本發(fā)明涉及大數(shù)據(jù)管理技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種生命健康數(shù)據(jù)管理方法及系統(tǒng)。

背景技術(shù)：

隨著測序技術(shù)的不斷更新?lián)Q代，高通量測序成本大大下降，生物分子原始數(shù)據(jù)量急劇膨脹，現(xiàn)代生物信息學(xué)研究的重心已經(jīng)從最初的獲取數(shù)據(jù)，轉(zhuǎn)移到了從海量的生物數(shù)據(jù)中挖掘有用的信息，并研究其包含的生物學(xué)意義。

近幾年來，隨著互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)的飛速發(fā)展，在基于網(wǎng)絡(luò)范圍內(nèi)有效管理、共享、分析、利用海量信息學(xué)數(shù)據(jù)變的越來越方便。同樣，數(shù)據(jù)庫技術(shù)在因特網(wǎng)中的廣泛應(yīng)用，給信息的共享和存儲提供了很好的服務(wù)。但是，目前，還沒有一個能夠查詢生命健康相關(guān)信息的系統(tǒng)，因此，本申請?zhí)峁┝艘环N生命健康數(shù)據(jù)管理方法及系統(tǒng)。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：

針對現(xiàn)有技術(shù)中的上述缺陷，本發(fā)明提供了一種生命健康數(shù)據(jù)管理方法及系統(tǒng)，可以使用戶更加容易、有效地查詢與生命健康相關(guān)的信息，可以提高用戶體驗(yàn)。

第一方面，本發(fā)明提供的一種生命健康數(shù)據(jù)管理方法，包括：

獲取用戶輸入的查詢指令；

根據(jù)所述查詢指令從預(yù)先建立的數(shù)據(jù)庫中查找與所述查詢指令相應(yīng)的生命健康數(shù)據(jù)；

將所述生命健康數(shù)據(jù)輸出給用戶。

可選的，在所述根據(jù)所述查詢指令從預(yù)先建立的數(shù)據(jù)庫中查找與所述查詢指令相應(yīng)的生命健康數(shù)據(jù)的步驟之前，還包括：

獲取生命健康樣本信息；

對所述生命健康樣本信息進(jìn)行上機(jī)測序，獲得生命健康樣本數(shù)據(jù)；

根據(jù)所述生命健康樣本數(shù)據(jù)搭建數(shù)據(jù)庫。

可選的，所述根據(jù)所述生命健康樣本數(shù)據(jù)搭建數(shù)據(jù)庫，包括：

搭建數(shù)據(jù)庫模型，并確定所述數(shù)據(jù)庫模型中表和字段；

對所述字段進(jìn)行關(guān)聯(lián)設(shè)置；

將所述樣本數(shù)據(jù)導(dǎo)入所述數(shù)據(jù)庫模型中；

將所述樣本數(shù)據(jù)按照所述數(shù)據(jù)庫模型中的所述字段進(jìn)行整理和分類；

將所述整理和分類的樣本數(shù)據(jù)填入所述表中，生成關(guān)系表；

將所述關(guān)系表分類存儲到所述數(shù)據(jù)庫模型中，生成數(shù)據(jù)庫。

可選的，所述將所述關(guān)系表分類存儲到所述數(shù)據(jù)庫模型中，生成數(shù)據(jù)庫，包括：

將所述關(guān)系表按時間軸分類存儲到所述數(shù)據(jù)庫模型中，生成數(shù)據(jù)庫。

可選的，所述字段，包括：捐贈者；

所述將所述樣本數(shù)據(jù)按照所述數(shù)據(jù)庫模型中的所述字段進(jìn)行整理和分類，包括：

將所述樣本數(shù)據(jù)按照所述捐贈者進(jìn)行整理和分類。

可選的，所述生命健康樣本數(shù)據(jù)，包括：表型樣本數(shù)據(jù)、疾病類型樣本數(shù)據(jù)、基因樣本數(shù)據(jù)中的至少一種。

第二方面，本發(fā)明提供的一種生命健康數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，包括：客戶端、服務(wù)器；

所述服務(wù)器接收所述客戶端發(fā)送的生命健康數(shù)據(jù)查詢指令；

所述服務(wù)器根據(jù)所述查詢指令在預(yù)先建立的數(shù)據(jù)庫中查找相應(yīng)的數(shù)據(jù)；

所述服務(wù)器將所述數(shù)據(jù)發(fā)送給所述客戶端；

所述客戶端在指定頁面顯示所述數(shù)據(jù)。

可選的，所述服務(wù)器將所述數(shù)據(jù)發(fā)送給所述客戶端，包括：

所述服務(wù)器將所述數(shù)據(jù)發(fā)送給所述客戶端的分層樹形插件、時間軸插件、基因突變信息展示插件中的一種或多種；

所述客戶端在指定頁面顯示所述數(shù)據(jù)，包括：

所述客戶端的所述分層樹形插件和/或時間軸插件在指定頁面顯示所述數(shù)據(jù)。

可選的，所述數(shù)據(jù)庫采用開源的關(guān)系型postgresql數(shù)據(jù)庫。

可選的，所述服務(wù)器是基于python的djangomtv架構(gòu)實(shí)現(xiàn)的。

本發(fā)明通過獲取用戶輸入的查詢指令，然后根據(jù)所述查詢指令從預(yù)先建立的數(shù)據(jù)庫中查找與所述查找指令相應(yīng)的生命健康數(shù)據(jù)，最后將所述生命健康數(shù)據(jù)輸出給用戶?？梢允褂脩舾鶕?jù)自己的需要查找相應(yīng)的生命健康信息，可以使用戶更加容易地得到查詢的結(jié)果，可以提高用戶體驗(yàn)。同時，加快了生命信息的共享和生命科學(xué)的發(fā)展。

本發(fā)明提供的一種生命健康數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，與上述生命健康數(shù)據(jù)管理方法出于相同的發(fā)明構(gòu)思，具有相同的有益效果。

附圖說明

為了更清楚地說明本發(fā)明具體實(shí)施方式或現(xiàn)有技術(shù)中的技術(shù)方案，下面將對具體實(shí)施方式或現(xiàn)有技術(shù)描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹。在所有附圖中，類似的元件或部分一般由類似的附圖標(biāo)記標(biāo)識。附圖中，各元件或部分并不一定按照實(shí)際的比例繪制。

圖1示出了本發(fā)明第一實(shí)施例提供一種生命健康數(shù)據(jù)管理方法的流程圖。

具體實(shí)施方式

下面將結(jié)合附圖對本發(fā)明技術(shù)方案的實(shí)施例進(jìn)行詳細(xì)的描述。以下實(shí)施例僅用于更加清楚地說明本發(fā)明的技術(shù)方案，因此只是作為示例，而不能以此來限制本發(fā)明的保護(hù)范圍。

需要注意的是，除非另有說明，本申請使用的技術(shù)術(shù)語或者科學(xué)術(shù)語應(yīng)當(dāng)為本發(fā)明所屬領(lǐng)域技術(shù)人員所理解的通常意義。

本發(fā)明提供了一種生命健康數(shù)據(jù)管理方法及系統(tǒng)。下面結(jié)合附圖對本發(fā)明的實(shí)施例進(jìn)行說明。

圖1示出了本發(fā)明第一實(shí)施例所提供的一種生命健康數(shù)據(jù)管理方法及系統(tǒng)的流程圖。如圖1所示，本發(fā)明第一實(shí)施例提供的一種生命健康數(shù)據(jù)管理方法，包括以下步驟：

步驟s101：獲取用戶輸入的查詢指令。

在本發(fā)明實(shí)施例中，所述獲取用戶輸入的查詢指令的主體可以是服務(wù)器，所述用戶可以通過智能終端的web頁面輸入所述查詢指令。

所述用戶輸入的查詢指令可以是針對疾病類型、基因、捐贈者、數(shù)據(jù)等中一種或多種的查詢指令。

步驟s102：根據(jù)所述查詢指令從預(yù)先建立的數(shù)據(jù)庫中查找與所述查詢指令相應(yīng)的生命健康數(shù)據(jù)。

在本步驟之前，還可以包括：獲取生命健康樣本信息；對所述生命健康樣本信息進(jìn)行上機(jī)測序，獲得生命健康樣本數(shù)據(jù)；根據(jù)所述生命健康樣本數(shù)據(jù)搭建數(shù)據(jù)庫。

在本發(fā)明提供的一個具體實(shí)施例中，所述生命健康樣本信息通過上機(jī)測序，可以得到基因位點(diǎn)層面的突變信息，解讀并關(guān)聯(lián)相關(guān)表型和疾病信息，可以得到有用的、有價值的生命健康樣本數(shù)據(jù)，所述上機(jī)測序過程能夠起到篩選數(shù)據(jù)的功能。利用篩選后的所述生命健康樣本數(shù)據(jù)搭建數(shù)據(jù)庫，可以提高所述數(shù)據(jù)庫的可靠性，可以使用戶獲得更加準(zhǔn)確的信息。

在本發(fā)明提供的一個具體實(shí)施例中，所述根據(jù)所述生命健康樣本數(shù)據(jù)搭建數(shù)據(jù)庫，可以包括：搭建數(shù)據(jù)庫模型，并確定所述數(shù)據(jù)庫模型中表和字段；對所述字段進(jìn)行關(guān)聯(lián)設(shè)置；將所述樣本數(shù)據(jù)導(dǎo)入所述數(shù)據(jù)庫模型中；將所述樣本數(shù)據(jù)按照所述數(shù)據(jù)庫模型中的所述字段進(jìn)行整理和分類；將所述整理和分類的樣本數(shù)據(jù)填入所述表中，生成關(guān)系表；將所述關(guān)系表分類存儲到所述數(shù)據(jù)庫模型中，生成數(shù)據(jù)庫。

所述數(shù)據(jù)庫模型中的所述字段設(shè)置在所述表中，通過對所述字段進(jìn)行關(guān)聯(lián)設(shè)置，可以得到各個字段相關(guān)聯(lián)的一張表，將所述樣本數(shù)據(jù)導(dǎo)入所述數(shù)據(jù)庫模型中后，就可以生成各個字段具有相關(guān)聯(lián)系的關(guān)系表。所述字段包含某一專題的信息，例如，所述字段可以是：捐贈者姓名、疾病類型、基因類型、基因突變頻率等。將所述字段進(jìn)行關(guān)聯(lián)，也就是將所述具有某一專題的信息進(jìn)行關(guān)聯(lián)，這樣，可以使用戶獲得具有關(guān)聯(lián)信息的各個專題的數(shù)據(jù)，可以使用戶獲得更加全面的信息。

在本發(fā)明提供的一個具體實(shí)施例中，所述將所述關(guān)系表分類存儲到所述數(shù)據(jù)庫模型中，生成數(shù)據(jù)庫，包括：將所述關(guān)系表按時間軸分類存儲到所述數(shù)據(jù)庫模型中，生成數(shù)據(jù)庫。

相較于現(xiàn)有技術(shù)中數(shù)據(jù)庫采用零散的樣本管理，使得各個時間段的樣本沒有關(guān)聯(lián)性，樣本間的變化趨勢無法展示的缺點(diǎn)，本發(fā)明提供的這種采用時間軸方法存儲管理所述關(guān)系表，有利于對大樣本數(shù)據(jù)的邏輯性管理，而且，還可以為用戶提供按時間段分類的數(shù)據(jù)，使用戶可以看到同一指標(biāo)在一段時間內(nèi)的變化趨勢，同時，這種存儲管理方法也有利于對所述樣本數(shù)據(jù)的挖掘和分析。

在本發(fā)明提供的一個具體實(shí)施例中，所述字段，包括：捐贈者；所述將所述樣本數(shù)據(jù)按照所述數(shù)據(jù)庫模型中的所述字段進(jìn)行整理和分類，包括：將所述樣本數(shù)據(jù)按照所述捐贈者進(jìn)行整理和分類。

在數(shù)據(jù)庫模型中對樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行整理和分類時，可以按照捐贈者進(jìn)行整理和分類，這樣，可以將所述捐贈者的所有數(shù)據(jù)都集中進(jìn)行管理，更加有條理地對所述樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行管理，可以使用戶看到一個捐贈者整個疾病的發(fā)展過程，可以為用戶提供更加準(zhǔn)確的疾病信息。

在本發(fā)明提供的一個具體實(shí)施例中，所述生命健康樣本數(shù)據(jù)，包括：表型樣本數(shù)據(jù)、疾病類型樣本數(shù)據(jù)、基因樣本數(shù)據(jù)中的至少一種。

所述生命健康樣本數(shù)據(jù)可以有多種方面的樣本數(shù)據(jù)，可以包括：表型樣本數(shù)據(jù)、疾病類型樣本數(shù)據(jù)、基因樣本數(shù)據(jù)等多種樣本數(shù)據(jù)?？梢跃C合管理這些樣本數(shù)據(jù)，可以為用戶提供更加全面的信息，使用戶了解到捐贈者或者疾病類型的所有癥狀和信息，可以提高用戶體驗(yàn)。

步驟s103：將所述生命健康數(shù)據(jù)輸出給用戶。

將所述生命健康數(shù)據(jù)輸出給用戶，可以是以時間軸的方式輸出給用戶；可以給用戶輸出與用戶輸入的疾病最相關(guān)的10個基因；可以以圖形的方式輸出給用戶，可以以表格的方式輸出給用戶，可以以鏈接的方式輸出給用戶。

本發(fā)明第二實(shí)施例提供一種生命健康數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，包括客戶端、服務(wù)器；所述服務(wù)器接收所述客戶端發(fā)送的生命健康數(shù)據(jù)查詢指令；所述服務(wù)器根據(jù)所述查詢指令在預(yù)先建立的數(shù)據(jù)庫中查找相應(yīng)的數(shù)據(jù)；所述服務(wù)器將所述數(shù)據(jù)發(fā)送給所述客戶端；所述客戶端在指定頁面顯示所述數(shù)據(jù)。

所述客戶端可以根據(jù)用戶需求進(jìn)行設(shè)計，可以根據(jù)用戶分析、系統(tǒng)功能需求、性能需求、系統(tǒng)接口及集成進(jìn)行設(shè)計，這樣，可以保證需求和系統(tǒng)使用與用戶的目標(biāo)相聯(lián)系。所述客戶端可以根據(jù)用戶語言和需求模型進(jìn)行設(shè)計，正確表達(dá)用戶需求。

其中，所述系統(tǒng)可根據(jù)需求設(shè)計系統(tǒng)測試目標(biāo)和測試進(jìn)度，這樣，可以跟蹤需求缺陷，及時維護(hù)系統(tǒng)。

在本發(fā)明提供的一個具體實(shí)施例中，所述服務(wù)器將所述數(shù)據(jù)發(fā)送給所述客戶端，包括：所述服務(wù)器將所述數(shù)據(jù)發(fā)送給所述客戶端的分層樹形插件、時間軸插件、基因突變信息展示插件中的一種或多種；

所述客戶端在指定頁面顯示所述數(shù)據(jù)，包括：

所述客戶端的所述分層樹形插件和/或時間軸插件在指定頁面顯示所述數(shù)據(jù)。

所述客戶端利用不同的插件可以顯示不同的頁面效果，例如，利用分層樹形插件可以顯示樹狀結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)文件夾，利用時間軸插件可以顯示按時間分類的不同時間段的數(shù)據(jù)，利用基因突變信息管理展示插件，可以展示基因突變的過程。這樣，可以滿足用戶不同的瀏覽需求，可以提高用戶體驗(yàn)。

在本發(fā)明提供的一個具體實(shí)施例中，所述數(shù)據(jù)庫采用開源的關(guān)系型postgresql數(shù)據(jù)庫。

利用所述開源性數(shù)據(jù)庫軟件和技術(shù)，可以降低開發(fā)成本，簡化搭建部署、易于維護(hù)。

在本發(fā)明提供的一個具體實(shí)施例中，所述服務(wù)器是基于python的djangomtv架構(gòu)實(shí)現(xiàn)的。

采用了較為成熟穩(wěn)定的服務(wù)器架構(gòu)nginx+uwsgi+django。uwsgi是uwsgi項(xiàng)目自有的協(xié)議，把nginx作為反向代理的請求進(jìn)行處理，并發(fā)給wsgi，wsgi根據(jù)請求逐層調(diào)用函數(shù)或程序把處理結(jié)果進(jìn)行打包逐一返回，最終呈現(xiàn)到瀏覽器。

所述客戶端的請求數(shù)據(jù)與服務(wù)器任務(wù)處理之間的交互是通過django的mvc(modelviewcontroller)框架，即模型(model)－視圖(view)－控制器(controller)進(jìn)行處理。

所述客戶端是基于bootstrap-v3.3.2的web框架，采用html5+css3+javascript編碼實(shí)現(xiàn)的。

本發(fā)明是以生命健康樣本大數(shù)據(jù)為出發(fā)點(diǎn)，在已有互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)的基礎(chǔ)上，通過django的開放源碼web應(yīng)用框架，把生命健康樣本大數(shù)據(jù)、用戶查詢需求、數(shù)據(jù)處理結(jié)果利用mvc的模式有機(jī)整合成為一個易于操作的可視化應(yīng)用系統(tǒng)，在最大程度上為用戶提供了生命健康領(lǐng)域邏輯的可視化數(shù)據(jù)結(jié)果，也為生物醫(yī)學(xué)研究的各方面人員進(jìn)行數(shù)據(jù)解讀提供了更簡便的條件，有利于數(shù)據(jù)價值的最大化利用。

在所述系統(tǒng)中，可以對生命健康樣本表型數(shù)據(jù)搜集以及處理的結(jié)果數(shù)據(jù)，通過簡單的二次處理即可進(jìn)行數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)更新，這樣，有利于所述系統(tǒng)及時快速迭代更新。

本發(fā)明第三實(shí)施例提供一種關(guān)于癌癥的生命健康數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)。

在所述系統(tǒng)的客戶端，可以有四個入口，可以包括：疾病類型、基因、捐贈者、數(shù)據(jù)。用戶可通過各個入口獲得數(shù)據(jù)，比如疾病類型入口，可以獲得該疾病捐贈者統(tǒng)計數(shù)量，該病相關(guān)重要基因的頻率(相關(guān)性越大，圓的面積越大)；比如基因入口，可以迅速獲得與各類型疾病突變最多的前五個基因，拷貝數(shù)變異和插入缺失突變。此外，還可直觀看到與該疾病系統(tǒng)相關(guān)的人的24條染色體上的不同基因突變信息；比如捐贈者入口，可獲取捐贈者相關(guān)表型數(shù)據(jù)的統(tǒng)計圖，并可通過設(shè)定表型參數(shù)檢索匹配樣本，并開發(fā)時間軸插件展示各階段樣本臨床表型數(shù)據(jù)，時間軸左邊通過選擇時間，下方展示該時間段樣本的突變信息變化趨勢，右邊展示樣本的表型信息；數(shù)據(jù)入口，通過分層樹形插件展示各層級數(shù)據(jù)文件。

所述客戶端，還可以包括：搜索窗口。

用戶從所述搜索窗口輸入特定癌癥名稱能夠獲取與本疾病最相關(guān)的top10基因以及這些基因的具體信息、與該基因相關(guān)的突變、捐贈者的表型信息，突變信息，隨時間而變化的臨床信息及其他統(tǒng)計信息。

所述搜索窗口和所述四個入口可以同時使用，例如，在查詢界面選擇癌癥類型“tumourtype”，輸入“bladdercancer”關(guān)鍵字，可以獲取膀胱癌的相關(guān)鏈接，進(jìn)入鏈接，可得到所選膀胱癌相關(guān)性最高的top10基因，以及所述系統(tǒng)所有癌癥數(shù)據(jù)中與這些基因相關(guān)的突變、捐贈者等統(tǒng)計信息，所述客戶端還可以顯示出所述相關(guān)性最高的top10基因的連接，可以直接獲得到該基因的具體信息，可以包括：相關(guān)名稱、位置、轉(zhuǎn)錄本、序列，以及其他各大數(shù)據(jù)庫的外鏈入口等。

所述系統(tǒng)不僅可以通過疾病名稱實(shí)現(xiàn)關(guān)聯(lián)基因信息查詢與統(tǒng)計，還可以通過基因名進(jìn)行基因詳情、關(guān)聯(lián)疾病搜索；可以通過捐贈者id查詢捐贈者關(guān)聯(lián)疾病、樣本處理、突變等信息。

以上，為本發(fā)明提供的一種生命健康數(shù)據(jù)管理方法及系統(tǒng)的實(shí)施例說明。

在本說明書的描述中，參考術(shù)語“一個實(shí)施例”、“一些實(shí)施例”、“示例”、或“一些示例”等的描述意指結(jié)合該實(shí)施例或示例描述的具體特征、結(jié)構(gòu)、材料或者特點(diǎn)包含于本發(fā)明的至少一個實(shí)施例或示例中。在本說明書中，對上述術(shù)語的示意性表述不是必須針對的是相同的實(shí)施例或示例。而且，描述的具體特征、結(jié)構(gòu)、材料或者特點(diǎn)可以在任一個或多個實(shí)施例或示例中以合適的方式結(jié)合。此外，在不相互矛盾的情況下，本領(lǐng)域的技術(shù)人員可以將本說明書中描述的不同實(shí)施例或示例以及不同實(shí)施例或示例的特征進(jìn)行結(jié)合和組合。

最后應(yīng)說明的是：以上各實(shí)施例僅用以說明本發(fā)明的技術(shù)方案，而非對其限制；盡管參照前述各實(shí)施例對本發(fā)明進(jìn)行了詳細(xì)的說明，本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解：其依然可以對前述各實(shí)施例所記載的技術(shù)方案進(jìn)行修改，或者對其中部分或者全部技術(shù)特征進(jìn)行等同替換；而這些修改或者替換，并不使相應(yīng)技術(shù)方案的本質(zhì)脫離本發(fā)明各實(shí)施例技術(shù)方案的范圍，其均應(yīng)涵蓋在本發(fā)明的權(quán)利要求和說明書的范圍當(dāng)中。