用于可視化和評估數(shù)據(jù)的方法和系統(tǒng)的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了生成數(shù)字聚合酶鏈反應(yīng)(dPCR)結(jié)果的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法。該方法包括在擴(kuò)增周期期間的第一時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第一組發(fā)射數(shù)據(jù)，多個(gè)樣本中的每個(gè)包括在多個(gè)樣本區(qū)域的樣本區(qū)域中。該方法還包括部分地基于第一組發(fā)射數(shù)據(jù)為多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定?；诙鄠€(gè)樣本的正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定生成dPCR結(jié)果。
【專利說明】用于可視化和評估數(shù)據(jù)的方法和系統(tǒng)
[0001] 相關(guān)申請的交叉引用
[0002] 本申請要求于2011年9月30日提交的第61/541，342號美國臨時(shí)申請、以及2012 年6月18日提交的第61/660,960號美國臨時(shí)申請的優(yōu)先權(quán)的權(quán)益，上述兩件申請的全部 內(nèi)容通過引用并入本文。

【背景技術(shù)】
[0003] 聚合酶鏈反應(yīng)（PCR)儀器使得在生物樣本中進(jìn)行可靠的DNA或RNA水平的定量成 為可能。市售PCR儀器和相關(guān)的數(shù)據(jù)采集和分析軟件處理從生物樣本生成的qPCR化驗(yàn)數(shù) 據(jù)。當(dāng)報(bào)告信號高于由人手動設(shè)置或由軟件自動設(shè)置的閾值時(shí)，這些系統(tǒng)通過將定量循環(huán) (C, CT*CKT)值計(jì)算為分?jǐn)?shù)PCR循環(huán)數(shù)來報(bào)告定量結(jié)果。確定的C,值可用于估計(jì)DNA材料 的初始數(shù)量。
[0004] 與qPCR對比，數(shù)字PCR(dPCR)結(jié)果設(shè)置通常要求分析幾千個(gè)PCR反應(yīng)。通常，增 加重復(fù)次數(shù)會增加 dPCR結(jié)果的精確性和再現(xiàn)性。
[0005] 數(shù)字聚合酶鏈反應(yīng)（dPCR)是已經(jīng)在例如Brown等人的美國專利號6, 143, 496中 描述的方法。來自dPCR的結(jié)果可用于檢測并定量稀有等位基因的濃度，以提供核酸樣本的 絕對定量，并且在核酸濃度中測量低倍數(shù)變化。
[0006] 實(shí)現(xiàn)dPCR的一個(gè)示例通常使用由傳統(tǒng)qPCR改編的裝置進(jìn)行，其中重復(fù)被排列在 包括m行乘以η列的二維陣列格式（即mXn格式）中。PCR循環(huán)和讀出（端點(diǎn)或?qū)崟r(shí)）通 常發(fā)生在相同的陣列中。mXn重復(fù)的最大值可在單個(gè)批處理中處理。
[0007] 大部分定量聚合酶鏈反應(yīng)（qPCR)平臺中的（mXn)格式是為逐樣本化驗(yàn)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì) 的，其中PCR結(jié)果需要是可尋址的，用于后運(yùn)行分析。然而，對于dPCR，每個(gè)PCR結(jié)果的具體 位置或孔可以是不相關(guān)的并且可僅分析每個(gè)樣本正重復(fù)和負(fù)重復(fù)的數(shù)量。
[0008] dPCR的讀取，也就是說，正反應(yīng)的數(shù)量和負(fù)反應(yīng)的數(shù)量，與模板濃度成線性比例， 而qPCR的讀?。ㄐ盘柵c循環(huán)對比）與模板濃度的對數(shù)成比例。為此，dPCR通常被約束為 模板輸入的窄動態(tài)范圍。作為對數(shù)對線性的結(jié)果，dPCR分析提供了比qPCR接近倍數(shù)變化 的更好的分辨率。此外，分辨率在所支持的整個(gè)動態(tài)范圍上保持近似線性。
[0009] 然而，在熱循環(huán)之后為dPCR結(jié)果確定正計(jì)數(shù)和負(fù)計(jì)數(shù)（也被稱作端點(diǎn)讀?。┮?確定或設(shè)置熒光閾值。因此，確定閾值應(yīng)該設(shè)置在什么位置以精確地區(qū)分負(fù)數(shù)和正數(shù)是一 個(gè)挑戰(zhàn)，因?yàn)槊總€(gè)樣本可能無擴(kuò)增或低擴(kuò)增。此外，例如確定樣本體積包含一個(gè)拷貝還是多 個(gè)拷貝也是一個(gè)挑戰(zhàn)。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0010] 在一個(gè)示例性實(shí)施方式中，提供了生成數(shù)字聚合酶鏈反應(yīng)（dPCR)結(jié)果的計(jì)算機(jī) 實(shí)施的方法。該方法包括在擴(kuò)增周期期間的第一時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第一組發(fā)射數(shù)據(jù)， 多個(gè)樣本中的每個(gè)包括在多個(gè)樣本區(qū)域的樣本區(qū)域中。該方法還包括部分地基于第一組發(fā) 射數(shù)據(jù)為多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定?；诙鄠€(gè)樣本的正擴(kuò)增確定 或負(fù)擴(kuò)增確定生成dPCR結(jié)果

【專利附圖】

【附圖說明】
[0011] 圖1是示出可實(shí)現(xiàn)本教導(dǎo)的實(shí)施方式的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)的框圖；
[0012] 圖2是示出可實(shí)現(xiàn)本教導(dǎo)的實(shí)施方式的聚合酶鏈反應(yīng)（PCR)儀器的框圖；
[0013] 圖3是示出了根據(jù)本教導(dǎo)的各種實(shí)施方式的示例性方法的流程圖；
[0014] 圖4A示出了根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式的示例性擴(kuò)增圖；
[0015] 圖4B示出了根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式的相應(yīng)的直方圖；
[0016] 圖5是示出了根據(jù)本教導(dǎo)的各種實(shí)施方式的示例性方法的流程圖；
[0017] 圖6示出了根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式的濾波圖視圖的示例；
[0018] 圖7示出了根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式的濾波圖視圖的另一個(gè)示例；
[0019] 圖8示出了根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式的濾波圖視圖的另一個(gè)示例；
[0020] 圖9還示出了根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式的濾波圖視圖的另一個(gè)示例；
[0021] 圖10示出了根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式的示例性擴(kuò)增圖和相應(yīng)的直方圖的另 一個(gè)示例；以及
[0022] 圖11示出了根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式的示例性擴(kuò)增圖和相應(yīng)的直方圖的另 一個(gè)示例。

【具體實(shí)施方式】
[0023] 與本文中描述的各實(shí)施方式相關(guān)的方法的示例性系統(tǒng)包括以下申請中描述的 系統(tǒng)：第61/541,453號美國臨時(shí)專利申請（案卷號：LT00578PR0)、第61/541,342號美 國臨時(shí)專利申請（案卷號：LT00581PR0)、第29/403,049號美國臨時(shí)專利申請（案卷號： LT00582DES)、第 61/541，495 號美國臨時(shí)專利申請（案卷號：LT00583PR0)、第 61/541，366 號美國臨時(shí)專利申請（案卷號：LT00584. 1PR0)、以及第61/541371號美國臨時(shí)專利申請 (案卷號：LT00594PR0)，以上所有申請都是在2011年9月30日提交的，并且以上所有申請 都通過引用整體地并入本文。
[0024] 為了更全面地理解本發(fā)明提供，下面將描述大量具體細(xì)節(jié)，如具體配置、參數(shù)、示 例等。但是，應(yīng)當(dāng)認(rèn)識到這些描述并不用于限制本發(fā)明的范圍，而是用于更好地描述示例性 實(shí)施方式。
[0025] 本申請涉及可視化大量的數(shù)據(jù)并且，更具體地，涉及可視化、聚集、和分析聚合酶 鏈反應(yīng)（PCR)結(jié)果。
[0026] 根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式，實(shí)時(shí)擴(kuò)增曲線可用于結(jié)合數(shù)字PCR(dPCR)分析以 核實(shí)發(fā)生了真實(shí)的擴(kuò)增。在一些實(shí)施方式中，可通過確定相應(yīng)的定量C,結(jié)果是否是精確的 來確認(rèn)擴(kuò)增。通過能夠?qū)τ跇颖镜恼?負(fù)確定與其相應(yīng)的實(shí)時(shí)擴(kuò)增數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，可更 精確和更高置信度地確定dPCR結(jié)果。此外，比較實(shí)時(shí)擴(kuò)增數(shù)據(jù)與dPCR正/負(fù)確定呈現(xiàn)了 確認(rèn)并驗(yàn)證數(shù)據(jù)的方法。
[0027] 然而，如上文所討論的，對于dPCR結(jié)果，分析了大量的樣本。因此，當(dāng)為每個(gè)PCR 反應(yīng)收集實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)時(shí)，將該數(shù)據(jù)以單個(gè)圖顯示給用戶使得很難在視覺上從低擴(kuò)增或無擴(kuò)增 中區(qū)分真實(shí)的擴(kuò)增。
[0028] 根據(jù)各種實(shí)施方式，用于向用戶呈現(xiàn)用戶界面（其允許選擇感興趣的樣本并允許 用戶視覺上比較正/負(fù)dPCR確定與其相應(yīng)的實(shí)時(shí)擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)）的系統(tǒng)、方法、和計(jì)算機(jī) 可執(zhí)行的指令，可允許dPCR結(jié)果的更高置信度。在一些實(shí)施方式中，用戶可從多個(gè)樣本中 選擇一個(gè)樣本并被提供所選擇的樣本的擴(kuò)增數(shù)據(jù)和相應(yīng)的dPCR正/負(fù)確定的顯示。用這 種方式，用戶還可能能夠識別某組樣本具有低擴(kuò)增或無擴(kuò)增從而為實(shí)驗(yàn)排除故障。例如，用 戶可能能夠確定樣本區(qū)域的遭受由于過度的噪音、污染或串?dāng)_引起的異常擴(kuò)增的部分。此 夕卜，例如，使用該信息，用戶可能能夠定位包含多個(gè)樣本區(qū)域的基底中的發(fā)生污染的特定部 分。
[0029] 此外，為了便于可視化和分析，根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式，C,值的直方圖與實(shí) 時(shí)擴(kuò)增曲線對齊地顯示給用戶以從無擴(kuò)增中區(qū)分?jǐn)U增。具有樣本的一個(gè)或多個(gè)拷貝的樣 本區(qū)域應(yīng)在直方圖中分為其各自的峰值并將不同于非擴(kuò)增峰值（在最大周期的峰值，沒有 C,)。根據(jù)各種實(shí)施方式，該可視化使得能夠?yàn)閿U(kuò)增、低擴(kuò)增、和無擴(kuò)增檢測CT范圍。
[0030] 在其他實(shí)施方式中，也可確定并二進(jìn)制化Rn值從而也可生成直方圖。以這種方 式，可確定具有一個(gè)拷貝、兩個(gè)拷貝等的孔。
[0031] 在各種實(shí)施方式中，本文中描述的設(shè)備、儀器、系統(tǒng)和方法可用于檢測一種或多種 的感興趣生物部分的。這些感興趣的生物成分可以是任何合適的生物目標(biāo)，該生物目標(biāo)包 括但不限于DNA序列（包括無細(xì)胞DNA)、RNA序列、基因、寡核苷酸、分子、蛋白質(zhì)、生物標(biāo) 記、細(xì)胞（例如，循環(huán)腫瘤細(xì)胞）、或任何其他合適的目標(biāo)生物分子。
[0032] 在各實(shí)施方式中，該生物成分可以在應(yīng)用中與各種PCR，qPCR，和/或dPCR方法和 系統(tǒng)結(jié)合使用，這些應(yīng)用例如是胎兒診斷，多重dPCR，病毒檢測和定量標(biāo)準(zhǔn)，基因分型，測序 驗(yàn)證，突變檢測，轉(zhuǎn)基因生物檢測，稀有等位基因檢測和拷貝數(shù)變異。本公開的實(shí)施方式通 常涉及用于監(jiān)視或測量大量小體積樣本的生物反應(yīng)的設(shè)備、儀器、系統(tǒng)和方法。例如，如本 文中所使用的，樣本可被稱為樣本體積或反應(yīng)體積。
[0033] 雖然通常適用于處理大量樣本的定量聚合酶鏈反應(yīng)（qPCR)，但應(yīng)當(dāng)認(rèn)識到根據(jù)本 文中描述的各實(shí)施方式可以使用任何合適的PCR方法。例如，合適的PCR方法包括（但不 限于）數(shù)字PCR、等位基因特異性PCR、不對稱PCR、連接介導(dǎo)PCR、多重PCR、巢式PCR、qPCR、 基因組步移、以及橋式PCR。
[0034] 如下所述，例如，根據(jù)本文中描述的各實(shí)施方式，反應(yīng)點(diǎn)可包括（但不限于）通孔、 孔、凹陷、點(diǎn)、腔、樣本保持區(qū)、以及反應(yīng)室。
[0035] 此外，如本文中所使用的，熱循環(huán)可包括例如使用熱循環(huán)儀，等溫?cái)U(kuò)增，熱對流，紅 外介導(dǎo)熱循環(huán)，或解旋酶擴(kuò)增。在一些實(shí)施方式中，芯片可與內(nèi)置式加熱元件集成。
[0036] 例如，根據(jù)各實(shí)施方式，目標(biāo)檢測可為（但不限于）熒光檢測、正或負(fù)離子檢測、pH 值檢測、電壓檢測、或電流檢測，或其組合。
[0037] 根據(jù)本文中描述的各實(shí)施方式的方法和系統(tǒng)可用于存在與單個(gè)實(shí)體相關(guān)的多個(gè) 離散變量的應(yīng)用區(qū)域中以供數(shù)據(jù)分析。根據(jù)各種實(shí)施方式，一些變量值可能不是全部由系 統(tǒng)用戶手動輸入的。盡管下面的描述屬于用PCR系統(tǒng)設(shè)置用戶定義的樣本支持設(shè)備，本領(lǐng) 域的技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解此處所述的系統(tǒng)和方法可應(yīng)用于采用高密度樣本支持設(shè)備的相似 系統(tǒng)。該相似系統(tǒng)的非限制性示例包括蛋白質(zhì)分析系統(tǒng)、寡核苷酸陣列系統(tǒng)、排序系統(tǒng)、或 在多個(gè)樣本上進(jìn)行實(shí)驗(yàn)的任何其他系統(tǒng)或儀器。
[0038] 在定量PCR(qPCR)中，研究人員和科學(xué)家可視化樣本的實(shí)時(shí)擴(kuò)增曲線以驗(yàn)證發(fā) 生了真實(shí)的擴(kuò)增。真實(shí)的擴(kuò)增可表示獲得的定量C,結(jié)果是精確的。與qPCR相比，數(shù)字 PCR(qPCR)結(jié)果通?；诙鄠€(gè)PCR反應(yīng)的分析。多個(gè)PCR反應(yīng)可以是數(shù)百到數(shù)千個(gè)樣本。 此外，對于多個(gè)樣本中的樣本的每個(gè)PCR反應(yīng)收集實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)。顯示在單個(gè)圖中的擴(kuò)增曲線 的數(shù)量使得難以可視化任何單個(gè)擴(kuò)增曲線。為了便于可視化和分析，各種實(shí)施方式包括在 多個(gè)實(shí)時(shí)擴(kuò)增曲線的相應(yīng)的圖旁邊或與其對齊地顯示的C,值的直方圖，從而從低擴(kuò)增和無 擴(kuò)增中區(qū)分?jǐn)U增。在直方圖中，具有一個(gè)或多個(gè)拷貝的擴(kuò)增的樣本分為直方圖的其各自的 峰值并將與非擴(kuò)增峰值不同。例如，拷貝1、拷貝2、和拷貝3可分為不同的峰值以顯示拷貝 數(shù)變異。換句話說，非擴(kuò)增樣本可在PCR的最大周期分為單個(gè)峰值。此外，可從直方圖中為 擴(kuò)增樣本和非擴(kuò)增樣本可視化C,范圍。應(yīng)當(dāng)認(rèn)識到定量循環(huán)也可被稱作（但不限制為）閾 值周期（C T或CKT)或交叉點(diǎn)（Cp)。
[0039] 根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式，使用具有已知拷貝數(shù)量/濃度的控制樣本的dPCR 實(shí)驗(yàn)的結(jié)果可被分為各自的峰值。因此，根據(jù)各種實(shí)施方式的直方圖可用于可視化與未知 峰值相比的控制峰值。圖11示出了可視化并預(yù)期具有已知拷貝數(shù)量的峰值的選擇區(qū)域。因 此，未知峰值可與已知峰值相比。
[0040] 根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式，第一直方圖可顯示在軸上并且第二直方圖可顯示 在相同軸的另一側(cè)。在其他實(shí)施方式中，第二直方圖可鄰近第一直方圖顯示。在一些實(shí)施 方式中，第二直方圖可用與第一直方圖不同的顏色顯示。此外，可視化可包括多于一個(gè)的目 標(biāo)。每個(gè)目標(biāo)可用不同的顏色顯示以便于用戶識別。
[0041] 參考圖11，圖1100包括兩個(gè)不同目標(biāo)的多個(gè)擴(kuò)增曲線。選擇的區(qū)域1104示出第 一目標(biāo)的正擴(kuò)增。區(qū)域1106示出第二目標(biāo)的正擴(kuò)增。換句話說，多個(gè)目標(biāo)的多個(gè)擴(kuò)增曲線 可一起顯示。根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式，每個(gè)目標(biāo)的正擴(kuò)增可通過使用直方圖比較。 此外，也可以顯示負(fù)擴(kuò)增。因此，本教導(dǎo)的實(shí)施方式可用于多路傳輸系統(tǒng)以及單路傳輸系統(tǒng) 中。
[0042] 在本文所述的其他實(shí)施方式中，濾波器或級聯(lián)濾波器可用于幫助用戶從多個(gè)樣本 中可視化數(shù)據(jù)。在一些實(shí)施方式中，用戶可為數(shù)據(jù)選擇預(yù)定的濾波器從而在用戶界面上為 用戶顯示。在其他實(shí)施方式中，用戶可從多個(gè)樣本中選擇樣本以在用戶界面顯示。例如，在 一些實(shí)施方式中，由用戶選擇的數(shù)據(jù)通過不同的顏色在顯示屏上強(qiáng)調(diào)。此外，未選擇的數(shù)據(jù) 仍然可以可視化，但是不強(qiáng)調(diào)。例如，選擇的數(shù)據(jù)可在用戶界面上用紅色顯示給用戶，而未 選擇的數(shù)據(jù)用淺灰色顯示。以這種方式，為用戶從未選擇的數(shù)據(jù)中突顯選擇的數(shù)據(jù)。
[0043] 計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)
[0044] 本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識到，各實(shí)施方式的操作可使用硬件、軟件、固件或其組合 (視情況而定）來實(shí)施。例如，一些處理可使用處理器或軟件、固件或硬連線邏輯控制下的 其他數(shù)字電路來執(zhí)行。（術(shù)語"邏輯"在本文中是指如由本領(lǐng)域技術(shù)人員所認(rèn)識到的能夠執(zhí) 行上述功能的固定的硬件，可編程邏輯和/或其適當(dāng)?shù)慕M合，。）軟件和固件可存儲在非瞬 態(tài)計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上。一些其他過程可使用模擬電路來實(shí)現(xiàn)，這對本領(lǐng)域普通技術(shù)人員來 說是眾所周知的。此外，存儲器或其他存儲裝置，以及通信部件，也可使用在本發(fā)明的實(shí)施 方式中。
[0045] 圖1是示出了根據(jù)各實(shí)施方式的可用于執(zhí)行處理功能的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)100的框圖。 執(zhí)行實(shí)驗(yàn)的儀器可以與示例性計(jì)算機(jī)系統(tǒng)100連接。根據(jù)各實(shí)施方案，可能使用的儀器為 圖2的熱循環(huán)儀系統(tǒng)200或圖3的熱循環(huán)儀系統(tǒng)300。計(jì)算系統(tǒng)100可包括一個(gè)或多個(gè)處 理器（如處理器104)。例如，處理器104可使用通用或?qū)Ｓ锰幚硪妫ㄈ缥⑻幚砥?，控制?或其他控制邏輯）實(shí)施。在該示例中，處理器104與總線102或其他通信介質(zhì)連接。
[0046] 此外，應(yīng)當(dāng)理解，圖1的計(jì)算系統(tǒng)100可以任何形式實(shí)施，如對于給定應(yīng)用或環(huán)境 可能是期望的或恰當(dāng)?shù)臋C(jī)架式計(jì)算機(jī)、大型機(jī)、超級計(jì)算機(jī)、服務(wù)器、客戶機(jī)、臺式計(jì)算機(jī)、 筆記本電腦、平板計(jì)算機(jī)、手持式計(jì)算設(shè)備（例如，PDA、蜂窩電話、智能電話、掌上電腦等）， 集群網(wǎng)格（cluster grid)，上網(wǎng)本，嵌入式系統(tǒng)，或任何其他類型的專用或通用計(jì)算設(shè)備。 此外，計(jì)算系統(tǒng)1〇〇可包括傳統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)或與LIS/LIMS設(shè)施的集成，其中傳統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng) 包括客戶機(jī)/服務(wù)器環(huán)境和一個(gè)或多個(gè)數(shù)據(jù)庫服務(wù)器。大量傳統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)本領(lǐng)域是已知 的，包括局域網(wǎng)（LAN)或廣域網(wǎng)（WAN)，并且包括無線和/或有線部件。此外，客戶機(jī)/服務(wù) 器環(huán)境、數(shù)據(jù)庫服務(wù)器和網(wǎng)絡(luò)在本領(lǐng)域被充分記載。根據(jù)本文中描述的各種實(shí)施方式，計(jì)算 系統(tǒng)100可配置成與分布式網(wǎng)絡(luò)中的一個(gè)或多個(gè)服務(wù)器連接。計(jì)算系統(tǒng)200可從分布式網(wǎng) 絡(luò)接收信息或更新。計(jì)算系統(tǒng)1〇〇還可傳輸將存儲在分布式網(wǎng)絡(luò)中的信息，該信息可由與 分布式網(wǎng)絡(luò)連接的其他客戶機(jī)訪問。
[0047] 計(jì)算系統(tǒng)100可包括總線102或用于傳送信息的其他通信機(jī)構(gòu)，并且處理器104 與總線102聯(lián)接以處理信息。
[0048] 計(jì)算系統(tǒng)100還包括與總線102聯(lián)接用于存儲將由處理器104執(zhí)行的指令的存儲 器106,該存儲器可以是隨機(jī)訪問存儲器（RAM)或其他動態(tài)存儲器。存儲器106還可用于在 執(zhí)行將由處理器104執(zhí)行的指令期間存儲臨時(shí)變量或其他中間信息。計(jì)算系統(tǒng)100還包括 與總線102聯(lián)接用于存儲處理器104的靜態(tài)信息和指令的只讀存儲器（ROM) 108或其他靜 態(tài)存儲設(shè)備。
[0049] 計(jì)算系統(tǒng)100也可包括存儲設(shè)備110,如磁盤、光盤、或固態(tài)驅(qū)動器（SSD)，其被提 供并聯(lián)接至總線102用于存儲信息和指令。存儲設(shè)備110可包括介質(zhì)驅(qū)動器和可移動存儲 接口。介質(zhì)驅(qū)動器可包括支持固定的或可移動的存儲介質(zhì)的驅(qū)動器或其他機(jī)構(gòu)，如硬盤驅(qū) 動器、軟盤驅(qū)動器、磁帶驅(qū)動器、光盤驅(qū)動器、CD或DVD驅(qū)動器（R或RW)、閃盤驅(qū)動器或其他 可移動的或固定的介質(zhì)驅(qū)動器。如這些示例所示，存儲介質(zhì)可包括計(jì)算機(jī)可讀的存儲介質(zhì)， 該存儲介質(zhì)中存儲有具體的計(jì)算機(jī)軟件、指令或數(shù)據(jù)。
[0050] 在可選的實(shí)施方式中，存儲設(shè)備110可包括其他類似的媒介用于允許計(jì)算機(jī)程序 或其他指令或數(shù)據(jù)加載到計(jì)算機(jī)系統(tǒng)100中。這種媒介可包括例如允許將軟件和數(shù)據(jù)從存 儲設(shè)備110傳送至計(jì)算機(jī)系統(tǒng)100的可移動存儲單元和接口，如程序盒式存儲器和盒式存 儲器接口，可移動存儲器（例如，閃速存儲器或其他可移動存儲模塊）和存儲器插槽，以及 其他可移動存儲單元和接口。
[0051] 計(jì)算系統(tǒng)100還可包括通信接口 118。通信接口 118可用于允許軟件和數(shù)據(jù)在 計(jì)算機(jī)系統(tǒng)1〇〇和外部設(shè)備之間傳送。通信接口 118的示例可包括調(diào)制解調(diào)器、網(wǎng)絡(luò)接口 (如以太網(wǎng)或其他NIC卡）、通信端口（例如，USB端口、RS-232C串行端口）、PCMCIA插槽 和PCMCIA卡、藍(lán)牙等。通過通信接口 118傳送的軟件和數(shù)據(jù)可以是能夠由通信接口 118接 收的電子的、電磁的、光學(xué)的和其他信號的形式。這些信號可由通信接口 118通過諸如無線 介質(zhì)、導(dǎo)線或電纜、光纖、或其他通信介質(zhì)的通道發(fā)送和接收。通道的一些示例包括電話線、 蜂窩電話鏈路、RF鏈路、網(wǎng)絡(luò)接口、局域網(wǎng)或廣域網(wǎng)、以及其他通信通道。
[0052] 計(jì)算系統(tǒng)100可通過總線102聯(lián)接至顯示器112 (如陰極射線管（CRT)或液晶顯 示器（IXD))，其中顯示器212用于為計(jì)算機(jī)用戶顯示信息。例如，包括字母數(shù)字鍵和其他鍵 的輸入設(shè)備114與總線102聯(lián)接，以為處理器104傳遞信息和命令選擇。輸入設(shè)備還可以 是配置有觸摸屏輸入能力的顯示器（如IXD顯示器）。另一種用戶輸入設(shè)備是光標(biāo)控制裝 置116，如用于為處理器104傳遞方向信息和命令選擇以及用于控制光標(biāo)在顯示器112上移 動的鼠標(biāo)、軌跡球或光標(biāo)方向鍵。該輸入設(shè)備通常具有在兩個(gè)軸線上的兩個(gè)自由度（第一 軸線（例如，X)和第二軸線（例如，y))從而允許設(shè)備指定面中的位置。計(jì)算系統(tǒng)100提 供數(shù)據(jù)處理并提供該數(shù)據(jù)的置信水平。與本教導(dǎo)的實(shí)施方式的某些實(shí)施符合的，數(shù)據(jù)處理 和置信度由計(jì)算系統(tǒng)100提供以響應(yīng)處理器104執(zhí)行包含在存儲器106中的一個(gè)或多個(gè)指 令的一個(gè)或多個(gè)序列。該指令可從另一個(gè)計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)（如存儲設(shè)備110)讀入存儲器 106。執(zhí)行包含在存儲器106中的指令序列導(dǎo)致處理器104進(jìn)行本文中描述的過程。可替 代地，硬連線電路可用于代替軟件指令或與軟件指令組合以實(shí)施本教導(dǎo)的實(shí)施方式。因此 本教導(dǎo)的實(shí)施方式的實(shí)施不限于硬件電路和軟件的任何具體組合。
[0053] 本文中使用的術(shù)語"計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)"和"計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品"通常是指涉及向處理 器104提供用于執(zhí)行的一個(gè)或多個(gè)序列或一個(gè)或多個(gè)指令的任何介質(zhì)。當(dāng)執(zhí)行時(shí)，通常被 稱為"計(jì)算機(jī)程序代碼"的該指令（其可以以計(jì)算機(jī)程序的形式或其他分組的形式分組）使 計(jì)算機(jī)系統(tǒng)1〇〇能夠執(zhí)行本發(fā)明的實(shí)施方式的特征和功能。非瞬態(tài)計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)的這些 和其他形式可包括但不限于非易失性介質(zhì)、易失性介質(zhì)和傳輸介質(zhì)。非易失性介質(zhì)包括例 如固態(tài)盤、光盤或磁盤，如存儲設(shè)備110。易失性介質(zhì)包括動態(tài)存儲器，如存儲器106。傳輸 介質(zhì)包括同軸線纜、銅線、及光纖，包括包含總線102的電線。
[0054] 計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)的常見形式包括例如軟盤（floppy disk)、軟盤（flexible disk)、硬盤、磁帶、或任何其他磁性介質(zhì)、CD-ROM、任何其他光學(xué)介質(zhì)，穿孔卡、紙帶、任何其 他具有孔圖案的物理介質(zhì)、RAM、PR0M、和EPROM、FLASH-EPR0M、或任何其他存儲器芯片或盒 式存儲器、如下所述的載波、或者計(jì)算機(jī)可讀取的任何其他介質(zhì)。
[0055] 各種形式的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)可涉及向處理器104運(yùn)送用于執(zhí)行一個(gè)或多個(gè)指令 的一個(gè)或多個(gè)序列。例如，該指令最初可攜帶在遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)的磁盤上。遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)可將該 指令加載到其動態(tài)存儲器中并使用調(diào)制解調(diào)器通過電話線路發(fā)送該指令。計(jì)算系統(tǒng)100的 本地調(diào)制解調(diào)器可接收電話線路上的數(shù)據(jù)并使用紅外發(fā)射器將信號轉(zhuǎn)換為紅外信號。與總 線102聯(lián)接的紅外檢測器可接收紅外信號中攜帶的數(shù)據(jù)并將該數(shù)據(jù)放置在總線102上?？?線102將該數(shù)據(jù)運(yùn)送至存儲器106,處理器104從存儲器106獲取指令并執(zhí)行指令。由存儲 器106接收的指令可選地在由處理器104執(zhí)行之前或執(zhí)行之后存儲在存儲設(shè)備110上。
[0056] 應(yīng)當(dāng)理解的是，為了清楚起見，以上描述參考不同的功能單元和處理器對本發(fā)明 的實(shí)施方式進(jìn)行描述。然而，顯而易見的是，可使用不同功能單元、處理器或域之間的任何 合適的功能分布而不偏離本發(fā)明。例如，上述的將由單獨(dú)的處理器或控制器執(zhí)行的功能可 由同一處理器或控制器執(zhí)行。因此，參考具體的功能單元僅應(yīng)視為參考合適的裝置，以提供 所描述的功能性，而不是指示嚴(yán)格的邏輯或物理結(jié)構(gòu)或組織。
[0057] PCR 儀器
[0058] 如上所述，根據(jù)各實(shí)施方式可使用的儀器為（但不限于）聚合酶鏈反應(yīng)（PCR)儀 器。圖2是示出可實(shí)施本教導(dǎo)的實(shí)施方式的PCR儀器200的框圖。PCR儀器200可包括放 置在多個(gè)樣本212上方的熱覆蓋件210,該多個(gè)樣本212包含在樣本支持設(shè)備（未示出） 中。在各實(shí)施方式中，樣本支持設(shè)備可以是具有多個(gè)樣本區(qū)的玻璃片或塑料片，樣本區(qū)在 其與熱覆蓋件310之間具有覆蓋件。樣本支持設(shè)備的一些示例可包括（但不限于）多孔板 (例如標(biāo)準(zhǔn)的微量滴定96孔板、384孔板）、或微型卡、或基本平的支承件（如玻璃片或塑料 片）。樣本支持設(shè)備的各實(shí)施方式中的樣本區(qū)域可包括形成在基底的表面上規(guī)則或不規(guī)則 的陣列圖案化的凹穴，凹陷，脊?fàn)钔黄?，及其組合。PCR儀器的各實(shí)施方式包括樣本塊214、 用于加熱和冷卻的元件216、熱交換器218、控制系統(tǒng)220和用戶接口 222。根據(jù)本教導(dǎo)的熱 塊組件的各實(shí)施方式包括圖2中PCR儀器的部件214-218。
[0059] 對于圖2中PCR儀器200實(shí)施方式，控制系統(tǒng)220可用于控制檢測系統(tǒng)、熱覆蓋件、 以及熱塊組件的功能。控制系統(tǒng)220可通過圖2中的PCR儀器200的用戶接口 222由終端 用戶訪問。如圖1所示的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)100也可用于提供圖2的PCR儀器200的控制功能以 及用戶接口功能。此外，圖1的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)1〇〇可提供數(shù)據(jù)處理、顯示和報(bào)告準(zhǔn)備功能。所 有這些儀器控制功能可在本地專用于PCR儀器，或者圖1的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)100可提供對下面 將更詳細(xì)討論的控制、分析、以及報(bào)告功能的部分或全部的遠(yuǎn)程控制。
[0060] 已為了說明和描述的目的，提供了本教導(dǎo)的各實(shí)施的以下描述。該描述不是詳盡 的并且不使本教導(dǎo)限于公開的具體形式。根據(jù)上述教導(dǎo)，可進(jìn)行修改和變型，或者可以通過 實(shí)施本教導(dǎo)來獲得修改和變形。此外，所描述的實(shí)施包括軟件，但是本教導(dǎo)可實(shí)施為硬件和 軟件的組合或僅以硬件實(shí)現(xiàn)。本教導(dǎo)可利用面向?qū)ο蠛头敲嫦驅(qū)ο缶幊滔到y(tǒng)實(shí)施。
[0061] 如上所述，本文中描述的各實(shí)施方式是用于可視化目標(biāo)樣本組。如上文中提到的， 從多個(gè)樣本的擴(kuò)增圖聚集有用信息是困難的。換句話說，從單個(gè)圖上的大量擴(kuò)增曲線中區(qū) 分期望的擴(kuò)增曲線是有挑戰(zhàn)性的。因此，為有用的結(jié)果分析和評估數(shù)據(jù)也是有挑戰(zhàn)性的。
[0062] 直方圖
[0063] 根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式，直方圖可顯示定量循環(huán)（C,)的分布。然而，僅從 直方圖可能難以確定可能具有非擴(kuò)增樣本的擴(kuò)增樣本。應(yīng)當(dāng)認(rèn)識到，定量循環(huán)也可被稱作 (但不限制為）閾值周期（C T*CKT)或交叉點(diǎn)（CP)。
[0064] 圖3是示出用于顯示數(shù)據(jù)的可視化的示例性方法300的流程圖。如上所述，所述的 步驟可通過處理器執(zhí)行指令進(jìn)行。在步驟302中，處理器初始化多個(gè)樣本的測試。在步驟 304中，該方法包括處理，同時(shí)接收來自多個(gè)樣本的測試的測量值以向用戶顯示。接下來，在 步驟306中，為多個(gè)樣本中的每一個(gè)確定定量循環(huán)。在步驟308中，二進(jìn)制化確定的樣本的 定量循環(huán)。最后，在步驟301中，顯示二進(jìn)制的定量循環(huán)的直方圖。
[0065] 圖4A示出了顯示多個(gè)樣本的多個(gè)擴(kuò)增曲線的擴(kuò)增圖402。圖4B示出了對應(yīng)于擴(kuò) 增曲線402的多個(gè)樣本的多個(gè)擴(kuò)增曲線值的直方圖412。擴(kuò)增圖402和直方圖412的X軸 顯示了擴(kuò)增循環(huán)的數(shù)量。擴(kuò)增圖402的y軸顯示了標(biāo)準(zhǔn)化報(bào)告熒光信號和基線熒光信號之 間的差值A(chǔ)R n。ARn通過PCR表示熒光信號的大小。直方圖412的y軸是具有特定的定量 循環(huán)（C q)的樣本的頻率。
[0066] 根據(jù)各種實(shí)施方式，擴(kuò)增圖402可在直方圖412的旁邊顯示以使相應(yīng)的區(qū)域可被 用戶容易地觀察到。例如，用擴(kuò)增圖402和直方圖412都顯示區(qū)域404、406、408和410。在 一些實(shí)施方式中，擴(kuò)增圖402和直方圖412顯示在用戶界面的適當(dāng)位置上以使相應(yīng)的區(qū)域 以便于用戶比較該區(qū)域的方式顯示。例如，直方圖412的相應(yīng)區(qū)域可直接顯示在擴(kuò)增圖的 區(qū)域下面。在一些實(shí)施方式中，用戶可選擇待突顯的特定區(qū)域。這些范圍在直方圖和擴(kuò)增 圖中是可拖動的并對應(yīng)于相同的循環(huán)值。此外，可在擴(kuò)增圖或直方圖中進(jìn)行選擇。在其他 實(shí)施方式中，處理器可自動選擇待向用戶突顯的區(qū)域。
[0067] 在圖4A和圖4B中所示的示例中，顯示了多個(gè)樣本的PCR結(jié)果。通過檢查直方圖 412,可看出一些樣本在循環(huán)24之前被擴(kuò)增。然而，可發(fā)現(xiàn)在擴(kuò)增圖402中在循環(huán)24之前 沒有真實(shí)的擴(kuò)增。因此，用戶可確定具有定量循環(huán)的樣本在循環(huán)24之前不是真實(shí)的擴(kuò)增或 者是否具有低擴(kuò)增。
[0068] 作為另一個(gè)示例，圖10示出了在相應(yīng)的擴(kuò)增圖旁邊的示例性直方圖。在該示例 中，無擴(kuò)增的指示1002在循環(huán)40。在該示例中，指示1002由有色條顯示。
[0069] 此外，用戶可能能夠在包括多個(gè)樣本的組中可視化峰值和定量循環(huán)值的分布。以 這種方式，用戶可能能夠可視化定量循環(huán)是否包括正擴(kuò)增或負(fù)擴(kuò)增。此外，如正C,、最大正 C,、最小負(fù)C,、最大負(fù)C,可用于為真實(shí)的擴(kuò)增與不確定的擴(kuò)增和非擴(kuò)增設(shè)定范圍。
[0070] 級聯(lián)濾波器
[0071] 在本教導(dǎo)的其他實(shí)施方式中，可在最高階通過各種分類或分組機(jī)制顯示、表現(xiàn)、和 匯總多個(gè)實(shí)驗(yàn)。在本文所述的各種實(shí)施方式中，數(shù)據(jù)集可通過數(shù)據(jù)的單獨(dú)屬性分組，如化 驗(yàn)、樣本或?qū)嶒?yàn)。此外，在其他實(shí)施方式中，數(shù)據(jù)可通過混合或結(jié)合屬性分組，如目標(biāo)樣本或 目標(biāo)樣本稀釋。這些數(shù)據(jù)分組允許用戶在高階穿過整個(gè)數(shù)據(jù)集整理、分類和調(diào)查它們的數(shù) 據(jù)。用于數(shù)據(jù)集的該高階分組的性質(zhì)是任意的。然而，應(yīng)用的特定分組是通過軟件被設(shè)計(jì) 為支持科學(xué)領(lǐng)域來限定的。根據(jù)各種實(shí)施方式，濾波器可被級聯(lián)以使用戶可能能夠以有用 的方式可視化大量的結(jié)果。
[0072] 當(dāng)用戶通過給定的數(shù)據(jù)集調(diào)查或滾動時(shí)，本文所述的實(shí)施方式提供了數(shù)據(jù)集的附 加的濾波視圖以使得能夠進(jìn)一步研究數(shù)據(jù)集中的相關(guān)子組的細(xì)節(jié)、特征和關(guān)系。選擇一個(gè) 或多個(gè)高階組提供了數(shù)據(jù)子組的附加的詳細(xì)數(shù)據(jù)顯示。該模式可重復(fù)下降到數(shù)據(jù)集中的數(shù) 據(jù)的最不可分割的階。子組顯示可包括數(shù)據(jù)的表格列表；圖形可視化，如圖表、圖形、熱點(diǎn) 圖、圖、以及在Π 顯示中用于未選擇的、未包含的、或省略的數(shù)據(jù)的各種鏈接。
[0073] 當(dāng)用戶繼續(xù)研究數(shù)據(jù)集或數(shù)據(jù)集中的子組時(shí)，在任意子組階選擇單個(gè)數(shù)據(jù)元素進(jìn) 一步過濾了顯示的數(shù)據(jù)以及在其較低子組顯示中的可視化。
[0074] 此外，本教導(dǎo)的實(shí)施方式允許用戶標(biāo)記、選擇或省略子組中的數(shù)據(jù)，以及向不同階 或子組的數(shù)據(jù)應(yīng)用手動設(shè)置或重載。
[0075] 圖5示出了描述用于顯示過濾結(jié)果的示例性方法500的流程圖。在步驟502中， 處理器初始化多個(gè)樣本的測試。在步驟504中，該方法包括從多個(gè)樣本測試中顯示結(jié)果的 第一圖形表示。在步驟506中，接收來自多個(gè)樣本的第一選擇的樣本。第一選擇的樣本結(jié) 果和多個(gè)樣本的剩余樣本的結(jié)果的第二圖形表示，在步驟508。第一選擇的樣本結(jié)果對比剩 余樣本的結(jié)果被突顯。根據(jù)各種實(shí)施方式，選擇的樣本用顏色顯示而剩余的樣本用暗色顯 /_J、1 〇
[0076] 圖6示出了根據(jù)各種實(shí)施方式的RNaseP目標(biāo)（高階組）的選擇，具有匯總的數(shù)據(jù)， 帶有結(jié)果表格602的子組數(shù)據(jù)顯示和擴(kuò)增圖606的子組數(shù)據(jù)顯示。在各個(gè)孔中一些樣本的 選擇604已經(jīng)在結(jié)果表格602中標(biāo)記。選擇604反映在擴(kuò)增圖上。例如，選擇的樣本反映 為選擇的擴(kuò)增曲線608。此外，未選擇的孔也在背景中顯示在擴(kuò)增圖606上，如未選擇的擴(kuò) 增曲線610。
[0077] 參考圖7,根據(jù)各種實(shí)施方式，用戶可手動重寫由處理器生成或計(jì)算的子組中的數(shù) 據(jù)的確定。例如，處理器可自動地確定樣本的擴(kuò)增是負(fù)擴(kuò)增還是低擴(kuò)增。然而，用戶可選擇 菜單702以手動地將負(fù)擴(kuò)增確定或低擴(kuò)增確定重寫為正擴(kuò)增確定。
[0078] 圖8示出了通過將目標(biāo)樣本的屬性與匯總數(shù)據(jù)元素混合的數(shù)據(jù)集的高階分組。濾 波的子組示出了選擇的單個(gè)數(shù)據(jù)、手動重寫、在提供給用戶的可視化上同步數(shù)據(jù)顯示。此 夕卜，通過在背景中顯示未選擇的孔示出了用于選擇的數(shù)據(jù)的上下文相關(guān)性。之前從其他子 組（見圖7)的選擇可被保存并在其頂階分組中表示。
[0079] 根據(jù)本文所述的各種實(shí)施方式，圖9示出了通過化驗(yàn)的頂階分組，其中所選擇的 化驗(yàn)通過實(shí)驗(yàn)顯示濾波的子組。選擇的化驗(yàn)通過孔結(jié)果表格902中的實(shí)驗(yàn)顯示濾波的子 組。選擇的孔還可顯著地顯示在散點(diǎn)圖904上，而未選擇的孔906顯示在圖的背景中。
[0080] 因此，根據(jù)以上描述，本公開的一些示例包括以下：
[0081] 在另一個(gè)示例中，提供了生成數(shù)字聚合酶鏈反應(yīng)（dPCR)結(jié)果的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方 法。該方法包括在擴(kuò)增周期期間的第一時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第一組發(fā)射數(shù)據(jù)，多個(gè)樣本 中的每個(gè)包括在多個(gè)樣本區(qū)域的樣本區(qū)域中；部分地基于第一組發(fā)射數(shù)據(jù)為多個(gè)樣本的每 個(gè)樣本確定正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定；以及基于多個(gè)樣本的正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定生成 dPCR結(jié)果。
[0082] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該方法還可包括在擴(kuò)增周期 期間的第二時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第二組發(fā)射數(shù)據(jù)，其中第一組發(fā)射數(shù)據(jù)和第二組發(fā)射數(shù) 據(jù)包括在用于多個(gè)樣本中的每個(gè)的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)中。
[0083] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該方法還可包括在擴(kuò)增周期 中的熱循環(huán)的每個(gè)階段之后從多個(gè)樣本中檢測發(fā)射數(shù)據(jù)以生成擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)。
[0084] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該方法還包括在擴(kuò)增周期期 間檢測實(shí)時(shí)發(fā)射數(shù)據(jù)以生成擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)。
[0085] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，為多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定 正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定包括：為多個(gè)樣本中的每一個(gè)確定定量循環(huán)；二進(jìn)制化多個(gè)確定 的定量循環(huán)；以及為多個(gè)樣本顯示二進(jìn)制定量循環(huán)的直方圖。
[0086] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該方法還包括基于樣本的擴(kuò) 增曲線數(shù)據(jù)確定多個(gè)樣本中的樣本的有效測試。
[0087] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該方法還包括向用戶顯示擴(kuò) 增曲線數(shù)據(jù)和正確定或負(fù)確定
[0088] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)與直方圖一起 顯示給用戶。
[0089] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，低于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為無效測試。
[0090] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，高于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0091] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，在預(yù)定的范圍中的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0092] 在另一個(gè)示例中，提供了計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，該介質(zhì)編碼有指令，該指令可由處理器 執(zhí)行。該指令包括：用于在擴(kuò)增周期期間的第一時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第一組發(fā)射數(shù)據(jù)的 指令，多個(gè)樣本中的每個(gè)包括在多個(gè)樣本區(qū)域的樣本區(qū)域中；用于在擴(kuò)增周期期間的第二 時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第二組發(fā)射數(shù)據(jù)的指令，其中第一組發(fā)射數(shù)據(jù)和第二組發(fā)射數(shù)據(jù)包 括在用于多個(gè)樣本中的每個(gè)的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)中；用于部分地基于相應(yīng)的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)為多 個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定的指令；以及用于基于多個(gè)樣本的正擴(kuò)增 確定或負(fù)擴(kuò)增確定生成dPCR結(jié)果的指令。
[0093] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，用于為多個(gè)樣本的每個(gè)樣本 確定正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定的指令包括：用于為多個(gè)樣本中的每個(gè)確定定量循環(huán)的指 令；用于二進(jìn)制化多個(gè)確定的定量循環(huán)的指令；以及用于為多個(gè)樣本顯示二進(jìn)制定量循環(huán) 的直方圖的指令。
[0094] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)還包括用于 基于樣本的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)確定多個(gè)樣本中的樣本的有效測試的指令。
[0095] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該指令還包括用于向用戶顯 示擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)和正確定或負(fù)確定的指令。
[0096] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)與直方圖一起 顯示給用戶。
[0097] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，低于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為無效測試。
[0098] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，高于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0099] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，在預(yù)定的范圍中的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0100] 在另一個(gè)示例中，提供了用于生成數(shù)字聚合酶鏈反應(yīng)結(jié)果（dPCR)的系統(tǒng)，該系統(tǒng) 包括用于在多個(gè)樣本上進(jìn)行擴(kuò)增的熱循環(huán)儀；處理器；以及編碼有指令的存儲器，該指令 用于：在擴(kuò)增周期期間的第一時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第一組發(fā)射數(shù)據(jù)，多個(gè)樣本中的每個(gè) 包括在多個(gè)樣本區(qū)域的樣本區(qū)域中；在擴(kuò)增周期期間的第二時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第二組 發(fā)射數(shù)據(jù)，其中第一組發(fā)射數(shù)據(jù)和第二組發(fā)射數(shù)據(jù)包括在用于多個(gè)樣本中的每個(gè)的擴(kuò)增曲 線數(shù)據(jù)中；部分地基于相應(yīng)的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)為多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò) 增確定；以及基于多個(gè)樣本的正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定生成dPCR結(jié)果。
[0101] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該系統(tǒng)還包括在擴(kuò)增周期中 的熱循環(huán)的每個(gè)階段之后從多個(gè)樣本中檢測發(fā)射數(shù)據(jù)以生成擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)。
[0102] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該方法還包括用于在擴(kuò)增周 期期間檢測實(shí)時(shí)發(fā)射數(shù)據(jù)以生成擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)的指令。
[0103] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，為多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定 正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定包括：為多個(gè)樣本中的每一個(gè)確定定量循環(huán)；二進(jìn)制化多個(gè)確定 的定量循環(huán)；以及為多個(gè)樣本顯示二進(jìn)制定量循環(huán)的直方圖。
[0104] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該系統(tǒng)還包括基于樣本的擴(kuò) 增曲線數(shù)據(jù)確定多個(gè)樣本中的樣本的有效測試。
[0105] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該系統(tǒng)還包括向用戶顯示擴(kuò) 增曲線數(shù)據(jù)和正確定或負(fù)確定
[0106] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)與直方圖一起 顯示給用戶。
[0107] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，低于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為無效測試。
[0108] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，高于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0109] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，在預(yù)定的范圍中的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0110] 在另一個(gè)示例中，提供了用于可視化多個(gè)數(shù)據(jù)圖的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法。該方法包 括：初始化多個(gè)樣本的測試；處理同時(shí)接收來自多個(gè)樣本的測試的測量值以向用戶顯示； 為多個(gè)樣本中的每個(gè)確定定量循環(huán)；二進(jìn)制化多個(gè)確定的定量循環(huán)；以及為多個(gè)樣本顯示 二進(jìn)制定量循環(huán)的直方圖。
[0111] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法還包括基 于直方圖確定多個(gè)樣本中的樣本的有效測試。
[0112] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，來自多個(gè)樣本的測試的測量 值作為多個(gè)擴(kuò)增曲線向用戶顯示。
[0113] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，多個(gè)擴(kuò)增曲線與直方圖一起 顯示給用戶。
[0114] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，低于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為無效測試。
[0115] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，高于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0116] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，在預(yù)定的范圍中的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0117] 在另一個(gè)示例中，提供了計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，該介質(zhì)編碼有指令，該指令可由處理器 執(zhí)行。該指令包括：用于初始化多個(gè)樣本的測試的指令；用于處理同時(shí)接收來自多個(gè)樣本 的測試的測量值以向用戶顯示的指令；用于為多個(gè)樣本中的每個(gè)確定C,的指令；用于二進(jìn) 制化多個(gè)確定的定量循環(huán)的指令；以及用于為多個(gè)樣本顯示二進(jìn)制定量循環(huán)的直方圖的指 令。
[0118] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該指令還包括用于基于直方 圖確定多個(gè)樣本中的樣本的有效測試的指令。
[0119] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，來自多個(gè)樣本的測試的測量 值作為多個(gè)擴(kuò)增曲線向用戶顯示。
[0120] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，多個(gè)擴(kuò)增曲線與直方圖一起 顯示給用戶。
[0121] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，低于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為無效測試。
[0122] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，高于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0123] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，在預(yù)定的范圍中的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0124] 在另一個(gè)示例中，提供了用于可視化多個(gè)數(shù)據(jù)圖的系統(tǒng)。該系統(tǒng)包括：處理器；編 碼有指令的存儲器，該指令用于：初始化多個(gè)樣本的測試；處理同時(shí)接收來自多個(gè)樣本的 測試的測量值以向用戶顯示；為多個(gè)樣本中的每個(gè)確定定量循環(huán)；二進(jìn)制化多個(gè)確定的定 量循環(huán)；以及為多個(gè)樣本顯示二進(jìn)制定量循環(huán)的直方圖。
[0125] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，該指令還包括用于基于直方 圖確定多個(gè)樣本中的樣本的有效測試的指令。
[0126] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，來自多個(gè)樣本的測試的測量 值作為多個(gè)擴(kuò)增曲線向用戶顯示。
[0127] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，多個(gè)擴(kuò)增曲線與直方圖一起 顯示給用戶。
[0128] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，低于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為無效測試。
[0129] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，高于預(yù)定的閾值的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0130] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，在預(yù)定的范圍中的定量循環(huán) 被確定為有效測試。
[0131] 在另一個(gè)示例中，提供了用于可視化多個(gè)數(shù)據(jù)圖的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法。該方法包 括：初始化多個(gè)樣本的測試；顯示來自多個(gè)樣本的測試的結(jié)果的第一圖形表示；接收來自 多個(gè)樣本的第一選擇的樣本；以及顯示第一選擇的樣本的結(jié)果和多個(gè)樣本的剩余樣本的結(jié) 果的圖形表示，其中第一選擇的樣本的結(jié)果對比剩余樣本的結(jié)果被突顯。
[0132] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，第一選擇的樣本通過顏色突 顯。
[0133] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法還包括：基 于第一選擇的樣本接收第二選擇的樣本；顯示第二選擇的樣本的結(jié)果的第三圖形顯示和多 個(gè)樣本的剩余樣本的結(jié)果，其中第二選擇的樣本的結(jié)果對比剩余樣本的結(jié)果被突顯。
[0134] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，第一選擇的樣本基于樣本的 特征是動態(tài)確定的。
[0135] 此外或可替代地，在上文公開的一個(gè)或多個(gè)示例中，第一選擇的樣本基于多個(gè)樣 本中的每個(gè)樣本的結(jié)果的特征是動態(tài)確定的。
[0136] 雖然已經(jīng)根據(jù)某些示例性實(shí)施方式、示例和應(yīng)用描述了各種實(shí)施方式，但是對于 本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見的是，可進(jìn)行各種修改和改變而不背離本發(fā)明。
【權(quán)利要求】
1. 生成數(shù)字聚合酶鏈反應(yīng)（dPCR)結(jié)果的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，所述方法包括： 在擴(kuò)增周期期間的第一時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第一組發(fā)射數(shù)據(jù)，所述多個(gè)樣本中的每 個(gè)包括在多個(gè)樣本區(qū)域的樣本區(qū)域中； 部分地基于所述第一組發(fā)射數(shù)據(jù)為所述多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò) 增確定；以及 基于所述多個(gè)樣本的所述正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定生成dPCR結(jié)果。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，還包括： 在擴(kuò)增周期期間的第二時(shí)間從所述多個(gè)樣本中檢測第二組發(fā)射數(shù)據(jù)，其中所述第一組 發(fā)射數(shù)據(jù)和所述第二組發(fā)射數(shù)據(jù)包括在用于所述多個(gè)樣本中的每個(gè)的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)中。
3. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，還包括： 在所述擴(kuò)增周期中的熱循環(huán)的每個(gè)階段之后從所述多個(gè)樣本中檢測發(fā)射數(shù)據(jù)以生成 所述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)。
4. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，還包括： 在所述擴(kuò)增周期期間檢測實(shí)時(shí)發(fā)射數(shù)據(jù)以生成所述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)。
5. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，其中為所述多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定正 擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定包括： 為所述多個(gè)樣本中的每一個(gè)確定定量循環(huán)； 二進(jìn)制化所述多個(gè)確定的定量循環(huán)；以及 為所述多個(gè)樣本顯示所述二進(jìn)制定量循環(huán)的直方圖。
6. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，還包括： 基于所述樣本的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)確定所述多個(gè)樣本中的樣本的有效測試。
7. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，還包括： 向用戶顯示所述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)和所述正確定或所述負(fù)確定。
8. 根據(jù)權(quán)利要求5所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，其中所述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)與所述直方圖一 起顯示給用戶。
9. 根據(jù)權(quán)利要求5所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，其中低于預(yù)定的閾值的定量循環(huán)被確定 為無效測試。
10. 根據(jù)權(quán)利要求5所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，其中高于預(yù)定的閾值的定量循環(huán)被確 定為有效測試。
11. 根據(jù)權(quán)利要求5所述的計(jì)算機(jī)實(shí)施的方法，其中在預(yù)定的范圍中的定量循環(huán)被確 定為有效測試。
12. 計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，所述計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)編碼有指令，所述指令可由處理器執(zhí)行，所 述指令包括： 用于在擴(kuò)增周期期間的第一時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第一組發(fā)射數(shù)據(jù)的指令，所述多個(gè) 樣本中的每個(gè)包括在多個(gè)樣本區(qū)域的樣本區(qū)域中； 用于在擴(kuò)增周期期間的第二時(shí)間從所述多個(gè)樣本中檢測第二組發(fā)射數(shù)據(jù)的指令，其中 所述第一組發(fā)射數(shù)據(jù)和所述第二組發(fā)射數(shù)據(jù)包括在用于所述多個(gè)樣本中的每個(gè)的擴(kuò)增曲 線數(shù)據(jù)中； 用于部分地基于所述相應(yīng)的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)為所述多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定正擴(kuò)增確 定或負(fù)擴(kuò)增確定的指令；以及 用于基于所述多個(gè)樣本的所述正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定生成dPCR結(jié)果的指令。
13. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其中用于為所述多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確 定正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定的指令包括： 用于為所述多個(gè)樣本中的每個(gè)確定定量循環(huán)的指令； 用于二進(jìn)制化所述多個(gè)確定的定量循環(huán)的指令；以及 用于為所述多個(gè)樣本顯示所述二進(jìn)制定量循環(huán)的直方圖的指令。
14. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，還包括： 用于基于所述樣本的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)確定所述多個(gè)樣本中的樣本的有效測試的指令。
15. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其中所述指令還包括用于向用戶顯示所 述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)和所述正確定或所述負(fù)確定的指令。
16. 根據(jù)權(quán)利要求13所述的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其中所述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)與所述直方圖一 起顯示給用戶。
17. 根據(jù)權(quán)利要求13所述的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其中低于預(yù)定的閾值的定量循環(huán)被確定 為無效測試。
18. 根據(jù)權(quán)利要求13所述的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其中高于預(yù)定的閾值的定量循環(huán)被確定 為有效測試。
19. 根據(jù)權(quán)利要求13所述的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其中在預(yù)定的范圍中的定量循環(huán)被確定 為有效測試。
20. 用于生成數(shù)字聚合酶鏈反應(yīng)結(jié)果（dPCR)的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括： 熱循環(huán)儀，用于在多個(gè)樣本上進(jìn)行擴(kuò)增； 處理器；以及 存儲器，所述存儲器編碼有指令，所述指令用于： 在擴(kuò)增周期期間的第一時(shí)間從多個(gè)樣本中檢測第一組發(fā)射數(shù)據(jù)，所述多個(gè)樣本中的每 個(gè)包括在多個(gè)樣本區(qū)域的樣本區(qū)域中； 在擴(kuò)增周期期間的第二時(shí)間從所述多個(gè)樣本中檢測第二組發(fā)射數(shù)據(jù)，其中所述第一組 發(fā)射數(shù)據(jù)和所述第二組發(fā)射數(shù)據(jù)包括在用于所述多個(gè)樣本中的每個(gè)的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)中； 部分地基于所述相應(yīng)的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)為所述多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定正擴(kuò)增確定或 負(fù)擴(kuò)增確定；以及 基于所述多個(gè)樣本的所述正擴(kuò)增確定或負(fù)擴(kuò)增確定生成dPCR結(jié)果。
21. 根據(jù)權(quán)利要求20所述的系統(tǒng)，還包括： 在所述擴(kuò)增周期中的熱循環(huán)的每個(gè)階段之后從所述多個(gè)樣本中檢測發(fā)射數(shù)據(jù)以生成 所述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)。
22. 根據(jù)權(quán)利要求20所述的系統(tǒng)，還包括： 在所述擴(kuò)增周期期間檢測實(shí)時(shí)發(fā)射數(shù)據(jù)以生成所述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)。
23. 根據(jù)權(quán)利要求20所述的系統(tǒng)，其中為所述多個(gè)樣本的每個(gè)樣本確定正擴(kuò)增確定或 負(fù)擴(kuò)增確定包括： 為所述多個(gè)樣本中的每一個(gè)確定定量循環(huán)； 二進(jìn)制化所述多個(gè)確定的定量循環(huán)；以及 為所述多個(gè)樣本顯示所述二進(jìn)制定量循環(huán)的直方圖。
24. 根據(jù)權(quán)利要求20所述的系統(tǒng)，還包括： 基于所述樣本的擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)確定所述多個(gè)樣本中的樣本的有效測試。
25. 根據(jù)權(quán)利要求20所述的系統(tǒng)，還包括： 向用戶顯示所述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)和所述正確定或所述負(fù)確定。
26. 根據(jù)權(quán)利要求23所述的系統(tǒng)，其中所述擴(kuò)增曲線數(shù)據(jù)與所述直方圖一起顯示給用 戶。
27. 根據(jù)權(quán)利要求23所述的系統(tǒng)，其中低于預(yù)定的閾值的定量循環(huán)被確定為無效測 試。
28. 根據(jù)權(quán)利要求23所述的系統(tǒng)，其中高于預(yù)定的閾值的定量循環(huán)被確定為有效測 試。
29. 根據(jù)權(quán)利要求23所述的系統(tǒng)，其中在預(yù)定的范圍中的定量循環(huán)被確定為有效測 試。
【文檔編號】C12Q1/68GK104093853SQ201280058576
【公開日】2014年10月8日 申請日期:2012年9月28日 優(yōu)先權(quán)日:2011年9月30日
【發(fā)明者】戈登·亞納威, 曼朱拉·阿利米納蒂, 吳若云, 大衛(wèi)·方特斯丘, 沈明 申請人:生命技術(shù)公司