(1994)；Schier等Gene169：147-155(1995)；Yelton等J.Immunol.155：1994-2004(1995)；Jackson等，J.Immunol.154(7)：3310-9(1995)；和Hawkins等，J.Mol.Biol.226：889-896(1992)描述了HVR和/或構(gòu)架殘基的隨機(jī)誘變?！胺忾]性抗體”或“拮抗抗體”是抑制或降低其所結(jié)合的抗原生物活性的抗體。某些封閉性抗體或拮抗抗體部分或完全抑制該抗原的生物活性。本文將“小分子”或“小的有機(jī)分子”定義為具有低于約500道爾頓的分子量的有機(jī)分子。在本文中使用時(shí)，詞“標(biāo)記”指可檢測(cè)的化合物或組合物。標(biāo)記本身可以是可檢測(cè)的(例如放射性同位素標(biāo)記或熒光標(biāo)記)，或者在酶標(biāo)記的情況下，其可以催化產(chǎn)生可檢測(cè)產(chǎn)物的底物化合物或組合物的化學(xué)改變?？梢宰鳛闄z測(cè)標(biāo)記的放射性核素包括例如I-131、I-123、I-125、Y-90、Re-188、Re-186、At-211、Cu-67、Bi-212和Pd-109?！胺蛛x的”生物分子，如核酸、多肽或抗體是已鑒定并從其天然環(huán)境的至少一個(gè)組分分開和/或回收的生物分子。本文提到“約”某個(gè)值或參數(shù)時(shí)包括(描述)了涉及該值或參數(shù)本身的實(shí)施方案。例如，提到“約X”的描述包括了“X”的描述。一般技術(shù)本文提供與狼瘡相關(guān)的核苷酸變異。這些變異提供了用于狼瘡和/或傾向于或有助于狼瘡的出現(xiàn)、持續(xù)和/或進(jìn)展的生物標(biāo)記。因此，本文所公開的發(fā)明用于多種背景(setting)中，例如用于涉及狼瘡診斷和治療的方法和組合物中。在某些實(shí)施方案中，方法涉及預(yù)測(cè)，即可歸因于自身免疫障礙的疾病癥狀，包括例如自身免疫疾病如狼瘡的復(fù)發(fā)、突發(fā)(flaring)和藥物抗性的可能性的預(yù)測(cè)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該預(yù)測(cè)涉及那些反應(yīng)的程度。在一個(gè)實(shí)施方案中，該預(yù)測(cè)涉及患者是否將在治療，例如用特定治療劑治療后存活或改善且在一定時(shí)期內(nèi)無疾病復(fù)發(fā)和/或其概率。通過選擇最適合于任意特定患者的治療模式，可以在臨床上使用本發(fā)明的預(yù)測(cè)方法作出治療決定。本發(fā)明的預(yù)測(cè)方法是預(yù)測(cè)患者是否可能有利地對(duì)治療方案(如給定的治療方案，包括例如給定的治療劑或組合的施用、手術(shù)干預(yù)、類固醇治療等)反應(yīng)，或該患者是否可能在治療方案之后長期存活的有價(jià)值的工具。SLE的診斷可以根據(jù)目前的AmericanCollegeofRheumatology(ACR)標(biāo)準(zhǔn)?？梢酝ㄟ^一條BritishIslesLupusActivityGroup’s(BILAG)“A”標(biāo)準(zhǔn)或兩條BILAG“B”標(biāo)準(zhǔn)來定義活性疾病。修改自Tan等“TheRevisedCriteriafortheClassificationofSLE”ArthRheum25(1982)的用于診斷SLE的一些病征、癥狀或其他指示物可以是面頰疹，如頰疹、盤狀疹或紅色隆起斑塊；光敏感性，如對(duì)陽光反應(yīng)，導(dǎo)致皮疹的發(fā)展或增加；口腔潰瘍，如鼻或口中的潰瘍，通常無痛；關(guān)節(jié)炎，如涉及兩個(gè)或多個(gè)外周關(guān)節(jié)的非侵蝕性關(guān)節(jié)炎(關(guān)節(jié)周圍的骨骼未受破壞的關(guān)節(jié)炎)；漿膜炎、胸膜炎或心包炎；腎功能障礙，如尿中過量的蛋白質(zhì)(大于0.5gm/天或在測(cè)試棒上為3+)和/或細(xì)胞管型(源自尿和/或白細(xì)胞和/或腎小管細(xì)胞的異常成分)；神經(jīng)學(xué)病征、癥狀或其他指示物，癲癇發(fā)作(驚厥)，和/或無藥物情況下的精神病，或已知引起這些效應(yīng)的代謝紊亂；和血液學(xué)病征、癥狀或其他指示物，如溶血性貧血或白細(xì)胞減少(白細(xì)胞計(jì)數(shù)低于4,000細(xì)胞/mm3)或淋巴細(xì)胞減少(少于1,500淋巴細(xì)胞/mm3)或血小板減少(少于100,000血小板/mm3)。白細(xì)胞減少和淋巴細(xì)胞減少一般必須在兩個(gè)或多個(gè)時(shí)刻檢測(cè)。血小板減少一般必須在缺乏已知誘導(dǎo)血小板減少的藥物的情況下檢測(cè)。本發(fā)明不限制于狼瘡的這些病征、癥狀或其他指示物。遺傳變異的檢測(cè)以上方法中任一種的核酸可以是基因組DNA、從基因組DNA轉(zhuǎn)錄的RNA或從RNA產(chǎn)生的cDNA。核酸可以源自脊椎動(dòng)物，例如哺乳動(dòng)物。如果它是直接從該來源獲得的或者如果它是見于該來源中的核酸的拷貝，則將核酸稱為“源自”特定來源。核酸包括該核酸的拷貝，例如產(chǎn)生自擴(kuò)增的拷貝。在某些情況下擴(kuò)增可以是想要的，例如為了獲得希望的量的材料用于檢測(cè)變異。然后可以對(duì)擴(kuò)增子進(jìn)行變異檢測(cè)方法，如下文所述的方法，以測(cè)定變異是否存在于該擴(kuò)增子中?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的某些方法來檢測(cè)變異。這些方法包括但不限于DNA測(cè)序；引物延伸測(cè)定，包括等位基因特異的核苷酸摻入測(cè)定和等位基因特異的引物延伸測(cè)定(例如等位基因特異的PCR、等位基因特異的連接鏈反應(yīng)(LCR)和缺口LCR)；等位基因特異的寡核苷酸雜交測(cè)定(例如寡核苷酸連接測(cè)定)；切割保護(hù)測(cè)定，其中用保護(hù)免遭切割物質(zhì)來檢測(cè)核酸雙鏈體中的錯(cuò)配堿基；MutS蛋白質(zhì)結(jié)合分析；比較變體和野生型核酸分子遷移率的電泳分析；變性梯度凝膠電泳(DGGE，如例如Myers等(1985)Nature313：495中)；RNase在錯(cuò)配堿基對(duì)處切割的分析；異源雙鏈體DNA的化學(xué)或酶切割的分析；質(zhì)譜分析法(例如MALDI-TOF)；遺傳位元分析法(geneticbitanalysis，GBA)；5’核酸酶測(cè)定(例如)；和利用分子信標(biāo)的測(cè)定。下文進(jìn)一步詳細(xì)討論了這些方法中的某些?？梢酝ㄟ^用本領(lǐng)域公知的技術(shù)對(duì)靶核酸進(jìn)行分子克隆和測(cè)序來實(shí)現(xiàn)該靶核酸中變異的檢測(cè)。備選地，可以用擴(kuò)增技術(shù)如聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)來直接從來自腫瘤組織的基因組DNA制備物擴(kuò)增靶核酸序列。然后可以測(cè)定所擴(kuò)增的序列的核酸序列，并從其鑒定變異。擴(kuò)增技術(shù)為本領(lǐng)域公知，例如聚合酶鏈反應(yīng)描述于Saiki等，Science239：487，1988；美國專利號(hào)4,683,203和4,683,195中。還可以用本領(lǐng)域已知的連接酶鏈反應(yīng)來擴(kuò)增靶核酸序列。見例如Wu等，Genomics4：560-569(1989)。此外，還可以用稱為等位基因特異PCR的技術(shù)來檢測(cè)變異(例如取代)。見例如Ruano和Kidd(1989)NucleicAcidsResearch17：8392；McClay等(2002)AnalyticalBiochem.301：200-206。在此技術(shù)的某些實(shí)施方案中，使用等位基因特異的引物，其中該引物的3’端核苷酸與該靶核酸中的特定變異互補(bǔ)(即能夠與之特異性堿基配對(duì))。若該特定變異不存在，則觀察不到擴(kuò)增產(chǎn)物。還可以用AmplificationRefractoryMutationSystem(ARMS)來檢測(cè)變異(例如取代)。ARMS描述于例如歐洲專利申請(qǐng)公開號(hào)0332435中和Newton等，NucleicAcidsResearch，17：7，1989中。用于檢測(cè)變異(例如取代)的其他方法包括但不限于(1)等位基因特異的核苷酸摻入測(cè)定，如單堿基延伸測(cè)定(見例如Chen等(2000)GenomeRes.10：549-557；Fan等(2000)GenomeRes.10：853-860；Pastinen等(1997)GenomeRes.7：606-614；和Ye等(2001)Hum.Mut.17：305-316)；(2)等位基因特異的引物延伸測(cè)定(見例如Ye等(2001)Hum.Mut.17：305-316；和Shen等GeneticEngineeringNews，卷23，2003年3月15日)，包括等位基因特異的PCR；(3)5’核酸酶測(cè)定(見例如DeLaVega等(2002)BioTechniques32：S48-S54(描述測(cè)定)；Ranade等(2001)GenomeRes.11：1262-1268；和Shi(2001)Clin.Chem.47：164-172)；(4)利用分子信標(biāo)的測(cè)定(見例如Tyagi等(1998)NatureBiotech.16：49-53；和Mhlanga等(2001)Methods25：463-71)；和(5)寡核苷酸連接測(cè)定(見例如Grossman等(1994)Nuc.AcidsRes.22：4527-4534；專利申請(qǐng)公開號(hào)US2003/0119004A1；PCT國際公開號(hào)WO01/92579A2；和美國專利號(hào)6,027,889)。還可以通過錯(cuò)配檢測(cè)法來檢測(cè)變異。錯(cuò)配是并非100％互補(bǔ)的雜交核酸雙鏈體。完全互補(bǔ)的缺乏可以由缺失、插入、倒位或取代引起。錯(cuò)配檢測(cè)法的一個(gè)實(shí)例是描述于例如Faham等，Proc.NatlAcad.SciUSA102：14717-14722(2005)和Faham等，Hum.Mol.Genet.10：1657-1664(2001)中的錯(cuò)配修復(fù)檢測(cè)(MRD)測(cè)定。錯(cuò)配切割技術(shù)的另一實(shí)例是RNase保護(hù)法，其描述于Winter等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，82：7575，1985和Myers等，Science230：1242，1985中。例如，本發(fā)明的方法可以涉及與人野生型靶核酸互補(bǔ)的標(biāo)記的核糖核酸探針的使用。將核糖核酸探針與源自組織樣品的靶核酸復(fù)性(雜交)在一起，隨后用能夠檢測(cè)雙鏈體RNA結(jié)構(gòu)中的一些錯(cuò)配的酶RNaseA消化。若RNaseA檢測(cè)到錯(cuò)配，則它在該錯(cuò)配位點(diǎn)處切割。因此，在電泳凝膠基質(zhì)上分離復(fù)性的RNA制備物時(shí)，若RNaseA已檢測(cè)到并切割了錯(cuò)配，則將看到比核糖核酸探針與mRNA或DNA的全長雙鏈體RNA小的RNA產(chǎn)物。核糖核酸探針無需是靶核酸的全長，而可以是靶核酸的部分，只要它包含疑似具有變異的位置。可以以類似的方式用DNA探針來檢測(cè)錯(cuò)配，例如通過酶或化學(xué)切割。見例如Cotton等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，85：4397，1988；和Shenk等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，72：989，1975。備選地，可以通過錯(cuò)配雙鏈體相對(duì)于配對(duì)雙鏈體的電泳遷移率變動(dòng)來檢測(cè)錯(cuò)配。見例如Cariello，HumanGenetics，42：726，1988?？梢栽陔s交前用核糖核酸探針或DNA探針擴(kuò)增疑似包含變異的靶核酸。還可以用Southern雜交檢測(cè)靶核酸中的改變，尤其是如果該改變是總體重排(grossrearrangement)，如缺失和插入?？梢杂糜糜诎泻怂峄蛑車鷺?biāo)記基因的限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)探針來檢測(cè)變異，例如插入或缺失。還可以通過靶核酸的克隆、測(cè)序和擴(kuò)增來檢測(cè)插入和缺失。還可以用單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析來檢測(cè)等位基因的堿基改變變體。見例如Orita等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA86：2766-2770，1989和Genomics，5：874-879，1989。微陣列是多重技術(shù)，通常使用排列的一系列數(shù)千個(gè)核酸探針與例如cDNA或cRNA樣品在高嚴(yán)謹(jǐn)條件下雜交。通常通過檢測(cè)熒光團(tuán)-、銀-或化學(xué)發(fā)光-標(biāo)記的靶，來檢測(cè)和定量探針-靶雜交，確定靶中的核酸序列的相對(duì)豐度。在典型的微陣列中，探針通過與化學(xué)基質(zhì)的共價(jià)鍵(通過環(huán)氧硅烷、氨基硅烷、賴氨酸、聚丙烯酰胺或其它)附著于固體表面。固體表面是例如玻璃、硅片或顯微珠(microscopicbead)。各種微陣列是可商購的，包括由例如Affymetrix，Inc.和Illumina，Inc.生產(chǎn)的那些?？梢杂帽绢I(lǐng)域技術(shù)人員已知的某些方法獲得生物學(xué)樣品?？梢詮募棺祫?dòng)物，且尤其是哺乳動(dòng)物獲得生物學(xué)樣品。通常用組織活組織檢查獲得代表性腫瘤組織塊。備選地，可以以已知或認(rèn)為其包含目的腫瘤細(xì)胞的組織或流體形式直接獲得腫瘤細(xì)胞。例如，可以通過切除、支氣管鏡檢查術(shù)、細(xì)針抽吸、支氣管刷檢，或從唾液、胸膜液或血液獲得肺癌病灶的樣品?？梢詮哪[瘤樣品或從其他身體樣品如尿、唾液或血清(腫瘤細(xì)胞從腫瘤脫落并出現(xiàn)在這類身體樣品中)檢測(cè)靶核酸(或所編碼的多肽)中的變異。通過篩選這類身體樣品，可以達(dá)到疾病如癌癥的簡單早期診斷。此外，通過針對(duì)靶核酸(或所編碼的多肽)中的變異測(cè)試這類身體樣品，可以更容易地監(jiān)測(cè)治療的進(jìn)展。此外，本領(lǐng)域已知用于針對(duì)腫瘤細(xì)胞富集組織制備物的方法。例如，可以從石蠟或恒冷箱切片分離組織。還可以通過流式細(xì)胞術(shù)或激光捕獲顯微解剖從正常細(xì)胞分離癌細(xì)胞。確定受試者或組織或細(xì)胞樣品包含本文公開的遺傳變異之后，考慮可以對(duì)該受試者施用有效量的適當(dāng)?shù)睦钳徶委焺栽谠撌茉囌咧兄委熢摾钳彶“Y?？梢杂墒炀毜膹臉I(yè)者在哺乳動(dòng)物中進(jìn)行本文所述的多種病理病癥的診斷。允許例如在哺乳動(dòng)物中診斷或檢測(cè)狼瘡的診斷技術(shù)是本領(lǐng)域可得的?？梢园凑找阎姆椒ㄊ┯美钳徶委焺缱鳛榭焖贊庾⒒蛲ㄟ^在一段時(shí)間內(nèi)連續(xù)輸注靜脈內(nèi)施用，通過肌內(nèi)、腹膜內(nèi)、intracerobrospinal、皮下、關(guān)節(jié)內(nèi)、滑膜內(nèi)、鞘內(nèi)、口腔、局部或吸入途徑。任選地，可以通過使用多種市售器械的微泵輸注來進(jìn)行施用。可以根據(jù)經(jīng)驗(yàn)來測(cè)定施用狼瘡治療劑的有效劑量和時(shí)間表，且進(jìn)行這類測(cè)定在本領(lǐng)域技術(shù)范圍內(nèi)?？梢岳脝蝹€(gè)或多個(gè)劑量。例如，單獨(dú)使用的干擾素抑制劑的有效劑量或量可以在從每天約1mg/kg體重至約100mg/kg體重的范圍內(nèi)?？梢砸员绢I(lǐng)域已知的方式，例如按Mordenti等，Pharmaceut.Res.，8：1351(1991)中所公開進(jìn)行劑量的物種間增減。在利用狼瘡治療劑的體內(nèi)施用時(shí)，取決于施用途徑，正常劑量可以從每天約10ng/kg至至多100mg/kg哺乳動(dòng)物體重或更多變動(dòng)，優(yōu)選約1μg/kg/天至10mg/kg/天。文獻(xiàn)中提供了關(guān)于特定劑量和遞送方法的指導(dǎo)；見例如美國專利號(hào)4,657,760、5,206,344或5,225,212。預(yù)期不同的制劑將對(duì)不同治療化合物和不同障礙有效，靶向一個(gè)器官或組織的施用例如可以使得必需以不同于另一器官或組織的方式遞送?？紤]還可以在該方法中利用其他療法。該一種或多種其他療法可以包括但不限于對(duì)所討論的障礙施用類固醇和護(hù)理方案的其他標(biāo)準(zhǔn)?？紤]可以將這類其他療法用作從例如定向狼瘡治療劑分開的活性劑。試劑盒對(duì)于上文描述或提示過的申請(qǐng)中的應(yīng)用，還提供了試劑盒或制備品。此類試劑盒可包括載體工具，所述載體工具被劃分從而以緊密密封來接受一個(gè)或多個(gè)容器工具，例如小瓶、管等，每個(gè)容器工具包括用于方法中的一種分離的元件。例如，一個(gè)容器工具可包括探針，所述探針被或可以被可檢測(cè)的標(biāo)記。此類探針可以是特異性針對(duì)包含SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座的多核苷酸的多核苷酸。其中，試劑盒利用核酸雜交來檢測(cè)靶核酸，試劑盒還可以具有包含用于擴(kuò)增靶核酸序列的一個(gè)或多個(gè)核苷酸的容器，和/或包含報(bào)道工具的容器，該報(bào)道工具如生物素結(jié)合蛋白質(zhì)，如與諸如酶標(biāo)記、熒光標(biāo)記或放射性同位素標(biāo)記的報(bào)道分子結(jié)合的抗生物素蛋白或鏈霉抗生物素蛋白。試劑盒通常包括上述容器和一個(gè)或多個(gè)其他容器，所述其他容器包括從市場和用戶的觀點(diǎn)出發(fā)需要的材料，包括緩沖液、稀釋劑、過濾器、針頭、注射器，和指導(dǎo)使用的說明書。標(biāo)簽可以位于容器上，提示組合物是用于特定的療法或非治療性應(yīng)用，還可以為體內(nèi)或體外用途提示說明，例如上述的那些用途。試劑盒中的其他任選組分包括一種或多種緩沖液(例如，封閉緩沖液、洗滌緩沖液、底物緩沖液等)，其他試劑例如被酶標(biāo)記化學(xué)改變的底物(例如，色原)、表位挽回溶液(epitoperetrievalsolution)、對(duì)照樣品(陽性和/或陰性對(duì)照)、對(duì)照玻片等。其他組分是酶，例如包括但不限于核酸酶、連接酶或聚合酶。銷售方法還提供了用于銷售狼瘡治療劑或其可藥用組合物的方法，其包括向目標(biāo)聽眾宣傳、告知和/或說明該治療劑或其藥物組合物在治療已從其獲得樣品顯示存在本文所公開的遺傳變異的狼瘡患者或患者亞群中的用途。銷售一般是通過非人媒介的付費(fèi)傳播，其中確認(rèn)廣告客戶并控制信息。為了本文的目的，銷售包括宣傳、公關(guān)活動(dòng)、產(chǎn)品放置、贊助、包銷和促銷。此術(shù)語還包括贊助的出現(xiàn)在任意印刷傳播媒介中的信息公告，其設(shè)計(jì)用于呼吁大量讀者，以說服、告知、促進(jìn)、刺激，或以其他方式改變對(duì)偏好的購買、支持或批準(zhǔn)本發(fā)明的模式的行為。可以通過任意手段來實(shí)現(xiàn)診斷方法的銷售。用于傳遞這些信息的銷售媒介的實(shí)例包括電視、廣播、電影、雜志、報(bào)紙、網(wǎng)絡(luò)和廣告牌，包括廣告，其是出現(xiàn)在廣播媒介中的信息。以下是本發(fā)明的方法和組合物的實(shí)施例。應(yīng)理解，由于上文提供的一般描述，可以實(shí)施多種其他實(shí)施方案。實(shí)施例在所有實(shí)施例中，通過編號(hào)標(biāo)注對(duì)某些出版物的引用，所述編號(hào)在實(shí)施例部分的最后有完整的目錄信息。實(shí)施例1鑒別SLE的新型風(fēng)險(xiǎn)基因座方法和對(duì)象對(duì)象之前已描述了SLE病例、用于全基因組關(guān)聯(lián)性掃描(GWAS)的樣品以及來自NewYorkHealthProject(NYHP)收藏中心(Mitchell等，JUrbanHealth81(2)：301-10(2004))的對(duì)照的選擇和基因型分型(Hom等，NEnglJMed358(9)：900-9(2008))。如下文詳述，該SLE病例由3個(gè)病例系列組成：a)來自由NIH/NIAMS資助的貯藏處AutoimmuneBiomarkersCollaborativeNetwork(ABCoN)(Bauer等，PLoSmedicine3(12)：e491(2006))的338個(gè)病例和來自MultipleAutoimmuneDiseaseGeneticsConsortium(MADGC)(Criswell等，AmJHumGenet76(4)：561-71(2005))的141個(gè)病例；b)來自UniversityofCaliforniaSanFrancisco(UCSF)LupusGeneticsProject(Seligman等，ArthritisRheum44(3)：618-25(2001)；Remmers等，NEnglJMed357(10)：977-86(2007))的613個(gè)病例；和c)來自UniversityofPittsburghMedicalCenter(UPMC)(Demirci等，AnnHumGenet71(Pt3)：308-11(2007))的335個(gè)病例和來自TheFeinsteinInstituteforMedicalResearch的8個(gè)病例。對(duì)照是來自NYHP標(biāo)本收藏的1861個(gè)樣本、來自公開可得的iControlDB數(shù)據(jù)庫(可在IlluminaInc.獲得)的1722個(gè)樣本和來自公開可得的NationalCancerInstituteCancerGeneticMarkersofSusceptibility(CGEMS)項(xiàng)目(可在URL：cgems(dot)cancer(dot)gov下獲得)的4564個(gè)樣本。1310個(gè)SLE病例和7859個(gè)對(duì)照的全基因組數(shù)據(jù)集我們之前描述了SLE病例樣品的選擇和基因型分型(Hom等，NEnglJMed358(9)：900-9(2008))。如通過自我報(bào)告確定并通過基因型分型確認(rèn)，所有SLE病例都是歐洲血統(tǒng)的北美人。通過醫(yī)療記錄審查(94％)或通過主治風(fēng)濕病學(xué)家書寫的標(biāo)準(zhǔn)文件(6％)在所有病例中確認(rèn)了SLE的診斷(達(dá)到4條或多條AmericanCollegeofRheumatology[ACR]定義的標(biāo)準(zhǔn)[Hochberg等，ArthritisRheum40(9)：1725[1997]])。這些病例系列的臨床資料在其他地方給出(Seligman等，ArthritisRheum44(3)：618-25(2001)；Criswell等，AmJHumGenet76(4)：561-71(2005)；Bauer等，PLoSmedicine3(12)：e419(2006)；Demirci等，AnnHumGenet71(Pt3)：308-11(2007)；Remmers等，NEnglJMed357(10)：977-86(2007))。之前描述了NYHP樣品的基因型分型和選擇(Hom等，NEnglJMed358(9)：900-9(2008))。表1描述了按位點(diǎn)組織的有效樣品數(shù)。用下文所述的軟件程序PLINK和EIGENSTRAT內(nèi)的分析模塊進(jìn)行樣品和SNP過濾(還見Purcell等，AmJHumGenet81(3)：559-75(2007)；Price等，NatGenet38(8)：904-09(2006))。將全基因組SNP數(shù)據(jù)用于此研究中，以便于病例和對(duì)照的緊密匹配，提供已確認(rèn)的和疑似的SLE基因座上的基因型。表1.在全基因組和按位點(diǎn)組織的復(fù)制研究中分析的樣品數(shù)a描述了全基因組關(guān)聯(lián)性掃描的樣品(Hom，G.等人，NEnglJMed358：900-9(2008))。b美國同期組群的獨(dú)立SLE病例來自PROFILESLE聯(lián)合會(huì)、加州大學(xué)三番分校(UCSF)(Thorburn，C.M.等人，GenesImmun8：279-87(2007))、匹茲堡大學(xué)醫(yī)學(xué)中心(UPMC)、明尼蘇達(dá)大學(xué)(UMN)，和約翰霍普金斯大學(xué)(JHU)。美國對(duì)照來自紐約健康項(xiàng)目(Gregersen等人)和阿茲海默病例和對(duì)照來自匹茨堡大學(xué)和NCRAD。cSLE病例和對(duì)照來自Stockholm、Karolinska、Solna、Uppsala、Lund和Sweden。d使用Illumina317KSNP陣列將來自Stockholm的823例對(duì)照基因分型。按“方法”中所述，對(duì)這些樣品中的SNP進(jìn)行歸因和分析。定制SNP陣列用通過了下文所述的質(zhì)量控制測(cè)量的10,848個(gè)SNP設(shè)計(jì)定制的陣列。完整的陣列具有12,864個(gè)SNP，但2016個(gè)SNP未滿足質(zhì)量控制測(cè)量，剩下10,848個(gè)SNP進(jìn)入分析。定制的陣列由3,188個(gè)SNP組成，所述SNP是基于在SLE全基因組的關(guān)聯(lián)性掃描中的標(biāo)稱P＜0.05而選擇的，505個(gè)SNP來自25個(gè)之前報(bào)道過的SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座，42個(gè)SNP是在針對(duì)確認(rèn)的風(fēng)險(xiǎn)等位基因進(jìn)行文獻(xiàn)檢索后從其他自身免疫病中選擇的，而7113個(gè)SNP用于確定和控制群體亞結(jié)構(gòu)。后組包括已用于定義大陸群體差異的SNP(Kosoy，R.等人，Hum.Mutat.30：69-78(2009))和歐洲群體亞結(jié)構(gòu)富集的SNP(Tian，C.等人，PLoSGenet4，e4(2008))。定制的陣列由Illumina，Inc.使用它的iSelectCustomBeadChip和我們?yōu)橥ㄟ^了下文所述的質(zhì)量控制過濾的SNP提供的rs標(biāo)識(shí)號(hào)來生產(chǎn)。質(zhì)量控制和插補(bǔ)(imputation)關(guān)于美國數(shù)據(jù)，在所述定制的Illumina芯片上將共計(jì)1,464個(gè)U.S.病例和3,078個(gè)美國對(duì)照基因分型，所述芯片在本文中也稱為定制的12K芯片。使用嚴(yán)格的質(zhì)量控制(QC)標(biāo)準(zhǔn)確保最終的分析中包括高質(zhì)量的數(shù)據(jù)。具體而言，a)排除了116個(gè)具有＞5％丟失數(shù)據(jù)的個(gè)體，和b)基于隱含的親緣關(guān)系(crypticrelatedness)和基于狀態(tài)同源(IdenticalbyState；IBS)狀態(tài)(PIHat＞0.15)的重復(fù)樣品，排除了279個(gè)個(gè)體。僅包括這樣的SNP，所述SNP具有a)＜5％丟失數(shù)據(jù)，b)哈迪-溫伯格平衡(HWE)p值＞1x10-6，c)小等位基因頻率(MAF)＞0.01％和d)在關(guān)于病例和對(duì)照的差異丟失缺失的測(cè)試中具有p值＞1x10-5的SNP。還檢驗(yàn)了SNP的批次效果。在應(yīng)用上述過濾后，1144個(gè)病例和3003個(gè)對(duì)照和11024個(gè)SNP的最終組可用于分析。使用PLINK實(shí)施所有QC測(cè)試(Purcell等人，AmJHumGenet81(3)：559-75(2007))。關(guān)于瑞典人的數(shù)據(jù)，在定制的12K芯片上基因分型過的888個(gè)病例和527個(gè)對(duì)照的組可用于分析。分析中還摻入了在Illumina，Inc.317KHumanHapMapSNP珠子陣列(在本文中也稱為317K陣列)上基因分型的分開的1115瑞典人對(duì)照的組合。按下列步驟組合兩套數(shù)據(jù)集。首先，生成12K和317K數(shù)據(jù)之間的6,789SNP的重疊數(shù)據(jù)集。使用該數(shù)據(jù)集檢驗(yàn)瑞典人復(fù)制組的隱含的親緣關(guān)系和重復(fù)樣品。結(jié)果排除了313個(gè)樣品(PIHat＞0.15)。在質(zhì)量控制檢查后，就分析運(yùn)送在定制的12K芯片上基因分型的863個(gè)病例和523個(gè)對(duì)照和在317KIllumina芯片上基因分型的831個(gè)對(duì)照。第二，用317K陣列插補(bǔ)(見下文)基因分型過的831個(gè)瑞典人對(duì)照，產(chǎn)生更大的重疊SNP集。在剩余的SNP中，通過插補(bǔ)捕獲了4605個(gè)SNP。最終11394個(gè)重疊SNP的最終集進(jìn)行分析。使用上述相同的閾值過濾該數(shù)據(jù)集中的SNP。剩下的未被插補(bǔ)(imputation)捕獲的1250個(gè)SNP僅在12K芯片上基因分型的瑞典人樣品初始集合中進(jìn)行分析。使用II期HapMapCEU樣品作為參照，使用MACH(基于MarkovChain的單元型分型軟件程序，可獲得自URLsph.umich.edu/csg/abecasis/MACH)插補(bǔ)831個(gè)用317K陣列基因分型的瑞典人對(duì)照。II期HapMapCEU指來自人類單元型項(xiàng)目的樣品，已知是從“II期”數(shù)據(jù)釋放的具有北歐和西歐祖先(CEU)的猶他州居民的人類單元型項(xiàng)目(還參見Li等人，AmJHumGenetS79at2290(2006))。在插補(bǔ)前，對(duì)317KSNP應(yīng)用嚴(yán)格的質(zhì)量控制檢查。插補(bǔ)中包括了293,242個(gè)通過了下列標(biāo)準(zhǔn)(1)MAF＞1％，(2)缺失率＜5％和(3)HWEp值＞1x10-6的標(biāo)記物子集。在插補(bǔ)后，拋棄了具有低插補(bǔ)質(zhì)量的SNP，即，MACH報(bào)道的R平方_Hat(RSQR_HAT)＜0.40。重疊的11394個(gè)標(biāo)記物集可用于分析?？紤]到插補(bǔ)中的不確定性，分析中使用概率分值而非讀取基因型(genotypecall)。為了插補(bǔ)全基因組關(guān)聯(lián)性研究樣品，用于meta-分析(meta-analysis)的基因型數(shù)據(jù)來自1310個(gè)用Illumina550K全基因組SNP平臺(tái)基因分型的SLE病例(參見Hom，G.等人，NEnglJMed358：900-9(2008))。之前描述了SLE病例樣品的選擇和基因分型(Hom，G.等人，NEnglJMed358：900-9(2008))。除上述3583個(gè)對(duì)照外(Hom，G.等人，NEnglJMed358：900-9(2008))，獲得批準(zhǔn)后還包括4564個(gè)來自公眾可獲得的癌癥遺傳學(xué)易感性標(biāo)記物(CancerGeneticsMarkersofSusceptibility(CGEMS))項(xiàng)目的對(duì)照樣品(獲得自URL：cgems.cancer.gov)。使用上述數(shù)據(jù)質(zhì)量控制過濾(Hom，G.等人，NEnglJMed358：900-9(2008))檢驗(yàn)整個(gè)7859個(gè)對(duì)照的樣品。之后使用IMPUTE版本1(獲得自URLwww.stats.ox.ac.uk/～marchini/software/gwas/impute.html)推斷使用HapMapPhaseIICEU樣品作為參照的基因分型(Marchini，J.等人，Nat.Genet.39：906-913(2007))。使用SNPTEST(獲得自URLwww.stats.ox.ac.uk/～marchini/software/gwas/snptest_v1.1.4.html)生成關(guān)聯(lián)性統(tǒng)計(jì)(Marchini，J.等人，Nat.Genet.39：906-913(2007))。具體而言，使用相加模型(SNPTEST中的Frequentist1選項(xiàng))生成關(guān)聯(lián)性統(tǒng)計(jì)，對(duì)插補(bǔ)基因型的不確定性進(jìn)行調(diào)整(SNPTEST中的-proper選項(xiàng))。關(guān)聯(lián)性統(tǒng)計(jì)的排序列表用于選擇所述的復(fù)制區(qū)域。復(fù)制樣品的群體分層(PopulationStratification)對(duì)于每個(gè)復(fù)制組(replicationcohort)，使用祖先信息標(biāo)記物校正可能的群體分層。使用通過了嚴(yán)格質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)的5486個(gè)不相關(guān)的祖先信息標(biāo)記物的子集，用EIGENSTRAT軟件來推斷前十位的主要遺傳變異組分(Price等人，NatGenet38(8)：904-09(2006))。從每個(gè)樣品集去除離群值(定義為σ＞6)。具體而言，分別從美國組去除了27個(gè)遺傳離群值，而從瑞典組去除了45個(gè)離群值。在美國和瑞典復(fù)制集合中都觀察到了沿著前兩個(gè)特征向量的一定程度的群體分層。為了校正病例-對(duì)照分層，使用以下策略之一：(1)對(duì)可獲得基因型數(shù)據(jù)的美國復(fù)制數(shù)據(jù)集和瑞典復(fù)制數(shù)據(jù)集應(yīng)用摻入在EIGENSTRAT中的Cochran-Armitage檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量的校正；(2)在分析插補(bǔ)的瑞典人數(shù)據(jù)中，使用主要組分作為邏輯回歸模型中的協(xié)變。關(guān)聯(lián)性分析對(duì)于美國人數(shù)據(jù)，在實(shí)施未校正的自由度1的等位基因關(guān)聯(lián)性測(cè)試后，觀察到測(cè)試統(tǒng)計(jì)值的一些膨脹(inflation)(PLINK(Purcell，S.等人，AmJHumGenet81：559-75(2007)))。為了校正美國人樣品中的群體分層，使用5486個(gè)不相關(guān)的祖先信息標(biāo)記物進(jìn)行主要組分分析(EIGENSTRAT)。首先，去除遺傳離群值(定義為σ＞6)。其次，計(jì)算1129個(gè)病例和2991個(gè)對(duì)照中的每個(gè)基因分型的SNP的Cochran-Armitage趨勢(shì)卡方測(cè)試統(tǒng)計(jì)值，再使用前四個(gè)特征向量調(diào)節(jié)EIGENSTRAT中的每個(gè)SNP的測(cè)試統(tǒng)計(jì)值。計(jì)算基于每個(gè)SNP的測(cè)試統(tǒng)計(jì)值的雙尾p值。在校正了群體分層后，美國人樣品的λgc是1.05。對(duì)于瑞典人數(shù)據(jù)，使用5486個(gè)在12K樣品以及額外的Illumina317K對(duì)照中基因分型過的祖先信息標(biāo)記物，檢查瑞典組的隱藏的群體分層。在去除遺傳離群值后，有834個(gè)病例和515個(gè)對(duì)照在定制的12K芯片上基因分型，和823個(gè)對(duì)照在Illumina317K芯片上基因分型。將EIGENSTRAT中執(zhí)行的測(cè)試統(tǒng)計(jì)值校正用于兩個(gè)Illumina陣列之間的6789個(gè)SNP的重疊組。為了校正在12K樣品中基因分型并在Illumina317K樣品中插補(bǔ)的4605個(gè)SNP組的分層，使用了上述確定的前四個(gè)特征向量作為SNPTEST中執(zhí)行的邏輯回歸模型的協(xié)變異，因?yàn)镋IGENSTRAT并非意圖用于插補(bǔ)的基因型數(shù)據(jù)。一小組未被Illumina317KSNP插補(bǔ)所捕獲的1250個(gè)標(biāo)記物僅在定制的12K芯片上基因分型的834個(gè)病例和515個(gè)對(duì)照中進(jìn)行分析。在校正了群體分層后，瑞典人樣品的λgc是1.10。Meta-分析使用加權(quán)的z分?jǐn)?shù)方法進(jìn)行meta-分析。為了組合不同組的結(jié)果，將等位基因定位在美國國立生物技術(shù)信息中心(NCBI)的人基因組36號(hào)參照序列的正向鏈上，以避免與C/G和A/TSNP相關(guān)的歧義。NCBI的人基因組參照序列可獲得自URL：www.ncbi.nlm.nih.gov。還參見Pruitt等人，Nucl.AcidsRes.35(databaseissue)：D61-D65(2007)。考慮相對(duì)于任意的參照等位基因的效應(yīng)方向，將每個(gè)組的P值轉(zhuǎn)化為z分?jǐn)?shù)。通過取每個(gè)組的樣本大小的平方根，然后將其總和除以總樣本大小的平方根，加權(quán)每個(gè)z分?jǐn)?shù)，計(jì)算z分?jǐn)?shù)的加權(quán)總和。將瑞典人和美國人復(fù)制組的組合z分?jǐn)?shù)轉(zhuǎn)化為單尾p值。將meta-分析的z分?jǐn)?shù)轉(zhuǎn)化為兩尾p值，并計(jì)算關(guān)聯(lián)性的證據(jù)。認(rèn)為越過閾值5x10-8的SNP與SLE壓倒性的相關(guān)。沒有通過全基因組顯著性的、具有小于1x10-5的組合p值的基因座被認(rèn)為是強(qiáng)候選物。使用可免費(fèi)獲得的METAL軟件包(可獲得自URL：www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Metal)進(jìn)行meta-分析方法。為了計(jì)算匯總的比值比，使用METAL軟件執(zhí)行的Cochran-Mantel-Haenszel(CMH)方法。比值比的計(jì)算是相對(duì)于每個(gè)SNP的風(fēng)險(xiǎn)等位基因的。此外，相對(duì)于每個(gè)SNP的風(fēng)險(xiǎn)等位基因計(jì)算對(duì)照中的加權(quán)平均等位基因頻率。百分比方差解釋(PercentVarianceExplained)對(duì)于之前與SLE相關(guān)的SNP和在我們的復(fù)制研究中具有小于1x10-5的metap值的SNP，計(jì)算方差解釋的百分比。使用易患性閾值模型(liabilitythresholdmodel)，其中假設(shè)SLE具有通常以均值0和方差1分布的潛在易患性(liability)分?jǐn)?shù)。假設(shè)SLE在普通群體中的流行率為0.1％。為了計(jì)算每個(gè)基因型的閾值，使用對(duì)照中的等位基因頻率和與我們分析中的比值比(OR)對(duì)應(yīng)的效應(yīng)大小。相互作用分析為了尋找頂部信號(hào)之間的上位效應(yīng)，在表2、4和6中匯編了所有SNP的列表，并使用PLINK中執(zhí)行的上位性選項(xiàng)，對(duì)每個(gè)復(fù)制組進(jìn)行相互作用分析。為了獲得更大的統(tǒng)計(jì)功效，實(shí)施純病例分析(case-onlyanalysis)。在校正了測(cè)試數(shù)后，在p＜0.05的顯著性水平未發(fā)現(xiàn)任何SNP-SNP相互作用。條件分析在每個(gè)表現(xiàn)出與SLE強(qiáng)關(guān)聯(lián)性的基因組區(qū)域，選擇表現(xiàn)出最強(qiáng)信號(hào)的SNP。使用PLINK作為該SNP的條件，并尋找其他表現(xiàn)出與SLE強(qiáng)關(guān)聯(lián)性的SNP。大規(guī)模的復(fù)制研究鑒別TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10為系統(tǒng)性紅斑狼瘡的新型風(fēng)險(xiǎn)基因座現(xiàn)有的全基因組關(guān)聯(lián)性(GWA)和候選基因研究已經(jīng)鑒別了至少15個(gè)達(dá)到全基因組顯著性(P＜5x10-8)的共同風(fēng)險(xiǎn)等位基因。這些包括對(duì)獲得性免疫和自身抗體生產(chǎn)重要的基因(HLAII類等位基因、BLK、PTPN22和BANK1)，和在先天性免疫和干擾素信號(hào)傳導(dǎo)中發(fā)揮作用的基因(ITGAM、TNFAIP3、STAT4和IRF5)(CunninghameGraham，D.S.等人，Nat.Genet.40：83-89(2008)；Graham，R.R.等人，Nat.Genet.40(9)：1059-61(2008)；Graham，R.R.等人，JInternMed265：680-88(2009)；Harley，J.B.等人，Nat.Genet.40：204-10(2008)；Hom，G.等人，NEnglJMed358：900-9(2008)；Kozyrev，S.V.等人，Nat.Genet.40：211-6(2008)；Sawalha，A.H.等人，PLoSONE3：e1727(2008)；Sigurdsson，S.等人，AmJHumGenet76：528-37(2005))。為了鑒別其他的風(fēng)險(xiǎn)基因座，對(duì)2446個(gè)基因座的SNP實(shí)施靶向復(fù)制研究，所述基因座在現(xiàn)有的對(duì)1310個(gè)病例和7859個(gè)對(duì)照的GWAS7掃描中表現(xiàn)出標(biāo)稱p值＜0.05。還將來自25個(gè)之前報(bào)道過的SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中的SNP、來自其他自身免疫病提示的35個(gè)基因座中的42個(gè)SNP和超過7000個(gè)祖先信息標(biāo)記物基因分型。實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的綜述顯示在圖1中。將上述SNP摻入到Illumina定制的SNP陣列。陣列對(duì)美國和瑞典的獨(dú)立病例和對(duì)照基因分型。使用Illumina310KSNP陣列將823個(gè)瑞典人對(duì)照基因分型，如上文“方法”所述，分析變體。具體而言，如上所述，設(shè)計(jì)了由＞12,000個(gè)變體組成的定制SNP陣列，基因分型為2類獨(dú)立的SLE病例和對(duì)照群體，分別來自美國(1129個(gè)SLE病例和2991個(gè)對(duì)照)和瑞典(834個(gè)SLE病例和1338個(gè)對(duì)照)。美國人對(duì)照中包括了2215個(gè)阿茲海默病的病例/對(duì)照樣品，這被認(rèn)為可接受作為對(duì)照，因?yàn)镾LE和阿茲海默病的遺傳基礎(chǔ)預(yù)計(jì)是相互獨(dú)立的。之后，應(yīng)用數(shù)據(jù)質(zhì)量過濾去除性能低下的樣品和SNP、群體離群值和重復(fù)的/相關(guān)的個(gè)體(參見上文“方法”)。在這些質(zhì)量控制測(cè)量后，檢驗(yàn)了10848個(gè)SNP的最終集合，如圖1所示。計(jì)算3735個(gè)變體的關(guān)聯(lián)性統(tǒng)計(jì)值，并使用7113個(gè)祖先信息標(biāo)記物校正群體分層(參見上文“方法”)。首先檢驗(yàn)了之前報(bào)道與SLE相關(guān)的25個(gè)變體(來自23個(gè)基因座)(參見表2)。我們還發(fā)現(xiàn)關(guān)于21個(gè)變體(P＜0.05)的關(guān)聯(lián)性的其他證據(jù)，包括在現(xiàn)有的組合數(shù)據(jù)集中達(dá)到全基因組顯著性(P＜5x10-8)的9個(gè)基因座。在全基因組顯著的結(jié)果中的是HLAII類DR3(DRB1＊0301)、IRF5、TNFAIP3、BLK、STAT4、ITGAM、PTPN22、PHRF1(KIAA1542)和TNFSF4(OX40L)。該分析為9個(gè)基因座的變體提供了額外的證據(jù)，在一項(xiàng)之前的研究中報(bào)道了顯著性的全基因組水平：HLA＊DR2、TNFAIP3(rs6920220)、BANK1、ATG5、PTTG1、PXK、FCGR2A、UBE2L3和IRAK1/MECP2。更早的候選基因研究鑒別了MECP2作為SLE的潛在的風(fēng)險(xiǎn)等位基因(Sawalha，A.H.等人，PLoSONE3：e1727(2008))。然而，在現(xiàn)有的數(shù)據(jù)集中，靠近IRAK1的SNP表現(xiàn)出最強(qiáng)的關(guān)聯(lián)性證據(jù)，其中IRAK1是toll樣受體7和9信號(hào)傳導(dǎo)的關(guān)鍵性基因，位于MECP2周圍已鑒別的連鎖不平衡區(qū)域內(nèi)。最近也報(bào)道了相似的發(fā)現(xiàn)(Jacob，C.O.等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA(2009))，還需要其他工作來確定IRAK1/MECP2基因座中的因果等位基因。我們發(fā)現(xiàn)了關(guān)于3個(gè)基因座——TYK2、ICA1和NMNAT2——的關(guān)聯(lián)性的其他證據(jù)，這3個(gè)基因座之前表現(xiàn)出顯著性但沒有全基因組水平的關(guān)聯(lián)性證據(jù)(Harley，J.B.等人，Nat.Genet.40：204-10(2008)；Sigurdsson，S.等人，AmJHumGenet76：528-37(2005))。對(duì)于4個(gè)之前提示的變體——LYN、SCUBE1、TLR5和LY9——在組合的數(shù)據(jù)集值沒有觀察到任何關(guān)聯(lián)性的證據(jù)。為了鑒別新的SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座，我們檢驗(yàn)了共計(jì)3188個(gè)SNP，這些SNP來自在我們的全基因組數(shù)據(jù)集中表現(xiàn)出與SLE的關(guān)聯(lián)性證據(jù)的2446個(gè)不同的基因座(Hom，G.等人，NEnglJMed358，900-9(2008))，所述數(shù)據(jù)集包括了在1310個(gè)SLE病例和擴(kuò)展的7859個(gè)對(duì)照集合中基因分型過的502033個(gè)SNP。使用該數(shù)據(jù)集，用PhaseIIHapMapCEU樣本作為參照，插補(bǔ)了＞2.1M個(gè)變體(參見上文“方法”)，并生成了有序排列的關(guān)聯(lián)性統(tǒng)計(jì)值列表。針對(duì)可能包含在定制的復(fù)制陣列上，來選擇P＜0.05的變體。為了有效地基因分型，鑒別了相關(guān)變體(r2＞0.2)的組，再從每個(gè)最低的p值＜0.001的組中選擇至少2個(gè)SNP。對(duì)于其余的組，將組中具有最低p值的SNP包括在內(nèi)。在復(fù)制樣品中，計(jì)算關(guān)聯(lián)性統(tǒng)計(jì)值(參見“方法”)，并觀察到相對(duì)于預(yù)期的零分布的復(fù)制結(jié)果的顯著富集。排除之前報(bào)道過的SLE風(fēng)險(xiǎn)等位基因，有134個(gè)基因座具有P＜0.05(預(yù)期64，P＝2x10-15)和12個(gè)基因座具有P＜0.001(預(yù)期1，P＝1x10-9)，提示存在真陽性。圖2A-2各自顯示了在由TNIP1(圖2A)、PRDM1(圖2B)、JAZF1(圖2C)、UHRF1BP1(圖2D)和IL-10(圖2E)定義的基因座周圍500kb區(qū)域內(nèi)，相對(duì)于x軸上的基因組位置，y軸上標(biāo)繪的全基因組關(guān)聯(lián)性掃描的關(guān)聯(lián)性結(jié)果。在各個(gè)圖2A-2E中，實(shí)心方塊表示最相關(guān)的標(biāo)記物的meta-分析P值。對(duì)于各個(gè)圖2A-2E，來自基因組掃描的P值被標(biāo)記以表示與全基因組相關(guān)的變體的LD：有點(diǎn)圓圈表示r2＞0.8，虛線圓圈，r2＞0.5；有斑紋圓圈，r2＞0.2；空心圓圈r2＜0.2。沿著圖2A-2E各圖的底部，在每個(gè)圖下面顯示了CEUHapMap中(實(shí)黑線)和已知的人類基因的重組率。在圖2B(PRDM1)中，通過實(shí)心黑圓圈標(biāo)出了在ATG5基因附近的之前報(bào)道過的和獨(dú)立的SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座(rs2245214)。圖2F顯示了在1963個(gè)病例和4329個(gè)對(duì)照復(fù)制樣品中，1256個(gè)獨(dú)立SNP(與陣列中的任何其他SNP的r2＜0.1)的P值直方圖。在零分布下，圖2F中用虛線標(biāo)出了預(yù)期的結(jié)果密度。如圖2F所示，觀察到了小于P＜0.05的結(jié)果的顯著富集。因此，復(fù)制研究鑒別出5個(gè)新的SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座，這5個(gè)基因座具有超過全基因組顯著性閾值的組合P值(P＜5x10-8)：TNIP1、PRDM1、JAZF1、UHRF1BP1和IL10。關(guān)于這些基因座和其他基因座的詳細(xì)統(tǒng)計(jì)學(xué)關(guān)聯(lián)性顯示在下表4中。5q33.1上的變體rs7708392在所有3個(gè)組中與SLE顯著相關(guān)，具有組合P＝3.8x10-13(圖2A)，該變體位于TNF-α誘導(dǎo)蛋白3(TNFAIP3)的相互作用蛋白1(TNIP1)的內(nèi)含子中。最近發(fā)現(xiàn)靠近TNIP1的變體對(duì)牛皮癬的風(fēng)險(xiǎn)有作用(Nair，R.P.等人，NatGenet41：199-204(2009))，然而SLE和牛皮癬變體被21kb分隔，并似乎是不同的遺傳信號(hào)(r2＝0.001)。TNIP1和TNFAIP3是相互作用的蛋白質(zhì)(Heyninck，K.等人，F(xiàn)EBSLett536：135-40(2003))，然而，TNIP1在調(diào)控TNFAIP3中的精確作用尚屬未知?？拷黅NFAIP3的多個(gè)不同變體與SLE(Graham，R.R.等人，Nat.Genet.40(9)：1059-61(2008)，Musone，S.L.等人，Nat.Genet.40(9)：1062-64(2008))、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(Plenge，R.M.等人，NatGenet39：1477-82(2007))、牛皮癬(Nair，R.P.等人，NatGenet41：199-204(2009))和I型糖尿病(Fung，E.Y.等人，GenesImmun10：188-91(2009))的關(guān)聯(lián)性提示，該通路在自身免疫病的調(diào)控中具有重要的作用。第二個(gè)確認(rèn)的風(fēng)險(xiǎn)變體(rs6568431，P＝7.12x10-10)是在具有ZNF結(jié)構(gòu)域的含PR結(jié)構(gòu)域的1(PRDM1，也稱為BLIMP1)和APG5自體吞噬5-樣(ATG5)之間的基因間區(qū)域內(nèi)被鑒定的。rs6568431的信號(hào)似乎不同于之前報(bào)道過的ATG5中的SLE風(fēng)險(xiǎn)等位基因rs2245214(Harley，J.B.等人，NatGenet40：204-10(2008))(參見表4)，因?yàn)閞s6568431與rs2245214具有r2＜0.1，而rs2245214在摻入了rs6568431的條件性邏輯回歸后仍然與SLE顯著相關(guān)(P＜1x10-5)(圖2B)。與另一個(gè)鋅指基因并列的1(JAZF1)的啟動(dòng)子區(qū)是第3個(gè)新確認(rèn)的SLE基因座(rs849142，P＝1.54x10-9)(圖2C)。令人感興趣的是，同一變體之前與2型糖尿病的風(fēng)險(xiǎn)(Zeggini，E.等人，NatGenet40：638-45(2008))和身高差異(Johansson，A.等人，HumMolGenet18：373-80(2009))相關(guān)聯(lián)。靠近JAZF1的分離的前列腺癌等位基因rs10486567(Thomas，G.等人，NatGenet40：310-5(2008))在本研究中沒有表現(xiàn)出任何關(guān)聯(lián)性的證據(jù)。ICBP90結(jié)合蛋白1(UHRFBP1，rs11755393，P＝2.22x10-8)的非同義等位基因(R454Q)定義了SLE中的第4個(gè)新的風(fēng)險(xiǎn)基因座。該等位基因是在UHRF1的假定的結(jié)合伙伴中的非保守性氨基酸改變，UHRF1是與多個(gè)通路相關(guān)的轉(zhuǎn)錄和甲基化因子(Arita，K.等人，Nature455：818-21(2008))。UHRFBP1風(fēng)險(xiǎn)等位基因位于延伸的連鎖不平衡區(qū)域內(nèi)，所述區(qū)域涵蓋了多個(gè)基因，包括小核核糖核蛋白多肽C(SNPRC)，SNPRC是SLE自身抗體經(jīng)常針對(duì)的RNA加工復(fù)合物的一部分。所鑒別的第5個(gè)新型SLE基因座是白介素-10(IL10；rs3024505，P＝3.95x10-8)(圖2E)。IL-10是通過下調(diào)免疫應(yīng)答發(fā)揮功能的重要的免疫調(diào)控細(xì)胞因子(Diveu，C.等人，CurrOpinImmunol20：663-8(2008))，IL-10中的變異與SLE的關(guān)聯(lián)被不一致的報(bào)道過(Nath，S.K.等人，HumGenet118：225-34(2005))。與SLE相關(guān)的變體與目前鑒別為對(duì)潰瘍性結(jié)腸炎(Franke，A.等人，NatGenet40：1319-23(2008))和I型糖尿病(Barrett，J.C.等人，NatureGenetics41：703-707(2009))貢獻(xiàn)風(fēng)險(xiǎn)的SNP相同，提示在這些障礙之間可能有共享的IL10通路的病理生理學(xué)。在組合的復(fù)制樣品中使用P＜1x10-5的顯著性閾值，鑒別了21個(gè)額外的SLE候選風(fēng)險(xiǎn)基因座(表4)。在meta-分析的零分布條件下，預(yù)期少于1個(gè)(0.01)基因座具有P＜1x10-5(P＝8x10-77)，提示這些基因座中的若干個(gè)可能是真陽性的基因座。該列表中令人感興趣的候選基因包括：a)干擾素調(diào)控因子8(IRF8)，其在之前的GWAS中被提示過(Graham，R.R.等人，Nat.Genet.40(9)：1059-61(2008))，并且它的家族成員IRF5和IRF7都落入確認(rèn)的SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座中；b)TAO激酶3(TAOK3)，它是淋巴細(xì)胞中表達(dá)的激酶的錯(cuò)義等位基因(rs428073，N47S)；c)溶酶體運(yùn)輸調(diào)節(jié)因子(LYST)，它的突變導(dǎo)致人類的Chediak-Higashi綜合征，這是特征為淋巴增生性障礙的復(fù)雜疾??；和d)白介素12受體β2(IL12RB2)，該基因座包括了IL23R和SERPBP1，但似乎不同于自身免疫病炎性腸病、牛皮癬和強(qiáng)直性脊柱炎中報(bào)道過的IL23R變體(Duerr，R.H.等人，Science314：1461-3(2006))。目前GWA研究的顯著特征是在不同的復(fù)雜疾病之間共享的大量的重疊基因座(Zhernakova，A.等人，NatRevGenet10：43-55(2009))。我們測(cè)試了來自35個(gè)基因座的42個(gè)變體(表6和7)，所述基因座之前報(bào)道為與SLE相關(guān)的自身免疫病風(fēng)險(xiǎn)等位基因。然而，沒有單一基因座具有未調(diào)節(jié)的P值＜5x10-8，但是發(fā)現(xiàn)了相關(guān)等位基因的富集。從35個(gè)測(cè)試的基因座中(共計(jì)42個(gè)變體)，有5個(gè)等位基因具有未調(diào)節(jié)的P＜0.0004(少于通過機(jī)率預(yù)期的一個(gè)結(jié)果，P＝4.4x10-12)，且在針對(duì)35個(gè)之前說明的基因座進(jìn)行Bonferroni校正后，具有P＜0.05。對(duì)于這5個(gè)變體中的每一個(gè)，SLE相關(guān)的等位基因匹配之前報(bào)道過的等位基因并具有相同的效應(yīng)方向(表6)。觀察到IFIH1的錯(cuò)義等位基因非常顯著的關(guān)聯(lián)性(rs1990760，p＝3.3x10-7)，該等位基因之前與I型糖尿病和Grave’s病相關(guān)(Smyth，D.J.等人，NatGenet38：617-9(2006)；Sutherland，A.等人，JClinEndocrinolMetab92：3338-41(2007))。還觀察到補(bǔ)體因子B(CFB，rs641153)的錯(cuò)義等位基因(R32Q)的關(guān)聯(lián)性，該基因位于III類HLA的區(qū)域中，是經(jīng)過驗(yàn)證的年齡相關(guān)性黃斑變性的風(fēng)險(xiǎn)等位基因(Gold，B.等人，NatGenet38：458-62(2006))。SLE風(fēng)險(xiǎn)等位基因與其他和SLE相關(guān)的HLA區(qū)域變體(DR2/DR3)沒有顯著的連鎖不平衡(LD)，在整合了DR2和DR3的條件性邏輯回歸分析之后仍然是顯著的。HLA是復(fù)雜的遺傳區(qū)，但令人驚訝的是SNPrs641153的等位基因具有與報(bào)道過的AMD風(fēng)險(xiǎn)等位基因(Gold，B.等人，NatGenet38：458-62(2006))幾乎相同的保護(hù)效應(yīng)。指出了5個(gè)候選疾病等位基因的其他研究。此外，表7提供了在其他自身免疫病中鑒別的42個(gè)變體的詳細(xì)的摘要統(tǒng)計(jì)。令人感興趣的是，其他自身免疫病中的顯著風(fēng)險(xiǎn)因子CTLA4、IL23R、NOD2和CD40的變體似乎沒有表現(xiàn)出任何與SLE的關(guān)聯(lián)性證據(jù)。使用26個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)等位基因(21個(gè)之前在表2中報(bào)道過的基因座，和5個(gè)上述新型SLE基因座)，實(shí)施一些額外的分析。用確認(rèn)的基因座進(jìn)行成對(duì)相互作用分析，與之前的SLE(Harley，J.B.等人，NatGenet40：204-10(2008))和其他復(fù)雜疾病(Barrett，J.C.等人，NatGenet40：955-62(2008))的文獻(xiàn)一致，沒有觀察到任何非累加相互作用的證據(jù)。使用條件性邏輯回歸分析，沒有發(fā)現(xiàn)多個(gè)獨(dú)立的等位基因?qū)θ魏螁蝹€(gè)風(fēng)險(xiǎn)基因座的風(fēng)險(xiǎn)起作用的任何證據(jù)。之后，使用Barrett等人描述的方法(Barrett，J.C.等人，NatGenet40：955-62(2008))，由每個(gè)確認(rèn)的SLE風(fēng)險(xiǎn)等位基因估算了方差解釋的百分比。HLA-DR3、IRF5和STAT4各自被評(píng)估占＞1％的遺傳方差，而其余的基因座分別占小于1％的方差?？偠灾@26個(gè)SLE風(fēng)險(xiǎn)基因座解釋了約8％的SLE總遺傳易感性。靶向復(fù)制GWAS結(jié)果是驗(yàn)證其他風(fēng)險(xiǎn)基因座的有效研究設(shè)計(jì)(Hirschhorn，J.N.等人，NatRevGenet6：95-108(2005))。然而，對(duì)于缺少可接受的對(duì)于全基因組顯著性的可接受的P值標(biāo)準(zhǔn)的復(fù)制結(jié)果的概率，只有極少數(shù)可利用的數(shù)據(jù)。在本研究中，復(fù)制囊括了來自原始GWAS研究的所有P＜0.05的變體。如圖3所示，GWAS研究中的P值越低，在復(fù)制meta-分析中獲得候選物或驗(yàn)證狀態(tài)的可能性越高。令人感興趣的是，在GWASP在0.05和0.01之間的變體組的現(xiàn)有研究中，沒有獲得任何候選物或驗(yàn)證的結(jié)果，盡管所述組占復(fù)制中測(cè)試的所有變體的～50％。這些結(jié)果可用于指導(dǎo)其他的靶向研究設(shè)計(jì)，雖然的確在計(jì)劃復(fù)制工作中還需要仔細(xì)考慮原始GWAS群體的大小、復(fù)制樣品大小、疾病結(jié)構(gòu)和候選變體的效應(yīng)量。這些數(shù)據(jù)進(jìn)一步提供了證據(jù)，證明在對(duì)于免疫系統(tǒng)的繼發(fā)性和先天性防御功能重要的基因中的共同變異，對(duì)于確立出現(xiàn)SLE的風(fēng)險(xiǎn)是重要的。盡管每個(gè)鑒別的等位基因僅對(duì)整體遺傳風(fēng)險(xiǎn)的一部分負(fù)責(zé)，這些和其他正在進(jìn)行的研究為狼瘡的發(fā)病機(jī)制提供了新的視角，為藥物發(fā)現(xiàn)和研發(fā)提示了新的靶和通路。實(shí)施例2對(duì)BLK的因果等位基因的重新測(cè)序和鑒別如上所述，BLK被鑒別為達(dá)到全基因組顯著性(P＜5x10-8)的與SLE相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)基因座。為了進(jìn)一步表征該關(guān)聯(lián)性的遺傳基礎(chǔ)和鑒別因果等位基因，我們對(duì)BLK基因座進(jìn)行重新測(cè)序研究和下文所述的報(bào)告基因表達(dá)測(cè)定。對(duì)于重新測(cè)序研究，對(duì)DNA中的BLK基因座的所有13個(gè)外顯子和2.5kb上游啟動(dòng)子序列重新測(cè)序，所述DNA分離自由NIH/NIAMS資助的資源庫——自身免疫病生物標(biāo)記物合作網(wǎng)絡(luò)(ABCoN)的192名患者(Bauer等人，PLoSmedicine3(12)：e491(2006))，和紐約癌癥項(xiàng)目(NYCP)的96名對(duì)照個(gè)體(Mitchell等人，J.UrbanHealth81：301-10(2004))?；蚪MDNA是在測(cè)序前根據(jù)生產(chǎn)商的規(guī)程擴(kuò)增的全基因組(Qiagen，Valencia，CA.，貨號(hào)150045)。重新測(cè)序的結(jié)果顯示，在BLK基因的編碼區(qū)發(fā)現(xiàn)了17個(gè)突變(10個(gè)非同義的，7個(gè)同義的)(表8)。這些突變無一在病例中表現(xiàn)出比對(duì)照顯著更高的頻率。非同義突變的整體頻率在病例(14/191)中沒有顯著高于對(duì)照(7/96)。此外，在BLK的非編碼區(qū)鑒別出多個(gè)常見突變(顯示在表9中)。三個(gè)SNP(rs4840568、rs1382568[三等位的SNP(A/C/G)；C等位基因之前被鑒別為風(fēng)險(xiǎn)等位基因]和rs922483(SEQIDNO：13))表現(xiàn)出與之前GWAS中鑒別的基因座(Hom等人，NEnglJMed358：900-09(2008))的r2＞0.5的關(guān)聯(lián)性(rs13277113，比值比，1.39，P＝1x10-10)。圖4顯示了使用Haploview(軟件可自URLwww.broadinstitute.org/haploview/haploview免費(fèi)獲得；參見BarrettJ.C.等人，Bioinformatics21：263-65(2005))生成的、在BLK的啟動(dòng)子區(qū)域中的連鎖不平衡(LD)塊(block)(以r2顯示)。圖的上部顯示了BLK啟動(dòng)子區(qū)的示意圖，標(biāo)出了所鑒別的SNP的相對(duì)位置。所列舉的SNP之間的r2值顯示在框中。兩個(gè)SNP之間的LD強(qiáng)度用r2值表示，提供在每個(gè)框中。在圖的上部用黑粗體標(biāo)出了從GWAS鑒別的基因座(rs13277113)和重新測(cè)序鑒別的三個(gè)SNP(rs4840568、rs1382568和rs922483(SEQIDNO：13))。該重新測(cè)序研究沒有揭示BLK編碼區(qū)中的任何常見變異。然而，鑒別出啟動(dòng)子區(qū)的三個(gè)常見變體(rs4840568、rs1382568和rs922483(SEQIDNO：13))作為BLK與增加的SLE風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)聯(lián)的生物學(xué)效應(yīng)的一個(gè)或多個(gè)潛在因果等位基因。將每個(gè)這類變異用于下文詳述的熒光素酶報(bào)告基因測(cè)定，進(jìn)一步表征所述關(guān)聯(lián)性。表8.BLK編碼區(qū)中的突變表9.BLK非編碼區(qū)中的常見變異(′rs922483′公開為SEQIDNO：13)實(shí)施熒光素酶報(bào)告基因測(cè)定，研究三個(gè)SNP——rs4840568、rs1382568和rs922483(SEQIDNO：13)對(duì)BLK介導(dǎo)的基因表達(dá)的作用。使用攜帶風(fēng)險(xiǎn)或無風(fēng)險(xiǎn)的單元型的個(gè)體的基因組DNA擴(kuò)增BLK的上游序列(-2256至+55bp)。將每個(gè)PCR產(chǎn)物克隆到pCR2.1-TOPO載體(Invitrogen，Carlsbad，CA；貨號(hào)K4500-01)中，然后亞克隆到pGL4熒光素酶報(bào)告基因載體(Promega，Madison，WI；貨號(hào)E6651)中。使用攜帶無風(fēng)險(xiǎn)單元型的構(gòu)建體作為模板用于誘變(Stratagene，LaJolla，CA；貨號(hào)10519-5)，產(chǎn)生各種單元型。用于PCR擴(kuò)增的引物如下：正向：CCACCTCTCTTCCGCCTTTCTCAT(SEQIDNO.：1)；反向：TTTCATGGCTTGTGGCTTTCTGCC(SEQIDNO.：2)。用于誘變的引物列舉在下表10中。表10.誘變引物列表使用Renilla熒光素酶對(duì)照?qǐng)?bào)告子載體pRL-TK(Promega，Madison，WI；貨號(hào)E2241)進(jìn)行歸一化。將細(xì)胞系BJAB(具有B細(xì)胞特征的持續(xù)淋巴樣細(xì)胞系(骨髓來源的)，缺少Epstein-Barr病毒基因組，來自三個(gè)人的淋巴瘤；Klein等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA71：3283-86(1974))或Daudi細(xì)胞系(美國典型培養(yǎng)物收藏中心(ATCC)貨號(hào)CCL-213)用于轉(zhuǎn)染。對(duì)于每次轉(zhuǎn)染，使用裝置(Lonza，WalkersvilleInc.，Walkersville，MD(LonzaGroupLtd.，Switzerland)；貨號(hào)AAD-1001)，用5μg的每種載體DNA轉(zhuǎn)染5x106細(xì)胞。Daudi細(xì)胞使用細(xì)胞系試劑盒L(Lonza，貨號(hào)VCA-1005)和裝置程序A-030。BJAB細(xì)胞使用細(xì)胞系試劑盒V(Lonza，貨號(hào)VCA-1005)和裝置程序T-020。所有的轉(zhuǎn)染都重復(fù)兩次或重復(fù)三次的進(jìn)行。轉(zhuǎn)染后，細(xì)胞在37℃孵育16小時(shí)。在孵育后，收獲細(xì)胞，根據(jù)生產(chǎn)商的說明使用報(bào)告子測(cè)定體系(Promega，Madison，WI；貨號(hào)E1960)測(cè)量熒光素酶活性。在上述熒光素酶報(bào)告子測(cè)定體系中測(cè)量的每種SNP：rs4840568、rs1382568和rs922483(SEQIDNO：13)對(duì)BLK介導(dǎo)的基因表達(dá)的作用顯示在圖5中。將誘變產(chǎn)生的不同單元型與無風(fēng)險(xiǎn)的(野生型)單元型22-GAC(圖5A-F各個(gè)中的空心條)和風(fēng)險(xiǎn)的單元型22-ACT(圖5A-F各個(gè)中的陰影條)比較。圖5A和5B顯示了SNPrs922483(C＞T)(SEQIDNO：13)在BJAB(圖5A)和Daudi細(xì)胞(圖5B)中都導(dǎo)致對(duì)BLK介導(dǎo)的基因表達(dá)的顯著作用。與無風(fēng)險(xiǎn)的單元型22-GAC(空心條)相比，單元型22-ACT在兩種細(xì)胞系中都表現(xiàn)出轉(zhuǎn)錄活性降低幾乎50％。含T等位基因的單元型持續(xù)表現(xiàn)出比含C等位基因的單元型更低的活性。在BJAB細(xì)胞中進(jìn)行了5次獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)，在Daudi細(xì)胞中進(jìn)行了6次獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)。顯示的數(shù)據(jù)表示重復(fù)三次的測(cè)定中的平均值+/-平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差(s.e.m.)；＊p＜0.05、＊＊p＜0.01、＊＊＊p＜0.001(t檢驗(yàn))。圖5C和5D顯示了SNPrs1382568(A＞C/G＞C)在每種細(xì)胞系中都沒有導(dǎo)致對(duì)BLK介導(dǎo)的表達(dá)的任何顯著作用。與無風(fēng)險(xiǎn)的單元型22-GAC(空心條)相比，兩種單元型22-GCC和22-GGC(有點(diǎn)的條)都表現(xiàn)出相似水平的熒光素酶活性。在BJAB細(xì)胞中進(jìn)行了5次獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)，在Daudi細(xì)胞中進(jìn)行了6次獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)。顯示的數(shù)據(jù)表示重復(fù)三次的測(cè)定中的平均值+/-s.e.m.；＊p＜0.05、＊＊p＜0.01、＊＊＊p＜0.001、ns＝不顯著(t檢驗(yàn))。圖5E和5F顯示了SNPrs4840568(G＞A)在BJAB細(xì)胞或Daudi細(xì)胞中都沒有導(dǎo)致對(duì)BLK介導(dǎo)的表達(dá)的顯著作用。在BJAB細(xì)胞中，單元型22-AAC(有點(diǎn)的條)與無風(fēng)險(xiǎn)的單元型22-GAC(空心條)之間的差異沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性(圖5E)，但在Daudi細(xì)胞中是統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的(圖5F)。考慮到單元型22-ACC(有點(diǎn)的條)相比無風(fēng)險(xiǎn)的單元型22-GAC(空心條)沒有表現(xiàn)出任何熒光素酶活性的缺陷，A等位基因成為因果等位基因的可能性極大的降低(圖5F)。顯示的數(shù)據(jù)表示重復(fù)三次的測(cè)定中的平均值+/-s.e.m.；＊p＜0.05、＊＊p＜0.01、＊＊＊p＜0.001、ns＝不顯著(t檢驗(yàn))。之前顯示了在BLK啟動(dòng)子上游區(qū)域中的(GT)重復(fù)可以作為BLK基因表達(dá)的增強(qiáng)子發(fā)揮作用(Lin等人，JBiolChem270：25968(1995))。因此，我們還測(cè)試了(GT)重復(fù)的長度是否可以影響B(tài)LK啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄活性。為了實(shí)施這些實(shí)驗(yàn)，使用上述對(duì)策，選擇來自同時(shí)攜帶了18(GT)重復(fù)(SEQIDNO：14)或22(GT)重復(fù)(SEQIDNO：15)的個(gè)體的基因組DNA樣品進(jìn)行克隆。測(cè)序五個(gè)載體，驗(yàn)證它們含有正確長度的(GT)重復(fù)。如圖6所示，在熒光素酶報(bào)告子測(cè)定中，含18(GT)重復(fù)(SEQIDNO：14)的單元型表現(xiàn)出與含22(GT)重復(fù)(SEQIDNO：15)的單元型相似的轉(zhuǎn)錄活性水平。顯示的數(shù)據(jù)表示重復(fù)兩次的測(cè)定中的平均值+/-s.e.m.；ns＝不顯著(t檢驗(yàn))?？偠灾?，BLK重新測(cè)序工作的這些結(jié)果和熒光素酶報(bào)告基因測(cè)定的結(jié)果表示SNPrs922483(C＞T)(SEQIDNO：13)是導(dǎo)致減少的BLK轉(zhuǎn)錄的因果等位基因，所述BLK轉(zhuǎn)錄減少的生物學(xué)效應(yīng)是與增加的SLE風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的。此外，結(jié)果顯示，rs922483的T等位基因(SEQIDNO：13)使BLK介導(dǎo)的基因表達(dá)水平降低了50％。令人感興趣的是，注意到rs922483(SEQIDNO：13)位于BLK的第一外顯子的進(jìn)化保守區(qū)域中，在可能的人轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)中。人Inr基序的共同序列鑒別為YYANWYY(IUPAC核苷酸代碼)。Juven-Gershon等人，Dev.Biol.339：225-229(2010)。在SNPrs922483(SEQIDNO：13)中，Inr區(qū)中的第二個(gè)堿基相對(duì)于共同基序被改變。因此，SLE風(fēng)險(xiǎn)單元型Inr序列是CTACCTC，而“野生型”單元型Inr序列是CCACCTC。提示修飾保守的Inr基序中的第二個(gè)堿基可能改變了TFIID轉(zhuǎn)錄復(fù)合物的親和力，導(dǎo)致所觀察到的上述轉(zhuǎn)錄中的差異。