專利名稱：：用于選擇個(gè)體和設(shè)計(jì)育種程序的方法用于選擇個(gè)體和設(shè)計(jì)育種程序的方法發(fā)明領(lǐng)域目前公開的主題涉及用于改善植物育種程序的功效的方法。在一些實(shí)施方案中，植物育種程序旨在改變可與遺傳標(biāo)記建立關(guān)聯(lián)的表型性狀。可根據(jù)個(gè)體的標(biāo)記基因型和在遺傳標(biāo)記和表型性狀之間建立的關(guān)聯(lián)來計(jì)算個(gè)體的遺傳值。然后可根據(jù)個(gè)體的全基因組(genome-wide)遺傳值和這些遺傳值的分布兩者，為經(jīng)由評估中的交配方案衍生的潛在后代選擇個(gè)體和交配方案。目前公開的主題還涉及用于進(jìn)行所公開的方法的系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品以及由所公開的方法選擇的、提供的或產(chǎn)生的植物和由所公開的方法創(chuàng)建的轉(zhuǎn)基因植物。
背景技術(shù)：
：數(shù)個(gè)世紀(jì)以來一直采用選擇育種來改善或試圖改善植物中農(nóng)藝學(xué)和經(jīng)濟(jì)學(xué)方面感興趣的表型性狀，諸如產(chǎn)率，谷物油的百分比等。一般而言，選擇育種牽涉根據(jù)一種或多種感興趣的表型性狀來選擇個(gè)體以充當(dāng)下一世代的親本。然而，此類表型選擇通常由于可影響感興趣表型的非遺傳因素而變得復(fù)雜?？删哂写祟愋Ч姆沁z傳因素包括但不限于環(huán)境影響諸如土壤類型和性質(zhì)、降雨量、溫度范圍等。依賴于表型選擇的育種策略的另一個(gè)重要問題在于大多數(shù)感興趣的表型性狀受到超過一處遺傳基因座控制，每處這些遺傳基因座通?；蚨嗷蛏俚赜绊懡o定的性狀。例如，Beavis的美國專利No.6,399,855提示馴化的植物中的大多數(shù)經(jīng)濟(jì)學(xué)方面重要的表型性狀是所謂的數(shù)量性狀。一般而言，術(shù)語"數(shù)量性狀，，已經(jīng)被用于描述在表達(dá)方面展現(xiàn)出持續(xù)變異而且是據(jù)推測彼此相互作用和/或與環(huán)境相互作用的多處遺傳基因座的凈結(jié)果的表型。術(shù)語"復(fù)雜性狀"(complextrait)也已經(jīng)被廣泛用于描述沒有展現(xiàn)出經(jīng)典孟德爾遺傳的任何性狀，所述經(jīng)典孟德爾遺傳通常歸因于單一遺傳基因座(Lander和Schork，1994)。多因子遺傳樣式的后果之一是對促成此類性狀表達(dá)的基因座作圖可以8是非常困難的。然而，數(shù)套跨越基因組的多態(tài)性遺傳標(biāo)記(例如RFLP、SNP、SSR等)的開發(fā)已經(jīng)使調(diào)查Edwards等稱為"數(shù)量性狀基因座"(QTL;Edwards等，1987)的基因座、以及其數(shù)目、量值(magnitude)和分布成為可能。QTL包括在一定程度上控制質(zhì)量和數(shù)量表型性狀的基因，其在個(gè)體家族內(nèi)以及個(gè)體家族的種群內(nèi)可以是離散的或連續(xù)分布的。已經(jīng)開發(fā)了多種實(shí)^r方法來鑒定和分析QTL(參見例如美國專利No.5,385,835;5,492，547;及5,981，832)。一種此類方法牽涉雜交兩個(gè)近交系以產(chǎn)生F!單雜交雜種后代(singlecrosshybridprogeny)、自交該Fi雜種后代以產(chǎn)生分離的F2后代，測定多個(gè)標(biāo)記基因座的基因型、并在分離的后代中評估一種至數(shù)種數(shù)量表型性狀。然后根據(jù)分離的后代中基因型值和表型變異性之間的顯著性統(tǒng)計(jì)學(xué)關(guān)聯(lián)來鑒定QTL。F,代的親本系具有已知的連鎖相，后代中所有的分離基因座是提供信息的，而且標(biāo)記基因座和影響表型性狀的遺傳基因座之間的連鎖不平衡被最大化。然而，必須將相當(dāng)多的資源專用于測定大量雜種和/或近交后代的表型性能。由于僅對來自兩個(gè)親本的后代進(jìn)行研究，這種方法僅可檢測對于兩個(gè)親本為多態(tài)性的性狀基因座(例如QTL)。這套性狀基因座可能僅代表感興趣的育種種群(例如玉米、高梁、大豆、蕓苔等的育種種群)中分離的基因座的一小部分。通常，這些后代顯示僅一種或少量在所應(yīng)用的育種程序中感興趣的表型性狀的變異。這意味著可能必須形成分開的種群，針對標(biāo)記基因座進(jìn)行評分，并在重復(fù)的田間試驗(yàn)中種植，并針對感興趣的表型性狀進(jìn)行評分。另外，檢測QTL所使用的方法可產(chǎn)生鑒定出的QTL的有偏估計(jì)(參見例如Beavis，1994)。別的不精確性可在將QTL的鑒定推廣至育種種群內(nèi)在遺傳方面不同的親本的后代中引入。此外，許多性狀(若不是所有性狀)受環(huán)境因素影響，所述環(huán)境因素也可引入不精確性。的育種策略的新方法。目前公開的主題解決這種和其它需要。發(fā)明概述本概要列出目前公開的主題的數(shù)個(gè)實(shí)施方案，并且在許多情況中列出這些實(shí)施方案的變化形式和置換。本概要僅是眾多的且有變化的實(shí)施方案的例示。提及給定實(shí)施方案的一種或多種代表性特征也是例示性的。此類實(shí)施方案通?？膳c或不與所述特征一起存在；同樣，這些特征可應(yīng)用于目前公開的主題的其它實(shí)施方案，無論列于本概要與否。為了避免過度重復(fù)，本概要未列出或提示此類特征的所有可能組合。目前公開的主題提供用于計(jì)算一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布的方法。在一些實(shí)施方案中，目前公開的方法包括提供第一育種配偶體(partner)和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種(oneormore)遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記是與遺傳基因座連鎖的；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的(assigned);(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的(combinationofcalculatingandsimulating)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；和(c)為所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種所述基因型計(jì)算出現(xiàn)概率或頻率的分布(adistributionofaprobabilityorafrequencyofoccurrence)。目前公開的主題還提供用于計(jì)算遺傳值分布的方法。在一些實(shí)施方案中，目前公開的方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型就與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座連鎖的一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的；(H)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；和(iii)每種基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；和(c)為一種或多種所述基因型計(jì)算遺傳值分布。目前公開的主題還提供用于選擇用以產(chǎn)生具有想要的基因型的后代的育種對的方法。在一些實(shí)施方案中，目前公開的方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記是與遺傳基因座連鎖的；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)為所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種所述基因型計(jì)算出現(xiàn)概率或頻率的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述概率或頻率分布彼此進(jìn)行比較；和(f)根據(jù)所述比較步驟選擇育種對。在一些實(shí)施方案中，用于選擇用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代的育種對的目前公開的方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型就與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座連鎖的一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的；(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；和(iii)每種基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)計(jì)算與所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種基因型相關(guān)聯(lián)的遺傳值的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述遺傳值分布彼此進(jìn)行比較；和(f)根據(jù)所述比較步驟來選擇育種對。目前公開的主題還提供用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體的方法。在一些實(shí)施方案中，目前公開的方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記是與遺傳基因座連鎖的；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)為所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種所述基因型計(jì)算出現(xiàn)概率或頻率的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述概率或頻率分布彼此進(jìn)行比較；(f)根據(jù)該比較步驟選擇育種對；和(g)依照步驟(b)中所提出的計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合對育種對進(jìn)行育種以產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體。在一些實(shí)施方案中，用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體的目前公開的方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型就與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座連鎖的一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的；(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；和(iii)每種基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)計(jì)算與所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種基因型相關(guān)聯(lián)的遺傳值的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述遺傳值分布彼此進(jìn)行比較；(f)根據(jù)所述比較步驟來選擇育種對；和(g)依照步驟(b)中所提出的計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合對育種對進(jìn)行育種以產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體。在一些實(shí)施方案中，目前公開的方法進(jìn)一步包括產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)更遠(yuǎn)世代(furthergeneration)后代，其中每個(gè)更遠(yuǎn)世代后代通過一4侖或多輪計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述后繼世代或更后世代(latergeneration)的至少一個(gè)成員與選自下組的個(gè)體的育種來產(chǎn)生它本身、緊接在之前的世代(immediatelypriorgeneration)的成員、來自相同世代的另一個(gè)個(gè)體、來自在前世代(previousgeneration)的另一個(gè)個(gè)體、所述第一育種配偶體、所述第二育種配偶體、及其雙單倍體衍生物。在一些實(shí)施方案中，更遠(yuǎn)世代后代通過來自先前世代的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體的雜交、自交、雙單倍體衍生物世代或其組合的一個(gè)或多個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。在一些實(shí)施方案中，更遠(yuǎn)世代后代通過先前世代的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體的雜交、自交、雙單倍體衍生物世代或其組合的三個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。在一些實(shí)施方案中，更遠(yuǎn)世代后代通過來自先前世代的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體的雜交、自交、雙單倍體衍生物世代或其組合的四個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。在一些實(shí)施方案中，更遠(yuǎn)世代通過先前世代的一個(gè)或多個(gè)成員的自交的至少兩個(gè)、三個(gè)或四個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。在目前公開的方法的一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記選自下組單核苷酸多態(tài)性(SNP)、indel(即插入/刪除)、簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)、隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(RAPD)、切割擴(kuò)增多態(tài)序列(CAPS)標(biāo)記、多樣性陣列技術(shù)(DArT)標(biāo)記和擴(kuò)增片段長度多態(tài)性(AFLP)及其組合。在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記包括1種和10種之間的標(biāo)記。在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記包括超過10種的遺傳標(biāo)記。在目前公開的方法的一些實(shí)施方案中，計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的育種包括計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的一種或多種遺傳標(biāo)記中至少一種和與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的遺傳基因座之間的預(yù)期重組率。在目前公開的方法的一些實(shí)施方案中，表型性狀選自下組質(zhì)量性狀和數(shù)量性狀。在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記與與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的一種或多種數(shù)量性狀基因座連鎖。在一些實(shí)施方案中，與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的遺傳基因座編碼與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的基因產(chǎn)物。在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記中至少一種和與表型性狀表達(dá)有關(guān)的遺傳基因座之間的重組率是零。在目前公開的方法的一些實(shí)施方案中，育種配偶體是相同的個(gè)體。在目前公開的方法的一些實(shí)施方案中，每個(gè)計(jì)算的或模擬的育種包括對來自緊接在之前的世代的個(gè)體進(jìn)行自交。在目前公開的方法的一些實(shí)施方案中，育種對包含雄性基因型的集合、雌性基因型的集合(pool)、或雄性基因型的集合和雌性基因型的集合兩者。目前公開的主題還提供通過目前公開的方法所產(chǎn)生的個(gè)體。在一些實(shí)施方案中，如此產(chǎn)生的個(gè)體是植物。在一些實(shí)施方案中，目前公開的主題還提供來自通過目前公開的方法所產(chǎn)生的植物的細(xì)胞、種子和/或后代。因而，目前公開的主題的目標(biāo)是提供用于設(shè)計(jì)育種程序的新方法。通過目前公開的主題可完全或部分實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)及其它目標(biāo)。已經(jīng)在上文陳述目前公開的主題的一個(gè)目標(biāo)，其它目標(biāo)會(huì)隨著描述進(jìn)行而明顯，并如下文充分描述的。附圖筒述圖l顯示了例示性的通用計(jì)算平臺100,藉此可執(zhí)行目前公開的主題的方法和系統(tǒng)。13圖2是方法200的流程圖，用于執(zhí)行如本文所公開的用于計(jì)算一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布的方法。圖3是方法300的流程圖，用于執(zhí)行如本文所公開的用于計(jì)算遺傳值分布的方法。圖4是方法400的流程圖，用于執(zhí)行如本文所公開的用于選擇用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代的育種對的方法。圖5是方法500的流程圖，用于執(zhí)行如本文所公開的用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體的方法。圖6是描繪與參照材料相比基于標(biāo)記的選擇衍生的材料的農(nóng)藝學(xué)性能的圖表。圖6顯示了雜種的谷粒產(chǎn)率(以每公項(xiàng)的公擔(dān)計(jì))和收獲時(shí)的谷粒濕度，所述雜種產(chǎn)生自2種基于標(biāo)記的選擇衍生的品系MDL53和MDL54、雜交至4種測試者T41、T42、T51和T58上，并于2006年種4直于歐洲的5處位置。所顯示的結(jié)果是遍及5處位置的平均值。該圖還顯示了參照商品化雜種(稱為"對照"(check))的性能以及雜交至T41、T42和T51上的一個(gè)親本系BFP57的性能。對照雜種以白色方框表示?；跇?biāo)記的選擇衍生的雜種以黑色方框表示。顯示高谷粒產(chǎn)率和低的收獲時(shí)的谷粒濕度的雜種定位于圖6的左上角。圖表。圖7顯示了雜種的谷粒產(chǎn)率(以每公項(xiàng)的公擔(dān)計(jì))和收獲時(shí)的谷粒濕度，所述雜種產(chǎn)生自2種基于標(biāo)記的選擇衍生的品系MDL53和MDL54，雜交至兩種測試者T11和T15之上，并于2006年種植在歐洲的4處位置。所顯示的結(jié)果是遍及4處位置的平均值。該圖還顯示了參照商品化雜種(稱為"對照，，)的性能以及經(jīng)由常規(guī)育種衍生的實(shí)驗(yàn)雜種的性能。對照雜種以白色方框表示。基于標(biāo)記的選擇衍生的雜種以黑色方框表示。常規(guī)育種衍生的雜種以交叉表示。顯示高谷粒產(chǎn)率和低的收獲時(shí)的谷粒濕度的雜種定位于圖7的左上角。發(fā)明詳述目前公開的主題涉及實(shí)際上(理論上)推理出感興趣的后代(經(jīng)由自交、雜交或其組合的建模)和計(jì)算其出現(xiàn)概率及其全基因組遺傳值。在一些實(shí)施方案中，目前公開的主題可同時(shí)考慮到整個(gè)基因組，由此考慮連鎖不平衡，并導(dǎo)致實(shí)際預(yù)測。因而，目前公開的主題可提供比現(xiàn)有技術(shù)更有效的基于標(biāo)記和/或QTL的育種的開發(fā)。在一些實(shí)施方案中，目前公開的主題涉及選擇個(gè)體(例如植物)或個(gè)體組(例如對)，這基于其后代的遺傳值和遺傳特征，而不是基于其自己的遺傳值和遺傳特征進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，后代不是實(shí)際上推出和評估的，而是經(jīng)由分析計(jì)算(精確的或近似的)或模擬而僅"在理論上"推出的。根據(jù)這些"理論上的"遺傳值，后代可或不可經(jīng)由特定的育種方案(包括但不限于自交、雜交和其組合)在實(shí)際上推出(如想要的)。后代的遺傳值和特征依賴于其親本在減數(shù)分裂和受精作用后的遺傳特征。目前公開的主題涉及計(jì)算和/或模擬個(gè)體的遺傳特征如何經(jīng)過減數(shù)分裂和受精來創(chuàng)建新個(gè)體(后代)，并評估這些后代的全基因組遺傳值。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算和/或模擬可考慮遺傳標(biāo)記和它們之間的所有連鎖，以及遺傳標(biāo)記和表型性狀之間的關(guān)聯(lián)的特征。I.定義除非另有定義，本文中所使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語具有如目前公開的主題所屬的領(lǐng)域中普通技術(shù)人員通常理解的相同的含意。下列定義補(bǔ)充那些在本領(lǐng)域中的，并且涉及本申請而不會(huì)被輸入任何相關(guān)的或不相關(guān)的情況；例如，任何通常擁有的專利或申請。雖然與那些本文中所述的方法和材料類似的或等同的任何方法和材料可用于實(shí)施目前公開的主題的測試，但是本文中只描述了例示性的材料和方法。因而，本文中所使用的術(shù)語^l出于描述具體的實(shí)施方案的目的，而非意圖是限制性的。在用于本說明書和所附權(quán)利要求書時(shí)，除非上下文另有明確說明，單數(shù)形式"一個(gè)"、"一種"和"所述"包括復(fù)數(shù)稱謂。例如提及"宿主細(xì)胞"包括多種此類宿主細(xì)胞。如此，例如提及"蛋白質(zhì)"包括一個(gè)/種或多個(gè)/種蛋白質(zhì)，而提及"細(xì)胞，，包括細(xì)胞的混合物、組織等。在用于本文時(shí)，術(shù)語"等位基因"和"等位基因變體"指基因或遺傳標(biāo)記的一種或多種備選形式之任一種。在二倍體細(xì)胞或生物體中，給定基因(或標(biāo)記)的兩個(gè)等位基因通常占據(jù)同源染色體對上的相應(yīng)基因座。在用于本文時(shí)，術(shù)語"關(guān)聯(lián)"、"與相關(guān)聯(lián)的"及其語法變化形式指兩個(gè)或多個(gè)實(shí)體之間可確定的關(guān)系。根據(jù)實(shí)體的性質(zhì)和所述術(shù)語出現(xiàn)的上下文，所述關(guān)系可以是任何類型和范圍的。例如，基因型可與出現(xiàn)概率或出現(xiàn)頻率相關(guān)聯(lián)。這種用法指如下實(shí)情，即特定基因型的出現(xiàn)概率或頻率可根據(jù)與作為親本、同胞或后代的特定基因型有關(guān)的其它基因型的知識、測試、計(jì)算、模擬或任何其他操作來計(jì)算和/或以別的方式測定。特定基因型的出現(xiàn)概率或出現(xiàn)頻率可從其它基因型測定的事實(shí)意味著多種基因型之間有關(guān)聯(lián)(即關(guān)系)。類似地，每種基因型可與遺傳值相關(guān)聯(lián)。在一些實(shí)施方案中，在如下情況中基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)，即給構(gòu)成基因型的一種或多種等位基因分配遺傳值，并且針對構(gòu)成基因型的每種個(gè)體等位基因合計(jì)或以別的方式計(jì)算如此指定的遺傳值，以整體上達(dá)到基因型的遺傳值。雖然給每種等位基因指定的遺傳值可根據(jù)分配者認(rèn)為重要的任何標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行分配，但是一旦遺傳值分配至一種或多種等位基因，由這些等位基因的組合組成的給定基因型會(huì)具有基于如此指定的個(gè)體遺傳值的特定遺傳值。如此，基于對個(gè)體等位基因所采用的計(jì)算，基因型可認(rèn)為與遺傳值相關(guān)聯(lián)。遺傳基因座還可與表型性狀的表達(dá)相關(guān)聯(lián)。在此背景中，遺傳基因座理解成影響表型性狀的表達(dá)。換而言之，與表型性狀的表達(dá)相關(guān)聯(lián)的遺傳基因座是如下基因座(例如QTL)，其中可存在于該基因座處的多種等位基因影響表型的某一方面。類似地，遺傳標(biāo)記和表型性狀之間可存在關(guān)聯(lián)，特別在遺傳標(biāo)記的存在指明和/或預(yù)示存在自身與表型性狀的表達(dá)相關(guān)聯(lián)的等位基因時(shí)。在用于本文時(shí)，術(shù)語"育種"及其語法變化形式指產(chǎn)生后代個(gè)體的任何方法。育種可以是有性的或無性的或其任意組合。例示性的非限制性育種類型包括雜交、自交、雙單倍體衍生物世代及其組合。如本文中所公開的，不必進(jìn)行這些育種來產(chǎn)生物理后代，而可使用例如本文中所公開的預(yù)測計(jì)算和/或模擬來建模。在用于本文時(shí)，短語"二倍體個(gè)體"指具有兩組染色體(通常一套來自其兩個(gè)親本的每一方)的個(gè)體。然而，理解的是，在一些實(shí)施方案中，二倍體個(gè)體可從相同的單一生物體接受其"母本"和"父本"的染色體組，諸如在植物自交以產(chǎn)生植物后繼世代時(shí)。在用于本文時(shí)，短語"建立的育種種群"指育種程序(例如商品化的育的育種種群的成員在遺傳方面和/或表型方面通常是充分表征的。例如，數(shù)種感興趣的表型性狀可能已經(jīng)在例如不同環(huán)境條件下，多個(gè)位置和/或不同時(shí)間得到評估。或者/另外，與表型性狀的表達(dá)相關(guān)聯(lián)的一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座可能已經(jīng)得到鑒定，并且育種種群的一個(gè)或多個(gè)成員可能已經(jīng)相對于一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座以及與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座相關(guān)聯(lián)的一種或多種遺傳標(biāo)記確定了基因型。在用于本文時(shí)，術(shù)語"Fo"指用于產(chǎn)生本文中所提出的后繼世代的一個(gè)起始個(gè)體或多個(gè)個(gè)體(例如第一和第二育種配偶體)。注意到，在一些實(shí)施方案中，雖然Fo個(gè)體是近交個(gè)體，如此存在別的在遺傳方面相同的個(gè)體，但是情況不必如此。因此，在一些實(shí)施方案中，術(shù)語"Fo"是本文中用于指進(jìn)行育種或以其它方式將遺傳信息貢獻(xiàn)給后繼世代(例如F!、F2、F3、F^、Fn等)的一個(gè)個(gè)體或多個(gè)個(gè)體的相對術(shù)語。如此，在用于本文時(shí)，在一些實(shí)施方案中，F(xiàn)o可以指產(chǎn)生F!代的世代的個(gè)體，即使實(shí)際上在指定的Fo個(gè)體是其成員的世代之前有一個(gè)或多個(gè)世代。在用于本文時(shí)，術(shù)語"F,指第一子代，如本文所定義的在例如兩個(gè)Fo個(gè)體(例如第一和第二育種配偶體)之間或在兩個(gè)Fo近交系之間的育種的后代。還有可能通過Fo個(gè)體自交或通過農(nóng)牧業(yè)領(lǐng)域中已知的其它技術(shù)來產(chǎn)生Fi個(gè)體或世代。在用于本文時(shí)，術(shù)語"后生世代"(advancedgeneration)指從F！后代產(chǎn)生的第二及隨后的子代(例如F2、F3和更后的世代)，這通過自交或有性雜交(例如與其它Fi后代，與近交系等)實(shí)現(xiàn)。在用于本文時(shí)，術(shù)語"建立者"(founder)指包含可經(jīng)由種群(例如育種種群)系譜中建立者的后代追蹤的一種或多種等位基因(例如遺傳標(biāo)記等位基因)的近交或單交F,雜種。例如，在建立的育種種群中，建立者通常(但非必需)是最早形成的系。在用于本文時(shí)，術(shù)語"基因"廣泛用于指與生物學(xué)功能有關(guān)的4壬何核酸。基因通常包括編碼序列和/或表達(dá)此類編碼序列所需的調(diào)控序列。在用于本文時(shí)，短語"遺傳標(biāo)記"指與一個(gè)或多個(gè)感興趣的基因座有關(guān)的個(gè)體基因組的特征(例如個(gè)體的基因座中存在的核苷酸或多核苷酸序列)。在一些實(shí)施方案中，根據(jù)上下文，遺傳標(biāo)記在感興趣的種群中是多態(tài)性的，或者是由多態(tài)性占據(jù)的基因座。遺傳標(biāo)記包括例如單核苷酸多態(tài)性(SNP)、indel(即插入/刪除)、簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)、隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(RAPD)、切割擴(kuò)增多態(tài)序列(cleavedamplifiedpolymorphicsequence,CAPS)標(biāo)記、多樣性陣歹寸#支術(shù)(DiversityArraysTechnology,DArT)標(biāo)記和擴(kuò)增片段長度多態(tài)性(AFLP)等。例如，遺傳標(biāo)記可用于在染色體上定位包含促成表型性狀的表達(dá)變異性的等位基因的遺傳基因座。短語"遺傳標(biāo)記"還可指與基因組序列互補(bǔ)的多核苷酸序列，諸如作為探針使用的核酸序列。遺傳標(biāo)記可在物理上定位于染色體上與其相關(guān)聯(lián)的遺傳基因座之內(nèi)或之外的(即分別是基因內(nèi)的或基因外的)位置中。換而言之，雖然通常在與感興趣的基因座對應(yīng)的基因在染色體上的位置尚未獲得鑒定而且遺傳標(biāo)記和感興趣的基因座之間有非零的重組率時(shí)采用遺傳標(biāo)記，但是目前7>開的主題還可采用在物理上在遺傳基因座邊界內(nèi)的遺傳標(biāo)記(例如與基因?qū)?yīng)的基因組序列內(nèi)部的，諸如但不限于基因的內(nèi)含子或外顯子內(nèi)的多態(tài)性)。在目前公開的主題的一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記包含1種和10種之間的標(biāo)記，而在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記包含超過10種遺傳標(biāo)記。在用于本文時(shí)，術(shù)語"基因型"指細(xì)胞或生物體的遺傳組成。個(gè)體"針對一套遺傳標(biāo)記的基因型"包括個(gè)體中存在的針對一個(gè)或多個(gè)遺傳標(biāo)記基因座的特定等位基因。如本領(lǐng)域中所知的，基因型可與單一基因座或多個(gè)基因?qū)嵤┓桨钢?，個(gè)體的基因型與一種或多種如下基因有關(guān)，所述基因由于其中一種或多種基因涉及感興趣的表型(例如本文中所定義的數(shù)量性狀)的表達(dá)而相關(guān)。如此，在一些實(shí)施方案中，基因型包含個(gè)體內(nèi)存在的、在數(shù)量性狀的一處或多處遺傳基因座處的一種或多種等位基因的匯總。在一些實(shí)施方案中，基因型按照單元型(下文所定義的)表示。在用于本文時(shí)，術(shù)語"種質(zhì)"(germplasm)指種群或其它個(gè)體組(例如物種)的基因型的全體。術(shù)語"種質(zhì)"還可指植物材料；例如起多種等位基因的倉庫作用的植物組。短語"修改后的種質(zhì)"(adaptedgermplasm)指具有經(jīng)證實(shí)的遺傳優(yōu)勢的植物材料；例如，針對給定的環(huán)境或地理學(xué)區(qū)域，而短語"未修改的種質(zhì)"、"未加工的種質(zhì)"和"外來種質(zhì)"指具有未知的或未證實(shí)的遺傳值的植物材料；例如，針對給定的環(huán)境或地理學(xué)區(qū)域；因而，在一些實(shí)施方案中，短語"未修改的種質(zhì)"指不是建立的育種種群的一部分而且與建立的育種種群的成員沒有已知關(guān)系的植物材料。在用于本文時(shí)，術(shù)語"單元型"(haplotype)指個(gè)體從一方親本遺傳的一組等位基因。如此，二倍體個(gè)體具有兩份單元型。術(shù)語"單元型"可較狹義地使用，指物理上連鎖的和/或不連鎖的、與表型性狀相關(guān)聯(lián)的遺傳標(biāo)記(例如序列多態(tài)性)。短語"單元型組，，(haplotypeblock)(有時(shí)在文獻(xiàn)中也簡稱為單元型)指單一染色體(或其部分)上在物理上連鎖的兩種或多種遺傳標(biāo)記的組。通常，每組具有少許共同的單元型，并且可選擇獨(dú)特地鑒定每個(gè)這些單元型的遺傳標(biāo)記(即"單元型標(biāo)簽，，)的子組。短語"高通量篩選"指其形式容許篩選大量樣品的測定法。在一些實(shí)施方案中，短語"高通量篩選"指其形式容許篩選大量遺傳標(biāo)記(例如核酸序列)、大量基因型個(gè)體或集合、或兩者的測定法。在目前公開的主題的背景中，在一些實(shí)施方案中，短語"高通量篩選"指對大量作為個(gè)體或集合的基因型篩選個(gè)體基因型的核酸序列以鑒定遺傳標(biāo)記等位基因的存在。在用于本文時(shí)，術(shù)語"基因型的集合"指從數(shù)個(gè)雄性個(gè)體合并的雄性配子。此集合可用于使許多可自不同雌性個(gè)體衍生的雌性配子受精。若在不追蹤雌性親本起源的情況下將這些受精作用的后代收獲在一起，則后代的集合發(fā)生，對此特定的雄性親本或雌性親本是未知的。但是，已知的是，雄性親本是許多雄性親本(那些用于合并雄性配子的)之一，而其雌性親本是許多雌性親本(那些用合并的雄性配子受精的)之一。在用于本文時(shí)，術(shù)語"雜種"、"雜種才直物"和"雜種后代"指自遺傳方面不同的親本產(chǎn)生的個(gè)體(例如在遺傳方面雜合的或大部分雜合的個(gè)體)。若兩個(gè)個(gè)體在特定的基因組擁有相同的等位基因，則在等位基因遺傳自一個(gè)共同的祖先(即等位基因是相同親本等位基因的拷貝)時(shí)，等位基因稱為"譜系相同"?；蛘?，等位基因是"狀態(tài)相同"(即等位基因看上去相同，但是衍生自兩個(gè)不同的等位基因拷貝)。根據(jù)語系信息獲得的身份對于連鎖研究是有用的；根據(jù)譜系信息獲得的身份和根據(jù)狀態(tài)信息獲得的身份兩者可在關(guān)聯(lián)研究(諸如那些本文中所述的)中使用，雖然根據(jù)鐠系信息獲得的身份可以是特別有用的。在用于本文時(shí)，短語"近交系"指遺傳方面純合的或幾乎純合的種群。例如，近交系可經(jīng)由數(shù)輪兄/妹育種或自交衍生。在一些實(shí)施方案中，近交系對一種或多種感興趣的表型性狀準(zhǔn)確育種。"近交的"、"近交個(gè)體"或"近交后代"是從近交系取樣的個(gè)體。在用于本文時(shí)，術(shù)語"連鎖"及其語法變化形式指相同染色體上不同基因座處的等位基因趨于比在如下情況時(shí)更頻繁地一起分離，即在它們的傳遞19是獨(dú)立的時(shí)會(huì)預(yù)期偶爾發(fā)生的；在一些實(shí)施方案中，這是由于它們的物理接近。在用于本文時(shí)，短語"連鎖不平衡"(也稱為"等位基因關(guān)聯(lián)")指如下現(xiàn)象，其中兩處或多處基因座處的特定等位基因在從親本分離至后代時(shí)趨于以如下頻率在連鎖群中保持在一起，所述頻率大于從它們在給定的種群中的個(gè)體頻率中所預(yù)期的頻率。例如，在如下情況中遺傳標(biāo)記等位基因和QTL等位基因可顯示連鎖不平衡，即在它們以比那些從個(gè)體等位基因頻率預(yù)測的頻率更大的頻率一起發(fā)生時(shí)。有數(shù)個(gè)理由可發(fā)生連鎖不平衡，包括但不限于等位基因在染色體上很接近。在用于本文時(shí)，術(shù)語"基因座"指染色體上的位置(例如基因、遺傳標(biāo)記等的)。在用于本文時(shí)，短語"核酸"指可與核苦酸串對應(yīng)的任何單體單位物理串，包括核苷酸的聚合物(例如典型的DNA或RNA聚合物)、經(jīng)修飾的寡核苷酸(例如包含對生物學(xué)RNA或DNA不典型的堿基的寡核香酸，諸如2，-0-曱基化寡核苷酸)等。在一些實(shí)施方案中，核酸可以是單鏈的、雙鏈的、多鏈的或其組合。除非另有說明，在明確指明的任何序列之外，目前公開的主題的特定核酸序列還任選包含或編碼互補(bǔ)序列。在用于本文時(shí)，短語"表型性狀"指個(gè)體的性能或其它可檢測的特征，這源自其基因組與環(huán)境的相互作用。在用于本文時(shí)，術(shù)語"多個(gè)"指超過l個(gè)。如此，"多個(gè)個(gè)體"指至少兩個(gè)個(gè)體。在一些實(shí)施方案中，術(shù)語多個(gè)指超過全部的一半。例如，在一些實(shí)施方案中，"種群中的多個(gè)"指超過此種群中的半數(shù)成員。在用于本文時(shí)，術(shù)語"后代"指特定雜交的后代。通常，后代源自兩個(gè)個(gè)體的育種，雖然一些物種(特別是一些植物和雌雄同體動(dòng)物)可進(jìn)行自交(即相同的植物充當(dāng)雄性和雌性配子兩者的供體)。例如，后代可以是F^F2或任何后繼世代的。在用于本文時(shí)，短語"質(zhì)量性狀"指由展現(xiàn)出主要表型效應(yīng)的一種或幾種基因控制的表型性狀。因?yàn)檫@點(diǎn)，質(zhì)量性狀通常僅是遺傳的。植物中的例子包括但不限于花顏色、穗軸顏色和抗病性諸如北方玉米葉枯病抗性。在用于本文時(shí)，術(shù)語"分位點(diǎn)，，(quantile)指事件的想要百分比降至其下的、沿著概率或頻率曲線的點(diǎn)。例如，"50%分位點(diǎn)"對應(yīng)于概率或頻率曲20線上50%的事件降至其下的那點(diǎn)。類似地，"95%分位點(diǎn)"對應(yīng)于概率或頻率曲線上95%的事件降至其下的那點(diǎn)。在一些實(shí)施方案中，50%分位點(diǎn)或95%分位點(diǎn)涉及在遺傳值對使用目前公開的方法計(jì)算的、模擬的、或計(jì)算和模擬組合(combinationsofcalculatingandsimulating)的出現(xiàn)相克率或頻率的曲線圖上的如下點(diǎn)，其分別大于可通過計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合所產(chǎn)生的可能遺傳值的50%或95%。在一些實(shí)施方案中，50%分位點(diǎn)或95%分位點(diǎn)涉及對應(yīng)于在遺傳值對使用目前公開的方法計(jì)算的、^t擬的、或計(jì)算和^^擬組合的出現(xiàn)概率或頻率的曲線圖上的點(diǎn)的遺傳值，其分別大于可通過計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合所產(chǎn)生的可能遺傳值的50%或95%。在用于本文時(shí)，術(shù)語"分位點(diǎn)的組合"指平均數(shù)(Q95。/。+Q50。/。)/2、總數(shù)(Q95。/q+Q50%)、或基于這些分位點(diǎn)數(shù)值的任何其它數(shù)學(xué)運(yùn)算。在用于本文時(shí)，短語"數(shù)量性狀"指可用數(shù)字(即定量的或量化的)描述的表型性狀。數(shù)量性狀通常展現(xiàn)種群個(gè)體間的連續(xù)變異；即表型性狀的數(shù)值差異是略微的，并彼此逐漸互變。通常，數(shù)量表型性狀的種群中的頻率分布展現(xiàn)鐘形曲線(即展現(xiàn)兩個(gè)極值之間的正態(tài)分布)。數(shù)量性狀通常是與環(huán)境相互作用的遺傳基因座或彼此相互作用和/或與環(huán)境相互作用的多處遺傳基因座(QTL)的結(jié)果。數(shù)量性狀的例子包括植物高度和產(chǎn)率。在用于本文時(shí)，術(shù)語"數(shù)量性狀基因座"(QTL)和"標(biāo)記性狀關(guān)聯(lián)"指遺傳標(biāo)記和影響感興趣性狀的表型的染色體區(qū)和/或基因之間的關(guān)聯(lián)。通常，這在統(tǒng)計(jì)學(xué)上測定；例如，根據(jù)文獻(xiàn)中公布的一種或多種方法進(jìn)行。QTL可以是具有至少兩個(gè)區(qū)別影響表型性狀(或是數(shù)量性狀或是質(zhì)量性狀)表達(dá)的等位基因的染色體區(qū)和/或遺傳基因座。在用于本文時(shí)，短語"有性雜交的"和"有性生殖"在目前公開的主題的語境中指配子融合以產(chǎn)生后代(例如通過受精作用，諸如通過在植物中傳粉來產(chǎn)生種子)。在一些實(shí)施方案中，"有性雜交"或"異花受精"是由一個(gè)個(gè)體使另一個(gè)受精(例如植物中的異花傳粉)。在一些實(shí)施方案中，術(shù)語"自交"指通過自體受精或自花傳粉產(chǎn)生種子；即花粉和胚珠來自相同的植物。在用于本文時(shí)，短語"單交Ft雜種"指自兩個(gè)近交系間的雜交產(chǎn)生的F1雜種。在用于本文時(shí)，術(shù)語"測試者"指具有標(biāo)準(zhǔn)基因型、已知的特征和建立的性能的品系或個(gè)體。"測試親本"是有性雜交中作為親本使用的來自測試系的個(gè)體。通常，測試親本與與其雜交的個(gè)體不相關(guān)而且在遺傳方面不同于與其雜交的個(gè)體。測試者在與個(gè)體或近交系雜交以進(jìn)行表型評估時(shí)通常用于產(chǎn)生Fi后代。在用于本文時(shí)，短語"頂交組合"(topcrosscombination)指將單一測試系與多個(gè)品系雜交的方法。產(chǎn)生此類雜交的目的是確定雜種后代的表型性能；即通過測試者雜交評估多個(gè)品系中的每個(gè)在從該品系衍生的雜種后代中產(chǎn)生想要的表型的能力。在用于本文時(shí)，術(shù)語"轉(zhuǎn)基因的"指已經(jīng)通過在有性雜交或自交外的任何技術(shù)而在其中引入一個(gè)或多個(gè)外源多核香酸的細(xì)胞或個(gè)體?？蓪?shí)現(xiàn)這點(diǎn)的技術(shù)的例子是本領(lǐng)域中已知的。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)基因個(gè)體是轉(zhuǎn)基因植物，并且用于創(chuàng)建轉(zhuǎn)基因植物所采用的技術(shù)選自下組土壤桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化、生物射彈方法、電穿孔、&p/a"to技術(shù)等。轉(zhuǎn)基因個(gè)體還可從有性雜交產(chǎn)生或通過其中已經(jīng)引入外源多核苷酸的轉(zhuǎn)基因個(gè)體的自交而產(chǎn)生。II.用于計(jì)算一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布的方法在一些實(shí)施方案中，目前公開的主題提供用于計(jì)算一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布的方法。在一些實(shí)施方案中，該方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)第一育種配偶體和第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記與遺傳基因座連鎖；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；和(c)為所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種所述基因型計(jì)算出現(xiàn)概率或頻率的分布。本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的是，計(jì)算或模擬后代從親本的基因型開始，并導(dǎo)致后繼世代(progeny)的基因型。這些基因型的出現(xiàn)概率或頻率衍生自遺傳距離。本文中以基因型描述育種親本間雜交的后代。因?yàn)槊糠N基因型可與出現(xiàn)概率或頻率相關(guān)聯(lián)，可構(gòu)建此類統(tǒng)計(jì)學(xué)的分布。n.A.2、n.A.3和n.A.iv通過詳述所牽涉的三個(gè)連續(xù)步驟重組、分離和受精來顯示從育種親本計(jì)算后代的一種方式。在第21頁上部(國際公開文本第24頁底部)的公式顯示可自兩個(gè)育種親本間的雜交獲得的一種后代基因型的概率。實(shí)施例5提供了基因型和22遺傳距離如何用于計(jì)算后代分布的例子。在用于本文時(shí)，短語"計(jì)算一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布"指用于產(chǎn)生一種或多種如下基因型的出現(xiàn)概率和/或頻率的方法，所述基因型可在具有已知的或可預(yù)測的基因型的個(gè)體進(jìn)行自交，與具有已知的或可預(yù)測的基因型的另一個(gè)個(gè)體雜交時(shí)產(chǎn)生，或通過計(jì)算或^f莫擬來自在前世代(priorgeneration)(例如來自緊接在之前的世代)的個(gè)體的雙單倍體育種產(chǎn)生。在一些實(shí)施方案中，該短語指用于產(chǎn)生所有可能的基因型的出現(xiàn)概率和/或頻率的方法，所述基因型可在具有已知的或可預(yù)測的基因型的個(gè)體進(jìn)行自交，與具有已知的或可預(yù)測的基因型的另一個(gè)個(gè)體雜交時(shí)產(chǎn)生，或通過計(jì)算或模擬來自在前世代(例如來自即前世代)的個(gè)體的雙單倍體育種產(chǎn)生。如此，在一些實(shí)施方案中，該短語指測定可在自一種或多種已知的或可定每種此類基因型會(huì)預(yù)期出現(xiàn)的預(yù)期概率和/或頻率。在用于本文時(shí)，短語"已知的，，在關(guān)于一種或多種遺傳標(biāo)記的個(gè)體基因型的語境中指其中已經(jīng)為個(gè)體確定一種或多種遺傳標(biāo)記的存在或缺失和/或身份(identity)(例如已經(jīng)用實(shí)驗(yàn)方法測定或以其它方式測定)的基因型。短語"可預(yù)測的"在關(guān)于一種或多種遺傳標(biāo)記的個(gè)體基因型的語境中指其中可為個(gè)體計(jì)算或以其它方式預(yù)測一種或多種遺傳標(biāo)記的存在或缺失和/或身份(例如通過與其中已知基因型的一個(gè)或多個(gè)相關(guān)的個(gè)體(例如任何世代的祖先或后代)的比較實(shí)現(xiàn))的基因型。例如，在已知個(gè)體親本的基因型時(shí)，可能預(yù)測個(gè)體可具有的可能基因型，連同每種此類可能的基因型可出現(xiàn)的概率或頻率。因此，在個(gè)體基因型可根據(jù)一個(gè)或多個(gè)祖先和/或一個(gè)或多個(gè)后代的基因型測定時(shí)(其中祖先和后代的任一者或兩者是除去個(gè)體自身的l、2或更多世代)，關(guān)于一種或多種遺傳標(biāo)記的基因型視為可預(yù)測的。在目前公開的方法的一些實(shí)施方案中，每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的。在用于本文時(shí)，短語"遺傳距離"指遺傳標(biāo)記和與之相關(guān)聯(lián)的遺傳基因座之間的絕對或相對距離。在一些實(shí)施方案中，遺傳距離是物理距離，并且可以如下術(shù)語表示，諸如但不限于堿基、千堿基、百萬堿基等。在一些實(shí)施方案中，遺傳距離是相對距離，并且可以如下術(shù)語表示，諸如但不限于遺傳標(biāo)記和遺傳基因座之間的重組率?？捎糜诒硎净谥亟M率的遺傳距離的術(shù)語包括但不限于百分比重組及其相關(guān)術(shù)語厘摩(CM)。理解的是，重組以不同比率或頻率在不同物種中發(fā)生而且還在相同物種中的不同染色體的不同區(qū)域中發(fā)生，如此在不同背景中厘摩可指不同的絕對堿基數(shù)。在目前公開的方法中，遺傳標(biāo)記和遺傳基因座之間的遺傳距離可以是已知的或可以是指定的。若遺傳距離是"已知的"，則其已經(jīng)用實(shí)驗(yàn)方法進(jìn)行測定而獲得特定的數(shù)值。若遺傳距離可以是"指定的"(assigned),則其可能尚未用實(shí)驗(yàn)方法精確測定，但是可根據(jù)可能可獲得的無論何種信息來預(yù)測。在用于本文時(shí)，術(shù)語"第一育種配偶體"和"第二育種配偶體"指可提供雄性配子和雌性配子的任何個(gè)體。因而，在一些實(shí)施方案中，第一育種配偶體和第二育種配偶體可以是相同物種的不同成員。構(gòu)成育種配偶體、育種對和后代的個(gè)體可以是任何物種的。在一些實(shí)施方案中，每個(gè)育種配偶體是植物。可采用任何植物物種。在一些實(shí)施方案中，植物選自下組玉米、小麥、大麥、稻、糖甜菜(sugarbeet)、向日葵、冬季油菜(winteroilseedrape)、卡諾拉(canola)、番茄、胡椒、甜瓜、西瓜、嫩莖花椰菜(broccoli)、花椰菜、抱子甘藍(lán)(Brusselsprouts)、萵苣、菠菜、甘蔗、咖啡、可可(cocoa)、松樹(pine)、楊樹(poplar)、桉樹(eucalyptus)、蘋果樹和葡萄樹(grape)。在一些實(shí)施方案中，植物是玉米才直物。另外，構(gòu)成育種配偶體、育種對和后代的個(gè)體可以是近交的或遠(yuǎn)交的。在一些實(shí)施方案中，構(gòu)成育種配偶體、育種對和后代的個(gè)體是近交個(gè)體或者是一個(gè)或兩個(gè)近交個(gè)體的F!后代。在一些實(shí)施方案中，物種可通過自交進(jìn)行育種。因此，在這些實(shí)施方案中，第一和第二育種配偶體可以是相同的個(gè)體。在一些實(shí)施方案中，未來世代由在先世代的一個(gè)或多個(gè)成員自交的至少兩個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。在一些實(shí)施方案中，未來世代由在先世代的一個(gè)或多個(gè)成員自交的三個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。在一些實(shí)施方案中，未來世代由在先世代的一個(gè)或多個(gè)成員自交的四個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。在一些實(shí)施方案中，目前公開的方法采用先前世代的個(gè)體的雙單倍體衍生物。通過加倍來自雜合植物的一組染色體(1N)來產(chǎn)生個(gè)體的雙單倍體衍生物以產(chǎn)生完全純合個(gè)體。用于產(chǎn)生雙單倍體衍生物的方法是本領(lǐng)域中已知的(參見例如Wan等，1989;美國申請公開文本No.20030005479;美國專利No.7，135，615)。這可以是有益的，因?yàn)樵摲椒ㄊ÷宰噪s合來源獲得純合植物所需的自交世代。在目前公開的方法的一些實(shí)施方案中，(i)第一育種配偶體和第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記與遺傳基因座連鎖；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的。用于確定個(gè)體關(guān)于一種或多種遺傳基因座的基因型的方法是已知的，其是用于鑒定遺傳標(biāo)記和與該標(biāo)記連鎖的遺傳基因座之間的距離的方法。下文所公開的是如下策略，藉此可釆用這種信息來計(jì)算和/或預(yù)測后繼世代中一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布，其根據(jù)第一和第二育種配偶體間的模擬的和/或計(jì)算的育種及隨后其模擬的/或計(jì)算的后代實(shí)現(xiàn)。在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記選自下組單核苷酸多態(tài)性(SNP)、indel(即插入/刪除)、簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)、隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(RAPD)、切割擴(kuò)增多態(tài)序列(cleavedamplifiedpolymorphicsequence,CAPS)標(biāo)記、多樣性P車歹'J才支術(shù)(DiversityArraysTechnology,DArT)標(biāo)記、擴(kuò)增片段長度多態(tài)性(AFLP)及其組合。在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記包含1個(gè)和10個(gè)之間的標(biāo)記，而在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記包含超過IO個(gè)遺傳標(biāo)記。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算、模擬、或計(jì)算和模擬組合的育種包括計(jì)算、模擬、或計(jì)算和模擬組合的一種或多種遺傳標(biāo)記中的至少一種和與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的遺傳基因座之間的預(yù)期重組率。下文提出用于計(jì)算、模擬、或計(jì)算和模擬組合的一種或多種遺傳標(biāo)記中的至少一種和與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的遺傳基因座之間的預(yù)期重組率的代表性方法。在一些實(shí)施方案中，表型性狀是數(shù)量性狀，并且在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記與一種或多種與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的數(shù)量性狀基因座連鎖。在一些實(shí)施方案中，與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的遺傳基因座編碼與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的基因產(chǎn)物。在一些實(shí)施方案中，一種或多種遺傳標(biāo)記中的至少一種和與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的遺傳基因座之間的重組率是零。目前公開的方法采用計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的第一育種配偶體和第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代。在用于本文時(shí)，短語"后繼世代"指由計(jì)算的、模擬的、或計(jì)算和模擬組合的第一育種配偶體和第二育種配偶體的育種引起的一個(gè)或多個(gè)后代的世代。如此，若任意地將第一和第二育種配偶體分配為Fo世代，則"后繼世代"的成員是Frfr代。這會(huì)與"更遠(yuǎn)世代"形成對比，其在目前公開的主題的背景中指"后繼世代"之后的任何世代。換而言之，可將第一和第二育種配偶體分配為Fo代，然后其通過計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的育種來進(jìn)行育種以產(chǎn)生本文中稱為"后繼世代"的Fi代，F(xiàn)t代個(gè)體可任選育種一個(gè)或多個(gè)額外的世代以產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)"更遠(yuǎn)世代"(即F2、F3、F4、Fs...Fn世代)。存在有本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的、如何可進(jìn)行育種的此類計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合的許多方式。例如，對育種的計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合進(jìn)行處理的一種方式是通過使用合適的軟件。許多軟件程序確實(shí)存在，并且對本領(lǐng)域技術(shù)人員是已知的，這些軟件程序計(jì)算或模擬來自雜交的后代，包4舌^f旦不限于QTLCartographer(NorthCarolinaStateUniversity,Raleigh,USA)、PLABSIM(UniversityofHohenheim，USA)等。計(jì)算或模擬通常自育種親本的基因型、遺傳標(biāo)記之間的遺傳距離和遺傳標(biāo)記和連鎖的遺傳基因座之間的遺傳距離運(yùn)行。n.A.用于計(jì)算概率或頻率分布的代表性方法假設(shè)采用后繼世代和任選地任何數(shù)目的更遠(yuǎn)世代是在目前公開的主題的范圍之內(nèi)的，并進(jìn)一步假設(shè)計(jì)算的和/或模擬的育種可包括來自任何這些世代的個(gè)體以及其衍生物(例如雙單倍體衍生物)的任意組合的育種，則可以有許多如下的潛在基因型，其可存在于后繼世代和更遠(yuǎn)世代的成員中。在一些實(shí)施方案中，目前公開的方法包括計(jì)算可計(jì)算的一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布。因此，在一些實(shí)施方案中，目前公開的主題提供了涉及計(jì)算和/或預(yù)測一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布的方法。在一些實(shí)施方案中，一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布涉及基于親本基因型(即第一育種配偶體和第二育種配偶體，它們在一些實(shí)施方案中是相同的個(gè)體，諸如在植物自交時(shí))的知識的、后代個(gè)體中的一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布。II.A.l.—般而言可考慮基因型，并給該基因型分配符號^[G、左下方的指數(shù)(index)指世代，左上方的指數(shù)指親本類型(w:1,2),而右下方的指數(shù)分別指上方的和下方的單元型指數(shù)。這種基因型描述為兩個(gè)染色體的配對用丄基因座假設(shè)染色體，并且染色體以向量lg〉表示，其中L分量選取(O，U上的二進(jìn)制值。符號o表示兩個(gè)染色體的有序的(從頂部至底部)配對算符?？紤]到所有這點(diǎn)，基因型,—;時(shí)和,n.可寫為』#w，4GW容〉,。^k》其中w和w，是產(chǎn)生這些配子的親本的指數(shù)；它們以關(guān)系w+w^3相聯(lián)系。然后通過每次寫入關(guān)聯(lián)的概率密度來考慮重組、分離、然后是受精的步驟。II.A.2.重組,一』gL指定對基因型,—，[Gl的重組操作后獲得的基因型。那么事件概率是丄ViV,'=i片i其中文字尸r{jc|_v}表示適應(yīng)于(conditioned)事件jc的事件y的出現(xiàn)概率。上文的求和在整個(gè)遺傳空間上實(shí)施；即7Vx7V-2(xy個(gè)狀態(tài)。事實(shí)上，考慮到r/，"和(7，0對的遺傳等同，不同狀態(tài)的數(shù)目降低至2，+112II.A.3.分離具有基因型廠紅L分離過程的配子二lg〉的生成概率的表達(dá)式是:H》〉H過M》ri1r沐'「"-'一2為了表示條件概率，選擇的是分離限于解除上方的單元型。這種分離選擇在數(shù)學(xué)上以如下表達(dá)式解釋踏一ko,=1-...../=Ft"K"g)其中函數(shù)FJx〉-lx〉。)如下定義這種選擇與接受基因型的染色體互換(interverting)的重組操作完全一致。對于具有l(wèi)/2出現(xiàn)可能性的此交換，它要的只是容許基因座O和J之間的重27踏一X組以l/2概率發(fā)生。將此條件概率表達(dá)式加入概率PrL:|^〉}產(chǎn)生表達(dá)式這表示配子邊緣出現(xiàn)概率；此結(jié)果可延伸至有序的并列':Ig合成概率在容入.的附=7、II.A.4.受精最后，可確定從受精創(chuàng)建基因型，[G]"，,二會(huì)在約束w+w，=rr裝配配子二lg〉"和二'k〉,,率等于在g〉《。,—ik〉、，的概率。受精因此，基因型,[GL的構(gòu)建概g〉v}F{w，+-其中因子l/2表示給定的排序(根據(jù)親本的類型)的概率'如上文所提出，概率P丄》LO〉」形成為G在使用總概率定理，事件二[5L和二[6L的概率可形成為下面的和:<formula>formulaseeoriginaldocumentpage28</formula>考慮到重組事件的獨(dú)立性，可將條件概率因式分解為k及<formula>formulaseeoriginaldocumentpage28</formula>現(xiàn)在所有的要素可用于從親本基因型二[Gl,，(其中》^=_/,2)的集合為基因型,[GL的生成概率建立表達(dá)式。因此表達(dá)式是II.B.用于編碼基因型信息的代表性方法先前的表達(dá)式顯示，通過兩個(gè)指數(shù)做出選擇以進(jìn)行表示。事實(shí)上，基因型可以通過關(guān)于上方的和下方的染色體的指數(shù)進(jìn)行描述。然而，重組模擬同時(shí)牽涉兩個(gè)染色體，并且為了描述對狀態(tài)(couplestate)可使用較緊湊的編碼。下一節(jié)的目的是描述這些編碼模式以及從一種到另一種的轉(zhuǎn)變。II.B.l.各種編碼才莫式如上文所提出，基因型[(4.是兩個(gè)染色體的有序并列l(wèi)g〉，o|g〉y，按照慣例上方的是第一個(gè)，下方的是第二個(gè)。因?yàn)榫幋a要求它們分開考慮，必須能夠區(qū)分它們。因此，g〉標(biāo)明上方的單元型，而l》標(biāo)明下方的單元型。II,B丄a.通過具有二進(jìn)制元素的兩個(gè)向量進(jìn)行的編碼在具有￡個(gè)基因座的構(gòu)形中，每個(gè)lg〉向量是丄{0,7}二進(jìn)制值的序列。因此，基因型的編碼是這種類型的兩個(gè)向量的并列。II.B.l.b.通過兩個(gè)整數(shù)值進(jìn)行的編碼上文的二進(jìn)制編碼可編碼A^^個(gè)可能的狀態(tài)。等同的、但因?yàn)楦o湊而更易于處理的表示法是WA"-i)域中的兩個(gè)整數(shù)的表示法，所述(^VV-2)域可通過加上單位值而在^W定義域中變換。若定義編碼向量l&、，則其/分量等于對應(yīng)于單元型l^的二進(jìn)制編碼的整數(shù)卜C,wjg〉,j是標(biāo)積的結(jié)果麵〉+1II.B.l.c.通過具有4-才莫態(tài)元素(Four-modalitvElements)的唯一向量進(jìn)行的編碼II.B丄c丄.具有相位的狀態(tài)的編碼可定義將兩個(gè)向量的并列減少至單一向量|6〉的編碼算符(^，其被應(yīng)用于基因型。通過如下運(yùn)算獲得此向量，其概括基因型狀態(tài)而不損失信息"、'、，-、、/一，'-、--'，、、、'(0，1)和(l,0)雜合狀態(tài)的4-模態(tài)編碼。本文公開了用于選擇這種編碼的方法。II.B.l.c.ii.實(shí)-驗(yàn)狀態(tài)的編碼編碼算符(^p對等位基因相位不敏感，并且產(chǎn)生3-才莫態(tài)編碼以區(qū)分類型(O，O)和(1,1)純合狀態(tài)與雜合狀態(tài)。其使用如下運(yùn)算來產(chǎn)生向量If〉《"間}=1旦〉可定義算符f以使得紀(jì),=<^，并容許轉(zhuǎn)變II.B.2.選擇碼可以將所有的自由度用于選擇碼。在一些實(shí)施方案中，采用實(shí)驗(yàn)編碼期間忽視(pass)具有相位的碼的簡單性。如下表型構(gòu)型aflJ爿可表示為等效于如下二進(jìn)制編碼其也可用如下向量編碼tf+2-7+2從如下關(guān)系獲得此編碼e/=+#/-#/+2》/#/,其中上文所列的^和》分別是上方的和下方的單元型的等位基因狀態(tài)編碼向量。若以如下關(guān)系得知基因型編碼，則上方的和下方的染色體編碼也可重新恢復(fù)《,=7,h—jj向?qū)嶒?yàn)編碼的轉(zhuǎn)變是不重要的，因?yàn)樗闹皇蔷哂邢辔坏木幋a的絕對值:此實(shí)驗(yàn)編碼可簡單地經(jīng)由下式與單元型編碼聯(lián)系起來H〉,〉+l《II.C.用于重組模擬的代表性方法ii.C.1.重組和相關(guān)的相無率定義長t的向量l力，其中元素是含有依照如下模式的重組信息的二進(jìn)制值CT/=l—基因座(7-7)和/之間的重組，a,=0—沒有重組。另一方面，還可獲得的是向量l"，其中元素/v是基因座(7-"和/之間的重組概率。向量lcr〉的每個(gè)構(gòu)形對應(yīng)于概率〉的構(gòu)形，概率〉的表達(dá)式是(Ateachconfigurationofvector|cr〉correspondsaconfigurationofprobability;r!?！祑hichexpressionis):<formula>formulaseeoriginaldocumentpage31</formula>在一些實(shí)施方案中，給模型中的重組方法分配的角色之一是在釋放配子之前的染色體次序混合。為此，在一些實(shí)施方案中。=丄。通過采用據(jù)此重組過2程包括第一基因座前的重組可能性(具有l(wèi)/2概率)的原則，可將l個(gè)自由度添加至系統(tǒng)。這導(dǎo)致概率值的對稱，同時(shí)還產(chǎn)生可能的事件|^〉和|5^。因此，以指數(shù)p〈6|^〉+1和&〈6|5^+1標(biāo)識的重組會(huì)是相同的。在注意到s+f二jV+l時(shí)，這種對稱可和ii舌為<formula>formulaseeoriginaldocumentpage31</formula>ii.C.2.狀態(tài)變化的描述定義依照如下積累規(guī)程從向量lo)構(gòu)建的第二向量lo"":若和玄,是偶數(shù)，則《=0;v'=lc，若和s是奇數(shù)，則=1?；蜃?的值7對應(yīng)于此基因座水平的等位基因翻轉(zhuǎn)(alleleflip),而值0指未改變的情形，基因座(7-"和/之間的重組的偶數(shù)對基因座構(gòu)型不產(chǎn)生影響。用于從向量l^〉推導(dǎo)向量lcr〉的代表性方式是使用遞推公式<formula>formulaseeoriginaldocumentpage31</formula>ii.d.與后代有關(guān)的出現(xiàn)概率的代表性的詳細(xì)表達(dá)式n.D.i.狀態(tài)變化和有關(guān)的^f既率關(guān)于從所有的重組事件確定概率其自構(gòu)形lgHg^起終止于構(gòu)形lg〉」g、。首先，考慮使轉(zhuǎn)換變成可能所需要的條件。其次，考慮實(shí)現(xiàn)此轉(zhuǎn)換的重組事件以及建立有關(guān)的概率的表達(dá)式的表示。II.D.l.a.(i,i)5(u,v)變換的條件可確定如下條件，其中過程或重組容許從",》狀態(tài)至，v)狀態(tài)的轉(zhuǎn)變。這些條件可通過相繼使用先前所定義的三種類型的碼來建立。II.D.l.a.i.二進(jìn)制編碼描述重組作用的關(guān)系(但針對每個(gè)基因座)可表達(dá)為在起始基因座/純合(tei-teJ/)的情況中，在一些實(shí)施方案中，滿足如下等式『1I*w.l私_L—.麥！，'，《I這導(dǎo)致g丄一a因此，對于兩個(gè)基因型，純合基因座的等位基因狀態(tài)必須是相同的?！兜闹凳菬o關(guān)緊要的。在起始基因座/雜合(i^],'-&P的情況中，可從不同狀態(tài)的絕對值獲得分量<:&二容z總之，在一些實(shí)施方案中，用于實(shí)現(xiàn)變換的必要且充分條件是如下條件，即同源基因座必須是純合的且相同的，或雜合的。若定義這些基因型中的每一個(gè)的&元素的雜合特征(heterozygoussignature)向量Wtf=k〉,'-k〉及5=/-/,元素的其互補(bǔ)的|巧<和|"^向量，則約束可以下式表示32若在轉(zhuǎn)換可行時(shí)定義由值l編碼的濾波(filtering)函數(shù)/:,反之定義由值0編碼的濾波函數(shù)/〖，則這些約束可以如下表達(dá)式概括II.D.l.a.ii.用單一向量進(jìn)4亍的編碼使用碼K，在一些實(shí)施方案中，通過重組進(jìn)行的可行轉(zhuǎn)換《》々r"，K)的必要且充分條件是6因此，在此表示體系中，濾波函數(shù)等于:II.D.l.a.iii.用兩個(gè)指數(shù)進(jìn)行的編碼在一些實(shí)施方案中，上文建立的/"^濾波函數(shù)表達(dá)式可用于推導(dǎo)可行轉(zhuǎn)換的必要且充分條件的集合。通過首先考慮第一因子，即施加相同雜合特征的尸l/^—l/^j，可定義源自與此標(biāo)志對應(yīng)的二進(jìn)制碼的指數(shù)。若W是此指數(shù)；則其以下式計(jì)算^丄闊+l。因此，第一條件以下式表達(dá)然后，考慮第二因子，即施加純合基因座的恒等式(identity)的g〉,,—k〉,'lL與每個(gè)單元型的純合部分對應(yīng)的整數(shù)可以是相同的。另一方面，若通過重組保留與每個(gè)單元型的雜合部分對應(yīng)的兩個(gè)整數(shù)的和，重組操作保留指數(shù)的和。因此，第二條件可表達(dá)為w+v=/+_/。這才羊，濾波函lt可表達(dá)為33<formula>formulaseeoriginaldocumentpage34</formula>II.D.l.b.重組類型(recombinationclasses)的相無念因?yàn)闉V波函數(shù)(諸如剛定義的)的目的是保留與重組相容的對，所以可推導(dǎo)出重組類型的概念。這樣的類型可定義為基因型的集合，其中此集合中的每個(gè)基因型(V)可經(jīng)由重組操作而與此相同集合的任何其它的基因型聯(lián)系在一起。依照剛建立的濾波函數(shù)的表達(dá)式，可通過指凄1^和15=/+7'="+"來確定類型。至于每種類型中存在的個(gè)體，它們可經(jīng)由這兩個(gè)指數(shù)之一來分配，兩者的和是已知的。對于^雜合基因座和對于雜合指IW的值，有2^"種類型，而在每個(gè)類型中，有2"種不同的有階基因型(2"-'種不同的基因型)。認(rèn)識到，有Cf"種方式獲得此長度的雜合標(biāo)志，因此對于4雜合基因座有Cf-"2^"種家族。因此，共有￡￡〃."一^=(1+2/=^￡fc=0￡fc=(A,〃Z—丄&j/種重組類型。此數(shù)目的類型對應(yīng)于每個(gè)基因座的三種不同狀態(tài)^=0，7，2,這導(dǎo)致基因座I的數(shù)目3^。這意味著，若不考慮雜合基因座的相位，則相同類型的所有基因型是相同的。若我們定義基本向量[4=3"，則這三種可能的狀態(tài)容許可以用基數(shù)3編碼將類型確定為目標(biāo)。然后可以計(jì)算該類型的唯一定位指數(shù)c:<formula>formulaseeoriginaldocumentpage34</formula>若以d標(biāo)明提供該類型的指數(shù)c的算符:則濾波函數(shù)可寫為II.D.l.c.計(jì)算重組概率如上文所提出的，無關(guān)緊要地，《值(其指出或不指出基因座/處的等位基因變化)可以是0或/,若此基因座是純合的話。因此，重組概率計(jì)算可實(shí)施每處純合基因座處的兩個(gè)概率《=0和<=/的求和。對于丄A雜合基因座，因此會(huì)有2^"項(xiàng)要求和，這可表示計(jì)算次數(shù)的重要用途?？紤]由于純合基因座的存在而引入的簡并的另一種方式是使基因型簡化為僅雜合基因座，計(jì)算等價(jià)重組系數(shù)，然后計(jì)算重組概率。因此，求和以隱式方式發(fā)生。基因型的簡化很容易發(fā)生具有針對每個(gè)基因座處的積累距離的向量l力，簡化在于取消與純合基因座對應(yīng)的分量rf/。然后，可通過反轉(zhuǎn)霍爾丹氏(Haldane，s)映射函數(shù)來獲得系數(shù)或重組的值然后，通過使用上文提出的表達(dá)式來進(jìn)行概率計(jì)算。II.D.2.對與后代相關(guān)聯(lián)的概率的代表性解釋這節(jié)介紹第II節(jié)中建立的后代概率rf^的通式中重組(7,力—r",W的概率戶"^的表達(dá)式。假設(shè)《附/f)'=尸r'可書寫解的通式,2iViVJV/ViVIVfPm，二"jEEEEEEEP"鵬巧-n=i/n=Jrt=J/=JfJ=2/'=1?？蓵鴮懽鳛槌朔e的轉(zhuǎn)換概率其中/"W(/是上文所定義的濾波函數(shù)。通過將它們加入通式中，獲得更緊湊的表達(dá)式。為了說明用于通過濾波函數(shù)中含有的約束來簡化求和的機(jī)制，舉概率尸"w(/為例P謂巧=F附)_HF+;-"—附}?？赏ㄟ^施加恒等式附=/+7'-"來消去關(guān)于數(shù)》1的求和；關(guān)于此指數(shù)的求和寫為<formula>formulaseeoriginaldocumentpage36</formula>因子尸{/+_/>"}具有如下意義通過擴(kuò)大函數(shù)F定義，當(dāng)并且僅當(dāng)條件/+_/>被證實(shí)時(shí)，此因子是非空值的，并且等于一個(gè)單位(unit)。此因子來自通過關(guān)于始于該單位值的此指數(shù)的求和而隱式施加的約束附>0。此約束包含于施加相同雜合標(biāo)志的約束中。給定IA〉，即兩對共有的雜合標(biāo)志向量，則可從如下運(yùn)算推導(dǎo)出所述指數(shù)''=丄〈％》+2"〈％"〉+、因此，前兩個(gè)指數(shù)的和可表示為而第三個(gè)指數(shù)可寫為"二"豐〉.k"〉+丄H巧.k〉+J最后，通過減去+=￡〈,&〉'|g,'+g/—^〉+￡〈》,〉.kf〉+、現(xiàn)在這個(gè)差的最小值干預(yù)如下構(gòu)形，其中所有的純合基因座值是空值的；而且其中同時(shí)最終基因型的所有雜合基因座是這樣的以使得上方的等位基因等于單元元素(unity)?？梢酝╚t兩個(gè)恒等式來轉(zhuǎn)化次構(gòu)形6W.《f+容J',"在這種極端的情形中，指數(shù)的和等于/+_/-=7。因此，條件/+_/>"包括在條件好，/+=好",》中；因此，其明確的表達(dá)式構(gòu)成可^L消去的冗余。關(guān)于指lt附的求和限于產(chǎn)生表達(dá)式36j"'=j/=jj'=i/=i形II.D.3.向兩種受精構(gòu)形的應(yīng)用為了定制為每個(gè)問題構(gòu)形建立的結(jié)果的表達(dá)式，可區(qū)分兩種類型的構(gòu)異體受精自體受精I(xiàn)LD.3.a.異體受精親本的獨(dú)立性容許它們共同發(fā)生的概率被寫為它們出現(xiàn)的乘積W二問zt:[^'hM二Hh仁間《因此因此，通式寫為其可在下文提供的因式分解后的形式下排列，其中每個(gè)因子表示產(chǎn)生由給定的親本所提供的配體的概率〃+乂一"河f—jP,;/，'=2iViVILD.3.b.自體受精從表達(dá)式M二H及二[^'卜W二[a和以下式描述親本的恒等式=問》,vr，37產(chǎn)生如下等式=f-f{/-/}另外，證實(shí)親本的恒定式性質(zhì)沐一一"'—。通過結(jié)果的通式中加入此結(jié)果，獲得如下等式,凡、,二EIX及("，'.+卜")-開(")R問-一在f,雜種自體受精的具體情形中，證實(shí)如下性質(zhì)首先，親本1和2是相同的；其次，不同的轉(zhuǎn)變對應(yīng)于每個(gè)重組狀態(tài)。這帶來如下性質(zhì)通過結(jié)果的通式中加入這些性質(zhì)，確定i、(、、'+』-M;/iVs,'<'JV+i_')./W。ih.用于計(jì)算遺傳值分布的方法目前公開的主題還提供用于計(jì)算遺傳值分布的方法。在一些實(shí)施方案中，目前公開的主題提供用于計(jì)算遺傳值分布的方法。在一些實(shí)施方案中，該方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每一個(gè)的基因型對于與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座連鎖的一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的；(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；和(iii)每種基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)；(b)對所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種進(jìn)行計(jì)算、模擬、或者計(jì)算和模擬的組合以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；和(c)為一種或多種所述基因型計(jì)算遺傳值分布。在用于本文時(shí)，短語"遺傳值"指給基因座上的特定等位基因指定的值?；蛘撸陶Z"遺傳值"可指給基因型和/或單元型指定的值。在一些實(shí)施方案中，通過將一個(gè)或多個(gè)個(gè)體遺傳值加在一起來計(jì)算基因型和/或單元型的遺傳38值，所述一個(gè)或多個(gè)個(gè)體遺傳值已經(jīng)分配給那些構(gòu)成基因型和/或單元型的等位基因。在一些實(shí)施方案中，每個(gè)基因座上的每個(gè)等位基因的遺傳值在等位基因在后代中是想要的時(shí)被分配值l(-l)，在等位基因在后代中是不想要的時(shí)被分配值(指定值)-1，并且在等位基因在后代中既不是想要的也不是不想要的時(shí)被分配值0。在這些實(shí)施方案中，每個(gè)個(gè)體在給定的遺傳基因座上可能具有的總的遺傳值將選自-2、-1、0、l和2。在目前公開的主題的一些實(shí)施方案中，根據(jù)對于在后代個(gè)體中存在給定等位基因的愿望的定性評估來分配每處基因座處的等位基因的遺傳值。在這些實(shí)施方案中，遺傳值可具有任何值(例如正值、負(fù)值或零)，包括整數(shù)、分?jǐn)?shù)值、十進(jìn)制值(例如具有l(wèi)個(gè)、2個(gè)、3個(gè)、4個(gè)或更多小數(shù)位的數(shù)字)等。這些數(shù)值可以任何方式分配，并可考慮例如等位基因具有的、對定量性狀的表達(dá)的貢獻(xiàn)度。在一些實(shí)施方案中，通過檢查具有已知基因型的個(gè)體用實(shí)驗(yàn)方法確定貢獻(xiàn)度。植物以一組基因型表示，每種基因型受到出現(xiàn)概率測量影響。迄今，考慮了包括所有標(biāo)記基因座和QTL的基因型。此基因型記錄為G，而其特定狀態(tài)記錄為Gij。此后，每種基因座類型會(huì)被區(qū)別開。該組標(biāo)記基因座可以被記錄為E，而該組QTL將^皮記錄為U。假設(shè)②是給予特定植林的名稱，假i^P/^是與基因型C^相關(guān)聯(lián)的出現(xiàn)概率。概率的表達(dá)式可以被記錄為尸《嚴(yán)。為了避免指數(shù)相乘，可假設(shè)的是實(shí)驗(yàn)植物②來自階(0)的類屬植物；因此，從表征類屬植物的概率A中導(dǎo)出(deducted)概率尸/;。假設(shè)戶『iV((^,則尸/^/M(^IE^也是正確的。這種關(guān)系指明記號(marking)將一致性條件從整體的基因型導(dǎo)入標(biāo)記基因座處測量的基因型。為了建立此條件概率的表達(dá)式，可采用貝葉斯氏(Bayes，)定理在實(shí)現(xiàn)條件概率^{五1^}時(shí)可完全確定評估中的概率。若五"V五"v,則此概率會(huì)是空值，反之，會(huì)等于單位元素。再次使用函數(shù)F,此概率可寫為/^"!}=^{五廣盧}39這樣，得出表達(dá)式:m.A.后代指數(shù)分布的計(jì)算在一些實(shí)施方案中，可如下文所提出的那樣計(jì)算與植物雜交和/或自體受精相關(guān)聯(lián)的指數(shù)分布。iii.b.加性指數(shù)的定義可通過計(jì)算如下加權(quán)和來定義簡單指數(shù)盧;，其中QTL的子集插入f種QTL的集合之中這也可在標(biāo)積形式下書寫:/W二〈"(r)Ig〉其中向量I2〉是所有QTL的狀態(tài)的向量，即元素Ov的向量，其如下定義gv=7對于構(gòu)形JJo(7,"gv=0對于構(gòu)形Jao(7，C^gv=0對于構(gòu)形av4。^v=-7對于構(gòu)形""《AW考慮元素"的這種定義，指數(shù)值可以不依賴于基因座處的相位。因此，相同類型的所有基因型會(huì)具有相同的指數(shù)值。因而，若i^是干預(yù)指凄t/力的評估的QTL的數(shù)目，則最多3^)個(gè)不同的指數(shù)值可以存在。如下定義向量l"("〉若I寸)〉定義為干預(yù)指數(shù)計(jì)算的k種QTL的位置標(biāo)志向量，其中所述指數(shù)計(jì)算的分量的這樣的若具有系數(shù)v的基因座對指數(shù)(力值有貢獻(xiàn)，則[&丄=1;若具有系數(shù)v的基因座對指數(shù)(力值沒有貢獻(xiàn)，則[\丄=0，則可定義系數(shù)的向量W、長yl^和元素若具有系數(shù)v的基因座對指數(shù)(力值有貢獻(xiàn)，則40W。k若具有系數(shù)V的基因座對指數(shù)(力值沒有貢獻(xiàn)，則^'也可定義由組合的簡單指數(shù)構(gòu)成的復(fù)合指數(shù)a:(,)這也可寫為其中已經(jīng)定義了分量的向量l":。若定義維度(K,nind)和元素~=0;"的矩陣^，則系數(shù)Wv的向量可表達(dá)為〉=〉。因此，在考慮修改后的系數(shù)的計(jì)算時(shí)復(fù)合指數(shù)的計(jì)算與簡單指數(shù)的計(jì)算相同?？娠@示此類指數(shù)的相加性。出于此目的，可通過以唯一向量再次查看基因型表示來改寫指數(shù)定義。因此，給定Kv,與基因型r",v)相關(guān)聯(lián)的向量；給定(given)l一L,QTL基因型；并給定Kl/,,,.,相關(guān)聯(lián)的實(shí)驗(yàn)基因型。考慮到指數(shù)定義和通過單一向量進(jìn)行的編碼的性質(zhì)，指數(shù)值可表示為二(w，若另一方面，調(diào)用關(guān)系指數(shù)可如下改寫產(chǎn)+w、二w--)+(M，二因此，每種單元型可表達(dá)為攜帶指數(shù)值，其可以如下定義:*孓而且這些值的和產(chǎn)生基因型的指數(shù)值:依照植物配子的指數(shù)分布，這種相加性可有利而廣泛地用于選擇;fet物，因此41避免在指數(shù)值和的分布方面具有小值的后代模擬。in.c.其它指數(shù)定義由于基于非線性函數(shù)的確定，可在沒有相加性的條件下考慮許多其它的定義。具體地，可考慮其中出現(xiàn)"最大"(maximum)函數(shù)的顯性構(gòu)形。其分布的評估方法不利用相加性來進(jìn)行指數(shù)計(jì)算，以便保持其一般性狀。其是從完整的植林評估的，因此被與指數(shù)值和所牽涉的配子的指數(shù)值之間的關(guān)系無關(guān)地評估III.D.表達(dá)指數(shù)分布上文，為了突出指數(shù)相加性，經(jīng)由單元型指數(shù)來分離指數(shù)值。現(xiàn)在，對于建立特定指數(shù)lW中牽涉的KW種QTL,會(huì)有至多一"個(gè)不同指數(shù)值即至多多達(dá)重組類型的數(shù)目。因此，與實(shí)驗(yàn)植物(《)相關(guān)聯(lián)的標(biāo)準(zhǔn)分布lW可表達(dá)為其中^t卜f是指數(shù)值的數(shù)目，其中KW是干預(yù)指數(shù)lW計(jì)算的QTL的數(shù)目，其中I，是與類型c系數(shù)相關(guān)聯(lián)的指數(shù)值，并且其中q。是相關(guān)聯(lián)的概率。為了獲得概率qc，可考慮兩個(gè)步驟。第一步牽涉對不參與特定指數(shù)計(jì)算的所有基因型狀態(tài)的求和。這種求和呈現(xiàn)重要性，因?yàn)槠浜喕?-)，即值4L的有階狀態(tài)的數(shù)目。其通過保留基因型的起始大小，但通過任意地將純合狀態(tài)e^O加于不牽涉的基因型(非牽涉的標(biāo)記和QTL)來實(shí)現(xiàn)。若以f和^指明實(shí)現(xiàn)新指數(shù)的計(jì)算行為的算符其中N二2L。第二步旨在產(chǎn)生與相位狀態(tài)結(jié)合的種群。根據(jù)定義，這達(dá)到屬于相同類型的復(fù)合個(gè)體作為類型c的各個(gè)指數(shù)的(k!山)，(k2,12),…，(、人。)，所述類型c包括它們的mc;然后該類型的各種基因型的指數(shù)是諸如c^d/,)"^^);;^^，/加)因而，求和的編碼是則可書寫求和運(yùn)算:fff斗-42因而，從概率乂5)進(jìn)行的指數(shù)分布計(jì)算需要運(yùn)算:_A{/(7)|€}=gg，{/(7)—/"}iv.選擇用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代的育種對的方法種對的方法。在一些實(shí)施方案中，該方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記與遺傳基因座連鎖；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；(b)模擬或計(jì)算和模擬組合的對所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種進(jìn)行計(jì)算、模擬、或者計(jì)算和模擬的組合以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)為所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種所述基因型計(jì)算出現(xiàn)概率或頻率的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一潛在育種配偶體和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述概率或頻率分布彼此進(jìn)行比較；和(f)根據(jù)所述比較步驟選擇育種對。在一些實(shí)施方案中，目前公開的用于選擇用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代的育種對的方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每一個(gè)的基因型對于與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座相關(guān)的一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的；可J是指定的；和(:)每種基因型與遺傳i相;聯(lián);日(b)才莫擬或計(jì)算和模擬;且合的對所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種進(jìn)行計(jì)算、模擬、或計(jì)算和模擬的組合以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)計(jì)算與所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種基因型相關(guān)聯(lián)的遺傳值的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一潛在育種配偶體和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對在步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述遺傳值分布彼此進(jìn)行比較；和(f)根據(jù)所述比較步驟來選擇育種對。另外，在一些實(shí)施方案中，目前公開的方法進(jìn)一步包括產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)更遠(yuǎn)世代后代，其中每個(gè)更遠(yuǎn)世代后代通過對后繼世代(subsequentgeneration)或更后世代的至少一個(gè)成員的育種的一輪或多輪計(jì)算、模擬或者計(jì)算和模擬的組合來產(chǎn)生，其中，從下面的組中選擇個(gè)體，所述組由它本身、緊接在之前的世代的成員、來自相同世代的另一個(gè)個(gè)體、來自在前世代的另一個(gè)個(gè)體、所述第一育種配偶體、所述第二育種配偶體、及其雙單倍體衍生物組成。還可計(jì)算任何此類更遠(yuǎn)世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種基因型的出現(xiàn)概率和/或頻率的分布和/或與任何更遠(yuǎn)世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種基因型相關(guān)聯(lián)的遺傳值的分布，并進(jìn)行比較。如此，在一些實(shí)施方案中，目前公開的方法考慮到育種對的選擇，這根據(jù)后繼世代中的和/或任何更遠(yuǎn)世代的一種或多種基因型的出現(xiàn)^f既率或頻率分布中的一種或多種的育種對的選擇可包括任何認(rèn)為相關(guān)的標(biāo)準(zhǔn)，并且可包括但不限于產(chǎn)生含有具有想要的最小遺傳值的基因型的個(gè)體所需的世代數(shù)目、可通過增加世代數(shù)目將遺傳值增加到的程度、和考慮產(chǎn)生想要的基因型的概率和/或頻率連同想要的基因型的遺傳值兩者的判斷。理解的是，目前公開的主題不限于導(dǎo)致育種配偶體的選擇的比較步驟中的任何單一的標(biāo)準(zhǔn)。在一些實(shí)施方案中，用于選擇育種對的例示性方法是通過模擬減數(shù)分裂(配子的產(chǎn)生)和受精(配子的結(jié)合)來推測地模擬后代頻率或指數(shù)分布。減數(shù)分裂可視為沿著給定的染色體隨機(jī)或非隨機(jī)發(fā)生的一系列重組事件，同時(shí)同源染色體分入配子組中。然后后代基因型GEN源自分別具有基因型GEH1和GEH2的兩組配子染色體的結(jié)合，這經(jīng)由受精實(shí)現(xiàn)。由于每種系列的重組事件可引起展示不同等位基因構(gòu)型的不同配子，存在有許多可能的后代基因型，每種具有相關(guān)的出現(xiàn)頻率或概率。所有的后代基因型，及其相關(guān)的出現(xiàn)頻率或概率可以頻率或概率分布表示。舉例而言，代表性的基因型可以是二倍體，具有兩個(gè)等位基因"a，，和44"A"。在一些實(shí)施方案中，也可使用a-O和A-l,用數(shù)字編碼等位基因。在此例子中，具有多至4種可能的在個(gè)體的每個(gè)基因座上的"定相的"("phased")基因型(GEN):aa、aA、Aa和AA,其中基因型中的第一個(gè)字母指由導(dǎo)致個(gè)體的育種的第一育種配偶體(GEH1)貢獻(xiàn)的等位基因，而第二個(gè)字母指由相同育種的第二育種配偶體(GEH2)貢獻(xiàn)的等位基因。"定相的"基因型是考慮到等位基因的親本起源的基因型。"非定相的"基因型不考慮等位基因的親本起源。因而，在每個(gè)基因座上有多至3種可能的"非定相的"基因型aa、aA(其等同于Aa)和AA。由于在給定的基因座上可以有比非定相基因型更多的定相基因型，數(shù)種定相的基因型可對應(yīng)于一種非定相的基因型(雜合基因座)。在考慮數(shù)個(gè)基因座時(shí)，一個(gè)個(gè)體可以由超過l種的定相的、多基因座基因型表示，每種基因型稱為樣品基因型?？墒褂美鏰a:0、Aa=l、aA=2和AA:3來用數(shù)字對定相的基因型進(jìn)行編碼?？墒褂美鏰a=0、aA=1和AA=2來用數(shù)字對非定相的基因型進(jìn)行編碼?？煽闯?，用于定相的基因型的數(shù)字碼遵照如下規(guī)則GEN=GEH1+2xGEH2在一些實(shí)施方案中，實(shí)驗(yàn)基因型是非定相的。為了模擬后代基因型，首先必須模擬在非定相的(實(shí)驗(yàn)的)基因型之下的定相基因型的頻率分布。在一些實(shí)施方案中，這可通過模擬個(gè)體的減數(shù)分裂和受精來實(shí)現(xiàn)。產(chǎn)生與實(shí)驗(yàn)基因型相容的定相基因型。作為額外的例子，在一些實(shí)施方案中，對于任何個(gè)體，可以有nsl2種樣品基因型。第一育種配偶體的樣品基因型可存儲(chǔ)在長度N(N是連鎖群的大小，以標(biāo)記基因座的數(shù)目表示)xnsl2(樣品基因型的數(shù)目)的向量pal中。每個(gè)pal向量可以是相繼存儲(chǔ)的N個(gè)值的一系列nsl2個(gè)亞組，每個(gè)亞組包含一種樣品基因型的值。第二育種配偶體的樣品基因型也可存儲(chǔ)在向量pal中，其具有與第一育種配偶體的屬性相同的屬性。在一些實(shí)施方案中，模擬減數(shù)分裂可包括模擬同源染色體之間的重組(即交換)。重組可視為在同源染色體上"步行"("walking，，)和從一個(gè)跳躍("jumping")至另一個(gè)或反之亦然。在一些實(shí)施方案中，同源染色體可被限定為一個(gè)在"頂部"而另一個(gè)在"底部"。指示變量swl和sw2可被限定成指明45在"頂部"或"底部"染色體上的"步行"。在一些實(shí)施方案中，這些指示變量可采用下列值隱1若在"頂部"染色體上"步行，，-2若在"底部"染色體上"步行"-swl是第一育種配偶體的指示變量而sw2是第二育種配偶體的指示變量。在一些實(shí)施方案中，模擬減數(shù)分裂中的第一步是從第一育種配偶體的nsl2種樣品中挑選隨機(jī)的樣品基因型。為了這樣做，可使用例如標(biāo)準(zhǔn)化的均勻分布來產(chǎn)生隨機(jī)數(shù)(例如"iran")。然后可挑選向量pal中位置iran處的樣品基因型?？蓱?yīng)用相同的規(guī)程來挑選第二育種配偶體的樣品基因型。在一些實(shí)施方案中，模擬的初始條件可設(shè)置為在標(biāo)記基因座nn=l處和"頂部"染色體(swl=l,sw2=l)上開始。可從標(biāo)準(zhǔn)化的均勻分布對"測試"重組距離r/進(jìn)行采樣。若此測試重組距離小于標(biāo)記基因座皿和1111+l之間的已知重組距離nij(這里r/〈rlj，其中rlj是標(biāo)記基因座l和標(biāo)記基因座2之間的已知重組距離)，則指示變量swl的數(shù)值從1變化至2(或從2至1——這里從1至2)。在遺傳方面，這指明已經(jīng)在標(biāo)記基因座皿和1111+1(這里是1和2)之間發(fā)生重組，從一個(gè)同源染色體"跳躍"至另一個(gè)同源染色體(這里是"頂部"染色體至"底部"染色體)。若"測試，，重組距離大于已知的重組距離rrij，則指示變量swl保持不變。在遺傳方面，這指明在標(biāo)記基因座皿和皿+1(這里是1和2)之間沒有發(fā)生重組，在同一同源染色體(這里是"頂部"染色體)上不斷"步行"。可為第二育種配偶體實(shí)施相同的步驟?？山?jīng)由如下步驟推理出自第一育種配偶體(具有基因型GEH1)創(chuàng)建的配子(相同的步驟可適用于創(chuàng)建來自具有基因型GEH2的第二育種配偶體的配子):-若第一育種配偶體樣品基因型在標(biāo)記基因座處是純合的，則swl的值可認(rèn)為不相關(guān)的，因?yàn)?頂部"和"底部"等位基因是相同的。若第一育種配偶體在此標(biāo)記基因座處的基因型是類型"aa"的，則GEH1=0。若第一育種配偶體在此標(biāo)記基因座處的基因型是類型"AA"的，則GEH1=1。-若第一育種配偶體樣品基因型在標(biāo)記基因座處是雜合的，swl的值確定GEH1。若在此標(biāo)記基因座處的"頂部"等位基因是類型"a"的而"底部，，等位基因是類型"A"的，并且swl-l,則GEHl-O。若swl-2，則GEH1=1。若在此標(biāo)記等位基因處的"頂部"等位基因是類型"A，，的而"底部"等位基因是類型"a"的，并且swl=1,則GEH1=1。若swl=2，則GEH1二0。一旦已經(jīng)創(chuàng)建了來自第一和第二育種配偶體(具有基因型GEH1和GEH2)的配子，后代基因型GEN可以下式定義GEN=GEH1+2xGEH2在標(biāo)記基因座皿=l處的此樣品基因型(定相的基因型)可與個(gè)體的實(shí)驗(yàn)標(biāo)記基因型(非定相的基因型)進(jìn)行比較。若樣品基因型與實(shí)驗(yàn)基因型一致，則將樣品基因型添加至"輸出"向量，其包含預(yù)先確定的目標(biāo)數(shù)目的樣品基因型。該輸出向量大小是Nxns(ns是樣品基因型的預(yù)先確定的目標(biāo)數(shù)目)。N個(gè)標(biāo)記基因座中的每個(gè)可以相同方式處理，開始于如下步驟，其中在移動(dòng)至隨后的標(biāo)記基因座時(shí)對"測試"重組距離rf進(jìn)行采樣。然后可將這些步驟重復(fù)ns次以獲得ns個(gè)樣品基因型。若對于中間標(biāo)記基因座nn=k，樣品基因型與實(shí)驗(yàn)標(biāo)記基因型不一致，則放棄從1111=l至nn二k的全部樣品基因型，并在減數(shù)分裂模擬剛開始時(shí)重新啟動(dòng)該過程即從第一育種配偶體的nsl2種樣品中挑選隨機(jī)樣品基因型，然而是第二育種配偶體。模擬未來后代。用于模擬未來后代的過程可以是基本上相同的，只是沒有樣品基因型和實(shí)驗(yàn)基因型之間的比較，因?yàn)閷τ谖磥砗蟠豢色@得實(shí)驗(yàn)基因型。還有，在一些實(shí)施方案中，起始樣品基因型不是隨機(jī)選擇的，而是使用上文創(chuàng)建的樣品基因型?？墒褂糜蒄isch等，1996提出的矩陣，自樣品基因型計(jì)算QTL基因型。然后可使用經(jīng)濟(jì)指數(shù)，根據(jù)QTL基因型計(jì)算遺傳值，諸如其中々'是性狀t的權(quán)重(經(jīng)濟(jì)價(jià)值)，'是性狀t的QTLq上的有利等位基因的效應(yīng)(通常是QTL的加性值)，^是性狀t的QTLq上的基因型i的出現(xiàn)概率，而'是性狀t的QTLq上的QTL基因型i的選擇值。V.用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體的方法法。在一些實(shí)施方案中，該方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記與遺傳基因座連鎖；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所迷第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)為所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種所述基因型計(jì)算出現(xiàn)概率或頻率的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述概率或頻率分布彼此進(jìn)行比較；(f)根據(jù)所述比較步驟選擇育種對；和(g)依照步驟(b)中所提出的計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合對育種對進(jìn)行育種以產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體。在一些實(shí)施方案中，目前公開的用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體的方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每一個(gè)的基因型就與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座連鎖的一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的；(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；和(iii)每種基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)計(jì)算與所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種基因型有關(guān)的遺傳值的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述遺傳值分布彼此進(jìn)行比較；(f)根據(jù)所述比較步驟來選擇育種對；和(g)依照步驟(b)中所提出的計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合對育種對進(jìn)行育種以產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體。因而，目前公開的方法設(shè)計(jì)用于通過進(jìn)行一系列育種步驟來產(chǎn)生想要的后代個(gè)體本身，所述一系列育種步驟通過目前公開的主題的方法進(jìn)行建模，并經(jīng)由目前公開的方法而采用育種配偶體。如此，短語"根據(jù)步驟(b)中所提出的計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合來對育種對進(jìn)行育種"指實(shí)際上進(jìn)行目48前公開的方法指明會(huì)導(dǎo)致產(chǎn)生想要的后代個(gè)體的一系列育種步驟。因?yàn)槟壳肮_的方法考慮到在每個(gè)育種階段鑒定應(yīng)當(dāng)被用于產(chǎn)生下一世代的后代的因型測試世代成員，在考慮目前公開的主題之后，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員將能夠進(jìn)行這些育種，并鑒定合適的基因型。vi.方法、系統(tǒng)和計(jì)算初4呈序產(chǎn)品目前公開的主題還提供了可在本文所公開的一般方法中采用的方法、系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。在一些實(shí)施方案中，目前公開的主題的方法可以用硬件、固件、軟件或其任意組合實(shí)現(xiàn)。在一些實(shí)施方案中，用于計(jì)算一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布、用于計(jì)算遺傳值分布、用于選擇育種對以產(chǎn)生具有想要的基因型的后代、和/或用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體的方法和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)可至少部分地作為在計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)中包含的計(jì)算機(jī)可讀指令和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)實(shí)現(xiàn)。參照圖l,用于實(shí)現(xiàn)目前公開的主題的例示性系統(tǒng)包括常規(guī)個(gè)人計(jì)算機(jī)100形式的通用計(jì)算裝置，包括處理單元101、系統(tǒng)存儲(chǔ)器102和系統(tǒng)總線(bus)103，該系統(tǒng)總線103將包括系統(tǒng)存儲(chǔ)器的各種系統(tǒng)組件耦接至處理單元101。系統(tǒng)總線103可以是包括存儲(chǔ)器總線或存儲(chǔ)器控制器、外圍總線、以及使用多種總線架構(gòu)中的任一種的局部總線的數(shù)種類型的總線結(jié)構(gòu)中的任一種。系統(tǒng)存儲(chǔ)器包括只讀存儲(chǔ)器(ROM)104和隨機(jī)存取存儲(chǔ)器(RAM)105?；据斎?輸出系統(tǒng)(BIOS)106存儲(chǔ)于ROM104中，該基本輸入/輸出系統(tǒng)(BIOS)106包含有助于例如在啟動(dòng)期間在個(gè)人計(jì)算機(jī)100內(nèi)的元件之間傳送信息的基本例程。個(gè)人計(jì)算機(jī)100進(jìn)一步包括用于從硬盤讀取和寫入硬盤的硬盤驅(qū)動(dòng)器107(未顯示)、用于從可移動(dòng)磁盤109讀取或?qū)懭肟梢苿?dòng)磁盤109的磁盤驅(qū)動(dòng)器108、和用于從可移動(dòng)光盤111讀取或?qū)懭肟梢苿?dòng)光盤111的光盤驅(qū)動(dòng)器IIO，所述可移動(dòng)光盤lll例如為CDROM或其它光學(xué)介質(zhì)。硬盤驅(qū)動(dòng)器107、磁盤驅(qū)動(dòng)器108和光盤驅(qū)動(dòng)器110分別通過硬盤驅(qū)動(dòng)器接口112、磁盤驅(qū)動(dòng)器接口113和光盤驅(qū)動(dòng)器接口114與系統(tǒng)總線103相連。驅(qū)動(dòng)器及其關(guān)聯(lián)的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)提供計(jì)算機(jī)可讀指令、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、程序模塊、和用于個(gè)人計(jì)算機(jī)100的其它數(shù)據(jù)的非易失性存儲(chǔ)。雖然本文所述例示性環(huán)境采用硬盤、可移動(dòng)的^f茲盤109和可移動(dòng)的光盤111，但是本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)理解的是，還可在例示性操作環(huán)境中使用可存儲(chǔ)能夠由計(jì)算機(jī)訪問的數(shù)據(jù)的其它類型的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，例如》茲帶盒(magneticcassette)、閃存卡、數(shù)字視頻盤、伯努里盒式磁帶(Bernoullicartridge),隨機(jī)存取存儲(chǔ)器、只讀存儲(chǔ)器等。許多程序才莫塊可存儲(chǔ)在硬盤、》茲盤109、光盤lll、ROM104或RAM105上，包括操作系統(tǒng)115、一種或多種應(yīng)用程序116、其它程序模塊117和程序數(shù)據(jù)118。用戶可經(jīng)由輸入裝置諸如鍵盤120和指示裝置122將命令和信息輸入個(gè)人計(jì)算機(jī)IOO。其它輸入裝置(未顯示)可包括麥克風(fēng)、觸摸板、操縱桿、游戲手柄(gamepad)、圓盤式衛(wèi)星天線(satellitedish)、掃描儀等。這些和其它輸入裝置常常經(jīng)由耦接到系統(tǒng)總線的串行端口接口126而連接至處理單元101,但可通過其它接口，諸如并行端口、游戲端口(gameport)或通用串行總線(USB)連接。監(jiān)視器127或其它類型的顯示裝置也經(jīng)由諸如視頻適配器128的接口而連接至系統(tǒng)總線103。除了監(jiān)示器之外，個(gè)人計(jì)算機(jī)通常包括其它外圍輸出設(shè)備(未顯示)，諸如揚(yáng)聲器和打印機(jī)。對于目前公開的主題，用戶可使用所述輸入裝置之一來輸入如下數(shù)據(jù)，該數(shù)據(jù)指明經(jīng)由監(jiān)示器127呈現(xiàn)給用戶的供選方案之間的用戶偏愛。使用到一臺或多臺遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)(諸如遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)129)的邏輯連接，個(gè)人計(jì)算機(jī)100可在聯(lián)網(wǎng)的環(huán)境中運(yùn)行。遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)129可以是另一臺個(gè)人計(jì)算機(jī)、服務(wù)器、路由器、網(wǎng)絡(luò)PC、對等裝置或其它公共的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)，而且通常包括上文關(guān)于個(gè)人計(jì)算機(jī)100所述的元件中的許多或所有元件，雖然在圖1中僅顯示了存儲(chǔ)器存儲(chǔ)裝置130。圖1中所描繪的邏輯連接包括局域網(wǎng)絡(luò)(LAN)131、廣域網(wǎng)絡(luò)(WAN)132和系統(tǒng)區(qū)域網(wǎng)絡(luò)(SAN)133。局域和廣域聯(lián)網(wǎng)環(huán)境在辦公室、企業(yè)范圍的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)、內(nèi)聯(lián)網(wǎng)和因特網(wǎng)中是普通的。使用系統(tǒng)區(qū)域聯(lián)網(wǎng)環(huán)境來使分布式計(jì)算系統(tǒng)(諸如群集)內(nèi)的節(jié)點(diǎn)相互連接。例如，在圖示的實(shí)施方案中，個(gè)人計(jì)算機(jī)100可包含群集中的第一節(jié)點(diǎn)，而遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)129可包含群集中的第二節(jié)點(diǎn)。在此環(huán)境中，優(yōu)選的是，個(gè)人計(jì)算機(jī)100和遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)129在共同的管理域之下。因此，雖然計(jì)算機(jī)129被標(biāo)明"遠(yuǎn)程的"，但是計(jì)算機(jī)129可在物理上極其接近個(gè)人計(jì)算機(jī)100。在LAN或SAN聯(lián)網(wǎng)環(huán)境中使用時(shí)，個(gè)人計(jì)算機(jī)100經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)接口適配器134和134a而連接至局部網(wǎng)絡(luò)131或系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)133。網(wǎng)絡(luò)接口適配器134和134a50可包括處理單元135和135a及一個(gè)或多個(gè)存儲(chǔ)單元136和136a。在WAN聯(lián)網(wǎng)環(huán)境中使用時(shí)，個(gè)人計(jì)算機(jī)100通常包括用于在WAN132上建立通信的調(diào)制解調(diào)器138或其它裝置。調(diào)制解調(diào)器138(其可以是內(nèi)部的或外部的)經(jīng)由串行端口接口126而連接至系統(tǒng)總線103。在聯(lián)網(wǎng)的環(huán)境中，關(guān)于個(gè)人計(jì)算機(jī)100圖示的程序模塊或其部分可存儲(chǔ)在遠(yuǎn)程存儲(chǔ)器存儲(chǔ)裝置中。會(huì)理解的是，所顯示的網(wǎng)絡(luò)連接是例示性的，并且可使用用于在計(jì)算機(jī)之間建立通信鏈-接的其它方法。一般而言，在圖2中的200處查閱本文所公開的用于計(jì)算一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率的分布的目前公開主題的一個(gè)實(shí)施方案的代表性例子。如圖2的步驟ST202中所示，提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記是與遺傳基因座連鎖的。在一些實(shí)施方案中，每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的。如圖2的步驟ST204中所示，通過計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的第一育種配偶體和第二育種配偶體的育種來建立多個(gè)后繼世代基因型。若想要的話，更遠(yuǎn)世代可如圖2的步驟ST205中所示的那樣產(chǎn)生，可將步驟ST205重復(fù)一次或多次以產(chǎn)生多個(gè)更遠(yuǎn)世代基因型，其中每個(gè)與出現(xiàn)概率或出現(xiàn)頻率相關(guān)聯(lián)。如圖2的步驟ST206中所示，計(jì)算多個(gè)后繼世代和/或更遠(yuǎn)世代基因型中每個(gè)的出現(xiàn)概率或頻率的分布。如圖2的步驟ST208中所示，在目前^Hf的主題的一些實(shí)施方案中，可顯示步驟ST206中的計(jì)算結(jié)果。注意到，此步驟是任選的。一般而言，在圖3中的300處查閱本文所公開的用于計(jì)算遺傳值分布的目前公開的主題的一個(gè)實(shí)施方案的代表性例子。如圖3的步驟ST302中所示，提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每一個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記與遺傳基因座連鎖，并且每種基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)。在一些實(shí)施方案中，每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的。如圖3的步驟ST304中所示，通過計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的第一育種配偶體和第二育種配偶體的育種來建立多個(gè)后繼世代基因型。若想要的話，更遠(yuǎn)世代可如圖3的步驟ST305中所示的那樣產(chǎn)生，可將步驟ST305重復(fù)一次或多次以產(chǎn)生多個(gè)更遠(yuǎn)世代基因型，其中每個(gè)與出現(xiàn)概率或出現(xiàn)頻率相關(guān)聯(lián)。如圖3的步驟ST306中所示，計(jì)算一個(gè)或多個(gè)后繼世代和/或更遠(yuǎn)世代基因型的遺傳值分布。任選地，在圖3的步驟ST308中，顯示圖3的步驟ST310中的計(jì)算結(jié)果。一般而言，在圖4中的400處查閱本文所公開的用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代的目前公開的主題的一個(gè)實(shí)施方案的代表性例子。如圖4的步驟ST402中所示，提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記是與遺傳基因座連鎖的。在一些實(shí)施方案中，每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的。如圖4的步驟ST403中所示，若想要的話，每種基因型可以與遺傳值相關(guān)聯(lián)。注意到，在將遺傳值與第一和第二育種配偶體的基因型聯(lián)系在一起之外，還可將遺傳值與后繼世代、一個(gè)或多個(gè)更遠(yuǎn)世代、或其組合中建立的任何基因型聯(lián)系在一起。如圖4的步驟ST404中所示，通過計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的第一育種配偶體和第二育種配偶體的育種來建立多個(gè)后繼世代基因型。如圖4的步驟ST406中所示，計(jì)算多個(gè)后繼世代基因型中的一個(gè)或多個(gè)的出現(xiàn)^f既率或頻率和/或遺傳值的分布。若想要的話，更遠(yuǎn)世代可如圖4的步驟ST407中所示的那樣產(chǎn)生，可將步驟ST407重復(fù)一次或多次以產(chǎn)生多個(gè)更遠(yuǎn)世代基因型，其中每個(gè)與出現(xiàn)概率或出現(xiàn)頻率和/或與遺傳值相關(guān)聯(lián)。若想要的話，可在圖4的步驟ST408中將圖4的步驟ST402至ST407中的一步或多步重復(fù)一次或多次以產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)額外的后繼世代和/或更遠(yuǎn)世代。如圖4的步驟ST410中所示，對一次或多次步驟ST406重復(fù)中計(jì)算的分布彼此進(jìn)行比較。如圖4的步驟ST412中所示，根據(jù)比較步驟ST410來選擇育種對。一般而言，在圖5中的500處查閱本文所公開的用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體的目前公開的主題的一個(gè)實(shí)施方案的代表性例子。如圖5的步驟ST502中所示，提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每一個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記是與遺傳基因座連鎖的。在一些實(shí)施方案中，每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的。如圖5的步驟ST503中所示，若想要的話，每種基因型可以與遺傳值相關(guān)聯(lián)。注意到，在將遺傳值與第一和第二育種配偶體的基因型聯(lián)系在一起之夕卜，還可將遺傳值與后繼世代、一個(gè)或多個(gè)更遠(yuǎn)世代、或其組合中建立的任何基因型聯(lián)系在一起。如圖5的步驟ST504中所示，通過計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的第一育種配偶體和第二育種配偶體的育種來建立多個(gè)后繼世代基因型。如圖5的步驟ST506中所示，計(jì)算多個(gè)后繼世代基因型中的一個(gè)或多個(gè)的出現(xiàn)概率或頻率和/或遺傳值的分布。若想要的話，更遠(yuǎn)世代可如圖5的步驟ST507中所示的那樣產(chǎn)生，可將步驟ST507重復(fù)一次或多次以產(chǎn)生多個(gè)更遠(yuǎn)世代基因型，其中每個(gè)與出現(xiàn)概率或出現(xiàn)頻率和/或與遺傳值相關(guān)聯(lián)。若想要的話，可在圖5的步驟ST508中將圖5的步驟ST502至ST507中的一步或多步重復(fù)一次或多次以產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)額外的后繼世代和/或更遠(yuǎn)世代。如圖5的步驟ST510中所示，對一次或多次步驟ST506重復(fù)中計(jì)算的分布;f皮此進(jìn)行比較。如圖5的步驟ST512中所示，根據(jù)比較步驟ST510來選擇育種對。如圖5的步驟ST514中所示，依照步驟ST506和ST508中所提出的計(jì)算的或模擬的育種，對育種對和后繼世代(若采用的話)進(jìn)行育種。如圖5的步驟ST516中所示，鑒定具有想要的基因型的后代個(gè)體。VII.別的者慮因素對于本文中所公開的每一個(gè)方法，所述方法還可進(jìn)一步包括產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)更遠(yuǎn)世代后代，其中每個(gè)更遠(yuǎn)世代后代通過一輪或多輪計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬后繼世代或更后世代的至少一個(gè)成員與選自下組的個(gè)體的育種來產(chǎn)生它本身、緊接在之前的世代的成員、來自相同世代的另一個(gè)個(gè)體、來自在前世代的另一個(gè)個(gè)體、第一育種配偶體、第二育種配偶體、及其雙單倍體衍生物。為了產(chǎn)生更遠(yuǎn)世代可采用的策略可包括但不限于來自先前世代的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體的雜交、自交、雙單倍體衍生物世代或其組合的一個(gè)或多個(gè)連續(xù)世代，(例如此類雜交、自交、雙單倍體衍生物世代或其組合的l個(gè)、2個(gè)、3個(gè)、4個(gè)或更多連續(xù)世代)；先前世代的一個(gè)或多個(gè)成員的自交的至少l個(gè)、2個(gè)、3個(gè)、4個(gè)或更多連續(xù)世代。目前公開的主題還涵蓋通過目前公開的方法所產(chǎn)生的個(gè)體以及其細(xì)胞、部分、組織、配子及后代。在一些實(shí)施方案中，個(gè)體是植物。實(shí)施例現(xiàn)在將根據(jù)附隨的實(shí)施例在下文更充分地描述目前公開的主題，在附隨的實(shí)施例中顯示目前公開的主題的例示性的實(shí)施方案。然而，目前公開的主題可以不同的形式具體化，并且不應(yīng)解釋為局限于本文所列的實(shí)施方案。更確切地，提供這些實(shí)施方案以使得這一公開內(nèi)容會(huì)是全面而完整的，并且可向本領(lǐng)域技術(shù)人員充分傳達(dá)目前公開的主題的范圍。實(shí)施例導(dǎo)言例10-17中所述的小麥育種程序中應(yīng)用目前公開的主題來例示<實(shí)施例l植物材料——玉米親本材料包括兩種玉米近交系BFP57和BMP34，兩者均來自堅(jiān)稈綜合種雜種優(yōu)勢群(Stiff-StalkSyntheticheteroticgroup)。將這些品系彼此進(jìn)行雜交以產(chǎn)生Fi種子。種植F!籽粒，并將所得的FJ直林進(jìn)行自體受精以產(chǎn)生F2種子。種植約500粒F2籽粒。將所得的F2植林進(jìn)行自體受精以產(chǎn)生F3種子。在每抹F2植林上收獲一粒并且僅一粒F3籽粒，即常用的稱為單粒籽粒遺傳(singlekerneldescent,SKD)的世代推進(jìn)規(guī)程。種植幾乎500粒如此收獲的F3籽粒，并將所得的F3植林進(jìn)行自體受精以產(chǎn)生F4種子。收獲每林F3植林上產(chǎn)生的所有F4籽粒，根據(jù)起源的F3植抹將所收獲的所有F4籽粒保持分開，由此組成F4家族。種植約10粒來自每個(gè)F4家族的籽粒以收集葉組織，稍后用于DNA提取和基因分型。在隔離的田塊中種植約25粒來自250個(gè)未選擇的F4家族的籽粒以與測試者(來自如下雜種優(yōu)勢群的玉米近交系，所述雜種優(yōu)勢群不同于工程的兩個(gè)親本近交系的雜種優(yōu)勢群)來自Lancaster雜種優(yōu)勢群的BMT505進(jìn)行雜交。使F4植林去雄，由此作用雌性使用，而測試者作為雄性使用以對所有F4植抹進(jìn)行傳粉。收獲測交種子，維持家族結(jié)構(gòu)。實(shí)施例2表型評估一一玉米在雙行樣地中的6處田塊位置種植來自229個(gè)F4家族的測交種子。實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是具有一次重復(fù)的格子設(shè)計(jì)。在相同的試驗(yàn)中還種植作為對照使用的數(shù)個(gè)其它的雜種。還在單行樣地中的一處另外的田塊位置種植來自相同的229個(gè)F4家族的種子。作為對照使用的數(shù)個(gè)近交系也種植在相同的位置。所測量的性狀包括谷粒產(chǎn)率、收獲時(shí)的谷粒濕度、根倒伏、普通的黑穗病發(fā)病率和長蠕孢菌(//e/m/"^w/on'wm)發(fā)病率。諸如谷粒產(chǎn)率和收獲時(shí)的谷粒濕度等性狀僅在測交樣地上測量，而其它性狀或是在測交或是在F4樣地上測量，這取決于其發(fā)生率。實(shí)施例3基因分型和QTL作圖一一玉米為每個(gè)F4家族從約10抹F4植抹的大批葉中提取DNA。使用覆蓋整個(gè)玉米基因組的88種多態(tài)性SSR來確定DNA樣品的基因型。先前已經(jīng)在這種分離種群的兩個(gè)親本，即BFP57和BMP34上運(yùn)行數(shù)百個(gè)SSR,用以鑒定多態(tài)性的。自對F4DNA團(tuán)(bulk)的分析獲得的分子標(biāo)記基因型表示已經(jīng)衍生出F4家族的F3植林的基因型。使用常用的軟件MapMaker和JoinMap來構(gòu)建分子標(biāo)記圖譜。此分子標(biāo)記圖譜具有1674厘摩(cM)的總長度，其中標(biāo)記密度為每19cM—種標(biāo)記。使用軟件QTLCartogmpher和PlabQTL來進(jìn)行對基因型和表型數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析。對于所有的性狀，鑒定出61種QTL。具體地，對于谷粒產(chǎn)率鑒定出14種QTL，而對于谷粒濕度鑒定出17種。QTL以其在遺傳圖鐠上的位置及其加性效應(yīng)和顯性效應(yīng)為特征。位置定義為最有可能的QTL位置(通常是峰LOD得分值的位置)和側(cè)翼標(biāo)記基因座之間的遺傳距離(以cM計(jì))。加性和顯性效應(yīng)定義為與均值偏離，并且以與它們涉及的性狀相同的單位表示。加性數(shù)值確定兩個(gè)親本系中的哪一個(gè)攜帶QTL上有利的等位基因。在這種情況中，加性數(shù)值表示BMP34等位基因的效應(yīng)，無論是正的還是負(fù)的。對于其中想要的效應(yīng)是較高的性狀數(shù)值的性狀諸如谷粒產(chǎn)率，正加性數(shù)值意味著BMP34攜帶有利的等位基因，而負(fù)加性數(shù)值意味著BFP57攜帶有利的等位基因。實(shí)施例4選擇指數(shù)、遺傳數(shù)值和理想的基因型一一玉米根據(jù)所鑒定的QTL，確定選擇指數(shù)。然后將這些選擇指數(shù)應(yīng)用至植物的QTL基因型，以計(jì)算這些植抹的遺傳值。根據(jù)植林的QTL基因型，如下計(jì)算植抹的遺傳值(GV)。其中A是性狀t的權(quán)數(shù)(weight)(經(jīng)濟(jì)價(jià)值)，是性狀t的QTLq上的有利等位基因的效應(yīng)(通常是QTL的加性數(shù)值(additivevalue)),^是性狀t的QTLq上的基因型i的出現(xiàn)概率，而是性狀t的QTLq上的QTL基因型i的選擇數(shù)值。可視為QTL遺傳值(性狀t的QTLq)。可視為性狀數(shù)值(性狀t)。在類型Fn的分離種群中(其是此種群(n-3)的情況)，在每種QTL上有3種可能的基因型，即QQ、Qq和qq,其中Q表示有利的，而q表示不利的等位基因。因?yàn)镼TL通常沒有精確定位于標(biāo)記基因座上，所以QTL上精確的基因型是未知的。然而，QTL基因型及其出現(xiàn)概率尸,々可從在QTL側(cè)翼的標(biāo)記基因座的基因型和植物祖先(譜系)推斷出，其中i取數(shù)值l、2和3,其表示QTL基因型QQ、Qq和qq,如下i=1(QQ)i=2(Qq)i=3(qq)QTL基因型的選擇數(shù)值可給予任意數(shù)值。最通常地，它們?nèi)∪缦聰?shù)值<formula>formulaseeoriginaldocumentpage56</formula>建立了數(shù)個(gè)或多或少牽涉性狀的選擇指數(shù)?？蓪硐氲幕蛐拖薅總€(gè)選擇指數(shù)。它是在指數(shù)中所牽涉的所有QTL上具有純合的有利等位基因的基因型。一種指數(shù)(稱為IND)是基于針對谷粒產(chǎn)率的14種QTL，針對收獲時(shí)谷粒濕度的17種QTL，針對根倒伏的13種QTL，針對普通的黑穗病發(fā)病率的7種QTL和針對長蠕孢菌發(fā)病率的5種QTL。在下表l-5中限定QTL參數(shù)。加性效應(yīng)作為等位基因效應(yīng)(OV)使用。性狀權(quán)數(shù)(A)是針對谷粒產(chǎn)率的1.2、針對收獲時(shí)谷粒濕度的-8.5、針對根倒伏的-1.2、針對普通的黑穗病發(fā)病率的-9.6和針對長蠕孢菌發(fā)病率的-78.1。表l針對谷粒產(chǎn)率的QTL<table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table>表2針對收獲時(shí)的谷粒濕度的QTL<table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>表4針對普通的黑穗病發(fā)病率的QTL<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>表5針對長蠕孢菌發(fā)病率的QTL<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>為所有的229林先前已經(jīng)獲得基因型的F3植林計(jì)算指數(shù)IND的遺傳值。229林F3植抹中沒有一林與理想的基因型相匹配。實(shí)施例5預(yù)測的遺傳值分布一一玉米從這229林F3植林的基因型看，顯而易見的是理想的基因型可通過植抹間的連續(xù)雜交循環(huán)來獲得。然而，從這229抹F3植抹，在理論上可進(jìn)行26,106種非反交。假設(shè)每抹植株平均僅產(chǎn)生一個(gè)穗，實(shí)際上僅可進(jìn)行229種雜交。哪些是26,106種理論上有可能的雜交中最好的229種雜交是必須回答的問題。每種雜交(若進(jìn)行的話)會(huì)產(chǎn)生許多不同基因型。這些基因型及其出現(xiàn)概率可從有待雜交的植抹的基因型計(jì)算。229林F3植抹的標(biāo)記基因型是已知的，因此可預(yù)測這些F3植林間雜交的潛在后代的全基因組標(biāo)記基因型?？蓮倪z傳圖譜提供的標(biāo)記基因座之間的重組距離計(jì)算這些全基因組后代基因型中每一種的出現(xiàn)概率。還可計(jì)算這些全基因組后代基因型的指數(shù)值。一旦將這些指數(shù)值與其出現(xiàn)概率一起考慮，便可構(gòu)建后代的指數(shù)值的頻率分布。可使用這些頻率分布來鑒定以高概率產(chǎn)生高遺傳值后代的育種(自體受精或雜交)。使用頻率分布的分位點(diǎn)數(shù)值來比較分布和鑒定優(yōu)勢育種。實(shí)施例6基于標(biāo)記的選擇一一玉米第l輪第1輪基于標(biāo)記的選擇在F3植林上操作，對于所述F3植林，產(chǎn)生標(biāo)記基因型以進(jìn)行QTL作圖步驟。因?yàn)椴辉倏色@得F3才直抹，所以通過計(jì)算其后代的遺傳值的頻率分布和有關(guān)的分位點(diǎn)數(shù)值來評估F4家族間假設(shè)的雜交(或自交)。在選擇方法中使用7個(gè)不同的指數(shù)。放棄對任何指數(shù)顯示負(fù)的50%分位點(diǎn)數(shù)值的任何假設(shè)的雜交(自交)，導(dǎo)致6，145種雜交受到預(yù)選。進(jìn)一步選擇在兩個(gè)最重要的指數(shù)上具有最高數(shù)值的預(yù)選的假設(shè)雜交(自交)，導(dǎo)致126種最終的選擇。選定的雜交(自交)中牽涉的F3植抹的評估容許鑒定最大數(shù)目的最高數(shù)值假設(shè)雜交(自交)中牽涉的12抹F3植抹。這完成第l輪基于標(biāo)記的選擇。因?yàn)椴辉倏色@得F3植株，所以使用這12抹選定的F3植株的F3后代來啟動(dòng)第2輪基于標(biāo)記的選擇。實(shí)施例7基于標(biāo)記的選擇——玉米第2輪種植12種選定的F4家族中每一種的約45粒籽粒，取得葉樣品，并用選擇指數(shù)中牽涉的QTL側(cè)翼的分子標(biāo)記來確定基因型。共有531抹F4植林。以與F3植林的選擇類似的方式進(jìn)行F4植株的選擇。產(chǎn)生531抹F4植林間的假設(shè)的雜交(自交)，計(jì)算其后代的遺傳值和出現(xiàn)頻率，構(gòu)建頻率分布，并計(jì)算其分位點(diǎn)數(shù)值。針對選擇方法中使用的7個(gè)指數(shù)(與第l輪中的相同的)中的每個(gè)進(jìn)行這些計(jì)算。放棄對任何指數(shù)顯示負(fù)的50%分位點(diǎn)數(shù)值的任何假設(shè)的雜交(自交)。這導(dǎo)致約60，000種々I設(shè)的雜交受到預(yù)選。鑒定遺傳方面類似的雜交(自交)(即牽涉來自相同的兩個(gè)F4家族(或單一F4家族，在自交的情況中)的F4植林)，并放棄那些具有低分位點(diǎn)數(shù)值的。這步以后，僅4，073種假設(shè)的雜交(自交)仍被考慮用于進(jìn)一步評估。進(jìn)一步選擇在兩個(gè)最重要的指數(shù)上具有最高數(shù)值的假設(shè)雜交(自交)，導(dǎo)致285種最終的選擇。這285種假設(shè)的雜交(自交)牽涉130林F4植抹。在溫室中移植那些植抹，并培育至成熟。植林間的雜交(自交)基于其數(shù)值和植林的雄性-雌性開花同步/異步進(jìn)行。進(jìn)行總共130種雜交和自交，表示可實(shí)際上實(shí)現(xiàn)的最好的雜交組。收獲來自9種最好的雜交(d族)的種子(d種子)以啟動(dòng)下一輪選擇。將這9種最好的雜交的一些種子以及其它121種雜交(自交)的種子投遞至玉米育種者以進(jìn)行進(jìn)一步的表型評估、選擇和推進(jìn)。實(shí)施例8基于標(biāo)記的選擇——玉米第3輪種植總共551粒來自9種選定的d族的籽粒，取得葉樣品，并用選擇指數(shù)中牽涉的QTL側(cè)翼的分子標(biāo)記來確定基因型。以與F4植林的選擇類似的方式進(jìn)行d植林的選擇。產(chǎn)生55l抹d植林間的假設(shè)的雜交(自交)，計(jì)算其后代的遺傳值和出現(xiàn)頻率，構(gòu)建頻率分布，并計(jì)算其分位點(diǎn)數(shù)值。針對選擇方法中使用的7個(gè)指數(shù)(與先前輪次中的相同)中的每個(gè)進(jìn)行這些計(jì)算。放棄對任何指數(shù)顯示負(fù)的50%分位點(diǎn)數(shù)值的任何假設(shè)的雜交(自交)。這導(dǎo)致約60,000種假設(shè)的雜交受到預(yù)選。鑒定遺傳方面類似的雜交(自交)(即牽涉來自相同的兩個(gè)Q家族(或單一d家族，在自交的情況中)的C!植抹)，并放棄那些具有低分位點(diǎn)數(shù)值的。這步以后，僅2,438種假設(shè)的雜交(自交)仍被考慮用于進(jìn)一步評估。進(jìn)一步選擇在兩個(gè)最重要的指數(shù)上具有最高數(shù)值的假設(shè)雜交(自交)，導(dǎo)致309種最終的選擇。這309種假設(shè)的雜交(自交)牽涉141抹d植林。在溫室中移植那些植林，并培育至成熟。植林間的雜交(自交)基于其數(shù)值和植林的雄性-雌性開花同步/異步進(jìn)行。進(jìn)行總共141種雜交和自交，表示可實(shí)際上實(shí)現(xiàn)的最好的雜交組。收獲來自9種最好的雜交(C2族)的種子(C2種子)以啟動(dòng)下一4侖選擇。將這9種最好的雜交的一些種子以及其它132種雜交(自交)的種子投遞至玉米育種者以進(jìn)行進(jìn)一步的表型評估、選擇和推進(jìn)。實(shí)施例9基于標(biāo)記的選擇——玉米第4輪種植總共519粒來自9種選定的C2族的籽粒，取得葉樣品，并用選擇指數(shù)中牽涉的QTL側(cè)翼的分子標(biāo)記來確定基因型。以與d植抹的選擇類似的方式進(jìn)行C2植林的選擇。產(chǎn)生519抹C2植林間的假設(shè)的雜交(自交)，計(jì)算其后代的遺傳值和出現(xiàn)頻率，構(gòu)建頻率分布，并計(jì)算其分位點(diǎn)數(shù)值。針對選擇方法中使用的7個(gè)指數(shù)(與先前輪次中的相同)中的每個(gè)進(jìn)行這些計(jì)算。放棄對任何指數(shù)顯示負(fù)的50%分位點(diǎn)數(shù)值的任何假設(shè)的雜交(自交)。這導(dǎo)致約55,000種假設(shè)的雜交受到預(yù)選。鑒定遺傳方面類似的雜交(自交)(即牽涉來自相同的兩個(gè)C2家族(或單一C2家族，在自交的情況中)的C2植抹)，并放棄那些具有低分位點(diǎn)數(shù)值的。這步以后，僅1,696種假設(shè)的雜交(自交)仍被考慮用于進(jìn)一步評估。進(jìn)一步選擇在兩個(gè)最重要的指數(shù)上具有最高數(shù)值的假設(shè)雜交(自交)，導(dǎo)致163種最終的選擇。這163種假設(shè)的雜交(自交)牽涉120林C2植株。在溫室中移植那些植林，并培育至成熟。植株間的雜交(自交)基于其數(shù)值和植林的雄性-雌性開花同步/異步進(jìn)行。進(jìn)行總共120種雜交和自交，表示可實(shí)際上實(shí)現(xiàn)的最好的雜交組。收獲來自這120種雜交和自交(C3族)的種子(Q種子)，并投遞至玉米育種者以進(jìn)行進(jìn)一步的表型評估、選擇和推進(jìn)。中通過采用本文所公開的方法來產(chǎn)生個(gè)體MDL53和MDL54。實(shí)施例IO植物材料---卜麥從雜交兩個(gè)小麥近交系BR25和F071創(chuàng)建分離的種群。將一種品系的數(shù)林植抹與另一種品系的數(shù)林植林雜交以產(chǎn)生Fi種子。種植Fi麥粒。將所得的Fj植林進(jìn)行自體受精以產(chǎn)生F2種子。種植約400粒F2麥粒，并將F2植抹進(jìn)行自體受精以產(chǎn)生F3種子。在每林F2植抹上收獲一粒并且僅一粒F3麥粒，即常用的稱為單粒麥粒遺傳(SKD)的世代推進(jìn)規(guī)程，導(dǎo)致一批400粒F3麥粒。種植這400粒F3麥粒，并將所得的F3植抹進(jìn)行自體受精以產(chǎn)生F4種子。收獲每抹F3植抹上產(chǎn)生的所有F4麥粒，根據(jù)起源的F3植林將所收獲的所有F4麥粒保持分開，由此組成F4族(400)。種植一行每個(gè)F4家族的麥粒，并將F4植抹進(jìn)行自體受精以增加種子數(shù)量。所收獲的種子由Fs代組成。在每F"于(每行一批)上大批收獲所有的F5麥粒。在這種方法的最后，可獲得400個(gè)所謂F3:Fs家族。通過堆積來自每個(gè)F3:Fs家族的12抹Fs植林的葉片樣品來取得每個(gè)F3:Fs家族的葉組織樣品。稍后這些葉樣品用于DNA提取和基因分型。所獲得的基因型表示F3植林的基因型。實(shí)施例ll表型評估---卜麥在2002年(在法國的l處位置)和2003年(在法國的4處位置，在德國的1處和在英國的1處)進(jìn)行的田間試驗(yàn)中在表型方面對400個(gè)Fs族進(jìn)行評估。實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是具有重復(fù)的對照的隨機(jī)化完全區(qū)組設(shè)計(jì)。將親本系以及數(shù)種其它品系作為對照使用，因此在相同的試驗(yàn)中種植。對下列性狀進(jìn)行評估麥粒產(chǎn)率、抽穂日期、倒伏、條銹病發(fā)病率、眼斑病(eyespot)發(fā)病率、千粒重(TKW)、測試重量(test-weight)、硬度、蛋白質(zhì)含量、SDS沉降測試、面粉調(diào)混性自動(dòng)記錄(Mixograph)參數(shù)和高分子量麥谷蛋白亞基。實(shí)施例12基因分型和QTL作圖---〗、麥從每個(gè)F4家族的約12林Fs植抹的大批葉中提取DNA。使用覆蓋整個(gè)小麥基因組的170種SSR來確定DNA樣品的基因型。這種分離種群的兩個(gè)親本系即BR25和F071先前已經(jīng)在數(shù)百種SSR標(biāo)記上進(jìn)行基因分型，以鑒定它們之間的多態(tài)性。自對&DNA團(tuán)的分析荻得的分子標(biāo)記基因型表示已經(jīng)衍生出F4和F5家族的F3植抹的基因型。使用常用的軟件Mapmaker來構(gòu)建分子標(biāo)記圖譜。使用軟件QTLCartographer和PlabQTL來進(jìn)行對基因型和表型數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析。針對所有的性狀，鑒定出超過50種QTL。具體地，針對麥粒產(chǎn)率鑒定出11種QTL,而針對SDS沉降測試鑒定出12種。QTL以其在遺傳圖語上的位置及其加性效應(yīng)為特征。位置定義為最有可能的QTL位置(通常是峰LOD得分值的位置)和側(cè)翼標(biāo)記基因座之間的遺傳距離(以厘摩cM計(jì))。加性效應(yīng)定義為與均值偏離，并且以與它們涉及的性狀相同的單位表示。加性數(shù)值確定兩個(gè)親本系中的哪一個(gè)攜帶QTL上有利的等位基因。在這種情況中，加性數(shù)值表示F071攜帶的等位基因的效應(yīng)，無論是正的還是負(fù)的。對于其中想要的效應(yīng)是較高的性狀數(shù)值的性狀諸如麥粒產(chǎn)率，正加性數(shù)值意味著F071攜帶有利的等位基因而BR25攜帶不利的。類似地，負(fù)加性數(shù)值意味著BR25攜帶有利的等位基因而F071攜帶不利的。實(shí)施例13選擇指數(shù)、遺傳數(shù)值和理想的基因型---J、麥根據(jù)所鑒定出的QTL,確定選擇指數(shù)。然后將這些選"t奪指數(shù)應(yīng)用至植物的QTL基因型，以計(jì)算這些植抹的遺傳值。根據(jù)植抹的QTL基因型，如下計(jì)算植物的遺傳值(GV)。其中A是性狀t的權(quán)數(shù)(weight)(經(jīng)濟(jì)價(jià)值)，是性狀t的QTLq上的有利等位基因的效應(yīng)(通常是QTL的加性數(shù)值)，^是性狀t的QTLq上的基因型i的出現(xiàn)概率，而&是性狀t的QTLq上的QTL基因型i的選擇數(shù)值。63可視為QTL遺傳值(性狀t的QTLq)。5X,5>,々&可視為性狀數(shù)值(性狀t)。在類型Fn的分離種群中(其是這一種群(11=3)的情況)，在每種QTL上有3種可能的基因型，即QQ、Qq和qq,其中Q表示有利的，而q表示不利的等位基因。因?yàn)镼TL通常沒有精確定位于標(biāo)記基因座上，所以QTL上精確的基因型是未知的。然而，QTL基因型及其出現(xiàn)概率P,^可從在QTL側(cè)翼的標(biāo)記基因座的基因型和植物祖先(鐠系)推斷出，其中i取數(shù)值l、2和3，其表示QTL基因型QQ、Qq和qq，如下i=i(QQ)i=2(Qq)i=3(qq)QTL基因型的選擇數(shù)值可給予任意數(shù)值。在這一實(shí)施例中，給QTL的選擇數(shù)值分配下列數(shù)值建立了數(shù)個(gè)或多或少牽涉性狀的選擇指數(shù)?？蓪硐牖蛐拖薅總€(gè)選擇指數(shù)。它是在指數(shù)中牽涉的所有QTL上具有純合的有利等位基因的基因型。一種指數(shù)(稱為IND)是基于針對麥粒產(chǎn)率的11種QTL,針對SDS沉降測試的12種QTL、針對蛋白質(zhì)含量的12種和針對TKW的15種。QTL參數(shù)如下文所限定的。將等位基因效應(yīng)(cv)設(shè)置成等于加性效應(yīng)數(shù)值。性狀權(quán)數(shù)(A)是針對麥粒產(chǎn)率的2.7、針對SDS沉降測試的-IO、針對蛋白質(zhì)含量的-3和針對TKW的-15。表6針對麥粒產(chǎn)率的QTL<table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table>表8針對蛋白質(zhì)含量的QTLQTL位置QTL效應(yīng)連鎖的標(biāo)記基因座染色體遺傳圖i普位置(cM)力口'性步丈應(yīng)NW10741A-1180.09NW11051B-222-0.08NW08142A-2108-0.21NW14252A-30-0.10NW01802D-22-0.12NW07卯3A1020.21DW17183B-20-0.09NW06595A6-0.08NW06925D-10-0.12NW00716A29-0.13NW16737D-2680.07NW14757D-4A8-0.14表9針對SDS沉降測試的QTLQTL位置QTL效應(yīng)連鎖的標(biāo)記基因座染色體遺傳圖語位置(cM)力口寸生歲丈應(yīng)NW01511A-10-0.81NW12721A-162-1.59NW11051B隱222-2.64NW02223A126-1.39NW17363B-1141.23DW17183B畫20-0.85NW06925D-10-3.04DW09355D-2421.41NW07186B321.9866NW10347A26-0.66NW07797A811.39NW14757D-4A0-1.75為所有的400抹先前已經(jīng)獲得基因型的F3植林計(jì)算指數(shù)IND的遺傳值。所述植林中沒有一林與理想的基因型相匹配。實(shí)施例14預(yù)測的遺傳值分布---卜麥這400株F3植抹的基因型指明理想的基因型可通過植林間的連續(xù)雜交循環(huán)來獲得。挑戰(zhàn)是從所有可能的雜交中鑒定如下雜交，其在容許形成具有與理想基因型的基因型相同或相似的基因型的個(gè)體方面會(huì)是最好的雜交。每種雜交(若進(jìn)行的話)會(huì)產(chǎn)生許多不同基因型。這些基因型及其出現(xiàn)概率可從有待雜交的植抹的基因型計(jì)算。400抹F3植抹的標(biāo)記基因型是已知的，因此可預(yù)測這些F3植抹間雜交的潛在后代的全基因組標(biāo)記基因型?？蓮倪z傳圖譜提供的標(biāo)記基因座之間的重組距離計(jì)算這些全基因組后代基因型中每一種的出現(xiàn)概率。還可計(jì)算這些全基因組后代基因型的指數(shù)值。一旦將這些指數(shù)值與其出現(xiàn)概率一起考慮，便可構(gòu)建后代的指數(shù)值的頻率分布。可使用這些頻率分布來鑒定以高概率產(chǎn)生高遺傳值后代的育種(自體受精或雜交)。使用頻率分布的分位點(diǎn)數(shù)值來比較分布和鑒定優(yōu)勢交配。實(shí)施例15基于標(biāo)記的選擇---卜麥第l輪第1輪基于標(biāo)記的選擇在F3植林上運(yùn)轉(zhuǎn)，對于所述F3植林，產(chǎn)生標(biāo)記基因型以進(jìn)行QTL作圖步驟。因?yàn)椴辉倏色@得F3植抹，所以通過計(jì)算其后代的遺傳值的頻率分布和有關(guān)的分位點(diǎn)數(shù)值來評估F4或Fs家族間一底設(shè)的雜交(或自交)。在選擇方法中使用1個(gè)指數(shù)即IND。放棄對指數(shù)IND顯示負(fù)的50。/。分位點(diǎn)數(shù)值的任何假設(shè)的雜交(自交)，導(dǎo)致數(shù)種假設(shè)的雜交受到預(yù)選。進(jìn)一步選擇在指數(shù)IND上具有最高數(shù)值的預(yù)選的假設(shè)雜交(自交)，導(dǎo)致40種最終的選擇。選定的雜交(自交)中牽涉的F3植林的評估容許筌定最大數(shù)目的最高數(shù)值假設(shè)雜交(自交)中牽涉的15林F3植抹。這完成第l輪基于標(biāo)記的選擇。因?yàn)椴辉倏色@得F3植株，所以使用這15抹選定的F3植抹的F5后代來啟動(dòng)第2輪基于標(biāo)記的選擇。實(shí)施例16基于標(biāo)記的選擇---卜麥第2輪種植15種選定的F5家族中每一種的約28粒麥粒，取得葉樣品，并用選擇指數(shù)中牽涉的QTL側(cè)翼的分子標(biāo)記來確定基因型。共有420抹Fs植抹。67以與F3植抹的選擇類似的方式進(jìn)行Fs植株的選擇。產(chǎn)生420林Fs植林間的假設(shè)的雜交(自交)，計(jì)算其后代的遺傳值和出現(xiàn)頻率，構(gòu)建頻率分布，并計(jì)算其分位點(diǎn)數(shù)值。針對選擇方法中使用的指數(shù)IND進(jìn)行這些計(jì)算。放棄對指數(shù)IND顯示負(fù)的50。/。分位點(diǎn)數(shù)值的任何假設(shè)的雜交(自交)。鑒定遺傳方面類似的雜交(自交)(即牽涉來自相同的兩個(gè)F5家族(或單一Fs家族，在自交的情況中)的Fs植抹)，并放棄那些具有低分位點(diǎn)數(shù)值的。這一步以后，僅約4，000種假設(shè)的雜交(自交)仍被考慮用于進(jìn)一步評估。進(jìn)一步選擇在兩個(gè)最重要的指數(shù)上具有最高數(shù)值的假設(shè)雜交(自交)，導(dǎo)致40種最終的選擇。這40種假設(shè)的雜交(自交)牽涉50抹F5植抹。在溫室中移植那些植林，并培育至成熟。植林間的雜交(自交)基于其數(shù)值和植林的;^性-雌性開花同步/異步進(jìn)行。進(jìn)行總共35種雜交和自交，表示可實(shí)際上實(shí)現(xiàn)的最好的雜交組。收獲來自18種最好的雜交(d家族)的種子(d種子)以啟動(dòng)下一^^^奪。將這些最好的雜交的一些種子以及其它雜交(自交)的種子投遞至小麥育種者以進(jìn)行進(jìn)一步的表型評估、選擇和推進(jìn)。實(shí)施例17基于標(biāo)記的選擇——小麥第3輪種植總共540粒來自18種選定的d家族的籽粒，取得葉樣品，并用選擇指數(shù)中牽涉的QTL側(cè)翼的分子標(biāo)記來確定基因型。以與Fs植抹的選擇類似的方式進(jìn)行d植抹的選擇。產(chǎn)生540抹d植林間的假設(shè)的雜交(自交)，計(jì)算其后代的遺傳值和出現(xiàn)頻率，構(gòu)建頻率分布，并計(jì)算其分位點(diǎn)數(shù)值。針對選擇方法中使用的指數(shù)IND進(jìn)行這些計(jì)算。放棄對指數(shù)IND顯示負(fù)的50。/。分位點(diǎn)數(shù)值的任何假設(shè)的雜交(自交)。鑒定遺傳方面類似的雜交(自交)(即牽涉來自相同的兩個(gè)d家族(或單一d家族，在自交的情況中)的C,植林)，并放棄那些具有低分位點(diǎn)數(shù)值的。這步以后，僅約3，000種假設(shè)的雜交(自交)仍被考慮用于進(jìn)一步評估。進(jìn)一步選擇在指數(shù)IND上具有最高數(shù)值的假設(shè)雜交(自交)，導(dǎo)致40種最終的選擇。這40種假設(shè)的雜交(自交)牽涉45林Q植抹。在溫室中移植那些4J3朱，并培育至成熟。進(jìn)行總共36種雜交和自交，表示可實(shí)際上實(shí)現(xiàn)的最好的雜交組。收獲來自所有的雜交和自交(C2族)的種子(C2種子)，并投遞至小麥育種者以進(jìn)行進(jìn)一步的種子增加、表型評估、選擇和推進(jìn)。實(shí)施例的討論在一些實(shí)施方案中，目前公開的主題涉及有待雜交或自交的植物的選68擇，這根據(jù)其潛在后代的特性進(jìn)行。后代特性包括它們的個(gè)體基因型、這些個(gè)體基因型的出現(xiàn)概率、和這些基因型的遺傳值、以及總的后代特性諸如遺傳值的頻率分布和相應(yīng)的分位點(diǎn)數(shù)值。后代特性可以計(jì)算，而非經(jīng)由模擬來進(jìn)行數(shù)個(gè)世代的自體受精或雜交的產(chǎn)物。標(biāo)記-性狀關(guān)聯(lián)不限于QTL，而且還包括基因。對于經(jīng)由目前公開的主題可使用的標(biāo)記-性狀關(guān)聯(lián)或基因信息，遺傳圖鐠信息和序列多態(tài)性的可用度是想要的?？蓪⒛壳肮_的主題應(yīng)用至其中的種群可以是任何類型的種群，在一些實(shí)施方案中，雙親(雙等位基因的)種群，雖然這不是必需的。目前，多種算法和軟件已經(jīng)開發(fā)用于雙等位基因的情形，但是依照目前公開的主題還提供了用于多等位基因情形的算法和軟件的開發(fā)。種群可以是F2個(gè)體或任何Fn世代。它還可以是任何BCn世代、重組近交系(RIL)、近等基因系(NIL)、雙單倍體(DH)、或任何其它材料。C1和C2植林(如上文實(shí)施例中所說明的)組成分離的種群，其中個(gè)體可在任何基因座處具有或是純合的或是雜合的基因型。在上文實(shí)施例中，將基于標(biāo)記的選擇應(yīng)用于其中的植物種群可以是與建立標(biāo)記-性狀(基因型-表型)關(guān)聯(lián)所使用的世代相同的世代。目前7>開的方法還適用于如下情形，其中標(biāo)記-性狀關(guān)聯(lián)已經(jīng)建立在與將基于標(biāo)記的選擇應(yīng)用于其中的種群無關(guān)的種群之上。標(biāo)記-性狀關(guān)聯(lián)甚至可來自數(shù)個(gè)獨(dú)立的種群。例如，可能已經(jīng)進(jìn)行QTL作圖項(xiàng)目，其已經(jīng)導(dǎo)致標(biāo)記-性狀關(guān)聯(lián)。公布的在公共機(jī)構(gòu)運(yùn)行的實(shí)驗(yàn)也可能已經(jīng)導(dǎo)致標(biāo)記-性狀關(guān)聯(lián)。最后，還可能可獲得關(guān)于基因的信息，包括圖譜位置和序列多態(tài)性(單元型)?？墒褂盟械拇祟愋畔?來自內(nèi)部實(shí)驗(yàn)、外部實(shí)驗(yàn)的標(biāo)記-性狀關(guān)聯(lián))以及基因信息來在另一個(gè)種群中進(jìn)行基于標(biāo)記的選擇?？蓪⒛壳肮_的主題應(yīng)用于其中的連續(xù)世代的數(shù)目是無限的。雖然上文實(shí)施例闡明了用于雜交或自交在研究中的種群內(nèi)的植抹的代表性方法的應(yīng)用，目前公開的主題還可以用于選擇有待回交成獨(dú)特的且純合的品系的植物。將目前公開的主題應(yīng)用至其中的個(gè)體的數(shù)目是無限的。目前公開的主題可應(yīng)用于任何物種，不限于植物。參考文獻(xiàn)通過提及將本公開中所列的所有參考文獻(xiàn)(包括但不限于所有的專利、專利申請及其公開文本、科學(xué)期刊文章和數(shù)據(jù)庫登錄(例如GENBANK⑧數(shù)據(jù)庫登錄和那里可獲得的所有注解))以它們補(bǔ)充、解釋、提供背景或教導(dǎo)本文所采用的方法、技術(shù)和/或組合物的程度完整收錄本文。Beavis(1994)inWilkinson(ed.)Proc.49thAnnCornandSorghumResConf，AmericanSeedTradeAssociation,Chicago,Illinois,UnitedStatesofAmerica,pp250-266.Edwards等(1987)115Genetics113-125.Fisch等(1996)Genetics143:571577.Jaccoud等(2001)29NucleicAcidsRese25.Lander和Schork(1994)265Science2037-2048.Stam(1994)于vanOoijen和Jansen(編)Biometricsinplantbreeding:applicationsofmolecularmarkers.Proc.9thMeetingEucarpiaSectionBiometrics.PlantResearchInternational,Wageningen,theNetherlands.美國專利申請公開文本No.20030005479.美國專利No.5,385,835;5,492,547;5,981,832;6,399,855;7,135,615.Wan等(1989)TheoreticalandAppliedGenetics77:889-892.可理解的是，可在不背離目前公開的主題的前提下改變目前公開的主題的各種詳情。此外，上述說明書僅出于說明的目的，而不是出于限制目的。權(quán)利要求1.用于計(jì)算一種或多種潛在基因型的出現(xiàn)概率或頻率之分布的方法，所述方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記是與遺傳基因座連鎖的；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；和(c)為所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種所述基因型計(jì)算出現(xiàn)概率或頻率的分布。2.用于計(jì)算遺傳值分布的方法，所述方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型就與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座連鎖的一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；和(iii)每種基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；和(c)為一種或多種所述基因型計(jì)算遺傳值分布。3.選擇用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代的育種對的方法，所述方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記是與遺傳基因座連鎖的；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；(b)計(jì)算、模擬、或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)為所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種所述基因型計(jì)算出現(xiàn)概率或頻率的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述概率或頻率分布彼此進(jìn)4亍比4交；和(f)根據(jù)所述比較步驟選擇育種對。4.選擇用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代的育種對的方法，所述方法包(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型就與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座連鎖的一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；和(iii)每種基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)計(jì)算與所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種基因型有關(guān)的遺傳值的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述遺傳值分布彼此進(jìn)行比較；和(f)根據(jù)所述比較步驟來選擇育種對。5.用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體的方法，該方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型對于一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的，每種所述遺傳標(biāo)記是與遺傳基因座連鎖的；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(c)為所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種所述基因型計(jì)算出現(xiàn)概率或頻率的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述概率或頻率分布彼此進(jìn)行比較；(f)根據(jù)所述比較步驟選擇育種對；和(g)依照步驟(b)中所提出的計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合對育種對進(jìn)行育種以產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體。6.用于產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體的方法，該方法包括(a)提供第一育種配偶體和第二育種配偶體，其中(i)所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體中每個(gè)的基因型就與一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座連鎖的一種或多種遺傳標(biāo)記而言是已知的或是可預(yù)測的；和(ii)每種遺傳標(biāo)記和與之連鎖的所述遺傳基因座之間的遺傳距離是已知的或可以是指定的；和(iii)每種基因型與遺傳值相關(guān)聯(lián)；(b)計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述第一育種配偶體和所述第二育種配偶體的育種以產(chǎn)生后繼世代，所述后繼世代的每個(gè)成員包含基因型；(C)計(jì)算與所述后繼世代的一個(gè)或多個(gè)成員的一種或多種基因型有關(guān)的遺傳值的分布；(d)用不同的第一潛在育種配偶體、不同的第二潛在育種配偶體、或不同的第一和不同的第二潛在育種配偶體兩者重復(fù)步驟(a)至(c);(e)對步驟(c)的一次或多次重復(fù)中計(jì)算的所述遺傳值分布彼此進(jìn)行比較；(f)根據(jù)所述比較步驟來選擇育種對；和(g)依照步驟(b)中所提出的計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合對育種對進(jìn)行育種以產(chǎn)生具有想要的基因型的后代個(gè)體。7.通過權(quán)利要求5和6任一項(xiàng)的方法所產(chǎn)生的個(gè)體。8.權(quán)利要求7的個(gè)體，其中所述個(gè)體是植物。9.來自權(quán)利要求8的植物的細(xì)胞。10.來自權(quán)利要求8的植物的種子或后代。11.權(quán)利要求3-6任一項(xiàng)的方法，其中所述比較位于選定的分位點(diǎn)。12.權(quán)利要求ll的方法，其中所述選定的分位點(diǎn)是95%分位點(diǎn)、50%分位點(diǎn)或其組合。13.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中每個(gè)育種配偶體是植物。14.權(quán)利要求13的方法，其中所述植物選自玉米、小麥、大麥、稻、糖甜菜、向日葵、冬季油菜、卡諾拉、番茄、胡椒、甜瓜、西瓜、嫩莖花椰菜、花椰菜、抱子甘藍(lán)、萵苣、菠菜、甘蔗、咖啡、可可、松樹、楊樹、桉樹、蘋果樹和葡萄。15.權(quán)利要求14的方法，其中所述植物是玉米。16.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中每個(gè)育種配偶體是近交個(gè)體。17.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其進(jìn)一步包括產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)更遠(yuǎn)世代后代，其中每個(gè)更遠(yuǎn)世代后代通過一輪或多輪計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬組合的所述后繼世代或更后世代的至少一個(gè)成員與選自下組的個(gè)體的育種來產(chǎn)生它本身、緊接在之前的世代的成員、來自相同世代的另一個(gè)個(gè)體、來自在前世代的另一個(gè)個(gè)體、所述第一育種配偶體、所述第二育種配偶體、及其雙單倍體衍生物。18.權(quán)利要求17的方法，其中所述更遠(yuǎn)世代后代通過來自先前世代的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體的雜交、自交、雙單倍體衍生物世代或其組合的一個(gè)或多個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。19.權(quán)利要求18的方法，其中所述更遠(yuǎn)世代后代通過先前世代的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體的雜交、自交、雙單倍體衍生物世代或其組合的三個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。20.權(quán)利要求18的方法，其中所述更遠(yuǎn)世代后代通過先前世代的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體的雜交、自交、雙單倍體衍生物世代或其組合的四個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。21.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中所述更遠(yuǎn)世代通過先前世代的一個(gè)或多個(gè)成員的自交的至少兩個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。22.權(quán)利要求21的方法，其中所述更遠(yuǎn)世代通過先前世代的一個(gè)或多個(gè)成員的自交的三個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。23.權(quán)利要求22的方法，其中所述更遠(yuǎn)世代通過先前世代的一個(gè)或多個(gè)成員的自交的四個(gè)連續(xù)世代產(chǎn)生。24.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中所述一種或多種遺傳標(biāo)記選自下組單核苷酸多態(tài)性(SNP)、indel(即插入/刪除)、簡單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)、隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(RAPD)、切割擴(kuò)增多態(tài)序列(CAPS)標(biāo)記、多樣性陣列技術(shù)(DArT)標(biāo)記和擴(kuò)增片段長度多態(tài)性(AFLP)及其組合。25.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中所述一種或多種遺傳標(biāo)記包括l種-IO種之間的標(biāo)記。26.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中所述一種或多種遺傳標(biāo)記包括超過IO種的遺傳標(biāo)記。27.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中對育種的計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合包括對一種或多種遺傳標(biāo)記中至少一種和與表型性狀表達(dá)有關(guān)的遺傳基因座之間的預(yù)期重組率進(jìn)行計(jì)算、模擬或計(jì)算和模擬的組合。28.權(quán)利要求27的方法，其中所述表型性狀選自下組質(zhì)量性狀和數(shù)量性狀。29.權(quán)利要求28的方法，其中所述一種或多種遺傳標(biāo)記和與表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的一種或多種數(shù)量性狀基因座連鎖。30.權(quán)利要求27的方法，其中與所述表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的所述遺傳基因座編碼與所述表型性狀表勤目關(guān)聯(lián)的基因產(chǎn)物。31.權(quán)利要求27的方法，其中所述一種或多種遺傳標(biāo)記中至少一種和與所述表型性狀表達(dá)相關(guān)聯(lián)的所述遺傳基因座之間的重組率是零。32.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中所述育種配偶體是相同的個(gè)體。33.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中每個(gè)計(jì)算的或模擬的育種包括對來自所述緊接在之前的世代的個(gè)體進(jìn)行自交。34.權(quán)利要求l-6任一項(xiàng)的方法，其中所述育種對包含雄性基因型的集合、雌性基因型的集合、或雄性基因型的集合和雌性基因型的集合兩者。全文摘要目前公開的主題提供用于改善旨在改變可與遺傳標(biāo)記建立關(guān)聯(lián)的表型性狀的植物育種程序之功效的方法。根據(jù)個(gè)體的標(biāo)記基因型和在遺傳標(biāo)記和表型性狀之間建立的關(guān)聯(lián)計(jì)算個(gè)體的全基因組遺傳值。然后根據(jù)個(gè)體的全基因組遺傳值和這些遺傳值的分布兩者，為經(jīng)由評估中的育種方案衍生的潛在后代選擇個(gè)體和育種方案。目前公開的主題還提供用于進(jìn)行所公開的方法的系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品以及由本文中的任何方法選擇的、提供的或產(chǎn)生的植物和由本文中的任何方法創(chuàng)建的轉(zhuǎn)基因植物。文檔編號G06F19/18GK101583956SQ200880002463公開日2009年11月18日申請日期2008年1月17日優(yōu)先權(quán)日2007年1月17日發(fā)明者丹尼斯·萊斯皮納斯,吉勒斯·蓋伊,奧迪爾·阿吉里爾,戴維·威爾,米歇爾·勒邁因,米歇爾·拉戈特,羅蘭·菲什申請人:先正達(dá)參股股份有限公司