一種與雞繁殖性能相關(guān)的分子標(biāo)記及其在育種中的應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種與雞繁殖性能相關(guān)的分子標(biāo)記及其在育種中的應(yīng)用，屬于分子遺傳學(xué)領(lǐng)域。該分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ?ID?No.1所示；在該序列的第315bp處有一個C→T的堿基突變，導(dǎo)致SspⅠ-RFLP的多態(tài)性。本發(fā)明以雞的基因組DNA為模板，利用SEQ?IDNo.2-3所示的引物進(jìn)行擴(kuò)增，得到556bp的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；PCR產(chǎn)物被SspⅠ限制性內(nèi)切酶消化后用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測，得到CC、CT和TT三種帶型；在蛋重較小和產(chǎn)蛋性能較低的地方品種中，選擇CC基因型個體留種。本發(fā)明檢測該與繁殖性狀相關(guān)的分子標(biāo)記，方法簡單快速，而且不受環(huán)境影響，并可實(shí)現(xiàn)早期選種。
【專利說明】—種與雞繁殖性能相關(guān)的分子標(biāo)記及其在育種中的應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及分子遺傳學(xué)領(lǐng)域，具體涉及一種與雞繁殖性能相關(guān)的分子標(biāo)記及其在育種中的應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002]骨形態(tài)發(fā)生蛋白受體(Bonemorphogenetic protein receptor IB, BMPR-1B)基因的主要生物學(xué)功能包括卵泡生長發(fā)育及排卵、骨組織發(fā)育、有機(jī)體胚胎發(fā)育等。研究發(fā)現(xiàn)BMPR-1B基因A746G(FecB)位置的單堿基突變導(dǎo)致綿羊多胎性狀，并在多個綿羊品種中被確認(rèn)。王生寶研究表明:小尾寒羊中A746G突變BB基因型個體產(chǎn)羔數(shù)極顯著高于其他兩種基因型個體(P〈0.01)，薩寒Fl代中雜合型個體產(chǎn)羔數(shù)顯著高于++型個體(P〈0.05)。聞亞東研究表明:高繁殖力綿羊品種與低繁殖力綿羊品種之間，A746G位點(diǎn)基因型分布差異極顯著(P〈0.001)。方翟等(2010)研究3個綿羊品種中A746G與產(chǎn)羔數(shù)的關(guān)系，結(jié)果表明BB、B+和++基因型個體間產(chǎn)羔數(shù)差異顯著(P〈0.05)。除了羊物種外，在其他動物中關(guān)于BMPR-1B遺傳效應(yīng)的研究并不多。宋一萍在豬BMPR-1B基因編碼區(qū)396bp處檢測到C — T突變，BB基因型個體與AA基因型個體在總產(chǎn)仔數(shù)和產(chǎn)活仔數(shù)性狀上差異顯著(P〈0.05)。而在雞上，只有Zhang等發(fā)現(xiàn)了 BMPR-1B基因2個SNP位點(diǎn)C35T和A287G，其中A287G位點(diǎn)與47W至56W的產(chǎn)蛋量顯著相關(guān)(P〈0.05)。已有的研究表明BMPR-1B對動物繁殖性能具有重要的生物學(xué)功能，而繁殖性狀又是家禽生產(chǎn)的重要經(jīng)濟(jì)性狀，但目前對與雞繁殖性狀有關(guān)的BMPR-1B基因多態(tài)位點(diǎn)的挖掘研究卻鮮有報道，無法將其應(yīng)用于雞的育種。
[0003]基因表達(dá)是DNA上的遺傳信息轉(zhuǎn)錄和翻譯的過程，目前已在小鼠、牛、羊、豬、雞等多個物種上證實(shí)BMPR-1B基因參與卵巢卵泡發(fā)育及排卵，并與原始卵泡募集以及卵泡分化有關(guān)。王峰實(shí)驗結(jié)果表明BMPR-1B基因在蒙古牛的卵巢、輸卵管、子宮和腎臟4個組織中均有表達(dá)。其中，在卵巢和子宮中表達(dá)水平較高，而在輸卵管和腎臟中的表達(dá)水平相對較低。BMPR-1B基因在牛初級卵泡和次級卵泡早期和晚期均有表達(dá)。孫瑞珍報道在小鼠和豬的各級卵泡中均有表達(dá)，認(rèn)為BMPR-1B參與成年小鼠和豬卵泡的生長和發(fā)育，與豬原始卵泡募集有關(guān)?，F(xiàn)在對雞BMPR-1B基因的相關(guān)表達(dá)研究還相對較少，其機(jī)制功能并不明確。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004]本發(fā)明通過深入研究實(shí)驗發(fā)現(xiàn)了雞BMPR-1B基因233062位點(diǎn)處的C — T轉(zhuǎn)換產(chǎn)生的多態(tài)位點(diǎn)，該多態(tài)位點(diǎn)位于所擴(kuò)增序列(其核苷酸序列如SEQ ID N0.1所示)的第315bp處。本發(fā)明的目的在于克隆BMPR-1B基因233062位點(diǎn)作為分子標(biāo)記，并將其應(yīng)用于雞的育種中。
[0005]本發(fā)明的技術(shù)方案是:一種與雞繁殖性能相關(guān)的分子標(biāo)記，其特征是，其核苷酸序列如SEQ ID N0.1所示；在該序列的第315bp處有一個C —T的堿基突變，導(dǎo)致Ssp 1-RFLP的多態(tài)性。
[0006]擴(kuò)增上述序列的引物為:[0007]P-233062F:5’ -CCCTTCTCAGTTGCTT-3’ (SEQ ID N0.2)；
[0008]P-233062R:5’ -CCAAGATTAGTCCCAAA-3’ (SEQ ID N0.3)；
[0009]本發(fā)明以雞的基因組DNA為模板，利用上述引物進(jìn)行擴(kuò)增，得到556bp的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物(其序列如SEQ ID N0.1所示)，該擴(kuò)增產(chǎn)物包含Ssp I限制性內(nèi)切酶的識別序列“AAT/ATT” ;該擴(kuò)增產(chǎn)物的第315bp處的“C”不發(fā)生突變時，即“AAT/ACT”類型記做“CC”，擴(kuò)增片段Ssp I內(nèi)切酶切不開；當(dāng)“C”突變?yōu)椤癟”，即“AAT/ATT”類型記做“TT”，可以被Ssp I內(nèi)切酶切作314bp和242bp的兩條短片段；PCR產(chǎn)物被Ssp I限制性內(nèi)切酶消化后用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測，即得到CC (檢測到556bp的一條條帶)、CT (雜合型，出現(xiàn)556bp、314bp和242bp的三條短片段)、TT (檢測到314bp和242bp的兩條短片段)三種帶型。
[0010]本發(fā)明通過關(guān)聯(lián)分析表明:該分子標(biāo)記與開產(chǎn)體重、43W體重、43W蛋重和43W產(chǎn)蛋量均表現(xiàn)出顯著或密切相關(guān)?；蛐虲C個體對應(yīng)最大開產(chǎn)體重、43W體重，且開產(chǎn)體重性狀與基因型TT個體間差異顯著，43W體重與基因型TT個體間差異極顯著。而且該基因型個體43W產(chǎn)蛋量最高。同時，通過對雞BMPR-1B基因的表達(dá)分析表明=BMPR-1B基因與雞繁殖性能相關(guān)。
[0011]本發(fā)明的分子標(biāo)記可以應(yīng)用于雞的育種，具體如下:在蛋重較小和產(chǎn)蛋性能較低的地方品種中，選擇CC基因型個體留種，用于提高產(chǎn)蛋量以及總產(chǎn)蛋重量，增加種雞體重，提高淘汰種雞的效率，降低生產(chǎn)成本。
[0012]檢測該與繁殖 性狀相關(guān)的分子標(biāo)記，不僅方法簡單快速，而且不受環(huán)境影響，并可實(shí)現(xiàn)早期選種。
【專利附圖】

【附圖說明】
[0013]圖1為雞BMPR-1B基因BMPlO引物的擴(kuò)增結(jié)果；
[0014]圖2為BR233062酶切位點(diǎn)的序列分析；
[0015]圖3為雞BMPR-1B基因233062位點(diǎn)的多態(tài)性檢測電泳圖；圖中，1，5，6為基因型CC ;4，7，8 為基因型 TT ;2，3，9，10 為基因型 CT ；M =Maker I ；
[0016]圖4BMPR-1B基因在不同周齡肝臟(L)、下丘腦⑶和卵巢(0)組織中的表達(dá)；
[0017]圖5BMPR-1B基因在同一周齡肝臟(L)、下丘腦⑶、卵巢(0)和輸卵管(S)組織中的表達(dá)。
【具體實(shí)施方式】
[0018]實(shí)施例1雞BMPR-1B基因233062位點(diǎn)的測序、序列比對及突變位點(diǎn)分析
[0019]根據(jù)已發(fā)表的紅色原雞序列(GenBankAccession No:NC_006091.2 ；GI:118136300)，設(shè)計一組引物BMPlO (其序列如SEQ ID N0.2和SEQ ID N0.3所示)，該組引物是為研究雞BMPR-1B基因外顯子8和部分內(nèi)含子8的突變而設(shè)計的。該組引物分別擴(kuò)增了濟(jì)寧百日雞、汶上蘆花雞和海蘭褐蛋雞BMPR-1B基因232748bp~233303bp的一段序列，擴(kuò)增片段長度約為556bp (如圖1所示)，PCR產(chǎn)物送生物公司純化測序。BMPlOF:5’ -CCCTTCTCAGTTGCTT-3’ ； BMP I OR:5 ’ -CCAAGATTAGTCCCAAA-3?。引物位置 232748bp ~233303bp，退火溫度 47.4°C。
[0020]使用BioEdit軟件比對序列同源性和核苷酸變異，在擴(kuò)增的大約556bp的序列上共發(fā)現(xiàn)2處核苷酸變異，均為核苷酸轉(zhuǎn)換，包括第315bp處(BMPR-1B基因233062處)的C — T突變，見圖2。
[0021]擴(kuò)增產(chǎn)物:(如SEQ ID N0.1所示，突變點(diǎn)如下劃線所示):
[0022]
【權(quán)利要求】
1.一種與雞繁殖性能相關(guān)的分子標(biāo)記，其特征是，其核苷酸序列如SEQ ID N0.1所示；在該序列的第315bp處有一個C — T的堿基突變，導(dǎo)致Ssp 1-RFLP的多態(tài)性。
2.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記的獲取方法，其特征是，擴(kuò)增該分子標(biāo)記的引物如SEQIDN0.2-3 所示。
3.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記在雞育種中的應(yīng)用。
4.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記在雞育種中的應(yīng)用方法，其特征是，以雞的基因組DNA為模板，利用SEQ ID N0.2-3所示的引物進(jìn)行擴(kuò)增，得到556bp的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；PCR產(chǎn)物被Ssp I限制性內(nèi)切酶消化后用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測，得到TT三種帶型；所述CC型為:檢測到只有556bp的一條條帶；所述CT型為:檢測到556bp、314bp和242bp三條條帶，所述TT型為:檢測到314bp和242bp的兩條條帶；在蛋重較小和產(chǎn)蛋性能較低的地方品種中，選擇CC基 因型個體留種。
【文檔編號】C12Q1/68GK103789307SQ201410036194
【公開日】2014年5月14日 申請日期:2014年1月25日 優(yōu)先權(quán)日:2014年1月25日
【發(fā)明者】周艷, 曹頂國, 雷秋霞, 韓海霞, 李福偉, 高金波, 劉瑋, 李淑青, 董以雷 申請人:山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院家禽研究所