專利名稱：可編程的寡核苷酸微陣列的制作方法
可編程的寡核苷酸微陣列
背景技術(shù)：
核酸的定量測(cè)試在基礎(chǔ)生物學(xué)研究以及在諸如臨床微生物學(xué)領(lǐng)域中都非常重要。 二十世紀(jì)九十年代中期已開發(fā)了實(shí)時(shí)聚合酶鏈反應(yīng)(實(shí)時(shí)PCR)方法，通過提供樣本中任 意靶DNA的拷貝數(shù)的可靠、準(zhǔn)確的定量測(cè)量以改善最初的PCR方法。在實(shí)時(shí)PCR中，將僅 在結(jié)合到靶DNA時(shí)才具有活性的熒光探針加入到PCR緩沖液中。這些熒光探針是DNA單 鏈，其中間部分具有與靶DNA互補(bǔ)的核苷 酸序列。在該中間部分的任意一端，是彼此互補(bǔ)的 延伸核苷酸序列，以致于未結(jié)合的探針可自我折疊成發(fā)夾構(gòu)型。該熒光探針在其一端具有 熒光分子，在另一端具有熒光淬滅分子。未結(jié)合的折疊探針具有相互鄰近的發(fā)熒光分子和 淬滅分子，因此當(dāng)未結(jié)合的探針被照射時(shí)，沒有熒光發(fā)出。然而，當(dāng)熒光探針結(jié)合到它的靶 DNA上時(shí)，它是展開的，發(fā)熒光和淬滅分子相互隔開。當(dāng)用合適波長的光照射結(jié)合的探針時(shí)， 熒光分子就發(fā)出熒光。通過給特定靶DNA提供足夠的熒光探針，并在PCR的每個(gè)階段測(cè)量 結(jié)合的探針的熒光，即可以測(cè)得反應(yīng)每個(gè)階段的擴(kuò)增子的數(shù)量。這樣的測(cè)試方法可用于非 常精確地確定初始樣本中的DNA拷貝數(shù)，因?yàn)閿U(kuò)增子的數(shù)量達(dá)到預(yù)定臨界值的分部循環(huán)數(shù) (fractional number of cycles)與初始樣本中的拷貝數(shù)的對(duì)數(shù)之間呈直線關(guān)系。


參照以下解釋本發(fā)明的實(shí)施方式的說明和附圖，將能更好地理解這些實(shí)施方式。 附圖中圖1所示為解鏈溫度(Tm)-探針_擴(kuò)增子復(fù)合物比例的曲線圖；圖2所示為在PCR過程的起始階段，能夠以漸消波(evanescentwave)檢測(cè)微陣列 PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒(cartridge)的截面視圖；圖3所示為利用PCR過程的第一組靶核酸探針的雜交溫度(Thl)，在退火和延伸階 段末期，能夠以漸消波檢測(cè)微陣列PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒的截面視圖；圖4所示為在第一組靶核酸探針的PCR過程的變性階段，能夠以漸消波檢測(cè)微陣 列PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒的截面視圖；圖5所示為在第一組靶核酸探針的PCR過程的檢測(cè)階段，能夠以漸消波檢測(cè)微陣 列PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒的截面視圖；圖6所示為利用PCR過程的第二組靶核酸探針的雜交溫度(Th2)，在退火和/或 延伸階段末期，能夠以漸消波檢測(cè)微陣列PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒的截面視 圖；圖7所示為在第二組靶核酸探針的PCR過程的變性階段，能夠以漸消波檢測(cè)微陣 列PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒的截面視圖；圖8所示為在第二組靶核酸探針的PCR過程的檢測(cè)階段，表現(xiàn)漸消波檢測(cè)微陣列 PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒的截面視圖；圖9所示為利用PCR過程的第三組靶核酸探針的雜交溫度(Th3)，在退火和/或 延伸階段末期，能夠以漸消波檢測(cè)微陣列PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒的截面視圖；圖10所示為在第三組靶核酸探針的PCR過程的變性階段，能夠以漸消波檢測(cè)微陣 列PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒的截面視圖；圖11所示為在第三組靶核酸探針的PCR過程的檢測(cè)階段，表現(xiàn)漸消波檢測(cè)微陣列 PCR過程中的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子的反應(yīng)盒的截面視圖。定義本文中所使用的某些術(shù)語具有如下含義。本說明書中使用的所有其它術(shù)語和短語 具有本領(lǐng)域的技術(shù)人員理解的一般含義。這種一般含義可參考技術(shù)詞典得知，如Hawley's Condensed Chemical Dictionary 第 11版，Sax禾口 Lewis, VanNostrand Reinhold, New York, N. Y.，1987，以及 The Merck Index，第 11 版，Merck&Co.，Rahway N. J. 1989。本文使用的術(shù)語“和/或”是指任意一個(gè)項(xiàng)目、項(xiàng)目的任意組合，或者與該項(xiàng)目相 關(guān)的所有項(xiàng)目。本文使用的單數(shù)形式“一”可包括復(fù)數(shù)形式，除非上下文清楚地指明不包括。因此， 例如，一種制劑可包括多個(gè)這樣的制劑，從而化合物X的制劑可包括化合物X的多種制劑。本文使用的術(shù)語“約”是指特定數(shù)值的10%的變化范圍，例如，約50%的變化范圍 是45-55%。對(duì)于整數(shù)范圍，該術(shù)語“約”可包括大于和小于所述整數(shù)的1或2個(gè)整數(shù)。本文使用的術(shù)語“擴(kuò)增子”是指聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)的產(chǎn)物。擴(kuò)增子是利用擴(kuò)增 技術(shù)(如帶有兩個(gè)引物的雙鏈DNA)合成的DNA片段。例如，擴(kuò)增子可包括用熒光分子在5’ 端標(biāo)記的引物。本文使用的術(shù)語“陣列”和“微陣列”是指元件(即實(shí)體)在材料或裝置中的排列。 換句話說，術(shù)語“陣列”是指底物上的兩個(gè)或多個(gè)測(cè)定區(qū)域的有序排列(如排和列)。本文使用的術(shù)語“互補(bǔ)的”或“互補(bǔ)性”的使用涉及按照堿基配對(duì)原則相關(guān)聯(lián)的多 核苷酸(即核苷酸序列)。本文使用的術(shù)語“臨界角”是指大于發(fā)生全內(nèi)反射角度的入射角。本文使用的術(shù)語“漸消的”是指隨距離呈指數(shù)衰減的近場(chǎng)駐波。如在光學(xué)中所用， 當(dāng)正弦波以大于臨界角的角度從界面上發(fā)生內(nèi)反射從而發(fā)生全內(nèi)反射時(shí)，漸消波產(chǎn)生。本文使用的術(shù)語“雜交”是指互補(bǔ)核酸的配對(duì)。本文使用的術(shù)語“Th”是指“雜交溫度”。該雜交溫度通常比核酸的Tm(解鏈溫度) 低約10°c。本文使用的術(shù)語“核酸分子”是指含有包括但不限于DNA或RNA分子的任意核酸。 該術(shù)語包括諸如含有DNA和RNA的任何已知的堿基類似物的序列。本文所使用的術(shù)語“聚 合酶鏈反應(yīng)” (PCR)是指美國專利4，683，195,4, 683，202和4，965，188公開的K. B. Mullis 的方法。本文使用的術(shù)語“DNA聚合酶”是指在發(fā)生作用時(shí)具有高于40°C的最佳溫度的熱 穩(wěn)定DNA聚合酶。本文使用的術(shù)語“引物”是指能夠在合適條件下作為模板引導(dǎo)DNA合成的起始位 點(diǎn)作用的單鏈多核苷酸。本文使用的術(shù)語“探針”是指能夠通過一種或多種化學(xué)鍵結(jié)合到互補(bǔ)序列的靶核 酸的核酸，其通常是通過互補(bǔ)的堿基配對(duì)且通常是通過氫鍵形成，從而形成雙股結(jié)構(gòu)。探針結(jié)合或雜交到“探針結(jié)合位點(diǎn)”。可以利用可檢測(cè)的標(biāo)簽對(duì)探針進(jìn)行標(biāo)記，以容易地檢測(cè)探針，尤其是當(dāng)探針與其互補(bǔ)靶鏈雜交的時(shí)候。結(jié)合到探針的標(biāo)簽可包括本領(lǐng)域已知的多種 不同標(biāo)簽的任意一種，例如，該標(biāo)簽可通過化學(xué)或物理方式檢測(cè)。能結(jié)合到探針的標(biāo)簽可包 括如熒光和冷光材料。探針在大小上可顯著變化。一些探針相對(duì)短。通常，探針的長度至少 是7-15個(gè)核苷酸。其它探針的長度至少是20、30或40個(gè)核苷酸。有些探針的長度更長， 至少是100、150、200或更多個(gè)核苷酸的長度。探針的長度也可以是落入前述范圍內(nèi)的任意 的特定長度。本文使用的術(shù)語“底物”是指能夠支持相關(guān)測(cè)試要素(如測(cè)定區(qū)域、細(xì)胞、測(cè)試化 合物等)的材料。例如，在一些實(shí)施方式中，底物可包括平面(即2維)玻璃、金屬、合成物、 塑料、硅石或其它生物兼容或不起生物反應(yīng)(或起生物反應(yīng))的組合物。所述底物通常是 扁平的，但也可呈現(xiàn)多種替代表面構(gòu)型。也可以選擇底物和其表面以提供合適的光吸收性 能。例如，所述底物可以是聚合的Langmuir Blodgett膜、功能化玻璃、玻璃、石英、Si、Ge、 GaAs、GaP、Si02、SiN4、改性硅、或任意一種寬范圍內(nèi)的凝膠或聚合物，例如(聚)四氟乙烯、 (聚)偏二氟乙烯、聚苯乙烯、聚碳酸酯、聚丙烯等聚烯烴，或者其組合。本文使用的術(shù)語“靶核酸”是指待檢測(cè)病原體固有的多核苷酸。該多核苷酸是包 括例如DNA/RNA、線粒體DNA、rRNA、tRNA、mRNA、病毒RNA以及質(zhì)粒DNA的遺傳材料。本文使用的術(shù)語“靶核酸探針”是指與靶核酸互補(bǔ)的多核苷酸。本文使用的術(shù)語“Tm”是指“解鏈溫度”。解鏈溫度是在該溫度下雙鏈核酸分子的 總量半數(shù)解離成單鏈的溫度。計(jì)算核酸Tm的公式在本領(lǐng)域內(nèi)是公知的(參見Anderson和 Young, Quantitative Filter Hybridization, in Nucleic Acid Hybridization(1985))。 對(duì)于固定的寡核苷酸探針，一般地Tm (°C ) = 2 (腺苷和胸苷殘基的數(shù)量)+4 (鳥苷和胞核嘧 啶殘基的數(shù)量)。
具體實(shí)施例方式本發(fā)明提供一種能夠?qū)崟r(shí)、同時(shí)、定量測(cè)量來自樣品中一種或多種病原體的多個(gè) 靶核酸的方法、裝置和系統(tǒng)。在一個(gè)實(shí)施方式中，利用聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴(kuò)增樣本中的靶核酸。PCR是一種 擴(kuò)增脫氧核糖核酸(DNA)的一個(gè)或多個(gè)鏈的公知方法。通過將靶核酸置于緩沖液中開始 PCR，所述緩沖液含有核苷酸腺苷(ATP)、胸苷(TTP)、胞嘧啶(CTP)以及鳥苷(GTP)(統(tǒng)稱 dNTPs)、DNA聚合酶和引物。引物是DNA短鏈，具有與待擴(kuò)增的靶核酸互補(bǔ)的序列。引物啟 動(dòng)靶核酸的復(fù)制。在一個(gè)實(shí)施方式中，靶核酸引物可在5’端用熒光分子進(jìn)行熒光標(biāo)記。在另一個(gè) 實(shí)施方式中，靶核酸引物之一可在5’端用熒光分子進(jìn)行熒光標(biāo)記。在另一個(gè)實(shí)施方式中， dNTPs被熒光標(biāo)記。PCR過程具有三個(gè)主要步驟變性、退火和延伸。在變性步驟中，混合物被加熱到 94°C (攝氏度)，在該點(diǎn)，靶DNA分開成為單鏈。混合物被迅速冷卻。當(dāng)溫度下降到約60°C， 退火步驟發(fā)生，其中可被熒光標(biāo)記的引物雜交或結(jié)合到靶核酸上的它們的互補(bǔ)序列。延伸 步驟可以在約60°C下，或者可升溫到72-78°C的范圍進(jìn)行。在這個(gè)步驟中，DNA聚合酶利用 溶液中的dNTPs延伸退火的引物，并形成被稱為擴(kuò)增子的DNA新鏈，所述引物可被熒光標(biāo)記?；旌衔镌俅魏唵蔚乇患訜岬郊s94°C，以將新形成的雙螺旋鏈分開成單鏈的核酸，其開始 PCR過程的另一輪循環(huán)。隨著PCR過程每個(gè)循環(huán)，起始靶核酸的拷貝數(shù)大致上加倍。對(duì)于靶核酸的實(shí)時(shí)定量分析，多種使用漸消波檢測(cè)技術(shù)的方法已被公開，包括例 如，Xu(美國專利申請(qǐng)公開文本2006/0088844)描述的技術(shù)，以及2007年11月05日申請(qǐng) 的申請(qǐng)?zhí)枮镻CT/CN2007/003124，題為“寡核苷酸微陣列的定量方法”的PCT專利申請(qǐng)中描 述的技術(shù)。在一個(gè)實(shí)施方式中，PCR緩沖液還含有熒光標(biāo)記引物，即具有與其結(jié)合的熒光染料 分子的引物，從而一旦每個(gè)PCR循環(huán)完成，產(chǎn)生的擴(kuò)增子被熒光標(biāo)記。靶核酸的擴(kuò)增子利用 已知作為靶核酸探針的DNA探針鏈定位。靶核酸探針具有與靶核酸同樣互補(bǔ)的核苷酸序 列。靶核酸探針以熟知的二維圖案固定到底物表面上，所述底物表面形成含有PCR成分的 反應(yīng)小室的一部分。在PCR過程的退火和延伸階段，靶擴(kuò)增子雜交到其相應(yīng)的靶核酸探針。用合適波 長的光的漸消波照射雜交的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子，以激活熒光標(biāo)記引物或熒光標(biāo)記dNTPs的熒 光染料分子。在經(jīng)固定靶核酸探針的底物表面進(jìn)入反應(yīng)小室后，該漸消波的能量呈指數(shù)衰 減，其有效穿透范圍約300nm。這意味著漸消波能穿透足夠遠(yuǎn)以進(jìn)入反應(yīng)小室內(nèi)，以激活與 那些靶核酸探針雜交的熒光標(biāo)記擴(kuò)增子，但是它不激活反應(yīng)小室主體內(nèi)的溶液中的熒光標(biāo) 記分子(如熒光標(biāo)記引物或熒光標(biāo)記dNTPs)。通過監(jiān)測(cè)底物表面上的各個(gè)位置處的熒光的 強(qiáng)度，可檢測(cè)相應(yīng)靶核酸的擴(kuò)增子的當(dāng)前豐度。這可在PCR進(jìn)行的過程中實(shí)時(shí)地完成。所 述結(jié)果用于以類似于實(shí)時(shí)PCR計(jì)算的方式，獲得初始樣本中的特定靶鏈豐度的定量測(cè)量。在另一實(shí)施方式中，靶核酸探針被設(shè)計(jì)為與從選自細(xì)菌、病毒、真菌和原生動(dòng)物的 病原體中分離出的多核苷酸互補(bǔ)。在又一實(shí)施方式中，靶核酸探針被設(shè)計(jì)為與從以下病原 體中分離的多核苷酸的特定區(qū)域互補(bǔ)立克次氏體(Rickettsia)、衣原體(Chlamydia)、 支原體(Mycoplasma)、螺旋體(Spirochete)、鏈球菌(Streptococcus)、沙門氏菌 (Salmonella)、葡萄球菌(Staphylococcus)、單核細(xì)胞增生李斯特菌(L. monocytogenes)、 腦膜炎奈瑟菌(N.meningitides)、大腸桿菌(E. coli)、流感嗜血桿菌(H. influenzae)、伯 氏疏螺旋體(B. burgdorferi)、細(xì)螺旋體(L印tospira)、變形桿菌(Proteus)、厭氧桿菌 (Anaerobacter)、結(jié)核分枝桿菌(M. tuberculosis)、腸球菌(Enterococcus)、脊髓灰質(zhì)炎 __ 1 M (H. poliovirus 1)、] __ 71 M (H. enterovirus 71)、] __ 70 (H. enterovirus 70)、艾柯病毒2型(H. echovirus 2)、艾柯病毒4型(H. echovirus 4)、艾柯病毒6型 (H. echovirus 6)、艾柯病毒 9 型(H. echovirus 9)、艾柯病毒 11 型(H. echovirus 11)、 艾柯病毒12型(H. echovirus 12)、艾柯病毒26型(H. echovirus26)、柯薩基病毒A13型 (H. coxsackievirus A13)、柯薩基病毒 A15 型(H. coxsackievirus A15)、柯薩基病毒 A18 型(H. coxsackievirusA18)、柯薩基病毒 A20 型(H. coxsackievirus A20)、柯薩基病毒 A21 型(H. coxsackievirus A21)、柯薩基病毒 B3—A 型(H. coxsackievirus B3—A)、柯薩基病毒 B3-C 型(H. coxsackievirus B3-C)、HSV-1 及 HSV-2。在一個(gè)實(shí)施方式中，PCR使用的探針包括選自SEQ ID NO :1_9(表1)的寡核苷酸
權(quán)利要求
一種分析靶核酸的定量方法，其包括在底物上表面的獨(dú)立區(qū)域內(nèi)固定兩組或更多組靶核酸探針；在每組的雜交溫度下將一個(gè)或多個(gè)熒光標(biāo)記靶擴(kuò)增子獨(dú)立退火至每組靶核酸探針；在每組的雜交溫度下獨(dú)立激活來自與每組靶核酸探針雜交的一個(gè)或多個(gè)熒光標(biāo)記靶擴(kuò)增子的熒光應(yīng)答；在每組靶核酸探針的雜交溫度下獨(dú)立檢測(cè)用于一個(gè)或多個(gè)靶核酸定量分析的各熒光應(yīng)答；其中，各熒光應(yīng)答的獨(dú)立激活是通過利用預(yù)定波長的漸消波。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的定量方法，其特征在于，所述每組靶核酸探針包括具有相互 溫度差異在10%以內(nèi)的雜交溫度的一個(gè)或多個(gè)靶核酸探針。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的定量方法，其特征在于，所述每組的雜交溫度是每組中一個(gè) 或多個(gè)靶核酸探針的雜交溫度的平均值。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的定量方法，其特征在于，所述退火發(fā)生于聚合酶鏈反應(yīng)過程中。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的定量方法，其特征在于，所述各熒光應(yīng)答的檢測(cè)發(fā)生于聚合 酶鏈反應(yīng)的退火步驟或延伸步驟中。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的定量方法，其特征在于，所述聚合酶鏈反應(yīng)是實(shí)時(shí)聚合酶鏈 反應(yīng)。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的定量方法，其特征在于，所述底物包括選自硅石、塑料、玻璃、 石英玻璃、陶瓷、橡膠、金屬、聚合物、雜交膜或它們的組合的材料。
8.根據(jù)權(quán)利要求2所述的定量方法，其特征在于，利用微陣列打印機(jī)將一個(gè)或多個(gè)靶 核酸探針打印并固定到底物上。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的定量方法，其特征在于，所述底物用選自硅烷、抗生物素蛋 白、聚L-賴氨酸、鏈霉親和素、多糖、硫醇或它們的組合的試劑進(jìn)行化學(xué)修飾。
10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的定量方法，其特征在于，每組靶核酸探針包括一個(gè)或多個(gè)靶 核酸探針。
11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的定量方法，其特征在于，所述一個(gè)或多個(gè)靶核酸從一種或多 種病原體得到，其中一種或多種病原體為病毒、細(xì)菌、古生菌、真菌、原生動(dòng)物、支原體、朊病 毒、寄生有機(jī)物或它們的組合。
12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的定量方法，其特征在于，所述一種或多種病原體為立克次 氏體、衣原體、支原體、螺旋體、鏈球菌、葡萄球菌、單核細(xì)胞增生李斯特菌、腦膜炎奈瑟菌、 大腸桿菌、流感嗜血桿菌、伯氏疏螺旋體、細(xì)螺旋體、變形桿菌、厭氧桿菌、沙門氏菌、結(jié)核分 枝桿菌、腸球菌、脊髓灰質(zhì)炎病毒、腸病毒、柯薩基病毒、HSV-l、HSV-2，或它們的組合。
13.一種定量分析靶核酸的裝置，其包括底物，其具有上、下表面和大于水的折射系數(shù)的折射系數(shù)；實(shí)質(zhì)上與底物上表面接觸的緩沖液，所述緩沖液能夠支持多個(gè)擴(kuò)增反應(yīng)和多個(gè)核苷酸 雜交反應(yīng)，并包含一種或多種熒光標(biāo)記引物、一種或多種任選的熒光標(biāo)記dNTPs和一種或 多種靶核酸；在底物上表面的獨(dú)立區(qū)域和緩沖液中的兩組或更多組靶核酸探針，其中每組靶核酸探針包括一個(gè)或多個(gè)靶核酸探針，且其中每組靶核酸探針包含具有等同雜交溫度的一個(gè)或多 個(gè)靶核酸探針；其中，每組靶核酸探針中的一個(gè)或多個(gè)靶核酸探針具有與靶核酸的核苷酸序列相應(yīng)或 互補(bǔ)的核苷酸序列；光線，具有選定波長以激活一個(gè)或多個(gè)熒光標(biāo)記靶擴(kuò)增子，以選定角度入射到底物和 緩沖液之間的界面，以便漸消波傳播進(jìn)入緩沖液；檢測(cè)器，其能夠檢測(cè)由一個(gè)或多個(gè)熒光標(biāo)記靶擴(kuò)增子發(fā)射的熒光。
14.根據(jù)權(quán)利要求13所述的裝置，其特征在于，還包括能夠使緩沖液溫度循環(huán)的加熱 元件，由此使多個(gè)擴(kuò)增反應(yīng)成為可能。
15.根據(jù)權(quán)利要求13所述的裝置，其特征在于，所述多個(gè)核苷酸雜交反應(yīng)是實(shí)時(shí)聚合 酶鏈反應(yīng)。
16.根據(jù)權(quán)利要求13所述的裝置，其特征在于，所述檢測(cè)器是可移動(dòng)的，并能夠順序檢 測(cè)由與兩組或更多組靶核酸探針結(jié)合的一個(gè)或多個(gè)熒光標(biāo)記靶擴(kuò)增子發(fā)射的熒光。
17.根據(jù)權(quán)利要求13所述的裝置，其特征在于，底物是可移動(dòng)的，并能夠被檢測(cè)器順序 定位。
18.—種進(jìn)行定量聚合酶鏈反應(yīng)分析的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括包括固定在底物上表面不同區(qū)域內(nèi)的多組靶核酸探針的DNA微陣列，其中每組靶核酸 探針包含具有等同雜交溫度的一個(gè)或多個(gè)靶核酸探針；與DNA微陣列進(jìn)行熱交流的熱循環(huán)儀；提供輸出信號(hào)的至少一個(gè)檢測(cè)器；其中所述至少一個(gè)光敏檢測(cè)器能夠檢測(cè)由一個(gè)或多 個(gè)熒光標(biāo)記靶擴(kuò)增子發(fā)射的熒光；至少一個(gè)光源，其中所述光源定位為從其發(fā)射的光經(jīng)過DNA微陣列到所述至少一個(gè)光 敏檢測(cè)器；分析來自檢測(cè)器的輸出信號(hào)和確定表示聚合酶鏈反應(yīng)分析的定量熒光信息的工具。
19.根據(jù)權(quán)利要求17所述的系統(tǒng)，其特征在于，可對(duì)所述DNA微陣列、熱循環(huán)儀、至少一 個(gè)檢測(cè)器、至少一個(gè)光源和分析輸出信號(hào)的工具進(jìn)行編程，以在檢測(cè)過程中相互協(xié)作。
20.根據(jù)權(quán)利要求17所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述熱循環(huán)儀包括加熱元件和冷卻元 件，或同時(shí)用于加熱和冷卻的一個(gè)元件。
全文摘要
本發(fā)明提供DNA微陣列的可編程探針設(shè)計(jì)和檢測(cè)方法。設(shè)計(jì)與靶DNA互補(bǔ)的DNA探針并依據(jù)最佳雜交溫度歸類到組。探針按組排列并固定到DNA微陣列的底物表面?？刂葡到y(tǒng)、成像系統(tǒng)和溫度控制系統(tǒng)可編程為在檢測(cè)過程中相互協(xié)作。該設(shè)計(jì)提高了平行分析系統(tǒng)的檢測(cè)能力。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK101946006SQ200780102357
公開日2011年1月12日 申請(qǐng)日期2007年12月24日 優(yōu)先權(quán)日2007年12月24日
發(fā)明者H·廖, W·王, Z·H·孫 申請(qǐng)人:霍尼韋爾國際公司