一種熔點(diǎn)編碼的結(jié)核分枝桿菌間隔寡核苷酸分型方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及結(jié)核分枝桿菌，尤其是涉及一種熔點(diǎn)編碼的結(jié)核分枝桿菌間隔寡核苷 酸分型方法。
【背景技術(shù)】
[0002] 結(jié)核分枝桿菌是引起結(jié)核病的病原菌，可侵犯全身器官，其中以肺結(jié)核最為常見， 已成為全球性重大公共衛(wèi)生問題。結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群包括人型結(jié)核分枝桿菌、牛分枝桿 菌、非洲分枝桿菌和田鼠分枝桿菌。傳統(tǒng)上結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群的分類是依據(jù)不同種的分 枝桿菌在生長、形態(tài)、生化特性上的差異進(jìn)行分類，但這一分類方法已遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足現(xiàn)代結(jié) 核病預(yù)防控制工作的需要。隨著科技的進(jìn)步和結(jié)核分枝桿菌基因組測(cè)序工作的完成，人們 對(duì)結(jié)核分枝桿菌種間基因的變異情況有了深入的理解。通過對(duì)結(jié)核分枝桿菌菌株基因型 的鑒定，可用于研宄結(jié)核病暴發(fā)流行、傳染源的尋找和追蹤、耐藥菌株的傳播和實(shí)驗(yàn)室污染 等，對(duì)于了解結(jié)核病的傳播模式具有重要的意義。
[0003] 目前，被廣泛應(yīng)用于結(jié)核分枝桿菌的分型方法以Spoligotyping[1]、MIRU_VNTR [2] 和IS6110-RFLP[3]三種方法最具有代表性。目前國內(nèi)外臨床上常用的結(jié)核分枝桿菌的分 型方案通常是多種分型方法聯(lián)合檢測(cè)以同時(shí)保證臨床檢測(cè)的效率和分型結(jié)果的準(zhǔn)確性 [4]。 首先，采用Spoligotyping分型方法對(duì)待檢菌株的基因型進(jìn)行初步劃分，圖譜不一致的兩 個(gè)菌株則直接歸類于不同間隔子寡核苷酸分型簇，即不同的基因型。具有相同圖譜的菌株 則視為歸屬于同一分型簇；進(jìn)而，采用VNTR和IS6110-RFLP分型方法對(duì)同種分型簇菌株 的基因型再次細(xì)分；最后，根據(jù)三種分型方法的結(jié)果共同確定待檢菌株的基因型。因此， Spoligotyping已被公認(rèn)為結(jié)核菌分型的一線方法[5]。
[0004] Spoligotyping分型方法，即間隔寡核苷酸分型方法，是通過識(shí)別結(jié)核分枝桿菌基 因組DNA間隔子序列來劃分結(jié)核分枝桿菌的類型 [1]。Spoligotyping中的一個(gè)重要環(huán)節(jié) 是間隔子PCR產(chǎn)物的識(shí)別，傳統(tǒng)的Spoligotyping采用固相膜雜交技術(shù)來識(shí)別間隔子PCR 產(chǎn)物。傳統(tǒng)的固相膜雜交技術(shù)雖然具備檢測(cè)流程成熟及試劑成本低廉的優(yōu)點(diǎn)，但是需要較 多的人工操作、檢測(cè)時(shí)間長，并且樣本檢測(cè)通量也不能夠滿足臨床需要。這兩個(gè)技術(shù)瓶頸 嚴(yán)重阻礙了 Spoligotyping的臨床推廣，對(duì)此科學(xué)工作者提出了采用基因芯片[6'7]、編碼微 球 [8'9]和質(zhì)譜檢測(cè)[1°'11]等技術(shù)來替代固相膜雜交技術(shù)，目前已報(bào)道的Spoligotyping改進(jìn) 技術(shù)雖然提高了通量，檢測(cè)時(shí)間也大大縮短，但是這些技術(shù)均未擺脫P(yáng)CR開管后處理的檢 測(cè)模式，容易造成PCR產(chǎn)物的污染，并且由于需要一些大型儀器，難以在臨床上得到廣泛應(yīng) 用。因此，開發(fā)更為快速、簡便、高通量的間隔子PCR產(chǎn)物識(shí)別技術(shù)成為了 Spoligotyping 發(fā)展的關(guān)鍵。
[0005] 綜上所述，開發(fā)出一種新型、高通量、易用且標(biāo)準(zhǔn)化的結(jié)核菌溯源新技術(shù)將對(duì)探索 和研宄我國結(jié)核病的流行和傳播規(guī)律提供有力工具，為建立結(jié)核病監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)，實(shí)現(xiàn)結(jié)核菌 感染的實(shí)時(shí)監(jiān)控和傳播途徑的及時(shí)確認(rèn)提供技術(shù)支撐，對(duì)于結(jié)核病的防控具有重要的意義 和價(jià)值。
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