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一種基于云平臺中FPGA異構(gòu)加速基因計算方法與流程

文檔序號:12467303閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種基于云平臺中FPGA異構(gòu)加速基因計算方法,其特征是包括以下步驟:

步驟S1,算法分析,將基因計算區(qū)分為用計算機處理器計算慢部分和計算機處理器計算快部分;

步驟S2,根據(jù)步驟S1中算法分析結(jié)果,計算機處理器計算慢部分采用硬件加速,計算機處理器計算快部分采用軟件加速,進行軟硬件界面劃分;

步驟S3,根據(jù)步驟S2中分工,軟件加速部分通過云平臺實現(xiàn),硬件加速部分下載到云平臺提供的FPGA來實現(xiàn);

步驟S4,綜合異構(gòu)加速結(jié)果;

其中,

所述步驟S2中軟件加速部分編寫C語言軟件,硬件加速部分編寫Verilog語言硬件程序;

所述步驟S3中,將軟件加速部分和硬件加速部分分別優(yōu)化編譯成軟件可執(zhí)行程序和硬件FPGA可下載比特流文件,分別上傳云平臺的主控制器和FPGA加速單元中進行運算;云服務(wù)器和云端提供的FPGA之間使用CAPI接口進行兩邊的通信。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基于云平臺中FPGA異構(gòu)加速基因計算方法,其特征是所述步驟S4中,在本地客戶端查看運算結(jié)果等返回值。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的一種基于云平臺中FPGA異構(gòu)加速基因計算方法,其特征是所述步驟S3中,使用給定IBM的SDK開發(fā)需要的加速器,將編譯后得到的bin文件以zip格式壓縮生成zip壓縮包,在FPGA Maker Zone的Upload Accelerator界面中上傳該zip壓縮包;點擊 My Accelerator List,進入上傳的加速器的處理流程,等待所有步驟通過;所有步驟通過后加速器部署到云端,同時,使用該SDK編寫傳遞序列對應(yīng)的C程序;申請?zhí)摂M機,C程序編譯完成后將可執(zhí)行文件傳入到虛擬機中,在虛擬機上運行,讀取本地給出的基因序列文件,放入加速器中進行運算。

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