用于治療、診斷和監(jiān)測(cè)阿爾茨海默病的方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明提供受試者中阿爾茨海默病(AD)的診斷和預(yù)后的方法，所述方法包括檢測(cè)在來(lái)自所述受試者的樣品中存在或不存在一種或多種遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。還提供了預(yù)測(cè)受試者對(duì)用于治療AD的治療劑的應(yīng)答的方法。
【專(zhuān)利說(shuō)明】用于治療、診斷和監(jiān)測(cè)阿爾茨海默病的方法
發(fā)明領(lǐng)域
[0001]提供鑒定、診斷和預(yù)測(cè)阿爾茨海默病(AD)(包括AD的特定亞型)的方法，以及治療AD (包括特定的患者亞群)的方法。還提供用于鑒定有效的AD治療劑并且預(yù)測(cè)對(duì)AD治療劑的應(yīng)答性的方法。
[0002]背景
[0003]阿爾茨海默病(Alzheimer' s Disease, AD)是一種與認(rèn)知和記憶功能進(jìn)行性喪失和最終癡呆癥(dementia)相關(guān)的中樞神經(jīng)系統(tǒng)神經(jīng)變性疾病。AD是發(fā)達(dá)國(guó)家中最顯著的和常見(jiàn)的癡呆癥病因，占所有癡呆癥病例的60%以上。在尸體解剖中在AD患者中觀察到兩種病理性特征:在海馬、大腦皮質(zhì)和腦部對(duì)認(rèn)知功能重要的其他區(qū)域中的細(xì)胞外斑塊和細(xì)胞內(nèi)纏結(jié)。斑塊主要由淀粉狀蛋白β (Αβ)的沉積形成，所述淀粉狀蛋白β是一種來(lái)源于淀粉狀蛋白前體蛋白(APP)的肽。
[0004]AD的頻率隨成年期的每個(gè)十年增加，在85歲以上人群中達(dá)到20-40%。由于越來(lái)越多的人將活到八十多歲和九十多歲，預(yù)計(jì)在接下來(lái)的20年內(nèi)患者數(shù)目將增至三倍。在美國(guó)有超過(guò)五百萬(wàn)人患有AD，其中每年有800，000例死亡與AD相關(guān)。在2011年，護(hù)理AD患者的費(fèi)用估計(jì)為總共1830億美元。AD還對(duì)家庭成員和護(hù)理者產(chǎn)生沉重的感情代價(jià):在美國(guó)約有1490萬(wàn)人護(hù)理AD患者。AD患者在診斷后平均生活7至10年，并且平均5年的時(shí)間在家庭或在療養(yǎng)院的看護(hù)下。
[0005]早發(fā)型阿爾茨海默病(Early-onsetAlzheimer' s disease, EOAD)是一種罕見(jiàn)形式的阿爾茨海默病，其中個(gè)體在65歲之前診斷患有該病。所有阿爾茨海默病患者中不到10%的患者具有E0AD。大約一半的EOAD病例是家族性的，其中疾病遺傳性按照常染色體顯性模式遺傳。沒(méi)有發(fā)現(xiàn)明顯的遺傳性模式的AD病例稱(chēng)為“偶發(fā)性的”。迄今為止，已經(jīng)在具有家族性EOAD的家族中鑒定了三種基因中的突變，包括在21號(hào)染色體上的淀粉狀蛋白前體蛋白(APP)，在14號(hào)染色體上的早老蛋白I(PSENl)和在I號(hào)染色體上的早老蛋白
2(PSEN2) 0在APP和早老蛋白基因中的大部分致病性突變與APP的異常加工相關(guān)，這導(dǎo)致淀粉狀蛋白斑塊中主要成分Αβ 42的產(chǎn)生增加。
[0006]晚發(fā)型阿爾茨海默病(Late-onset Alzheimer' s disease,LOAD)是最常見(jiàn)形式的阿爾茨海默病，占約90%的病例并且通常在65歲之后發(fā)生。LOAD幾乎占85歲以上的所有個(gè)體中的一半，并且典型地是偶發(fā)性的?；诔蓪?duì)研究(twin studies)，該疾病的遺傳可能性估計(jì)為79%，在男性和女性之間的流行性或遺傳可能性沒(méi)有差異(控制年齡后)(Gatz，等，Arch.Gen.Psychiatry, 63:168-74 (2006))。目前鑒定為與早發(fā)型阿爾茨海默病相關(guān)的單基因突變似乎不參與晚發(fā)型阿爾茨海默病。
[0007]盡管還沒(méi)有發(fā)現(xiàn)引起晚發(fā)型形式的AD的特定的基因，但是增加人們發(fā)生該疾病的危險(xiǎn)的一個(gè)遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素與在19號(hào)染色體上發(fā)現(xiàn)的載脂蛋白E(APOE)基因相關(guān)。早期的AD遺傳研究證明與19號(hào)染色體上含有APOE基因的這一區(qū)域的相關(guān)性和連鎖性(Schellenberg,等，J.Neurogenet.(神經(jīng)遺傳學(xué)雜志)，4:97-108 (1987) ；Pericak-Vance,等，Am.J.Hum.Gen.(美國(guó)人類(lèi)遺傳學(xué)雜志)，48:1034-1050 (1991))。APOE基因具有三個(gè)常見(jiàn)的等位基因，稱(chēng)為ε 2、ε3和ε 4。與常見(jiàn)的ε 3等位基因相比，ε 4等位基因增加AD的危險(xiǎn)性，而ε 2等位基因減少AD的危險(xiǎn)性。(Corder，等(1993) Science (科學(xué))，281 =921-923 ；Corder等(1994) Nat.Genet.(自然遺傳學(xué))7:180-184)。盡管對(duì)于一般群體到85歲的AD的終生危險(xiǎn)(lifetime risk,LTR)為11-14%，但是對(duì)于AP0E3/4攜帶者LTR升高至23-35%，并且對(duì)于 AP0E4/4 攜帶者升高至 51-68% (Genin 等(2011)Molecular Psychiatry (分子精神病學(xué))16 =903-907)。對(duì)于AP0E2/4攜帶者的AD危險(xiǎn)性與具有中性基因型AP0E3/3的受試者的相同，而AP0E2/3攜帶者具有減少的危險(xiǎn)性。盡管40-65%的AD患者具有至少一個(gè)拷貝的APOE- ε 4等位基因,但是APOE- ε 4不是該疾病的必需的決定因素，原因在于至少二分之一的AD患者是APOE- ε 4陰性的，并且一些APOE- ε 4純合子從來(lái)不發(fā)生該疾病。因此，該等位基因本身對(duì)于AD診斷是不充分的(Ertekin-Taner (2007)Neurol.Clin.25:811)。
[0008]目前，診斷AD的主要方法包括考慮詳細(xì)的患者病史、實(shí)施記憶和心理學(xué)測(cè)試并且排除其他關(guān)于記憶喪失的解釋?zhuān)〞簳r(shí)性(例如，抑郁或維生素B12缺乏)或永久性(例如中風(fēng))病況。以這種方法，直至死亡后AD才能被最終診斷，在死亡后，尸體解剖揭示在患者腦中的疾病特有的淀粉狀蛋白斑塊和神經(jīng)原纖維纏結(jié)。另外，臨床診斷步驟僅在患者已經(jīng)開(kāi)始表現(xiàn)出顯著的、異常的記憶喪失或個(gè)性變化后有幫助。到那時(shí)，患者可能已經(jīng)患有AD數(shù)年了。例如，能夠允許醫(yī)師在疾病進(jìn)程的早期鑒定AD或鑒定處于發(fā)生該疾病的高危險(xiǎn)性中的個(gè)體的診斷測(cè)試將提供在該疾病進(jìn)程的早期階段進(jìn)行干預(yù)的選擇。與晚期干預(yù)相比，在疾病進(jìn)程的早期干預(yù)通過(guò)延遲疾病發(fā)病或進(jìn)展的確通常導(dǎo)致更好的治療結(jié)果。因此，需要診斷和輔助AD診斷的其他方法。[0009]概述
[0010]本發(fā)明提供診斷和預(yù)后受試者中的阿爾茨海默病(AD)的方法，所述方法包括檢測(cè)在來(lái)自所述受試者的樣品中存在或不存在一種或多種遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在表示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD，如本文公開(kāi)的。
[0011]在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種篩選在具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中對(duì)AD的發(fā)生具有有害或有益作用的遺傳變異的方法，所述方法包括，與年齡在75歲以上、無(wú)AD并且具有至少一種APOE- ε 4等位基因的對(duì)照受試者相比，鑒定在年齡在65歲以下、患有AD并且具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中以增加或減小的頻率存在的遺傳變異，其中，與對(duì)照受試者相比，在患有AD的受試者中增加的頻率指示所述遺傳變異與具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中的有害作用相關(guān)，并且，與對(duì)照受試者相比,在患有AD的受試者中減小的頻率指示所述遺傳變異與具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中的有益作用相關(guān)。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異使用全基因組關(guān)聯(lián)掃描(genome-wide association scan)鑒定。
[0012]本發(fā)明還提供一種篩選在具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中對(duì)AD的發(fā)生具有有害或有益作用的遺傳變異的方法，所述方法包括:(a)確定在多名年齡在65歲以下、患有AD并且具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者的一個(gè)或多個(gè)基因座的基因型；
(b)確定在多名年齡在75歲以上、無(wú)AD并且具有至少一種APOE- ε 4等位基因的對(duì)照受試者的一個(gè)或多個(gè)基因座的基因型；并且(c)與對(duì)照受試者相比，鑒定在患有AD的受試者中以增加的或減小的頻率存在的遺傳變異，其中，與對(duì)照受試者相比，在患有AD的受試者中增加的頻率指示所述遺傳變異與具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中的有害作用相關(guān)，并且，與對(duì)照受試者相比，在患有AD的受試者中減小的頻率指示所述遺傳變異與具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中的有益作用相關(guān)。
[0013]在這些篩選方法的一些實(shí)施方案中，所述有害作用是增加的發(fā)生AD的危險(xiǎn)。在一些實(shí)施方案中，所述有害作用是AD在較低年齡發(fā)病。在一些實(shí)施方案中，所述有益作用是減少的發(fā)生AD的危險(xiǎn)。在一些實(shí)施方案中，所述有益作用是AD在較晚年齡發(fā)病。
[0014]在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種用于檢測(cè)受試者中存在或不存在指示阿爾茨海默病(AD)的遺傳變異的方法，所述方法包括:(a)使來(lái)自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)基因或其基因產(chǎn)物中存在或不存在遺傳變異的試劑接觸，所述基因選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因；并且(b)確定存在或不存在所述遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
[0015]在不同的實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是單核苷酸多態(tài)性(SNP)、等位基因、單元型、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rs2228145的‘C’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rsl21918427的‘T’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C(SEQ ID NO:3)中編碼位置835的氨基酸的密碼子中用G置換A的SNP。[0016]在其他實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是氨基酸置換、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是氨基酸置換。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的氨基酸置換D358A。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的氨基酸置換R206W。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的氨基酸置換T835M。
[0017]在所述方法的一些實(shí)施方案中，所述試劑選自寡核苷酸、DNA探針、RNA探針和核酶。在其他實(shí)施方案中，所述試劑是與包含所述遺傳變異的蛋白特異性結(jié)合的抗體。在一些實(shí)施方案中，所述試劑是被標(biāo)記的。
[0018]在所述方法的一些實(shí)施方案中，所述樣品選自腦脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、組織活檢、淚分泌物、精液或汗水中的一種。
[0019]在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括基于步驟(b)的結(jié)果治療所述患者的AD。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括檢測(cè)所述樣品中至少一種APOE- ε 4等位基因的存在。在一個(gè)實(shí)施方案中，與具有至少一種APOE- ε 4等位基因但是不存在所述至少一種遺傳變異的受試者相比，所述至少一種遺傳變異的存在連同至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
[0020]本發(fā)明還提供用于檢測(cè)指示受試者中的阿爾茨海默病(AD)的遺傳變異的方法，所述方法包括確定來(lái)自受試者的生物樣品中存在或不存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因或其基因產(chǎn)物中的遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
[0021]在不同的實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是單核苷酸多態(tài)性(SNP)、等位基因、單元型、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rs2228145的‘C’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rsl21918427的‘T’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C(SEQ ID NO:3)中編碼位置835的氨基酸的密碼子中用G置換A的SNP。
[0022]在其他實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是氨基酸置換、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是氨基酸置換。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的氨基酸置換D358A。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的氨基酸置換R206W。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的氨基酸置換T835M。
[0023]在所述方法的不同實(shí)施方案中，所述一種或多種遺傳變異的存在的檢測(cè)通過(guò)選自由下述組成的組的方法進(jìn)行:直接測(cè)序、等位基因-特異性探針雜交、等位基因-特異性引物延伸、等位基因-特異性擴(kuò)增、等位基因-特異性核苷酸摻入、5'核酸酶消化、分子信標(biāo)測(cè)定(molecular beacon assay)、寡核苷酸連接測(cè)定、大小分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性。在一些實(shí)施方案中，在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前擴(kuò)增來(lái)自所述樣品的核酸。[0024]在所述方法的其他實(shí)施方案中，檢測(cè)所述一種或多種遺傳變異在蛋白中的存在通過(guò)選自下述的方法進(jìn)行:電泳、色譜、質(zhì)譜、蛋白水解消化、蛋白測(cè)序、免疫親和測(cè)定或它們的組合。在一些實(shí)施方案中，在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前，來(lái)自所述樣品的蛋白用與所述蛋白結(jié)合的抗體或肽進(jìn)行純化。
[0025]在所述方法的一些實(shí)施方案中，所述樣品選自腦脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、組織活檢、淚分泌物、精液或汗水中的一種。
[0026]在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括基于步驟(b)的結(jié)果治療所述受試者的AD。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括檢測(cè)所述樣品中至少一種APOE- ε 4等位基因的存在。在一個(gè)實(shí)施方案中，與具有至少一種APOE- ε 4等位基因但是不存在所述至少一種遺傳標(biāo)記的受試者相比，所述至少一種遺傳變異的存在連同至少一種APOE-ε 4等位基因的存在指示在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
[0027]本發(fā)明還提供一種用于診斷或預(yù)測(cè)受試者中的AD的方法，所述方法包括:(a)使來(lái)自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)基因或其基因產(chǎn)物中存在或不存在遺傳變異的試劑接觸，所述基因選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因；并且(b)確定存在或不存在所述遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
[0028]在不同的實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是單核苷酸多態(tài)性(SNP)、等位基因、單元型、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rs2228145的‘C’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rsl21918427的‘T’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C (SEQ ID NO:3)中編碼位置835的氨基酸的密碼子中用G置換A的SNP。
[0029]在其他實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是氨基酸置換、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是氨基酸置換。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的氨基酸置換D358A。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的氨基酸置換R206W。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的氨基酸置換T835M。
[0030]在所述方法的一些實(shí)施方案中，所述試劑選自寡核苷酸、DNA探針、RNA探針和核酶。在其他實(shí)施方案中，所述試劑是與包含所述遺傳變異的蛋白特異性結(jié)合的抗體。在一些實(shí)施方案中，所述試劑是被標(biāo)記的。
[0031]在所述方法的一些實(shí)施方案中，所述樣品選自腦脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、組織活檢、淚分泌物、精液或汗水中的一種。[0032]在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括基于步驟(b)的結(jié)果治療所述受試者的AD。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括檢測(cè)所述樣品中至少一種APOE- ε 4等位基因的存在。在一個(gè)實(shí)施方案中，與具有至少一種APOE- ε 4等位基因但是不存在所述至少一種遺傳標(biāo)記的受試者相比，所述至少一種遺傳變異的存在連同至少一種APOE-ε 4等位基因的存在指示在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
[0033]在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括使所述受試者進(jìn)行選自由下述組成的組的一種或多種另外的AD診斷測(cè)試:篩查一種或多種另外的遺傳標(biāo)記、實(shí)施精神狀態(tài)檢查或使所述受試者進(jìn)行成像步驟。
[0034]在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括分析所述樣品以檢測(cè)作為APOE修飾物(modifier)的至少一種另外的遺傳標(biāo)記的存在,其中所述至少一種另外的遺傳標(biāo)記處于選自下述的基因中:編碼IL6R的基因、編碼NTF4的基因、編碼UNC5C的基因和表3中列出的基因。在不同的實(shí)施方案中，所述至少一種另外的遺傳標(biāo)記是在IL6R的氨基酸序列(SEQID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP、在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835W的SNP或表3中列出的SNP。
[0035]本發(fā)明還提供一種診斷或預(yù)測(cè)受試者中的AD的方法，所述方法包括:確定來(lái)自受試者的生物樣品中存在或不存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因或其基因產(chǎn)物中的遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
[0036]在不同的實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是單核苷酸多態(tài)性(SNP)、等位基因、單元型、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rs2228145的‘C’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rsl21918427的‘T’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C(SEQ ID NO:3)中編碼位置835的氨基酸的密碼子中用G置換A的SNP。
[0037]在其他實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是氨基酸置換、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是氨基酸置換。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的氨基酸置換D358A。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的氨基酸置換R206W。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的氨基酸置換T835M。
[0038]在所述方法的不同實(shí)施方案中，檢測(cè)所述一種或多種遺傳變異的存在通過(guò)選自由下述組成的組的方法進(jìn)行:直接測(cè)序、等位基因-特異性探針雜交、等位基因-特異性引物延伸、等位基因-特異性擴(kuò)增、等位基因-特異性核苷酸摻入、5'核酸酶消化、分子信標(biāo)測(cè)定、寡核苷酸連接測(cè)定、大小分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性。在一些實(shí)施方案中，在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前擴(kuò)增來(lái)自所述樣品的核酸。
[0039]在所述方法的其他實(shí)施方案中，檢測(cè)所述一種或多種遺傳變異在蛋白中的存在通過(guò)選自下述的方法進(jìn)行:電泳、色譜、質(zhì)譜、蛋白水解消化、蛋白測(cè)序、免疫親和測(cè)定或它們的組合。在一些實(shí)施方案中，在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前，來(lái)自所述樣品的蛋白用與所述蛋白結(jié)合的抗體或肽進(jìn)行純化。
[0040]在所述方法的一些實(shí)施方案中，所述樣品選自腦脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、組織活檢、淚分泌物、精液或汗水中的一種。
[0041]在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括基于步驟(b)的結(jié)果治療所述受試者的AD。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括檢測(cè)所述樣品中至少一種APOE- ε 4等位基因的存在。在一個(gè)實(shí)施方案中，與具有至少一種APOE- ε 4等位基因但是不存在所述至少一種遺傳標(biāo)記的受試者相比，所述至少一種遺傳變異的存在連同至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
[0042]在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括分析所述樣品以檢測(cè)作為APOE修飾物的至少一種另外的遺傳標(biāo)記的存在，其中所述至少一種另外的遺傳標(biāo)記處于選自下述的基因中:編碼IL6R的基因、編碼NTF4的基因、編碼UNC5C的基因和表3中列出的基因。在不同的實(shí)施方案中，所述至少一種另外的遺傳標(biāo)記是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP、在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835W的SNP或表3中列出的SNP。
[0043]本發(fā)明還提供一種鑒定具有增加的在較早的年齡發(fā)生AD的危險(xiǎn)的受試者的方法，所述方法包括:(a)確定來(lái)自受試者的生物樣品中存在或不存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因或其基因產(chǎn)物中的遺傳變異；并且(b)確定存在或不存在至少一種APOE- ε 4等位基因，其中與不存在所述遺傳變異和至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者相比，所述遺傳變異和至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示所述受試者具有在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
[0044]在不同的實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是單核苷酸多態(tài)性(SNP)、等位基因、單元型、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rs2228145的‘C’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rsl21918427的‘T’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C(SEQ ID NO:3)中編碼位置835的氨基酸的密碼子中用G置換A的SNP。
[0045]在其他實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是氨基酸置換、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是氨基酸置換。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的氨基酸置換D358A。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的氨基酸置換R206W。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的氨基酸置換T835M。
[0046]在所述方法的不同實(shí)施方案中，檢測(cè)所述一種或多種遺傳變異的存在通過(guò)選自由下述組成的組的方法進(jìn)行:直接測(cè)序、等位基因-特異性探針雜交、等位基因-特異性引物延伸、等位基因-特異性擴(kuò)增、等位基因-特異性核苷酸摻入、5'核酸酶消化、分子信標(biāo)測(cè)定、寡核苷酸連接測(cè)定、大小分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性。在一些實(shí)施方案中，在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前擴(kuò)增來(lái)自所述樣品的核酸。[0047]在所述方法的其他實(shí)施方案中，檢測(cè)所述一種或多種遺傳變異在蛋白中的存在通過(guò)選自下述的方法進(jìn)行:電泳、色譜、質(zhì)譜、蛋白水解消化、蛋白測(cè)序、免疫親和測(cè)定或它們的組合。在一些實(shí)施方案中，在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前，來(lái)自所述樣品的蛋白用與所述蛋白結(jié)合的抗體或肽進(jìn)行純化。
[0048]在所述方法的一些實(shí)施方案中，所述樣品選自腦脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、組織活檢、淚分泌物、精液或汗水中的一種。
[0049]本發(fā)明還提供一種輔助預(yù)測(cè)受試者中AD的亞型的預(yù)后的方法，所述方法包括檢測(cè)來(lái)自所述受試者的生物樣品中在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP的存在，其中所述AD的亞型至少部分特征在于，在來(lái)自所述受試者的生物樣品中與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照受試者相比增加的可溶性IL6R水平。
[0050]本發(fā)明還提供一種預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向IL6R的AD治療劑的應(yīng)答的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP，其中所述SNP的存在指示對(duì)靶向IL6R的治療劑的應(yīng)答。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述治療劑是抗-1L6R抗體。
[0051]本發(fā)明還提供一種輔助預(yù)測(cè)受試者中AD的亞型的預(yù)后的方法，所述方法包括在來(lái)自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP的存在，其中所述AD的亞型至少部分特征在于，在來(lái)自所述受試者的生物樣品中與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照受試者相比減少的TrkB活化。
[0052]本發(fā)明還提供一種預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向TrkB的AD治療劑的應(yīng)答的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP，其中所述SNP的存在指示對(duì)靶向TrkB的治療劑的應(yīng)答。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述治療劑是TrkB激動(dòng)劑。
[0053]本發(fā)明還提供一種輔助預(yù)測(cè)受試者中AD的亞型的預(yù)后的方法，所述方法包括在來(lái)自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP的存在，其中所述AD的亞型至少部分特征在于，與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照受試者相比，在來(lái)自所述受試者的生物樣品中UNC5C增加的細(xì)胞凋亡活性。
[0054]本發(fā)明還提供一種預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向UNC5C的AD治療劑的應(yīng)答的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP，其中所述SNP的存在指示對(duì)靶向UNC5C的治療劑的應(yīng)答。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述治療劑祀向UNC5C死亡結(jié)構(gòu)域(death domain)。
[0055]本發(fā)明還提供一種診斷或預(yù)測(cè)受試者中的阿爾茨海默病(AD)的方法，所述方法包括:(a)使來(lái)自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)存在或不存在一種或多種SNPs的試劑接觸，所述SNPs選自由下述組成的組:在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP和在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP，并且(b)分析所述樣品以檢測(cè)所述一種或多種SNPs的存在，其中在所述樣品中存在所述一種或多種SNPs指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括檢測(cè)選自表3中列出的SNPs的一種或多種SNPs。[0056]本發(fā)明還提供用于實(shí)施所述方法的試劑盒，所述試劑盒包含至少一種寡核苷酸檢測(cè)試劑，其中所述寡核苷酸檢測(cè)試劑區(qū)分所述一種或多種SNP處至少兩種不同的等位基因的每一種。在不同的實(shí)施方案中，所述檢測(cè)通過(guò)選自由下述組成的組的方法進(jìn)行:直接測(cè)序、等位基因-特異性探針雜交、等位基因-特異性引物延伸、等位基因-特異性擴(kuò)增、測(cè)序、5'核酸酶消化、分子信標(biāo)測(cè)定、寡核苷酸連接測(cè)定、大小分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性。
[0057]在一個(gè)實(shí)施方案中，所述寡核苷酸檢測(cè)試劑固定在基底上。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述寡核苷酸檢測(cè)試劑排列在陣列上。
[0058]本發(fā)明還提供一種診斷或預(yù)測(cè)受試者中的阿爾茨海默病(AD)的方法，所述方法包括:(a)使來(lái)自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)存在或不存在一種或多種氨基酸置換的試劑接觸，所述氨基酸置換選自由下述組成的組:IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO: I)中的氨基酸置換D358A、NTF4的氨基酸序列中的氨基酸置換R206W和UNC5C的氨基酸序列(SEQ IDNO:3)中的氨基酸置換T835M，并且(b)分析所述樣品以檢測(cè)所述一種或多種氨基酸置換的存在，其中在所述樣品中存在所述一種或多種氨基酸置換指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
[0059]本發(fā)明還提供用于實(shí)施所述方法的試劑盒，所述試劑盒包含至少一種抗體檢測(cè)試劑，其中所述抗體檢測(cè)試劑區(qū)分所述一種或多種氨基酸置換處至少兩種不同的氨基酸的每一種。本發(fā)明還提供用于實(shí)施所述方法的試劑盒，所述試劑盒包含至少一種肽檢測(cè)試劑，其中所述肽檢測(cè)劑區(qū)分所述一種或多種氨基酸置換處至少兩種不同的氨基酸的每一種。
[0060]本發(fā)明還提供用于治療AD的治療劑，其中所述治療劑是選自IL6R、NTF4和UNC5C的基因編碼的蛋白之一或組合。
[0061]本發(fā)明還提供用于診斷或預(yù)測(cè)AD的分子探針組合，所述組合包含至少兩種能夠直接或間接檢測(cè)至少兩種標(biāo)記的探針，所述至少兩種標(biāo)記選自包括下述的組:在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP和在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP，其中所述分子探針不與多于1000個(gè)元件的微陣列締合。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述分子探針組合還包含一種或多種能夠直接或間接檢測(cè)選自表3中列出的SNPs的至少兩種標(biāo)記的探針。
[0062]附圖簡(jiǎn)述
[0063]圖1示例用于APOE修飾物篩選的策略。
[0064]圖2是顯示跨越人I號(hào)染色體一部分的區(qū)域的Manhattan圖,其中在AD病例樣品相對(duì)于超級(jí)對(duì)照(supercontrols)的遺傳變異之間有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著差異。P值越低，關(guān)聯(lián)越強(qiáng)。
[0065]圖3顯示在來(lái)自NIA/L0AD研究的未選擇的阿爾茨海默病病例(N = 932名個(gè)體)和對(duì)照(N = 832名個(gè)體)中rs4129267的T等位基因，rs2228145的C等位基因替代者，的頻率。次要等位基因的頻率通過(guò)在AD病例中發(fā)病的年齡和對(duì)照中的年齡而進(jìn)行分層。
[0066]圖4顯不來(lái)自TGEN計(jì)劃(Webster等(2009) Am.J.Hum.Genet.(美國(guó)人類(lèi)遺傳學(xué)雜志)84:445-458)的數(shù)據(jù)的分析。膜結(jié)合的與可溶性IL6R在患有AD的受試者的腦中的表達(dá)水平與對(duì)照(CN)使用僅檢測(cè)膜結(jié)合形式的IL6R(NM_000565)的探針或捕獲膜結(jié)合的和sIL6R(NM_181359) 二者的探針進(jìn)行比較。
[0067]圖5顯示在LOl家譜中的非參數(shù)連鎖分析的結(jié)果。
[0068]圖6提供的UNC5家族成員的氨基酸序列比對(duì)，顯示氨基酸殘基T853的保守性。
[0069]圖7是顯示跨越人I號(hào)染色體一部分的區(qū)域的Manhattan圖,其中在遺傳變異與腦脊液中可溶性IL6R水平之間有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的關(guān)聯(lián)性。P值越低，關(guān)聯(lián)越強(qiáng)。
[0070]圖8顯示在轉(zhuǎn)染了 IL6R的D358或A358構(gòu)建體并用IOOnM佛波醇肉豆蘧酸乙酸酯(phorbol myristate acetate, PMA)處理 O, 30,60 或 120 分鐘的 293T 細(xì)胞中相對(duì)膜結(jié)合的IL6R的百分?jǐn)?shù)。處理后收集細(xì)胞，并且用IL6R-PE抗體染色，并且通過(guò)FACS分析膜結(jié)合的IL6R。
[0071]圖9顯示在用IOOnM PMA處理60分鐘之前或之后在⑶4+T細(xì)胞中膜結(jié)合的IL6R的百分?jǐn)?shù)，所述CD4+T細(xì)胞來(lái)自對(duì)D358或A358是純合的年齡、性別和種族匹配的供體。處理后立刻收集細(xì)胞，用IL6R-PE抗體染色，并且通過(guò)FACS分析膜結(jié)合的IL6R。
[0072]圖10顯示人CD4+T細(xì)胞的可溶性IL6R，所述人CD4+T細(xì)胞來(lái)自對(duì)D358或A358是純合的年齡、性別和種族匹配的供體。⑶4+T細(xì)胞涂布在抗-⑶3/抗-⑶28上，24，48和72小時(shí)后收集用于總RNA提取，并且收集上清來(lái)通過(guò)ELISA確定sIL6R水平。該圖顯示了在每個(gè)時(shí)間點(diǎn)A358相對(duì)于D358的可溶性IL6R的倍數(shù)增加。
[0073]發(fā)明實(shí)施方案詳述
[0074]定義
[0075]術(shù)語(yǔ)“多核苷酸”或“核酸”在本文中可互換使用，是指任意長(zhǎng)度的核苷酸的聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修飾的核苷酸或堿基和/或它們的類(lèi)似物，或是可以通過(guò)DNA或RNA聚合酶摻入到聚合物中的任意底物(substrate)。多核苷酸可以包含修飾的核苷酸，諸如甲基化核苷酸及其類(lèi)似物。如果存在，可以在聚合物的組裝之前或之后進(jìn)行核苷酸結(jié)構(gòu)的修飾。核苷酸序列可以由非核苷酸組分中斷。多核苷酸可以在聚合后進(jìn)行進(jìn)一步的修飾，諸如通過(guò)與標(biāo)記組分綴合而修飾。其它類(lèi)型的修飾包括，例如，“帽”，用類(lèi)似物置換一個(gè)或多個(gè)天然存在的核苷酸，中間核苷酸修飾，諸如例如具有不帶電的鍵(例如，膦酸甲酯、磷酸三酯、磷酰胺(phosphoamidates)、氨基甲酸酯等)的那些和具有帶電荷的鍵(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的那些，含有懸垂結(jié)構(gòu)部分的那些，所述懸垂結(jié)構(gòu)部分諸如例如蛋白質(zhì)(例如核酸酶、毒素、抗體、信號(hào)肽、聚-L-賴(lài)氨酸等)，具有嵌入劑(例如吖啶、補(bǔ)骨脂素等)的那些，含有螯合劑(例如金屬、放射性金屬、硼、氧化的金屬等)的那些，含有烷化劑的那些，具有修飾的連接(例如，α異頭核酸等)的那些，以及未修飾形式的多核苷酸。此外，在糖中通常存在的任一羥基可以被取代，例如，被磷酸酯基(phosphonate groups)、磷酸鹽基(phosphate groups)取代，由標(biāo)準(zhǔn)的保護(hù)基團(tuán)保護(hù)，或被活化以制備與另外的核苷酸的另外的鍵，或可以綴合到固體支持物上。5'和3'末端OH可以被磷酸化或者用具有I至20個(gè)碳原子的胺或有機(jī)加帽基團(tuán)結(jié)構(gòu)部分取代。其它羥基也可以被衍生成標(biāo)準(zhǔn)的保護(hù)基團(tuán)。多核苷酸還可以包含本領(lǐng)域通常已知的核糖或脫氧核糖糖類(lèi)的類(lèi)似形式，包括，例如，2' -O-甲基-2' -O-烯丙基,2'-氟-或2' _疊氮基_核糖，碳環(huán)糖類(lèi)似物，ct -異頭糖,差向異構(gòu)糖,諸如阿拉伯糖、木糖或來(lái)蘇糖，吡喃糖，呋喃糖，景天庚酮糖，無(wú)環(huán)類(lèi)似物及無(wú)堿基核苷類(lèi)似物，諸如甲基核苷。一個(gè)或多個(gè)磷酸二酯鍵可以被備選的連接基團(tuán)所取代。這些備選連接基團(tuán)包括，但不限于這樣的實(shí)施方案:其中磷酸酯被P(O)S( “硫代酯”)、P(S)S( “二硫代酯”)、"(O)NR2( “酰胺化物”)、？^)!?、？^)。!^、⑶或CH2( “甲?；?formacetal) ”)取代，其中每個(gè)R或V獨(dú)立地為H或取代的或未取代的烷基(1-20個(gè)C)，所述烷基任選含有醚(一0—)鍵、芳基、鏈烯基、環(huán)烷基、環(huán)烯基或芳烷基(araldyl)。多核昔酸中的所有鍵不必都是相同的。前述描述適用于本文中提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
[0076]“寡核苷酸”用在本文中是指長(zhǎng)度至少約7個(gè)核苷酸并且長(zhǎng)度小于約250個(gè)核苷酸的短的單鏈多核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。術(shù)語(yǔ)“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上述關(guān)于多核苷酸的描述同等且完全適用于寡核苷酸。[0077]術(shù)語(yǔ)“引物”是指能夠與核酸雜交并且允許互補(bǔ)核酸的聚合(通常通過(guò)提供一個(gè)游離的3' -OH基團(tuán))的單鏈多核苷酸核酸。
[0078]用于本文時(shí)，術(shù)語(yǔ)“基因”是指一種DNA序列，其通過(guò)其模板或信使RNA編碼特定的肽、多肽或蛋白質(zhì)特有的氨基酸序列。術(shù)語(yǔ)“基因”還指編碼RNA產(chǎn)物的DNA序列。如本文中參照基因組DNA所用，術(shù)語(yǔ)基因包括插入?yún)^(qū)、非編碼區(qū)以及調(diào)控區(qū)，并且可以包括5'和3'末端。
[0079]術(shù)語(yǔ)“遺傳變異”或“核苷酸變異”是指相對(duì)于參比序列(例如，通常存在的和/或野生型序列，和/或主要等位基因的序列)，核苷酸序列中的改變(例如，一個(gè)或多個(gè)核苷酸的插入、缺失、倒位或置換，如單核苷酸多態(tài)性(SNP))。除非另有說(shuō)明，該術(shù)語(yǔ)還包括在所述核苷酸序列的互補(bǔ)序列中的相應(yīng)變化。在一個(gè)實(shí)施方案中，遺傳變異是體細(xì)胞多態(tài)性。在一個(gè)實(shí)施方案中，遺傳變異是種系多態(tài)性。
[0080]“單核苷酸多態(tài)性”或“SNP”是指DNA中的單個(gè)堿基位置，在該單個(gè)堿基位置上存在一個(gè)群體的不同的等位基因或替代的核苷酸。該SNP位置通常前接和后接所述等位基因的高度保守序列(例如，在種群中小于1/100或1/1000的成員中不同的序列)。對(duì)于在每個(gè)SNP位置的等位基因，個(gè)體可以是純合的或雜合的。
[0081]術(shù)語(yǔ)“氨基酸變異”是指相對(duì)于參比序列，在氨基酸序列中的變化(例如，一個(gè)或多個(gè)氨基酸的插入、置換或缺失，如內(nèi)部缺失或N-或C-末端截短)。
[0082]術(shù)語(yǔ)“變異”是指核苷酸變異或氨基酸變異。[0083]術(shù)語(yǔ)“在對(duì)應(yīng)于SNP的核苷酸位置上的遺傳變異”、“在對(duì)應(yīng)于SNP的核苷酸位置上的核苷酸變異”及其語(yǔ)法變體是指多核苷酸序列中在基因組中被所述SNP占據(jù)的相對(duì)的對(duì)應(yīng)DNA位置處的核苷酸變異。除非另有說(shuō)明，該術(shù)語(yǔ)還包括了在該核苷酸序列的互補(bǔ)序列中的相對(duì)應(yīng)的變異。[0084]用于本文時(shí)，術(shù)語(yǔ)“等位基因”是指在染色體的給定基因座存在的一對(duì)或一系列形式的基因或非基因區(qū)。在正常的二倍體細(xì)胞中，存在任一種基因的兩個(gè)等位基因(每個(gè)親本一個(gè))，其占據(jù)同源染色體上相同的相對(duì)位置(基因座)。在一個(gè)群體中，一種基因可能存在多于兩個(gè)的等位基因。SNPs也具有等位基因，即，表征所述SNP的兩個(gè)(或更多個(gè))核苷酸。
[0085]用于本文時(shí)，術(shù)語(yǔ)“連鎖不平衡”或“LD”是指這樣的情形，其中，在由群體取樣的個(gè)體中，關(guān)于兩個(gè)以上基因座的等位基因不以由其單個(gè)等位基因頻率的產(chǎn)物預(yù)測(cè)的頻率一起發(fā)生。LD中的標(biāo)記不遵守孟德?tīng)柕诙?dú)立隨機(jī)分離定律(Mendel' s second law ofindependent random segregation)。LD可能由一些人口統(tǒng)計(jì)學(xué)或群體人為物中的任一種引起以及由于存在各標(biāo)記之間的遺傳連鎖而引起。然而，當(dāng)控制這些人為物并且消除作為L(zhǎng)D的來(lái)源時(shí)，那么LD直接由這樣的事實(shí)導(dǎo)致:所涉及的基因座位于同一染色體上彼此接近，從而使得對(duì)于不同標(biāo)記的等位基因的特定組合(單元型)一起遺傳?？梢约僭O(shè)在高LD中的標(biāo)記位置彼此接近，并且可以假設(shè)在高LD中的具有遺傳性狀的標(biāo)記或單元型位于影響該性狀的基因附近。
[0086]用于本文時(shí)，術(shù)語(yǔ)“基因座”是指沿著染色體或DNA序列的特定位置。取決于上下文，基因座可以是基因、標(biāo)記、染色體帶或一個(gè)或多個(gè)核苷酸的特定序列。
[0087]術(shù)語(yǔ)“陣列”或“微陣列”是指可雜交的陣列元件，優(yōu)選多核苷酸探針(例如，寡核苷酸)在基底上的有序排列?；卓梢允枪腆w基底，如玻璃載玻片，或半固體基底，如硝化纖維素膜。
[0088]術(shù)語(yǔ)“擴(kuò)增”是指產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)拷貝的參比核酸序列或其互補(bǔ)序列的過(guò)程。擴(kuò)增可以是線(xiàn)性的或指數(shù)的(例如，聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR))?！翱截悺辈槐匾馕吨鄬?duì)于模板序列的完美的序列互補(bǔ)性或同一性。例如，拷貝可以包括核苷酸類(lèi)似物，如脫氧肌苷，在擴(kuò)增過(guò)程中發(fā)生的故意的序列改變(諸如，通過(guò)包含可與模板雜交但是不與模板完全互補(bǔ)的序列的引物而引入的序列改變)和/或序列錯(cuò)誤。
[0089]術(shù)語(yǔ)“等位基因特異性寡核苷酸”是指與靶核酸的包含核苷酸變異(通常是置換)的區(qū)域雜交的寡核苷酸?！暗任换蛱禺愋噪s交”是指，當(dāng)?shù)任换蛱禺愋怨押塑账崤c其靶核酸雜交時(shí)，所述等位基因特異性寡核苷酸中的核苷酸與所述核苷酸變異特異性堿基配對(duì)。能夠針對(duì)特定的核苷酸變異進(jìn)行等位基因特異性雜交的等位基因特異性寡核苷酸被認(rèn)為是“特異性針對(duì)”所述變異。
[0090]術(shù)語(yǔ)“等位基因特異性引物”是指作為引物的等位基因特異性的寡核苷酸。
[0091]術(shù)語(yǔ)“引物延伸測(cè)定”是指這樣的測(cè)定:其中核苷酸被添加到核酸中，產(chǎn)生直接或間接檢測(cè)的較長(zhǎng)的核酸或“延伸產(chǎn)物”?？梢蕴砑雍塑账嵋匝由旌怂岬?'或3'末端。
[0092]術(shù)語(yǔ)“等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定”是指一種引物延伸測(cè)定，其中一個(gè)引物:(a)雜交到靶核酸的作為核苷酸變異的3'或5'的區(qū)域，并且(b)通過(guò)聚合酶延伸，由此將與所述核苷酸變異互補(bǔ)的核苷酸摻入到延伸產(chǎn)物中。[0093]術(shù)語(yǔ)“等位基因特異性引物延伸測(cè)定”指的是其中等位基因特異性引物與靶核酸雜交并且延伸的引物延伸測(cè)定。
[0094]術(shù)語(yǔ)“等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定”是指這樣的測(cè)定:其中(a)等位基因特異性寡核苷酸與靶核酸雜交，并且(b)雜交被直接或間接地檢測(cè)。
[0095]術(shù)語(yǔ)“5'核酸酶測(cè)定”是指這樣的測(cè)定:其中等位基因特異性寡核苷酸與靶核酸的雜交允許雜交的探針的核酸水解切割，從而產(chǎn)生可檢測(cè)的信號(hào)。
[0096]術(shù)語(yǔ)“利用分子信標(biāo)的測(cè)定”是指這樣的測(cè)定:其中等位基因特異性寡核苷酸與靶核酸的雜交產(chǎn)生的可檢測(cè)信號(hào)水平高于由游離的寡核苷酸發(fā)射的可檢測(cè)信號(hào)水平。
[0097]術(shù)語(yǔ)“寡核苷酸連接測(cè)定”是指這樣的測(cè)定:其中等位基因特異性寡核苷酸和第二寡核苷酸雜交彼此相鄰地雜交到靶核酸上并且連接在一起(直接地或通過(guò)插入的核苷酸間接地連接)，并且所述連接產(chǎn)物被直接或間接地檢測(cè)。
[0098]術(shù)語(yǔ)“靶序列”、“靶核酸”或“靶核酸序列”通常是指懷疑或已知具有核苷酸變異的目的多核苷酸序列，包括通過(guò)擴(kuò)增產(chǎn)生這樣的靶核酸的拷貝。
[0099]術(shù)語(yǔ)“檢測(cè)”包括任意方式的檢測(cè)，包括直接和間接的檢測(cè)。
[0100]術(shù)語(yǔ)“IL6R”用來(lái)指的是白介素6受體，其也被稱(chēng)為IL-6R1，IL-6RA，IL_6Ra，白介素6受體亞基a和⑶126。該術(shù)語(yǔ)包括“全長(zhǎng)的”未加工的IL6R，以及由在細(xì)胞中加工產(chǎn)生的任何形式的IL6R。該術(shù)語(yǔ)還包括天然存在的IL6R變體，例如剪接變體或等位基因變體。示例性的人IL6R的氨基酸序列顯示為SEQ ID NO:1:
[0101]MLAVGCALLAALLAAPGAALAPRRCPAQEVARGVLTSLP⑶SVTLTCPGVEPEDNATVHW VLRKPAAGSHPSRWAGMGRRLLLRSVQLHDSGNYSCYRAGRPAGTVHLLVDVPPEEPQLS CFRKSPLSNVVCEWGPRSTPSLTTKAVLLVRKFQNSPAEDFQEPCQYSQESQKFSCQLAV PE⑶SSFYIVSMCVASSVGSKFSKTQTFQGCGILQPDPPANITVTAVARNPRffLSVTffQD PHSWNSSFYRLRFELRYRAERSKTFTTWMVKDLQHHCVIHDAWSGLRHVVQLRAQEEFGQ GEWSEWSPEAMGTPWTESRSPPAENEVSTPMQALTTNKDDDNILFRDSANATSLPVQDSS SVPLPTFLVAGGSLAFGTLLCIAIVLRFKKTWKLRALKEGKTSMHPPYSLGQLVPERPRP TPVLVPLISPPVSPSSLGSDNTSSHNRPDARDPRSPYDISNTDYFFPR(SEQ ID NO:1)
[0102](Genbank 登記號(hào) NP_000566)。
[0103]術(shù)語(yǔ)“NTF4”用來(lái)指神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)素4 (neutrotrophin4)，其也被稱(chēng)為神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)素5(neutrotrophin5)，神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子 4，神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子 5，NT4, NT5, NT-4，NT-5，NTF5, GLClO和NT-4/5。該術(shù)語(yǔ)包括“全長(zhǎng)的”未加工的NTF4，以及由在細(xì)胞中加工產(chǎn)生的任何形式的NTF4。該術(shù)語(yǔ)還包括天然存在的NTF4變體，例如剪接變體或等位基因變體。示例性的人NTF4的氨基酸序列顯示為SEQ ID NO:2:
[0104]MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLF LLEAGAFRESAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVTDRRTAVDLRGREVEV LGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRAL TADAQGRVGffRffIRIDTACVCTLLSRTGRA(SEQ IDNO: 2)
[0105](Genbank 登記號(hào) NP_006170)。`[0106]術(shù)語(yǔ)“UNC5C”用于指對(duì)于神經(jīng)生長(zhǎng)因子受體UNC5C，其也被稱(chēng)為UNC-5同源物3，UNC-5同源物C和UNC5H3。該術(shù)語(yǔ)包括“全長(zhǎng)的”未加工的UNC5C，以及由在細(xì)胞中加工產(chǎn)生的任何形式的UNC5C。該術(shù)語(yǔ)還包括天然存在的UNC5C變體，例如剪接變體或等位基因變體。示例性的人UNC5C的氨基酸序列顯示為SEQ ID NO:3:
[0107]MRKGLRATAARCGLGLGYLLQMLVLPALALLSASGTGSAAQDDDFFHELPETFPSDPPEP LPHFLIEPEEAYIVKNKPVNLYCKASPATQIYFKCNSEWVHQKDHIVDERVDETSGLIVR EVSIEISRQQVEELFGPEDYffCQCVAWSSAGTTKSRKAYVRIAYLRKTFEQEPLGKEVSL EQEVLLQCRPPEGIPVAEVEffLKNEDIIDPVEDRNFYITIDHNLIIKQARLSDTANYTCV AKNIVAKRKSTTATVIVYVNGGWSTWTEWSVCNSRCGRGYQKRTRTCTNPAPLNGGAFCE GQSVQKIACTTLCPVDGRWTPWSKWSTCGTECTHWRRRECTAPAPKNGGKDCDGLVLQSK NCTDGLCMQTAPDSDDVALYVGIVIAVIVCLAISVVVALFVYRKNHRDFESDIIDSSALN GGFQPVNIKAARQDLLAVPPDLTSAAAMYRGPVYALHDVSDKIPMTNSPILDPLPNLKIK VYNTSGAVTPQDDLSEFTSKLSPQMTQSLLENEALSLKNQSLARQTDPSCTAFGSFNSLG GHLIVPNSGVSLLIPAGAIPQGRVYEMYVTVHRKETMRPPMDDSQTLLTPVVSCGPPGAL LTRPVVLTMHHCADPNTEDWKILLKNQAAQGQWEDVVVVGEENFTTPCYIQLDAEACHIL TENLSTYALVGHSTTKAAAKRLKLAIFGPLCCSSLEYSIRVYCLDDTQDALKEILHLERQ MGGQLLEEPKALHFKGSTHNLRLSIHDIAHSLffKSKLLAKYQEIPFYHVffSGSQRNLHCT FTLERFSLNTVELVCKLCVRQVEGEGQIFQLNCTVSEEPTGIDLPLLDPANTITTVTGPS AFSIPLPIRQKLCSSLDAPQTRGHDWRMLAHKLNLDRYLNYFATKSSPTGVILDLWEAQN FPDGNLSMLAAVLEEMGRHETVVSLAAEGQY(SEQ ID NO:3)
[0108](Genbank 登記號(hào) NP_003719)。
[0109]用于本文時(shí)，術(shù)語(yǔ)“阿爾茨海默病”(AD)是指早發(fā)型AD和遲發(fā)型AD 二者，以及家族形式和偶發(fā)形式的AD 二者。
[0110]用于本文時(shí)，“有危險(xiǎn)”患有阿爾茨海默病的受試者可能具有或可能不具有可檢測(cè)的疾病或疾病癥狀，并且在本文所述的治療方法之前可能已經(jīng)表現(xiàn)出或可能沒(méi)有表現(xiàn)出可檢測(cè)的疾病或疾病癥狀。“有危險(xiǎn)`”表示受試者具有一種或多種危險(xiǎn)因素，其是與阿爾茨海默病的發(fā)生相關(guān)的可測(cè)量的參數(shù)，如本文所述并且如本領(lǐng)域所知的。與不具有這些危險(xiǎn)因素中的一種或多種的受試者相比，具有這些危險(xiǎn)因素中的一種或多種的受試者具有更高的發(fā)生阿爾茨海默病的可能性。
[0111]術(shù)語(yǔ)“診斷”用在本文中是指分子或病理學(xué)狀態(tài)、疾病或病況(例如，AD)的鑒定或分類(lèi)。“診斷”還可以是指特定AD的亞型的分類(lèi)，例如，通過(guò)分子特征(例如，由特定基因或核酸區(qū)域中的遺傳變異所表征的患者亞群)分類(lèi)。
[0112]術(shù)語(yǔ)“輔助診斷”用在本文中是指輔助作出關(guān)于AD的特定類(lèi)型的癥狀或病況的存在、或性質(zhì)的臨床判斷的方法。例如，一種AD輔助診斷方法可以包括測(cè)量來(lái)自個(gè)體的生物樣品中存在或不存在一種或多種指示AD或增加的發(fā)生AD的危險(xiǎn)的遺傳標(biāo)記。
[0113]術(shù)語(yǔ)“預(yù)后”用在本文中是指預(yù)測(cè)發(fā)生AD癥狀的可能性，所述AD癥狀包括，例如，記憶喪失和癡呆。術(shù)語(yǔ)“預(yù)測(cè)”用在本文中是指患者有利地或不利地應(yīng)答藥物或藥物組合的可能性。在一個(gè)實(shí)施方案中，預(yù)測(cè)涉及那些應(yīng)答的程度。在一個(gè)實(shí)施方案中，預(yù)測(cè)涉及患者在治療后是否存活或改善和/或患者在治療后存活或改善的可能性，例如，用特定的治療劑的治療，以及持續(xù)特定的時(shí)間期間沒(méi)有疾病復(fù)發(fā)。本發(fā)明的預(yù)測(cè)方法可以在臨床上用于通過(guò)選擇對(duì)任意特定的患者最合適的治療形式而作出治療決定。在預(yù)測(cè)患者是否可能有利地應(yīng)答治療方案(諸如給定的治療方案，包括，例如，給藥給定的治療劑或組合，手術(shù)干預(yù)，類(lèi)固醇治療等)或在治療方案后是否可能有患者的長(zhǎng)期存活方面，本發(fā)明的預(yù)測(cè)方法是有價(jià)值的工具。
[0114]用于本文時(shí)，“治療”指在嘗試改變被治療的個(gè)體或細(xì)胞的天然進(jìn)程中的臨床干預(yù)，并且可以在臨床病理學(xué)的進(jìn)程之前或過(guò)程中進(jìn)行。治療的理想效果包括防止疾病或病況或其癥狀的發(fā)生或復(fù)發(fā)，緩和疾病的病況或癥狀，消除疾病的任何直接或間接病理學(xué)后果，降低疾病進(jìn)展速率，改善或減輕疾病狀態(tài)，和獲得好轉(zhuǎn)或改善的預(yù)后。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明的方法和組合物可用于嘗試延緩疾病或病癥的進(jìn)展。
[0115]用于本文時(shí)，“AD治療劑”、“有效治療AD的治療劑”及其語(yǔ)法變化是指這樣的試劑:當(dāng)以有效量提供時(shí)，已知其、臨床上顯示或臨床醫(yī)生預(yù)測(cè)其在患有AD的受試者中提供治療益處。在一個(gè)實(shí)施方案中，該短語(yǔ)包括制造商市售的或另外由執(zhí)業(yè)臨床醫(yī)生使用的作為預(yù)測(cè)以有效量提供時(shí)將在患有AD的受試者中提供治療益處的臨床上可接受的試劑的任意試劑。在各種非限制性實(shí)施方案中，AD治療劑包括膽堿酯酶抑制劑(cholinesteraseinhibitor),美金剛(memantine)，抗激動(dòng)藥(ant1-agitation medication),抗抑郁藥(ant1-depressive),抗焦慮藥(anxiolytic)或革巴向淀粉狀蛋白前體蛋白、β淀粉狀蛋白、淀粉狀蛋白斑或切割淀粉狀蛋白前體蛋白的任一種酶(包括但不限于α-分泌酶、β-分泌酶和Y-分泌酶)的化合物。
[0116]術(shù)語(yǔ)“藥物制劑”指這樣的制劑，其以允許包含在其中的活性成分的生物學(xué)活性有效的形式存在，并且不包含對(duì)施用所述制劑的受試者具有不可接受的毒性的另外的成分。
[0117]術(shù)語(yǔ)“藥用載體”是指藥物制劑中不同于活性成分的成分，其對(duì)受試者是無(wú)毒的。藥用載體包括但不限于緩沖劑、賦形劑、穩(wěn)定劑或防腐劑。
[0118]“治療效果”是指好于沒(méi)有患有病癥的個(gè)體中的平均或正常狀況的狀況的產(chǎn)生(即，與在未患病或無(wú)癥狀的受試者中的正?；蚱骄鶢顩r相比，在至少部分歸因于CNS功能的受試者中的超常作用，諸如改善的認(rèn)知、記憶、情緒或其他特征)。
[0119]“有效量”是指在劑量和需要的時(shí)間期間有效實(shí)現(xiàn)需要的治療或預(yù)防結(jié)果的量。治療劑的“治療有效量”可以根據(jù)諸如個(gè)體的疾病狀況、年齡、性別和體重以及抗體在所述個(gè)體中引發(fā)需要的反應(yīng)的能力的因素而變化。有效量還是治療有益作用超過(guò)治療劑的任意毒性或有害作用的量。“預(yù)防有`效量”是指在劑量和需要的時(shí)間期間有效實(shí)現(xiàn)需要的預(yù)防結(jié)果的量。典型地但是不是必需地，由于是在疾病之前或疾病的早期階段在受試者中使用預(yù)防劑量，因此預(yù)防有效量低于治療有效量。
[0120]“個(gè)體”、“受試者”或“患者”是脊椎動(dòng)物。在某些實(shí)施方案中，所述脊椎動(dòng)物是哺乳動(dòng)物。哺乳動(dòng)物包括，但不限于，靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物(包括人和非人靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物)和嚙齒動(dòng)物(如小鼠和大鼠)。在某些實(shí)施方案中，哺乳動(dòng)物是人。
[0121]用在本文中時(shí)，“患者亞群”及其語(yǔ)法變化是指患者子集，其特征為具有一個(gè)或多個(gè)使該患者子集與其所屬的更寬泛的疾病種類(lèi)中的其他子集區(qū)分的明顯不同的可測(cè)量和/或可鑒別的特征。這些特征包括疾病亞類(lèi)、性別、生活方式、健康史、涉及的器官/組織、治療史等。在一個(gè)實(shí)施方案中，患者亞群的特征在于遺傳特征(genetic signatures),包括在特定核苷酸位置和/或區(qū)域的遺傳變異(如SNPs)。
[0122]“對(duì)照受試者”是指沒(méi)有被診斷為患有AD并且不患有任何與AD相關(guān)的跡象或癥狀的健康的受試者。
[0123]用于本文時(shí)，術(shù)語(yǔ)“樣品”是指從目的受試者是獲得的或來(lái)源于其的組合物，其包含要被表征和/或鑒定(例如，基于物理、生物化學(xué)、化學(xué)和/或生理學(xué)特征)的細(xì)胞實(shí)體和/或其他分子實(shí)體。例如，短語(yǔ)“疾病樣品”及其變化是指從目的受試者獲得的任意樣品，預(yù)測(cè)或已知該樣品包含待表征的細(xì)胞實(shí)體和/或分子實(shí)體。
[0124]“組織或細(xì)胞樣品”意指從受試者或患者的組織獲得的類(lèi)似的細(xì)胞的集合。組織或細(xì)胞樣品的來(lái)源可以是實(shí)體組織，如來(lái)自新鮮的、冷凍的和/或保存的器官或組織樣品或組織活檢或抽出物；血液或任意血液成分；體液，諸如腦脊液、羊水、腹膜液或間質(zhì)液；來(lái)自受試者的妊娠或發(fā)育的任何時(shí)間的細(xì)胞。組織樣品也可以是原代的或培養(yǎng)的細(xì)胞或細(xì)胞系。任選地，組織或細(xì)胞樣品由疾病組織/器官獲得。組織樣品可以包含不與天然組織自然混合的化合物，諸如防腐劑、抗凝血?jiǎng)?、緩沖劑、固定劑、營(yíng)養(yǎng)物、抗生素等?！皡⒈葮悠贰?、“參比細(xì)胞”、“參比組織”、“對(duì)照樣品”、“對(duì)照細(xì)胞”或“對(duì)照組織”用在本文中是指從已知或相信不患有要用本發(fā)明的方法或組合物來(lái)鑒定的疾病或病況的來(lái)源獲得的樣品、細(xì)胞或組織。在一個(gè)實(shí)施方案中，參比樣品、參比細(xì)胞、參比組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞或?qū)φ战M織是從用本發(fā)明的組合物或方法鑒定疾病或病況的同一受試者或患者的身體的健康部分獲得的。在一個(gè)實(shí)施方案中，參比樣品、參比細(xì)胞、參比組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞或?qū)φ战M織是從不是用本發(fā)明的組合物或方法鑒定疾病或病況的受試者或患者的個(gè)體的身體的健康部分獲得的。
[0125]為了本文的目的，組織樣品的“一部分”意指單個(gè)部分或份的組織樣品，例如，來(lái)自組織樣品的薄組織或細(xì)胞切片。應(yīng)該理解，按照本發(fā)明可以取多部分組織樣品并且進(jìn)行分析，條件是應(yīng)該理解，本發(fā)明包括在形態(tài)和分子水平上分析，或者針對(duì)蛋白和核酸二者分析相同部分的組織樣品。
[0126]“相關(guān)”或“相關(guān)的”意指以任何方式比較第一分析或流程的表現(xiàn)和/或結(jié)果與第二分析或流程的表現(xiàn)和/或結(jié)果。例如，人們可以在進(jìn)行第二流程時(shí)使用第一分析或流程的結(jié)果，和/或人們可以使用第一分析或流程的結(jié)構(gòu)來(lái)確定是否應(yīng)該進(jìn)行第二分析或流程。關(guān)于基因表達(dá)分析或流程的實(shí)施方案，人們可以使用所述基因表達(dá)分析或流程的結(jié)果來(lái)確定是否應(yīng)該進(jìn)行特定的治療方案。
[0127]術(shù)語(yǔ)“抗體”和“免疫球蛋白”在最廣泛意義上可互換使用，并且包括單克隆抗體(例如全長(zhǎng)或完整的單克隆抗體)，多克隆抗體，單價(jià)抗體，多價(jià)抗體，多特異性抗體(例如，雙特異性抗體，只要它們展現(xiàn)`出需要的生物學(xué)活性)，并且還可以包括某些抗體片段(如本文更詳細(xì)地描述)?？贵w可以是嵌合的、人的、人源化的和/或親和力成熟的?！翱贵w片段”包含完整抗體的一部分，優(yōu)選包含其抗原結(jié)合區(qū)。抗體片段的實(shí)例包括Fab，F(xiàn)ab'，F(xiàn)(ab' )2和Fv片段；雙抗體；線(xiàn)性抗體；單鏈抗體分子；和由抗體片段形成的多特異性抗體。
[0128]“小分子”或“有機(jī)小分子”在本文中定義為具有低于約500道爾頓的分子量的有機(jī)分子。
[0129]在本文中使用時(shí)，詞語(yǔ)“標(biāo)記”指可檢測(cè)的化合物或組合物。所述標(biāo)記可以自身檢測(cè)(例如，放射性標(biāo)記或熒光標(biāo)記)，或者在酶標(biāo)記的情形中，可以催化底物化合物或組合物的化學(xué)變化，這產(chǎn)生可檢測(cè)的產(chǎn)物?？勺鳛榭蓹z測(cè)的標(biāo)記物的放射性核素包括,例如，1-131，1-123，1-125，Y-90，Re-188, Re-186, At-211，Cu-67, B1-212 和 Pd-109。
[0130]提及“約”,本文中的數(shù)值或參數(shù)包括(并且描述)涉及所述數(shù)值或參數(shù)本身的實(shí)施方案。例如，提及“約X”的描述包括“X”的描述。
[0131]術(shù)語(yǔ)“包裝說(shuō)明書(shū)”用于指通常包括在治療產(chǎn)品的商品包裝中的使用說(shuō)明，其包含關(guān)于適應(yīng)證、用法、劑量、給藥、組合療法、禁忌癥的信息和/或關(guān)于使用這樣的治療產(chǎn)品的敬生
目口 O
[0132]本發(fā)明的組合物和方法
[0133]遺傳奪異
[0134]在一個(gè)方面中，本發(fā)明提供檢測(cè)來(lái)自受試者的樣品中存在或不存在與阿爾茨海默病(AD)相關(guān)的遺傳變異的方法，以及通過(guò)檢測(cè)來(lái)自受試者的樣品中存在或不存在這些遺傳變異的一種或多種而診斷和預(yù)測(cè)AD的方法，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。與AD危險(xiǎn)相關(guān)的遺傳變異使用包括全基因組關(guān)聯(lián)研究、修飾物篩選和基于家族的篩選進(jìn)行鑒定。
[0135]用于本發(fā)明的方法的遺傳變異包括在白介素-6受體(IL6R)、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子4(NTF4)和UNC5C或編碼這些蛋白的基因中以及表3中列出的任一種基因或其編碼的蛋白中的遺傳變異。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在編碼基因(或其調(diào)節(jié)區(qū))的基因組DNA中，其中所述基因選自編碼白介素-6受體(IL6R)、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子4(NTF4)和UNC5C的基因，以及表3中列出的任一種基因。在不同的實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因以及表3中列出的任一種基因的一種或多種基因中的SNP、等位基因、單元型、插入或缺失。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rs2228145的‘C’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rsl21918427的‘T’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID N0:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。在實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在選自表3中列出的那些的基因中的SNP。在實(shí)施方案中，所述遺傳變異是選自rsl2733578、rs4658945、rsl478`161、rsl024591、rs7799010、rsl0969475 和 rsl2961250 的 SNP。在不同的實(shí)施方案中，所述至少一種遺傳變異是在IL6R、NTF4或UNC5C中的氨基酸置換、插入或缺失。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是氨基酸置換。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO: I)中的氨基酸置換D358A。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的氨基酸置換R206W。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的氨基酸置換T835M。
[0136]遺傳變異的檢測(cè)
[0137]用在本文所述的任一種檢測(cè)方法中的核酸可以是基因組DNA ;由基因DNA轉(zhuǎn)錄的RNA ;或由RNA產(chǎn)生的cDNA。核酸可以來(lái)源于脊椎動(dòng)物，例如，哺乳動(dòng)物。如果核酸直接從特定的來(lái)源獲得或者如果其是在所述來(lái)源中存在的核酸的拷貝，則認(rèn)為所述核酸“來(lái)源于”所述特定的來(lái)源。
[0138]核酸包括核酸的拷貝，例如，由擴(kuò)增產(chǎn)生的拷貝。在某些情形中，擴(kuò)增可以是理想的，例如，為了獲得需要量的材料來(lái)檢測(cè)變異。然后，擴(kuò)增子可以進(jìn)行變異檢測(cè)方法，諸如下文所述的那些，以確定在所述擴(kuò)增子中是否存在變異。
[0139]遺傳變異可以通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的特定方法進(jìn)行檢測(cè)。所述方法包括，但不限于，DNA測(cè)序；引物延伸測(cè)定，包括等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定和等位基因特異性引物延伸測(cè)定(例如，等位基因特異性PCR，等位基因特異性連接鏈反應(yīng)(LCR)，和缺口-LCR);等位基因特異性寡核苷酸雜交測(cè)定(例如，寡核苷酸連接測(cè)定)；切割保護(hù)測(cè)定，其中針對(duì)切割劑的保護(hù)用于檢測(cè)核酸雙鏈體中的錯(cuò)配堿基；MutS蛋白結(jié)合的分析；比較變體和野生型核酸分子的遷移率的電泳分析；變性-梯度凝膠電泳(DGGE，如在，例如，Myers等(1985)Nature(自然)313:495中)；錯(cuò)配堿基對(duì)的RNA酶切割的分析；異源雙鏈體DNA的化學(xué)或酶促切割的分析；質(zhì)譜(如MALD1-TOF);遺傳位分析(genetic bit analysis,GBA)；5'核酸酶測(cè)定(例如，TaqMan?);和利用分子信標(biāo)的測(cè)定。這些方法中的某一些在下文中進(jìn)一步詳細(xì)討論。
[0140]檢測(cè)靶核酸中的變異可以通過(guò)使用本領(lǐng)域公知的技術(shù)的靶核酸的分子克隆和測(cè)序?qū)崿F(xiàn)。備選地，可以使用擴(kuò)增技術(shù)，諸如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)直接從來(lái)自腫瘤組織的基因組DNA制備物擴(kuò)增靶核酸序列。然后可以確定所擴(kuò)增的序列的核酸序列并且鑒定其中的變異。擴(kuò)增技術(shù)是本領(lǐng)域中公知的，例如，在Saiki等，Science (科學(xué))239 =487,1988 ;美國(guó)專(zhuān)利號(hào)4，683，203和4，683，195中所述的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)。
[0141]本領(lǐng)域已知的連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)也可以用來(lái)擴(kuò)增靶核酸序列。例如，參見(jiàn)Wu等，Genomics (基因組學(xué))4:560-569 (1989)。另外，已知為等位基因特異性PCR的技術(shù)也可以用來(lái)檢測(cè)變異(例如，置換)。例如，參見(jiàn)Ruano和Kidd (1989) Nucleic Acids Research (核酸研究)17:8392 ；McClay 等(2002) Analytical Biochem.(分析生物化學(xué))301:200_206。在該技術(shù)的特定實(shí)施方案中，使用等位基因特異性引物，其中所述引物的3,末端核苷酸與靶核酸中的特定變異互補(bǔ)(即，能夠與其特異性堿基配對(duì))。如果不存在所述特定的變異，則不會(huì)觀察到擴(kuò)增產(chǎn)物。擴(kuò)增受阻突變系統(tǒng)(ARMS)也可以用來(lái)檢測(cè)變異(例如，置換)。ARMS記述在,例如，歐洲專(zhuān)利申請(qǐng)公布號(hào)0332435中，和在Newton等,Nucleic AcidsResearch (核酸研究)，17:7,1989 中。
[0142]可用于檢測(cè)變異(例如，置換)的其他方法包括，但不限于，(I)等位基因特異性核苷酸摻入測(cè)定，諸如單堿基延伸測(cè)定(例如，參見(jiàn)Chen等(2000)Genome Res.(基因組研究)10:549-557 ；Fan 等(2000)Genome Res.(基因組研究)10:853-860 ；Pastinen 等(1997) Genome Res.(基因組研究)7:606-614 ;和 Ye 等(2001) Hum.Mut.17:305-316) ； (2)等位基因特異性引物延伸`測(cè)定(例如，參見(jiàn)Ye等(2001) Hum.Mut.17 =305-316 ;和Shen等，Genetic Engineering News (基因工程新聞)，vol.23, 2003年3月15日)，包括等位基因特異性PCR;(3)5'核酸酶測(cè)定(例如，參見(jiàn)De La Vega等(2002) BioTechniques (生物技術(shù))32:S48_S54(描述 TaqMan.RTM.測(cè)定)；Ranade 等(2001) Genome Res.(基因組研究)11:1262-1268 ;和 Shi (2001)Clin.Chem.(臨床化學(xué))47:164-172) ； (4)使用分子信標(biāo)的測(cè)定(例如，參見(jiàn)Tyagi等(1998)Nature Biotech.(自然生物技術(shù))16:49-53 ；和Mhlanga等(2001)MethodS (方法)25:463-71);以及(5)寡核苷酸連接測(cè)定(例如，參見(jiàn)Grossman等(1994)Nuc.Acids Res.(核酸研究)22:4527-4534 ;專(zhuān)利申請(qǐng)公布號(hào)US2003/0119004A1 ；PCT 國(guó)際公布號(hào) W001/92579A2 ;和美國(guó)專(zhuān)利號(hào) 6，027，889)。
[0143]變異也可以通過(guò)錯(cuò)配檢測(cè)方法進(jìn)行檢測(cè)。錯(cuò)配是互補(bǔ)性不是100%的雜交的核酸雙鏈體。缺少全部的互補(bǔ)性可能是由于缺失、插入、倒位或置換導(dǎo)致。錯(cuò)配檢測(cè)方法的一個(gè)實(shí)例是錯(cuò)配修飾檢測(cè)(MRD)測(cè)定,例如,記述在Faham等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA (美國(guó)國(guó)家科學(xué)院學(xué)報(bào))102:14717-14722(2005)和Faham等，Hum.Mol.Genet.(人類(lèi)分子遺傳學(xué))10:1657-1664(2001)中。錯(cuò)配切割技術(shù)的另一個(gè)實(shí)例是RNA酶保護(hù)法，其詳細(xì)記述在Winter 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA(美國(guó)國(guó)家科學(xué)院學(xué)報(bào))，82:7575,1985 和 Myers 等，Science (科學(xué))230:1242,1985中。例如，本發(fā)明的方法可以包括使用標(biāo)記的與人野生型靶核酸互補(bǔ)的RNA探針(riboprobe)。所述RNA探針與來(lái)源于組織樣品的靶核酸退火(雜交)在一起，然后用RNA酶A消化，所述RNA酶A能夠檢測(cè)雙鏈體RNA結(jié)構(gòu)中的一些錯(cuò)配。如果RNA酶A檢測(cè)到錯(cuò)配，則其在錯(cuò)配位點(diǎn)切割。因此，當(dāng)退火的RNA制備物在電泳凝膠基質(zhì)上分離時(shí)，如果錯(cuò)配已經(jīng)被RNA酶A檢測(cè)到并且切割，則將觀察到比關(guān)于該RNA探針和mRNA或DNA的全長(zhǎng)雙鏈體小的RNA產(chǎn)物。RNA探針不需要是靶核酸的全長(zhǎng)，而是可以是靶核酸的一部分，條件是其包含懷疑具有變異的位置。
[0144]以類(lèi)似的方式，可以使用DNA探針來(lái)檢測(cè)錯(cuò)配，例如，通過(guò)酶或化學(xué)切割進(jìn)行。例如，參見(jiàn) Cotton 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA(美國(guó)國(guó)家科學(xué)院學(xué)報(bào)),85:4397,1988 ;和Shenk等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA (美國(guó)國(guó)家科學(xué)院學(xué)報(bào))，72:989，1975。備選地，錯(cuò)配可以通過(guò)錯(cuò)配雙鏈體相對(duì)于匹配雙鏈體的電泳遷移性的改變而檢測(cè)。例如，參見(jiàn)Car i e I 1，Human Genetics (人類(lèi)遺傳學(xué))，42:726，1988。使用RNA探針或DNA探針，可以在雜交之前擴(kuò)增懷疑包含變異的靶核酸。靶核酸中的變化也可以使用Southern雜交進(jìn)行檢測(cè)，尤其是變化是整體重排(gross rearrangements),諸如缺失和插入時(shí)。
[0145]針對(duì)靶核酸或周?chē)鷺?biāo)記基因的限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)探針可以用來(lái)檢測(cè)變異，例如，插入或缺失。插入和缺失也可以通過(guò)靶核酸的克隆、測(cè)序和擴(kuò)增進(jìn)行檢測(cè)。單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析也可以用來(lái)檢測(cè)等位基因的堿基變化變體。例如，參見(jiàn)Orita等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA (美國(guó)國(guó)家科學(xué)院學(xué)報(bào))86:2766-2770,1989，和 Genomics (基因組學(xué))，5:874-879，1989。SSCP通過(guò)單鏈PCR產(chǎn)物的電泳遷移改變而鑒定堿基差異。單鏈PCR產(chǎn)物可以通過(guò)加熱或另外使雙鏈PCR產(chǎn)物變性而產(chǎn)生。單鏈核酸可以重折疊或形成部分依賴(lài)于堿基序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)。單鏈擴(kuò)增產(chǎn)物的不同的電泳遷移性與SNP位置的堿基序列差異相關(guān)。變性梯度凝膠電泳(DGGE)基于不同的序列依賴(lài)性穩(wěn)定性和多態(tài)性DNA固有的解鏈特性(melting properties)以及在變性梯度凝膠中的電泳遷移模式的相應(yīng)的差異來(lái)區(qū)分SNP等位基因。
[0146]還可以使用微陣列檢測(cè)遺傳變異。微陣列是一種多路技術(shù)，其典型的使用成陣列系列的數(shù)以千計(jì)的核酸探針在高嚴(yán)格性條件下與例如cDNA或cRNA樣品雜交。探針-靶標(biāo)雜交典型的通過(guò)檢測(cè)熒光`團(tuán)_、銀-或化學(xué)發(fā)光-標(biāo)記的靶標(biāo)來(lái)檢測(cè)并且定量，從而確定靶標(biāo)中核酸序列的相對(duì)豐度。在典型的微陣列中，探針通過(guò)與化學(xué)基質(zhì)(通過(guò)環(huán)氧-甲硅烷、氨基-甲硅烷、賴(lài)氨酸、聚丙烯酰胺或其他)的共價(jià)鍵連接到固體表面上。例如，所述固體表面為玻璃、二氧化娃芯片或微型珠。多種微陣列可商購(gòu)獲得，包括例如由Affymetrix, Inc.和Illumina, Inc.制造的那些。
[0147]另一種SNP基因分型的方法是基于質(zhì)譜。質(zhì)譜利用DNA的四種核苷酸的每一種特有的重量。SNPs可以通過(guò)質(zhì)譜進(jìn)行明確的基因分型，通過(guò)測(cè)量具有備用SNP等位基因的核酸質(zhì)量的差別進(jìn)行。MALD1-T0F(基質(zhì)輔助的激光解析電離-飛行時(shí)間)質(zhì)譜技術(shù)可用于分子量(諸如SNPs)的極精確的確定?；谫|(zhì)譜已經(jīng)開(kāi)放了多種SNP分析的方法。示例性的基于質(zhì)譜的SNP基因分型方法包括引物延伸測(cè)定，其也可以與其他方法組合使用，所述其他方法如傳統(tǒng)的基于凝膠的形式和微陣列。
[0148]序列特異性核酶(美國(guó)專(zhuān)利號(hào)5，498，531)也可以用來(lái)基于核酶切割位點(diǎn)的形成或丟失而對(duì)SNPs進(jìn)行評(píng)分。通過(guò)核酸酶理解消化測(cè)定或通過(guò)解鏈溫度的差異可以區(qū)分完美匹配的序列與錯(cuò)配序列。如果SNP影響限制性酶切位點(diǎn)，則可以通過(guò)限制酶消化模式的改變和通過(guò)凝膠電泳確定的核酸片段長(zhǎng)度的相應(yīng)改變而鑒定SNP。
[0149]在本發(fā)明的其他實(shí)施方案中，基于蛋白的檢測(cè)技術(shù)用來(lái)檢測(cè)由具有本文公開(kāi)的遺傳變異的基因編碼的變體蛋白。確定蛋白變體形式的存在可以使用本領(lǐng)域已知的任何適當(dāng)?shù)募夹g(shù)進(jìn)行，例如，電泳(例如，變性或非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳，2維凝膠電泳，毛細(xì)管電泳和等電聚焦)、色譜(例如，大小色譜，高效液相色譜(HPLC)和陽(yáng)離子交換HPLC)和質(zhì)譜(例如，MALD1-T0F質(zhì)譜，電噴射離子化(ESI)質(zhì)譜和串聯(lián)質(zhì)譜)。例如，參見(jiàn)Ahrer和 Jungabauer (2006) J.Chromatog.B.Analyt.Technol.Biomed.Life Sc1.841:110-122;和Wada(2002) J.Chromatog.B.781:291_301。適合的技術(shù)可以部分基于帶檢測(cè)的變異的性質(zhì)而選擇。例如，導(dǎo)致置換的氨基酸與原始氨基酸具有不同的電荷的氨基酸置換的變異可以通過(guò)等電聚焦進(jìn)行檢測(cè)。通過(guò)在高電壓下具有PH梯度的凝膠進(jìn)行的多肽等電聚焦通過(guò)其Pl分離蛋白。PH梯度凝膠可以與同時(shí)運(yùn)行包含野生型蛋白的凝膠進(jìn)行比較。在變異導(dǎo)致新的蛋白水解位點(diǎn)產(chǎn)生或消除已有的蛋白水解位點(diǎn)的情形中，樣品可以進(jìn)行蛋白水解消化，然后使用適當(dāng)?shù)碾娪尽⑸V或質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行肽圖譜繪圖。變異的存在也可以使用蛋白測(cè)序技術(shù)諸如Edman降解或特定形式的質(zhì)譜進(jìn)行檢測(cè)。
[0150]也可以使用本領(lǐng)域已知的使用這些技術(shù)的組合的方法。例如，在HPLC-顯微鏡檢串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)中，對(duì)蛋白進(jìn)行蛋白水解消化，并且通過(guò)反相色譜分離來(lái)分離產(chǎn)生的肽混合物。然后進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜，并且分析由此收集的數(shù)據(jù)(Gatlin等(2000)Anal.Chem.，72:757-763)。在另一個(gè)實(shí)例中，非變性凝膠電泳與MALDI質(zhì)譜組合(Mathew等(2011)Anal.Biochem.416:135-137)。
[0151]在一些實(shí)施方案中，蛋白可以使用諸如與所述蛋白特異性結(jié)合的抗體或肽的試劑從樣品中分離，然后進(jìn)一步分析，從而使用上文公開(kāi)的任一種技術(shù)來(lái)確定存在或不存在遺傳變異。
[0152]備選地，變體蛋白在樣品中的存在可以通過(guò)基于對(duì)具有本發(fā)明所述的遺傳變異特異性的抗體的免疫親和測(cè)定進(jìn)行檢測(cè)，即，所述抗體特異性結(jié)合具有所述變異的蛋白，但不結(jié)合缺少所述變異的蛋白`形式。所述抗體可以通過(guò)本領(lǐng)域已知的的任意技術(shù)產(chǎn)生?？贵w可以用來(lái)從溶液樣品中免疫沉淀特定的蛋白，或者免疫印跡通過(guò)例如聚丙烯酰胺凝膠分離的蛋白。免疫細(xì)胞化學(xué)方法也可以用于檢測(cè)組織或細(xì)胞中特定的蛋白變體。也可以使用其他公知的基于抗體的技術(shù)，包括，例如，酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(ELISA)、放射性免疫測(cè)定(RIA)、免疫放射測(cè)定(IRMA)和免疫酶測(cè)定(IEMA)，包括使用單克隆或多克隆抗體的夾心測(cè)定。例如，參見(jiàn)美國(guó)專(zhuān)利號(hào)4，376，110和4，486，530。
[0153]鑒定另外的遺傳標(biāo)記
[0154]公開(kāi)的遺傳標(biāo)記可用于鑒定與AD的發(fā)生相關(guān)的另外的遺傳標(biāo)記。例如，本文公開(kāi)的SNPs可以用來(lái)鑒定連鎖不平衡中的另外的SNPs。實(shí)際上，與AD相關(guān)的第一 SNP處于連鎖不平衡中的任意SNP應(yīng)該與AD相關(guān)。一旦證明了給定的SNP與AD之間的相關(guān)性，為了增加在該特定區(qū)域內(nèi)的SNPs的密度，發(fā)現(xiàn)與AD相關(guān)的另外的SNPs是非常令人感興趣的。
[0155]用于鑒定另外的SNPs并且進(jìn)行連鎖不平衡分析的方法在本領(lǐng)域中是公知的。例如，鑒定與本文公開(kāi)的SNPs處于連鎖不平衡中的另外的SNPs可以包括下述步驟:(a)由來(lái)自多個(gè)個(gè)體的包含第一 SNP或在第一 SNP周?chē)幕蚪M區(qū)域擴(kuò)增片段；(b)在攜帶所述第一SNP或在所述第一 SNP周?chē)幕蚪M區(qū)域中鑒定第二 SNPs ； (c)進(jìn)行所述第一 SNP與第
二SNPs之間的連鎖不平衡分析；并且(d)選擇所述第二 SNPs作為處于與所述第一標(biāo)記的連鎖不平衡中。
[0156]用于組合使用的另外的診斷方法
[0157]公開(kāi)的遺傳標(biāo)記的檢測(cè)可以與用于鑒定受試者患有AD或由增加的發(fā)生AD的危險(xiǎn)的受試者的一種或多種另外的診斷方法組合使用。例如，除了本文公開(kāi)的遺傳標(biāo)記之外，可以針對(duì)另外的遺傳標(biāo)記對(duì)受試者進(jìn)行篩選?？梢苑治鰜?lái)自受試者的腦脊液的AD特有的增加水平的β淀粉狀蛋白或tau蛋白。受試者還可以進(jìn)行精神狀態(tài)檢查，諸如小型精神狀態(tài)檢查(Mini Mental State Exam,MMSE),以評(píng)估記憶、集中以及其他認(rèn)證能力。受試者還可以進(jìn)行成像程序，諸如CT掃描、MR1、SPECT掃描或PET掃描，以鑒定指示阿爾茨海默病的腦結(jié)構(gòu)或大小的變化。
[0158]阿爾茨海默病的診斷、預(yù)后和治療
[0159]本發(fā)明提供通過(guò)檢測(cè)來(lái)自受試者的樣品中存在一種或多種本發(fā)明公開(kāi)的與AD相關(guān)的遺傳變異而用于診斷或預(yù)后受試者中的AD的方法。在本發(fā)明的實(shí)施方案中，所述一種或多種遺傳變異是在選自編碼白介素-6受體(IL6R)、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子4(NTF4)和UNC5C的基因以及表3中列出的任一種基因的基因中。在一些實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在編碼基因(或其調(diào)節(jié)區(qū))的基因組DNA中，其中所述基因選自編碼白介素-6受體(IL6R)、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子4(NTF4)和UNC5C的基因，以及表3中列出的任一種基因。在不同的實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在選自編碼白介素-6受體(IL6R)、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子4(NTF4)和UNC5C的基因以及表3中列出的任一種基因的一種或多種基因中的SNP、等位基因、單元型、插入或缺失。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rs2228145的‘C，等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在rsl21918427的‘T’等位基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述`遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。在實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在選自表3中列出的那些的基因中的SNP。在實(shí)施方案中，所述遺傳變異是選自 rsl2733578、rs4658945、rsl478161、rsl024591、rs7799010、rsl0969475和rsl2961250的SNP。這些遺傳變異中的任一種或多種可以用在下文所述的任一種檢測(cè)、診斷和預(yù)后方法中。
[0160]在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供用于檢測(cè)受試者中存在或不存在指示阿爾茨海默病(AD)的遺傳變異的方法，所述方法包括:(a)使來(lái)自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因中存在或不存在遺傳變異的試劑接觸；并且(b)確定存在或不存在所述遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
[0161]用于所述方法的試劑可以是寡核苷酸、DNA探針、RNA探針和核酶。在一些實(shí)施方案中，所述試劑被標(biāo)記。標(biāo)記可以包括，例如，放射性同位素標(biāo)記、熒光標(biāo)記、生物發(fā)光標(biāo)記或酶標(biāo)記?？梢宰鳛榭蓹z測(cè)標(biāo)記的放射性核素包括，例如，1-131，1-123，1-125，Y-90，Re-188, Re-186, At-211, Cu-67, B1-212 和 Pd-109。
[0162]本發(fā)明還提供用于檢測(cè)受試者中指示阿爾茨海默病(AD)的遺傳變異的方法，所述方法包括:確定來(lái)自受試者的生物樣品中存在或不存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因中的遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。在所述方法的不同的實(shí)施方案中，檢測(cè)所述一種或多種遺傳變異的存在通過(guò)選自由下述組成的組的方法進(jìn)行:直接測(cè)序、等位基因-特異性探針雜交、等位基因-特異性引物延伸、等位基因-特異性擴(kuò)增、等位基因-特異性核苷酸摻入、5'核酸酶消化、分子信標(biāo)測(cè)定、寡核苷酸連接測(cè)定、大小分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性。在一些實(shí)施方案中，在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前擴(kuò)增來(lái)自所述樣品的核酸。
[0163]本發(fā)明還提供用于診斷或預(yù)測(cè)受試者中的AD的方法，所述方法包括:(a)使來(lái)自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因中存在或不存在遺傳變異的試劑接觸；并且(b)確定存在或不存在所述遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
[0164]本發(fā)明還提供診斷或預(yù)測(cè)受試者中的AD的方法，所述方法包括:確定來(lái)自受試者的生物樣品中存在或不存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因中的遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
[0165]本發(fā)明還提供診斷或預(yù)測(cè)受試者中的AD的方法，所述方法包括:(a)從所述受試者獲得包含核酸的樣品，并且(b)分析所述樣品以檢測(cè)存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因中的至少一種遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
[0166]在一些實(shí)施方案中，所述診斷或預(yù)測(cè)方法還包括使所述受試者進(jìn)行一種或多種另外的AD診斷測(cè)試，例如，篩選一個(gè)或多個(gè)另外的遺傳標(biāo)記，實(shí)施精準(zhǔn)狀態(tài)檢查或使所述受試者進(jìn)行成像程序。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括分析所述樣品以檢測(cè)作為APOE修飾物的至少一種另外的遺傳標(biāo)記的存在，其中所述至少一種另外的遺傳標(biāo)記是在選自編碼IL6R的基因、編碼NTF4的基因、編碼UNC5C的基因和表3中列出的基因的基因中。
[0167]還考慮上述任`一種方法可以進(jìn)一步包括基于所述方法的結(jié)果治療所述受試者的AD。在一些實(shí)施方案中，上述方法還包括檢測(cè)所述樣品中至少一種APOE- ε 4等位基因的存在。在一個(gè)實(shí)施方案中，與具有至少一種APOE- ε 4等位基因但是不存在所述至少一種遺傳標(biāo)記的受試者相比，所述至少一種遺傳變異的存在連同至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
[0168]還提供鑒定具有在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)的受試者的方法，所述方法包括:(a)確定來(lái)自所述受試者的生物樣品中存在或不存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因中的遺傳變異；并且(b)確定至少一種APOE- ε 4等位基因的存在或不存在，其中與不存在所述遺傳變異和至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者相比，所述遺傳變異和至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示所述受試者具有在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
[0169]還提供一種輔助預(yù)測(cè)受試者中AD的亞型的預(yù)后的方法，所述方法包括檢測(cè)來(lái)自所述受試者的生物樣品中存在編碼IL6R、NTF4或UNC5C的基因中的遺傳變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP，并且所述AD的亞型至少部分特征在于，在來(lái)自所述受試者的生物樣品中與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照受試者相比增加的可溶性IL6R水平。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP，并且所述AD的亞型至少部分特征在于，在來(lái)自所述受試者的生物樣品中與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照受試者相比減少的TrkB活化。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP，并且所述AD的亞型至少部分特征在于，與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照受試者相比，在來(lái)自所述受試者的生物樣品中增加的UNC5C細(xì)胞凋亡活性。
[0170]本發(fā)明還提供一種預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向IL6R的AD治療劑的應(yīng)答的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP，其中所述SNP的存在指示對(duì)靶向IL6R的治療劑的應(yīng)答。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述治療劑是IL6R拮抗劑或結(jié)合劑，例如，抗-1L6R抗體。
[0171]本發(fā)明還提供一種預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向TrkB的AD治療劑的應(yīng)答的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP，其中所述SNP的存在指示對(duì)靶向TrkB的治療劑的應(yīng)答。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述治療劑是TrkB激動(dòng)劑，例如，TrkB激動(dòng)性抗體。
[0172]本發(fā)明還提供一種預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向UNC5C的AD治療劑的應(yīng)答的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP，其中所述SNP的存在指示對(duì)靶向UNC5C的治療劑的應(yīng)答。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述治療劑靶向UNC5C死亡結(jié)構(gòu)域。
[0173]用于上文所述的任一種方法中的生物樣品可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的特定方法獲得。生物樣品可以從脊椎動(dòng)物獲得，并且特別地，從哺乳動(dòng)物獲得。在特定的實(shí)施方案中，生物樣品包括細(xì)胞或組織，諸如腦脊液、神經(jīng)細(xì)胞或腦組織。靶核酸(或編碼的多肽)中的變異可以從組織樣品或從其他機(jī)體樣品(諸如腦脊液、血液、血清、尿液、痰、唾液、黏膜刮片、淚分泌物或汗水)中檢測(cè)。通過(guò)篩查所述機(jī)體樣品，可以對(duì)于諸如AD的疾病獲得簡(jiǎn)單的早期診斷。另外，通過(guò)檢測(cè)所述機(jī)體樣品在靶核酸(或編碼的多肽)中的變異可以更容易地監(jiān)測(cè)治療的進(jìn)展。在一些實(shí)施方案中，所述生物樣品從懷疑患有AD的個(gè)體獲得。`[0174]在確定受試者或從所述受試者獲得的生物樣品包含本文公開(kāi)的遺傳變異后，考慮可以對(duì)所述受試者給藥有效量的適當(dāng)?shù)腁D治療劑以治療所述受試者中的AD。
[0175]還提供輔助診斷哺乳動(dòng)物中的AD的方法，所述方法通過(guò)按照上述方法檢測(cè)核酸中的一種或多種變異而進(jìn)行，所述變異包括在如本文公開(kāi)的編碼IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的任一種或多種中的遺傳變異。
[0176]在另一個(gè)實(shí)施方案中，提供預(yù)測(cè)患有AD的受試者是否應(yīng)答治療劑的方法，所述方法通過(guò)按照上述方法確定所述受試者是否包含在編碼如本文公開(kāi)的IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的一種或多種中的變異而進(jìn)行。
[0177]還提供評(píng)估受試者發(fā)生AD的素質(zhì)(predisposition)的方法,所述方法通過(guò)檢測(cè)在所述受試者中存在或不存在在編碼如公開(kāi)公開(kāi)的IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的一種或多種中的變異而進(jìn)行。
[0178]還提供進(jìn)一步分類(lèi)(sub-classifying)哺乳動(dòng)物中的AD的方法,所述方法包括檢測(cè)在編碼如本文公開(kāi)的IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的任一種或多種中的遺傳變異的存在。
[0179]還提供鑒定有效治療患者亞群中的AD的治療試劑的方法，所述方法包括使所述試劑的功效與在對(duì)應(yīng)于編碼如本文公開(kāi)的IL6R，NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的任一種或多種中的SNP的核苷酸位置處的遺傳變異的存在相關(guān)。
[0180]另外的方法提供可用于確定適當(dāng)?shù)呐R床干預(yù)步驟的信息(如果并且適當(dāng)?shù)?。因此，在本發(fā)明的方法的一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括基于本文公開(kāi)的與AD相關(guān)的基因中存在或不存在變異的評(píng)估結(jié)果的臨床干預(yù)步驟。例如，適當(dāng)?shù)母深A(yù)可以包括預(yù)防和治療步驟，或基于通過(guò)本發(fā)明的方法獲得的遺傳信息調(diào)整任意當(dāng)前(then-current)的預(yù)防或治療步驟。
[0181]本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)該明白，在本文所述的任意方法中，盡管檢測(cè)變異的存在將明確指示疾病的特征(例如，疾病的存在或亞型)，但是未檢測(cè)到變異也將通過(guò)提供疾病的相互特征(reciprocal characterization)而提供有用的信息。
[0182]其他方法還包括治療哺乳動(dòng)物中的AD的方法，所述方法包括下述步驟:從所述哺乳動(dòng)物獲得生物樣品，檢查所述生物樣品存在或不存在本文公開(kāi)的變異，并且當(dāng)確定在所述組織或細(xì)胞樣品中存在或不存在所述變異時(shí)，對(duì)所述哺乳動(dòng)物給藥有效量的適當(dāng)?shù)闹委焺?。任選地，所述方法包括給所述哺乳動(dòng)物給藥有效量的祀向的AD治療劑。
[0183]還提供治療受試者中的AD的方法，已知在所述受試者中在對(duì)應(yīng)于編碼如本文公開(kāi)的IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的任一種或多種中的SNP的核苷酸位置處存在遺傳變異，所述方法包括給所述受試者給藥有效治療所述病況的治療劑。
[0184]還提供治療患有AD的受試者的方法,所述方法包括給所述受試者給藥已知有效治療在對(duì)應(yīng)于編碼如本文公開(kāi)的IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的任一種或多種中的SNP的核苷酸位置處具有遺傳變異的受試者中的病況的治療劑。
[0185]還提供治療患有AD的受試者的方法，所述方法包括給所述受試者給藥之前在至少一個(gè)臨床研究中表現(xiàn)為對(duì)治療所述病況有效的治療試劑，在所述研究中，所述試劑施用給至少五名人受試者`，所述人受試者每一名在對(duì)應(yīng)于編碼如本文公開(kāi)的IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的任一種或多種中的SNP的核苷酸位置處具有遺傳變異。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述至少五名受試者對(duì)于至少五名受試者的組總共具有兩種以上不同的SNPs。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述至少五名受試者對(duì)于所述至少五名受試者的全組具有相同的SNP。
[0186]還提供治療屬于特定AD患者亞群的AD受試者的方法，所述方法包括給所述受試者給藥有效量的核準(zhǔn)作為用于所述亞群的治療劑的治療劑，其中所述亞群至少部分特征在于與在對(duì)應(yīng)于編碼如本文公開(kāi)的IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的任一種或多種中的SNP的核苷酸位置處的遺傳變異的關(guān)聯(lián)性。
[0187]在一個(gè)實(shí)施方案中，所述亞群是歐洲血統(tǒng)。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種方法，所述方法包括制備AD治療試劑，并且包裝所述試劑與對(duì)受試者給藥所述試劑的使用說(shuō)明，所述受試者患有或相信患有AD并且在對(duì)應(yīng)于編碼如本文公開(kāi)的IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的任一種或多種中的SNP的位置處具有遺傳變異。
[0188]還提供選擇患有AD的患者使用AD治療劑治療的方法,所述方法包括檢測(cè)在對(duì)應(yīng)于編碼如本文公開(kāi)的IL6R、NTF4或UNC5C的基因或表3中列出的基因中的任一種中的SNP的核苷酸位置處遺傳變異的存在。
[0189]用于治療AD的治療劑可以摻加到組合物中，在一些實(shí)施方案中，所述組合物適于藥用。所述組合物典型地包含肽或多肽和可接受的載體，例如，藥用的載體。“藥用載體”包括任意的和所有與藥物給藥相容的溶劑、分散介質(zhì)、包衣、抗菌劑和抗真菌劑、等滲劑和吸收延遲劑等(Gennaro,Remington:The science and practiceOf pharmacy (雷明頓:制藥科學(xué)和實(shí)踐).Lippincott, Wi 11 iams&ffi lkins, Philadelphia, Pa.(2000))。此類(lèi)載體或稀釋劑的實(shí)例包括，但不限于，水、鹽水、Finger' s溶液、葡萄糖溶液和5%人血清白蛋白。也可以使用脂質(zhì)體和非水性賦形劑，如不揮發(fā)性油。除了當(dāng)常規(guī)的介質(zhì)或試劑與活性化合物不相容時(shí)，考慮使用這些組合物。補(bǔ)充的活性化合物也可以摻入到所述組合物中。
[0190]本發(fā)明的治療劑(和任意另外的治療劑用于治療AD的治療劑)可以通過(guò)任何合適的途徑給藥，包括腸胃外、肺內(nèi)、鞘內(nèi)和鼻內(nèi)給藥，并且，如果需要局部治療，進(jìn)行病灶內(nèi)給藥。腸胃外輸注包括，例如，肌內(nèi)、靜脈內(nèi)、動(dòng)脈內(nèi)、腹膜內(nèi)或皮下給藥。部分根據(jù)用藥是短期還是長(zhǎng)期性而定，可通過(guò)任何適合途徑，例如通過(guò)注射，諸如靜脈內(nèi)或皮下注射用藥。本文中涵蓋各種用藥時(shí)程，包括，但不限于，單次給藥或在多個(gè)時(shí)間點(diǎn)多次給藥、推注給藥及脈沖輸注。
[0191]本發(fā)明的某些實(shí)施方案提供穿過(guò)血腦屏障的AD治療劑。存在數(shù)種已知方法用于穿過(guò)血腦屏障運(yùn)輸分子，所述方法包括但不限于，物理方法，基于脂質(zhì)的方法，以及基于受體和通道的方法。
[0192]運(yùn)輸AD治療劑穿過(guò)血腦屏障的物理方法包括但不限于，完全繞開(kāi)血腦屏障，或通過(guò)在血腦屏障中生成開(kāi)口。繞行法包括但不限于，向腦中直接注射(見(jiàn)例如，Papanastassiou 等，Gene Therapy (基因治療)9:398-406 (2002))和將遞送裝置植入腦中(見(jiàn)例如，Gill 等，Nature Med.(自然醫(yī)學(xué))9:589-595(2003);和 Gliadel Wafers?,Guildford Pharmaceutical)。在屏障中產(chǎn)生開(kāi)口的方法包括但不限于,超聲(見(jiàn)例如，美國(guó)專(zhuān)利公布號(hào)2002/0038086)，滲透壓(例如，通過(guò)施用高滲甘露醇(Neuwelt，Ε.A.，Implication of the Blood-Brain Barrier and its Manipulation(血腦屏障及其操作的意義)，卷 1&2, Plenum Press, N.Y.(1989))),通過(guò)例如緩激肽或滲透劑(permeabiIizer)A-7的滲透化(見(jiàn)例如，美國(guó)專(zhuān)利號(hào)5，112，596，5，268，164，5，506，206和5，686，416)，以及`用包含編碼抗體或其片段的基因的載體轉(zhuǎn)染橫跨血腦屏障的神經(jīng)元(見(jiàn)例如，美國(guó)專(zhuān)利公布號(hào) 2003/0083299)。
[0193]基于脂質(zhì)的運(yùn)輸AD治療劑穿過(guò)血腦屏障的方法包括但不限于，將AD治療劑包封在脂質(zhì)體中，所述脂質(zhì)體與抗體結(jié)合片段結(jié)合，所述抗體結(jié)合片段結(jié)合血腦屏障的血管內(nèi)皮上的受體(見(jiàn)例如，美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)公布號(hào)20020025313)，以及將AD治療劑包被在低密度脂蛋白顆粒(見(jiàn)例如，美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)公布號(hào)20040204354)或載脂蛋白E (見(jiàn)例如，美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)公布號(hào)20040131692)中。
[0194]基于受體的運(yùn)輸AD治療劑穿過(guò)血腦屏障的方法包括但不限于，將所述AD治療劑與識(shí)別在血腦屏障上表達(dá)的受體的配體綴合，導(dǎo)致在受體-介導(dǎo)的胞轉(zhuǎn)作用后其被攜帶穿過(guò)血腦屏障(Gabathuler (2010) Neurobiology of Disease (疾病的神經(jīng)生物學(xué))37 ;48-57)。這些配體包括但不限于,針對(duì)腦毛細(xì)管內(nèi)皮受體的配體,如針對(duì)轉(zhuǎn)鐵蛋白受體或針對(duì)胰島素受體的單克隆抗體，組蛋白，生物素，葉酸，尼克酸，泛酸或糖肽。
[0195]給藥AD治療劑的有效劑量和時(shí)間方案可以憑經(jīng)驗(yàn)確定，并且做出這樣的決定是在本領(lǐng)域技術(shù)人員技能之內(nèi)的?？梢允褂脝未蝿┝炕蚨啻蝿┝?。當(dāng)使用體內(nèi)給藥AD治療劑時(shí)，取決于給藥途徑，正常的劑量的量可以為每天約10ng/kg至多至100mg/kg哺乳動(dòng)物體重或更多，優(yōu)選約lg/kg/天至10mg/kg/天。文獻(xiàn)中提供了關(guān)于特定的劑量和遞送方法的指導(dǎo);例如，參見(jiàn)美國(guó)專(zhuān)利號(hào)4，657，760 ;5，206，344 ;或5，225，212。
[0196]考慮另外的治療法可以用在所述方法中。一種或多種其他治療法可以包括但不限于，給藥另外的AD治療劑，諸如膽堿酯酶抑制劑、美金剛、抗激動(dòng)藥、抗抑郁藥、抗焦慮藥或靶向淀粉狀蛋白前體蛋白、β淀粉狀蛋白、淀粉狀蛋白斑或切割淀粉狀蛋白前體蛋白的任一種酶(包括但不限于α-分泌酶、β-分泌酶和Y-分泌酶等)的化合物。
[0197]試劑盒
[0198]為了用于本文所述或提示的應(yīng)用，還提供試劑盒或制品。所述試劑盒可以包含載體工具(carrier means),所述載體工具被分區(qū)以嚴(yán)密容納一個(gè)或多個(gè)容器工具,諸如小瓶、管等，每一個(gè)容器工具包含要用于方法中的一種獨(dú)立的成分。例如，一個(gè)容器工具可以包含被可檢測(cè)標(biāo)記的或能夠被可檢測(cè)標(biāo)記的探針。所述探針可以是對(duì)包含如本文公開(kāi)的與AD相關(guān)的遺傳變異的多核苷酸特異性的多核苷酸。當(dāng)試劑盒利用核酸雜交來(lái)檢測(cè)靶核酸時(shí)，所述試劑和還可以具有包含用于擴(kuò)增靶核酸序列的核苷酸的容器和/或包含報(bào)道子工具的容器，所述報(bào)道子工具諸如生物素結(jié)合蛋白，如抗生物素蛋白或鏈霉抗生物素蛋白，其與報(bào)道子分子(如酶、熒光或放射性同位素標(biāo)記)結(jié)合。
[0199]在其他實(shí)施方案中，所述試劑盒包含能夠檢測(cè)包含如本文公開(kāi)的與AD相關(guān)的遺傳變異的多肽的標(biāo)記的試劑。所述試劑可以是與所述多肽結(jié)合的抗體。所述試劑可以是與所述多肽結(jié)合的肽。所述試劑盒可以包含，例如，第一抗體(例如，連接在固體支持物上)，其與包含如本文公開(kāi)的遺傳變異的多肽結(jié)合；和，任選地，第二不同的抗體，其結(jié)合所述多肽或第一抗體并且與可檢測(cè)的標(biāo)記綴合。
[0200]試劑盒典型地包含上述容器以及包含在商業(yè)和使用者立場(chǎng)上合乎需要的材料的一個(gè)或多個(gè)其他容器，所述材料包括緩沖劑、稀釋劑、濾器、針頭和具有使用說(shuō)明的包裝說(shuō)明書(shū)。在所述容器上可`以存在標(biāo)簽，以指示所述組合物用于特定的治療或非治療應(yīng)用，并且還可以指示關(guān)于體內(nèi)或體外應(yīng)用的指導(dǎo)，諸如上文所述的那些。試劑盒中其他可選的成分包括一種或多種緩沖劑(例如，封閉緩沖液、洗滌緩沖液、底物緩沖液等)、其他試劑如被酶標(biāo)記化學(xué)改變的底物(例如，生色團(tuán))、表位恢復(fù)溶液、對(duì)照樣品(陽(yáng)性和/或陰性對(duì)照)、對(duì)照載玻片等。
[0201]銷(xiāo)售方法
[0202]本發(fā)明此處還包括用于銷(xiāo)售所公開(kāi)的AD診斷或預(yù)后方法的方法，所述方法包括向目標(biāo)觀眾廣告宣傳、教授和/或詳細(xì)說(shuō)明所公開(kāi)的方法的應(yīng)用。
[0203]銷(xiāo)售通常通過(guò)非人媒介進(jìn)行交流，其中主辦者是確定的并且信息是控制的。為了本文目的的銷(xiāo)售包括公開(kāi)、公眾關(guān)系、植入式廣告、贊助、承銷(xiāo)等。該術(shù)語(yǔ)還包括在任一種印刷媒體上出現(xiàn)的贊助信息公告。
[0204]本文的診斷方法的銷(xiāo)售可以通過(guò)任意方式實(shí)現(xiàn)。用于傳遞這些信息的銷(xiāo)售媒介的實(shí)例包括電視、無(wú)線(xiàn)廣播、電影、雜志、報(bào)紙、網(wǎng)絡(luò)和廣告牌，包括商業(yè)廣告，其實(shí)在廣播媒體中出現(xiàn)的信息。
[0205]所用的銷(xiāo)售類(lèi)型將取決于多種因素，例如，要到達(dá)的目標(biāo)觀眾的性質(zhì)，例如，醫(yī)院、保險(xiǎn)公司、臨床醫(yī)生、醫(yī)生、護(hù)士和患者，以及成本考慮和管控藥物和診斷劑銷(xiāo)售的相關(guān)管轄法律和管理?xiàng)l例。銷(xiāo)售可以基于由服務(wù)交互和/或諸如使用者人口統(tǒng)計(jì)和地理位置的其他數(shù)據(jù)限定的使用者特征進(jìn)行個(gè)人化或定制。
[0206]以下是本發(fā)明的方法和組合物的實(shí)例。應(yīng)該理解，鑒于上文提供的一般描述，可以實(shí)施多種其他實(shí)施方案。
實(shí)施例
[0207]實(shí)施例1:ΑΡ0Ε修飾物篩詵
[0208]設(shè)計(jì)研究來(lái)鑒定改變APOE對(duì)阿爾茨海默病(AD)發(fā)生的作用的變體。研究設(shè)計(jì)顯示在圖1中。將從年齡在65歲以下并且患有AD的受試者(“病例”)分離的DNA(因此可能富含危險(xiǎn)的等位基因)與從年齡為75歲或80歲以上不患有AD并且通過(guò)神經(jīng)性檢驗(yàn)具有正常認(rèn)知的受試者(“超級(jí)對(duì)照”)分離的DNA(因此可能富含保護(hù)性等位基因)進(jìn)行比較。所有的受試者對(duì)于APOE E4等位基因是純合的(E4/E4)或雜合的(E3/E4)，歐洲血統(tǒng)的美國(guó)居民，并且獲自國(guó)家阿爾茨海默病細(xì)胞資源庫(kù)(National Cell Repository of Alzheimer’sDisease, NCRAD)。如表1所示，對(duì)于團(tuán)體I的病例包括總共31例不相關(guān)的E4/E4純合子和50例在年齡大于55歲且小于65歲發(fā)生癡呆的E3/E4阿爾茨海默病例。對(duì)于大約三分之一的病例，通過(guò)尸體解剖證實(shí)AD的診斷。團(tuán)體I的超級(jí)對(duì)照包括19例年齡在80歲以上的E3/E4雜合子和50例年齡在75歲以上的E4/E4純合子。對(duì)照都具有等于O的臨床癡呆評(píng)定(CDR)等級(jí)，這表明在最后的隨訪(fǎng)沒(méi)有認(rèn)知損傷跡象。通過(guò)全基因組測(cè)序(對(duì)于雜合子)或通過(guò)外顯子組測(cè)序(對(duì)于純合子)驗(yàn)證樣品的APOE等位基因。
[0209]表1
[0210]
【權(quán)利要求】
1.用于檢測(cè)受試者中存在或不存在指示阿爾茨海默病(AD)的遺傳變異的方法，所述方法包括: (a)使來(lái)自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)基因或其基因產(chǎn)物中存在或不存在遺傳變異的試劑接觸，所述基因選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因；并且 (b)確定存在或不存在所述遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種遺傳變異是單核苷酸多態(tài)性(SNP)、等位基因、單元型、插入或缺失。
3.權(quán)利要求2的方法，其中所述遺傳變異是SNP。
4.權(quán)利要求3的方法，其中所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP。
5.權(quán)利要求4的方法，其中所述遺 傳變異是在rs2228145的‘C’等位基因。
6.權(quán)利要求3的方法，其中所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP。
7.權(quán)利要求6的方法，其中所述遺傳變異是在rsl21918427的‘T’等位基因。
8.權(quán)利要求3的方法，其中所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。
9.權(quán)利要求8的方法，其中所述遺傳變異是在UNC5C(SEQID NO:3)中編碼位置835的氨基酸的密碼子中用G置換A的SNP。
10.權(quán)利要求1的方法，其中所述試劑選自寡核苷酸、DNA探針、RNA探針和核酶。
11.權(quán)利要求10的方法，其中所述試劑是被標(biāo)記的。
12.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種遺傳變異是在選自IL6R、NTF4和UNC5C的蛋白中的氨基酸置換、插入或缺失。
13.權(quán)利要求12的方法，其中所述至少一種遺傳變異是選自下述的氨基酸置換:IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的D358A、NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的R206W和UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的T835M。
14.權(quán)利要求12的方法，其中所述試劑是與包含所述遺傳變異的蛋白特異性結(jié)合的抗體。
15.權(quán)利要求1的方法，其中所述樣品選自腦脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、組織活檢、淚分泌物、精液或汗水中的一種。
16.權(quán)利要求1的方法，所述方法還包括基于步驟(b)的結(jié)果治療所述受試者的AD。
17.權(quán)利要求1的方法，所述方法還包括檢測(cè)所述樣品中至少一種APOE-ε 4等位基因的存在。
18.權(quán)利要求17的方法，其中與具有至少一種APOE-ε 4等位基因但是不存在所述至少一種遺傳標(biāo)記的受試者相比，所述至少一種遺傳變異的存在連同至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
19.用于檢測(cè)指示受試者中的阿爾茨海默病(AD)的遺傳變異的方法，所述方法包括: 確定來(lái)自受試者的生物樣品中存在或不存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因或其基因產(chǎn)物中的遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
20.權(quán)利要求19的方法，其中所述至少一種遺傳變異是單核苷酸多態(tài)性(SNP)、等位基因、單元型、插入或缺失。
21.權(quán)利要求20的方法，其中所述遺傳變異是SNP。
22.權(quán)利要求21的方法，其中所述遺傳變異是在IL6R的氨基酸序列(SEQID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP。
23.權(quán)利要求22的方法，其中所述遺傳變異是在rs2228145的‘C’等位基因。
24.權(quán)利要求21的方法，其中所述遺傳變異是在NTF4的氨基酸序列(SEQID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP。
25.權(quán)利要求24的方法，其中所述遺傳變異是在rsl21918427的‘T’等位基因。
26.權(quán)利要求21的方法，其中所述遺傳變異是在UNC5C的氨基酸序列(SEQID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。
27.權(quán)利要求26的方法，其中所述遺傳變異是在UNC5C(SEQ ID NO:3)中編碼位置835的氨基酸的密碼子中用G置換A的SNP。
28.權(quán)利要求19的方法，其中所述一種或多種遺傳變異的存在通過(guò)選自由下述組成的組的方法進(jìn)行:直接測(cè)序、等位基因-特異性探針雜交、等位基因-特異性引物延伸、等位基因-特異性擴(kuò)增、等位基因-特異性核苷酸摻入、5'核酸酶消化、分子信標(biāo)測(cè)定、寡核苷酸連接測(cè)定、大小分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性。
29.權(quán)利要求25的方法，其中在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前擴(kuò)增來(lái)自所述樣品的核酸。
30.權(quán)利要求19的方法，其中所述至少一種遺傳變異是在選自IL6R、NTF4和UNC5C的蛋白中的氨基酸置換、插入或缺失。
31.權(quán)利要求30的方法，其中所述至少一種遺傳變異是選自下述的氨基酸置換:IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的D358A、NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的R206W和UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的T835M。
32.權(quán)利要求19的方法，其中所述一種或多種遺傳變異的存在通過(guò)選自下述的方法進(jìn)行:電泳、色譜、質(zhì)譜、蛋白水解消化、蛋白測(cè)序、免疫親和測(cè)定或它們的組合。
33.權(quán)利要求25的方法,其中在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前,來(lái)自所述樣品的蛋白用與所述蛋白結(jié)合的抗體或肽進(jìn)行純化。
34.權(quán)利要求19的方法，其中所述樣品選自腦脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、組織活檢、淚分泌物、精液或汗水中的一種。
35.權(quán)利要求19的方法，所述方法還包括基于所述一種或多種遺傳變異的存在治療所述受試者的AD。
36.權(quán)利要求19的方法，所述方法還包括檢測(cè)所述樣品中至少一種APOE-ε 4等位基因的存在。
37.權(quán)利要求36的方法，其中與具有至少一種APOE-ε 4等位基因但是不存在所述至少一種遺傳標(biāo)記的受試者相比，所述至少一種遺傳變異的存在連同至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
38.用于診斷或預(yù)測(cè)受試者中的AD的方法，所述方法包括:(a)使來(lái) 自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)基因或其基因產(chǎn)物中存在或不存在遺傳變異的試劑接觸，所述基因選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因；并且 (b)確定存在或不存在所述遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
39.權(quán)利要求38的方法，其中所述至少一種遺傳變異是單核苷酸多態(tài)性(SNP)、等位基因、單元型、插入或缺失。
40.權(quán)利要求39的方法，其中所述遺傳變異是SNP。
41.權(quán)利要求40的方法，其中所述遺傳變異選自由下述組成的組:在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP和在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換 T835M 的 SNP。
42.權(quán)利要求34的方法，其中所述遺傳變異選自在rs2228145的‘C’等位基因、在rsl21918427的‘T’等位基因和在UNC5C(SEQ ID NO:3)中編碼位置835的氨基酸的密碼子中用G置換A的SNP。
43.權(quán)利要求38的方法，其中所述試劑選自寡核苷酸、DNA探針、RNA探針和核酶。
44.權(quán)利要求43的方法，其中所述試劑是被標(biāo)記的。
45.權(quán)利要求38的方法，其中所述至少一種遺傳變異是在選自IL6R、NTF4和UNC5C的蛋白中的氨基酸置換、插入或缺失。
46.權(quán)利要求45的方法,其中所述至少一種遺傳變異是選自下述的氨基酸置換:IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的D358A、NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的R206W和UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的T835M。
47.權(quán)利要求45的方法，其中所述試劑是與包含所述遺傳變異的蛋白特異性結(jié)合的抗體。
48.權(quán)利要求38的方法，其中所述樣品選自腦脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、組織活檢、淚分泌物、精液或汗水中的一種。
49.權(quán)利要求38的方法，所述方法還包括基于步驟(b)的結(jié)果治療所述受試者的AD。
50.權(quán)利要求38的方法，所述方法還包括檢測(cè)所述樣品中至少一種APOE-ε 4等位基因的存在。
51.權(quán)利要求50的方法，其中與具有至少一種APOE-ε 4等位基因但是不存在所述至少一種遺傳標(biāo)記的受試者相比，所述至少一種遺傳變異的存在連同至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
52.權(quán)利要求38的方法，所述方法還包括使所述受試者進(jìn)行選自由下述組成的組的一種或多種另外的AD診斷測(cè)試:篩查一種或多種另外的遺傳標(biāo)記、實(shí)施精神狀態(tài)檢查或使所述受試者進(jìn)行成像步驟。
53.權(quán)利要求38的方法，所述方法還包括分析所述樣品以檢測(cè)作為APOE修飾物的至少一種另外的遺傳標(biāo)記的存在，其中所述至少一種另外的遺傳標(biāo)記處于選自下述的基因中:編碼IL6R的基因、編碼NTF4的基因、編碼UNC5C的基因和表3中列出的基因。
54.權(quán)利要求53的方法，其中所述至少一種另外的遺傳標(biāo)記是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP、在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835W的SNP或表3中列出的SNP。
55.診斷或預(yù)測(cè)受試者中的AD的方法，所述方法包括: 確定來(lái)自受試者的生物樣品中存在或不存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因或其基因產(chǎn)物中的遺傳變異，其中所述遺傳變異的存在指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
56.權(quán)利要求55的方法，其中所述至少一種遺傳變異是單核苷酸多態(tài)性(SNP)、等位基因、單元型、插入或缺失。
57.權(quán)利要求56的方法，其中所述遺傳變異是SNP。
58.權(quán)利要求57的方法，其中所述遺傳變異選自在IL6R的氨基酸序列(SEQID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP和在UNC5C的氨基 酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP。
59.權(quán)利要求57的方法，其中所述遺傳變異選自在rs2228145的‘C’等位基因、在rsl21918427的‘T’等位基因和在UNC5C(SEQ ID NO:3)中編碼位置835的氨基酸的密碼子中用G置換A的SNP。
60.權(quán)利要求55的方法，其中所述一種或多種遺傳變異的存在通過(guò)選自由下述組成的組的方法進(jìn)行:直接測(cè)序、等位基因-特異性探針雜交、等位基因-特異性引物延伸、等位基因-特異性擴(kuò)增、等位基因-特異性核苷酸摻入、5'核酸酶消化、分子信標(biāo)測(cè)定、寡核苷酸連接測(cè)定、大小分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性。
61.權(quán)利要求60的方法，其中在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前擴(kuò)增來(lái)自所述樣品的核酸。
62.權(quán)利要求55的方法，其中所述至少一種遺傳變異是在選自IL6R、NTF4和UNC5C的蛋白中的氨基酸置換、插入或缺失。
63.權(quán)利要求62的方法,其中所述至少一種遺傳變異是選自下述的氨基酸置換:IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的D358A、NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的R206W和UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中的T835M。
64.權(quán)利要求55的方法，其中所述一種或多種遺傳變異的存在通過(guò)選自下述的方法進(jìn)行:電泳、色譜、質(zhì)譜、蛋白水解消化、蛋白測(cè)序、免疫親和測(cè)定或它們的組合。
65.權(quán)利要求64的方法,其中在確定所述一種或多種遺傳變異的存在之前,來(lái)自所述樣品的蛋白用與所述蛋白結(jié)合的抗體或肽進(jìn)行純化。
66.權(quán)利要求55的方法，其中所述樣品選自腦脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、組織活檢、淚分泌物、精液或汗水中的一種。
67.權(quán)利要求55的方法,所述方法還包括基于所述一種或多種遺傳變異的存在治療所述受試者的AD。
68.權(quán)利要求55的方法，所述方法還包括檢測(cè)所述樣品中至少一種APOE-ε 4等位基因的存在。
69.權(quán)利要求68的方法，其中與具有至少一種APOE-ε 4等位基因但是不存在所述至少一種遺傳標(biāo)記的受試者相比，所述至少一種遺傳變異的存在連同至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
70.權(quán)利要求55的方法，所述方法還包括使所述受試者進(jìn)行選自由下述組成的組的一種或多種另外的AD診斷測(cè)試:篩查一種或多種另外的遺傳標(biāo)記、實(shí)施精神狀態(tài)檢查或使所述受試者進(jìn)行成像步驟。
71.權(quán)利要求55的方法，所述方法還包括分析所述樣品以檢測(cè)作為APOE修飾物的至少一種另外的遺傳標(biāo)記的存在，其中所述至少一種另外的遺傳標(biāo)記處于選自下述的基因中:編碼IL6R的基因、編碼NTF4的基因、編碼UNC5C的基因和表3中列出的基因。
72.權(quán)利要求71的方法，其中所述至少一種另外的遺傳標(biāo)記是在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP、在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835W的SNP或表3中列出的SNP。
73.鑒定具有在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)的受試者的方法，所述方法包括: 確定來(lái)自受試者的生物樣品中存在或不存在選自編碼IL6R、NTF4和UNC5C的基因的基因或其基因產(chǎn)物中的遺傳變異， 確定存在或不存在至少一種APOE- ε 4等位基因， 其中與不存在所述遺傳變異和至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者相比，所述遺傳變異和至少一種APOE- ε 4等位基因的存在指示所述受試者具有在較早年齡有AD診斷結(jié)果的增加的危險(xiǎn)。
74.輔助預(yù)測(cè)受試者中AD的亞型的預(yù)后的方法，所述方法包括檢測(cè)來(lái)自所述受試者的生物樣品中在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO: I)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP的存在，其中所述AD的亞型至少部分特征在于，在來(lái)自所述受試者的生物樣品中與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照受試者相比增加的可溶性IL6R水平。
75.預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向IL6R的AD治療劑的應(yīng)答的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP，其中所述SNP的存在指示對(duì)靶向IL6R的治療劑的應(yīng)答。
76.權(quán)利要求75的方法，其中所述治療劑是抗-1L6R抗體。
77.輔助預(yù)測(cè)受試者中AD的亞型的預(yù)后的方法，所述方法包括在來(lái)自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP的存在，其中所述AD的亞型至少部分特征在于，在來(lái)自所述受試者的生物樣品中與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照受試者相比減少的TrkB活化。
78.預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向TrkB的AD治療劑的應(yīng)答的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在NTF4的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP，其中所述SNP的存在指示對(duì)靶向TrkB的治療劑的應(yīng)答。
79.權(quán)利要求78的方法，其中所述治療劑是TrkB激動(dòng)劑。
80.輔助預(yù)測(cè)受試者中AD的業(yè)型的預(yù)后的方法，所述方法包括在來(lái)自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換Τ835Μ的SNP的存在，其中所述AD的亞型至少部分特征在于，與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照受試者相比，在來(lái)自所述受試者的生物樣品中UNC5C增加的細(xì)胞凋亡活性。
81.預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向UNC5C的AD治療劑的應(yīng)答的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測(cè)在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP，其中所述SNP的存在指示對(duì)靶向UNC5C的治療劑的應(yīng)答。
82.權(quán)利要求81的方法，其中所述治療劑靶向UNC5C死亡結(jié)構(gòu)域。
83.診斷或預(yù)測(cè)受試者中的阿爾茨海默病(AD)的方法，所述方法包括: (a)使來(lái)自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)存在或不存在一種或多種SNPs的試劑接觸，所述SNPs選自由下述組成的組:在IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP和在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP，并且 (b)分析所述樣品以檢測(cè)所述一種或多種SNPs的存在，其中在所述樣品中存在所述一種或多種SNPs指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
84.權(quán)利要求85的方法，所述方法還包括檢測(cè)選自表3中列出的SNPs的一種或多種SNPs。
85.用于實(shí)施權(quán)利要求83的方法的試劑盒，所述試劑盒包含至少一種寡核苷酸檢測(cè)試劑，其中所述寡核苷酸檢測(cè)試劑區(qū)分所述一種或多種SNP處至少兩種不同的等位基因的每一種。
86.權(quán)利要求85的試劑盒，其中所述檢測(cè)通過(guò)選自由下述組成的組的方法進(jìn)行:直接測(cè)序、等位基因-特異性探針雜交、等位基因-特異性引物延伸、等位基因-特異性擴(kuò)增、測(cè)序、5'核酸酶消化、分子信標(biāo)測(cè)定、寡核苷酸連接測(cè)定、大小分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性。
87.權(quán)利要求85的試劑盒，其中所述寡核苷酸檢測(cè)試劑固定在基底上。
88.權(quán)利要求87的試劑盒，其中所述寡核苷酸檢測(cè)試劑排列在陣列上。
89.診斷或預(yù)測(cè)受試者中的阿爾茨海默病(AD)的方法，所述方法包括: (a)使來(lái)自所述受試者的樣品與能夠檢測(cè)存在或不存在一種或多種氨基酸置換的試劑接觸，所述氨基酸置換選自由下述組成的組:IL6R的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)中的氨基酸置換D358A、NTF4的氨基酸序列中的氨基酸置換R206W和UNC5C的氨基酸序列(SEQ IDNO:3)中的氨基酸置換T835M，并且 (b)分析所述樣品以檢測(cè)所述一種或多種氨基酸置換的存在，其中在所述樣品中存在所述一種或多種氨基酸置換指示所述受試者患有或有危險(xiǎn)發(fā)生AD。
90.用于實(shí)施權(quán)利要求89的方法的試劑盒，所述試劑盒包含至少一種抗體檢測(cè)試劑，其中所述抗體檢測(cè)試劑區(qū)分所述一種或多種氨基酸置換處至少兩種不同的氨基酸的每一種。
91.用于治療AD的治療劑，其中所述治療劑是由選自IL6R、NTF4和UNC5C的基因編碼的蛋白之一或組合。
92.用于診斷或預(yù)測(cè)AD的分子探針組合，所述組合包含至少兩種能夠直接或間接檢測(cè)至少兩種標(biāo)記的探針，所述至少兩種標(biāo)記選自包括下述的組:在IL6R的氨基酸序列(SEQID NO:1)中導(dǎo)致氨基酸置換D358A的SNP、在NTF4的氨基酸序列中導(dǎo)致氨基酸置換R206W的SNP和在UNC5C的氨基酸序列(SEQ ID NO:3)中導(dǎo)致氨基酸置換T835M的SNP，其中所述分子探針不與多于1000個(gè)元件的微陣列締合。
93.權(quán)利要求92的分子探針組合，所述組合還包含一種或多種能夠直接或間接檢測(cè)選自表3中列出的SNPs的至少兩種標(biāo)記的探針。
94.在具有至少一種APOE-ε 4等位基因的受試者中篩選對(duì)AD的發(fā)生具有有害或有益作用的遺傳變異的方法，所述方法包括，與年齡在75歲以上、無(wú)AD并且具有至少一種APOE- ε 4等位基因的對(duì)照受試者相比，在年齡在65歲以下、患有AD并且具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中鑒定以增加或減小的頻率存在的遺傳變異，其中，與對(duì)照受試者相比，在患有AD的受試者中增加的頻率指示所述遺傳變異與具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中的有害作用相關(guān)，并且，與對(duì)照受試者相比，在患有AD的受試者中減小的頻率指示所述遺傳變異與具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中的有益作用相關(guān)。
95.權(quán)利要求94的方法，其中使用全基因組關(guān)聯(lián)掃描鑒定所述遺傳變異。
96.權(quán)利要求94的方法，其中所述有害作用是增加的發(fā)生AD的危險(xiǎn)或AD在較低年齡發(fā)病。
97.權(quán)利要求94的方法，其中所述有益作用是減少的發(fā)生AD的危險(xiǎn)或AD在較晚年齡發(fā)病。
98.篩選在具有至少一種APOE-ε 4等位基因的受試者中對(duì)AD的發(fā)生具有有害或有益作用的遺傳變異的方法，所述方法包括: (a)確定在多名年齡在65歲以下、患有AD并且具有至少一種APOE-ε 4等位基因的受試者的一個(gè)或多個(gè)基因座的基因型； (b)確定在多名年齡在75歲以上、無(wú)AD并且具有至少一種APOE-ε 4等位基因的對(duì)照受試者的一個(gè)或多個(gè)基因座的基因型；并且 (c)在患有AD的受試者中鑒定與對(duì)照受試者相比以增加的或減小的頻率存在的遺傳變異，其中，與對(duì) 照受試者相比，在患有AD的受試者中增加的頻率指示所述遺傳變異與具有至少一種APOE-ε 4等位基因的受試者中的有害作用相關(guān)，并且，與對(duì)照受試者相比，在患有AD的受試者中減小的頻率指示所述遺傳變異與具有至少一種APOE- ε 4等位基因的受試者中的有益作用相關(guān)。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103930568SQ201280055180
【公開(kāi)日】2014年7月16日 申請(qǐng)日期:2012年11月9日 優(yōu)先權(quán)日:2011年11月10日
【發(fā)明者】蒂莫西·W·貝倫斯, 羅伯特·R·格雷厄姆, 圖沙爾·班加萊 申請(qǐng)人:霍夫曼-拉羅奇有限公司