一種基孔肯雅病毒的微流體基因芯片檢測方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及一種快速、靈敏的基孔肯雅病毒微流體基因芯片檢測方法。本發(fā)明的檢測方法整合了逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)RT-PCR和微陣列Microarray這兩種強(qiáng)大的分子生物學(xué)技術(shù)，將RT-PCR與微陣列芯片雜交反應(yīng)腔整合到一張芯片上，PCR雜交的探針直接固定在微陣列中的雜交艙中。本發(fā)明的檢測方法包括如下步驟：樣本處理，RNA核酸提取，RT-PCR擴(kuò)增反應(yīng)，雜交，清洗，結(jié)果判定。通過本發(fā)明可大幅度提高出入境口岸一線檢驗(yàn)檢疫人員的檢測效率，既可減少工作量、又可最大限度地解決傳統(tǒng)檢測方法可能存在的陽性漏檢問題，從而最大限度地防止重大蟲媒傳染病的輸入。
【專利說明】一種基孔肯雅病毒的微流體基因芯片檢測方法

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及體外診斷試劑【技術(shù)領(lǐng)域】，具體涉及一種基孔肯雅病毒的快速微流體基 因芯片檢測方法。
[0002] 背景介紹
[0003] 隨著全球經(jīng)濟(jì)一體化和貿(mào)易自由化，國外的醫(yī)學(xué)媒介生物通過先進(jìn)的交通工具和 國際貿(mào)易，可以迅速把傳染病從一個(gè)國家或地區(qū)傳向全球，造成國際間傳播。近年來，新發(fā) 病毒性傳染病在世界各國頻頻暴發(fā)流行，對人類健康帶來嚴(yán)重威脅，給社會造成巨大經(jīng)濟(jì) 損失。這些新發(fā)病毒性傳染病的頻發(fā)給我們敲響了警鐘，加強(qiáng)對其的研究和監(jiān)測以及早預(yù) 防控制是至關(guān)重要的。
[0004] 蟲媒病毒是一類通過吸血節(jié)肢動物叮咬敏感脊椎動物宿主而在人畜之間進(jìn)行傳 播的病毒，其中100多種可以導(dǎo)致人畜疾病，嚴(yán)重者會導(dǎo)致死亡?；卓涎艧崾怯苫卓涎?病毒引起，是披膜病毒科甲病毒屬?；卓涎艧岬奶卣魇峭蝗话l(fā)熱，經(jīng)常伴有關(guān)節(jié)痛。其他 常見征兆和癥狀還包括肌肉疼痛、頭痛、惡心、疲勞和皮疹。關(guān)節(jié)疼痛通常使患者極為虛弱， 但往往持續(xù)數(shù)天或延長至數(shù)周?；卓涎艧岚l(fā)生在非洲、亞洲和印度次大陸。以發(fā)熱、皮疹 及關(guān)節(jié)疼痛為主要特征的急性傳染病。本病主要流行于非洲和東南亞地區(qū)，近年在印度洋 地區(qū)造成了大規(guī)模流行。埃及伊蚊和白紋伊蚊是本病的主要傳播媒介。主要通過感染病毒 的伊蚊叮咬而傳播。人對基孔肯雅病毒普遍易感，感染后可表現(xiàn)為顯性感染或隱性感染。人 感染數(shù)量在非洲已多年相對比較低，但在1999-2000年間，在剛果民主共和國發(fā)生了一次 大暴發(fā)，2007年加蓬發(fā)生了一次暴發(fā)。自2005年起，基孔肯雅熱大范圍流行發(fā)生在印度洋 各群島。歐洲很多輸入性病例與這次流行有關(guān)。自2005年起，印度、印度尼西亞、泰國、馬 爾代夫和緬甸已經(jīng)報(bào)告了超過190萬病例。隨著我國商貿(mào)、旅游業(yè)的快速發(fā)展，境內(nèi)外人 員交往日益密切，以及動物的進(jìn)口等影響，基孔肯雅病毒輸入的危險(xiǎn)性日益增高。因此， 盡快建立快速簡便、特異敏感的檢測方法對防范基孔肯雅病毒的輸入具有重要意義。
[0005] 基因芯片采用微加工和微電子技術(shù)將大量的人工設(shè)計(jì)好的基因片段有序地、高密 度地排列在纖維膜等載體上?；蛐酒梢酝瑫r(shí)固定大量的探針分子，可以在一次實(shí)驗(yàn)中 檢出多種病原體；同時(shí)檢測的靈敏度、特異性和快速便捷性也很高，因而在病原體分析檢測 中有很好的應(yīng)用前景。
[0006] 本發(fā)明整合了逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)RT-PCR和微陣列Microarray這兩種強(qiáng)大的 分子生物學(xué)技術(shù)，將RT-PCR與微陣列芯片雜交反應(yīng)艙整合到一張芯片上，PCR雜交的探針 直接固定
[0007] 在微陣列中的雜交艙中。操作簡單，節(jié)省時(shí)間，靈敏度高，特異性好。為基孔肯雅 病毒的檢測提供了快速，簡便，靈敏的微流體基因芯片檢測方法。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0008] 本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是提供一種快速、靈敏的基孔肯雅病毒微流體基因芯 片檢測方法。通過本發(fā)明可大幅度提高出入境口岸一線檢驗(yàn)檢疫人員的檢測效率，既可減 少工作量、又可最大限度地解決傳統(tǒng)檢測方法可能存在的陽性漏檢問題，從而最大限度地 防止外來輸入性傳染病的發(fā)生。
[0009] 本發(fā)明提供的基孔肯雅病毒微流體基因芯片檢測方法，包括如下檢測步驟：
[0010] (1)樣本混勻處理；
[0011] ⑵RNA核酸提?。?br> [0012] (3) RT-PCR 擴(kuò)增反應(yīng)：
[0013] a. RT-PCR反應(yīng)體系包括=RT-PCR反應(yīng)液，特異性正、反向引物混合液，逆轉(zhuǎn)錄酶/ DNA聚合酶，DEPC水，RT-PCR質(zhì)控品，樣本RNA核酸；
[0014] b.將RT-PCR反應(yīng)液加入已固化特異性探針的芯片內(nèi)，將芯片放入反應(yīng)室內(nèi)進(jìn)行 擴(kuò)增反應(yīng)；
[0015] 所述的特異性引物和探針是根據(jù)E2基因特異性引物擴(kuò)增區(qū)內(nèi)設(shè)計(jì)，能夠區(qū)別其 他病毒株，特異性引物和探針為：
[0016] CHIKV-F:5-AAGCTYCGCGTCCTTTACCAAG-3(SEQ ID NO 1)
[0017] CHIKV-R:5-CCAAATTGTCCYGGTCTTCCT-3(SEQ ID NO 2)
[0018] CHIKV-Probe:5-CCAATGTCYTCMGCCTGGACACCTTT-3(SEQ ID NO 3)
[0019] (4)雜交：RT-PCR擴(kuò)增完后，加入雜交反應(yīng)液，使雜交液和擴(kuò)增液都進(jìn)入到雜交艙 內(nèi)進(jìn)行雜交反應(yīng)；
[0020] (5)清洗：雜交后的芯片用洗液沖洗，直接用熒光掃描儀檢測；
[0021] (6)結(jié)果判定：根據(jù)雜交結(jié)果，判定感染情況。
[0022] 步驟（2)中所述的RNA提取可使用病毒RNA提取試劑盒提取。取HOul血液樣本， 裂解后，按照試劑盒說明書中的提取步驟提取RNA。
[0023] 步驟（3)中所述的RT-PCR反應(yīng)體系為：2X RT-PCR反應(yīng)液12. 5ul，引物混合液 2.5111，1411111%5042.5111，？0?6四(16!120 1111，逆轉(zhuǎn)錄酶/1)嫩聚合酶1111，？0?質(zhì)控2111，樣 本 3. 5ul。
[0024] 步驟（3)中所述的RT-PCR擴(kuò)增的反應(yīng)條件是：50°C逆轉(zhuǎn)錄20min ;95°C預(yù)變性 2min ;95°C變性10s，60°C退火40s，72°C延伸50s ;11個(gè)循環(huán)，每個(gè)循環(huán)退火溫度降低1°C， 直至退火溫度變成501：。951：變性158,561：退火408,721：延伸508,40個(gè)循環(huán)。
[0025] 步驟（4)中所述的雜交反應(yīng)條件是：95°C預(yù)變性3min ;58°C雜交30min。
[0026] 步驟（5)中所述的清洗條件是3000rpm，離心2min。
[0027] 步驟（3)所述的PCR擴(kuò)增與步驟（4)所述的雜交在芯片儀上完成。
[0028] 本發(fā)明與現(xiàn)有檢測方法相比，將RT-PCR的擴(kuò)增過程和分子雜交檢測過程濃縮到 一張基因芯片上檢測，整個(gè)檢測在3個(gè)小時(shí)內(nèi)完成，大大縮減了檢測的時(shí)間和復(fù)雜性，檢測 設(shè)備簡單也易于攜帶。本發(fā)明的檢測方法簡單快速，靈敏度高，特異性好，為基孔肯雅病毒 的檢測提供了快速，簡便，靈敏的方法。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0029] 圖1實(shí)施例1基孔肯雅病毒陽性樣本微流體基因芯片檢測結(jié)果。
[0030] 本實(shí)施例中測檢測結(jié)果顯示本樣本在基孔肯雅病毒屬和基孔肯雅病毒毒株均顯 示為陽性。
[0031] 圖2實(shí)施例1陰性對照樣本微流體基因芯片檢測結(jié)果。

【具體實(shí)施方式】
[0032] 下面結(jié)合具體實(shí)施例，進(jìn)一步闡述本發(fā)明。應(yīng)理解，這些實(shí)施例僅用于說明本發(fā)明 而不用于限制本發(fā)明的范圍。此外應(yīng)理解，在閱讀了本發(fā)明講授的內(nèi)容之后，本領(lǐng)域技術(shù)人 員可以對本發(fā)明作各種改動或修改，這些等價(jià)形式同樣落于本申請所附權(quán)利要求書所限定 的范圍。
[0033] 實(shí)施例1基孔肯雅病毒樣本微流體基因芯片檢測
[0034] 一、實(shí)驗(yàn)步驟
[0035] 1.樣本準(zhǔn)備
[0036] 本實(shí)施例中，陽性樣本為基孔肯雅熱病人血清，陰性對照樣本為健康人的血清。
[0037] 2. RNA 的提取
[0038] 使用病毒RNA提取試劑盒（離心柱型）提取樣本RNA。取HOul樣本，按照試劑盒 說明書中的操作步驟提取RNA，最后用60ul洗脫液洗脫RNA。
[0039] 3.靶基因的擴(kuò)增
[0040] 3. 1引物和探針的設(shè)計(jì)
[0041] 根據(jù)E2基因設(shè)計(jì)的特異性引物和探針為：
[0042] CHIKV-F:5-AAGCTYCGCGTCCTTTACCAAG-3(SEQ ID NO 1)
[0043] CHIKV-R:5-CCAAATTGTCCYGGTCTTCCT-3(SEQ ID NO 2)
[0044] CHIKV-Probe:5-CCAATGTCYTCMGCCTGGACACCTTT-3(SEQ ID NO 3)
[0045] 特異性探針按照實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)方案，分別點(diǎn)入芯片上各自孔中。
[0046] 3. 2RT-PCR 反應(yīng)平臺
[0047] 在溫度控制儀上進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增與雜交反應(yīng)。為防止引物間的互相干擾，RT-PCR 反應(yīng)同時(shí)在兩個(gè)反應(yīng)室中進(jìn)行，兩個(gè)反應(yīng)室都可以聯(lián)通到雜交室，RT-PCR后的擴(kuò)增液可以 通過注射推送方式使其流入雜交室進(jìn)行雜交反應(yīng)。
[0048] RT-PCR反應(yīng)體系為：2X RT-PCR反應(yīng)液12. 5ul，引物混合液2. 5ul，14mM MgS042.5ul，PCR Grade H20 lul,逆轉(zhuǎn)錄酶/DNA 聚合酶 lul，PCR 質(zhì)控 2ul,樣本 3.5ul。
[0049] 反應(yīng)條件為：50°C逆轉(zhuǎn)錄20min ;95°C預(yù)變性2min ;95°C變性10s，60°C退火40s， 72°C延伸50s ; 11個(gè)循環(huán)，每個(gè)循環(huán)退火溫度降低1°C，直至退火溫度變成50°C。95°C變性 15s，56°C退火 40s，72°C 延伸 50s，40 個(gè)循環(huán)。
[0050] 4.雜交反應(yīng)
[0051] 分別向兩個(gè)RT-PCR反應(yīng)室中加入14. 5ul雜交液，使雜交液和擴(kuò)增液都進(jìn)入到雜 交反應(yīng)艙內(nèi)。雜交反應(yīng)條件是95°C預(yù)變性3min，58°C雜交30min。雜交后的芯片用洗液離 心（3000rpm，2min)洗滌，在芯片掃描儀上進(jìn)行信號檢測。
[0052] 二、實(shí)驗(yàn)結(jié)果
[0053] 從圖1和圖2的檢測信號圖來看，RT-PCR質(zhì)控點(diǎn)信號正常，陰性對照點(diǎn)信號正常， 雜交對照點(diǎn)信號正常，說明從RT-PCR到雜交的整個(gè)反應(yīng)過程均正常，從而說明整個(gè)反應(yīng)有 效。根據(jù)每個(gè)點(diǎn)的熒光信號值（詳見表1和表2)，對照整個(gè)反應(yīng)艙的探針設(shè)計(jì)，陽性樣本在 基孔肯雅病毒探針位置有明顯的雜交信號，而在陰性對照樣本的相應(yīng)基孔肯雅病毒探針位 置處未發(fā)現(xiàn)有雜交信號。通過軟件分析，判定樣本為基孔肯雅病毒感染陽性，而陰性對照樣 本判定為陰性。跟預(yù)期的樣本感染情況一致。這表明本發(fā)明的微流體基因芯片的檢測性能 良好，能準(zhǔn)確地區(qū)分陰性及陽性樣本，特異性良好，沒有出現(xiàn)錯(cuò)判現(xiàn)象。
[0054] 表1陽性樣本的檢測信號數(shù)值
[0055]

【權(quán)利要求】
1. 一種基孔肯雅病毒的微流體基因芯片檢測方法，其特征在于：包括以下檢測步驟： (1) 樣本混勻處理； (2) RNA核酸提?。? (3) RT-PCR擴(kuò)增反應(yīng)： a. RT-PCR反應(yīng)體系包括：RT-PCR反應(yīng)液，特異性正、反向引物混合液，逆轉(zhuǎn)錄酶/DNA 聚合酶，DEPC水，RT-PCR質(zhì)控品，樣本RNA核酸； b. 將RT-PCR反應(yīng)液加入已固化特異性探針的芯片內(nèi)，將芯片放入反應(yīng)室內(nèi)進(jìn)行擴(kuò)增 反應(yīng)； 所述的特異性引物和探針是根據(jù)E2基因特異性引物擴(kuò)增區(qū)內(nèi)設(shè)計(jì)，能夠區(qū)別其他病 毒株，特異性引物和探針為： CHIKV-F:5-AAGCTYCGCGTCCTTTACCAAG-3(SEQ ID NO 1) CHIKV-R:5-CCAAATTGTCCYGGTCTTCCT-3(SEQ ID NO 2) CHIKV-Probe:5-CCAATGTCYTCMGCCTGGACACCTTT-3(SEQ ID NO 3) (4) 雜交：RT-PCR擴(kuò)增完后，加入雜交反應(yīng)液，使雜交液和擴(kuò)增液都進(jìn)入到雜交艙內(nèi)進(jìn) 行雜交反應(yīng)； (5) 清洗：雜交后的芯片用洗液沖洗，直接用熒光掃描儀檢測； (6) 結(jié)果判定：根據(jù)雜交結(jié)果，判定感染情況。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的基孔肯雅病毒的微流體基因芯片檢測方法，其特征在于：步 驟（2)中所述的RNA提取可使用病毒RNA提取試劑盒提?。凰龅腞NA提取步驟為：取 140ul血液樣本，裂解后，按照試劑盒說明書中的提取步驟提取RNA。
3. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的基孔肯雅病毒的微流體基因芯片檢測方法，其特征在于：步驟（3)中所述的PCR反應(yīng)體系為：2X RT-PCR反應(yīng)液12. 5ul，引物混合液2. 5ul，14mM MgS042.5ul，PCR Grade H20 lul,逆轉(zhuǎn)錄酶/DNA 聚合酶 lul，PCR Control 2ul, Sample 3. 5ul〇
4. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的基孔肯雅病毒的微流體基因芯片檢測方法，其特征在于：步 驟⑶中所述的RT-PCR擴(kuò)增的反應(yīng)條件是：50°C逆轉(zhuǎn)錄20min ;95°C預(yù)變性2min ;95°C變 性10s，60°C退火40s，72°C延伸50s ; 11個(gè)循環(huán)，每個(gè)循環(huán)退火溫度降低1°C，直至退火溫度 變成5〇1：;951：變性158,561：退火4〇8,721：延伸5〇8,40個(gè)循環(huán)。
5. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的基孔肯雅病毒的微流體基因芯片檢測方法，其特征在于：步 驟⑷中所述的雜交反應(yīng)條件是：95°C預(yù)變性3min ;58°C雜交30min。
6. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的基孔肯雅病毒的微流體基因芯片檢測方法，其特征在于：步 驟（5)中所述的清洗條件是3000rpm，離心2min。
7. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的黃熱病毒的微流體基因芯片檢測方法，其特征在于：步驟（3) 所述的PCR擴(kuò)增與步驟（4)所述的雜交在芯片儀上完成。
【文檔編號】C12Q1/70GK104498619SQ201410653196
【公開日】2015年4月8日 申請日期:2014年11月17日 優(yōu)先權(quán)日:2014年11月17日
【發(fā)明者】田楨干, 李深偉, 王雪嵋, 張曉航, 陸曄, 張子龍 申請人:中華人民共和國上海出入境檢驗(yàn)檢疫局