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一種用于檢測循環(huán)腫瘤DNA樣本基因融合的裝置的制作方法

文檔序號:12669619閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種用于檢測循環(huán)腫瘤DNA樣本基因融合的裝置,其包括以下模塊:

測序數(shù)據(jù)獲取模塊,用于獲取循環(huán)腫瘤DNA樣本的測序數(shù)據(jù);優(yōu)選地,所述測序數(shù)據(jù)是采用雙端測序方法獲得的測序數(shù)據(jù);

比對模塊:其與所述測序數(shù)據(jù)獲取模塊相連接,用于將獲取的測序數(shù)據(jù)與參考序列進(jìn)行比對,獲取比對結(jié)果,所述比對結(jié)果包括所述測序片段的軟剪切信息和成功比對信息;

再比對模塊:其與所述比對模塊相連接,用于將帶有軟剪切信息的測序片段與參考基因組再次比對,獲取再比對結(jié)果;

真實融合斷點判斷模塊:其與所述再比對模塊相連接,用于判斷所述測序片段的真實融合斷點;以及

輸出模塊:其與所述真實融合斷點判斷模塊相連接,用于輸出基因融合檢測結(jié)果。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的裝置,其特征在于,所述比對模塊利用bwa軟件,查找測序片段在參考序列中對應(yīng)的位置,獲取測序片段的軟剪切信息和成功比對信息并形成bam格式文件。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的裝置,其特征在于,所述再比對模塊包括下述子模塊:

長度過濾子模塊:其與所述比對模塊相連接,用于過濾去除含有軟剪切信息的測序片段中長度小于一定值的測序片段;

斷點判斷子模塊:其與所述長度過濾子模塊相連接,用于根據(jù)所述長度過濾子模塊的結(jié)果數(shù)據(jù),將測序片段中帶有軟剪切信息的部分與帶有正常比對信息的部分的結(jié)合處作為斷點;

區(qū)分子模塊:其與所述斷點判斷子模塊相連接,用于將所述帶有軟剪切信息的部分和所述帶有正常比對信息的部分在斷點處分開,并將這兩部分的序列信息分別保存至兩個文件中;

再比對子模塊:其與所述區(qū)分子模塊相連接,用于對所述分別保存了序列信息的兩個文件與參考序列再次進(jìn)行比對,獲取再比對結(jié)果;優(yōu)選地,所述再比對結(jié)果包括:每條測序片段的描述信息(qname)、序列信息(seq)、比對位置(POS)、比對質(zhì)量值(MAPQ)。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的裝置,其特征在于,所述再比對子模塊利用bwa軟件對所述兩個fastq文件再次進(jìn)行比對,并形成bam格式文件。

5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的裝置,其中,所述長度過濾子模塊過濾含有軟剪切信息的測序片段中長度小于15~25bp的測序片段。

6.根據(jù)權(quán)利要求3所述的裝置,其特征在于,所述區(qū)分子模塊將獲取的序列信息保存至fastq文件中。

7.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的裝置,其特征在于,所述真實融合斷點判斷模塊包括下述子模塊:

過濾子模塊:其與所述再比對子模塊相連接,用于過濾去除未成功比對的測序片段和低比對質(zhì)量值的測序片段;

斷點信息獲取子模塊:其與所述過濾子模塊相連接,用于查找具有相同片段描述信息的測序片段,并獲取斷點信息;

優(yōu)選地,斷點信息包括:

left/right_chr,斷點左/右側(cè)序列的染色體編號;

left/right_pos,斷點左/右側(cè)首個堿基的比對位置;

left/right_seq,斷點左/右側(cè)堿基的序列;

sup,斷點支持度,支持該斷點的測序片段的個數(shù)。

融合斷點篩選子模塊:其與所述斷點信息獲取子模塊相連接,用于在斷點信息中篩選融合斷點;

融合斷點初次合并子模塊:其與所述融合斷點篩選子模塊相連接,用于將具有相同斷點信息的融合斷點合并為一個真實融合斷點,并將具有相同斷點信息的融合斷點個數(shù)作為真實融合斷點的支持度,其中,相同的斷點信息是指left_chr、left_pos、right_chr和right_pos均相同;

融合斷點再次合并子模塊:其與所述斷點初次合并子模塊相連接,用于將left_chr和right_chr相同,right_pos或left_pos相差一定值以內(nèi)的融合斷點合并為一個真實融合斷點。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的裝置,其特征在于,所述融合斷點篩選子模塊包括如下元件:

斷點質(zhì)量過濾元件:用于過濾低質(zhì)量斷點,若存在斷點A,A的sup個數(shù)大于一定值(例如5)、且left_seq和right_seq中比對質(zhì)量值均大于一定值(例如30)、且錯配率均小于一定值(例如0.05),則該斷點A為融合斷點;以及

相同斷點合并元件:用于合并相同斷點,若存在斷點A和B,A中l(wèi)eft_chr等于B中right_chr,A中right_chr等于B中l(wèi)eft_chr,A中l(wèi)eft_pos等于B中right_pos,A中right_pos等于B中l(wèi)eft_pos,則將斷點A和B合并為一個融合斷點。

9.根據(jù)權(quán)利要求6所述的裝置,其中,所述融合斷點再次合并子模塊根據(jù)上述融合斷點信息,若存在融合斷點A中right_pos與融合斷點B中right_pos小于一定值(例如5)、且融合斷點A中l(wèi)eft_pos與融合斷點B中l(wèi)eft_pos小于一定值(例如5),則將此融合斷點A和B合并為一個真實融合斷點。

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