豬13號(hào)染色體上與產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的snp位點(diǎn)及其引物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及與豬產(chǎn)仔數(shù)性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)，具體涉及豬13號(hào)染色體上一個(gè)與產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其引物，屬生物【技術(shù)領(lǐng)域】。該SNP位點(diǎn)為基因組版本NCBI?Build?Sscrofa10.2的Chr13:11714625；該位點(diǎn)的等位基因?yàn)門和C，有C/C、T/C和T/T三種基因型，該位點(diǎn)及其側(cè)翼序列如SEQ?ID?NO:1所示。擴(kuò)增該分子標(biāo)記位點(diǎn)的引物及延伸引物為：Chr13-2-PCRU：5’-ATA?ACC?CTG?TTA?CAT?TAC?CCT?ATA?TTC?C-3’；Chr13-2-PCRL：5’-AAA?AGT?AAA?ATA?TGA?CTG?TTT?GGA?AGG-3’；Chr13-2-SNPU：5’-TGA?CTG?ACT?GAC?TGA?CTG?ACT?GAC?TGC?ATA?GTA?GAC?CAG?CTC?CCC?TAT?TT-3’。帶有T/T基因型的豬產(chǎn)仔數(shù)高于T/C和C/C基因型。本發(fā)明的有益效果在于：運(yùn)用全基因組重測序方法，能夠快速、批量地篩選與性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)或候選基因，Chr13:11714625這個(gè)位點(diǎn)能夠作為遺傳標(biāo)記用于豬的遺傳育種提高母豬的產(chǎn)仔數(shù)。
【專利說明】豬13號(hào)染色體上與產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其引物
【技術(shù)領(lǐng)域】:
[0001]本發(fā)明涉及與豬產(chǎn)仔數(shù)性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)，具體涉及豬13號(hào)染色體上一個(gè)與產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其引物，屬生物【技術(shù)領(lǐng)域】。
【背景技術(shù)】:
[0002]豬的產(chǎn)仔數(shù)性狀是豬繁殖性狀的主要組成部分，提高豬產(chǎn)仔數(shù)對(duì)提高養(yǎng)豬業(yè)的總體經(jīng)濟(jì)效益意義重大。但產(chǎn)仔數(shù)屬于遺傳力很低的數(shù)量性狀，難以用常規(guī)育種技術(shù)進(jìn)行遺傳改良。我國的太湖豬以高產(chǎn)而聞名，窩產(chǎn)仔數(shù)比大多數(shù)其它中國地方豬種以及國外豬種的窩產(chǎn)仔數(shù)多4-5頭(《中國豬品種志》張仲葛主編，上海科技出版社，1986)。二花臉豬是太湖豬的一種，是世界上繁殖力最高的豬種。太湖豬中與高產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的多態(tài)位點(diǎn)，能夠作為遺傳標(biāo)記用于提高母豬的產(chǎn)仔數(shù)。
[0003]國內(nèi)外研究人員采用全基因組掃描和候選基因的方法對(duì)產(chǎn)仔數(shù)性狀進(jìn)行QTL定位及候選基因的研究。Li 等人(Li, K., J.Ren, et al.Anim Genet.2009.40(6): 963-966)利用覆蓋了豬19條染色體的183個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)與豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的總產(chǎn)仔數(shù)，產(chǎn)活仔數(shù)，產(chǎn)死仔數(shù)進(jìn)行QTL (Quantitative Trait Locus,數(shù)量性狀基因座)定位。他們研究了 299個(gè)杜洛克豬與中國二花臉豬雜交的F2代，在6，7，8和15號(hào)染色體上定位了與總產(chǎn)仔數(shù)，產(chǎn)活仔數(shù)和產(chǎn)死仔數(shù)相關(guān)的QTL。
[0004]Rothschild 等(Rothischild, M.，Jacobson, D.et al.Proc Natl Acad Sci U SA.1996.93(1):201-205)通過候選基因法，利用包括中國梅山系太湖豬在內(nèi)的兩個(gè)極端品種雜交，發(fā)現(xiàn)I號(hào)染色體上雌激素受體座位的一個(gè)基因(ESR)與高產(chǎn)仔數(shù)主效基因連鎖。通過雌激素受體基因座位的RFLPs分析，認(rèn)為具有3.7kb條帶的純合型母豬(BB型)比具有4.3kb條帶的純合型母豬`(AA型)初產(chǎn)時(shí)要多2.3頭(P〈0.01)，每胎平均多產(chǎn)1.5頭(Ρ〈0.01)。目前已報(bào)道與產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的基因還有0PN(US6410227B1)，PRLR(Tomas, A.，J.Casellas, et al.J Anim Sc1.2006.84 (8): 1991-1998), FSHβ (Zhao, Y.Li N, et al.SciChina C Life Sc1.1998.41(6):664-668)和 RBP4(Spotter, A.，S.Muller, et al.ReprodDomest Anim.2009.44(1):100-105)等。
[0005]應(yīng)用QTL定位方法可以定位與性狀緊密連鎖的區(qū)域，但是需要研究幾代家系的很多個(gè)體，周期長，費(fèi)時(shí)費(fèi)力，在一般的實(shí)驗(yàn)室無法完成，而且有些QTL定位很寬泛。利用候選基因法對(duì)性狀進(jìn)行研究，相對(duì)來說簡單直接，但是利用候選基因法主要研究的是外顯子區(qū)域的突變，而很多發(fā)揮重要功能的突變很可能在內(nèi)含子或者其它功能區(qū)域；有些復(fù)雜性狀是受到多基因調(diào)控的；不能檢出所有的QTL，而且有些用候選基因法研究的基因并沒有找到QTL的定位。
[0006]隨著技術(shù)的發(fā)展和成熟，基因組及基因注釋越來越完善。由于測序技術(shù)的快速發(fā)展，測序成本的降低，能夠利用全基因組測序或者轉(zhuǎn)錄組測序?qū)π誀钕嚓P(guān)基因或突變位點(diǎn)進(jìn)行批量篩選。本發(fā)明選擇二花臉豬(太湖豬的一種)，藏豬，巴馬香豬，萊蕪豬，滇南小耳豬等5個(gè)中國地方豬種以及野豬進(jìn)行了全基因組重測序。希望從中篩選出與高產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNPs (single nucleotide polymorphisms,單核苷酸多態(tài)性)位點(diǎn)作為遺傳標(biāo)記用于豬的遺傳育種，以提高母豬的產(chǎn)仔數(shù)。

【發(fā)明內(nèi)容】
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[0007]本發(fā)明的目的是提供豬13號(hào)染色體上一個(gè)與產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其引物。
[0008]本發(fā)明選擇了二花臉豬(太湖豬的一種)，藏豬，巴馬香豬，萊蕪豬，及滇南小耳豬5個(gè)中國地方豬種以及野豬進(jìn)行了全基因組重測序。6個(gè)豬種的重測序個(gè)體數(shù)分別為11個(gè)，11個(gè)，9個(gè)，10個(gè)，10個(gè)和10個(gè)。重測序數(shù)據(jù)跟參考基因組(NCBI Build Sscrofal0.2)進(jìn)行比對(duì)，利用SAMTools軟件進(jìn)行SNPs位點(diǎn)的提取。發(fā)明人比較了二花臉豬與其它5個(gè)豬種，在13號(hào)染色體上發(fā)現(xiàn)一個(gè)SNP位點(diǎn)(基因組版本NCBI Build Sscrofal0.2的Chrl3:11714625)與豬的產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)。該位點(diǎn)的等位基因?yàn)門和C，有C/C、T/C和T/T三種基因型。該位點(diǎn)及其側(cè)翼序列(SEQ ID NO:1)為:
[0009]
【權(quán)利要求】
1.豬13號(hào)染色體上一個(gè)與產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)，其特征在于:該SNP位點(diǎn)為基因組版本 NCBI Build Sscrofal0.2 的 Chrl3:11714625，該位點(diǎn)的等位基因?yàn)?T 和 C，有 C/C、T/C和T/T三種基因型。
2.權(quán)利要求1的SNP位點(diǎn)，其中所述三種基因型特征在于:帶有T/T基因型的豬產(chǎn)仔數(shù)高于帶有T/C和C/C基因型的豬。
3.權(quán)利要求1的SNP位點(diǎn)，其中所述等位基因T為提高豬產(chǎn)仔數(shù)的有益等位基因。
4.權(quán)利要求1的SNP位點(diǎn)，其特征在于:該SNP位點(diǎn)及其側(cè)翼序列如SEQID NO:1所/Jn ο
5.權(quán)利要求1-4的SNP位點(diǎn)，其中所述豬為太湖豬的后代。
6.以豬的DNA為模板擴(kuò)增包含權(quán)利要求1-5所述SNP位點(diǎn)在內(nèi)的核苷酸序列片段。
7.以豬的DNA為模板對(duì)包含權(quán)利要求1-5所述SNP位點(diǎn)在內(nèi)的核苷酸序列片段進(jìn)行測序。
8.擴(kuò)增權(quán)利要求1所述SNP位點(diǎn)的引物及延伸引物為:
Chrl3-2-PCRU:5’ -ATA ACC CTG TTA CAT TAC CCT ATA TTC C-3’ ；
Chrl3-2-PCRL:5’ - AAA AGT AAA ATA TGA CTG TTT GGA AGG-3’ ；
Chrl3-2-SNPU:5’ -TGA CTG ACT GAC TGA CTG ACT GAC TGC ATA
GTA GAC CAG CTC CCC TAT TT-3’。
【文檔編號(hào)】C12N15/11GK103757003SQ201310727898
【公開日】2014年4月30日 申請(qǐng)日期:2013年12月26日 優(yōu)先權(quán)日:2013年12月26日
【發(fā)明者】張亞平, 黃路生, 謝海兵, 任軍, 艾華水, 徐丹 申請(qǐng)人:中國科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所, 江西農(nóng)業(yè)大學(xué)