切為用限制性內切酶切斷DNA分子。
[0037]步驟一之后還包括步驟質控，所述的質控為判斷高精度短片段序列的質量，并去除低質量的高精度短片段序列。
[0038]所述步驟四包括以下步驟:
[0039]A.統(tǒng)計子代DNA樣品的表型值；
[0040]B.以表型值為依據(jù)，將表型值按梯度進行分組，將極端表型值所對應的子代DNA樣品測序得到的高精度短片段序列分別混合；
[0041]C.通過每組混合的高精度短片段序列提供的基因型頻率信息，利用卡方檢驗和秩和檢驗，找到與表型信息相關的顯著區(qū)域。
[0042]所述的第二代測序技術為Illumina第二代測序技術，采用的是Hiseq測序儀，測序文庫包括簡化基因組文庫、全基因組鳥槍法文庫。
[0043]所述的SNP分析軟件為SOAP2、SOAPsnp, BffA, samtools或Stacks，分析過程包括比對或者相互聚類。
[0044]步驟三中的作圖軟件為joinmap、linkage或mapmaker。
[0045]如圖1所示，圖中:
[0046]親本DNA:親本指動植物雜交時所選用的雌雄性個體，參與雜交的雄性個體叫父本，用符號?表示；參與雜交的雌性個體叫母本，用符號罕表示，親本的脫氧核糖核酸(DNA)即是親本DNA。
[0047]子代DNA:上述親本雜交產(chǎn)生的后代即是子代，來自同一(對)親本的子代稱為子代群體，子代的脫氧核糖核酸(DNA)即是子代DNA。
[0048]酶切:用限制性內切酶切斷DNA分子。
[0049]建庫:把DNA分子處理可以上機測序的分子集合，稱之為DNA文庫。
[0050]測序與質控:將上述的DNA文庫于測序儀中進行測序，得到高精度短片段序列，這一步是測序；判斷高精度短片段序列的質量，并去除部分低質量的序列，稱為質控。
[0051]SNP檢測、注釋、統(tǒng)計、遺傳圖譜構建及QTL定位:用一些聚類或者比對軟件處理高精度短片段序列可以得到單核苷酸多態(tài)性(SNP) JESNP歸屬至所在的基因，這步處理稱為注釋；通過SNP信息可以用作圖構建遺傳圖譜，進一步用于QTL分析。
[0052]子代群體表型打分:鑒定子代DNA樣品的表型信息，并準確地統(tǒng)計表型值分布，將表型值按梯度分組；以株高為例，株高為表型信息，每個子代的株高為表型值，統(tǒng)計每個子代的株高，根據(jù)高度分布按梯度分組，即是表型打分。
[0053]極端表型個體reads混合:把極端的表型值所對應的子代DNA樣品的高精度短片段序列分別混合，分析基因型頻率分布，通過卡方檢驗和秩和檢驗，找到與表型相關的顯著區(qū)域；以株尚為例，把最尚的子代DNA樣品的尚精度短片段序列混合在一起，的尚精度短片段序列(reads)混合在一起，把最矮的子代DNA樣品的高精度短片段序列混合在一起，分析基因型頻率分布，通過卡方檢驗和秩和檢驗，找到與株高相關的顯著區(qū)域。
[0054]整合快速定位基因:整合QTL分析得到的QTL座位信息與極端表型個體reads混合得到的基因定位信息得出準確的與表型信息相關的基因定位信息。
[0055]以上所述的僅是本發(fā)明的優(yōu)選實施方式，應當指出，對于本技術領域中的普通技術人員來說，在不脫離本發(fā)明核心技術特征的前提下，還可以做出若干改進和潤飾，這些改進和潤飾也應視為本發(fā)明的保護范圍。
【主權項】
1.一種基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，包括: 步驟一:利用第二代測序技術對親本DNA樣品和子代DNA樣品進行測序，獲得高精度短片段序列； 步驟二:利用SNP分析軟件對獲得的所述高精度短片段序列與參考序列比對或者相互聚類，得到每個樣品準確的SNP信息； 步驟三:將這類SNP信息轉換成群體SNP，進一步轉換成標準的分子標準格式，利用作圖軟件進行遺傳圖譜構建，并在遺傳圖譜的基礎上，進行QTL分析得到QTL座位信息； 步驟四:鑒定子代DNA樣品的表型信息，并準確地統(tǒng)計表型值分布，將表型值按梯度分組，把極端的表型值所對應的子代DNA樣品的高精度短片段序列分別混合，分析基因型頻率分布，通過卡方檢驗和秩和檢驗，找到與表型信息相關的顯著區(qū)域； 步驟五:整合QTL座位信息與步驟四得到準確的與表型信息相關的基因定位信息。
2.根據(jù)權利要求1所述的基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，所述的子代DNA樣品為親本DNA樣品雜交產(chǎn)生的后代。
3.根據(jù)權利要求1或2所述的基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，步驟一之前還包括步驟建庫，所述的建庫為把DNA分子處理成可以上機測序的分子集合，得到DNA文庫。
4.根據(jù)權利要求3所述的基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，所述步驟建庫之前還包括步驟酶切，所述的酶切為用限制性內切酶切斷DNA分子。
5.根據(jù)權利要求1或2所述的基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，步驟一之后還包括步驟質控，所述的質控為判斷高精度短片段序列的質量，并去除低質量的高精度短片段序列。
6.根據(jù)權利要求1或2所述的基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，所述步驟四包括以下步驟: A.統(tǒng)計子代DNA樣品的表型值； B.以表型值為依據(jù)，將表型值按梯度進行分組，將極端表型值所對應的子代DNA樣品測序得到的高精度短片段序列分別混合； C.通過每組混合的高精度短片段序列提供的基因型頻率信息，利用卡方檢驗和秩和檢驗，找到與表型信息相關的顯著區(qū)域。
7.根據(jù)權利要求1或2所述的基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，所述的第二代測序技術為Illumina第二代測序技術，采用的是Hiseq測序儀，測序文庫包括簡化基因組文庫、全基因組鳥槍法文庫。
8.根據(jù)權利要求1或2所述的基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，所述的SNP分析軟件為S0AP2、SOAPsnp> BWA、samtools或Stacks，分析過程包括比對或者相互聚類。
9.根據(jù)權利要求1或2所述的基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，步驟三中的作圖軟件為 jo inmap、linkage 或 mapmaker ο
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種基因定位的多重檢驗方法，其特征在于，包括：步驟一：對親本DNA樣品和子代DNA樣品進行測序，獲得高精度短片段序列；步驟二：對獲得的所述高精度短片段序列與參考序列比對或者相互聚類，得到準確的SNP信息；步驟三：將SNP信息轉換成群體SNP，進一步轉換成標準的分子標準格式，進行遺傳圖譜構建，并在遺傳圖譜的基礎上，進行QTL分析得到QTL座位信息；步驟四：鑒定子代DNA樣品的表型信息，并準確地統(tǒng)計表型值分布，將表型值按梯度分組，把極端的表型值所對應的子代DNA樣品的高精度短片段序列分別混合，分析基因型頻率分布，通過卡方檢驗和秩和檢驗，找到相關的顯著區(qū)域；步驟五：整合QTL座位信息與步驟四得到準確基因定位信息。
【IPC分類】C12Q1-68, G06F19-22
【公開號】CN104573409
【申請?zhí)枴緾N201510005209
【發(fā)明人】劉三陽, 范崇儀, 錢曉菊, 張新明, 高金龍, 羅亞丹, 范玉美, 趙艷艷, 王兆寶
【申請人】杭州和壹基因科技有限公司
【公開日】2015年4月29日
【申請日】2015年1月4日