本發(fā)明屬于神經(jīng)影像數(shù)據(jù)分析技術(shù)領(lǐng)域,具體涉及靜息態(tài)下fMRI人腦網(wǎng)絡(luò)中關(guān)鍵腦區(qū)的度量方法,尤其涉及一種基于主成分分析的關(guān)鍵腦區(qū)的度量方法。
背景技術(shù):
功能磁共振成像的原理是基于血氧依賴水平的,當(dāng)大腦某區(qū)域的神經(jīng)元興奮,則該區(qū)域需要的氧氣量會顯著增加,從而引起該區(qū)域的血流量增加,而氧氣需要紅細(xì)胞蛋白運(yùn)送,當(dāng)氧合血紅蛋白來到大腦的某個組織,該組織的磁敏感度將會降低,此時磁共振成像顯示較高的局部信號,當(dāng)該組織取走氧氣后,氧合血紅蛋白會變成脫氧血紅蛋白,導(dǎo)致該組織的磁敏感性增強(qiáng),在磁共振成像中顯示較低的局部信號,由于其具有的較高的時間和空間分辨率、無創(chuàng)性和可重復(fù)性等特點,因而被廣泛的用于人腦功能的研究。
圖論作為描述網(wǎng)絡(luò)特征的重要工具,目前已被廣泛的用于腦網(wǎng)絡(luò)的研究?;趫D論,可以將人腦看成是一個腦網(wǎng)絡(luò),對人腦功能活動的研究轉(zhuǎn)化為對腦網(wǎng)絡(luò)的定量分析,對腦網(wǎng)絡(luò)屬性的分析在研究大腦功能活動具有非常重要的意義。通過比較腦疾病患者和健康對照人群的腦網(wǎng)絡(luò)屬性,有可能找到一些腦疾病的病因及其治療方法。
衡量人類大腦關(guān)鍵腦區(qū)通常有節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度等測量方法。然而這些傳統(tǒng)的單一測量指標(biāo)并未考慮節(jié)點本身在大腦中所占的比重,且它們是從不同的角度出發(fā)來進(jìn)行測量,時常會得到不一致的結(jié)果。即使是相同的測量指標(biāo),在不同閾值下得到的結(jié)果也不盡相同。而關(guān)鍵腦區(qū)的確定是腦網(wǎng)絡(luò)分析中的一個重要方面,其關(guān)系著腦網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)的整體變化,與腦疾病的發(fā)生發(fā)展有重要的關(guān)聯(lián),是目前全局腦網(wǎng)絡(luò)研究中亟待解決的關(guān)鍵技術(shù)問題。
技術(shù)實現(xiàn)要素:
本發(fā)明的目的在于克服上述現(xiàn)有技術(shù)中存在的利用不同指標(biāo)度量關(guān)鍵腦區(qū),其結(jié)果不一致的現(xiàn)象,及稀疏度閾值的主觀選擇問題,從而提出一種基于主成分分析的關(guān)鍵腦區(qū)的度量方法。
為了便于理解,對本發(fā)明中出現(xiàn)的部分名詞作以下解釋說明:
關(guān)鍵腦區(qū):其改變被認(rèn)為與某一行為或某一疾病發(fā)生發(fā)展有關(guān),是度量大腦網(wǎng)絡(luò)改變的重要指標(biāo)。
靜息態(tài):指人類在清醒、不受任何刺激、不集中做任何事情的放松狀態(tài)。
fMRI:英文全稱為functional magnetic resonance imaging,功能磁共振成像,是一種新興的神經(jīng)影像學(xué)技術(shù),其原理是利用磁振造影來測量神經(jīng)元活動所引發(fā)之血液動力的改變。
稀疏度:是指腦網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點之間的連接線數(shù)與最大可能存在的邊數(shù)之比。
體素:大腦的每個腦區(qū)中含有多個體素,每個體素是指一小塊立方體區(qū)域,本發(fā)明中的每個體素的大小為3×3×3mm3。
AAL模板:英文全稱為Anatomical Automatic Labeling,將人腦分為116個區(qū)域,但只有90個區(qū)域?qū)儆诖竽X,剩余26個區(qū)域?qū)儆谛∧X結(jié)構(gòu),在此發(fā)明中只用到90個大腦區(qū)域。
為了實現(xiàn)上述目的,本發(fā)明采用以下技術(shù)方案:
一種基于主成分分析的關(guān)鍵腦區(qū)的度量方法,包括以下步驟:
步驟1:采集M個人靜息態(tài)下的fMRI數(shù)據(jù);
步驟2:對每個fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理;
步驟3:基于預(yù)處理后的fMRI數(shù)據(jù),構(gòu)建Q個稀疏度下的腦網(wǎng)絡(luò);
步驟4:計算每個稀疏度下腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度;具體操作包括:
步驟4.1:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點的度;對于腦網(wǎng)絡(luò)中任意一個節(jié)點i,其節(jié)點的度計算公式為:
其中,wi是對第i個節(jié)點的度的加權(quán)值,即第i個節(jié)點對應(yīng)腦區(qū)的體積大小占整個大腦的比重;bij是指鄰接矩陣B中第(i,j)個元素值;N是指每個腦網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點數(shù)目;j是指腦網(wǎng)絡(luò)中第j個節(jié)點;
公式4.1中,wi的計算公式如下:
其中,ni是第i個節(jié)點包含的體素數(shù)目;
步驟4.2:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點效率;
對于腦網(wǎng)絡(luò)中任意一個節(jié)點i,其節(jié)點效率計算公式為:
其中,fij是節(jié)點i到節(jié)點j的最短路徑的倒數(shù);
步驟4.3:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)節(jié)點的介數(shù)中心度;
對于腦網(wǎng)絡(luò)中任意一個節(jié)點i,其介數(shù)中心度計算公式為:
其中,σjk表示從節(jié)點j到節(jié)點k最短路徑的條數(shù),σjk(i)表示在這些最短路徑中,并經(jīng)過節(jié)點i的路徑條數(shù);
步驟5:利用主成分分析將步驟4中得到的節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度進(jìn)行合并降維得到一種新指標(biāo),即每個稀疏度下每個人每個節(jié)點的中心度得分H,具體操作如下:
步驟5.1:將步驟4中得到的節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度的值重組構(gòu)成一個二維矩陣R;
R=(Df,ijk),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q;f=1,2,3 (5.1)
其中,Df,ijk表示第i個人第j個節(jié)點第k個稀疏度下的第f個屬性值;矩陣R的行數(shù)為M×N×Q,M為人的數(shù)目,N為節(jié)點的數(shù)目,Q為稀疏度的數(shù)目;矩陣R的列分別為節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度的值;
步驟5.2:基于主成分分析,對矩陣R進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化:
其中,是第f個屬性值的均值,Sf是第f個屬性值的標(biāo)準(zhǔn)差;
對矩陣R標(biāo)準(zhǔn)化后,得到一個二維矩陣Y,其矩陣形式如下:
Y=(Df,ijk*),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q;f=1,2,3 (5.3)
計算矩陣Y中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù):
其中,分別是對矩陣R標(biāo)準(zhǔn)化后的第m個屬性值和第n個屬性值的均值;
將得到的矩陣Y中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù)組成矩陣X,其矩陣形式如下:
X=(xmn),m=1,2,3;n=1,2,3 (5.5)
利用齊次線性方程組求非零解的方法,得出矩陣X的所有特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei,在得到的特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei中,選取最大特征值λmax及其對應(yīng)單位特征向量eλmax,并計算矩陣X的主特征向量P:
其中,λmax和eλmax分別是矩陣X的最大特征值及其對應(yīng)的單位特征向量;
利用得到的矩陣X的主特征向量P,計算每個稀疏度下每個人每個節(jié)點的中心度得分H:
H=R×P (5.7)
步驟6:利用主成分分析,綜合Q個稀疏度下每個人每個節(jié)點的中心度得分H,對其降維得到每個人每個節(jié)點的中心度得分H1;具體操作如下:
步驟6.1:在Q個稀疏度下,將每個人每個節(jié)點的中心度得分H重組構(gòu)成一個二維矩陣R1;
R1=(Dk,ij),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q (6.1)
其中,Dk,ij表示第k個稀疏度下的第i個人第j個節(jié)點的中心度得分,矩陣R1的行數(shù)為M×N,列數(shù)為Q;
步驟6.2:基于主成分分析,對矩陣R1進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化:
其中,是第k個稀疏度下的中心度得分的均值,Sk是第k個稀疏度下的中心度得分的標(biāo)準(zhǔn)差;
對矩陣R1標(biāo)準(zhǔn)化后,得到一個二維矩陣Y1,其矩陣形式如下:
Y1=(Dk,ij*),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q (6.3)
計算矩陣Y1中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù):
其中,分別是對矩陣R1標(biāo)準(zhǔn)化后的第m個稀疏度下和第n個稀疏度下的中心度得分的均值;
將得到的矩陣Y1兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù)組成一個矩陣X1,其矩陣形式如下:
X1=(xmn),m=1,2,…,Q;n=1,2,…,Q (6.5)
利用齊次線性方程組求非零解的方法,得出矩陣X1的所有特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei,在得到的特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei中,選取最大特征值λmax及其對應(yīng)單位特征向量eλmax,并計算矩陣X1的主特征向量P1:
其中,λmax和eλmax分別為矩陣X1的最大特征值及其對應(yīng)的單位特征向量;
利用得到的矩陣X1的主特征向量P1,計算每個人每個節(jié)點的中心度得分H1:
H1=R1×P1 (6.7)
步驟7:利用主成分分析,綜合M個人每個節(jié)點的中心度得分H1,并對其降維得到每個節(jié)點的中心度得分H2;具體操作如下:
步驟7.1:將M個人的每個節(jié)點的中心度得分H1重組構(gòu)成一個二維矩陣R2;
R2=(Di,j),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N (7.1)
其中,Di,j表示第i個人的第j個節(jié)點的中心度得分,矩陣R2的行數(shù)為N,列數(shù)為M;
步驟7.2:基于主成分分析,對矩陣R2進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化:
其中,是第i個人的中心度得分的均值,Si是第i個人的中心度得分的標(biāo)準(zhǔn)差;
對矩陣R2標(biāo)準(zhǔn)化后,得到一個二維矩陣Y2,其矩陣形式如下:
Y2=(Di,j*),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N (7.3)
計算矩陣Y2中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù):
其中,分別是對矩陣R2標(biāo)準(zhǔn)化后的第m個人和第n個人的中心度得分的均值;將得到的矩陣Y2中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù)組成矩陣X2,其矩陣形式如下:
X2=(xmn),m=1,2,…,M;n=1,2,…,M (7.5)
利用齊次線性方程組求非零解的方法,得出矩陣X2的所有特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei,在得到的特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei中,選取最大特征值λmax及其對應(yīng)單位特征向量eλmax,計算矩陣X2的主特征向量P2:
其中,λmax和eλmax分別是矩陣X2的最大特征值及其對應(yīng)的單位特征向量;
利用得到的矩陣X2的主特征向量P2,計算每個節(jié)點的中心度得分H2:
H2=R2×P2 (7.7)
步驟8:將步驟7.2得到的每個節(jié)點的中心度得分H2進(jìn)行歸一化:選取1個最大的中心度得分H2max,將所得的中心度得分H2分別除以H2max,得到H2',0<H2'≤1;對所得H2'進(jìn)行降序排列,前C個H2'對應(yīng)的腦區(qū)判定為關(guān)鍵腦區(qū)。
優(yōu)選地,所述的對每個fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理,具體包括以下步驟:
對采集到的fMRI數(shù)據(jù)去除時間點;
對去除時間點后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行時間層校正;
對時間層校正后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行頭動校正;
對頭動校正后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行空間標(biāo)準(zhǔn)化;
對空間標(biāo)準(zhǔn)化后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行去線性漂移;
對去線性漂移后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行帶通濾波。
優(yōu)選地,所述的對采集到的fMRI數(shù)據(jù)去除時間點,包括:去除時間點的個數(shù)為10;所述的對去線性漂移后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行帶通濾波,包括:帶通濾波的頻率區(qū)間為0.01~0.08Hz。
優(yōu)選地,所述的步驟3,具體包括以下步驟:
步驟3.1:
選定一個腦模板和Q個稀疏度;
根據(jù)選定的腦模板將每個fMRI數(shù)據(jù)劃分為N個腦區(qū);
定義每個腦區(qū)作為每個稀疏度下用于構(gòu)建腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點,每個腦網(wǎng)絡(luò)共有N個節(jié)點;
步驟3.2:提取每個節(jié)點的平均時間序列信號τi;
其中,τi是指第i個節(jié)點的平均時間序列,Gj是指第i個節(jié)點中第j個體素的時間序列,ni是第i個節(jié)點包含的體素數(shù)目;
步驟3.3:將步驟3.2中每個節(jié)點的平均時間序列信號τi組成矩陣T,T=(τij),并計算出兩兩節(jié)點之間的相關(guān)系數(shù);
節(jié)點i和節(jié)點j之間的相關(guān)系數(shù)aij的計算公式:
其中,和分別是i腦區(qū)和j腦區(qū)時間序列的均值;
步驟3.4:將步驟3.3中計算得到的相關(guān)系數(shù)組成一個N×N的相關(guān)系數(shù)矩陣A,A=(aij);
對相關(guān)系數(shù)矩陣A二值化:對矩陣A中的元素,利用Q個稀疏度確定值為1的元素個數(shù);對一個稀疏度q%,取矩陣A中元素總個數(shù)的前q%個數(shù)值大的元素,將其值轉(zhuǎn)化為1,其余的元素值轉(zhuǎn)化為0,從而得到一個鄰接矩陣B,矩陣B=(bij);
鄰接矩陣B中的元素bij=0或1,0是指兩個節(jié)點之間不存在邊,1是指兩個節(jié)點之間存在邊,兩個節(jié)點之間存在的邊即構(gòu)成每個稀疏度下腦網(wǎng)絡(luò)的邊;
步驟3.5:根據(jù)步驟3.1和3.4中的節(jié)點和邊,在Q個稀疏度下構(gòu)建Q個腦網(wǎng)絡(luò)。
優(yōu)選地,所述的步驟3.1中,選定的腦模板為AAL模板。
與現(xiàn)有技術(shù)相比,本發(fā)明具有的有益效果:
1.度量腦區(qū)的傳統(tǒng)方法是從一個單獨(dú)的屬性來度量腦區(qū)的重要性,節(jié)點的度和節(jié)點效率分別是從局部度量關(guān)鍵腦區(qū),介數(shù)中心度是從全局度量關(guān)鍵腦區(qū),這樣得到的結(jié)果可能會因從不同屬性來度量而有所不同,本發(fā)明結(jié)合了多個屬性綜合考慮,比如節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度,避免了結(jié)果不一致的問題,得到的度量關(guān)鍵腦區(qū)的結(jié)果更加精準(zhǔn),不但解決了上述問題,而且得到的結(jié)果更具代表性。
2.本發(fā)明綜合了多個不同稀疏度,解決了功能腦網(wǎng)絡(luò)稀疏度閾值的主觀選擇問題,得到的關(guān)鍵腦區(qū)結(jié)果更加全面、客觀。
3.利用主成分分析法,將多種不相關(guān)指標(biāo)利用主成分分析綜合在一起來度量關(guān)鍵腦區(qū),同時對多種指標(biāo)值組成的高維數(shù)據(jù)逐步降維轉(zhuǎn)變成低維數(shù)據(jù),使計算得到簡化;并通過綜合多種指標(biāo)、多個稀疏度、多個人得到中心度得分,并根據(jù)中心度得分判定關(guān)鍵腦區(qū),該計算方法涵蓋面廣且精確度高。
附圖說明
圖1為本發(fā)明基于主成分分析的關(guān)鍵腦區(qū)的度量方法的基本流程示意圖。
圖2為本發(fā)明基于主成分分析的關(guān)鍵腦區(qū)的度量方法得到的功能性腹瀉患者組關(guān)鍵腦區(qū)的示意圖。
圖3為本發(fā)明由節(jié)點的度得到功能性腹瀉患者組關(guān)鍵腦區(qū)的示意圖。
圖4為本發(fā)明由節(jié)點效率得到功能性腹瀉患者組關(guān)鍵腦區(qū)的示意圖。
圖5為本發(fā)明由介數(shù)中心度得到功能性腹瀉患者組關(guān)鍵腦區(qū)的示意圖。
具體實施方式
為了便于理解,對本發(fā)明中出現(xiàn)的部分名詞作以下解釋說明:
功能性腹瀉患者:英文全稱為Functional Diarrhea patients,以下簡稱為FDI。
健康對照組:英文全稱為Healthy control group,以下簡稱為HEA。
下面結(jié)合附圖和具體的實施例對本發(fā)明做進(jìn)一步的解釋說明。
所采集的fMRI數(shù)據(jù)是采用德國西門子公司的3T磁共振掃描儀,利用梯度回波平面成像序列對被試者進(jìn)行采集,其設(shè)置的參數(shù)如下:TR=2s;TE=30ms;翻轉(zhuǎn)角度=900;層內(nèi)分辨率=3.75×3.75mm2;層厚度=5mm;矩陣大?。?4;軸狀位上掃描層數(shù)=30;總共掃描時間為6分鐘,每個被試者包含了180個三維功能像。在掃描過程中,使用烏龍頭線圈和泡沫墊子固定被試者頭部避免頭動;在掃描完成后,被試者會被詢問其在掃描期間是否保持放松并清醒的狀態(tài),以避免不合格的掃描序列納入。
參考圖1~圖5所示,實施例一:本發(fā)明的一種基于主成分分析的關(guān)鍵腦區(qū)的度量方法,包括以下步驟:
步驟1:采集M個人靜息態(tài)下的fMRI數(shù)據(jù);
步驟2:對每個fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理;
步驟3:基于預(yù)處理后的fMRI數(shù)據(jù),構(gòu)建Q個稀疏度下的腦網(wǎng)絡(luò);
步驟4:計算每個稀疏度下腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度;具體操作包括:
步驟4.1:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點的度;對于腦網(wǎng)絡(luò)中任意一個節(jié)點i,其節(jié)點的度計算公式為:
其中,wi是對第i個節(jié)點的度的加權(quán)值,即第i個節(jié)點對應(yīng)腦區(qū)的體積大小占整個大腦的比重;bij是指鄰接矩陣B中第(i,j)個元素值;N是指每個腦網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點數(shù)目;j是指腦網(wǎng)絡(luò)中第j個節(jié)點;
公式4.1中,wi的計算公式如下:
其中,ni是第i個節(jié)點包含的體素數(shù)目;
步驟4.2:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點效率;
對于腦網(wǎng)絡(luò)中任意一個節(jié)點i,其節(jié)點效率計算公式為:
其中,fij是節(jié)點i到節(jié)點j的最短路徑的倒數(shù);
步驟4.3:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)節(jié)點的介數(shù)中心度;
對于腦網(wǎng)絡(luò)中任意一個節(jié)點i,其介數(shù)中心度計算公式為:
其中,σjk表示從節(jié)點j到節(jié)點k最短路徑的條數(shù),σjk(i)表示在這些最短路徑中,并經(jīng)過節(jié)點i的路徑條數(shù);
步驟5:利用主成分分析將步驟4中得到的節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度進(jìn)行合并降維得到一種新指標(biāo),即每個稀疏度下每個人每個節(jié)點的中心度得分H,具體操作如下:
步驟5.1:將步驟4中得到的節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度的值重組構(gòu)成一個二維矩陣R;
R=(Df,ijk),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q;f=1,2,3 (5.1)
其中,Df,ijk表示第i個人第j個節(jié)點第k個稀疏度下的第f個屬性值;矩陣R的行數(shù)為M×N×Q,M為人的數(shù)目,N為節(jié)點的數(shù)目,Q為稀疏度的數(shù)目;矩陣R的列分別為節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度的值;
步驟5.2:基于主成分分析,對矩陣R進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化:
其中,是第f個屬性值的均值,Sf是第f個屬性值的標(biāo)準(zhǔn)差;
對矩陣R標(biāo)準(zhǔn)化后,得到一個二維矩陣Y,其矩陣形式如下:
Y=(Df,ijk*),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q;f=1,2,3 (5.3)
計算矩陣Y中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù):
其中,分別是對矩陣R標(biāo)準(zhǔn)化后的第m個屬性值和第n個屬性值的均值;
將得到的矩陣Y中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù)組成矩陣X,其矩陣形式如下:
X=(xmn),m=1,2,3;n=1,2,3 (5.5)
利用齊次線性方程組求非零解的方法,得出矩陣X的所有特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei,在得到的特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei中,選取最大特征值λmax及其對應(yīng)單位特征向量eλmax,并計算矩陣X的主特征向量P:
其中,λmax和eλmax分別是矩陣X的最大特征值及其對應(yīng)的單位特征向量;
利用得到的矩陣X的主特征向量P,計算每個稀疏度下每個人每個節(jié)點的中心度得分H:
H=R×P(5.7)
步驟6:利用主成分分析,綜合Q個稀疏度下每個人每個節(jié)點的中心度得分H,對其降維得到每個人每個節(jié)點的中心度得分H1;具體操作如下:
步驟6.1:在Q個稀疏度下,將每個人每個節(jié)點的中心度得分重組構(gòu)成一個二維矩陣R1;
R1=(Dk,ij),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q (6.1)
其中,Dk,ij表示第k個稀疏度下的第i個人第j個節(jié)點的中心度得分,矩陣R1的行數(shù)為M×N,列數(shù)為Q;
步驟6.2:基于主成分分析,對矩陣R1進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化:
其中,是第k個稀疏度下的中心度得分的均值,Sk是第k個稀疏度下的中心度得分的標(biāo)準(zhǔn)差;
對矩陣R1標(biāo)準(zhǔn)化后,得到一個二維矩陣Y1,其矩陣形式如下:
Y1=(Dk,ij*),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q (6.3)
計算矩陣Y1中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù):
其中,分別是對矩陣R1標(biāo)準(zhǔn)化后的第m個稀疏度下和第n個稀疏度下的中心度得分的均值;
將得到的矩陣Y1兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù)組成一個矩陣X1,其矩陣形式如下:
X1=(xmn),m=1,2,…,Q;n=1,2,…,Q (6.5)
利用齊次線性方程組求非零解的方法,得出矩陣X1的所有特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei,在得到的特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei中,選取最大特征值λmax及其對應(yīng)單位特征向量eλmax,并計算矩陣X1的主特征向量P1:
其中,λmax和eλmax分別為矩陣X1的最大特征值及其對應(yīng)的單位特征向量;
利用得到的矩陣X1的主特征向量P1,計算每個人每個節(jié)點的中心度得分H1:
H1=R1×P1 (6.7)
步驟7:利用主成分分析,綜合M個人每個節(jié)點的中心度得分H1,并對其降維得到每個節(jié)點的中心度得分H2;具體操作如下:
步驟7.1:將M個人的每個節(jié)點的中心度得分H1重組構(gòu)成一個二維矩陣R2;
R2=(Di,j),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N (7.1)
其中,Di,j表示第i個人的第j個節(jié)點的中心度得分,矩陣R2的行數(shù)為N,列數(shù)為M;
步驟7.2:基于主成分分析,對矩陣R2進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化:
其中,是第i個人的中心度得分的均值,Si是第i個人的中心度得分的標(biāo)準(zhǔn)差;
對矩陣R2標(biāo)準(zhǔn)化后,得到一個二維矩陣Y2,其矩陣形式如下:
Y2=(Di,j*),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N (7.3)
計算矩陣Y2中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù):
其中,分別是對矩陣R2標(biāo)準(zhǔn)化后的第m個人和第n個人的中心度得分的均值;將得到的矩陣Y2中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù)組成矩陣X2,其矩陣形式如下:
X2=(xmn),m=1,2,…,M;n=1,2,…,M (7.5)
利用齊次線性方程組求非零解的方法,得出矩陣X2的所有特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei,在得到的特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei中,選取最大特征值λmax及其對應(yīng)單位特征向量eλmax,計算矩陣X2的主特征向量P2:
其中,λmax和eλmax分別是矩陣X2的最大特征值及其對應(yīng)的單位特征向量;
利用得到的矩陣X2的主特征向量P2,計算每個節(jié)點的中心度得分H2:
H2=R2×P2 (7.7)
步驟8:將步驟7.2得到的每個節(jié)點的中心度得分H2進(jìn)行歸一化:選取1個最大的中心度得分H2max,將所得的中心度得分H2分別除以H2max,得到H2',0<H2'≤1;對所得H2'進(jìn)行降序排列,前C個H2'對應(yīng)的腦區(qū)判定為關(guān)鍵腦區(qū)。
作為一種可實施的方式,本實施例中的人數(shù)M設(shè)為20,稀疏度個數(shù)Q設(shè)為30,腦區(qū)個數(shù)或腦網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點數(shù)N設(shè)為90;前C個H2'對應(yīng)的腦區(qū)判定為關(guān)鍵腦區(qū),其中,C設(shè)為10。
實施例二:本發(fā)明的一種基于主成分分析的關(guān)鍵腦區(qū)的度量方法,包括以下步驟:
步驟1:采集M名功能性腹瀉患者靜息態(tài)下的fMRI數(shù)據(jù);
步驟2:對每個fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理;具體操作如下:
步驟2.1:對采集到的fMRI數(shù)據(jù)去除前10個時間點;
步驟2.2:對去除時間點后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行時間層校正;
步驟2.3:對時間層校正后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行頭動校正;
步驟2.4:對頭動校正后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行空間標(biāo)準(zhǔn)化;
步驟2.5:對空間標(biāo)準(zhǔn)化后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行去線性漂移;
步驟2.6:對去線性漂移后的fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行帶通濾波,帶通濾波器的頻率區(qū)間為0.01~0.08Hz;
步驟3:基于預(yù)處理后的fMRI數(shù)據(jù),構(gòu)建Q個稀疏度下的腦網(wǎng)絡(luò);具體操作如下:
步驟3.1:
選定一個腦模板和Q個稀疏度;
根據(jù)選定的腦模板將每個fMRI數(shù)據(jù)劃分為N個腦區(qū);
定義每個腦區(qū)作為每個稀疏度下用于構(gòu)建腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點,每個腦網(wǎng)絡(luò)共有N個節(jié)點;
步驟3.2:提取每個節(jié)點的平均時間序列信號τi;
其中,τi是指第i個節(jié)點的平均時間序列,Gj是指第i個節(jié)點中第j個體素的時間序列,ni是第i個節(jié)點包含的體素數(shù)目;
步驟3.3:將步驟3.2中每個節(jié)點的平均時間序列信號τi組成矩陣T,T=(τij),并計算出兩兩節(jié)點之間的相關(guān)系數(shù);
節(jié)點i和節(jié)點j之間的相關(guān)系數(shù)aij的計算公式:
其中,和分別是i腦區(qū)和j腦區(qū)時間序列的均值;
步驟3.4:將步驟3.3中計算得到的相關(guān)系數(shù)組成一個N×N的相關(guān)系數(shù)矩陣A,A=(aij);
對相關(guān)系數(shù)矩陣A二值化:對矩陣A中的元素,利用Q個稀疏度確定值為1的元素個數(shù);例如:稀疏度為1%時,取,即將矩陣A中前81個數(shù)值大的元素的值轉(zhuǎn)化為1,其余的元素轉(zhuǎn)化為0,從而得到一個鄰接矩陣B,矩陣B=(bij);
鄰接矩陣B中的元素bij=0或1,0是指兩個節(jié)點之間不存在邊,1是指兩個節(jié)點之間存在邊,兩個節(jié)點之間存在的邊即構(gòu)成每個稀疏度下腦網(wǎng)絡(luò)的邊;
步驟3.5:根據(jù)步驟3.1和3.4中的節(jié)點和邊,在Q個稀疏度下構(gòu)建Q個腦網(wǎng)絡(luò);
步驟4:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度;具體操作包括:
步驟4.1:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點的度;對于腦網(wǎng)絡(luò)中任意一個節(jié)點i,其節(jié)點的度計算公式為:
其中,wi是對第i個節(jié)點的度的加權(quán)值,即第i個節(jié)點對應(yīng)腦區(qū)的體積大小占整個大腦的比重;bij是指鄰接矩陣B中第(i,j)個元素值;N是指每個腦網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點數(shù)目;j是指腦網(wǎng)絡(luò)中第j個節(jié)點;
公式4.1中,wi的計算公式如下:
其中,ni是第i個節(jié)點包含的體素數(shù)目;
步驟4.2:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點效率;
對于腦網(wǎng)絡(luò)中任意一個節(jié)點i,其節(jié)點效率計算公式為:
其中,fij是節(jié)點i到節(jié)點j的最短路徑的倒數(shù);
步驟4.3:在Q個稀疏度下,計算每個腦網(wǎng)絡(luò)節(jié)點的介數(shù)中心度;
對于腦網(wǎng)絡(luò)中任意一個節(jié)點i,其介數(shù)中心度計算公式為:
其中,σjk表示從節(jié)點j到節(jié)點k最短路徑的條數(shù),σjk(i)表示在這些最短路徑中,并經(jīng)過節(jié)點i的路徑條數(shù);
步驟5:利用主成分分析將步驟4中得到的節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度進(jìn)行合并降維得到一種新指標(biāo),即每個稀疏度下每個人每個節(jié)點的中心度得分H,具體操作如下:
步驟5.1:將步驟4中得到的節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度的值重組構(gòu)成一個二維矩陣R;
R=(Df,ijk),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q;f=1,2,3 (5.1)
其中,Df,ijk表示第i個人第j個節(jié)點第k個稀疏度下的第f個屬性值;矩陣R的行數(shù)為M×N×Q,M為人的數(shù)目,N為節(jié)點的數(shù)目,Q為稀疏度的數(shù)目;矩陣R的列分別為節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度三個指標(biāo)的值;
步驟5.2:基于主成分分析,對矩陣R進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化:
其中,是第f個屬性值的均值,Sf是第f個屬性值的標(biāo)準(zhǔn)差;
對矩陣R標(biāo)準(zhǔn)化后,得到一個二維矩陣Y,其矩陣形式如下:
Y=(Df,ijk*),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q;f=1,2,3 (5.3)
計算矩陣Y中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù):
其中,分別是對矩陣R標(biāo)準(zhǔn)化后的第m個屬性值和第n個屬性值的均值;
將得到的矩陣Y中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù)組成矩陣X,其矩陣形式如下:
X=(xmn),m=1,2,3;n=1,2,3 (5.5)
利用齊次線性方程組求非零解的方法,得出矩陣的所有特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei,在得到的特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei中,選取最大特征值λmax及其對應(yīng)的單位特征向量eλmax,并計算矩陣的主特征向量P:
其中,λmax和eλmax分別是矩陣X的最大特征值及其對應(yīng)的單位特征向量;
利用得到的矩陣X的主特征向量P,計算每個稀疏度下每個人每個節(jié)點的中心度得分H:
H=R×P (5.7)
步驟6:利用主成分分析,綜合Q個稀疏度下每個人每個節(jié)點的中心度得分H,對其降維得到每個人每個節(jié)點的中心度得分H1;具體操作如下:
步驟6.1:在Q個稀疏度下,將每個人每個節(jié)點的中心度得分重組構(gòu)成一個二維矩陣R1;
R1=(Dk,ij),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q (6.1)
其中,Dk,ij表示第k個稀疏度下的第i個人第j個節(jié)點的中心度得分,矩陣R1的行數(shù)為M×N,列數(shù)為Q;
步驟6.2:基于主成分分析,對矩陣R1進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化:
其中,是第k個稀疏度下的中心度得分的均值,Sk是第k個稀疏度下的中心度得分的標(biāo)準(zhǔn)差;
對矩陣R1標(biāo)準(zhǔn)化后,得到一個二維矩陣Y1,其矩陣形式如下:
Y1=(Dk,ij*),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N;k=1,2,…,Q (6.3)
計算矩陣Y1中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù):
其中,分別是對矩陣R1標(biāo)準(zhǔn)化后的第m個稀疏度下和第n個稀疏度下的中心度得分的均值;
將得到的矩陣Y1兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù)組成一個矩陣X1,其矩陣形式如下:
X1=(xmn),m=1,2,…,Q;n=1,2,…,Q (6.5)
利用齊次線性方程組求非零解的方法,得出矩陣X1的所有特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei,在得到的特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei中,選取最大特征值λmax及其對應(yīng)單位特征向量eλmax,并計算矩陣X1的主特征向量P1:
其中,λmax和eλmax分別為矩陣X1的最大特征值及其對應(yīng)的單位特征向量;
利用得到的矩陣X1的主特征向量P1,計算每個人每個節(jié)點的中心度得分H1:
H1=R1×P1 (6.7)
步驟7:利用主成分分析,綜合M個人每個節(jié)點的中心度得分H1,并對其降維得到每個節(jié)點的中心度得分H2;具體操作如下:
步驟7.1:將M個人的每個節(jié)點的中心度得分H1重組構(gòu)成一個二維矩陣R2;
R2=(Di,j),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N (7.1)
其中,Di,j表示第i個人下的第j個節(jié)點的中心度得分,矩陣R2的行數(shù)為Q,列數(shù)為M;
步驟7.2:基于主成分分析,對矩陣R2進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化:
其中,是第i個人的中心度得分的均值,Si是第i個人的中心度得分的標(biāo)準(zhǔn)差;
對矩陣R2標(biāo)準(zhǔn)化后,得到一個二維矩陣Y2,其矩陣形式如下:
Y2=(Di,j*),i=1,2,…,M;j=1,2,…,N (7.3)
計算矩陣Y2中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù):
其中,分別是對矩陣R2標(biāo)準(zhǔn)化后的第m個人和第n個人的中心度得分的均值;
將得到的矩陣Y2中兩兩列向量間的相關(guān)系數(shù)組成矩陣X2,其矩陣形式如下:
X2=(xmn),m=1,2,…,M;n=1,2,…,M (7.5)
利用齊次線性方程組求非零解的方法,得出矩陣的所有特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei,在得到的特征值λi及其對應(yīng)的單位特征向量ei中,選取最大特征值λmax及其對應(yīng)單位特征向量eλmax,計算矩陣X2的主特征向量P2:
其中,λmax和eλmax分別是矩陣X2的最大特征值及其對應(yīng)的單位特征向量;
利用得到的矩陣X2的主特征向量P2,計算每個節(jié)點的中心度得分H2:
H2=R2×P2 (7.7)
步驟8:將步驟7.2得到的每個節(jié)點的中心度得分X2進(jìn)行歸一化:選取1個最大的中心度得分H2max,將所得的中心度得分H2分別除以H2max,得到H2,0<H2'≤1;對所得H2'進(jìn)行降序排列,前C個H2'對應(yīng)的腦區(qū)判定為關(guān)鍵腦區(qū)。
作為一種可實施的方式,本實施例選取了一組功能性腹瀉患者共20個人作為被試對象,即M=20;在允許的稀疏度0~50%范圍內(nèi),從1%~30%平均選定30個稀疏度,即Q=30;腦區(qū)個數(shù)或腦網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點數(shù)N設(shè)為90;前C個H2'對應(yīng)的腦區(qū)判定為關(guān)鍵腦區(qū),C設(shè)為10。
作為一種可實施的方式,步驟6和步驟7的順序不受限制,除上述提出的步驟之外,也可以先進(jìn)行步驟7,即先綜合20個人的每個稀疏度下每個節(jié)點的中心度得分H,并對其降維得到每個稀疏度下每個節(jié)點的中心度得分;再進(jìn)行步驟6,綜合30個稀疏度下的每個節(jié)點的中心度得分,對其降維得到每個節(jié)點的中心度得分,所得結(jié)果并不會影響對關(guān)鍵腦區(qū)的判定。
如表1所示,本發(fā)明對20名功能性腹瀉患者不同腦區(qū)關(guān)鍵性的度量結(jié)果,中心度得分1為從步驟6到步驟7計算的中心度得分,中心度得分2為先進(jìn)行步驟7再進(jìn)行步驟6得到的中心度得分;其中節(jié)點的度、節(jié)點效率和介數(shù)中心度,是由每項指標(biāo)分別計算出的結(jié)果;表1中第一列為90個腦區(qū)的中文名稱,其中L代表大腦中的左腦,R為大腦中的右腦,例如:中央前回L,代表左腦中的中央前回腦區(qū);中央前回R代表右腦中的中央前回腦區(qū)。
表1不同度量方法得到的功能性腹瀉患者90個腦區(qū)的關(guān)鍵性得分
實施例三:本實施例選取了一組健康人作為被試對象,人數(shù)為20個,作為功能性腹瀉患者的健康對照組,并得出腦區(qū)關(guān)鍵性的度量結(jié)果;本發(fā)明在實施例三中,只是換取一組被試對象,操作步驟與實施例二完全相同,此處不再贅述;最終得出的90個腦區(qū)的中心度得分值如表2所示。
表2不同度量方法得到的健康對照人群90個腦區(qū)的中心度得分
表3不同度量方法得到的前10個關(guān)鍵腦區(qū)
根據(jù)實施例二和實施例三中的表1和表2得到的數(shù)據(jù),將功能性腹瀉患者與健康對照組的不同得分結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計,將得分值最大的前10個腦區(qū)判定為關(guān)鍵腦區(qū),最后得到幾種方法的關(guān)鍵腦區(qū)列表,其中打勾的腦區(qū)為關(guān)鍵腦區(qū),結(jié)果如表3所示。由表3可以看出,無論是健康對照組還是功能性腹瀉患者組,通過中心度得分1確定的關(guān)鍵腦區(qū)與中心度得分2確定的關(guān)鍵腦區(qū)都是一致的,這說明本發(fā)明在計算健康組和患者組的關(guān)鍵腦區(qū)的過程中,無論是先綜合稀疏度再綜合所有人,還是先綜合所有人再綜合稀疏度,對其得到的結(jié)果都是不影響的。傳統(tǒng)上是通過三種基本方法:節(jié)點的度、節(jié)點效率或介數(shù)中心度,從三個角度來度量關(guān)鍵腦區(qū)的,由表3可以看出,無論是健康對照組還是功能性腹瀉患者組,以上三種基本方法所得到的結(jié)果并非完全一致,無法確定哪種方法的結(jié)果更具有合理性。本發(fā)明對三種基本方法進(jìn)行了加權(quán)處理,即在三種基本方法基礎(chǔ)上考慮了各個腦區(qū)在大腦中所占的比重,且綜合三者特征,得到的結(jié)果更為全面、精確、合理。在確定患者組的關(guān)鍵腦區(qū)時,本發(fā)明得到的關(guān)鍵腦區(qū)與介數(shù)中心度方法得到的關(guān)鍵腦區(qū)完全一致,但這只是一種巧合,并不能說明三種基本方法中介數(shù)中心度方法更好。通過健康對照組與功能性腹瀉患者組的關(guān)鍵腦區(qū)的對比,發(fā)現(xiàn)兩組人之間的關(guān)鍵腦區(qū)還是存在較大的差異,其差異可能與功能性腹瀉疾病的病理生理學(xué)有關(guān),甚至在該疾病的不同階段,患者的關(guān)鍵腦區(qū)也可能會發(fā)生顯著變化,因此,檢測患者的關(guān)鍵腦區(qū)具有重要意義。本發(fā)明基于主成分分析的關(guān)鍵腦區(qū)的度量方法,對于關(guān)鍵腦區(qū)的判定是合理且可行的,對其進(jìn)行的研究將對腦疾病相關(guān)的臨床醫(yī)學(xué)具有重要的指導(dǎo)意義。
以上所示僅是本發(fā)明的優(yōu)選實施方式,應(yīng)當(dāng)指出,對于本技術(shù)領(lǐng)域的普通技術(shù)人員來說,在不脫離本發(fā)明原理的前提下,還可以做出若干改進(jìn)和潤飾,這些改進(jìn)和潤飾也應(yīng)視為本發(fā)明的保護(hù)范圍。