珊瑚礁底棲生物各物種的coi基因序列及利用coi基因序列的物種鑒定方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于生物分類(lèi)學(xué)和分子生物學(xué)領(lǐng)域，具體的說(shuō)是一種珊瑚礁底棲生物各物 種的細(xì)胞色素C氧化酶I基因（C0I)序列及利用C0I基因序列的物種鑒定方法。
【背景技術(shù)】
[0002] 珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)是全球生物多樣性最高的生態(tài)系統(tǒng)之一，其內(nèi)棲息的復(fù)雜多樣的 生物群落也使其成為海洋生物學(xué)和生態(tài)學(xué)研究的熱點(diǎn)。同時(shí)，珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)也是海洋中 最脆弱、最易受到干擾的生態(tài)系統(tǒng)，目前它正不斷受到來(lái)自各方面壓力的干擾，其中全球氣 候變暖導(dǎo)致的海洋酸化現(xiàn)象和人類(lèi)活動(dòng)，如排放陸源污染物、海洋工程建設(shè)和捕撰采集活 動(dòng)等，極大的影響了造礁珊瑚的生長(zhǎng)與繁殖，直接造成珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)的退化。珊瑚礁內(nèi)棲 息的底棲生物是珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)的重要組成部分，在維護(hù)、調(diào)節(jié)生態(tài)系統(tǒng)的健康中扮演著 重要角色。珊瑚礁底棲生物的多樣性高低與珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)的健康程度呈正相關(guān)，許多學(xué) 者都將礁內(nèi)生物多樣性調(diào)查作為監(jiān)控珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)變化的主要手段。隨著我國(guó)珊瑚礁保 育工作的深入開(kāi)展，礁內(nèi)生物群落調(diào)查和生態(tài)學(xué)分析越來(lái)越受到重視。
[0003] 珊瑚礁生態(tài)和生物多樣性研究的前提是海洋生物物種的準(zhǔn)確鑒定。珊瑚礁內(nèi)底棲 生物多樣性極高，綜合近年來(lái)我國(guó)開(kāi)展的南海珊瑚礁生態(tài)調(diào)查數(shù)據(jù)來(lái)看，礁內(nèi)底棲生物的 物種數(shù)目能達(dá)到400多種，而即便是群落優(yōu)勢(shì)種也多達(dá)十余種。如此豐富的生物多樣性給 生態(tài)學(xué)研究帶來(lái)了巨大的樣品鑒定工作，但從事分類(lèi)學(xué)研究的學(xué)者較少，專業(yè)的分類(lèi)學(xué)參 考資料的獲得途徑比較窄，使得基于傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)的樣品鑒定工作困難重重；傳統(tǒng)生物鑒定 方法過(guò)于依靠主觀判斷，尤其體現(xiàn)在疑似種的鑒定中，導(dǎo)致模糊鑒定和錯(cuò)誤鑒定的出現(xiàn)，對(duì) 海洋生態(tài)學(xué)研究中的各項(xiàng)數(shù)據(jù)的正確性產(chǎn)生直接影響。珊瑚礁底棲生物DNA條形碼快速 鑒定方法可W繞過(guò)單憑經(jīng)驗(yàn)的形態(tài)觀察該一步驟，直接擴(kuò)增和測(cè)定未知物種的C0I基因序 列，通過(guò)比對(duì)已有的序列信息，簡(jiǎn)單而又準(zhǔn)確的鑒定出樣品的種名。但目前國(guó)內(nèi)外物種基因 庫(kù)或者已經(jīng)發(fā)表的基因序列數(shù)據(jù)里面關(guān)于中國(guó)海域珊瑚礁內(nèi)底棲生物的C0I序列信息十 分匿乏，即便是群落優(yōu)勢(shì)種和常見(jiàn)種，可供參考的序列信息也非常少，因此研究者們即便測(cè) 定出未知物種的C0I序列，也無(wú)從對(duì)比而得到鑒定結(jié)果。由此可見(jiàn)，系統(tǒng)的測(cè)定我國(guó)珊瑚礁 內(nèi)底棲生物，尤其是群落優(yōu)勢(shì)種和常見(jiàn)物種的C0I基因序列是十分有必要的。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明的目的在于提供一種珊瑚礁底棲生物各物種的細(xì)胞色素C氧化酶I基因 (C0I)序列及利用C0I基因序列的物種鑒定方法。
[0005] 為實(shí)現(xiàn)上述目的本發(fā)明采用的技術(shù)方案為：
[0006] 一種珊瑚礁底棲生物各物種的C0I基因序列，
[0007] 海南珊瑚礁內(nèi)底棲生物中各優(yōu)勢(shì)種和常見(jiàn)種的C0I基因標(biāo)準(zhǔn)序列：
[000引 1)太平鼓郵（甲殼動(dòng)物口，鼓郵科）Alpheus pacifi州S Dana, 1852的C0I基因標(biāo) 準(zhǔn)序列如SEQ ID NO. 1所示；
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種珊瑚礁底棲生物各物種的COI基因序列，其特征在于： 海南珊瑚礁內(nèi)底棲生物中各優(yōu)勢(shì)種和常見(jiàn)種的COI基因標(biāo)準(zhǔn)序列： 1) 太平鼓蟲(chóng)下（甲殼動(dòng)物門(mén)，鼓蟲(chóng)下科）Alpheus pacificus Dana, 1852的COI基因標(biāo)準(zhǔn)序 列如SEQ ID NO. 1所示： GCTTGGGCTGGTATAGTAGGAACCGCACTCAGTTTACTAATTCGAGCTGAACTTGGACAACCCGGTAGATT AATTGGAAATGACCAAATTTACAATGTAATCGTAACAGCCCATGCATTTGTAATAATTTTCTTTATGGTCATACCA ATCATAATTGGAGGTTTTGGGAACTGACTGATTCCCCTTATACTAGGAGCGCCAGATATAGCCTTCCCACGTATAAA TAATATAAGATTCTGACTTCTACCCCCCTCCCTCACCCTACTTCTATCTAGTGGCCTAGTAGAAAGGGGGGTCGGCA CAGGATGAACTGTTTATCCACCACTATCAGCAGGTATTGCCCACGCGGGAGCATCAGTAGATCTGGGGATTTTCTCT CTCCATTTAGCCGGTGTCTCCTCAATCCTAGGAGCAGTCAACTTTATAACAACAGTTATTAATATACGAGCTACAGG CATAACTATAGACCGTATGCCACTGTTTGTATGAGCTGTATTCCTGACAGCCATTCTACTCCTCCTAAGGCTCCCAG TCCTAGCAGGAGCAATTACTATACTTCTAACAGACCGAAACCTAAATACAGCTTTCTTCGACCCCGCTGGAGGTGGA GATCCAATTTTATACCAACACCTATTTTGATTTTTTGGTCACC GTCTCCACCTCCAGCGGGGTCGAAGAAAGCTGTATTTAGGTTTCGGTCTGTTAGAAGTATAGTAATTGCTC CTGCTAGGACTGGGAGCCTTAGGAGGAGTAGAATGGCTGTCAGGAATACAGCTCATACAAACAGTGGCATACGGTC TATAGTTATGCCTGTAGCTCGTATATTAATAACTGTTGTTATAAAGTTGACTGCTCCTAGGATTGAGGAGACACCGG CTAAATGGAGAGAGAAAATCCCCAGATCTACTGATGCTCCCGCGTGGGCAATACCTGCTGATAGTGGTGGATAAACA GTTCATCCTGTGCCGACCCCCCTTTCTACTAGGCCACTAGATAGAAGTAGGGTGAGGGAGGGGGGTAGAAGTCAGAA TCTTATATTATTTATACGTGGGAAGGCTATATCTGGCGCTCCTAGTATAAGGGGAATCAGTCAGTTCCCAAAACCTC CAATTATGATTGGTATGACCATAAAGAAAATTATTACAAATGCATGGGCTGTTACGATTACATTGTAAATTTGGTCA TTTCCAATTAATCTACCGGGTTGTCCAAGTTCAGCTCGAATTAGTAAACTGAGTGCGGTTCCTACTATACCAGCCCA AGCCCCGAAAATAAAGTATAAGGTGCCAATATCTTTATG 2) 光滑綠蟹（甲殼動(dòng)物門(mén)，扇蟹科）Chlorodiella laevissima(Dana, I852)的COI基 因標(biāo)準(zhǔn)序列如SEQ ID NO. 2所示： TAGCTGGAATAGTTGGAACATCACTTAGTTTAATTATTCGTGCCGAATTAGGTCAACCTGGAACTCTTATT GGAAATGATCAAATTTATAATGTTGTAGTTACAGCTCATGCTTTTGTTATAATTTTCTTTATAGTTATACCCATTA TAATTGGAGGATTTGGTAATTGATTAGTACCCCTTATACTTGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCGTATAAACAAC ATAAGATTTTGACTTCTTCCTCCTTCCCTTACTCTTCTTTTAATAAGAGGAATAGTGGAAAGTGGGGTTGGTACCGG GTGAACAGTTTATCCTCCTCTTGCTGCCGCTATTGCTCATGCTGGAGCTTCAGTTGACATGGGTATTTTCTCTCTTC ATTTAGCGGGTGTCTCTTCCATTCTAGGAGCGGTAAACTTCATAACTACCGTAATTAATATACGTTCATTTGGAATG ACTATAGATCAAATGCCTCTTTTTGTTTGAGCAGTATTTATTACTGCTATTTTACTTCTCTTATCTCTTCCTGTTCT AGCAGGTGCAATCACTATACTTCTTACAGATCGAAATTTGAATACATCCTTTTTTGACCCAGCTGGGGGAGGTGATC CTGTTCTTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCACC ATCCCCCAGCTGGGTCAAAAAAGGATGTATTCAAATTTCGATCTGTAAGAAGTATAGTGATTGCACCTGCT AGAACAGGAAGAGATAAGAGAAGTAAAATAGCAGTAATAAATACTGCTCAAACAAAAAGAGGCATTTGATCTATAG TCATTCCAAATGAACGTATATTAATTACGGTAGTTATGAAGTTTACCGCTCCTAGAATGGAAGAGACACCCGCTAAA TGAAGAGAGAAAATACCCATGTCAACTGAAGCTCCAGCATGAGCAATAGCGGCAGCAAGAGGAGGATAAACTGTTCA CCCGGTACCAACCCCACTTTCCACTATTCCTCTTATTAAAAGAAGAGTAAGGGAAGGAGGAAGAAGTCAAAATCTTA TGTTGTTTATACGAGGGAAAGCTATATCAGGGGCTCCAAGTATAAGGGGTACTAATCAATTACCAAATCCTCCAATT ATAATGGGTATAACTATAAAGAAAATTATAACAAAAGCATGAGCTGTAACTACAACATTATAAATTTGATCATTTCC AATAAGAGTTCCAGGTTGACCTAATTCGGCACGAATAATTAAACTAAGTGATGTTCCAACTATTCCAGCTCAAGCAC CAAAGATAAAATATAATGTTCCAATATCTTTATGT 3) 黑指綠蟹（甲殼動(dòng)物門(mén)，扇蟹科）Chlorodiella nigra( Forskai ,1775)的COI基 因標(biāo)準(zhǔn)序列如SEQ ID NO. 3所示 TAGCTGGATAGTAGGGACTTCCCTCAGTTTAATCATCCGTGCTGAACTTGGTCAACCCGGAACCCTTATTG GAAATGATCAAATTTATAATGTTGTAGTTACAGCCCACGCTTTTGTTATAATTTTCTTTATAGTTATACCTATTAT AATTGGAGGATTTGGTAATTGATTAGTTCCATTAATGCTTGGAGCCCCTGATATAGCCTTTCCTCGTATAAACAATA TAAGATTTTGACTTTTACCTCCATCCCTAACTCTTCTTTTAATAAGTGGAATAGTTGAAAGAGGGGTTGGTACGGGA TGAACTGTATATCCTCCTCTTGCCGCTGCTATCGCCCATGCAGGTGCTTCAGTTGATATAGGAATTTTCTCCCTTCA CTTGGCAGGTGTATCATCAATTCTAGGGGCAGTAAATTTTATAACTACCGTTATTAATATACGTTCATTTGGTATAA CTATAGACCAAATACCTCTTTTTGTTTGAGCAGTATTTATTACTGCTATTTTACTTCTACTTTCTCTTCCTGTGCTA GCAGGAGCTATTACTATGCTTCTTACAGATCGAAATTTAAATACATCTTTCTTTGATCCTGCTGGAGGAGGAGACCC TGTTCTCTACCAACACTTATTCTGATTTTTTGGTCACC TCTCCTCCTCCAGCAGGATCAAAGAAAGATGTATTTAAATTTCGATCTGTAAGAAGCATAGTAATAGCTCC TGCTAGCACAGGAAGAGAAAGTAGAAGTAAAATAGCAGTAATAAATACTGCTCAAACAAAAAGAGGTATTTGGTCT ATAGTTATACCAAATGAACGTATATTAATAACGGTAGTTATAAAATTTACTGCCCCTAGAATTGATGATACACCTGC CAAGTGAAGGGAGAAAATTCCTATATCAACTGAAGCACCTGCATGGGCGATAGCAGCGGCAAGAGGAGGATATACAG TTCATCCCGTACCAACCCCTCTTTC