專利名稱：診斷癌癥和確定癌癥患者的總體生存和無病生存的方法
診斷癌癥和確定癌癥患者的總體生存和無病生存的方法發(fā)明背景發(fā)明領域本申請大體上涉及癌癥的診斷和監(jiān)測方法和測定法，以及可用于此類方法的試劑盒。更具體地，本申請涉及GP88的表達用于預測癌癥患者的轉移可能性、無病生存長度和總體生存長度、以及癌癥治療結果的用途。相關領域乳腺癌是婦女中的癌癥的主要形式，在美國是除了肺癌之外的第二位的主要癌癥死亡起因。在工業(yè)化的世界，預計大約1/9的婦女在其一生中會患上乳腺癌。在美國，乳腺癌的年發(fā)生率是大約180，000例新病例，每年大約48，000例死亡(Parkin 1998 ；Apantaku 2000)。單單生活在美國的婦女就有大約兩百萬人在其一生的某個點被診斷患有乳腺癌。雖然目前在該疾病的理解方面取得了進展，但是乳腺癌仍然在很大程度上對醫(yī)學干預具有抗性。多數(shù)臨床發(fā)明集中在早期診斷，然后是進行常規(guī)形式的干預，尤其是手術、放射、激素抑制和化療。此類干預方式成功率有限，尤其是在腫瘤已經發(fā)生轉移的患者中。迫切需要改善可獲得的診斷方式和方法的集合，以提供更精確和更有效的信息，以允許通過最少可能性介入的方式進行成功治療。具體而言，能夠鑒定在初次手術之后具有極低風險的疾病復發(fā)、轉移和死亡的患者的標志物將減低以昂貴的和潛在有毒性的補充方案進行的過度治療的程度。本發(fā)明通過提供用于監(jiān)測乳腺癌的新的方法和標志物而滿足了該需要。在大量的具有定位的腫瘤并且不具有向附近的淋巴結的可檢測的轉移的乳腺癌患者中，很多可以通過手術被治愈，因為腫瘤尚未轉移至周圍組織和淋巴結。但是，其它人具有隱蔽的轉移性疾病，并且可以從補充放射或輔佐性抗激素治療或化療中獲益。需要診斷標志物來區(qū)分具有低轉移性轉移風險的腫瘤和具有較高此等風險的腫瘤。表征低轉移性疾病風險的腫瘤標志物可以直接影響關于是否使用補充放射或輔佐性激素或化療的治療決定。此外，此類腫瘤標志物還可以影響外科醫(yī)生關于是否選擇乳房保留手術或乳房切除術的推薦。乳腺癌的診斷所有類型的乳房疾病的確切診斷都是使用光學顯微鏡基于組織樣品的組織學評估進行的。用于定義多數(shù)乳房損傷的組織學標準是歷史性的，但是這些標準對于鑒定完全侵潤的乳腺癌而言可重復性仍然很高。最近的進展包括鑒定了少數(shù)可以幫助預測臨床結果和對治療的應答的基于組織的生物標志物(例如，S-期級分、雌激素和孕酮受體、 c-erbB-2)，以及發(fā)現(xiàn)了與乳腺癌的家族風險相關的基因(BRCA-1和BRCA-2) (Dahiya and Deng 1998 ；Fitzgibbons, Page 等人.2000)。癌癥的分子基礎仍待確定。在乳腺癌中，雌激素和孕酮的受體與哺乳動物上皮細胞分化狀態(tài)相關，并且對于某些情況下的疾病結果具有預后價值。已經知道雌激素是雌激素受體(ER)陽性的人類乳腺癌細胞的體內和體外生長的主要刺激者。雖然乳腺腫瘤的建立和增殖最初需要雌激素，但是，在乳腺癌進程中雌激素非依賴性的腫瘤的產生指示差的預后。據(jù)推論，雌激素在乳腺癌細胞中的促有絲分裂效應至少部分由自分泌生長因子介導， 包括由雌激素調節(jié)的生長因子。因此，雌激素響應性的基因，尤其是編碼生長因子的基因的鑒定和表征，促成對雌激素在乳腺癌細胞中的效應的理解。然而，診斷乳腺癌仍然需要一些類型的活組織檢查程序。此外，目前的診斷和預后方法不能絕對區(qū)分那些能夠僅通過手術即可治療的乳腺癌和那些可能復發(fā)或已經通過轉移而發(fā)生了遷徒的乳腺癌。結果是，至少50%的乳腺癌患者通過一些形式的輔助治療來治療。此外，可獲得的方法對于預測乳腺癌對特定類型的輔助治療的應答是不足的。對于患有乳腺癌的個體的治療決定通常是基于參與疾病的腋下淋巴結的數(shù)目，雌激素受體和孕酮受體(PR)狀態(tài)，原發(fā)腫瘤的大小，和診斷時的疾病階段(Tandon，Clark等人.1989)。然而，即使有這么多因素，目前還是不能精確預測疾病進程。顯然需要鑒定新的標志物以區(qū)分具有良好預后的患者(其可能不需要除了手術切除惡性乳腺腫瘤之外的補充治療)與那些患有更可能復發(fā)的癌癥并且可能從另外的且更徹底的治療形式中獲益的患者。就鑒定與乳腺癌進展相關聯(lián)的標志物而言，就開發(fā)用于監(jiān)測疾病進展的診斷性方法和開發(fā)用于治療乳腺疾病和癌癥的治療性方法和組合物而言，本領域仍然存在缺陷。鑒定在乳腺癌中差別化表達或激活的標志物將對于開發(fā)迅速、便宜的用于改善乳腺癌診斷和用于預測與患者預后和對單一治療選擇的響應性相關的腫瘤行為的方法具有相當重要的意義。GP8888kDa的糖蛋白PC細胞衍生的生長因子(P⑶GF)是自分泌的生長因子，最初是從提升了致瘤性的小鼠畸胎瘤PC細胞中分離而來的。PCDGF在本領域中也稱作GP88、顆粒體蛋白-上皮素前體(GEP)、顆粒體蛋白前體、前顆粒體蛋白、上皮素前體、前上皮素(PEPI)和 Acrogranin (下文中稱作GP88)，其是富含半胱氨酸的多肽生長調節(jié)劑的顆粒體蛋白/上皮素家族中最大的成員。已經報道GP88通過刺激MAP激酶、PI-3激酶和FAK激酶途徑而刺激間充質和上皮來源的數(shù)種細胞類型的增殖和存活。有趣的是，發(fā)現(xiàn)GP88在數(shù)種癌細胞系和/或腫瘤組織，包括乳腺癌、卵巢癌、腎細胞癌、多發(fā)性骨髓瘤和成膠質細胞瘤中過表達。在乳腺癌細胞中，已經表明GP88在腫瘤發(fā)生中具有重要作用。GP88的過表達與雌激素非依賴性的生長、他莫昔芬抗性和腫瘤發(fā)生的獲得正相關。通過反義cDNA轉染 MDA-MB-468細胞抑制GP88的表達后，引起裸鼠中腫瘤生長的完全抑制。此外證明，GP88阻止他莫昔芬在雌激素受體陽性的乳腺癌細胞中的細胞調亡效應。以乳腺癌活組織檢查進行的病理學研究揭示出GP88在80%的浸潤性導管癌中表達，與差預后標志物例如腫瘤等級、 P53表達和Ki67指數(shù)相關聯(lián)，而良性損傷多數(shù)是陰性的。此外，在卵巢腫瘤中進行的病理學研究表明，與具有低惡性潛力的腫瘤相比，GP88在浸潤性上皮卵巢腫瘤中的表達升高。這些研究證明，除了刺激腫瘤細胞的增殖之外，GP88在侵入中具有重要作用。顆粒體蛋白/上皮素(〃 grn/epi")是6kDa的多肽，屬于富含雙半胱氨酸的多肽的新家族。美國專利號5，416，192 (Shoyab等人.)涉及6kDa的上皮素，尤其是上皮素1 和上皮素2。根據(jù)Sioyab，兩種上皮素由共同的63. 5kDa的前體編碼，當所述前體被合成后即被加工成較小的形式，所以在生物樣品中發(fā)現(xiàn)的僅有的天然產物是6kDa的形式。GP88是該上皮素的前體，并且Sioyab等人教導GP88是無生物學活性的。
與Sioyab等人的教導相反，本發(fā)明人的實驗室證明前體并不總是在合成之后即被加工。研究已經證明前體(即GP88)事實上是以具有20kDa的N-連接的糖部分的88kDa 糖蛋白的形式分泌。對GP88的N-末端序列的分析表明GP88起始于grn/印i前體的氨基酸17，這說明從前體cDNA推導出的蛋白序列的前17個氨基酸對應于信號肽，該信號肽適于靶向膜定位或靶向分泌。與Sioyab等人的教導相反，GP88是有生物學活性的并且具有促生長活性，尤其是作為生產細胞(producer cell)的自分泌生長因子。本領域仍然需要與癌癥(例如乳腺癌和肺癌)的進展相關的標志物，以及用于基于此類標志物來預測疾病進展的診斷方法。本發(fā)明滿足了這些和其它需要。發(fā)明概述本發(fā)明人發(fā)現(xiàn)，GP88表達水平的升高與患有癌癥(例如乳腺癌和肺癌)的患者的轉移可能性增加、總體生存降低和無病生存降低相關。這種相關性對于雌激素受體陰性(ER-)、雌激素受體陽性和淋巴結陰性(ER+/LN-)、以及雌激素受體陽性和淋巴結陽性 (ER+/LN+)的乳腺癌尤其強烈。在本發(fā)明人的發(fā)現(xiàn)之前，此種相關性是未知的。本發(fā)明人證明在人乳腺癌(尤其是浸潤性導管癌)中存在的GP88表達升高與轉移可能性增加、無病生存和總體生存降低相關，因此，GP88的表達是乳腺癌進展的新的和新型的預后標志物。 患者的(一種或多種)原發(fā)腫瘤中GP88的表達水平升高是強烈的陽性預后因子。本發(fā)明人證明，在人肺癌(尤其是非小細胞肺癌(NSCLC))中存在的GP88表達升高與轉移可能性增加、無病生存和總體生存降低相關，因此，GP88的表達是肺癌進展的新的和新型的預后標志物。患者的(一種或多種)原發(fā)腫瘤中GP88的表達水平升高是強烈的陽性預后因子?？梢允褂萌魏伪绢I域已知的技術分析GP88的表達水平，例如使用能夠結合GP88 的抗體或其它成分(例如配體，等等)。因此，GP88表達的分析為目前的癌癥(例如乳腺癌和肺癌)標志物增加了新的信息水平，并且是來自患有癌癥的患者的樣品中的可信賴的預后分子/生物化學標志物。另外，監(jiān)測GP88的表達水平預示乳腺癌患者的有效治療策略的結果。根據(jù)本發(fā)明，提供了用于患有癌癥的患者的無病生存或總體生存長度的預后的方法。在一個實施方式中，發(fā)現(xiàn)GP88的表達水平的升高顯示出與無病和/或總體生存長度的降低之間的出乎意料的和令人驚奇的高相關性。因此，本發(fā)明有利地提供了癌癥管理中的顯著進展，因為早鑒定處于腫瘤復發(fā)或轉移風險的患者將允許進行積極的早期治療從而顯著增加生存可能性。另外，本發(fā)明提供了用于預測無病和總體生存長度的方法；預測無進展生存，預測無事件生存，預測無病或總體生存降低的風險，預測患有癌癥的患者復原的可能性的方法; 預測具有癌性腫瘤的個體中癌癥的復發(fā)和/或轉移的可能性的方法；預測癌癥復發(fā)的風險的方法，用于篩選患有癌癥的患者以確定腫瘤轉移的風險的方法；用于確定患有癌癥的患者的正確療程的方法；用于監(jiān)測患有癌癥的患者的療程的有效性的方法；和用于實施本發(fā)明的方法的試劑盒。


圖1顯示了在基于以抗-GP88抗體染色的預后分類之后為ER-患者產生的
8Kaplan-Meier 曲線。圖2顯示了在基于以抗-GP88抗體染色的無病生存的預后分類之后為ER+/LN-患者產生的Kaplan-Meier曲線。圖3顯示了在基于以抗-GP88抗體染色的總體生存的預后分類之后為ER+/LN-患者產生的Kaplan-Meier曲線。圖4顯示了在基于以抗-GP88抗體染色的無病生存的預后分類之后為ER+/LN+患者產生的Kaplan-Meier曲線。圖5顯示了在基于以抗-GP88抗體染色的總體生存的預后分類之后為ER+/LN+患者產生的Kaplan-Meier曲線。圖6顯示了使用抗-GP88抗體進行的正常和乳腺癌組織中的多種GP88表達水平的免疫組化檢測。圖7的圖顯示了含有已知數(shù)量的GP88(x-軸)的樣品的光密度(y-軸)。該圖可用作參照以確定生物液體樣品例如血清中的GP88的濃度。圖8顯示了無疾病跡象和具有進行性疾病的乳腺癌患者(BC Pts)的GP88的循環(huán)水平。圖9顯示了具有早期O期)疾病、沒有疾病跡象的乳腺癌患者的GP88水平。圖10顯示了當具有早期疾病的患者復發(fā)至4期(轉移性疾病)時的GP88的水平。圖11顯示GP88的升高的水平維持數(shù)周導致生存的下降，㈧患者1，⑶患者 2。圖12A-C顯示了小鼠GP88的核苷酸和推導的氨基酸序列。圖13A顯示了人GP88 cDNA的核苷酸序列。圖13B顯示了人GP88的氨基酸序列。圖14顯示了針對無病生存(DFS)擬合的來自非小細胞肺癌(NSCLC)活組織檢查的福爾馬林固定的石蠟包埋的(FFPE)組織中的GP88染色評分，其揭示了增加的GP88表達與降低的DFS相關。生物統(tǒng)計分析顯示GP88與復發(fā)之間的強烈關聯(lián)(p = 0. 0091)。圖15顯示了針對總體生存(OS)擬合的來自1期和2期NSCLC活組織檢查的FFPE 組織中的GP88染色評分。生物統(tǒng)計分析顯示GP88與死亡之間的強烈關聯(lián)(p = 0. 0038)。 GP88的每一個單位的增加與65%至83%的死亡風險增加相關。發(fā)明詳述根據(jù)本發(fā)明，提供了用于患有癌癥的患者的預后的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中GP88的表達水平。在一個實施方式中，所述方法可以包括將所述生物樣品與GP88結合成分(GP88 binding composition)接角蟲。在另一個實施方式中，所述方法還可以包括將所述生物樣品中的GP88表達水平與標準物進行比較，從而提供與所述的測定的GP88表達水平相關的預后。例如，在本發(fā)明的一個實施方式中發(fā)現(xiàn)，GP88表達水平的升高與具有降低的生存長度的患者相關。例如，在本發(fā)明的一個實施方式中發(fā)現(xiàn)，GP88表達水平的升高與具有降低的總體生存長度的患者相關。
在另一個實施方式中發(fā)現(xiàn)，GP88表達水平的升高與具有降低的無病生存長度的患者相關。在本發(fā)明的一個實施方式中發(fā)現(xiàn)，GP88表達水平的升高與具有降低的無進展生存長度的患者相關。在另一個實施方式中發(fā)現(xiàn)，GP88表達水平的升高與具有降低的無事件生存長度的患者相關。GP88的表達水平可以用作評價疾病狀態(tài)的單一因素，或者與另外的因素一起來評價疾病狀態(tài)，在例如乳腺癌的情況下所述另外的因素包括，淋巴結狀態(tài)、雌激素受體狀態(tài)寸。 本發(fā)明的方法可用于具有致瘤疾病包括實體瘤和造血系統(tǒng)癌癥的個體的預后。示例性的致瘤疾病包括癌，例如腺癌和黑素瘤；和肉瘤，例如多種白血病或淋巴瘤。特別受關注的是乳腺癌、肝癌、腎癌、睪丸癌、腦癌、卵巢癌、皮膚癌、肺癌、前列腺癌、甲狀腺癌、胰腺癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、胃癌、腸癌、膀胱癌、造血系統(tǒng)(淋巴和骨髓)癌、胃腸(例如結腸)癌、泌尿生殖道(例如腎、尿道上皮細胞)癌、子宮癌、頭頸癌和鼻咽癌；特別是乳腺癌， 更特別是浸潤性導管癌。腫瘤的其它實例包括良性腫瘤，包括但不限于，血管瘤、聽神經瘤、 纖維神經瘤、沙眼和化膿性肉芽腫；其它的惡性腫瘤包括多數(shù)直腸癌、腎細胞癌、肺的非小細胞癌、小腸癌和食道癌。腫瘤的其它實例包括纖維肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、軟骨肉瘤、 骨原性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、內皮細胞肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮細胞肉瘤、滑膜炎、 間皮瘤、尤因瘤、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、胃腸系統(tǒng)肉瘤、結腸肉瘤、泌尿生殖系統(tǒng)肉瘤、鱗狀細胞肉瘤、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂肪腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、膀胱腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞癌、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎癌、Wilms瘤、子宮頸癌、 內分泌系統(tǒng)癌、睪丸腫瘤、肺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、膀胱癌、上皮細胞癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室鼓膜瘤、松果體瘤、成血管細胞瘤、聽神經瘤、少突膠質細胞瘤、腦脊膜瘤、黑素瘤、成神經細胞瘤和成視網(wǎng)膜細胞瘤。如本申請中使用的“預后”意思是從疾病復原的可能性，或疾病的可能的發(fā)展或結果的預測，包括但不限于預測總體生存長度、無病生存長度、無進展生存、無事件生存、癌癥在患者中的復發(fā)可能性和腫瘤轉移的可能性。詞語“總體生存”是本領域技術人員熟知的，是指患者在診斷后的命運，雖然存在 “引起患者死亡的原因不是直接由于癌癥的效應”的可能性。詞語“無病生存”是本領域技術人員熟知的，意思是生存而沒有監(jiān)測到疾病。例如，如果GP88表達用于診斷或監(jiān)測乳腺癌，則無病生存的意思是沒有可檢測到的乳腺癌。詞語“復原的可能性”是本領域技術人員熟知的，是指在癌癥診斷之后腫瘤消失或沒有腫瘤復發(fā)從而患者復原的概率，其中所述概率根據(jù)本發(fā)明的方法來確定。詞語“復發(fā)的可能性”是本領域技術人員熟知的，是指在癌癥診斷之后，患者中的腫瘤復發(fā)或轉移的概率，其中所述概率根據(jù)本發(fā)明的方法來確定。詞語“無事件生存”是本領域技術人員熟知的，意思是在特定處置(例如治療)之后，生存而沒有出現(xiàn)特定的一組限定的事件(例如癌癥進展)。詞語“無進展生存”是本領域技術人員熟知的，是指治療過程中和之后的時間長度，其中患者生存而其疾病不惡化，該術語可用于臨床研究或試驗中以輔助發(fā)現(xiàn)治療效果如何。術語“轉移”是本領域技術人員熟知的，是指癌性腫瘤在不與最初的癌性腫瘤的器官直接相連的器官或身體部分中的生長。轉移應該理
10解為包括微轉移，其是指癌性細胞在不與最初的癌性腫瘤的器官直接相連的器官或身體部分中以不可檢出的量存在。因此，本發(fā)明涉及一種方法，其用于確定一種或多種癌性腫瘤在不與最初的癌性腫瘤的器官直接相連的器官或身體部分中的進一步生長的風險。如本文使用的詞語“生物樣品，，包括獲自受試者并且用于本發(fā)明程序中的多種樣品類型。生物樣品可以包括但不限于，固體組織樣品、液體組織樣品、生物液體、吸出物、細胞和細胞片段。生物樣品的具體實例包括但不限于，通過手術切除獲得的固體組織樣品、病理樣本、保存的樣品或活組織檢查樣本、組織培養(yǎng)物或源于其中的細胞及其子代，以及從任意這些來源制備的切片或涂片。非限制性的實例有獲自乳房組織、淋巴結和乳房腫瘤的樣品。生物樣品還包括源自脊椎動物的身體的任何材料，包括但不限于，血液、腦脊髓液、血清、血漿、尿液、乳頭吸出物、細針吸出物、組織灌洗，例如導管灌洗，唾液、痰、腹水、肝、腎、 乳房、骨、骨髓、睪丸、腦、卵巢、皮膚、肺、前列腺、甲狀腺、胰腺、子宮頸、胃、腸、結腸直腸、 腦、膀胱、結腸、子宮、精液、淋巴、陰道匯集物、滑液、脊髓液、頭和頸、鼻咽腫瘤、羊水、乳汁、 肺痰或表面物、尿、排泄物和生物來源的其它液體樣品，并且可以指其中懸浮的細胞或細胞片段，或者指液體介質及其溶質。全部或部分的生物樣品可以具有表征一種或多種疾病狀態(tài)的GP88表達水平。如本文使用的“標準物(standard) ”是參照，其作為比較其它數(shù)據(jù)的基礎。標準物可以包括生物樣品、生物樣品的照片或顯微照片，或源自生物樣品的分析的正常范圍(例如，健康個體的范圍內)。例如，標準物可以包括用作陽性對照的包含在多個水平表達的 GP88蛋白的正常的和/或癌癥組織、無癌癥組織或保存的病理樣品，以及作為陰性對照樣品的不顯示GP88表達水平的腫瘤組織或其它組織，照片或顯微照片，或源自所述樣品的正常范圍。例如，圖6中的照片可以被認為是標準物。此類標準物可用于包括但不限于以下的方法中用于預測無病和總體生存的長度，預測無進展生存，預測降低的無病或總體生存的風險，預測患有癌癥的患者復原的可能性，預測具有癌性腫瘤的個體中的癌癥的復發(fā)和/ 或轉移的可能性，用于篩選患有癌癥的患者以確定腫瘤轉移的風險的方法；用于確定患有癌癥的患者的正確療程的方法；以及用于監(jiān)測患有癌癥的患者的療程的有效性的方法。"GP88結合成分”可以包括任何試劑，包括但不限于，能夠特異性結合GP88的配體、抗-GP88抗體或其抗原結合片段。如本文使用的術語“結合(或能夠結合)GP88的試劑”是指特異性結合GP88或其多肽片段從而檢測GP88的表達水平的任意分子，包括但不限于，抗體或其抗原結合片段。此類試劑優(yōu)選被標記以便使用本領域技術人員熟知的方法進行檢測。標記物的實例包括但不限于，放射性標記物、發(fā)色團、熒光團、酶、結合部分(例如生物素)等。單克隆的和多克隆的抗體或其抗原結合片段可以用作與GP88蛋白或其多肽片段結合的GP88結合成分。本文中還涉及特異性結合GP88的蛋白的任意變體作為GP88結合成分，其中所述變體可以是刪除(如上所例示)、添加(例如添加GST結構域或GFP結構域)， 或序列修飾(例如位點特異性誘變)等?？捎糜跍y定生物液體樣品中的GP88的濃度的抗-GP88抗體的實例可以從雜交瘤細胞系產生，包括但不限于，6B3雜交瘤細胞系(ATCC登記號PTA-5^2)、6B2雜交瘤細胞系(ATCC登記號PTA-5^1)、6C12雜交瘤細胞系(ATCC登記號PTA-5597)、5B4雜交瘤細胞系(ATCC登記號PTA5260)、5G6雜交瘤細胞系(ATCC登記號PTA-5595)、4D1雜交瘤細胞系(ATCC登記號PTA-5593)、3F8雜交瘤細胞系(ATCC登記號PTA-5591)、3F5雜交瘤細胞系(ATCC登記號PTA-5259)、3F4雜交瘤細胞系(ATCC登記號PTA-5590)、3G2 (ATCC登記號 PTA-559W、2A5 雜交瘤細胞系(ATCC 登記號 PTA-5589)和 4F10 (ATCC 登記號 PTA_876;3)。保藏人對于所保藏的材料的公眾可獲得性所作的所有限制將會在專利授權之后不可撤銷地消除。在本發(fā)明的一個實施方式中，由雜交瘤細胞系(ATCC號PTA-5^2)產生的GP88單克隆抗體6B3用作免疫組化和夾心式ELISA中的一抗。本文中的術語抗體包括但不限于人和非人多克隆抗體，人和非人單克隆抗體 (mAb)、嵌合抗體、抗個體基因型抗體(抗-IdAb)和人源化抗體。術語抗體還意在包括完整分子及其片段，例如，F(xiàn)ab、F(ab)2、Fab'、F(ab，)2、Fd、 Fd'、Fv和scFv，能夠結合抗原的單鏈抗體(天然的或重組的)。抗體或抗原結合成分可以處于溶液中或附著至支持物(板、珠子、磁珠，等等)?？贵w或抗體片段可用于免疫熒光技術，其利用熒光標記的抗體(見下文)，通過熒光顯微鏡、流式細胞術或熒光測定法檢測。可以通過本領域熟知的免疫測定方法檢測本發(fā)明的抗體與多肽的反應。本發(fā)明的抗體可以在組織學中用于光學顯微鏡、成像、免疫熒光或免疫電子顯微鏡，用于原位檢測組織樣品或活組織檢查中的GP88蛋白?？梢酝ㄟ^從患者中取出組織學樣本并應用本發(fā)明的適當標記的抗體來完成原位檢測。生物樣品可以經固相支持物或載體例如硝酸纖維素或其它能夠固定細胞或細胞顆?；蚩扇苄缘鞍椎墓腆w支持物處理。然后可以清洗所述支持物，然后以可檢測的標記的抗-GP88抗體處理。然后清洗所述支持物以除掉未結合的抗體。然后可以通過常規(guī)方式檢測所述支持物上結合的標記物的量。固相支持物意指能夠結合抗原或抗體的任意支持物， 例如但不限于玻璃、聚苯乙烯、聚丙烯、尼龍、修飾的纖維素或聚丙烯酰胺。或者，抗原可以處于溶液中并且抗體附著于支持物上(板、珠子、磁珠，等等)?？梢愿鶕?jù)熟知的方法測定給定批次的抗體與GP88的結合活性。本領域技術人員將能夠通過使用常規(guī)實驗來確定每次測定的操作和最佳測定條件。在一個實施方式中，本發(fā)明提供了用于一種或多種疾病的預后的方法，所述疾病的特征在于GP88的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)，或者與GP88的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)相關。GP88表達水平高(或升高)的疾病包括但不限于，乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、子宮內膜癌等；GP88表達水平低的疾病包括但不限于，神經退行性病癥，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與標準物進行比較，從而預測與所述GP88表達水平相關的預后。本發(fā)明的優(yōu)選實施方式提供了用于預測患有一種或多種疾病的患者的無病生存長度的方法，所述疾病的特征在于GP88的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)，或者與GP88的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)相關，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低無病生存長度的標準物進行比較，從而預測與所述GP88表達水平相關的無病生存長度，其中升高的GP88表達水平與降低的無病生存長度相關。本發(fā)明的優(yōu)選實施方式提供了用于預測患有一種或多種疾病的患者的總體生存長度的方法，所述疾病的特征在于GP88的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)，或者與GP88的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)相關，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低無病生存長度的標準物進行比較，從而預測與所述GP88表達水平相關的無病生存長度，其中升高的GP88表達水平與降低的總體生存長度相關。本發(fā)明的優(yōu)選實施方式提供了用于預測一種或多種疾病的復發(fā)可能性的方法，所述疾病的特征在于GP88的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)，或者與GP88 的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)相關，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的所述疾病的復發(fā)可能性的標準物進行比較，從而預測與所述GP88表達水平相關的所述疾病的復發(fā)可能性，其中升高的GP88表達水平與降低的所述疾病的復發(fā)可能性相關。本發(fā)明的優(yōu)選實施方式提供了用于預測患有一種或多種疾病的患者的無進展生存長度的方法，所述疾病的特征在于GP88的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)，或者與GP88的差別化表達(例如異常高表達和/或異常低表達)相關，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低無病生存長度的標準物進行比較，從而預測與所述GP88表達水平相關的無進展生存長度，其中升高的GP88表達水平與降低的無進展生存相關。本發(fā)明的優(yōu)選實施方式提供了用于預測患有癌癥的患者的無病生存長度的方法， 所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的無病生存長度的標準物進行比較，從而預測與所述GP88表達水平相關的無病生存長度，其中升高的GP88表達水平與降低的無病生存長度相關。本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于預測患有癌癥的患者的總體生存長度的方法，所述方法包括測定獲自所述樣品的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的總體生存長度的標準物進行比較，從而預測與所述GP88 表達水平相關的總體生存長度，其中升高的GP88表達水平與降低的總體生存長度相關。本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于預測患有癌癥的患者的復原可能性的方法， 所述方法包括測定獲自所述樣品的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的復原可能性的標準物進行比較，從而預測與所述GP88表達水平相關的復原可能性，其中升高的GP88表達水平與降低的復原可能性相關。本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于預測癌癥患者的無進展生存的方法，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低無進展的標準物進行比較，從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的無進展生存，其中升高的GP88表達水平與所述患者中降低的無進展生存相關。本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于預測癌癥患者的降低的無病生存的風險的方法，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示降低的無病生存的較高或較低風險的標準物進行比較，從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的降低的無病生存的風險。本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于預測癌癥患者的降低的總體生存的風險的方法，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示降低的總體生存的較高或較低風險的標準物進行比較，從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的降低的總體生存的風險。
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本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于預測患者的復原可能性的方法，所述方法包括測定獲自所述樣品的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示癌癥的較高或較低的復原可能性的標準物進行比較，從而預測與所述GP88表達水平相關的復原可能性，其中升高的GP88表達水平與所述患者的降低的復原可能性相關。本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于預測患者中的癌癥的復發(fā)可能性的方法，所述方法包括測定獲自所述樣品的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的癌癥復發(fā)可能性的標準物進行比較，從而預測與所述GP88表達水平相關的癌癥復發(fā)可能性，其中升高的GP88表達水平與降低的癌癥復發(fā)可能性相關。本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于預測患者中的癌癥轉移可能性的方法，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的癌癥轉移可能性的標準物進行比較，從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的癌癥轉移可能性，其中升高的GP88表達水平與患者中升高的癌癥轉移可能性相關。本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于預測患者中的癌癥的復發(fā)風險的方法，所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的癌癥復發(fā)風險的標準物進行比較，從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的癌癥復發(fā)風險，其中升高的GP88表達水平與患者中升高的癌癥復發(fā)風險相關。在本發(fā)明的另一個實施方式中，提供了用于監(jiān)測患有癌癥的患者的療程的有效性的方法。該方法包括(a)在所述治療之前測定來自所述患者的生物樣品中的GP88的第一表達水平；和(b)然后在所述治療中測定來自所述患者的生物樣品中的GP88的第二表達水平。然后，所述GP88的第一表達水平與所述GP88的第二表達水平之間的比較將指征所述治療的有效性。本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于篩選患有癌癥的患者以確定腫瘤復發(fā)或腫瘤轉移的風險的方法。所述方法包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88表達水平， 將所述水平與標準物進行比較。發(fā)現(xiàn)具有相對于標準物而言升高水平的GP88的患者被歸類為更可能遭受腫瘤復發(fā)或腫瘤轉移。本發(fā)明的另一個優(yōu)選實施方式提供了用于確定患有癌癥的患者的正確療程的方法。該方法包括測定獲自患者的生物樣品中的GP88的表達水平。然后，鑒定具有低水平的 GP88表達的第一組患者，該組患者可能需要針對具有較高的生存機會或具有增加的發(fā)生腫瘤復發(fā)或轉移時間的患者的正確治療。該方法還包括鑒定具有升高的水平的GP88表達的第二組患者，該組患者可能需要針對具有較低的生存機會并更有可能遭受腫瘤復發(fā)或轉移的患者的正確治療。在本發(fā)明的另一個實施方式中，提供了用于測定腫瘤發(fā)展的早期階段的GP88表達水平的方法。本領域技術人員熟知腫瘤發(fā)展的多個階段，如在例如Markman 1997,Basic Cancer Medicine 中所例示。本發(fā)明還涉及用于確定治療淋巴結陰性乳腺癌的乳房保留手術(乳房腫瘤切除術)的功效的方法，其包括a)從需要乳房保留手術的個體獲得生物樣品；b)檢測所述生物樣品中的GP88表達水平；和c)將所述水平與標準物的水平進行比較以預測所述乳腺癌對乳房保留手術的應答性。
本發(fā)明的另一個實施方式提供了用于患有癌癥的患者的預后的方法，包括a)從需要預后的個體獲得生物樣品；b)檢測獲自所述患者的生物樣品中的GP88表達水平；c) 將所述樣品就GP88表達水平進行評分；和d)將所述評分與獲自對照樣品(或標準物)的評分進行比較。本發(fā)明還涉及用于確定抗雌激素治療的效果的方法，其包括a)從需要抗雌激素治療的個體獲得生物樣品；b)檢測所述生物樣品中的GP88表達水平；和c)將所述水平與標準物進行比較以預測對抗雌激素治療的應答性。該方法還可以包括根據(jù)上文敘述的方法確定此患者的正確療程的步驟。如本文使用的“抗雌激素治療”涉及給予抗雌激素成分，目的是預防或治療腫瘤生長?？勾萍に氐膶嵗ù萍に厥荏w拮抗劑或SERM(他莫昔芬和雷洛昔芬)。其它抗雌激素成分包括，芳香化酶抑制劑(例如Arimidex (阿那曲唑)、！^emera )，以及雌激素受體下調劑(例如i^aslodex )。他莫昔芬的抗雌激素效應可能和其與雌激素競爭結合靶組織中的位點的能力相關。其它抗雌激素例如芳香化酶抑制劑，抑制或減少可獲得的雌激素的量。本發(fā)明還涉及用于篩選化合物的方法，其包括a)獲得正性或負性地影響GP88表達的能力待篩選的化合物；b)將所述化合物與相關的生物樣品接觸；和c)測定所述化合物對所述生物樣品中的GP88表達水平的效應。優(yōu)選地，可以通過GP88的抗體與所述樣品的結合相對于與標準物的結合之對比來確定所述化合物的效應。GP88表達水平的測定可以通過本領域普通技術人員已知的一種或多種方法進行GP88表達的測定。例如，可以通過檢測(a)GP88多肽，(b)編碼GP88蛋白的mRNA，(c)構成GP88基因的DNA的一部分；或(d)其任意組合，來測定GP88的表達水平。例如，可以通過使用GP88結合成分測定GP88蛋白的水平來測定GP88的表達水平?？梢允褂帽绢I域普通技術人員已知的任意方法進行GP88蛋白水平的檢測，包括但不限于，化學發(fā)光方法、組織化學染色或生物化學檢測(即免疫組化測定)、Western印跡分析、 流式細胞術、免疫沉淀(或用于非抗體試劑的其等同物)、等離子共振吸附測定，等等。在本發(fā)明的一個實施方式中，檢測GP88蛋白水平的方法是免疫測定(例如ELISA)，其包括使用至少一種抗體。在本發(fā)明的另一個實施方式中，可以使用抗-GP88抗體通過免疫組化方法進行組織樣品例如福爾馬林固定、石蠟包埋的組織切片中的GP88染色，并測定GP88的表達。例如，使用Oncc^tain 88 IHC試劑盒進行本發(fā)明的一個實施方式，該試劑盒使用小鼠單克隆抗體作一抗，抗小鼠IgG抗體作二抗，過氧化物酶封閉劑用于猝滅內源性過氧化物酶活性，以及發(fā)色底物。測定GP88基因編碼的多肽可以包括測定多肽的片段，其中所述片段來自該基因的轉錄或翻譯變體；或者可替代地，由于翻譯后修飾(包括GP88多肽的較大部分的蛋白水解)產生大小差別的多肽。編碼GP88的mRNA的水平的檢測也可以作為GP88表達的指征。用于檢測mRNA水平的方法是本領域熟知的，包括檢測編碼GP88的mRNA的雜交或擴增?？梢酝ㄟ^使用本領域普通技術人員已知的方法之一在體外或原位(例如組織樣品中)通過分析mRNA而進行該檢測，如 Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons，1999)；禾口美
15國專利號5，882，864等文獻中所例示。所檢測的GP88mRNA可以是GP88基因的任意RNA轉錄本，或其片段。患者的分類可以通過將獲自患者的生物樣品中的GP88表達水平與標準物進行比較而對患者進行分類。例如，在測定樣品中的GP88表達水平之后，將所測定的水平與標準物進行比較。 該標準物是用于評估患者的生物樣品中的GP88表達水平的GP88表達水平。例如，在一個實施方式中，當患者樣品中的GP88表達水平高于所述標準物時，患者樣品被認為具有升高的GP88表達水平。相反，在另一個實施方式中，當樣品中的GP88表達水平低于所述標準物時，該樣品被認為具有低的GP88表達水平。在另一個實施方式中，可以為患者分配與給定生物樣品中的GP88表達相關的“評分”。可以在乳腺癌診斷或監(jiān)測過程中為樣品“評分”?？梢酝ㄟ^生物樣品中的GP88表達水平來確定評分。在一個實施方式中，生物樣品中升高的GP88表達水平被給予較高的評分， 與此對比，低水平的GP88表達被給予相對較低的評分。還可以通過免疫組化目測樣品來確定評分。在另一個實施方式中，更加定量的評分包括測定兩個或更多個參數(shù)，例如(i)染色強度和(ii)被取樣的細胞的染色(陽性的)比例?？梢曰谶@些多個參數(shù)分配評分，其反映增加的水平的陽性染色。因此，在一個實施方式中，可以將獲自患者的生物樣品中的與GP88表達水平相關的評分與標準物中或用作對照的沒有GP88表達、具有低的或升高的GP88表達水平的細胞中的與GP88表達水平相關的評分進行比較。此類比較可以為患者的更好預后提供基礎。例如，在一個實施方式中，本發(fā)明的方法可以使用0至+3的級別為GP88的表達水平評分，其中0是陰性(無可檢測的GP88表達)、1+和2+分別與弱的和弱至中等的染色相關，3+與 10%以上的腫瘤細胞中高強度染色相關；并且其中較低的評分指示患者的較佳的預后。可以使用單變量或多變量分析進行表達多種水平的GP88的患者的預后。這些方法確定一個或多個變性與給定結果之間的相關性的可能性。在一個實施方式中，該方法將確定GP88表達水平(或與另一個變量相關的GP88表達水平)與癌癥患者的無病或總體生存之間的相關性的可能性?？梢允褂糜糜谶M行這些分析的本領域普通技術人員熟知的多個方法中的任一個方法。單變量分析的實例是Kaplan-Meir方法或對數(shù)秩檢驗(log-rank test)。多變量分析的實例是Cox比例風險回歸模型。本發(fā)明的方法還可以包括分析GP88 表達水平聯(lián)同另外的乳腺癌標志物。Cox比率為具有不同水平的GP88表達的患者提供了風險比或無病生存和總體生存的風險性。使用Kaplan和Meier的方法進行的生存分析是推薦用于癌癥試驗中的統(tǒng)計技術。 其應用是通過分析患者參與研究后的生存時間的分布。該分析以直至參與后給定時間時仍然活著的患者的比例來表示這些。在圖形形式中，患者生存比例針對時間的圖像具有特征性下降(通常是指數(shù)的)，曲線的陡度表示被研究的治療的功效。生存曲線越淺(shallow)， 治療越有效。Kaplan-Meier分析可用于測定與兩種不同治療相關的生存曲線之間的差異的統(tǒng)計學顯著性。在一個實施方式中，在測定了獲自患者的樣品中的GP88的表達水平并與標準物進行比較之后，將患者分類為具有一定的無病或總體生存可能性的組。然后，基于該組中的患者的無病或總體生存可能性來確定患者的無病或總體生存的可能性。例如，獲自患者的
16生物樣品可能被確定為相對于標準物具有升高水平的GP88表達。然后該患者將被分類為具有升高水平的GP88表達的患者組。由于根據(jù)本發(fā)明已經發(fā)現(xiàn)表達升高水平的GP88的患者組具有降低長度的無病或總體生存，所以該患有癌癥的特定患者將被認為具有降低長度的無病或總體生存。試劑盒本發(fā)明提供了用于測定生物樣品中的GP88表達水平的試劑盒。此類試劑盒將包含用于檢測編碼GP88的mRNA、GP88多肽或其任意組合或片段的試劑。所述試劑將包括能夠特異性結合編碼GP88的核酸序列(DNA或RNA)或GP88多肽的一種或多種分子。試劑盒可以包含用于檢測編碼GP88的mRNA(正義或反義)的一種或多種核酸試劑。所述一種或多種核酸試劑可用于編碼GP88的mRNA的雜交和/或擴增。試劑盒可以包含一對或多對用于擴增編碼GP88的mRNA的引物。試劑盒還可以包含源自多種生理狀態(tài) (例如正常的和轉移性進行性的腫瘤)的組織的總mRNA樣品，以用作對照。試劑盒還可以包含緩沖液、核苷酸堿基和用于雜交和/或擴增反應的其它成分。每種溶液或成分可以包含于小瓶中或瓶子中，并且所有的小瓶緊密密封在盒子中以用于商業(yè)銷售。本發(fā)明的另一個實施方式包括用于檢測生物樣品中的編碼GP88的mRNA的試劑盒，其包含以升高的親和性在體外或原位有效結合編碼GP88的mRNA的寡核苷酸探針以及用于每個這些探針的容
ο在其它實施方式中，本發(fā)明包括用于測定生物樣品中的GP88表達水平的試劑盒， 其包含一種或多種試劑(agents)，例如，一種或多種特異于一種或多種GP88多肽或片段的抗體。在一個具體實施方式
中，所述試劑盒包含一種或多種試劑和一種或多種核酸標志物， 其中所述試劑和核酸標志物以適合于進行免疫-聚合酶鏈式反應測定的方式進行修飾。本發(fā)明的一個優(yōu)選的實施方式涉及用于測定哺乳動物生物樣品中的GP88表達水平的試劑盒，其中所述GP88表達水平是乳腺癌預后的指征，所述試劑盒包含a)特異性結合GP88或其抗原結合片段的抗體；b)用于檢測所述抗體與GP88之間相互作用程度的試劑；c)用于抗原回收的試劑或溶液；和c)陽性和/或陰性對照樣品。所述抗體可以直接連接至指征試劑，其中所述指征試劑選自熒光、比色、免疫過氧化物酶和同位素試劑。或者，所述試劑盒還可以包括連接至指征試劑的第二指征抗體，其中所述指征試劑選自熒光、比色、 免疫過氧化物酶和同位素試劑。在一個實施方式中，所述試劑盒包含至少一種一抗(例如抗-GP88單克隆抗體 6B3)、至少一種標記的二抗(例如，以檢測酶例如HRP標記的抗-人GP88多克隆抗體)和至少一種底物(例如TMB)。或者，所述試劑盒可以包含放射性標記的二抗而不是以酶標記的二抗。所述試劑盒還可以包含用于進行檢測測定的即拋型物品(例如微量滴定板、移液管)。應該理解，根據(jù)本文包含的教導，將本發(fā)明的教導應用于具體問題或情況將是本領域普通技術人員能力范圍內的事情。通過以下非限制性實施例更完善地解釋本發(fā)明。實施例1浸潤性導管癌中的GP88表達本方法是基于以臨床病理學變量研究的福爾馬林固定的石蠟包埋的人乳房損傷中的GP88染色。在乳腺癌中觀察到了細胞質的GP88染色，而在良性乳房上皮中幾乎總是陰性的。從203例福爾馬林固定的石蠟包埋的活組織檢查樣品中制備了 4-6微米的組織切片。使用抗-人GP88抗體通過免疫組織化學方法進行GP88染色，在正常組織、良性損傷、 導管和小葉癌(表1 =DCIS 導管原位癌；IDC 浸潤性原位癌；LCIS 小葉原位癌；ILC 浸潤性小葉癌)中檢查了 GP88的表達。此外，進行了 IDC中的GP88表達與組織學級別、增殖系數(shù)(Ki67)、p53、ER和Her_2表達之間的相關性研究。
權利要求
1.用于患有癌癥的患者的預后的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平。
2.用于患有癌癥的患者的預后的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸。
3.用于患有癌癥的患者的預后的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述生物樣品中的所述GP88表達水平與標準物進行比較，從而提供與所述GP88表達水平相關的預后。
4.預測患有癌癥的患者的總體生存長度的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低總體生存的標準物進行比較；從而預測與所述GP88表達水平相關的總體生存長度。
5.根據(jù)權利要求4的方法，其中升高的GP88表達水平與所述患者的降低的總體生存長度相關。
6.預測癌癥患者的無病生存長度的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低無病生存的標準物進行比較；從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的無病生存長度。
7.根據(jù)權利要求6的方法，其中升高的GP88表達水平與所述患者的降低的無病生存長度相關。
8.預測癌癥患者的無進展生存的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低無進展生存的標準物進行比較；從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的無進展生存。
9.根據(jù)權利要求8的方法，其中升高的GP88表達水平與所述患者的降低的無進展相關。
10.預測癌癥患者的降低的無病生存的風險的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示降低的無病生存的較高或較低風險的標準物進行比較；從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的降低的無病生存的風險。
11.根據(jù)權利要求10的方法，其中升高的GP88表達水平與所述患者的降低的無病生存的風險相關。
12.預測癌癥患者的降低的總體生存的風險的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示降低的總體生存的較高或較低風險的標準物進行比較；從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的降低的總體生存的風險。
13.根據(jù)權利要求12的方法，其中升高的GP88表達水平與所述患者的降低的總體生存的風險相關。
14.預測患有癌癥的患者的復原可能性的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的復原可能性的標準物進行比較；從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的復原可能性。
15.根據(jù)權利要求14的方法，其中升高的GP88表達水平與所述患者的降低的復原可能性相關。
16.預測患者中的癌癥的復發(fā)可能性的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的癌癥復發(fā)可能性的標準物進行比較； 從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的癌癥復發(fā)可能性。
17.根據(jù)權利要求16的方法，其中升高的GP88表達水平與所述患者中降低的癌癥復發(fā)可能性相關。
18.預測患者中的癌癥的轉移可能性的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的癌癥轉移可能性的標準物進行比較; 從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的癌癥轉移可能性。
19.根據(jù)權利要求18的方法，其中升高的GP88表達水平與所述患者中的降低的癌癥轉移可能性相關。
20.預測患者中的癌癥的復發(fā)風險的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的癌癥復發(fā)風險的標準物進行比較；從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的癌癥復發(fā)風險。
21.根據(jù)權利要求20的方法，其中升高的GP88表達水平與所述患者中升高的癌癥復發(fā)風險相關。
22.監(jiān)測患有癌癥的患者的療程的有效性的方法，包括在所述治療之前測定來自所述患者的生物樣品中的GP88的第一表達水平；和然后在所述治療中測定來自所述患者的生物樣品中的GP88的第二表達水平，其中測定GP88的表達水平包括與GP88結合成分接觸，和將所述GP88的第一表達水平與所述GP88的所述第二表達水平進行比較以指示所述治療的有效性。
23.篩選患有癌癥的患者以確定腫瘤轉移的風險的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的腫瘤轉移風險的標準物進行比較，從而預測與所述GP88蛋白表達水平相關的腫瘤轉移風險。
24.確定患有癌癥的患者的正確療程的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中GP88的表達水平，包括將所述生物樣品與GP88結合成分接觸；和將所述水平與指示健康個體或指示較高或較低的腫瘤轉移風險的標準物進行比較。
25.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述癌癥選自乳腺癌、肝癌、腎癌、睪丸癌、腦癌、卵巢癌、皮膚癌、肺癌、前列腺癌、甲狀腺癌、胰腺癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、胃癌、腸癌、膀胱癌、造血系統(tǒng)(淋巴和骨髓)癌、胃腸(例如結腸)癌、泌尿生殖道(例如腎、尿道上皮細胞)癌、子宮癌、頭頸癌、鼻咽癌、小細胞癌、非小細胞癌、尤因瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、黑素瘤、成神經細胞瘤和成視網(wǎng)膜細胞瘤。
26.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述生物樣品選自血液、腦脊髓液、血清、血漿、尿液、乳頭吸出物、細針吸出物、組織灌洗例如導管灌洗、唾液、痰、腹水、精液、淋巴、陰道匯集物、滑液、脊髓液、羊水、乳汁、肺痰或表面物、 尿、排泄物，從下列任意項收集的液體肝、腎、乳房、骨、骨髓、睪丸、腦、卵巢、皮膚、肺、前列腺、甲狀腺、胰腺、子宮頸、胃、腸、結腸直腸、腦、膀胱、結腸和子宮、頭和頸、鼻咽腫瘤，以及生物來源的其它液體樣品。
27.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述生物樣品是組織樣品。
28.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述癌癥是乳腺癌。
29.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述癌癥是浸潤性導管癌。
30.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述癌癥是雌激素受體陰性的。
31.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述癌癥是雌激素受體陽性的并且是淋巴結陰性的。
32.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和M任一項的方法，其中所述癌癥是雌激素受體陽性的并且是淋巴結陽性的。
33.根據(jù)權利要求2-4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述 GP88結合成分選自抗-GP88抗體或其抗原結合片段。
34.根據(jù)權利要求33的方法，其中所述抗體或其片段是多克隆的或單克隆的。
35.根據(jù)權利要求33的方法，其中所述抗原結合片段選自？油1(油)21油'、F(ab，)2、 FcUFd'、Fv 禾口 scFv。
36.根據(jù)權利要求33的方法，其中所述抗體或其片段是人源化的或嵌合抗體。
37.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述癌癥是肺癌。
38.根據(jù)權利要求1_4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、23和24任一項的方法，其中所述癌癥是非小細胞肺癌。
39.根據(jù)權利要求38的方法，其中所述非小細胞肺癌選自鱗狀細胞癌和腺癌。
40.篩選化合物的方法，包括獲得正性或負性地影響GP88表達的能力待篩選的化合物； 將所述化合物與相關的生物樣品接觸；和測定所述化合物對所述生物樣品中的GP88表達水平的效應。
41.用于測定生物樣品中GP88表達水平的試劑盒，其中所述試劑盒包括含有GP88結合成分的容器。
全文摘要
本發(fā)明提供了用于患有癌癥的患者的預后的方法，包括測定獲自所述患者的生物樣品中的GP88的表達水平。
文檔編號C12Q1/68GK102216470SQ200980143714
公開日2011年10月12日 申請日期2009年9月8日 優(yōu)先權日2008年9月5日
發(fā)明者G·塞雷羅 申請人:A&G藥品公司