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用于檢測免疫測定中的分析物的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法與流程

文檔序號:40442225發(fā)布日期:2024-12-24 15:16閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種用于檢測免疫測定中的一個(gè)或多個(gè)分析物的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,所述方法包括:

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中應(yīng)用所述機(jī)器學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)還包括:

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法,所述方法還包括:

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法,其中所述統(tǒng)計(jì)模型包括以下中的至少一者:成本函數(shù)、邏輯回歸模型、多元回歸模型和隨機(jī)梯度模型。

5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法,其中所述變量包括以下中的一者或多者:分析物豐度、分析物的來源、分析物穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)、抗原、分析物大小、蛋白質(zhì)來源、細(xì)胞系、組織類型、檢測敏感性、負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)豐度、抗體效應(yīng)、膜效應(yīng)、阻斷效應(yīng)、提取效應(yīng)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、膜類型、分析物豐度,抗體結(jié)合變化、抗體克隆性、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、檢測標(biāo)記、酶、檢測多重性或檢測敏感性、預(yù)制凝膠類型、轉(zhuǎn)移到的膜類型、轉(zhuǎn)移方法、轉(zhuǎn)移緩沖液、洗滌方案或洗滌緩沖液。

6.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法,所述方法還包括:

7.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法,其中所述目標(biāo)參數(shù)包括以下中的至少一者:分析物的來源、細(xì)胞系、裂解物和凝膠類型。

8.根據(jù)權(quán)利要求1至7中任一項(xiàng)所述的方法,其中免疫測定參考數(shù)據(jù)包括以下中的至少一者:蛋白質(zhì)印跡數(shù)據(jù)、多重蛋白質(zhì)印跡捕獲、定量數(shù)據(jù)、任選地表示分析物的相對豐度的所述定量數(shù)據(jù)、定量數(shù)據(jù)、任選地表示蛋白質(zhì)的相對豐度的所述定量數(shù)據(jù)、分類數(shù)據(jù)、分析物檢測數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)檢測數(shù)據(jù)和免疫細(xì)胞術(shù)數(shù)據(jù)。

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法,其中所述定量數(shù)據(jù)包括分析物豐度估值。

10.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法,其中所述免疫細(xì)胞術(shù)數(shù)據(jù)包括分析物定位數(shù)據(jù)或分析物強(qiáng)度數(shù)據(jù)中的至少一者。

11.根據(jù)權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述分析物是半抗原、激素、核酸、肽、經(jīng)修飾的肽或前述分析物中的任何一個(gè)分析物的經(jīng)修飾的形式中的至少一者。

12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法,其中所述經(jīng)修飾的肽由甲基化和乙酰化中的至少一者形成。

13.根據(jù)權(quán)利要求1至12中任一項(xiàng)所述的方法,其中所確定或所輸出的免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:細(xì)胞系、分析物負(fù)載范圍、目標(biāo)蛋白質(zhì)、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、抗體類型、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度范圍、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測試劑、檢測多重性、檢測敏感性、所述分析物中的至少一個(gè)分析物的所述負(fù)載濃度的目標(biāo)范圍是樣品和/或緩沖液和/或混合物中包含的所述分析物的負(fù)載濃度、克隆性、抗體類型、所述檢測試劑、免疫測定性能預(yù)測、推薦的蛋白質(zhì)來源、最佳細(xì)胞系、細(xì)胞來源、抗體克隆性、檢測技術(shù)、克隆性推薦、抗體推薦、分析物推薦、分析物的來源推薦、凝膠類型推薦的檢測試劑、抗體類型、抗體負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)裂解物濃度、目標(biāo)蛋白質(zhì)來源、分析物質(zhì)量、轉(zhuǎn)移條件、驗(yàn)證標(biāo)志和預(yù)測的分析物位置。

14.根據(jù)權(quán)利要求13所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集包括克隆性推薦,并且所述克隆性推薦包括單克隆分析物推薦或多克隆分析物推薦中的至少一者。

15.根據(jù)權(quán)利要求13所述的方法,其中所述檢測技術(shù)應(yīng)用以下中的至少一者:化學(xué)發(fā)光、熒光、酶和比色分析。

16.根據(jù)權(quán)利要求1至15中任一項(xiàng)所述的方法,其中,所述機(jī)器學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)包括回歸模型、基于決策樹的訓(xùn)練模型和隨機(jī)梯度下降模型中的至少一者。

17.根據(jù)權(quán)利要求1至16中任一項(xiàng)所述的方法,其中實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括以下中的一者或多者:分析物類型、蛋白質(zhì)類型、細(xì)胞系、檢測試劑、抗體濃度、底物、底物敏感性、檢測敏感性、裂解物濃度、細(xì)胞系、一組蛋白質(zhì)、抗體結(jié)合變化、阻斷數(shù)據(jù)、細(xì)胞裂解物制備數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、凝膠參數(shù)、分析物質(zhì)量范圍、蛋白質(zhì)質(zhì)量范圍、細(xì)胞系、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)同種型、蛋白質(zhì)或轉(zhuǎn)譯后經(jīng)修飾的蛋白質(zhì)的片段、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測多重性或檢測敏感性。

18.根據(jù)權(quán)利要求17所述的方法,其中所述檢測數(shù)據(jù)包括化學(xué)檢測數(shù)據(jù)、生化檢測數(shù)據(jù)、基于序列的檢測、基于擴(kuò)增的檢測和/或熒光檢測數(shù)據(jù)。

19.根據(jù)權(quán)利要求1至18中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括分析物的來源、一組蛋白質(zhì)和細(xì)胞系。

20.根據(jù)權(quán)利要求1至19中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括經(jīng)由用戶界面接收的一組限制,并且所述免疫測定參數(shù)集包括所述一組限制的輸出值。

21.根據(jù)權(quán)利要求1至20中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括來自多個(gè)測定的數(shù)據(jù)。

22.根據(jù)權(quán)利要求1至21中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括至少一個(gè)檢測蛋白質(zhì)或目標(biāo)分析物,并且所述免疫測定參數(shù)集包括至少一個(gè)檢測蛋白質(zhì)或目標(biāo)分析物的負(fù)載推薦輸出。

23.根據(jù)權(quán)利要求1至22中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括經(jīng)由用戶界面接收的一組蛋白質(zhì)和一組限制,并且所述目標(biāo)參數(shù)識別所述一組限制中的至少一個(gè)限制的目標(biāo)值。

24.根據(jù)權(quán)利要求23所述的方法,其中所述一組限制包括以下中的至少一者:可用裂解物、細(xì)胞系、組織類型、檢測技術(shù)和抗體克隆性。

25.根據(jù)權(quán)利要求1至24中任一項(xiàng)所述的方法,所述方法還包括從指示實(shí)驗(yàn)免疫測定數(shù)據(jù)的圖像中提取免疫測定訓(xùn)練和參考數(shù)據(jù)。

26.根據(jù)權(quán)利要求1至25中任一項(xiàng)所述的方法,所述方法還包括:

27.根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法,其中所述目標(biāo)參數(shù)涉及以下中的至少一者:蛋白質(zhì)印跡應(yīng)用、免疫印跡方法、轉(zhuǎn)移方法和蛋白質(zhì)凝膠類型。

28.根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法,其中所述故障排除解決方案識別分析物的來源、抗體和稀釋度檢測信息中的一者或多者。

29.一種用于在免疫測定中檢測一個(gè)或多個(gè)分析物的系統(tǒng),所述系統(tǒng)包括:

30.根據(jù)權(quán)利要求29所述的系統(tǒng),其中所述至少一個(gè)存儲器存儲指令,

31.根據(jù)權(quán)利要求30所述的系統(tǒng),其中所述至少一個(gè)存儲器存儲指令,

32.根據(jù)權(quán)利要求29至31中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng),其中所述免疫測定參考數(shù)據(jù)包括來自多個(gè)實(shí)驗(yàn)的分析物檢測數(shù)據(jù),所述分析物檢測數(shù)據(jù)包括各個(gè)負(fù)載濃度、各個(gè)檢測試劑和各個(gè)抗體親和性中的一者或多者。

33.根據(jù)權(quán)利要求29至32中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng),其中所述免疫測定參數(shù)集包括樣品、緩沖液、混合物和/或溶液中包含的所述分析物以及所述檢測試劑中的至少一者的所述負(fù)載濃度的目標(biāo)范圍。

34.根據(jù)權(quán)利要求29至33中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng),其中所述免疫測定參數(shù)集還包括以下中的至少一者:免疫測定性能預(yù)測、推薦的分析物、推薦的檢測試劑、抗體濃度、蛋白質(zhì)裂解物濃度、抗體類型、目標(biāo)細(xì)胞系、目標(biāo)蛋白質(zhì)來源、分析物質(zhì)量、轉(zhuǎn)移條件、驗(yàn)證標(biāo)志和預(yù)測的分析物位置。

35.根據(jù)權(quán)利要求29至34中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng),其中所述機(jī)器學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用回歸模型、決策樹和隨機(jī)梯度下降模型中的至少一者。

36.根據(jù)權(quán)利要求29至35中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng),其中實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括以下中的一者或多者:蛋白質(zhì)、克隆性、細(xì)胞系、檢測試劑、抗體濃度、底物、底物敏感性、檢測敏感性、裂解物濃度、細(xì)胞系,一組蛋白質(zhì)和抗體結(jié)合變化。

37.根據(jù)權(quán)利要求29至36中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng),其中所述指令進(jìn)一步使得所述計(jì)算裝置從表示實(shí)驗(yàn)免疫測定數(shù)據(jù)的圖像中提取免疫測定參考數(shù)據(jù)。

38.根據(jù)權(quán)利要求29至37中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng),其中所述系統(tǒng)還包括用戶界面,并且所述用戶界面包括以下中的至少一者:儀器控制臺、網(wǎng)絡(luò)工具、圖形用戶界面和計(jì)算裝置上的顯示器。

39.一種用于存儲指令的非暫態(tài)算機(jī)可讀介質(zhì),所述指令在由一個(gè)或多個(gè)處理器執(zhí)行時(shí)使得裝置執(zhí)行根據(jù)權(quán)利要求1至30中任一項(xiàng)所述的方法。

40.一種裝置,所述裝置包括:一個(gè)或多個(gè)處理器;和存儲器,所述存儲器存儲指令,所述指令在由所述一個(gè)或多個(gè)處理器執(zhí)行時(shí)使得所述裝置執(zhí)行根據(jù)權(quán)利要求1至39中任一項(xiàng)所述的方法。

41.一種用于操作免疫測定儀器支持裝置的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,所述方法包括:

42.根據(jù)權(quán)利要求41所述的方法,其中所述問題是分析物檢測問題或免疫測定參考數(shù)據(jù)提取問題中的至少一者。

43.根據(jù)權(quán)利要求42所述的方法,其中所述問題涉及從指示實(shí)驗(yàn)免疫測定數(shù)據(jù)的圖像中提取免疫測定參考數(shù)據(jù)。

44.根據(jù)權(quán)利要求41至43中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集提供以下中的至少一者:來自細(xì)胞系來源的蛋白質(zhì)裂解物、裂解物類型、用于目標(biāo)檢測的抗體稀釋度范圍、基于克隆性和宿主主鏈類型的抗體稀釋度、檢測試劑類型、檢測技術(shù)類型和確保線性的目標(biāo)檢測技術(shù)。

45.根據(jù)權(quán)利要求41至44中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括以下中的至少一者:分析物類型、蛋白質(zhì)類型、抗體克隆性、細(xì)胞系、檢測試劑、抗體濃度、底物、底物敏感性、檢測敏感性、裂解物濃度、細(xì)胞系,一組蛋白質(zhì)、抗體結(jié)合變化、阻斷數(shù)據(jù)、細(xì)胞裂解物制備數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、凝膠參數(shù)、分析物質(zhì)量范圍和蛋白質(zhì)質(zhì)量范圍。

46.根據(jù)權(quán)利要求41至45中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括以下中的一者或多者:半抗原、激素、經(jīng)修飾的核酸、肽、蛋白質(zhì)、抗原、分析物大小、蛋白質(zhì)來源、細(xì)胞系、組織類型、檢測敏感性、負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)豐度、抗體效應(yīng)、膜效應(yīng)、阻斷效應(yīng)、提取效應(yīng)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、膜類型、分析物豐度、抗體結(jié)合變化、抗體克隆性、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、檢測標(biāo)記、酶、檢測多重性或檢測敏感性。

47.根據(jù)權(quán)利要求41至46中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括經(jīng)由用戶界面接收的一組變量,所述問題涉及檢測,并且所述免疫測定參數(shù)集包括所述一組變量的推薦值。

48.根據(jù)權(quán)利要求41至47中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:細(xì)胞系、分析物負(fù)載范圍、目標(biāo)蛋白質(zhì)、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、抗體類型、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度范圍、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測試劑、檢測多重性或檢測敏感性。

49.根據(jù)權(quán)利要求41至48中任一項(xiàng)所述的方法,其中免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:樣品、或緩沖液、或溶液和/或混合物中包含的所述分析物中的至少一個(gè)分析物中的負(fù)載濃度的目標(biāo)范圍、抗體類型、所述檢測試劑、免疫測定性能預(yù)測、推薦的蛋白質(zhì)來源、最佳細(xì)胞系、細(xì)胞來源、抗體克隆性、檢測技術(shù)、克隆性推薦、抗體推薦、分析物推薦、分析物的來源推薦、推薦的檢測試劑、抗體類型,抗體負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)裂解物濃度、目標(biāo)蛋白質(zhì)來源、分析物質(zhì)量、轉(zhuǎn)移條件、驗(yàn)證標(biāo)志和預(yù)測的分析物位置。

50.根據(jù)權(quán)利要求41至49中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述機(jī)器學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用回歸模型、基于決策樹的訓(xùn)練模型和隨機(jī)梯度下降模型中的至少一者。

51.一種用于操作免疫測定儀器支持裝置的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,所述方法包括:

52.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法,其中所述一組實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)表示實(shí)驗(yàn)方法。

53.根據(jù)權(quán)利要求51至52中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)方法為蛋白質(zhì)印跡方法、免疫印跡方法、轉(zhuǎn)移方法和利用蛋白質(zhì)凝膠的方法。

54.根據(jù)權(quán)利要求51至53中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述至少一個(gè)目標(biāo)變量包括以下中的一者或多者:分析物類型、蛋白質(zhì)類型、抗體克隆性、細(xì)胞系、檢測試劑、抗體濃度、底物、底物敏感性、檢測敏感性、裂解物濃度、細(xì)胞系、一組蛋白質(zhì)、抗體結(jié)合變化、阻斷數(shù)據(jù)、細(xì)胞裂解物制備數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、凝膠參數(shù)、分析物質(zhì)量范圍和蛋白質(zhì)質(zhì)量范圍。

55.根據(jù)權(quán)利要求51至54中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述至少一個(gè)目標(biāo)變量包括以下中的一者或多者:半抗原、激素、經(jīng)修飾的核酸、肽、蛋白質(zhì)、抗原、分析物大小、蛋白質(zhì)來源、細(xì)胞系、組織類型、檢測敏感性、負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)豐度、抗體效應(yīng)、膜效應(yīng)、阻斷效應(yīng)、提取效應(yīng)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、膜類型、分析物豐度、抗體結(jié)合變化、抗體克隆性、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、檢測標(biāo)記、酶、檢測多重性或檢測敏感性。

56.根據(jù)權(quán)利要求51至55中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:細(xì)胞系、分析物負(fù)載范圍、目標(biāo)蛋白質(zhì)、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、抗體類型、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度范圍、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測試劑、檢測多重性或檢測敏感性。

57.根據(jù)權(quán)利要求51至56中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:樣品、或緩沖液、溶液和/或混合物中包含的所述分析物中的至少一個(gè)分析物的負(fù)載濃度的目標(biāo)范圍、抗體類型、所述檢測試劑、免疫測定性能預(yù)測、推薦的蛋白質(zhì)來源、最佳細(xì)胞系、細(xì)胞來源、抗體克隆性、檢測技術(shù)、克隆性推薦、抗體推薦、分析物推薦、分析物的來源推薦、推薦的檢測試劑、抗體類型,抗體負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)裂解物濃度、目標(biāo)蛋白質(zhì)來源、分析物質(zhì)量、轉(zhuǎn)移條件、驗(yàn)證標(biāo)志和預(yù)測的分析物位置。

58.根據(jù)權(quán)利要求51至57中任一項(xiàng)所述的方法,其中,所述機(jī)器學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用回歸模型、基于決策樹的訓(xùn)練模型和隨機(jī)梯度下降模型中的至少一者。

59.一種用于操作用于免疫印跡的免疫測定儀器支持裝置的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,所述方法包括:

60.根據(jù)權(quán)利要求59所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:細(xì)胞系、分析物負(fù)載范圍、目標(biāo)蛋白質(zhì)、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、抗體類型、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度范圍、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測試劑、檢測多重性、檢測敏感性、所述分析物中的至少一個(gè)分析物的負(fù)載濃度的目標(biāo)范圍、克隆性、抗體類型、所述檢測試劑,免疫測定性能預(yù)測、推薦的蛋白質(zhì)來源、最佳細(xì)胞系、細(xì)胞來源、抗體克隆性、檢測技術(shù)、克隆性推薦、抗體推薦、分析物推薦、分析物的來源推薦、凝膠類型推薦的檢測試劑,抗體類型,抗體負(fù)載濃度,蛋白質(zhì)裂解物濃度、目標(biāo)蛋白質(zhì)來源、分析物質(zhì)量、轉(zhuǎn)移條件、驗(yàn)證標(biāo)志和預(yù)測的分析物位置。

61.根據(jù)權(quán)利要求59至60中任一項(xiàng)所述的方法,其中實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括以下中的一者或多者:分析物類型、蛋白質(zhì)類型、細(xì)胞系、檢測試劑、抗體濃度、底物、底物敏感性、檢測敏感性、裂解物濃度、細(xì)胞系、一組蛋白質(zhì)、抗體結(jié)合變化、阻斷數(shù)據(jù)、細(xì)胞裂解物制備數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、凝膠參數(shù)、分析物質(zhì)量范圍、蛋白質(zhì)質(zhì)量范圍、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)同種型、蛋白質(zhì)或轉(zhuǎn)譯后經(jīng)修飾的蛋白質(zhì)的片段、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測多重性或檢測敏感性。

62.一種用于操作免疫測定儀器支持裝置的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,所述方法包括:

63.根據(jù)權(quán)利要求62所述的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,其中所述免疫測定是基于珠粒的免疫測定。

64.根據(jù)權(quán)利要求63所述的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,其中所述基于珠粒的免疫測定是多重測定、利用面板的基于珠粒的免疫測定或利用活化面元構(gòu)建劑的基于珠粒的免疫測定。

65.根據(jù)權(quán)利要求62至64中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:細(xì)胞系、分析物負(fù)載范圍、目標(biāo)蛋白質(zhì)、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、抗體類型、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度范圍、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測試劑、檢測多重性、檢測敏感性、樣品中包含的所述分析物中的至少一個(gè)分析物的負(fù)載濃度的目標(biāo)范圍、克隆性、抗體類型、所述檢測試劑,免疫測定性能預(yù)測、推薦的蛋白質(zhì)來源、最佳細(xì)胞系、細(xì)胞來源、抗體克隆性、檢測技術(shù)、克隆性推薦、抗體推薦、分析物推薦、分析物的來源推薦、凝膠類型推薦的檢測試劑,抗體類型,抗體負(fù)載濃度,蛋白質(zhì)裂解物濃度、目標(biāo)蛋白質(zhì)來源、分析物質(zhì)量、轉(zhuǎn)移條件、驗(yàn)證標(biāo)志和預(yù)測的分析物位置。

66.根據(jù)權(quán)利要求62至65中任一項(xiàng)所述的方法,其中實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括以下中的一者或多者:分析物類型、蛋白質(zhì)類型、細(xì)胞系、檢測試劑、抗體濃度、底物、底物敏感性、檢測敏感性、裂解物濃度、細(xì)胞系、一組蛋白質(zhì)、抗體結(jié)合變化、阻斷數(shù)據(jù)、細(xì)胞裂解物制備數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、凝膠參數(shù)、分析物質(zhì)量范圍、蛋白質(zhì)質(zhì)量范圍、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)同種型、蛋白質(zhì)或轉(zhuǎn)譯后經(jīng)修飾的蛋白質(zhì)的片段、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測多重性或檢測敏感性。

67.一種用于操作免疫測定儀器支持裝置的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,所述方法包括:

68.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:細(xì)胞系、分析物負(fù)載范圍、目標(biāo)蛋白質(zhì)、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、抗體類型、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度范圍、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測試劑、檢測多重性、檢測敏感性、樣品中包含的所述分析物中的至少一個(gè)分析物的負(fù)載濃度的目標(biāo)范圍、克隆性、抗體類型、所述檢測試劑,免疫測定性能預(yù)測、推薦的蛋白質(zhì)來源、最佳細(xì)胞系、細(xì)胞來源、抗體克隆性、檢測技術(shù)、克隆性推薦、抗體推薦、分析物推薦、分析物的來源推薦、凝膠類型推薦的檢測試劑,抗體類型,抗體負(fù)載濃度,蛋白質(zhì)裂解物濃度、目標(biāo)蛋白質(zhì)來源、分析物質(zhì)量、轉(zhuǎn)移條件、驗(yàn)證標(biāo)志和預(yù)測的分析物位置。

69.根據(jù)權(quán)利要求67至68中任一項(xiàng)所述的方法,其中實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括以下中的一者或多者:分析物類型、蛋白質(zhì)類型、細(xì)胞系、檢測試劑、抗體濃度、底物、底物敏感性、檢測敏感性、裂解物濃度、細(xì)胞系、一組蛋白質(zhì)、抗體結(jié)合變化、阻斷數(shù)據(jù)、細(xì)胞裂解物制備數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、凝膠參數(shù)、分析物質(zhì)量范圍、蛋白質(zhì)質(zhì)量范圍、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)同種型、蛋白質(zhì)或轉(zhuǎn)譯后經(jīng)修飾的蛋白質(zhì)的片段、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測多重性或檢測敏感性。

70.一種用于操作免疫測定儀器支持裝置以進(jìn)行基于流的免疫測定的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,所述方法包括:

71.根據(jù)權(quán)利要求70所述的方法,其中所述基于流的免疫測定是側(cè)流免疫測定法。

72.根據(jù)權(quán)利要求70至71中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:細(xì)胞系、分析物負(fù)載范圍、目標(biāo)蛋白質(zhì)、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、抗體類型、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度范圍、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測試劑、檢測多重性、檢測敏感性、樣品中包含的所述分析物中的至少一個(gè)分析物的負(fù)載濃度的目標(biāo)范圍、抗體類型、所述檢測試劑、免疫測定性能預(yù)測、推薦的蛋白質(zhì)來源、最佳細(xì)胞系、細(xì)胞來源、抗體克隆性、檢測技術(shù)、克隆性推薦、抗體推薦、分析物推薦、分析物的來源推薦、凝膠類型推薦的檢測試劑,抗體類型,抗體負(fù)載濃度,蛋白質(zhì)裂解物濃度、目標(biāo)細(xì)胞系、目標(biāo)蛋白質(zhì)來源、分析物質(zhì)量、轉(zhuǎn)移條件、驗(yàn)證標(biāo)志和預(yù)測的分析物位置。

73.根據(jù)權(quán)利要求70至72中任一項(xiàng)所述的方法,其中實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括以下中的一者或多者:分析物類型、蛋白質(zhì)類型、細(xì)胞系、檢測試劑、抗體濃度、底物、底物敏感性、檢測敏感性、裂解物濃度、細(xì)胞系、一組蛋白質(zhì)、抗體結(jié)合變化、阻斷數(shù)據(jù)、細(xì)胞裂解物制備數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、凝膠參數(shù)、分析物質(zhì)量范圍、蛋白質(zhì)質(zhì)量范圍、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)同種型、蛋白質(zhì)或轉(zhuǎn)譯后經(jīng)修飾的蛋白質(zhì)的片段、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測多重性或檢測敏感性。

74.一種用于優(yōu)化免疫測定中的熒光分析物檢測的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法,所述方法包括:

75.根據(jù)權(quán)利要求74所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集還包括用于檢測蛋白質(zhì)或分析物中的至少一者的染料類型。

76.根據(jù)權(quán)利要求75所述的方法,其中所述類型的染料是ab綴合物、次級ab綴合物或檢測低豐度分析物的強(qiáng)染料中的至少一者。

77.根據(jù)權(quán)利要求74至76中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述免疫測定參數(shù)集包括以下中的一者或多者:細(xì)胞系、分析物負(fù)載范圍、目標(biāo)蛋白質(zhì)、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、抗體類型、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度范圍、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測試劑、檢測多重性、檢測敏感性、樣品、緩沖液或混合物中包含的所述分析物中的至少一個(gè)分析物的負(fù)載濃度的目標(biāo)范圍、克隆性、抗體類型、所述檢測試劑,免疫測定性能預(yù)測、推薦的蛋白質(zhì)來源、最佳細(xì)胞系、細(xì)胞來源、抗體克隆性、檢測技術(shù)、克隆性推薦、抗體推薦、分析物推薦、分析物的來源推薦、凝膠類型推薦的檢測試劑,抗體類型,抗體負(fù)載濃度,蛋白質(zhì)裂解物濃度、目標(biāo)蛋白質(zhì)來源、分析物質(zhì)量、轉(zhuǎn)移條件、驗(yàn)證標(biāo)志和預(yù)測的分析物位置。

78.根據(jù)權(quán)利要求74至77中任一項(xiàng)所述的方法,其中實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)包括以下中的一者或多者:分析物類型、蛋白質(zhì)類型、細(xì)胞系、檢測試劑、抗體濃度、底物、底物敏感性、檢測敏感性、裂解物濃度、細(xì)胞系、一組蛋白質(zhì)、抗體結(jié)合變化、阻斷數(shù)據(jù)、細(xì)胞裂解物制備數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、凝膠參數(shù)、分析物質(zhì)量范圍、蛋白質(zhì)質(zhì)量范圍、細(xì)胞系、檢測數(shù)據(jù)、裂解物類型、裂解物負(fù)載濃度、蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)同種型、蛋白質(zhì)或轉(zhuǎn)譯后經(jīng)修飾的蛋白質(zhì)的片段、抗體結(jié)合位點(diǎn)、抗體克隆性、抗體稀釋度、結(jié)合親和性、抗體同種型特異性、主鏈類型、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、蛋白質(zhì)不穩(wěn)定性、檢測標(biāo)記、酶、檢測多重性或檢測敏感性。

79.一種方法,所述方法包括:

80.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法,其中所述機(jī)器學(xué)習(xí)過程包括神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。

81.根據(jù)權(quán)利要求80所述的方法,其中所述神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是前饋網(wǎng)絡(luò)或深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。

82.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法,其中:

83.根據(jù)權(quán)利要求82所述的方法,其中所述免疫測定圖像包括染色凝膠或毛細(xì)管凝膠,其中所述毛細(xì)管凝膠負(fù)載所述分析物。

84.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法,其中所述免疫測定實(shí)驗(yàn)是基于珠粒的免疫測定或基于流的免疫測定。

85.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法,其中所述分析物是蛋白質(zhì)、半抗原、激素、核酸、肽、經(jīng)修飾的肽或前述分析物的任何一個(gè)分析物的經(jīng)修飾的形式中的至少一者。

86.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法,其中所述機(jī)器學(xué)習(xí)過程已使用免疫測定數(shù)據(jù)集進(jìn)行訓(xùn)練,所述免疫測定數(shù)據(jù)集包括以下中的至少一者:糖基化、二硫鍵、經(jīng)修飾的殘基、3-(n-嗎啉代)丙磺酸(mops)、泛素化、脂化、2-(n-嗎啉代)乙磺酸(mes)、等電點(diǎn)(pi)、類泛素化、tris-乙酸鹽、鏈間或聚合物交聯(lián)、凝膠類型、緩沖液類型或變化程度。

87.根據(jù)權(quán)利要求79或權(quán)利要求86所述的方法,其中所述實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)包括以下中的至少一者:糖基化、二硫鍵、經(jīng)修飾的殘基、3-(n-嗎啉代)丙磺酸(mops)、泛素化、脂化、2-(n-嗎啉代)乙磺酸(mes)、等電點(diǎn)(pi)、類泛素化、tris-乙酸鹽、或所述感興趣分析物的鏈間或聚合物交聯(lián)以及所述免疫測定實(shí)驗(yàn)的凝膠類型和緩沖液類型。

88.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法,其中所述條帶的所述變化程度是由與所述感興趣分析物相對應(yīng)的分子量的變化引起的。

89.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法,所述方法還包括:

90.一種系統(tǒng),所述系統(tǒng)包括:

91.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述機(jī)器學(xué)習(xí)過程包括神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。

92.根據(jù)權(quán)利要求91所述的系統(tǒng),其中所述神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是前饋網(wǎng)絡(luò)或深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。

93.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述處理器執(zhí)行進(jìn)一步操作,所述進(jìn)一步操作包括:

94.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)還包括細(xì)胞系的標(biāo)識符、分子標(biāo)志物的標(biāo)識符、裂解物類型、負(fù)載濃度和凝膠類型中的至少一者。

95.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述處理器執(zhí)行進(jìn)一步操作,所述進(jìn)一步操作包括:

96.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述免疫測定圖像是基于珠粒的免疫測定或基于流的免疫測定的圖像。

97.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述分析物是蛋白質(zhì)、半抗原、激素、核酸、肽、經(jīng)修飾的肽或前述分析物的任何一個(gè)分析物的經(jīng)修飾的形式中的至少一者。

98.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述特征還包括所述免疫測定圖像的幀和所述免疫測定圖像的泳道中的至少一者。

99.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述免疫測定圖像包括多條條帶。

100.根據(jù)權(quán)利要求98所述的系統(tǒng),其中所述免疫測定圖像包括多條泳道。

101.根據(jù)權(quán)利要求99所述的系統(tǒng),其中對所述多條泳道中的每條泳道進(jìn)行分析,以確定每條泳道中的所述條帶的變化。

102.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述處理器執(zhí)行操作,所述操作還包括:

103.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述機(jī)器學(xué)習(xí)過程已使用免疫測定數(shù)據(jù)集進(jìn)行訓(xùn)練,以確定在免疫測定實(shí)驗(yàn)中分析物條帶的變化程度。

104.根據(jù)權(quán)利要求103所述的系統(tǒng),其中所述免疫測定數(shù)據(jù)集包括以下中的至少一者:糖基化、二硫鍵、經(jīng)修飾的殘基、3-(n-嗎啉代)丙磺酸(mops)、泛素化、脂化、2-(n-嗎啉代)乙磺酸(mes)、等電點(diǎn)(pi)、類泛素化、tris-乙酸鹽、鏈間或聚合物交聯(lián)、凝膠類型和緩沖液類型。

105.根據(jù)權(quán)利要求90所述的系統(tǒng),其中所述接收和顯示均由用戶界面執(zhí)行。


技術(shù)總結(jié)
提供了用于檢測免疫測定中的一個(gè)或多個(gè)分析物的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的系統(tǒng)和方法。本公開的實(shí)施方案系統(tǒng)和方法可使用關(guān)于分析物的免疫測定參考數(shù)據(jù)來訓(xùn)練機(jī)器學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò),并輸出一組目標(biāo)實(shí)驗(yàn)輸入?yún)?shù)以檢測該分析物。機(jī)器學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)可利用接收到的數(shù)據(jù)來生成目標(biāo)參數(shù),并且可開發(fā)免疫測定參數(shù)集來檢測和/或定量分析物。本公開的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的系統(tǒng)和方法還可生成用于免疫測定的故障排除輔助輸出。

技術(shù)研發(fā)人員:S·帕拉姆斯瓦蘭,R·潘迪,N·塞恩
受保護(hù)的技術(shù)使用者:英濰捷基生物服務(wù)印度私人有限公司
技術(shù)研發(fā)日:
技術(shù)公布日:2024/12/23
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