一種用于卵巢癌的體外診斷或預(yù)后的方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明涉及一種用于卵巢癌的體外診斷或預(yù)后的方法，其包括檢測(cè)至少一種HERV核酸序列的至少一種表達(dá)產(chǎn)物的步驟，所述核酸序列一旦分離作為一種或更多種分子標(biāo)記物的用途，和包括HERV核酸序列的至少一種表達(dá)產(chǎn)物的至少一種特異性結(jié)合配偶體的試劑盒。
【專(zhuān)利說(shuō)明】一種用于卵巢癌的體外診斷或預(yù)后的方法
[0001]內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄病毒構(gòu)成傳染性逆轉(zhuǎn)錄病毒的后代，其以它們的原病毒形式整合入種系細(xì)胞，并通過(guò)這種方式傳染入宿主后代的基因組。
[0002]人類(lèi)基因組測(cè)序使顯示極高豐度的轉(zhuǎn)座因子或其衍生物成為可能。實(shí)際上，重復(fù)序列代表接近一半的人類(lèi)基因組，而內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄病毒和逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子組成所述基因組的8%,當(dāng)前元件數(shù)目接近超過(guò)400，000個(gè)。
[0003]目前存在于人類(lèi)基因組的內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄病毒元件(ERVs)的豐度是約100代內(nèi)生化(endogenizat1ns)的結(jié)果，其成功地發(fā)生在人類(lèi)品系的進(jìn)化過(guò)程中。在我們的時(shí)代之前，內(nèi)生化的不同波動(dòng)跨越范圍從200萬(wàn)年到9000萬(wàn)年的周期，并通過(guò)“拷貝/粘貼”型現(xiàn)象繼之以拷貝數(shù)目的擴(kuò)增，具有錯(cuò)誤表型的可能性，起因于，源于HERVs家族(即顯示序列同源性的一組元件)形成中的遺傳原病毒。根據(jù)推測(cè)最古老的元件(HERV-L家族的那些元件)在哺乳動(dòng)物出現(xiàn)之前已經(jīng)整合。兩個(gè)家族(HERV-F和HERV-H)在第一代靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物塑造它們的外觀時(shí)期已經(jīng)出現(xiàn)。HERV-FRD和HERV-K(HML-5)家族(在4000到5500萬(wàn)年前整合)是對(duì)高等靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物特異的。另一方面，HERV-W和HERV-E家族，例如，在500萬(wàn)年到1000萬(wàn)年后整合,在與新大陸猴(New World monkeys)分離后，并且對(duì)狹鼻猴(似人猿的(Hominoids)和稱(chēng)猴科(Cercopithecidae))是特異的。
[0004]ERV序列在全部染色體上呈現(xiàn)，具有根據(jù)家族的不同密度，在ERVs的物理鄰近性與它們的種系發(fā)生鄰近性之間不存在相關(guān)性。
[0005]很長(zhǎng)一段時(shí)間內(nèi)，ERVs被認(rèn)為是寄生物或是簡(jiǎn)單的DNA廢物。盡管如此，ERVs對(duì)生物體的影響不是僅僅限于它們過(guò)去在模式化基因組中的參與或仍能提供支持的有害重組。
[0006]ERVs的豐度和結(jié)構(gòu)復(fù)雜性使它們的表達(dá)分析非常復(fù)雜，并且常常難于解釋。HERV表達(dá)的檢測(cè)可以反映相同家族內(nèi)一個(gè)或更多個(gè)基因座的轉(zhuǎn)錄活化。此外活化的單個(gè)基因座或多個(gè)基因座可能根據(jù)組織和/或背景而不同。
[0007]本發(fā)明人現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)現(xiàn)和證明，對(duì)應(yīng)于精確鑒定的內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄病毒元件的基因座的核酸序列與卵巢癌有關(guān)，并且這些序列是病理性病癥的分子標(biāo)記物。鑒定的序列或者是原病毒，即序列包含位于長(zhǎng)末端重復(fù)(LTRs) 5’和3’位置側(cè)翼的所有或部分gag、pol和env基因，或所有或部分的LTRs或所有或部分的分離的基因。鑒定的DNA序列在序列表中分別用SEQ ID NO:1到510表示，它們的染色體位置在下文表中(NCBI36/hgl8)標(biāo)出，而它們的表達(dá)、過(guò)表達(dá)或低表達(dá)用癌癥樣本和正常樣本之間的“表達(dá)比值”來(lái)表示。當(dāng)核酸的表達(dá)或核酸表達(dá)的改變是對(duì)卵巢組織特異時(shí)，該信息用靶組織列中的符號(hào)“X”來(lái)標(biāo)示。這表示如果在除了卵巢組織之外的生物區(qū)室中檢測(cè)到相關(guān)核酸的表達(dá)或核酸表達(dá)的改變，這表示不能作為卵巢癌的標(biāo)記物。經(jīng)鑒定對(duì)卵巢組織特異的DNA序列分別用SEQ ID NOs表示:SEQ IDNO: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139。經(jīng)鑒定對(duì)卵巢組織不特異的 DNA 序列分別表示為 SEQ ID NOs: 1，4，5，7，8，12，13，14，15，16，17，18，19，21，22，27，28，29，31，32，33，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，
【權(quán)利要求】
1.一種用于取自患者的生物樣本中卵巢癌體外診斷或預(yù)后的方法，其包括檢測(cè)至少兩種核酸序列的相應(yīng)至少兩種表達(dá)產(chǎn)物的步驟，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:1到510所示序列或選自與SEQ ID NOs:1到510所示序列之一顯示至少99%同一'丨生的序列。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，所述至少兩種核酸序列選自以下所示的序列組

3.如權(quán)利要求2所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，優(yōu)選三種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:l，17和29所示的序列組，或選自與SEQID NOs: 1,17和29所示序列顯示至少99%同一‘丨生的序列。
4.如權(quán)利要求1所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，所述核酸序列選自由 SEQ ID NOs: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139 所示序列組成的組，或選自與 SEQ ID N0s:2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139 所示序列之一顯示至少99%同一性的序列。
5.如權(quán)利要求4所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，優(yōu)選三種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:2，3和6所示的序列組，或選自與SEQ IDNOs: 2，3和6所示序列顯示至少99%同一‘丨生的序列。
6.如權(quán)利要求1所述的方法，其中檢測(cè)如權(quán)利要求2或3限定的至少一種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物和如權(quán)利要求4或5限定的至少一種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物。
7.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其中檢測(cè)的表達(dá)產(chǎn)物是至少一種RNA轉(zhuǎn)錄物或至少一種多肽。
8.如權(quán)利要求7所述的方法,其特征在于所述RNA轉(zhuǎn)錄物是至少一種mRNA。
9.如權(quán)利要求7或8所述的方法，其中通過(guò)雜交，通過(guò)擴(kuò)增或通過(guò)測(cè)序來(lái)檢測(cè)RNA轉(zhuǎn)錄物，特別是mRNA。
10.如權(quán)利要求8所述的方法，其中在允許雜交的預(yù)定條件下，將mRNA與至少一種探針和/或至少一種引物接觸，并檢測(cè)與mRNA雜交的存在或缺失。
11.如權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于制備mRNA的DNA拷貝，在允許雜交的預(yù)定條件下將所述DNA拷貝與至少一種探針和/或至少一種引物接觸，并檢測(cè)與所述DNA拷貝雜交的存在或缺失。
12.如權(quán)利要求7所述的方法，其中通過(guò)與所述多肽的至少一種特異性結(jié)合配偶體接觸來(lái)檢測(cè)表達(dá)的多肽，所述特異性結(jié)合配偶體特別是抗體或抗體類(lèi)似物，親和蛋白或適體。
13.至少兩種核酸序列的用途，一旦分離，其作為卵巢癌體外診斷或預(yù)后的分子標(biāo)記物，其特征在于所述兩種核酸序列由以下組成: ⑴選自序列SEQ ID NOs:1到510的至少兩種DNA序列，優(yōu)選的選自如下所示序列:

(?)至少兩種DNA序列，其與⑴限定的至少兩種序列分別互補(bǔ)， (iii)至少兩種DNA序列,其與⑴和(ii)限定的兩種序列分別顯示至少99%同一'丨生，優(yōu)選的至少99.5%同一性和有利地至少99.6%或至少99.7%同一性，或 (iv)至少兩種RNA序列，其分別是選自(i)限定的兩種序列的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，或 (V)至少兩種RNA序列，其是下述兩種序列的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物:選自與(i)限定的序列顯示至少99%同一性，優(yōu)選的至少99.5%同一性和有利地至少99.6%或至少99.7%同一性的序列。
14.一種用于取自患者的生物樣本中卵巢癌的體外診斷或預(yù)后的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的至少兩種表達(dá)產(chǎn)物的至少兩種相應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:1到510所示的序列或與SEQ ID NOs:1到510所示核酸序列顯示至少99%同一性的序列，并且包括不超過(guò)510種核酸序列表達(dá)產(chǎn)物的特異性結(jié)合配偶體，所述核酸序列如SEQ ID NOs:1到510所示,或所述核酸序列與SEQ ID NOs:1到510所示核酸序列顯示至少99%同一‘丨生。
15.權(quán)利要求14所述的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物的至少兩種相應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體，所述核酸序列選自如下所示的序列組:SEQ ID N0s:l，4，5，7，8，12，.13，14，15，16，17，18，19，21，22，27，28，29，31，32，33，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，.45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，.71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，

16.如權(quán)利要求15所述的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物的至少兩種相應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體，優(yōu)選的三種核酸序列的，所述核酸序列選自SEQ ID NOs: 1，17和29所示的序列組，或選自與SEQ ID NOs: 1,17和29所示序列之一顯示至少99%同一'丨生的序列。
17.如權(quán)利要求14所述的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物的至少兩種相應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體，所述核酸序列選自SEQ ID NOs: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139 所示的序列組，或選自與 SEQ ID NOs: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59和139所示序列之一顯示至少99%同一‘丨生的序列。
18.如權(quán)利要求17所述的試劑盒，其包括兩種或三種序列的至少兩種相應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體，優(yōu)選至少三種相應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體，所述序列選自SEQ ID NOs: 2，3和6所示序列或選自與SEQ ID N0s:2,3和6所示序列之一顯示至少99%同一'丨生的序列。
19.如權(quán)利要求14至18中任一項(xiàng)所述的試劑盒，其中表達(dá)產(chǎn)物的至少兩種相應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體分別是至少一種雜交探針和/或至少一種擴(kuò)增引物，或至少一種抗體，或至少一種抗體類(lèi)似物，或至少一種親和蛋白，或至少一種適體。
20.一種用于評(píng)估卵巢癌的治療效果和/或進(jìn)展的方法，其包括分別檢測(cè)至少兩種核酸序列的至少兩種表達(dá)產(chǎn)物的步驟，所述兩種核酸序列選自SEQ ID NOs:1到510所示的序列，或選自與SEQ ID NOs:1到510所示的序列分別顯示至少99%同一'丨生的序列。
21.如權(quán)利要求20所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，所述至少兩種核酸序列選自如權(quán)利要求2限定的序列組。
22.如權(quán)利要求21所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，優(yōu)選至少三種核酸序列的，所述核酸序列選自SEQ ID NOs: 1，17和29所示的序列。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK104169434SQ201280063325
【公開(kāi)日】2014年11月26日 申請(qǐng)日期:2012年12月19日 優(yōu)先權(quán)日:2011年12月20日
【發(fā)明者】菲力浦·佩羅, 弗朗索瓦·馬萊, 娜塔莉·米尼耶 申請(qǐng)人:拜奧默里克斯公司