鑒定北京泛菌的方法及其所用成對dna分子的制作方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域中鑒定北京泛菌的方法及其所用成對DNA分子。
【背景技術(shù)】
[0002] 我國從上世紀九十年代開始杏鮑菇規(guī)?；耘?。泛菌屬包括作為植物促生菌、生 防菌或植物病原菌的幾個種（Pantoea:insightsintoahighlyversatileanddiverse genuswithintheEnterobacteriaceae,FEMSMicrobiologyReviews(2015)39:968-984)。由泛菌引起的杏鮑菇細菌性軟腐病是近幾年在國內(nèi)外杏鮑菇工廠化生產(chǎn)中發(fā)生的嚴 重病害，報道于北京地區(qū)的杏鮑燕軟腐病的病原菌被鑒定及定名為北京泛菌（Pantoea beijingensissp.nov.,isolatedfromthefruitingbodyofPleurotuseryngii.Liu etal.AntonievanLeeuwenhoek(2013)104:1039-1047)。杏鮑燕細菌性軟腐病在生產(chǎn)車 間一旦發(fā)生，就很難控制，給杏鮑菇工廠化生產(chǎn)造成嚴重的損失。北京泛菌也是北京地區(qū)發(fā) 生的白靈燕軟腐病的致病細菌（FirstreportofPantoeabeijingensisinducedsoft rotdiseaseofPleurotusnebrodensisinChina.Xuetal.PlantDisease(2014)98 (7): 1000)。北京泛菌快速診斷技術(shù)的開發(fā)，對杏鮑菇軟腐病和白靈菇軟腐病的有效防控具 有重要意義。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0003] 本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是如何鑒定或輔助鑒定北京泛菌（Pant〇ea beijingensis)〇
[0004] 為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明提供了北京泛菌特異PCR引物對。
[0005] 本發(fā)明所提供的北京泛菌特異PCR引物對名稱為AZF-AZR，由引物AZF和引物AZR組 成;所述引物AZF為SEQIDNo.l所示的單鏈DNA分子;所述引物AZR為SEQIDNo.2所示的單 鏈DNA分子。
[0006] 本發(fā)明還提供了包括北京泛菌特異引物對AZF-AZR的鑒定或輔助鑒定北京泛菌的 試劑或試劑盒。
[0007] 上述鑒定或輔助鑒定北京泛菌的試劑或試劑盒還包括進行PCR反應(yīng)所需的除引物 外的其它試劑。
[0008] 本發(fā)明還提供了北京泛菌特異引物對AZF-AZR的制備方法，鑒定或輔助鑒定北京 泛菌的試劑或試劑盒的制備方法。
[0009] 本發(fā)明所提供的北京泛菌特異引物對AZF-AZR的制備方法包括將北京泛菌特異引 物對AZF-AZR的所述兩條單鏈DNA分子分別單獨包裝的步驟。
[0010] 本發(fā)明所提供的鑒定或輔助鑒定北京泛菌的試劑或試劑盒的制備方法，包括將北 京泛菌特異引物對AZF-AZR的所述兩條單鏈DNA分子分別單獨包裝的步驟。
[0011] 本發(fā)明還提供了SEQID13所示的0熟分子。
[0012]SEQID如.3所示的0嫩分子為北京泛菌的特異0嫩片段。
[0013] 北京泛菌特異引物對AZF-AZR在鑒定或輔助鑒定北京泛菌中的應(yīng)用、鑒定或輔助 鑒定北京泛菌的試劑或試劑盒在鑒定或輔助鑒定北京泛菌中的應(yīng)用和SEQIDNo.3所示的 DNA分子在鑒定或輔助鑒定北京泛菌中的應(yīng)用也屬于本發(fā)明的保護范圍。
[0014]上述應(yīng)用均不包括疾病的診斷方法和/或治療方法。
[0015]本發(fā)明還提供了鑒定或輔助鑒定北京泛菌的方法。
[0016]本發(fā)明所提供的鑒定或輔助鑒定北京泛菌的方法，包括以待測生物樣品的基因組 DNA為模板，用北京泛菌特異引物對AZF-AZR進行PCR擴增得到PCR產(chǎn)物，檢測所述PCR產(chǎn)物的 大小，如果所述PCR產(chǎn)物含有1000-1600bp的DNA片段(或所述PCR產(chǎn)物為1000-1600bp的DNA 片段），所述待測生物樣品為北京泛菌或含有北京泛菌，或者所述待測生物樣品候選為北京 泛菌或候選含有北京泛菌；如果所述PCR產(chǎn)物不含有1000-1600bp的DNA片段(或所述PCR產(chǎn) 物不為1000-1600bp的DNA片段），所述待測生物樣品不為北京泛菌或不含有北京泛菌，或者 所述待測生物樣品候選不為北京泛菌或候選不含有北京泛菌。
[0017]上述鑒定或輔助鑒定北京泛菌的方法中，所述1000-1600bp的DNA片段具體可為 1347bp的DNA片段。
[0018]實驗證明，北京泛菌特異引物對AZF-AZR只在北京泛菌的基因組DNA中擴增出了特 異條帶，在其它菌株中均沒有得到擴增產(chǎn)物，北京泛菌特異引物對AZF-AZR可用于快速鑒定 北京泛菌。本發(fā)明為及早地預防和及時地切斷北京泛菌引起的杏鮑菇軟腐病和白靈菇軟腐 病的傳染源及傳播途徑提供了技術(shù)支持，可實現(xiàn)對北京泛菌引起的杏鮑菇軟腐病和白靈菇 軟腐病進行早期預防和控制。
【附圖說明】
[0019]圖1為引物對16spl-16sp2對泛菌的PCR擴增產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠電泳圖。其中，M: lkbplusDNAladder; 1.北京泛菌（Pantoeabeijingensissp.nov.)JZB2120001T; 2.PantoeagaviniaeDSM22758；3.PantoeaeucalyptiDSM23077；4.Pantoeaanthophila DSM23080；5.PantoeaagglomeransDSM30072；6PantoeadispersaDSM30073；7.Pantoea agglomeransJCM1236；8.PantoeaagglomeransJCM20143；9.Pantoeapleuroti sp.nov.JZB2120015T〇
[0020] 圖2為北京泛菌特異引物對AZF-AZR特異性檢測泛菌的PCR擴增產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠 電泳圖。其中，M:lkbplusDNAladder;l.北京泛菌（Pantoeabeijingensissp.nov.) JZB2120001T；2.PantoeagaviniaeDSM22758；3.PantoeaeucalyptiDSM23077； 4.PantoeaanthophilaDSM23080；5.PantoeaagglomeransDSM30072；6Pantoea dispersaDSM30073；7.PantoeaagglomeransJCM1236；8.Pantoeaagglomerans JCM20143;9.Pantoeapleurotisp.nov.JZB2120015T〇
【具體實施方式】
[0021] 下面結(jié)合【具體實施方式】對本發(fā)明進行進一步的詳細描述，給出的實施例僅為了闡 明本發(fā)明，而不是為了限制本發(fā)明的范圍。
[0022] 下述實施例中的實驗方法，如無特殊說明，均為常規(guī)方法。
[0023]下述實施例中所用的材料、試劑等，如無特殊說明，均可從商業(yè)途徑得到。
[0024] 下述實施例中的北京泛菌（Pantoeabeijingensissp.nov. )JZB2120001T(即LMG 27579了或隊1^ 32406T)(Pantoeabeijingensissp.nov.,isolatedfromthefruiting bodyofPleurotuseryngii.Liuetal.AntonievanLeeuwenhoek(2013)104:1039-1047)公眾可從北京市農(nóng)林科學院植物保護環(huán)境保護研究所或比利時BCCM/LMG菌種保藏中 心或韓國KCTC菌種保藏中心獲得該菌株。
[0025] 下述實施例中的Pantoeapleurotisp.nov.JZB2120015T(Pantoeapleuroti sp.nov. ,IsolatedfromtheFruitingBodiesofPleurotuseryngii.Maet al.CurrentMicrobiology. 19November2015)公眾可從北京市農(nóng)林科學院植物保護環(huán)境 保護研究所或比利時BCCM/LMG菌種保藏中心或中國CGMCC菌種保藏中心獲得該菌株。
[0026] 下述實施例中的Pantoeagav