本發(fā)明涉及用于在具有或不具HIV共感染的免疫活性和免疫受損個體二者中診斷、監(jiān)測和/或治療結(jié)核病、監(jiān)測個體對抗分枝桿菌化學(xué)療法的響應(yīng)、監(jiān)測潛伏性結(jié)核病向活動性結(jié)核病的進展、區(qū)分活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病以及其它仿似結(jié)核病(TB)臨床病況的生物標志。本發(fā)明還涉及用于使用所述生物標志診斷、監(jiān)測和/或治療結(jié)核病的方法。以上在所有方面適于以結(jié)核分枝桿菌(Mycobacteriumtuberculosis)為結(jié)核病致病微生物的肺和肺外結(jié)核分枝桿菌感染二者。因此本發(fā)明在協(xié)助未來對于結(jié)核病藥物的發(fā)現(xiàn)工作中非常有用并且還提供代理臨床終點以及成為對治療的響應(yīng)的有效預(yù)測器。發(fā)明背景依據(jù)可證（arguably），結(jié)核分枝桿菌說是全世界最成功的病原微生物之一，是潛在致死性傳染病結(jié)核病的致病物。其還是全世界來自潛在可治愈傳染病的死亡的主要原因，每年估計有兩百萬相關(guān)死亡。TB的發(fā)病機制復(fù)雜，最初的感染因為吸入霧化的傳染性結(jié)核分枝桿菌發(fā)生。對桿菌性損傷（bacillaryinsult）的免疫應(yīng)答決定感染個體是否將繼續(xù)發(fā)展局部肺病、潛伏性疾病(LTBI)或血源性傳播造成的彌散性疾病。獲得潛伏性疾病的那些保持無癥狀但保有發(fā)展成活動性疾病的可能性(這在壽命期內(nèi)在所有病例的約10%中發(fā)生)。據(jù)估計世界人口的約三分之一受到潛伏性或活動性結(jié)核病感染。最近來自2012年的數(shù)字報告在UK總計有8751例活動性結(jié)核病。這代表過去十年總體上升的趨勢。抵抗抗生素的結(jié)核分枝桿菌的數(shù)目也在增加。肺TB是最常見的結(jié)核分枝桿菌感染臨床表現(xiàn)。癥狀通常包括伴隨或不伴隨咳血的慢性咳嗽、發(fā)燒、盜汗和體重減輕。僅具有活動性肺病的個體保持傳染性，因為他們具有霧化桿菌的能力。幾乎任何其它器官系統(tǒng)感染均可能發(fā)生，并具有多種伴隨的臨床表現(xiàn)。免疫受損個體可非典型表現(xiàn)。該病原體已顯示引人注目的復(fù)蘇，其部分上受到撒哈拉以南非洲（sub-SaharanAfrica）的HIV流行的驅(qū)使，因為這些個體的免疫應(yīng)答受損。這具有雙重影響。第一，個體更可能從原先存在的潛伏性疾病發(fā)展成活動性疾病，并且第二，原發(fā)感染更可能采取具有增加的傳染性的活動性疾病形式。隨著全球化上升，該霧化病原體的檢測、預(yù)防和早期適當治療正在成為日益重要的公眾健康優(yōu)先事項。盡管廣泛的研究，但當前對結(jié)核分枝桿菌免疫應(yīng)答和發(fā)病機制的理解尚不完全。此外，現(xiàn)有診斷和治療方法不理想。結(jié)核病通過臨床標本中致病生物體(結(jié)核分枝桿菌)的鑒定而確診。這通過生物體的延長培養(yǎng)，或通過PCR分析完成。明確診斷的輔助物包括：診斷成像(X射線或放射性掃描)、結(jié)核菌素皮膚試驗(Mantoux/Heaf試驗)和干擾素γ釋放測定(IGRAs)。快速明確TB診斷的現(xiàn)有障礙包括在實驗室培養(yǎng)該緩慢生長的生物體中的困難，其可耗費約3-12周，或獲得包含分枝桿菌DNA用于PCR的適當樣品中的困難。在肺外TB的情況下后者可能需要侵入性采樣，其昂貴并且可給患者造成額外風(fēng)險。TB診斷領(lǐng)域的近期發(fā)展包括已得到世界衛(wèi)生當局(WorldHealthAuthority)認可的XpertMTB/RIF檢驗。其用于痰樣品以診斷可疑活動性肺結(jié)核案例，和檢測利福平抗性突變，其為多重耐藥結(jié)核病的標志。然而，該方法依賴于獲得RCR-陽性樣品。由于不理想的診斷工具，常?；谂R床懷疑結(jié)合附屬診斷檢驗的結(jié)果經(jīng)驗性地開始抗微生物組合化學(xué)療法治療。該方法的基本原理有兩重?；颊呓邮芸刮⑸锘瘜W(xué)療法的治療試驗，在肺結(jié)核的情況下，傳播通過減少痰中桿菌負載而削減。當前的診斷附屬物包括：放射性成像、IGRAs和結(jié)核菌素皮膚試驗(TST)。成像提供關(guān)于是否存在典型特征的指導(dǎo)，而IGRAs和TST通過詢問對TB相關(guān)抗原的免疫應(yīng)答提供關(guān)于之前可能暴露于結(jié)核分枝桿菌的信息。IGRA和TST試驗二者的解讀是復(fù)雜的并且被許多因素混淆。這些尤其包括：先前暴露(潛伏性疾病)、先前用BCG疫苗接種和免疫抑制。然而，在TB低流行的國家，IGRA已經(jīng)日益成為可接受的附屬工具，用于評估結(jié)核性疾病存在的可能性。不幸的是，成像、TST和IGRA試驗不能確診活動性疾病的存在。最近的出版物強調(diào)了利用生物標志組合作為結(jié)核病診斷工具的潛能。WO03/075016描述血液中可檢測的可溶性蛋白，即可溶性CD抗原(“sCD”)sCD15、sCD23、sCD27和sCD54的水平在結(jié)核病患者中可能改變。來自美國胸科學(xué)會(AmericanThoracicSociety)(ATS)2010國際會議的Medscape醫(yī)學(xué)新聞文章指出IL-15和MCP-1組合將84%的受試者正確分類為具有活動性或潛伏性結(jié)核病。Chegou(2009年5-6月第二屆關(guān)于IGRAs的全球座談會)描述生物標志組合為比單獨生物標志更有前景的TB診斷學(xué)并且提出測量EGF、sCD40L、MIP-1β、VEGF、TGF-α或IL-1α作為活動性TB的快速檢驗。Wu等人(2007)JImmunol178,3688-3694指出IL-8、FOXP3和IL-12β提供區(qū)分潛伏性結(jié)核分枝桿菌感染和活動性結(jié)核病的方法。正如當前用于TB的診斷方法學(xué)不理想，可用于該疾病的治療選擇也不理想。由于該病原體的胞內(nèi)性質(zhì)，和TB治療學(xué)領(lǐng)域缺乏足夠創(chuàng)新，在最簡單的情況下在幾個月的長時間內(nèi)TB治療的基礎(chǔ)持續(xù)為組合抗微生物化學(xué)療法。部分治療順應(yīng)性可導(dǎo)致不理想的抗微生物治療水平，和抗生素抗性突變的微觀進化。因此，患者可能在較長的時間里保持感染性，并增加傳播頻率。這些抗性突變(其中一些對所有已知抗TB藥物無應(yīng)答(多重抗性))的發(fā)展最近在印度引起高度關(guān)注。因此存在鑒定用于確診活動性和潛伏性TB二者并且特別是區(qū)分活動性與潛伏性TB的更有效和高效的方法的需求。發(fā)明概述本發(fā)明的第一個方面提供包含三個或更多個選自以下的生物標志的生物標志組用于診斷和/或監(jiān)測結(jié)核病的用途：CD14、CD22、CD25、CD27、CD54、CD62L、CD64、CD120b、CD170、IL-1β、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12p70、IL-32、CXCL9、CXCL10、TNFα和IFNγ。本發(fā)明進一步的方面提供診斷和/或監(jiān)測結(jié)核病的方法，包括檢測和/或定量獲自檢驗受試者的臨床樣品中本文所定義的生物標志。本發(fā)明進一步的方面提供診斷個體中的結(jié)核病的方法，包括：(a)從個體獲得檢驗生物樣品；(b)定量本文所定義的生物標志的量；(c)比較檢驗生物樣品中所述生物標志的量與一個或多個對照樣品中存在的量，如此檢驗生物樣品中所述生物標志水平的差異指示結(jié)核病的診斷。本發(fā)明進一步的方面提供監(jiān)測抗微生物治療在患有或疑似患有結(jié)核病的受試者中的功效的方法，包括檢測和/或定量來自所述受試者的樣品中的本文所定義的生物標志。本發(fā)明進一步的方面提供測定用于結(jié)核病的抗微生物治療在個體受試者中的功效的方法，包括：(a)從個體獲得生物樣品；(b)定量本文所定義的生物標志的量；(c)比較檢驗生物樣品中所述生物標志的量與一個或多個對照樣品中存在的量，如此檢驗生物樣品中所述生物標志水平的差異指示對治療的響應(yīng)。本發(fā)明進一步的方面提供在有需要的個體中治療結(jié)核病的方法，其中所述方法包括以下步驟：(a)根據(jù)本文所描述的方法診斷個體中的結(jié)核??；接著(b)如果結(jié)核病診斷陽性給予所述個體抗結(jié)核病藥劑。本發(fā)明進一步的方面提供在有需要的個體中治療結(jié)核病的方法，包括給予當與來自對照受試者的所述生物標志的水平相比時鑒定為具有不同水平的本文所定義生物標志的患者抗結(jié)核病藥劑的步驟。本發(fā)明進一步的方面提供能夠與生物標志特異性結(jié)合的配體，例如天然存在或化學(xué)合成的化合物。本發(fā)明的配體可包括能夠與生物標志特異性結(jié)合的肽、抗體或其片段，或者適體或寡核苷酸?？贵w可為能夠與生物標志特異性結(jié)合的單克隆抗體或其片段。本發(fā)明的配體可用可檢測的標志標記，例如發(fā)光、熒光或放射性標志；備選地或額外地本發(fā)明配體可用親和標簽標記，例如生物素、親和素、鏈霉親和素或His(例如6×His)標簽。本發(fā)明的生物傳感器可包含生物標志或能夠與抗生物標志的抗體特異性結(jié)合的其結(jié)構(gòu)/形狀模擬物。還提供包含如本文所述的配體或模擬物的陣列。本發(fā)明還提供如本文所述的一個或多個配體，或本發(fā)明的傳感器，或本發(fā)明的陣列，或本發(fā)明的試劑盒，用于檢測和/或定量生物標志的用途，所述配體可天然存在或化學(xué)合成，并且合適地為能夠識別生物標志的肽、抗體或其片段、適體或寡核苷酸，或任何其它天然或人工化學(xué)實體。在這些用途中，檢測和/或定量可在例如來自全血、血清、血漿、組織液、腦脊液(CSF)、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳、尿、胸膜液、腹水、支氣管肺泡灌洗、唾液、痰、眼淚、汗、淋巴液、吸出物、骨髓吸出物和粘液，或其提取物或純化，或其稀釋物的生物樣品上進行。提供診斷或監(jiān)測試劑盒用于實施本發(fā)明的方法。這樣的試劑盒將合適地包含用于檢測和/或定量生物標志的本發(fā)明配體，和/或生物傳感器，和/或本文所述陣列，任選連同試劑盒使用說明。本發(fā)明進一步的方面為用于監(jiān)測、診斷和/或治療結(jié)核病的試劑盒，其包含能夠檢測和/或定量一個或多個本文所定義生物標志的生物傳感器。結(jié)核病生物標志為用于發(fā)現(xiàn)減少或防止該病癥相關(guān)癥狀進展的新靶點和藥物分子的主要靶點（Biomarkersfortuberculosisareessentialtargetsforthediscoveryofnoveltargetsanddrugmoleculesthatreduceorpreventtheprogressionofsymptomsassociatedwiththedisorder）。由于生物標志的水平指示病癥的診斷和藥物響應(yīng)的可能性，生物標志可用于體外和/或體內(nèi)測定中新治療化合物的鑒定。本發(fā)明概述的生物標志可用在用于篩查調(diào)節(jié)生物標志活性的化合物的方法中。因此，本發(fā)明進一步的方面提供配體，或本發(fā)明的生物傳感器，或本發(fā)明的陣列，或本發(fā)明的試劑盒，鑒定能夠促進和/或抑制生物標志產(chǎn)生的物質(zhì)的用途，如所描述的，所述配體可為本發(fā)明的肽、抗體或其片段或者適體或寡核苷酸，或任何其它能夠識別生物標志的天然或人工化學(xué)實體。還提供鑒定能夠促進或抑制受試者中生物標志產(chǎn)生的物質(zhì)的方法，包括給予受試動物檢驗物質(zhì)并檢測和/或定量來自受試者的檢驗樣品中存在的生物標志水平。附圖簡述圖1：顯示對于CD64的分析結(jié)果的平均值和標準偏差的實例箱線圖，對于活動性vs.患病，該生物標志具有統(tǒng)計上最顯著的p值。對于該生物標志，顯示了活動性-潛伏性、潛伏性-健康和活動性-患病鑒別的p值。圖2：顯示對于僅越南樣品，CD64的分析結(jié)果的平均值和標準偏差的實例箱線圖，對于活動性vs.患病，該生物標志具有統(tǒng)計上最顯著的p值。對于該生物標志，顯示了基于僅越南樣品同齡組（cohort）的活動性-潛伏性和活動性-患病鑒別的p值。圖3：顯示對于僅南非樣品，CD64的分析結(jié)果的平均值和標準偏差的實例箱線圖，對于活動性vs.患病，該生物標志具有統(tǒng)計上最顯著的p值。對于該生物標志，顯示了基于僅南非樣品同齡組的活動性-潛伏性和潛伏性-健康鑒別的p值。圖4：基于來自生物標志表達組合的南非活動性TB和南非潛伏性TB的預(yù)測的實例ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含南非活動性TB和南非潛伏性的。圖5：基于來自生物標志表達組合(該實例使用完全的15個生物標志集)的越南活動性TB和越南潛伏性TB的預(yù)測的實例ROC曲線。訓(xùn)練集包含越南活動性TB和越南潛伏性的。圖6：基于來自生物標志表達組合的僅陰性涂片檢查的越南活動性TB和越南潛伏性TB的預(yù)測的實例ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含僅陰性涂片檢查的越南活動性TB和越南潛伏性的。圖7：基于來自生物標志表達組合的僅陽性涂片檢查的越南活動性TB和越南潛伏性TB的預(yù)測的實例ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含僅陽性涂片檢查的越南活動性TB和越南潛伏性的。圖8：基于來自生物標志表達組合的越南活動性TB和越南患病(非TB)的預(yù)測的實例ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含越南活動性TB和越南患病(非TB)。圖9：基于來自生物標志表達組合的越南潛伏性TB和越南患病(非TB)的預(yù)測的實例ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含越南潛伏性TB和越南患病(非TB)。圖10：基于來自生物標志表達組合的僅陰性涂片檢查的越南活動性TB和越南潛伏性TB的預(yù)測的實例ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含南非活動性TB(所有南非樣品均為涂片陽性)和南非潛伏性的。圖11：基于來自生物標志表達組合的越南活動性TB和越南潛伏性TB的預(yù)測的實例ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含南非活動性TB(所有南非樣品均為涂片陽性)和南非潛伏性的。圖12：基于來自生物標志表達組合的南非活動性TB(所有南非樣品均為涂片陽性)和南非潛伏性的預(yù)測的實例ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含僅陰性涂片檢查的越南活動性TB和越南潛伏性TB。圖13：基于來自生物標志表達組合的南非活動性TB(所有南非樣品均為涂片陽性)和南非潛伏性的預(yù)測的實例ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含僅陽性涂片檢查的越南活動性TB和越南潛伏性TB。圖14：顯示對于單獨生物標志和對于移除一個生物標志的整個生物標志組(IFNγ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CXCL10、CD25、CD120b、CD170、CD64、CD62L、CD54和CXCL9)的預(yù)測的AUC的實例圖表。AUCs為針對基于來自生物標志表達組合的越南活動性TB和越南患病(非TB)的預(yù)測的ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含越南活動性TB和越南患病(非TB)。圖15：顯示對于單獨生物標志和對于移除一個生物標志的整個生物標志組(IFNγ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CXCL10、CD25、CD120b、CD170、CD64、CD62L、CD54和CXCL9)的預(yù)測的AUC的實例圖表。AUCs為針對基于來自生物標志表達組合的南非活動性TB和南非潛伏性TB的預(yù)測的ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含南非活動性TB和南非潛伏性TB。圖16：顯示對于單獨生物標志和對于移除一個生物標志的整個生物標志組(IFNγ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CXCL10、CD25、CD120b、CD170、CD64、CD62L、CD54和CXCL9)的預(yù)測的AUC的實例圖表。AUCs為針對基于來自生物標志表達組合的越南活動性TB和越南潛伏性TB的預(yù)測的ROC曲線(該實例使用完全的15個生物標志集)。訓(xùn)練集包含越南活動性TB和越南潛伏性TB。圖17：從來自活動性TB與潛伏性TB的樣品之間的隨機森林分類產(chǎn)生以鑒定用于區(qū)分這些群組的最佳生物標志組合的兩個實例曲線。圖18：從來自活動性TB與有癥狀的非TB(患病)的樣品之間的隨機森林分類產(chǎn)生以鑒定用于區(qū)分這些群組的最佳生物標志組合的兩個實例曲線。圖19：從來自潛伏性TB與有癥狀的非TB(患病)的樣品之間的隨機森林分類產(chǎn)生以鑒定用于區(qū)分這些群組的最佳生物標志組合的兩個實例曲線。圖20：從來自活動性TB(涂片陰性)與潛伏性TB的樣品之間的隨機森林分類產(chǎn)生以鑒定用于區(qū)分這些群組的最佳生物標志組合的兩個實例曲線。圖21：從來自活動性TB(涂片陰性)與有癥狀的非TB(患病)的樣品之間的隨機森林分類產(chǎn)生以鑒定用于區(qū)分這些群組的最佳生物標志組合的兩個實例曲線。圖22：從來自活動性TB(涂片陽性)與潛伏性TB的樣品之間的隨機森林分類產(chǎn)生以鑒定用于區(qū)分這些群組的最佳生物標志組合的兩個實例曲線。圖23：從來自活動性TB(涂片陽性)與有癥狀的非TB(患病)的樣品之間的隨機森林分類產(chǎn)生以鑒定用于區(qū)分這些群組的最佳生物標志組合的兩個實例曲線。圖24：從來自活動性TBHIV陽性與活動性TBHIV陰性的樣品之間的隨機森林分類產(chǎn)生以鑒定用于區(qū)分這些群組的最佳生物標志組合的兩個實例曲線。發(fā)明詳述本發(fā)明的第一個方面提供包含三個或更多個選自以下的生物標志的生物標志組用于診斷和/或監(jiān)測結(jié)核病的用途：CD14、CD22、CD25、CD27、CD54、CD62L、CD64、CD120b、CD170、IL-1β、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12p70、IL-32、CXCL9、CXCL10、TNFα和IFNγ。本發(fā)明的第二個方面提供選自CXCL10、CD64、CD62L和CD54的一個或多個生物標志用于診斷和/或監(jiān)測結(jié)核病的用途。本文表3中呈現(xiàn)描述本發(fā)明該方面的標志在代表指示關(guān)鍵鑒別診斷的高靈敏性和特異性鑒別診斷標志中的有效性的數(shù)據(jù)，例如區(qū)分活動性與潛伏性結(jié)核病、潛伏性結(jié)核病與健康個體和活動性結(jié)核病與有癥狀的非結(jié)核病個體的能力。在一個實施方案中，診斷和/或監(jiān)測結(jié)核病包括診斷結(jié)核病的存在或監(jiān)測結(jié)核病對治療干預(yù)的響應(yīng)。在一個實施方案中，生物標志包括CXCL10。本文對“CXCL10”的提及指C-X-C基序趨化因子10(CXCL10)，也稱作干擾素γ-誘導(dǎo)蛋白10(IP-10)或小-可誘導(dǎo)細胞因子B10。CXCL10為在人中由CXCL10基因編碼的8.7kDa蛋白。CXCL10是屬于CXC趨化因子家族的小細胞因子。應(yīng)理解的是CXCL10在本發(fā)明中可以以其天然形式或其可溶形式(即，拮抗物形式)使用。對這些不同形式CXCL10的討論在Casrouge等人(2011)TheJournalofClinicalInvestigation121(1),308-317中描述，其中假設(shè)二肽基肽酶IV(DPP4；也稱作CD26)，可能與其它蛋白酶組合，介導(dǎo)拮抗物形式CXCL10的產(chǎn)生。本文表3中呈現(xiàn)描述CXCL10在代表指示關(guān)鍵鑒別診斷的高靈敏性和特異性鑒別診斷標志中的有效性的數(shù)據(jù)，例如區(qū)分活動性與潛伏性結(jié)核病、潛伏性結(jié)核病與健康個體和活動性結(jié)核病與有癥狀的非結(jié)核病個體的能力。此外，本文在表4中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)證明，對于區(qū)分活動性(涂片陰性)結(jié)核病和活動性(涂片陽性)結(jié)核病，CXCL10提供單一最好的AUC結(jié)果。在一個實施方案中，生物標志包括CD64。本文對“CD64”的提及指分化群64，其為一種類型的膜內(nèi)在糖蛋白，稱作Fc受體，以高親和力結(jié)合單體IgG型抗體。其更通常被稱作Fc-γ受體1(FcγRI)。結(jié)合IgG后，CD64與稱作共有γ鏈(γ鏈)的輔助鏈相互作用，所述共有γ鏈具有觸發(fā)細胞活化所必需的ITAM基序。CD64在結(jié)構(gòu)上包含允許其轉(zhuǎn)運至細胞表面的信號肽、三個用于結(jié)合抗體的C2-型胞外免疫球蛋白結(jié)構(gòu)域、疏水跨膜結(jié)構(gòu)域和短胞質(zhì)尾區(qū)。CD64組成上僅存在于巨噬細胞和單核細胞上，但用細胞因子如IFNγ和G-CSF處理多形核白細胞可誘導(dǎo)CD64在這些細胞上表達。對于CD64，在人中存在三個不同(但高度相似)的基因，稱為FcγRIA(CD64A)、FcγRIB(CD64B)和FcγRIC(CD64C)，其位于染色體1上。通過基因的選擇性剪接，這三個基因產(chǎn)生六個不同的mRNA轉(zhuǎn)錄物；兩個來自CD64A，三個來自CD64B，一個來自CD64C。應(yīng)理解的是CD64在本發(fā)明中可以以其膜結(jié)合形式（menbraneassociatedform）或其可溶形式(即sCD64)使用。對這些不同形式Fcγ的討論在Fridman等人(1993)JournalofLeukocyteBiology54,504-512中描述，其中假設(shè)可溶性Fcγ受體通過編碼受體跨膜區(qū)的外顯子的選擇性剪接或通過在細胞膜處的蛋白水解切割產(chǎn)生。在一個實施方案中，生物標志包括sCD64。在進一步的實施方案中，生物標志包括sCD64A(即FcγRIA)。本文表3中呈現(xiàn)描述sCD64A在代表指示關(guān)鍵鑒別診斷的高靈敏性和特異性鑒別診斷標志中的有效性的數(shù)據(jù)，例如區(qū)分活動性與潛伏性結(jié)核病、潛伏性結(jié)核病與健康個體和活動性結(jié)核病與有癥狀的非結(jié)核病個體的能力。具體地，從表3可以看出，對于活動性vs.有癥狀的非結(jié)核病個體，CD64顯示統(tǒng)計上最顯著的p值。對于CD64，數(shù)據(jù)也在圖1-3中示出。此外，本文表4中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)證明，對于區(qū)分活動性(涂片陽性)結(jié)核病和有癥狀的非結(jié)核病個體，CD64提供單一最好的AUC結(jié)果。在一個實施方案中，生物標志包括CD62L。本文對“CD62L”的提及指分化群62L(也稱作L-選擇素或SELL)，為淋巴細胞和植入前胚胎上存在的細胞粘附分子。其屬于蛋白選擇素家族（theselectinfamilyofproteins），所述蛋白選擇素家族識別唾液酸化的碳水化合物群。其被ADAM17切割。CD62L為細胞表面組分，是在淋巴細胞-內(nèi)皮細胞相互作用中發(fā)揮重要作用的粘附/歸巢受體家族的成員。該分子包含多個結(jié)構(gòu)域：一個與外源凝集素同源，一個與表皮生長因子同源，兩個與C3/C4結(jié)合蛋白中存在的一致重復(fù)單元同源。應(yīng)理解的是CD62L在本發(fā)明中可以以其膜結(jié)合形式或其可溶形式(即sCD62L)使用。對這些不同形式CD62L的討論在Zhao等人(2001)TheJournalofBiologicalChemistry276(33),30631-30640中描述，其中假設(shè)可溶CD62L通過由TNFα轉(zhuǎn)換酶(一種細胞表面金屬蛋白酶)從活化白細胞表面快速切割產(chǎn)生，并且在未活化細胞中也經(jīng)歷較慢的組成型脫落。在一個實施方案中，生物標志包括sCD62L。本文表3中呈現(xiàn)描述sCD62L在代表指示關(guān)鍵鑒別診斷的高靈敏性和特異性鑒別診斷標志中的有效性的數(shù)據(jù)，例如區(qū)分活動性與潛伏性結(jié)核病、潛伏性結(jié)核病與健康個體和活動性結(jié)核病與有癥狀的非結(jié)核病個體的能力。此外，本文表4中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)證明，對于區(qū)分活動性(涂片陰性)結(jié)核病和有癥狀的非結(jié)核病個體，CD62L提供單一最好的AUC結(jié)果。在一個實施方案中，生物標志包括CD54。本文對“CD54”的提及指分化群54(也稱作ICAM-1；細胞間粘附分子1)。CD54為在人中由ICAM1基因編碼的蛋白質(zhì)。該基因編碼通常在內(nèi)皮細胞和免疫系統(tǒng)細胞上表達的細胞表面糖蛋白。其與CD11a/CD18或CD11b/CD18型整合素結(jié)合，并且也被鼻病毒用作受體。應(yīng)理解的是CD54在本發(fā)明中可以以其膜結(jié)合形式或其可溶形式(即sCD54)使用。對這些不同形式CD54的討論在Rokhlin和Cohen(1996)CancerLetters107,29-35中描述，其中假設(shè)可溶CD54的釋放由選擇性剪接引起。在一個實施方案中，生物標志包括sCD54。本文表3中呈現(xiàn)描述sCD54在代表指示關(guān)鍵鑒別診斷的高靈敏性和特異性鑒別診斷標志中的有效性的數(shù)據(jù)，例如區(qū)分活動性與潛伏性結(jié)核病、潛伏性結(jié)核病與健康個體和活動性結(jié)核病與有癥狀的非結(jié)核病個體的能力。在任何本發(fā)明前述方面的一個實施方案中，生物標志選自兩個或更多個：CXCL10、CD64、CD62L和CD54。在任何本發(fā)明前述方面的一個實施方案中，生物標志選自以下中三個或更多個：CXCL10、CD64、CD62L和CD54。在任何本發(fā)明前述方面的一個實施方案中，選擇以下所有四個作為生物標志：CXCL10、CD64、CD62L和CD54。因此，本發(fā)明進一步的方面提供CXCL10、CD64、CD62L和CD54每一作為特定生物標志組用于診斷和/或監(jiān)測結(jié)核病的用途。在一個實施方案中，所述診斷包括以下任一的鑒別診斷：活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病、活動性(涂片陽性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病、活動性(涂片陰性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病、活動性結(jié)核病與健康對照、潛伏性結(jié)核病與健康對照、活動性結(jié)核病與患病對照、活動性(涂片陰性)結(jié)核病與患病對照、活動性(涂片陽性)結(jié)核病與患病對照、潛伏性結(jié)核病與患病對照和活動性結(jié)核病HIV陽性與活動性結(jié)核病HIV陰性。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病的鑒別診斷。在一個實施方案中，診斷包括活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病之間的鑒別診斷。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：IL-1β、IL-32、CD22、CD14、IL-6和IL-8。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖17中呈現(xiàn)。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：IL-32、CD22、CD14和IL-6。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖17中呈現(xiàn)。在一個實施方案中診斷包括活動性結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：CD170、CD25、IL-12p70、IL-8、CD64、IL-1β、CD62L、CXCL10、TNFα、IFNγ和IL-6。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖18中呈現(xiàn)。在又進一步的實施方案中，診斷包括活動性結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：CD170、CD25、IL-8、CD64、IL-1β、CD62L、CXCL10、TNFα和IFNγ。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖18中呈現(xiàn)。在一個實施方案中，診斷包括潛伏性結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷。在進一步的實施方案中診斷包括潛伏性結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：IFNγ、CD54、IL-32和CD25。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖19中呈現(xiàn)。在一個實施方案中，診斷包括活動性(涂片陰性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病之間的鑒別診斷。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性(涂片陰性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：IL-12p70、CD54、CD170、CD22、CD25、CXCL9、CD14、IL-32、IFNγ和CD62L。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖20中呈現(xiàn)。在又進一步的實施方案中，診斷包括活動性(涂片陰性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：IL-12p70、CD54、CD170、CD25、CXCL9、CD14、IL-32和IFNγ。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖20中呈現(xiàn)。在一個實施方案中，診斷包括活動性(涂片陰性)結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性(涂片陰性)結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：IL-32、CD62L、CD25、CXCL10、IFNγ和TNFα。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖21中呈現(xiàn)。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性(涂片陰性)結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：IL-32、CD25、IFNγ和TNFα。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖21中呈現(xiàn)。在一個實施方案中，診斷包括活動性(涂片陽性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病之間的鑒別診斷。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性(涂片陽性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：CD14、CD25、IFNγ、IL-10、CD22、CXCL10和CD64。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖22中呈現(xiàn)。在一個實施方案中，診斷包括活動性(涂片陽性)結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性(涂片陽性)結(jié)核病與患病對照之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：IL-32、IL-12p70、CD62L、TNFα、IL-6、IL-1β和IFNγ。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖23中呈現(xiàn)。在一個實施方案中，診斷包括活動性結(jié)核病HIV陽性與活動性結(jié)核病HIV陰性之間的鑒別診斷。在進一步的實施方案中，診斷包括活動性結(jié)核病HIV陽性與活動性結(jié)核病HIV陰性之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：CD22、CD62L、IL-1β、IL-10、CD14、CD25、IL-32和CD120b。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖24中呈現(xiàn)。在又進一步的實施方案中，診斷包括活動性結(jié)核病HIV陽性與活動性結(jié)核病HIV陰性之間的鑒別診斷，并且生物標志選自以下中三個或更多個：IL-1β、IL-10、CD14、CD25、IL-32和CD120b。顯示這些生物標志在兩個最佳檢驗組合中均存在的數(shù)據(jù)在圖24中呈現(xiàn)。由圖24中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)看來，應(yīng)理解本文對在個體中診斷、監(jiān)測或治療結(jié)核病的提及包括對所述個體共感染HIV的提及。盡管應(yīng)理解選自CXCL10、CD64、CD62L和CD54的一個或多個生物標志代表本發(fā)明的一個方面，但也可使用另外的用于診斷結(jié)核病的生物標志以改善結(jié)核病診斷或活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病、活動性(涂片陽性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病、活動性(涂片陰性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病、活動性結(jié)核病與健康對照、潛伏性結(jié)核病與健康對照、活動性結(jié)核病與患病對照、活動性(涂片陰性)結(jié)核病與患病對照、活動性(涂片陽性)結(jié)核病與患病對照、潛伏性結(jié)核病與患病對照和活動性結(jié)核病HIV陽性與活動性結(jié)核病HIV陰性之間的鑒別的統(tǒng)計顯著性。因此，在一個實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的一個或多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的兩個或更多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的三個或更多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的四個或更多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的五個或更多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的六個或更多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的七個或更多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的八個或更多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的九個或更多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括選自以下的十個或更多個另外的生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在進一步的實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括所有11個以下生物標志：IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。在一個實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括至少IFN-γ。本文表4中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)證明，對于區(qū)分(i)活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病，(ii)活動性結(jié)核病與健康個體和(iii)活動性(涂片陰性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病，IFN-γ提供單一最好的AUC結(jié)果。在一個實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括至少TNFα。本文表4中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)證明，對于區(qū)分有癥狀的非結(jié)核病個體與所有結(jié)核病患者(即活動性和潛伏性結(jié)核病患者)，TNFα提供單一最好的AUC結(jié)果。在一個實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括至少IL-10。本文表4中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)證明，對于區(qū)分(i)活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病和(ii)有癥狀的非結(jié)核病個體與活動性結(jié)核病患者，IL-10提供單一最好的AUC結(jié)果。在一個實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括至少IL-8。本文表4中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)證明，對于區(qū)分(i)活動性(涂片陽性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病，(ii)活動性(涂片陰性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病和(iii)有癥狀的非結(jié)核病個體與潛伏性結(jié)核病患者，IL-8提供單一最好的AUC結(jié)果。在一個實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括至少CD25。本文表4中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)證明，對于區(qū)分(i)健康個體與所有結(jié)核病患者(即活動性和潛伏性結(jié)核病患者)，(ii)活動性(涂片陽性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病和(iii)活動性(涂片陰性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病，CD25提供單一最好的AUC結(jié)果。在一個實施方案中，任何本發(fā)明前述方面的用途額外地包括至少IL-6。本文表4中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)證明，對于區(qū)分活動性(涂片陽性)結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病，IL-6提供單一最好的AUC結(jié)果。因此，本發(fā)明進一步的方面提供以下每一作為特定生物標志組用于診斷和/或監(jiān)測結(jié)核病的用途：CXCL10、CD64、CD62L、CD54、IFN-γ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CD25、CD120b、CD170和CXCL9。本文圖4-16中呈現(xiàn)證明15個標志的組合組區(qū)分活動與潛伏形式TB，特別地來自不同種族背景(即越南和南非)，的有效性的數(shù)據(jù)。本發(fā)明的生物標志具有提供數(shù)種超過現(xiàn)有用于結(jié)核病的診斷測試的關(guān)鍵優(yōu)點的潛能。這些包括從相對容易獲得的血清學(xué)樣品快速診斷而不需用RD1抗原過夜孵育。這在肺外TB的情況下或在其中常常將痰吞下的兒科病例中具有特別意義。其還增強在3類實驗室規(guī)定不存在時TB診斷的潛能。數(shù)據(jù)還支持在免疫受損個體中增強的診斷能力。包括IGRAs在內(nèi)的當前基于免疫的診斷輔助物在診斷HIV感染個體的結(jié)核病中具有低靈敏度和特異性，主要是因為與HIV-陰性TB患者相比HIV-感染TB患者響應(yīng)TB-特異性抗原產(chǎn)生數(shù)量上較少的γ干擾素(Tsiouris等人(2006)JClinMicrobiol.44(8):2844–2850)。相比之下，憑借本文所示數(shù)據(jù)證明的高水平的特異性和靈敏度，本發(fā)明的生物標志在免疫受損個體的結(jié)核病(包括肺外結(jié)核病)診斷中可具有較大實用性。數(shù)據(jù)還支持關(guān)鍵臨床鑒別之間的更靈敏和特異的鑒別，所述關(guān)鍵臨床鑒別即：活動性結(jié)核病與潛伏性結(jié)核病、活動性結(jié)核病與健康對照、潛伏性結(jié)核病與健康對照、活動性結(jié)核病與患病對照和潛伏性結(jié)核病與患病對照。本發(fā)明的生物標志還提供對于更大理解對該疾病的免疫應(yīng)答，因此關(guān)于活動性疾病的免疫療法的開發(fā)和暴露后預(yù)防的開發(fā)二者的靶向免疫治療的開發(fā)的潛能。本文對“結(jié)核病”的提及包括病原體結(jié)核分枝桿菌的存在引起的傳染病。對結(jié)核病的提及還包括對活動性有癥狀的結(jié)核病感染和潛伏性無癥狀的結(jié)核病感染(LTBI)的提及。多數(shù)結(jié)核病感染實例主要限制在肺(即肺結(jié)核)，然而，大約四分之一的活動性結(jié)核病感染從肺移出，引起其它種類結(jié)核病，統(tǒng)一稱作肺外結(jié)核病。這在免疫抑制人口(即患有HIV或AIDS的那些)和幼兒中更通常發(fā)生。在本發(fā)明的上下文中，術(shù)語“CD”指特異性地“群集”到目的抗原/分子或多克隆抗體的給定單克隆或單克隆抗體群或多克隆抗體識別的細胞表面白細胞分子(Inthecontextoftheinvention,theterm'CD'referstoacellsurfaceleukocytemoleculerecognisedbyagivenmonoclonalorgroupofmonoclonalantibodiesorpolyclonalantibodieswhichspecifically'cluster'totheantigen/moleculeinquestionorapolyclonalantibody)。如果不是所有，許多這些CD分子產(chǎn)生通過選擇性剪接、蛋白水解切割、離解或其它機制從細胞表面釋放的可溶形式。因此在本發(fā)明的上下文中，術(shù)語sCD(即可溶CD分子)與術(shù)語分泌或可溶或脫落CD(sCD)同義。應(yīng)理解的是本文對CDs的提及也擴展至包括sCDs。術(shù)語sCD指通常發(fā)現(xiàn)在細胞表面表達并且其中該分子的至少一部分如本文所述被給定單克隆或單克隆抗體群或多克隆抗體識別的白細胞分子的釋放形式。然而，應(yīng)指出，用于識別CD分子的抗體可以不是天然存在的單克隆或多克隆抗體。其可為經(jīng)工程改造的由衍生自具有完整識別的抗體分子的表達片段組成的人工構(gòu)建體，或其可為非蛋白分子識別劑，或不是抗體的蛋白識別劑，或為抗體雜交體，例如通過將抗體結(jié)合位點引入不同的支架制成的。方便地，如WO03/075016中所定義的，可溶形式的sCD通過不同機制產(chǎn)生，包括，但不限于任何選自以下的那些：選擇性剪接、蛋白水解切割和離解。術(shù)語“生物標志”指過程、事件或狀態(tài)的區(qū)別性生物學(xué)或生物學(xué)衍生的指示物。生物標志可用在診斷方法中，例如臨床篩查，和預(yù)后評估、活動性結(jié)核病疾病發(fā)展(例如從潛伏性感染)預(yù)測，以及用于監(jiān)測治療結(jié)果、鑒定最有可能響應(yīng)特定治療的患者、藥物篩查和開發(fā)。生物標志及其用途對鑒定新的藥物療法和發(fā)現(xiàn)新的藥物治療靶是有價值的。特別地，本發(fā)明生物標志具有有效監(jiān)測對抗TB治療的免疫應(yīng)答的潛能。例如，可容易地確定哪些患者具有縮短療程的潛能(當前對于敏感菌株的結(jié)核病治療為6-12個月)。它們也可形成有用的預(yù)測標記，所述標記預(yù)測哪些患者將發(fā)展為活動性疾病，從而允許靶向治療具有高機會發(fā)展成活動性疾病的潛伏性感染個體的亞群。鑒于本發(fā)明主要涉及傳染病的診斷這一事實，結(jié)核病的藥物抗性突變特別受到關(guān)注。例如，存在抵抗特定形式的抗結(jié)核病治療的某些結(jié)核病菌株，例如利福平抗性結(jié)核病。本發(fā)明上述“監(jiān)測”方面因此非常重要，因為對治療無響應(yīng)可為結(jié)核病可能是利福平或多重藥物抗性結(jié)核病的早期征兆。在這種情況下，可在早得多的階段使用替代的治療方案，這將會允許受治療的個體更大可能地存活和減少傳播。本發(fā)明進一步的方面提供診斷個體中的結(jié)核病的方法，包括：(a)從個體獲得檢驗生物樣品；(b)定量檢驗生物樣品中本文所定義的生物標志的量；和(c)比較檢驗生物樣品中本文所定義生物標志的量與一個或多個對照樣品中存在的量，其中與對照樣品相比檢驗生物樣品中較高水平的所述生物標志指示結(jié)核病的診斷。在一個實施方案中，較高水平為相對于對照樣品>1倍差異，例如1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、5.5、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0、8.5、9.0、9.5、10、10.5、11、11.5、12、12.5、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或其間任何范圍的倍差異。在一個實施方案中，較高水平為相對于對照樣品1-75倍差異，例如1.5-10，特別地1.5-5。在一個實施方案中，一個或多個生物標志可由生物學(xué)途徑中生物標志上游或下游存在的分子，或可測量的分子片段代替。在一個實施方案中，使用預(yù)測算法基礎(chǔ)人工智能方法比較所述一個或多個生物標志的量。技術(shù)人員應(yīng)理解的是，如本文在實施例部分所述，這樣的預(yù)測算法基礎(chǔ)人工智能方法可根據(jù)交叉驗證分析進行以評估預(yù)測表現(xiàn)。如本文所使用的，術(shù)語“生物傳感器”意指能夠檢測生物標志的存在的任何事物。本文描述了生物傳感器的實例。本發(fā)明的生物傳感器可包括如本文所述能夠特異性結(jié)合生物標志的一個或多個配體。這樣的生物傳感器可用于檢測和/或定量本發(fā)明的生物標志。本文描述用于診斷和監(jiān)測結(jié)核病的診斷試劑盒。在一個實施方案中，試劑盒額外地包含能夠檢測和/或定量生物標志的生物傳感器。本發(fā)明的監(jiān)測方法可用于監(jiān)測發(fā)病、進展、穩(wěn)定、改善、緩和和/或?qū)χ委煾深A(yù)的響應(yīng)。同樣應(yīng)理解的是監(jiān)測也可包括監(jiān)測結(jié)核病程度以檢測疾病嚴重性。本發(fā)明的標志可提供潛伏性結(jié)核病與活動性結(jié)核病之間的區(qū)分。例如，本發(fā)明在協(xié)助關(guān)于潛伏性疾病、活動性疾病二者的診斷能力和確定具有可能發(fā)展成活動性疾病的潛伏性疾病的那些中具有很大實用性。在本發(fā)明的診斷和/或監(jiān)測方法中，檢測和/或定量來自檢驗受試者的生物樣品中的生物標志可在兩個或更多個時機進行。比較可在在兩個或更多個時機獲取的樣品中的生物標志水平之間進行。可進行在兩個或更多個時機獲取的樣品中的生物標志水平的任何變化的評估。生物標志水平的調(diào)節(jié)可用作結(jié)核病狀態(tài)的指示物。生物標志水平隨時間降低可指示發(fā)病或進展，即病癥的惡化，而生物標志水平上升指示病癥改善或緩和，或反之亦然。本發(fā)明的診斷或監(jiān)測方法可包括定量來自檢驗受試者的檢驗生物樣品中的生物標志和比較所述檢驗樣品中存在的生物標志水平與一個或多個對照。本發(fā)明方法的任一種方法中所使用的對照可包括一個或多個選自以下的對照樣品：來自健康個體的健康對照樣品中存在的生物標志水平、健康生物標志水平，或健康生物標志范圍、具有其它呼吸道感染的患者、具有非TB分枝桿菌感染的患者和已知具有活動性或潛伏性TB的患者。在一個實施方案中，提供診斷結(jié)核病的方法，所述方法包括：(a)定量檢驗生物樣品中本文所定義生物標志的量；和(b)比較所述檢驗樣品中所述生物標志的量與一個或多個對照樣品中存在的量。對于在結(jié)核病患者中增加的生物標志，相對于健康對照中的水平檢驗樣品中較高的生物標志水平指示結(jié)核病的診斷；相對于健康對照檢驗樣品中相等或較低的生物標志水平指示結(jié)核病不存在。對于在結(jié)核病患者中減少的生物標志，相對于健康對照中的水平檢驗樣品中較低的生物標志水平指示結(jié)核病的診斷；相對于健康對照檢驗樣品中相等或較低的生物標志水平指示結(jié)核病不存在。也應(yīng)理解的是在其中對照樣品包括從具有活動性或潛伏性結(jié)核病的患者獲得的樣品時，活動性或潛伏性結(jié)核病的陽性診斷將通常需要與對照樣品基本上相似的生物標志水平。如本文所使用的術(shù)語“診斷”包括結(jié)核病的鑒定、確認和/或表征。本發(fā)明的監(jiān)測和診斷方法可用于確認結(jié)核病的存在，通過評估發(fā)病和進展監(jiān)測病癥發(fā)展，或評估病癥的改善或緩和。監(jiān)測和診斷方法也可用于臨床篩查評估、預(yù)后、治療選擇、治療益處評估，即藥物篩查和藥物開發(fā)的方法中。通過建立正確的診斷、允許快速鑒定最適當?shù)寞煼?因此減少不必要的有害藥物副作用暴露)，有效的診斷和監(jiān)測方法提供具有改善預(yù)后潛能的非常有力的“患者解決方案”。還提供監(jiān)測結(jié)核病治療在具有該病癥、疑似具有該病癥的受試者中的功效的方法，包括檢測和/或定量來自所述受試者的生物樣品中存在的生物標志。在監(jiān)測方法中，檢驗樣品可在兩個或更多個時機獲取。所述方法可進一步包括比較檢驗樣品中存在的生物標志水平與一個或多個對照和/或與較早，例如開始治療前，從同一檢驗受試者和/或在治療的較早階段從同一檢驗受試者獲取的一個或多個先前的檢驗樣品。所述方法可包括檢測在不同時機獲取的檢驗樣品中生物標志水平的變化。本發(fā)明提供用于監(jiān)測結(jié)核病治療在受試者中的功效的方法，包括：(a)定量本文所定義生物標志的量；和(b)比較檢驗樣品中本文所定義生物標志的量與一個或多個對照和/或在更早時間從同一檢驗受試者獲取的一個或多個先前的檢驗樣品中存在的量，如此檢驗樣品中生物標志水平的差異指示對治療的響應(yīng)。對于在結(jié)核病患者中增加的生物標志，檢驗樣品中生物標志水平相對于較早從同一檢驗受試者獲取的先前的檢驗樣品中的水平降低指示所述治療對病癥的有益效果，例如穩(wěn)定或改善。對于在結(jié)核病患者中減少的生物標志，檢驗樣品中生物標志水平相對于較早從同一檢驗受試者獲取的先前的檢驗樣品中的水平增加指示所述治療對病癥的有益效果，例如穩(wěn)定或改善。用于監(jiān)測治療功效的方法可用于監(jiān)測現(xiàn)有療法和新療法在人受試者和非人動物中(例如在動物模型中)的治療有效性。這些監(jiān)測方法可結(jié)合入對新藥物質(zhì)和物質(zhì)組合的篩查中。適當?shù)?，從?jīng)受診斷或監(jiān)測的受試者獲取樣品之間經(jīng)過的時間將會為3天、5天、一周、2周、1月、2月、3月、6月、12月、18月或24月。樣品可在治療之前和/或期間和/或之后獲取。樣品可以在受試者的剩余壽命或其一部分中每隔一定時間獲取。如本文所使用的術(shù)語“檢測”意指確認樣品中存在的生物標志的存情況。定量樣品中存在的生物標志的量可包括測定樣品中存在的生物標志的濃度。檢測和/或定量可在樣品上直接進行，或在其提取物上，或在其稀釋物上，間接進行。在本發(fā)明的備選方面，生物標志的存在通過檢測和/或定量能夠與生物標志特異性結(jié)合的抗體或其片段而評估，所述抗體由受試者身體響應(yīng)生物標志產(chǎn)生并因此存在于來自具有結(jié)核病的受試者的生物樣品中。檢測和/或定量可通過適合鑒定來自患者的生物樣品或生物樣品的純化或提取物或其稀釋物中特定生物標志的存在和/或量的任何方法進行。在本發(fā)明的方法中，定量可通過測量一個或多個樣品中生物標志的濃度進行?？稍诒景l(fā)明的方法中檢驗的生物樣品包括全血、血清、血漿、組織液、腦脊液(CSF)、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳、尿、胸膜液、腹水、支氣管肺泡灌洗、唾液、痰、眼淚、汗、淋巴液、吸出物、骨髓吸出物和粘液，或其提取物或純化，或其稀釋物。生物樣品還包括來自活受試者或死后獲取的組織勻漿、組織切片和活檢樣本。樣品可以以通常方式制備，例如其中適當稀釋或濃縮，和儲存。在一個實施方案中，生物樣品包括全血、血清或血漿。在進一步的實施方案中，生物樣品包括血清，例如未活化的或未刺激的血清。生物標志的檢測和/或定量可通過監(jiān)測生物標志或其片段，例如C端截短或N段截短的片段進行。片段合適地大于4個氨基酸長，例如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20個氨基酸長。生物標志可，例如通過SELDI或MALDI-TOF直接檢測。或者，生物標志可經(jīng)由與一個或多個配體(ligandorligands)例如抗體或其生物標志結(jié)合片段，或能夠特異性結(jié)合生物標志的其它肽或配體，例如適體，或寡核苷酸直接或間接檢測。配體可具有可檢測標記，例如發(fā)光、熒光或放射性標記，和/或親和標簽。例如，檢測和/或定量可通過選自以下的一種或多種方法進行：SELDI(-TOF)、MALDI(-TOF)、基于1-D凝膠的分析、基于2-D凝膠的分析、質(zhì)譜法(MS)、反相(RP)LC、尺寸滲透(凝膠過濾)、離子交換、親和、HPLC、UPLC和其它基于LC或LCMS的技術(shù)。適當?shù)腖CMS技術(shù)包括ICAT?(AppliedBiosystems,CA,USA)或iTRAQ?(AppliedBiosystems,CA,USA)。也可使用液相色譜(例如高壓液相色譜(HPLC)或低壓液相色譜(LPLC))、薄層色譜、NMR(核磁共振)波譜。本發(fā)明的診斷和/或監(jiān)測方法可包括通過夾心免疫測定分析血漿、血清或全血樣品以檢測生物標志的存在或水平。這些方法也適合用于臨床篩查、預(yù)后、監(jiān)測治療結(jié)果、鑒定最可能響應(yīng)特定治療的患者，用于藥物篩查和開發(fā)，以及鑒定用于藥物治療的新靶。檢測和/或定量生物標志可使用涉及能夠與生物標志特異性結(jié)合的抗體或其片段的免疫學(xué)方法進行。合適的免疫學(xué)方法包括夾心免疫測定例如夾心ELSIA(其中生物標志的檢測使用識別生物標志上不同表位的兩個抗體進行)，放射免疫測定(RIA)，直接、間接或競爭酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)、酶免疫測定(EIA)、熒光免疫測定(FIA)、蛋白質(zhì)印記、免疫沉淀和任何基于顆粒的免疫測定(例如使用金、銀或膠乳顆粒、磁性顆?；騋-點)。免疫學(xué)方法可，例如，以微量滴定板或以條形式進行。本發(fā)明的免疫學(xué)方法可基于，例如，任何下列方法。免疫沉淀是最簡單的免疫測定方法；其測量在試劑抗體與樣品一起孵育并與其中存在的靶抗原反應(yīng)以形成不可溶聚集體后形成的沉淀的量。免疫沉淀反應(yīng)可為定性的或定量的。在顆粒免疫測定中，將數(shù)種抗體連接到顆粒，并且顆粒能夠同時結(jié)合許多抗原分子。這大大加快了可見反應(yīng)的速度。其允許快速和靈敏檢測生物標志。在免疫比濁法中，抗體與生物標志上靶抗原的相互作用導(dǎo)致形成免疫復(fù)合體，該免疫復(fù)合體太小而不能沉淀。然而，這些復(fù)合體將會散射入射光并且這可使用比濁計測量。抗原，即生物標志，濃度可在數(shù)分鐘反應(yīng)內(nèi)測定。放射免疫測定(RIA)方法利用放射性同位素例如I125標記抗原或抗體。使用的同位素發(fā)射γ射線，這通常在去除未結(jié)合的(游離)放射標記之后測量。與其它免疫測定相比，RIA的主要優(yōu)點為較高的靈敏度、容易的信號檢測和完善的快速測定。主要缺點為使用輻射造成的健康和安全風(fēng)險以及維持許可的輻射安全和處置程序相關(guān)的時間和花費。為此，在常規(guī)臨床實驗室實踐中RIA已經(jīng)被酶免疫測定大量替代。酶(EIA)免疫測定作為放射免疫測定(RIA)的替代開發(fā)。這些方法使用酶標記抗體或靶抗原。EIA的靈敏度接近RIA，無放射活性同位素造成的危險。一個最廣泛使用的用于檢測的EIA方法為酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)。ELISA方法可使用兩種抗體，其中一種對靶抗原特異，另一種與酶偶聯(lián)，加入酶的底物導(dǎo)致產(chǎn)生化學(xué)發(fā)光或熒光信號。熒光免疫測定(FIA)指利用熒光標記或作用于底物形成熒光產(chǎn)物的酶標記的免疫測定。熒光測量固有地比色度(光譜光度)測量更靈敏。因此，F(xiàn)IA方法具有比利用吸光度(光密度)測量的EIA方法更大的分析靈敏度?；瘜W(xué)發(fā)光免疫測定利用化學(xué)發(fā)光標記，當受到化學(xué)能量激發(fā)時其產(chǎn)生光；發(fā)射使用光檢測器測量。因此本發(fā)明的免疫學(xué)方法可使用眾所周知的方法進行。任何直接(例如，使用傳感器芯片)或間接程序均可用于檢測本發(fā)明的生物標志。生物素-親和素或生物素-鏈霉親和素系統(tǒng)為可適用于本發(fā)明免疫學(xué)方法的一般標記系統(tǒng)。一個結(jié)合伴侶(半抗原、抗原、配體、適體、抗體、酶等)用生物素標記，另一個伴侶(表面，例如孔、小珠、傳感器等)用親和素或鏈霉親和素標記。其為用于免疫測定、基因探針測定和(生物)傳感器的常規(guī)技術(shù)，但為間接的固定途徑而不是直接固定途徑。例如本發(fā)明生物標志特異性的生物素化配體(例如抗體或適體)可固定在親和素或鏈霉親和素表面上，固定的配體可然后暴露于包含或疑似包含生物標志的樣品以檢測和/或定量本發(fā)明的生物標志。固定抗原的檢測和/或定量可然后通過如本文所述的免疫學(xué)方法進行。如本文所使用得術(shù)語“抗體”包括，但不限于：多克隆、單克隆、雙特異性、人源化或嵌合抗體、單鏈抗體、片段(例如FAb、F(Ab')2、Fv、二硫鍵連接的Fv、scFv、雙特異性抗體)、通過Fab表達文庫產(chǎn)生的片段、抗-個體基因型(抗-Id)抗體和上述任何的表位結(jié)合片段。如本文所使用的術(shù)語“抗體”還指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免疫活性部分，即包含特異性結(jié)合抗原的抗原結(jié)合位點的分子。本發(fā)明的免疫球蛋白分子可為任何免疫球蛋白分子類別(例如，IgG、IgE、IgM、IgD和IgA)或亞類。疾病特異性關(guān)鍵生物標志的鑒定對整合診斷程序和治療方案是關(guān)鍵的。使用預(yù)測生物標志，可開發(fā)適當?shù)脑\斷工具例如生物傳感器；因此，在本發(fā)明方法和用途中，檢測和定量可使用生物傳感器、微分析系統(tǒng)、微工程系統(tǒng)、微分離系統(tǒng)和免疫層析系統(tǒng)或其它適合的分析裝置進行。生物傳感器可結(jié)合用于檢測生物標志的免疫學(xué)方法、電、熱、磁、光學(xué)(例如全息)或聲學(xué)技術(shù)。使用這樣的生物傳感器，檢測生物樣品中存在的預(yù)期濃度的靶生物標志是可能的。因此，本發(fā)明進一步的方面提供用于診斷和/或監(jiān)測結(jié)核病的裝置，其包括配置為檢測和/或定量任何本文所定義生物標志的生物傳感器、微分析、微工程、微分離和/或免疫層析系統(tǒng)。合適地，用于檢測一個或多個本發(fā)明生物標志的生物傳感器以適當方式組合生物分子識別以將樣品中生物標志的存在或量的檢測轉(zhuǎn)換為信號。生物傳感器可適合于“備選位置”診斷檢驗，例如在住院部、門診部、外科、家、田野和工作場所。檢測一個或多個本發(fā)明生物標志的生物傳感器包括聲學(xué)、等離子體共振、全息和微工程傳感器。在用于檢測一個或多個本發(fā)明生物標志的生物傳感器中可利用印記識別元件、薄膜晶體管技術(shù)、磁聲波諧振器裝置和其它新型聲電系統(tǒng)。本發(fā)明生物標志的水平可根據(jù)任何前文中描述的技術(shù)測量。在一個具體的實施方案中，IFN-γ和TNF-α的水平可根據(jù)MSD?測定測量，例如HumanPro-inflammatory7-PlexAssay超敏試劑盒(MesoscaleDiscovery;CatalogueNo.K15008C-1,K15008C-2或K15008C-4)。該促炎測定以夾心免疫測定形式檢測IFN-γ或TNF-α，即通過提供已經(jīng)用捕獲抗體在空間上不同的點上預(yù)包被的板。然后將樣品連同包含用電化學(xué)發(fā)光化合物標記的抗-IFN-γ或抗-TNF-α檢測抗體的溶液一起加入板中并孵育指定的時間段。樣品中的IFN-γ或TNF-α將會與工作電極表面上固定的捕獲抗體結(jié)合，并通過結(jié)合的IFN-γ分析物或TNF-α分析物招募標記檢測抗體完成夾心。然后加入MSD閱讀緩沖液以提供用于電化學(xué)發(fā)光的化學(xué)環(huán)境，然后將板裝載到MSDSECTOR?儀器中用于分析。在SECTOR儀器內(nèi)部，施加到板電極的電壓導(dǎo)致結(jié)合到電極表面的標記發(fā)光。該儀器測量發(fā)射光的強度以提供樣品中存在的IFN-γ或TNF-α的定量測量。應(yīng)理解的是根據(jù)上文對于IFN-γ和TNF-α所描述的類似程序可定量其它細胞因子和趨化因子(例如IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8或IL-32)。當生物標志包括CD分子，例如CD14、CD22、CD25、CD27、CD120b、CD170、CD64、CD62L或CD54時，水平可使用適合檢測可溶CDs的試劑(包括但不限于對抗那些CDs產(chǎn)生的抗體)從血清或血漿或其它體液樣品測量。在一個實施方案中，對于它們的檢測，使用單克隆抗體或經(jīng)工程改造的抗體，包括對抗sCD或其膜結(jié)合形式產(chǎn)生的噬菌體抗體。然而，原則上也可使用非蛋白劑檢測sCDs。相似地，檢測分子可包含并入另一個分子的支架或經(jīng)工程改造的支架中的抗體結(jié)合位點片段。市售可得的用于測量CD水平的試劑盒包括來自Diaclone1,BdAFlemingBP1985F-25020BesanconCedex-France和MedsystemsDiagnosticsGmbH,Rennweg95b,A-1030ViennaAustria的那些。用于測量sCDs的適當技術(shù)包括但不限于使用諸如上文所述那些的市售可得試劑盒的免疫測定(包括ELISA)、流式細胞術(shù)特別是如本文所述的多重粒子流式細胞術(shù)。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)知道用于測量來自個體的樣品中的CD水平的其它適當技術(shù)，包括抗體“芯片”陣列型技術(shù)或利用非典型抗體結(jié)合位點移植分子的芯片技術(shù)。在一個具體的實施方案中，測量sCDs或趨化因子例如CXCL9和CXCL10的方法包括如前文所定義的并具有本文所述改進的MSD?測定。涉及檢測和/或定量一個或多個本發(fā)明生物標志的方法可在臺式儀器上進行，或可合并到可在非實驗室環(huán)境，例如在醫(yī)師辦公室或患者床邊使用的一次性診斷或監(jiān)測平臺上。用于實施本發(fā)明方法的適合的生物傳感器包括具有光學(xué)或聲學(xué)閱讀器的“信用”卡。生物傳感器可配置為允許收集的數(shù)據(jù)電子傳送給醫(yī)師用于判讀并因此可形成e-神經(jīng)醫(yī)學(xué)的基礎(chǔ)。任何合適的動物均可用作受試者非人動物，例如非人靈長類、馬、奶牛、豬、山羊、綿羊、狗、貓、魚、嚙齒類(例如豚鼠、大鼠或小鼠)、昆蟲(例如果蠅屬(Drosophila))、兩棲動物(例如爪蟾屬(Xenopus))或秀麗隱桿線蟲(C.elegans)。檢驗物質(zhì)可為已知的化學(xué)或制藥物質(zhì)，例如，但不限于，抗抑郁障礙治療物；或檢驗物質(zhì)可為新的合成或天然化學(xué)實體，或兩個或更多個前述物質(zhì)的組合。提供鑒定能夠促進或抑制受試者中生物標志產(chǎn)生的物質(zhì)的方法，包括將檢驗細胞暴露于檢驗物質(zhì)并監(jiān)測所述檢驗細胞中或由所述檢驗細胞分泌的生物標志水平。檢驗細胞可為原核的，然而，真核細胞將合適地用在基于細胞的檢驗方法中。合適地，真核細胞為酵母細胞、昆蟲細胞、果蠅細胞、兩棲類細胞(例如來自爪蟾屬)、秀麗隱桿線蟲細胞，或為人、非人靈長類、馬、牛、豬、山羊、綿羊、犬、貓、魚、嚙齒類或鼠源細胞。在用于鑒定潛在治療用途的物質(zhì)的方法中，可使用能夠表達所述生物標志的非人動物或細胞。篩查方法還包括鑒定能夠結(jié)合本發(fā)明生物標志的配體的方法，包括在適于結(jié)合的條件下在生物標志存在下孵育檢驗物質(zhì)，并檢測和/或定量生物標志與所述檢驗物質(zhì)的結(jié)合。本發(fā)明的基于生物標志的高通量篩查技術(shù)、用途和方法，例如配置為陣列形式的，適合監(jiān)測生物標志信號，用于鑒定潛在有用的治療化合物，例如可能能夠結(jié)合生物標志的配體如天然化合物、合成化合物(例如從組合文庫)、肽、單克隆或多克隆抗體或其片段。本發(fā)明方法可以以陣列形式，例如，在芯片上，或作為多孔陣列進行。方法可適用于單個檢驗，或多個相同或多個不同檢驗的平臺，和可以以高通量形式進行。本發(fā)明方法可包括進行一個或多個額外的不同檢驗以確認或排除診斷，和/或以進一步表征病況。本發(fā)明進一步提供通過本發(fā)明的鑒定或篩查方法或用途鑒定的或可鑒定的物質(zhì)，例如配體。這樣的物質(zhì)可有能力直接或間接抑制生物標志活性，或抑制生物標志產(chǎn)生。術(shù)語“物質(zhì)”包括不直接結(jié)合生物標志和直接調(diào)節(jié)功能而是間接調(diào)節(jié)生物標志功能的物質(zhì)。術(shù)語物質(zhì)中也包括配體；本發(fā)明的配體(例如天然或合成的化合物、肽、適體、寡核苷酸、抗體或抗體片段)能夠與生物標志結(jié)合，適當?shù)靥禺愋越Y(jié)合。本發(fā)明進一步提供用于治療結(jié)核病的本發(fā)明物質(zhì)。還提供本發(fā)明物質(zhì)在治療結(jié)核病中的用途。還提供本發(fā)明物質(zhì)作為藥劑的用途。又進一步提供本發(fā)明物質(zhì)在制造用于治療結(jié)核病的藥劑中的用途。本發(fā)明進一步的方面提供在有需要的個體中治療結(jié)核病的方法，其中所述方法包括下列步驟：(a)根據(jù)本文所述方法診斷個體的結(jié)核病；接著(b)如果結(jié)核病診斷陽性，給予所述個體抗結(jié)核病藥劑。本發(fā)明進一步的方面提供在有需要的個體中治療結(jié)核病的方法，其包括給予當與來自對照受試者的所述生物標志的水平相比時鑒定為具有不同水平的本文所定義生物標志的患者抗-結(jié)核病藥劑的步驟。在一個實施方案中，所述抗結(jié)核病藥劑為：選自乙胺丁醇、異煙肼、吡嗪酰胺、利福平的一種或多種一線藥劑，和/或選自氨基糖苷類(例如阿米卡星、卡那霉素)、多肽類(例如卷曲霉素、紫霉素、恩維霉素)、氟喹諾酮類(例如環(huán)丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星)、硫代酰胺類(例如乙硫異煙胺、丙硫異煙胺)、環(huán)絲氨酸(closerin)或特立齊酮的一種或多種二線藥劑，和/或選自利福布丁、大環(huán)內(nèi)酯類(例如克拉霉素)、利奈唑胺、氨硫脲、硫利達嗪、精氨酸、維生素D和R207910的一種或多種三線藥劑。提供用于診斷和/或監(jiān)測結(jié)核病的試劑盒。本發(fā)明試劑盒適當?shù)乜砂ㄟx自以下的一種或多種組分：對生物標志或生物標志的結(jié)構(gòu)/形狀模擬物特異的配體、一個或多個對照、一種或多種試劑和一個或多個消耗品；任選連同根據(jù)任何本文所定義方法使用試劑盒的說明書。在一個實施方案中，試劑盒鑒別診斷活動性和潛伏性結(jié)核病。結(jié)核病生物標志的鑒定允許整合診斷程序和治療方案。當前確定有效治療存在明顯延遲，并且到目前為止進行藥物響應(yīng)的快速評估是不可能的。傳統(tǒng)上，對于給定的治療學(xué)方法，許多結(jié)核病治療需要持續(xù)數(shù)周至數(shù)月的治療試驗。檢測本發(fā)明生物標志可用于在其參與臨床試驗前篩查受試者。生物標志提供指示治療響應(yīng)、響應(yīng)失敗、不利副作用概況、用藥依從性程度和達到足夠的血清或血漿藥物水平的手段。生物標志可用于提供不利藥物響應(yīng)的警告。生物標志可用于開發(fā)個性化治療，因為響應(yīng)的評估可用于調(diào)整劑量，最小化所開的藥劑的數(shù)量，降低獲得有效治療的延遲和避免不利藥物反應(yīng)。因此通過監(jiān)測本發(fā)明生物標志，患者護理可精確定制以匹配由患者的病癥和藥物基因組概況確定的需求，因此生物標志可用于滴定最佳劑量、預(yù)測陽性治療響應(yīng)和鑒定處于嚴重副反應(yīng)高風(fēng)險的那些患者?；谏飿酥镜臋z驗提供“新”患者的一線評估，并且在一段時間內(nèi)精確提供用于準確和快速診斷的客觀測量，這是使用當前的主觀測量不能達到的。生物標志監(jiān)測方法、生物傳感器和試劑盒作為患者監(jiān)測工具也至關(guān)重要，以使醫(yī)師能夠確定復(fù)發(fā)是否是由病癥惡化、病人依從性差或藥物抗性引起。特別地，本發(fā)明也可用于監(jiān)測患者對服用特定藥物(劑)和/或經(jīng)受特定治療方案的依從性。如果藥物治療經(jīng)評估不充足，那么可恢復(fù)或增加治療；若適當可改變治療。由于生物標志對病癥的狀態(tài)敏感，它們提供藥物治療影響的指示。下列研究說明本發(fā)明。實施例1：CXCL10、sCD64、sCD62L和sCD54作為TB生物標志的有效性評估了使用CXCL10、sCD64、sCD62L和sCD54以及額外的CDs鑒別不同樣品種類(健康、潛伏性TB、活動性TB、患病)的有效性。使用先前冷凍并在-80℃運送至UK的回顧性樣品。患者的概要按原產(chǎn)國和類別在下表1中提供：表1：按照原產(chǎn)國和類型的樣品概要此處潛伏性定義為潛伏性感染并且在臨床上可結(jié)合IGRA試驗或Mantoux試驗測定。活動性指活動性TB檢驗。所有這些活動性TB以及具有臨床癥狀的均培養(yǎng)確認(2-5周后在培養(yǎng)的痰中發(fā)現(xiàn)Mtb細胞，此為金標準)。一些為涂片檢驗陽性，而一些圖片為檢驗陰性。有癥狀的非TB(本文也作為“患病”或“非TB”列出)為在診所中呈現(xiàn)與TB相似的癥狀但經(jīng)涂片和培養(yǎng)(和隨后臨床上)確認不具有TB的患者。南非同齡組血清樣品從分類為潛伏性結(jié)核病和活動性肺結(jié)核的兩個群組獲得。夠資格加入的個體需在18-65歲之間并且自愿經(jīng)受HIV檢驗。排除不能或不愿意簽署同意表的個體和懷孕的那些。僅包括具有陰性HIV結(jié)果的那些?；顒有约膊《x為痰金胺涂片陽性和分枝桿菌生長指示管(MGIT)培養(yǎng)結(jié)果陽性的個體。該同齡組為治療天真的(即所有樣品在TB治療開始前收集)并且從Capetown的初級衛(wèi)生保健診所招募。潛伏性結(jié)核病同齡組衍生自初級和次級衛(wèi)生保健設(shè)施雇傭的成年健康護理工作者。潛伏性疾病定義為干擾素γ釋放測定(IGRA)陽性，沒有胸部X-射線(CXR)變化或通過問卷調(diào)查確定無活動性結(jié)核病癥狀。越南同齡組血清樣品從分類為潛伏性、活動性肺結(jié)核病和患病對照的三個群組獲得。具有活動性肺病的那些亞分類入具有Ziehl-Neelson涂片陽性和涂片陰性結(jié)果的那些。潛伏性同齡組中的那些作為Painter等人2013年進行的研究的一部分在ChoRayHospitalMedicalVisaUnit在標準移民醫(yī)學(xué)檢查期間從到美國的越南簽證申請人收集。樣品從2008年12月至2010年1月之間招募的個體獲取。包括能夠提供知情同意的年齡18歲以上的個體。潛伏性疾病定義為具有陽性IGRA結(jié)果和正常CXR的個體。樣品收集期間所有美國移民申請人均需要通用HIV檢查。潛伏性同齡組中未鑒定出陽性個體?；顒有酝g組從2007-2008年之間出現(xiàn)在胡志明市PhamNgocThachHospital(第三肺轉(zhuǎn)診中心)的疑似具有結(jié)核病的患者招募。該研究招募的個體呈現(xiàn)提示肺結(jié)核的癥狀，其定義為咳嗽持續(xù)>3周伴有下列之一：發(fā)燒、萎靡不振（malaise）、近期體重減輕、盜汗、接觸已知的活動性肺結(jié)核病例、咳血(haemoptysis)、胸痛或食欲缺乏。包括年齡超過18歲并且對于樣品收集、儲備入庫和HIV檢驗?zāi)軌蛱峁┲橥獾膫€體。排除登記之前60天內(nèi)接受過包括氟喹諾酮類和氨基糖苷類在內(nèi)的抗結(jié)核病治療的患者、僅具有肺外疾病的患者和對于其認為良好的隨訪和明確的最終診斷困難的那些(即暫住居民)。還排除不能吐痰的患者。未排除60天未接受抗結(jié)核病治療的具有既往病史或TB的患者和可能已經(jīng)懷孕的育齡婦女。分析中僅包含來自HIV陰性個體的樣品。參與者提供標準的2個涂片和4個培養(yǎng)物(2xLowensteinJensen(LJ)、2xMGIT，對于陽性培養(yǎng)物進行物種確認)。最初評估具有至少1個陽性涂片≥1個陽性或≥2個陽性稀疏(scanty)涂片和至少1個TB陽性培養(yǎng)的個體定義為涂片陽性和培養(yǎng)陽性。最初評估具有≥2個陰性涂片或1個稀疏涂片和≥1陰性涂片和≥1TB陽性培養(yǎng)的那些定義為涂片陰性培養(yǎng)陽性?；疾φ战M定義為除了在8周隨訪時滿足進一步的標準外初始表現(xiàn)中涂片和TB痰培養(yǎng)二者均陰性的那些。這些包括明顯的臨床改善和CXR正?；蚱椒€(wěn)異常，如果最初異常則為不提示TB的。關(guān)于越南患者的診斷的進一步細節(jié)在表2中示出：實驗室方法學(xué)在南非同齡組中，血液在診所位置使用無添加劑的真空采血管收集。將其在4個小時內(nèi)轉(zhuǎn)運至實驗室，然后離心。將等分試樣冷凍在-80°并在干冰上運送至UK實驗室。兩種樣品收集物均根據(jù)國際運輸方案運送。在越南人同齡組，血液使用無添加劑的真空采血管(紅帽)收集，使其室溫凝固多達60min，≤1300RCF(RT)離心10分鐘并以0.5ml等分入1.0或2.0ml冷凍小瓶中。將等分試樣當場-70℃冷凍并在干冰上通過FIND儲存庫運送。分析通過使用MesoScaleDiscovery?(MSD)測定檢測大量潛在生物標志的量進行。例如如下檢測本發(fā)明生物標志：IFNγ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、IL-32和TNFα這些標志使用HumanPro-inflammatory7-PlexAssay(MesoScaleDiscoveryCatalogueNumbersK15008C-1,K15008C-2或K15008C-4)完全按照制造商的說明定量。應(yīng)理解的是其它細胞因子和趨化因子可按照上文對于IFN-γ和TNF-α描述的類似程序定量。CXCL10、CD14、CD22、CD25、CD27、CD120b、CD170、CD64、CD62L、CD54、CXCL9這些標志使用改進的MesoScaleDiscovery測定通過使用下列試劑和方案定量：使用的試劑人IGF-IIR(來自R&D系統(tǒng)的DuoSetDY2447：Lot1272152:expiry25.10.15)捕獲抗體在PBS中1:180稀釋(19μl在3.5ml中)MSD標準結(jié)合板的每孔吸入30μl密封+孵育，在+4過夜用MSD洗滌緩沖液洗滌x3用150μlMSDBlockerA封閉最少1小時用MSD洗滌緩沖液洗滌x1標準品用0.5ml1%BSA/PBS重構(gòu)=290ng/ml=290,000pg/ml在DELFIADilII中1:5稀釋=58,000pg/ml(50+200)=std7然后在DELFIADilII中連續(xù)1:2稀釋(100+100)=29000,14500,7250,3625,1813,+0pg/mlQCs：1=匯合成的血漿1.2.112=加入標準的(spiked)血漿1.2.113=加入標準的庫26.7.10測定一式兩份吸入40μlDELFIADilII/孔+10μlstd/QC/未知封蓋&在板振蕩器上室溫孵育2小時用MSD洗滌緩沖液洗滌x3生物素化抗體在MSDDiluent100中1:180稀釋抗體(19μl在3.5ml中)每孔加入25μl封蓋并在板振蕩器上RT孵育1小時用MSD洗滌緩沖液洗滌x3鏈霉親和素-磺基TAG在MSDDiluent100中1:1000稀釋(3μl在3ml中)每孔加入25μl封蓋并在板振蕩器上室溫孵育30分鐘洗滌x3150μl閱讀緩沖液+在MSDSector6000?讀取器上讀取結(jié)果使用MSDWorkbenchsoftware?包計算應(yīng)理解的是其它趨化因子和可溶性分化群(sCD)分子可按照上述類似程序定量。統(tǒng)計方法學(xué)制備數(shù)據(jù)集用于使用R統(tǒng)計環(huán)境(RDevelopmentCoreTeam,2008)以下列方式的分析：對于每一比較組，應(yīng)用t檢驗之前對數(shù)據(jù)集應(yīng)用log2變換。對于使用Benjamani&Hochberg(1995)方法多重檢驗校正，通過調(diào)整p值將抗原分級。按等級劃分的聚類和主要組分分析分別使用packageshclust和pcaMethods進行，并使用packageheatmap.plus建立數(shù)據(jù)熱圖。對于將數(shù)據(jù)隨機森林分類(Brieman&Forest,2001)到主要臨床組群，使用數(shù)據(jù)集的隨機取樣構(gòu)建決策樹：一半用作訓(xùn)練集，而另一半用作驗證集，反之亦然。為了調(diào)查對于在臨床TB組群之間鑒別哪種是最佳的標志組合，使用準確度測量的平均降低(Díaz-Uriarte,R.和AlvarezdeAndrés,2006)分級每一標志在預(yù)測中的重要性。這涉及計算對于使用“去除一個（leave-one-out）”法改變抗原組合的曲線下面積(AUC)分值，從去除最不重要的標志開始，然后當總體AUC分值有改善或無變化時將其剔除。使用來自獨立同齡組的數(shù)據(jù)驗證具有最高AUC分值的最終的標志“最佳組合”。對于隨機森林分類和計算變量重要性的度量，使用R包隨機森林。AUC分值使用ROCR和pROC包(Sing等人.2005;Robin等人.2007)計算，AUC曲線使用后一個包產(chǎn)生。結(jié)果原始數(shù)據(jù)處理和歸一化將抗原水平方差穩(wěn)定以分離平均表達水平和技術(shù)重復(fù)方差之間的關(guān)系。該變換大約對應(yīng)于以額外的補償和比例log變換數(shù)據(jù)，并且是多數(shù)微陣列分析的標準。結(jié)果在下表3中示出：表3：差別表達分析(FDR調(diào)整的p值)交叉驗證分析以評估預(yù)測表現(xiàn)對于鑒別不同樣品種類的任務(wù)，我們評估了備選抗原組合的預(yù)測能力。所有實驗使用10折（10-fold）交叉驗證進行。對于每一折，使用9/10部分的數(shù)據(jù)訓(xùn)練非線性支持向量機(SVM)分類器以預(yù)測剩余1/10樣品的樣品標記。預(yù)測準確度使用接受者工作特征（receiveroperatingcharacteristics）下的面積(AUC)評估和報告。完美的預(yù)測器將產(chǎn)生1.0的AUC，而當樣品集均衡時隨機預(yù)測器對應(yīng)于0.5的AUC。始終失敗的預(yù)測器將產(chǎn)生0.0的AUC。為了評估所獲得結(jié)果的可靠性，對于每一實驗使用的備選隨機數(shù)種子(alternativerandomseeds)，所有實驗一式三份重復(fù)。我們報告橫跨這些預(yù)測實驗的平均表現(xiàn)以及作為加和減一個標準偏差估計量的變異性。表4顯示對于這些備選方案和對于不同預(yù)測任務(wù)的預(yù)測表現(xiàn)。15個生物標志的完全組(即IFNγ、IL-10、IL-12p70、IL-1β、IL-6、IL-8、TNFα、CXCL10、CD25、CD120b、CD170、CD64、CD62L、CD54和CXCL-9)組合始終優(yōu)于基于單一抗原的方法。表4：抗原對于備選分類任務(wù)的預(yù)測表現(xiàn)圖樣：SA=南非，VN=越南，涂片陰性=涂片檢驗陰性。例如活動性/潛伏性,涂片陰性,SA->VN意指訓(xùn)練集為僅來自南非的活動性TB和潛伏性TB樣品(所有南非活動性TB樣品均來自涂片陽性患者)，然后將有結(jié)果的預(yù)測檢驗應(yīng)用于涂片陰性越南人樣品。對于該分析AUC為0.66。所有活動性TB樣品經(jīng)確認為培養(yǎng)陽性?；疾?TB意指有癥狀的非TBvs所有TB(活動性和潛伏性TB)如可以觀察到的，單獨生物標志的組合有時與用單一最佳生物標志觀察到的相比另外增加額外的準確度。實施例2：TB生物標志另外的組合的分析該研究使用來自表5中所述同齡組的樣品以與前文實施例1中所描述的類似方式進行。表5：按照原產(chǎn)國和類型的樣品概要秘魯南非越南潛伏性TB16有癥狀的非TB(患病)144030活動性TB(涂片陰性)72182活動性TB(涂片陽性)202050活動性TB，HIV陰性2715108活動性TB，HIV陽性2624潛伏性，HIV陰性16非TB，HIV陰性142030非TB，HIV陽性20統(tǒng)計分析在下列8組之間以與實施例1中描述的類似方式進行：活動性TB與潛伏性TB；活動性TB與有癥狀的非TB(患病)；潛伏性TB與有癥狀的非TB(患病)；活動性TB(涂片陰性)與潛伏性TB；活動性TB(涂片陰性)與有癥狀的非TB(患病)；活動性TB(涂片陽性)與潛伏性TB；活動性TB(涂片陽性)與有癥狀的非TB(患病)；和活動性TBHIV陽性與活動性TBHIV陰性。每個分析運行兩次，所有分析結(jié)果在圖17-24中可見，其中某些特定的本發(fā)明標志被鑒定為提供最佳組合(AUC在80.8%-99.9%之間變化)。當前第1頁1 2 3