Ikzf1基因突變檢測(cè)特異性引物和液相芯片的制作方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明公開(kāi)了一種IKZF1基因突變檢測(cè)液相芯片和特異性引物，該液相芯片主要包括有：每種由5’端的tag序列和3’端針對(duì)目的基因突變位點(diǎn)的特異性引物序列組成的ASPE引物，所述特異性引物序列為：針對(duì)T136G位點(diǎn)的SEQ?ID?NO.7及SEQ?ID?NO.8，針對(duì)G75C位點(diǎn)的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10，和/或針對(duì)T107C位點(diǎn)的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12；有anti-tag序列包被的微球；擴(kuò)增引物。本發(fā)明所提供的檢測(cè)液相芯片的檢測(cè)結(jié)果與測(cè)序法的吻合率高達(dá)100％，能實(shí)現(xiàn)多個(gè)突變位點(diǎn)的野生型和突變型單獨(dú)和并行檢測(cè)。
【專(zhuān)利說(shuō)明】IKZF1基因突變檢測(cè)特異性引物和液相芯片
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，涉及醫(yī)學(xué)和生物技術(shù)，具體的是涉及一種IKZFl基因突變檢測(cè)特異性引物和液相芯片。
【背景技術(shù)】 [0002]KZFl基因稱(chēng)Ikaros家族鋒指蛋白I,英文名稱(chēng)為karos family zinc fingerl,位于7號(hào)染色體7pl2.2的短臂上，具體位置位于7號(hào)染色體50344377到50367357堿基對(duì)之間。IKZFl屬于鋅指蛋白家族成員，是編碼淋巴轉(zhuǎn)錄因子IKAROS的基因，而且是一種極為重要的造血轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子，尤其在淋系造血方面發(fā)揮著關(guān)鍵性調(diào)節(jié)作用。IKZFl基因在信號(hào)途徑中的改變與急性淋巴細(xì)胞白血病的高危因素息息相關(guān)，IKZFl基因獲得性改變會(huì)導(dǎo)致急性淋巴細(xì)胞白血病復(fù)發(fā)率升高，新的依據(jù)表明該基因的遺傳學(xué)變異會(huì)使急性淋巴細(xì)胞白血病發(fā)病率升高。IKZFl在正常淋巴細(xì)胞或者白細(xì)胞發(fā)育中具有重要作用，如果發(fā)生遺傳學(xué)改變，可能會(huì)影響這些基因的功能，從而使正常淋巴細(xì)胞發(fā)育途徑受阻，轉(zhuǎn)變成癌癥細(xì)胞。另有研究發(fā)現(xiàn)，IKZFl基因多態(tài)性與系統(tǒng)性紅斑狼瘡易感性顯著相關(guān)。
[0003]目前，IKZFl基因突變檢測(cè)方法主要有=Illumina光纖微珠芯片技術(shù)和 Affymetrix SNP6.0芯片技術(shù)，雖然Illumina光纖微珠芯片技術(shù)是高靈敏度和精確性的高通量檢測(cè)系統(tǒng)，但是自動(dòng)化程度低，手工操作比較多，難以滿足實(shí)際應(yīng)用的需要。雖然高通量使Affymetrix SNP6.0芯片技術(shù)比較成熟，然而該芯片技術(shù)對(duì)于中低密度的臨床診斷型芯片并不合適，很難在同一個(gè)反應(yīng)體系中擴(kuò)展檢測(cè)眾多生物學(xué)性狀相關(guān)的SNP或標(biāo)簽SNP， 另外，Affymetrix SNP6.0芯片主要在表達(dá)譜芯片上比較強(qiáng)，物種較多，在SNP芯片上相對(duì)較弱，而且檢測(cè)價(jià)格昂貴，并不能滿足實(shí)際需要。
[0004]本發(fā)明目標(biāo)檢測(cè)的IKZFl基因突變位點(diǎn)，如表所示:
[0005]
【權(quán)利要求】
1.一種IKZFl基因突變檢測(cè)液相芯片，其特征是，包括有(A).針對(duì)IKZFl基因不同突變位點(diǎn)分別設(shè)計(jì)的野生型和突變型的ASPE引物對(duì):每條 ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對(duì)目的基因突變位點(diǎn)的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為:針對(duì)T136G位點(diǎn)的SEQ IDN0.7及SEQ IDN0.8，針對(duì)G75C位點(diǎn)的SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，和 / 或針對(duì) T107C 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12 ;所述 tag 序列選自 SEQ ID N0.1 ~SEQ ID N0.6 ；(B).有ant1-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球,所述ant1-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；所述ant1-tag序列選自SEQ ID N0.13~SEQ ID N0.18，且所述ant1-tag序列能應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對(duì)；(C).用于擴(kuò)增出需要檢測(cè)的、具有相應(yīng)突變位點(diǎn)的目標(biāo)序列的引物。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的IKZFl基因突變檢測(cè)液相芯片，其特征是，所述擴(kuò)增引物為針對(duì) T136G 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.19 及 SEQ ID N0.20，針對(duì) G75C 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.21 及 SEQ ID N0.22，和 / 或針對(duì) T107C 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.23 及 SEQ ID N0.24。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的IKZFl基因突變檢測(cè)液相芯片，其特征是，所述ASPE引物為:針對(duì)T136G位點(diǎn)的由SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.7組成的序列及由SEQ ID N0.2和 SEQ ID N0.8組成的序列，針對(duì)G75C位點(diǎn)的由SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.9組成的序列及由SEQ ID N0.4和SEQ ID N0.10組成的序列，和/或針對(duì)T107C位點(diǎn)的由SEQ ID N0.5和 SEQ ID N0.11組成的序列及由SEQ ID N0.6和SEQ ID N0.12組成的序列。
4.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的IKZFl基因突變檢測(cè)液相芯片，其特征是，所述間隔臂為5— 10 個(gè) T。
5.用于IKZFl基因突變檢測(cè)的特異性引物，其特征是，所述特異性引物為針對(duì)T136G位點(diǎn)的 SEQ ID N0.7 及 SEQ ID N0.8，針對(duì) G75C 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，和 / 或針對(duì) T107C 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12。
【文檔編號(hào)】C12N15/11GK103571924SQ201210250295
【公開(kāi)日】2014年2月12日 申請(qǐng)日期:2012年7月18日 優(yōu)先權(quán)日:2012年7月18日
【發(fā)明者】許嘉森, 劉志明 申請(qǐng)人:益善生物技術(shù)股份有限公司