Nkx3.1基因突變檢測特異性引物和液相芯片的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種NKX3.1基因突變檢測液相芯片和特異性引物，該液相芯片主要包括有：每種由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成的ASPE引物，所述特異性引物序列為：針對C95T位點的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10，針對G189A位點的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12，針對A49G位點的SEQ?ID?NO.13及SEQ?ID?NO.14，和/或針對G133A位點的SEQ?ID?NO.15及SEQ?ID?NO.16；有anti-tag序列包被的微球；擴(kuò)增引物。本發(fā)明所提供的檢測液相芯片的檢測結(jié)果與測序法的吻合率高達(dá)100％，實現(xiàn)多個突變位點的野生型和突變型并行檢測。
【專利說明】NKX3.1基因突變檢測特異性引物和液相芯片
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，涉及醫(yī)學(xué)和生物技術(shù)，具體的是涉及一種NKX3.1基因突變檢測特異性引物和液相芯片。
【背景技術(shù)】
[0002]NKX3.1 英文名稱為 the human NK-3 prostate specific gene I,位于 8 號染色體8p21上，是同源結(jié)構(gòu)域蛋白NK家族的成員，和果蠅屬的NK-3蛋白有著密切聯(lián)系。NKX3.1基因由2個外顯子組成，該基因?qū)η傲邢偕掀ぜ?xì)胞發(fā)揮著增強(qiáng)的抑制和區(qū)分作用。NKX3.1是前列腺特異表達(dá)的、受雄激素調(diào)節(jié)的同源盒基因，在前列腺胚胎發(fā)育、上皮分化及腫瘤發(fā)生發(fā)展中起重要作用。在胚胎形成過程中，NKX3.1的表達(dá)可作為前列腺上皮分化的重要標(biāo)志。NKX3.1在成年前列腺上有高水平的表達(dá)，在睪丸和幾個其他的組織上發(fā)揮著低水平表達(dá)。在前列腺癌癥患者身上，發(fā)現(xiàn)了 NKX3.1表達(dá)的缺失，NKX3.1基因在前列腺功能和調(diào)節(jié)前列腺上皮細(xì)胞的增殖方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用。
[0003]目前，NKX3.1基因突變檢測方法主要有=Illumina光纖微珠芯片技術(shù)、基質(zhì)輔助激光解析電離時間飛行質(zhì)譜技術(shù)(MALD1-T0F-MS)和熒光定量PCR技術(shù)，雖然Illumina光纖微珠芯片技術(shù)是高靈敏度和精確性的高通量檢測系統(tǒng)，但是自動化程度低，手工操作比較多，難以滿足實際應(yīng)用的需要，熒光定量PCR技術(shù)存在靈敏度低，樣品易污染、假陽性率高的缺點，基質(zhì)輔助激光解析電離時間飛行質(zhì)譜技術(shù)是一種軟電離技術(shù)，在蛋白質(zhì)等生物大分子的檢測中有著強(qiáng)大而成熟的功能，但是在核酸檢測領(lǐng)域，由于核酸分子本身的特殊性，檢測受到一定的限制。
[0004]本發(fā)明目標(biāo)檢測的NKX3.1基因突變位點，如表所示:
[0005]
【權(quán)利要求】
1.一種NKX3.1基因突變檢測液相芯片，其特征在于，包括有:(A).針對NKX3.1基因不同突變位點分別設(shè)計的野生型和突變型的ASPE引物對:每條ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為:針對C95T位點的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，針對 G189A 位點的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12,針對 A49G 位點的 SEQ ID N0.13 及 SEQ ID N0.14，和 / 或針對 G133A 位點的 SEQ ID N0.15及 SEQ ID N0.16 ;所述 tag 序列選自 SEQ ID N0.1 -SEQ ID N0.8 ； (B).有ant1-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球,所述ant1-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；所述ant1-tag序列選自SEQ ID N0.17-SEQ ID N0.24，且所述ant1-tag序列能相應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對； (C).用于擴(kuò)增出需要檢測的、具有相應(yīng)突變位點的目標(biāo)序列的引物。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的NKX3.1基因突變檢測液相芯片，其特征在于，所述擴(kuò)增引物為:針對 C95T 位點的 SEQ ID N0.25 及 SEQ ID N0.26，針對 G189A 位點的 SEQ ID N0.27 及SEQ ID N0.28，針對 A49G 位點的 SEQ ID N0.29 及 SEQ ID N0.30，和 / 或針對G133A 位點的SEQ ID N0.31 及 SEQ ID N0.32。
3.根據(jù)權(quán)利 要求1或2所述的NKX3.1基因突變檢測液相芯片，其特征在于，所述ASPE引物為:針對C95T位點的由SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.9組成的序列及由SEQ ID N0.2和SEQ ID N0.10組成的序列，針對G189A位點的由SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.11組成的序列及由SEQ ID N0.4和SEQ ID N0.12組成的序列，針對A49G位點的由SEQ ID N0.5和SEQID N0.13組成的序列及由SEQ ID N0.6和SEQ ID N0.14組成的序列，和/或針對G133A位點的由SEQ ID N0.7和SEQ ID N0.15組成的序列及由SEQ ID N0.8和SEQ ID N0.16組成的序列。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的NKX3.1基因突變檢測液相芯片，其特征在于，所述間隔臂為5— 10 個 T。
5.用于NKX3.1基因突變檢測的特異性引物，其特征在于，所述特異性引物序列為:針對 C95T 位點的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，針對 G189A 位點的 SEQ ID N0.11 及 SEQ IDN0.12，針對 A49G 位點的 SEQ ID N0.13 及 SEQ ID N0.14，和 / 或針對 G133A 位點的 SEQ IDN0.15 及 SEQ ID N0.16。
【文檔編號】C12Q1/68GK103451266SQ201210177487
【公開日】2013年12月18日 申請日期:2012年5月31日 優(yōu)先權(quán)日:2012年5月31日
【發(fā)明者】許嘉森, 何嘉英 申請人:益善生物技術(shù)股份有限公司